Dois sistemas para amplificação simultânea de short tandem repeats (STRs) do cromossomo X foram desenvolvidos neste trabalho. O Multiplex 1 foi composto por HPRTB, DXS101, DXS7424, DXS6807, DXS6800 e GATA172D05 e o Multiplex 2 foi composto por DXS8378, DXS7133, DXS9898, DXS7423, DXS6809, DXS6789, DXS8377 e DXS6801. Além do desenvolvimento de dois sistemas multiplex, nós apresentamos, neste estudo, a freqüência alélica para esses locos na população do Rio Grande do Sul, Brasil. A amostra foi composta por um total de 266 indivíduos, sendo 125 mulheres e 141 homens. O equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) foi testado na amostra feminina e não foram encontrados desvios significativos após a correção de Bonferroni. Os testes de desequilíbrio de ligação (LD) foram realizados para todos os pares de locos e três resultados significativos, após a correção de Bonferroni, de 91 comparações, foram obtidos entre DXS101 e DXS8377 (P<0,001), DXS7133 e DXS6809 (P<0,001) e DXS7423 e DXS6809 (P<0,001). O poder de discriminação em mulheres (PDF) variou entre 0,832 para DXS6801 e 0,987 para DXS8377. DXS6801 foi o marcador menos informativo (PIC=0,605), enquanto o DXS8377 foi o loco mais polimórfico (PIC=0,911), seguido pelo DXS101 (PIC=0,872). / We developed two multiplex systems for the coamplification of X-chromosomal short tandem repeats (STRs). X-Multiplex 1 consisted of HPRTB, DXS101, DXS7424, DXS6807, DXS6800 and GATA172D05 and X-Multiplex 2 consisted of DXS8378, DXS7133, DXS9898, DXS7423, DXS6809, DXS6789, DXS8377 and DXS6801. In addition, we present allele frequencies for this loci in a south Brazilian population comprising 125 females and 141 males. Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) was tested in the female sample and no significant deviations were found, after applying Bonferroni’s correction. Linkage disequilibrium (LD) tests were performed for all pairs of loci and three significant results, even after applying Bonferroni’s correction, out of 91 pairwise comparisons, were obtained between DXS101 and DXS8377 (P<0.001), DXS7133 and DXS6809 (P<0.001) and DXS7423 and DXS6809 (P<0.001). The power of discrimination in females (PDF) varied between 0,832 for DXS6801 and 0,987 for DXS8377. DXS6801 was the least informative marker (PIC=0,605), while DXS8377 was the most polymorphic (PIC=0,911), followed by DXS101 (PIC=0,872).

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Thyciana Rodrigues Ribeiro. Raquitismo hipofosfatêmico familiar : estudo sobre peptídeos salivares e estrutura mineral dentária. 2013. 112 f. Tese (Doutorado em Odontologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Fortaleza, 2013. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-07-02T13:17:03Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_trribeiro.pdf: 1978406 bytes, checksum: f8d95926d92697c8b6b152595d185cb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-07-04T16:15:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_trribeiro.pdf: 1978406 bytes, checksum: f8d95926d92697c8b6b152595d185cb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-04T16:15:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_trribeiro.pdf: 1978406 bytes, checksum: f8d95926d92697c8b6b152595d185cb3 (MD5) Previous issue date: 2013 / X-linked hypophosphatemic rickets (XLHR) is the most common cause of heritable rickets, with an incidence of 1:20,000 live births, representing more than 80% of familial hypophosphatemic rickets. Saliva is the most easily available and accessible body fluid, which makes it one of the most sought after tools in diagnostic pathology. In this context, this thesis, constituted by 4 articles aimed to: (1) describe the main systemic manifestations, oral findings and dental management in 3 generations of an affected family; (2) analyze the mineralization pattern of enamel and dentin in patients affected by XLHR using micro-CT, and to associate enamel and dentin mineralization in primary and permanent teeth with tooth position, gender and presence/absence of this disease; (3) evaluate the peptide profile in the saliva of patients with X-linked hypophosphatemic rickets using high performance liquid chromatography; and (4) characterize salivary proteins in this condition using unidimensional electrophoresis. On study 1, oral exams, laboratorial and histologic evaluations, cone-beam computed tomographies, panoramic and periapical radiographs were performed to properly institute the most adequate treatment strategy. On study 2, teeth were collected from 5 individuals from the same family. Gender, age, tooth position (anterior/posterior) and tooth type (deciduous/permanent) were recorded for each patient. Following collection, teeth were placed in 0.1% thymol solution until Micro-CT scan. Projection images were reconstructed and analyzed. On study 3, unstimulated whole and stimulated parotid saliva were obtained from 8 individuals with (AFF) and 8 healthy individuals, both genders, without (CON) x-linked hypophosphatemic rickets aged from 8 to 66 years. Supernatants were analyzed by high performance liquid chromatography, and the salivary flow rate (ml/min) was calculated. Each major peak in the HPLC chromatogram of each sample was characterized. On study 4, unstimulated whole and stimulated parotid saliva were also obtained, being total protein concentration determined by the Bicinchoninic Acid Protein (BCA) method. Proteins were characterized according to their molecular weights within the unidimensional electrophoresis. The study 1 showed the importance of the knowledge of clinical signs and symptoms of XLHR for the correct diagnosis of this disease, and for the establishment of preventive and comprehensive dental care. On article 2, teeth of all affected patients presented dentin with a different mineralization pattern compared to the teeth of the healthy individual with dentin defects observed next to the pulp chambers. On the third article, whole and parotid salivary flows were significantly different (p = 0.001), being flow of whole saliva higher (0.518 ± 0.282 mL/min) than parotid saliva (0.124 ± 0.086 mL/min). Whole salivary flow rate was higher in the AFF group (0.698 ± 0.229) than in the CON group (0.339 ± 0.210 mL/min) (p = 0.006). Twenty-eight peaks were found in whole and 21 peaks in parotid saliva. Whole saliva of the CON group presented lower number of peaks than AFF group. In parotid saliva, peaks 17 and 28 (retention times: 24 and 39 min) were found exclusively in the AFF group, and peak 13 (retention time: 19 min) exclusively in the CON. Article 4 showed difference concerning to total protein concentration between whole and parotid saliva (p < 0.001), being higher concentration found in whole saliva (102.603 ± 42.336 µg/mL) than in parotid saliva (0.699 ± 0.438 µg/mL). Bands with 102 kDa, 48 kDa and 24 kDa presented higher intensity in whole saliva of CON group (p = 0.015, p = 0.043 and p = 0.022). In conclusion, XLHR patients presented specific characteristics in dentin mineralization and salivary proteins and peptides, which can lead to differentiate these patients from healthy individuals, improving the diagnostic field. / Raquitismo hipofosfatêmico ligado ao cromossomo X (XLHR) é a maior causa de raquitismo hereditário, com uma incidência de 1:20.000 nascidos vivos, representando mais de 80% das formas de raquitismo hipofosfatêmico familiar. A saliva é o fluido humano mais disponível e de fácil acesso, o que faz dela uma das ferramentas mais pesquisadas no diagnóstico de patologias. Nesse contexto, essa tese, constituída de 4 artigos objetivou: (1) descrever as principais manifestações sistêmicas, achados orais e tratamentos dentários em 3 gerações de uma família afetada; (2) analisar o padrão de mineralização do esmalte e da dentina nos pacientes afetados por XLHR, utilizando microtomografia computadorizada (Micro CT), e associar a mineralização do esmalte e da dentina em dentes decíduos e permanentes, segundo gênero e presença/ausência da doença; (3) avaliar o perfil de peptídeos na saliva de pacientes com XLHR, utilizando cromatografia líquida de alta performance (HPLC); e (4) caracterizar proteínas salivares nessa condição, utilizando eletroforese unidimensional. No estudo 1, exames orais, laboratoriais e avaliações histológicas, tomografias computadorizadas cone-beam e radiografias periapicais foram realizadas para a apropriada instituição da estratégia de tratamento mais adequada. No estudo 2, dentes foram coletados de 5 indivíduos de uma mesma família. Gênero, idade, posição dentária (anterior/posterior) e tipo dentário (decíduo/permanente) foram registrados para cada paciente. Após a coleta, os dentes foram colocados em solução de timol a 0,1% até a análise através do Micro CT. As imagens projetadas foram reconstruídas e analisadas. No estudo 3, saliva total não estimulada e saliva de parótida estimulada foram obtidas de 8 indivíduos afetados com (AFF) e 8 indivíduos sem (CON) XLHR, de ambos os gêneros e idades entre 8 e 66 anos. Sobrenadantes foram analisados por meio de HPLC e o fluxo salivar (mL/min) foi calculado. Os picos que se apresentaram maiores nos cromatogramas do HPLC foram caracterizados. No estudo 4, saliva total não estimulada e saliva de parótida estimulada também foram obtidas, sendo a concentração de proteínas totais determinada pelo Método do Ácido Bicinconínico (BCA). Proteínas foram caracterizadas de acordo com o peso molecular através de eletroforese unidimensional. O estudo 1 mostrou a importância do conhecimento dos sinais e sintomas clínicos do XLHR para o correto diagnóstico dessa doença, e para o estabelecimento de atendimento odontológico preventivo e abrangente. No artigo 2, os dentes de todos os pacientes afetados apresentaram dentina com padrão de mineralização diferente comparado aos dentes de indivíduos saudáveis, sendo os defeitos na dentina observados próximo às câmaras pulpares. No artigo 3, os fluxos salivares da saliva total e de parótida foram significativamente diferentes (p=0,001), sendo o fluxo de saliva total maior (0,518 ± 0,282 mL/min) do que o de saliva de parótida (0,124 ± 0,086 mL/min). O fluxo salivar da saliva total foi maior no grupo AFF (0,698 ± 0,229) que no grupo CON (0,339 ± 0,210 mL/min) (p = 0,006). Vinte e oito picos foram encontrados em saliva total e 21 em saliva de parótida. A saliva total do grupo CON apresentou menor número de picos que a do grupo AFF. Na saliva de parótida, os picos 17 e 28 (tempos de retenção: 24 e 39 min) foram encontrados exclusivamente no grupo AFF e o pico 13 (tempo de retenção: 19 min) no CON. Artigo 4 demonstrou diferença relacionada à concentração de proteínas totais entre saliva total e de parótida (p < 0,001), sendo a maior concentração encontrada na saliva total (102,603 ± 42,336 µg/mL) que na saliva de parótida (0,699 ± 0,438 µg/mL). Bandas com 102 kDa, 48 kDa e 24 kDa apresentaram maior intensidade na saliva total do grupo CON (p = 0,015, p = 0,043 e p = 0,022). Em conclusão, pacientes com XLHR apresentaram características específicas relacionadas à mineralização dentinária e proteínas e peptídeos salivares que podem levar à diferenciação desses pacientes de indivíduos saudáveis, avançando no campo diagnóstico.

Adrenoleucodistrofia ligada ao cromossomo X (X-ALD) é um Erro Inato do Metabolismo dos peroxissomos, que se caracteriza pelo acúmulo de ácidos graxos de cadeia muito longa (VLCFA) em fluidos e tecidos corporais. É causada por mutações no gene ABCD1, o qual codifica uma proteína responsável por transportar VLCFA do citosol para dentro do peroxissomo, para serem oxidados. Apesar dos mecanismos relacionados ao dano tecidual ainda não estarem bem elucidados, estudos vêm mostrando que o acúmulo de metabólitos tóxicos e o estresse oxidativo podem estar relacionados com a fisiopatologia da doença. Considerando que ainda não foi reportado dano ao DNA em pacientes X-ALD, e que muitos estudos vêm investigando as propriedades antioxidantes de N-acetil-L-cisteína (NAC), rosuvastatina (RSV) e trolox (TRO), os objetivos deste trabalho foram avaliar o dano ao DNA em HTZ e pacientes sintomáticos portadores de X-ALD, verificar o efeito in vitro de NAC, TRO e RSV sobre o dano ao DNA nestes pacientes, estudar associações entre o dano ao DNA e a peroxidação lipídica e, por fim, investigar a capacidade da NAC em aumentar, in vitro, os níveis de glutationa (GSH) e sulfidrila nos pacientes X-ALD. Não foi verificada diferença significativa no dano ao DNA em mulheres HTZ, quando comparado a controles. Em contraste, pacientes sintomáticos apresentaram um maior índice de dano ao DNA comparado às HTZ e ao grupo controle. No ensaio in vitro, foi observado que os antioxidantes NAC (1 e 2,5 mM), TRO (25 e 75 μM) e RSV (0,5; 2 e 5 μM) foram capazes de reduzir o dano ao DNA em pacientes sintomáticos a níveis de controle. Além disso, observamos uma correlação positiva entre o dano ao DNA e o nível de isoprostanos urinários (biomarcador de dano a lipídios), o que nos permite inferir que o dano ao DNA poderia estar sendo causado por processos oxidativos em pacientes sintomáticos. Verificou-se também que os conteúdos de glutationa eritrocitária e sulfidrila plasmática estavam diminuídos em pacientes X-ALD (independentemente do fenótipo) e que 5 mM de NAC, in vitro, foi capaz de aumentar estes parâmetros a níveis de controle saudáveis. O presente trabalho fornece evidências experimentais de que há dano ao DNA em pacientes X-ALD, os quais possuem níveis diminuídos de GSH e sulfidrila, e que a administração dos antioxidantes NAC, TRO e RSV poderia ser considerada uma terapia adjuvante no tratamento da X-ALD. / X-linked adrenoleukodystrophy (X-ALD) is an inborn error of peroxisome metabolism which is characterized by the accumulation of very long chain fatty acids (VLCFA) in tissue and body fluids. It is caused by mutations in the ABCD1 gene, which encodes a protein responsible for transporting VLCFA from cytosol to peroxisomes to be oxidized. Although the mechanisms underlying tissue damage are still poor understood, studies have been shown that the accumulation of toxic metabolites and oxidative stress may be related to the pathophysiology of X-ALD. Considering that DNA damage was not reported in X-ALD patients yet, and that former studies have been investigated the antioxidant properties of N-acetyl-L-cistein (NAC), rosuvastatin (RSV) and trolox (TRO), the aims of this study were to evaluate DNA damage in HTZ and symptomatic X-ALD patients, to study the in vitro effect of NAC, TRO and RSV on DNA damage in these patients, to look for associations between DNA damage and lipid peroxidation and to verify the ability of NAC in increasing, in vitro, glutathione (GSH) and sulfhydryl levels on X-ALD patients. It was verified no significant difference on DNA damage in HTZ women when compared to controls. In contrast, symptomatic patients presented higher DNA damage levels, compared to HTZ and control group. In the vitro assay, it was observed that the antioxidants NAC (1 e 2,5 mM), TRO (25 e 75 μM) and RSV (0,5; 2 e 5 μM) were able to reduce DNA damage in symptomatic patients until control levels. Likewise, our results showed positive correlation between DNA damage and urinary isoprostanes (biomarker of lipid damage), allowing us to hypothesize that DNA damage might be caused by oxidative processes in symptomatic patients. It was also verified that the plasmatic sulfhydryl content and erythrocyte glutathione levels were decreased in X-ALD patients (regardless of the phenotype) and that 5mM of NAC in vitro was able to increase these parameters until control levels. The present work yields experimental evidence that DNA damage occurs in X-ALD patients, which have GSH and sulfhydryl levels reduced and that the administration of the NAC, TRO and RSV antioxidants might be considered as an adjuvant therapy for X-ALD.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:34:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_7408_Dissertação_Victor Stange.pdf: 1361734 bytes, checksum: 9391465ddde32893769c767a55710774 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / A agressão sexual ignora as barreiras culturais, classes sociais, níveis socioeconômicos e limitações pessoais. Os casos de estupro, homicídio sexual e outras formas de abuso sexual têm sido reconhecidos como problema de saúde pública. Esses casos vêm sendo crescentemente visados pelas ciências forenses, com o objetivo de desenvolver estratégias mais eficientes de identificação e penalização dos culpados. Biomarcadores seminais já vêm sendo usados na detecção de sêmen em amostras vaginais em casos de violência sexual mas em alguns casos a mistura dos fluidos biológicos resulta na mistura de tipos sorológicos impossibilitando a identificação do agressor. Desde 1985, o DNA passou a ser empregado como ferramenta de identificação, trazendo avanços e resolvendo muitos casos criminais e cíveis. A problemática atual na Polícia Civil do Espírito Santo é que para a realização dos testes genéticos (genotipagem por STR), é essencial a detecção de espermatozóides ou PSA nas amostras, servindo como um teste de triagem. Mesmo quando os espermatozóides são ausentes, vários tipos de células não espermáticas são deixados pelo perpetrador (epiteliais, leucócitos, células germinativas imaturas, etc.) e, apesar de não serem extraídas pelo método diferencial, ainda representam fonte viável de DNA para análise. Objetivando-se identificar a presença de DNA masculino em amostras de mulheres vítimas de violência sexual foram analizadas 132 amostras. Utilizando seis marcadores moleculares específicos do cromossomo Y e as técnicas de PCR e análise em gel de poliacrilamida, foi possível identificar 19 amostras promissoras para a genotipagem apesar de terem SC e PSA negativos. Os marcadores AMEL Y, SRY D&E e DYS270 apresentaram altas taxas de acerto, sensibilidade, especificidade e exatidão. Com isso, verificou-se que o trabalho proposto apresenta bom grau de confiabilidade, dando novas perspectivas para a triagem de amostras. Os resultados obtidos fornecem mais informações sobre algumas lacunas das análises forenses envolvendo amostras de crime sexual no estado do Espírito Santo.

Este trabalho teve como meta principal contribuir para elucidar algumas das questões em aberto pertinentes à história evolutiva e antropológica de populações nativas americanas. Para isso investigou-se marcadores uniparentais paternos, ligados à NRY, e materno, mtDNA. Para o cromossomo Y foram investigados 108 indivíduos (85 sulameríndios de 16 tribos, pertencentes a 5 grupos lingüísticos, além de 23 asiáticos (siberianos), compreendendo 6 grupos étnicos distintos). Para o mtDNA foram investigados 160 indivíduos (homens e mulheres), compreendendo 10 tribos sulamericanas, pertencentes a 5 grupos lingüísticos distintos. Para o cromossomo Y foram utilizados 26 marcadores (SNPs). Para o mtDNA a região controladora-RC (HVS-I: da posição 16.024 até 16.569, e HVS-II: da posição 001 até 576) e a região imediatamente 5’ à região controladora foram seqüenciadas. Foi possível determinar para o cromossomo Y que Q1a3a* (autóctone nativo-americano, de provável origem beringiana) está fixado em 63% das tribos; o haplogrupo Q1a3*, que por outro lado também é encontrado na Ásia, foi observado entre os Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) e esquimós asiáticos (17%). Merece destaque que Q1a3* parece ser o que até agora era identificado como sendo apenas “haplogrupo Q*”, ou seja, cromossomo Y portador do alelo derivado no loco M242, mas com alelo ancestral para o M3. Nenhuma das novas mutações mencionadas na atual árvore filogenética do cromossomo Y (com exceção do M346, que define Q1a3*) foram encontradas. O seqüenciamento de regiões do cromossomo Y não revelou nenhuma nova mutação. No caso do mtDNA, os indígenas do tronco Ge mostram os haplogrupos B e A como sendo os mais freqüentes, enquanto que nos Tupi esses haplogrupos apresentam freqüências mais elevadas apenas em regiões bastante restritas, ficando o haplogrupo D como o mais freqüente. Cabe salientar que o haplogrupo C apresenta freqüência muito baixa tanto para os Ge quanto para os Tupi, sendo que freqüências um pouco mais elevadas estão quase que geograficamente opostas, ficando no sul do Brasil para os Ge e no norte para os Tupi. Avaliando o modelo de fissão-fusão pôde-se sugerir que: 1) As linhagens mitocondriais tribo-específicas dentro das tribos Kayapó aqui investigadas dificilmente representariam linhagens autóctones, já que o tempo de surgimento de cada tribo por processo de fissão é pequeno para comportar uma rede de novas mutações. As especificidades poderiam estar vinculadas ao modelo de fissão envolvendo grupos de pessoas aparentadas via materna. Nesse caso, grupos de parentes carregariam para fora do grupo parental todas as seqüências pertencentes a uma determinada linhagem. Assim a linhagem estaria presente somente no grupo derivado e não mais no parental; 2) Perda de linhagens parentais na dispersão e/ou por deriva na formação do novo grupo, o que resultaria na diferença encontrada entre os grupos derivados; 3) Embora não se possa excluir alguma fusão posterir a fissão, a quantidade de linhages exclusivas nas tribos Kayapó estaria indicando relativo isolamento dos grupos depois da fissão (ausência ou baixa freqüência de fluxo gênico entre os grupos fissionados levando à relativa baixa freqüência de linhagens compartilhadas), o que denota o fato do fenômeno ser recente (atritos ainda presentes na memória coletiva e/ou familiar dos grupos fissionados) como estabelecido pelos dados históricos (início do século XVII). Esse fato poderia sugerir que a fusão demanda mais tempo para ocorrer; 4) O compartilhamento das linhagens mais comuns, normalmente na raiz das networks, entre os Tupi e os Ge, parece denotar mais ancestralidade comum do que importante fluxo gênico depois da formação desses dois grandes estoques lingüísticos. / This work has as its main aim to elucidate some of the still open questions about the evolutive and anthropological history of the Native American populations. Paternal uniparental markers, in the NRY, and maternal, mtDNA, were investigated to do that. For the Y chromosome, 108 individuals were investigated (85 South-Amerindians from 16 tribes, belonging to 5 linguistic groups, and 23 Asians (Siberians), covering 6 distinct ethnical groups). For the mtDNA, 160 individuals (men and women) were evaluated, covering 10 South-American tribes, belonging to 5 distinct linguistic groups. For the Y chromosome 26 SNPs were tested and some regions sequenced. For the mtDNA the control region-CR (HVS-I: from position 16.024 to 16.569, and HVS-II: from position 001 to 576) and the region immediately 5’ of the control region were sequenced. It was possible to determine that Q1a3a* (a Native American autoctonous chromosome, probably of Beringian origin) is fixed in 63% of the tribes; the haplogroup Q1a3*, which, moreover, is also encountered in Asia, was observed in Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) and Asian Eskimos (17%). It is worth mentioning that Q1a3* appears to be what until now has been identified as “haplogroup Q*” only, that is, Y chromosome carrier of the derived allele in the M242 locus, but with an ancestral allele for M3. Any of the new mutations mentioned in the current Y chromosome phylogenetic tree (except M346, which defines Q1a3*) were encountered. Sequencing of Y chromosome regions hasn’t revealed any new mutation. In the mtDNA’s case, the Ge indians show the haplogroups B and A as the most frequent ones, while in the Tupi indians these haplogroups show high frequencies only in very restrict regions, being haplogroup D the most frequent. It should be noted that haplogroup C shows very low frequency in both Ge and Tupi, the slightly higher frequencies occuping almost geographically opposite locations, at the South of Brazil for the Ge and on the North for the Tupi. On evaluating the fission-fusion model it could be suggested that: 1) Tribe-specific lineages in the Kayapó tribes investigated here would hardly represent autoctonous lineages, since the time of emergence of each tribe by fission process is small to bear a web of new mutations. The specificities could be related to the fission model involving maternally related groups of people. In this case, groups of relatives would carry out of the parental group all the sequences belonging to a determined lineage. Therefore the lineage would be present only in the derived group and not in the parental anymore; 2) Loss of parental lineages in the dispersion and/or by drift in the new group’s formation, which would result in the differences found between the derived groups; 3) Though some fusion posterior to the fission cannot be excluded, the amount of exclusive lineages in the Kayapó tribes would indicate a relative isolation of the groups after the fission (absence or low frequency of gene flow between the fissioned groups leading to relative low frequency of the shared lineages), which denotes the fact of the phenomenon being recent (struggles still present in the collective and/or familiar memories of the fissioned groups) as estabilished by historical data (beginning of the XVII century). This fact could suggest that the fusion demands more time to occur; 4) The sharing of the more common lineages, normally in the networks’ nodes, between Tupi and Ge, appears to denote more common ancestrality than important gene flow after the formation of these two great linguistic stocks.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-28Bitstream added on 2014-06-13T20:03:27Z : No. of bitstreams: 1 ianella_p_dr_sjrp.pdf: 5541345 bytes, checksum: a1c64b45b93d1e1381e39a7aadaede7d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nsf - Nacional Science Foundation / O cromossomo X apresenta conteúdo conservado entre as diferentes espécies de mamíferos. No de búfalo de rio (Bubalus bubalis), espécie que vem ganhando interesse econômico no Brasil e no mundo, sua morfologia é acrocêntrica. No presente trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH do cromossomo X bubalino gerado a partir do recentemente construído painel de células híbridas irradiadas búfalo-roedor (BBURH5000). Este mapa contém um total de 33 marcadores derivados de bovino, incluindo dez genes, quatro ESTs e 19 microssatélites. Estes marcadores estão distribuídos em dois grupos de ligação: LG1 com oito marcadores e abrangendo 125.6 cR, e o LG2 com 25 marcadores abrangendo 366.3 cR. As freqüências de retenção (FR) dos marcadores variaram de 7,8% para o gene UREB1 a 28,9% para os microssatélites MAF45 e INRA30. O BBUXRH5000 foi comparado ao mapa de seqüência e mapa RH3000 do cromossomo X bovino evidenciando alguns poucos rearranjos entre as duas espécies, e alguns prováveis erros de mapeamento em uma das duas espécies quando comparado com BTAX build 3.1 bovino. A utilização de primers derivados de boi para mapeamento em búfalo foi realizada com êxito, e a distribuição dos marcadores ao longo do X considerada satisfatória, culminando em uma cobertura adequada para os primeiros esforços de mapeamento deste cromossomo. Análises comparativas do BBUX com o cromossomo X de outras espécies de mamíferos (humano, camundongo, ovelha, cavalo e cachorro) foram realizadas, revelando grande conservação de sintenia deste cromossomo na classe mamífera e, extensa conservação da ordem gênica entre búfalo e ovelha e búfalo e boi. O BBUXRH5000 aqui apresentado é um ponto de partida para a construção de mapas de alta resolução, necessários para caracterização de rearranjos que ocorreram durante a evolução e futuros estudos com o objetivo de dissecar características genéticas de interesse econômico. / The X chromosome shows conserved content among different mammalian species. In river buffalo (Bubalus bubalis), a brazilian and worldwide economic important specie, the X chromosome morphology is acrocentric. Here we report the first radiation hybrid map of the river buffalo X chromosome generated from a recently constructed river buffalo (Bubalus bubalis) whole-genome radiation hybrid panel (BBURH5000). This map contains a total of 33 cattle-derived markers, including ten genes, four ESTs and 19 microsatellites. The markers are distributed in two linkage groups: LG1 contains eight markers spanning 125.6 cR, and LG2 contains 25 markers spanning 366.3 cR. The retention frequency (RF) of individual markers across the panel ranged from 7.8% to the gene UREB1 and 28,9 to the microsatellites MAF45 and INRA30. The BBUXRH5000 was compared with the bovine sequence assembly (build 3.1) and RH3000 bovine X chromosome maps and showed few rearrangements between these species, and possible mapping errors in one of the two species when compared with BTAX build 3.1. The use of cattle-derived primers using carried out successfully and the markers distribution along the chromosome was satisfactory, resulting in adequate coverage for a first mapping effort of this chromosome. Comparative analysis between BBUX and X chromosome from other mammalian species (human, hamster, sheep, horse and dog) were carried out showed extensive sinteny conservation of the X chromosome in the Mammalian Class, and gene order conservation between river buffalo and sheep and river buffalo and cattle. The BBUXRH5000 here presented is the start-pointing for the construction of high-resolution map, which is necessary for characterization of rearrangements occurring during evolution and futures studies in order to dissect economically important traits.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2828.pdf: 14647874 bytes, checksum: 8fb4ecaf07755c78ec51b1069a9943aa (MD5) Previous issue date: 2010-01-29 / Universidade Federal de Sao Carlos / Cyphocharax nagelii, Cyphocharax modestus, and Steindachnerina insculpta were the curimatid species analyzed in the present work. The objectives for all species were to identify sequences that could be used as chromosomal markers, to infer on the active mechanisms in their chromosomal evolution and of the family Curimatidae, and to determine indirectly the nucleotide composition of chromosomal regions. Additionally, the present work also aimed to analyze the B chromosome of C. nagelii, investigating the mitotic and meiotic behavior of this element and making inferences on its origins and evolution. The encountered diploid number was of 2n=54 with meta- and submetacentric chromosomes, corroborating the karyotypic macrostructure of the family Curimatidae. B chromosomes were detected in C. nagelii and analyses indicated that this element is potentially stable during mitosis. The presence of B chromosomes in other curimatid species suggests that this element represents an additional karyotypic differentiation mechanism. In the analyses of metaphase I cells of C. nagelii, the B chromosome behaved as a univalent, indicating possible segregation instability of this element. The C-banding technique evidenced heterochromatin blocks in the pericentromeric region of all chromosomes of the complement, as well as a few telomeric blocks, in the three studied species (B chromosomes in C. nagelii are heterochromatic). No chromosomal heteromorphisms regarding size, morphology, or C-banding pattern that could be associated with the presence of sex chromosomes were found in any of the three curimatid species. Microdissection of the B chromosome and consequent in situ hybridization with the produced probe showed that these elements share many mutual sequences, but the same does not occur with chromosomes of complement A of C. nagelii, C. modestus, or S. insculpta. The use of the base-specific CMA3/DAPI fluorochromes, silver nitrate staining, and 18S rDNA probes allowed the identification of 45S rDNA sites. These sites are present in an autossome pair in the three studied species, as well as in most curimatids. In C. nagelii and C. modestus, the 5S rDNA region is present in chromosome pairs 3 and 20; in S. insculpta only pair 3 contained the 5S rDNA gene. The presence of 5S rDNA in the third pair of the three described species points to a possible conserved location of this gene. A size difference was seen between the 5S rDNA sites, probably owing to the presence of two quantitavely different clusters of this ribosomal sequence. The B chromosomes of C. nagelii do not support 5S or 18S rDNA sequences and were not differentially marked by DAPI or CMA3. The hypothesis that karyotypic evolution in curimatids involves rearrangements of the centric fission/fusion and pericentric inversion type was suggested. Telomeric DNA sequences (TTAGGG)n were used in C. nagelii. The chromosomes of complement A as well as of complement B showed signs in the telomeric region. Furthermore, at least two autosome pairs exhibited telomeric sequences in an interstitial position, thus corroborating the hypothesis of centric fission/fusion evolution combined with pericentric inversion for the family Curimatidae. / Cyphocharax nagelii, Cyphocharax modestus e Steindachnerina insculpta, foram as espécies de curimatídeos analisadas no presente trabalho. Nas três espécies investigadas, os objetivos foram identificar sequências que pudessem ser usadas como marcadores cromossômicos, inferir sobre os mecanismos atuantes na evolução cromossômica destas espécies e paralelamente na família Curimatidae e ainda, determinar indiretamente a composição nucleotídica de regiões cromossômicas. Além disso, também foi objetivo do presente trabalho a análise do cromossomo B de C. nagelii, procurando investigar o comportamento mitótico e meiótico deste elemento e fazer inferências sobre sua origem e evolução. O número diplóide encontrado foi 2n=54 com cromossomos meta- ou submetacêntricos, corroborando a macroestrutura cariotípica da família Curimatidae. Foi detectada a presença de cromossomos B em C. nagelii, e as análises indicaram que este elemento seria mitoticamente estável. A presença de cromossomos B em outras espécies de curimatídeos sugere que este elemento represente um mecanismo de diferenciação cariotípica adicional. Nas análises de células metafásicas I de C. nagelii, o cromossomo B comportou-se como um univalente, indicando uma possível instabilidade segregacional desse elemento. A técnica de bandamento C, evidenciou blocos de heterocromatina na região pericentromérica de todos os cromossomos do complemento, e alguns blocos teloméricos, nas três espécies estudadas; os cromossomos B de C. nagelii são heterocromáticos. Nas três espécies de curimatídeos não foram encontrados heteromorfismos cromossômicos, quanto ao tamanho, morfologia ou padrão de bandamento C, que pudessem estar associados à presença de cromossomos sexuais. A microdissecção cromossômica do B e a conseqüente hibridação in situ com a sonda produzida, mostraram que estes elementos compartilham muitas seqüências entre si, mas, o mesmo não ocorre com os cromossomos do complemento A de C. nagelii ou de C. modestus e S. insculpta. O uso dos fluorocromos base-específicos CMA3/DAPI, impregnação por nitrato de prata e sondas de rDNA 18S, permitiram a identificação dos sítios de rDNA 45S. Estes sítios estão presentes em um par de autossomos nas três espécies estudadas, assim como na maioria dos curimatídeos. Em C. nagelii e em C. modestus a região de rDNA 5S, está presente nos pares cromossômicos 3 e 20; em S. insculpta apenas o par 3 continha o gene de rRNA 5S. A presença de rDNA 5S no par 3 das três espécies descritas, aponta para uma possível localização conservada desse gene. Foi constatada uma diferença de tamanho entre os sítios de rDNA 5S, devido provavelmente a presença de dois clusters quantitativamente diferentes desta seqüência ribossômica. Os cromossomos B de C. nagelii não comportam seqüências de rDNA 5S ou 18S e não foram marcados diferencialmente pelo DAPI ou CMA3. A hipótese de que a evolução cariotípica nos curimatídeos envolveria, rearranjos do tipo fissão/fusão cêntrica e inversão pericêntrica, foi sugerida. Seqüências de DNA telomérico (TTAGGG)n foram utilizadas em C. nagelii. Os cromossomos do complemento A, bem como os cromossomos B mostraram sinais na região telomérica. Além disso, pelo menos dois pares autossômicos mostraram seqüências teloméricas na posição intersticial, corroborando a hipótese de evolução por fissão/fusão cêntrica e inversão pericêntrica para família Curimatidae.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2777.pdf: 1474106 bytes, checksum: 08188d9977e7cf4e37500f864a9fa7f1 (MD5) Previous issue date: 2010-02-05 / Universidade Federal de Minas Gerais / The Brazilian freshwater ichithyofauna corresponds nearly 55% of species at Neotropical zone, including about 2.500 species grouped in 39 families and belonging to nine orders. Auchenipteridae comprises 20 genera and 90 species. Parauchenipterus presents a widely distribution, occurring across South América, appearing at Paraná- Paraguai, Amazônia, Orenoco Guianas and São Francisco basin, and Brazil´s East. Parauchenipterus galeatus occurs in different Brazilian basins, as Amazon, Prata and São Francisco. The present study describes through basic and molecular cytogenetic, and the sequence of mitochondrial DNA control region, three populations of Parauchenipterus galeatus from Paraná and São Francisco basin, and a probable natural (Wetland of Cururu) and artificial (Piumhi river transposition) connections between this two basins. The diploid number was equal to 58 chromosomes for the three populations; however, variations at the karyotype formula where detected (São Francisco, 22m+16sm+12st+8a; Piumhi, 20m+16sm+14st+8a; Paraná, 24m+18sm+8st+8a). At São Francisco population supernumerary chromosomes where detected. These Bchromosomes are small, metacentric, totally heterochromatics and have numeric variation intra and interindividual. The heterochromatin is located in terminal position from almost all chromosomes, and some metacentric, submetacentric, and subtelocentric chromosomes presents bitelomeric marks, and small pericentromeric blocks in some acrocentric chromosomes, occurring at the three populations. Ag-NORs presented simple at the short arm in an acrocentric pair from all populations, changing only the pair containing this site. In situ hybridization with rDNA 18S probes confirm the chromosome pair evidenced by Ag-NOR in all three populations. The rDNA 5S sites are interstitials, located in two submetacentric chromosome pairs, occurring at short/long arms in all three populations, changing only the pair containing this site. A 847 base pair fragment was amplified through D-loop sequence region from mitochondrial DNA in the three populations, presenting 65 polymorphic sites. The chromosome markers (classic and molecular) and mitochondrial DNA control region analysis shown that Piumhi river population probably already exists at this basin before the transposition. This proposing is based at the chromosome differences between those populations from different basins and mitochondrial DNA sequences, besides the detection of exclusive haplotypes of D-loop from each populations. The control sequences of DNA mitochondrial indicates a strong populational structuring, due to the fixation of molecular table of contents calculated and the fact that each population presents exclusive haplotypes, wich suggests the absence of genic flood among them. However, the chromosome differences show a bigger similarity between São Francisco and Piumhi than Paraná river population. The genetic distance detected among this population trhough the mitochondrial DNA sequences reinforces this nearness between São Francisco and Piumhi. This indicates that possibly this population diverge more recently when compared to Paraná river. The population located on the transposition region presented just one haplotype detected, which indicates the absence of genetic diversity. The present study suggests that, this low diversity is current of a possible population bottle neck with posterior effective size reducing of a population that probably habitats an old wetland (of Cururu) presents at this tansposition region. At the present study, the classic and molecular chromosome markers, allied to the natural basin formation historic context, ecological species aspects, geographic isolation between the basins and into the same basin were used to discuss the biogeographical possible relationship among the Parauchenipterus galeatus populations from different locations. / A ictiofauna de água doce correspondente ao território brasileiro representa aproximadamente 55% das espécies na região Neotropical, compreendendo cerca de 2.500 espécies, distribuídas em 39 famílias e pertencentes a nove ordens. Auchenipteridae compreende um grupo de peixes endêmicos da região Neotropical, possuindo 20 gêneros e cerca de 90 espécies. Nesta família, Parauchenipterus apresenta ampla distribuição, ocorrendo por toda América do Sul, estando presente nas bacias do Paraná-Paraguai, Amazônica, Orenoco, Guianas, São Francisco e Leste do Brasil. Parauchenipterus galeatus ocorre em diferentes bacias hidrográficas brasileiras, como Amazonas, Prata e São Francisco. O presente trabalho caracterizou através de técnicas de citogenética básica e molecular, e o seqüenciamento da região controle do DNA mitocondrial três populações de P. galeatus das bacias dos rios Paraná, São Francisco e uma região de provável conexão natural (antigo Pantanal do Cururu) e artificial (transposição do rio Piumhi) entre essas duas bacias. Dessa forma, buscou-se inverstigar qual apossível origem da população de P. galeatus presente na região de transposição, além dos possíveis efeitos que essa ação antrópica poderia causar para espécie em estudo. O número diplóide igual a 58 cromossomos se manteve constante entre as populações, entretanto, variações na fórmula cariotípica foram detectadas (São Francisco, 22m+16sm+12st+8a; Piumhi, 20m+16sm+14st+8a; Paraná, 24m+18sm+8st+8a). Na população do rio São Francisco foi detectado a presença de cromossomos supranumerários. Esses cromossomos B são pequenos, metacêntricos, totalmente heterocromáticos e possuem variação numérica intra e interindividual. A heterocromatina está localizada em posição terminal de quase todos os cromossomos, com marcação bitelomérica em alguns cromossomos metacêntricos, submetacêntricos e subtelocêntricos, e pequenos blocos pericentroméricos em alguns cromossomos acrocêntricos nas três populações. Ag-RONs apresentaram-se simples no braço curto de um par subtelocêntrico nas três populações, variando apenas o par portador deste sítio. Hibridização com sonda de rDNA 18S confirmou o par cromossômico evidenciado pelo nitrato de prata nas três populações. Os sítios de rDNA 5S estão localizados em dois pares cromossômicos submetacêntricos em posição intersticial no braço curto/longo de cada um deles nas três populações, variando apenas os pares portadores destas seqüências. Foi obtido um fragmento de 847 pares de bases através do seqüenciamento da região D-loop do DNA mitocondrial das três populações com um total de 65 sítios polimórficos. Os marcadores cromossômicos (clássicos e moleculares) e análise da região controle do DNA mitocondrial mostraram que a população do rio Piumhi possivelmente já existia nesta bacia antes de ocorrer essa transposição. Tal proposição é baseada nas diferenças cromossômicas entre as populações dessas diferentes bacias e nas diferenças nas sequências de DNA mitocondrial. Além da detecção de haplótipos exclusivos de cada população para região D-loop. As sequências da região controle do DNA mitocondrial indicam forte estrurução populacinal devido ao índice de fixação molecular calculado e ao fato de que cada população apresenta haplótipos exclusivos, o que sugere a ausência de fluxo gênico entre elas. Além disso, as diferenças cromossômicas mostram maior similaridade entre São Francisco e Piumhi do que em relação à população do rio Paraná. A distância genética detectada entre as poulações através das sequências do DNA mitocondrial também reforçam essa maior proximidade entre São Francisco e Piumhi. Isto indica que possivelmente essas duas populações divergiram mais recentemente do que quando comparada à população do rio Paraná. A população presente na região de transposição apresentou apenas um haplótipo detectado, o que indica a ausência de diversidade genética. Sugere-se no presente trabalho, que esta baixa diversidade seja decorrente de um possível gargalo populacional com posterior diminuição do tamanho efetivo de uma população que possivelmente habitava um antigo pantanal (do Cururu) presente nessa região de transposição. Dessa forma, os marcadores cromossômicos e a análise molecular, aliados ao contexto histórico natural de formação de bacias hidrográficas, aspectos ecológicos da espécie, isolamento geográfico de populações entre as bacias hidrográficas e dentro de uma mesma bacia foram considerados para discutir as possíveis relações biogeográficas entre populações de P. galeatus de diferentes localidades.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPAP.pdf: 4902893 bytes, checksum: 7182a23d47adb7621d018819e69efbfe (MD5) Previous issue date: 2003-10-17 / Down Syndrome (DS) is the major cause of mental retardation with a high incidence among human beings. Main features in DS include facial and dermatological features, congenital heart defects as well as immunological, gastrointestinal and endocrine abnormalities. Among a variety of cancer, a 20 fold increased risk of developing leukemia in younger people and an increased risk of testicular cancer is noticeable in DS patients. Most DS patients carry a complete trisomy of chromosome 21, but patients carrying a partial trisomy have also been observed. Analyses of partial trisomy of chromosome 21 have helped determining the minimal regions potentially associated with DS features. The DSCR2 gene located in the so-called Down Syndrome Critical Region 2 (DCR-2) codes a 32.8-kDa leucine-rich protein comprised of 34% hydrophobic amino acid residues. Little is known about the DSCR2 protein characteristics but many assumptions have been made according to in silico predictions. In this work, we used immunocytochemical and fluorescence assays to investigate the subcellular location of the protein encoded by the DSCR2 gene in transfected cells. It was previously suggested that DSCR2 was located in the plasma membrane as an integral protein. Interestingly, we observed this protein in the endoplasmic reticulum of cells. We also studied whether the location of DSCR2 truncated forms had different subcellular distribution and our observations indicate that it is probably not inserted in inner membranes once the fragments lacking the predicted transmembrane helices remained in the ER. We suggest that DSCR2 is located in the cytoplasmic side of endoplasmic reticulum by indirect interaction with the ER membrane or with another protein. / A Síndrome de Down (SD) é a aneuploidia mais freqüente e a principal causa de retardo mental na população humana. Os portadores apresentam, além das características faciais e dermatológicas típicas, cardiopatias e anomalias imunológicas, gastrointestinais e endócrinas. Há também um risco de desenvolvimento de leucemia 20 vezes maior que o normal em crianças portadoras da síndrome. Embora essa anomalia seja principalmente resultante da trissomia do cromossomo 21, há casos em que apenas uma região deste aparece em triplicata. Esses casos permitiram mapear uma região crítica comum a todos os portadores da síndrome. O gene DSCR2, localizado na Região Crítica da Síndrome de Down 2 (DCR-2), codifica uma proteína de 32,8 kDa rica em leucina e composta de uma alta porcentagem de resíduos hidrofóbicos. Experimentalmente, pouco se sabe sobre as características desta proteína, mas muitas possibilidades foram levantadas baseadas em sua seqüência de aminoácidos. Neste trabalho, foi estudada a localização subcelular da proteína DSCR2 em células de mamíferos. Estudos anteriores propuseram que a DSCR2 atuaria como uma proteína integral da membrana plasmática. Entretanto, em experimentos com células de mamíferos, nós observamos a proteína DSCR2 no retículo endoplasmático das células. Formas truncadas, construídas com o intuito de entender esta distribuição celular da DSCR2, apresentaram o mesmo padrão de fluorescência da proteína íntegra. Este resultado nos levou a concluir que esta proteína não está inserida na membrana do retículo endoplasmático, uma vez que a ausência dos domínios transmembranas preditos não alterou a sua distribuição subcelular. Desta forma, nós sugerimos que a DSCR2 se localiza associada ao retículo endoplasmático não como uma proteína integral de membrana, mas por algum tipo de interação indireta com a membrana ou com outras proteínas.