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Simplified Low Copy Number Dna Analysis By Post Pcr Purification

Smith, Pamela 01 January 2006 (has links)
Frequently evidentiary items contain an insufficient quantity of DNA to obtain complete or even partial DNA profiles using standard forensic gentotyping techniques. Here, various methods of post PCR purification were evaluated for their effects on the sensitivity of fluophore-based allelic detection. A method of post PCR purification is described which increases the sensitivity of standard 28 cycle PCR such that low copy number DNA templates (<100 pg DNA) can be analyzed. Full profiles were consistently obtained with as little as 20 pg template DNA without increased cycle number. In mock case type samples with dermal ridge fingerprints, genetic profiles were obtained by amplification with 28 cycles followed by post-PCR purification whereas no profiles were obtained without purification of the PCR product. Allele drop-out, increased stutter, and contamination (allele drop-in) typical of LCN analysis were observed. A single incident of contamination was observed in a reagent blank (not duplicated upon re-amplification) however, no contamination was observed in negative amplification controls.
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COPPER(I) CATALYZED EXO-SELECTIVE [CN+C+CC] 1,3-DIPOLAR CYCLOADDITIONS and STUDIES TOWARDS THE TOTAL SYNTHESIS OF KAITOCEPHALIN

HU, JIEYU 27 May 2010 (has links)
No description available.
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Vers la synthèse d'une nouvelle classe d'iminosucres conformationnellement contraints : ouverture d'azétidines, cyclisation 4-exo-trig et C-H amination catalytique / Toward the synthesis of a new class of conformationally strained iminosugars : azetidine ring-opening, 4-exo-trig cyclization and catalytic C-H amination

Nocquet, Pierre-Antoine 31 October 2013 (has links)
De précédentes études dans notre groupe ont montré que l'α-1-C-nonyl-1,5-didésoxy-1,5-imino-D-xylitol était un inhibiteur puissant de la β-glucocérébrosidase, enzyme impliquée dans la maladie de Gaucher. Il a été supposé que la conformation chaise inversée de ce composé pouvait expliquer en partie sa forte affinité avec la glycosidase cible. L'objectif ce travail de thèse était la synthèse d'une nouvelle classe d’iminosucres, basée sur un squelette 1-azaspiro[3.3]heptane, possédant deux cycles à 4 membres, analogue conformationnellement contraint de notre "lead" en série iminoxylitol. La première stratégie de synthèse envisagée a permis de mettre en avant une nouvelle réaction tandem d'ouverture d'azétidines conduisant à des spirocyclopropyl γ-lactames. La seconde stratégie testée a conduit dans un premier temps à la formation hautement stéréosélective d'un cyclobutane tétrasubstitué par une réaction radicalaire induite par le SmI2 − permettant ainsi la synthèse des premiers exemples de carbasucres à 4 membres − puis à la formation du carbone azaspiranique de notre cible par une réaction de C-H amination catalysée par des complexes de rhodium. / Previous studies in our group has shown that α-1-C-nonyl-1,5-dideoxy-1,5-imino-D-xylitol was a strong inhibitor of β-glucocerebrosidase, the enzyme involved in Gaucher disease. It was supposed that the inverted chair conformation of this compound could partially explain its high affinity with the target glycosydase.The goal of this PhD work was the synthesis of a new class of iminosugars based on 1-azaspiro[3.3]heptane structures, as conformationally strained analogues of our lead in the iminoxylitol series. During the course of our synthetic study, new azetidine ring-opening tandem reaction leading to spirocyclopropyl γ-lactames has been discovered. The most promising strategy evaluated led to the highly stereoselective formation of a tetrasubstituted cyclobutane via a SmI2-mediated radical reaction − leading to the synthesis of the first exemples of 4-membered carbasugars − then to the formation of the azaspiranic carbon of our target by way of rhodium-catalyzed C-H amination reaction.
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Modélisation et simulation numérique de l'exo-diffusion du bore dans les oxydes encapsulés des technologies CMOS déca-nanométriques

Pelletier, Bertrand 13 July 2011 (has links)
Cette étude s’est portée sur l’interaction des empilements diélectriques nitrure/oxyde avec la répartition du bore dans les zones sources et drain après le recuit d’activation. L’utilisation des procédés de dépôt des couches de nitrure et d’oxyde réalisées à basse température a permis de limiter l’impact de ces étapes de dépôt sur les performances électriques du dispositif. En revanche, des budgets thermiques de dépôt plus faibles induisent également une concentration d’hydrogène plus importante dans les films. Cette accumulation d’hydrogène dans les couches diélectriques en contact avec les zones source et drain augmente la quantité de bore pouvant diffuser depuis le silicium vers l’oxyde, ce phénomène entraine des modifications de la répartition du bore dans les zones implantées et par conséquent une modification des performances électriques du transistor. Au cours de ces travaux nous avons développé un modèle physique couplant les échanges d’hydrogène durant le recuit entre les couches de diélectrique et la diffusion du bore entre le substrat et l’oxyde. Ce modèle a été validé d’une part en simulant les profils de bore après recuit en fonction des différentes conditions de dépôt nitrure et oxyde, et d’autre part en couplant des mesures de contrainte mécanique avec des mesures de désorption thermique d’hydrogène. Ces travaux ont mis en évidence deux mécanismes de régulation de l’hydrogène dans la couche d’oxyde pendant le recuit. Le premier est le rôle de l’encapsulation du nitrure, la diffusion de l’hydrogène dans les nitrures étant plus faible que dans l’oxyde une partie de l’hydrogène dans l’oxyde en dessous est bloqué dans la couche durant le recuit. Le deuxième est le rôle du nitrure comme source d’hydrogène dans l’empilement. / This study has focused on the interaction of dielectric stacks nitride/oxide with the boron distribution in the source and drain areas after the activation annealing. The low temperature deposition processes of nitride and oxide layers limit the impact of these deposition steps on the electrical performance of the device. However the thermal budgets of lower deposit also induce a higher concentration of hydrogen. This hydrogen accumulation in the dielectric layer in contact with the source and drain regions increases the boron diffusion into the silicon oxide and causing modification of the boron distribution into the implanted zones and therefore an electrical performance modification of the device. In this work we developed a physical model combining the hydrogen exchange during annealing between the dielectric layers and boron out-diffusion between the substrate and silicon oxide. This model was validated firstly by simulating the profiles of boron after annealing for different deposition conditions nitride and oxide, and also by coupling measurements of mechanical stress with hydrogen thermal desorption spectroscopy (TDS). This research revealed two mechanisms of hydrogen regulation in oxide layer during annealing. First, the role of nitride encapsulation, hydrogen diffusion in nitride layer is lower than in oxide so hydrogen cannot degas out during anneal. The second is the role of nitride as a hydrogen source into the stack
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Studies towards the synthesis of bioactive natural products and development of new synthetic methods / Approches synthétiques de produits naturels bioactifs et développement de nouvelles méthodes de synthèse

Khanizeman, Rabi'ah Nisha 06 June 2017 (has links)
Plus de la moitié des médicaments mis sur le marché entre 1981 et 2014 sont des produits naturels ou des dérivés. Ainsi, les structures des produits naturels sont une excellente source d'inspiration pour la découverte de nouveaux médicaments. L'introduction de cette thèse met en lumière le rôle important joué par les produits naturels en chimie médicinale. De plus, la préparation de produits naturels peut déboucher sur le développement de nouvelles méthodes de synthèse. Ainsi, au cours de cette thèse une approche synthétique de plusieurs produits naturels a été réalisée. Ces composés présentent des motifs clés tels que des amino-alcools 1,3, des diamines 1,3 ou un tétrahydropyrane. Les études synthétiques réalisées comprennent le développement de nouvelles méthodes pour accéder à ces structures. D'autre part, une réaction de Heck permettant l'accès à des précurseurs de tri-aryl éthylènes a été mise au point. / It has been estimated that more than half of all approved drugs, from the period 1981 to 2014, are either natural products or their derivatives. This, thus, indicates that natural products (NP), together with natural product derived and natural product inspired structures are significant as sources for potential leads towards the discovery of new drugs. The introduction of this thesis thereby highlights the importance of natural products in the field of drug discovery. In addition, the introduction emphasizes on the importance of natural products as a field of research. This is as the synthesis of natural products can result in the development of new synthetic methods which can then be applied to a broader range of applications across the field of chemistry. This new information, thus, bridges a gap in the scientific knowledge and allows for progress in science. Therefore the content of this thesis describes the syntheses and development of new synthetic methods towards bioactive natural products containing 1,3-amino alcohol, 1.3-diamine, THP-ring as well as tri-aryl ethylene unit which represent the key themes of (+)-negamycin (Chapter 1), (-)-cernuine and (+)-cermizine D (Chapter 2), enigmazole A (Chapter 3) and tamoxifen (Chapter 4), respectively.
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Dynamique bactérienne en Manche orientale - Relations avec les poussées de Phaeocystis globosa.

Lamy, Dominique 19 June 2006 (has links) (PDF)
Ce travail porte sur la dynamique bactérienne (abondances totale, vivante et active, productions de cellules et de biomasse, activités de dégradation exo-enzymatique) en Manche orientale, depuis une approche écosystémique à l'application d'outils microbiens spécifiques. Il permet de mieux comprendre le rôle des bactéries, jusqu'alors peu étudiées en Manche orientale, dans les flux de matière et d'énergie, particulièrement en période de floraison printanière.<br />Le premier objectif consistait à déterminer la réponse du bactérioplancton à la variabilité spatio-temporelle du milieu, à l'échelle (i) de l'écosystème au cours de deux années consécutives (2003/2004), (ii) saisonnière sur le site de Wimereux et (iii) journalière au cours de suivis Lagrangiens de masse d'eau. Cette étude montre que les années 2003 et 2004 ont été très différentes en termes de fonctionnement trophique du réseau microbien. Par ailleurs, la diversité des paramètres de contrôle de la dynamique bactérienne (température, disponibilité en matières organiques, pression de prédation) conditionne son caractère saisonnier. Sur un cycle journalier, l'application de deux méthodes de mesure de la production a permis une analyse plus précise et plus fine des conditions de croissance bactérienne.<br />Afin d'évaluer le rôle trophique du bactérioplancton, particulièrement lors des blooms massifs de Phaeocystis globosa, les fractions cellulaires viables et actives du pool bactérien, responsables de l'activité mesurée, ont été estimées. Les abondances de ces cellules augmentent significativement en réponse aux matières organiques accumulées pendant et après le bloom phytoplanctonique. Des mesures d'activité exo-enzymatique montrent une dégradation bactérienne significative des matières issues du bloom, et soulignent l'existence d'une étroite relation « trophique » entre bactéries et P. globosa.
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Formation d'éthers d'énol par réaction de type Julia- Kocienski et leur conversion en spirocétals : application à la synthèse de la Broussonetine H et à la synthèse d'analogues du Bistramide A

Bourdon, Benjamin 12 November 2009 (has links) (PDF)
Les spirocétals sont des sous-unités présentes dans de nombreuses molécules naturelles d'intérêt biologique. Pour accéder à ces structures, la spirocyclisation d'éthers d'énol en milieu acide est une méthode de choix. L'application de la réaction de Julia-Kocienski à des lactones a permis d'obtenir exo-glycals et éthers d'énol exo-cycliques tri- et tétrasubstitués. Selon l'hétérocycle porté parla sulfone engagée, l'un ou l'autre des diastéréoisomères de l'éther d'énol peut être obtenu préférentiellement. La spirocyclisation des produits formés, si elle est réalisée dans des conditions thermodynamiques, mène au [6.6]-spirocétal le plus stable. Des conditions permettant d'obtenir le diastéréoisomère cinétique ont également été étudiées. Les spirocétals ainsi préparés ont été utilisés en synthèse totale. Par exemple, le fragment spirocétal de la Broussonetine H, ainsi que l'unité iminosucre, ont été obtenus efficacement de façon énantiopure. Enfin, les spirocétals diversement substitués ont permis de préparer plusieurs analogues du Bistramide A. Ce métabolite marin est un agent anticancéreux puissant qui se lie à l'actine pour bloquer la division cellulaire mais des interactions avec PKC-TM, notamment impliquant l'apoptose, sont à l'étude.
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Réactions de cycloisomérisation catalysées par des complexes d'argent ou de rhodium pour accéder à des dérivés de furoquinoléine, pyranoquinoléine et dibenzofurane

Parker, Évelyne 16 December 2010 (has links) (PDF)
Ce mémoire de thèse est composé de deux parties distinctes ayant comme thématique commune, les réactions de cycloisomérisation. Nous nous sommes intéressés dans un premier temps au développement d'une réaction tandem d'acétalisation / cycloisomérisation catalysée par des sels d'argents. Cette méthodologie nous a permis d'accéder sélectivement aux familles des furoquinoléines et des pyranoquinoléines. Ces composés ont été testés comme agents antipaludiques et ont donné des résultats prometteurs. Une gamme de dérivés de furoquinoléine a également donné des activités cytotoxiques intéressantes. L'étude de leur potentielle activité antitumorale s'inscrit dans le cadre d'un projet financé par la Ligue Nationale contre le Cancer. Une étude approfondie de la réaction tandem, nous a permis de mettre en évidence l'influence de composés azotés sur le comportement du sel d'argent. Cette caractéristique nous a conduits à catalyser nos réactions grâce à un complexe inusité jusqu'alors en catalyse organométallique : l'imidazolate d'argent. Dans un deuxieme temps, nous avons étudié une réaction de benzannélation catalysée par des sels de rhodium ou d'argent. La stratégie de synthèse implique des systèmes de type benzofurane, porteurs d'énynes fonctionnalisées par un éther d'énol silylé, et conduit à des dérivés de dibenzofuranes. Ces hétérocycles, connus pour être biologiquement actifs, présentent un intérêt particulier dans la chimie thérapeutique. Nous avons également travaillé sur des indoles et avons pu synthétiser des dérivés d'oxindole originaux
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Investigation Of Cytocidal Effect Of K5 Type Yeast Killer Protein On Sensitive Microbial Cells

Sertkaya, Abdullah 01 September 2005 (has links) (PDF)
Some yeasts secrete polypeptide toxins, which are lethal to other sensitive yeast cells, gram-positive pathogenic bacteria and pathogenic fungi. Therefore these are designated as killer toxins. Killer toxins are suggested as potent antimicrobial agents especially for the protection of fermentation process against contaminating yeasts, biological control of undesirable yeasts in the preservation of foods. Moreover they are promising antimicrobial agents in the medical field / due to immune system suppressing diseases like AIDS, there is an increase in the incidence of fungal diseases and current antimycotics have low selectivity and severe side effects. In this study our aim was to explain the cytocidal effect and enzymatic properties of K5 type yeast killer protein, which is secreted by Pichia anomala NCYC 434 cells, and known to have a broad range of killing spectrum. Competitive inhibition of the toxin with cell wall polysaccharides showed that primary binding site of toxin is &amp / #946 / -1,3-glucans of sensitive cells. Toxin showed exo-&amp / #946 / -1,3-glucanase activity which causes loss of cell wall rigidity leading cell death. Km and Vmax were found to be 0,3 mg/ml and 372,3 &micro / mol/min/mg for laminarin hydrolysis. The toxin exerted its cytocidal effect after 2 h contact with the target cells. Toxin production was found to be dependent on &amp / #946 / -1,3-glucan content of the media. Toxin activity was completely inhibited by Hg+2 ,while several metal ions and DTT increased the activity to different extends. Our findings revealed the characteristics of K5 type killer toxin which will help for its possible uses in near future.
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The development and application of radical and anionic cyclisations mediated by samarium(II) diodide and protic co-solvents

Collins, Karl Daniel January 2012 (has links)
The development of selective SmI2-H2O-mediated mono-reductions of cyclic-1,3-diesters to the corresponding 3-hydroxy acids is described. The reaction proceeds with complete selectivity for cyclic-1,3-diesters over acyclic esters. Sequential one-pot conjugate reduction-ester reduction of alkylidene cyclic-1,3-diesters is also reported. Furthermore, we describe the exploitation of the unusual ketyl radical intermediates formed via single electron reduction of the ester carbonyl in unprecedented 5-exo-trig cyclisations providing access to highly substituted, stereo-defined, cyclopentanols and cyclopentanones. Also described is the use of a silicon control element to direct the stereochemical outcome of the SmI2-MeOH-mediated conjugate reduction-intramolecular aldol cyclisations of α,β-unsaturated lactones. These cyclisations generate two contiguous quaternary centres with complete diastereocontrol; the utility of the silicon-directing group as a synthetic handle for derivatisation of the cyclisation products has also been demonstrated. These cyclisations have been applied in a model approach to the anti-mitotic natural product pseudolaric acid B.

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