Made available in DSpace on 2016-06-02T19:30:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6375.pdf: 3644148 bytes, checksum: 0c523a46402b21e66619abbb9b0c93af (MD5) Previous issue date: 2014-09-05 / Financiadora de Estudos e Projetos / Urban growth and population growth led to the construction of a gigantic road network around the world. This network is responsible for several impacts on fauna, flora and the environment, such as road kill, isolation of populations, facilitating the establishment of invasive species, river siltation, among others. However, although road ecology has advanced recently, there are still many gaps on how roads affect fauna, as little is known about how effects of changing the structure of highways can modify animal-vehicle collisions. This study aims to evaluate some of the impacts of roads on species of medium and large mammals in fragmented and naturally heterogeneous landscapes. Using a functional group approach based on animal sensitivity to disturbance and displacement capacity, I set out to answer three questions, one in each chapter: 1) the contribution of various landscape indices to predict wildlife road kill; 2) highway duplication and the implementation of wildlife crossing structures alter animal road kill; 3) duplication of roads change the way fauna road kill is correlated with the landscape metrics. To answer the first and third questions, we have developed innovative methods combining road kill data with a multi-scale approach with landscape metrics involving quantity and distance of various landscape elements, such as natural vegetation, cerrado, water, forestry and sugar cane. This method proposed was derived from habitat suitability model, and proved very promising for estimating the probability of animal road kill. Each functional group of species responded differently to landscape elements. Distance and amount of vegetation has been more important to estimate road kill probability of more sensitive mammals, but the amount of sugar cane also contributed to these results. The proposed method is highly replicable and can be easily applied in other regions with other taxa. The second question was addressed in an analytical way, with a conventional hypothesis testing approach. We found that, in general, there was no significant difference between road kill before and after road duplication. However, when considering the functional groups, and even species, some changes were significant for both increasing and reducing road kill. We also found that the proximity of wildlife crossing structures to road kill records did not reduce the frequency of animal-vehicle collision, indicating that such mitigation measures may not have been appropriate to reduce animal road mortality. Finally, in the third chapter we have proposed a new approach to estimate the changes in animal road kill probability before and after duplication of highways. In this chapter we recorded an increase in the probability of road kill after duplication for generalist species with high mobility. The methods proposed here are easy to implement in several actions related to roads, both for seeking their structural improvement and for making them more sustainable for biodiversity. / O crescimento urbano e o aumento populacional levaram a construção de uma gigantesca malha rodoviária ao redor do mundo. Essa malha é responsável por diversos impactos causados sobre a fauna, meio físico e flora, tais como: atropelamentos, isolamento de populações, facilitação no estabelecimento de espécies invasoras, assoreamento de rios, entre outros. Entretanto, embora a ecologia de estradas tenha avançado recentemente, ainda existem muitas lacunas sobre como elas afetam a fauna, da mesma forma que pouco se sabe sobre como os efeitos da mudança na estrutura das rodovias podem modificar o atropelamento de animais. Este estudo tem como objetivo avaliar alguns dos impactos das rodovias sobre espécies de mamíferos de médio e grande porte em paisagens fragmentadas e naturalmente heterogêneas. Utilizando uma abordagem de grupos funcionais baseados na sensibilidade à perturbação e na capacidade de deslocamento, me propus a responder três perguntas, sendo cada uma um capítulo: 1) qual a contribuição de diversos índices de paisagem para prever o atropelamento de fauna; 2) a duplicação das rodovias e a implementação de passagens de fauna alteram a taxa de atropelamentos dos animais; 3) a duplicação das rodovias altera a maneira que os atropelamentos de fauna são correlacionados com as métricas da paisagem. Para responder a primeira e terceira perguntas, desenvolvemos métodos inovadores combinando aos dados de atropelamentos, uma abordagem multi-escala de métricas da paisagem envolvendo quantidade e distância de diversos elementos da paisagem, como vegetação natural, cerrado, água, silvicultura e cana-de-açúcar. O método proposto no primeiro capítulo, derivado do modelo de adequabilidade de habitat, se mostrou bastante promissor para estimar a probabilidade de atropelamentos. Cada grupo funcional de espécies respondeu de forma diferente aos elementos da paisagem. Distância e quantidade de vegetação foram mais importantes para prever o atropelamento de mamíferos mais sensíveis, mas quantidade de cana de açúcar também contribuiu para os resultados. O método proposto apresenta alta replicabilidade e pode ser utilizado facilmente em outras regiões e para outros táxons. A segunda pergunta foi abordada de forma mais analítica, com uma abordagem de teste de hipótese convencional. Verificamos que, de modo geral, não houve diferença significativa entre os atropelamentos antes e depois da duplicação da estrada. Entretanto, ao se considerar os grupos funcionais, e mesmo as espécies, algumas alterações foram significativas tanto para o aumento e redução de atropelamentos, conforme o foco da análise. Ainda neste capítulo verificamos que a proximidade das passagens de fauna aos atropelamentos não reduziu a taxa de atropelamento, indicando que tais medidas de mitigação podem não estar sendo apropriadas para reduzir a mortalidade por atropelamentos. Por fim, no terceiro capítulo propusemos uma nova abordagem para estimar as mudanças dos atropelamentos antes e depois da duplicação das rodovias. Neste capítulo registramos um aumento na probabilidade de atropelamento de espécies depois da duplicação para espécies generalistas e com maior mobilidade. O uso dos métodos propostos neste trabalho são de fácil implementação em diversas ações relacionadas a estradas, tanto visando sua melhoria estrutural quanto para torná-las mais sustentáveis para a biodiversidade.

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-09-12T20:08:21Z No. of bitstreams: 1 TeseSSD.pdf: 4196266 bytes, checksum: 852bdafbbad865e0ccb454503e54e11b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-13T19:55:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseSSD.pdf: 4196266 bytes, checksum: 852bdafbbad865e0ccb454503e54e11b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-13T19:55:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseSSD.pdf: 4196266 bytes, checksum: 852bdafbbad865e0ccb454503e54e11b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-13T19:55:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseSSD.pdf: 4196266 bytes, checksum: 852bdafbbad865e0ccb454503e54e11b (MD5) Previous issue date: 2015-06-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Roadkill and isolation of populations due to the barrier effect can be considered the main direct impacts of roads on wildlife. Mammals by behavioral, size and charisma features are one of the groups of vertebrates that require mitigation for mortality, as they are also among the most seriously injured on roads. An important approach to effectively mitigate roadkill on highways is to locate the points where roadkill are concentrated. The objective of this study was to evaluate the variation in mortality of mammals due to the duplication of the BR 101 highway south. In addition to the K Ripley aggregation analysis, were generated habitat suitability models (MAH) to identify favorable locations roadkill species, using the model functional groups for prediction of highway stretches with more chances to roadkill. It was recorded 21 taxa of mammals get hit, being the most abundant gender Didelphis (n = 721), followed by Cerdocyon thous (n = 108). The abundance of carcasses decreases between before and after the duplication (F 18.04 p = <0.001). Hotspots were not overlapped between the periods analyzed, indicating that some explanatory factor has changed over the work. Observing the variables that contributed most to the models for each functional group, we noted that there were differences in the most influential variables for each functional group in different periods. Of the nine generated models, we note that six variables contributed more than 20% in different models. There were differences between the periods before, during and after the duplication of the variables that contributed most or contribution value in functional groups. These differences may reflect the change in the distribution of roadkill among highway doubling periods. Both approaches demonstrated that there have been changes in the magnitude and distribution of roadkill in the period prior to the period after duplication. So a highway with two paviments differ from a highway with four paviments about how the mammals react in terms of movement and relationship to landscape. / A morte por atropelamentos e o isolamento de populações devido ao efeito de barreira podem ser considerados os principais impactos diretos das rodovias sobre a fauna silvestre. Os mamíferos pelas características comportamentais, tamanho e carisma são um dos grupos de vertebrados que necessitam mitigações para a mortalidade, visto que também estão entre os que mais morrem em rodovias. Uma abordagem importante para mitigar efetivamente os atropelamentos em rodovias é localizar os pontos onde os atropelamentos estão concentrados. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variação da mortalidade de mamíferos em função da duplicação da rodovia BR 101 sul. Além da análise de agregação de K de Ripley, foram gerados modelos de adequabilidade de habitat (MAH) para identificar locais favoráveis a atropelamentos de espécies, usando no modelo grupos funcionais para a predição de trechos da rodovia com mais chances de atropelamento. Registrou-se 21 taxóns de mamíferos atropelados, sendo o mais abundante o gênero Didelphis (n=721), seguido de Cerdocyon thous (n=108). A abundância de carcaças diminui entre o antes e o depois da duplicação (F=18,04; p<0,001). Os hotspots não foram sobrepostos entre os períodos analisados, indicando que algum fator explicativo mudou ao longo da obra. Observando as variáveis que mais contribuíram com os modelos para cada grupo funcional, notamos que houve diferença nas variáveis mais influentes para cada grupo funcional nos diferentes períodos. Dos nove modelos gerados, notamos que seis variáveis contribuíram em mais de 20% em diferentes modelos. Houve diferença entre os períodos de antes, durante e depois da duplicação das variáveis que mais contribuíram ou do valor de contribuição nos grupos funcionais. Estas diferenças podem ser reflexo da mudança na distribuição dos atropelamentos entre os períodos da duplicação da rodovia. As duas abordagens demonstraram que houveram mudanças na magnitude e distribuição dos atropelamentos no período antes em relação ao período após a duplicação. Portanto uma rodovia com dois pavimentos funciona diferente de uma rodovia de quatro pavimentos em relação a como a mastofauna reage em termos de movimentação e relação com paisagem.

Orientador: Clotilzio Moreira dos Santos / Banca: Marcio de Jesus Soares / Banca: Antonio Aparecido de Andrade / Resumo: Os séculos V e IV a.C. constituíram um período extremamente ativo da matemática no mundo grego. Aproximadamente neste período, têm início o estudo dos três problemas clássicos da matemática grega, os quais iremos abordar como tema principal. Esses problemas ficaram conhecidos como duplicação do cubo, trissecção do ângulo e quadratura do círculo. Aparentemente de enunciados simples, são problemas geométricos que envolvem construções utilizando unicamente régua não graduada e compasso. O estudo destes três problemas geométricos desafiaram o poder inventivo de inúmeros matemáticos e intelectuais durante mais de dois mil anos, e somente no século XIX demonstrou-se a impossibilidade dessas construções utilizando-se apenas régua não graduada e compasso. Em suma, a concepção fundamental que este trabalho tem a proporcionar é que a magia da Matemática não se restringe apenas nas respostas dos problemas, antigos ou atuais, mas nas novas descobertas, estratégias e métodos empregados advindos dos caminhos que conduzem às resoluções. O objetivo deste trabalho é apresentar estes três problemas, a impossibilidade da resolução dos mesmos utilizando-se apenas régua não graduada e compasso, resoluções possíveis utilizando-se outros instrumentos e uma aplicação da duplicação do cubo em sala de aula, utilizando origami / Abstract: The fifth and fourth centuries BC were an extremely active period of mathematics in the Greek world. About this period, begin the study of three classical problems of Greek mathematics, which we will address as the main theme. These problems were known as duplicating the cube, trisection of the angle and squaring the circle. Apparently simple statements are geometric problems involving constructions using only not graduate ruler and compass. The study of these three geometric problems challenged the inventive power of numerous mathematicians and intellectuals for over two thousand years, and only in the nineteenth century demonstrated the impossibility of such constructions using only not graduate ruler and compass. In short, the fundamental conception that this work has to provide is the magic of mathematics is not only restricted in the responses of former and current problems, but the new findings, strategies and methods employed arising out of the paths that lead to resolutions. The objective of this paper is to present these three problems, the impossibility of solving them using only not graduated ruler and compass, possible resolutions using other instruments and an application of the doubling cube in the classroom, using origami / Mestre

Este trabalho tem como objetivo observar as estratégias de relativização utilizadas por estudantes brasileiros adultos de espanhol como língua estrangeira e uma eventual influência da língua 1 (L1) nas preferências constatadas nessa produção. Para tanto, fizemos, primeiramente, um estudo comparado entre as estratégias de relativização presentes no português brasileiro (PB) e no espanhol (E). Nesse estudo, observamos a presença e a ausência, junto às relativas do tipo padrão simples (sem preposição) e às relativas do tipo padrão piedpiping (com preposição), das chamadas relativas cortadoras, (TARALLO, 1993), típicas do português brasileiro (PB), e das relativas com pronomes cópia, estruturas conhecidas como de despronominalización de relativos (LOPE BLANCH, 1983) ou como de (re)duplicación de relativos (BRUCART, 1999). As duas últimas estratégias de relativização, ainda que apareçam em ambas as línguas, de acordo com diversos estudos, ocorrem com diferente frequência e aceitação na língua culta dos dois idiomas, e, portanto, têm especial importância em nossa pesquisa. Para observar as consequências que a influência dessas construções relativas poderia ocasionar na produção não nativa de estudantes brasileiros aprendizes de espanhol como língua estrangeira (ELE), analisamos uma amostra de aceitabilidade, outra de produção oral e outra de produção escrita, e verificamos que a influência da L1 ocorre em algumas circunstâncias e que essa influência se deve ao fato de que as relativas cortadoras e as despronominalizadas ou (re)duplicadas fazem parte de um conjunto de características que corroboram a existência de uma inversa assimetria entre o português do Brasil e o espanhol no que se refere à presença e/ou à ausência das formas pronominais átonas ou tônicas para a expressão dos argumentos do verbo, tal como constatou González (1994). / It is aim in this paper to observe the strategies of relativization used by Brazilian adults who study Spanish as a foreign language and a possible influence of the first language in the preferences shown in their production. For this, firstly, we did a compared study between the strategies of relativization in Brazilian Portuguese (PB) and in Spanish (E). In this study, we observe the presence and the absence, in the simple standard relative (without preposition) and the piedpiping standard relative (with preposition), relative clauses known as cortadoras relative or pp-chopping, (TARALLO, 1993), typical of Brazilian Portuguese (PB) relatives, and the relative with redundance inside relative clauses or with resumptive pronouns, structures known as despronominalizadoras (LOPE BLANCH, 1983) or as (re)duplication of relative (BRUCART, 1999). According to several studies, although the two last strategies of relativization are present in both languages, they appear with different frequency and approval in the standard language, and, therefore, have a particular importance in our investigation. To observe the consequences that the influence of these relative structures could have in the non native production of Brazilian students of ELE (Spanish as foreign language), we have analyzed a sample of acceptability, a sample of oral production and a sample of written production, and verify that the influence of the first language happens under some circumstances and that it happens because of the cortadoras relative and the despronominalizadas or (re)duplicate are part of a group of characteristics that reinforce the existence of a reverse asymmetry between Brazilian Portuguese and Spanish regarding the presence and/or the absence of the atonic or tonic pronominales forms for the expression of the verb arguments, as it was found by González (1994).

A infertilidade é um problema de saúde pública com um significativo impacto social, econômico e psicológico. Em todo o mundo, a incidência da infertilidade entre a população geral é estimada em 10-15%. Cerca de 50% da infertilidade dos casais são de origem masculina. Em mais da metade dos homens inférteis, a causa da infertilidade é desconhecida (idiopática). Etiologicamente, a infertilidade masculina apresenta causas genéticas e não genéticas. Dentre as causas genéticas mais conhecidas temos mutação do receptor de andrógenos, mutação do gene regulador da condutibilidade transmembrana da fibrose cística (CFTR), anomalias cromossômicas clássicas, anomalias meióticas, microdeleções do cromossomo Y, etc. As anomalias cromossômicas são encontradas com muito mais frequência em homens inférteis, com uma incidência de 4-16% em relação à incidência de 0,4% na população fértil. Estudos mostram que as CNVs também podem estar relacionadas com a infertilidade masculina, especificamente com a falha na espermatogênese. CNVs encontradas tanto no cromossomo Y quanto nos cromossomos autossômicos também foram associadas a possíveis falhas na espermatogênese. Um outro fator que também pode estar envolvido com a infertilidade masculina é a expressão desregulada dos miRNAs. O presente trabalho teve como objetivo promover a análise em larga escala da distribuição de CNVs e do perfil transcricional dos miRNAs em amostras de biopsias testiculares de paciente com azoospermia. Para o estudo das CNVs nós utilizamos a metodologia do CytoScan HDTM da Affymetrix. O perfil transcricional de miRNAs nos indivíduos estudados foi avaliado por meio da tecnologia de microarranjos também da plataforma Affymetrix. Para estas analises montamos dois grupos de estudo (Parada de Maturação (MA) de Células Germinativas e Síndrome de Células Sertoli Only (SCOS)) e um grupo controle (azoospermia obstrutiva e espermatogênese normal). Através das análises das CNVs nós encontramos 94 CNVs nos cromossomos autossômicos e sexuais, 35 (37%) CNVs foram classificadas como benignas, 24 (23%) como potencialmente benignas, sete CNVs (7,4%) como patogênicas e sete foram classificadas como potencialmente patogênica. Todas as CNVs classificadas como patogênica estão presentes no cromossomo Y, cinco CNVs são do tipo duplicação e duas do tipo deleção. A CNV do tipo duplicação foi encontrada no paciente MA e a CNV do tipo deleção foi encontrada no paciente SCOS. As CNVs se sobrepõem e quando analisadas em conjunto (formando uma única CNV de cada condição) elas apresentam um tamanho parecido. Estas CNVs apresentam genes envolvidos na espermatogênese. As CNVs classificadas como potencialmente patogênicas estavam presentes nos cromossomos autossômicos e cromossomo X. Nestas CNVs estavam presentes genes que foram associados com a falha na espermatogênese. A análise da expressão dos miRNAs revelou um perfil transicional muito mais alterado nos pacientes com SCOS. As duas condições apresentaram miRNAs exclusivos, mas também compartilharam: 30 miRNAs. Nós identificamos duas famílias de miRNAs (miR449 e miR34) diferencialmente expressos nas duas condições e que apresentam expressão preferencial no testículo. Nossos resultados mostram que alterações no número de copias (CNVs) no cromossomo Y levam a infertilidade masculina e CNVs nos cromossomos autossômicos e X podem levar a infertilidade masculina. As alterações do tipo deleção podem levar a uma falha na espermatogênese maior que as alterações do tipo duplicação. A expressão diferencial dos miRNAs em tecido testicular de pacientes com diferenças histopatológicas (SCOS e MA) apresentam um padrão de expressão de miRNAs diferentes devido ao tipo de células germinativas que eles apresentam no tecido epitelial do testículo. / Infertility is a public health problem with significant social, economic and psychological impact. Worldwide, the incidence of infertility in the general population is estimated at 10- 15%. Approximately 50% of infertility of couples is of male origin. In more than half of infertile men, the cause of infertility is unknown (idiopathic). Etiologically, male infertility has genetic and non-genetic causes. Among the best known genetic causes we found the mutation of the androgen receptor, the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR), classic chromosomal abnormalities, meiotic abnormalities and microdeletions of the Y chromosome. Chromosomal abnormalities are found much more frequently in infertile men, with an incidence of 4-16% in the incidence of 0.4% in the fertile population. Studies show that CNVs can also be related to male infertility, specifically in the failure of spermatogenesis. CNVs found in both the Y and autosomes chromosomes were also associated with possible failures in spermatogenesis. Another factor that may also be involved in male infertility is the deregulated expression of miRNAs. This work aimed to promote the analysis of large-scale distribution of CNVs and the transcriptional profile of miRNAs in testicular biopsy samples from patients with azoospermia. For the study of CNV we used the CytoScan HDTM Affymetrix methodology and the transcriptional profile of miRNAs in the samples was assessed by means of microarray technology from Affymetrix platform. For these analyzes we set up two study groups (Stop Maturation (MA) of Germ Cells and Sertoli Cell Only Syndrome (SCOS)) and compared them to a control group (obstructive azoospermia, normal spermatogenesis). Through analysis of CNVs, we found 94 CNVs in sexual and autosomes chromosomes, 35 (37%) were classified as benign CNVs, 24 (23%) as a potentially benign seven CNVs (7.4%) as pathogenic and 7 were classified as potentially pathogenic. All CNVs classified as pathogenic are present on the Y chromosome, five CNVs are of duplication type and two are deletion type. The duplication type CNV was found in MA patients and deletion type CNV was found in SCOS patient. We identified that CNVs overlap and when analyzed jointed - as a single CNV of each condition - they have a similar size. These CNVs have genes involved in spermatogenesis. CNVs classified as potentially pathogenic were present in autosomes and in the X chromosome. In these CNVs were present genes that were associated with failure in spermatogenesis. The analysis of the expression of miRNAs revealed a transitional profile much more altered in patients with SCOS. The two conditions presented exclusive miRNAs, but shared 30 miRNAs differentially expressed when compared to the control group. We identify two families of miRNAs (miR449 and miR34) which exhibit preferential expression in testis as differentially expressed in both conditions. Our results show that changes in the number of copies (CNVs) on the Y chromosome lead to male infertility and CNVs in autosomes and X chromosomes may lead to male infertility. The deletion type changes can lead to a failure of spermatogenesis greater than the duplication type changes. The differential expression of miRNAs in patients with testicular tissue histopathologic differences (SCOS and MA) has a different pattern of miRNA expression due to the type of germ cells they present in epithelial tissue of the testis.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-18T11:32:50Z No. of bitstreams: 1 camilasiqueiraneves.pdf: 1794675 bytes, checksum: f6798de20bc50ab506f3f25f990c23c2 (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: on 2017-08-24T11:25:19Z (GMT) / Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-24T15:09:20Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-30T14:20:42Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:20:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-03-24 / A indução de poliploidia é uma ferramenta muito empregada em programas de melhoramento de plantas, mas geralmente resulta em baixa eficiência e elevada taxa de indivíduos mixoploides ou aneuploides. Poliploides artificiais podem ser obtidos pela utilização de antimitóticos, que interferem na formação do fuso durante a divisão celular. Dentre eles, a colchicina é o mais empregado em estudos de poliploidia. No entanto, os mecanismos responsáveis por sua ação sobre as células ainda não foram totalmente elucidados. Solanum melongena L. (berinjela) apresenta tecidos com elevado potencial de regeneração in vitro, característica interessante para o desenvolvimento de estudos básicos e biotecnológicos. O presente trabalho teve como objetivo utilizar a berinjela como modelo para o estudo do processo de duplicação cromossômica em plantas. Foram empregadas técnicas de citogenética, citometria de fluxo e indução de poliploidia in vitro. O capítulo I destinou-se à caracterização citogenética da cultivar Embu de berinjela, que foi empregada em todos os experimentos. Esta cultivar apresentou 24 cromossomos, com tamanho variando entre 1,77 e 2,63 μm. O caritóripo mostrou-se simétrico e foram observadas duas constrições secundárias. Através do bandeamento com fluorocromos CMA3 e DAPI, foram observadas quatro bandas CMA positivas. A técnica de FISH permitiu a visualização de um par de sinais para a sonda DNAr 5S e dois pares para a sonda DNAr 45S. O capítulo II teve como objetivo avaliar os efeitos da colchicina (0,2% e 0,02%) sobre o ciclo celular de berinjela e a eficiência destas concentrações no processo de indução de poliploidia. De forma pioneira, a hidroxiureia foi utilizada como sincronizador do ciclo celular, com o intuito de aumentar a eficiência da poliploidização. A avaliação do ciclo celular foi conduzida em meristemas radiculares com e sem a sincronização e as análises foram realizadas por microscopia e citometria de fluxo. A indução de poliploides in vitro, por sua vez, foi realizada em sementes e segmentos nodais sincronizados e não sincronizados. Não foram observadas diferenças significativas em relação ao índice mitótico. Maiores percentuais de cmetáfases, metáfases duplicadas e núcleos poliploidizados (2xG2) foram observados em resposta à maior concentração de colchicina (0,2%). Os protocolos de indução de poliploidia testados mostraram-se eficientes, sendo regeneradas plantas poliploides após todos os tratamentos. Dos 480 explantes tratados com colchicina, 342 foram regenerados com sucesso, sendo 45 tetraploides e 90 mixoploides. / Polyploidy induction is an important tool in plant breeding, but usually results in low efficiency and high rates of mixoploid and aneuploid plants. Synthetic polyploids can be obtained by the exposure to antimitotic agents, which interfere with the spindle formation during cell division. Colchicine is the most widely used antimitotic in polyploidy induction studies. However, the underlying mechanisms of its action on cells are not completely clear. Solanum melongena L. (eggplant) has a great in vitro regeneration capacity, an interesting feature to the development of basic and biotechnological studies. This work aimed to use eggplant as a model to study the process of chromosome doubling in plants. Cytogenetic techniques, flow cytometry and in vitro polyploidy induction were performed. Chapter I focused on the cytogenetic characterization of the cultivar Embu of eggplant, which was used in all experiments. This cultivar presented 24 chromosomes with length ranging from 1.77 to 2.63 μm. The karyotype was symmetrical and two secondary constrictions were observed. The CMA3/DAPI banding showed four CMA positive bands. The FISH technique allowed the observation of one pair of sites of 5S rDNA and two pairs of 45S. The objective of chapter II was to evaluate the effects of colchicine (0.2% and 0.02%) on the eggplant cell cycle and the efficiency of these concentrations in the polyploidy induction. Innovatively, hydroxyurea was used as a cell cycle synchronizer, in an attempt to increase the efficiency of polyploidization. The cell cycle evaluation was conducted in root meristems with and without cell synchronization and the analysis were performed by light microscopy and flow cytometry. In vitro induction of polyploidy was performed on synchronized and non-synchronized seeds and nodal segments. No significant differences were detected in the mitotic index. Higher frequencies of c-metaphases, polyploid metaphases and polyploid nuclei (2xG2) were observed after the exposure to the higher treatment with colchicine (0.2%). The polyploidy induction protocols tested were efficient, with the regeneration of polyploid plants after all colchicine treatments. Of the 480 treated explants, 342 were successfully regenerated, being 45 tetraploids and 90 mixoploids.

Uma das tarefas mais básicas em bioinformática é a comparação de seqüências feita por algoritmos de alinhamento, que modelam as alterações evolutivas nas seqüências biológicas através de mutações como inserção, remoção e substituição de símbolos. Este trabalho trata de generalizações nos algoritmos de alinhamento que levam em consideração outras mutações conhecidas como rearranjos, mais especificamente, inversões, duplicações em tandem e duplicações por transposição. Alinhamento com inversões não tem um algoritmo polinomial conhecido e uma simplificação para o problema que considera somente inversões não sobrepostas foi proposta em 1992 por Schöniger e Waterman. Em 2003, dois trabalhos independentes propuseram algoritmos com tempo O(n^4) para alinhar duas seqüências com inversões não sobrepostas. Desenvolvemos dois algoritmos que resolvem este mesmo problema: um com tempo de execução O(n^3 logn) e outro que, sob algumas condições no sistema de pontuação, tem tempo de execução O(n^3), ambos em memória O(n^2). Em 1997, Benson propôs um modelo de alinhamento que reconhecesse as duplicações em tandem além das inserções, remoções e substituições. Ele propôs dois algoritmos exatos para alinhar duas seqüências com duplicações em tandem: um em tempo O(n^5) e memória O(n^2), e outro em tempo O(n^4) e memória O(n^3). Propomos um algoritmo para alinhar duas seqüências com duplicações em tandem em tempo O(n^3) e memória O(n^2). Propomos também um algoritmo para alinhar duas seqüências com transposons (um tipo mais geral que a duplicação em tandem), em tempo O(n^3) e memória O(n^2). / Sequence comparison done by alignment algorithms is one of the most fundamental tasks in bioinformatics. The evolutive mutations considered in these alignments are insertions, deletions and substitutions of nucleotides. This work treats of generalizations introduced in alignment algorithms in such a way that other mutations known as rearrangements are also considered, more specifically, we consider inversions, duplications in tandem and duplications by transpositions. Alignment with inversions does not have a known polynomial algorithm and a simplification to the problem that considers only non-overlapping inversions were proposed by Schöniger and Waterman in 1992. In 2003, two independent works proposed algorithms with O(n^4) time to align two sequences with non-overlapping inversions. We developed two algorithms to solve this problem: one in O(n^3 log n) time and other, considering some conditions in the scoring system, in O(n^3) time, both in O(n^2) memory. In 1997, Benson proposed a model of alignment that recognized tandem duplication, insertion, deletion and substitution. He proposed two exact algorithms to align two sequences with tandem duplication: one in O(n^5) time and O(n^2) memory, and other in O(n^4) time and O(n^3) memory. We propose one algorithm to align two sequences with tandem duplication in O(n^3) time and O(n^2) memory. We also propose one algorithm to align two sequences with transposons (a type of duplication more general than tandem duplication), in O(n^3) time and O(n^2) memory.

Introdução: Polineuropatias são doenças do sistema nervoso periférico com etiologias variadas. Dentre elas são freqüentes as inflamatórias e as hereditárias, com prevalência de 0,67-7,7/100000 e 7,9-82,3/100000 para polineuropatia inflamatória desmielinizante crônica (PIDC) e Doença de Charcot-Marie-Tooth (CMT), respectivamente. Existem poucas evidências de sobreposição entre estas duas doenças e também algumas dificuldades diagnósticas em situações específicas. Objetivos: Estudar a freqüência de mutações (duplicações e deleções) do gene PMP22 em uma coorte de pacientes inicialmente diagnosticados como PIDC ou suspeitos de apresentarem as duas condições, os sinais e sintomas sugestivos da sobreposição e os fatores implicados em erro de classificação da neuropatia. Métodos: 111 pacientes com diagnóstico de PIDC foram estudados. DNA foi isolado a partir de leucócitos de sangue periférico segundo protocolo padrão. Duplicações e deleções do gene PMP22 foram avaliadas através de marcadores polimórficos do DNA localizados dentro do cromossomo 17p11.2-12, o qual contém o gene PMP22. Achados clínicos e laboratoriais também foram estudados e comparados entre os grupos. Resultados: Dentre os 111 pacientes estudados, mutações no PMP22 foram encontradas em 10 (9%), sendo duplicações em 9 pacientes e deleção em 1 paciente. Concomitância entre PIDC e CMT foi verificada em 4 pacientes (3,6%), todos com duplicação do PMP22. Os outros 6 pacientes foram diagnosticados como CMT puro (5) ou Neuropatia Hereditária Susceptível à Compressão (1), visto que não apresentaram melhora com o uso de tratamento imunomodulador e/ou imunossupressor (5 casos) ou foi estabelecido diagnóstico alternativo associado (1). Os outros 101 pacientes não tiveram duplicação nem deleção deste gene e, portanto, tinham PIDC apenas. Idade média dos pacientes com PIDC/CMT foi de 23,8±18,0 anos e 43,6±19,3 anos para pacientes sem mutações (p=0,04). Houve diferença estatísticamente significativa na resposta ao tratamento entre os grupos PIDC/CMT X CMT (p=0,008) e PIDC X CMT (p=0,00). Ausência de história familiar e presença de doenças e hábitos ligados ao desenvolvimento de neuropatias periféricas, como diabetes mellitus e ingesta de bebidas alcoólicas, por exemplo, bem como achados atípicos na eletroneuromiografia e na biópsia de nervo podem ter contribuído para a confusão diagnóstica nos casos de CMT puro. Conclusões: Alguns pacientes podem desenvolver PIDC em associação com CMT e se beneficiam do tratamento. A neuropatia hereditária poderia predispor à neuropatia inflamatória, uma vez que estes pacientes tendem a apresentar essa condição em idades mais precoces. Cautela deve ser dispensada àqueles pacientes com suspeita diagnóstica de PIDC que não têm os achados clássicos ou não melhoram com o tratamento, uma vez que podem apresentar outras etiologias para a neuropatia, dentre elas uma neuropatia hereditária, como a CMT. / Introduction: Polyneuropathies are peripheral nervous system disorders with a wide range of etiologies. Among them, inflammatory and hereditary are frequent with prevalence of 0.67-7.7/100000 and 7.9-82.3/100000, for chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy (CIDP) and Charcot-Marie-Tooth disease (CMT), respectively. There are a few evidence of ovelapping between these two conditions and also some diagnostic difficulties in specific situations. Objectives: To study the frequency of mutations in PMP22 gene (duplications and delections) among a cohort of patients initially diagnosed as CIDP or suspected to have both conditions, the signs and symptoms related to this ovelapping and factors implicated in misdiagnose. Methods: 111 patients with an initially CIDP suspected diagnosis were studied. DNA was isolated from peripheral blood leucocytes following a standard salting-out protocol. Duplications and delections in the PMP22 gene were analysed by polymorphic DNA markers located within the chromosome 17p11.2-12, wich contains the PMP22 gene. Clinical and laboratory findings were also studied and compared within groups. Results: Among 111 patients studied, 10 (9%) were found to harbor mutations in PMP22 gene, specifically duplications in nine and delection in one. We therefore diagnosed CIDP plus CMT in four patients (3.6%), all of them with a duplicated PMP22 gene. The other six patients were diagnosed as pure CMT (5) or Hereditary Neuropathy with liability to Pressure Palsy (1), as they did not improved with the use of immunomodulatory and/or immunosupressive treatment (five cases) or were found to have alternative associated diagnosis (one patient). The other 101 patients did not show duplication nor delection in this gene, so they had CIDP. Mean age of patients with CIDP/CMT were 23.8±18.0 years and 43.6±19.3 years for patients without mutations (p=0.04). There were statistically significant difference in treatmet response between groups CIDP/CMT X CMT (p=0.008) and CIDP X CMT (p=0.00). The lack of family history and presence of other diseases and habits linked to the development of peripheral neuropathies, as diabetes mellitus and alcohol intake, for instance, as well as atypical findings in electrodiagnostic studies and nerve biopsy may have contributed to misdiagnose in the pure CMT cases. Conclusions: Some patients may develop CIDP in association with CMT and have benefit from treatment. The hereditary neuropathy may predispose to the inflammatory neuropathy as these patients tend to show this condition at younger ages. Caution should be dispensed to those patients with a suspected diagnose of CIDP who do not have the classical disease findings or do not improve with treatment, as they can have alternative etiologies for the neuropathy, among them a hereditary neuropathy as CMT disease.

O principal objetivo desta tese é a investigação do foco narrativo nos romances Nenhum olhar e Cemitério de pianos, de José Luís Peixoto, com vistas a defender a hipótese de que o narrador em primeira pessoa promove a assunção de duplos. Ambas as obras trazem personagens que contam a sua história e, no processo da narração, entram em contato consigo mesmas, sob uma perspectiva pautada nas deformações intrínsecas à passagem do tempo. Nesse sentido, a faculdade da memória assume um papel fundamental na relativização do passado. Trata-se, em primeiro lugar, de uma análise do plano da expressão. Concomitante à questão do narrador e seus duplos, observamos que o conteúdo de ambos os romances evoca o tema da busca da salvação. Compreendemos que a concepção de mundo que permeia as referidas obras está pautada na jornada de Cristo na Terra e, em especial, ao drama da Paixão. Concluímos, pois, que, ao desejo do narrador em primeira pessoa de contar a sua história, estão intimamente relacionados o fenômeno do duplo e a negação da morte. Desse modo, por meio da duplicação, as personagens entram em contato com uma realidade supratemporal, fundada no mito. / The main objective of this thesis is the investigation of narrative focus on novels Nenhum olhar and Cemitério de pianos, by José Luís Peixoto, in order to defend the hypothesis that the first-person narrator promotes the assumption of doubles. Both works bring characters to tell their story and in the process of narration, get in touch with themselves, a perspective based on the deformations intrinsic to the passage of time. In this sense, the faculty of memory plays a key role in the relativization of the past. It is, firstly, an analysis of the level of expression. Concomitant with the question of the narrator and his double, we observed that the contents of both novels evoke the theme of the quest for salvation. We understand that the world view that permeates these works is based on the journey of Christ on Earth and in particular the drama of the Passion. Therefore we conclude that the desire of the first-person narrator to tell his story, are closely related to the phenomenon of the double and the denial of death. Thus, by duplicating the characters come into contact with supratemporal reality, founded on myth.

Made available in DSpace on 2016-04-28T19:58:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sandra Maria Fontinha de Lemos.pdf: 666400 bytes, checksum: bb556759d39af6bc2c85747eaa036b1e (MD5) Previous issue date: 2014-04-29 / This academic research clings to the analysis of the novel O Sol Se Põe Em São Paulo, by Bernardo Carvalho as a representative sample of the Brazilian contemporary novel. In this paper we intend to show the features that define the different phases of the genre and the features which are still being used in the contemporary novel. For that we tried to understand the architectural-narrative of the corpus s text, decode what kind of conundrum the novel deals with and what kind of issues have the characters faced. All these issues are previously established as a basis to a hypothesis namely, the echogenic analysis of the text. We studied the process of the text production taking into consideration the wiles used by Bernardo Carvalho and that he took as stratagem to echo reflection, as an art craft amplifier. We acknowledge that these art crafts work as a mirrored system repeating the same function. Another subject analyzed in this paper is the role and the function of the voices, its interaction. We tried to pinpoint the fact that all the wiles used by the author follow the same stratagem, the same objective and that although these wiles had being used before, separately, they represent the idea that contemporary literature speaks of: that is an egotic literature. To sustain the critical-theorical foundation upon which this thesis is structured we chose some authors: Mikhail Bakhtin, Clement Rosset, Otto Rank, Lucien Dallenbach, Tzvetan Todorov, Michel de Certeau, and Merleau Ponty, among others. Along these three chapters we developed a cohesive text in which we could put up with the proposed theories and themes in accordance with the Bernardo Carvalho`s novel we analized. It stood out how the duplication, the mise en abyme and the exotopy reverberate, by the voice and the word, throughout the text drawing a realistic image in this contemporary novel / Esta pesquisa atém-se ao estudo do romance O Sol se põe em São Paulo, de Bernardo Carvalho, como um representante do romance brasileiro contemporâneo. Pretende-se mostrar os traços que marcaram as diferentes etapas do desenvolvimento do gênero e que ainda se mantêm no romance contemporâneo. Para tanto buscou-se entender a arquinarrativa da escritura do corpus analisado e decifrar de que tipo de enigma se trata e que problemática enfrentam suas personagens. Todas estas questões se colocam previamente como fundamento para a hipótese do trabalho que é a análise ecogênica da escritura do texto. A pesquisa do processo de produção da escritura leva em conta os artifícios usados por Bernardo Carvalho, que tomamos como artifício de propagação de eco, como artifícios amplificadores. Artifícios esses que entendemos funcionar como um sistema espelhado repetindo a mesma função. Outro assunto abordado nesta pesquisa é o papel e a posição das vozes, sua interação. Ressaltamos o fato de que os artifícios usados pelo autor seguem todos a mesma diretriz, o mesmo objetivo e que embora já tenham sido usados em separado, anteriormente, eles representam a literatura egótica contemporânea. Para dar suporte conceitual ao núcleo teórico-crítico deste estudo fundamentamo-nos em: Mikhail Bakhtin, Clement Rosset, Otto Rank, Lucien Dallenbach, Tzvetan Todorov, Michel de Certeau e Merleau Ponty, dentre outros. No desenvolvimento dos três capítulos colocamos as teorias e os temas propostos em diálogo com o romance de Bernardo Carvalho que analisamos, e demonstramos como a duplicação, a exotopia e o mise en abyme (artifícios ecogênicos) se propagam pela voz e pela palavra por toda escritura, desenhando uma imagem realista neste romance contemporâneo