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Développement de nouvelles sondes oligonucléotidiques fluorescentes pour l'analyse des acides nucléiques

Renard, Brice-Loïc 17 December 2008 (has links) (PDF)
De nouvelles sondes oligonucléotidiques fluorescentes spécifiques des structures d'acides nucléiques en double brin ont été obtenues. Ces oligonucléotides formant des triples hélices, sont liés par leurs extrémités 5'-ou/et 3' à une série de marqueurs fluorescents de la famille des cyanines monométhines possédant des propriétés intercalantes, par des bras polyméthylène de longueur variable. Dans tous les cas, l'hybridation des sondes avec les cibles en double brin s'accompagne d'une forte augmentation de l'intensité du signal fluorescent émis qui dépend de la structure de la cyanine et des paramètres de sa liaison aux oligonucléotides (longueur du bras de liaison et sa position de fixation sur les oligonucléotides et sur les marqueurs). En présence d'une cible simple brin, les modifications du signal ne sont pas significatives. La présence du marqueur stabilise les triples hélices. Les sondes comportant le thiazole orange, attaché par le noyau benzothiazole via un bras de liaison à huit méthylènes, présente le meilleur compromis en termes de stabilisation, d'intensité de fluorescence et d'augmentation d'intensité de fluorescence lors de l'hybridation.<br />Dans le but d'obtenir de nouvelles sondes utilisables en milieu cellulaire et in vivo, de nouveaux marqueurs fluorescents de type squaraine ont été synthétisés et couplés pour la première fois, à notre connaissance, à des oligonucléotides. Les conjugués correspondant émettent un signal fluorescent détectable au-delà de 650 nm et possèdent des rendements quantiques de fluorescence élevés. La photostabilité des marqueurs et des conjugués, en milieu acide faible et à 37 °C a été fortement augmentée après incorporation d'atomes de fluor sur le squaraine.
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Algorithmes d'optimisation et d'analyse des problèmes multidimensionnels, non linéaires, en Biologie et Biophysique

Parent, Benjamin 29 October 2007 (has links) (PDF)
La complexité du vivant est omniprésente à toutes les échelles : des interactions entre molécules individuelles aux réseaux d'interactions permettant à la cellule d'assurer ses fonctions vitales et de répondre aux stimuli. Cette thèse se veut être une application des outils de l'Automatique et de l'Informatique à certaines questions de la Biologie et Biochimie.<br />Pour cela, nous avons abordé le problème via deux aspects : le premier concerne la modélisation des interactions moléculaires en vue de prédire les modes de fixation et les affinités entre molécules. Puisque ces estimations nécessitent de considérer la flexibilité des acteurs, nous avons abordé, en premier lieu, la prédiction des conformations moléculaires qui reste un challenge majeur, caractérisé par ses aspects multimodal et de grandes dimensions. Nous avons alors développé une suite d'heuristiques autour d'un algorithme génétique central. Les paramètres de contrôle et les stratégies d'hybridation sont pilotés par un méta-algorithme permettant d'optimiser la recherche. En outre, des stratégies innovantes de parallélisation sur grilles d'ordinateurs ont été validées afin de réduire les temps de calculs. Enfin, pour entreprendre l'étude des conformations de plusieurs molécules, nous avons développé des algorithmes de criblage rapides basés sur la comparaison d'indices topologiques.<br />Nous avons également étudié un autre aspect en modélisant formellement certains graphes d'interactions, ceci à une toute autre échelle : celle des concentrations des molécules. Nous avons alors mis en évidence l'impact des modes d'interactions moléculaires sur la dynamique globale.
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Les prisonniers de l'oeil et de la conscience

Mandia, Valérie 23 August 2012 (has links)
Le premier volet de cette thèse en création littéraire, un récit, s’appuie sur une logique orientée à bâtir des passerelles là où c’est possible, et à mettre à plat les disciplines artistiques afin d’en révéler les limites. Cette difficulté particulière au coeur de la thèse met en place des stratégies d’hybridité susceptibles de renforcer l’intensité artistique inhérente à chaque discipline. Intitulé Décorps, le récit devenu ainsi hybride opère donc un rapport de synergie plastico-textuelle. Plus précisément, ce récit, à la frontière entre l’image et les mots, présente une narratrice, Valérie M., dont la voie/voix aboutit à une démarche non conventionnelle ouvrant un espace agonistique entre deux paroles artistiques, entre le même et l’autre, et entre le réel et la fiction. Le deuxième volet de cette thèse en création littéraire, une réflexion au sujet de l’entreprise artistico-littéraire, compte trois chapitres expliquant les raisons sous-jacentes au travail de création hybride. Pour ce faire, le premier chapitre examine les difficultés auxquelles doit faire face l’auteur-artiste dans un monde opaque. L’hybridité s’y découvre comme un outil herméneutique capable parfois d’introduire un minimum de sens dans un univers promis au chaos. Le deuxième chapitre explore pour sa part le métissage générique à partir de la notion d’autofiction à laquelle participe en partie Décorps. Il s’interroge sur les limites et la portée de ce type de représentation littéraire. Enfin, le troisième chapitre consiste en un retour sur Décorps en vue de comprendre ses processus d’hybridation et les tensions survenues au cours de la démarche artisticolittéraire. Ce dernier chapitre se penche sur le langage confronté à ses limites, touchant une forme de mort, de nécrose, là où il n’a plus de prise.
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Les prisonniers de l'oeil et de la conscience

Mandia, Valérie 23 August 2012 (has links)
Le premier volet de cette thèse en création littéraire, un récit, s’appuie sur une logique orientée à bâtir des passerelles là où c’est possible, et à mettre à plat les disciplines artistiques afin d’en révéler les limites. Cette difficulté particulière au coeur de la thèse met en place des stratégies d’hybridité susceptibles de renforcer l’intensité artistique inhérente à chaque discipline. Intitulé Décorps, le récit devenu ainsi hybride opère donc un rapport de synergie plastico-textuelle. Plus précisément, ce récit, à la frontière entre l’image et les mots, présente une narratrice, Valérie M., dont la voie/voix aboutit à une démarche non conventionnelle ouvrant un espace agonistique entre deux paroles artistiques, entre le même et l’autre, et entre le réel et la fiction. Le deuxième volet de cette thèse en création littéraire, une réflexion au sujet de l’entreprise artistico-littéraire, compte trois chapitres expliquant les raisons sous-jacentes au travail de création hybride. Pour ce faire, le premier chapitre examine les difficultés auxquelles doit faire face l’auteur-artiste dans un monde opaque. L’hybridité s’y découvre comme un outil herméneutique capable parfois d’introduire un minimum de sens dans un univers promis au chaos. Le deuxième chapitre explore pour sa part le métissage générique à partir de la notion d’autofiction à laquelle participe en partie Décorps. Il s’interroge sur les limites et la portée de ce type de représentation littéraire. Enfin, le troisième chapitre consiste en un retour sur Décorps en vue de comprendre ses processus d’hybridation et les tensions survenues au cours de la démarche artisticolittéraire. Ce dernier chapitre se penche sur le langage confronté à ses limites, touchant une forme de mort, de nécrose, là où il n’a plus de prise.
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Les prisonniers de l'oeil et de la conscience

Mandia, Valérie January 2012 (has links)
Le premier volet de cette thèse en création littéraire, un récit, s’appuie sur une logique orientée à bâtir des passerelles là où c’est possible, et à mettre à plat les disciplines artistiques afin d’en révéler les limites. Cette difficulté particulière au coeur de la thèse met en place des stratégies d’hybridité susceptibles de renforcer l’intensité artistique inhérente à chaque discipline. Intitulé Décorps, le récit devenu ainsi hybride opère donc un rapport de synergie plastico-textuelle. Plus précisément, ce récit, à la frontière entre l’image et les mots, présente une narratrice, Valérie M., dont la voie/voix aboutit à une démarche non conventionnelle ouvrant un espace agonistique entre deux paroles artistiques, entre le même et l’autre, et entre le réel et la fiction. Le deuxième volet de cette thèse en création littéraire, une réflexion au sujet de l’entreprise artistico-littéraire, compte trois chapitres expliquant les raisons sous-jacentes au travail de création hybride. Pour ce faire, le premier chapitre examine les difficultés auxquelles doit faire face l’auteur-artiste dans un monde opaque. L’hybridité s’y découvre comme un outil herméneutique capable parfois d’introduire un minimum de sens dans un univers promis au chaos. Le deuxième chapitre explore pour sa part le métissage générique à partir de la notion d’autofiction à laquelle participe en partie Décorps. Il s’interroge sur les limites et la portée de ce type de représentation littéraire. Enfin, le troisième chapitre consiste en un retour sur Décorps en vue de comprendre ses processus d’hybridation et les tensions survenues au cours de la démarche artisticolittéraire. Ce dernier chapitre se penche sur le langage confronté à ses limites, touchant une forme de mort, de nécrose, là où il n’a plus de prise.

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