Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Sandra Aindar de Queiroz / Coorientador: José Manuel Yáñez López / Banca: Carlos Antonio Lopes de Oliveira / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Rafael Vilhena Reis Neto / Banca: Danisio Prado Munari / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram: (i) testar a eficiência do algoritmo de seleção de acasalamento (MS) em controlar o nível de endogamia e coascendência, além de aumentar os ganhos genéticos; (ii) incluir a variabilidade genética da futura progênie como componente de otimização na função objetiva de seleção de acasalamento usando dados de dois programas de melhoramento aquícolas; e (iii) comparar a MS com a seleção truncada (TS) e contribuição genética ótima (OCS), combinados com diferentes estratégias de acasalamentos para controlar a endogamia e manter os mesmo níveis de ganhos genéticos. Para os objetivos (i) e (ii), o total de 8.782 tilápias do Nilo (NT) de cinco gerações e 79.144 salmões coho (CS) de oito gerações foram utilizados para otimizar as funções objetivos e vinte gerações discretas foram simuladas para o objetivo (iii), considerando 50 famílias e 2.000 filhos por geração, e uma característica com herdabilidade igual a 0.30. As OFs foram otimizadas considerando a coascendência média dos pais, o mérito genético esperado, a endogamia da futura progênie para os objetivos (i) e (iii) e a variabilidade genética da futura progênie foi adicionada na OF para o objetivo (ii). Para o objetivo (i), a MS permitiu reduzir a endogamia em até 73% para tilápia do Nilo, em comparação com a seleção truncada e até 20% para o salmão coho, em comparação com o cenário real de acasalamento. No objetivo dois, a MS permitiu produzir progênie com maior (DP = 0.77 e 0.30 para NT e CS, re... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aims of this work were: (i) test the efficiency of mate selection (MS) algorithm in controlling the inbreeding and coancestry level, as well, increase the genetic gain; (ii) include the genetic variability of the future progeny as component for the optimization of the MS objective function in two aquaculture real dataset; and (iii) compare MS among truncation selection (TS) and optimum contribution selection (OCS) scenarios combined to different mating strategies to assess the best method in controlling inbreeding and maintain the genetic gain, for aquaculture breeding using simulated dataset. For objective (i) and (ii), a total of 8,782 Nile tilapias (NT) from five generations and 79,144 coho salmon (CS) from eight generations were used to optimize the objective functions (OF) and twenty discrete generations were simulated for the objective (iii), considering 50 families and 2,000 offspring per generation, and a trait with heritability of 0.30. The OFs were optimized accounting to coancestry of parents, expected genetic merit and inbreeding of the future progeny for the objective (i) and (iii) and in addition the genetic variability of the future progeny was considered for the objective (ii). For the objective (i), the mate selection allowed reducing inbreeding up to 73% for NT, compared with truncation selection, and up to 20% for CS, compared with realized scenario. In the objective (ii), MS allowed producing animals with higher (SD = 0.77 and 0.30 for NT and CS, respe... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Maria Márcia Pereira Sartori / Banca: Juliano Carlos Calonego / Banca: Juliana Pereira Bravo / Resumo: A mamona (Ricinus communis) está presente em inúmeras aplicações na área industrial e na produção de biodiesel, tendo assim, relevante importância econômica. Contudo, no ano de 2017, o Brasil apresentou produtividade de 470 kg ha-1, muito aquém do seu real potencial, devido à falta de genótipos adaptados a cada região produtora. A síntese de híbridos produtivos passa pela obtenção de linhagens puras com o mínimo de endogamia, para maior exploração do vigor de híbrido, que proporcionam plantas mais uniformes e mais produtivas. Assim, o presente trabalho teve por objetivo estimar a depressão por endogamia em progênies obtidas por autofecundação, polinização cruzada e polinização livre advindas do cultivar de mamona FCA-PB. Os experimentos foram implantados em delineamento em blocos casualizados, no esquema fatorial 90 x 2 x 2, sendo 90 progênies advindas de três tipos de polinização, em 2 ambientes (São Manuel e Araçatuba) e em 2 safras (2004/2005 e 2005/2006), e no esquema fatorial 30 x 3, sendo 30 progênies e 3 tipos de polinização, em 2 ambientes e em 2 safras, com três repetições. Com relação à safra 2005/2006, a progênie 49 cultivada no município de São Manuel produziu 4171 kg ha-1 de grãos, podendo o seu desempenho ser explicado pelo tipo de fecundação que foi originada, polinização cruzada, sendo este método o que ocasiona no maior nível de heterose. Na avaliação da depressão por endogamia verificou-se que a polinização cruzada apresentou maior produtividade de grãos e m... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Castor bean (Ricinus communis) is present in numerous applications in the industrial area and in the production of biodiesel, having thus, relevant economic importance. However, in the year 2017, Brazil presented productivity of 470 kg ha-1, far short of its real potential, due to the lack of genotypes adapted to each producing region. The synthesis of productive hybrids passes through the obtaining of pure lineages with the minimum of endogamy, for greater exploitation of hybrid vigor, which provide more uniform and more productive plants. Thus, the present study aimed to estimate depression by inbreeding in progenies obtained by self-fertilization, cross pollination and free pollination from the cultivar of castor bean FCA-PB. The experiments were in a randomized block design, in the factorial scheme 90 x 2 x 2, being 90 progenies coming from three types of pollination, in 2 environments and 2 crops, and in the factorial scheme 30 x 3, being 30 progenies and 3 types of pollination, in 2 environments (São Manuel and Araçatuba) and in 2 crops (2004/2005 and 2005/2006), with three replications. In relation to the 2005/2006 crop, the progeny 49 grown in the municipality of São Manuel produced 4171 kg ha-1 of grains, and its performance can be explained by the type of fertilization that originated, cross pollination, being this method that causes in the greater level of heterosis. In the assessment of inbreeding depression it has been found that cross pollination presented great... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-09T11:17:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1083623 bytes, checksum: d6b31e727438f5ccf3b83569f4463d76 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T11:17:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1083623 bytes, checksum: d6b31e727438f5ccf3b83569f4463d76 (MD5) Previous issue date: 2001-03-15 / Dois ensaios de avaliação foram instalados na Estação Experimental da Universidade Federal de Viçosa, em Coimbra-MG, com os objetivos de estimar parâmetros genéticos da população Beija-Flor de milho pipoca, predizer os ganhos com seleção direta, indireta e com o uso de índices, e selecionar as melhores famílias S 1 e S 2 para programas de melhoramento intrapopulacional e de produção de híbridos. Um látice simples 10x10 foi utilizado na avaliação de 100 famílias S 1 , e um látice simples 15x15 foi empregado no teste de 225 progênies S 2 . Foram obtidas estimativas de parâmetros genéticos e predição de ganhos com seleção. As estratégias de seleção avaliadas foram seleção direta para CE, seleção direta para produção, seleção com base no índice Clássico de SMITH (1936) e HAZEL (1943), seleção de acordo com o índice de WILLIAMS (1962), seleção com base no índice de PESEK e BAKER (1969), seleção com base no índice de MULAMBA e MOCK (1978) e seleção com base no índice livre de pesos e livre de parâmetros de ELSTON (1963), nos quais foram considerados os caracteres CE e produção. Constatou-se a existência de variabilidade genotípica para vários caracteres avaliados, dentre eles CE e produção de grãos. Correlação genotípica negativa entre CE e produção foi observada, entretanto, o uso de índices de seleção permitiu a obtenção de ganhos preditos positivos em ambas as variáveis. Seleção direta para CE foi a estratégia empregada para a seleção de 30 famílias S 1 para melhoramento intrapopulacional. Foi predito um ganho de 1,08 mL/g em CE e 13 kg/ha em produção. Para seleção de 30 progênies S 2 no melhoramento intrapopulacional foi utilizado o índice de MULAMBA e MOCK (1978), com pesos 1 e 3 para produção e CE, respectivamente. Foi obtido um ganho predito de 0,81 mL/g para CE. Para seleção de 30 famílias S 1 com a finalidade de obtenção de linhagens endogâmicas para a produção de híbridos, foi empregado o índice de MULAMBA e MOCK (1978) com pesos 1 e 2, para produção e CE, respectivamente. Finalmente, para seleção de 60 famílias S 2 para a obtenção de linhagens endogâmicas para a produção de híbridos foi empregado o índice de MULAMBA e MOCK (1978) com pesos iguais para CE e produção. / Two evaluation assays were installed in the Experimental Station of the Universidade Federal de Viçosa, in Coimbra county - MG, aiming at the following objectives: to estimate the genetic parameters of the popcorn population "Beija-flor"; to predict the gains from both direct and indirect selection as well as from the use of indexes; and to select the best families S 1 and S 2 for intrapopulational improvement programs and hybrid yield. A simple 10x10 latice was used in evaluating one-hundred S 1 families, and a 15x15 latice was used in testing 225 progenies S 2 . The estimates of the genetic parameters and the prediction of gains by selection were obtained. The appraised selection strategies were: direct selection for CE; direct selection for production; selection based on the Classic index of SMITH (1936) and HAZEL (1943); selection according to the index of WILLIAMS (1962); selection based on the index of PESEK and BAKER (1969); selection based on the index of MULAMBA and MOCK (1978); and selection based on weight-free and parameter-free index of ELSTON (1963), where the characters CE and yield were considered. The existence of genotype variability was verified for several appraised characters, such as CE and grain yield. A negative genotype correlation between CE and yield was observed, whereas the use of the selection indexes allowed for obtainment of positive predicted gains in both variables. The direct selection for CE constituted the strategy used in selecting thirty S 1 families for intrapopulational improvement. A gain of 1.08 mL/g for CE and 13 kg/ha for yield were predicted. For selection of thirty S 2 progenies in the intrapopulational improvement the index of MULAMBA and MOCK (1978) was used with weights 1 and 3 for yield and CE, respectively. A predicted gain of 0.81 mL/g was obtained for CE. For selection of thirty S 1 families with the purpose to obtaining the endogamic strains for hybrid yield, the index of MULAMBA and MOCK (1978) was used with weights 1 and 2 for yield and CE, respectively. Finally, for selection of sixty S 2 families for in order to obtain the endogamic strains for yield of hybrids the index of MULAMBA and MOCK (1978) was used at the same weights for CE and yield. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-01-28Bitstream added on 2014-06-13T18:54:59Z : No. of bitstreams: 1 santacruzoviedo_vr_me_botfca.pdf: 253923 bytes, checksum: d788e43f5154fa351b3082b8b6f18339 (MD5) / Foram conduzidos dois experimentos na FCA/UNESP, objetivando avaliar a depressão causada por endogamia com sucessivas gerações de autofecundação em uma população de pepino do tipo japonês. No primeiro experimento foram avaliadas características de produção de frutos imaturos no período de 21/08/2002 à 29/11/2002 em ambiente protegido. No segundo experimento foram avaliadas características de produção e qualidade de sementes no período de 12/03/2003 à 13/06/2003 em condições de campo. A partir do intercruzamento entre plantas do híbrido Natsu suzumi foi obtida a geração F2, considerada como população S0. Obtiveram-se progênies S1, S2, S3, S4 e S5, através de autofecundações sucessivas pelo método do SSD ('Single Seed Descent'). Ao partir da mistura ao acaso de sementes de progênies com igual número de autofecundações sucessivas foram obtidas cinco populações denominadas de população S1 a população S5. Foram sete tratamentos (híbrido Natsu suzumi, populações S0 a S5) e o delineamento experimental foi em blocos ao acaso, com seis e quatro repetições no primeiro e segundo experimento, respectivamente e cinco plantas por parcela nos dois experimentos. No primeiro experimento (frutos imaturos) foram avaliados, número de folhas, comprimento da haste principal, número e massa de frutos, total e comercial, número de nós e porcentagem de brotações. No segundo experimento (frutos maduros) avaliaram-se características relacionadas com produção (número e massa de sementes por planta e por fruto) e qualidade de sementes (teste padrão de germinação, primeira contagem de sementes, índice de velocidade de germinação, massa de 100 sementes). Foram realizadas as análises de variância para cada característica, e as médias dos tratamentos foram comparadas pelo teste de Tukey (%). Também foram realizados análises de variância apenas com as seis... / Two experiments were set up at FCA/UNESP. The objective of this work was to evaluate the inbreeding depression with successive generations of self pollination in a cucumber Japanese population. It was studied one population F2 obtained from a commercial hybrid (Natsu suzumi) considered as S0 population. In the first experiment were appraised characteristics of production of immature fruits in the period of 21/08/2002 to 29/11/2002 in protected cultivation. In the second experiment were appraised seed production and quality in the period of 12/03/2003 to 13/06/2003 in open field conditions. It was obtained progenies S1, S2, S3, S4 and S5 through the 'Single Seed Descent' methodology. It was used randomized blocks with seven treatments (different generations of self pollination - S0 to S5 and the hybrid Natsu suzumi) six and four replicates in the first and second experiment and five plants per plot in both. In the first experiment (immature fruits) were evaluated number of leaves, length of the main stem, number and weight of fruits, total and commercial, number of nodes and vines percentage. In the second experiment (mature fruit) characteristic related with production were evaluated (number and weight of seeds per plant and per fruit) and quality of seeds (germination test, first counted of seeds, index of germination speed and weight of 100 seeds). The variance analyses were accomplished each characteristic and the averages of the treatments were compared by the test of Tukey (%). Also accomplished just with the six inbreed generations to evaluate the possible inbreeding depression (without including the commercial hybrid). In the comparison among the population differences were not observed for the characteristics appraised showing there were not production loss for inbreeding in this population. However, for the characteristics length of the main stem, number of total fruit, weight of seeds per fruit and seed number per fruit the commercial.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-25Bitstream added on 2014-06-13T20:43:04Z : No. of bitstreams: 1 guidolin_dgf_dr_jabo.pdf: 427451 bytes, checksum: 084dc7a803aeb9d016055543a1cf6b98 (MD5) / O monitoramento dos resultados de um programa de seleção de bovinos de corte serve para avaliar o progresso genético alcançado e para que os resultados obtidos sirvam de elementos orientadores de ações futuras. Neste trabalho, os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e tendências genéticas para características de importância econômica em bovinos da raça Guzerá, estimar parâmetros populacionais e os coeficientes de endogamia e relaciona-los com valores genéticos e com o índice de seleção recomendado para a raça (MGT). Para isto, dados de 18.491 animais, oriundos de 43 fazendas foram cedidos pelo Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). As características estudadas foram área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura entre a 12ª e a 13ª costela (EG), espessura de gordura na garupa (EGP8), idade ao primeiro parto (IPP), perímetro escrotal aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, período de gestação (PG), peso adulto da vaca (PAV), peso corporal ao nascimento (PN), aos 120 (P120), aos 210 (P210), aos 365 (P365), aos 450 (P450) dias de idade e produtividade acumulada em fêmeas (PAC). Os parâmetros populacionais estimados foram taxa de endogamia por geração, tamanho efetivo da população, intervalo de gerações e o número efetivo de fundadores e de ancestrais. Os parâmetros genéticos e valores genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, em análises uni e bi-características. Tendências genéticas foram obtidas por regressão linear das médias dos valores genéticos anuais, em função do ano de nascimento. A estatística t foi usada e a hipótese nula considerava o coeficiente da regressão como sendo zero. As características apresentaram suficiente variação genética aditiva, sendo passíveis de seleção e estas se mostraram favoravelmente correlacionadas geneticamente, exceto... / Monitoring the results of a breeding program for beef cattle is used to evaluate the genetic progress achieved and the results serve as guiding elements for future actions. In this work, the objectives were to estimate genetic parameters and genetic trends for traits of economic importance in Guzerat beef cattle, estimate population parameters and coefficients of inbreeding and its relationship with breeding values and the selection index recommended for the breed (MGT).For this, data from 18,491 animals from 43 farms were granted by the Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). The traits studied were rib eye area (REA), fat thickness between the 12th and 13th rib (FT), rump fat thickness (RF), age at first calving (AFC), scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, gestation length (GL), mature weight of the cow (MWC), body weight at birth (BWB), 120 (BW120), 210 (BW210), 365 (BW365) and 450 days of age (BW450) and cumulative productivity in females (AP). The population parameters estimated were rate of inbreeding per generation, effective population size, generation interval and the effective number of founders and ancestors. The genetic parameters, breeding values were estimated by restricted maximum likelihood, by one and two-trait analysis. Genetic trends were calculated from a linear regression of mean predicted breeding values (PBV) based on birth year. At-statistic was used to test the hypothesis that the regression coefficient for each equation is equal to zero. The traits showed sufficient additive genetic variation, being capable to respond to selection and proved to be genetically correlated among them, except AP, FT and RF, which showed low genetic correlations with other traits. The genetic trend indicated that the animal’s mean breeding value has changed over time for the traits studied... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-12Bitstream added on 2014-06-13T20:43:05Z : No. of bitstreams: 1 000736380.pdf: 3145920 bytes, checksum: eb9040463ecaf8a423ca7772cda63410 (MD5) / Esta tese compreende quatro diferentes estudos conduzidos a fim de avaliar estratégias alternativas para aumentar a eficiência de seleção genômica (GS) em programas de melhoramento animal. Um primeiro estudo foi desenvolvido com a finalidade de avaliar a performance preditiva de diferentes métodos estatísticos com base na informação de painéis de marcadores densamente distribuídos ao longo do genoma. Cinco diferentes características de uma população real de camundongos foram analisadas. Verificou-se que métodos com grandes diferenças conceituais apresentaram performance preditiva similar em algumas situações, também havendo variação na performance relativa dos métodos em função da característica analisada. O uso de diferentes variáveis resposta (pseudo-fenótipos) para estimação de efeitos de marcadores foi avaliado num segundo estudo, por meio da simulação de uma grande população de bovinos de corte, para a qual predições genômicas foram obtidas usando um procedimento de múltiplas etapas. Houve evidência de que provas desregredidas (dEBV) são mais apropriadas do que valores genéticos preditos (EBV) e médias ajustadas de desempenho da progênie (PYD), tanto para o treinamento de modelos quanto para a validação de predições genômicas. No terceiro estudo, procurou-se avaliar consequências em longo-prazo da aplicação de GS numa população de bovinos de corte sob seleção. Verificou-se grande benefício da aplicação de GS em cenários simulando seleção para características de qualidade de carne e reprodução de fêmeas. Houve evidência de que pode-se esperar maior benefício para GS, quando comparada à seleção por BLUP, no caso de características oligogênicas. Também foi possível inferir que em aplicações de GS, o uso de um critério de seleção em que se atribui maior peso a alelos favoráveis de menor frequência poderia proporcionar... / Improvements in production levels and product quality are needed in livestock systems to meet the growing world demand for animal-source foods. Besides this increasing demand, the productive sector must deal with constraints related to competition for land, greenhouse gas emissions and also due to hardening legislation in the fields of environment and animal welfare (FAO, 2011). In this context, animal breeding has played and will continue to play an important role to improve the efficiency of such production systems, especially in terms of competitiveness, safety, sustainability and biodiversity conservation (Harlizius et al., 2004). The main objective of animal breeding programs is to improve the performance of the next generations, through identification and reproduction of the animals with better genetic pool to efficiently produce in a specific environment (herein, superior animals). In the last decades, animal breeders succeeded in achieving this goal, mostly through the application of statistical tools grounded in quantitative genetics theory, what could be called as 'classical animal breeding'. In this case, the traditional prediction of the genetic merit of individuals (estimated breeding values, EBV) is obtained based on information of pedigree and phenotypes (own records and measures on relatives). With the advent of dense molecular marker panels, the implementation and design of breeding programs, especially in dairy cattle, had changed dramatically as a consequence of incorporating this new information to identify superior animals earlier and more precisely. Pioneer simulation studies drew attention of animal breeders to the possibility of making accurate predictions of the genetic merit of individuals by using genotypic information from dense marker panels, a process known as genomic selection (GS) (Nejati-Javaremi et al., 1997; Meuwissen et al., 2001). Other influential work ...

Made available in DSpace on 2015-07-13T12:10:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-13T12:25:14Z : No. of bitstreams: 1 000835692.pdf: 541240 bytes, checksum: bec6b6659cf4eaceddcb3c897b0c930f (MD5) / Em bovinos da raça Brahman criados no Brasil a diversidade genética pode diminuir ao longo dos anos e pode ser ainda menor para animais estabulados, além disso, espera-se que a variância fenotípica de características reprodutivas pode ser pouco explicada pela variância genética. Portanto, objetivou-se avaliar o comportamento da diversidade genética durante um período de 18 anos e de animais estabulados por meio da análise de pedigree e estimar os parâmetros genéticos para as características idade ao primeiro parto (IPP), intervalo entre partos (IEP), reconcepção (REC) e habilidade de permanência (HABP) em bovinos da raça Brahman, visando o desenvolvimento de estratégias de seleção para o progresso genético da raça. O pedigree foi analisado de três maneiras: considerando toda a informação de pedigree (Pt); dividindo as informações de pedigree em dois períodos de 1994 a 2004 (P1) e de 2005 a 2012 (P2), de acordo com nível médio endogâmico; e dividindo os dados de pedigree de acordo com a condição de criação dos animais, a pasto (Ppasto) e estabulado (Pest). Os valores dos coeficientes endogâmicos (F) foram de 0,31%, 0,07%, 0,50%, 0,30% e 0,22% para Pt, P1, P2, Ppasto, Pest, respectivamente. Os intervalos de geração (IG) para Pt, P1, P2, Ppasto, Pest foram de 4,73, 3,35, 4,50, 4,65, 4,81 anos, respectivamente. Para os resultados dos parâmetros com base na probabilidade de origem do gene: número de fundadores (Nf), número efetivo de fundadores (fe), número efetivo de ancestrais (fa) e número efetivo de genomas remanescentes (fg), fe > fa > fg em todas as situações e ocorreu uma diminuição nos valores dos parâmetros estimados entre períodos (P1 e P2) e entre condição de criação (Ppasto e Pest). As razões fe/fa e fg/fe foram próximas de 1, indicando que não houve gargalo genético e que o processo de deriva genética foi pequeno. Para estimar os parâmetros... / The genetic diversity in Brahman cattle in Brazil may decrease over the years and can be even lower for stabled animals, moreover, it is expected that the phenotypic variance of reproductive characteristics can be little explained by genetic variance. The aims of this study were to evaluate the behavior of genetic diversity over a period of 18 years and stabled animals by pedigree analysis and estimates genetic parameters for ge at first interval (IPP), calving interval (IEP), reconception (REC) and stayability (HABP) reproductive traits of Brahman cattle in Brazil, aiming to develop selection strategies for genetic progress of breed. The pedigree was analyzed in three ways: considering all the pedigree information (Pt); dividing the pedigree information in two periods from 1994 to 2004 (P1) and from 2005 to 2012 (P2), according inbreeding; and dividing the pedigree data according to breeding management of animals on pasture (Ppasto) and stabled (Pest). Coefficient inbreeding (F) values were 0,31%, 0,07%, 0,50%, 0,30% and 0,22% for Pt, P1, P2, Ppasto, Pest, respectively. Generation intervals (IG) values for Pt, P1, P2, Ppasto, Pest were 4,73, 3,35, 4,50, 4,65, 4,81 years, respectively. For the results of the parameters based on the probability of gene origin: number of founders (Nf), effective number of founders (f e ), effective number of ancestors (f a ) and founder genome equivalents (f g ), in all situations f e > f a > f g and there was a decrease in values of estimated parameters between periods (P1 e P2) and between breeding management (Ppasto e Pest). Values close to 1 observed for f e /f a and f g /f e show no genetic bottleneck and the process of genetic drift was small. For estimate the genetic parameters for reproductive traits, two-trait analyzes were used, using the linear animal model for IEP and IPP and the animal threshold model for REC and HABP. The mean heritability were ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000791427.pdf: 858212 bytes, checksum: 73468dc580b32c2569a024a91ace55d2 (MD5) / O objetivo do presente trabalho foi avaliar a acurácia de predição dos valores genéticos genômicos para características de diferentes herdabilidades, em populações simuladas de aves com diferentes níveis de endogamia. Os dados fenotípicos e genotípicos foram simulados com base na estrutura populacional de uma população experimental de aves poedeiras. Foram simulados os fenótipos e os genótipos de aves para características de taxa de postura total de ovos (PTO) e peso dos ovos as 32 semanas de idade (PO), com herdabilidades de 0,15 e 0,37 respectivamente. Foi simulada uma população histórica a fim de gerar desequilíbrio de ligação na população e esta deu origem as populações recentes em que foram simulados três cenários populacionais, visando maximizar (REC1), minimizar (REC2) e aleatorizar (REC3) os acasalamentos endogâmicos. Ao longo de 10 gerações recentes, os animais foram selecionados com base nos maiores valores genéticos preditos (VGP), utilizando o BLUP (best linear unbiased prediction) tradicional. O genoma das aves foi simulado ao longo dos 958 Mb do genoma Gallus gallus 4.0 com 3.747 QTL (loci de caracteres quantitativos) aleatoriamente distribuídos e 49.978 marcadores SNP uniformemente distribuídos. A fim de alterar as frequências alélicas e gerar variabilidade genética ao longo das gerações, foram simulados eventos de deriva genética, taxa de recombinação e mutação recorrente. Para avaliar os efeitos da endogamia nas populações recentes, foram calculados os desequilíbrios de ligação (DL), o tamanho efetivo da população (Ne) e as tendências genéticas em todos os cenários de populações recentes em ambas as características simuladas. Para predizer os valores genéticos genômicos preditos (VGGP), as populações recentes foram subdivididas em populações de treinamento e validação. Nas subpopulações de treinamento, os 960 animais ... / The objective of this study was to evaluate the prediction accuracy of genomic breeding values for traits of different heritability in simulated populations with different inbreeding. Phenotypic and genotypic data were simulated based on the population structure of an experimental population of White Leghorn hens at Embrapa Suínos e Aves. The phenotypes and genotypes were simulated for the rate of total egg production (PTO) and egg weight to 32 weeks of age (PO) with heritability of 0.15 and 0.37, respectively. The historical population was simulated to generate linkage disequilibrium in the population. Three scenarios in recent populations were simulated for each trait: REC1, REC2 and REC3 to maximize inbreeding, minimize inbreeding and random mating, respectively. The animals were selected based on the largest breeding values along 10 generations. The genome of the birds was simulated with eight macro-chromosomes and 19 micro-chromosomes with 3.747 QTL randomly distributed and 49.978 SNPs markers evenly spaced along the 958 cM. Recombination, random drift and recurrent mutation were simulated in order to generate genetic variability. The linkage disequilibrium (LD), effective population (Ne) and genetic trends were calculated for all scenarios. Each recent population was divided in training and validation sets In order to predict the genomic breeding values. The training set included the genotypes and phenotypes of 960 animals, which had higher breeding values’ accuracy. The validation set had 1120 animals of the last generation of the recent population. The average inbreeding ranged from 0.06 ± 0.30 to 0.22 ± 0.12 for PTO and 0.05 ± 0.03 to 0.20 ± 0.12 for PO. The REC1 populations had higher inbreeding along generations compared, both for PTO and PO, compared to REC2 and REC 3, and consequently higher level of LD. The highest accuracy for PTO and PO were ...

Orientador: Ricardo da Fonseca / Co-orientador: Fabiana Martins Costa Maia / Banca: Claudia Maria Bertan Membrive / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: Em bovinos da raça Brahman criados no Brasil a diversidade genética pode diminuir ao longo dos anos e pode ser ainda menor para animais estabulados, além disso, espera-se que a variância fenotípica de características reprodutivas pode ser pouco explicada pela variância genética. Portanto, objetivou-se avaliar o comportamento da diversidade genética durante um período de 18 anos e de animais estabulados por meio da análise de pedigree e estimar os parâmetros genéticos para as características idade ao primeiro parto (IPP), intervalo entre partos (IEP), reconcepção (REC) e habilidade de permanência (HABP) em bovinos da raça Brahman, visando o desenvolvimento de estratégias de seleção para o progresso genético da raça. O pedigree foi analisado de três maneiras: considerando toda a informação de pedigree (Pt); dividindo as informações de pedigree em dois períodos de 1994 a 2004 (P1) e de 2005 a 2012 (P2), de acordo com nível médio endogâmico; e dividindo os dados de pedigree de acordo com a condição de criação dos animais, a pasto (Ppasto) e estabulado (Pest). Os valores dos coeficientes endogâmicos (F) foram de 0,31%, 0,07%, 0,50%, 0,30% e 0,22% para Pt, P1, P2, Ppasto, Pest, respectivamente. Os intervalos de geração (IG) para Pt, P1, P2, Ppasto, Pest foram de 4,73, 3,35, 4,50, 4,65, 4,81 anos, respectivamente. Para os resultados dos parâmetros com base na probabilidade de origem do gene: número de fundadores (Nf), número efetivo de fundadores (fe), número efetivo de ancestrais (fa) e número efetivo de genomas remanescentes (fg), fe > fa > fg em todas as situações e ocorreu uma diminuição nos valores dos parâmetros estimados entre períodos (P1 e P2) e entre condição de criação (Ppasto e Pest). As razões fe/fa e fg/fe foram próximas de 1, indicando que não houve gargalo genético e que o processo de deriva genética foi pequeno. Para estimar os parâmetros... / Abstract: The genetic diversity in Brahman cattle in Brazil may decrease over the years and can be even lower for stabled animals, moreover, it is expected that the phenotypic variance of reproductive characteristics can be little explained by genetic variance. The aims of this study were to evaluate the behavior of genetic diversity over a period of 18 years and stabled animals by pedigree analysis and estimates genetic parameters for ge at first interval (IPP), calving interval (IEP), reconception (REC) and stayability (HABP) reproductive traits of Brahman cattle in Brazil, aiming to develop selection strategies for genetic progress of breed. The pedigree was analyzed in three ways: considering all the pedigree information (Pt); dividing the pedigree information in two periods from 1994 to 2004 (P1) and from 2005 to 2012 (P2), according inbreeding; and dividing the pedigree data according to breeding management of animals on pasture (Ppasto) and stabled (Pest). Coefficient inbreeding (F) values were 0,31%, 0,07%, 0,50%, 0,30% and 0,22% for Pt, P1, P2, Ppasto, Pest, respectively. Generation intervals (IG) values for Pt, P1, P2, Ppasto, Pest were 4,73, 3,35, 4,50, 4,65, 4,81 years, respectively. For the results of the parameters based on the probability of gene origin: number of founders (Nf), effective number of founders (f e ), effective number of ancestors (f a ) and founder genome equivalents (f g ), in all situations f e > f a > f g and there was a decrease in values of estimated parameters between periods (P1 e P2) and between breeding management (Ppasto e Pest). Values close to 1 observed for f e /f a and f g /f e show no genetic bottleneck and the process of genetic drift was small. For estimate the genetic parameters for reproductive traits, two-trait analyzes were used, using the linear animal model for IEP and IPP and the animal threshold model for REC and HABP. The mean heritability were ... / Mestre

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-14T19:38:24Z No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:26:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:30:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T18:30:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) Previous issue date: 2011-08-01 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Copaibas are trees that are native to tropics, with nine species found in Brazilian Amazonia. Copaiba trees produce an oil-resin that is found in secretory channels located in the trunks. Copaifera reticulata is the predominant species in the Tapajós National Forest. The socioeconomic aspects of the communities of Pedreira and São Domingos, who are authorized to collect copaiba, and the phytodemographic, genetic and physical-chemical aspects of the copaiba populations available to these communities were analyzed, with the objective of subsidizing future actions of copaiba management in the Tapajós Flona. In the socioeconomic study, semi-structured interviews with the communities extractors elucidated the current local situation with respect to the extraction of copaiba. In the phytodemographic study, the species was identified, the density of potentially productive individuals was quantified, and these were mapped. Microsatellite markers developed by Embrapa Genetic Resources and Biotechnology were used for the genetic analyses. The physical-chemical parameters used were density and viscosity of the oil-resin, as these are associated with potential uses and for the chemical study it was the refraction index, acidity, saponificacion and éster. The management of copaiba is technologically simple, but the extractors identified numerous difficulties, including less advantage in the sale of the oil-resin than formerly, showing that the situation in the past that stimulated them is very different from the current situation, especially in the commercialization process. The density of productive trees in the collection area of Km 67 was 5,5 and of Km 72 was 6,2, with 200 adult individuals geo-referenced. The largest number of productive trees was in the diameter class 51-70 cm, totaling 88 trees, and the largest diameter found was 120 cm. To C. reticulata it presents an oil-resin with viscosity 9 (mPa.s) very variable and it lowers acidity (mg of KOH/g), which could serve as a basis for oil-resin differentiation. With the six microsatellite loci that transferred, 78 alleles were observed. The genetic diversity (He) varied from 0.59 to 0.85 per locus, considered high for Neotropical tree species; however, the observed heterozygosity was smaller than the expected heterozygosity by the Hardy-Weinberg equilibrium in the collection areas, demonstrating a reasonable level of inbreeding (f = 0.375 to 0.419), probably due to a clumped distribution. The analysis with Structure did not identify two populations based on the collection areas, but two genetic groupings based on different combinations of alleles. Most of the genetic variation was found within the collection areas (97%), with weak genetic differentiation among the areas (Fst = 0.030). A little less genetic variation it was found within the genetic groups (93%), with a corresponding increase in divergence (Fst = 0.070). The noncorrespondence between collection areas and genetic groupings could be due to unknown historical events, but, combined with the high genetic diversity founds, suggests that the current levels of inbreeding won't be a problem for a management plan, although the isolation of the Tapajós Flona in the future could contribute to elevate inbreeding to worrying levels. The information presented here will serve as a baseline for future comparison, guiding improvements in the management plan. / As copaíbas são árvores nativas da região tropical das quais nove espécies podem ser encontradas na Amazônia brasileira. As árvores de copaíba produzem um óleo-resina que é encontrado em canais secretores localizados no tronco das árvores. Copaifera reticulata é a espécie predominante na área deste estudo. Foram analisados os aspectos socioeconômicos das Comunidades de Pedreira e São Domingos na Flona do Tapajós, Santarém, Pará, por serem autorizadas a coletar copaíba na Flona, e os aspectos fito-demográficos, genéticos e físicos das populações de copaibeiras disponíveis a estas comunidades, com objetivo de subsidiar futuras ações de manejo de copaíba na Flona. No estudo socioeconômico, realizouse entrevistas semi-estruturadas com os extratores das comunidades para saber a real situação local quanto a extração do produto. No estudo fito-demográfico, identificou-se a espécie, quantificou-se a densidade dos indivíduos que foram potencialmente produtivos, e mapeou-se as árvores. Marcadores microssatélites desenvolvidos pela Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia serão utilizados para as análises genéticas. Os parâmetros escolhidos para o estudo físico foram a determinação da densidade e viscosidade do óleo-resina por serem relacionados aos usos potenciais, e para o estudo químico foram os índices de refração, acidez, saponificação e éster. O processo de manejo da copaíba apresenta tecnologia simples para a retirada do óleo-resina, mas os extratores apontaram muitas dificuldades em relação ao manejo da espécie. Extrativistas afirmaram que atualmente tem-se menos vantagem na venda do óleo-resina de copaíba do que antigamente, indicando que a situação no passado que os estimulava é bem diferente do quadro atual, necessitando de apoio no processo de comercialização. As densidades dos indivíduos na área de coleta do Km 67 foi 5,5 indivíduos por hectare e no Km 72 foi 6,2 indivíduos por hectare, e 200 indivíduos adultos foram georeferenciados. O maior número de matrizes produtivas encontram-se na classe diamétrica 51-70 cm, totalizando 88 árvores, e o maior diâmetro encontrado foi 120 cm de DAP. A C. 7 reticulata apresenta um óleo-resina com viscosidade (mPa.s) muito variável e baixa acidez (mg de KOH/g), podendo servir de base para diferenciação de óleos-resina. Com os seis locos microssatélites que transferiram foram observados 78 alelos. A diversidade genética (He) variou de 0,59 a 0,85 por locos, considerada alta para a maioria das espécies neotropicais; no entanto, a heterozigosidade observada foi menor que a heterozigosidade esperada pelas proporções do EHW para as áreas de estudo, demonstrando um razoável nível de endogamia (f = 0,375 a 0,419) nas áreas de coleta, provavelmente devido a sua distribuição agrupada. As análises com Structure não identificaram duas populações baseadas nas áreas de coleta, mas sim dois agrupamentos genéticos baseados em conjuntos distintos de alelos. A maior parte da variação genética foi encontrada dentro das áreas de coleta (97%), enquanto encontrou-se uma fraca diferenciação genética entre as áreas (FST = 0,030). Um pouco menos de variação genética foi encontrada dentro dos grupos genéticos (93%), com um aumento correspondente na divergência (FST = 0,070). A não correspondência entre áreas de coleta e agrupamentos genéticos poderia ser devido a eventos históricos desconhecidos, mas, combinada com a alta diversidade encontrada, sugere que a endogamia atual não será um problema para um plano de manejo, embora o isolamento da Flona no futuro poderia contribuir para elevar a endogamia a níveis preocupantes. As informações aqui apresentadas servirão como linha base para comparação futura, orientando melhorias no plano de manejo.