Orientador: Flavia Lombardi Lopes / Banca: Silvia Helena Venturoli Perri / Banca: José Fernando Garcia / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: José bento Sterman Ferraz / Resumo: O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) potencialmente sujeitos a controle epigenético exercido por metilação do DNA via seus envolvimentos na criação, remoção ou deslocamento de sítios CpG (meSNPs) e a partir de tal identificação criar um banco de dados para meSNPs, bem como determinar a possível associação desses marcadores com ilhas CpG (CGIs) e com o perfil metilacional de tecidos submetidos ao ensaio de recuperação de ilhas CpG metiladas combinado com plataformas de sequenciamento de nova geração (MIRA-seq) em bovinos. Usando as variantes anotadas para os SNPs identificados no Run5 do projeto 1000 Bull Genomes e a sequência genômica bovina de referência UMD3.1.1, identificamos e anotamos 12.836.763 meSNPs de acordo com o padrão de variação criado por cada SNP em um sítio CpG. Também analisamos a distribuição genômica desses meSNPs, sendo a maioria deles localizados em regiões intergênicas (68,00%) e intrônicas (26,32%). Globalmente, os meSNPs representam 22,53% dos 56.969.697 SNPs descritos na base de dados e 12,35% deles estão localizados em CGIs. Comparando o número observado com o número esperado de meSNPs nas CGIs e nos tecidos submetidos ao MIRA-seq, verificamos um enriquecimento médio (P<0,01) para meSNPs de 2,47 vezes em CGIs relaxadas e 1,90 vezes em CGIs rigorosas. Nos tecidos, o enriquecimento foi de 1,52 vezes em longissimus dorsi e 2,09 vezes em intestino delgado. Dez meSNPs com metilação diferencial, sendo 1 em longi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) potentially subject to epigenetic control exerted by DNA methylation via their involvement in creating, removing or displacement CpG sites (meSNPs) and from this identification create a database for meSNPs, as well as to determine its possible association with CpG islands (CGIs) and the methylation profile of tissues submitted to the methylated-CpG island recovery assay combined with next generation sequencing platforms (MIRA-seq) in cattle. Using the variant annotations for SNPs identified in Run5 of the 1000 bull genomes project and the UMD3.1.1 bovine reference genome sequence assembly, we identified and classified 12,836,763 meSNPs according to the pattern of variation caused at the CpG site. We have also analyzed the genomic distribution of the meSNPs, with the majority being located in intergenic regions (68.00%) and then in introns (26.32%) and the remainder distributed among proximal promoters (3.93%), coding regions (1.27%), untranslated regions (UTRs) (0.29%), non-coding RNAs (0.11%) and splice regions (0.08%). Overall, meSNPs represent 22.53% of 56,969,697 SNPs described in the database of which 12.35% are located in CGIs. Comparing the observed number with the expected number of meSNPs in the CGIs and tissues submitted to the MIRAseq we found a mean enrichment (P<0.01) for meSNPs of 2.47 times in the relaxed CGIs and 1.90 times in the strict CGIs. In the tissues the enrichment was of 1.52... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Mariângela Bueno Cordeiro Maldonado null (maribuenocordeiro@hotmail.com) on 2017-09-01T02:02:20Z No. of bitstreams: 1 TESE DE DOUTORADO 2017 - Mariangela Maldonado .pdf: 1446039 bytes, checksum: 2e08a41374d1ed14783e9142f58bdec8 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-09-01T13:59:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 maldonado_mbc_dr_araca.pdf: 1446039 bytes, checksum: 2e08a41374d1ed14783e9142f58bdec8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T13:59:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 maldonado_mbc_dr_araca.pdf: 1446039 bytes, checksum: 2e08a41374d1ed14783e9142f58bdec8 (MD5) Previous issue date: 2017-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) potencialmente sujeitos a controle epigenético exercido por metilação do DNA via seus envolvimentos na criação, remoção ou deslocamento de sítios CpG (meSNPs) e a partir de tal identificação criar um banco de dados para meSNPs, bem como determinar a possível associação desses marcadores com ilhas CpG (CGIs) e com o perfil metilacional de tecidos submetidos ao ensaio de recuperação de ilhas CpG metiladas combinado com plataformas de sequenciamento de nova geração (MIRA-seq) em bovinos. Usando as variantes anotadas para os SNPs identificados no Run5 do projeto 1000 Bull Genomes e a sequência genômica bovina de referência UMD3.1.1, identificamos e anotamos 12.836.763 meSNPs de acordo com o padrão de variação criado por cada SNP em um sítio CpG. Também analisamos a distribuição genômica desses meSNPs, sendo a maioria deles localizados em regiões intergênicas (68,00%) e intrônicas (26,32%). Globalmente, os meSNPs representam 22,53% dos 56.969.697 SNPs descritos na base de dados e 12,35% deles estão localizados em CGIs. Comparando o número observado com o número esperado de meSNPs nas CGIs e nos tecidos submetidos ao MIRA-seq, verificamos um enriquecimento médio (P<0,01) para meSNPs de 2,47 vezes em CGIs relaxadas e 1,90 vezes em CGIs rigorosas. Nos tecidos, o enriquecimento foi de 1,52 vezes em longissimus dorsi e 2,09 vezes em intestino delgado. Dez meSNPs com metilação diferencial, sendo 1 em longissimus dorsi e 9 em intestino delgado, causaram uma alteração na sequência genômica, a qual está associada ao fenótipo de eficiência alimentar em bovinos. / The aim of this study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) potentially subject to epigenetic control exerted by DNA methylation via their involvement in creating, removing or displacement CpG sites (meSNPs) and from this identification create a database for meSNPs, as well as to determine its possible association with CpG islands (CGIs) and the methylation profile of tissues submitted to the methylated-CpG island recovery assay combined with next generation sequencing platforms (MIRA-seq) in cattle. Using the variant annotations for SNPs identified in Run5 of the 1000 bull genomes project and the UMD3.1.1 bovine reference genome sequence assembly, we identified and classified 12,836,763 meSNPs according to the pattern of variation caused at the CpG site. We have also analyzed the genomic distribution of the meSNPs, with the majority being located in intergenic regions (68.00%) and then in introns (26.32%) and the remainder distributed among proximal promoters (3.93%), coding regions (1.27%), untranslated regions (UTRs) (0.29%), non-coding RNAs (0.11%) and splice regions (0.08%). Overall, meSNPs represent 22.53% of 56,969,697 SNPs described in the database of which 12.35% are located in CGIs. Comparing the observed number with the expected number of meSNPs in the CGIs and tissues submitted to the MIRAseq we found a mean enrichment (P<0.01) for meSNPs of 2.47 times in the relaxed CGIs and 1.90 times in the strict CGIs. In the tissues the enrichment was of 1.52 times in ribeye and 2.09 times in small intestine. Ten meSNPs, differing in methylation status, 1 in ribeye and 9 in small intestine, caused an alteration in the genomic sequence which is associated with a feed efficiency phenotype in cattle. / FAPESP: 2015/20557-5 / FAPESP: 2016/07584-6

As sirtuínas 1-7 (SIRT) constituem uma família altamente conservada de desacetilases de histonas que, de modo geral, participam da regulação da longevidade em diversos organismos, modulando a resposta celular frente ao stress oxidativo e promovendo mecanismo de reparo de DNA, parada do ciclo celular, estabilidade telomérica, senescência e apoptose celulares. O envolvimento das SIRTs no processo tumorigênico tem sido bastante investigado, contudo ainda não existe descrição do estudo desses genes nos adenomas hipofisários. O objetivo desse estudo foi avaliar a expressão gênica das SIRT1-7 nos somatotropinomas e adenomas hipofisários clinicamente não funcionantes (ACNF) e sua relação com o tamanho e a invasividade do tumor. A expressão das sirtuínas foi ainda correlacionada à expressão dos marcadores de senescência CDKN1A (p21) e CDKN2A (p16) e do proto-oncogene PTTG (pituitary tumor transforming gene). Foram selecionados 68 pacientes, 37 somatotropinomas e 31 portadores de ACNF. Desses casos, 33 apresentavam tumores invasivos e 35 eram não invasivos. A quantificação do RNAm das SIRT1-7, CDKN1A, CDKN2A e PTTG foi realizada nas amostras tumorais pela técnica de PCR em tempo real utilizando o método de quantificação relativa 2-??Ct. A hiperexpressão da SIRT1 foi observada em 86,5% dos somatotropinomas versus 41,9% dos ACNF (P < 0.01), não sendo observada perda de expressão desse gene. A SIRT3 foi mais hipoexpressa nos ACNF em relação aos somatotropinomas (77,4% e 40,5%, respectivamente; P < 0.01). A SIRT4 foi hipo e hiperexpressa, respectivamente, em 45,2% e 12,9% dos ACNF e 16,2% e 24,3% dos somatotropinomas (P=0.03). A hipoexpressão da SIRT7 também foi maior nos ACNF (67,7%) versus somatotropinomas (32,4%; P=0.01) e, para ambos os subtipos, o percentual de casos apresentando hiperexpressão desse RNAm foi baixo. O padrão de expressão das SIRT2 e 5 não diferiu entre os subtipos tumorais e não se mostrou alterado em relação ao pool de hipófises normais. Não foi observada diferença estatisticamente significante na expressão dos genes das sirtuínas entre os grupos de tumores invasivos e não invasivos. Contudo, a expressão das SIRT1 e 3 foi relacionada ao tamanho tumoral; nos casos com hiperexpressão da SIRT1 a média do maior diâmetro tumoral foi 2.4 ± 1.1 enquanto nos pacientes com expressão normal foi de 3.3 ± 1.3 (P < 0.01). Já os casos com perda de expressão da SIRT3 apresentaram tumores maiores (3.1 ± 1.2) em relação aos casos com expressão normal (2.2 ± 1.1; P < 0.01). A expressão de todas as SIRTs apresentou correlação positiva moderada (SIRT1-5,7) ou forte (SIRT6) com a expressão do CDKN1A. Uma correlação positiva foi observada também em relação a expressão do CDKN2A. Contudo, essa foi fraca e presente apenas para as SIRTs 3-5. Em relação ao PTTG, foi observado apenas uma fraca correlação com a expressão da SIRT1 e SIRT3. Em conclusão, esses resultados sugerem que a hiperexpressão de SIRT1 e a hipoexpressão das SIRTs 3, 4 e 7 podem estar relacionadas ao processo tumorigênico nos somatotropinomas e ACNFs, respectivamente e, em especial as SIRT1 e 3, ao controle da proliferação celular nesses adenomas / Sirtuins 1-7 (SIRT) are a highly conserved family of histone deacetylases. In general, these proteins are involved in the regulation of longevity in several organisms, modulating the cellular response to oxidative stress. SIRTs can also regulate DNA repair, telomeric stability, cell senescence and apoptosis. Due to their functions, there is a growing interest in the role of sirtuins in tumorigenesis. However, these genes were not investigated in pituitary tumors so far. In this study, SIRT1-7 gene expression was evaluated in somatotropinomas and nonfunctioning pituitary adenomas (NFPA) and related to tumor size and invasiveness. SIRT1-7 expression was also correlated with cellular senescence markers CDKN1A (p21) e CDKN2A (p16) and with the proto-oncogene PTTG (pituitary tumor transforming gene). Sixty-eight patients were selected, 37 with somatotropinomas and 31 with NFPA. Tumor invasion was observed in 33 patients. SIRT1-7, CDKN1A, CDKN2A and PTTG mRNA levels was evaluated from pituitary tumor samples by the real-time PCR using 2-??Ct relative quantification. Pronounced differences in SIRT1, 3, 4 and 7 expressions were identified between somatotropinomas and NFPA. Overexpression of SIRT1 was observed in 86.5% of somatotropinomas versus 41.9% of NFPA (P < 0.01) whereas underexpression was not detected. SIRT3 was more underexpressed in NFPA than somatotropinomas (77.4% and 40.5%, respectively, P < 0.01). SIRT4 was under and overexpressed, respectively, in 45.2% and 12.9% of NFPA and 16.2% and 24.3% of somatotropinomas (P=0.03). SIRT7 underexpression was also higher in NFPAs (67.7%) versus somatotropinomas (32.4%; P=0.01) with few cases showing overexpression. SIRT2 and 5 expressions did not differ between tumors subtypes and was not altered in relation to the normal pituitary gland pool. No statistically significant difference was observed in the expression of these genes between invasive and non-invasive tumor groups. However, SIRT1 and 3 expressions were related to tumor size. Mean of the largest tumor diameter was 2.4 ± 1.1 and 3.3 ± 1.3 (P < 0.01) in adenomas with SIRT1 over- and normal expression, respectively. On the other hand, cases with SIRT3 underepression exhibited larger tumors (3.1 ± 1.2) compared to cases with SIRT3 normal expression (2.2 ± 1.1, P < 0.01). Moderated (SIRT1-5.7) or strong (SIRT6) positive correlation was observed between sirtuins and CDKN1A expression. A weak correlation was observed with respect to CDKN2A expression and SIRTs 3-5. Regarding PTTG mRNA, only a weak correlation with SIRT1 and SIRT3 expression was observed. In conclusion, these results suggest that overexpression of SIRT1 and underexpression of SIRTs 3, 4 and 7 could be related to the tumorigenic process in somatotropinomas and NFPAs, respectively. SIRT1 and 3 could also play a role in control of pituitary adenomas cell proliferation

Os problemas da poluição atmosférica atingem todos os grandes centros urbanos, em particular as megacidades com população maior do que 10 milhões de habitantes. Emissões veiculares e industriais destacam-se entre as principais responsáveis pelas altas concentrações de poluentes do ar nesses centros urbanos. Os diferentes componentes da poluição atmosférica, a dose e o tempo de exposição, podem levar a diversos impactos na saúde humana. Esse estudo teve por objetivo avaliar a genotoxicidade da poluição atmosférica (PM2,5 e NO2) e sua correlação com modificações no perfil de metilação das citocinas IL-10 e TNF-alfa, em trabalhadores da cidade de São Paulo/SP ocupacionalmente expostos. Participaram deste estudo 57 indivíduos do gênero masculino, com idades variando entre 28 e 66 anos de idade, trabalhadores em turnos diários de atividades externas na cidade de São Paulo e, portanto, ocupacionalmente expostos à poluição atmosférica. Foram recrutadas 3 categorias de profissionais: 1) controladores de tráfego (n=18); 2) taxistas (n=21) e profissionais do Instituto Florestal (n=18). Esses trabalhadores foram divididos em dois grupos em função dos locais de trabalho e exposição: 1) grupo área urbana (AU), composto pelos controladores de tráfego e taxistas e 2) grupo área periurbana (APU), composto pelos profissionais do Instituto Florestal. Amostradores individuais de poluição atmosférica foram utilizados para a coleta dos poluentes PM2,5 e NO2. A análise da genotoxicidade foi realizada pelo teste de micronúcleos nas células epiteliais da mucosa oral e em linfócitos do sangue periférico. O perfil de metilação das citocinas IL-10 e TNFalfa foi realizado por sequenciamento de nova geração. Nossos resultados mostraram uma diferença na concentração do PM2,5 entre os grupos (AU=32,92?g.m-3, APU=25,77ug.m-3; p=0,0311). Não foi encontrada diferença na concentração de NO2 entre os grupos. Foram encontradas diferenças nas frequências de micronúcleos, tanto em mucosa oral (AU=2,78%, APU=1,16%; p < 0,0001) quanto em linfócitos periféricos (AU=1,51%, APU=0,73%; p < 0,0001). Também foi encontrada diferença na metilação média do gene IL-10 entre os grupos (AU=25%, APU=30%; p=0,0120). Não foi encontrada diferença na metilação média do gene TNF-alfa entre os grupos. Concluímos que os trabalhadores da área urbana da cidade estão expostos a maiores concentrações de PM2,5, possuem maiores frequências de micronúcleos tanto em células da mucosa oral quanto em linfócitos periféricos e apresentam um perfil de hipometilação do gene IL-10 em comparação com os trabalhadores da área periurbana da cidade / The problems of air pollution affect all major urban centers, particularly megacities with populations greater than 10 million. Vehicular and industrial emissions stand out among the main responsible for the high concentrations of air pollutants in these urban centers. The different components of air pollution, the dose and time of exposure, can lead to different impacts on human health. This study aimed to evaluate the genotoxicity of air pollution (PM2,5 and NO2) and its correlation with changes in the methylation profile of the cytokines IL-10 and TNF-alpha in workers of São Paulo/SP occupationally exposed. The study included 57 male individuals, with age range between 28 and 66 years old, workers in daily shifts of outdoor activities in the São Paulo city and therefore occupationally exposed to air pollution. Were recruited professional of three categories: 1) traffic controllers (n=18); 2) taxi drivers (n=21) and professionals from the Forestry Institute (n=18). These workers were divided into two groups according to workplaces and exposure: 1) urban area group (UA), composed of traffic controllers and taxi drivers and 2) peri-urban area group (PUA), composed of professionals from the Forestry Institute. Individual samplers of air pollution were used for the collection of PM2,5 and NO2 pollutants. The analysis was performed by genotoxicity micronucleus test in the buccal mucosa epithelial cells and in peripheral blood lymphocytes. The methylation profile of the cytokines IL-10 and TNF-alpha was done by next generation sequencing. Our results showed a difference in PM2,5 concentration between the groups (UA=32,92ug.m-3, PUA=25,77ug.m-3; p=0,0311). No difference was found in NO2 concentrations between groups. Differences were found in the frequency of micronuclei in both buccal mucosa (UA=2,78%, PUA=1,16%; p < 0,0001) and in peripheral lymphocytes (UA=1,51%, PUA=0,73%; p < 0.0001). Difference was also found in average methylation of the IL-10 gene between the groups (UA=25%, PUA=30%; p=0,0120). There was no difference in the average methylation of TNF-alpha gene between the groups. We conclude that the workers of the urban area of the city are exposed to higher concentrations of PM2,5, have higher frequencies of micronuclei in both the buccal mucosa cells and in peripheral lymphocytes and have a hypomethylation profile of IL-10 gene in comparison with workers the peri-urban area of the city

Os problemas da poluição atmosférica atingem todos os grandes centros urbanos, em particular as megacidades com população maior do que 10 milhões de habitantes. Emissões veiculares e industriais destacam-se entre as principais responsáveis pelas altas concentrações de poluentes do ar nesses centros urbanos. Os diferentes componentes da poluição atmosférica, a dose e o tempo de exposição, podem levar a diversos impactos na saúde humana. Esse estudo teve por objetivo avaliar a genotoxicidade da poluição atmosférica (PM2,5 e NO2) e sua correlação com modificações no perfil de metilação das citocinas IL-10 e TNF-alfa, em trabalhadores da cidade de São Paulo/SP ocupacionalmente expostos. Participaram deste estudo 57 indivíduos do gênero masculino, com idades variando entre 28 e 66 anos de idade, trabalhadores em turnos diários de atividades externas na cidade de São Paulo e, portanto, ocupacionalmente expostos à poluição atmosférica. Foram recrutadas 3 categorias de profissionais: 1) controladores de tráfego (n=18); 2) taxistas (n=21) e profissionais do Instituto Florestal (n=18). Esses trabalhadores foram divididos em dois grupos em função dos locais de trabalho e exposição: 1) grupo área urbana (AU), composto pelos controladores de tráfego e taxistas e 2) grupo área periurbana (APU), composto pelos profissionais do Instituto Florestal. Amostradores individuais de poluição atmosférica foram utilizados para a coleta dos poluentes PM2,5 e NO2. A análise da genotoxicidade foi realizada pelo teste de micronúcleos nas células epiteliais da mucosa oral e em linfócitos do sangue periférico. O perfil de metilação das citocinas IL-10 e TNFalfa foi realizado por sequenciamento de nova geração. Nossos resultados mostraram uma diferença na concentração do PM2,5 entre os grupos (AU=32,92?g.m-3, APU=25,77ug.m-3; p=0,0311). Não foi encontrada diferença na concentração de NO2 entre os grupos. Foram encontradas diferenças nas frequências de micronúcleos, tanto em mucosa oral (AU=2,78%, APU=1,16%; p < 0,0001) quanto em linfócitos periféricos (AU=1,51%, APU=0,73%; p < 0,0001). Também foi encontrada diferença na metilação média do gene IL-10 entre os grupos (AU=25%, APU=30%; p=0,0120). Não foi encontrada diferença na metilação média do gene TNF-alfa entre os grupos. Concluímos que os trabalhadores da área urbana da cidade estão expostos a maiores concentrações de PM2,5, possuem maiores frequências de micronúcleos tanto em células da mucosa oral quanto em linfócitos periféricos e apresentam um perfil de hipometilação do gene IL-10 em comparação com os trabalhadores da área periurbana da cidade / The problems of air pollution affect all major urban centers, particularly megacities with populations greater than 10 million. Vehicular and industrial emissions stand out among the main responsible for the high concentrations of air pollutants in these urban centers. The different components of air pollution, the dose and time of exposure, can lead to different impacts on human health. This study aimed to evaluate the genotoxicity of air pollution (PM2,5 and NO2) and its correlation with changes in the methylation profile of the cytokines IL-10 and TNF-alpha in workers of São Paulo/SP occupationally exposed. The study included 57 male individuals, with age range between 28 and 66 years old, workers in daily shifts of outdoor activities in the São Paulo city and therefore occupationally exposed to air pollution. Were recruited professional of three categories: 1) traffic controllers (n=18); 2) taxi drivers (n=21) and professionals from the Forestry Institute (n=18). These workers were divided into two groups according to workplaces and exposure: 1) urban area group (UA), composed of traffic controllers and taxi drivers and 2) peri-urban area group (PUA), composed of professionals from the Forestry Institute. Individual samplers of air pollution were used for the collection of PM2,5 and NO2 pollutants. The analysis was performed by genotoxicity micronucleus test in the buccal mucosa epithelial cells and in peripheral blood lymphocytes. The methylation profile of the cytokines IL-10 and TNF-alpha was done by next generation sequencing. Our results showed a difference in PM2,5 concentration between the groups (UA=32,92ug.m-3, PUA=25,77ug.m-3; p=0,0311). No difference was found in NO2 concentrations between groups. Differences were found in the frequency of micronuclei in both buccal mucosa (UA=2,78%, PUA=1,16%; p < 0,0001) and in peripheral lymphocytes (UA=1,51%, PUA=0,73%; p < 0.0001). Difference was also found in average methylation of the IL-10 gene between the groups (UA=25%, PUA=30%; p=0,0120). There was no difference in the average methylation of TNF-alpha gene between the groups. We conclude that the workers of the urban area of the city are exposed to higher concentrations of PM2,5, have higher frequencies of micronuclei in both the buccal mucosa cells and in peripheral lymphocytes and have a hypomethylation profile of IL-10 gene in comparison with workers the peri-urban area of the city

As sirtuínas 1-7 (SIRT) constituem uma família altamente conservada de desacetilases de histonas que, de modo geral, participam da regulação da longevidade em diversos organismos, modulando a resposta celular frente ao stress oxidativo e promovendo mecanismo de reparo de DNA, parada do ciclo celular, estabilidade telomérica, senescência e apoptose celulares. O envolvimento das SIRTs no processo tumorigênico tem sido bastante investigado, contudo ainda não existe descrição do estudo desses genes nos adenomas hipofisários. O objetivo desse estudo foi avaliar a expressão gênica das SIRT1-7 nos somatotropinomas e adenomas hipofisários clinicamente não funcionantes (ACNF) e sua relação com o tamanho e a invasividade do tumor. A expressão das sirtuínas foi ainda correlacionada à expressão dos marcadores de senescência CDKN1A (p21) e CDKN2A (p16) e do proto-oncogene PTTG (pituitary tumor transforming gene). Foram selecionados 68 pacientes, 37 somatotropinomas e 31 portadores de ACNF. Desses casos, 33 apresentavam tumores invasivos e 35 eram não invasivos. A quantificação do RNAm das SIRT1-7, CDKN1A, CDKN2A e PTTG foi realizada nas amostras tumorais pela técnica de PCR em tempo real utilizando o método de quantificação relativa 2-??Ct. A hiperexpressão da SIRT1 foi observada em 86,5% dos somatotropinomas versus 41,9% dos ACNF (P < 0.01), não sendo observada perda de expressão desse gene. A SIRT3 foi mais hipoexpressa nos ACNF em relação aos somatotropinomas (77,4% e 40,5%, respectivamente; P < 0.01). A SIRT4 foi hipo e hiperexpressa, respectivamente, em 45,2% e 12,9% dos ACNF e 16,2% e 24,3% dos somatotropinomas (P=0.03). A hipoexpressão da SIRT7 também foi maior nos ACNF (67,7%) versus somatotropinomas (32,4%; P=0.01) e, para ambos os subtipos, o percentual de casos apresentando hiperexpressão desse RNAm foi baixo. O padrão de expressão das SIRT2 e 5 não diferiu entre os subtipos tumorais e não se mostrou alterado em relação ao pool de hipófises normais. Não foi observada diferença estatisticamente significante na expressão dos genes das sirtuínas entre os grupos de tumores invasivos e não invasivos. Contudo, a expressão das SIRT1 e 3 foi relacionada ao tamanho tumoral; nos casos com hiperexpressão da SIRT1 a média do maior diâmetro tumoral foi 2.4 ± 1.1 enquanto nos pacientes com expressão normal foi de 3.3 ± 1.3 (P < 0.01). Já os casos com perda de expressão da SIRT3 apresentaram tumores maiores (3.1 ± 1.2) em relação aos casos com expressão normal (2.2 ± 1.1; P < 0.01). A expressão de todas as SIRTs apresentou correlação positiva moderada (SIRT1-5,7) ou forte (SIRT6) com a expressão do CDKN1A. Uma correlação positiva foi observada também em relação a expressão do CDKN2A. Contudo, essa foi fraca e presente apenas para as SIRTs 3-5. Em relação ao PTTG, foi observado apenas uma fraca correlação com a expressão da SIRT1 e SIRT3. Em conclusão, esses resultados sugerem que a hiperexpressão de SIRT1 e a hipoexpressão das SIRTs 3, 4 e 7 podem estar relacionadas ao processo tumorigênico nos somatotropinomas e ACNFs, respectivamente e, em especial as SIRT1 e 3, ao controle da proliferação celular nesses adenomas / Sirtuins 1-7 (SIRT) are a highly conserved family of histone deacetylases. In general, these proteins are involved in the regulation of longevity in several organisms, modulating the cellular response to oxidative stress. SIRTs can also regulate DNA repair, telomeric stability, cell senescence and apoptosis. Due to their functions, there is a growing interest in the role of sirtuins in tumorigenesis. However, these genes were not investigated in pituitary tumors so far. In this study, SIRT1-7 gene expression was evaluated in somatotropinomas and nonfunctioning pituitary adenomas (NFPA) and related to tumor size and invasiveness. SIRT1-7 expression was also correlated with cellular senescence markers CDKN1A (p21) e CDKN2A (p16) and with the proto-oncogene PTTG (pituitary tumor transforming gene). Sixty-eight patients were selected, 37 with somatotropinomas and 31 with NFPA. Tumor invasion was observed in 33 patients. SIRT1-7, CDKN1A, CDKN2A and PTTG mRNA levels was evaluated from pituitary tumor samples by the real-time PCR using 2-??Ct relative quantification. Pronounced differences in SIRT1, 3, 4 and 7 expressions were identified between somatotropinomas and NFPA. Overexpression of SIRT1 was observed in 86.5% of somatotropinomas versus 41.9% of NFPA (P < 0.01) whereas underexpression was not detected. SIRT3 was more underexpressed in NFPA than somatotropinomas (77.4% and 40.5%, respectively, P < 0.01). SIRT4 was under and overexpressed, respectively, in 45.2% and 12.9% of NFPA and 16.2% and 24.3% of somatotropinomas (P=0.03). SIRT7 underexpression was also higher in NFPAs (67.7%) versus somatotropinomas (32.4%; P=0.01) with few cases showing overexpression. SIRT2 and 5 expressions did not differ between tumors subtypes and was not altered in relation to the normal pituitary gland pool. No statistically significant difference was observed in the expression of these genes between invasive and non-invasive tumor groups. However, SIRT1 and 3 expressions were related to tumor size. Mean of the largest tumor diameter was 2.4 ± 1.1 and 3.3 ± 1.3 (P < 0.01) in adenomas with SIRT1 over- and normal expression, respectively. On the other hand, cases with SIRT3 underepression exhibited larger tumors (3.1 ± 1.2) compared to cases with SIRT3 normal expression (2.2 ± 1.1, P < 0.01). Moderated (SIRT1-5.7) or strong (SIRT6) positive correlation was observed between sirtuins and CDKN1A expression. A weak correlation was observed with respect to CDKN2A expression and SIRTs 3-5. Regarding PTTG mRNA, only a weak correlation with SIRT1 and SIRT3 expression was observed. In conclusion, these results suggest that overexpression of SIRT1 and underexpression of SIRTs 3, 4 and 7 could be related to the tumorigenic process in somatotropinomas and NFPAs, respectively. SIRT1 and 3 could also play a role in control of pituitary adenomas cell proliferation

Le suppresseur de tumeur DOK1 (downstream of tyrosine kinases1) est une protéine régulatrice de voies de signalisation impliquées dans des processus cellulaires tel que la prolifération, la migration et l'apoptose. Le rôle suppresseur de tumeur de DOK1 a été démontré dans des modèles animaux. Les souris knock-out pour DOK1 présentent une forte susceptibilité de développer des leucémies, des tumeurs malignes hématologiques, des adénocarcinomes pulmonaires, ainsi que des sarcomes histiocytaires agressifs. En outre, nous avons rapporté précédemment que le gène DOK1 peut être muté et son expression réprimée dans différentes tumeurs malignes humaines, telles que les lignées cellulaires de lymphome de Burkitt (BL) et la leucémie lymphoïde chronique (LLC). Cependant, les mécanismes de dérégulation de DOK1 restent inconnus, notamment dans les processus de carcinogenèse induite ou non par des oncovirus. Dans ce projet de thèse, nous avons d'abord caractérisé le promoteur de DOK1 et le rôle du facteur de transcription E2F1 comme le principal régulateur de l'expression de DOK1. Nous avons démontré pour la première fois la contribution de DOK1 dans la réponse cellulaire au stress par son rôle suppresseur de prolifération cellulaire et promoteur d'apoptose. Nous avons trouvé que l'expression du gène DOK1 est réprimée dans une variété de cancers humains, y compris le cancer de la tête et du cou, les lymphomes de Burkitt et les cancers du poumon. Cette répression est due à l'hyperméthylation aberrante de DOK1. Nous avons donc étudié les événements épigénétiques, qui sont souvent altérés dans les cancers, et leurs implications dans la répression de DOK1 dans les lignes cellulaire cancéreuses de la tête et du cou. Nous nous sommes par la suite intéressés aux mécanismes de dérégulation de DOK1 par le virus d'Epstein Barr dans le cadre de sa propriété oncogénique dans les lymphocytes B humains ainsi que dans les lignes cancéreuses du lymphome de Burkitt. Nos résultats apportent de nouvelles informations sur les mécanismes de régulation de l'expression de DOK1 dans la carcinogenèse induite ou non par des oncovirus, ce qui pourrait le définir comme un biomarqueur potentiel de cancer et comme une cible intéressante pour des thérapies épigénétiques / The newly identified tumor suppressor DOK1 (downstream of tyrosine kinases1) inhibits cell proliferation, negatively regulates MAP kinase activity, opposes leukemogenesis, and promotes cell spreading, motility, and apoptosis. DOK1 also plays a role in the regulation of immune cell activation, including B cells. The tumor suppressor role of DOK1 was demonstrated in animal models. DOK1 knockout mice show a high susceptibility to develop leukemia, hematological malignancies as well as lung adenocarcinomas and aggressive histiocytic sarcoma. In addition, we previously reported that the DOK1 gene can be mutated and its expression is down-regulated in human malignancies such as Burkitt’s lymphoma cell lines (BL) and chronic lymphocytic leukemia (CLL). However, very little is known about the mechanisms underlying DOK1 gene regulation and silencing in viral- and non viral-related tumorigenesis. In the present project, we first characterized the DOK1 promoter. We have shown the role of E2F1 transcription factor as the major regulator of DOK1 expression and how DOK1 plays a role in DNA stress response though opposing cell proliferation and promoting apoptosis. We demonstrated that DOK1 gene expression is repressed in a variety of human cancers, including head and neck, Burkitt’s lymphoma and lung cancers, as a result of aberrant hypermethylation. We investigated the link between the epigenetic events and DOK1 silencing in non viral head and neck cancer cell lines, and by Epstein Barr virus in relation to its oncogenic activity in human B cells and neoplasia such as Burkitt’s lymphoma. These data provide novel insights into the regulation of DOK1 in viral and non viral-related carcinogenesis, and could define it as a potential cancer biomarker and an attractive target for epigeneticbased therapy

O aneurisma de aorta abdominal (AAA) é uma doença assintomática na maioria dos casos, podendo acometer 5% das pessoas do gênero masculino com idade superior a 65 anos, predispondo ao risco de ruptura com mortalidade em torno de 80%. O presente estudo teve como objetivo avaliar os perfis de expressão gênica e de metilação do DNA no tecido, como também os microRNAs no plasma e no tecido de indivíduos com e sem AAA na tentativa de identificar marcadores biológicos e alvos terapêuticos para o diagnóstico, monitoramento e tratamento precoce do AAA. Os perfis de expressão gênica, miRNA e metilação de DNA dos tecidos da aorta abdominal (n=6) obtidos durante a cirurgia aberta para correção de AAA foram comparados com tecidos da aorta abdominal de doadores de órgãos sem AAA (n=6). Também foram comparados os perfis de miRNAs circulantes no plasma do grupo AAA (n=6) com o grupo-controle de voluntários com as características semelhantes, porém sem AAA (n=6). Para a análise da expressão gênica, utilizou-se a qPCR Array, analisando-se genes relacionados ao endotélio vascular humano (PAHS-015Z, QIAGEN®). A análise do perfil de miRNA foi realizada utilizando-se Human miFinder 384HC miScript miRNA PCR Array (MIHS-3001Z, QIAGEN®) e, para análise de metilação do DNA, utilizou-se a qPCR array com 22 genes das vias de estresse e toxicidade EpiTect Methyl II (EAHS-581Z, QIAGEN®). O software Ingenuity Pathway analysis (IPA®) foi utilizado para identificação das prováveis relações entre os microRNAs e a expressão gênica realizada nesta pesquisa. No estudo da expressão gênica, quatro genes (SPHK-1, TYMP, ALOX5 e HIF1A) foram identificados como mais expressos e outros 6 genes (PTGIS, CX3CL1, ITGB1, COL18A-1, FN1 e AGTR1) apresentaram expressão reduzida nos tecidos de AAA. Na análise do perfil de miRNAs, 24 miRNAs foram significantemente mais expressos e 35 miRNAs menos expressos no tecido. No plasma de indivíduos com AAA, 8 miRNAs apresentaram-se mais expressos e 9 miRNAs menos expressos. Dois miRNAs, miR-328-3p e let-7c-5p demonstraram expressões comuns entre tecido e plasma. Quanto ao padrão de metilação de DNA, somente o gene GDF15 teve grau de metilação maior nos tecidos de AAA quando comparado ao grupo-controle. A análise funcional revelou que o gene PTGIS (prostaciclina sintetase), um potente vasodilatador e inibidor da atividade plaquetária, foi reprimido pelo miR-150-5p, que se mostrou 7,5 vezes mais expresso no tecido de AAA, e teve uma possível interação com o miR-328-3p, cuja expressão foi 3,7 vezes mais baixa no tecido. Os genes com expressão reduzida nos tecidos do AAA foram alvos de miRNAs com expressão aumentada, evidenciando a importância e influência dos fatores epigenéticos tanto para o desenvolvimento quanto para a gravidade do AAA. / Abdominal aortic aneurism (AAA) is an asymptomatic disease in the majority of cases that may occur in 5% of males over age 65, predisposing to the risk of rupture leading to a mortality rate of 80%. The aim of this study was to evaluate the DNA metilation and gene expression profile in tissue, and microRNA expression pattern in both plasma and tissue samples from individuals with and without AAA to identify biological markers and therapeutic targets for an early diagnosis and treatment of AAA, respectively. Genes and miRNA expression and DNA metilation profiles in AAA tissues (n= 6) were compared to abdominal aortic tissues obtained from organ donators without AAA (n = 6). We also compared circulating miRNAs profiles in plasma samples, between AAA (n = 6) and the control group without AAA (n = 6). For the gene expression analysis we used a qPCR Array (PAHS-015Z, QIAGEN®) to analyze genes related to human vascular endothelium. For the miRNA expression pattern and for DNA methylation analysis we used the Human miFinder 384HC miScript miRNA PCR Array (MIHS-3001Z, QIAGEN®) and EpiTect Methyl II (EAHS-581Z, QIAGEN®), respectively. The Ingenuity software was used to identify the interactions between the miRNAs and genes evaluated in this study. Four genes (SPHK-1, TYMP, ALOX5 and HIF1A) were upregulated and six other genes (PTGIS, CX3CL1, ITGB1, COL18A-1, FN1 e AGTR1) were downregulated in AAA tissues. In addition, the miRNAs analysis showed 24 miRNAs more expressed and 35 miRNAs less expressed in AAA tissue than controls. Although in plasma samples, AAA group presented 8 miRNAs more expressed and 8 miRNAs less expressed than controls. Only, miR-328-3p and let-7c-5p were differently expressed between AAA and controls in both tissue and plasma samples. DNA methylation analysis showed that the gene GDF15 was hypermethylated in AAA tissues when compared to the control group. Functional analysis revealed that PTGIS, a potent vasodilator and platelet activity inhibitor was supressed by miR-150-5p, which had a seven-fold increase in AAA tissues. Moreover, a possible interaction between PTGIS and miR-328-3p, about 4-fold decreased in AAA tissues, was showed. Thus, the downregulated genes in AAA tissues are targets of miRNAs with increased expression in the same biological sample. These results highlight the importance and influence of epigenetic factors for both development and severity of AAA.

O aneurisma de aorta abdominal (AAA) é uma doença assintomática na maioria dos casos, podendo acometer 5% das pessoas do gênero masculino com idade superior a 65 anos, predispondo ao risco de ruptura com mortalidade em torno de 80%. O presente estudo teve como objetivo avaliar os perfis de expressão gênica e de metilação do DNA no tecido, como também os microRNAs no plasma e no tecido de indivíduos com e sem AAA na tentativa de identificar marcadores biológicos e alvos terapêuticos para o diagnóstico, monitoramento e tratamento precoce do AAA. Os perfis de expressão gênica, miRNA e metilação de DNA dos tecidos da aorta abdominal (n=6) obtidos durante a cirurgia aberta para correção de AAA foram comparados com tecidos da aorta abdominal de doadores de órgãos sem AAA (n=6). Também foram comparados os perfis de miRNAs circulantes no plasma do grupo AAA (n=6) com o grupo-controle de voluntários com as características semelhantes, porém sem AAA (n=6). Para a análise da expressão gênica, utilizou-se a qPCR Array, analisando-se genes relacionados ao endotélio vascular humano (PAHS-015Z, QIAGEN®). A análise do perfil de miRNA foi realizada utilizando-se Human miFinder 384HC miScript miRNA PCR Array (MIHS-3001Z, QIAGEN®) e, para análise de metilação do DNA, utilizou-se a qPCR array com 22 genes das vias de estresse e toxicidade EpiTect Methyl II (EAHS-581Z, QIAGEN®). O software Ingenuity Pathway analysis (IPA®) foi utilizado para identificação das prováveis relações entre os microRNAs e a expressão gênica realizada nesta pesquisa. No estudo da expressão gênica, quatro genes (SPHK-1, TYMP, ALOX5 e HIF1A) foram identificados como mais expressos e outros 6 genes (PTGIS, CX3CL1, ITGB1, COL18A-1, FN1 e AGTR1) apresentaram expressão reduzida nos tecidos de AAA. Na análise do perfil de miRNAs, 24 miRNAs foram significantemente mais expressos e 35 miRNAs menos expressos no tecido. No plasma de indivíduos com AAA, 8 miRNAs apresentaram-se mais expressos e 9 miRNAs menos expressos. Dois miRNAs, miR-328-3p e let-7c-5p demonstraram expressões comuns entre tecido e plasma. Quanto ao padrão de metilação de DNA, somente o gene GDF15 teve grau de metilação maior nos tecidos de AAA quando comparado ao grupo-controle. A análise funcional revelou que o gene PTGIS (prostaciclina sintetase), um potente vasodilatador e inibidor da atividade plaquetária, foi reprimido pelo miR-150-5p, que se mostrou 7,5 vezes mais expresso no tecido de AAA, e teve uma possível interação com o miR-328-3p, cuja expressão foi 3,7 vezes mais baixa no tecido. Os genes com expressão reduzida nos tecidos do AAA foram alvos de miRNAs com expressão aumentada, evidenciando a importância e influência dos fatores epigenéticos tanto para o desenvolvimento quanto para a gravidade do AAA. / Abdominal aortic aneurism (AAA) is an asymptomatic disease in the majority of cases that may occur in 5% of males over age 65, predisposing to the risk of rupture leading to a mortality rate of 80%. The aim of this study was to evaluate the DNA metilation and gene expression profile in tissue, and microRNA expression pattern in both plasma and tissue samples from individuals with and without AAA to identify biological markers and therapeutic targets for an early diagnosis and treatment of AAA, respectively. Genes and miRNA expression and DNA metilation profiles in AAA tissues (n= 6) were compared to abdominal aortic tissues obtained from organ donators without AAA (n = 6). We also compared circulating miRNAs profiles in plasma samples, between AAA (n = 6) and the control group without AAA (n = 6). For the gene expression analysis we used a qPCR Array (PAHS-015Z, QIAGEN®) to analyze genes related to human vascular endothelium. For the miRNA expression pattern and for DNA methylation analysis we used the Human miFinder 384HC miScript miRNA PCR Array (MIHS-3001Z, QIAGEN®) and EpiTect Methyl II (EAHS-581Z, QIAGEN®), respectively. The Ingenuity software was used to identify the interactions between the miRNAs and genes evaluated in this study. Four genes (SPHK-1, TYMP, ALOX5 and HIF1A) were upregulated and six other genes (PTGIS, CX3CL1, ITGB1, COL18A-1, FN1 e AGTR1) were downregulated in AAA tissues. In addition, the miRNAs analysis showed 24 miRNAs more expressed and 35 miRNAs less expressed in AAA tissue than controls. Although in plasma samples, AAA group presented 8 miRNAs more expressed and 8 miRNAs less expressed than controls. Only, miR-328-3p and let-7c-5p were differently expressed between AAA and controls in both tissue and plasma samples. DNA methylation analysis showed that the gene GDF15 was hypermethylated in AAA tissues when compared to the control group. Functional analysis revealed that PTGIS, a potent vasodilator and platelet activity inhibitor was supressed by miR-150-5p, which had a seven-fold increase in AAA tissues. Moreover, a possible interaction between PTGIS and miR-328-3p, about 4-fold decreased in AAA tissues, was showed. Thus, the downregulated genes in AAA tissues are targets of miRNAs with increased expression in the same biological sample. These results highlight the importance and influence of epigenetic factors for both development and severity of AAA.

INTRODUÇÃO: Fatores associados à etiopatogenia das complicações diabéticas, incluindo hiperglicemia e estresse oxidativo, podem causar alterações epigenéticas que modificam a expressão de genes em células-alvo, sem alterar sua sequência de DNA. São considerados mecanismos epigenéticos: (1) as modificações pós-traducionais das histonas; (2) a metilação do DNA e (3) a ação dos micro-RNAs (miRNAs); todos já foram reconhecidos na patogênese da \"memória metabólica\", situação na qual a hiperglicemia continua a exercer efeitos deletérios prolongados mesmo depois de ser normalizada. A sirtuína-1 é uma enzima que causa modificações pós-traducionais das histonas por sua atividade de histona desacetilase, silenciando a transcrição gênica. O silenciamento gênico também pode ocorrer pela ação da DNA metiltransferase 1 (DNMT1), enzima que adiciona um grupamento metil (CH3) na posição 5 de resíduos de citosina localizadas em ilhas CpG presentes nas regiões promotoras dos genes. Os miRNAs constituem uma classe de pequenos RNAs não codificadores com cerca de 19 a 25 nucleotídeos que controlam a expressão gênica por meio da repressão da tradução ou da degradação do RNA mensageiro-alvo. As hipóteses do presente estudo são (1) que exista um perfil sérico de miRNAs associado à presença ou ausência de complicações crônicas e (2) que existam variantes em genes relacionados à desacetilação das histonas e à metilação de citosinas que poderiam predispor ao aparecimento das complicações diabéticas, o que se constituiria na \"genética da epigenética\". OBJETIVOS: (1) caracterizar e comparar o perfil de miRNAs sérico de pacientes com diabetes mellitus tipo 1 (DM1) sem nenhuma complicação microvascular versus aqueles com três complicações microvasculares: retinopatia diabética (RD), doença renal diabética (DRD) e neuropatia diabética, para identificar vias epigeneticamente moduladas nesses dois grupos de pacientes e (2) avaliar a frequência de polimorfismos de um único nucleotídeo nos genes que codificam as enzimas DNMT1 e sirtuína-1 e suas associações com cada uma das complicações microvasculares em pacientes com DM1. MÉTODOS: O perfil sérico de 381 miRNAs foi avaliado com o uso do estojo comercial Taqman® Human MicroRNA Array A em 10 pacientes bem caracterizados clínica e laboratorialmente divididos em dois grupos: Pacientes com DM1 sem complicações [sem DRD (Clearance de creatinina > 90 ml/min/1,73 m2 e excreção urinária de albumina < 20 mg/g de creatinina), sem polineuropatia sensitivo-motora distal (ausência de sintomas sugestivos de neuropatia, sensibilidade térmica e dolorosa e reflexo aquileu normais), sem neuropatia autonômica cardiovascular (NAC) e sem RD] e Pacientes com DM1 com complicações [DRD (Clearance de creatinina < 60 ml/min/1,73 m2 e excreção urinária de albumina > 200 mg/g de creatinina), com polineuropatia sensitiva-motora distal, com NAC instalada e RD moderada ou grave]. Os cinco miRNAs mais diferencialmente expressos foram validados em uma casuística bem caracterizada de 20 pacientes com DM1 sem nenhuma complicação e 27 com todas as complicações microvasculares, com o emprego do estojo comercial TaqMan(TM) Advanced miRNA cDNA Synthesis. A avaliação da frequência de polimorfismos de um único nucleotídeo nos genes que codificam as enzimas DNMT1 (rs8112895, rs7254567, rs11085721, rs17291414, rs10854076) e sirtuína-1 (rs10997870; rs12766485) foi realizada após a genotipagem por reação em cadeia da polimerase em tempo real, em uma casuística composta por 466 pacientes com DM1. RESULTADOS: Do total de 377 miRNAs-alvo avaliados no soro dos pacientes com DM1, um total de 21 miRNAs estava superexpresso no grupo com complicações. Dos 5 miRNAs para os quais foi realizada a validação na casuística de 47 pacientes com DM1, dois foram confirmados como superexpressos na população com complicações (hsa-miR-518d-3p e hsa-miR-618). O polimorfismo rs11085721 no gene que codifica a DNMT1 associou-se à presença de NAC no sexo feminino, sendo o alelo raro C considerado de risco e conferindo um odds ratio (intervalo de confiança de 95%) de 2,44 (1,26-5,28). Nenhum polimorfismo da sirtuína-1 associou-se às complicações microvasculares avaliadas. CONCLUSÃO: o perfil de miRNAs séricos difere entre pacientes com DM1 com e sem complicações. O achado de uma variante em um gene que codifica a enzima de uma via epigenética conferir suscetibilidade a uma complicação crônica sugere que também exista a \"genética da epigenética\" modulando o desenvolvimento das complicações / INTRODUCTION: Factors associated with the etiopathogenesis of diabetic complications, including hyperglycemia and oxidative stress, may cause epigenetic changes that modify the expression of genes in target cells without altering their DNA sequence. The following mechanisms are considered epigenetics: (1) post-translational modifications of histones; (2) methylation of DNA and (3) action of micro-RNAs (miRNAs); all have already been recognized in the pathogenesis of \"metabolic memory\", a situation in which hyperglycemia exerts prolonged deleterious effects even after its normalization. Sirtuin-1 is an enzyme that causes post-translational modifications of histones by their histone deacetylase activity, silencing gene transcription. Gene silencing may also occur through the action of DNA methyltransferase 1 (DNMT1), an enzyme that adds a methyl group (CH3) at position 5 of cytosine residues located in CpG islands from gene-promoter regions. miRNAs are a class of small non-coding RNAs with about 19 to 25 nucleotides that control gene expression by promoting translation repression or degradation of target messenger RNAs. The hypotheses of the present study are (1) there is a serum profile of miRNAs associated with the presence or absence of chronic complications and (2) there are variants in genes related to histone deacetylation and cytosine methylation that could predispose to diabetes complications, which would constitute the \"genetics of epigenetics\". OBJECTIVES: (1) to characterize and compare the serum miRNA profile of patients with type 1 diabetes mellitus (T1D) without any microvascular complications versus those with three microvascular complications: diabetic retinopathy (DR), diabetic kidney disease (DKD) and diabetic neuropathy to identify signaling pathways epigenetically modulated in these two groups of patients and (2) to assess the frequency of single nucleotide polymorphisms in the genes encoding DNMT1 and sirtuin-1 and their associations with each of the microvascular complications in T1D patients. METHODS: The serum profile of 381 miRNAs was evaluated using the Taqman® Human MicroRNA Array A kit in 10 clinical and laboratory well-characterized patients divided into two groups: Patients without microvascular complications: without DKD (creatinine clearance> 90 ml/min/1.73 m2 and urinary albumin excretion < 20 mg / g creatinine), without distal sensory-motor polyneuropathy (absence of symptoms suggestive of neuropathy and normal thermal and pain sensitivity and Achilles reflex), without cardiovascular autonomic neuropathy (CAN) and without DR; and T1D patients with complications: with DKD (creatinine clearance < 60 ml / min / 1.73 m2 and urinary albumin excretion> 200 mg / g creatinine), with distal sensory-motor polyneuropathy, with CAN and with DR moderate or severe. The five most differentially expressed miRNAs were validated in a well-characterized case series of 20 patients with no complications and 27 patients with all microvascular complications using the TaqMan (TM) Advanced miRNA cDNA Synthesis kit. The evaluation of the frequency of single nucleotide polymorphisms in genes encoding the DNMT1 (rs8112895, rs7254567, rs11085721, rs1729414, rs10854076) and sirtuin-1 (rs10997870; rs12766485) was performed by genotyping using real-time polymerase chain reaction in a sample of 466 T1D patients. RESULTS: Of the total of 377 target miRNAs evaluated in the serum of T1D patients, 21 miRNAs were overexpressed in the group with complications. Of the 5 miRNAs for which validation was performed in 47 patients, two were confirmed as overexpressed in the group with complications (hsa-miR-518d-3p and hsa-miR-618). The polymorphism rs11085721 in the gene encoding DNMT1 was associated with the presence of CAN in female patients, with the minor allele C being considered of risk and conferring an odds ratio (95% confidence interval) of 2.44 (1.26 - 5.28). Polymorphisms in the gene encoding Sirtuin-1 did not associate with microvascular complications. CONCLUSION: the serum miRNA profile differs between patients with and without microvascular complications. A variant in a gene encoding a enzyme of an epigenetic pathway conferring susceptibility to a chronic complication suggests that there is also the \"genetics of epigenetics\" modulating the development of complications