There is currently growing concern about the presence of heterotrophic plate count (HPC) bacteria in drinking water. These HPC may have potential pathogenic features, enabling them to cause disease. It is especially alarming amongst individuals with a weakened immune system. South Africa, the country with the highest incidents of HIV positive individuals in the world, mainly uses these counts to assess the quality of drinking water in terms of the number of micro-organisms present in the water. These micro-organisms may be present in the bulk water or as biofilms adhered to the surfaces of a drinking water distribution system. The current study investigated the pathogenic potential of HPC bacteria occurring as biofilms within a drinking water distribution system and determined the possible presence of these micro-organims within the bulk water. Biofilm samples were taken from five sites within a drinking water distribution system. Fifty six bacterial colonies were selected based on morphotypes and isolated for the screening of potential pathogenic features. Haemolysin production was tested for using sheep-blood agar plates. Of the 56, 31 isolates were ?-haemolytic. Among the 31 ?-haemolytic positive isolates 87.1% were positive for lecithinase, 41.9% for proteinase, 19.4% for chondroitinase, 9.7% for DNase and 6.5% for hyaluronidase. All of the ?-haemolytic isolates were resistant to oxytetracycline 30 ?g, trimethoprim 2.5 ?g and penicillin G10 units, 96.8% were resistant to vancomycin 30 ?g and ampicillin 10 ?g, 93.5% to kanamycin 30 ?g, 74.2% to chloramphenicol 30 ?g, 54.8% to ciprofloxacin 5 ?g, 22.6% to streptomycin 300 ?g and 16.1% to erythromycin 15 ?g. Nineteen isolates producing two or more enzymes were subjected to Gram staining. The nineteen isolates were all Gram-positive. These isolates were then identified using the BD BBL CRYSTALTM Gram-positive (GP) identification (ID) system. Isolates were identified as Bacillus cereus, Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bacillus pumilus and Kocuria rosea. 16S rRNA gene sequencing was performed to confirm these results and to obtain identifications for the bacteria not identified with the BD BBL CRYSTALTM GP ID system. Additionally identified bacteria included Bacillus thuringiensis, Arthrobacter oxydans and Exiguobacterium acetylicum. Morphological properties of the different species were studied with transmission electron microscopy (TEM) to confirm sequencing results. All the isolates displayed rod shaped cells with the exception of Arthrobacter oxydans being spherical in the stationary phase of their life cycle. Bulk water samples were taken at two sites in close proximity with the biofilm sampling sites. The DNA was extracted directly from the water samples and the 16S rRNA gene region was amplified. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) was performed to confirm the presence of the isolates from the biofilm samples in the bulk water samples. The presence of Bacillus pumilus and Arthrobacter oxydans could be confirmed with DGGE. This study demonstrated the presence of potentially pathogenic HPC bacteria within biofilms in a drinking water distribution system. It also confirmed the probable presence of two of these biofilm based bacteria in the bulk water. / Thesis (M.Sc. (Microbiology))--North-West University, Potchefstroom Campus, 2010.

There is currently growing concern about the presence of heterotrophic plate count (HPC) bacteria in drinking water. These HPC may have potential pathogenic features, enabling them to cause disease. It is especially alarming amongst individuals with a weakened immune system. South Africa, the country with the highest incidents of HIV positive individuals in the world, mainly uses these counts to assess the quality of drinking water in terms of the number of micro-organisms present in the water. These micro-organisms may be present in the bulk water or as biofilms adhered to the surfaces of a drinking water distribution system. The current study investigated the pathogenic potential of HPC bacteria occurring as biofilms within a drinking water distribution system and determined the possible presence of these micro-organims within the bulk water. Biofilm samples were taken from five sites within a drinking water distribution system. Fifty six bacterial colonies were selected based on morphotypes and isolated for the screening of potential pathogenic features. Haemolysin production was tested for using sheep-blood agar plates. Of the 56, 31 isolates were ?-haemolytic. Among the 31 ?-haemolytic positive isolates 87.1% were positive for lecithinase, 41.9% for proteinase, 19.4% for chondroitinase, 9.7% for DNase and 6.5% for hyaluronidase. All of the ?-haemolytic isolates were resistant to oxytetracycline 30 ?g, trimethoprim 2.5 ?g and penicillin G10 units, 96.8% were resistant to vancomycin 30 ?g and ampicillin 10 ?g, 93.5% to kanamycin 30 ?g, 74.2% to chloramphenicol 30 ?g, 54.8% to ciprofloxacin 5 ?g, 22.6% to streptomycin 300 ?g and 16.1% to erythromycin 15 ?g. Nineteen isolates producing two or more enzymes were subjected to Gram staining. The nineteen isolates were all Gram-positive. These isolates were then identified using the BD BBL CRYSTALTM Gram-positive (GP) identification (ID) system. Isolates were identified as Bacillus cereus, Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bacillus pumilus and Kocuria rosea. 16S rRNA gene sequencing was performed to confirm these results and to obtain identifications for the bacteria not identified with the BD BBL CRYSTALTM GP ID system. Additionally identified bacteria included Bacillus thuringiensis, Arthrobacter oxydans and Exiguobacterium acetylicum. Morphological properties of the different species were studied with transmission electron microscopy (TEM) to confirm sequencing results. All the isolates displayed rod shaped cells with the exception of Arthrobacter oxydans being spherical in the stationary phase of their life cycle. Bulk water samples were taken at two sites in close proximity with the biofilm sampling sites. The DNA was extracted directly from the water samples and the 16S rRNA gene region was amplified. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) was performed to confirm the presence of the isolates from the biofilm samples in the bulk water samples. The presence of Bacillus pumilus and Arthrobacter oxydans could be confirmed with DGGE. This study demonstrated the presence of potentially pathogenic HPC bacteria within biofilms in a drinking water distribution system. It also confirmed the probable presence of two of these biofilm based bacteria in the bulk water. / Thesis (M.Sc. (Microbiology))--North-West University, Potchefstroom Campus, 2010.

Amebas de vida livre (AVL) do gênero Acanthamoeba estão distribuídas mundialmente e habitam uma ampla variedade de nichos ambientais. Acanthamoeba pode ser considerada um importante veículo de patógenos humanos por abrigar inúmeras bactérias endossimbiontes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar o potencial patogênico de 12 isolados de Acanthamoeba previamente isoladas de estojos de lentes de contato e ductos de ar condicionado usando testes de osmotolerância e termotolerância, bem como caracterizar e identificar a comunidade de endossimbiontes presentes, utilizando duas técnicas de biologia molecular, a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e DGGE (Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante). Dentre os isolados estudados ¼ destes, foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Todos os isolados quando submetidos à PCR demonstraram a presença de endossimbiontes, sendo que todos continham bactéria do gênero Pseudomonas spp. Não foi possível confirmar a presença de microorganismos da família Legionellaceae bem como da ordem Chlamydiales. A DGGE possibilitou caracterizar a diversidade bacteriana nos isolados de Acanthamoeba, entretanto a identificação de bactérias através desta metodologia apresentou-se comprometida, sendo que apenas 2 espécies bacterianas, Paenibacillus glucanolyticus e Candidatus Protochlamydia amoebophila, foram identificadas, nos isolados A2 e A12 respectivamente. As demais bandas sequenciadas apresentaram similaridade para bactérias incultiváveis, sem que espécie ou gênero pudessem ser identificados. Os resultados deste primeiro estudo de identificação e caracterização de endossimbiontes em isolados de Acanthamoeba oriundas da cidade de Porto Alegre/RS confirmam a presença de isolados de Acanthamoeba carreadoras de endossimbiontes e demonstram que diferentes populações bacterianas estão internalizadas nessas amebas. / Free-living amoebae (AVL) of the genus Acanthamoeba are distributed worldwide and inhabit a wide variety of environmental niches. Acanthamoeba can be considered an important vehicle for human pathogens harbor numerous bacteria endosymbionts. This study aimed to characterize the pathogenic potential of Acanthamoeba isolates from 12 previously isolated from contact lens cases and air conditioning ducts using assessed by osmotolerance and temperature tolerance as well as identify and characterize the community of endosymbionts present, using two techniques molecular biology, PCR (Polymerase Chain Reaction) and DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Among the isolates studied ¼ these were considered potentially pathogenic from tests osmotolerance and temperature tolerance. All strains when subjected to PCR demonstrated the presence of endosymbionts, all of which contained bacteria of the genus Pseudomonas spp. It was not possible to confirm the presence of microorganisms of family Legionellaceae and order Chlamydiales. The DGGE enabled characterization of bacterial diversity in the strains of Acanthamoeba, however the identification of bacteria using this methodology appeared compromised, with only two bacterial species, Paenibacillus glucanolyticus and Candidatus Protochlamydia amoebophila were identified in isolates A2 and A12 respectively. The other bands showed similarity to sequenced uncultivable bacteria, without which species or genus could be identified. The results of this first study of identification and characterization of endosymbionts in Acanthamoeba isolates deriving from the city of Porto Alegre / RS confirm the presence of strains of Acanthamoeba endosymbionts of carrier and show that different bacterial populations are internalized these amoebae.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2016-10-11T21:19:41Z No. of bitstreams: 1 2015 - Bruno Oliveira de Carvalho.pdf: 1725115 bytes, checksum: 78e6b6f127705b066a8a0f75bbb08e88 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-11T21:19:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Bruno Oliveira de Carvalho.pdf: 1725115 bytes, checksum: 78e6b6f127705b066a8a0f75bbb08e88 (MD5) Previous issue date: 2015-03-17 / CAPES / The knowledge of bacterial genetic information has enable advances in many areas allowing detecting microorganisms and evaluating the production of virulence factors and resistance in certain populations. This knowledge allows the detection of microorganisms, as well as the evaluation of virulence and resistance factors production in certain populations. More recently, molecular diagnosis based on the detection of specific fragments from these agents has been implemented in no viable bacterial cultivation environments or hampered by biotic or abiotic conditions. Besides specific agent detection, bacterial diversity analysis might be an important criterion, such as assessing soil quality. Cultivation has been the most common way for evaluating bacterial diversity. However, most of soil bacteria are not cultivable; therefore, the employment of molecular tools has been increasingly used on this sort of analysis. This survey aimed standardizing the use of cultivation independent techniques for granting three agriculture sectors demands. The first chapter standardized the employment of DGGE technique for analyzing milk bacterial diversity from mastitis and healthy teats belonging to the same animal. Results pointed to differences on bacterial profile from both groups. The second chapter evaluated the impact of the employment of drill cuttings with castor beans and cramble pies association as agricultural fertilizers by DGGE analysis. The application of this technique was efficient for evaluating treatments, as well as, confirming the treatments contribution for increasing bacterial diversity in soil samples. The third chapter compared the cultivation technique sensitivity for American Foul Brood (AFB) diagnosis, a bee disease caused by Paenibacillus larvae, to cultivation independent technique by PCR. This survey demonstrated that sensitivity of the technique was greater than that one by P. larvae cultivation technique. Thus, the present survey concluded that cultivation independent techniques were useful for granting agriculture sectors demands. / O conhecimento das informa??es gen?ticas bacterianas tem permitido avan?os em diversas ?reas do conhecimento. Esse conhecimento permite detectar microrganismos, bem como avaliar a produ??o de fatores de virul?ncia e resist?ncia em determinadas popula??es. Mais recentemente, o diagn?stico molecular pela detec??o de fragmentos de DNA espec?ficos desses agentes vem sendo implementado em situa??es onde o cultivo bacteriano n?o ? vi?vel ou ? dificultado por condi??es bi?ticas ou abi?ticas. Al?m da detec??o de agentes espec?ficos, o conhecimento da diversidade bacteriana presente em alguns ambientes pode ser um importante crit?rio, como, por exemplo, para avaliar a qualidade do solo. A forma mais comum de avaliar a diversidade bacteriana se d? atrav?s do cultivo. Por?m, a maior parte das popula??es bacterianas presentes no solo n?o s?o cultiv?veis, com isso, a utiliza??o de ferramentas moleculares s?o cada vez mais utilizadas nesse tipo de an?lise. O presente estudo teve como objetivo padronizar a utiliza??o de t?cnicas independentes de cultivo para atender demandas de tr?s setores da agricultura. O primeiro cap?tulo padronizou a utiliza??o da t?cnica de DGGE (Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante) para an?lise da diversidade bacteriana do leite de tetos mast?ticos e sadios de um mesmo animal. Os resultados apontaram para diferen?as no perfil bacteriano dos dois grupos analisados. O segundo cap?tulo avaliou o impacto sobre a microbiota bacteriana em solos tratados com associa??es de cascalho de perfura??o e tortas de mamona e crambe como adubos agr?colas atrav?s da an?lise de DGGE. A aplica??o da t?cnica de DGGE foi eficiente na avalia??o e confirmou que os tratamentos contribu?ram para o aumento da diversidade bacteriana nas amostras de solos estudadas. O terceiro experimento comparou a sensibilidade da t?cnica de cultivo, oficial para diagn?stico da Cria P?trida Americana (CPA), uma doen?a ap?cola causada por Paenibacillus larvae, com t?cnica de independente de cultivo por PCR do material extra?do direto do mel. Este estudo constatou que a sensibilidade da t?cnica proposta foi superior ? obtida pela t?cnica de cultivo de P. larvae. Com isso, conclui-se que as t?cnicas independentes de cultivo foram ?teis no atendimento das demandas das quest?es dos setores agr?colas contemplados no estudo.

The aim of this thesis was to describe the effect of enhanced atmospheric nitrogen deposition on amount of denitrification genes in litter soil horizon of Norway spruce site in Šumava. Nitrous oxide production, soil chemical characteristics, changes in amount of denitrification genes and diversity of bacterial community were determined during incubation experiment.

Amebas de vida livre (AVL) do gênero Acanthamoeba estão distribuídas mundialmente e habitam uma ampla variedade de nichos ambientais. Acanthamoeba pode ser considerada um importante veículo de patógenos humanos por abrigar inúmeras bactérias endossimbiontes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar o potencial patogênico de 12 isolados de Acanthamoeba previamente isoladas de estojos de lentes de contato e ductos de ar condicionado usando testes de osmotolerância e termotolerância, bem como caracterizar e identificar a comunidade de endossimbiontes presentes, utilizando duas técnicas de biologia molecular, a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e DGGE (Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante). Dentre os isolados estudados ¼ destes, foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Todos os isolados quando submetidos à PCR demonstraram a presença de endossimbiontes, sendo que todos continham bactéria do gênero Pseudomonas spp. Não foi possível confirmar a presença de microorganismos da família Legionellaceae bem como da ordem Chlamydiales. A DGGE possibilitou caracterizar a diversidade bacteriana nos isolados de Acanthamoeba, entretanto a identificação de bactérias através desta metodologia apresentou-se comprometida, sendo que apenas 2 espécies bacterianas, Paenibacillus glucanolyticus e Candidatus Protochlamydia amoebophila, foram identificadas, nos isolados A2 e A12 respectivamente. As demais bandas sequenciadas apresentaram similaridade para bactérias incultiváveis, sem que espécie ou gênero pudessem ser identificados. Os resultados deste primeiro estudo de identificação e caracterização de endossimbiontes em isolados de Acanthamoeba oriundas da cidade de Porto Alegre/RS confirmam a presença de isolados de Acanthamoeba carreadoras de endossimbiontes e demonstram que diferentes populações bacterianas estão internalizadas nessas amebas. / Free-living amoebae (AVL) of the genus Acanthamoeba are distributed worldwide and inhabit a wide variety of environmental niches. Acanthamoeba can be considered an important vehicle for human pathogens harbor numerous bacteria endosymbionts. This study aimed to characterize the pathogenic potential of Acanthamoeba isolates from 12 previously isolated from contact lens cases and air conditioning ducts using assessed by osmotolerance and temperature tolerance as well as identify and characterize the community of endosymbionts present, using two techniques molecular biology, PCR (Polymerase Chain Reaction) and DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Among the isolates studied ¼ these were considered potentially pathogenic from tests osmotolerance and temperature tolerance. All strains when subjected to PCR demonstrated the presence of endosymbionts, all of which contained bacteria of the genus Pseudomonas spp. It was not possible to confirm the presence of microorganisms of family Legionellaceae and order Chlamydiales. The DGGE enabled characterization of bacterial diversity in the strains of Acanthamoeba, however the identification of bacteria using this methodology appeared compromised, with only two bacterial species, Paenibacillus glucanolyticus and Candidatus Protochlamydia amoebophila were identified in isolates A2 and A12 respectively. The other bands showed similarity to sequenced uncultivable bacteria, without which species or genus could be identified. The results of this first study of identification and characterization of endosymbionts in Acanthamoeba isolates deriving from the city of Porto Alegre / RS confirm the presence of strains of Acanthamoeba endosymbionts of carrier and show that different bacterial populations are internalized these amoebae.

Amebas de vida livre (AVL) do gênero Acanthamoeba estão distribuídas mundialmente e habitam uma ampla variedade de nichos ambientais. Acanthamoeba pode ser considerada um importante veículo de patógenos humanos por abrigar inúmeras bactérias endossimbiontes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar o potencial patogênico de 12 isolados de Acanthamoeba previamente isoladas de estojos de lentes de contato e ductos de ar condicionado usando testes de osmotolerância e termotolerância, bem como caracterizar e identificar a comunidade de endossimbiontes presentes, utilizando duas técnicas de biologia molecular, a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e DGGE (Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante). Dentre os isolados estudados ¼ destes, foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Todos os isolados quando submetidos à PCR demonstraram a presença de endossimbiontes, sendo que todos continham bactéria do gênero Pseudomonas spp. Não foi possível confirmar a presença de microorganismos da família Legionellaceae bem como da ordem Chlamydiales. A DGGE possibilitou caracterizar a diversidade bacteriana nos isolados de Acanthamoeba, entretanto a identificação de bactérias através desta metodologia apresentou-se comprometida, sendo que apenas 2 espécies bacterianas, Paenibacillus glucanolyticus e Candidatus Protochlamydia amoebophila, foram identificadas, nos isolados A2 e A12 respectivamente. As demais bandas sequenciadas apresentaram similaridade para bactérias incultiváveis, sem que espécie ou gênero pudessem ser identificados. Os resultados deste primeiro estudo de identificação e caracterização de endossimbiontes em isolados de Acanthamoeba oriundas da cidade de Porto Alegre/RS confirmam a presença de isolados de Acanthamoeba carreadoras de endossimbiontes e demonstram que diferentes populações bacterianas estão internalizadas nessas amebas. / Free-living amoebae (AVL) of the genus Acanthamoeba are distributed worldwide and inhabit a wide variety of environmental niches. Acanthamoeba can be considered an important vehicle for human pathogens harbor numerous bacteria endosymbionts. This study aimed to characterize the pathogenic potential of Acanthamoeba isolates from 12 previously isolated from contact lens cases and air conditioning ducts using assessed by osmotolerance and temperature tolerance as well as identify and characterize the community of endosymbionts present, using two techniques molecular biology, PCR (Polymerase Chain Reaction) and DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Among the isolates studied ¼ these were considered potentially pathogenic from tests osmotolerance and temperature tolerance. All strains when subjected to PCR demonstrated the presence of endosymbionts, all of which contained bacteria of the genus Pseudomonas spp. It was not possible to confirm the presence of microorganisms of family Legionellaceae and order Chlamydiales. The DGGE enabled characterization of bacterial diversity in the strains of Acanthamoeba, however the identification of bacteria using this methodology appeared compromised, with only two bacterial species, Paenibacillus glucanolyticus and Candidatus Protochlamydia amoebophila were identified in isolates A2 and A12 respectively. The other bands showed similarity to sequenced uncultivable bacteria, without which species or genus could be identified. The results of this first study of identification and characterization of endosymbionts in Acanthamoeba isolates deriving from the city of Porto Alegre / RS confirm the presence of strains of Acanthamoeba endosymbionts of carrier and show that different bacterial populations are internalized these amoebae.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:02:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os objetivos do trabalho foram analisar os aspectos morfológicos e moleculares de isolados de Metarhizium anisopliae e identificá-los ao nível de variedade, utilizando iniciadores específicos, selecionar isolados com alta patogenicidade para ninfas de Mahanarva fimbriolata, verificar a persistência no solo do isolado mais eficiente em condições de laboratório e o efeito da introdução deste fungo na estrutura da comunidade fúngica, por meio do perfil de bandas de PCR-DGGE. Foram utilizadas as seguintes metodologias: técnica de cultura sob lamínula, PCR, bioensaios, contagem de colônias em placa e PCR-DGGE. A amplificação com os iniciadores ITSmet/ITS4 confirmou que os isolados são M. anisopliae var. anisopliae. As análises morfológicas e moleculares demonstraram a grande variabilidade intraespecífica entre os 37 isolados estudados e serviram de base para a diferenciação destes isolados que apresentam mesma origem geográfica e o mesmo hospedeiro. Os iniciadores (GACA)4 e (GTG)5 forneceram DNA fingerprints para um maior número de isolados. Baseada na curva de mortalidade confirmada, entre nove isolados, URM5946, URM5951 e URM6033 foram considerados os melhores para serem utilizados em um programa de controle biológico de M. fimbriolata. Entre estes isolados, o URM5951 foi avaliado quanto a sua persistência e efeito na comunidade fúngica após sua aplicação no solo. Este isolado permaneceu viável até 60 dias do experimento e demonstrou não interferir na comunidade fúngica do solo em que foi introduzido. Todas as características estudadas são desejáveis no processo de seleção de isolados de M. anisopliae e os resultados obtidos reforçam a importância da utilização destes fungos como agentes de controle biológico da cigarrinha-da-raiz da cana-de-açúcar, M. fimbriolata

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-12-01T21:31:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Wenderson dos Santos Cid.pdf: 3292287 bytes, checksum: b491e92d7303a2a81e0f67b3b1ba2e36 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-12-02T17:48:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Wenderson dos Santos Cid.pdf: 3292287 bytes, checksum: b491e92d7303a2a81e0f67b3b1ba2e36 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-12-02T18:13:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Wenderson dos Santos Cid.pdf: 3292287 bytes, checksum: b491e92d7303a2a81e0f67b3b1ba2e36 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-02T18:13:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Wenderson dos Santos Cid.pdf: 3292287 bytes, checksum: b491e92d7303a2a81e0f67b3b1ba2e36 (MD5) Previous issue date: 2015-07-30 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Anthropogenic Dark Earth (TPA) is presented in the form of small spots randomly distributed, especially in central and eastern Amazon. Denominations, as well as its unique characteristics, are due to human action of indigenous civilizations that lived in these archaeological sites. The large amount of stable organic matter present in these archaeological sites comes from the indigenous dumps where remains of animals, vegetables, fecal waste, human bodies, ceramic fragments, lithic artifacts and pyrogenic carbon were deposited. Among the microorganisms present in this soil, yeasts play a key role in the industry and the environment. This group is correlated with fermentation processes of various types of sugars, production of vitamins, enzymes, extracellular factors micocinogênicos. The objective of this study is to evaluate the diversity of microorganisms in TPA using electrophoresis on denaturing gradient gel (PCR-DGGE), relating the results with the physico-chemical characteristics of the soil. In addition, tolerance test at high temperatures, glucose and ethanol production enzymes and mycotoxins were conducted to select strains with possible biotechnological potential. We obtained 88 (eighty eight) isolated yeast. Of these, none bore the temperature was 50 ° C or tolerant to 50% glucose medium, and five (5) isolates (5.7%) 30% ethanol tolerated in the middle. Of the 88 isolates, thirteen (13) isolates (14.8%) had great activity for the production of amylase activity, 25 (twenty five) isolates (22%) were strongly positive for production caseinase and thirteen (13) isolates (14.8%) had great activity for the production of gelatinase. Still, 66 (sixty-six) isolates (75%) were positive for production of the enzyme cellobiase and (55.7%) were positive for esterase enzyme. To evaluate the mycocinogenic activity, 88 isolates were tested against strains of Candida krusei and Candida albicans. No isolate showed activity against C. krusei and 22 (twenty two) isolates (25%) showed activity against C. albicans. A 16S rRNA region (V6-V8 region) was sequenced for identification of prokaryotic and 18S rRNA region and the internal transcribed spacer (ITS) for identifying eukaryotes. The PCR-DGGE profiles of 18S rRNA region and ITS identified genera of yeast and filamentous fungi. The genera found for bacteria were Bacillus, Klebsiella, Pantoea, Enterobacter, Lactobacillus, Escherichia, Leuconostoc and actinomycetes, as Streptomyces and Mycobacterium. In fungal community, we observed the presence of Zygosaccharomyces, Lachancea, Saccharomyces, Cladosporium, Candida, Penicillium and Zygomycetes ascomycetes and uncultured. The pH value of the soil was 6.2. The soil had high levels of minerals, sodium except for (not detected) and aluminum (~ 0.1 cmol / dm3). The organic matter was found at a concentration of 3.84 dag / kg. Some groups of microorganisms had not been previously associated with soil TPA. Microbial diversity observed associated with chemical results demonstrate that high fertility of the soil, suggest that the same can be a source of microorganisms of interest. / A Terra Preta Antropogênica (TPA) apresenta-se na forma de pequenas manchas distribuídas aleatoriamente, sobretudo na Amazônia Central e Oriental. Sua denominação, bem como suas características únicas são decorrentes de ação antrópica de civilizações indígenas que viveram nestes sítios arqueológicos. A grande quantidade de matéria orgânica estável presente nestes sítios arqueológicos é oriunda das lixeiras indígenas onde restos de animais, vegetais, dejetos fecais, corpos humanos, fragmentos cerâmicos, artefatos líticos e carvão pirogênico foram depositados. Dentre os microrganismos presentes neste solo, as leveduras desempenham papel fundamental na indústria bem como no ambiente. Este grupo está correlacionado a processos fermentativos de diversos tipos de açúcares, produção de vitaminas, enzimas, e fatores extracelulares micocinogênicos. O objetivo deste trabalho é avaliar a diversidade de microrganismos presentes na TPA através de eletroforese em gel de gradiente desnaturante (PCR-DGGE), relacionando os resultados com as características físico-químicas do solo. Além disso, testes de tolerância a altas temperaturas, glicose e etanol, produção de enzimas e de micotoxinas foram realizados buscando selecionar isolados com possível potencial biotecnológico. Foram obtidos 88 (oitenta e oito) isolados leveduriformes. Destes, nenhum suportou a temperatura de 50ºC ou foi tolerante a 50% de glicose no meio, e 5 (cinco) isolados (5,7%) toleraram 30% de etanol no meio.Dos 88 isolados, 13 (treze) isolados (14,8%) apresentaram atividade amilolítica, 25 (vinte e cinco) isolados (22%) foram fortemente positivos para produção de caseinase e 13 (treze) isolados (14,8%) apresentaram atividade ótima para a produção de gelatinase. Ainda, 66 (sessenta e seis) isolados (75%) foram positivos para a produção da enzima celobiase e 49 (quarenta e nove) isolados (55,7 %)foram positivos para enzima esterase. Para avaliar a atividade micocinogênica, os 88 isolados foram testados frente a cepas de Candida krusei e Candida albicans. Nenhum isolado apresentou atividade frente a C. krusei e 22 (vinte e dois) isolados (25%) apresentaram atividade frente a C. albicans. A região 16S do rRNA (região V6-V8) foi sequenciada para a identificação de procariotos e a região 18S do rRNA e do espaçador interno transcrito (ITS) para a identificação de eucariotos. Os perfis de PCR-DGGE da região 18S do rRNA e ITS identificaram gêneros de leveduras e fungos filamentosos. Os gêneros encontrados para bactérias foram: Bacillus, Klebsiella, Pantoea, Enterobacter, Lactobacillus, Escherichia, Leuconostoc e actinobactérias, como Streptomyces e Microbacterium. Na comunidade fúngica, foi observada a presença de Zygosaccharomyces, Lachancea, Saccharomyces, Cladosporium, Candida, Penicillium e ascomicetos e zigomicetos não cultiváveis. O valor de pH do solo foi de 6,2. O solo apresentou importantes níveis de minerais, com exceção de sódio (não detectado) e alumínio (~0,1 cmol/dm3). A matéria orgânica foi encontrada na concentração de 3,84 dag/kg. Alguns grupos de microrganismos ainda não haviam sido previamente associados com solo de TPA. A diversidade microbiana observada associada aos resultados químicos que demonstram fertilidade elevada deste solo indicam que o mesmo pode ser fonte de microrganismos de interesse.

Muitos fatores, como variações sazonais, tipos de tecido vegetal, cultivares e espécies de hospedeiro, tipo de solo, interação com microrganismos benéficos ou patógenos entre outros, afetam a estrutura e a composição da comunidade bacteriana das plantas. A introdução de plantas geneticamente modificadas (PGM) foi somada ao conjunto desses fatores, podendo acarretar efeitos diretos e indiretos sobre a comunidade bacteriana. Cana-de-açúcar é uma cultura de grande importância no Brasil; a área de cultivo está em expansão devido aos incentivos para a produção de álcool. Uma bactéria potencialmente importante para a cultura de cana-de-açúcar é a Methylobacterium, um importante endófito de diversas culturas de interesse econômico e que, em cana-de-açúcar, pode melhorar a germinação de sementes, promover um aumento do peso da planta e da área foliar, além do número de internódios. Dessa forma, o trabalho teve como objetivos: i) avaliar os efeitos da canade- açúcar transgênica resistente a insetos e a herbicida sobre a comunidade bacteriana associada; ii) avaliar se o suposto efeito causado pela cana-de-açúcar transgênica resistente a herbicida deriva diretamente do transgene ou dos tratos culturais diferenciados aos quais a planta transgênica é submetida; iii) avaliar a interação entre Methylobacterium spp. e cana-de-açúcar. Analisando a densidade bacteriana das plantas de cana-de-açúcar convencionais e transgênicas não foi possível constatar diferenças relacionadas à introdução dessas plantas. Analisando somente quanto ao manejo de ambos os experimentos, foi possível observar que diferenças em trato cultural ou manejo de plantas, decorrentes ou não da transgenia, podem influenciar a comunidade bacteriana. Por meio de ARDRA, foi possível observar distribuição diferenciada dos ribotipos com a introdução das PGMs. No experimento realizado somente com plantas transgênicas para resistência a Imazapyr, foi possível notar que, em 17 meses, a presença da planta transgênica e a aplicação do herbicida Imazapyr podem ter resultado na redução da densidade bacteriana associada à rizosfera de cana-de-açúcar. Por meio de DGGE, foi visto que o estado fisiológico da planta foi a maior fonte de variação. Novamente por meio de ARDRA, foram observados ribotipos cuja presença foi afetada pelo cultivo da planta transgênica. Esses ribotipos diferentemente distribuídos poderiam resultar em alterações na atividade bacteriana dessas plantas, uma vez que esses ribotipos podem representar grupos funcionais importantes. A colonização de Methylobacterium spp. em cana-de-açúcar foi analisada por meio de microscopia eletrônica de varredura, reisolamento e microscopia óptica de fluorescência. Foi visto que as linhagens utilizadas colonizam cana-de-açúcar, sendo que os pontos de maior colonização são os flanges cuticulares e as regiões pilosas da raiz. Outros estudos são necessários para o melhor aproveitamento dessa bactéria na cultura de cana-de-açúcar. / Many factors, such as seasonal variations, kinds of vegetal tissue, cultivares and host species, kind of soil, interaction with beneficial or pathogen microorganisms, among others, affect the structure and composition of plants bacterial community. The introduction of genetically modified plants (GMP) was added to the set of these factors, making it possible to cause direct and indirect effects on the bacterial community. Sugarcane is a very important crop in Brazil; the cultivation area is expanding due to incentives to alcohol production. A potentially important bacterium for sugar cane cultivation is the Methylobacterium, which is an important endophyte for several cultures of economic interest and which can improve seed germination in sugar cane, promote an increase of plant weight and foliar area, and also the internodes. Thus, the work had as objectives: i) to assess the effects of transgenic sugarcane resistant to insects and herbicide on the associated bacterial community; ii) to assess if the presumed effect caused by transgenic sugarcane resistant to herbicides derives directly from the transgene or differentiated cultural handlings to which the genetically modified plant is undertaken; iii) to assess the interaction between Methylobacterium ssp. and sugarcane. Analyzing the bacterial density of conventional and transgenic sugarcane plants it was not possible to see differences related to the introduction of these plants. Analyzing only in relation to the handling of both experiments, it was possible to see that differences in cultural wielding or handling of plants derived or not from transgenia can influence the bacterial community. By means of ARDRA, it was possible to see a differentiated distribution of ribotypes with the introduction of GMPs. In the experiment made only with transgenic plants for Imazapyr resistance, it was possible to see that in 17 months, the presence of the transgenic plant and the application of Imazapyr herbicide can bring result regarding the bacterial density reduction associated to sugarcane rizosphere. By means of DGGE, it was seen that the physiological status of the plant was the greatest variation source. Again, by means of ARDRA, ribotypes whose presence was affected by transgenic plant cultivation were observed. If distributed differently, these ribotypes can represent important functional groups. The Methylobacterium ssp. Colonization in sugarcane was analyzed and by means of scanning electronic microscopy, re-isolation, and fluorescence optical microscopy. It was observed that the utilized lineages colonize sugarcane being cuticle flange and perilous regions of root the highest colonization points. Other studies are needed to a better good use of this bacterium in sugarcane culture.