Orientador: Andréa Baptista Rossit / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Silvia Helena Vendramine / Resumo: São José do Rio Preto (SJRP), localizada na região Noroeste do Estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, é considerada Município prioritário pelo Programa Nacional de Controle da Tuberculose e da AIDS. O objetivo deste trabalho foi avaliar retrospectivamente pacientes infectados pelo HIV com pelo menos um isolamento de Mycobacterium sp., atendidos em unidades de saúde de referência de SJRP e região, bem como descrever seus aspectos clínicos e sócio-demográficos. Foram avaliados no período de janeiro de 2000 a dezembro de 2006, 198 indivíduos soropositivos para o HIV com culturas positivas no Instituto Adolfo Lutz de SJRP. Houve uma correlação positiva entre a tuberculose e o registro de detenção (p=0.021). O uso do tabaco reduziu o tempo de vida entre o diagnóstico e o óbito (p=0.05). Houve associação entre o isolamento de M. tuberculosis (MT) e os níveis de linfócitos TCD4+ bem como o achado difuso para RX de tórax (p=0.014 e 0.000, respectivamente). Aproximadamente 11% de todas as cepas de MT mostraram resistência a pelo menos uma droga, enquanto 3.1% foram multiresistentes. Micobactérias não tuberculosas (MNT) totalizaram 35.19% de todos os isolamentos e a maioria das espécies pertence ao complexo Mycobacterium avium (MAC; 22.3%), seguido por M. fortuitum (5.2%) e M.gordonae (3.1%). Conclui-se que a população HIV estudada tem alta prevalência de colonização por MNT. Em um país com extensão continental como o Brasil, o conhecimento das diferenças regionais na distribuição de MNT em populações infectadas pelo HIV pode contribuir para o controle e tratamento dessas infecções oportunistas. / Abstract: São José do Rio Preto city (SJRP), Northwestern São Paulo State, Southeast Brazil, is considered "priority" by the National Programs of Tuberculosis and AIDS Control. Our purpose was to retrospectively evaluate Mycobacterium sp. isolated from HIV-infected patients attending the HIV/TB reference health care units from SJRP and region, as well as to describe their clinical and socio-demographic aspects. One hundred and ninetyeigth HIV-seropositive individuals provided 287 positives cultures from January 2000 to December 2006. There was a positive correlation between tuberculosis and prison record (p=0.021) and tobacco use reduced the mean lifetime from tuberculosis diagnosis to obit (p = 0.05). TCD4+ levels and a diffuse chest X-ray finding were associated to Mycobacterium tuberculosis (MT) isolation (p = 0.014 and 0.000, respectively). Approximately eleven percent of all MT strains showed resistance to at least one drug while 3.1% were multidrug resistant. Non-tuberculous mycobacteria (NTM) totalized 35.19% of all species and the most frequently isolated ones were Mycobacterium avium complex (MAC; 22.3%), M. fortuitum (5.2%) and M. gordonae (3.1%). We conclude that the HIV-infected population studied has a high prevalence of NTM colonization. In a wide country like Brazil, regional differences on NTM distribution in HIV-infected individuals must be further evaluated in order to improve control and treatment of these opportunistic infections. / Mestre

Embora diferentes estudos indiquem que há um aumento da resistência dos microrganismos aos agentes antimicrobianos prescritos, pouco se sabe a respeito da sua distribuição na cavidade oral. A presente dissertação está dividida em dois capítulos, representados por dois diferentes manuscritos. No manuscrito I, uma revisão sistemática foi realizada e teve como objetivo determinar quais genes de resistência a antimicrobianos foram pesquisados em saliva (S), no biofilme supragengival (SB) e canal radicular (RC). Os termos foram usados em várias combinações nas seguintes bases de dados eletrônicas (MEDLINE, EMBASE, ISI, SCOPUS e OPENGREY). Após seleção dos títulos e análise dos resumos, o texto integral de cada estudo foi obtido. Foram estabelecidos critérios de inclusão e exclusão. Dados epidemiológicos, características metodológicas e os resultados foram obtidos a partir dos estudos. Devido à falta de padronização da metodologia entre os trabalhos, não foi possível realizar uma meta-análise. Realizou-se análise descritiva dos dados. Um total de 151 títulos foram identificados para análise preliminar. Quarenta e nove resumos foram selecionados e 22 textos completos foram obtidos. Sete artigos contemplavam aos critérios de inclusão (S = 2; SB = 0 , e RC = 5). Vinte e seis diferentes genes-alvo foram avaliados. Os genes de resistência mais frequentemente descritos foram os relacionados às tetraciclinas e lactâmicos (5/7). Observa-se que poucos artigos foram selecionados pela estratégia de busca adotada para esta revisão sistemática. Este fato demonstra a falta de padronização nas metodologias dos estudos que utilizam técnicas moleculares para a detecção de genes de resistência bacteriana, tanto em condições de saúde ou doença. No manuscrito II, um estudo de observação clínica e laboratorial foi desenvolvido para detectar a presença de espécies-alvo de Prevotella e o gene cfxA/cfxA2 em amostras de saliva (S), biofilme supragengival (SB) e canais radiculares infectados (RC). Amostras pareadas de S, SB e RC foram coletadas de 42 indivíduos. Os pacientes foram divididos em três grupos: Grupo I - sem infecção aguda/crônica primária do canal radicular (n = 15), Grupo II - presença de infecção aguda primária no canal radicular (n = 12 ) e Grupo III - presença de infecção crônica no canal radicular (n = 15). Foram coletadas amostras de RC apenas para os Grupos II e III. Após o isolamento do DNA, a presença de Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae e do gene cfxA/cfxA2 foi detectada através de PCR. Comparou-se a frequência das espécies e do gene de resistência, considerando diferentes ambientes e condições clínicas. A análise estatística foi realizada. Todas as amostras de S, SB e RC foram positivos para a detecção de DNA bacteriano. As taxas de detecção para espécies de Prevotella foram: S= 53,97%; SB=47,62%, e RC=34,56%. O gene cfxA não foi detectado simultaneamente em três ambientes do mesmo paciente. A presença ou ausência de sintomas espontâneos não influenciou as taxas de detecção para as espécies-alvo e para o gene cfxA/A2 em amostras de RC (teste exato de Fisher , P> 0,05). Espécies de Prevotella e o gene cfxA/cfxA2 foram frequentemente detectados na saliva, placa dental e amostras de canais radiculares. / Although different studies indicate that there is an increased resistance of microorganisms to antimicrobial agents prescribed in Endodontics, little is known about their distribution in the oral cavity. The present dissertation was divided into two chapters, represented by two different manuscripts. In manuscript I, a systematic review was conducted and aimed to determine which antimicrobial resistance genes were investigated in saliva (S), the supragingival biofilm (SB) and root canal (RC). The terms were used in various combinations in the following electronic databases (MEDLINE, EMBASE, ISI, SCOPUS and OPENGREY). After title screening and abstract analysis, the full text of each study was obtained. The relevance of each study to the question of interest was determined through inclusion and exclusion criteria. Epidemiologic data, methodological characteristics and results were collected from the studies. Due to lack of methodology standardization among the papers, it was not possible to perform a meta-analysis. Descriptive data analysis was performed. A total of 151 titles were identified for preliminary analysis. Forty-nine abstracts were selected, and full texts of 22 studies were obtained. Seven articles matched the inclusion criteria (S=2; SB= 0; and, RC=5). Twenty-six different targeted genes have been evaluated. The most frequently investigated groups of resistance genes were related to tetracycline and lactamics (5/7). Few articles in the literature fit in the search strategy adopted by this systematic review, demonstrating the lack of standardization in the methodologies of studies using molecular techniques for the detection of bacterial resistance genes to antibiotics in oral cavity, either in health or disease conditions. In the manuscript II, an observational clinical and laboratorial study was developed to identify the presence of targeted Prevotella species and the cfxA/cfxA2 gene in samples from saliva (S), supragingival biofilm (SB) and infected root canals (RC). Paired samples of S, SB and RC were collected from 42 subjects. Patients were divided into three groups: Group I - no acute or chronic root canal infection (n = 15); Group II - presence of acute root canal infection (n = 12), and Group III - presence of chronic root canal infection (n=15). RC samples were collected for Groups II and III. After DNA isolation, the presence of Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae and the cfxA/cfxA2 gene was detected through gene-specific PCR. The frequency of the species and of the resistance was compared, considering different environments and clinical conditions. Statistical analysis was carried out. All samples from S, SB and RC were positive for the presence of bacteria. The overall detection rates for Prevotella species were: S = 53.97%; SB = 47.62%; and, RC = 34.56%. The cfxA gene was not detected simultaneously in the three environments from the same patient. The presence of absence of spontaneous symptoms had not influenced the detection rates for the targeted species and for the cfxA/A2 gene in RC samples (Fisher Exact Test, P>.05). Prevotella species and the gene cfxA/cfxA2 were frequently detected in saliva, dental plaque and root canal samples.

Tuberculose droga resistente (TBDR) e Tuberculose multidroga resistente (TBMDR) constituem preocupação mundial, usualmente associadas com abandono do tratamento e aumento da mortalidade. Em 2009 a incidência de tuberculose (TB) em Porto Alegre foi de 116/100.000 habitantes, e a taxa de abandono do tratamento anti-TB foi de 15,0%. Objetivo: Conhecer o comportamento epidemiológico da tuberculose resistente em Porto Alegre. Métodos: Estudo transversal e de coorte histórica não concorrente. Incluiu 299 pacientes procedentes de hospitais e unidades básicas de saúde, participantes do II Inquérito Nacional de Resistência as Drogas em Tuberculose (INRDT) realizado em Porto Alegre, em 2006 e 2007. Os pacientes apresentaram amostras com cultura positiva, teste de sensibilidade e espécie da micobactéria confirmada. Os dados foram coletados de entrevistas com os pacientes, dos prontuários, e de sistemas outros de informação. Resultados: Observou-se uma prevalência global de TBDR e TBMDR, respectivamente, de 14,4% e 4,7%. Em pacientes virgens de tratamento, a prevalência de TBDR e de TBMDR foi, respectivamente, de 8,5% e 2,2%; e, em pacientes com tratamento anti-TB prévio, foi de 68,0% para a TBDR e de 12,0) para a TBMDR. Por meio de modelos multivariados, as variáveis independentemente associadas à TBDR foram retratamento e duração de sinais e sintomas respiratórios, enquanto que na TBMDR, somente sintomas respiratórios mantiveram-se associados. Os pacientes com TBDR apresentaram menor negativação da baciloscopia durante o tratamento, menor proporção de cura, maior tendência a referir hemoptise e recidiva, e os com TBMDR apresentaram mais vezes doença renal crônica. Conclusão: Os resultados obtidos em Porto Alegre sinalizam a necessidade de estratégias que efetivem a detecção precoce de TBDR e monitoramento da qualidade da assistência terapêutica. / Resistant tuberculosis (DRTB) and multidrug resistant TB (MDR-TB) is a global concern usually associated with the occurrence of abandonment and mortality. In 2009 the incidence of TB in Porto Alegre was 116/100.000 inhabitants, abandonment of anti-TB treatment was 15.0%. Objective: To understand the epidemiological behavior of drug-resistant tuberculosis. Methods: Cross-sectional and non-concurrent cohort study. There have been included 299 patients from hospitals and basic health units participating in the Second National Survey about Drug Resistance in Tuberculosis (INRDT) held in Porto Alegre city in 2006 and 2007. Patients showed samples with positive culture, sensitivity test and mycobacterium species confirmed. Data were collected by patient interviews, secondary data from medical records, information systems and others. Results: There was an overall prevalence of MDR-TB and DRTB respectively 14.4% and 4.7%. In treatment-virgin patients DRTB and MDR-TB was respectively 8.5% and 2.2% and patients with prior anti-TB treatment DRTB and MDR-TB was 68.0% and 12.0%. Through multivariate models, associated independent variables with DRTB were retreatment and duration of respiratory signs and respiratory symptoms. Regarding to the MDR-TB only respiratory signs and respiratory symptoms remained associated. Patients with DRTB presented smaller parasite smear during treatment, lower cure rates, greater tendency to refer hemoptysis and relapse, MDR-TB cases had more chronic renal disease. Conclusion: The results obtained in Porto Alegre city indicate the need for strategies that enforce DRTB early detection and monitoring quality of care therapy.

Introdução: Resistência aos antirretrovirais pode limitar opções de tratamento, principalmente em pacientes com acúmulo de falhas terapêuticas, o que pode comprometer resultados clínicos. Objetivos: caracterizar o perfil de mutações na transcriptase reversa e protease do HIV-1 de pacientes em falha ao tratamento. Secundariamente, avaliar associação entre mutações e número de falhas terapêuticas, associação entre mutações e subtipos do HIV-1 e apresentar a evolução temporal da prevalência dos subtipos do HIV-1, no estado do Pará, ao Norte do Brasil. Método: Estudo transversal, no qual se avaliam genotipagens, entre janeiro de 2004 a dezembro de 2013, com dados obtidos de formulário de solicitação do exame padronizado pela RENAGENO e de impressos dos resultados, ambos arquivados em quatro serviços de atendimento especializados. Foram incluídos os testes realizados por laboratório da RENAGENO, em maiores de 18 anos, e o primeiro exame daqueles que o realizaram em mais de um momento, totalizando 377 amostras. As mutações são descritas de acordo com o banco de dados de resistência do HIV da Universidade de Stanford (http://hivdb.stanford.edu), estimam-se suas prevalências e avaliam-se mutações de resistência de acordo com o número de falhas no momento da genotipagem, bem como diferenças de mutações entre subtipos B e não-B do HIV-1. Resultados: A mutação M184V foi a mais prevalente (80,1%), seguida da K130N (40,6%) e TAM. Em pacientes multiexperimentados previamente à genotipagem, resistência a ZDV, d4T e TDF foi associada às mutações M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q e T69D; bem como resistência a todos os IP/r associou-se às mutações principais M46I, V82A, L90M, I54V, I84V, M46L e L76V. O subtipo B é o predominante no Pará (90,7%) e diferenças de prevalência de mutações entre subtipos ocorreram entre as mutações L63P e A71T versus subtipo B, enquanto as mutações L76V, M36I, K20R, L10V, L89M e F53L associaram-se ao subtipo não-B. Conclusão: A seleção de mutações de resistência do HIV-1 relacionada aos antirretrovirais é similar ao descrito em literatura. O acúmulo de falhas ao tratamento favorece a emergência de mutações, o que reforça o monitoramento de falha virológica, seguida de genotipagem para minimizar o impacto de resistência. Estudos adicionais de epidemiologia molecular são necessários para avaliar melhor a questão da prevalência de subtipos de HIV-1 no estado e possíveis associações com mutações de resistência do HIV-1. / Introduction: Resistance to antiretroviral treatment can limit treatment options, especially in patients with accumulation of therapeutic failures, which may compromise clinical outcomes. Objectives: characterizing the profile of mutations in the protease and reverse transcriptase of HIV-1 patients in the treatment failure. Secondarily to evaluate the association between mutations and the number of treatment failures, association between mutations and subtypes of HIV-1 and present the temporal evolution of the prevalence of subtypes of HIV-1 in the state of Pará in northern Brazil. Method: cross-sectional study in which genotyping is evaluated between January, 2004 and December, 2013 with data obtained from the standardized application form for the examination RENAGENO and printed the results, both filed in four specialty care services. We included those by laboratory RENAGENO in 18 years and the first examination in those who underwent more than one time, totaling 377 samples. Mutations are described according to the database of HIV resistance at Stanford University (http://hivdb.stanford.edu), estimated their prevalence and resistance is evaluated according to the number of failures at the time of genotyping as well as differences between mutations and subtype B and non-B HIV-1. Results: The M184V mutation was the most prevalent (80.1%), followed by K130N (40.6%) and TAM. In patients who received at least three treatments prior to genotyping, resistance to ZDV, d4T and TDF was associated with mutations M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q and T69D; well as resistance to all PI / r was associated with the major mutations M46I, V82A, L90M, I54V, I84V M46L and L76V. HIV-1 subtype B was the most prevalent (90.7%) and there were differences between subtypes B versus mutations: L63P and A71T were more frequent in the subtype B, whereas mutations L76V, K20R, L10V, L89M and F53L were in non-B subtypes. Conclusion: The selection of resistance mutations in HIV-1 related to antiretroviral is similar to that described in the literature. The accumulation of failures to treatment favors the emergence of mutations, reinforcing the monitoring and evaluation of virologic failure by genotyping to minimize the impact resistance. Additional molecular epidemiological studies are needed to better assess the issue of prevalence of subtypes of HIV-1 in the state and possible associations with resistance mutations in HIV-1.

Alguns estudos caracterizaram a microbiota de canais radiculares de dentes decíduos com necrose pulpar como polimicrobiana, com predomínio de microrganismos anaeróbios. No entanto, nenhum estudo até o presente momento investigou a presença de genes de resistência a antimicrobianos em diferentes ecossistemas da cavidade oral de crianças. Este estudo tem por objetivo determinar a presença de espécies de Prevotella e do gene cfxa/cfxa2 associados à resistência à beta-lactâmicos, em diferentes ecossistemas orais de crianças com necrose pulpar. Vinte e sete crianças, que estavam sob cuidados odontológicos no Ambulatório de Clínica Infanto-Juvenil da Faculdade de Odontologia da UFRGS, e que apresentavam, pelo menos, um dente decíduo com necrose pulpar foram selecionados para este estudo. Foram coletadas amostras de saliva, biofilme supragengival, biofilme da câmara pulpar e do canal radicular de 32 dentes (27 posteriores e 5 anteriores). Após isolamento do DNA microbiano, a presença das bactérias Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae e do gene cfxA/cfxA2 foi avaliada através do método de PCR. A amostra foi composta de pacientes com idade média de 5,5 anos (± 1,76). A taxa total de espécies de Prevotella foi de 29,1%, 25%, 21,8% e 32,29% em amostras de saliva, biofilme, câmara pulpar e canal radicular, respectivamente. As três espécies juntas não foram detectadas em todos os micro-ambientes do mesmo paciente, mas estavam presentes em 3,1% (n=1) de amostras do canal radicular. Prevotella nigrescens foi a bactéria mais frequentemente encontrada em todos os ecossistemas estudados. Foram observadas diferenças estatisticamente significativas em relação à presença de P. nigrescens em pelo menos um local e idade do paciente (teste t, p = 0,04). Também foi encontrada associação entre a presença desta bactéria, em pelo menos um local e uso de antimicrobianos (teste exato de Fisher, p = 0,014). A presença do gene de resistência à beta-lactâmicos, cfxA/cfxA2, foi testada em 12 pacientes da amostra, nos quatro micro-ambientes orais. Entre esses pacientes, 55,6% eram meninas, com idade média de 6 anos (± 2,5). Não foi detectada a presença deste gene em nenhuma amostra investigada. Os dados sugerem que a cavidade bucal de crianças com necrose pulpar apresenta presença diversificada de espécies de Prevotella em diferentes micro-ambientes orais. A ausência do gene cfxA/cfxA2 foi observada em todas as amostras investigadas. Estudos futuros, testando a presença de outros genes de resistência à beta-lactâmicos, são importantes para uma investigação abrangente. / Some studies characterized the microbiota of root canals of primary teeth with pulp necrosis as polymicrobial, with a predominance of anaerobic microorganisms. However, no study to date has investigated the presence of antimicrobial resistance genes in different ecosystems of the oral cavity of children. This study aims to determine the presence of Prevotella species and genes associated with resistance to beta-lactams in different oral enviroments of children with pulp necrosis. Twenty-seven children who were under dental care at the Children and Youth Clinic (Dental School, UFRGS, Porto Alegre, Brazil), and who had at least one primary tooth with pulp necrosis were selected for this study. Saliva, supragingival biofilm, pulp chamber biofilm and root canal biofilm were collected of 32 teeth (27 posterior and 5 anterior). After isolation of microbial DNA, the presence of Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae and cfxA/cfxA2 gene were evaluated using the PCR. The sample consisted of patients with a mean age of 5.5 years (± 1.76). The total rate of Prevotella species was 29.1%, 25%, 21.8% and 32.29% in saliva samples, biofilm, pulp chamber and root canal, respectively. The three strains were not detected in all enviroments of the same patient, but were present at 3.1% (n = 1) of the root canal samples. Prevotella nigrescens was the most common bacteria in all oral enviroments. Statistical significant differences were observed for the presence of P. nigrescens at least one oral enviroment and age of the patient (t-test, p = 0.04). Also an association was observed, among the presence of these bacteria in at least one enviroment and use of antimicrobials (Fisher's exact test, p = 0.014). The presence of the resistance gene to beta-lactams, cfxA/cfxA2, was tested on 12 patients of the sample at all four oral enviroments. Among these patients, 55.6% were girls with a mean age of 6 years (± 2.5). Absence of this gene in the sample investigated was detected. The absence of cfxA/cfxA2 gene was observed in all the investigated samples. Future studies testing the presence of other resistance genes to beta-lactams, are important for a comprehensive investigation.

abstract: Extraordinary medical advances have led to significant reductions in the burden of infectious diseases in humans. However, infectious diseases still account for more than 13 million annual deaths. This large burden is partly due to some pathogens having found suitable conditions to emerge and spread in denser and more connected host populations, and others having evolved to escape the pressures imposed by the rampant use of antimicrobials. It is then critical to improve our understanding of how diseases spread in these modern landscapes, characterized by new host population structures and socio-economic environments, as well as containment measures such as the deployment of drugs. Thus, the motivation of this dissertation is two-fold. First, we study, using both data-driven and modeling approaches, the the spread of infectious diseases in urban areas. As a case study, we use confirmed-cases data on sexually transmitted diseases (STDs) in the United States to assess the conduciveness of population size of urban areas and their socio-economic characteristics as predictors of STD incidence. We find that the scaling of STD incidence in cities is superlinear, and that the percent of African-Americans residing in cities largely determines these statistical patterns. Since disparities in access to health care are often exacerbated in urban areas, within this project we also develop two modeling frameworks to study the effect of health care disparities on epidemic outcomes. Discrepant results between the two approaches indicate that knowledge of the shape of the recovery period distribution, not just its mean and variance, is key for assessing the epidemiological impact of inequalities. The second project proposes to study, from a modeling perspective, the spread of drug resistance in human populations featuring vital dynamics, stochasticity and contact structure. We derive effective treatment regimes that minimize both the overall disease burden and the spread of resistance. Additionally, targeted treatment in structured host populations may lead to higher levels of drug resistance, and if drug-resistant strains are compensated, they can spread widely even when the wild-type strain is below its epidemic threshold. / Dissertation/Thesis / Ph.D. Applied Mathematics for the Life and Social Sciences 2014

A resistência bacteriana emergiu como importante problema de saúde pública no mundo. Nesta pesquisa, a distribuição das espécies e a evolução da sensibilidade aos antibióticos entre isolados clínicos obtidos em um hospital terciário foram analisadas no período de 2007 a 2012. As bactérias isoladas foram identificadas por análises bioquímicas convencionais. Segundo as recomendações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) compatíveis ao ano do processamento microbiológico, o perfil de sensibilidade foi determinado pelo método de disco difusão, entretanto para a sensibilidade a vancomicina utilizou-se a concentração inibitória mínima (CIM). Durante o período da pesquisa totalizou-se 4.464 resultados de culturas distribuídos em 2007 (865), 2008 (981), 2009 (485), 2010 (539), 2011 (704) e 2012 (890). Com relação aos cocos Gram-positivos e as enterobactérias, Staphylococcus aureus e Eschericia coli foram as bactérias mais frequentemente isoladas, respectivamente. Dos antibióticos da classe dos beta-lactâmicos, piperacilina + tazobactam e aztreonam mostraram os melhores resultados de atividade antibacteriana. Todas as cepas isoladas de enterobactérias foram sensíveis aos carbapenêmicos. As cepas de Pseudomonas aeruginosa foram mais sensíveis ao imipenem do que ao meropenen, no entanto a redução dos perfis de sensibilidade foi evidenciada para ambos os antibióticos: imipenem (69,6% para 41,7%) e meropenem (63,3% para 25,0%). Todas Burkloderoderia cepacea e Acinetobacter baumanii demonstraram resistência ao meropenem, entretanto as cepas de Acinetobacter iuwoffi foram sensíveis aos carbapenêmicos. Aumentos semelhantes nos perfis de sensibilidade das cepas de Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Klebsiella oxytoca (70% para 86,7%) foram observados para ciprofloxacina e levofloxacina. Da classe dos aminoglicosídeos, a amicacina mostrou melhor atividade antibacteriana do que a gentamicina. Nas amostras analisadas deste hospital não houve ocorrência de Enterococcus spp. resistente a vancomicina (VRE). Ainda, todas as cepas de cocos Gram-positivos foram sensíveis a vancomicina e teicoplamina. No geral os antibióticos apresentaram resultados preocupantes, uma vez que para as bactérias reconhecidas nos cenários das infecções hospitalares nenhuma foi sensível 100% a todas as classes de antibióticos. A situação da sensibilidade microbiana aos antibióticos é caótica tendo cada vez mais limitada a sua utilização na terapêutica / Bacterial resistance has emerged as an important public health problem in the world. In this study, the distribution of species and the evolution of antibiotic susceptibility among clinical isolates in a tertiary hospital were analyzed in the period from 2007 to 2012. Bacterial isolates were identified by conventional biochemical analyzes. According to the recommendations of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) supported a year of microbiological processing, the sensitivity was determined by the disk diffusion method, however for sensitivity to vancomycin was used the minimum inhibitory concentration (MIC). During the research period, 4,464 culture results were obtained and distributed in 2007 (865), 2008 (981), 2009 (485), 2010 (539), 2011 (704) and 2012 (890). With respect to Gram-positive cocci and Enterobacteriaceae, Staphylococcus aureus and Escherichia coli were the most frequently isolated bacteria, respectively. From beta-lactams class, piperacillin + tazobactam and aztreonam showed the best results of antibacterial activity. All isolated strains of Enterobacteriaceae were susceptible to carbapenems. Pseudomonas aeruginosa strains were more sensitive to imipenem than the meropenen, however reducing the sensitivity profile was observed for both antibiotics imipenem (69.6% to 41.7%) and meropenem (63.3% for 25.0%). All Burkloderoderia cepacia and Acinetobacter baumannii were resistant to meropenem, however Acinetobacter iuwoffi strains were susceptible to carbapenems. Similar increases in the susceptibility of Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca strains (70% to 86.7%) were observed for ciprofloxacin and levofloxacin. From aminoglycosides class, amikacin showed better antibacterial activity than gentamicin. In the samples analyzed in this hospital there was no occurrence of Enterococcus spp. resistant to vancomycin (VRE). Furthermore, all strains of Gram-positive cocci were susceptible to vancomycin and teicoplanin. Overall antibiotics showed worrying results, since none was recognized for bacteria in the nosocomial infection scenarios 100% sensitive to all classes of antibiotics. The situation of microbial sensitivity to antibiotics is becoming chaotic having limited their use in therapy

Acinetobacter spp é um dos mais freqüentes agentes de infecções nosocomiais nos hospitais brasileiros. Vários surtos hospitalares causados por Acinetobacter resistente aos carbapenêmicos já foram descritos no Brasil. O presente estudo verificou a presença de alteração de proteínas da membrana externa e produção de carbapenemases em cepas de Acinetobacter spp. resistentes aos carbapenêmicos isoladas de corrente sanguínea de pacientes internados no HC-FMUSP. Os isolados foram identificados pelo método miniaturizado API20NE. As concentrações inibitórias mínimas dos carbapenêmicos foram realizadas através da técnica de microdiluição em caldo. As carbapenemases foram estudas através de testes fenotípicos, detecção dos genes foi realizada pela reação de amplificação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento e hidrólise de imipenem. As proteínas de membrana externa foram caracterizadas através da técnica de SDS-Page e PCR. A tipagem molecular foi realizada usando a técnica de eletroforese em campo pulsado. Noventa e oito por cento dos isolados apresentaram genes codificadores da enzima Oxa-51-like, sendo que a única amostra que não apresentou essa enzima, após seqüenciamento do gene codificador da porção 16S do RNA ribossomal, foi considerada da espécie A. calcoaceticus. A presença do gene blaoxa-51-like não foi encontrada adjacente a seqüência ISAba1. Em dezoito por cento do total das amostras foi detectada pela reação de PCR o gene blaoxa-51-like/oxa-23- like, sendo que sete desses isolados pertenciam ao mesmo clone. Somente em um isolado não foi detectada a presença do grupamento ISAba-1 adjacente ao gene codificador da enzima Oxa-23. Dessas amostras apenas uma hidrolisou o antimicrobiano imipenem. Cinco isolados apresentaram o gene blaimp (IMP-1 pelo seqüenciamento). Apenas dois desses isolados se mostraram capazes de hidrolisar imipenem e através da inibição com o EDTA confirmou-se a presença da produção de enzimas Metalo-- lactamase. Vários testes fenotípicos foram utilizados para a detecção de carbapenemase como DDST, CD e Etest. Quando comparados com a PCR (metodologia padrão-ouro), os melhores resultados foram observados com a aproximação de disco de imipenem (10g) com um disco contendo 3L do ácido -mercaptoetanol não diluído (sensibilidade de 100% e especificidade de 71%). Observou-se que na maioria dos isolados, as proteínas de membrana externa analisadas estavam diminuídas ou ausentes. Três isolados apresentaram ausência dessas proteínas, suas CIM variaram de 32 a 128g/mL e de 64 a 256g/mL para o imipenem e meropenem respectivamente. O presente estudo verificou que a resistência aos carbapenêmicos está relacionada à presença de carbapenemases e alterações de membrana externa. Além disso, a importância das carbapenemases como principal mecanismo de resistência em isolados de Acinetobacter deve ser melhor investigada, já que esses genes podem não estar sendo expressos / Acinetobacter spp is an important etiologic agent causing nasocomial infection in Brazilian hospitals. Carbapenem resistance among this agent has been increasing in the last decade, and several outbreaks due to resistant Acinetobacter had been identified in Brazil. This study verified the presence of altered outer membrane proteins and production of carbapenemase in carbapenem-resistant Acinetobacter spp. strains isolated from bloodstream infections of patients hospitalized in the HC-FMUSP. This study verified the presence of altered outer membrane proteins and production of carbapenemase in Acinetobacter spp. carbapenem-resistant strains isolated from bloodstream of patients hospitalized in the HC-FMUSP. The isolates were identified by miniatured method API20NE and the miminal inhibitory concentration of carbepenem was performed by broth microdilution. Carbapenemases were studied by phenotypic screnning tests, detection of its genes coder by amplification polymerase chain reaction (PCR), sequence and imipenem hydrolise. The proteins of external membrane were studied by SDS-PAGE and PCR. Molecular typing was performed using the technique of pulsed field gel electrophoresis. About 98% of these isolates were positives for genes encoding the enzyme Oxa-51-like, only one strain did not exhibit this enzyme. After sequencing of the gene encoding portion 16S ribosomal RNA this strain was considered the species A. calcoaceticus. The presence of the sequence adjacent ISAba1 was not found in none of these isolates with the gene blaOXA-51-like. Eighteen percent of the total of strains demonstrated by PCR the gene blaoxa-51-like/oxa-23-like. Seven of these strains belonged to the same clone. Only one isolate did not show the presence of ISAba1 adjacent to the gene encoding Oxa-23. Only one of this strain hydrolyzed imipenem. Five isolates had the gene blaimp, (IMP-1 by sequencing). Two of these isolates had proved capable of hydrolyzing the antibiotic imipenem and the inhibition with EDTA confirmed the presence of MBL-producing enzymes. Several phenotypic tests were used to screnning of carbapenemase as DDST, CD and Etest. When compared with PCR, the gold standard, the best results were seen with the next disk of imipenem (10 mg) with another disk containing 3L acid -mercaptoethanol pure (100% sensitivity and specificity 71%). In most isolates the outer membrane proteins were decreased or absent. Three isolate showed total absence of these proteins, their MIC ranged from 32 to 64 to 128g/mL and 256g/mL to imipenem and meropenem respectively. This study has shown that carbapenem resistance was linked to the presence of carbapemenases and alteration of the outer membrane. Moreover, the significance of carbapenemase as the main mechanism of resistance in isolates of Acinetobacter should be better investigated, since these genes might not be cast

Introdução: Resistência aos antirretrovirais pode limitar opções de tratamento, principalmente em pacientes com acúmulo de falhas terapêuticas, o que pode comprometer resultados clínicos. Objetivos: caracterizar o perfil de mutações na transcriptase reversa e protease do HIV-1 de pacientes em falha ao tratamento. Secundariamente, avaliar associação entre mutações e número de falhas terapêuticas, associação entre mutações e subtipos do HIV-1 e apresentar a evolução temporal da prevalência dos subtipos do HIV-1, no estado do Pará, ao Norte do Brasil. Método: Estudo transversal, no qual se avaliam genotipagens, entre janeiro de 2004 a dezembro de 2013, com dados obtidos de formulário de solicitação do exame padronizado pela RENAGENO e de impressos dos resultados, ambos arquivados em quatro serviços de atendimento especializados. Foram incluídos os testes realizados por laboratório da RENAGENO, em maiores de 18 anos, e o primeiro exame daqueles que o realizaram em mais de um momento, totalizando 377 amostras. As mutações são descritas de acordo com o banco de dados de resistência do HIV da Universidade de Stanford (http://hivdb.stanford.edu), estimam-se suas prevalências e avaliam-se mutações de resistência de acordo com o número de falhas no momento da genotipagem, bem como diferenças de mutações entre subtipos B e não-B do HIV-1. Resultados: A mutação M184V foi a mais prevalente (80,1%), seguida da K130N (40,6%) e TAM. Em pacientes multiexperimentados previamente à genotipagem, resistência a ZDV, d4T e TDF foi associada às mutações M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q e T69D; bem como resistência a todos os IP/r associou-se às mutações principais M46I, V82A, L90M, I54V, I84V, M46L e L76V. O subtipo B é o predominante no Pará (90,7%) e diferenças de prevalência de mutações entre subtipos ocorreram entre as mutações L63P e A71T versus subtipo B, enquanto as mutações L76V, M36I, K20R, L10V, L89M e F53L associaram-se ao subtipo não-B. Conclusão: A seleção de mutações de resistência do HIV-1 relacionada aos antirretrovirais é similar ao descrito em literatura. O acúmulo de falhas ao tratamento favorece a emergência de mutações, o que reforça o monitoramento de falha virológica, seguida de genotipagem para minimizar o impacto de resistência. Estudos adicionais de epidemiologia molecular são necessários para avaliar melhor a questão da prevalência de subtipos de HIV-1 no estado e possíveis associações com mutações de resistência do HIV-1. / Introduction: Resistance to antiretroviral treatment can limit treatment options, especially in patients with accumulation of therapeutic failures, which may compromise clinical outcomes. Objectives: characterizing the profile of mutations in the protease and reverse transcriptase of HIV-1 patients in the treatment failure. Secondarily to evaluate the association between mutations and the number of treatment failures, association between mutations and subtypes of HIV-1 and present the temporal evolution of the prevalence of subtypes of HIV-1 in the state of Pará in northern Brazil. Method: cross-sectional study in which genotyping is evaluated between January, 2004 and December, 2013 with data obtained from the standardized application form for the examination RENAGENO and printed the results, both filed in four specialty care services. We included those by laboratory RENAGENO in 18 years and the first examination in those who underwent more than one time, totaling 377 samples. Mutations are described according to the database of HIV resistance at Stanford University (http://hivdb.stanford.edu), estimated their prevalence and resistance is evaluated according to the number of failures at the time of genotyping as well as differences between mutations and subtype B and non-B HIV-1. Results: The M184V mutation was the most prevalent (80.1%), followed by K130N (40.6%) and TAM. In patients who received at least three treatments prior to genotyping, resistance to ZDV, d4T and TDF was associated with mutations M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q and T69D; well as resistance to all PI / r was associated with the major mutations M46I, V82A, L90M, I54V, I84V M46L and L76V. HIV-1 subtype B was the most prevalent (90.7%) and there were differences between subtypes B versus mutations: L63P and A71T were more frequent in the subtype B, whereas mutations L76V, K20R, L10V, L89M and F53L were in non-B subtypes. Conclusion: The selection of resistance mutations in HIV-1 related to antiretroviral is similar to that described in the literature. The accumulation of failures to treatment favors the emergence of mutations, reinforcing the monitoring and evaluation of virologic failure by genotyping to minimize the impact resistance. Additional molecular epidemiological studies are needed to better assess the issue of prevalence of subtypes of HIV-1 in the state and possible associations with resistance mutations in HIV-1.

Alguns estudos caracterizaram a microbiota de canais radiculares de dentes decíduos com necrose pulpar como polimicrobiana, com predomínio de microrganismos anaeróbios. No entanto, nenhum estudo até o presente momento investigou a presença de genes de resistência a antimicrobianos em diferentes ecossistemas da cavidade oral de crianças. Este estudo tem por objetivo determinar a presença de espécies de Prevotella e do gene cfxa/cfxa2 associados à resistência à beta-lactâmicos, em diferentes ecossistemas orais de crianças com necrose pulpar. Vinte e sete crianças, que estavam sob cuidados odontológicos no Ambulatório de Clínica Infanto-Juvenil da Faculdade de Odontologia da UFRGS, e que apresentavam, pelo menos, um dente decíduo com necrose pulpar foram selecionados para este estudo. Foram coletadas amostras de saliva, biofilme supragengival, biofilme da câmara pulpar e do canal radicular de 32 dentes (27 posteriores e 5 anteriores). Após isolamento do DNA microbiano, a presença das bactérias Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae e do gene cfxA/cfxA2 foi avaliada através do método de PCR. A amostra foi composta de pacientes com idade média de 5,5 anos (± 1,76). A taxa total de espécies de Prevotella foi de 29,1%, 25%, 21,8% e 32,29% em amostras de saliva, biofilme, câmara pulpar e canal radicular, respectivamente. As três espécies juntas não foram detectadas em todos os micro-ambientes do mesmo paciente, mas estavam presentes em 3,1% (n=1) de amostras do canal radicular. Prevotella nigrescens foi a bactéria mais frequentemente encontrada em todos os ecossistemas estudados. Foram observadas diferenças estatisticamente significativas em relação à presença de P. nigrescens em pelo menos um local e idade do paciente (teste t, p = 0,04). Também foi encontrada associação entre a presença desta bactéria, em pelo menos um local e uso de antimicrobianos (teste exato de Fisher, p = 0,014). A presença do gene de resistência à beta-lactâmicos, cfxA/cfxA2, foi testada em 12 pacientes da amostra, nos quatro micro-ambientes orais. Entre esses pacientes, 55,6% eram meninas, com idade média de 6 anos (± 2,5). Não foi detectada a presença deste gene em nenhuma amostra investigada. Os dados sugerem que a cavidade bucal de crianças com necrose pulpar apresenta presença diversificada de espécies de Prevotella em diferentes micro-ambientes orais. A ausência do gene cfxA/cfxA2 foi observada em todas as amostras investigadas. Estudos futuros, testando a presença de outros genes de resistência à beta-lactâmicos, são importantes para uma investigação abrangente. / Some studies characterized the microbiota of root canals of primary teeth with pulp necrosis as polymicrobial, with a predominance of anaerobic microorganisms. However, no study to date has investigated the presence of antimicrobial resistance genes in different ecosystems of the oral cavity of children. This study aims to determine the presence of Prevotella species and genes associated with resistance to beta-lactams in different oral enviroments of children with pulp necrosis. Twenty-seven children who were under dental care at the Children and Youth Clinic (Dental School, UFRGS, Porto Alegre, Brazil), and who had at least one primary tooth with pulp necrosis were selected for this study. Saliva, supragingival biofilm, pulp chamber biofilm and root canal biofilm were collected of 32 teeth (27 posterior and 5 anterior). After isolation of microbial DNA, the presence of Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae and cfxA/cfxA2 gene were evaluated using the PCR. The sample consisted of patients with a mean age of 5.5 years (± 1.76). The total rate of Prevotella species was 29.1%, 25%, 21.8% and 32.29% in saliva samples, biofilm, pulp chamber and root canal, respectively. The three strains were not detected in all enviroments of the same patient, but were present at 3.1% (n = 1) of the root canal samples. Prevotella nigrescens was the most common bacteria in all oral enviroments. Statistical significant differences were observed for the presence of P. nigrescens at least one oral enviroment and age of the patient (t-test, p = 0.04). Also an association was observed, among the presence of these bacteria in at least one enviroment and use of antimicrobials (Fisher's exact test, p = 0.014). The presence of the resistance gene to beta-lactams, cfxA/cfxA2, was tested on 12 patients of the sample at all four oral enviroments. Among these patients, 55.6% were girls with a mean age of 6 years (± 2.5). Absence of this gene in the sample investigated was detected. The absence of cfxA/cfxA2 gene was observed in all the investigated samples. Future studies testing the presence of other resistance genes to beta-lactams, are important for a comprehensive investigation.