Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-28Bitstream added on 2014-06-13T20:03:27Z : No. of bitstreams: 1 ianella_p_dr_sjrp.pdf: 5541345 bytes, checksum: a1c64b45b93d1e1381e39a7aadaede7d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nsf - Nacional Science Foundation / O cromossomo X apresenta conteúdo conservado entre as diferentes espécies de mamíferos. No de búfalo de rio (Bubalus bubalis), espécie que vem ganhando interesse econômico no Brasil e no mundo, sua morfologia é acrocêntrica. No presente trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH do cromossomo X bubalino gerado a partir do recentemente construído painel de células híbridas irradiadas búfalo-roedor (BBURH5000). Este mapa contém um total de 33 marcadores derivados de bovino, incluindo dez genes, quatro ESTs e 19 microssatélites. Estes marcadores estão distribuídos em dois grupos de ligação: LG1 com oito marcadores e abrangendo 125.6 cR, e o LG2 com 25 marcadores abrangendo 366.3 cR. As freqüências de retenção (FR) dos marcadores variaram de 7,8% para o gene UREB1 a 28,9% para os microssatélites MAF45 e INRA30. O BBUXRH5000 foi comparado ao mapa de seqüência e mapa RH3000 do cromossomo X bovino evidenciando alguns poucos rearranjos entre as duas espécies, e alguns prováveis erros de mapeamento em uma das duas espécies quando comparado com BTAX build 3.1 bovino. A utilização de primers derivados de boi para mapeamento em búfalo foi realizada com êxito, e a distribuição dos marcadores ao longo do X considerada satisfatória, culminando em uma cobertura adequada para os primeiros esforços de mapeamento deste cromossomo. Análises comparativas do BBUX com o cromossomo X de outras espécies de mamíferos (humano, camundongo, ovelha, cavalo e cachorro) foram realizadas, revelando grande conservação de sintenia deste cromossomo na classe mamífera e, extensa conservação da ordem gênica entre búfalo e ovelha e búfalo e boi. O BBUXRH5000 aqui apresentado é um ponto de partida para a construção de mapas de alta resolução, necessários para caracterização de rearranjos que ocorreram durante a evolução e futuros estudos com o objetivo de dissecar características genéticas de interesse econômico. / The X chromosome shows conserved content among different mammalian species. In river buffalo (Bubalus bubalis), a brazilian and worldwide economic important specie, the X chromosome morphology is acrocentric. Here we report the first radiation hybrid map of the river buffalo X chromosome generated from a recently constructed river buffalo (Bubalus bubalis) whole-genome radiation hybrid panel (BBURH5000). This map contains a total of 33 cattle-derived markers, including ten genes, four ESTs and 19 microsatellites. The markers are distributed in two linkage groups: LG1 contains eight markers spanning 125.6 cR, and LG2 contains 25 markers spanning 366.3 cR. The retention frequency (RF) of individual markers across the panel ranged from 7.8% to the gene UREB1 and 28,9 to the microsatellites MAF45 and INRA30. The BBUXRH5000 was compared with the bovine sequence assembly (build 3.1) and RH3000 bovine X chromosome maps and showed few rearrangements between these species, and possible mapping errors in one of the two species when compared with BTAX build 3.1. The use of cattle-derived primers using carried out successfully and the markers distribution along the chromosome was satisfactory, resulting in adequate coverage for a first mapping effort of this chromosome. Comparative analysis between BBUX and X chromosome from other mammalian species (human, hamster, sheep, horse and dog) were carried out showed extensive sinteny conservation of the X chromosome in the Mammalian Class, and gene order conservation between river buffalo and sheep and river buffalo and cattle. The BBUXRH5000 here presented is the start-pointing for the construction of high-resolution map, which is necessary for characterization of rearrangements occurring during evolution and futures studies in order to dissect economically important traits.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-27Bitstream added on 2014-06-13T18:43:22Z : No. of bitstreams: 1 ragognetti_bnn_dr_jabo.pdf: 796948 bytes, checksum: c0ebdafdfe9927b8a9e6af334fce175c (MD5) / Neste estudo os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e mapear loci associados a características ósseas e peso vivo aos 42 dias de idade (PV42) em Gallus gallus. Estas aves foram oriundas de uma população F2 resultante do cruzamento de uma linhagem de corte e outra de postura, mantidas pela Embrapa Suínos e Aves. Foram estimados parâmetros genéticos e identificados QTLs (loci de características quantitativas) para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, visando a melhor compreensão da arquitetura genética das características estudadas. Os componentes de variância foram estimados pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita sob modelo animal multicaracterística. O modelo geral incluiu os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual e o efeito fixo da interação sexo (2 níveis) e incubação (17 níveis), totalizando 34 grupos sexo-incubação. As estimativas de herdabilidade para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, foram, respectivamente, 0,23 ± 0,08, 0,34 ± 0,09, 0,24 ± 0,08 e 0,15 ± 0,05. As correlações genéticas foram positivas e variaram de 0,56 ± 0,18 (entre comprimento da tíbia e PV42) a 0,89 ± 0,06 (entre largura e peso da tíbia). Quando PV42 foi incluído no modelo como covariável para as características ósseas, as estimativas de correlação genética entre as características da tíbia diminuíram e variaram de 0,28 ± 0,23 (entre comprimento e largura da tíbia) a 0,80 ± 0,11 (entre largura e peso da tíbia). Concluiu-se que a seleção favorecendo o aumento no PV42 poderia aumentar também as medidas de comprimento, largura e peso da tíbia. No entanto, como a associação genética entre PV42 e as características estudadas não é máxima, isto poderia em parte justificar os problemas ósseos encontrados em linhagens de frangos de corte, cujo principal critério de seleção é o peso corporal. Para o mapeamento... / The objectives of this study were to estimate genetic parameters and to map loci associated with tibia characteristics and body weight at 42 days of age (BW42) in Gallus gallus. An F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer line maintained by Embrapa Swine and Poultry. To better understand the genetic architecture of tibia length, width and weight and BW42, genetic parameters were estimated and QTL (Quantitative Trait Loci) for these traits were evaluated. Variance components were estimated by Restricted Maximum Likelihood under multi-trait animal model. The general model included the random additive genetic and residual fixed effect of the interaction and sex (2 levels) and incubation (17 levels), totaling 34 groups sex-incubation. Heritability estimates for length, width and weight of the tibia and BW42 were, respectively, 0.23 ± 0.08, 0.34 ± 0.09, 0.24 ± 0.08 and 0.15 ± 0.05. Genetic correlations were positive and ranged from 0.56 ± 0.18 (between tibia length and PV42) to 0.89 ± 0.06 (between width and weight of the tibia). When BW42 was included as a covariate in the model for bone characteristics, estimates of genetic correlations between traits of the tibia decreased and ranged from 0.28 ± 0.23 (between tibia length and tibia width) to 0.80 ± 0.11 (between tibia width and tibia weight). The genetic correlation between tibia traits and PV42 are not maximum, this could in part explain the bone problems found in strains of broilers. QTLs were mapped using 127 microsatellite markers, which covered 2630.30 cM of chromosomes 1-15, 18, 19, 23, 24 and 26-28. The analysis model mapping included the fixed effect of incubation (17 levels), sex (2 levels) and family of mothers, who ranged in different chromosomes. Seventeen QTL were found on chromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 10, 13 and 24. QTLs for width and weight of the tibia and BW42 were mapped... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-09Bitstream added on 2014-08-13T18:00:17Z : No. of bitstreams: 1 000763038.pdf: 1311639 bytes, checksum: 0eb3c2e021ccc6f02a3c3604eec8452c (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Anostomidae é um interessante modelo para estudos de elementos repetitivos, principalmente devido à presença de elevado número de segmentos heterocromáticos relacionados a um sistema peculiar de heterogametia feminina, que é restrita a algumas espécies pertencentes ao gênero Leporinus. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo realizar um mapeamento cromossômico dos elementos retrotransponíveis Rex1, Rex3 e Rex6 nos cromossomos de seis espécies do gênero Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, as quais possuem sistema de cromossomos sexuais, e L. friderici, L. lacustris e L. striatus, a fim de aumentar o conhecimento a respeito da organização do genoma do gênero, observar a relação desses elementos com regiões heterocromáticas importantes e se a distribuição é compatível com a hipótese de uma macroestrutura cariotípica estável para o gênero. A amplificação e o sequenciamento dos elementos Rex1 e Rex3, mostraram diferentes composições referentes ao número de pares de bases destes elementos para as diferentes espécies analisadas, já o elemento Rex6 não foi identificado no genoma das espécies estudadas. A técnica de FISH utilizando o elemento Rex1 como sonda resultou em diferentes padrões de distribuição: Leporinus elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens apresentaram clusters isolados na região terminal e as outras espécies apresentaram sinais dispersos em todos os cromossomos e pequenos sinais na posição terminal de alguns cromossomos. O elemento Rex3 se apresentou acumulado principalmente na posição terminal, em todos os cromossomos de todas as espécies. O cromossomo W de L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, apresenta um sinal positivo de Rex1 e Rex3 na posição intersticial do braço longo. Algumas variações de sinais de hibridação foram observadas entre as diferentes espécies. Estes resultados sugerem a ocorrência de diferentes graus de... / The Anostomidae family is an interesting model for repetitive elements studies, mainly due the presence of high number of heterochromatic segments related to a peculiar system of female heterogamety, which is restricted to a few species belonging to the Leporinus genus. In this way we performed a cytogenetic mapping of retrotransposable elements Rex1, Rex3 and Rex6 in chromosomes of Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, which have sex chromosomes system, and L. friderici, L. lacustris and L. striatus, in order to increase the knowledge of the genomic organization of the genus, observe if these elements are related to heterochromatic regions and whether its distribution is compatible with the hypothesis of a stable macrostructure kept in the karyotype of the genus. Amplification and sequencing of the elements Rex1 and Rex3 showed different compositions regarding the number of base pairs of these elements for these species, but the Rex6 element has not been identified in genome of the species studied. The FISH technique using Rex1 element as probe resulted different distribution pattern: Leporinus elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens presented clusters isolated in the terminal region and the others species present signals disperse in all chromosomes and some signals on terminal position. The Rex3 signals are accumulated mainly in terminal position in all chromosomes for all species. The W chromosome of L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, presents Rex3 signal on interstitial position. Some variations were observed regarding the hybridization signals among species. These results suggest the occurrence of different levels of activity of these elements during the evolutive process of the species analyzed. Despite the quite conserved karyotypic macrostructure of Leporinus species, through our results was possible to observe some variation on hybridization signals pattern, specially among the group... / FAPESP: 12/1437-0

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-27Bitstream added on 2014-06-13T20:10:16Z : No. of bitstreams: 1 julio_m_me_rcla.pdf: 410641 bytes, checksum: 5821353ab69f004e70a5c9c055e996e8 (MD5) / Das subfamílias de Chrysomelidae, Cassidinae sensu lato (s.l.), formada por 6.000 espécies e 43 tribos, possui aproximadamente 100 espécies analisadas citogeneticamente e a maioria delas apresentou 2n=18=16+Xyp, o qual é menor que aquele considerado basal para os Polyphaga, 2n=20=18+Xyp. No entanto, alguns grupos de espécies demonstraram manutenção do número diplóide basal e outros, aumento desse número; algumas espécies do último grupo também exibiram variação em relação ao tipo de sistema cromossômico sexual (SCS). Considerando a revisão taxonômica recentemente realizada para as espécies de Cassidinae s.l., a existência de relação filogenética para algumas espécies dessa subfamília, a alta diversidade de espécies desse grupo registrada para a região Neotropical e o baixo número de espécies que tiveram seus cromossomos estudados, o presente trabalho teve como objetivo verificar os mecanismos envolvidos na evolução cariotípica dessa subfamília através do estudo de sete espécies da fauna brasileira e da revisão dos dados citogenéticos. Os espécimes foram coletados em Avaré e Rio Claro, SP, Nonoai, RS, e Ponta Grossa, PR. As preparações cromossômicas obtidas de embrião e testículos de machos adultos foram coradas com solução de Giemsa. As espécies Agroiconota inedita (2n=42=40+Xyp), Charidotella (sensu stricto) immaculata (2n=22=20+Xyp), Charidotella (sensu stricto) sexpunctata (2n=22=20+Xyp), e Stolas chalybaea (2n=24=22+Xyp) revelaram número diplóide maior do que aquele estabelecido como basal para os Polyphaga e cromossomos com dois braços. Os cariótipos de Cteisella confusa, Deloyala cruciata, e Metriona elatior mostraram a fórmula cromossômica 2n=18=16+Xyp, considerada modal para os Cassidinae s.l., e cromossomos com dois braços. As sete espécies apresentaram cromossomos sexuais facilmente identificáveis por serem... / Among the subfamilies of Chrysomelidae, Cassidinae sensu lato (s.l.) , formed by 6 000 species and 43 tribes, possesses approximately 100 species cytogenetically analyzed and most of them presented 2n=18=16+Xyp, which was smaller than 2n=20=18+Xyp considered basal for Polyphaga. However, some groups of species presented maintenance of the basal diploid number and others showed increase of this number; certain species of the latter group also exhibited variation in the sex chromosome system (SCS). Considering the recent taxonomic revision accomplished for the Cassidinae s.l. species, the existence of phylogenetic relationship for some species of this subfamily, the high diversity of species of this group in the Neotropical region, and the low number of Cassidinae s.l. species karyotyped so far, the aim of the present work was to verify the main mechanisms involved in the karyotype evolution of this subfamily through the study of seven species of the Brazilian fauna and the overview of the cytogenetic data. The individuals were collected in Avare and Rio Claro, SP, Nonoai, RS, and Ponta Grossa, PRo The chromosomal preparations obtained from embryo and testes of adult males were stained with Giemsa solution. The species Agroiconota inedita (2n=42=40+Xyp), Charidotella (sensu stricto) immaculata (2n=22=20+Xyp), Charidotella (sensu stricto) sexpunctata (2n=22=20+Xyp), and Stolas chalybaea (2n=24=22+Xyp) revealed diploid number higher than that established as basal for Polyphaga and biarmed chromosomes. The karyotype of Gteisella confusa, Deloyala cruciata, and Metriona elatior showed the chromosomal formulae 2n=18=16+Xyp considered modal for Cassidinae s.l. and biarmed chromosome. The seven species exhibited easily identified sex chromosomes due to their smallest size in the complement. The analysis of meiotic cells of all the species showed pachytenes with a positively heteropycnotic block... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Coorientador: Renato Vicentini dos Santos / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Gustavo Vitti Môro / Banca: Fernanda Raquel Camilo dos Santos / Banca: Michael dos Santos Brito / Resumo: O genoma do sorgo tem sido utilizado como referência em estudos de genômica funcional e comparativa em cana-de-açúcar. A utilização do genoma do sorgo, em estudos de mapeamento comparativo, tem contribuído para auxiliar a detecção de QTL (locus de caracteres quantitativos) em cana-de-açúcar. Marcadores microssatélites de sorgo podem ser empregados no mapeamento comparativo com a cana-de-açúcar, assim como, o desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir de sequências ortólogas conservadas (COS - Conserved Orthologous Sequences) podem servir de "marcadores âncoras" entre estas duas espécies. No presente trabalho, marcadores microssatélites de sorgo foram incorporados em um mapa prévio de ligação derivado do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046, ambos do Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico de Campinas (IAC). Paralelamente, um conjunto de marcadores microssatélites obtidos a partir da identificação de sequências expressas ortólogas conservadas (COS) entre cana-de-açúcar e sorgo foram desenvolvidos e avaliados quanto ao seu potencial de polimorfismo e mapeamento em cana-de-açúcar. Os marcadores obtidos também foram utilizados para identificar associações putativas aos parâmetros de qualidade (Fibra% e Pol%Cana). Um total de 41 pares de microssatélites COS-EST-SSRs foi desenhado, dos quais 34 produziram amplicons em um grupo de 24 genótipos de Saccharum e Sorghum. O número de alelos variou de 2 a 15 com va... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sorghum genome has been used as a reference in functional and comparative genomics studies of sugarcane. The sorghum genome has aided to colocalize QTL (quantitative trait locus) in sugarcane through comparative mapping approach. Sorghum microsatellite markers, as well as, the development of microsatellite markers derived from orthologous conserved sequences (COS) can serve as "anchors markers" in comparative mapping between these two species. In the present study, sorghum microsatellite markers were included in a previous map derived from a bi-parental cross between a clone (IACSP95-3018) and a sugarcane cultivar (IACSP93-3046) from the Instituto Agronômico de Campinas (IAC) sugarcane breeding program. A set of microsatellite markers derived from conserved orthologous (COS-EST-SSRs) sequences between sugarcane and sorghum was developed and evaluated for their polymorphism and mapping potential in sugarcane. These markers were also used to identify putative associations for sugarcane quality parameters (fiber% and Pol% Cane). A total of 41 COS-EST-SSRs primer pairs was designed, of which 34 produced amplicons in a group of 24 genotypes of Saccharum and Sorghum. The number of alleles ranged from 2 to 15 with an PIC (polymorphism information content) average value of 0.71. The 29 sorghum SSR primer pairs along with the 41 COS-EST-SSR primer pairs was genotyped in the mapping population and produced a total of 120 polymorphic markers, of which 92 were single dose markers. Of the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Patrícia Pasquali Parise-Maltempi / Banca: Edson Lourenço da Silva / Banca: Karen Ventura / Resumo: A família Anostomidae é um interessante modelo para estudos de elementos repetitivos, principalmente devido à presença de elevado número de segmentos heterocromáticos relacionados a um sistema peculiar de heterogametia feminina, que é restrita a algumas espécies pertencentes ao gênero Leporinus. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo realizar um mapeamento cromossômico dos elementos retrotransponíveis Rex1, Rex3 e Rex6 nos cromossomos de seis espécies do gênero Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, as quais possuem sistema de cromossomos sexuais, e L. friderici, L. lacustris e L. striatus, a fim de aumentar o conhecimento a respeito da organização do genoma do gênero, observar a relação desses elementos com regiões heterocromáticas importantes e se a distribuição é compatível com a hipótese de uma macroestrutura cariotípica estável para o gênero. A amplificação e o sequenciamento dos elementos Rex1 e Rex3, mostraram diferentes composições referentes ao número de pares de bases destes elementos para as diferentes espécies analisadas, já o elemento Rex6 não foi identificado no genoma das espécies estudadas. A técnica de FISH utilizando o elemento Rex1 como sonda resultou em diferentes padrões de distribuição: Leporinus elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens apresentaram clusters isolados na região terminal e as outras espécies apresentaram sinais dispersos em todos os cromossomos e pequenos sinais na posição terminal de alguns cromossomos. O elemento Rex3 se apresentou acumulado principalmente na posição terminal, em todos os cromossomos de todas as espécies. O cromossomo W de L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, apresenta um sinal positivo de Rex1 e Rex3 na posição intersticial do braço longo. Algumas variações de sinais de hibridação foram observadas entre as diferentes espécies. Estes resultados sugerem a ocorrência de diferentes graus de... / Abstract: The Anostomidae family is an interesting model for repetitive elements studies, mainly due the presence of high number of heterochromatic segments related to a peculiar system of female heterogamety, which is restricted to a few species belonging to the Leporinus genus. In this way we performed a cytogenetic mapping of retrotransposable elements Rex1, Rex3 and Rex6 in chromosomes of Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, which have sex chromosomes system, and L. friderici, L. lacustris and L. striatus, in order to increase the knowledge of the genomic organization of the genus, observe if these elements are related to heterochromatic regions and whether its distribution is compatible with the hypothesis of a stable macrostructure kept in the karyotype of the genus. Amplification and sequencing of the elements Rex1 and Rex3 showed different compositions regarding the number of base pairs of these elements for these species, but the Rex6 element has not been identified in genome of the species studied. The FISH technique using Rex1 element as probe resulted different distribution pattern: Leporinus elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens presented clusters isolated in the terminal region and the others species present signals disperse in all chromosomes and some signals on terminal position. The Rex3 signals are accumulated mainly in terminal position in all chromosomes for all species. The W chromosome of L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, presents Rex3 signal on interstitial position. Some variations were observed regarding the hybridization signals among species. These results suggest the occurrence of different levels of activity of these elements during the evolutive process of the species analyzed. Despite the quite conserved karyotypic macrostructure of Leporinus species, through our results was possible to observe some variation on hybridization signals pattern, specially among the group... / Mestre

Orientador: Patrícia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Vladimir Trifonov / Banca: Liano Centofante / Resumo: A família Anostomidae compreende um grupo com 12 gêneros que apresenta ampla distribuição pela América do Sul e Central. Estudos citogenéticos de várias espécies da família mostram uma estrutura cariotípica bastante conservada, com o número diplóide igual a 54 cromossomos, dos tipos meta e submetacêntricos e apenas um par de cromossomos portador de regiões organizadoras de nucléolos (NOR) localizadas em posições e pares distintos nas diferentes espécies do grupo. Através de estudos envolvendo técnicas de citogenética molecular têm se conseguido uma caracterização mais resolutiva dos cromossomos de algumas espécies da família. Estas metodologias forneceram evidências de polimorfismos de NOR, diferentes padrões de distribuição da heterocromatina constitutiva, presença de seqüências repetitivas sexo-específicas e novos sistemas de cromossomos sexuais heteromórficos do tipo ZZ/ZW bem como a diferenciação de híbridos interespecíficos. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo acrescentar novos dados que auxiliem no estabelecimento de padrões para esclarecer a história evolutiva dos cromossomos sexuais em espécies de Anostomidae, baseado no estudo da organização de seqüências repetitivas isoladas do genoma de Leporinus elongatus em diferentes espécies de Anostomidae. Para tanto, novos elementos repetitivos do genoma de Leporinus elongatus foram isolados através de restrição enzimática e usados em experimentos de hibridação fluorescente in situ (FISH) tanto em L. elongatus quanto nas espécies L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Além disso, sondas de cromossomos inteiros obtidos por microdissecção também foram usadas nesses experimentos, a fim de buscar identificar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Anostomidae family comprises a group with 12 genera widely distributed throughout Central and South American Rivers. Cytogenetic studies carried out in several anostomids shows a karyotypic structure very conserved, with a diploid number equals to 54 chromosomes, metacentric and submetacentric, and only one chromosome pair carrier of nucleolar organizing regions (NOR), localized at distinct chromosome positions in the species of the family. The studies using molecular cytogenetic techniques have been providing a more accurate characterization of some species. These methods highlighted NOR polymorphisms, differential pattern of heterochromatin distribution, the presence of sex specific repetitive sequences, as well as new heteromorphic sex chromosomes and interspecific hybrids differentiation. Thus, the present study aimed to add new data to assist in to establish patterns to clarify the evolutionary history of sex chromosomes in Anostomidae species, based on the study of the organization of repetitive sequences isolated from Leporinus elongatus genome in different species of Anostomidae. For this, new repetitive elements were isolated from L. elongatus and used in Fluorescent in situ hybridisations experiments (FISH) in L. elongatus as well in the species L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Indeed, probes of whole sex chromosomes obtained through microdissection were also used in order to identify similarities among the anostomids chromosomes and the presence of sex chromosomes in differentiation stages. The LeSmaI repetitive element has 378 bp and is exclusive to L. elongatus individuals. This is a satellite DNA localized near to the NOR in a highly heterochromatic region. The presence of this satellite DNA reinforces... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Shirlei Maria Recco-Pimentel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T12:50:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Busin_CarmenSilvia_D.pdf: 6669737 bytes, checksum: 7a1f9be2cc98550bffd4b6b919b57406 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A posição taxonômica, as relações filogenéticas, a sinonimização de espécies consideradas distintas, a existência de subespécies e as propostas de agrupamentos intragenéricos dos gêneros Pseudis e Lysapsus sempre foram bastante discutidas entre os herpetólogos. Os gêneros Pseudis e Lysapsus já foram considerados membros da família Pseudidae e também da subfamília de Hylidae. Recentemente, foram alocados na subfamília Hylinae como gêneros distintos. Pseudis paradoxa, P. minuta e Lysapsus limellus, já analisados citogeneticamente por outros autores, apresentam 2n=24 cromossomos e Pseudis sp. (aff. minuta), hoje confirmada citogeneticamente como a recentemente descrita P. cardosoi, apresenta 2n=28 cromossomos, com quatro pares adicionais de cromossomos telocêntricos. No presente trabalho foram analisadas, através de coloração convencional dos cromossomos, padrão de distribuição de heterocromatina, número e localização das regiões organizadoras de nucléolo (NOR), espécies do gênero Pseudis e do gênero Lysapsus, exceto L. laevis, com o objetivo de contribuir com caracteres citogenéticos para a sistemática e para os estudos de filogenia dos dois gêneros, além de buscar evidências para a compreensão dos processos envolvidos na evolução cromossômica nesses grupos. As análises citogenéticas revelaram que o complemento 2n=24 cromossomos é a condição plesiomórfica tanto no gênero Pseudis quanto no gênero Lysapsus e corroboraram a hipótese de que o cariótipo 2n=28 cromossomos tenha uma origem comum ao cariótipo 2n=24 de P. minuta, pois as bandas heterocromáticas marcadoras dos dois cariótipos não foram detectadas em nenhuma das espécies analisadas no presente trabalho. As análises da morfologia cromossômica e do padrão de distribuição de heterocromatina permitiram a separação inter- e intragenérica nos dois gêneros, exceção feita entre as subespécies Pseudis paradoxa paradoxa e P. p. platensis que apresentaram os dados citogenéticos comuns. As diferenças detectadas no padrão de distribuição de heterocromatina além de permitir a separação das espécies de Lysapsus e de Pseudis permitiu, também, sugerir uma reavaliação do status taxonômico das subespécies L. limellus limellus e L. ,. bolivianus, especialmente da população de L. I. bolivianus de Guajará-Mirim, que apresentaram diferenças na morfologia e padrão de bandamento dos cromossomos 7 e 8, também em relação às outras populações da mesma subespécie. A presença da região organizadora de nucléolo (NOR) nos braços longos dos cromossomos do par 7 é o caráter plesiomórfico tanto no gênero Pseudis como no gênero Lysapsus e a posição que a mesma ocupa ao longo do braço é um dado citogenético importante na separação das espécies de Pseudis. A morfometria cromossômica, padrão de bandamento e posição da NOR nos cromossomos 7 permitiram também verificar a presença de cromossomos sexuais heteromórficos no sistema ZZIZW em P. tocantins, com evidências de que mecanismos de inversão e de ganho de heterocromatina tenham ocasionado a diferenciação dos cromossomos Z e W / Abstract: The taxonomic position, phylogenetic relationships, synonymization of species considered to be distinct, existence of subspecies, and the proposals of intrageneric groups of the genera Pseudis and Lysapsus have always been a matter of discussion among herpetologists. The genera Pseudis and Lysapsus have already been included in the family Pseudidae and also in the subfamily Hylidae. Recently, these two genera have been allocated to the subfamily Hylinae as distinct genera. Pseudis paradoxa, P. minuta and Lysapsus limellus, cytogenetically analyzed by other investigators, show a chromosome number of 2n=24, and Pseudis sp. (aff. minuta), now cytogenetically confirmed as the recently described P. cardosoi, has 2n=28 chromosomes, including four additional pairs of telocentric chromosomes. In the present study, we analyzed the pattem of heterochromatin distribution and the number and location of the nucleolar organizer region (NOR) by conventional chromosome staining in species of the genera Pseudis and Lysapsus, except for L. laevis, in order to add cytogenetic traits to the systematics and to the study of the phylogeny of the two genera, in addition to providing evidence for the understanding of the processes involved in the chromosome evolution of these groups. Cytogenetic analysis revealed that the complement of 2n=24 chromosomes is a plesiomorphic condition both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and confirmed the hypothesis that the origin of the 2n=28 karyotype is the same as that of the 2n=24 karyotype of P. minuta since the heterochromatic marker bands in the two karyotypes were not detected in any of the species analyzed in the present study. Analysis of the chromosome morphology and the pattem of heterochromatin distribution permitted the inter- and intrageneric separation of the two genera, except for the subspecies Pseudis paradoxa paradoxa and P. p. platensis which presented common cytogenetic data. In addition to permitting the separation of Lysapsus and Pseudis species, the differences detected in the pattem of heterochromatin distribution also suggested the reassessment of the taxonomic status of the subspecies L. limellus limellus and L. I. bolivianus, especially of the L. I. bolivianus population from Guajará-Mirim, which differed in the morphology and banding pattem of chromosomes 7 and 8 in relation to the other populations of the same subspecies. The presence of the NOR on the long arms of the chromosomes of pair 7 was a plesiomorphic trait both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and the position the NOR occupies on the long arm is an important cytogenetic characteristic for the separation of Pseudis species. Chromosome morphometry, banding pattern and NOR position on chromosomes 7 also permitted the detection of heteromorphic sex chromosomes in the ZZlZW system of P. tocantins, with evidence that mechanisms of inversion and heterochromatinization caused the differentiation of the Z and W chromosomes / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Luciana Lasry Benchimol / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T02:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campos_Tatianade_D.pdf: 8389045 bytes, checksum: 6f77299744a0d3b5f2c74f0f37700d38 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O melhoramento genetico do feijoeiro busca responder ou atender demandas especificas dos produtores. Um cultivar de feijoeiro deve atender as caracteristicas de produtividade, de resistencia as principais doencas da cultura, e de qualidade tecnologicas, tais como tempo de cozimento, qualidades nutricionais e tipo de caldo. A escolha de criterios racionais e eficientes para a identificacao de linhagens superiores a serem utilizadas em cruzamentos facilita o trabalho do melhorista. Alem disso, a escolha dos genitores com maior potencial genetico para recombinacao aumenta as chances de obtencao de cultivares mais produtivos e estaveis para o comercio, bem como facilita a selecao dos genotipos nos ensaios de competicao. O feijoeiro e uma das culturas de destaque no Brasil com potencial a ser explorado e requer esforcos para o manejo adequado. Neste sentido, o investimento em tecnicas moleculares pode ser associado ao auxilio no melhoramento classico, como para a realizacao de programas de selecao assistida por marcadores. Os microssatelites sao marcadores moleculares definidos por sequencias repetitivas abundantes nos genomas de eucariotos, transferiveis e informativas. Os microssatelites sao marcadores amplamente utilizados em estudos geneticos e no desenvolvimento de mapas geneticos. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatelites para feijoeiro para a construcao de um mapa genetico molecular. Foram desenvolvidos 488 novos microssatelites, sendo que 183 estao disponiveis em 3 publicacoes sobre caracterizacao destes locos e, 64 estao descritos no artigo referente ao mapa genetico. Os demais locosapresentaram-se monomorficos dentre os genotipos utilizados, mas tambem serao divulgados na forma de manuscrito. O mapa genetico foi estabelecido com base em uma populacao F10 segregante, composta de 380 linhagens endogamicas, derivadas do cruzamento entre IAC-UNA e CAL143. Foram analisados no total 871 microssatelites, entre eles 265 (30,4%) foram polimorficos e 247 (28,4%) apresentaram padrao adequado de leitura de genotipagem. Para a construcao do mapa, alem dos marcadores moleculares, foram utilizados tres marcadores fenotipicos: cor de flor, formato do apice da vagem e habito de crescimento. Foi possivel mapear 198 microssatelites e os 3 marcadores fenotipicos. Dentre os marcadores mapeados, 131 tinham a posicao ate entao desconhecida em grupos de ligacao. O mapa resultante cobre 1865.9 cM, com uma distancia media entre marcadores de 9.4 cM. A cobertura de mapa e considerada de saturacao moderada e pode servir de base para o mapeamento de outras caracteristicas fenotipicas e de QTLs. / Abstract: The common bean breeding programs are meant to attend specific demands of bean producers. A common bean genotype of commercial interest must present desirable productivity characteristics; resistance to the main diseases and technological quality, like cooking time, nutritional value and type of broth. The choice of efficient criteria for identification of superiors inbred lines to be used in crosses supports breeders work. Moreover, the use of genitors with higher genetic potential increases the chances to reach more stable and productive cultivars, as well as facilitates genotypes selection in competitive assays. The common bean is one of the most important crops in Brazil and it has potential to be explored, but, the current productivity is low and requires efforts to improve the field performance. In this way, the search for molecular techniques can be associated to assist the classic breeding, like to perform marker-assisted selection. Microsatellites are repetitive sequences present in eukaryotes genomes, transferable, and informative. The microsatellite markers are widely used in genetic studies, and one of the main uses is to construct genetic maps. The objective of the present work was to develop new microsatellite markers to common bean and to construct a genetic map. Up to new 488 microsatellites were developed, of which 183 are available in 3 articles about loci characterization and, 64 are described in genetic map article. The remaining loci were monomorphic for the genotypes used, and they will be described in an article too. The genetic map was based on a mapping population F10, formed by 380 recombinant inbred lines derived of IAC-UNAF and CAL143 crosses. We tested 871 microssatellites, of which 265 (30,4%) were polymorphic and 247 (28,4%) presented adequate genotyping standard. Beyond the molecular markers, weevaluated three phenotypic markers: flower color, pod tip shape, and growth habit. It was possible to map 198 microssatellites and the 3 phenotypic markers. Amongst the mapped microsatellite markers, 131 have never been located before in any known linkage group. The resulting map covers a total of 1865.9 cM in length and average distance between markers was 9.4 cM. The coverage of the generated map is considered to have a moderate saturation, which makes it useful for mapping other qualitative traits and QTLs. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Louis Bernard Klaczko, Galina Ananina / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T15:35:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Batista_MarcosRobertoDias_D.pdf: 1499232 bytes, checksum: f14f9f280608caee726a8954c332d6b9 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Nesta tese, estudamos uma questão básica e uma aplicada: os determinantes da variação geográfica e temporal do polimorfismo de inversões do segundo cromossomo em populações naturais de Drosophila mediopunctata; ainda, adaptamos a técnica para análise de politênicos de Drosophila para estudos em Cochliomyia hominivorax e assim elaboramos um mapa dos cromossomos politênicos desta praga da pecuária. Duas décadas depois de estudos anteriores, realizamos cinco novas coletas no Itatiaia e observamos inesperadas mudanças nas frequências dos arranjos mais comuns e em sua variação microgeográfica em relação àquelas antes descritas. No segundo cromossomo, o arranjo DA continua sendo o mais frequente, porém não detectamos mais uma correlação significativa com a altitude. Para os arranjos DS e DP, além de não haver mais correlações significativas com a altitude, suas frequências se mostram ainda mais baixas, principalmente no inverno. Entretanto, o ciclo sazonal observado para estas inversões se mantém. O arranjo DI aumentou sua frequência significativamente e agora mostra uma correlação positiva e significativa com a altitude. Estes resultados sugerem que, depois de duas décadas, houve mudanças ambientais incluindo alterações climáticas e provavelmente fatores bióticos que devem ter afetado a arquitetura genética das populações. Observamos uma diferenciação entre o padrão das frequências de inversões do cromossomo II de populações vizinhas de D. mediopunctata. As matas estudadas estão situadas em duas diferentes unidades geomorfológicas, que apresentam diferenças marcantes em relação ao solo, relevo, paisagem, vegetação e fauna. Nossos resultados sugerem que a diferenciação geográfica observada nas frequências de inversões pode ser resultado de uma adaptação local às diferenças florísticas e climáticas. Entretanto, outros marcadores genéticos devem ser pesquisados para analisar os efeitos da fragmentação florestal sobre as populações. Cochliomyia hominivorax, conhecida no Brasil como a mosca-da-bicheira, é considerada uma das principais moscas causadoras de miíases primária na região Neotropical. Apesar de um fotomapa preliminar de seus cromossomos politênicos ter sido publicado anteriormente, com resultados encorajadores, não havia um mapa dos cromossomos politênicos com boa resolução para a espécie. Desta forma, elaboramos um novo fotomapa dos cinco autossomos com uma resolução total de 1450 bandas / Abstract: In this thesis, we studied a basic and an applied issue: the determinants of geographical and temporal variation of the second chromosome inversion polymorphism in natural populations of Drosophila mediopunctata; and, adapting the squashing technique used for Drosophila to Cochliomyia hominivorax, we made a map of the polytene autosomes of this livestock pest. Two decades after previous studies, we carried out five collections in Itatiaia, RJ. We observed unexpected changes in the frequencies of the most common inversions of the second chromosome. The DA gene arrangement is still the most common, but we no longer detect a significant correlation between its frequency and altitude. Furthermore, the frequencies of DS and DP inversions became even lower, especially in winter; and didn't show a significant correlation with altitude. However, the previously observed seasonal cycle for these inversions is still present. DI frequency increased significantly, and it is now significantly positively correlated with altitude. These results suggest that, after two decades, there were modifications in the climate, but other variables - such as biotic factors -have also probably changed and may be correlated with the changes in the genetic architecture of the Itatiaia population. Furthermore, we report a differentiation between frequencies of inversions of the second chromosome in neighboring populations of D. mediopunctata. The forests studied are located over two geomorphologic units that have marked differences regarding landscape, topography, soil, vegetation, and fauna. Our results suggest that the observed geographical variation in the inversion frequencies may be a result of local adaptation to climate and floral and faunal changes. However, further analysis with other genetic markers must be performed to assess the possible effects of forest fragmentation on different populations. Cochliomyia hominivorax, the New World screwworm fly is one of the main flies causing primary myiasis in the Neotropical region. Although a preliminary photomap of the polytene chromosomes of C. hominivorax was previously published, a good resolution map of the polytene chromosomes was not available for this species. Here, we present a new photomap of the five autosomes of this species with a total resolution of 1450 bands / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular