Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-06-30T12:09:30Z No. of bitstreams: 1 Clayton Albuquerque de Souza .pdf: 989506 bytes, checksum: 69714a0fd3c1b84ee85d4ef8c32cf324 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-30T12:09:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clayton Albuquerque de Souza .pdf: 989506 bytes, checksum: 69714a0fd3c1b84ee85d4ef8c32cf324 (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Soil microorganisms directly affect fertility and plant yield. Among these, inorganic phosphate solubilizers enhance phosphorus availability, and may increase phosphorus fertilizers efficiency. This work aimed to select inorganic phosphorus solubilizing bacteria as potential plant growth promoters. On the first stage, previously obtained isolates, from leaves and roots of sugarcane cultivated in Pernambuco, were tested in solid culture media with different phosphorus sources. On the second stage, three of the most solubilizing isolates, three of the least solubilizing, one considered as non-solubilizer, and a reference strain of Pseudomonas fluorescens (R-243) were tested in two liquid culture media to evaluate pH change and P solubilization over time. These isolates, and absence of inoculation, were tested in Leonard jars high and low solubility phosphorus sources, using cowpea as an indicator plant. At harvest, 44 days after planting, shoot dry mass, soluble phosphorus content on the substrate and phosphorus content on the shoot, and total shoot phosphorus were evaluated. Media composition, both for solid and liquid media, affected phosphorus solubilization ability of the endophytic bacteria. As isolates considered as low solubilizers in solid media, based on a semi-quantitative evaluation, presented high solubilization potential in liquid media, based on aquantitative determination, this evaluation system may be considered as more reliable for isolate selection. This solubilization was not directly related only to pH lowering, since different strains which lowered the media pH to the same point, had different soluble phosphorus yields. Isolates UAGC 17, 19 and 65 were the strongest solubilizers in culture media, but did not show the same efficiency when inoculated in cowpea. / Os microrganismos do solo influenciam diretamente a fertilidade e a produtividade vegetal. Dentre estes, os solubilizadores de fosfato inorgânico aumentam a disponibilidade do fósforo e podem aumentar a eficiência de fertilizantes fosfatados. Este trabalho visou selecionar bactérias solubilizadoras de fosfato inorgânico como potencial promotoras de crescimento vegetal. Na primeira etapa, isolados previamente obtidos, a partir de folhas e raízes de cana de açúcar cultivada no Estado de Pernambuco, foram testados em meios de cultura sólidos com diferentes fontes de fósforo. Na segunda etapa, três dos isolados mais solubilizadores, três considerados pouco solubilizadores, um isolado não solubilizador, e uma estirpe padrão Pseudomonas fluorescens (R-243) foram testados em dois meios de cultura líquidos para avaliar modificação do pH e solubilização de P ao longo do tempo. Os mesmos isolados, além da ausência de inoculação, foram testados em vasos de Leonard com fontes de fósforo de alta e baixa solubilidade, utilizando feijão caupi como planta indicadora. Na colheita, aos 44 dias após o plantio, foi avaliada a massa seca da parte aérea, o teor de fósforo solúvel no substrato e na parte aérea e o conteúdo de fósforo na parte aérea. A composição do meio, tanto sólido quanto líquido, influenciou na capacidade de solubilização de fosfato pelas bactérias endofíticas. Como isolados considerados pouco solubilizadores em meio sólido,baseado em avaliação semi-quantitativa, apresentaram alto potencial de solubilização no meio líquido, com base em determinação, podemos considerar que o meio líquido apresenta resultados mais confiáveis para a seleção de isolados. Esta solubilização não está diretamente relacionada apenas com a redução do pH, já que diferentes isolados, que baixaram o pH para o mesmo ponto, apresentaram diferentes solubilizações de P. Os isolados UAGC 17, 19 e 65 foram os solubilizadores mais fortes em meio de cultura, porém não demonstraram a mesma eficiência quando inoculados em feijão caupi.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T09:29:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Ivanete F. Souza.pdf: 1234783 bytes, checksum: 7fd3beb35c0496a66d5f3fd370ed127b (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T09:29:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Ivanete F. Souza.pdf: 1234783 bytes, checksum: 7fd3beb35c0496a66d5f3fd370ed127b (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T09:29:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Ivanete F. Souza.pdf: 1234783 bytes, checksum: 7fd3beb35c0496a66d5f3fd370ed127b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-07T09:29:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Ivanete F. Souza.pdf: 1234783 bytes, checksum: 7fd3beb35c0496a66d5f3fd370ed127b (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / The Amazon Biodiversity symbolize Is a great potential to Discovery of new bacterial straight producer of active biomolecules with importance biotechnological as antimycotics that can be producing by endophytic microorganisms whose the object may be the yeast Candida albicans. This yeast is present in the human body as commensally, being able to cause serious infections, especially in individual immune depressed by diseases as cancer, AIDS and diabetes. It is resistant to antifungal available actually. This way, the object this study was find, from the Amazon bacteria, a bacteria able of produce actives molecules against the C. Albicans yeast, with a purpose to make the production of a active extract that make possible to fractionate and purify the active substance. In the search this anti-candida substance after a analysis of bacteria from different habitats as Waters of the Rio Negro and Solimões and strains derived from endophytic bacteria work collection of Applied Genetics Laboratory Health and Biotechnology of UEA, initially had their potential antimicrobial tested against different pathogenic organisms (Mycobacterium smegmatis, Pseudomlmonasae ruginosa and Staphylococcus aureaus) by cross streaking. The potentials microorganisms were selected and identified by morphology and for sequences of the 16S rDNA region. The growth was made in two different culture media to production of crud extract. The verification the anti-candida action was by diffusion tests in Agar and the quantification was through the Minimum Inhibitory Concentration (MIC). The extract produced was pré-purified by chromatography in open column and was applied thin layer chromatography (TLC) to check the fractions obtained. In total six endopthytic bacteria were selected because they had antimicrobial activity against at least one of pathogens tested, but only the bacteria 229 presented active against C. albicans being cultivate to produce of extract and possibility of identified of anti-candida substance. The culture media that showed better production of biomolecules was the ISP2, according to analysis of size of the halos from of the extract produced. The colony growth was identified as B. amyloliquefaciens and morphologically characterized as Gram positive bacilli The pré-purification resulted in two actives fractions as MIC of 0,25 and 0,5 ug.mL-1 . This way, conclude that in Amazon is possible the identify of bacteria with pharmacological activities from which can be produce antimycotic molecules. / A Biodiversidade Amazônica representa um grande potencial para descoberta de novas linhagens bacterianas produtoras de biomoléculas ativas de importância biotecnológica, como os antimicóticos que podem ser produzidos por microrganismos endofíticos cujo o alvo pode ser a levedura Candida albicans. Esta levedura está presente no corpo humano de forma comensal, sendo capaz de ocasionar graves infecções, principalmente em individuos com o sistema imunológico debilitado por doenças como câncer, AIDS e diabetes. Ela apresenta resistência aos antifúngicos disponíveis na atualidade. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi encontrar, a partir de bactérias da Amazônia, uma bactéria capaz de produzir moléculas ativa contra a levedura C. albicans afim de fazer a produção de um extrato ativo que fosse possível fracionar e purificar a substância ativa. Na busca desta substância anti-candida, após a análise de bactérias de diversos habitats como águas dos Rios Negro e Solimões e de cepas oriundas de coleção de trabalho de bactérias endofiticas do Laboratório de Genética Aplicada a Sáude e a Biotecnologia da UEA tiveram inicialmente seu potencial antimicrobiano testado frente a diferentes microrganismos patogênicos (Micobacterium smegmatis, Pseudomonas aeruginosa e Staphylococcus aureus) por estrias cruzadas. Os microrganismos com potencial foram selecionados e identificados por morfológia e pelas sequências da região 16S do rDNA. Fez-se o cultivo em dois meios de cultura diferentes para produção do extrato bruto. A verificação da ação anti-candida foi por testes de difusão em ágar e a quantificação desta através da Concentração Mínima Inibitória (CIM). O extrato produzido foi pré-purificado por cromatografia em coluna aberta e aplicou-se cromatografia em camada delgada (CCD) para acompanhamento das frações obtidas. Ao total seis bactérias endofíticas foram selecionadas por apresentarem atividade antimicrobiana contra ao menos um dos patógenos testados, porém, somente a bactéria 229 apresentou-se ativa contra C. albicans sendo cultivada para produção do extrato e tentativa de identificação da substância anti-candida. O meio de cultura que apresentou melhor produção da biomolécula foi o ISP2, conforme avaliação do tamanho dos halos a partir do extrato produzido. A colônia cultivada foi identificada como Bacillus amyloliquefaciens e caracterizada morfologicamente como bacilos Gram positivo. A pre-purificação resultou em duas frações ativas com CIM de 0,25 e 0,5 ug.mL-1. Conclui-se desta maneira que na Amazônia é possível a identificação de bactérias com atividades farmacológicas a partir das quais pode-se produzir moléculas antimicóticas

Made available in DSpace on 2015-09-25T12:22:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Talyta Thereza Goncalves.pdf: 907908 bytes, checksum: e95af9fbf26b3c640f010f7f04eb4425 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Biological Nitrogen Fixation (BNF) is a process of high energy demand dependent on environmental factors such as oxygen and fixed nitrogen levels, which are detected by proteins that are part of signal transduction systems. The need to monitor the concentrations of fixed nitrogen and external oxygen and provide enough energy to sustain the BNF imposed regulatory principles that differ between diazotrophic organisms and depend on the physiology of the plant host. Although several studies have been conducted on the physiology and BNF of G. diazotrophicus, it has not been possible to make a broad physiological characterization for the plant-microbe association. G. diazotrophicus requires exopolysaccharides to form an endophytic interaction, nitrogen fixing, success with sugar cane and other grasses. In addition, during the initial stages of interaction, G. diazotrophicus is faced with an oxidative burst, caused by the plant, which should be overcome. In this study, levels of exopolysaccharides were positively correlated with survival in hydrogen peroxide (H 2 O 2 ). Damage caused by H were mitigated when the EPS was the co-cultured with cells deficient in EPS production. The purified EPS is able to reduce in vitro the levels of H 2 O 2 2 . This suggests a potential as an additional protective function against H 2 O 2 O 2 exopolysaccharide during the early interaction of bacteria with the plant / A fixação biológica de nitrogênio (FBN) é um processo de alta demanda energética dependente de fatores ambientais, tais como baixas tensões de oxigênio e nitrogênio fixado, que são detectados por proteínas que fazem parte de sistemas de transdução de sinal. A necessidade de responder as concentrações de nitrogênio fixado e oxigênio externo e de prover energia suficiente para sustentar a FBN, impõe diferentes mecanismos regulatórios aos organismos fixadores de nitrogênio que dependem da sua fisiologia e estilo de vida. Apesar de vários estudos já terem sido realizados sobre a fisiologia e FBN da bactéria G. diazotrophicus, ainda não foi possível fazer uma caracterização ampla de aspectos fisiológicos importantes para a associação com plantas. G. diazotrophicus requer exopolissacarídeos a fim de formar uma interação endofítica, fixadora de nitrogênio, de sucesso com cana-de-açúcar e outras poáceas. Além disso, durante os estágios iniciais de interação, G. diazotrophicus se depara com uma explosão oxidativa, provocada pela planta, a qual deve ser superada. Neste estudo, níveis de exopolissacarídeos foram correlacionados positivamente com a sobrevivência em peróxido de hidrogênio (H 2 O 2 ). Danos provocados por H 2 O foram mitigados, quando o EPS foi co-cultivado as com as células deficientes na produção de EPS. O EPS purificado é capaz de diminuir in vitro os níveis de H 2 O 2 2 . Isto sugere uma potencial protetor como função adicional do exopolissacarídeo contra H 2 O 2 durante o inicio da interação da bactéria com a planta.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-14T12:33:28Z No. of bitstreams: 1 Jeane Emili de Medeiros.pdf: 394630 bytes, checksum: 1eb59fc3e8a4ae913b395a21c71fbe51 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T12:33:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jeane Emili de Medeiros.pdf: 394630 bytes, checksum: 1eb59fc3e8a4ae913b395a21c71fbe51 (MD5) Previous issue date: 2007-02-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The objective of this work was to isolate and select bacteria for the control of Meloidogyne incognita and to evaluate the isozymatic activity of melon plants parasitized. Sixty-one rhizobacterium isolates obtained from rhizosphere soil and 56 endophytic obtained from the Culture Collection of Plant Bacteriology Laboratory - Federal Rural University of Pernambuco were tested. Melon seedlings yellow type 10 days old had their soil infested with 1000 eggs of Meloidogyne incognita race 2. Two days before soil infestation 20 mL of bacterial suspension (0,7 OD) were deposited in each pot. After 60 days fresh biomass of shoot and root , gall index, egg mass index and nematode reproduction factor were determined. Among 117 isolates the endophytic ENM7, ENM10 and ENM51 were selected because they significantly reduced egg mass index and/or gall index. However when tested again, separately or in mixtures, these isolates did not maintain their efficiency and besides they did not affect egg hatching in vitro. In order to study the activity of the isozymes α and β-esterase, peroxidase, acid phosphatase and malate dehydrogenase, plants of melon with 10 days old, had their soil infested with 500 nematode eggs per plant, and maintained in greenhouse. At 2, 4, 6, 8, 16, 24 e 32 days after soil infestation the third leaf of each plant was collected and processed for electrophoresis of isozymes in polyacrilamide gel. Only β-esterase and malate dehydrogenase showed polymorphism between bands expressed by plants parasitized by nematodes when compared to the control plants. The nematode inhibited the expression of some β-esterase genes and activated the expression of other malate dehydrogenase genes. / O objetivo dessa pesquisa foi isolar e selecionar bactérias para o controle da meloidoginose e avaliar a atividade isoenzimática de plantas de meloeiro parasitadas por Meloidogyne incognita raça 2. A partir de solo rizosférico de meloeiro foram obtidos 61 isolados de rizobactérias que juntamente com 56 isolados endofíticos pertencentes à Coleção de Culturas do Laboratório de Fitobacteriologia da UFRPE foram testados. Plântulas de meloeiro Amarelo com 10 dias tiveram o solo infestado com 1000 ovos de M. incognita raça 2. Dois dias antes da infestação do solo foram depositados 20 mL da suspensão bacteriana (0,7 A) por vaso. Decorridos 60 dias, foram determinadas as biomassas frescas da parte aérea e das raízes, os índices de galhas e de massa de ovos e o fator de reprodução do nematóide. Dos 117 isolados testados, foram selecionados inicialmente os endofíticos ENM7, ENM10 e ENM51 que reduziram significativamente o índice de massa de ovos e/ou o índice de galhas. Contudo, quando testados novamente, separadamente ou em misturas, esses isolados não mantiveram a eficiência na redução dessas variáveis e in vitro também não afetaram a eclosão dos juvenis. Para o estudo da atividade das isoenzimas α e β-esterase, peroxidase, fosfatase ácida e malato desidrogenase, plantas de meloeiro com dez dias de idade, tiveram o solo infestado com 500 ovos do nematóide por planta, sendo mantidas em casa de vegetação. Aos 2, 4, 6, 8, 16, 24 e 32 dias após a infestação do solo a terceira folha das plantas foi coletada e submetida à eletroforese de isoenzimas em gel de poliacrilamida. Apenas a β-esterase e a malato desidrogenase mostraram polimorfismo entre as bandas expressas pelas amostras das plantas parasitadas por nematóides, quando comparadas às plantas testemunhas. A presença do nematóide inibiu a expressão de alguns genes β-esterase e ativou a expressão de outros da malato desidrogenase.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMMC.pdf: 1659751 bytes, checksum: dd8f48eed3b28e6adc0fdaf4cb6b40fe (MD5) Previous issue date: 2005-01-31 / Due to the ever-increasing amounts of nitrogenous and phosphates fertilizers which are used for crop production, the great energy need for the production of these, and to the environmental impact provoked by the lixiviate, it is becoming very important to try to extend biological nitrogen fixation to nonlegume, as well as the use of the solubilization of inorganic phosphate of reservations of the soil for the bacterias turning it available the plants in general. It is also important the understanding of the interaction bacteria-plant in the production of the auxin IAA and your use in the increase of the crop production, besides the knowledge of the diversity of endophytic bacterias for a possible use of the same in several ways, due to your adaptation to the internal conditions of the plants. This way, this work had as objectives to study the diversity of bacterias endofíticas in the culture of the corn (Zea mays) and to select endophytic with potential for the growth promotion and your activity in the plant. This work had as objectives study the diversity of endophytic bacterias in the culture of maize (Zea mays) and to select of their plant-growth promoting potential and activity in the plant. The diversity was evaluated in plants collected at four places of the State of São Paulo and the identification was performed by the fatty acids method extraction (FAME). A great number of bacterias was isolated where the difference can be observed in the diversity in relation to the places. The largest diversity of species was observed at the place of Lins. The group Proteobacteria prevailed in the endophytic bacterial communities being the γ- subdivision and in the Enterobacteriaceae Famíly the most frequent and with larger diversity. The most frequent genus were Stenotrophomonas and Bacillus. The populations endophytic maize present characteristics related to the plant growth promotion as, production of IAA, nitrogen fixation, and to solubilize phosphate. The different cultivation conditions and genotypes, as well as of developmental stage they might have influenced the observed physiologic diversity. Endophytic bacterias belonging to the species Klebsiella pneumoniae, Microbacterium saperdae, Stenotrophomonas maltophilia, Enterobacter cloacae, Bacillus megaterium and Pseudomonas mucidolens promoted the increase of root weight and of the aerial part of maize plants, presenting to application potential. / Devido ao emprego sempre crescente da quantidade de fertilizantes nitrogenados e fosfatados necessários à produção agrícola, a alta exigência energética para a produção dos fertilizantes, e ao impacto ambiental provocado pela lixiviação destes produtos, torna-se muito importante estender o processo de fixação biológica de nitrogênio a plantas não leguminosas, bem como a utilização de fosfato inorgânico de reservas do solo, disponível através da solubilização pelas bactérias, para as plantas de forma geral. Além disso, é importante o entendimento da interação bactéria-planta na produção da auxina AIA, bem como o conhecimento da diversidade das bactérias endofíticas para sua utilização no aumento da produção agrícola, pois vários fatores interagem nesta interação. Assim, este trabalho teve como objetivos estudar a diversidade de bactérias endofíticas na cultura do milho (Zea mays), selecionar linhagens com potencial para a promoção de crescimento e testar a atividade na planta. A diversidade foi avaliada em plantas coletadas em quatro localidades do Estado de São Paulo e a identificação das bactérias foi realizada pelo método de extração dos ácidos graxos (FAME). Foi isolado um grande número de bactérias e observou-se uma diferença na diversidade em relação às diferentes localidades. O grupo Proteobacteria prevaleceu nas comunidades bacterianas endofíticas sendo a subdivisão gama (γ) e a Família Enterobacteriaceae as mais freqüentes e com maior diversidade. Os gêneros mais freqüentes foram Stenotrophomonas e Bacillus. As populações endofíticas de milho isoladas das quatro localidades amostradas, apresentam características relacionadas à promoção de crescimento vegetal como, produção de AIA, capacidade de fixação de nitrogênio e de solubilização de fosfato. As diferentes condições de cultivo, os genótipos, bem como de estádios fenológicos podem ter influenciado a diversidade e diversidade fisiológica observada. As bactérias endofíticas pertencentes às espécies Klebsiella pneumoniae, Microbacterium saperdae, Stenotrophomonas maltophilia, Enterobacter cloacae, Bacillus megaterium e Pseudomonas mucidolens promoveram o aumento de peso de raiz e da parte aérea de plantas de milho, apresentando potencial para utilização.

Submitted by MÉRCIA DE FREITAS FERREIRA null (merciafferreira@gmail.com) on 2017-08-11T15:41:36Z No. of bitstreams: 1 MERCIA F. FERREIRA-TESE-FINAL 09-08-2017.pdf: 1313791 bytes, checksum: ea1c35f1effa7ab50c033e9eb8c56fc7 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-08-16T13:35:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ferreira_mf_dr_bot.pdf: 1313791 bytes, checksum: ea1c35f1effa7ab50c033e9eb8c56fc7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-16T13:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ferreira_mf_dr_bot.pdf: 1313791 bytes, checksum: ea1c35f1effa7ab50c033e9eb8c56fc7 (MD5) Previous issue date: 2017-06-09 / Os microrganismos endofíticos ocorrem naturalmente em todas as partes do cafeeiro e produzem metabólitos secundários que podem influenciar as características da expressão da bebida, bem como a resistência da planta às doenças e pragas. O aumento da concentração atmosférica de CO2 vem sendo observado nas últimas décadas e pode afetar positiva, negativamente ou ser neutro na planta de café, e também influenciar na comunidade de microrganismos endofíticos. A melhor forma de se realizar os estudos com o aumento da concentração de CO2 é por meio de experimento tipo FACE (Free Air Carbon Dioxide Enrichement), o qual possibilita obter uma resposta sem alterar o microclima em áreas extensas de amostragens. Diante disso, o presente trabalho teve por objetivo estudar a comunidade bacteriana endofítica em folhas, frutos e ramos de cafeeiro da variedade Catuaí Vermelho IAC 144, cultivados no experimento ClimapestFACE da Embrapa Meio Ambiente, bem como identificar as bactérias endofíticas presentes em frutos e ramos de café por meio de sequenciamento em larga escala. O experimento FACE é composto por 12 anéis, dos quais seis com a concentração atual de CO2 que é de aproximadamente 400 ppm e os outros seis enriquecidos com CO2 até uma concentração de 550 ppm. Em cada anel, foram coletados folhas, ramos e frutos nas safras de 2013 a 2015. Com os tecidos amostrados foi realizada análises por meio da técnica de T-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), onde na amplificação do gene 16S rDNA de todas as amostras foram utilizados primers específicos para bactérias universais. Para a identificação da comunidade endofítica foi utilizado 16S rDNA de oito amostras de frutos e de três fragmentos de ramos, provenientes de quatro anéis com CO2 ambiente e quatro anéis enriquecido com CO2 de uma mesma planta, dos dois anos de coleta, totalizando 16 amostras selecionadas para o sequenciamento realizado pela técnica Ion Torrent. Os dados da técnica de T-RFLP foram analisados pelo teste ANOSIM e observadas diferenças quando comparados os agrupamentos entre folhas, frutos e ramos, contudo não foram observadas diferenças entre os tratamentos com CO2 ambiente e com enriquecimento de CO2. A Análise de Componentes Principais veio a confirmar o resultado do teste ANOSIM revelando que a estrutura das comunidades bacterianas endofíticas apresentam maior dissimilaridade quando comparadas as partes das plantas (folha, fruto e ramo). Mas ao comparar os tratamentos com CO2 ambiente e com enriquecimento de CO2, houve uma similaridade e em alguns casos havendo sobreposição, o que mostra que não houve distinção das comunidades entre os tratamentos. O sequenciamento em larga escala de amostras de frutos e ramos de cafeeiro revelou que a microbiota endofítica, que habita estes tecidos vegetais, são na sua grande maioria bactérias pertencentes aos filos Proteobactéria, Actinobactéria e Firmicutes. Quando se comparou os tecidos em que estes microrganismos vivem (frutos e ramos), a maior abundância foi encontrada colonizando os tecidos dos ramos. As plantas desenvolvidas na concentração de CO2 ambiente apresentaram maior predominância de bactérias endofíticas que as cultivadas em ambiente enriquecido com CO2. / Endophytic microorganisms occur naturally in coffee plant and produce secondary metabolites that can influence the beverage characteristics, as well as the resistance of plant diseases and pests. The increase in the atmospheric CO2 concentration has been observed in the last decades and can affect positively, negatively or be neutral to coffee plant, and also influence the endophytic microorganisms. The best way to carry out the studies with the increase of CO2 concentration is in FACE experiment (Free Air Carbon Dioxide Enrichement). The objective of this study was to study the endophytic bacterial community in leaves, fruits and branches of coffee grown in the ClimapestFACE experiment at Embrapa Environment, as well as to identify the endophytic bacteria in fruits and branches of through large-scale sequencing. The FACE experiment consists of 12 rings, of which six maintains the ambient CO2 concentration (400 pm) and other six enriched with CO2 at 550 ppm. In each ring were collected leaves, branches and fruit between 2013 and 2015. Samples were analyzed using T-RFLP technique, where specific universal bacteria primers were used in the amplification of 16S rDNA gene. For identification of endophytic community sequencing was performed through Ion Torrent technique. The data of T-RFLP technique were analyzed by ANOSIM test and differences were observed when comparing the groupings between leaves, fruits and branches, however no differences were observed between treatments with or without CO2 enrichment. The Principal Component Analysis confirmed the ANOSIM test and revealed that the structure of endophytic bacterial communities presents greater dissimilarity when comparing leaf, fruit and branch. However, in the comparison between treatments with and without CO2 enrichment there was a similarity and in some cases overlap, which shows that there was no distinction between communities. The largescale sequencing of coffee fruit and branches revealed that endophytic microbiota, which inhabits these plant tissues, are Proteobacteria, Actinobacteria and Firmicutes. When comparing the community of microorganisms in the tissues, the branches present greater abundance than the fruits. Plants developed in the ambient CO2 concentration had a greater predominance of endophytic bacteria than those grown in an environment enriched with CO2.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2017-08-11T12:43:45Z No. of bitstreams: 1 PDF - Renata Priscila Almeida Silva.pdf: 34966612 bytes, checksum: bbc3151529e82fd3c60b18bc579ff4e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2017-08-29T15:45:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Renata Priscila Almeida Silva.pdf: 34966612 bytes, checksum: bbc3151529e82fd3c60b18bc579ff4e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T15:45:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Renata Priscila Almeida Silva.pdf: 34966612 bytes, checksum: bbc3151529e82fd3c60b18bc579ff4e3 (MD5) Previous issue date: 2016-03-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Drought is an of the main constraints to food production worldwide, as well as in the cultivation of red rice, which in Brazil is currently restricted to small areas of the northeastern semiarid. The water stress affects virtually all aspects of plants growth and development, with consequent reduced productivity. In this sense, the use of cultivars resistant to water stress is required, and the plant-microbe interaction, beneficial to plant growth and promote increased tolerance to biotic and abiotic stresses. According to the above, this study aimed to evaluate the agro nomic and ecophysiological aspects of red rice plants inoculated with Gluconacetobacter diazotrophicus under water stress in vegetative stage of development. The experiment was conducted under controlled conditions, with a completely randomized design in a factorial 2x4, with two conditions of inoculation, four water restriction levels (100, 70, 50 and 30% of field capacity), a rice genotype red (405 Embrapa Meio Norte), totaling eight treatments with four replications each. Each experimental plot consisted of a drainage lysimeter, which were planted 70 seeds, which after thinning was a total of 60 plants per plot. Water stress was imposed in the vegetative stage of development between stages V3 and V5, in a period of 15 days. The evaluations were performed after 15 days of water stress, growth variables were evaluated (leaf area, biomass), ecophysiological (gas exchange and chlorophyll a fluorescence) and productive (1000-grain weight and total mass of production). It was found that there was interaction between plants and G. diazotrophicus with positive responses, where possibly the endophytic bacteria used their growth promoting mechanisms and induction of tolerance to drought, as shown by increases in biomass and shoot as well as higher rates of photosynthesis and photochemical efficiency and increases in total productivity of plants inoculated with the bacteria. The results indicate that the inoculation was beneficial plants, and that the plant inoculation with G. diazotrophicus suppressed various water stress deleterious effects. / A seca é uma das principais limitações para a produção de alimentos no mundo inteiro, assim como, no cultivo do arroz vermelho, que no Brasil, atualmente está restrito à pequenas áreas do semiárido nordestino. O déficit hídrico afeta praticamente todos os aspectos do crescimento e desenvolvimento das plantas, com consequente redução da produtividade. Neste sentido, se faz necessário o uso de cultivares resistentes ao déficit hídrico, bem como, a interação planta-microrganismos, benéficas para o crescimento das plantas e por promover aumento da tolerância à estresses bióticos e abióticos. De acordo com o exposto, este estudo teve como objetivo, avaliar os aspectos agronômicos e ecofisiológicos em plantas de arroz vermelho inoculadas com Gluconacetobacter diazotrophicus sob deficiência hídrica na fase vegetativa de desenvolvimento. O experimento foi conduzido em condições controladas, com um delineamento experimental inteiramente casualizado, em um fatorial 2x4, sendo duas condições de inoculação (I1= sementes não inoculadas e I2= sementes inoculadas), quatro níveis de restrição hídrica (100, 70, 50 e 30% da capacidade de campo), um genótipo de arroz vermelho (405 Embrapa Meio Norte), totalizando oito tratamentos com quatro repetições cada. Cada parcela constou de um lisímetro de drenagem, no qual foram semeadas 70 sementes, que após desbastes ficou um total de 60 plantas por parcela. O estresse hídrico foi imposto na fase vegetativa do desenvolvimento entre os estádios V3 e V5, em um período de 15 dias. As avaliações foram realizadas ao 15º dia do estresse, foram avaliadas variáveis de crescimento (área foliar, fitomassa), ecofisiológicos (trocas gasosas e fluorescência da clorofila a), e produtivas (massa seca de 1000 grãos e massa da produção total). Foi possível constatar que plantas e G. diazotrophicus houve interação entre as com respostas positivas, onde possivelmente a bactéria endofítica utilizou de seus mecanismos de promoção do crescimento bem como de indução à tolerância ao déficit hídrico, como pode ser observado por meio de incrementos da fitomassa e parte aérea, bem como maiores taxas de fotossíntese e eficiência fotoquímica e incrementos na produtividade total de plantas inoculadas com a bactéria. Os resultados indicam que a inoculação foi benéfica para as plantas, e que a inoculação das plantas com G. diazotrophicus suprimiu vários efeitos deletérios do estresse hídrico.

Eucalyptus benthamii tem se mostrado especialmente vantajoso como alternativa ao cultivo em regiões frias, justificando esforços para o estabelecimento de protocolos para sua micropropagação. Porém, as matrizes são preferencialmente selecionadas quando adultas (material apresenta menor competência morfogênica), tornando a micropropagação dependente de maior número de subcultivos e maior tempo para se reverter o material ao rejuvenescimento. Assim, a redução das perdas in vitro tem merecido atenção, como por exemplo, as manifestações endofíticas, que exigem maximização da eficiência da cultura e adequações no protocolo, visando minimizá-las, possibilitando melhorar o entendimento das relações estabelecidas e mantidas entre os endófitos e seu hospedeiro durante a micropropagação. Dessa maneira, foram utilizadas minicepas provenientes de duas fontes de miniestacas coletadas a partir do brotamento de gemas epicórmicas de megaestacas da base da copa e de brotamentos do anelamento da base do tronco, de uma matriz de E. benthamii com 13 anos de idade, estabelecidas em minijardim clonal sob condição de casa de vegetação, com o objetivo de avaliar como se dá a multiplicação, sob diferentes condições de cultivo, das duas fontes de explantes (minicepas); analisar se a frequência e intensidade das manifestações endofíticas são afetadas pelas diferentes condições de cultivo; investigar a ocorrência de alterações na comunidade bacteriana endofítica devido à alteração das condições de cultivo e fase da micropropagação (in vivo = minicepas, e in vitro = microcepas, material alongado e enraizado). Visando atender estes objetivos, a pesquisa se dividiu em duas partes. Na primeira (capitulo 3) o desenvolvimento, os aspectos morfofisiológicos, histoquímicos e a manifestação endofítica foram avaliados na multiplicação das duas fontes de explante sob diferentes meios e condições de cultivo. Na segunda (capítulo 4) as comunidades bacterianas endofíticas foram analisadas por meio de PCR-DGGE, baseada na região V6 do gene 16S DNAr. Os resultados mostraram que as microcepas provenientes de megaestaca tiveram melhor desenvolvimento independentemente do tratamento e maior frequência de manifestações endofíticas, comparando-se com as de anelamento. As comunidades bacterinas endofíticas foram distintas entre as amostras in vivo e in vitro, e se alteraram ao longo dos subcultivos e nas amostras alongadas e enraizadas. As diferenças existentes no desenvolvimento das microcepas podem ser inerentes à totipotencialidade do material, mas também podem ser afetadas, tanto pela ocorrência de manifestação, quanto pela comunidade bacteriana endofítica mais ou menos sensível ao processo de micropropagação, auxiliando ou prejudicando o desenvolvimento in vitro de seus hospedeiros. Cabe destacar, ainda, que mesmo em um sistema asséptico e ambientalmente controlado, os microrganismos endofíticos que resistiram a todo processo de desinfestação e cultivo, não estão \"adormecidos\", muito pelo contrário podem se alterar em quantidade à medida que seu hospedeiro é submetido a um novo sistema de cultivo (introdução) ou uma nova fase dentro da micropropagação (multiplicação → alongamento e enraizamnento) ou, ainda, ao longo dos subcultivos. Sendo assim, a complexa rede de relações das plantas com seus endófitos não cessa durante o cultivo in vitro, ao contrário mantém-se dinâmica. / Eucalyptus benthamii has proven to be especially advantageous as an alternative culture in cold regions, justifying efforts to establish protocols for micropropagation. However, the matrices are preferably selected when adults (material with lower morphogenic efficiency), making micropropagation more dependent of subcultures and too longer to reverse the material to rejuvenation. Thus, reduction of losses in vitro has deserved attention, such for example the endophytic manifestations that require the maximization of efficiency culture and adjustments to the Protocol, in order to minimize them, enabling better understanding of the relations established and maintained between endophytes and its host along micropropagation. For this, mini-stumps were used from two sources of mini-cuttings collected from the epicormic shoots of mega-cuttings from the treetop base and shoots from girdling from the trunk base, both of one E. benthamii matrix with 13 years of age established in clonal mini garden under greenhouse condition, aimed to evaluate how is the multiplication of two sources of explants (mini-stumps) under different growing conditions; analyze how the endophytic manifestations frequency and intensity are affected by different conditions; investigate the changes to occurrence in the endophytic bacterial community due to the variation of culture conditions and micropropagation phase (in vivo = mini-stumps, and in vitro = micro-stumps, elongated and rooted materials). In order to meet these objectives, the research was divided in two parts. In the first (chapter 3) the development, morphophysiological aspects, histochemical and endophytic manifestation were evaluated in the multiplication of the two explants sources from different media and culture conditions. In the second (chapter 4) endophytic bacterial communities were analyzed by PCR-DGGE based on the V6 region of 16S rDNA gene. The results showed that micro-stumps from mega-cuttings had better development regardless of treatment and increased frequency of endophytic events, comparing with the girdling. Endophytic bacterial communities were different between samples in vivo and in vitro, and have changed over the subcultures and the elongated and rooted samples. The differences in the development of micro-stumps can be explained by the totipotentiality inherent to the material, but may also be affected by both the manifestation occurrence and the endophytic bacterial community more or less sensitive to the micropropagation, helping or harming the in vitro development of their hosts. We also highlight that even in an aseptic and environmentally controlled system, the endophytic microorganisms that resisted the whole process of disinfection and cultivation, are not \"asleep\", quite the opposite may change in quantity when your host is subjected to a new cultivation system (in vitro establishment) and a new phase within the micropropagation (multiplication → stretching and enraizamnento), or even along the subcultures. This way, the complex network of relationships of the plant with their endophyte does not cease during the in vitro culture, unlike remains dynamic.

Eucalyptus benthamii tem se mostrado especialmente vantajoso como alternativa ao cultivo em regiões frias, justificando esforços para o estabelecimento de protocolos para sua micropropagação. Porém, as matrizes são preferencialmente selecionadas quando adultas (material apresenta menor competência morfogênica), tornando a micropropagação dependente de maior número de subcultivos e maior tempo para se reverter o material ao rejuvenescimento. Assim, a redução das perdas in vitro tem merecido atenção, como por exemplo, as manifestações endofíticas, que exigem maximização da eficiência da cultura e adequações no protocolo, visando minimizá-las, possibilitando melhorar o entendimento das relações estabelecidas e mantidas entre os endófitos e seu hospedeiro durante a micropropagação. Dessa maneira, foram utilizadas minicepas provenientes de duas fontes de miniestacas coletadas a partir do brotamento de gemas epicórmicas de megaestacas da base da copa e de brotamentos do anelamento da base do tronco, de uma matriz de E. benthamii com 13 anos de idade, estabelecidas em minijardim clonal sob condição de casa de vegetação, com o objetivo de avaliar como se dá a multiplicação, sob diferentes condições de cultivo, das duas fontes de explantes (minicepas); analisar se a frequência e intensidade das manifestações endofíticas são afetadas pelas diferentes condições de cultivo; investigar a ocorrência de alterações na comunidade bacteriana endofítica devido à alteração das condições de cultivo e fase da micropropagação (in vivo = minicepas, e in vitro = microcepas, material alongado e enraizado). Visando atender estes objetivos, a pesquisa se dividiu em duas partes. Na primeira (capitulo 3) o desenvolvimento, os aspectos morfofisiológicos, histoquímicos e a manifestação endofítica foram avaliados na multiplicação das duas fontes de explante sob diferentes meios e condições de cultivo. Na segunda (capítulo 4) as comunidades bacterianas endofíticas foram analisadas por meio de PCR-DGGE, baseada na região V6 do gene 16S DNAr. Os resultados mostraram que as microcepas provenientes de megaestaca tiveram melhor desenvolvimento independentemente do tratamento e maior frequência de manifestações endofíticas, comparando-se com as de anelamento. As comunidades bacterinas endofíticas foram distintas entre as amostras in vivo e in vitro, e se alteraram ao longo dos subcultivos e nas amostras alongadas e enraizadas. As diferenças existentes no desenvolvimento das microcepas podem ser inerentes à totipotencialidade do material, mas também podem ser afetadas, tanto pela ocorrência de manifestação, quanto pela comunidade bacteriana endofítica mais ou menos sensível ao processo de micropropagação, auxiliando ou prejudicando o desenvolvimento in vitro de seus hospedeiros. Cabe destacar, ainda, que mesmo em um sistema asséptico e ambientalmente controlado, os microrganismos endofíticos que resistiram a todo processo de desinfestação e cultivo, não estão \"adormecidos\", muito pelo contrário podem se alterar em quantidade à medida que seu hospedeiro é submetido a um novo sistema de cultivo (introdução) ou uma nova fase dentro da micropropagação (multiplicação → alongamento e enraizamnento) ou, ainda, ao longo dos subcultivos. Sendo assim, a complexa rede de relações das plantas com seus endófitos não cessa durante o cultivo in vitro, ao contrário mantém-se dinâmica. / Eucalyptus benthamii has proven to be especially advantageous as an alternative culture in cold regions, justifying efforts to establish protocols for micropropagation. However, the matrices are preferably selected when adults (material with lower morphogenic efficiency), making micropropagation more dependent of subcultures and too longer to reverse the material to rejuvenation. Thus, reduction of losses in vitro has deserved attention, such for example the endophytic manifestations that require the maximization of efficiency culture and adjustments to the Protocol, in order to minimize them, enabling better understanding of the relations established and maintained between endophytes and its host along micropropagation. For this, mini-stumps were used from two sources of mini-cuttings collected from the epicormic shoots of mega-cuttings from the treetop base and shoots from girdling from the trunk base, both of one E. benthamii matrix with 13 years of age established in clonal mini garden under greenhouse condition, aimed to evaluate how is the multiplication of two sources of explants (mini-stumps) under different growing conditions; analyze how the endophytic manifestations frequency and intensity are affected by different conditions; investigate the changes to occurrence in the endophytic bacterial community due to the variation of culture conditions and micropropagation phase (in vivo = mini-stumps, and in vitro = micro-stumps, elongated and rooted materials). In order to meet these objectives, the research was divided in two parts. In the first (chapter 3) the development, morphophysiological aspects, histochemical and endophytic manifestation were evaluated in the multiplication of the two explants sources from different media and culture conditions. In the second (chapter 4) endophytic bacterial communities were analyzed by PCR-DGGE based on the V6 region of 16S rDNA gene. The results showed that micro-stumps from mega-cuttings had better development regardless of treatment and increased frequency of endophytic events, comparing with the girdling. Endophytic bacterial communities were different between samples in vivo and in vitro, and have changed over the subcultures and the elongated and rooted samples. The differences in the development of micro-stumps can be explained by the totipotentiality inherent to the material, but may also be affected by both the manifestation occurrence and the endophytic bacterial community more or less sensitive to the micropropagation, helping or harming the in vitro development of their hosts. We also highlight that even in an aseptic and environmentally controlled system, the endophytic microorganisms that resisted the whole process of disinfection and cultivation, are not \"asleep\", quite the opposite may change in quantity when your host is subjected to a new cultivation system (in vitro establishment) and a new phase within the micropropagation (multiplication → stretching and enraizamnento), or even along the subcultures. This way, the complex network of relationships of the plant with their endophyte does not cease during the in vitro culture, unlike remains dynamic.

Bactérias endofíticas são aquelas que habitam o interior de tecidos vegetais, sem causar dano aparente aos mesmos, além de desempenhar funções importantes no processo de adaptação das plantas. Especial interesse tem sido dado a tais bactérias devido ao seu potencial no controle biológico. Por isso, é muito importante estudar a diversidade genética de endófitos, além de avaliar o impacto da introdução de endófitos geneticamente modificados no ambiente. Estudos vêm sendo feitos nesse sentido, mas não com bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivos estudar a diversidade genética de bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae isoladas de plantas de cacau, cana-de-açúcar, citros, eucalipto e soja, utilizando diferentes técnicas moleculares. Análises por ARDRA e seqüenciamento do rDNA 16S identificaram 20 haplótipos e revelaram que os isolados pertenceram aos gêneros Enterobacter, Erwinia e Pantoea, sendo este último o mais freqüente. Tais estudos revelaram ainda que a diversidade dos isolados variou de acordo com a planta hospedeira. A técnica de BOX-PCR foi também utilizada para avaliar a diversidade dos isolados. Um total de 23 diferentes OTUs (operational taxonimic units) obtidas indicaram que o total de isolados avaliados compreenderam pelo menos 23 espécies diferentes. Dois isolados foram transformados com pPAgfp, um plasmídio contendo os genes de resistência ao antibiótico ampicilina e o gene gfp, que codifica a proteína verde fluorescente. Tais isolados foram inoculados em plântulas de Catharantus roseus (vinca) e foi feito reisolamento de bactérias endofíticas em dois períodos diferentes após a inoculação. O impacto desta inoculação na diversidade da comunidade microbiana natural de vinca foi avaliado utilizando-se a técnica de ARDRA, a qual mostrou que os endófitos expressando gfp colonizaram as raízes e caules das plantas inoculadas, sem causar qualquer sintoma de doença. Além disso, os colonizadores endofíticos não levaram à diminuição da diversidade da população microbiana natural de vinca. Os resultados obtidos poderão contribuir para a compreensão sobre a interação entre Enterobacteriaceae endofítica e planta hospedeira, além de ajudar a responder questões sobre o papel ecológico dos endofíticos e seu potencial biotecnológico. / Endophytic bacteria have been defined as those that reside within living plant tissues, or extracted from inner plant parts without causing apparent damage to them. They also are able to play an important role in the process of plant adaptation. There is an increasing interest to endophytic bacteria and its potential in the biological control and many studies has been done in order to evaluate the diversity and the impact of endophytes and genetically modified endophytes (GME) released into environment. In this way, information about the diversity of endophytic bacteria has been obtained, except for bacteria exclusively from Enterobacteriaceae family belonged to different host plants. Thus, the aim of the present work was study the diversity of Enterobacteriaceae bacteria isolated from citrus, cocoa, eucalypti, soybean and sugar cane by different molecular approaches. The 16S rDNA of each isolate was amplified by PCR and the isolates were grouped into 20 clusters by analysis of restriction patterns of the PCR-amplified 16S rDNA (ARDRA). These analysis showed a variety of organisms, with 5 different genera encountered: Pantoea was most frequently encountered followed by Enterobacter and Erwinia, which isolates presented the great bacterial diversity according to host plants. Through cluster analysis of the BOX-PCR technique profiles, 23 different OTUs (Operational Taxonomic Units) were distinguished, the presence of 23 OTUs could indicate that isolates comprised at least 23 different species. Two isolates were transformed with pPAgfp, a plasmid harboring the ampicillim resistance gene and the gfp gene, which encodes for the green fluorescent protein. These two isolates were inoculated in seedlings of Catharantus roseus (vinca) and re-isolation of endophytic was performed in two times after inoculation. The impact of endophytes inoculation was evaluated by using the ARDRA technique. It showed that endophytes expressing gfp colonized roots and shoots of inoculated plants without causing any symptom of disease. Besides, the endophytes colonizers do not decreased the diversity of the vinca’s natural microbiota. The results obtained here provided important insights into the endophytic Enterobacteriaceae-host relationship that will be useful for further answer basic questions about the ecological role of the endophytes and its biotechnological potential.