The thesis is divided into two loosely connected parts: the first one is concerned with three dimensional Topologically massive gravity (TMG) and the other is devoted to generating solutions of black objects within five minimal dimensional supergravity theory (mSUGRA5).

Careful treatment of water molecules in ligand-protein interactions is required in many cases if the correct binding pose is to be identified for molecular docking. Water can form complex bridging networks and can play a critical role in dictating the binding mode of ligands. A particularly striking example of this can be found in the ionotropic glutamate receptors (iGluRs), a family of ligand gated ion channels that are responsible for a majority of the fast synaptic neurotransmission in the central nervous system that are thought to be essential in memory and learning. Thus, pharmacological intervention at these neuronal receptors is a valuable therapeutic strategy. This thesis relies on various computational studies and X-ray crystallography to investigate the role of ligand-water mediated interactions in iGluRs bound to glutamate and α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4- isoxazole-propionic acid (AMPA). Comparative molecular dynamics (MD) simulations of each subtype of iGluRs bound to glutamate revealed that crystal water positions were reproduced and that all but one water molecule, W5, in the binding site can be rearranged or replaced with water molecules from the bulk. Further density functional theory calculations (DFT) have been used to confirm the MD results and characterize the energetics of W5 and another water molecule implicated in influencing the dynamics of a proposed switch in these receptors. Additional comparative studies on the AMPA subtypes of iGluRs show that each step of the calculation must be considered carefully if the results are to be meaningful. Crystal structures of two ligands, glutamate and AMPA revealed two distinct modes of binding when bound to an AMPA subtype of iGluRs, GluA2. The difference is related to the position of water molecules within the binding pocket. DFT calculations investigated the interaction energies and polarisation effects resulting in a prediction of the correct binding mode for glutamate. For AMPA alternative modes of binding have similar interaction energies as a result of a higher internal energy than glutamate. A combined MD and X-ray crystallographic study investigated the binding of the ligand AMPA in the AMPA receptor subtypes. Analysis of the binding pocket show that AMPA is not preserved in the crystal bound mode and can instead adopt an alternative mode of binding. This involves a displacement of a key water molecule followed by AMPA adopting the pose seen by glutamate. Thus, this thesis makes use of various studies to assess the energetics and dynamics of water molecules in iGluRs. The resulting data provides additional information on the importance of water molecules in mediating ligand interactions as well as identifying key water molecules that can be useful in the de novo design of new selective drugs against iGluRs.

Der Transkriptionsfaktor CCAAT/enhancer-binding Protein β (C/EBPβ) reguliert die Expression zahlreicher Gene, welche die Proliferation, Differenzierung und Seneszenz in hämatopoietischen Zellen, Adipozyten und Leukämiezellen kontrollieren. Um diese mannigfaltigen Aufgaben zu erfüllen interagiert C/EBPβ mit zahlreichen Kofaktoren und Proteinen der Transkriptionsregulations-Maschinerie. Da das funktionale Netzwerk von C/EBPβ und seinen zahlreichen Kooperationspartnern bis heute nicht vollständig entziffert ist, ist es das Ziel dieser Arbeit das Netzwerk aus Interaktionspartnern und C/EBPβ regulierten Proteinen in Leukämiezelllinien und darüber hinaus zu erforschen und aufzudecken. Das Interaktom von C/EBPβ wurde mittels einer Kombination aus einem membranbasierten Peptid-Interaktions Testverfahrens (APS) und endogener Immunprezipitationen mit gekoppelter MS-Analyse untersucht. Außerdem wurde die Proteinmenge von C/EBPβ und von potentiell von C/EBPβ regulierten Proteinen mittels proteomischer MS-Analyse in C/EBPβ Knock-out- und Leukämiezelllinien untersucht. Die Protein-Interaktionsversuche ergaben epigenetische und allgemeine transkriptionsregulierende Proteine, sowie Chromatinstruktur modellierende Faktoren, die mit C/EBPβ interagieren. Zusätzlich konnten neue Interaktionen von C/EBPβ mit Kondensin- und Kinetochorproteinen beobachtet werden. Die Versuchsergebnisse eröffnen überdies neue Interaktionen von C/EBPβ mit DNA Reparatur und Apoptose assoziierten Proteinen. Interessanterweise konnten auch Komponenten des Spliceosomes und RNA-prozessierende Proteine als Interaktoren von C/EBPβ identifiziert werden. Zusammenfassend ermöglicht diese Studie nicht nur die Verifikation von bereits bekannten Proteininteraktionen von C/EBPβ, sondern eröffnet zahlreiche weitere zukünftige Forschungsfelder bezüglich des Interaktionsnetzwerkes von C/EBPβ in Leukämien, sowie anderen Zellarten und Geweben. / The basic leucine zipper transcription factor CCAAT/enhancer-binding protein β (C/EBPβ) regulates the expression of various genes that control the proliferation, differentiation and senescence of haematopoietic cells, adipocytes and leukemia cells. To facilitate its multifaceted functions C/EBPβ interacts with a collection of cofactors and proteins of the transcription regulation machinery. As the functional network of C/EBPβ and its numerous cooperation partners is still incomplete this study attempted to analyze interaction partners and downstream proteins of C/EBPβ in leukemia cells and beyond. A combinatory approach of an array based peptide-interaction screening (APS) and endogenous shotgun IP-MS from leukemia cell lines was applied to elucidate the interactome of C/EBPβ. Moreover, C/EBPβ abundance and potential C/EBPβ regulated proteins were determined by MS proteomics in C/EBPβ knockout and leukemia cell lines. The interaction screenings revealed proteins associated with the general and epigenetic regulation of transcription, with chromatin remodeling and mitotic chromatin organization as well as cell cycle regulation. Additionally, new interactions of C/EBPβ with condensin and kinetochore proteins could be elucidated. The data reports of novel C/EBPβ interactors involved in DNA repair and apoptosis. In addition, components of the spliceosome and RNA-processing were detected. Altogether this study verifies known and reveals various novel interactions of the transcription factor C/EBPβ and augments the network of previous reported interactions and potential cooperation partners. The here collected data discloses new subjects for further research concerning the interaction network of C/EBPβ during cell differentiation and in leukemia.

Rhodopsin ist als Sehpigment der Photorezeptorzellen einer der am aktivsten untersuchten GPCRs. Es besteht aus dem Apoprotein Opsin und dem inversen Agonisten 11-cis-Retinal. Der inaktivierende Ligand ist in der sieben Transmembran- Helix (TM)-Struktur des Rezeptors kovalent gebunden und muss durch Licht cis/trans-isomerisiert werden, um den Rezeptor zu aktivieren. Der aktivierte Rezep-tor katalysiert den Nukleotidaustausch im G-Protein und zerfällt innerhalb von Minuten in Opsin und all-trans-Retinal. Das visuelle Pigment wird dann durch erneute Beladung des Opsins mit 11-cis-Retinal wieder hergestellt. In der vorliegenden Arbeit wird die erfolgreiche Kristallisation des nativen Opsins aus der Stäbchenzelle der Rinderretina und die Bestimmung der Proteinstruktur bei 2.9 Å Auf-lösung dargestellt. Im Vergleich zur bekannten Struktur des inaktiven Rhodopsins zeigt Opsin deutliche Strukturänderungen in den konservierten E(D)RY und NPxxY(x)5,6F Regionen und in TM5-TM7. Auf der intrazellulären Seite ist TM6 ca. 6-7 Å nach außen gekippt, während die TM5 Helix verlängert und näher zu TM6 verschoben ist. Durch die strukturellen Änderungen, von denen einige einem aktiven GPCR Zustand zugeschrieben werden können, wird die leere Retinalbindungstasche reorganisiert, um zwei Öffnungen für Aus- und Eintritt von Retinal bereitzustellen. Die Struktur von Opsin liefert neue Erkenntnisse zur Bindung von hydrophoben Liganden an GPCRs, zur GPCR-Aktivierung und zur Signalübertragung auf das G-Protein. / Rhodopsin as the visual pigment in photoreceptor cells is one of the most actively studied GPCRs. It consists of the apoprotein opsin and the inverse agonist, 11-cis-retinal. The inactivating ligand is bound in the seven-transmembrane helix (TM) bundle and cis/trans-isomerized by light to activate the receptor. The active receptor state is capable of catalyzing nucleotide exchange in the G protein and decays within minutes into opsin and all-trans-retinal. The visual pigment is then restored by reloading opsin with new 11-cis-retinal. In the present work, the successful crystallization of native opsin from bovine retinal rod cells and determination of the protein structure to 2.9 Å resolution is presented. Compared with the known structure of inactive rhodopsin, opsin displays prominent structural changes in the conserved E(D)RY and NPxxY(x)5,6F regions and TM5-TM7. At the cytoplasmic side, TM6 is tilted outwards by 6-7 Å, whereas the helix structure of TM5 is more elongated and close to TM6. These structural changes, of which some are attributed to an active GPCR state, reorganize the empty retinal binding pocket to disclose two openings for exit and entry of retinal. The opsin structure thus sheds new light on binding of hydrophobic ligands to GPCRs, GPCR activation and signal transfer to the G protein.

La théorie des spins élevés est le domaine de la physique théorique au centre de cette thèse. Le contexte général de la naissance de cette théorie est présentée dans l’introduction. La première partie est axée sur les ingrédients (méthode de Noether, fonctions génératrices et formalisme ambiant) permettant la construction de vertex cubiques entre un champ scalaire de matière et un champ de jauge de spin élevé dans un espace-temps à courbure constante à partir des courants conservés en espace-temps plat. Dans un second temps, nous préparons les éléments pour un futur test de la correspondance holographique à l’ordre cubique voire quartique en la constante de couplage. Plus précisément, nous révisons en détail le calcul de certains propagateurs, ce qui nous mène à calculer les fonctions à trois points impliquant deux scalaires. La dernière partie, bien que concernant toujours l’holographie des spins élevés, traite de la physique non-relativiste. Les symétries et les courants d’un gaz parfait/unitaire de Fermi y sont étudiés. Le lien entre physiques relativiste et non-relativiste est obtenue grâce à la réduction dimensionnelle de Bargmann. / The higher spin theory is the field of theoretical physics at the center of this thesis. The general context of the birth of this theory is presenting in the introduction. The first part focuses on the ingredients (Noether method, generating functions and ambient formalism) for the construction of cubic vertices between a scalar matter field and a higher spin gauge field in a constant curvature space-time from conserved currents in flat space-time. In a second step, we prepare the around for a future test of the holographic correspondence in the cubic or quartic order in the coupling constant. More specifically, we review in detail the computation of some propagators, which leads us to calculate three-point functions involving two scalars. The last part, although always on the higher spin holography, deals with non-relativistic physics. Symmetries and currents of an ideal or unitary Fermi gas are studied. The link between relativistic and non-relativistic physics is obtained by Bargmann dimensional reduction.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MarciaDAD_DISSERT.pdf: 4264187 bytes, checksum: 68a1d188a3ddcbd9b3e88211ae1a47e7 (MD5) Previous issue date: 2014-08-01 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Shrimp farming is one of the activities that contribute most to the growth of global aquaculture. However, this business has undergone significant economic losses due to the onset of viral diseases such as Infectious Myonecrosis (IMN). The IMN is already widespread throughout Northeastern Brazil and affects other countries such as Indonesia, Thailand and China. The main symptom of disease is myonecrosis, which consists of necrosis of striated muscles of the abdomen and cephalothorax of shrimp. The IMN is caused by infectious myonecrosis virus (IMNV), a non-enveloped virus which has protrusions along its capsid. The viral genome consists of a single molecule of double-stranded RNA and has two Open Reading Frames (ORFs). The ORF1 encodes the major capsid protein (MCP) and a potential RNA binding protein (RBP). ORF2 encodes a probable RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and classifies IMNV in Totiviridae family. Thus, the objective of this research was study the IMNV complete genome and encoded proteins in order to develop a system differentiate virus isolates based on polymorphisms presence. The phylogenetic relationship among some totivirus was investigated and showed a new group to IMNV within Totiviridae family. Two new genomes were sequenced, analyzed and compared to two other genomes already deposited in GenBank. The new genomes were more similar to each other than those already described. Conserved and variable regions of the genome were identified through similarity graphs and alignments using the four IMNV sequences. This analyze allowed mapping of polymorphic sites and revealed that the most variable region of the genome is in the first half of ORF1, which coincides with the regions that possibly encode the viral protrusion, while the most stable regions of the genome were found in conserved domains of proteins that interact with RNA. Moreover, secondary structures were predicted for all proteins using various softwares and protein structural models were calculated using threading and ab initio modeling approaches. From these analyses was possible to observe that the IMNV proteins have motifs and shapes similar to proteins of other totiviruses and new possible protein functions have been proposed. The genome and proteins study was essential for development of a PCR-based detection system able to discriminate the four IMNV isolates based on the presence of polymorphic sites / A carcinicultura ? uma das atividades que mais contribui para o crescimento da aquicultura mundial. Entretanto, esta atividade vem sofrendo perdas econ?micas significativas devido ao surgimento de doen?as virais como a Mionecrose Infecciosa (IMN). A IMN j? est? disseminada em toda regi?o Nordeste do Brasil e atingiu outros pa?ses como Indon?sia, Tail?ndia e China. O principal sintoma da doen?a ? a mionecrose, que consiste na necrose dos m?sculos estriados do abd?men e do cefalot?rax do camar?o. A IMN ? causada pelo v?rus da mionecrose infecciosa (IMNV), um v?rus n?o envelopado que apresenta protrus?es ao longo de seu caps?deo. O genoma viral ? formado por uma ?nica mol?cula de RNA dupla fita e possui duas Open Reading Frames (ORFs). A ORF1 codifica a prote?na principal do caps?deo (MCP) e uma poss?vel prote?na de liga??o a RNA (RBP). A ORF2 codifica uma prov?vel RNA polimerase dependente de RNA (RdRp) e classifica o IMNV dentro da fam?lia Totiviridae. Assim, o objetivo desse estudo foi estudar o genoma completo do IMNV e as prote?nas codificadas no intuito de desenvolver um sistema que identificasse diferentes isolados do v?rus com base na presen?a de polimorfismos. A rela??o filogen?tica entre alguns totiv?rus foi investigada e mostrou um novo grupo para o IMNV dentro da fam?lia Totiviridae. Dois novos genomas foram sequenciados, analisados e comparados a outros dois genomas j? depositados no GenBank. Os novos genomas foram mais semelhantes entre si do que com aqueles j? descritos. Regi?es vari?veis e conservadas do genoma foram identificadas atrav?s de gr?ficos de similaridade e alinhamentos utilizando as quatro sequ?ncias do IMNV. Esta an?lise possibilitou o mapeamento de s?tios polim?rficos e revelou que a regi?o mais vari?vel do genoma se encontra na primeira metade da ORF1 e coincide com as regi?es que possivelmente codificam a protrus?o viral, enquanto que as regi?es mais est?veis se encontraram em dom?nios conservados de prote?nas que interagem com o RNA. Al?m disso, estruturas secund?rias foram preditas para todas as prote?nas empregando diversos softwares e modelos estruturais proteicos foram calculados usando modelagens por threading e simula??es ab initio. A partir dessas an?lises foi poss?vel observar que as prote?nas do IMNV possuem motivos e formas similares ?s prote?nas de outros totiv?rus, e novas poss?veis fun??es proteicas foram propostas. O estudo do genoma e das prote?nas foi essencial para o desenvolvimento de um sistema de detec??o baseado em PCR capaz de discriminar os quatro isolados do IMNV com base na presen?a de s?tios polim?rficos

Cette thèse se consacre premièrement à certains aspects de la définition de charges conservées en relativité générale pour les espaces asymptotiquement plats à l’infini spatial. À l’aide de la dualité gravitationnelle, présente au niveau linéarisé, on étudie également l’existence de charges topologiques, magnétiques, ainsi que leurs contributions aux superalgèbres dans les théories de supergravité N = 1 et N = 2 à quatre dimensions. La thèse est divisée en trois parties.<p>Dans la première partie, les espaces asymptotiquement plats à l’infini spatial sont décrits à l’aide d’une généralisation de la métrique de type Beig-Schmidt. La construction de charges à partir de l’étude des équations du mouvement et de la classification de tenseurs symétriques et de divergences nulles nous permet de démontrer l’unicité des charges de Poincaré pour l’ansatz non-généralisé en présence de conditions de parité. L’équivalence des charges de Ashtekar- Hansen et Mann-Marolf est ainsi revisitée. Dans le cas d’un ansatz généralisé, une régulation de la forme symplectique divergente, à l’aide de contre-termes rajoutés à l’action de Mann-Marolf, nous donne la possibilité de considérer un espace des phases sans conditions de parité, tout en gardant un principe variationnel bien défini. Le groupe asymptotique comprend alors, en plus des charges de Poincaré où les charges de Lorentz ne sont plus asymptotiquement linéaires, des charges non-triviales associées aux supertranslations et aux transformations logarithmiques.<p>Dans la deuxième partie, on étudie la dualité gravitationnelle et la définition de charges magnétiques en gravitation linéarisée. On revisite la dualité et on montre qu’une dualisation sur les indices de Lorentz facilite la compréhension de celle-ci. Les dix charges de Poincaré ainsi que leurs duales magnétiques sont alors exprimées en termes d’intégrales de surface. Nous illustrons ensuite nos résultats à travers l’étude des sources de certaines solutions électriques et de leur duales magnétiques. Les solutions électriques envisagées sont :les trous noirs de type Schwarzschild et de type Kerr ainsi que les ondes de chocs de type pp.<p>Dans la dernière partie, on établit la supersymétrie des espaces de type Taub-NUT lorentzien chargés électriquement et magnétiquement dans la supergravité N = 2. Motivé par l’existence d’une égalité BPS, on entreprend alors une recherche sur l’inclusion de la charge NUT dans l’algèbre de supersymétrie. Grâce à une complexification de la forme de Witten-Nester, cette contribution de la charge NUT à la superalgèbre est comprise comme une déformation topologique, symétrique, au crochet antisymétrique des super-charges. Ce résultat est alors appliqué à la superalgèbre N = 1 à travers l’étude des ondes de chocs de type pp.<p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L’auto-incompatibilité (AI) est une barrière reproductive prézygotique qui permet aux pistils d’une fleur de rejeter leur propre pollen. Les systèmes d’AI peuvent prévenir l’autofertilisation et ainsi limiter l’inbreeding. Dans l’AI gamétophytique, le génotype du pollen détermine son propre phénotype d’incompatibilité, et dans ce système, les déterminants mâles et femelles de l’AI sont codés par un locus multigénique et multi-allélique désigné le locus S. Chez les Solanaceae, le déterminant femelle de l’AI est une glycoprotéine stylaire extracellulaire fortement polymorphique possédant une activité ribonucléase et désignée S-RNase. Les S-RNases montrent un patron caractéristique de deux régions hypervariables (HVa et HVb), responsables de leur détermination allélique, et cinq régions hautement conservées (C1 à C5) impliquées dans l’activité catalytique ou la stabilisation structurelle de ces protéines. Dans ce travail, nous avons investigué plusieurs caractéristiques des S-RNases et identifié un nouveau ligand potentiel aux S-RNases chez Solanum chacoense. L’objectif de notre première étude était l’élucidation du rôle de la région C4 des S-RNases. Afin de tester l’hypothèse selon laquelle la région C4 serait impliquée dans le repliement ou la stabilité des S-RNases, nous avons généré un mutant dans lequel les quatre résidus chargés présents en région C4 furent remplacés par des résidus glycine. Cette protéine mutante ne s’accumulant pas à des niveaux détectables, la région C4 semble bien avoir un rôle structurel. Afin de vérifier si C4 est impliquée dans une liaison avec une autre protéine, nous avons généré le mutant R115G, dans lequel un acide aminé chargé fût éliminé afin de réduire les affinités de liaison dans cette région. Ce mutant n’affectant pas le phénotype de rejet pollinique, il est peu probable que la région C4 soit impliquée dans la liaison des S-RNases avec un ligand ou leur pénétration à l’intérieur des tubes polliniques. Enfin, le mutant K113R, dans lequel le seul résidu lysine conservé parmi toutes les S-RNases fût remplacé par un résidu arginine, fût généré afin de vérifier si cette lysine était un site potentiel d’ubiquitination des S-RNases. Toutefois, la dégradation des S-RNases ne fût pas inhibée. Ces résultats indiquent que C4 joue probablement un rôle structurel de stabilisation des S-RNases. Dans une seconde étude, nous avons analysé le rôle de la glycosylation des S-RNases, dont un site, en région C2, est conservé parmi toutes les S-RNases. Afin d’évaluer la possibilité que les sucres conjugués constituent une cible potentielle d’ubiquitination, nous avons généré une S11-RNase dont l‘unique site de glycosylation en C2 fût éliminé. Ce mutant se comporte de manière semblable à une S11-RNase de type sauvage, démontrant que l’absence de glycosylation ne confère pas un phénotype de rejet constitutif du pollen. Afin de déterminer si l’introduction d’un sucre dans la région HVa de la S11-RNase pourrait affecter le rejet pollinique, nous avons généré un second mutant comportant un site additionnel de glycosylation dans la région HVa et une troisième construction qui comporte elle aussi ce nouveau site mais dont le site en région C2 fût éliminé. Le mutant comportant deux sites de glycosylation se comporte de manière semblable à une S11-RNase de type sauvage mais, de manière surprenante, le mutant uniquement glycosylé en région HVa peut aussi rejeter le pollen d’haplotype S13. Nous proposons que la forme non glycosylée de ce mutant constitue un allèle à double spécificité, semblable à un autre allèle à double spécificité préalablement décrit. Il est intéressant de noter que puisque ce phénotype n’est pas observé dans le mutant comportant deux sites de glycosylation, cela suggère que les S-RNases ne sont pas déglycosylées à l’intérieur du pollen. Dans la dernière étude, nous avons réalisé plusieurs expériences d’interactions protéine-protéine afin d’identifier de potentiels interactants polliniques avec les S-RNases. Nous avons démontré que eEF1A, un composant de la machinerie de traduction chez les eucaryotes, peut lier une S11-RNase immobilisée sur résine concanavaline A. Des analyses de type pull-down utilisant la protéine eEF1A de S. chacoense étiquetée avec GST confirment cette interaction. Nous avons aussi montré que la liaison, préalablement constatée, entre eEF1A et l’actine est stimulée en présence de la S11-RNase, bien que cette dernière ne puisse directement lier l’actine. Enfin, nous avons constaté que dans les tubes polliniques incompatibles, l’actine adopte une structure agrégée qui co-localise avec les S-RNases. Ces résultats suggèrent que la liaison entre eEF1A et les S-RNases pourrait constituer un potentiel lien fonctionnel entre les S-RNases et l’altération du cytosquelette d’actine observée lors des réactions d’AI. Par ailleurs, si cette liaison est en mesure de titrer les S-RNases disponibles à l’intérieur du tube pollinique, ce mécanisme pourrait expliquer pourquoi des quantités minimales ou « seuils » de S-RNases sont nécessaires au déclenchement des réactions d’AI. / Self-incompatibility (SI) is a prezygotic reproductive barrier that allows the pistil of a flower to specifically reject their own (self-) pollen. SI systems can help prevent self-fertilization and avoid inbreeding. In gametophytic SI (GSI), the genotype of the pollen determines its breeding behaviour and in this system both female and male specificity determinants of SI are under the control of a multigenic and multiallelic locus called the S-locus. In Solanaceae, the female determinant of SI is a highly polymorphic stylar-expressed extracellular glycoprotein with RNase activity called the S-RNase. S-RNases show a distinct pattern of two hypervariable (HVa and HVb) regions, responsible for their allelic specificity, and five highly conserved regions (C1 to C5) thought to be involved in either the catalytic activity or the structural stabilization of the protein. In this work, we analyzed and characterized several conserved features of the S-RNases and also identified a potential novel S-RNase interactant in Solanum chacoense. The aim of our first study was to investigate the role of the C4 region of S-RNases. To test the hypothesis that the C4 region may be involved in S-RNase folding or stability, we examined a mutant in which the four charged residues in the C4 region were replaced with glycine. This mutant did not accumulate to detectable levels in styles, supporting a structural role for C4. To test the possibility that C4 might be involved in binding another protein, we prepared an R115G mutant, in which a charged amino acid was eliminated to reduce any potential binding to this region. This mutant had no effect on the pollen rejection phenotype of the protein, and thus C4 is likely not involved in either ligand binding or S-RNase entry inside pollen tubes. Finally, a K113R mutant, in which the only conserved lysine residue in all the S-RNases was replaced with arginine, was generated to test if this residue was an S-RNase ubiquitination site. However, S-RNase degradation was not disrupted in this mutant. Taken together, these results indicate that the C4 region likely plays a structural role. In a second study, we analyzed the role of S-RNase glycosylation. All S-RNases share a conserved glycosylation site in the C2 region. To test the possibility that the sugar residues might be a target for ubiquitination, a transgenic S11-RNase lacking its single glycosylation site was examined. This construct behaved similarly to a wild type S11-RNase, demonstrating that the lack of glycosylation does not confer constitutive pollen rejection. To determine if the introduction of an N-linked glycan in the HVa region would affect pollen rejection, a construct containing a second N-glycosylation site inside the HVa region of the S11-RNase and a construct containing only that N-glycosylation site inside the HVa region were prepared. The first construct rejected S11 pollen normally, but surprisingly, plants expressing the construct lacking the C2 glycosylation site rejected both S11 and S13 pollen. We propose that the non-glycosylated form is a dual specific allele, similar to a previously described dual-specific allele that also had amino acid replacements in the HV regions. Interestingly, this phenotype is not observed in the mutant containing two glycosylation sites, which suggests that the sugar residues are not removed during S-RNase entry into the pollen. In the final study, S-RNase-binding assays were performed with pollen extracts to detect potential interacting proteins. We found that concanavalin A-immobilized S11-RNase bound eEF1A, a component of the eukaryotic translational machinery. This interaction was validated by pull-down experiments using a GST-tagged S. chacoense eEF1A. We also found that a previously documented actin binding to eEF1A was markedly increased in the presence of S-RNases, although S-RNases alone do not bind actin. Lastly, we observed that actin in incompatible pollen tubes has an unusual aggregated form which also co-labels with S-RNases. This suggests that binding between S-RNases and eEF1A could provide a potential functional link between the S-RNase and the alteration of the actin cytoskeleton that occurs during the SI reaction. Furthermore, if eEF1A binding to S-RNases acted to titrate the amount of free S-RNase in the pollen tube, this binding may help explain the threshold phenomenon, where a minimum quantity of S-RNase in the style is required to trigger the SI reaction.

L'objet de cette thèse est d'étudier le comportement en temps long de solutions d'équations d'évolution non locales ainsi que la limite singulière d'équations et de systèmes d'équations aux dérivées partielles, où intervient un petit paramètre epsilon. Au Chapitre 1, nous considérons une équation de réaction-diffusion non locale avec conservation au cours du temps de l'intégrale en espace de la solution; cette équation a été initialement proposée par Rubinstein et Sternberg pour modéliser la séparation de phase dans un mélange binaire. Le problème de Neumann associé possède une fonctionnelle de Lyapunov, c'est-à-dire une fonctionnelle qui décroit selon les orbites. Après avoir prouvé que la solution est confinée dans une région invariante, nous étudions son comportement en temps long. Nous nous appuyons sur une inégalité de Lojasiewicz pour montrer qu'elle converge vers une solution stationnaire quand t tend vers l'infini. Nous évaluons également le taux de la convergence et calculons précisément la solution stationnaire limite en dimension un d'espace. Le Chapitre 2 est consacré à l'étude de l'équation différentielle non locale que l'on obtient en négligeant le terme de diffusion dans l'équation d'Allen-Cahn non locale étudiée au Chapitre 1. Sans le terme de diffusion, la solution ne peut pas être plus régulière que la fonction initiale. C'est la raison pour laquelle on ne peut pas appliquer la méthode du Chapitre 1 pour l'étude du comportement en temps long de la solution. Nous présentons une nouvelle méthode basée sur la théorie des réarrangements et sur l'étude du profil de la solution. Nous montrons que la solution est stable pour les temps grands et présentons une caractérisation détaillée de sa limite asymptotique quand t tend vers l'infini. Plus précisément, la fonction limite est une fonction en escalier, qui prend au plus deux valeurs, qui coïncident avec les points stables d'une équation différentielle associée. Nous montrons aussi par un contre-exemple non trivial que, quand une hypothèse sur la fonction initiale n'est pas satisfaite, la fonction limite peut prendre trois valeurs, qui correspondent aux points instable et stables de l'équation différentielle associée. Nous étudions au Chapitre 3 une équation différentielle ordinaire non locale qui a éte proposée par M. Nagayama. Une difficulté essentielle est que le dénominateur dans le terme de réaction non local peut s'annuler. Nous appliquons un théorème de point fixe lié a une application contractante pour démontrer que le problème à valeur initiale correspondant possède une solution unique qui reste connée dans un ensemble invariant. Ce problème possède une fonctionnelle de Lyapunov, qui est un ingrédient essentiel pour démontrer que la solution converge vers une solution stationnaire constante par morceaux quand t tend vers l'infini. Au Chapitre 4, nous considérons un modèle d'interface diffuse pour la croissance de tumeurs, où intervient une équation d'ordre quatre de type Cahn Hilliard. Après avoir introduit un modèle de champ de phase associé, on étudie formellement la limite singulière de la solution quand le coefficient du terme de réaction tend vers l'infini. Plus précisément, nous montrons que la solution converge vers la solution d'un problème à frontière libre. AMS subject classifications. 35K57, 35K50, 35K20, 35R35, 35R37, 35B40, 35B25. / The aim of this thesis is to study the large time behavior of solutions of nonlocal evolution equations and to also study the singular limit of equations and systems of parabolic partial differential equations involving a small parameter epsilon. In Chapter 1, we consider a nonlocal reaction-diffusion equation with mass conservation, which was originally proposed by Rubinstein and Sternberg as a model for phase separation in a binary mixture. The corresponding Neumann problem possesses a Lyapunov functional, namely a functional which decreases in time along solution orbits. After having proved that the solution is conned in an invariant region, we study its large time behavior and apply a Lojasiewicz inequality to show that it converges to a stationary solution as t tends to infinity. We also evaluate the rate of convergence and precisely compute the limiting stationary solution in one space dimension. Chapter 2 is devoted to the study of a nonlocal evolution equation which one obtains by neglecting the diffusion term in the nonlocal Allen-Cahn equation studied in Chapter 1. Without the diffusion term, the solution can not be expected to be more regular than the initial function. Moreover, because of the absence of the diusion term, the method of Chapter 1 can not be applied to study the large time behavior of the solution. We present a new method based up on rearrangement theory and the study of the solution profile. We show that the solution stabilizes for large times and give a detailed characterization of its asymptotic limit as t tends to infinity. More precisely, it turns out that the limiting function is a step function, which takes at most two values, which are stable points of a corresponding ordinary dierential equation. We also show by means of a nontrivial counterexample that, when a certain hypothesis on the initial function does not hold, the limiting function may take three values. One of them is the unstable point and the two others are the stable points of the ordinary dierential equation. We study in Chapter 3 a nonlocal ordinary dierential equation which has been proposed by M. Nagayama. The nonlocal term involves a denominator which may vanish. We apply a contraction fixed point theorem to prove the existence of a unique solution which stays confined in an invariant region. We also show that the corresponding initial value problem possesses a Lyapunov functional and prove that the solution stabilizes for large times to a step function, which takes at most two values. In Chapter 4, we consider a diffuse-interface tumor-growth model which involves a fourth order Cahn-Hilliard type equation. Introducing a related phase-field model, we formally study the singular limit of the solution as the reaction coecient tends to infinity. More precisely, we show that the solution converges to the solution of a moving boundary problem. AMS subject classifications. 35K57, 35K50, 35K20, 35R35, 35R37, 35B40, 35B25.

Les méthodes de vaccination actuelles contre l’influenza, axées sur la réponse à anticorps dirigée contre des antigènes hautement variables, nécessitent la production d’un vaccin pour chaque nouvelle souche. Le défi est maintenant de stimuler simultanément une réponse cellulaire pan-spécifique ciblant des antigènes conservés du virus, tel que la protéine de la matrice (M1) ou la nucléoprotéine (NP). Or, la présentation antigénique de ces protéines est peu définie chez l’humain. Nous avons analysé la présentation endogène par les complexes majeurs d’histocompatibilité de classes (CMH)-I et -II de M1 et de NP. Ainsi, les protéines M1 et NP ont été exprimées dans des cellules présentatrices d’antigènes (CPAs). Notamment, des épitopes de M1 et de NP endogènes peuvent être présentées par CMH-I et -II, ce qui résulte en une activation respectivement de lymphocytes T CD8+ et CD4+ précédemment isolés. Étant donné l’importance des lymphocytes T CD4+ dans la réponse cellulaire, nous avons cloné M1 ou NP en fusion avec des séquences de la protéine gp100 permettant la mobilisation vers les compartiments du CMH-II sans affecter la présentation par CMH-I. Des CPAs exprimant de façon endogène ces constructions modifiées ou sauvages ont ensuite été utilisées pour stimuler in vitro des lymphocytes T humains dont la qualité a été évaluée selon la production de cytokines et la présence de molécules de surface (ELISA ou marquage de cytokines intracellulaire). Nous avons observé une expansion de lymphocytes T CD8+ et CD4+ effecteurs spécifiques sécrétant diverses cytokines pro-inflammatoires (IFN-γ, TNF, MIP-1β) dans des proportions comparables avec une présentation par CMH-II basale ou améliorée. Cette qualité indépendante du niveau de présentation endogène par CMH-II de M1 et de NP des lymphocytes T CD4+ et CD8+ suggère que cette présentation est suffisante à court terme. En outre, la présentation endogène de M1 et NP a permis de stimuler des lymphocytes T spécifiques à des épitopes conservés du virus, tel qu’identifié à l’aide une méthode d’identification originale basée sur des segments d’ARNm, « mRNA PCR-based epitope chase (mPEC) ». Ensemble, ces nouvelles connaissances sur la présentation antigénique de M1 et de NP pourraient servir à établir de nouvelles stratégies vaccinales pan-spécifiques contre l’influenza. / New vaccines targeting hyper-variable influenza determinants must be prepared against every new strain. The challenge is now to develop influenza vaccines also eliciting a strong and sustained cytotoxic response against highly-conserved determinants such as the matrix (M1) and nuclear (NP) proteins. However, their antigenic presentation properties in humans are less defined. We, therefore, analyzed major histocompatibility complex class (MHC)-I and -II presentation of endogenously processed M1 and NP in human antigen presenting cells (APCs). To do so, we used APCs endogenously-expressing the M1 and NP proteins. M1 and NP epitopes can be presented by MHC-I and -II, which results in the activation of previously-isolated antigen-specific CD8+ and CD4+ T lymphocytes. Considering the importance of CD4+ T lymphocytes in the cellular immune response, we cloned M1 and NP proteins in fusion with gp100 MHC-II enhancing sequences, which do not disrupt MHC-I presentation. APCs expressing MHC-II-enhanced or wild type constructs were used to stimulate human T lymphocytes in vitro and quality of antigen presentation was evaluated on the basis of cytokine production and cell surface molecule expression (ELISA or intracellular cytokine staining). We expanded antigen-specific effector CD8+ and CD4+ T lymphocytes which secreted pro-inflammatory cytokines (IFN-γ, TNF and MIP-1β) to similar extents both with and without MHC-II enhancement. The quality of CD4+ and CD8+ T lymphocytes generated independent of the level of M1 and NP endogenous MHCII presentation suggests that this presentation is sufficient for short-term T lymphocyte stimulation. Thus, endogenous expression of M1 and NP have stimulated T lymphocytes specific to conserved influenza epitopes, as determined by an original identification technique based on mRNA segments called mRNA PCR-based epitope chase (mPEC). Overall, these new insights about T lymphocytes expanded following MHC-I and -II presentation of endogenous M1 and NP could prove useful for new complementary heterosubtypic vaccination strategies.