Ce travail de thèse porte sur l’étude des ARN polymérases ARN dépendant impliquées dans le RNA silencing chez Arabidopsis thaliana. Durant ma thèse, la recherche d'interacteurs des RDR, parmi des protéines impliquées dans le RNA silencing, a permis la détection d'interaction entre RDR6 et SDE3, RDR6 et SGS3, mais aussi entre SDE3 et SGS3 en Co-IP et BiFC. Une co-localisation de ces protéines a été observée lorsqu'elles sont produites transitoirement dans des cellules épidermales de N. benthamiana.Un crible d’une banque d’ADNc d’A. thaliana par double hybride de levure, a permis d’isoler des interacteurs potentiels de RDR6. Deux interacteurs potentiels, AtUAP56-1 et U2B’’, sont impliqués dans l’épissage des précurseurs des ARNm. Un effet sur le RNA silencing dans des mutants de l’épissage en 3’ des ARNm était connu et nous avons confirmé l’interaction entre RDR6 et AtUAP56-1 par BiFC. L’étude de lignées mutantes pour AtUAP56-1 a donc été initiée.Une étude biochimique de RDR6 et de RDR2 a été réalisée. Des formes recombinantes de RDR2 et RDR6 ont été produites de façon transitoire dans des feuilles de N. benthamiana, et une étude comparative de RDR2 et RDR6 a été réalisée. Les deux RDR sont actives sur des matrices ARN et ADN, et montrent in vitro une activité amorce-indépendante. De plus, nous avons détecté pour la première fois une activité amorce-dépendante de RDR6 et RDR2. Ces résultats apportent de nouvelles données biochimiques qui sont en accord avec les études menées in vivo et enrichissent les modèles actuels du RNA silencing. / The aim of this work was to study RNA-dependent RNA polymerases involved in RNA silencing in Arabidopsis thaliana. During my thesis, the search for RDR interactors among proteins involved in RNA silencing allowed the detection of interactions between RDR6 and SDE3, RDR6 and SGS3, and also between SDE3 and SGS3 using Co-IP and BiFC. In addition, the co-localisation of these proteins was observed when produced transiently in epidermal cells of N. Benthamiana.A screen of an A. thaliana cDNA library by yeast two hybrid allowed us to identify some putative new RDR6 interactors. Two putative RDR6 interactors, AtUAP56 and U2B’’, are known to be involved in pre-miRNA splicing. Furthermore, a link between pre-mRNA 3’ splicing and RNA silencing was previously reported. We also confirmed the interaction between AtUAP56-1 and RDR6 by BiFC. An investigation of A. thaliana of AtUAP56-1 mutants has been initiated.Recombinant RDRs were produced transiently in N. Benthamiana, and a biochemical comparative study of RDR2 and RDR6 performed. We found that RDR2, like RDR6, has a de novo polymerase activity on DNA and RNA templates, and for both RDRs we also showed, for the first time, a primer-dependant synthesis of dsRNA from RNA template. These findings provide important new insights into our understanding of the molecular mechanisms of RNA silencing amplification in Arabidopsis.

Le marché de l’aide professionnelle à domicile pour les personnes âgées dépendantes en France est régulé. L’APA solvabilise une partie de la demande d’aide professionnelle à domicile tandis que certaines structures d’aide professionnelle sont tarifées et ont l’obligation de répondre à l’ensemble des demandes qu’elles reçoivent. Ces politiques de régulation sont décentralisées au niveau des Conseils départementaux et ont pour objectif de réduire les inégalités financières et géographiques d’accès à l’aide professionnelle à l’intérieur de chaque département. L’objectif de la thèse est de déterminer si ces politiques de réduction des inégalités intra-départementales conduisent à des inégalités interdépartementales. Le premier chapitre de la thèse utilise une enquête menée au niveau des Conseils départementaux afin de déterminer si la décentralisation des politiques de régulation conduit à une forte hétérogénéité de politiques entre départements. Le deuxième chapitre de la thèse analyse l’impact de l’hétérogénéité constatée. Ce chapitre propose une estimation de l’élasticité au reste à charge de la demande d’aide à domicile des personnes âgées dépendantes, à l’aide d’une enquête nationale. Le troisième chapitre de la thèse analyse, à l’intérieur d’un département, la répartition des financements publics en fonction des revenus et son impact sur les écarts de consommation. Pour cela nous utilisons des données de facturation d’un service d’aide à domicile. Enfin le quatrième chapitre de la thèse propose un modèle théorique de marché mixte, étudiant les effets de l’obligation de service d’une partie des structures du marché sur la qualité de l’aide offerte. / The professional home-care market for the disabled elderly in France is regulated. The APA partially reimburses the professional home-care demand and the price of some home-care producers are fixed by the regulator. These producers must serve every area on the territory. The departmental councils set up these regulation policies. Their goal is to reduce financial and geographical inequalities in terms of access to home-care inside each department. Our thesis tries to determine if reductions of inequalities inside each department increase inequalities between department. The first chapter uses a departmental survey to check if the decentralization of regulation policies creates a heterogeneity between department. The second chapter aims to estimate the effects of the heterogeneity observed in the previous chapter on the home-care consumption. We use a national survey to estimate the price-elasticity of the professional home-care demand. The third chapter uses firm’s billing data to analyze the distribution function of the public support according to personal income and its impact on consumption. Finally, the fourth chapter presents a theoretical model of a mixed market where two firms compete on a market, one of which has a ubiquity constraint. The model studies the effect of this ubiquity constraint on the quality.

L'incapacité excédentaire en lien avec la dépression chez la personne âgée peut affecter divers domaines d'activités et se traduit par une diminution de l'autonomie. Même si ce concept est bien connu en clinique, il est peu documenté dans la littérature. De plus, il n'existe pas de mesure standard pour l'évaluer. Le but de cette étude était de développer et d'évaluer la validité et la fidélité d'un instrument de mesure de l'incapacité excédentaire (MIE) chez la personne âgée. Les données ont été recueillies dans 2 centres hospitaliers de Québec auprès de personnes âgées (N=60)consultant pour un problème physique. Les résultats indiquent que la MIE est un instrument ayant une fidélité et une validité satisfaisantes. Aussi, l'incapacité excédentaire se distingue de l'incapacité réelle et fonctionnelle. La discussion examine les améliorations à apporter à l'instrument et les implications au niveau clinique.

Les conséquences négatives de l'absence de stimulation chez les personnes atteintes de troubles neurocognitifs majeurs (TNCM) vivant dans différents milieux d'hébergement ainsi qu'à domicile ont été démontrées dans plusieurs études. Le manque de stimulation peut provoquer une perte significative de l'autonomie fonctionnelle et cognitive affectant ainsi la qualité de vie en générale. Des effets positifs à la suite de l'implantation de formation et de programme de stimulation dans les activités de la vie quotidienne (AVQ) ainsi que dans les activités de la vie domestique (AVD) ont été observés dans les études antérieures. Le but de ce projet de maîtrise consiste à explorer, par un devis quasi expérimental de conception avant-après à groupe unique, l'impact d'un coaching clinique auprès des intervenants sur la fréquence de la stimulation verbale et physique dans les AVD auprès des résidents hébergés atteints de TNCM. Au total 17 intervenants ont été recrutés à partir d'une méthode d'échantillonnage non probabiliste de convenance ainsi que 14 résidents du milieu de vie. Les résultats obtenus n'ont pas permis de démontrer un effet statistiquement significatif du coaching clinique sur la fréquence des stimulations des AVD (p = 0.1561). Cependant, une analyse de sensibilité a pu démontrer une tendance nette à la hausse du nombre de stimulations. En effet, la fréquence de stimulation est passée de 28 en prétest et à 69 en posttest. À partir de ces résultats encourageants, il est indéniable que la recherche doit se poursuivre afin d'identifier les stratégies gagnantes favorisant la stimulation des résidents par les intervenants des milieux d'hébergement. / The negative consequences of the absence of stimulation in people with major neurocognitive disorders (MND) living in different residential settings as well as at home have been demonstrated in several studies. The lack of stimulation can cause a significant loss of functional and cognitive autonomy, thus affecting the quality of life in general. Positive effects following the implementation of training and stimulation program in the activities of daily living (ADL) as well as in the activities of domestic life (IADLs), have been observed in previous studies. The purpose of this master's project consists in exploring, by means of a quasi-experimental estimate of a single-group before-after design, the impact of clinical coaching with workers on the frequency of verbal and physical stimulation in IADLs with housed residents with TNCM. A total of 17 workers were recruited using a non-probability convenience sampling method, as well as 14 residents of the living environment. The results obtained did not demonstrate a statistically significant effect of clinical coaching on the frequency of IADLS's stimulation. (p = 0.1561). However, a sensitivity analysis was able to demonstrate a clear upward trend in the number of stimulations. Indeed, the stimulation frequency went from 28 in the pretest and to 69 in the posttest. Based on these encouraging results, it is undeniable that research must continue in order to identify the winning strategies favoring the stimulation of the residents by the workers in the long term care facility settings.

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Quantifier et mesurer le risque dans un environnement partiellement ou totalement incertain est probablement l'un des enjeux majeurs de la recherche appliquée en mathématiques financières. Cela concerne l'économie, la finance, mais d'autres domaines comme la santé via les assurances par exemple. L'une des difficultés fondamentales de ce processus de gestion des risques est de modéliser les actifs sous-jacents, puis d'approcher le risque à partir des observations ou des simulations. Comme dans ce domaine, l'aléa ou l'incertitude joue un rôle fondamental dans l'évolution des actifs, le recours aux processus stochastiques et aux méthodes statistiques devient crucial. Dans la pratique l'approche paramétrique est largement utilisée. Elle consiste à choisir le modèle dans une famille paramétrique, de quantifier le risque en fonction des paramètres, et d'estimer le risque en remplaçant les paramètres par leurs estimations. Cette approche présente un risque majeur, celui de mal spécifier le modèle, et donc de sous-estimer ou sur-estimer le risque. Partant de ce constat et dans une perspective de minimiser le risque de modèle, nous avons choisi d'aborder la question de la quantification du risque avec une approche non-paramétrique qui s'applique à des modèles aussi généraux que possible. Nous nous sommes concentrés sur deux mesures de risque largement utilisées dans la pratique et qui sont parfois imposées par les réglementations nationales ou internationales. Il s'agit de la Value at Risk (VaR) qui quantifie le niveau de perte maximum avec un niveau de confiance élevé (95% ou 99%). La seconde mesure est l'Expected Shortfall (ES) qui nous renseigne sur la perte moyenne au delà de la VaR.

Dans un modèle qui peut s'avérer complexe et fortement non linéaire, les paramètres d'entrée, parfois en très grand nombre, peuvent être à l'origine d'une importante variabilité de la sortie. L'analyse de sensibilité globale est une approche stochastique permettant de repérer les principales sources d'incertitude du modèle, c'est-à-dire d'identifier et de hiérarchiser les variables d'entrée les plus influentes. De cette manière, il est possible de réduire la dimension d'un problème, et de diminuer l'incertitude des entrées. Les indices de Sobol, dont la construction repose sur une décomposition de la variance globale du modèle, sont des mesures très fréquemment utilisées pour atteindre de tels objectifs. Néanmoins, ces indices se basent sur la décomposition fonctionnelle de la sortie, aussi connue soue le nom de décomposition de Hoeffding. Mais cette décomposition n'est unique que si les variables d'entrée sont supposées indépendantes. Dans cette thèse, nous nous intéressons à l'extension des indices de Sobol pour des modèles à variables d'entrée dépendantes. Dans un premier temps, nous proposons une généralisation de la décomposition de Hoeffding au cas où la forme de la distribution des entrées est plus générale qu'une distribution produit. De cette décomposition généralisée aux contraintes d'orthogonalité spécifiques, il en découle la construction d'indices de sensibilité généralisés capable de mesurer la variabilité d'un ou plusieurs facteurs corrélés dans le modèle. Dans un second temps, nous proposons deux méthodes d'estimation de ces indices. La première est adaptée à des modèles à entrées dépendantes par paires. Elle repose sur la résolution numérique d'un système linéaire fonctionnel qui met en jeu des opérateurs de projection. La seconde méthode, qui peut s'appliquer à des modèles beaucoup plus généraux, repose sur la construction récursive d'un système de fonctions qui satisfont les contraintes d'orthogonalité liées à la décomposition généralisée. En parallèle, nous mettons en pratique ces différentes méthodes sur différents cas tests. / A mathematical model aims at characterizing a complex system or process that is too expensive to experiment. However, in this model, often strongly non linear, input parameters can be affected by a large uncertainty including errors of measurement of lack of information. Global sensitivity analysis is a stochastic approach whose objective is to identify and to rank the input variables that drive the uncertainty of the model output. Through this analysis, it is then possible to reduce the model dimension and the variation in the output of the model. To reach this objective, the Sobol indices are commonly used. Based on the functional ANOVA decomposition of the output, also called Hoeffding decomposition, they stand on the assumption that the incomes are independent. Our contribution is on the extension of Sobol indices for models with non independent inputs. In one hand, we propose a generalized functional decomposition, where its components is subject to specific orthogonal constraints. This decomposition leads to the definition of generalized sensitivity indices able to quantify the dependent inputs' contribution to the model variability. On the other hand, we propose two numerical methods to estimate these constructed indices. The first one is well-fitted to models with independent pairs of dependent input variables. The method is performed by solving linear system involving suitable projection operators. The second method can be applied to more general models. It relies on the recursive construction of functional systems satisfying the orthogonality properties of summands of the generalized decomposition. In parallel, we illustrate the two methods on numerical examples to test the efficiency of the techniques.

Dans cette thèse, nous étudions divers problèmes d'estimation par sélection d'estimateurs constants ou polynomiaux par morceaux sur des partitions en intervalles ou rectangles dyadiques, en utilisant un critère de type moindres carrés pénalisé adéquat. Nos travaux portent sur trois sujets différents. Nous nous intéressons tout d'abord à l'estimation d'une loi de probabilité discrète, ainsi qu'à une application à la détection de ruptures multiples. Puis, nous proposons un cadre unifié pour l'estimation fonctionnelle basée sur des données éventuellement censurées. Enfin, nous étudions simultanément l'estimation de densité multivariée et de densité conditionnelle pour des données dépendantes. Le choix de la collection de partitions en intervalles ou rectangles dyadiques s'avère intéressant aussi bien en théorie qu'en pratique. En effet, notre estimateur pénalisé vérifie dans chacun des cadres une inégalité de type oracle non-asymptotique, pour une pénalité bien choisie. Il atteint également la vitesse minimax à constante près sur de nombreuses classes de fonctions, dont la régularité est éventuellement à la fois non homogène et non isotrope. Cette propriété, qui à notre connaissance n'a été démontrée pour aucun autre estimateur, repose sur des résultats d'approximation dont les preuves sont inspirées d'un article de DeVore et Yu. Par ailleurs, le calcul de notre estimateur dans un cadre univarié est basé sur un algorithme de plus court chemin dont la complexité est seulement linéaire en la taille de l'échantillon.

Cette thèse analyse le fonctionnement du marché des services de l'aide à domicile caractérisé par l'incertitude sur la qualité. Elle s'inscrit dans la lignée des travaux sur les problèmes de l'information sur la qualité en suivant l'approche par les conventions. L'analyse est effectuée à partir d'une enquête auprès de 530 personnes âgées complétée par une enquête auprès de quatorze prestataires de ces services et de quatre structures coordinatrices de l'offre. La première partie présente les difficultés de coordination du marché, les facteurs à l'origine de son développement et les enjeux autour de la qualité. La deuxième partie propose une analyse économique de l'incertitude. Elle présente les apports et les limites de la théorie économique à l'analyse du choix en incertitude et définit les notions de la qualité et de l'incertitude qualitative dans ces services. La troisième partie reprend les principaux résultats de l'enquête. Son objet consiste à montrer comment les usagers opèrent leur choix dans un marché sans différenciations des qualités. À l'aide d'une série d'analyses factorielles, elle propose des typologies de comportements et de choix en incertitude. La quatrième partie synthétise les parties précédentes. Elle propose une représentation du fonctionnement du marché en mettant en lumière le rôle de la réputation et du réseau d'échange dans la coordination. En croisant les démarches de prestation de service, cette partie propose des modèles d'organisations associés à des conventions de qualité. L'analyse de leur stabilité montre que les services de l'aide à domicile se singularisent par un modèle de qualité pluri-conventionnelle.

Deux thèmes sont abordés dans cette thèse : l'analyse de sensibilité et l'analyse discriminante généralisée.<br /><br />L'analyse de sensibilité globale d'un modèle mathématique étudie comment les variables de sortie de ce dernier réagissent à des perturbations de ses entrées. Les méthodes basées sur l'étude de la variance quantifient les parts de variance de la réponse du modèle dues à chaque variable d'entrée et chaque sous-ensemble de variables d'entrée. Le premier problème abordé est l'impact d'une incertitude de modèle sur les résultats d'une analyse de sensibilité. Deux formes particulières d'incertitude sont étudiées : celle due à une mutation du modèle de référence, et celle due à l'utilisation d'un modèle simplifié à la place du modèle de référence. Un second problème relatif à l'analyse de sensibilité a été étudié au cours de cette thèse, celui des modèles à entrées corrélées. En effet, les indices de sensibilité classiques n'ayant pas de signification (d'un point de vue interprétation) en présence de corrélation des entrées, nous proposons une approche multidimensionnelle consistant à exprimer la sensibilité de la sortie du modèle à des groupes de variables corrélées. Des applications dans le domaine de l'ingénierie nucléaire illustrent ces travaux.<br /><br />L'analyse discriminante généralisée consiste à classer les individus d'un échantillon test en groupes, en utilisant l'information contenue dans un échantillon d'apprentissage, lorsque ces deux échantillons ne sont pas issus d'une même population. Ce travail étend les méthodes existantes dans un cadre gaussien au cas des données binaires. Une application en santé publique illustre l'utilité des modèles de discrimination généralisée ainsi définis.