Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-22T14:59:44Z No. of bitstreams: 1 Winston Jose Pessoa Felix.pdf: 3066003 bytes, checksum: e332581b7efc29ec2ebf2e0c4af9c437 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T14:59:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Winston Jose Pessoa Felix.pdf: 3066003 bytes, checksum: e332581b7efc29ec2ebf2e0c4af9c437 (MD5) Previous issue date: 2009-06-29 / The cytogenetic characteristics and CMA / DAPI band patterns in seven species of Zephyranthes and a Habranthus were studied in this paper to evaluate the karyotypic differences between these species. All individuals presented reticulated or semi-reticulated interphased nuclei and karyotype formed by a set of metacentric chromosomes, in addition to submetacentric and acrocentric chromosomes. Zephyranthes robusta, with 2n = 12 and karyotypic formula 4M +2 SM presented more symmetrical karyotype. Z. sylvatica showed chromosome complement composed of 2n = 12 being 1M+5SM, 2n = 13 being 1M+5SM + (B) SM and 2n = 18 formed by cracks, one with metacentric and five with only submetacentric (1M+5SM). For the cultivated species Zephyranthes rosea Lindl. presented karyotype with 2n = 24 and karyotypic formula 4M+7SM +1A. Zephyranthes grandiflora Lindl. presented the same chromosome count of the previous species, being observed 2M +5 SM +5 A. Zephyranthes aff. rosea Lindl. presented 2n = 25, being 3M + (1M "crack") +7 SM +1 A. Furthermore, it was observed the presence of trisomy in fourth metacentric pair. Zephyranthes brachyandra Herb. presented karyotype with 2n = 24 +1 B and formula 4M +3 SM +5 A +1 B. In Zephyranthes candida Herb. 2n = 38 was observed with 9M +5 SM +5 A. For H. itaobinus Ravenna, a numeric variation in the counts was observed, where in most populations the additional chromosomes were formed by 2n = 45 or 5M +12 SM +5 A + (B) M and in a single population the species showed presented karyotype with 2n = 44, 6M +12 SM +5 A +3 (B)M. Interstitial and subterminal DAPI bands were observed only in Z. robusta and Z. brachyandra. The remaining species showed no AT-rich heterochromatin. In species with 2n = 12 was found a CMA+ block in a chromosome pair of Z. robust and Zephyranthes sp., while in Z. sylvatica was observed a small additional terminal block. Z. rosea and Z. grandiflora had four CMA+ bands, while there were eight interstitial pinpoint bands, apart from the heterochromatic RON and a bigger block in the terminal of the short arm of B chromosome in Z. brachyandra. In Z. candida, there were 14 subterminal CMA bands and in H. itaobinus, seven bands with strong differentiated amplification in the heterochromatic RON. Taxonomic implications and the karyotypic evolution are discussed for the species studied. / No presente trabalho foram estudados a caracterização citogenética e os padrões de banda CMA/DAPI em sete espécies de Zephyranthes e uma de Habranthus com o objetivo de avaliar as diferenças cariotípicas entre essas espécies. Todos os indivíduos apresentaram núcleo interfásico reticulado ou semi-reticulado e cariótipo formado por um conjunto de cromossomos metacêntricos, além de cromossomos submetacêntricos e acrocêntricos. Zephyranthes robusta, com 2n=12 e fórmula cariotípica 4M+2SM, apresentou cariótipo mais simétrico. Z. sylvatica apresentou complemento cromossômico formado por 2n=12 sendo 1M+5SM, 2n=13 sendo 1M+5SM+(B)SM e 2n=18 formadas por trincas, uma com metacêntricos e cinco apenas com submetacêntricos (1M+5SM). Para as espécies cultivadas, Zephyranthes rosea Lindl. Apresentou cariótipo com 2n=24 e fórmula cariotípica 4M+7SM+1A. Zephyranthes grandiflora Lindl. apresentou a mesma contagem cromossômica da espécie anterior, sendo que foram observados 2M+5SM+5A. Zephyranthes aff. rosea Lindl., apresentou 2n=25, sendo 3M+(1M“trinca”) +7SM+1A. Além disso, pôde-se observar a presença de trissomia no par quatro metacêntrico. Zephyranthes brachyandra Herb. apresentou cariótipo com 2n=24+1B e fórmula 4M+3SM+5A+1B. Para Zephyranthes candida Herb. observou-se 2n=38, sendo 9M+5SM+5A. Em H. itaobinus Ravena observou-se variação numérica nas contagens onde na maioria das populações os complementos cromossômicos foram formados por 2n=45 ou 5M+12SM+5A+(B)M e em uma única população a espécie apresentou cariótipo com 2n=44, 6M+12SM+5A+3(B)M. Foram observadas bandas DAPI subterminais e intersticiais apenas em Z. robusta e em Z. brachyandra. As demais espécies não apresentaram heterocromatina rica em AT. Nas espécies com 2n=12 foi observado um bloco CMA+ em um par cromossômico de Z. robusta e Zephyranthes sp., enquanto em Z. sylvatica foi observado um pequeno bloco terminal adicional. Z. rosea e Z. grandiflora, tiveram quatro bandas CMA+, enquanto em Z. brachyandra, ocorreram oito bandas intersticiais puntiformes, além da RON heterocromática e de um bloco maior no terminal do braço curto do cromossomo B. Em Z. candida, observouse 14 bandas CMA subterminais e em H. itaobinus, sete bandas, com forte amplificação diferenciada na RON heterocromática. São discutidas as implicações taxonômicas e a evolução cariotípica para as espécies estudadas.

A inativação do cromossomo X (ICX) é o fenômeno através do qual um dos cromossomos X das fêmeas de mamíferos é silenciado para atingir compensação de dose em relação aos machos. Ela envolve a expressão do gene XIST exclusivamente no X inativo, e a associação em cis de seu RNA nesse cromossomo. Isso inicia a imposição de várias marcas epigenéticas no cromossomo X inativo, que garantem a manutenção deste estado de silenciamento transcricional de maneira estável durante todas as mitoses num organismo. Uma dessas modificações epigenéticas é a metilação do DNA, desempenhada principalmente pela enzima DNMT1. Os papéis de XIST e DNMT1 na manutenção da inativação do cromossomo X ainda são controversos em humanos, e nesse sentido foi objetivo desse trabalho analisar a possível função desses genes nesse processo em células humanas não transformadas. Foi otimizado um sistema experimental para o estudo de possíveis perturbações na manutenção da inativação do cromossomo X, onde a re-expressão de genes submetidos a esse processo pode ser monitorada. Nesse sistema foram identificados dois genes, MAOA e GYG2, cujo padrão de expressão no X inativo difere do previamente descrito. Demonstrou-se que baixos níveis de expressão do gene XIST foram suficientes para manter seu RNA associado ao X inativo, conservando o estado silenciado desse cromossomo. Além disso, foram obtidos indicativos de que a inibição de XIST em fibroblastos humanos gera uma diminuição da viabilidade celular. Foi possível demonstrar que DNMT1 é necessária para a manutenção da metilação global do genoma em células humanas não transformadas, e que eXISTe um mecanismo de compensação da inibição desse gene que leva ao aumento da expressão de DNMT3B. Ainda se observou que a repressão de DNMT1 não é suficiente para levar à reativação de genes no cromossomo X inativo. Além disso, a desmetilação encontrada nos promotores de MAOA e XIST não foi suficiente para levar à expressão destes genes nos cromossomo X inativo e ativo, respectivamente. Estes resultados enfatizam a necessidade de se estudar os mecanismos moleculares da ICX em humanos utilizando sistemas experimentais adequados para a análise de herança epigenética. / X chromosome inactivation (XCI) is the phenomenon through which one of the X chromosomes in female mammals is silenced to achieve dosage compensation related to males. It involves the expression of XIST gene exclusively from the inactive X, and the association of its RNA in cis in this chromosome. This leads to a series of epigenetic modifications in the chromatin of the inactive X (Xi) that guarantee a stable maintenance of the transcriptional silence through all the mitoses in the organism. One of these epigenetic modifications is DNA methylation, achieved mainly by the maintenance DNA methylase DNMT1. The roles of XIST and DNMT1 in the maintenance phase of XCI are controversial in humans. Therefore, the main goal of this present work was to analyze some of the possible functions of these genes in this process in untransformed human cells. An experimental system was optimized to study possible disturbances in maintenance of XCI, where the re-expression of genes submitted to this process could be monitored. In this system we identified two genes, MAOA and GYG2, whose pattern of expression on the Xi, differed from what had been previously described. It was demonstrated that low levels of XIST expression were sufficient to keep its RNA associated to the Xi, assuring the silenced state of this chromosome. Besides, evidences have been found that XIST inhibition in human fibroblasts reduces cellular viability. It was possible to demonstrate that DNMT1 is necessary to the maintenance of global genome methylation in untransformed human cells, and the eXISTence of a compensation mechanism involving DNMT3B upregulation. It was also observed that repression of DNMT1 was not sufficient to reactivate genes of the Xi chromosome. Additionally, demethylation of MAOA and XIST promoters was not enough to cause expression of these genes on the inactive and active Xs, respectively. All these results emphasize the requirement of studying the molecular mechanisms of XCI in humans using experimental systems appropriate for the analysis of epigenetic inheritance.

A instabilidade genética é um importante evento associado ao carcinoma epidermóide de boca, sendo alterações na região cromossômica 11q constantemente relatadas. Neste estudo, genes localizados na região cromossômica 11q, especificamente os genes CTTN, PPFIA1, SHANK2, TAOS1 e MMP-7, foram investigados quanto a diferenças de expressão de transcritos entre carcinomas epidermóides de boca e suas margens correspondentes. A expressão desses genes foi relacionada com aspectos clínicos e histológicos, com critérios de agressividade estabelecidos, e com a sobrevida dos pacientes. Foram analisadas pela técnica de qRT-PCR 29 amostras congeladas de tumores e 25 margens. Todos os genes apresentaram maiores valores de expressão nos tumores em comparação com as margens, embora apenas o gene MMP-7 tenha exibido valores estatisticamente significantes. A expressão do gene MMP-7 mostrou fraca associação com tumores menos agressivos, e os outros genes apresentaram maiores valores de expressão em tumores mais agressivos, sem significância estatística. Não houve diferença estatística entre a freqüência das variáveis clínicas e histopatológicas com a expressão dos genes estudados, porém o PPFIA1 demonstrou maiores níveis de expressão em tumores de assoalho. Em relação à sobrevida, a expressão elevada de PPFIA1 pode implicar em um maior risco de óbito. Assim, é possível a participação do gene MMP-7 no desenvolvimento da neoplasia, e a relação do PPFIA1 com o risco de óbito, porém a expressão de transcritos dos genes CTTN, SHANK2, TAOS1 e MMP-7 não pode ser relacionada com agressividade tumoral e prognóstico. / Genetic instability is an important event associated with oral squamous cell carcinoma, and alterations in the chromosome region 11q are constantly reported. In this study, genes located on chromosome region 11q, specifically genes CTTN, PPFIA1, SHANK2, TAOS1 and MMP-7, were investigated for differences in the expression of transcripts in oral squamous cell carcinoma and their corresponding margins. The expression of these genes was correlated with clinical and histological aspects, aggressiveness criteria established, and with patient survival. Twenty-nine frozen samples of tumors and 25 samples of margin tissue were analyzed using qRT-PCR. All genes showed a higher expression in tumors, compared with the margins, although only the MMP-7 gene demonstrated statistically significant values. The expression of the MMP-7 gene showed weak association with less aggressive tumors, and the other genes showed higher expression in more aggressive tumors, without statistical significance. There was no statistical difference between the frequency of clinical and histopathological variables and the expression of genes studied, however the PPFIA1 gene demonstrated higher levels of expression in tumors of the floor of mouth. With regard to survival, the high expression of PPFIA1 may imply a greater risk of death. Thus, it is possible that the MMP-7 gene participates in the development of malignancy, and PPFIA1 expression may also be associated with risk of death, however, the expression of transcripts of the CTTN, SHANK2, TAOS1 and MMP-7 genes may not be related to tumor aggressiveness and prognosis.

Eventos epigenéticos como o imprinting genômico e a inativação do cromossomo X (ICX), já foram amplamente estudados em camundongos. Nesses animais muitos dos processos epigenéticos que levam à ICX já estão profundamente esclarecidos. Em humanos entretanto, o conhecimento sobre a ICX é mais limitado, em particular os eventos iniciais do processo durante o desenvolvimento embrionário. O desenvolvimento e aprimoramento de ensaios que envolvem o sequenciamento em larga escala do transcriptoma (RNA-Seq) de células únicas iniciam uma nova era nos estudos sobre a ICX. São crescentes os dados de RNA-Seq depositados em bancos de dados públicos e em 2013 os trabalhos de Xue e colaboradores e de Yan e colaboradores tornaram disponíveis os resultados de RNA-Seq de células individuais isoladas de embriões humanos a partir do estágio de duas células até a fase de blastocisto. Através de técnicas de bioinformática avaliamos o nível de expressão do gene XIST, intimamente envolvido no processo de ICX, nos diferentes estágios do desenvolvimento. Alinhamos também as leituras geradas por RNA-Seq contra o genoma humano de referência no intuito de se identificar variantes em regiões transcritas e assim verificar a origem do alelo expresso. Com isso, pudemos observar que o gene XIST tem sua expressão iniciada em embriões humanos no estágio de oito células, e que o silenciamento transcricional dos genes do cromossomo X já se iniciou no estágio de blastocisto de forma aleatória mas ainda não se disseminou, i.e. a ICX não está completa. Devido ao fenômeno de ICX, a caracterização de genes \"imprintados\" neste cromossomo é desafiadora. Ainda assim em camundongos foram relatados alguns genes do X que são assim regulados. Mulheres portadoras da síndrome de Turner (45,X) apresentam diferenças fenotípicas dependentes da origem parental do cromossomo X herdado, sugerindo a existência de genes \"imprintados\" no X humano. Em particular os genes MAOA, MAOB e USP9X foram indicados como candidatos a serem regulados por imprinting. Através do sequenciamento de regiões transcritas contendo SNPs em heterozigose foram avaliados o padrão de expressão alelo-específico dos três genes indicados. Nenhum sinal de regulação por imprinting pôde ser detectado nem em placenta nem em cérebro humano, pois a procedência dos alelos expressos era independente da origem parental. Isso não significa que a variabilidade fenotípica em mulheres com Turner não possa ser explicada por imprinting em genes do X. Experimentos de RNA-Seq em diversos tecidos humanos ou a partir de células únicas são uma abordagem conveniente para se elucidar este fenômeno / Epigenetic phenomena as genomic imprinting and X chromosome inactivation (XCI) have been widely studied in mice. While most of the processes and steps involved in XCI in mice are well studied, in humans our knowledge is still very limited, specially during early embryo development. Advances in single-cell whole transcriptome high troughput sequencing techniques (RNA-Seq) bring a new era to the XCI field. Single-cell RNA-Seq results of from 2-cell to the blastocyst stage of human embryos were published by Xue et cols and Yan et cols in 2013. Using bioinformatics techniques we searched for the XIST gene expression level (a gene closely involved in XCI) throughout the human pre-implantation embryo development. We aligned reads generated by RNA-Seq assays to the human reference genome looking for variants in gene transcriptional regions and to identify the origin of the expressed allele. Our results show that XIST expression starts from the 8-cell stage and is stabilized and upregulated at the female blastocyst stage. We also show that the transcriptional silence of X-linked genes started at the blastocyst stage and is independent of parental origin but this does not apply for all genes. We concluded that the completion of the transcriptional silence step is probably established during post-implantation stage. The search for X-linked imprinted genes is challenging due to the XCI phenomenon. Nevertheless, X-imprinted genes were reported in mice. In humans, no X-imprinted genes were found so far, but phenotypic differences reported in Turner\'s syndrome (45,X) women was related to the parental origin of the X chromosome inherited. This suggests the existence of X-linked imprinted genes, in particular MAOA, MAOB and USP9X seemed good candidates. By sequencing transcript regions containing heterozygous SNPs in these genes we could access their expression pattern. Our results show no sign of imprinting regulation of MAOA, MAOB and USP9X, neither in human brain nor in human term placenta. This does not rule out the possibility that the phenotypic differences observed in Turner\'s syndrome women could be the consequence of other unknown X-linked imprinted genes. RNA-Seq of different human female tissues is a powerful approach to finally find the genes involved in such phenotypes

Na inativação do cromossomo X (ICX) um dos dois cromossomos X presentes nas fêmeas de mamíferos placentários é silenciado transcricionalmente. Esse é um mecanismo de compensação de dose que assegura que a quantidade dos produtos gênicos oriundos do cromossomo X esteja em equilíbrio entre machos e fêmeas. A ICX pode ocorrer de modo aleatório, onde cada célula escolhe ao acaso qual será o cromossomo X inativado: cromossomo X paterno ou cromossomo X materno; ou de forma \"imprintada\" (termo adaptado do inglês imprinted), ou seja, dependente da origem parental do cromossomo X. Enquanto nas fêmeas marsupiais a inativação ocorre de forma \"imprintada\", sendo o X paterno inativado em todos os tecidos, nos mamíferos eutérios a ICX nos tecidos somáticos ocorre de modo aleatório. Porém alguns eutérios mantiveram o mecanismo \"imprintado\" de ICX exclusivamente nos tecidos extraembrionários, como ratos e camundongos. Em humanos, o estado controverso da ICX em tecidos extraembrionários foi reavaliado por nosso grupo utilizando uma análise mais ampla e identificou-se um padrão aleatório (Moreira de Mello et al., 2010), demonstrando a importância de se realizar uma análise global para se determinar o perfil de atividade do cromossomo X. Em bovinos o padrão de ICX em placenta não está claro. Ele foi verificado analisando-se a expressão de um único gene, e os autores concluíram que o padrão era \"imprintado\" (Xue et al., 2002). Porém a análise de um único gene pode não representar o estado epigenético de um cromossomo inteiro. Assim o padrão de ICX em tecidos extraembrionários bovinos se mostra uma questão importantíssima para ser esclarecida. No presente trabalho o cromossomo X bovino foi analisado em busca de SNPs (polimorfismos de base única) localizados em regiões codificadoras em genes expressos no tecido extraembrionário, permitindo assim através da análise da expressão alelo-específica determinar o padrão de expressão do cromossomo X. Os resultados apresentados neste trabalho mostram um padrão de expressão bialélica, indicando que em populações diferentes de células, diferentes cromossomos X estavam ativos. Portanto a ICX em tecidos extraembrionários bovinos ocorre de modo aleatório, padrão semelhantes àquele encontrado em humanos, e diferente daquele encontrado em ratos e camundongos. Este trabalho mostra a importância de uma análise global da expressão gênica no cromossomo X, permitindo assim traçar um perfil de atividade mais próximo possível da realidade. / In X chromosome inactivation (XCI), one of the two X chromosomes present in female mammals is transcriptionally silenced, resulting in a dosage compensation mechanism. The XCI can occur randomly, so that each cell chooses randomly which one will be the inactivated X chromosome: paternal (pX) or maternal (mX); or dependent on parental origin of X chromosome, ie, imprinted. While in female marsupials the inactivation occurs in an imprinted fashion, with the Xp inactivated in all tissues, both somatic and extra-embryonic, in the mammalian eutherians XCI in the somatic tissues occurs randomly. However some eutherians still retain the imprinted XCI mechanism exclusively in extra-embryonic tissues, such as rats and mice. In humans, the controversy of the XCI in placenta was re-evaluated by our group. Using a broader analysis, a random pattern was identified, in contrast to the previously published works. It demonstrated the importance of conducting a comprehensive analysis to determine the profile of X chromosome (Moreira de Mello et al., 2010). In cattle the pattern of XCI in bovine placenta is unclear. It was verified by analyzing the expression of a single gene, and the authors concluded that the pattern was imprinted (Xue et al., 2002). Because the analysis of a single gene may not represent the epigenetic state of an entire chromosome, the pattern of XCI in cattle extra-embryonic tissues is an important issue to be clarified. In the present study the cattle X chromosome was analyzed searching for SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in coding regions of genes expressed in extra-embryonic tissue. So that, by analyzing the allele-specific expression it is possible to determine the X chromosome expression patter. The preset results show a bi-allelic expression pattern. This indicates that in different cells populations, different X chromosomes are active. Thus, the XCI in extra-embryonic tissues of bovines occurs randomly, similar to the human pattern but different to that verified in rats and mice. This work shows the importance of a global analysis of the gene expression in X chromosome, through which it can trace the closest activity profile as possible to reality.

Submitted by ALLISON KLEITON DOS ANJOS null (allison__anjos@hotmail.com) on 2018-01-15T10:50:34Z No. of bitstreams: 1 TESE FINAL ALLISON.pdf: 3595248 bytes, checksum: 33a447746191e365878b383ffd929cc8 (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Allison Kleiton dos Anjos, Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Resumo em língua estrangeira (inglês) - Faltou o Abstract no documento enviado. Este item é elemento obrigatório de acordo com as normas de trabalhos do seu Programa de Pós Graduação e deve vir logo após o Resumo em Português. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP on 2018-01-15T16:52:52Z (GMT) / Submitted by ALLISON KLEITON DOS ANJOS null (allison__anjos@hotmail.com) on 2018-01-15T18:30:08Z No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_ALLISON.pdf: 4473839 bytes, checksum: ec9f453166f94072eff2f68fc43791e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-01-15T18:37:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 anjos_ak_dr_rcla.pdf: 4115054 bytes, checksum: 5a5c208184ffdb419015062384640e33 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T18:37:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 anjos_ak_dr_rcla.pdf: 4115054 bytes, checksum: 5a5c208184ffdb419015062384640e33 (MD5) Previous issue date: 2017-12-15 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os hemipteros da infraordem Cicadomorpha são representados por aproximadamente 30.000 espécies de insetos sugadores distribuídos mundialmente. Apesar de se destacarem por causarem muitos prejuízos na agricultura e pecuária pouco se sabe sobre a variabilidade genética e cromossômica desses animais que apresentam cromossomos holocentricos. Os DNAs repetitivos são uma ferramenta útil em estudos de diversificação cariotípica, organização e evolução dos genomas. Deste modo, este trabalho teve como objetivo contribuir com o conhecimento sobre a dinâmica dos cariótipos de representantes de Cicadomorpha e a organização de DNAs repetitivos, especificamente: I. analisar o cariótipo de espécies pertencentes a quatro famílias de Cicadomorpha, bem como caracterizar a heterocromatina constitutiva quanto a riqueza de pares de base; II. inferir a respeito da dinâmica evolutiva de famílias gênicas por meio do mapeamento cromossômico; III. analisar a organização cromossômica e testar a conservação interespecífica da sequência telomérica TTAGGn do pool de DNAs repetitivos obtidos (fração C0t) de espécies do gênero Mahanarva e das sequências teloméricas; IV. Analisar o satelitoma de Mahanarva quadripunctata e comparar os diferentes DNAs satélites de seu genoma com o de outras espécies do gênero visando entender a organização e evolução dos satDNAs neste grupo. Os dados obtidos revelam ampla variabilidade cromossômica entre as distintas famílias, causada principalmente por fusões cromossômicas, entretanto dentro de uma mesma família os cariótipos tendem a apresentar menos variações ao nível macrocromossômico. Embora os Cicadomorpha apresentem variabilidade em números diplóides a organização dos DNAs repetitivos é bastante conservada, mesmo em famílias distantes filogeneticamente, sugerindo estabilidade. Alguns dados foram analisados baseados na filogenia da infraordem, sendo sugerido os possíveis padrões ancestrais. Além disso, as possíveis causas da variabilidade em relação aos padrões modais são sugeridos. Os dados apresentados são um avanço no conhecimento da organização de DNAs repetitivos em Cicadomorpha, sendo para algumas sequências a primeira vez que se realiza algum estudo. / The hemipterans of the Cicadomorpha infraorder are represented by approximately 30.000 species of sucking insects distributed worldwide. Although they stand out by cause many damages in agriculture and livestock, they are poorly studied regarding the genetic and chromosomal variability of these animals that present holocentric chromosomes. Repetitive DNAs are a useful tools in studies of karyotypic diversification, organization and evolution of genomes. The aim of this work was to contribute with knowledge about the dynamics of the karyotypes of Cicadomorpha and the organization of repetitive DNAs, specifically: I. Analyze the karyotype of species belonging to four families of Cicadomorpha, as well as to characterize the constitutive heterochromatin regarding base pairs richess; II. Infer about the evolutionary dynamics of multigene families through the chromosomal mapping; III. Analyze the chromosomal organization and test the interspecific conservation of the telemetric repeat TTAGGn from the pool of repetitive DNA fraction (C0t fraction) of Mahanarva species and telomeric sequences; IV. Analyze the satellitome of Mahanarva quadripunctata and compare the different satellite DNAs of its genome with that from other species of the genus in order to understand the organization and evolution of satDNAs in this group. The data obtained reveal a wide chromosomal variability among the different families, caused mainly by chromosomal fusions, however within a same family the karyotypes tend to present less variations at the macro-chromosomal level. Although Cicadomorpha exhibit variability in diploid numbers, the organization of repetitive DNAs is highly conserved, even in phylogenetically distant families, suggesting stability. Some data were analyzed based on the phylogeny of the infraorder, suggesting possible ancestral patterns. In addition, the possible causes of variability relative to modal patterns are suggested. The data presented is an advance in the knowledge of the organization of repetitive DNAs in Cicadomorpha, being for some sequences the first time that some study is done. / FAPESP: 2014/06226-3.

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Leonor Gusmão / Banca: Joyce Aparecida Martins Lopes Ferraz / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Celso Teixeira Mendes Júnior / Resumo: Na rotina da genética forense, o uso exclusivo dos marcadores STRs (Short Tandem Repeats) em situações que a amostra biológica apresenta-se degradada pode gerar um resultado final estatístico inconclusivo, tornando fundamental a análise de marcadores adicionais para a resolução do caso. Utilizado como método complementar, os polimorfismos InDels (inserção/deleção) têm mostrado grande potencial para superar as limitações dos marcadores tradicionais. A análise de regiões do cromossomo X também vem ganhando significativa importância nesses estudos, especialmente nos casos em que a análise dos autossômicos não é suficiente. Nessa perspectiva, este trabalho teve por objetivo geral caracterizar a população do estado de São Paulo para 32 polimorfismos de inserção/deleção no cromossomo X (32 X-InDels) e avaliar a utilidade desse multiplex na resolução de casos forenses. Para tanto, buscou-se identificar a diversidade genética desses polimorfismos nessa população, a segregação dos alelos entre os genitores (pai e mãe) para as suas respectivas filhas e a eficiência desse painel na amplificação de DNA extraído de amostras ósseas. Para identificar a diversidade genética, foram analisados os perfis genotípicos de 500 indivíduos não aparentados nascidos no estado de São Paulo. Todos os marcadores mostraram-se polimórficos para a população, sendo MID3701 o que apresentou maior diversidade e somente MID2637 se mostrou pouco informativo. O marcador MID1361 apresentou-se em desequilíbrio de Ha... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In forensic genetics routine, the exclusive use of STRs (Short Tandem Repeats) markers when the biological sample is degraded can generate an inconclusive final statistical result, making essential the analysis of additional markers for case resolution. Used as a complementary method, InDels (insertion/deletion) polymorphisms have shown great potential to overcome the limitations of traditional markers. Polymorphisms in the X chromosome is also gaining significant importance in these studies, especially in those cases in which the analysis of the autosomal markers is not enough. In this perspective, this study aimed to characterize the São Paulo state population for 32 X chromosome insertion/deletion polymorphisms (32 X-InDels) and to evaluate the utility of this multiplex in the resolution of forensic cases. Therefore, it was analyzed the genetic diversity of this population, the alleles segregation between the parents and their respective daughters, and the amplification efficiency of this panel in DNA extracted from human bones. To identify genetic diversity, the genotypic profiles of 500 unrelated individuals born in São Paulo state was analysed. All markers were polymorphic for the population, with MID3701 being the most diverse, and MID2637 the less informative. The MID1361 marker was in Hardy-Weinberg disequilibrium and an allelic variant was identified in its short allele. The panel showed high forensic efficiency, confirmed by the accumulated power of discrimination (0.9999999999993 in females and 0.99999993 in males) and by the accumulated mean exclusion chance (0.999996 in trios and 0.99995 in duos). Comparing with other populations, significant values of genetic distance were obtained and São Paulo is closer to three... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Objetivo: Analisar os aspectos clínicos, bioquímicos e moleculares uma família com vários membros afetados por duas doenças ligadas ao X: mucopolisacaridose II e miopia de alto grau. Métodos: Na avaliação familiar de um paciente com Mucopolissacaridose II se descobrem vários meninos afetados pela mesma doença e outros por miopia de alto grau. Os pacientes com MPS II foram estudados com testes clínicos, bioquímicos e moleculares. Os pacientes com miopia foram submetidos a um exame oftalmológico completo, incluindo retinografia, teste de Isihara e eletroretinografia. Resultados e Discussão: O primeiro resultado encontrado na análise de DNA do caso índice foi uma mutação comum no exon 8 (G374G), presente em todos os meninos afetados e ausente nos irmãos normais. Surpreendentemente, a alteração encontrada nos hemizigotos não foi detectada nas heterozigotas obrigatórias, por razões não esclarecidas. Adicionalmente, quando da análise completa do gene da IDS foi encontrado nos afetados e portadoras um rearranjo complexo, com inversão entre o gene e o pseudogene, o que é provavelmente a causa da doença. A miopía encontrada em cinco meninos da mesma irmandade foi de - 9 a - 18 D. Três deles apresentavam nistagmo, e dois estrabismo. A retinografía mostrou mudanças fundoscópicas típicas. O eletroretinograma e o teste a cor de Ishihara foram normais. Conclusões: A mucopolissacaridose II é causada pela deficiência da enzima iduronato- 2-sulfatase, codificada por um gene localizado na região Xq28, com elevada heterogeneidade observada em diferentes populações relatadas na literatura. Em relação à miopia, os resultados encontrados na pesquisa bibliográfica revelaram 12 formas autossômicas e 2 ligadas ao X. A miopia de alto grau ligada ao X, com teste de cor normal, permite descartar a MYP1, enquanto a presença de nistagmo e de estrabismo descarta a MYP13. A presença de duas doenças ligadas ao X em uma mesma família parece ser muito rara, não tendo sido descrita previamente na literatura. / Purpose: To study the clinical, biochemical and molecular aspets of a family with several members affected by two X-linked diseases: mucopolysaccharidosis II and high-grade myopia. Methods: On the family study of a patient with Mucopolysaccharidosis II it was discovered several boys affected by the same disease and others by high-grade myopia. The patients with MPS II were studied with clinical, biochemical and molecular tests. The patients with myopia were submitted to a complete ophthalmologic evaluation, including retinography, Ishihara test and electroretinography. Results and Discussion: The first result found on the DNA analysis of the index case was a common mutation on exon 8 (G374G), also found in all affected boys but not on their normal brothers. The abnormality found on the affected patients was not found on the obligatory carriers, due to reasons so far not understood. In addition, on the full analysis of the IDS gene it was found a complex rearrangement, with inversion involving gene and pseudogene, which is probably the cause of the disease. The myopia found in five boys of the same sibship was of -9 to -18 D. Three of them presented nistagmus, and two strabismus. The retinography showed typical fundoscopic findings. The electroretinogram and the Ishihara color test were normal. Conclusions: The mucopolysaccharidosis II is caused by the deficiency of the enzyme iduronate-2-sulfatase, codified by a gene mapped to Xq28, with high heterogeneity observed in different populations, reported on the literature. Concerning the myopia, the results found on the bibliography search indicated 12 autosomic and 2 X-linked forms. The X-linked high-grade myopia, with normal color test, allow us to discard MYP1. The presence of nystagmus and strabismus discards MYP13. The occurrence of two X-linked diseases in the same family seems to be very rare, and was not described previously in the literature.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-09T14:05:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T14:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) Previous issue date: 2001-08-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cromossomos B são cromossomos extras ao complemento normal, dispensáveis e que seguem suas próprias vias evolutivas, ou seja, têm um padrão de herança distinto do usual (mendeliano) entre os indivíduos que os carreiam. Eles podem se originar tanto intraespecificamente, a partir de quebra dos cromossomos do complemento normal, como interespecificamente, por transposição ou hibridação interespecífica. Estes cromossomos possuem uma característica típica resultante da sua evolução molecular, que os torna heterocromatinizados, com acúmulo de seqüências repetitivas e elementos transponíveis, ás vezes possuindo genes que podem ter efeitos diretos ou indiretos no “fitness” dos indivíduos que os apresentam. Em Partamona helleri foram encontrados indivíduos com até quatro cromossomos B. No intuito de obter informações sobre a origem e estrutura dos cromossomos B dessa espécie foi utilizada a técnica de RAPD para se isolar fragmentos de DNA associados a esses cromossomos. Verificou-se que a técnica de RAPD é útil para detectar seqüências específicas dos indivíduos portadores de cromossomos B. Um marcador RAPD associado aos cromossomos B em Partamona helleri, identificado previamente, foi isolado, clonado e seqüenciado. Os clones obtidos serão muito importantes para a construção de uma sonda específica para cromossomos B em Partamona helleri. Isto permitirá posterior hibridização in situ dessa sonda no genoma desta espécie e de outras relacionadas fornecendo dados sobre a origem dos cromossomos B. Um dos clones do marcador RAPD associado aos cromossomos B isolado foi seqüenciado. Uma análise desta seqüência mostrou que a mesma não codifica nenhuma proteína conhecida, não apresenta homologia com nenhuma outra seqüência específica de cromossomos B e possivelmente é característica de regiões de DNA repetitivo desses cromossomos de Partamona helleri. / B chromosomes are additional dispensable chromosomes that follow their own evolutionary pathway showing an unusual pattern of heredity (non-mendelian) among the individuals that carry them. The B chromosomes could be arised intraespecificaly as fragments of normal chromosomes, or interespecificaly for transposition or hybridization. The typical morphological traits of these chromosomes are results of their molecular evolution that become them heterochromatic, with repeated sequences and transposable elements, sometimes show genes affecting directly or indirectly the fitness of the individuals. Partamona helleri presented at most for chromosomes B per individual. In order to obtain information about the origin and structure of the B chromosomes of Partamona helleri was used a RAPD technical to isolated DNA fragments joined with these chromosomes. The work verified RAPD technical is useful to detect specific sequences of the individual with B chromosomes. One RAPD marker joined with B chromosomes in Partamona helleri, previously identified, was isolated, cloned and sequenced. The clones got will be so important to make specific probe to B chromosomes in Partamona helleri. This becomes possible in situ hybridization of this probe in the genome of this specie and other related species supply information about the origin of the B chromosomes. One of the clones of the RAPD marker joined with B chromosomes isolated was sequenced. Analysis of this sequence showed that it does not codify any protein known, does not present homology with any other B chromosome specific sequence and probably it is characteristic of repetitive DNA regions of the Partamona helleri B chromosomes. / Dissertação importada do Alexandria

QUIXADA, A. T. S. Avaliação da equivalência terapêutica das cópias genéricas do mesilato de imatinibe no tratamento inicial da Leucemia Mieloide Crônica em primeira fase crônica em um centro de referência. 2016. 85 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by ciências farmacêuticas pgcf (pgcf.ufc@gmail.com) on 2017-07-07T13:48:34Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_atsquixada.pdf: 4671422 bytes, checksum: ae93066211e338bd336e0125e9a28902 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2017-07-07T14:12:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_atsquixada.pdf: 4671422 bytes, checksum: ae93066211e338bd336e0125e9a28902 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-07T14:12:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_atsquixada.pdf: 4671422 bytes, checksum: ae93066211e338bd336e0125e9a28902 (MD5) Previous issue date: 2016-07-13 / Imatinib has revolutionized the treatment of Chronic Myeloid Leukemia by modifying its natural history. Several studies have demonstrated that achieving and maintaining major molecular response is a goal that, when achieved, offers the patient life expectancy similar to that of the general population. However, there are few consistent data on the efficacy and adverse effects of generic imatinib presentations. This study aimed to evaluate the response to treatment with generic imatinib 400 mg QD day for adult patients with chronic phase CML at a university hospital, and compare it with the group that used the brand imatinibe. The study, retrospective and observational, analyzed the records of 80 patients, 40 in each group, without experimental step. The comparative analysis included 29 patients who used the brand medication and 32 who used the generic presentation for 12 consecutive months. Treatment response was assessed according to the European Leukemia Network (ELN) criteria. We analyzed the results of the monitoring tests for therapeutic response at three, six and twelve months of treatment with the brand product and generic copy. The statistical analysis used the Statistical Package Program for Social Sciences (SPSS) 22.0, and applied Kolmogorov Smirnov, Mann Whitney and Log-rank Mantel-Cox tests, with 5% significance level. With the original medicine, at three months, the optimal treatment response (BCR-ABL1IS ≤ 10%) was achieved by 62% (18/29) of patients. At six months, 41.4% (12/29) hit the optimal response with the reduction of at least 2 logs (BCR-ABL1IS ≤ 1%). Finally, at 12 months, 48.2% (14/29) of patients achieved major molecular response (MMR) which corresponds to the BCR-ABL1IS ≤ 0.1%. With the generic medication, major response at three months was achieved by 62.5% (20/32). At six months, 71.9% of patients achieved an optimal response (23/32). Finally, at twelve months, 53.1% (17/32) of patients achieved the target of RMM. A slight increase in the prevalence of non-hematological adverse events of the gastrointestinal tract in the generic group was observed. The results of this study suggests that the response profile of adult patients with CP-CML using imatinib 400 mg QD in its generic presentation is comparable in the first evaluation and even surpasses the results obtained with the brand medication. We conclude that, in this sample, does not exist inferiority of the drug in its generic presentation. / O imatinibe revolucionou o tratamento da Leucemia Mielóide Crônica (LMC) ao modificar sua história natural. Vários estudos já evidenciaram que alcançar e manter a resposta molecular maior é uma meta que, ao ser obtida, oferece ao paciente expectativa de vida semelhante à da população em geral. Entretanto, há poucos dados consistentes na literatura sobre a eficácia e efeitos adversos das apresentações genéricas do imatinibe. O presente estudo teve como objetivo avaliar a resposta ao tratamento com imatinibe genérico, 400 mg/dia em pacientes adultos de um hospital universitário, portadores de LMC em fase crônica e compará-la com a do grupo que fez uso do imatinibe de referência. O estudo, observacional e retrospectivo, analisou os registros de prontuários de 80 pacientes, 40 em cada grupo, sem incluir fase experimental. Foram incluídos na análise comparativa os 29 pacientes que usaram a medicação de referência e os 32 que fizeram uso da apresentação genérica, por 12 meses consecutivos. A resposta ao tratamento foi avaliada segundo os critérios da European Leukemia Network (ELN). Foram analisados os resultados de exames de monitorização da resposta terapêutica aos três, seis e doze meses de tratamento com o medicamento de referência e a cópia genérica. A análise estatística utilizou o programa Statistical Package for Social Sciences (SPSS), versão 22.0, empregando os testes de Kolmogorov Smirnov, Mann Whitney e Log-rank Mantel-Cox, com nível de significância de 5%. Com a medicação de referência, aos três meses de tratamento a resposta ótima (BCRABL1EI ≤ 10%) foi alcançada por 62% (18/29) dos pacientes. Aos seis meses, 41,4% (12/29) atingiu a resposta ótima com redução de pelo menos 2 logs (BCR-ABL1EI ≤ 1%) e aos 12 meses, 48,3% (14/29) dos pacientes alcançou a resposta molecular maior (RMM) que corresponde ao BCR-ABL1EI ≤ 0,1%. Com a medicação genérica, uma resposta ótima aos três meses foi atingida por 62,5% (20/32). Aos seis meses, 71,9% dos pacientes conseguiu um resultado ótimo (23/32), E por fim, aos doze meses, 53,1% (17/32) dos pacientes obteve a meta de RMM. Foi observado um discreto aumento da prevalência dos eventos adversos não hematológicos do trato gastrointestinal no grupo genérico. Os resultados deste estudo sugerem que o perfil da resposta dos pacientes adultos portadores de LMC-FC em uso de imatinibe 400 mg/dia em sua apresentação genérica se equipara na primeira avaliação, e até ultrapassa, os resultados obtidos com a medicação de referência. Concluímos que inexistiu, nesta amostra, inferioridade de ação do medicamento em sua apresentação genérica.