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Modelling distributions of rare marine species : the deep-diving cetaceans / Modéliser les distributions des espèces marines rares : les cétacés grands plongeurs

Virgili, Auriane 11 January 2018 (has links)
Les cétacés grands plongeurs, cachalots Physeteridae et Kogiidae, et baleines à bec Zipiidae, sont des espèces marines rares. Leur faible densité, aire de distribution étendue et faible disponibilité en surface génèrent de faibles taux d’observations. Cette particularité constitue un défi pour la modélisation d’habitat de ces espèces, préalable à leur conservation. Les modèles doivent gérer l’abondance de zéros qui limitent leur capacité à inférer des résultats écologiquement cohérents. Cette thèse vise donc à trouver une méthodologie adaptée aux jeux de données abondants en zéros, à déterminer comment les variables environnementales influencent la distribution des grands plongeurs et à prédire les zones potentielles qu’ils utilisent. Tester la capacité de prédiction de différents modèles d'habitat confrontés à un nombre décroissant d’observations a permis de souligner la pertinence d’un modèle, même si un minimum de 50 observations est nécessaire pour fournir des prédictions fiables. Des données issues de différentes campagnes visuelles ont été assemblées afin de produire les premières cartes de densités de grands plongeurs à l’échelle de l’océan Atlantique Nord et la mer Méditerranée. Les densités les plus élevées sont prédites dans les eaux entre 1500 et 4000 m de profondeur et près des fronts thermiques, particulièrement le long des pentes continentales et à l'ouest de l'océan Atlantique Nord. Par ailleurs, l’analyse de la transférabilité des modèles a montré une variation des habitats préférentiels en fonction des écosystèmes. Finalement, cette thèse permet de discuter les défis de la modélisation statistique appliquée aux espèces rares et les applications de gestion associées. / Deep-diving cetaceans, sperm- and beaked whales Physeteridae, Kogiidae and Ziphiidae, are rare marine species. Due to their low densities, wide distribution ranges and limited presence at the water surface, visual surveys usually result in low sighting rates. This paucity of data challenges the modelling of their habitat, prerequisite for their conservation. Models have to cope with a great number of zeros that weakens the ability to make sound ecological inferences. Consequently, this thesis aimed at finding a methodology suitable for datasets with a large number of zeros, determining how environmental variables influence deep-diver distributions and predicting areas preferentially used by these species. By testing the predictive performance of various habitat models fitted to decreasing numbers of sightings, I selected the most suitable model and determined that at least 50 sightings were needed to provide reliable predictions. However, individual surveys can rarely provide sufficient deep-diver sightings thus I merged many visual survey datasets to produce the first basin-wide deep-diver density maps in the North Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea. Highest densities were predicted in waters from 1500-4000 m deep and close to thermal fronts ; hotspots were predicted along the continental slopes, particularly in the western North Atlantic Ocean. In addition, a model transferability analysis highlighted that habitat drivers selected by the models varied between contrasted large ecosystems. Finally, I discussed challenges related to statistical modelling applied to rare species and the management applications of this thesis.
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Sources of variability in heterospecific social information use for breeding habitat selection : role of genetics and personality in collared flycatchers / Sources de variabilité dans l'utilisation d'informations sociales pour le choix d'habitat de reproduction : rôle de la génétique et de la personnalité chez le gobe-mouche à collier (Ficedula albicollis)

Morinay, Jennifer 22 November 2018 (has links)
Au cours de leur vie, les individus doivent constamment prendre des décisions qui peuvent fortement affecter leur valeur sélective. Pour optimiser leur prise de décisions, ces individus peuvent utiliser des informations soit issues de leurs propres interactions avec l’environnement (informations personnelles), soit issues de l’observation d’autres individus (informations sociales). La propension à utiliser des informations sociales et leur signification dépend certainement de paramètres individuels et environnementaux. Pour comprendre le potentiel évolutif de ce comportement à priori adaptatif, il est nécessaire de comprendre les causes de ces variations inter- et intra-individuelles. Le but de cette thèse était donc de déterminer les sources de variations individuelles dans l’utilisation d’information sociales hétérospécifiques pour le choix d’habitat de reproduction, chez le gobe-mouche à collier (Ficedula albicollis). A partir de données à long terme et d’expérimentations en nature dans la population de Gotland (Suède), j’ai montré que l’utilisation d’informations sociales n’est pas héritable dans cette population, mais dépend de l’âge et de l’agressivité des mâles, ainsi que de la taille de ponte des compétiteurs au moment où les gobe-mouches font leur choix. A partir d’une expérience de repasse, j’ai également montré que les femelles peuvent ajuster, en fonction de leur propre niveau d’agressivité, leur choix de site de nidification en fonction de caractéristiques de chants supposément liés à la qualité des mésanges charbonnières (Parus major). Cette thèse souligne l’importance de la personnalité dans l’utilisation d’informations sociales hétérospecifiques pour la sélection d’habitat de reproduction dans cette population, et montre que des caractéristiques fines de signaux à l’intention de congénères peuvent aussi être utilisées par d’autres espèces. Cela nous aide ainsi à mieux comprendre les mécanismes évolutifs de ce comportement / All their life, individuals have to make decisions that may strongly affect their fitness. To optimize their decisions, they can use personally acquired information but also information obtained from observing other individuals (“social information”). The propensity to gather and use social information and the information meaning might depend on both individual and environmental factors. Studying what drives within- and between-individual differences in social information use should help us understand the evolutionary potential of this supposedly adaptive behaviour. The aim of my PhD was to empirically investigate sources of variability in heterospecific social information use for breeding habitat selection. I worked on a natural population of collared flycatchers (Ficedula albicollis, Gotland Island, Sweden), a passerine species shown to cue on the presence, density, reproductive investment and nest site preference of dominant titmice for settlement decisions. Using both long term and experimental data, I showed that the use of heterospecific social information, measured as the probability to copy tit nest preference, is not heritable but depends on male age and aggressiveness and on tit apparent breeding investment at the time of flycatcher settlement. Using a playback experiment, I also showed that female flycatchers can fine-tune nest site choice according to (i) song features supposedly reflecting great tit (Parus major) quality and (ii) their own aggressiveness level. This thesis highlights the importance of personality in the use of heterospecific social information for breeding site selection in this population, and broadens the traditionally known sources of heterospecific information to fine song characteristics reflecting heterospecifics’ quality. To fully understand the evolutionary mechanisms and consequences of heterospecific social information use, genetically based plasticity and fitness consequences remains to be explored
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Échantillonnage et modélisation de l’habitat des communautés de poissons de rivière des basses Laurentides

Chamberland, Jean-Martin 04 1900 (has links)
Plusieurs études à grande échelle ont identifié la modification ou la perte d’habitats comme menace principale à la conservation des communautés de poissons d’eau douce. Au Canada, « aucune perte nette dans la capacité productive des habitats » (NNL) est le principe directeur de la politique de gestion des habitats du ministère des Pêches et Océans. Le respect du NNL implique l’avancement des connaissances au niveau des relations entre les poissons et leurs habitats, de même que des outils pour quantifier l’impact de la modification des habitats sur les poissons. Les modèles d’utilisation de l’habitat des poissons (FHUM) sont des outils qui permettent d’améliorer nos connaissances des relations poissons – habitat, de prédire la distribution des espèces, mais aussi leurs densités, biomasses ou abondances, sur la base des caractéristiques de l’environnement. L’objectif général de mon mémoire est d’améliorer la performance des FHUM pour les rivières des basses Laurentides, en suggérant des perfectionnements au niveau de 2 aspects cruciaux de l’élaboration de tels modèles : la description précise de la communauté de poissons et l’utilisation de modèles statistiques efficaces. Dans un premier chapitre, j’évalue la performance relative de la pêcheuse électrique et de l’échantillonnage en visuel (plongée de surface) pour estimer les abondances des combinaisons d’espèces et de classes de taille des poissons en rivière. J’évalue aussi l’effet des conditions environnementales sur les différences potentielles entre les communautés observées par ces 2 méthodes d’échantillonnage. Pour ce faire, 10 sections de rivière de 20 m de longueur ont été échantillonnées à l’aide de ces 2 méthodes alors qu’elles étaient fermées par des filets de blocage. 3 plongeurs performèrent l’échantillonnage en visuel en se déplaçant de l’aval vers l’amont des sections, tout en dénombrant les espèces et classes de taille. Par la suite, nous avons fait 3 passages de pêcheuse électrique et les abondances furent estimées grâce à un modèle restreint de maximum de vraisemblance, basé sur la diminution des abondances observées. De plus grandes abondances de poissons furent observées en visuel qu’avec la pêcheuse électrique à tous les sites. La richesse spécifique observée en visuel était plus élevée (6/10) ou égale (4/10) à celle observée avec la pêcheuse électrique. Les différences entre les communautés de poissons observées à l’aide de ces 2 méthodes ne purent être reliées aux conditions environnementales. Les résultats de cette expérience sont contraires à ceux de toutes les études comparant ces 2 méthodes d’échantillonnage, lesquels suggèrent une supériorité de la pêcheuse électrique. Les conditions environnementales de notre expérience étaient distinctes de celles observées dans les autres études (absence d’arbres tombés dans l’eau, très peu de substrats grossiers), mais la différence la plus marquante était en terme de communauté de poissons observée (dominance des cyprinidés et des centrarchidés plutôt que des salmonidés). Je termine ce chapitre en suggérant que les caractéristiques comportementales favorisant l’évitement de la capture (formation de bancs) et facilitant l’observation en visuel (curiosité) sont responsables de la supériorité de la plongée de surface pour échantillonner les communautés dans les rivières des basses Laurentides. Dans un deuxième chapitre, je développe des FHUM pour des communautés de poissons de rivière ayant plusieurs espèces. Dans le but de simplifier la modélisation de telles communautés et d’améliorer notre compréhension des relations poissons – habitat, j’utilise les concepts de guilde écologique et de filtre environnemental pour explorer les relations entre les guildes formées sur la bases de différents types de traits (reproducteurs, taxonomiques, éco-morphologiques et alimentaires) et les conditions environnementales locales à l’échelle du méso-habitat. Les modèles d’habitats basés sur les guildes reproductrices ont clairement surpassé les autres modèles, parce que l’habitat de fraie reflète l’habitat de préférence en dehors de la période de reproduction. J’ai également utilisé l’approche inverse, c’est à dire définir des guildes d’utilisation de l’habitat et les mettre en relation avec les traits des espèces. Les traits reliés à l’alimentation des poissons ont semblés être les meilleurs pour expliquer l’appartenance aux groupes d’utilisation de l’habitat, mais le modèle utilisé ne représentait pas bien la relation entre les groupes. La validation de notre modèle basé sur les guildes reproductrices avec un jeu de données indépendant pourrait confirmer notre découverte, laquelle représente une manière prometteuse de modéliser les relations poissons – environnement dans des communautés de poissons complexes. En conclusion, mon mémoire suggère d’importantes améliorations aux FHUM pour les communautés de poissons des basses Laurentides, en suggérant de prendre en compte les caractéristiques biologiques des cours d’eau dans le choix d’une méthode d’échantillonnage, et également en utilisant une méthode prometteuse pour simplifier les FHUM de communautés de poissons complexes : les guildes reproductrices. / Many large scale studies have identified habitat modification or habitat losses as primary threats for the conservation of freshwater fish communities. In Canada, No Net Loss (NNL) of the productive capacity of habitats is the guiding principle of the Department of Fisheries and Oceans’ policy for the management of fish habitat. To respect NNL, a better understanding of fish-habitat relationships is required, as well as tools to quantify the impact of habitat modifications on fish. Fish habitat use models (FHUM) are tools that can improve our understanding of fish-habitat relationships, predict species occurrences, densities or biomass on the basis of habitat descriptors and quantify habitat requirements. They consist in relationships between biological descriptors of fish and habitat descriptors. The general objective of my thesis is to improve the performance of FHUM for the lower Laurentian streams by suggesting refinements on 2 crucial aspects in the development of these models: a precise description of the fish community and the use of efficient statistical models. In the first chapter, I evaluate the relative performance of electrofishing and visual surveys (snorkeling) for estimating the abundance of combinations of fish species and size classes in rivers. I also assessed the effect of environmental conditions on potential differences between the results obtained using these two sampling methods. Sampling sites consisted in 10 river sections of 20 m in length distributed in the Laurentian region of Québec. Both methods were used while sections were blocked. Three snorkelers that swam the river sections upstream while identifying and counting fish of each species and size-classes performed visual surveys. Three-pass electrofishing was performed and abundances were estimated with a maximum likelihood depletion model. Greater abundances of fish were observed by snorkeling than by electrofishing at all sites. Snorkeling species richness was higher (6/10) or equal (4/10) to electrofishing richness. Differences in the fish communities observed by both sampling methods were not related to environmental conditions. The results of our work are therefore contrary to that of most published studies that suggested the superiority of electrofishing on visual surveys. Compared to the conditions found in previous studies, our sampling sites had different environmental characteristics (no fallen trees, insignificant cover of large cobble and boulder) but the most striking dissimilarity was in terms of fish communities (dominance of cyprinids and centrarchids instead of salmonids). Behavioural characteristics favouring capture avoidance (schooling) and facilitating underwater observation (curiosity) may be responsible for the superiority of visual surveys in our study rivers. Survey methods should be selected based on fish community composition. In the second chapter, I develop FHUM for complex stream fish communities. In order to simplify the modelling of such communities, as well as improve our understanding of fish – habitat relationships, I used the ecological guild concept and the niche filtering hypothesis to explore the relationships between guilds based on different types of traits (eco-morphological, reproductive, alimentary and taxonomic) and local environmental descriptors, at the coarse meso-habitat scale. Reproductive guilds led to FHUM that clearly outperformed the other 3 approaches, because of the close relationship between preferred spawning grounds and non spawning habitat preferences, and also because reproductive traits are linked to habitat characteristics at the reach or coarse mesohabitat scale. We also defined guilds based on habitat-use and related them to species traits. Traits related to the feeding biology of fishes seemed to be the best at explaining the habitat-use guilds, but our model did not correctly represent the among-guild relationships. Validation of our reproductive trait model on an independent dataset would confirm our finding, which represents a promising way of modelling fish - habitat relationships in complex fish communities. In conclusion, my thesis suggests important improvements to FHUM models in the Laurentian streams by giving new insights on the choice of a sampling method that take into account the biological characteristics of the streams targeted, and by using a promising way of simplifying FHUM for species rich communities: reproductive guilds.
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Utilisation des prédateurs supérieurs pour déterminer les zones d'importance pour la biodiversité : comparaison de différentes méthodes de mise en évidence de "hotspots" / Use of top predators to determine important areas for biodiversity : comparison of different methods to highlight "hotspots"

Thiers, Laurie 13 October 2014 (has links)
Les nombreuses menaces qui pèsent sur le milieu marin et les preuves d’une perte de biodiversité globale au cours des dernières décennies ont rendu indispensable la mise en place de mesures de conservation dans les années à venir. Au sein des Terres Australes et Antarctiques Françaises (TAAFs) en particulier, qui offrent une biodiversité exceptionnelle et sont le cadre d’activités anthropiques intensives à travers les grandes pêcheries industrielles, la délimitation d’Aires Marines Protégées (AMP) serait extrêmement bénéfique pour la conservation du milieu. Pour définir les zones d’importance pour la biodiversité, qui représenteraient de bonnes candidates pour un statut d’AMP, l’utilisation des données de distribution de prédateurs supérieurs apparait idéale. En effet, leur position dans le réseau trophique en fait de bons intégrateurs des niveaux inférieurs, et de plus, ils sont facilement observables lors des campagnes d’observations et offrent des facilités pour l’équipement de dispositifs télémétriques puisqu’ils reviennent régulièrement à terre pendant la période de reproduction. Grâce à l’analyse spatiale des données de distribution obtenues pour un grand nombre de prédateurs supérieurs au sein d’écosystèmes subantarctiques aussi bien qu’en milieu tropical et grâce au développement de modèles d’habitat, nous avons ici déterminé des ‘hotspots’ de biodiversité pour les prédateurs supérieurs des TAAFs. Ces travaux pourraient ainsi servir de base aux propositions de limites pour de potentielles futures AMPs. / The numerous threats that marine environment face, coupled with the evidence for a global biodiversity loss during last decades have lead to an increasing need for setting up conservation measures. Particularly, delimiting Marine Protected Areas (MPAs) within the French Southern Territories, which are home to an exceptional biodiversity and extensive human activities through industrial fisheries, would be extremely beneficial for species conservation. In order to identify areas of ecological significance for biodiversity, which could be good MPA candidates, the use of distribution data from top marine predators seems to be ideal. Thanks to their high position in trophic network, they are likely to integrate lowers trophic level species distribution. Moreover, they are easy to observe trough at-sea observation campaigns, and easy to equip with telemetric devices thank to their central place foraging that lead them to return regularly to their colony during breeding season. Here, we analyse distribution data and develop habitat models from several top predators species in both subantarctic and tropical regions to highlight biodiversity hotspots within the French Southern Territories. This work could thus be use as a basis to define potential boundaries for a future MPA.
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Conservation des communautés de papillons de jour dans les paysages forestiers hétérogènes : effets de la qualité, de la diversité et de la fragmentation des habitats / Conservation of butterfly communities in mosaic forest landscapes : effects of habitat quality, diversity and fragmentation

Van Halder, Inge 06 January 2017 (has links)
Alors que la superficie des forêts de plantation continue d'augmenter dans le monde, leurcontribution à la conservation de la biodiversité reste controversée. L’objectif de cette thèse estd'identifier les facteurs clés, à la fois au niveau de l'habitat local et à celui du paysage, qui influent surla diversité des papillons de jour dans les paysages en mosaïque dominés par des plantations de pins.Les communautés de papillons ont été échantillonnées en lisière et à l’intérieur de plantations de pinmaritime, pare-feux, ripisylves et fragments de forêts de feuillus variant par la taille et le degréd’isolement spatial. Les traits biologiques et écologiques des papillons ont été liés auxcaractéristiques de l’habitat et aux variables paysagères.Les éléments les plus importants pour la conservation des papillons dans les paysages dominés parles plantations de pins sont les habitats semi-naturels: forêts de feuillus, pare-feux et lisières. Lesripisylves se révèlent être les plus riches en papillons forestiers, abritant des espèces spécialisées. Lespare-feux hébergent deux fois plus d'espèces que les autres types d'habitats et sont importants pourla conservation de plusieurs espèces menacées. Toutefois les plantations de pin ne sont pas vide depapillons. La qualité de l'habitat, notamment la présence de plantes hôtes, est le facteur le plusdéterminant de la composition des communautés de rhopalocères. La composition et laconfiguration du paysage ont également une influence importante sur la diversité des papillons. Denombreuses espèces de papillons ont été observées dans plusieurs types d'habitat suggérant que lacomplémentation et supplémentation des ressources soient des processus clés pour maintenir ladiversité des papillons dans les paysages forestiers hétérogènes. / While the area of plantation forests continues to increase worldwide, their contribution to theconservation of biodiversity is still controversial. The aim of this thesis is to identify key habitat andlandscape factors that drive butterfly diversity in mosaic landscapes dominated by pine plantations.Butterfly communities were sampled at edges and interiors of five successional stages of pine stands,in firebreaks, riparian forests and in deciduous woodlands varying in fragment size and isolation.Biological and ecological traits of butterflies were related to habitat patch attributes and tolandscape composition and configuration.The results highlighted the critical importance of semi-natural habitats for butterfly conservation inpine plantation mosaics, i.e. deciduous woodlands, firebreaks and edges. Riparian forests wereespecially rich in forest butterfly species, harboring specialized species with both narrow habitat andthermal ranges. Firebreaks had twice as many species as other habitat types and were ofconservation value for several threatened butterfly species. Our results also showed that pine standswere not ‘free of butterflies'. Habitat quality, particularly the presence of host plants, was the mostimportant driver of butterfly community composition. Landscape composition and configuration alsoinfluenced butterfly diversity. Many species used more than one distinct habitat type, suggestingthat resource complementation and supplementation are important mechanisms of butterflydiversity persistence in pine plantation mosaics.
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Modélisation multi-échelles de la sélection de l’habitat hydraulique des poissons de rivière / Multi-scale modelling of hydraulic habitat selection of freshwater fish

Plichard, Laura 10 December 2018 (has links)
Le concept d’habitat, qui définit le lieu de vie des organismes par des conditions abiotiques et biotiques, est déterminant pour étudier les relations entre les organismes et leur environnement. La sélection d’habitat est le processus à travers lequel l’organisme va choisir l’habitat où il se trouve en fonction des différents habitats disponibles autour de lui. Cette sélection va dépendre d’un choix individuel, qui est propre à l’organisme (ex. son comportement), et d’un choix commun, qui est observable chez des organismes qui partagent des traits communs (ex. les individus d’une même espèce). Les modèles spécifiques de sélection d’habitat cherchent à expliquer et prédire ce choix commun, et sont notamment utilisés pour les cours d’eau dans les outils d'aide à la définition de débits écologiques. Pour les poissons de rivière, la plupart des modèles spécifiques à l’échelle du microhabitat sont peu transférables à d’autres rivières. En effet, ils sont construits à partir de données d’abondance échantillonnées dans le même site pendant quelques campagnes. Afin d’améliorer la qualité prédictive de ces modèles, j’ai développé une approche prometteuse de modélisation multi-sites et multi-campagnes permettant à la fois de considérer la réponse non linéaire de la sélection et la surdispersion des données d’abondance. A partir de suivis individuels par télémétrie, j’ai montré la pertinence des modèles de sélection spécifiques malgré la forte variabilité individuelle observée. Finalement, la sélection d’habitat étant dépendante de processus structurant les communautés et agissant à l’échelle du paysage, telle que la dispersion des individus, j’ai mis en évidence l’intérêt d’utiliser des techniques légères d’échantillonnage comme les observations par plongée pour caractériser les structures des communautés et leurs répartitions spatiales. Ces techniques permettront alors d’étudier l’influence des processus du paysage sur les modèles de sélection d’habitat / The habitat concept, which defines the place where organisms live, is composed by abiotic and biotic conditions and differs for examples between species or activities. The habitat selection is the process where organisms choose the habitat to live in function of all habitats available around them. This habitat selection depends on an individual choice related to the organism, for example its behavior and a common choice related to organisms sharing common traits as individuals from the same species. Specific habitat selection models are developed to understand and represent this common choice and used to build ecological flow tools. For freshwater fish, most of specific habitat selection models have low transferability between reaches and rivers. Indeed, they are built from abundance data and sampled in the same study reach during few numbers of surveys. In order to improve predictive quality of models, I developed an attractive modelling approach, both multi-reach and multi-survey, involving the non-linear response of habitat selection and abundance data overdispersion. Then, despite the high individual variability of habitat selection, I showed, from telemetry data, the relevance of developing specific habitat selection models. Finally, as the habitat selection is also depending on processes which influence community structures at the landscape scale (e.g. dispersal), I demonstrate the benefits of sampling methods such as snorkeling to characterize community structures and their longitudinal distributions at a large spatial scale. These techniques will allow studying the influence of landscape processes on habitat selection models.
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Variabilité des traits d’histoire de vie chez les Gobiidae (Sicydiinae) amphidromes de l’île de la Réunion : Sicyopterus lagocephalus (Pallas, 1770) et Cotylopus acutipinnis (Guichenot, 1863) / Variability of life history traits of two amphidromous Gobiidae (Sicydiinae) in Reunion Island : Sicyopterus lagocephalus (Pallas, 1770) and Cotylopus acutipinnis (Guichenot, 1863)

Teichert, Nils 16 October 2012 (has links)
Les Sicydiinae amphidromes constituent une part importante des peuplements piscicoles insulaires de la région Indo-Pacifique et sont vulnérables à de nombreuses pressions anthropiques (i.e. pêcherie, dégradation et fragmentation des habitats). La reproduction a lieu en eau douce, puis les jeunes dévalent en mer où ils débutent leur croissance pendant quelques mois avant de coloniser les rivières. L’objectif est d’acquérir des connaissances sur les traits de vie de S. lagocephalus (cosmopolite) et de C. acutipinnis (endémique). Les travaux de terrain démontrent que le choix de l’habitat quotidien est fortement lié aux interactions sociales, alors que l’habitat de fraie montre une forte sélection pour des conditions morphodynamiques favorisant l’oxygénation des oeufs. Les mâles sélectionnent des sites de ponte et gardent les oeufs. L’étude expérimentale de la survie en eau douce confirme que tous les embryons libres possèdent la capacité à rejoindre la mer. L’analyse des traits de vie marins à partir des otolithes des post-larves révèle des variations saisonnières d’âge et de taille au recrutement, en lien avec la croissance et la température marine. L’examen histologique des ovaires permet de décrire les variations spatiales et temporelles de l’activité de reproduction chez les femelles en rivière et de déterminer la fécondité et la taille de première reproduction. Les variations inter et intra-spécifiques des traits de vie sontcomparées en lien avec la répartition géographique des deux espèces. Ces travaux permettent d’identifier des perspectives concrètes dans le domaine de la gestion et de la conservation sur la base des caractéristiques de la stratégie amphidrome. / Amphidromous Sicydiinae are particularly widespread among fish freshwater assemblages of the Indo-Pacific region and are vulnerable to anthropogenic pressures (i.e. fishery, degradation and fragmentation of habitats). Spawning and hatching happen in freshwater, then offspring drift downstream to the sea where they begin their growth for a few months before recruiting in the rivers. This study aims at acquire knowledge about life traits of S. lagocephalus (cosmopolite) and C. acutipinnis (endemic). Field sampling shows that the usual habitat choice is related to social interactions, whereasspawning habitat shows a strong selection for morphodynamic conditions which favor eggs oxygenation. Males select spawning sites and care for the eggs. The experimental study of freshwater survival confirms that free embryos survival and swimming capacities are enough to drift to the ocean. Marine life history analysis, based on postlarvae otoliths examination, reveals a seasonal variation of both age and size-atrecruitment related to the larval growth rate and the sea temperature. Histological examination of ovaries is used to describe the spatial and temporal variation of reproductive activity of mature females in the rivers, and to determine fecundity and size at first reproduction. Inter and intra-specific variations of life history traits are compared in relation to the respective geographical distribution of both species. This study identifies concrete prospects for management and conservation based on the features of amphidromous life history strategy.
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Influence multi-échelle des facteurs environnementaux dans la répartition du Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus) en France / Multi-scale influence of environmental factors in the distribution of the Pyrenean desman (Galemys pyrenaicus) in France

Charbonnel, Anaïs 04 June 2015 (has links)
L’écologie du Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), mammifère semi-aquatique endémique de la péninsule ibérique et des Pyrénées, demeure encore très peu connue. Les objectifs de cette thèse, dans le cadre d’un Plan National d’Actions, ont été d’identifier les variables environnementales agissant sur la répartition de l’espèce à différentes échelles spatiales, en considérant sa détectabilité imparfaite (i.e. fausses absences et fausses présences). Une probabilité de détection élevée, mais spatialement hétérogène à l’échelle des Pyrénées françaises, a été mise en évidence. La distribution du Desman des Pyrénées s’est également révélée spatialement structurée et majoritairement influencée par des facteurs propres aux milieux aquatiques, mais en forte régression depuis les années 80. Ces résultats ont permis de proposer des mesures de conservation pour cette espèce menacée. / The ecology of the Pyrenean desman (Galemys pyrenaicus), a small semi-aquatic mammal endemic to the Iberian Peninsula and the Pyrenees, remains still largely unknown. The aim of this PhD thesis conducted within the framework of a National Action Plan was to identify the environmental variables influencing the Desman distribution at various spatial scales, by accounting for its imperfect detection (i.e. false absences and false presences). A high, but spatially heterogeneous at the French Pyrenees extent, probability of detection was highlighted. The distribution of the Pyrenean Desman was also emphasized to be spatially structured and mainly influenced by aquatic factors, but severely contracting for the last 25 years. These results enabled to suggest conservation measures for this endangered species.
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Fabrication du logement planifié sous forme de "KDTM" (Khu Đô Thị Mới) à Hanoï : la ville de quartiers ou/et la ville de projets ? / Planned housing manufacture in the form of "KDTM" (Khu Đô Thị Mới) in Hanoi : the city of quarters or/and the city of projects ? / Sản xuất nhà ở kế hoạch hoá dưới hình thức các "KDTM" (Khu Đô Thị Mới) tại Hà Nội : thành phố từ những khu phố hay/và thành phố từ những dự án ?

Tran, Minh Tung 15 December 2014 (has links)
Cette recherche est destinée à analyser principalement les KDTM* qui représentent actuellement les nouvelles zones résidentielles de Hanoi et sont aussi un des éléments contemporains très importants de la fabrication du logement planifié en particulier et de la (re)structuration spatiale de Hanoi en général sous les impacts de la tendance de globalisation, de métropolisation et l’ « explosion » urbaine dans le monde. 4 phases (féodale - coloniale - indépendante - ouverte) de l’évolution spatiale de Hanoi sont résumées pour retirer les images caractéristiques de chaque phase de l’urbanisation qui réfléchissent les métamorphoses internes d’une ville orientale millénaire sous les mouvements historiques et les impacts externes : le conflit pour le développement. Les changements stratégiques de planification spatiale dans le schéma directeur actuel (de 2011) par rapport aux schémas directeurs précédents (de 1961, 1976, 1981, 1992 et 1998) concernent le contexte spécifique (géo-historique - géo-politique - géo-social - géo-économique) de Hanoi en transition lorsque les modes de (re)faire la ville en projet deviennent de plus en plus répandus. En répondant à la question de la réalité du logement (planifié), Hanoi montre ses objectifs attachés à la fabrication des typologies différentes de logement sous les impacts socio-économiques et les (nouvelles) idées de planification spatiale. Le mécanisme, le processus de l’apparition et de la création de la modalité de KDTM sont faits référence à ceux de l’autre modalité d’habitat planifié (KTT**) pour trouver les différences réglementaires et pratiques entre ces 2 modalités. Cette recherche choisit et présente la situation de 4 cas d’études en établissant les systèmes des critères de la classification et en montrant la diversité des choix des KDTM typiques à faire un panorama des KDTM à Hanoi. A travers ces 4 KDTM typiques choisies, les rôles, les dynamiques, les modes d’exploitation et les buts d’argent et de profit des acteurs dans la fabrication d’un projet de KDTM sont abordés sur la base des analyses des affaires et des activités financières et économiques. Puis, le fondement et la nature des projets de KDTM sont retrouvés pour (re)confirmer leurs rôles, leurs démarches et pour chercher les outils efficaces, les dimensions attachées et le renouvellement de conception basés sur les modes actuels à organiser et gérer les projets de logement planifié dans la ville. En outre, les KDTM sont également approchées sous l’angle des relations sociales entre les sections spatiales d’une KDTM, entre les KDTM les unes et les autres, et entre les KDTM et les quartiers voisins existants en fonction du fonctionnement gestionnaire et la démarche d’après-projet des KDTM devenues les vrais quartiers de la ville. Enfin, l’imagination pour le futur des villes nouvelles et des espaces urbanisés de Hanoi est inclue dans cette recherche. * KDTM - « Khu Đô Thị Mới » en vietnamien : ce sont les « nouvelles zones résiden-tielles » qui étaient fabriquées sous forme de projet dans les villes vietnamiennes de-puis des années 90 du XXe siècle sur les principes de l’économie de marché. ** KTT - « Khu Tập Thể » en vietnamien : ce sont les « ensembles d’habitation collec-tive » qui ont été fabriqués dans les villes vietnamiennes (du Nord) des années 60 aux années 80 du XXe siècle sur les principes de l’économie de subvention budgétaire. / This research is aimed to analyze KDTM* which is considered as the typical repre-sentative of new residential areas in Hanoi and also a very important contemporary factor of the implementation of centrally planned housing projects in particular and the (re)structure of Hanoi’s space in general under the effects of globalization, metropolization and the « explosion » of urban areas on the world. Four phases (feu-dal - colonial - independent - open) of the development of Hanoi’s space are summa-rized to show the typical image of each phase of urbanization, reflecting the internal movement of the 1000-year-old city of the Orient with the change of the history and external affects: conflict for development. The strategic changes in urban planning in the current master plan (in 2011) compared to the previous ones (in 1961, 1976, 1981, 1992, and 1998) are related to the specific background (geo-history - geo-politics - geo-society - geo-economy) of Hanoi in transition when modes of (re)making city by projects are becoming more common. By settling many (planned) housing is-sues, Hanoi shows its intentions are integrated into producing different types of housing under the influence of socio-economic factors and (new) space planning ideas. The differences in the regulation theory and reality between KDTM entity and another collective housing entity (KTT**) are identified by comparing their appearing mechanism and process as well as production. The research also focuses on studying and choosing the circumstances of 4 sample cases, setting the classification criteria and showing the diversity in sample selection to capture a panorama of KDTM in Ha-noi. By the 4 selected samples, the function, activeness, exploring methods, economic aims and the profits of all factors related to the manufacture of a KDTM project are also mentioned in the study based on the analyzation of businesses, financial and economic activities. Additionally, the study also refers to the foundation and nature of KDTM projects in order to (re)confirm their roles and movements to seek for effective tools, suitable elements and new designing conception based on the organization and management of current planned housing projects of the city. Moreover, the KDTM are also analyzed in the social connection between internal space elements of a KDTM project, between KDTM, and between KDTM and intangible residential areas moving in accordance with changes and management operation in KDTM post-project stages to become proper new urban residential areas. Finally, the imagination of the future of new urban areas and urbanized spaces of Hanoi are also mentioned in this research. * KDTM - « Khu Đô Thị Mới » in vietnamese, is the acronym of « new urban areas » which are new residential areas formed under the implementation of many plans in some cities of Vietnam since the 90s of the 20th century according to the principles of the market economy. ** KTT - « Khu Tập Thể » in vietnamese, is the acronym of « collective housing estates » which are apartment blocks constructed in many (Northern) cities of Vietnam since the 60s to the 80s of the 20th century according to the principles of the centrally planned economy. / Nghiên cứu này chủ yếu nhằm mục đích phân tích các KDTM* được xem là đại diện cho các khu dân cư mới của Hà Nội và là một trong những yếu tố đương đại rất quan trọng của quá trình sản xuất nhà ở kế hoạch hoá nói riêng và (tái) cấu trúc không gian Hà Nội nói chung dưới ảnh hưởng của xu hướng toàn cầu hoá, siêu đô thị hoá và sự « bùng nổ » đô thị trên thế giới. 4 giai đoạn (phong kiến - thuộc địa - độc lập - mở cửa) của sự tiến triển không gian Hà Nội được tóm tắt lại nhằm rút ra hình ảnh đặc trưng của mỗi giai đoạn đô thị hoá phản ánh các biến đổi nội tại của một đô thị phương Đông nghìn năm tuổi dưới những vận động lịch sử và những tác động ngoại lai : mâu thuẫn để phát triển. Những thay đổi chiến lược về hoạch định không gian trong bản đồ quy hoạch tổng thể hiện tại (năm 2011) so với các bản đồ quy hoạch tổng thể trước đó (các năm 1961, 1976, 1981, 1992 và 1998) liên quan đến bối cảnh đặc thù (địa lịch sử - địa chính trị - địa xã hội - địa kinh tế) của một Hà Nội đang trong thời kỳ quá độ khi mà các cách thức kiến tạo (lại) thành phố bằng các dự án ngày càng trở nên phổ biến. Với việc giải quyết các vấn đề về nhà ở (kế hoạch hoá), Hà Nội cho thấy những mục đích của mình được lồng ghép vào việc sản xuất các loại hình nhà ở khác nhau dưới những tác động kinh tế - xã hội và các ý tưởng (mới) về hoạch định không gian. Cơ chế, quy trình xuất hiện và tạo ra thể thức KDTM được đối chiếu với một thể thức cư trú tập thể khác (KTT**) để tìm thấy được sự khác nhau về quy định và thực tế giữa 2 thể thức này. Nghiên cứu này cũng lựa chọn và giới thiệu tình huống của 4 mẫu nghiên cứu, đồng thời lập nên hệ thống các tiêu chí phân loại và chỉ ra tính đa dạng trong việc lựa chọn nhằm mang đến một bức tranh toàn cảnh về các KDTM ở Hà Nội. Thông qua 4 KDTM điển hình được lựa chọn, vai trò, tính năng động, cách thức khai thác và mục đính kinh tế cũng như lợi nhuận của các nhân tố liên quan đến quá trình tạo ra một dự án KDTM được đề cập trên cơ sở các phân tích về các thương vụ, các hoạt động tài chính và kinh tế. Tiếp theo, cơ sở nền tảng và bản chất của các dự án KDTM cũng được gợi lại nhằm khẳng định (lại) vai trò và sự vận động của chúng, nhằm tìm kiếm những công cụ hữu hiệu, những yếu tố tích hợp và sự đổi mới quan niệm thiết kế dựa trên các cách thức tổ chức và quản lý các dự án nhà ở kế hoạch hoá hiện tại của thành phố. Ngoài ra, các KDTM cũng được phân tích dưới góc độ quan hệ xã hội giữa các thành phần không gian bên trong một KDTM, giữa các KDTM với nhau và giữa các KDTM với các khu dân cư láng giềng hiện hữu chuyển biến theo sự vận động và vận hành quản lý giai đoạn hậu dự án của các KDTM để trở thành những khu dân cư thực sự của đô thị. Cuối cùng, những hình dung về tương lai của các khu dân cư mới cũng như các không gian đô thị hoá của Hà Nội cũng được đề cập đến trong nghiên cứu này. * KDTM - viết tắt của « Khu Đô Thị Mới », là những « khu dân cư mới » được xây dựng dưới hình thức các dự án tại các thành phố của Việt Nam kể từ những năm 90 thế kỷ XX theo các nguyên tắc của nền kinh tế thị trường. ** KTT - viết tắt của « Khu Tập Thể », là những « khu nhà ở tập thể » được xây dựng tại các thành phố (miền Bắc) của Việt Nam từ những năm 60 đến những năm 80 thế kỷ XX theo các nguyên tắc của nền kinh tế tập trung bao cấp.
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Vers une modification de l'image de la cite d'habitat social ? : lisières métropolitaines et détours « récréa(r)tistes » (Marseille, Paris, Montréal) / Toward a modification of the public image of social housing projects ? : metropolitan outskirts, tourism and art practices, (Marseille, Paris, Montréal)

Hascoet, Yannick 12 December 2016 (has links)
Cette thèse pose la question de la modification de l’image de la cité d’habitat social, à partir du constat du développement de pratiques touristiques et artistiques en son sein et dans les marges métropolitaines en général. C’est donc plus globalement l’hypothèse d’une revalorisation des lisières socio-spatiales qui est traitée. La cité d’habitat social, plus encore lorsqu’elle s’incarne dans la forme du grand ensemble des décennies 1950-1970, condense le discrédit et donc l’enjeu du questionnement ici traité : les pratiques touristiques et artistiques analysées signent-elles la mise en circulation d’une nouvelle image des cités qu’elles explorent ? Corrélativement, dans quelle mesure peut-on parler de pratiques pionnières ? A partir d’enquêtes sur des terrains marseillais (quartiers nord), parisiens (banlieue populaire des Nord et Sud-Est de Paris) et montréalais (l’ensemble d’habitat social Jeanne-Mance), la thèse expose que ces détours « récréa(r)tistes » interrogent la fabrique de la (re)connaissance des espaces stigmatisés et sont à ce titre porteurs d’enjeux politiques, esthétiques et économiques. / This thesis concerns the development of tourism and art practices in the metropolitan outskirts, in particular in the social housing projects (1950-1970). The central question addressed is : how can tourism and art be a factor of promotion of districts stigmatized by media and political discourse ? Are the studied practices pioneering ? To answer these questions, we selected three fieldworks: the northern suburbs of Marseille, the Northern and South-Eastern suburbs of Paris and a Canadian public housing project, the Habitations Jeanne-Mance in Montréal. Our qualitative study explains that the development of tourism and art practices in the edge of the metropolis questions the production of knowledge on stigmatized areas. Therefore, they involve political, aesthetic and economic issues.

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