Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T18:51:44Z No. of bitstreams: 1 AntonioCarlosSilveiraMarcolinoDissertacao2016.pdf: 6156292 bytes, checksum: d429c57126e7bc2351ea9c3c48c300ab (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T18:51:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AntonioCarlosSilveiraMarcolinoDissertacao2016.pdf: 6156292 bytes, checksum: d429c57126e7bc2351ea9c3c48c300ab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T18:51:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AntonioCarlosSilveiraMarcolinoDissertacao2016.pdf: 6156292 bytes, checksum: d429c57126e7bc2351ea9c3c48c300ab (MD5) Previous issue date: 2016-03-29 / The guanylate cyclase activator 2B, also known as uroguanylin, is part of the guanylin peptide family, which includes peptides such as guanylin and lymphoguanylin. The guanylin peptides are related to sodium absorption inhibition and water secretion induction. Uroguanylin may be related to various pathologies such as chronic renal failure, congestive heart failure and nephrotic syndrome. Uroguanylin mutations have already been associated with essential hypertension. However, there are no studies on the structural changes in the uroguanylin???s protein that used single nucleotide polymorphisms through the use of molecular dynamics simulations. This study used 16 in silico SNP impact prediction tools to evaluate non synonymous SNPs and to select mutations considered as convergent deleterious, which were further analyzed through long time molecular dynamics simulations of 1 microsecond of duration. The results of the molecular dynamics simulations suggest that all SNPs considered as convergent deleterious suffered some kind of structural change, however, four of these nsSNPs have also undergone flexibility changes, possibly resulting in functional changes. / O ativador guanilato ciclase 2B, tamb??m conhecido como uroguanilina, faz parte da fam??lia de pept??deos da guanilina, a qual inclui pept??deos como a guanilina e a linfoguanilina. Os pept??deos da guanilina est??o ligados ?? inibi????o da absor????o de s??dio e indu????o da secre????o de ??gua. A disfun????o da uroguanilina est?? relacionada ao desenvolvimento de v??rias patologias, como insufici??ncia renal cr??nica, insufici??ncia card??aca congestiva e s??ndrome nefr??tica. Muta????es na uroguanilina tamb??m j?? foram associadas ?? hipertens??o essencial. Entretanto, n??o existem estudos sobre a utiliza????o de simula????es por din??mica molecular para avaliar o impacto estrutural causado por nsSNPs presentes no gene codificador da prote??na uroguanilina. Este estudo utilizou 16 ferramentas in silico de predi????o de impacto de nsSNPs para filtrar nsSNPs convergentes delet??rios para posterior an??lise por simula????es por din??mica molecular de longa dura????o (1 microssegundo de dura????o). Os resultados das simula????es por din??mica molecular sugerem que todos os nsSNPs considerados como convergentes delet??rios sofreram algum tipo de altera????o estrutural, por??m, quatro destes SNPs tamb??m sofreram altera????es de flexibilidade, possivelmente resultando em altera????es funcionais.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-19T19:10:58Z No. of bitstreams: 1 MonicadeAlcantaraSabinoCalazantDissertacaoParcial2011.pdf: 207897 bytes, checksum: fd4d423a891a3cb4bdf1045d2685e20f (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-19T19:11:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MonicadeAlcantaraSabinoCalazantDissertacaoParcial2011.pdf: 207897 bytes, checksum: fd4d423a891a3cb4bdf1045d2685e20f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-19T19:11:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MonicadeAlcantaraSabinoCalazantDissertacaoParcial2011.pdf: 207897 bytes, checksum: fd4d423a891a3cb4bdf1045d2685e20f (MD5) Previous issue date: 2011-12-07 / According to the authors of the family life cycle, the transition to parenthood is one of the most intense phases of changes in family development, as it requires the couple's ability to restructure to include a new family member, with new responsibilities and roles that require negotiations and usages. This study aimed to investigate the marital relationship, especially during pregnancy, marital seeking to understand the dynamics during pregnancy, changes during this period and the strategies adopted to cope with these changes, the perceptions of spouses as to emotional and sexual relationship in each trimester of pregnancy and the couple's expectations regarding the child's birth. The study favored the reference of qualitative research, conducting a longitudinal study, characterized by regular observations of a given behavior over time and particularly that covered the three trimesters of pregnancy the couple participant through case study and survey and analysis of data were based on theoretical systemic approach to family. Participated in the study a couple formed by the husband, 24, computer technician and Anna, 23, promoter, living in a rented house in a neighborhood to the west of Belo Horizonte/MG, with a monthly income of five minimum wages. The couple was married for 11 months and expecting her first child at the time the research was done. There were three meetings with the couple in the same residence, the first early in the fourth month of pregnancy, the second at the end of the sixth month and the third meeting when his wife was in the ninth month of pregnancy. The meetings were recorded by voice recorder and later transcribed the data. The instruments used for data collection were three scripts for semi-structured, one for every moment of pregnancy, family genogram and road map for making glue. The data were submitted to content analysis showed that: the married dynamics during pregnancy undergoes the inevitable changes, sometimes uniting the couple around the pregnancy, sometimes away from him because of the disagreements that arise, there were complaints by the husband over the decrease in sex while his wife complained about his comments about her body, the couple studied showed a strong affective involvement, affective managed to organize and financially, and organize household routines to resolve conflicts, their expectations have been modified to every moment and in accordance with the development of pregnancy. The results also suggest that each member of the couple realizes the transition from an individual, from the moment the news of the pregnancy was not planned, we found individual differences in dealing with pregnancy, Anna was a wonderful surprise when Igor was resistant and had an acceptance gradually. During the pregnancy we also realize that women are more focused on the feelings, care, work, pain, etc.. While the man is concerned about the family's survival, protection, is a structure so that he can keep his family. / Segundo os autores do Ciclo de Vida Familiar, a transi????o para a parentalidade ?? uma das fases de mais intensas mudan??as no desenvolvimento da fam??lia, uma vez que requer do casal a capacidade de se reestruturar para incluir um novo membro na fam??lia, com novas responsabilidades e pap??is que demandam negocia????es e readapta????es. O presente estudo teve como objetivo investigar a rela????o conjugal, especificamente no per??odo gestacional, buscando compreender a din??mica conjugal durante a gravidez, as mudan??as ocorridas nesse per??odo e as estrat??gias adotadas para lidar com tais mudan??as, as percep????es dos c??njuges quanto ao relacionamento afetivo e sexual em cada trimestre de gravidez, bem como as expectativas do casal em rela????o ao nascimento da crian??a. O estudo privilegiou o referencial da pesquisa qualitativa, realizando um estudo longitudinal, caracterizado por observa????es regulares de um dado comportamento ao longo do tempo e que cobriu particularmente os tr??s trimestres de gesta????o do casal participante por meio de estudo de caso, e o levantamento e a an??lise dos dados tiveram como base te??rica a abordagem sist??mica da fam??lia. Participou do estudo um casal formado pelo esposo, 24 anos, t??cnico em inform??tica e Anna, 23, promotora de eventos, residentes em uma casa alugada em um bairro da zona oeste de Belo Horizonte/MG, com uma renda mensal de cinco sal??rios m??nimos. O casal estava casado h?? 11 meses e esperava seu primeiro filho no momento em que a pesquisa foi feita. Foram realizados tr??s encontros com o casal na resid??ncia do mesmo, sendo o primeiro no in??cio do quarto m??s de gesta????o, o segundo no final do sexto m??s e o terceiro encontro quando a esposa estava no nono m??s de gravidez. Os encontros foram gravados por gravador de voz e os dados posteriormente transcritos. Os instrumentos utilizados para levantamento dos dados foram: tr??s roteiros de entrevista semi-estruturados, um para cada momento da gesta????o, genograma familiar e roteiro para elabora????o da colagem. Os dados, submetidos ?? an??lise de conte??do, mostraram que: a din??mica conjugal durante a gravidez passa por mudan??as inevit??veis, ora unindo o casal em torno da gesta????o, ora distanciando-o em virtude das discord??ncias que surgem; houve queixas por parte do marido sobre a diminui????o das rela????es sexuais, enquanto a esposa reclamou dos coment??rios dele sobre seu corpo; o casal estudado apresentou um forte envolvimento afetivo, conseguiu se organizar afetiva e financeiramente, al??m de organizar as rotinas dom??sticas para resolver os conflitos; suas expectativas foram sendo modificadas a cada momento e de acordo com o desenvolvimento da gesta????o. Os resultados tamb??m sugerem que cada membro do casal percebe a transi????o de forma individual: desde o momento da not??cia da gravidez, que n??o foi planejada, encontramos diferen??as individuais na forma de lidar com a gesta????o: para Anna foi uma supresa maravilhosa enquanto Igor ficou resistente e teve uma aceita????o de forma gradual. No decorrer da gesta????o tamb??m percebemos que a mulher est?? mais voltada para os sentimentos, cuidados, tarefas, dores, etc., enquanto o homem preocupa-se com o sustento da fam??lia, a prote????o, ou seja uma estrutura para que ele possa manter a sua fam??lia.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:22:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 447007.pdf: 235046 bytes, checksum: 368d92e627cb46a0cbe71bbb5d59d899 (MD5) Previous issue date: 2013-01-16 / This dissertation consists of two parts and aims to increase the knowledge of groups from the analysis of the group process. In the first part - Group Process in small groups - group concepts are presented, of the group process, theoretical operators, according to traditional and current authors for the theme have proposed and that influence the study and practice of group work currently. To discuss the group process aboard six aspects - openness, learning, resistance to change, interpersonal feedback, links reconfiguration, coordination - that are articulated with the principles of complex systemic thinking. In the second part - Group process in a training group of group coordinators - the results of the empirical research are presented, that generally aimed to understand how the group process occurred in a group of a course that trains students for careers coordinating groups. This is a qualitative study, transverse, composed by documentary research reports written by participants, as well as the field diary of one of the course coordinators. For data understanding, it was used Textual Analysis of Discourse strategy. Among the main results, stands out: (a) the opening as the first more expressive movement in the group process, followed by the resistance to change; (b) the interchangeable presence of these two categories on a frequent way, on a movement of surface/deepness; (c) the opening favored the appreciation of the individual learning and of the group process experienced: the group became a learning field. It s concluded that the process experienced by the group was of opening, resistance to change and learning, and the interpersonal feedback was the thread that promoted the movement, the overcoming of the challenges and favored the achievement of group goals / Esta disserta??o ? composta de duas partes e objetiva ampliar o conhecimento dos grupos a partir da an?lise do processo grupal. Na primeira parte - Processo grupal nos pequenos grupos - s?o apresentados conceitos de grupo, do processo grupal, operadores te?ricos, segundo autores tradicionais e atuais do tema propuseram e que influenciam o estudo e a pr?tica do trabalho com grupos atualmente. Para discutir o processo grupal s?o abordados seis aspectos abertura, aprendizado, resist?ncia ? mudan?a, feedback interpessoal, reconfigura??o de v?nculos, coordena??o articulados com os princ?pios do pensamento sist?mico complexo. Na segunda parte - Processo grupal em um grupo de forma??o de coordenadores - s?o apresentados os resultados da pesquisa emp?rica, cujo objetivo geral foi o de compreender como ocorreu o processo grupal num grupo do curso de capacita??o para coordenadores de grupos. Trata-se de um estudo qualitativo, transversal, composto por uma pesquisa documental dos relat?rios escritos pelos participantes, bem como do di?rio de campo de uma das coordenadoras. Para compreens?o dos dados foi utilizada a estrat?gia da An?lise Textual Discursiva. Entre os principais resultados destacam-se: (a) a abertura como primeiro movimento mais expressivo no processo grupal, seguido da resist?ncia ? mudan?a; (b) a presen?a intercalada dessas duas categorias de forma constante, num movimento de superf?cie/profundidade; (c) a abertura facilitou a valoriza??o do aprendizado individual e do processo grupal vivido: o grupo tornou-se campo de aprendizagem. Conclui-se que o processo vivenciado pelo grupo foi de abertura, resist?ncia ? mudan?a e aprendizado, sendo que o feedback interpessoal foi impulsionador do movimento, da supera??o das dificuldades e favoreceu o alcance dos objetivos grupais.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-29T13:51:27Z No. of bitstreams: 1 DIS_CARLOS_EDUARDO_SEQUEIROS_BORJA_PARCIAL.pdf: 2369724 bytes, checksum: 0bcf4fe536f9f8fc084f08e3dc335db9 (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-29T13:51:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DIS_CARLOS_EDUARDO_SEQUEIROS_BORJA_PARCIAL.pdf: 2369724 bytes, checksum: 0bcf4fe536f9f8fc084f08e3dc335db9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T13:51:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_CARLOS_EDUARDO_SEQUEIROS_BORJA_PARCIAL.pdf: 2369724 bytes, checksum: 0bcf4fe536f9f8fc084f08e3dc335db9 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Protein structure prediction from just the amino acid sequence continues to be a major challenge in structural bioinformatics. If at all possible, prediction needs to be accurate and fast. In this project, it is proposed and tested the effects of cotranslation within an ideal ribosomal channel model in protein structure prediction using classical molecular dynamics and replica-exchange molecular dynamics simulations. An ideal ribosomal channel model was built, different translation speeds were used and compared the results to control simulations. Different translation speeds were tested to verify their influence on predictions, and the best results were observed at translation speeds between 80 and 200 ps. The quality of the predicted models were as low as 0.3 ? and 1.0 for the RMSDs and GDT-TS parameters, respectively, for simulations of just 50 ns. Overall, the use of this approach to protein structure prediction has successfully produced native and near-native structures in three of the four proteins investigated, thus reaching accuracy and speed as expected. As a conclusion, using cotranslation within an IRCM is a promising approach to predict native-like 3D structures of mini-proteins successfully. Improvements to the methodology should allow the prediction of 3D structures of larger proteins of biological and biomedical interest. / A predi??o de estrutura 3D de prote?nas partindo apenas da sequ?ncia de amino?cidos ainda ? um grande desafio em bioinform?tica estrutural. Apesar da dificuldade, a predi??o precisa de ser acurada e r?pida. Nesta disserta??o, prop?e-se e mesuram-se os efeitos da co-tradu??o e o uso de um modelo ideal de canal ribossomal na predi??o da estrutura 3D de prote?nas, fazendo uso de din?mica molecular cl?ssica e din?mica molecular com intercambio de r?plicas. O modelo do canal ribosomal constru?do foi testado com diferentes velocidades de tradu??o, e os resultados foram comparados com simula??es padr?o. Foram testadas diferentes velocidades de tradu??o para verificar sua influ?ncia nas predi??es, e as velocidades que apresentaram os melhores resultados ficaram na faixa de 80 at? 200 ps. A qualidade dos modelos preditos foram boas, apresentando valores de GDT-TS de 1,0, assim como 0,3 ? para RMSD para simula??es de apenas 50 ns. No geral, demostra-se que o uso desta abordagem na predi??o da estrutura de prote?nas, produz satisfatoriamente estruturas nativas ou perto da nativa em tr?s de quatro prote?nas testadas, atingindo assim a acur?cia e velocidade esperadas. Como conclus?o, o uso da co-tradu??o com um modelo do canal ribosomal ? uma abordagem promissora para a predi??o de estruturas de mini prote?nas perto da estrutura nativa. Melhoras na metodologia e no modelo permitir?o uma predi??o de estruturas 3D de prote?nas maiores de interesse biol?gico e biom?dico.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:59:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 466225.pdf: 8821107 bytes, checksum: 29eac7664f9d5e8636f822b7baf681b7 (MD5) Previous issue date: 2015-03-04 / In this work, molecular dynamics (MD) simulations were carried out to study the ion-irradiation induced effects on ultrathin molecular films. The energy deposited by the ions is computationally simulated using a simple thermal spike with particles interacting via the Lennard-Jones potential. It was investigated the effect of thin and ultrathin (2 60 nm) films thickness variation in the dimensions of the defects created on the surface crater s diameter (Dc) and depth (Cd) and ridge (rim) volume. Crystalline and amorphous systems were modeled, and different radius and temperature combinations were investigated for the simulated cylindrical track. Qualitative and quantitative results obtained from crystalline and amorphous samples were compared. The analysis of the system s dynamics after the track energy got transferred into atomic motion allowed to identify the mechanisms responsible for the formation of the surface defects. Crater size is mostly determined by evaporation and melt flow from the hot track, while the rim size is determined both by melt flow and coherent displacement of particles due to the large pressure developed in the excited track. We find a large dependence on the dimensions of the surface defects, and in the number of sputtered particles, with the film thickness (h) below a critical value hcr?tico. The critical thickness for the rim volume, more sensitive to the confinement of the film, was found to be higher than the hcr?tico for Dc, since mechanisms involved in the formation of both effects are different. Also from a critical h on, the sputtering yield got smaller as the film thickness decreased. The sputtered particles depth of origin zorigem was obtained as a function of h. As a result from simulations with amorphous films it was obtained zorigem<h/2. Results from simulations were compared to recent experimental data. / Neste trabalho, simula??es por din?mica molecular (MD) foram empregadas para estudar efeitos induzidos pela irradia??o i?nica de alta energia em filmes moleculares ultrafinos. A energia depositada pelos ?ons ? computacionalmente simulada usando um modelo simples de thermal spike com part?culas interagindo pelo potencial de Lennard-Jones. Foi investigado o efeito da varia??o da espessura de filmes ultrafinos (2 60 nm) nas dimens?es dos defeitos criados na superf?cie - di?metro (Dc) e profundidade (Cd) da cratera e volume da protuber?ncia (rim). Foram modelados sistemas cristalino e amorfo, e investigadas diferentes combina??es de raio e temperatura da trilha de excita??o gerada pelos ?ons. Os resultados qualitativos e quantitativos obtidos usando os s?lidos cristalino e o amorfo foram comparados. A an?lise da din?mica do sistema ap?s a energia da trilha i?nica ser transferida para movimento at?mico permitiu identificar os mecanismos respons?veis pela forma??o dos defeitos de superf?cie. O tamanho da cratera ? determinado principalmente pela eje??o de material e pelo fluxo de material fundido da trilha superaquecida, enquanto o rim tem origem tanto no fluxo de material derretido quanto no deslocamento coerente de um pulso de press?o oriundo do centro da trilha excitada. Foi encontrada uma forte depend?ncia entre as dimens?es dos defeitos de superf?cie, e no n?mero de part?culas ejetadas (sputtering), quando a espessura do filme (h) ? menor que um valor cr?tico hcr?tico. A espessura cr?tica para o volume do rim, mais sens?vel ao confinamento do filme, foi maior que para o Dc, devido aos diferentes mecanismos envolvidos. O sputtering foi cada vez menor com a redu??o de h a partir tamb?m de um valor cr?tico de h. Tamb?m foram obtidas a profundidade de origem zorigem das part?culas ejetadas, e o sputtering em fun??o de h. Para os filmes amorfos se obteve zorigem<h/2. Resultados das simula??es foram comparados com dados experimentais recentes. Os melhores resultados das simula??es obtiveram ?tima correla??o qualitativa para Dc e para o volume do rim.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 391202.pdf: 2565991 bytes, checksum: a1f131e3f03bd916c91d19ddca5c04ff (MD5) Previous issue date: 2007-03-30 / O desenho de drogas assistido por computador (CADD) ? um processo que envolve a execu??o seq?encial de diferentes programas, no qual ? testado se um determinado ligante (pequena mol?cula) interage bem com um receptor (geralmente uma prote?na ou enzima). Esse processo geralmente ? executando com o aux?lio de shell scripts. Por?m a modifica??o dos par?metros de entrada e an?lise dos resultados nesse tipo de abordagem ? uma tarefa complexa e que consome muito tempo. Al?m disso, para considerar a flexibilidade do receptor durante experimentos de docking, ? necess?rio que se utilize milhares de snapshots do receptor. Neste trabalho, esses snapshots s?o obtidos da trajet?ria de simula??es por din?mica molecular do receptor. Devido aos desafios associados ? manipula??o desse grande n?mero de snapshots do receptor e ? necessidade de um melhor controle sobre os diferentes programas associados a esse processo, esse trabalho apresenta um workflow cient?fico para automa??o do processo de desenvolvimento de drogas assistido por computador, incluindo de forma expl?cita a flexibilidade do receptor. Os softwares JAWE e Shark foram utilizados para modelar e executar respectivamente o workflow. Mesmo com essa automa??o no processo, ainda h? problemas relacionados ao n?mero de snapshots do receptor que deve ser utilizado. O tempo necess?rio para a execu??o de experimentos de docking, considerando aproximadamente tr?s mil snapshots do receptor, ? em torno de 500 horas. Para simplificar e agilizar esse processo, foi desenvolvida uma forma de sele??o de snapshots baseado na energia livre de liga??o (FEB). Assim, durante os experimentos de docking, chamados de docking seletivo, somente uma parte dos snapshots s?o utilizados: aqueles que obtiveram os melhores resultados de intera??o em termos de FEB durante um experimento exaustivo com um determinado ligante. Para validar essa implementa??o e sele??o, foram executados experimentos de docking com a enzima InhA de M. tuberculosis como receptor e cinco ligantes diferentes. Os resultados desses experimentos ilustram a efici?ncia do workflow implementado e da forma de sele??o de snapshots do receptor que est? sendo realizada

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 401338.pdf: 18195711 bytes, checksum: 8003c4d1e35f169f386872ae3d70499f (MD5) Previous issue date: 2008-03-19 / Considerando que alguns fatores de transcri??o da fam?lia ETS regulam, crescimento, apoptose, angiog?nese e genes relacionados a met?stase em c?lulas tumorais, n?s propomos modelos tridimensionais de dom?nios ETS (ETV- 2, SPI-C and NERF) aplicando t?cnicas de modelagem molecular por homologia e utilizando estruturas de cristais de Ets humana-DNA como template. Estes modelos ser?o ?teis para estabelecer semelhan?as estruturais entre duas ou mais mol?culas relacionadas. A obten??o destes detalhes estruturais das intera??es entre prote?na e DNA fornecer? pistas sobre suas consforma??es dos complexos bin?rios Ets-DNA, que podem a vir tornar alvos moleculares para o desenvolvimento de f?rmacos seletivos para o tratamento de c?ncer no futuro

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 416580.pdf: 11493064 bytes, checksum: d98f0a91360e40632c453a5a2de9275f (MD5) Previous issue date: 2009-07-21 / Esta pesquisa refere-se a um estudo computacional via simula??o por din?mica molecular (DM) que investiga os efeitos da temperatura na InhA, enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase do Mycobacterium tuberculosis (MTB). A temperatura pode interferir na estrutura e fun??o prot?icas, na habilidade de liga??o de uma prote?na, na distribui??o dos microestados, na conforma??o molecular m?dia e nas rea??es enzim?ticas. A partir do in?cio do s?culo XX, os experimentos in silico tem sido cada vez mais utilizados para auxiliar na compreens?o e comprova??o das hip?teses te?ricas elaboradas em diversas ?reas da ci?ncia. Neste contexto, a simula??o por din?mica molecular (DM) tem sido uma das t?cnicas da biof?sica molecular computacional utilizadas no estudo da varia??o das propriedades estruturais do estado nativo das prote?nas e no planejamento e design de f?rmacos. Esta pesquisa investigou o efeito da temperatura sobre a enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (InhA) atrav?s de um estudo por simula??o pela DM (SDM). A enzima InhA ? um importante alvo para a isoniazida (INH), um dos f?rmacos utilizados no tratamento da tuberculose (TBC). O complexo enzim?tico InhA-NADH foi submetido a uma SMD a 25 ?C (298 K) e outra a 37 ?C (310 K) durante um per?odo de 20 ns. A temperatura de 37 ?C foi escolhida por corresponder ? temperatura corporal humana. Por outro lado, 25 ?C representa a temperatura ambiente utilizada nos experimentos realizados em condi??es normais de temperatura e press?o (NTP). Alguns par?metros iniciais (desvio m?dio quadr?tico, raio de giro, superf?cie acess?vel ao solvente) foram obtidos a partir da an?lise dos dados das duas trajet?rias. Existem diferen?as conformacionais estatisticamente significativas entre as estruturas 3D resultantes das SDM a 25 ?C e 37 ?C. Tamb?m pesquisou-se o efeito da temperatura sobre a flexibilidade molecular. Enquanto observamos um importante aumento da flexibilidade na regi?o de liga??o do vi substrato (al?a A, al?a B e al?a de liga??o do substrato) aos 37 ?C, as h?lices &#945;6, &#945;7 e &#945;2 apresentaram Fatores-B menores na temperatura corporal humana. Na regi?o do s?tio de liga??o da coenzima, apenas tr?s res?duos (Ser20, Ile21 e Phe41) apresentaram uma menor flexibilidade com o aumento da temperatura. Pequenos aumentos de temperatura afetam significativamente a conforma??o de uma prote?na em regi?es importantes para o desempenho de suas fun??es. A eleva??o da temperatura aumenta a flexibilidade da estrutura prot?ica, por?m de forma heterog?nea, preservando regi?es que necessitam de maior estabilidade no aspecto funcional. As n?tidas modifica??es da enzima InhA e sua coenzima NADH durante um processo de altera??o de temperatura de 25 ?C para 37 ?C devem ser consideradas no decorrer do planejamento e design de qualquer f?rmaco. O conhecimento detalhado das estruturas alvo, portanto, deve levar em conta as condi??es ambientais (press?o, temperatura, pH) ?s quais ser?o submetidas em in vivo. Sugerem-se, para o futuro, pesquisas com temperaturas maiores e trabalhos com docking.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T11:52:23Z No. of bitstreams: 1 AllanPiresdaSilvaDissertacao2017.pdf: 4098983 bytes, checksum: 94ec346f3edc58586d44cec31a8597f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T11:52:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AllanPiresdaSilvaDissertacao2017.pdf: 4098983 bytes, checksum: 94ec346f3edc58586d44cec31a8597f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T11:52:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AllanPiresdaSilvaDissertacao2017.pdf: 4098983 bytes, checksum: 94ec346f3edc58586d44cec31a8597f4 (MD5) Previous issue date: 2017-03-14 / Currently, various bacteria can be harmful to human health. Moreover, with continued use of antibiotics and development of resistance by these microorganisms, many infections became worrying, with no effective treatments available generating the need for development of other fighting molecules. In this context, the antimicrobial peptides (AMPs) have been proposed as an alternative in the control of infections caused by resistant microorganisms. Despite the variation in sequence levels, AMPs may present high structural conservation in specific families, especially peptides stabilized by disulfide bonds. Canonically, the identification of PAMs is by exploitation of bioactive natural extracts and subsequent analysis and purification thereof. In the post genomics era, in turn, identifying PAMs could be made from databases using molecular modeling of peptides in direct search. In this work were selected AMPs without structure in PDB, from antimicrobial peptide database (APD) (http://aps.unmc.edu/AP/main.php). The sequences were pre-filtered, being selected two AMPs (myticin B and MiAMP-2b) of classes described with modifications in disulfide bonds pattern arrangement. Additionally, the original bank was submitted to STPs identification. PredSTP was used as an additional evaluation. After prefiltering phases, a new potential STP (CRS4C-2b) with a new hypothetical structural topology was modelled by QUARK and simulated at 300 ns molecular dynamics, maintaining the initial structure. The methodology was then applied to identify PAMs in the Zantedeschia aethiopica transcriptome where two new potential PAMs were found that were predicted to be active by CAMP. Thus, the two methodologies developed here can be successfully applied in the identification of new PAMs and in the analysis of the structural diversity of antimicrobial families. / Atualmente, v??rias bact??rias podem ser prejudiciais ?? sa??de humana. Al??m disso, com o uso cont??nuo de antibi??ticos, e desenvolvimento de resist??ncia por parte desses microrganismos, muitas infec????es se tornaram preocupantes, sem tratamentos eficazes dispon??veis gerando a necessidade de desenvolvimento de outras mol??culas de combate. Nesse ??mbito, os pept??deos antimicrobianos (PAMs) t??m sido propostos como uma alternativa no controle de infec????es causadas por microrganismos resistentes. Apesar da variabilidade nas sequ??ncias, os PAMs podem apresentar grande conserva????o estrutural em fam??lias espec??ficas, principalmente em pept??deos estabilizados por pontes dissulfeto. De forma can??nica, a identifica????o de PAMs se d?? pela explora????o de extratos naturais bioativos e posterior an??lise e purifica????o dos mesmos. Na era p??s-gen??mica, por sua vez, a identifica????o de PAMs pode ser feita a partir de bancos de dados utilizando modelagem molecular na busca direta de pept??deos. Nesse trabalho foram selecionados PAMs sem estrutura no PDB, a partir do banco de dados de pept??deos antimicrobianos (APD) (http://aps.unmc.edu/AP/main.php). Desta forma, as sequ??ncias foram pr??-filtradas, sendo selecionados dois PAMs (miticina B e MiAMP-2b) de classes descritas com varia????o na disposi????o ou padr??o de pontes dissulfeto. Al??m disso, o banco original foi submetido ?? identifica????o de STPs. Para tal, o servidor PredSTP foi utilizado como avalia????o adicional. Ao final das etapas de pr??-filtragem, um novo potencial STP (CRS4C-2b) com uma nova topologia estrutural foi modelado pelo QUARK e simulado em din??mica molecular, mantendo a estrutura inicial. A metodologia foi ent??o aplicada para identifica????o de PAMs no transcriptoma de Zantedeschia aethiopica onde foram encontrados dois novos potenciais PAMs que foram preditos como ativos pelo CAMP. Dessa forma, as duas metodologias desenvolvidas aqui podem ser aplicadas com sucesso na identifica????o de novos PAMs e na an??lise de diversidade estrutural de fam??lias antimicrobianas.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T17:33:41Z No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T17:33:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T17:33:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnneKarenSantosTrindadeDissertacao2017.pdf: 2108662 bytes, checksum: 9f0699c1cd7da128bfec9a40cb258496 (MD5) Previous issue date: 2017-03-10 / The bees give a great contribution in maintaining genetic variability of plants from the Cerrado. Tabebuia aurea is a species of the family Bignoniaceae typical of the Cerrado, having large sized bees as its main pollinator. The dispersal of pollen by bees has been well-studied and genomic techniques can facilitate this type of study. This work aimed to develop strategies for the extraction and amplification of DNA from pollen grains of Tabebuia aurea. For this purpose, we collected pollen grains of bee legs caught in Parque Nacional de Bras??lia ??? DF, which subsequently underwent two different techniques of WGA (Whole Genome Amplification). The WGA amplification products were used to amplify 15 microsatellite loci, which were used for characterization of the genetic diversity of the pollen grains. The amplified fragments were separated by capillary electrophoresis in an automatic sequencer and the results were analyzed using the program Geneious. Twenty-two trees were evaluated and the characterization of the allelic diversity was held for groups of pollen grains, each containing 20 grains, from 31 bees; single pollen grains were also evaluated. The WGA technique OmnPlex was the one that produced the largest amount of genomic DNA allowing the amplification of different microsatellite loci. Using the DNA obtained by this technique as a template, all groups of pollen grains showed high rate of polymorphism with 10 or more alleles per locus. In addition, it was observed that most of the bees carry pollen from only one donor, indicating that bees remain for a long time in the same tree. / As abelhas d??o uma grande contribui????o na manuten????o da variabilidade gen??tica de plantas do Cerrado. Tabebuia aurea ?? uma esp??cie da fam??lia Bignoniaceae, t??pica do Cerrado, tendo as abelhas de grande porte como seu principal polinizador. A dispers??o de gr??os de p??len por abelhas vem sendo bastante estudada e as t??cnicas da gen??mica podem facilitar esse tipo de estudo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver estrat??gias para a extra????o e amplifica????o de DNA de gr??os de p??len de Tabebuia aurea. Para isto, foram coletados gr??os de p??len das patas de abelhas capturadas no Parque Nacional de Bras??lia ??? DF, que posteriormente foram submetidos a duas t??cnicas diferentes de WGA (Whole Genome Amplification). Os produtos da amplifica????o WGA foram utilizados para amplificar 15 locos microssat??lites, os quais foram usados para caracteriza????o da diversidade al??lica dos gr??os de p??len. Os fragmentos amplificados foram separados por eletroforese capilar em um sequenciador autom??tico e os resultados foram analisados utilizando o programa Geneious. Foram avaliadas 22 ??rvores e a caracteriza????o da diversidade al??lica foi realizada para conjuntos de gr??os de p??len, cada um contendo 20 gr??os, provenientes de 31 abelhas; foram avaliados tamb??m gr??os de p??len ??nicos. A t??cnica WGA OmnPlex foi aquela que produziu a maior quantidade de DNA gen??mico permitindo a amplifica????o espec??fica dos diferentes locos microssat??lites. Utilizando o DNA obtido por essa t??cnica como molde, todos os grupos de gr??os de p??len apresentaram alta taxa de polimorfismo com 10 ou mais alelos por loco, al??m disso, observou-se que a maioria das abelhas carregavam gr??os de p??len de apenas um doador, indicando que as abelhas permanecem por muito tempo em uma mesma ??rvore.