La présente recherche résulte d'une double interrogation, sur la population et le peuplement de la Jordanie provoqué à plusieurs reprises par des séïsmes démographiques, (exode forcé et massif des réfugiés palestiniens) ainsi que sur les politiques de l'habitat en place. Phénomène extraordinaire que la rapidité dans laquelle la société jordanienne a évolué; de la bédouinisation à la sédentarisation puis à l'urbanisation proprement dite, avec une croissance de plus de 70% aujourd'hui, ce qui a posé de véritables problèmes urbains. Les problèmes accumulés depuis 1948, donneront lieu à une grave crise d'habitat, particulièrement visible à Amman. L e problème de logement est encore plus grand pour les 68% de la population qui est considéré comme "bas revenus" dont 30 à 4 0% des ménages vivent au dessous du seuil de pauvreté relative, (100 D j par mois) on peut évidemment se douter que ces ménages sont exclus des projets d'habitat, tant privés que publics. L'Etat jordanien, diminué d'important moyens financiers, laisse faire plusieurs politiques d'habitats qui se réalisent tant bien que mal, selon la conjoncture politique et économique dans l'isthème du Proche et Moyen-Orient. Les pourparlers Arabes et Israéliens devraient permettre à la Jordanie plus de stabilité et de possibilité à réaliser une vrai politique d'habitat, appliquée sur l'ensemble du territoire national.

D'après le dernier rapport du Groupe Intergouvernemental d'Experts sur l'Evolution du Climat (GIEC), la réalité d'un réchauffement majeur du climat est sans équivoque. Ce travail de thèse a consisté à dresser un bilan des changements climatiques passés et récents dans l'océan Austral et à évaluer si l'impact de ces changements sur la distribution spatiale des oiseaux marins était déjà détectable et/ou prévisible. Grâce aux données historiques d'observation en mer par bateau sur 12 espèces d'oiseaux marins, nous avons mis en évidence une diminution d'abondance chez trois espèces et des changements de distribution contrastés entre les années 1980 et 2000. Ces espèces ont la particularité d'exploiter les eaux subtropicales où le réchauffement a été plus intense pendant cette période. Les suivis télémétriques apportent des informations précieuses sur la variabilité spatio-temporelle de la distribution des zones d'alimentation. Les modèles d'habitat nous ont permis de (1) caractériser les habitats exploités d'un point de vue océanographique, (2) comprendre la réponse des oiseaux aux variations saisonnières et interannuelles du climat, et enfin (3) prédire la distribution future des habitats favorables en utilisant les projections climatiques du GIEC. Les deux espèces étudiées ciblent des zones productives où les ressources sont prédictibles dans le temps et l'espace. Les variations saisonnières de la distribution du pétrel à menton blanc (Procellaria aequinoctialis) de Kerguelen sont principalement gouvernées par la dynamique de la glace de mer alors que les manchots royaux (Aptenodytes Patagonicus) de Crozet sont étroitement liés au front polaire. Ces structures océanographiques, forcées par la température, gouvernent la distribution et l'abondance des ressources disponibles pour les prédateurs. Le réchauffement de 1 à 3°C prédit par les modèles climatiques pourrait donc avoir des conséquences importantes sur la disponibilité des proies. Ainsi, nos modèles d'habitat prédictifs ont révélé un déplacement de 300 km vers le sud des zones d'alimentation du manchot royal d'ici la fin du 21ème siècle. Un tel changement serait bien au-delà des capacités de recherche alimentaire actuelles des manchots. Malgré les incertitudes liées aux modèles et aux réponses des niveaux trophiques inférieurs, nos résultats suggèrent une forte pression de sélection sur les stratégies d'approvisionnement des oiseaux marins dans les années à venir.

La Manche orientale représente une zone économique importante qui supporte diverses activités anthropiques comme le tourisme, le transport maritime et l'exploitation de ressources vivantes ou minérales. De plus, cette région possède un riche patrimoine biologique illustré par sa grande diversité d'habitats. Les Aires Marines Protégées (AMP) sont souvent évoquées comme un instrument de gestion permettant d'aménager l'exploitation durable de ces ressources marines, dans le cadre d'une gestion écosystémique intégrée et responsable. Si les Etats ont pour obligation de créer des réseaux d'AMPs dans leurs eaux nationales, chacune d'elles est souvent localisée au cas par cas. Afin de coordonner la mise en place des différents réseaux d'AMPs, une démarche de planification spatiale systématique de la conservation est de plus en plus encouragée. Cette démarche a pour but de proposer un réseau d'AMP qui soit cohérent, même dans un contexte transfrontalier, comme c'est le cas en Manche orientale. Les travaux de recherche menés lors de cette thèse apportent ainsi une contribution scientifique à la mise en cohérence de l'aménagement des activités anthropiques avec les objectifs de conservation de l'écosystème marin de Manche orientale. Dans le cadre d'une approche de conservation intégrée, toute la biodiversité de la Manche orientale doit être représentée. Pour cela, en complément des typologies benthiques existantes dans la zone, une typologie des masses d'eau a été proposée et validée avec différents jeux de données d'espèces pélagiques. Marxan et Zonation, deux logiciels largement répandus en planification de la conservation ont été comparés dans le processus de conception du réseau d'AMP en Manche orientale. La conclusion a été que Marxan serait le logiciel utilisé pour la suite des analyses. En effet, ce logiciel est conçu pour atteindre clairement les cibles de conservation, ce qui facilite l'interprétation des résultats.Puis une étape essentielle de planification de la conservation a été réalisée à travers une analyse des lacunes (gap analysis) à l'échelle de la Manche orientale. Elle a permis de montrer que le réseau d'AMP existant atteint les cibles de conservation calculées dans cette thèse et qu'il couvre 33% de la Manche orientale. Il faut toutefois noter que l'étude des possibles lacunes au niveau de la gestion des AMPs n'a pu être réalisée de façon approfondie car la majorité de ces AMPS ne possèdent pas encore de plan de gestion défini.Finalement, l'influence de l'intégration des activités humaines dans le processus de conception du réseau d'AMP a été explorée grâce à l'utilisation de données d'effort de pêche et de données de débarquements. De plus, d'autres informations sur le trafic maritime, les extractions de granulats marins et les potentielles zones d'éoliennes en mer ont été ajoutées pour prendre en compte la totalité des usages et réglementation qui génèrent des contraintes spatiales en Manche orientale.

Dans les paysages fragmentés, les mouvements entre les patchs d'habitats jouent un rôle primordial dans la persistance des populations en assurant les flux génétiques, la possibilité de recolonisation après extinction locale, la liaison entre différents habitats pour la reproduction ou l'acquisition des ressources, ... Malgré l'importance de ces mouvements, la structure du paysage entre ces patchs (i.e. la matrice) est le plus souvent considérée comme un ensemble homogène de non-habitat d'intérêt mineur et les adaptations comportementales en réponse à la fragmentation du paysage sont rarement prises en compte. Pour étudier l'importance de l'influence du paysage sur les mouvements, trois approches complémentaires sont pratiquées. 1) Des études expérimentales sont menées pour évaluer les réponses comportementales et physiologiques du crapaud commun (Bufo bufo) juvénile et adulte soumis aux différents types d'occupation du sol. Ainsi, les types d'occupation du sol sont caractérisés par le coût que leur traversée représente pour l'espèce étudiée. 2) Ce travail s'attache également à décrypter les règles régissant les déplacements en paysage hétérogène et à mettre en évidence des différences comportementales selon le paysage d'origine (adaptations). 3) Basé sur la modélisation, le troisième volet doit permettre d'effectuer des prédictions à l'échelle des paysages

La perte d'habitat engendrée par l'artificialisation des côtes a de graves conséquences sur la biodiversité marine. Aussi, dans une optique de maintien de la biodiversité et des stocks de poissons, il peut s’avérer intéressant de restaurer certaines fonctions écologiques dans les zones anthropisées. Cette thèse avait pour objectif d’estimer le rôle potentiel des ports en tant qu’habitat pour les juvéniles de poissons côtiers et d’évaluer dans quelle mesure ce rôle peut être amélioré par le biais d’actions de restauration. Des expérimentations en aquarium ont permis d’estimer que le taux de survie des juvéniles sur des habitats artificiels utilisés à des fins de restauration était comparable à celui observé sur des roches. Une étude de la distribution spatiale des juvéniles à l’échelle d’un paysage sous-marin a ensuite montré que les ports pouvaient abriter des densités en juvéniles représentant de 50 à 90 % de celles retrouvées en milieu naturel. Les densités à l'intérieur des ports étaient cependant tributaires du type d’habitat considéré; les quais sans complexité structurale abritant les densités les plus faibles. Enfin, l'étude de cas concrets, a montré que la réhabilitation des ports pouvait significativement augmenter les densités de juvéniles à l’échelle de l’habitat, celles-ci pouvant atteindre des niveaux comparables au milieu naturel. Toutefois, ces bénéfices restaient faibles à l’échelle d’un port dans sa globalité. Ces travaux suggèrent un réel potentiel des infrastructures portuaires en tant qu’habitat juvénile alternatif, en particulier si des actions de restauration y sont entreprises. Cependant, pour plus d’efficacité, les projets de restauration devraient être menés à large échelle et utiliser une diversité d’habitats artificiels. La restauration écologique des ports peut ainsi être employée comme un outil complémentaire aux mesures de protection dans le cadre d’une gestion intégrée des zones côtières à l’échelle du paysage. / Habitat loss caused by urban sprawl has harmful consequences on marine biodiversity. With a view to maintaining biodiversity and fish stocks, it may be worthwhile to restore some ecological features in anthropized areas. The aim of this thesis was to estimate the potential role of ports as habitat for juvenile coastal fish and to evaluate how this role can be improvedthrough restoration actions. Tank experiments revealed that juvenile survival rate on artificial habitats used for restoration purpose could be equivalent to that observed on natural habitat. The assessment of the spatial distribution of juvenile at the scale of a seascape permitted to estimate that harbors could host densities of juvenile that were between 50 to 90% of thoseobserved in natural sites. Within harbors densities were highly dependent on the type of habitat, featureless dock hosting the lowest densities. Subsequently, based on case studies, this work demonstrated that harbors rehabilitation could significantly enhance juvenile densities at the habitat scale. Densities on restored habitat might reach those observed in natural habitats.However, at the scale of the whole harbor benefits were low. This work suggests that harbors have a real potential as an alternative juvenile habitat, especially if restoration actions are undergone. However, for more efficiency, restoration projects should be led at the scale of the whole site and include a diversity of artificial habitats. Thereby, restoration approaches shouldbe considered as a complementary tool to protection measures in a seascape integrated management approach of coastal areas

Dans les paysages fragmentés, les mouvements entre les patchs d'habitats jouent un rôle primordial dans la persistance des populations en assurant les flux génétiques, la possibilité de recolonisation après extinction locale, la liaison entre différents habitats pour la reproduction ou l'acquisition des ressources, … Malgré l’importance de ces mouvements, la structure du paysage entre ces patchs (i.e. la matrice) est le plus souvent considérée comme un ensemble homogène de non-habitat d’intérêt mineur et les adaptations comportementales en réponse à la fragmentation du paysage sont rarement prises en compte. Pour étudier l'importance de l'influence du paysage sur les mouvements, trois approches complémentaires sont pratiquées. 1) Des études expérimentales sont menées pour évaluer les réponses comportementales et physiologiques du crapaud commun (Bufo bufo) juvénile et adulte soumis aux différents types d'occupation du sol. Ainsi, les types d'occupation du sol sont caractérisés par le coût que leur traversée représente pour l’espèce étudiée. 2) Ce travail s’attache également à décrypter les règles régissant les déplacements en paysage hétérogène et à mettre en évidence des différences comportementales selon le paysage d'origine (adaptations). 3) Basé sur la modélisation, le troisième volet doit permettre d’effectuer des prédictions à l’échelle des paysages / In fragmented landscapes, movements between habitat patches play a crucial role in population persistence by allowing gene flow, rescue effect possibilities, linking different habitats for reproduction or resources acquisition, … Although the importance of these movements, the landscape structure between patches (i.e. matrix) is too frequently considered as a homogeneous non-habitat of minor interest and behavioural adaptations in response to fragmentation are rarely taken into account. To investigate the importance of the landscape influence on movements, three complementary approaches are used: 1) experimental studies are performed to assess behavioural and physiological responses of common toads when they are confronted to different land uses. Land uses are thus characterised par the cost of their crossing for the focus species. 2) This work also aims to decipher the rules of movement in heterogeneous landscapes and to highlight behavioural differences according to the originated landscape (adaptations). 3) On the basis of modelling, the third part of this work intends to make predictions at the landscape scale

Projet de recherche réalisé avec Bernard Angers comme directeur de maîtrise, Denis Réale en tant que co-directeur et grâce à la collaboration active d'Emmanuel Milot. / La région métropolitaine de Montréal est formée de nombreuses îles à la jonction du fleuve Saint-Laurent et de la rivière des Outaouais, isolant ainsi les populations insulaires en fonction de distances respectives ainsi que des courants. Ce système offre un contexte idéal pour évaluer l’effet de la perte d’habitat liée à la pression d'urbanisation dans un paysage métropolitain insulaire ou en situation d’archipel. La présente étude a pour objectif de comparer l’effet de la perte d’habitat sur la diversité génétique de deux serpents très distincts, Storeria dekayi et Thamnophis sirtalis. Des analyses réalisées à l’aide de marqueurs microsatellites révèlent une plus importante structure génétique entre les populations de S. dekayi (FST=0,19) qu’entre celles de T. sirtalis (FST=0,07) dans la région montréalaise. Chez les deux espèces étudiées, la majorité des populations des habitats réduits présente une richesse allélique moyenne comparable à celle observée dans les habitats plus vastes. Néanmoins, certaines populations présentent des réponses différentes, dont des traces de goulots d’étranglement, une perte de richesse allélique ou encore une importante modification des fréquences alléliques. Au niveau régional, les résultats présentent une importante perte de diversité génétique chez les couleuvres se trouvant sur le continent alors que les populations insulaires de la région montréalaise constituent désormais un réservoir de diversité génétique. Les résultats observés auprès des populations insulaires démontrent que les effets de la perte d’habitat peuvent s’avérer très spécifiques à chaque situation et que la détection de traces génétiques d’un tel phénomène peut nécessiter un contexte logistique très particulier. Un nombre croissant de publications reportent une absence de signature génétique suite à la perte d’habitat chez des oiseaux et des mammifères. Il s’agit de la première étude témoignant de ce phénomène chez les reptiles. Une note est fournie en annexe à l’intention des gestionnaires au sujet de la conservation de la couleuvre brune, S. dekayi. / The Montreal metropolitan community includes numerous islands located at the confluence of the Saint-Lawrence and Ottawa Rivers. In such a fragmented landscape, dispersal of animals is limited by the distance between islands as well as the currents. This system offers an ideal context for the study of the effects of habitat loss on the genetic diversity of animal populations located on islands or archipelagos. This study seeks to assess the effects of habitat area by comparing the organization of genetic diversity of two highly distinct snake species, Storeria dekayi and Thamnophis sirtalis. Analysis realized with microsatellite markers reveals a much stronger genetic organisation in S. dekayi (FST=0.19) than in T. sirtalis (FST=0.07) in the Montreal area. For both studied species, most populations found in reduced habitats showed similar genetic diversity to what was observed in larger habitats. Nevertheless, some populations showed different responses to the loss of habitat, including traces of genetic bottlenecks, a loss in mean allelic richness or an important alteration of their allelic frequencies. This study also reveals an important loss of genetic diversity in the continental snake populations. At the regional scale, the results reveal an important loss of genetic diversity in the continental snake populations and that the insular populations of the Montreal area now constitute a reservoir of the remnant genetic diversity. Moreover, this study not only demonstrates that the genetic response to habitat loss can be very case-specific, but also that to detect traces of such a phenomenon can require a very particular framework. A growing number of publications based on birds and mammals have reported the absence of a genetic signature following a habitat loss. This is the first study to report this phenomenon in reptiles. A note intended for managers is provided about the conservation of the Dekay’s brown snake, S. dekayi.

La bécasse des bois (Scolopax rusticola L.) est une espèce d'oiseau migrateur au statut de conservation incertain, dont l'écologie et le comportement sont largement méconnus en hivernage. La bécasse, connue pour être sensible au gel, est menacée par la perte de ses habitats et une forte pression de chasse en hiver, période de vulnérabilité accrue du fait de la concentration des populations. Cette étude a pour but de mieux comprendre les stratégies comportementales d'hivernage, en combinant des approches d'éco-physiologie et d'écologie comportementale, afin de proposer des mesures de gestion et de conservation adéquates. Selon leurs besoins énergétiques, les oiseaux doivent résoudre un compromis entre s'alimenter efficacement et éviter la prédation. Ce compromis peut avoir des répercutions sur la sélection de l'habitat. Une étude des dépenses énergétiques en laboratoire (métabolisme de base et thermorégulation) et sur le terrain a montré que la bécasse était bien isolée thermiquement et avait une dépense énergétique relativement faible. La bécasse fréquente deux types d'habitat (remises) en hiver : des milieux boisés en journée (bois et haies) et des milieux agricoles la nuit. La sélection et l'utilisation de l'habitat, la survie et le budget-temps ont été étudiés sur une centaine de bécasses équipées de radio-émetteurs, pendant trois hivers en Bretagne. La sélection de l'habitat diurne s'effectue selon la richesse en vers de terre (proie favorite) et en couvert arbustif (pour la protection). La nuit, les prairies pâturées sont préférées aux cultures pour leur richesse en vers de terre. La mortalité naturelle par prédation a lieu principalement de nuit en prairie et les taux de survie suggèrent une mortalité additive due à la chasse. Le compromis entre alimentation et risque de prédation amène les individus à choisir entre différentes stratégies comportementales d'utilisation de l'espace et de gestion du budget-temps. Certains individus ne fréquentent qu'une seule remise alors que d'autres en utilisent plusieurs, de manière successive ou alternative. Le choix de la stratégie semble dépendre de l'efficacité des individus à rechercher leur nourriture et à échapper à la prédation. La fréquentation des prairies la nuit, variable selon les individus, constitue une autre réponse au compromis entre alimentation et prédation. En fonction de leurs besoins énergétiques (résultant de la température de l'air) et de leur efficacité de recherche alimentaire, les individus peuvent décider de rester en forêt la nuit pour minimiser le risque de prédation, en augmentant leur effort d'alimentation diurne. Ces résultats sont discutés en termes de perspectives scientifiques et de conservation. Des aménagements d'habitats sont proposés pour une gestion durable des populations de bécasses.

Au cours du siècle dernier, de même que dans les autres pays africains, la population de lycaon (Lycaon pictus) du Zimbabwe a diminué. En particulier dans le parc national de Hwange, une zone qui autrefois abritait une population viable, une nette diminution de la population a été documentée. Une des principales raison de ce déclin, est qu'à mesure du temps, les lycaons soit se sont rapprochés, ou bien ont pénétré dans la zone tampon située le long de la lisière nord du parc national. Dans la zone tampon, les lycaons sont de plus en plus exposés aux activités humaines, aboutissant à de la mortalité, ceci étant aussi connu sous le nom d'effet-lisère. Le taux de mortalité est si élevé qu'il excède le taux de natalité. Au final il n'y a pas de recrutement biologique, et la taille du groupe d'individus décroît bien en deçà de la taille optimale de groupe, nécessaire au succès reproducteur. Lorsque des animaux montrent un choix préférentiel pour un habitat à effet puits, on dit alors qu'ils sont capturés par un piège écologique. La sélection de l'habitat est bénéfique dans les systèmes classiques de type source-puits, puisque les animaux vivant dans des habitats de haute qualité, choisissent de migrer vers des habitats de faible qualité, uniquement lorsqu'il n'y a pas suffisamment d'habitat de haute qualité disponible. A l'intérieur d'un habitat de type piège écologique le choix est dangereux, et peut conduire à l'extirpation rapide d'une espèce, puisque les animaux vivant dans des habitats de haute qualité choisissent de migrer vers des habitats de faible qualité, même lorsqu'il y a suffisamment d'habitat de haute qualité disponible. Les pièges écologiques ont lieu lorsque des changements naturels ou induits par l'homme se produisent rapidement et que des déterminants de la sélection de l'habitat qui étaient alors sélectionnés deviennent trompeurs, entraînant des choix d'habitats inadaptés de la part des animaux. Pour distinguer un habitat de type puits d'un piège écologique, des connaissances complémentaires sont nécessaires, sur la relation entre les préférences d'habitat et la qualité de l'habitat. Dans l'écosystème de Hwange, les lycaons semblent baser le choix d'habitat sur les déterminants écologiques améliorant la fitness. Ils ont une meilleure efficacité de chasse dans la zone tampon à l'extérieur du parc national de Hwange, une compétition moindre avec les lions (Panthera leo) et avec les hyènes (Crocuta crocuta), ainsi qu'un meilleur accès à des sites de terrier. En conséquence, à l'extérieur du parc national, les lycaons donnent naissance à des portées de chiots plus grandes. Cependant, la mortalité induite par l'homme, en raison de l'effet lisière, est si grande qu'elle excède la natalité. Néanmoins, du fait qu'ils sont incapables de juger avec justesse de la qualité de l'habitat, en intégrant la mortalité induite par l'homme, les lycaons font un choix d'habitat inadapté, et ils se déplacent vers le puits de mortalité, à l'extérieur de la sécurité de l'aire protégée. En d'autres mots, les lycaons de l'écosystème de Hwange sont capturés par le piège écologique, que constitue la zone tampon située à l'extérieur du parc national de Hwange. A l'intérieur d'un piège écologique, la sélection d'habitat est désavantageuse, et résulterait probablement en un rapide effondrement du système et à l'extirpation de l'espèce impliquée. Le rapide déclin de la population de lycaons, dans et aux alentours du parc national de Hwange, soutient l'idée que le système de Hwange agit comme un piège écologique. Afin d'assurer un rapide rétablissement de la population, il est recommandé d'étendre les efforts de conservation au delà de la lisière de l'aire protégée, en visant à réduire la mortalité induite par l'homme, dans la zone tampon entourant le parc national de Hwange.

Le desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus) est un petit mammifère semi-aquatique endémique du quart nord-ouest de la Péninsule Ibérique et des Pyrénées. Le déclin avéré de ses populations au sein de son aire de répartition déjà restreinte soumet actuellement l'espèce à un risque élevé d'extinction. Bien que les connaissances sur les exigences écologiques du desman des Pyrénées à différentes échelles spatiales aient été récemment améliorées, les causes de la contraction de sa distribution demeurent encore incomprises. Cette thèse a donc pour objectif d'identifier de nouveaux facteurs qui pourraient jouer un rôle dans la distribution du desman des Pyrénées à l'échelle locale du tronçon de rivière, afin de mieux comprendre les raisons de son déclin. Pour cela, cette étude s'est focalisée sur l'influence sur le desman des Pyrénées de facteurs (i) abiotiques tels que la chimie de l'eau et les perturbations anthropiques dans la rivière, et (ii) biotiques tels que les ressources trophiques, la compétition trophique et spatiale avec un compétiteur potentiel, la crossope aquatique Neomys fodiens, et l'impact de deux prédateurs potentiels, la loutre d'Europe Lutra lutra et le vison d'Amérique Neovison vison. Les résultats obtenus ont permis de proposer des mesures de gestion pour le desman des Pyrénées qui est une espèce vulnérable et protégée. / The Pyrenean desman (Galemys pyrenaicus) is a small semi-aquatic mammal endemic to the northwest of the Iberian Peninsula and the Pyrenees mountains. The species is subject to an increased risk of extinction due to its observed substantial populations' decline across its whole and already limited range. Knowledge about the ecological requirements of the species was recently improved but the causes of its range contraction are still poorly understood. The aim of this PhD thesis was to identify new factors that could influence the species distribution at the reach scale, in order to better understand its decline. Thus, this study focused on the influence on the Pyrenean desman of (i) abiotic factors such as water chemistry and anthropogenic impacts on the riverbed and (ii) biotic factors such as trophic resources, the trophic and spatial competition with the Eurasian water shrew Neomys fodiens and the impact of two potential predators the European otter Lutra lutra and the American mink Neovison vison. The results enabled to suggest conservation measures for this vulnerable and protected species.