Der Vortrag skizziert am Beispiel der Sächsischen Bibliografie online Möglichkeiten der Zusammenarbeit zwischen der im Fachinformationsdienst Geschichtswissenschaft historicum.net entstehenden Deutschen Historischen Bibliografie und den in Deutschland erarbeiteten Landes- und Regionalbibliografien. Er wurde am 27. Oktober 2017 im Rahmen des Workshops 'Deutsche Historische Bibliografie. Präsentation, Partner und Perspektiven' am Institut für Zeitgeschichte München gehalten. Die Präsentation wurde für die Veröffentlichung überarbeitet.

Die Softwareanwendung »Sächsisches Wildmonitoring« löst Papierdokumente zwischen Jagdausübungsberechtigten und Jagdbehörden ab und gestattet eine einheitliche Erfassung jagdrelevanter Daten. Das Internetportal optimiert somit den Verwaltungsaufwand für die Jagdbehörden in Bezug auf Abschussplanung und Streckenerfassung. Redaktionsschluss: 31.10.2016

Software developers adapt to the fast-moving nature of software systems with agile development techniques. However, database developers lack the tools and concepts to keep the pace. Whenever the current database schema is evolved, the already existing data needs to be evolved as well. This is usually realized with manually written SQL scripts, which is error-prone and explains significant costs in software projects. A promising solution are declarative database evolution languages, which couple both schema and data evolution into intuitive operations. Existing database evolution languages focus on usability but do not strive for completeness. However, this is an inevitable prerequisite to avoid complex and error-prone workarounds. We present CODEL which is based on an existing language but is relationally complete. We precisely define its semantic using relational algebra, propose a syntax, and formally validate its relational completeness. Having a complete and comprehensive database evolution language facilitates valuable support throughout the whole evolution of a database. As an instance, we present VACO, a tool supporting developers with variant co-evolution. Given a variant schema derived from a core schema, VACO uses the richer semantics of CODEL to semi-automatically co-evolve this variant with the core.

Änderungen von Datenstromanfragen zur Laufzeit werden insbesondere durch zustandsbehaftete Datenstromoperatoren erschwert. Da die Zustände im Arbeitsspeicher abgelegt sind und bei einem Neustart verloren gehen, wurden in der Vergangenheit Migrationsverfahren entwickelt, um die inneren Operatorzustände bei einem Änderungsvorgang zu erhalten. Die Migrationsverfahren basieren auf zwei unterschiedlichen Ansätzen - Zustandstransfer und Parallelausführung - sind jedoch aufgrund ihrer Realisierung auf eine zentrale Ausführung beschränkt. Mit wachsenden Anforderungen in Bezug auf Datenmengen und Antwortzeiten werden Datenstromsysteme vermehrt verteilt ausgeführt, beispielsweise durch Sensornetze oder verteilte IT-Systeme. Zur Anpassung der Anfragen zur Laufzeit sind existierende Migrationsstrategien nicht oder nur bedingt geeignet. Diese Arbeit leistet einen Beitrag zur Lösung dieser Problematik und zur Optimierung der Migration in Datenstromsystemen. Am Beispiel von präventiven Instandhaltungsstrategien in Fabrikumgebungen werden Anforderungen für die Datenstromverarbeitung und insbesondere für die Migration abgeleitet. Das generelle Ziel ist demnach eine möglichst schnelle Migration bei gleichzeitiger Ergebnisausgabe. In einer detaillierten Analyse der existierenden Migrationsstrategien werden deren Stärken und Schwächen bezüglich der gestellten Anforderungen diskutiert. Für die Adaption von laufenden Datenstromanfragen wird eine allgemeine Methodik vorgestellt, welche als Basis für die neuen Strategien dient. Diese Adaptionsmethodik unterstützt zwei Verfahren zur Bestimmung von Migrationskonfigurationen - ein numerisches Verfahren für periodische Datenströme und ein heuristisches Verfahren, welches auch auf aperiodische Datenströme angewendet werden kann. Eine wesentliche Funktionalität zur Minimierung der Migrationsdauer ist dabei die Beschränkung auf notwendige Zustandswerte, da in verteilten Umgebungen eine Übertragungszeit für den Zustandstransfer veranschlagt werden muss - zwei Aspekte, die bei existierenden Verfahren nicht berücksichtigt werden. Durch die Verwendung von neu entwickelten Zustandstransfermethoden kann zudem die Übertragungsreihenfolge der einzelnen Zustandswerte beeinflusst werden. Die Konzepte wurden in einem OSGi-basierten Prototyp implementiert und zudem simulativ analysiert. Mit einer umfassenden Evaluierung wird die Funktionsfähigkeit aller Komponenten und Konzepte demonstriert. Der Performance-Vergleich zwischen den existierenden und den neuen Migrationsstrategien fällt deutlich zu Gunsten der neuen Strategien aus, die zudem in der Lage sind, alle Anforderungen zu erfüllen.

Several cloud providers offer reltional databases as part of their portfolio. It is however not obvious how resource virtualization and sharing, which is inherent to cloud computing, influence performance and predictability of these cloud databases. Cloud providers give little to no guarantees for consistent execution or isolation from other users. To evaluate the performance isolation capabilities of two commercial cloud databases, we ran a series of experiments over the course of a week (a query, a minute) and report variations in query response times. As a baseline, we ran the same experiments on a dedicated server in our data center. The results show that in the cloud single outliers are up to 31 times slower than the average. Additionally, one can see a point in time after which the average performance of all executed queries improves by 38 %.

Dem nationalsozialistschen Unrechtsstaat fielen zahlreiche Menschen zum Opfer, an denen Menschenversuche durchgeführt wurden. Zu ihnen zählen auch jene, an deren Hirngewebeproben in den Kaiser-Wilhelm-Instituten geforscht wurde. Diese Gewebeproben verblieben oft auch nach 1945 in Institutssammlungen und wurden zum Teil weiter für Forschung und Lehre verwendet. Das Forschungsprojekt zielt darauf ab, die verbliebenen Präparate zu erfassen, die Opfer zu identifizieren und wo immer möglich ihre Lebensgeschichte zu rekonstruieren. Ein zentrales Ergebnis des Projektes wird eine Datenbank mit Daten zur Biografie der Opfer, zum Weg der Gewebeproben durch die Institutionen und zu den entsprechenden Archivquellen sein. Diese Datenbank wird hier vorgestellt.

A variety of schemes have been proposed in the literature to speed up query processing and analytics by incrementally maintaining a bounded-size uniform sample from a dataset in the presence of a sequence of insertion, deletion, and update transactions. These algorithms vary according to whether the dataset is an ordinary set or a multiset and whether the transaction sequence consists only of insertions or can include deletions and updates. We report on subtle non-uniformity issues that we found in a number of these prior bounded-size sampling schemes, including some of our own. We provide workarounds that can avoid the non-uniformity problem; these workarounds are easy to implement and incur negligible additional cost. We also consider the impact of non-uniformity in practice and describe simple statistical tests that can help detect non-uniformity in new algorithms.

Circular RNAs (circRNAs) sind eine große Klasse endogener RNAs, die in Organismen vorkommen, die RNA-Transkripte durch Spleißen prozessieren. Sie sind Produkte des „backsplicing“ – einer Art des alternativen Spleißens, bei der das 3‘-Ende eines Exons mit einer vorgelagerten 5‘-„splice site“ verbunden wird. Trotz ihrer Abundanz und spezifischen Expressionsmustern sind in vivo-Funktionen von circRNAs größtenteils unbekannt. Wir haben den existierenden Kenntnisstand systematisiert und diesen in Form von circBase frei zugänglich gemacht. circBase ist eine Online-Datenbank, in der circRNA-Datensätze abgerufen und im genomischen Kontext durchsucht und visualisiert werden können. Für die Arbeit mit Hochdurchsatz-circRNA-Daten haben wir des Weiteren die Software ciRcus entwickelt. Um mehr bezüglich circRNA-Expression und möglicher Funktionen zu lernen, haben wir die Expressionsmuster im Säugetiergehirn umfassend erforscht. Mithilfe von eigenen und öffentlich zugänglichen RNA-Sequenzierungsdaten haben wir Tausende von neuralen circRNAs in Mensch und Maus entdeckt. circRNAs waren während der neuronalen Differenzierung und Reifung insgesamt hochreguliert, stark angereichert in Synapsen, und oft differentiell exprimiert im Vergleich zu ihren mRNA-Isoformen. Außerdem haben wir gezeigt, dass viele circRNAs zwischen Mensch und Maus konserviert sind. Schließlich haben wir in vivo-Funktionen von Cdr1as erforscht - einer konservierten und im Gehirn hoch exprimierten circRNA, die stark von microRNA (miRNA)-Effektor-Komplexen gebunden ist und zahlreiche miR-7-Bindestellen sowie eine Bindestelle für miR-671 aufweist. „Knockout“-Tiere, bei denen der Cdr1as-Lokus deletiert wurde, zeigten ein gestörtes sensomotorisches „gating“ und dysfunktionale synaptische Übertragung. Die Expression von miR-7 und miR-671 war in verschiedenen Hirnregionen der Tiere dereguliert. Die Expression von „immediate early“-Genen, von denen einige miR-7-Zielgene sind, war erhöht. / circular RNAs (circRNAs) are a large class of endogenous RNAs present in organisms that process RNA transcripts by splicing. They are products of backsplicing - alternative splicing reactions where the 3’ end of an exon is spliced to an upstream 5’ splice site. Despite their abundance and tissue- and developmental-stage-specific expression patterns, their in vivo functions are largely unknown. We systematized the existing knowledge on circRNAs and made it freely available by developing circBase - an online database where circRNA datasets can be accessed, downloaded and browsed within the genomic context. Another technical challenge was addressed by developing ciRcus - a software package for working with high-throughput circRNA data, which allowed us to routinely handle, explore, annotate, quantify and integrate circRNA data with the external sources of biological data. To learn more about circRNA expression and potential functions, we have explored the expression patterns of circRNAs in the mammalian brain. Using own and public RNA-seq data, we discovered thousands of neural circRNAs in human and mouse. circRNAs were upregulated during neuronal differentiation and maturation, enriched in synapses, and often differentially expressed compared to their host mRNAs. Many circRNAs were conserved between human and mouse. Finally, we explored in vivo functions of Cdr1as - a conserved circRNA known to be highly expressed in the brain, heavily bound by microRNA (miRNA) effector complexes, and harbouring many binding sites for miR-7, as well as a single binding site for miR-671. Upon deleting the Cdr1as locus, knockout animals displayed impaired sensorimotor gating and dysfunctional synaptic transmission. Expression of miR-7 and miR-671 was deregulated in different brain regions of Cdr1as knockout animals. Expression of immediate early genes, some of which are miR-7 targets, was increased, providing a possible molecular link to the behavioral phenotype.

While we are already used to see more than 1,000 cores within a single machine, the next processing platforms for database engines will be heterogeneous with built-in GPU-style processors as well as specialized FPGAs or chips with domain-specific instruction sets. Moreover, the traditional volatile as well as the upcoming non-volatile RAM with capacities in the 100s of TBytes per machine will provide great opportunities for storage engines but also call for radical changes on the architecture of such systems. Finally, the emergence of economically affordable, high-speed/low-latency interconnects as a basis for rack-scale computing is questioning long-standing folklore algorithmic assumptions but will certainly play an important role in the big picture of building modern data management platforms. In this talk, we will try to classify and review existing approaches from a performance, robustness, as well as energy efficiency perspective and pinpoint interesting starting points for further research activities.

Perhaps the most flexible synopsis of a database is a uniform random sample of the data; such samples are widely used to speed up processing of analytic queries and data-mining tasks, enhance query optimization, and facilitate information integration. The ability to bound the maximum size of a sample can be very convenient from a system-design point of view, because the task of memory management is simplified, especially when many samples are maintained simultaneously. In this paper, we study methods for incrementally maintaining a bounded-size uniform random sample of the items in a dataset in the presence of an arbitrary sequence of insertions and deletions. For “stable” datasets whose size remains roughly constant over time, we provide a novel sampling scheme, called “random pairing” (RP), that maintains a bounded-size uniform sample by using newly inserted data items to compensate for previous deletions. The RP algorithm is the first extension of the 45-year-old reservoir sampling algorithm to handle deletions; RP reduces to the “passive” algorithm of Babcock et al. when the insertions and deletions correspond to a moving window over a data stream. Experiments show that, when dataset-size fluctuations over time are not too extreme, RP is the algorithm of choice with respect to speed and sample-size stability. For “growing” datasets, we consider algorithms for periodically resizing a bounded-size random sample upwards. We prove that any such algorithm cannot avoid accessing the base data, and provide a novel resizing algorithm that minimizes the time needed to increase the sample size. We also show how to merge uniform samples from disjoint datasets to obtain a uniform sample of the union of the datasets; the merged sample can be incrementally maintained. Our new RPMerge algorithm extends the HRMerge algorithm of Brown and Haas to effectively deal with deletions, thereby facilitating efficient parallel sampling.