Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-06-18T21:33:03Z No. of bitstreams: 1 Caroline de Carvalho Urpia. Estudo dos polimorfismos 677CT e 1298 AC do gene da Metilenotetrahidrofolato redutase...pdf: 552380 bytes, checksum: 91d6ebe69a0ed7ae7a359552eb75e555 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-18T21:33:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caroline de Carvalho Urpia. Estudo dos polimorfismos 677CT e 1298 AC do gene da Metilenotetrahidrofolato redutase...pdf: 552380 bytes, checksum: 91d6ebe69a0ed7ae7a359552eb75e555 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A Síndrome de Down (SD) é a mais freqüente anormalidade cromossômica em nativivos e é causada pela presença de um cromossomo 21 extra. A prevalência é de aproximadamente 1/600 nascidos vivos. Polimorfismos nos genes da Metilenetetrahidrofolato Redutase (MTHFR) e da Metionina Sintase Redutase (MTRR), enzimas centrais do metabolismo do folato que afetam a metilação e síntese do DNA, podem ser fatores de risco para a ocorrência da SD. Detectar as freqüências dos polimorfismos 677C >T e 1298A>C do gene da MTHFR e 66A>G do gene da MTRR e associar com a ocorrência de SD. Para o estudo de caso-controle, DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico de 61 mães de crianças com SD, 56 afetados, 28 pais e 102 mulheres controles. Para estudo de corte transversal, 300 amostras de DNA pertencentes de indivíduos da população geral de Salvador foram analisadas. Para análise dos polimorfismos, foram utilizadas as técnicas de PCR e RFLP. Resultados: No estudo de caso-controle, a freqüência do alelo T, da mutação 677C>T da MTHFR, foi de 0,24 entre as crianças com SD; 0,3 entre as mães e 0,25 entre os pais. A freqüência do alelo C, da mutação 1298A>C da MTHFR, foi de 0,2 entre as crianças com SD; 0,16 entre as mães e 0,16 entre os pais. A freqüência do alelo G, da mutação MTRR 66A>G foi de 0,33 entre as crianças com SD; 0,35 entre as mães e 0,46 entre os pais. Entre as mulheres controles, as freqüências dos alelos T, C e G dos genes da MTHFR 677C>T, MTHFR 1298A>C e MTRR66A>G foram de 0,25; 0,15 e 0,25, respectivamente. Comparando as freqüências alélicas das mães de crianças com SD e com as controles, não foi observada diferença estatisticamente significante, sugerindo que neste estudo os polimorfismos investigados não influenciam na ocorrência da SD, bem como a idade materna não sugere ser fator de risco aumentado para a SD, uma vez que a maioria dos filhos com SD eram provenientes de mães com idade materna inferior a 35 anos. No estudo de corte transversal, as freqüências dos alelos T, C e G dos genes da MTHFR 677C>T, MTHFR 1298A>C e MTRR66A>G foram de 0,21; 0,26 e 0,28, respectivamente. Observou-se que ao separar os pacientes por sexo, houve uma tendência das mulheres controle possuírem o genótipo mutante para os polimorfismos MTHFR 1298A>C e MTRR 66A>G e quando comparados os grupos das mães observou-se risco aumentado para SD em 4,9 vezes em mães caso para o genótipo mutante MTRR 66GG.

Há algum tempo dados genéticos vêm sendo utilizados para inferências quanto à natureza do tráfico de escravos ocorrido no período colonial no Atlântico Sul e sobre a origem dos africanos que chegaram ao Brasil. A utilização de marcadores de linhagem mais específicos, como é o caso do DNA mitocondrial (mtDNA) e da região não-recombinante do cromossomo Y (NRY) pode se constituir em poderoso instrumento para o esclarecimento dessas questões. Este trabalho utilizou esses enfoques através do seqüenciamento da HVS-I do mtDNA (highly variable segment I) e de testes em 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) localizados na região não-recombinante do cromossomo Y, em uma amostra de 133 indivíduos classificados como derivados de africanos (preto e pardo) do estado do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e região metropolitana), bem como 144 homens classificados do mesmo modo no estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro e região metropolitana). Os dados do mtDNA indicaram que 89,5% e 78% das matrilinhagens encontradas, respectivamente, no Rio de Janeiro e em Porto Alegre eram de origem africana. Destas, 69% e 82% eram de origem da África Centro-oeste (região típica de povos que falam línguas Bantus), enquanto que a fração complementar teria uma origem no Oeste africano (não-Bantu). Estes resultados estão de acordo com os registros históricos. Os marcadores do cromossomo Y revelaram que 56% (Rio de Janeiro) e 36% (Porto Alegre) destes cromossomos tinham uma origem africana. No entanto, diferentemente do que aconteceu com o mtDNA, as análises não permitiram discriminar os locais de origem dentro do continente africano. Parece, portanto, haver maior estruturação nos dados obtidos com o mtDNA do que com o cromossomo Y, sugerindo uma maior taxa de migração dos homens do que das mulheres dentro do grande tronco lingüístico Niger-Congo. Porto Alegre e Rio de Janeiro quando comparadas em relação ao mtDNA, não apresentam diferenciação significativa, embora pudessem ser observadas algumas diferenças, em destaque a maior presença de linhagens mitocondriais de origem ameríndia em Porto Alegre (16,4%) do que no Rio de Janeiro (8,5%). Já a diferença entre Porto Alegre e o Rio de Janeiro foi significativa quanto aos dados do cromossomo Y. Especialmente notável, é a presença de cromossomos de origem indígena em Porto Alegre: haplogrupos Q* e Q3*, nas freqüências de 3,5% e 1,7%, respectivamente. Analisando somente os indivíduos tipados tanto para o mtDNA quanto para os marcadores do Y, nota-se que ~ 50% deles nas duas amostras apresentam linhagens mitocondriais e do cromossomo Y de origem africana, enquanto de forma complementar, o número de indivíduos com matrilinhagens africanas e cromossomos Y europeus e/ou asiáticos ou ameríndios foi de ~ 41% e ~ 35% para o Rio de Janeiro e Porto Alegre, respectivamente. As amostras estudadas, portanto, caracterizam-se como sendo amplamente mescladas, apenas metade dos genomas considerados sendo de origem completamente africana. / Genetic data have been used for some time now for inferences about the nature of the slave trade that occurred in South Atlantic in the Colonial Period, as well as about the origins of the Africans who arrived in Brazil. The use of lineage-specific markers, like mitochondrial DNA (mtDNA) and those of the non-recombining region of the Y chromosome (NRY), can constitute a powerful tool for elucidation of these questions. This work utilized this approach through sequencing of the mtDNA HVS-I (highly variable segment I), as well by testing 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in chromosome Y’s nonrecombining region in a sample of 133 individuals classified as African-derived (black or mulatto) from the state of Rio Grande do Sul (Porto Alegre and metropolitan region), as well as 144 men classified in the same manner in the state of Rio de Janeiro (Rio de Janeiro and metropolitan region). The mtDNA data indicated that 89.5% and 78% of the matrilineages found in Rio de Janeiro and Porto Alegre were of African origin. Of these, respectively, 69% and 82% were of Central-West African origin (region typically of people who speak Bantu languages), while the complementary fraction would have the West African origin (non-Bantu). These results are in accordance with the historical records. The Y chromosome markers revealed that 56% (Rio de Janeiro) and 36% (Porto Alegre) of these chromosomes should have an African origin. But differently of what occurred with the mtDNA results, the analyses did not allow a discrimination of the places of their origin within the African continent. It seems, therefore, that a higher structuration occurs in the mtDNA data as compared to the Y chromosome results, suggesting a higher male in relation to female migration rates within the large Niger-Congo linguistic family. Porto Alegre and Rio de Janeiro do not present significant mtDNA frequency differences, although the Amerindian mtDNA presence is higher in Porto Alegre (16.4%) than Rio de Janeiro (8.5%). On the other hand, Porto Alegre and Rio de Janeiro do show significant differences in the Y chromosome data. Especially notable is the presence of Amerindian chromosomes in Porto Alegre: frequencies of, respectively, 3.5% and 1.7% for haplogroups Q* and Q3*. Considering just the individuals simultaneously typed for mtDNA and the Y chromosome, it is verified that ~50% of then show mtDNA and Y chromosome lineages of African origin, while the number of individuals with African mtDNA but European and/or Asiatic or Amerindian lineages was ~41% for Rio de Janeiro and ~35% for Porto Alegre. The samples studied, therefore, can be characterized as amply admixed, only half of the genomes considered being completely of African origin.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-01Bitstream added on 2014-06-13T20:26:11Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_ar_dr_botfmvz.pdf: 1429391 bytes, checksum: 8f14684d6c31152b88742021cd3eb683 (MD5) / Os objetivos deste estudo foram: 1) Avaliar a expressão alelo-específica do gene monoamina oxidase de tipo A (MAOA), presente no cromossomo X e sujeito a inativação, em embriões produzidos in vivo e por transferência nuclear (TN). Para análise foram utilizadas biópsias da massa celular interna (MCI) e do trofoblasto (TF) dos embriões; 2) Avaliar se a carência de S e Co (Grupo -S-Co) na dieta, ou a suplementação com Metionina e Colina encapsuladas (Grupo +Met+Col) afetaria os níveis bioquímicos sanguíneos de componentes do ciclo da metionina e do metabolismo de glicose, expressão de genes ligados ao ciclo de um carbono em células do cumulus, qualidade ovocitária e taxa de embriões. Foram oferecidas três dietas com níveis diferentes de Co e S para novilhas da raça Nelore, alocadas em 10 animais/grupo. Após 3 meses de dieta os folículos ovarianos das novilhas foram aspirados semanalmente durante 7 semanas. Para a ICX, nos embriões in vivo detectou-se a presença dos dois alelos, tanto na MCI quanto no TF. Da mesma forma, encontrou-se a expressão dos dois alelos do gene MAO-A em embriões TN, mas com uma prevalência da detecção do alelo A comparado ao G na MCI e no TF. Nenhuma diferença foi encontrada entre +Met+Col e o grupo controle. O grupo -S-Co teve diferença do grupo controle para homocisteína (13,7 vs. 10,6; p<0,001), ácido fólico (29,6 vs. 26,0; p=0,011), B12 (143,8 vs. 165,6; p<0,001), IGF-I (375,3 vs. 410,2; p=0,034), e glicose (82,2 vs. 76,2; p=0,003). Os genes MAT2B e DNMT1 foram menos expressos no grupo - S-Co comparado ao controle quando normalizados pelos genes endógenos GAPDH (MAT2B p=0,05; DNMT1 p=0,03) e β-Actina (MAT2B p=0,06; DNMT1 p=0,01). As novilhas do grupo -S-Co produziram menor número de ovócitos por animal comparado ao grupo controle (13,81 vs 17,79; p=0,0438), sem diferença para a produção embrionária / The objectives of this study were: 1) to assess allele-specific expression of the monoamine oxidase type A (MAO-A) gene, which is located on the X chromosome, in inner cell mass (ICM) and trophoblast (TF) of embryos produced in vivo and by somatic cell nuclear transfer (SCNT); 2) to evaluate the influence of different levels of dietary sulfur (S), cobalt (Co), methionine and choline on the blood plasma levels of homocysteine, folic acid, B12, IGF-I, glucose and insulin; oocyte and in vitro embryo production; and the expression of genes codifying key enzymes of the one-carbon cycle and DNA methylation in cumulus cells. Three diets with different levels of Co, S, methionine and choline were given for Nellore heifers (n=10 per group). Regards to the MAO-A expression, both alleles were detected in in vivo and by SCNT produced embryos both in ICM and TF. However, a higher frequency of the mono-allelic expression of a specific allele was observed in SCNT embryos. No differences were found between the +Meth+Chol and control groups. The -S-Co group differed from the control in homocysteine levels (13.7 vs. 10.6; p<0.001), folic acid levels (29.6 vs. 26.0; p=0.011), B12 levels (143.8 vs. 165.6; p<0.001), IGF-I levels (375.3 vs. 410.2; p=0.034), and glucose levels (82.2 vs. 76.2; p=0.003). The MAT2B and DNMT1 genes were expressed less in the -S-Co group compared to the control when normalized by the GAPDH (MAT2B p=0.05; DNMT1 p=0.03) and β-Actin (MAT2B p=0.06; DNMT1 p=0.01) endogenous genes. Heifers from the -S-Co group produced lower numbers of oocytes per animal compared to the control group (13.81 vs. 17.79; p=0.0438), but no differences were observed in embryo production

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

Há algum tempo dados genéticos vêm sendo utilizados para inferências quanto à natureza do tráfico de escravos ocorrido no período colonial no Atlântico Sul e sobre a origem dos africanos que chegaram ao Brasil. A utilização de marcadores de linhagem mais específicos, como é o caso do DNA mitocondrial (mtDNA) e da região não-recombinante do cromossomo Y (NRY) pode se constituir em poderoso instrumento para o esclarecimento dessas questões. Este trabalho utilizou esses enfoques através do seqüenciamento da HVS-I do mtDNA (highly variable segment I) e de testes em 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) localizados na região não-recombinante do cromossomo Y, em uma amostra de 133 indivíduos classificados como derivados de africanos (preto e pardo) do estado do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e região metropolitana), bem como 144 homens classificados do mesmo modo no estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro e região metropolitana). Os dados do mtDNA indicaram que 89,5% e 78% das matrilinhagens encontradas, respectivamente, no Rio de Janeiro e em Porto Alegre eram de origem africana. Destas, 69% e 82% eram de origem da África Centro-oeste (região típica de povos que falam línguas Bantus), enquanto que a fração complementar teria uma origem no Oeste africano (não-Bantu). Estes resultados estão de acordo com os registros históricos. Os marcadores do cromossomo Y revelaram que 56% (Rio de Janeiro) e 36% (Porto Alegre) destes cromossomos tinham uma origem africana. No entanto, diferentemente do que aconteceu com o mtDNA, as análises não permitiram discriminar os locais de origem dentro do continente africano. Parece, portanto, haver maior estruturação nos dados obtidos com o mtDNA do que com o cromossomo Y, sugerindo uma maior taxa de migração dos homens do que das mulheres dentro do grande tronco lingüístico Niger-Congo. Porto Alegre e Rio de Janeiro quando comparadas em relação ao mtDNA, não apresentam diferenciação significativa, embora pudessem ser observadas algumas diferenças, em destaque a maior presença de linhagens mitocondriais de origem ameríndia em Porto Alegre (16,4%) do que no Rio de Janeiro (8,5%). Já a diferença entre Porto Alegre e o Rio de Janeiro foi significativa quanto aos dados do cromossomo Y. Especialmente notável, é a presença de cromossomos de origem indígena em Porto Alegre: haplogrupos Q* e Q3*, nas freqüências de 3,5% e 1,7%, respectivamente. Analisando somente os indivíduos tipados tanto para o mtDNA quanto para os marcadores do Y, nota-se que ~ 50% deles nas duas amostras apresentam linhagens mitocondriais e do cromossomo Y de origem africana, enquanto de forma complementar, o número de indivíduos com matrilinhagens africanas e cromossomos Y europeus e/ou asiáticos ou ameríndios foi de ~ 41% e ~ 35% para o Rio de Janeiro e Porto Alegre, respectivamente. As amostras estudadas, portanto, caracterizam-se como sendo amplamente mescladas, apenas metade dos genomas considerados sendo de origem completamente africana. / Genetic data have been used for some time now for inferences about the nature of the slave trade that occurred in South Atlantic in the Colonial Period, as well as about the origins of the Africans who arrived in Brazil. The use of lineage-specific markers, like mitochondrial DNA (mtDNA) and those of the non-recombining region of the Y chromosome (NRY), can constitute a powerful tool for elucidation of these questions. This work utilized this approach through sequencing of the mtDNA HVS-I (highly variable segment I), as well by testing 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in chromosome Y’s nonrecombining region in a sample of 133 individuals classified as African-derived (black or mulatto) from the state of Rio Grande do Sul (Porto Alegre and metropolitan region), as well as 144 men classified in the same manner in the state of Rio de Janeiro (Rio de Janeiro and metropolitan region). The mtDNA data indicated that 89.5% and 78% of the matrilineages found in Rio de Janeiro and Porto Alegre were of African origin. Of these, respectively, 69% and 82% were of Central-West African origin (region typically of people who speak Bantu languages), while the complementary fraction would have the West African origin (non-Bantu). These results are in accordance with the historical records. The Y chromosome markers revealed that 56% (Rio de Janeiro) and 36% (Porto Alegre) of these chromosomes should have an African origin. But differently of what occurred with the mtDNA results, the analyses did not allow a discrimination of the places of their origin within the African continent. It seems, therefore, that a higher structuration occurs in the mtDNA data as compared to the Y chromosome results, suggesting a higher male in relation to female migration rates within the large Niger-Congo linguistic family. Porto Alegre and Rio de Janeiro do not present significant mtDNA frequency differences, although the Amerindian mtDNA presence is higher in Porto Alegre (16.4%) than Rio de Janeiro (8.5%). On the other hand, Porto Alegre and Rio de Janeiro do show significant differences in the Y chromosome data. Especially notable is the presence of Amerindian chromosomes in Porto Alegre: frequencies of, respectively, 3.5% and 1.7% for haplogroups Q* and Q3*. Considering just the individuals simultaneously typed for mtDNA and the Y chromosome, it is verified that ~50% of then show mtDNA and Y chromosome lineages of African origin, while the number of individuals with African mtDNA but European and/or Asiatic or Amerindian lineages was ~41% for Rio de Janeiro and ~35% for Porto Alegre. The samples studied, therefore, can be characterized as amply admixed, only half of the genomes considered being completely of African origin.

Submitted by ADAUTO LIMA CARDOSO null (adautolimacardoso@gmail.com) on 2017-08-07T20:31:46Z No. of bitstreams: 1 Tese_Final_Adauto.pdf: 1788431 bytes, checksum: 257f753cdae88b1e8797c0626e99bb5a (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-08-10T20:17:23Z (GMT) / Submitted by ADAUTO LIMA CARDOSO null (adautolimacardoso@gmail.com) on 2017-08-17T14:38:48Z No. of bitstreams: 1 Tese_Final_Adauto.pdf: 2278150 bytes, checksum: 6afc73dfaadceeb6d4aa47ea2b6cb566 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-23T14:20:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cardoso_al_dr_bot.pdf: 2278150 bytes, checksum: 6afc73dfaadceeb6d4aa47ea2b6cb566 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-23T14:20:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cardoso_al_dr_bot.pdf: 2278150 bytes, checksum: 6afc73dfaadceeb6d4aa47ea2b6cb566 (MD5) Previous issue date: 2017-06-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos supernumerários são polimorfismos numéricos frequentemente registrados em eucariotos, sendo que seus efeitos são pouco elucidados. Em alguns indivíduos da espécie Astatotilapia latifasciata pode-se identificar um ou dois cromossomos B, que são totalmente heterocromáticos e ricos em sequências repetitivas. Em vista de compreender sua origem, evolução e efeitos, este elemento vem sendo largamente explorado por técnicas integradas de citogenética, biologia molecular e genômica. Aqui, explorou-se o padrão de marcas epigenéticas do DNA deste cromossomo B e seus efeitos nas vias de metilação do DNA e de formação de tRFs. Usando-se imunocitogenética, ferramentas de bioinformática, quantificação global de 5mC e 5hmC e RT-qPCR, identificou-se que o cromossomo B de A. latifasciata possui padrão epigenético ativo e que não é um isocromossomo. Além disso, foram observados efeitos heterogêneos deste cromossomo na expressão de epi-miRNAs candidatos, de genes de modificações epigenéticas do DNA e de genes relacionados com a formação de tRFs. Como consequência, também foram registrados efeitos de cromossomos B nos níveis globais de 5mC e 5hmC e na formação de tRFs. Essas variações observadas parecem estar relacionadas com os mecanismos de manutenção do cromossomo B e estão em desacordo com a difundida ideia de que ele seja um elemento inerte. / Supernumerary B chromosomes are numerical polymorphisms frequently registered in eukaryotes, and their effects are not elucidated. In some individuals of the species Astatotilapia latifasciata one or two B isochromosomes can be identified, which are totally heterochromatic and enriched by repetitive sequences. In order to understand its origin, evolution and effects, this element has been widely explored by integrated techniques of cytogenetics, molecular biology and genomics. Here, the pattern of epigenetic marks of the DNA of this B chromosome and its effects on the pathways of DNA methylation and formation of tRFs. Using immunocytogenetics, bioinformatics tools, global quantification of 5mC and 5hmC and RT-qPCR, it was identified that the B chromosome of A. latifasciata has active epigenetic pattern and it is not an isochromosome. In addition, heterogeneous effects of this chromosome were observed in the expression of candidate epi-miRNAs, genes of epigenetic modifications of DNA and genes related to the formation of tRFs. As a consequence, effects of B chromosomes were also registered at the global levels of 5mC and 5hmC and in the formation of tRFs. These variations appear to be related to the maintenance mechanisms of chromosome B and are in opposition with the widespread idea that they are inert elements. / FAPESP: 2012/21546-9 / FAPESP: 2016/07743-7

Orientador: Roberto Sartori Filho / Coorientador: Mauricio Machaim Franco / Banca: Milo Charles Wiltbank / Banca: Margot Alves Nunes Dode / Banca: José Buranti Junior / Banca: João Carlos Pinheiro ferreira / Resumo: Os objetivos deste estudo foram: 1) Avaliar a expressão alelo-específica do gene monoamina oxidase de tipo A (MAOA), presente no cromossomo X e sujeito a inativação, em embriões produzidos in vivo e por transferência nuclear (TN). Para análise foram utilizadas biópsias da massa celular interna (MCI) e do trofoblasto (TF) dos embriões; 2) Avaliar se a carência de S e Co (Grupo -S-Co) na dieta, ou a suplementação com Metionina e Colina encapsuladas (Grupo +Met+Col) afetaria os níveis bioquímicos sanguíneos de componentes do ciclo da metionina e do metabolismo de glicose, expressão de genes ligados ao ciclo de um carbono em células do cumulus, qualidade ovocitária e taxa de embriões. Foram oferecidas três dietas com níveis diferentes de Co e S para novilhas da raça Nelore, alocadas em 10 animais/grupo. Após 3 meses de dieta os folículos ovarianos das novilhas foram aspirados semanalmente durante 7 semanas. Para a ICX, nos embriões in vivo detectou-se a presença dos dois alelos, tanto na MCI quanto no TF. Da mesma forma, encontrou-se a expressão dos dois alelos do gene MAO-A em embriões TN, mas com uma prevalência da detecção do alelo A comparado ao G na MCI e no TF. Nenhuma diferença foi encontrada entre +Met+Col e o grupo controle. O grupo -S-Co teve diferença do grupo controle para homocisteína (13,7 vs. 10,6; p<0,001), ácido fólico (29,6 vs. 26,0; p=0,011), B12 (143,8 vs. 165,6; p<0,001), IGF-I (375,3 vs. 410,2; p=0,034), e glicose (82,2 vs. 76,2; p=0,003). Os genes MAT2B e DNMT1 foram menos expressos no grupo - S-Co comparado ao controle quando normalizados pelos genes endógenos GAPDH (MAT2B p=0,05; DNMT1 p=0,03) e β-Actina (MAT2B p=0,06; DNMT1 p=0,01). As novilhas do grupo -S-Co produziram menor número de ovócitos por animal comparado ao grupo controle (13,81 vs 17,79; p=0,0438), sem diferença para a produção embrionária / Abstract: The objectives of this study were: 1) to assess allele-specific expression of the monoamine oxidase type A (MAO-A) gene, which is located on the X chromosome, in inner cell mass (ICM) and trophoblast (TF) of embryos produced in vivo and by somatic cell nuclear transfer (SCNT); 2) to evaluate the influence of different levels of dietary sulfur (S), cobalt (Co), methionine and choline on the blood plasma levels of homocysteine, folic acid, B12, IGF-I, glucose and insulin; oocyte and in vitro embryo production; and the expression of genes codifying key enzymes of the one-carbon cycle and DNA methylation in cumulus cells. Three diets with different levels of Co, S, methionine and choline were given for Nellore heifers (n=10 per group). Regards to the MAO-A expression, both alleles were detected in in vivo and by SCNT produced embryos both in ICM and TF. However, a higher frequency of the mono-allelic expression of a specific allele was observed in SCNT embryos. No differences were found between the +Meth+Chol and control groups. The -S-Co group differed from the control in homocysteine levels (13.7 vs. 10.6; p<0.001), folic acid levels (29.6 vs. 26.0; p=0.011), B12 levels (143.8 vs. 165.6; p<0.001), IGF-I levels (375.3 vs. 410.2; p=0.034), and glucose levels (82.2 vs. 76.2; p=0.003). The MAT2B and DNMT1 genes were expressed less in the -S-Co group compared to the control when normalized by the GAPDH (MAT2B p=0.05; DNMT1 p=0.03) and β-Actin (MAT2B p=0.06; DNMT1 p=0.01) endogenous genes. Heifers from the -S-Co group produced lower numbers of oocytes per animal compared to the control group (13.81 vs. 17.79; p=0.0438), but no differences were observed in embryo production / Doutor

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2007. / Submitted by Rebeca Araujo Mendes (bekinhamendes@gmail.com) on 2009-12-21T23:59:54Z No. of bitstreams: 1 2007_LilianBarrosQueiroz.PDF: 2239571 bytes, checksum: 5e97a61f8c82fcfb2f6016ad05934e71 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2010-01-11T16:04:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_LilianBarrosQueiroz.PDF: 2239571 bytes, checksum: 5e97a61f8c82fcfb2f6016ad05934e71 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-11T16:04:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_LilianBarrosQueiroz.PDF: 2239571 bytes, checksum: 5e97a61f8c82fcfb2f6016ad05934e71 (MD5) Previous issue date: 2007 / A síndrome do X frágil (SXF), causa comum de retardo mental (RM) hereditário ocorre por mutação no gene FMR1 pela expansão não traduzida de CGG na extremidade 5’. Na população, a expansão varia de 5 a 52 repetições. Portadores de 52 a 200 cópias (pré-mutação) produzem a proteína FMRP, porém podem transmitir a mutação à geração seguinte. Indivíduos SXF possuem mais de 200 cópias (mutação completa) e resulta em metilação e inativação do gene impedindo a expressão da FMRP. Ausência de FMRP é responsável pelo RM. Mulheres portadoras da mutação completa apresentam variação no grau de RM devido inativação aleatória do X. A SXF é identificada pelo sítio frágil (FRAXA), na região Xq27.3. A imuno-histoquímica permite observar a expressão da FMRP no bulbo de cabelo. Indivíduos afetados mostram níveis inferiores aos controles. A reação em cadeia da polimerase (PCR) representa o melhor método para triagem da SXF. Objetivos: 1) avaliar a eficácia da técnica de imuno-histoquímica em pacientes suspeitos de SXF; 2) comparar três técnicas de diagnóstico para SXF: imuno-histoquímica, citogenética e PCR. Métodos: foram selecionados 121 pacientes com suspeita SXF sendo 59 (48,8%) homens e 62 (51,2%) mulheres. Noventa indivíduos sadios, com 75-100% de expressão da FMRP foram selecionados como controles negativos da imuno-histoquímica. Resultados: de 113 pacientes que realizaram a imuno-histoquímica, 54 eram homens, com 17 positivos, 28 negativos e nove inconclusivos e 59 mulheres, com sete positivas, 27 negativas e 25 inconclusivas. Entre os 119 que realizaram a PCR, 57 homens, com 20 positivos e 37 negativos e 62 mulheres, com três negativas e 59 inconclusivas. Dos 104 pacientes analisados para citogenética, 57 homens, com 34 positivos e 23 negativos e 47 mulheres, com 27 positivas e 20 negativas. A menor expressão do FRAXA foi 3% nos homens e 5,4% nas mulheres e a maior 36% e 37,1%, respectivamente. Comparando as técnicas imuno-histoquímica e PCR (considerado o padrão-ouro) nos homens observaram-se sensibilidade 84,2%; especificidade 100%; acurácia 94,2%. Comparando citogenética com PCR nos homens, encontraram-se sensibilidade 100%; especificidade 61,1%; acurácia 74,5%. A citogenética exige profissional qualificado, cultura prolongada, tendo boa sensibilidade em homens. As vantagens da imuno-histoquímica são: rapidez, baixo custo e facilidade de obtenção das amostras de bulbo de cabelo. A PCR é técnica versátil, rápida, com alta sensibilidade e especificidade com desvantagem em relação às mulheres de não diferenciar as homozigotas normais das heterozigotas afetadas. Conclusões: Houve correlação positiva e significativa entre homens com a SXF pela imuno-histoquímica comparada à PCR e citogenética. A PCR mostrou-se eficiente como triagem da SXF nos homens quando comparada com citogenética e imuno-histoquímica devido à ausência de falso-positivos. Fragilidade cromossômica em não afetados pode ser devido à presença de outros sítios frágeis. Todas as técnicas imuno-histoquímica, citogenética e PCR, isoladamente, não detectam portadores da pré-mutação e mulheres com mutação completa. ___________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The fragile X syndrome (FXS), common cause of hereditary mental retardation (MR) is caused by a mutation in the gene FMR1 characterized by a not translated CGG expansion in extremity 5'. In the population, this expansion varies from five to 52 repetitions. Carriers of 52 to 200 copies (premutation) show a normal production of the FMRP protein, but they can transmit an expanded mutation to the following generation. Individuals FXS have more than 200 copies (full mutation) which result in gene methylation and inactivation hindering the expression of the FMRP. Absence of FMRP is responsible for the MR. Female carrying the full mutation presents various degrees of MR due to random inactivation of the X chromosome. The FXS is identified by the presence of a fragile site (FRAXA) located in the Xq27.3 region. The immunohystochemical method allows the detection of the FMRP expression in the hair bulb. Affected individuals disclose decreased levels of FMRP than controls. The polimerase chain reaction (PCR) represents the best screening method to identify FXS affected individuals. Objectives: 1) to evaluate the effectiveness of the immunohystochemical technique in the identification of suspected FXS patients; 2) to compare three techniques used in the diagnosis of FXS: immunohystochemical, cytogenetic and PCR. Methods: Were selected 121 patients with signs and symptoms consistent with a probable diagnosis of FXS. Fifty-nine (48.8%) men and 62 (51.2%) were women. As negative controls were used 90 healthy individuals with 75 to 100% of FMRP expression. Results: Among the 113 patients that underwent immunohystochemical testing, 54 were men (17 being positive, 28 negative and nine with dubious results) and 59 were women with seven positive, 27 negative and 25 with dubious results. Among the 119 individuals that underwent PCR, 57 were men (with 20 positive and 37 negative results) and 62 women (with three negative and 59 showing dubious results). Of the 104 patients analyzed by cytogenetic testing were men (with 34 positives and 23 negatives results) and 47 were women (with 27 positive and 20 negatives results). The FRAXA lower expression was detected in 3% of men and 5.4% of women xx and the greater expression was 36% and 37.1%, respectively. Comparing the immunohystochemical technique and PCR (considered the gold-standard method) in men was observed a sensitivity of 84.2%; and a specificity of 100%; the accuracy was 94.2%. Comparing cytogenetic analysis and PCR in men, the sensitivity of the analysis was 100% and its specificity of 61.1%; accuracy was 74.5%. The cytogenetic analysis requires a qualified professional, a prolonged cell culture time its sensitivity being satisfying mainly in men. The advantages of the immunohystochemical are its shorter execution time, low cost, and facility to obtain the hair bulb samples. The PCR is a fastest technique, versatile, with high sensitivity and specificity. The disadvantage of this test being its incapacity to differentiate the normal homozigous from the affected heterozygous women. Conclusion: A positive correlation was found between FXS affected men when comparing the immunohystochemical technique to PCR and to cytogenetic analysis. The PCR was considered an efficient method in detecting the FXS in men when compared to cytogenetic analysis and immunohystochemical technique mainly due to the absence of false positive results. The presence of chromosome fragility in non affected individuals can be due to the presence of other fragile sites. Considering all the three techniques, immunohystochemical, cytogenetic and PCR, can be concluded that, itself, all are ineffective in the identification of premutation carriers and in women with full mutation.

Dissertação (mestrado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2011. / Submitted by Clarissa Pêgas e Souza (clarissapegas@hotmail.com) on 2011-09-06T14:22:08Z No. of bitstreams: 1 2011_PatriciaMariaFritsch.pdf: 1197677 bytes, checksum: 9e0634e2c62a092daa8b3c6afeff7c82 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-09-28T11:51:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_PatriciaMariaFritsch.pdf: 1197677 bytes, checksum: 9e0634e2c62a092daa8b3c6afeff7c82 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-09-28T11:51:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_PatriciaMariaFritsch.pdf: 1197677 bytes, checksum: 9e0634e2c62a092daa8b3c6afeff7c82 (MD5) / A síndrome do X frágil (SXF) é a causa hereditária mais comum de Deficiência Mental familiar. É causada pela expansão da repetição CGG na região 5’ não traduzida do gene FMR1. Indivíduos normais apresentam entre 20 e 50 repetições CGG enquanto que indivíduos com pré-mutação apresentam de 55 a 200 repetições e pacientes X frágil apresentam mais de 200 repetições (mutação completa) que levam à hipermetilação e inativação do gene FMR1. O presente trabalho teve como objetivo implantar uma metodologia de triagem molecular para a SXF em portadores de deficiência mental DM atendidos pelo Serviço de Genética Clínica do HUB/UnB. Foram investigados 128 indivíduos com DM e 29 familiares de afetados pela SXF. A metodologia utilizada, baseada na PCR, associou duas técnicas para visualização do produto amplificado, Eletroforese em gel de agarose (PCR CGG-EA) e Eletroforese Capilar (PCR CGG-EC). Foi possível distinguir pré-mutações maiores que 112 repetições CGG. Dos 128 pacientes com DM testados 8 apresentaram resultado positivo para a presença de mutação completa. Em 25 das 30 mulheres testadas, foi possível determinar heterozigose. A associação das técnicas PCR CGG-EA e PCR CGG-EC se mostrou eficaz na identificação de mulheres heterozigotas, indivíduos com mutação completa, pré-mutação e alelos normais, reduzindo em 83% a necessidade de triar por Southern Blotting. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Fragile X syndrome (SXF) is one of the most commom inheritable causes of mental retardation (MR). It is caused by expansion of the CGG repeat in the 5’ untrusnlated region of the FMR1 gene. Normal individuals have between 20 and 50 CGG repeat, while individuals with premutation have from 55 to 200 repeat and fragile X patients shown more than 200 repeat (full mutation) that lead to hypermethylation and inactivation of the FMR1 gene. The objective of this study is to implement a molecular selection methodology for SXF in bearers of MR assisted by the Clinical Genetics Service of HUB/UnB. One hundred and twenty eight mentally retarded individuals and 29 family members affected by SXF were investigated. Based on PCR, the methodology utilized associated two techniques for visualization of the amplified product: electrophoresis in agarose gel (PCR CGG-EA) and Capillary Electrophoresis (PCR CGG-EC). It was possible to distinguish premutations greater than 112 CGG repeats. Of the 128 patients with MR tested, 8 showed positive results for the presence of the full mutation. In 25 of the 30 women tested, it was possible to define heterozygous. Association of the PCR CGG-EA and PCR CGG-EC techniques was shown to be efficacious in identifying individual heterozygotic women with complete mutation, premutation and normal alleles, thus reducing the need for sample to be tested by to Southern blotting of 83%.

A análise do conteúdo gênico do cromossomo Y em 12 espécies de Drosophila com genoma sequenciado em 2008 mostrou que o Y é pouco conservado entre espécies e está em processo de aquisição de genes, o que contradiz o modelo atual de evolução de cromossomos sexuais que o descreve como um homólogo degenerado do X, com constante perda de genes. Este resultado inicial incitou o estudo espécies adicionais de Drosophila e de gêneros próximos. Uma dificuldade relevante para obtenção de espécimes é que muitos grupos taxonômicos de drosofilídeos não estão disponíveis nos &ldquo;stock-centers&rdquo;, e seus hábitos de vida são pouco conhecidos. Muitas espécies são encontradas na natureza associadas a fungos, flores, ou exsudados vegetais, e raramente são atraídas por isca com banana fermentada, que é o método usual de coleta de drosofilídeos. Os objetivos do presente trabalho foram: I) analisar o conteúdo gênico do cromossomo Y de drosofilídeos provenientes de substratos &ldquo;não usuais&rdquo;, II) determinar substratos de desenvolvimento larval e identificar espécies novas, e III) analisar a composição de bases de genes no Y. Os resultados revelam a natureza dinâmica de aquisição e perdas de genes do cromossomo Y na família Drosophilidae que, em poucos casos, inclui um movimento de todo o cromossomo (p.e., fusão do Y a um autossomo). Descrevemos uma nova espécie, Drosophila calatheae, cuja larva se desenvolve em flores do gênero Calathea (Marantaceae). Uma segunda espécie, provisoriamente codificada como Drosophila I4, e cujas larvas também se desenvolvem nessas flores, está em fase de descrição. A partir de análise morfológica, nenhuma dessas duas espécies pôde ser incluídas em algum dos grupos de espécies conhecidos. Uma filogenia molecular preliminar com dois genes do cromossomo Y (kl-3 and kl-5) sugere que ambas pertencem à radiação virilis-repleta e que D. calatheae tem relações (morfológicas e moleculares) com as espécies do grupo bromeliae. A análise do conteúdo GC de genes no Y mostrou que genes neste cromossomo são enriquecidos em AT em relação a genes autossômicos, e esta diferença na composição de bases é proporcional ao tempo que um gene está presente no Y. Portanto, o conteúdo GC pode servir como ferramenta no estudo da evolução do cromossomo Y ao determinar o estado ancestral de um gene (autossômico vs. ligado ao Y) e datar o movimento de genes entre esses dois compartimentos genômicos / The analyses of the Y chromosome gene content in 12 Drosophila species whose genome were sequenced in 2008 showed that the Y is not well conserved among species and is currently in the process of acquiring genes, contradicting the current model of sex chromosome evolution that describes the Y as a degenerate homolog of the X, in constant gene loss. This initial result prompted the study of additional Drosophila species and related genera. One of the difficulties in obtaining specimens is the fact that drosophilids from many taxonomic groups are not available in stock- centers and little is known about their ecology. Many species are found in nature associated with fungi, flowers, or plant exudates, and are rarely attracted to baits with fermented banana, the usual method of collecting drosophilids. The objectives of this study were: I) analysis of the Y chromosome gene content of species from \"unusual\" substrates, II) determination of drosophilids breeding / larval development sites, and III) analysis of the base composition of genes in the Y chromosome. The results emphasize the Y-chromosome dynamic nature of genes acquisition and loss in the family Drosophilidae, including a few cases of whole chromosome movements (p.e., Y-autosome fusion). We describe a new species, Drosophila calatheae, whose larvae develop in flowers of the genus Calathea (Marantaceae). Drosophila I4 (to be described) also breeds in these flowers. None of these two species could be included in a known taxonomic group of species. A phylogeny with two Y-chromosome genes (kl-3 and kl-5) suggests that they belong to the virilis-repleta radiation and D. calatheae is related to the bromeliae group. Analysis of base composition of Y-chromosome genes shows that they are AT-rich when compared to autosomal genes, and this difference is proportional to the time that a gene has been in the Y. Thus, GC content can be a tool to study the evolution of this chromosome