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Sistemática de Barnadesioideae (Asteraceae) com ênfase em Dasyphyllum / Systematics of Barnadesioideae (Asteraceae) with emphasis on DasyphyllumFerreira, Paola de Lima 30 April 2015 (has links)
Barnadesioideae é uma subfamília monofilética subordinada a família Asteraceae, que consiste em 9 gêneros e 85 espécies endêmicos da América do Sul. O interesse em Barnadesioideae vem aumentando consideravelmente desde que resultados em biologia molecular revelaram que constituem o grupo irmão para o restante das Asteraceae. Hipóteses filogenéticas para Barnadesioideae vêm sendo propostas nas últimas duas décadas com resultados incongruentes, especialmente em relação à monofilia de Dasyphyllum e sua classificação infragenérica. O intuito desde projeto é propor hipóteses filogenéticas baseadas em dados moleculares a fim de testar a monofilia de Dasyphyllum, de sua classificação infragenérica e as relações filogenéticas de D. diacanthoides, D. excelsum, D. hystrix (incertae sedis) e D. capixaba. As análises filogenéticas foram baseadas em duas regiões não codificantes do cpDNA, trnL-trnF e psbA-trnH, e uma região nuclear, ITS. As regiões plastidiais e nuclear foram analisadas separadamente e combinadas, sob os critérios de parcimônia e análise Bayesiana. Os resultados obtidos demonstram que Dasyphyllum não é um grupo monofilético pelo posicionamento de D. diacanthoides e D. excelsum em um clado como grupo irmão de Fulcaldea e Arnaldoa e distante filogeneticamente das outras espécies do gênero. Além disso, a monofilia de Dasyphyllum seção Macrocephala e Dasyphyllum seção Dasyphyllum em sua circunscrição atual foram rejeitadas. Visando a monofilia de Dasyphyllum, Dasyphyllum subgênero Archidasyphyllum é elevado ao status de gênero, Archidasyphyllum, com duas novas combinações, Archidasyphyllum diacanthoides e Archidasyphyllum excelsum. / Barnadesioideae is a monophyletic subfamily of Asteraceae, which includes 9 genera and 85 species endemic to South America. The interest in Barnadesioideae increased considerably since results with molecular data revealed this subfamily is the sister group to the other Asteraceae. Phylogenetic hypotheses for Barnadesioideae have been proposed in the last two decades with inconsistent results, especially regarding the monophyly of Dasyphyllum and its infrageneric classification. The objectives of this study were to propose phylogenetic hypotheses based on molecular data to test the monophyly of Dasyphyllum, its infrageneric classification, besides the phylogenetic relationships of D. diacanthoides, D. excelsum, D. hystrix (incertae sedis) and D. capixaba. The phylogenetic analyzes were based on two non-coding regions of cpDNA, trnL-trnF and psbA-trnH, and a nuclear region, ITS. The nuclear and plastid regions were analyzed separately and combined under the parsimony criterion and with Bayesian analysis. The results have shown that Dasyphyllum is not a monophyletic group by the positioning of D. diacanthoides and D. excelsum in a clade as sister group of Fulcaldea and Arnaldoa and phylogenetically distant from the other species of the genus. In addition, the monophyly of Dasyphyllum section Macrocephala and Dasyphyllum section Dasyphyllum in its current circumscription were rejected. In order to achieve the monophyly of Dasyphyllum, Dasyphyllum subgenus Archidasyphyllum is elevated to the status of genus, Archidasyphyllum, with two new combinations, Archidasyphyllum diacanthoides and Archidasyphyllum excelsum.
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Filogenia e delimitação de espécies no complexo Boa constrictor (Serpentes, Boidae) utilizando marcadores moleculares / Phylogeny and species delimitation in the Boa constrictor complex (Serpentes, Boidae) using molecular markersLima, Lorena Corina Bezerra de 06 March 2017 (has links)
As serpentes que compõem o complexo Boa constrictor apresentam ampla distribuição por toda região Neotropical. A variação morfológica ligada à coloração e às localidades de origem fizeram com que, historicamente, fossem reconhecidas várias subespécies, embora sem consenso na literatura. Estudos prévios desenvolvidos com marcadores moleculares abordando aspectos filogenéticos e filogeográficos indicaram a existência de diversidade críptica em Boa. A fim de investigar as relações filogenéticas (empregando Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana), análises de tempo de divergência e delimitação de espécies (utilizando os métodos Poisson Tree Processes, PTP, e Generalized Mixed Yule Coalescent, GMYC), foram utilizadas sequências dos genes Cytb, ND4 e NTF3, e do íntron de ODC de 217 exemplares, com representantes de 10 subespécies. Os resultados filogenéticos recuperaram Boa como um gênero monofilético e apontaram nove linhagens. Somente as subespécies B. c. occidentalis, B. c. orophias e B. c. nebulosa foram recuperadas como monofiléticas. As análises de delimitação de espécies não recuperam o monofiletismo de Boa, sendo que em PTP foram recuperadas um mínimo de 15 (para o Sul) e máximo de 75 espécies putativas (EPs) e em GMYC foram recuperadas quatro EPs. A estimativa dos tempos de divergência revelou que essas linhagens passaram por um processo de diversificação no Plioceno e Pleistoceno. Esses resultados somados aos dados da literatura permitiram hipotetizar a existência de ao menos cinco linhagens distintas em Boa: B. constrictor (sensu stricto), B. occidentalis, B. imperator, B. orophias e B. nebulosa, cuja diversificação está ligada aos eventos climáticos ocorridos Quaternário e Neógeno eventos geológicos derivados do soerguimento dos Andes / Snakes of the complex Boa constrictor are widely distributed in the Neotropical region. Historically, based on morphological variation and locality of origin, several subspecies have been recognized, although there are controversies concerning the number of subspecies. Previous phylogenetic and phylogeographic studies using molecular markers suggested cryptic diversity in Boa. Sequences of Cytb, ND4, NTF3 and ODC of 217 samples, including ten subspecies were used in order to investigate phylogenetic relationships. In this sense, it was used Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference. Additionally, molecular dating and species delimitation analyses (Poisson Tree Processes, PTP, and Generalized Mixed Yule Coalescent, GMYC) were performed. Phylogenetic studies recovered Boa as monophyletic and nine lineages. Also, B. c. occidentalis, B. c. orophias, and B. c. nebulosi were the only subspecies recovered as monophyletic. Species delimitation analyses did not show Boa as monophyletic: PTP recovered from 15 for the South to 75 putative species considering the whole distribution; GMYC recovered four putative species. Divergence time estimation revealed that lineages have diversified during Pliocene and Pleistocene. These results allowed us to hypothesize at least five distinct lineages: B. constrictor (sensu stricto), B. occidentalis, B. imperator, B. orophias and B. nebulosi, whose diversification is related to climatic events of Quaternary and geological events like uplift of Andes during Neogene
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A culpabilidade como fator de delimitação da penaRoversi Júnior, Antonio 30 September 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-09-30 / This study aims to analyze the culpability as the delimitation factor in the first phase of the three-phase criterion for the application of criminal penalties. To this end, the culpability is considered according to its different aspects: as a constitutional principle derived from the foundation of the dignity of the human person, as an element of the delict structure and as a factor of delimitation of the penalty. Based on the historic construction of the institute, it is noted that the culpability constitutes a penalty limiting factor to be imposed when a delict is committed, not allowing to differentiate their material content as a structuring element of the delict nor as an individualization element of its punishment. This is so because, even when analyzed under the latter aspect, the penalty is also susceptible to gradation, and this extent will greatly influence the quantification of the applicable penalty, being the differentiation of those two concepts an undesirable measure which results in an enlargement of its content, allowing an expansion of the state s punishing power. Even if allocated under the diction of article 59 of the Brazilian Penal Code alongside other circumstances, culpability should be held in a prominent position, not assuming the same level of other elements, so to establish a maximum limit to the penalty and prevent other circumstances from exceeding such limitation / O presente trabalho tem como objetivo analisar a culpabilidade como fator de delimitação da pena na primeira fase do critério trifásico de sua aplicação. Para tanto, a culpabilidade é considerada de acordo com os seus diferentes aspectos: como princípio constitucional derivado do fundamento da dignidade da pessoa humana, como elemento da estrutura do delito e como fator de delimitação da pena. Diante da construção histórica do instituto, constata-se que se constitui em um fator de limitação da pena a ser imposta diante da prática de um delito, não havendo de se falar em diferenciação de seu conteúdo material quando estrutura o delito e quando funciona na individualização da pena. Isso porque, mesmo quando analisada no segundo dos aspectos mencionados, é passível de graduação e nessa medida influenciará diretamente na quantificação da pena a ser aplicada, sendo indesejável a diferenciação dos seus conceitos de maneira a alargar o seu conteúdo, permitindo uma ampliação do poder de punir estatal. Mesmo que alocada na dicção do artigo 59 do Código Penal Brasileiro ao lado de outras circunstâncias, deve ser tida em posição de destaque, não assumindo o mesmo patamar das demais, estabelecendo um limite máximo da pena, de modo que as demais circunstâncias não podem elevar a pena a patamar superior a esse limite
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Integrative taxonomy of the genus Proechimys (Rodentia: Echimyidae) from Western Amazon / Taxonomia Integrativa do gênero Proechimys (Rodentia: Echimyidae) da Amazônia OcidentalDalapicolla, Jeronymo 06 September 2019 (has links)
Proechimys is a genus of the family Echimyidae with wide distribution in the Neotropical region. Although it is abundant and widely distributed, this genus is little studied and has its taxonomy and systematics little solved. This lack of knowledge impairs studies in other areas, especially in ecology, since the species are externally similar, becoming the identification in the field and museums more difficult. There are few published studies with morphological and genetic variation, and on systematics of the genus Proechimys. The aim of this Thesis was to propose a phylogeny based on genomic data and to delimit the species of the genus, also using other dataset such as the morphometric, to better understand the diversification and evolution of Proechimys, especially in the Western Amazon. During the Ph.D. project, I identified in morphotypes and geo- referenced the localities of 3,104 Proechimys specimens in 18 museums and collections in Brazil, the USA and England, and evaluated the morphological variation from 22 quantitative characters in 1,503 specimens, and 58 qualitative characters of skull and skin in 315 specimens. In this thesis I will present the morphometric results of 479 adult specimens. The remaining morphometric and morphological data are still being studied for future publications. In addition, I sequenced part of the genome of 278 specimens using the ddRAD-seq technique to evaluate the genetic variation. Chapter 1 is a general introduction in which I presented the taxonomic history of the genus, the current knowledge on the evolutionary history of Proechimys, and remarks on the landscape evolution in Western Amazon. In addition, I discussed on species concepts and Integrative Taxonomy, themes that were addressed in this thesis. In Chapter 2, I proposed a genomic phylogeny based on genomic data, identified the clades and tested whether they could be considered different species based on the multispecies coalescent model for genetic data and Brownian motion for morphometric data. The phylogenetic relationships recovered among Proechimys individuals indicated five main clades within the genus, with statistical support for the recognition of at least 28 lineages at the species level. Proechimys was not recovered as monophyletic, and 12 of the 28 lineages did not correspond to currently valid species; some of them may be new taxa, while others may be revalidations of taxa currently included in the synonymy of valid species. In Chapter 3, I estimated divergence times between the clades and tested Bayesian models of geographic range evolution to indicate ancestral areas for the clades. With these results I created a biogeographic hypothesis for the evolution of Proechimys. The genus origin was estimated in the Miocene and in the Western Amazon. I was able to associate the biogeographic history to the landscape evolution of the Amazon. Diversification within the five main clades occurred in the Pliocene and Pleistocene. In Chapter 4, I evaluated the phylogeographic pattern of three sympatric species of Proechimys from the Western Amazon: : Proechimys brevicauda, Proechimys simonsi and Proechimys steerei. The aim was to test whether these species sharing the same geographic space would also share the same patterns of genetic structure or whether there would be segregation at the microhabitat level that would lead to different phylogeographic patterns. For this I calculated the overlap and similarity among their environmental and morphological hypervolumes, and tested the importance of barriers, the geographic and environmental distance between populations in each species to explain the genetic structure. Each species showed little overlap of the morphological hypervolume, and great overlap in the environmental one. In addition, they presented different genetic structure patterns, showing that even though they are congeners species and occur in sympatry, they may respond differently to landscape evolution, and to environmental changes. In Chapter 5, I present a synthesis of the main conclusions and future perceptives about the study of genus and the implications of my 15 results for the conservation and studies on diversity patterns in the Amazon region. Thus, this Thesis increased the knowledge on factors that lead to the genetic structure of mammalian species in the Amazon, as well as on the evolutionary history of the genus Proechimys and its genetic, morphological and species diversity. These results may support future studies in ecology, conservation biology and also fauna surveys in the Neotropical region. / Proechimys é um gênero da família Echimyidae com ampla distribuição na região Neotropical. Embora seja abundante e amplamente distribuído, este gênero é pouco estudado e tem sua taxonomia e sistemática pouco resolvida. Essa falta de conhecimento dificulta estudos em outras áreas, especialmente em ecologia, uma vez que as espécies são externamente semelhantes, tornando complexa a identificação de indivíduos no campo e nos museus. Existem poucos estudos publicados com variação morfológica e genética, e também sobre a sistemática de Proechimys. O objetivo desta tese foi propor uma filogenia baseada em dados genômicos e delimitar as espécies do gênero, utilizando também outros bancos de dados como o morfométrico, para entender melhor a diversificação e evolução de Proechimys, especialmente na Amazônia Ocidental. Durante o projeto de doutorado, eu identifiquei em morfotipos e fiz o georreferenciamento das localidades de 3.104 espécimes de Proechimys em 18 museus e coleções do Brasil, Estados Unidos da América e Inglaterra, e avaliei a variação morfológica de 22 caracteres quantitativos em 1.503 espécimes, e 58 caracteres qualitativos de crânio e pele em 315 espécimes. Nesta tese eu vou apresentar os resultados oriundos de uma parte dos dados morfométricos, de 479 espécimes adultos. Os demais dados morfométricos e morfológicos ainda estão sendo trabalhados para futuras publicações. Além disso, sequenciei parte do genoma de 278 espécimes usando a técnica ddRAD-seq para avaliar a variação genética. O Capítulo 1 diz respeito a uma introdução geral na qual eu apresentei a história taxonômica do gênero, o conhecimento atual sobre a história evolutiva de Proechimys e fiz um breve comentário sobre a evolução da paisagem da Amazônia Ocidental. Além disso, eu discuti sobre alguns conceitos de espécies e sobre a Taxonomia Integrativa, temas que foram abordados nessa tese. No Capítulo 2, propus uma filogenia para o gênero baseada em dados genômicos, identifiquei os clados e testei se eles poderiam ser considerados espécies diferentes com base no modelo coalescente multiespecífico para dados genéticos e no movimento Browniano para dados morfométricos. As relações filogenéticas recuperadas entre os indivíduos de Proechimys recuperaram cinco grandes clados dentro do gênero, com suporte estatístico para o reconhecimento a nível de espécie de pelo menos 28 linhagens. Proechimys não foi recuperado como monofilético e 12 das 28 linhagens não corresponderam a espécies válidas atualmente; algumas delas podem ser novos táxons, enquanto outras podem ser revalidações de táxons atualmente incluídas na sinonímia de espécies válidas. No Capítulo 3, eu datei os tempos de divergência entre os clados e testei modelos bayesianos de evolução da distribuição geográfica para estimar as áreas ancestrais dos clados. Com esses resultados, eu criei uma hipótese biogeográfica para a evolução do gênero. A origem do gênero foi estimada para o Mioceno, na Amazônia Ocidental e foi possível associar a história evolutiva do gênero com mudanças na paisagem da Amazônia. A diversificação dentro dos 5 principais clados do gênero ocorreu no Plioceno e no Pleistoceno. No Capítulo 4, eu avaliei o padrão filogeográfico de três espécies simpátricas de Proechimys da Amazônia Ocidental: Proechimys brevicauda, Proechimys simonsi e Proechimys steerei. O objetivo foi testar se essas espécies que compartilham o mesmo espaço geográfico, compartilhariam também os mesmos padrões de estruturação genética, ou se haveria uma segregação ao nível de micro-habitat que levaria a diferentes padrões filogeográficos. Para isso eu calculei a sobreposição dos hipervolumes ambiental e morfológicos e testei a importância de barreiras, da distância geográfica e ambiental entre as populações de cada espécie para explicar a estruturação genética. Cada uma das três espécies simpátricas mostrou pouca sobreposição do hipervolume morfológico, e grande sobreposição no ambiental. Cada espécie teve um padrão de estruturação genética diferente, mostrando que mesmo ocorrendo em simpatria e sendo espécies congêneras, elas respondem de 13 formas diferentes à evolução da paisagem e às mudanças ambientais. No Capítulo 5, eu apresento uma síntese com as principais implicações dessa tese para diferentes áreas relacionadas à Ecologia Aplicada e as perceptivas futuras sobre o estudo do gênero. Dessa forma, esta tese ampliou o conhecimento sobre os fatores que levam à estruturação genética de espécies de mamíferos da Amazônia, bem como sobre a história evolutiva do gênero Proechimys e de sua diversidade genética, morfológica e de espe?ies. Estes resultados podem auxiliar trabalhos em ecologia, biologia da conservação e também nos levantamentos de fauna em grande parte da região Neotropical.
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Diversidade e estrutura populacional do tubarão-raposa nos oceanos Atlântico e Índico utilizando marcadores genéticos molecularesMorales, Millke Jasmine Arminini. January 2016 (has links)
Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Populações de elasmobrânquios têm sofrido declínios severos nas últimas décadas devido à massiva pressão pesqueira. Com características de vida que tornam a espécie mais suscetível à pesca, o tubarão-raposa Alopias superciliosus está classificado atualmente como vulnerável na lista vermelha de espécies ameaçadas da IUCN. A espécie apresenta maturação sexual tardia e somente dois (raramente quatro) filhotes a cada gestação, que dura aproximadamente 12 meses. Estas características evidenciam a necessidade de sistemas de manejo pesqueiro adequados à estruturação populacional da espécie, que se apresenta como um instrumento fundamental para sua conservação. Com o advento de novas tecnologias atualmente é viável utilizar ferramentas moleculares para elucidar questões evolutivas e genético-populacionais em organismos não modelos, gerando informações que podem auxiliar na elaboração de planos de manejo. Tendo em vista à escassez de informações sobre a dinâmica populacional do tubarão-raposa, o presente estudo teve como objetivo o desenvolvimento e aplicação de marcadores moleculares em amostras de A. superciliosus provenientes de diferentes localidades dos oceanos Atlântico e Índico. Um total de 12 marcadores moleculares do tipo microssatélite, sendo 11 polimórficos e 1 monomórfico, foram identificados e, a partir desta identificação, primers espécie-específicos foram desenvolvidos e padronizados. Para acessar a diversidade genética e populacional de A. superciliosus foram genotipad... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor
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Delimitação de unidades da paisagem do litoral setentrional potiguar e adjacênciasSilva, Sandro Damião Ribeiro da 27 February 2018 (has links)
Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-07-02T20:06:20Z
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Previous issue date: 2018-02-27 / A Geografia se caracteriza por ser uma ciência dotada de uma ampla capacidade de apreensão
de conhecimento do mundo. Estando situada numa encruzilhada entre as ciências básicas e
aplicadas, por um lado, e naturais e sociais, por outro, ela busca trabalhar, no seu âmago, com
a complexa, dinâmica e eminente relação entre homem e natureza. Desde os pensadores
clássicos, como por exemplo, Alexander Von Humboldt e Élisée Reclus, este pensamento
(sistêmico/integrado) permeia os estudos basilares que acabaram sendo responsáveis pelo
enriquecimento epistemológico da ciência geográfica. Contudo, a extrema especialização da
Geografia, pautada, sobretudo, na dicotomia entre Geografia Física e Humana, enfraqueceu o
seu campo teórico nos séculos XIX e XX, o que veio a ser superado, ainda no mesmo século,
pelo retorno do pensamento sistêmico, através de novas formulações como a Teoria Geral dos
Sistemas, proposta por Ludwig von Bertalanffy. Esta teoria foi o pano de fundo para a
concepção geossistêmica, fundada por Viktor Sochava e Georges Bertrand, que aliou-se ao
conceito de paisagem para a formulação de uma Geografia Física Global, a qual está atrelada,
intrinsecamente, aos objetos de estudo desta dissertação. Tomou-se, aqui, como parâmetro
fundamental, as reflexões de Bertrand e de Souza no que tange às características desta
delimitação de unidades da paisagem. Partindo dessa perspectiva, este estudo teve como
objetivo elaborar a delimitação de unidades da paisagem do Litoral Setentrional do estado do
Rio Grande do Norte e Áreas Adjacentes. Utilizando-se de uma metodologia orientada pelos
aspectos físicos/fisionômicos da área estudada, buscou-se trabalhar com a escala de 1:50.000,
na qual a taxonomia das geofácies foi priorizada. Para tanto, foram utilizadas as técnicas de
geoprocessamento e sensoriamento remoto, por meio da vetorização de dados cartográficos e
imagens de alta resolução, em conjunto com trabalhos de campo. Como resultados
definitivos, destaca-se, primeiramente, a caracterização detalhada dos aspectos físicos de toda
a área delimitada. Ademais, foi realizado o mapeamento de 17 (dezessete) geofácies, que
foram analisadas, no que concerne as suas características físicas, bem como no apontamento
de suas potencialidades, fragilidades e peculiaridades. / Geography is characterized by being a science endowed with an ample capacity of
apprehension of knowledge of the world. Being situated at a crossroads between the basic and
applied sciences, on the one hand, and natural and social, on the other, it seeks to work at its
core with the complex, dynamic and eminent relationship between man and nature. Since the
classical thinkers, for example, Alexander Von Humboldt and Élisée Reclus, this (systemic/
integrated) thinking permeates the basic studies that ended up being responsible for the
epistemological enrichment of geographic science. However, the extreme specialization of
Geography, based mainly on the dichotomy between Physical and Human Geography,
weakened its theoretical field in the XIX and XX centuries, which came to be overcome, even
from the same century, by the return of systemic thinking, through new formulations such as
the General Theory of Systems proposed by Ludwig von Bertalanffy. This theory was the
background for the geosystemic conception, founded by Viktor Sochava and Georges
Bertrand, who allied himself with the concept of landscape for the formulation of a Global
Physical Geography, which is intrinsically linked to the objects of study of this dissertation.
Here, as a fundamental parameter, Bertrand and Souza reflections on the characteristics of this
delimitation of landscape units. Based on this perspective, this study aimed to elaborate the
delimitation of landscape units of the Northern Coast of the state of Rio Grande do Norte and
Adjacent Areas. Using a methodology oriented by the physical/physiognomic aspects of the
studied area, it was tried to work with the scale of 1:50,000, in which the taxonomy of the
geofacies was prioritized. Therefore, geoprocessing and remote sensing techniques were used,
by means of the cartographic data vectorization and high resolution images, together with
fieldwork. As definitive results, it is important to emphasize, first, the detailed
characterization of the physical aspects of the entire delimited area. In addition, mapping was
performed of 17 (seventeen) geofacies, which were analyzed, regarding their physical
characteristics, as well as in pointing out their potentialities, fragilities and peculiarities.
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Sistemática de Barnadesioideae (Asteraceae) com ênfase em Dasyphyllum / Systematics of Barnadesioideae (Asteraceae) with emphasis on DasyphyllumPaola de Lima Ferreira 30 April 2015 (has links)
Barnadesioideae é uma subfamília monofilética subordinada a família Asteraceae, que consiste em 9 gêneros e 85 espécies endêmicos da América do Sul. O interesse em Barnadesioideae vem aumentando consideravelmente desde que resultados em biologia molecular revelaram que constituem o grupo irmão para o restante das Asteraceae. Hipóteses filogenéticas para Barnadesioideae vêm sendo propostas nas últimas duas décadas com resultados incongruentes, especialmente em relação à monofilia de Dasyphyllum e sua classificação infragenérica. O intuito desde projeto é propor hipóteses filogenéticas baseadas em dados moleculares a fim de testar a monofilia de Dasyphyllum, de sua classificação infragenérica e as relações filogenéticas de D. diacanthoides, D. excelsum, D. hystrix (incertae sedis) e D. capixaba. As análises filogenéticas foram baseadas em duas regiões não codificantes do cpDNA, trnL-trnF e psbA-trnH, e uma região nuclear, ITS. As regiões plastidiais e nuclear foram analisadas separadamente e combinadas, sob os critérios de parcimônia e análise Bayesiana. Os resultados obtidos demonstram que Dasyphyllum não é um grupo monofilético pelo posicionamento de D. diacanthoides e D. excelsum em um clado como grupo irmão de Fulcaldea e Arnaldoa e distante filogeneticamente das outras espécies do gênero. Além disso, a monofilia de Dasyphyllum seção Macrocephala e Dasyphyllum seção Dasyphyllum em sua circunscrição atual foram rejeitadas. Visando a monofilia de Dasyphyllum, Dasyphyllum subgênero Archidasyphyllum é elevado ao status de gênero, Archidasyphyllum, com duas novas combinações, Archidasyphyllum diacanthoides e Archidasyphyllum excelsum. / Barnadesioideae is a monophyletic subfamily of Asteraceae, which includes 9 genera and 85 species endemic to South America. The interest in Barnadesioideae increased considerably since results with molecular data revealed this subfamily is the sister group to the other Asteraceae. Phylogenetic hypotheses for Barnadesioideae have been proposed in the last two decades with inconsistent results, especially regarding the monophyly of Dasyphyllum and its infrageneric classification. The objectives of this study were to propose phylogenetic hypotheses based on molecular data to test the monophyly of Dasyphyllum, its infrageneric classification, besides the phylogenetic relationships of D. diacanthoides, D. excelsum, D. hystrix (incertae sedis) and D. capixaba. The phylogenetic analyzes were based on two non-coding regions of cpDNA, trnL-trnF and psbA-trnH, and a nuclear region, ITS. The nuclear and plastid regions were analyzed separately and combined under the parsimony criterion and with Bayesian analysis. The results have shown that Dasyphyllum is not a monophyletic group by the positioning of D. diacanthoides and D. excelsum in a clade as sister group of Fulcaldea and Arnaldoa and phylogenetically distant from the other species of the genus. In addition, the monophyly of Dasyphyllum section Macrocephala and Dasyphyllum section Dasyphyllum in its current circumscription were rejected. In order to achieve the monophyly of Dasyphyllum, Dasyphyllum subgenus Archidasyphyllum is elevated to the status of genus, Archidasyphyllum, with two new combinations, Archidasyphyllum diacanthoides and Archidasyphyllum excelsum.
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Influência da delimitação da área adesiva no ensaio mecânico de microcisalhamento / Evaluation of adhesive area delimitation on microshear testAngela Mayumi Shimaoka 26 June 2007 (has links)
Este estudo teve como objetivos avaliar se a delimitação da área adesiva a ser testada no ensaio mecânico de microcisalhamento é capaz de alterar os resultados de resistência de união obtidos; determinar se a delimitação da área adesiva do ensaio mecânico de microcisalhamento pode alterar o ranqueamento dos sistemas adesivos analisados e correlacionar os tipos de fratura encontrados com valores de resistência adesiva obtidos em cada um dos grupos experimentais. As unidades experimentais foram confeccionadas sobre 18 superfícies de dentina obtidas a partir de incisivos bovinos distribuídas aleatoriamente em 3 grupos, segundo o sistema adesivo a ser utilizado (Adper Single Bond 2, Clearfil Se Bond, Clearfil S3 Bond). Desta forma foram compostos 6 grupos experimentais segundo os dois fatores de variação a serem estudados: sistema adesivo e delimitação da área adesiva. Sobre cada superfície dentinária foram confeccionados 4 cilindros em resina composta, sendo 2 com delimitação da área adesiva e 2 sem a delimitação desta área, totalizando n=12. Após 24 horas de armazenamento os espécimes foram submetidos ao ensaio mecânico de microcisalhamento. O teste estatístico ANOVA (p<0,01) e o teste auxiliar de Tukey determinaram que todos os grupos experimentais em que a delimitação da área adesiva foi realizada apresentaram menores valores de resistência adesiva quando comparados aos seus respectivos grupos controle (sem delimitação da área adesiva). Para os grupos em que não foi realizada a delimitação da área não foram observadas diferenças estatisticamente significantes entre os adesivos empregados. Em contrapartida, quando não foi realizada a delimitação, o sistema adesivo Clearfil S3 Bond mostrou maiores valores de resistência adesiva quando comparado aos sistemas Adper Single Bond 2 e Clearfil SE Bond, que por sua vez não se mostraram estatisticamente diferentes entre si. Concluiu-se que a delimitação da área adesiva no ensaio de microcisalhamento alterou os resultados de resistência adesiva obtidos, e que a modificação da metodologia do ensaio mecânico de microcisalhamento foi capaz de alterar o ranqueamento dos sistemas adesivos analisados. / This study had as objectives to evaluate if the delimitation of adhesive area on microshear test is capable to modify the values of shear bond strength; to determine if this delimitation can modify the ranking of the analyzed adhesive systems and to correlate the found types of failure with the values of bond strength in each experimental group. The specimens were confectioned on 18 incisors bovine dentine surfaces randomly distributed into 3 groups, according to adhesive system used (Adper Single Bond 2, Clearfil If Bond, Clearfil S3 Bond). In such a way, 6 experimental groups were designed according to two factors of variation to be studied: adhesive system and delimitation of the adhesive area. Over each dentin surface were confectioned 4 composite resin cylinders, being 2 with delimitation of the adhesive area and 2 without the delimitation of this area, totalizing n=12. After 24 hours of storage the specimens were submitted to microshear test Statistical test ANOVA (p<0,01) and Tukey?s test determined that all the experimental groups where the delimitation of the adhesive area was carried through presented lesser values of shear bond strength when compared with its respective control groups (without delimitation of adhesive area). Groups without area delimitation did not been demonstrate statistical significant differences between adhesives. On the other hand, when such delimitation was not carried through, the adhesive system Clearfil S3 Bond demonstrates greater values of shear bond strength compared to Adper Single 2 Bond and Clearfil SE Bond, which did not showed statistical difference between them. It was concluded that the delimitation of the adhesive area in the microshear test altered the obtained results of adhesive resistance, and that the modification of microshear test methodology was capable to modify the ranking of the analyzed adhesive systems.
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Delimitando espécies = contribuição de marcadores morfológicos e moleculares para a compreensão do gênero Hermeuptychia Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina) / Delimiting species : morphological and molecular markers contribution for the understanding of the genus Hermeuptychia Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina)Seraphim, Noemy, 1986- 19 August 2018 (has links)
Orientadores: Karina Lucas da Silva Brandão, André Victor Lucci Freitas / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T17:32:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2011 / Resumo: O gênero Hermeuptychia Forster (Nymphalidae, Satyrinae, Euptychiina) está amplamente distribuído no continente Americano, desde a Argentina até o sul dos Estados Unidos. O gênero foi anteriormente considerado um complexo de espécies, e atualmente são reconhecidas oito espécies . Todas as espécies possuem um padrão alar muito parecido, o que compromete a identificação taxonômica correta. Em adição, a posição filogenética do gênero dentro da subtribo Euptychiina permanece incerta. Para o presente estudo foram obtidos espécimens de 45 localidades de cinco países, com maior ênfase em uma amostragem no Brasil. Três marcadores moleculares, dois do DNA mitocondrial (cox1 5' e nad6) e um do DNA nuclear (RpS5) foram utilizados para gerar hipóteses filogenéticas (Máxima Parcimônia e Inferência Bayesiana), para delimitar espécies, e para gerar estimativas de tempo de divergência e distribuição ancestral. Adicionalmente, o desempenho da região anterior da cox1 como 'barcode - código de barras' para delimitar as espécies de Hermeuptychia foi testado. Além disso, análise morfológica da genitália masculina foi empregada para a delimitação e identificação de espécies. Os indivíduos amostrados agruparam-se em dez clados nas análises moleculares, correspondendo a sete espécies reconhecidas mais H. gisella, que havia sido anteriormente sinonimizada com H. cucullina. A análise morfológica dos indivíduos possibilitou o estabelecimento de caracteres diagnósticos para todas as espécies de Hermeuptychia - incluindo H. cucullina, que não está presente nas análises moleculares - e concordou com os agrupamentos obtidos através das análises moleculares. As relações filogenéticas entre as espécies de Hermeuptychia permanecem incertas, possivelmente devido a um padrão de evolução rápida, descrito anteriormente para outros Satyrini. Entretanto, dois grupos de espécies-irmãs podem ser identificados, H. pimpla + H. harmonia, e H. gisella + H. fallax, ambos sustentados por ocorrência simpátrica. Em adição, H. gisella e H. fallax parecem apresentar um isolamento reprodutivo incompleto, com formação de híbridos. Algumas espécies de Hermeuptychia estão distribuídas amplamente, como H. atalanta, H. hermes e H. gisella, sendo que H. atalanta é a espécie mais comum encontrada no Brasil. H. fallax é uma espécie restrita a Mata Atlântica; H. pimpla e H. harmonia são espécies restritas à região andina, encontradas em altitudes moderadas; H. maimoune pode ser encontrada na região andina e no sul da Amazônia brasileira, correspondendo a duas espécies crípticas; H. cucullina foi encontrada no centro-oeste brasileiro e na região andina, e é a espécie mais rara de Hermeuptychia; e H. sosybius pode ser encontrada do sul dos Estados Unidos até a região norte da Colômbia. O gênero diversificou-se de seu grupo-irmão a cerca de 8,2 milhões de anos (mya), a diversificação das espécies ocorreu entre 3,5 e 1,4 mya, e a distribuição ancestral estimada é a cordilheira dos Andes. Apenas com a região 'barcode' e análise de distância usando Neighbor-Joining, foi possível separar as espécies de Hermeuptychia com uma taxa de 2% de erro. O limite entre as distâncias intra e interespecíficas estimado fica em torno de 2% de divergência genética / Abstract: The Hermeuptychia genus Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina) is widely distributed in the American continent, from Argentina to South United States. Previously considered a species complex, the genus presents eight valid species taxa at the moment. Wing pattern is very similar in all Hermeuptychia species resulting in difficult and prone to error taxonomic identification. Additionally its position within the subtribe Euptichiina remains uncertain. Samples from 45 locations in five countries, with major emphasis in Brazilian territory sampling, were obtained for the present study. Three molecular markers, two from mitochondrial DNA (cox1 5' and nad6) and one from nuclear DNA (RpS5), were used to generate phylogenetic hypothesis (Maximum Parsimony and Bayesian Inference), to delimit species, and to estimate divergence time and ancestral distributions. The 'barcode' region performance (cox1 5') was tested for Hermeuptychia species. Male genitalia morphology was also used to identify and delimitate species. Sampled individuals are grouped in ten molecular clusters, corresponding to seven valid species and H. gisella, previously synonymized to H. cucullina. Morphological analysis of individuals revealed morphological diagnose traits to identify all Hermeuptychia species, including H. cucullina, which is not present in the molecular analysis, and was congruent with molecular analysis. Phylogenetic relationships among Hermeuptychia species remain unresolved due to a possible rapid evolutionary pattern common to Satyrini. However, two pairs of sister species could be identified: H. pimpla + H. harmonia and H. gisella + H. fallax, both sympatric. Additionally, H. gisella + H. fallax present incomplete reproductive isolation, with hybrids. Some Hermeuptychia are widely distributed as H. atalanta, H. hermes, and H. gisella, and H. atalanta is the most common species found in Brazil. H. fallax is restricted to Atlantic Forest; H. pimpla and H. harmonia are restricted to Andes region, at moderately high altitudes; H. maimoune is found in the Andine and in the Amazonian regions, corresponding to two cryptic species; H. cucullina is the rarest Hermeuptychia and was found in Central Brazil and in Andes; and H. sosybius is the only Hermeuptychia found in North America, been present from South United States to north Colombia. The genus diverged from its sister group around 8.2 my, species diversification occurred between 3.5 and 1.4 my and the ancestral estimate distribution is Andine region. Only the 'barcode' region was able to identify each Hermeuptychia species, with an 2% error rate and the molecular threshold for intra and interspecific distance was around 2% of genetic divergence / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia
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Investigação de limites específicos em Corbula (Corbulidae: Bivalvia) do Sudeste e Sul do Brasil, com base em marcadores moleculares / Species boundaries in Corbula (Corbulidae: Bivalvia) from South-Southeastern Brazil based on molecular markersQuast, Mônica Paiva, 1977- 30 May 2003 (has links)
Orientador: Antonia Cecilia Zacagnini Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T01:09:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2013 / Resumo: Espécies são unidades fundamentais da biologia e sua identificação é essencial para a pesquisa nos mais diversos campos. Esta tarefa, no entanto, é dificultada por limites interespecíficos naturalmente mal definidos, especialmente em ambientes marinhos, onde complexos de espécies crípticas são comuns. Assim, a delimitação de espécies tem recebido grande atenção nos últimos anos e técnicas moleculares têm se mostrado de grande importância para a questão. Corbula (Bivalvia: Corbulidae) é um gênero frequente e ecologicamente importante em comunidades bentônicas marinhas de sublitoral. A taxonomia do grupo é bastante confusa, em parte devido à plasticidade fenotípica das conchas que dificulta o estabelecimento de limites morfológicos entre as espécies. O presente estudo teve como objetivo estudar, com base em sequências de dois marcadores moleculares (COI e 16S), os limites entre seis espécies de Corbula morfologicamente identificadas da costa sudeste e sul do Brasil, de forma a testar a delimitação morfológica. Como se trata de espécies predominantemente de sublitoral, o material analisado encontrava-se preservado em álcool, havendo sido fixado em formol. Dessa forma, fez-se necessário o desenvolvimento de protocolos específicos de extração e amplificação. Uma combinação de extração orgânica com adsorção em sílica mostrou-se o melhor método de extração de DNA total. Para as reações de amplificação, a utilização de nested PCR produziu resultados superiores à PCR direta. As análises de delimitação utilizaram quatro métodos diferentes, dois baseados em árvores (GMYC e Brownie) e dois não (regra das 4x e ABGD). Os resultados divergiram entre métodos e marcadores, mas a combinação das diferentes linhas de evidência permitiu corroborar a delimitação morfológica de três espécies (Corbula caribaea, Corbula tryoni e Corbula lyoni). Os indivíduos identificados como Corbula patagonica dividiram-se em duas espécies distintas. O único indivíduo de Corbula aequivalvis foi considerado distinto das outras espécies e um indivíduo atribuído a Corbula sp1 não pôde ser distinguido de C. caribaea / Abstract: Species are fundamental unities in many biological studies and, being so, their identification is essential for researches in many different fields. This task, however, is complicated by badly defined interspecies boundaries, especially in the sea, where cryptic species are quite common. Species delimitation has been receiving much attention, and molecular techniques have been proved of great value to the matter. Corbula (Bivalvia, Corbulidae) is frequent and ecologically important genus in benthic marine communities. Nevertheless, its taxonomy is confusing, in part due to a plastic shell, which makes it difficult to establish species boundaries. This study aimed to analyze the COI and 16S sequences of six morphologically identified Corbula species occurring off the South-Southeastern Brazilian coast. Being a mainly sublittoral genus, most of the analyzed material had been previously sampled, fixed in formalin and preserved in alcohol. Hence, initially specific protocols for DNA extraction and PCR were developed. Better results were obtained with an extraction protocol combining organic extraction and silica adsorption. The nested PCR yielded more product than the direct PCR. Delimitation analyses were conducted with four different methods: two tree based (GMYC and Brownie) and two non-tree based (4x rule and ABGD). Different methods and markers produced different delimitations, but the combined evidence supports the morphological delimitation of three species: Corbula caribaea, Corbula tryoni and Corbula lyoni. Individuals assigned to Corbula patagonica were separated into two molecular species. Only one individual of Corbula aequivalvis was analyzed and it was distinguished from other species. One individual assigned to Corbula sp1 could not be distinguish from C. caribaea / Doutorado / Ecologia / Doutora em Ecologia
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