Orientadores: Luciana Lasry Benchimol, Anete Pereira de Souza / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T09:26:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oblessuc_PaulaRodrigues_M.pdf: 2069238 bytes, checksum: 9bb655ec20a8c552a66d533e2467aa51 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) é o legume mais consumido em todo o mundo. O melhoramento do feijoeiro busca ferramentas robustas de transferência de genes de resistência à doenças para cultivares de interesse. A doença da mancha angular, causada pelo fungo Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & U. Braun, é responsável por grandes prejuízos aos produtores de feijão. Novo mapa genético para feijão utilizando marcadores microssatélites foi desenvolvido a partir de uma população segregante de 380 linhagens endogâmicas. A população foi gerada pelo cruzamento entre a variedade 'IAC-UNA' (Mesoamericana/suscetível) e a linhagem 'CAL 143' (Andina/resistente). O mapa UC foi gerado com 198 microssatélites ligados, distribuídos nos onze grupos de ligação, usando LOD mínimo de 3,0 e fração de recombinação máxima de 0,40. O comprimento total de mapa encontrado foi de 1.864,2 cM. Os dados fenotípicos das linhagens da população UC quanto à resistência à mancha angular foram obtidos em condições naturais de infecção por P. griseola, em campo, e em condições controladas de casa de vegetação (raça 60.54). Onze QTLs (Quantitative Trait Loci) associados à resistência a mancha angular foram mapeados por mapeamento por intervalo composto. Sete QTLs foram identificados a partir dos dados fenotípicos de campo e outros quatro QTLs, obtidos dos dados de casa de vegetação. Os efeitos dos QTLs foram quantificados. O total da variação fenotípica explicada foi de 34% no experimento de campo, no qual foi identificado o QTL de maior efeito sobre o fenótipo (9,1%). No experimento de casa de vegetação, foi possível explicar 18% do total da variação fenotípica, sendo obtido o segundo QTL de maior efeito, sendo de 7,2%. Os resultados obtidos neste trabalho indicam um padrão de herança poligênico de resistência à mancha angular, sendo necessária a realização de experimentos fenotípicos com repetições para reduzir os efeitos ambientais e com isso, isolar melhor os efeitos genéticos. / Abstract: Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the most consuming legume worldwide. Common bean breeding is seeking alternatives to transfer resistance genes to cultivars of interest. The angular leaf spot disease caused by the fungus Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & U. Braun is responsible for great losses for common bean producers. A new genetic map for common bean using microsatellites was obtained from a segregating population of 380 endogamic lines. This population was generated from the 'IAC-UNA' (Mesoamerican/ susceptible) x 'CAL 143' (Andean/resistant) cross. The UC map was generated with 198 microsatellites assigned to eleven linkage groups, using a minimum LOD of 3.0 and a maximum recombinant ratio of 0.40. Total map length found was 1864.2 cM. The angular leaf spot resistance phenotypic data from UC lines was obtained under natural infection condition with P. griseola, on the field, and with controlling greenhouse conditions (race 60.54). Eleven QTLs (Quantitative Trait Loci) were mapped for angular leaf spot resistance using compositive interval mapping. Seven QTLs were identified from field condition and other four QTLs, obtained from greenhouse data. The QTL effects were quantified. Total phenotypic variance explained was 34% on field experiment, in which the major QTL involved on phenotype was identified (9.1%). On the greenhouse experiment it was possible to explain 18% of total phenotypic variance, with the second major QTL, being of 7.2%. The results obtained in this work indicate a polygenic inheritance for angular leaf spot resistance, and it is necessary to carry out new phenotypic experiments with repetitions in order to reduce the environmental effects and, thus, better isolate the genetic effects. / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-05-09T19:16:43Z No. of bitstreams: 2 Tese - Adriana Maria Antunes Taquary - 2017.pdf: 3216713 bytes, checksum: caeaa4ba73b31eadb6f74040c4bb9b92 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T13:22:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Adriana Maria Antunes Taquary - 2017.pdf: 3216713 bytes, checksum: caeaa4ba73b31eadb6f74040c4bb9b92 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T13:22:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Adriana Maria Antunes Taquary - 2017.pdf: 3216713 bytes, checksum: caeaa4ba73b31eadb6f74040c4bb9b92 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-04-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / In recent years there has been a rapid increase in the availability and quality of sequencing data and with this an explosion of projects of sequencing of the genomes of plants occurred. In this scenario, genomic analyzes have been characterized as efficient to generate genetic information on a large scale, including for non-model species. Dipteryx alata is a non-model tree species endemic to the Cerrado biome belonging to the Leguminosae family. The objectives of this work were to estimate the number of chromosomes and the size of the genome of D. alata, and also assemble and annotate sequences of the genomes organelles and nuclear of the species using Illumina sequencing data. The size of the genome of D. alata was estimated as 1C = 0.825 pg, which corresponds to a haploid genome of 807.2 MB with 2n = 16 chromosomes. Were assembled 275,709 nuclear genomic sequences with N50 equal to 1598, which corresponds to 355MB and 44% of the whole genome. In the nuclear sequences, 21,981 microsatellite regions were annotated, of which 49.3% had dinucleotide motifs, 42.7% trinucleotide motifs and 4% tetranucleotide motifs. Transposable elements (TEs) were found in 39.29% of the sequences analyzed, corresponding to 421,701 TEs. LTR retrotransposons (gypsy and copy) were the most abundant TEs in nuclear sequences. Were annotated 1,431 RNA genes non-translated into proteins, being 176 rRNAs, 189 tRNAs, 477 snRNAs, 8 snoRNAs, 466 miRNAs and 115 lncRNAs. Were annotated also 62,200 protein coding genes with an average size of 1,156 bp. The estimated number of mRNAs transcribed by the set of annotated nuclear genes was 160,450, of which 131,228 showed significant similarity with known sequences and 84,793 were classified functionally in the Gene Ontology terms. A total of 736,787 SNPs and 90,803 InDels were discovered in the nuclear sequences. A mean of 1 SNP was identified for each 189 bp of the genome and the ratio between the transition (Ts) and transversion (Tv) mutations was 1.58. A percentage of 46.5% of the SNPs occurs in the genic context and the effects of the SNPs were annotated mainly in exons and intergenic regions. Were assembled 110 KB of chloroplastid sequences with N50 of 2,384 bp and 327 KB of mitochondrial sequences with N50 of 1,784 bp. Were annotated genes of 3 rRNA, 13 tRNA, 6 miRNA and 20 lncRNA for the chloroplast and genes of 4 rRNA, 26 tRNA, 7 miRNA and 54 lncRNA for the mitochondria. For the chloroplast were predicted 20 protein coding genes with a mean size of 2,374 bp and for mitochondria were predicted 176 genes with a mean size of 1,279 bp. The estimated number of mRNAs transcribed by this gene set was 63 and 525 for chloroplast and mitochondria respectively. Were annotated 39 microsatellite regions and 4 TEs in the chloroplastid sequences and 158 microsatellite regions and 26 TEs in the mitochondrial sequences. This work, which can be considered one of the first genomic studies for Cerrado species, represents a great advance in the knowledge on the structure and organization of the D. alata genome. The obtained results open the way for further genetic and genomic investigation for the species. / Nos últimos anos houve um rápido aumento na disponibilidade e qualidade dos dados de sequenciamento e com isso ocorreu uma explosão de projetos de sequenciamento dos genomas de plantas. Nesse cenário, as análises genômicas vêm sendo caracterizadas como eficientes para gerar informações genéticas em larga escala, inclusive para espécies não modelos. Dipteryx alata é uma espécie de árvore não modelo endêmica do bioma Cerrado pertencente à família Leguminosae. Os objetivos deste trabalho foram estimar o número de cromossomos e o tamanho do genoma de D. alata, e também montar e anotar sequências dos genomas organelares e nuclear da espécie usando dados de sequenciamento Illumina. O tamanho do genoma de D. alata foi estimado como 1C = 0.825 pg, o que corresponde a um genoma haplóide de 807.2 MB com 2n=16 cromossomos. Foram montadas 275.709 sequências genômicas nucleares com N50 igual a 1598, o que corresponde a 355MB e 44% do genoma inteiro. Nas sequências nucleares foram anotados 21.981 regiões microssatélites, das quais 49,3% possuem motivos dinucleotídeos, 42,7% trinucleotídeo e 4% tetranucleotídeo. Elementos transponíveis (TEs) foram encontrados em 39,29% das sequências analisadas, o que corresponde a 421.701 TEs. Os retrotransposons LTR (gypsy e copia) foram os TEs mais abundantes nas sequências nucleares. Foram anotados 1.431 genes de RNAs não traduzidos em proteínas, sendo 176 rRNAs, 189 tRNAs, 477 snRNAs, 8 snoRNAs, 466 miRNAs e 115 lncRNAs. Foram anotados também 62.200 genes codificadores de proteínas com tamanho médio de 1.156 pb. O número estimado de mRNAs transcritos pelo conjunto de genes nucleares anotados foi igual a 160.450, dos quais 131.228 apresentaram similaridade significativa com sequências já conhecidas e 84.793 foram classificadas funcionalmente nos termos do Gene Ontology. Um total de 736.787 SNPs e 90.803 InDels foram descobertos nas sequências nucleares. Foi identificada uma média de 1 SNP a cada 189 pb do genoma e a razão entre as mutações de transição (Ts) e transversão (Tv) foi de 1,58. Uma porcentagem de 46,5% dos SNPs ocorreu em contexto gênico e os efeitos dos SNPs foram anotados principalmente em éxons e regiões intergênicas. Foram montados 110 KB de sequências cloroplastidiais com N50 de 2.384 pb e 327 KB de sequências mitocondriais com N50 de 1.784 pb. Foram anotados genes de 3 rRNA, 13 tRNA, 6 miRNA e 20 lncRNA para o cloroplasto e genes de 4 rRNA, 26 tRNA, 7 miRNA e 54 lncRNA para a mitocôndria. Para o cloroplasto foram preditos 20 genes codificantes de proteínas com tamanho médio de 2.374 pb e para a mitocôndria foram preditos 176 genes com tamanho médio de 1.279 pb. O número estimado de mRNAs transcritos por esse conjunto de genes foi igual a 63 e 525 para cloroplasto e mitocôndria, respectivamente. Foram anotados também 39 regiões microssatélites e 4 TEs nas sequências cloroplastidiais e 158 regiões microssatélites e 26 TEs nas sequências mitocondriais. Este trabalho, que pode ser considerado um dos primeiros estudos genômicos para espécies do Cerrado, representa um grande avanço nos conhecimentos sobre a estrutura e a organização do genoma de D. alata. Os resultados obtidos abrem caminho para novas investigações genéticas e genômicas para a espécie.

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-08-12T19:39:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-12T19:39:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Capes / Cromossomos holocêntricos apresentam atividade cinetocórica difusa e essa organização favorece, em teoria, rápidas variações cromossômicas numéricas e o acúmulo de DNA satélite (DNAsat) predominantemente nas regiões terminais dos cromossomos. O gênero de plantas Rhynchospora (Cyperaceae), um dos diversos grupos com esse tipo cromossômico, apresenta espécies com cariótipos entre 2n = 4 e 2n = 58, cuja variação é atribuída à poliploidia e a eventos de quebra/fusão, levando a disploidias. Quanto à distribuição de DNAsat, o único relato até o momento revelou uma baixa proporção dessas sequências, com o único repeat identificado (Tyba) associado aos holocentrômeros. Com o intuito de entender como a estrutura centromérica difusa interfere na organização de sequências ao longo do cromossomo e na evolução do cariótipo como um todo, foram realizadas uma análise de reconstrução dos números cromossômicos ancestrais de Rhynchospora em um contexto filogenético e a caracterização de DNAsats em três espécies do gênero. O complemento cromossômico 2n = 10 foi indicado como o mais provável para o ancestral do gênero, tendo sido mantido em diferentes taxa. A maioria dos clados mostrou números estáveis e a homoplasia de cariótipos foi observada em uma frequência relativamente baixa. Os genomas de R. ciliata/R. globosa e R. tenuis apresentaram duas e uma família(s) de DNAsat, respectivamente, com um padrão de condensação típico (blocos condensados em intérfase). Uma localização preferencial nos terminais cromossômicos foi observada apenas para os DNAsat de R. globosa. Três tipos de cromatina foram revelados pela distribuição dessas sequências: (1) associadas à heterocromatina e presente na forma de cromocentros em intérfase e blocos nos cromossomos metafásicos (R. ciliata e R. globosa); (2) compactados em interfase mas parcialmente descondensados em metáfase e não diretamente associados à heterocromatina (R. ciliata e R. tenuis); ou (3) associados aos holocentrômeros (R. ciliata e R. tenuis). De forma geral em Rhynchospora, os eventos de fusão e fissão parecem atuar localmente no remodelamento dos cariótipos e as sequências satélites não mostram uma tendência única de distribuição. A estrutura centromérica difusa, portanto, não determina em larga escala a dinâmica evolutiva dos cromossomos do gênero. / Holocentric chromosomes show diffuse kinetochore activity, what would lead to fast evolution of chromosome numbers and a biased distribution of satellite repeats. The plant genus Rhynchospora (Cyperaceae) possesses holocentric chromosomes and shows a large chromosome number variation (2n = 4 to 2n = 58) attributed to polyploidy and frequent fusion/fission events, leading to dysploidy. Regarding satellite repeats (satDNA), the only investigated species showed a low proportion of these sequences, with the single family identified associated to the holocentromeres. In the present work, aiming to better understand how the diffuse centromere organisation could interfere with the distribution of satellite repeats along the chromosomes and with the karyotype evolution as a whole, we combined a reconstruction of Rhynchospora chromosome numbers in a phylogenetic framework and the characterisation of satellite repeats in three selected species. The karyotype with 2n = 10 was suggested as the ancestral state and was maintained in different lineages. Most of the clades showed stable chromosome number and recurrent karyotypes changes (leading to homoplasies) were detected in low frequency. All Rhynchospora species analysed (R. ciliata, R. globosa and R. tenuis) showed a higher diversity of satellite repeats than R. pubera, with most of the repeats showing a typical condensation profile (clustered in interphase). A preferential terminal location on chromosomes was only observed for R. globosa satDNAs. These sequences, however, might represent different chromatin types, organized in distinct ways: (1) associated to the heterochromatin and clustered in interphase and metaphase (identified in R. ciliata and R. globosa only); (2) clustered in interphase but partially decondensed in metaphase and not associated to heterochromatin domains (R. ciliata e R. tenuis); (3) associated to the holocentromeres (R. ciliata e R. tenuis). Taken together, at least for Rhynchospora, fusion/fission events may not act in a broader way in the reshuffling of karyotypes and satellite repeats distribution do not appeared to be biased towards the chromosome termini. A non-localized centromere, therefore, must not constrain, in a large scale, the chromosome evolution of the genus.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vaniapiatto_tese.pdf: 1479841 bytes, checksum: 96e04c84851d635167398b1a4196d2fe (MD5) Previous issue date: 2003-11-28 / Mutações no gene que codifica a proteína conexina 26 têm contribuído para a maioria das deficiências auditivas pré-lingual, sensorioneural não-sindrômicas recessivas. Uma mutação específica, a 35delG, é a mais freqüente das mutações detectadas no gene GJB2 nos vários grupos étnicos estudados. O objetivo foi determinar a prevalência de mutações no gene GJB2 em pacientes com deficiência auditiva sensorioneural não sindrômica, do Serviço de Otorrinolaringologia da FAMERP, em São José do Rio Preto, SP. Trinta e três casos-índice foram avaliados por exames fisico e complementares para excluir formas sindrômicas e causas ambientais da deficiência auditiva e, pela reação em cadeia da polimerase alelo-específico (AS-PCR) para a detecção da mutação 35delG. Os pacientes heterozigotos para a mutação 35delG e aqueles que não tiveram a mutação detectada foram submetidos, posteriormente, ao PCR para detecção da mutação A(GJB6-D 1381830) e ao sequenciamento automático direto para análise da região codificante do gene GJB2. A mutação 35delG foi detectada em 27,3% dos casos-índice (9/3 3) ou em 2 1,2% dos alelos (14/66). A mutação A(GJB6-DI3SI 830) foi encontrada em um (3,0%) caso-índice heterozigoto 35delG. O seqüenciamento direto nos casos-índice heterozigotos identificou um paciente (3,0%) com as mutações 35delG/V3 71. As mutações no gene GJB2 são responsáveis por mais de um quarto das deficiências auditivas sensorioneural não-sindrômica na população do estudo e, o teste PCR alelo-específico (AS-PCR) é um método fácil para rastreamento da mutação 35delG e os resultados positivos podem estabelecer o diagnóstico etiológico e aconselhamento genético nos pacientes afetados.