Made available in DSpace on 2016-05-19T13:08:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 173.pdf: 1047808 bytes, checksum: 48de5cc0086090a92e066047b4e59660 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Os tripanossomatídeos possuem uma combinação não usual de mecanismos moleculares, e seus processos de regulação de expressão gênica ocorreram a nível pós-transcricional. Acredita-se que essa regulação envolva tanto o controle da estabilidade dos mRNAs, como sua tradução em proteínas, eventos em que atua a proteína de ligação à cauda poli-A (PABP - Poly-A Binding Protein), uma das principais proteínas de ligação a RNAs em eucariotos. Um grande número destas proteínas está presente nos tripanosomatídeos, se caracterizando por possuírem domínios típicos de ligação a RNA, como o domínio RRM (RNA Recognition Motif). Dentre estas se destacam as proteínas de ligação a sequências ricas em uridina (UBPs), que se mostraram capazes de interagir com homólogos de PABP. Outras proteínas hipotéticas contendo domínios de ligação a RNA foram identificadas em ensaios que buscavam parceiros diferenciais para os três homólogos de PABP de Leishmania. Este trabalho se propôs a contribuir na caracterização funcional das proteínas UBPs e das proteínas hipotéticas, através da otimização de sua expressão de forma heteróloga em L. infantum, fusionadas ao epítopo HA. Para isto, os genes codificantes dos três homólogos de UBPs, e de cinco outras proteínas de ligação a RNA que parecem interagir com PABPs, foram amplificados e clonados em vetor de expressão de Leishmania. As construções geradas foram transfectadas em L. infantum e a expressão de seis destas proteínas avaliada. Os resultados obtidos mostram uma variação no reconhecimento das proteínas geradas com anticorpos comerciais anti-HA, que parecem depender da sequência de aminoácidos da sua extremidade C-terminal. Diferenças significativas nos seus níveis de expressão também foram observadas. Entre os três homólogos de UBP, dois destes se mostraram mais abundantes enquanto que os três são representados por mais de uma banda, indicando possíveis modificações pós-traducionais

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-27Bitstream added on 2014-06-13T19:12:52Z : No. of bitstreams: 1 ricci_j_me_sjrp.pdf: 1040646 bytes, checksum: cec6211f3f5843239b67ee910f199d37 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A resistência aos inseticidas é um modelo de processo evolutivo onde o inseticida atua como agente seletivo e, como resposta à seleção, ocorre a evolução da resistência nas populações de insetos. As enzimas citocromo P450 monooxigenases (CYP) formam uma família responsável pela resistência aos inseticidas. Tem sido proposto que a inserção de elementos transponíveis (TEs) em regiões reguladoras ou codificadoras dos genes da família Cyp pode alterar a expressão gênica e induzir a resistência aos inseticidas. No presente estudo foram realizadas análises in silico que permitiram identificar a ocorrência de inserções de fragmentos de TEs em 35 genes Cyps com diferentes funções, e em seus genes flanqueadores, em Drosophila melanogaster e D. simulans, além de 13 genes Cyps de seis espécies do grupo melanogaster de Drosophila. As inserções de TEs ocorreram principalmente nas regiões flanqueadoras 5´ dos Cyps associados à resistência aos inseticidas e à função monooxigenase geral. Os resultados não indicaram qualquer relação entre a distância em relação ao gene e o número de inserções. As análises mostraram que a maioria das inserções pertence à classe de transposons de DNA, sendo o transposon DNAREP1_DM o que apresentou o maior número de cópias. O fato de essas seqüências apresentarem putativos sítios de ligação de fatores de transcrição sugere que possam desempenhar algum papel na regulação dos genes Cyps. Também foi analisada a ocorrência de polimorfismos de inserção de TEs em regiões flanqueadoras de genes da família Cyp, em diferentes linhagens geográficas resistentes e suscetíveis, de D. melanogaster e D. simulans. Análises evidenciaram a presença de polimorfismo interpopulacional de tamanho das regiões flanqueadoras dos genes Cyp6w1, Cyp6a2 e Cyp12d1, porém, não indicaram... / Insecticide resistance is a model of evolutionary process where the insecticide acts as the selective agent and resistance in the insect populations evolves as an answer to selection. Cytochrome monooxygenases (CYP) is family of enzymes responsible for the insecticide resistance. It has been proposed that insertion of transposable elements (TEs) in regulatory or coding regions of the Cyp genes can alter gene expression and induce insecticide resistance. In the present study in silico analyses allowed identifying the insertion of TE fragments in 35 Cyp genes with different functions, in Drosophila melanogaster and D. simulans, as well as in 13 Cyps of six species of the melanogaster group of Drosophila. The TE insertions occurred mainly in the 5´ flanking regions of Cyp genes associated to resistance and to those with a general monooxygenase function. The results did not indicate any relationship between the number of insertions and the distance in relation to the gene. The analyses showed that most of the insertions belong to the DNA transposon class, being DNAREP1_DM the most numerous. Since this element carry putative biding sites of transcription factors it can be suggested they play same role in gene regulation. The polymorphism of TE insertions in the flanking regions of Cyp6w1, Cyp6a2 and Cyp12d1, genes associated to resistance, found in resistant and as well as in susceptible geographical strains of D. melanogaster and D. simulans, does not indicate any relationship between the presence of TEs in those regions and the insecticide resistance. The results also showed that the insertions of TEs in the proximities of the Cyps associated to resistance is differential among six species of the melanogaster group, not following the genomic proportion of TEs in each species. These results also suggest that TEs inserted in the Cyp flanking regions can carry out an adaptive... (Complete abstract click electronic access below)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of this study was to evaluate the effects of energy levels and nutrient adjustments (lysine, calcium and phosphorus) on the performance, carcass yield and expression of genes related to the electron transport chain (ETC) in chicken liver cut from 22 to 42 days old. A total of 432 broiler chickens, male, Cobb 500 was distributed in a completely randomized design in three treatments with eight replicates eighteen birds each. The first treatment control (Ctrl), consisted of a feed based on corn and soybean meal containing metabolizable energy (EM) of 3025 kcal/kg. The second treatment (Ctrl+EM) were obtained increasing 150 kcal/kg in the amount of EM compared to control diet, keeping the values lysine, calcium (Ca) and phosphorus available (AP). In the third treatment (EM + CN), there was increase the value of EM (150 kcal/kg) compared to control diet and nutrients lysine, Ca and P were adjusted proportionally to the energy increase. The performance and yields of carcass parts of the birds were analyzed. Furthermore, the expressions of ND1 and COX1 gene were analyzed. The treatments provided significant effects on performance, which was not observed for yield of carcass parts. It was found that the increase in metabolizable energy of feed provided greater feed efficiency compared to control treatment. Compared with the control group, when it increased the energy and corrected the nutrients, improvement was observed in weight gain. The expression of genes of CTE (ND1 and COX1) did not differ between treatments. In conclusion, the results indicate that more energy rations and correction of nutrients promote improved performance of broilers (22-42d), but do not change the yield of carcass parts and the expression of genes of CTE. / Objetivou-se com o presente estudo, avaliar os efeitos de níveis energéticos e ajustes de nutrientes (lisina, cálcio e fósforo) sobre o desempenho, rendimento da carcaça e na expressão de genes relacionados com a cadeia transportadora de elétrons (CTE) no fígado de frangos de corte dos 22 aos 42 dias de idade. Um total de 432 frangos de corte, machos, Cobb 500 foi distribuído em delineamento inteiramente casualizado em três tratamentos com oito repetições de dezoito aves por unidade experimental. O primeiro, tratamento controle (Ctrl), consistiu numa ração a base de milho e farelo de soja, contendo energia metabolizável (EM) de 3025 kcal/kg. O segundo tratamento (Ctrl + EM) foi obtido com o aumento de 150 kcal/kg no valor de EM em relação a ração controle, mantendo os valores de lisina digestível, cálcio (Ca) e fósforo disponível (AP). No terceiro tratamento (EM + CN), foi aumentado o valor de EM (150 kcal/kg) em relação a ração controle e os nutrientes lisina digestível, Ca e AP foram ajustados proporcionalmente ao aumento energético. O desempenho e os rendimentos da carcaça das aves foram analisados. Além disso, foram analisadas as expressões dos genes ND1 e COX1. Os tratamentos proporcionaram efeitos significativos sobre o desempenho, o que não foi observado para rendimento de carcaça. Verificou-se que o aumento na energia metabolizável da ração proporcionou maior eficiência alimentar em relação ao tratamento controle. Em comparação com o grupo controle, quando se aumentou a energia e corrigiu os nutrientes, observou-se melhora no ganho de peso. A expressão dos genes da CTE (ND1 e COX1) não diferiram entre os tratamentos. Em conclusão, os resultados indicam que rações mais energéticas e a correção dos nutrientes promovem melhora no desempenho de frangos de corte (22-42d), mas não alteram os rendimentos de carcaça e a expressão de genes da CTE.

Orientadores: Carmem Silvia Passos Lima, Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T04:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ortega_ManoelaMarques_D.pdf: 8882093 bytes, checksum: 7322fec26906786406c5385e9ac32926 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O mieloma múltiplo (MM) é uma doença neoplásica caracterizada pelo acúmulo de plasmócitos na medula óssea (MO) com conseqüente osteólise, comprometimento da hematopoese e da síntese das imunoglobulinas normais e com a produção de imunoglobulina monoclonal ou de seus fragmentos. A sobrevida observada para pacientes com a doença varia de alguns meses a dez anos ou mais, o que impõe a busca de fatores prognósticos para a identificação de grupos que devam receber tratamento mais agressivo para o controle da doença. As anormalidades do cariótipo foram descritas, em geral, como fatores com valor prognóstico desfavorável. Por outro lado, não se encontram suficientemente estabelecidos os valores prognósticos das anormalidades numéricas do cromossomo 17 e das deleções e mutações do gene p53 em pacientes com MM. Frente ao exposto, estes constituíram os objetivos deste estudo. Para cumprir tais objetivos, foram avaliados 60 pacientes com MM no período de março de 1999 a dezembro de 2000. A avaliação das anormalidades numéricas do cromossomo 17 foi realizada por meio da análise citogenética convencional e do método de hibridização in situ com fluorescência (FISH), enquanto que a avaliação das deleções do gene foi realizada por meio do método FISH. As mutações do gene p53 foram investigadas por meio da reação em cadeia da polimerase, do polimorfismo de conformação em hélice simples e de seqüenciamento. Não foram identificadas mutações do gene p53 em qualquer dos pacientes incluídos no estudo. Em contraste, as deleções do gene, predominantemente monoalélicas, foram identificadas em 15,7% deles. Observamos ainda, que os pacientes com a deleção do gene p53 apresentaram menor probabilidade de sobrevida do que aqueles sem a deleção do gene (P= 0,0006). A mediana dos tempos de sobrevida global de pacientes do primeiro grupo foi menor do que a observada em pacientes do segundo grupo (7,5 e 17,0 meses, respectivamente; P= 0,05). Frente a estes resultados, pudemos concluir que a deleção do gene p53 constituiu um fator preditivo de menor sObrevida,em nossos casos / Abstract: Multiple myeloma (MM) is a neoplastic disease characterized by the accumulation of plasma cells in the bone marrow (BM) with consequent osteolysis, comprimising hematopoiesis and the synthesis of normal immunoglobins and the production of monoclonal immunoglobin or its fragments. The survival observed for patients with the disease varies from a few months to ten years or more, which makes the search for prognostic factors for the identification of groups which require more aggressive treatment for the control of the disease. Abnormalities of the karyotype have been described, in general, as factors with desfavorable prognostic value. On the other hand, the prognostic values of the numerical abnormalities of chromosome 17, and of the deletions and mutations of the p53 gene have not been sufficientJy established as prognostic values in patients with MM.Thus, these were the objectives of this study. To view these objectives, 60 patients with MM were evaluated in the period of March, 1999 to December, 2000. The evaluation of the numerical abnormalities of chromossome 17 was performed by cytogenetic analysis and by the fluorescence in situ hybridization method (FISH), whilst the evaluation of p53 deletions was performed by FISH. The evaluation of p53 gene mutations was carried out using polymerase chain reaction, single strand conformation polymorphism and the sequencing. No mutations in the p53 gene were detected in any of the patients enroled in the study. In contrast, deletions of the gene, predominantly monoallelic, were identified in 15.7% of them. Furthermore, we observed that patients with p53 deletions demonstrated a lower probability of survival than those without gene deletion (P=0.0006). The median survival time of the patients of the first group was lower than that observed in the second group of patients (7.5 and 17.0 months, respectively; P= 0.05). From these results, we may condude that deletion of the p53 gene constituted a predictive factor of shorter survival, in our cases / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: André Luiz Julien Ferraz / Banca: Luciana de Almeida Regitano / Banca: Luis Artur Loyola Chardulo / Banca: Rogério Abdallah Curi / Resumo: O transcriptoma é o conjunto e a quantidade de transcritos de uma célula em um estágio de desenvolvimento específico ou condição fisiológica. Estudar o transcriptoma é essencial para interpretar os elementos funcionais do genoma e revelar os constituintes moleculares de células e tecidos. Levando em consideração a grande importância do mercado da carne de bovinos e a necessidade e dificuldade de melhoria da qualidade da carne, o presente projeto objetivou traçar um panorama completo do transcriptoma do músculo longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore, bem como identificar genes com diferentes perfis de expressão associados ao crescimento muscular por meio da técnica de RNA-seq. Foram utilizadas amostras de 10 animais da raça Nelore com dois diferentes perfis de crescimento muscular provenientes de um rebanho participante do programa de melhoramento genético. Amostras de mRNA do músculo LD foram coletadas para extração, processamento do RNA, sequenciamento e posterior análise do transcriptoma. No total, foram sequenciados aproximadamente 453 milhões de fragmentos e identificados 14.876 genes conhecidos, 45.938 potenciais novos genes e 10.960 potenciais novas isoformas de transcritos. Foi calculado o nível de expressão de 12.082 genes e 110 tiveram valor de expressão diferencial signicativo entre os grupos (p ≤ 0,01). Por meio da análise de relevância de termos ontológicos foram identificados 52 termos relevantes entre os genes diferentemente expressos, dos quais 12 estavam associados ao desenvolvimento muscular. Neste estudo, foi caracterizado o transcriptoma do músculo longissimus dorsi de bovinos da raça Nelore por meio de sequenciamento de nova geração, fornecendo assim, uma valiosa fonte de entendimento do genoma do boi / Abstract: The transcriptome is the set and the amount of transcripts in a cell at a specific developmental stage or physiological condition. Understanding the transcriptome is essential for interpreting the functional elements of the genome and to reveal molecular constituents of cells and tissues. Considering the great importance of the beef market, the need and difficulty of improving meat quality, this research aimed to provide an overview of the complete longissimus dorsi (LD) transcriptome of Nellore cattle and to identify genes with differential expression profiles associated with muscle growth using RNA-seq. Ten mRNA samples of Nellore breed steers with two different muscle growth profiles from a herd participating of a breeding program were used. LD muscle samples were collected for RNA extraction and processing, sequencing and subsequent transcriptome analysis. In total, approximately 453 million fragments were sequenced and 14,876 known genes, 45,938 potential new genes and 10,960 potential new transcripts isoforms were identified. The expression levels of 12,082 genes were calculated and 110 have signicant differential expression values between the groups (p ≤ 0.01). The ontology terms relevance analysis identified 52 relevant terms among the differentially expressed genes, which 12 were associated with muscle development. In this study, we obtained the transcriptome of Nellore cattle longissimus dorsi muscle through next-generation sequencing, providing a valuable source of information about the bovine genome / Doutor

Orientador: Ciro Moraes de Barros / Coorientador: Anthony César de Souza Castilho / Banca: Mário Binelli / Banca: Luiz Gustavo de Almeida Chuffa / Resumo: O oviduto possui papel essencial na reprodução de mamíferos, promovendo um microambiente favorável para a maturação oocitária, estocagem e capacitação do espermatozoide, fertilização, transporte dos gametas e desenvolvimento inicial do embrião. Anatomicamente e funcionalmente, o oviduto é dividido em três regiões principais: infundíbulo, ampola e istmo. O oócito e o espermatozoide entram nos lados opostos do oviduto, respectivamente no infundíbulo e istmo, e são transportados até a ampola, local onde ocorre a fertilização. O sucesso reprodutivo está diretamente ligado a temporização apropriada do transporte dos gametas ao local da fertilização, bem como, a precisão no tempo de transporte do embrião até o útero, para a aquisição da capacidade de implantação. A coordenação e regulação das funções do oviduto são complexas e estão sob efeitos endócrinos, parácrinos e autócrinos, os quais alteram temporalmente e espacialmente a transcrição e tradução de diversos fatores. Diante disso, o presente trabalho visou avaliar o efeito de biotecnologias reprodutivas, especificamente da superestimulação ovariana, bem como de características genéticas e fisiológicas reprodutivas no perfil transcricional de diversos fatores no oviduto bovino. Para tanto, foram avaliados os efeitos da indução de múltiplas ovulações em vacas da raça Nelore (dados apresentados no primeiro manuscrito), bem como os efeitos da influência da seleção genética de animais com alta contagem folicular em novilhas da raça Nelore e Aberdeen Angus, no período inicial pós ovulação (dados apresentados no segundo manuscrito), na expressão de genes relacionados ao transporte de gametas e fertilização. Os resultados demonstram que a superestimulação ovariana modula a expressão de alguns genes relacionados à contratilidade do oviduto em vacas da raça Nelore e que a ovulação é principal fator responsável por controlar ... / Abstract: The oviduct has an important role in mammal reproduction, promoting a favorable microenvironment for oocyte maturation, sperm storage and capacitation, fertilization, transport of gametes and early embryo development. Anatomically and functionally, the oviduct is divided in three regions: infundibulum, ampulla and isthmus. The oocyte and the sperm enter in opposite sides of the oviduct, respectively infundibulum and isthmus, and are transported to the fertilization site, the ampulla. Reproductive success is directly related to appropriate timing of gamete transport to the fertilization site, as well as a precise time of embryo transport to the uterus, to obtain the capacity of implantation. The coordination and regulation of oviductal functions are complex and under endocrine, paracrine and autocrine effects, which temporally and spatially alter the transcription and translation of several factors. Therefore, this study aimed to evaluate the effect of reproductive biotechnologies, specifically ovarian superstimulation, as well as genetic and physiological reproductive characteristics in the transcriptional profile of several factors in the bovine oviduct. To do so, we evaluated the effects of inducing multiple ovulation in Nelore cows (data presented in the first manuscript), and the effects of the influence of genetic selection of animals with high follicle count in Nellore and Aberdeen Angus heifers, in the initial period post-ovulation (data presented in the second manuscript), in gene expression related to gametes transport and fertilization. The results demonstrated that ovarian superstimulation modulates the expression of some genes related to oviductal contractility in Nelore cows and ovulation is the main factor responsible for transcriptional control in bovine oviduct, with less or no impact of breed and ovarian follicle count / Mestre

Orientador: Fabíola de Paula Lopes / Banca: Gisele Ziccal Mingoti / Banca: José Antônio Visintin / Banca: Marcelo Fábio Gouveia Nogueira / Banca: Fernanda da Cruz Landim / Resumo: Divergências genéticas de termotolerância foram demonstradas entre animais Bos taurus taurus (Holandesa) e Bos taurus indicus (Nelore). O efeito deletério do estresse térmico sobre o potencial de desenvolvimento do oócito é maior para Bos taurus taurus em comparação aos oócitos Bos taurus indicus. Portanto, o presente estudo determinou o perfil do transcriptoma em oócitos das raças Nelore e Holandesa submetidos ao estresse térmico durante a maturação in vitro (MIV), bem como a abundância de RNAm de genes candidatos em oócitos e células do cumulus submetidos aos mesmos tratamentos. Vacas não lactantes das raças Holandesa e Nelore foram submetidas à aspiração folicular guiada por ultra-som durante a estação fria. Os complexos cumulus-oócitos (CCOs) foram aleatoriamente distribuídos nos tratamentos controle (38,5 °C por 22 horas) e estresse térmico (41 °C por 12 horas, seguido de 38,5 °C por 10 horas) durante a MIV. Oócitos desnudados foram submetidos à análise de microarray bovino (Affymetrix). Genes com fold change de pelo menos 1,5 e P<0,05 foram considerados diferencialmente expressos. A análise de microarray demonstrou 127, 9 e 6 genes diferencialmente expressos entre Raça, Temperatura e interação Raça x Temperatura, respectivamente. Os genes diferencialmente expressos foram avaliados por RT-PCR em oócitos e nas suas respectivas células de cumulus. Houve uma correlação positiva entre o fold change do microarray e do RT-PCR dos oócitos para os genes KIF3A, CLDN11, BIRC3, DAP, MT1E, CCT4, DICER1 e DENND3. Em particular, o gene membro da família cinesina 3A (KIF3A) foi induzido em oócitos de Holandesa, enquanto que os genes da proteína associada à morte (DAP) e de tráfego intracelular de membrana domínio DENN/MADD 3 (DENND3) foram reprimidos em oócitos de Holandesa quando comparados a Nelore. A abundância relativa do RNAm da molécula antioxidante metalotioneína 1E ... / Abstract: Genetic divergences in thermotolerance have been demonstrated between Bos taurus taurus (Holstein) and Bos taurus indicus (Nelore) animals. The deleterious effect of heat stress on oocyte developmental potential is greater for Bos taurus taurus as compared to Bos taurus indicus oocytes. Therefore, the present study determined transcriptome profile in Nelore and Holstein oocytes subjected heat shock during in vitro maturation (IVM) as well as mRNA abundance of selected candidate genes in Nelore and Holstein heat-shocked oocytes and cumulus cells. Non-lactating Holstein and Nelore cows were subjected to ultrasound-guided follicle aspiration during the cool season. Cumulus-oocyte complexes (COCs) were randomly assigned to control (38.5°C for 22 hours) and heat shock (41°C for 12 hours followed by 38.5°C for 10 hours) treatments during IVM. Denuded oocytes were subjected to Affymetrix bovine microarray. Genes with fold change of at least 1.5 and P< 0.05 were considered differently expressed. Microarray analyses demonstrated 127, 9 and 6 genes differentially expressed between Breed, Temperature and Breed x Temperature interaction, respectively. Selected differentially expressed genes were evaluated by RTPCR in oocytes and respective cumulus cells. There was a positive correlation between oocyte microarray and RT-PCR fold change for the genes KIF3A, CLDN11, BIRC3, DAP, MT1E, CCT4, DICER1 and DENND3. In particular, the member of the kinesin family 3A (KIF3A) gene was up-regulated in Holstein oocytes, while the deathassociated protein (DAP) and the protein trafficking gene DENN/MADD domain containing 3 (DENND3) were down-regulated in Holstein oocytes as compared to Nelore. The mRNA relative abundance of the antioxidant molecule metallothionein 1E (MT1E) was higher in Holstein cumulus cells, whereas, claudin 11 (CLDN11) that participates in cellular tight junctions, was higher in Nelore. Moreover, heat shock down regulated MT1E mRNA abundance ... / Doutor

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Nedenia Bonvinos Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: O Brasil se consolidou como um dos principais produtores e exportadores mundiais de carne. Entretanto, diversas culturas (animal/vegetal) têm competido com a bovinocultura por espaço e importância na balança comercial brasileira. Assim, o melhoramento genético animal tem tido, no Brasil, papel fundamental na pecuária de corte de forma a manter crescentes os níveis de produção ocupando o mesmo espaço e a baixo custo. A eficiência alimentar é uma característica produtiva de extrema importância, porém não está sendo considerada nos programas de avaliação genética no país, devido ao fato de a mensuração ser onerosa e tardia. Nesse cenário a genética molecular pode contribuir para a implementação da seleção dessa característica em programas de melhoramento por meio da identificação de genes importantes para eficiência alimentar. O presente estudo objetivou comprovar o padrão de expressão de genes diferencialmente expressos previamente identificados por sequenciamento de RNA (RNA-seq) em animais extremos para eficiência alimentar. Nesse contexto foi adotada a metodologia de PCR quantitativo em tempo real (qPCR) a fim de estabelecer uma relação quantitativa entre nível de expressão gênica e a eficiência alimentar em uma população experimental de 83 animais da raça Nelore avaliados para diferentes medidas de eficiência alimentar. Um subgrupo composto por 20 animais extremos para o consumo alimentar residual (CAR) foi avaliado quanto ao padrão de expressão global pela tecnologia de RNA-seq para identificação de genes diferencialmente expressos (DE). A partir dos genes DE identificados foram selecionados seis genes candidatos (PPP1R26, FABP1, FADS2, RGS2, SLC2A5 e UCP2) com base nos valores de "Fold Change" e sua função metabólica para a característica em estudo. As qPCR foram realizadas para identificar associações entre o nível de expressão dos seis genes alvo com as medidas de... / Abstract: Brazil is one of the leading producer and exporter of meat. However, different livestock and plant production have been competing with cattle for space and importance in Brazilian trade balance. Thus, the animal breeding has played a key role in beef cattle to increase production levels occupying the same space at lower costs. Feed efficiency is a productive trait of extreme importance, but it has not been considered in genetic evaluation programs in our country. This is probably due to the fact that the measurement is costly and late. In this scenario molecular genetics may contribute to the implementation of this trait in breeding programs by identifying candidate genes for feed efficiency. The present study aimed to confirm the differential gene expression levels of candidate genes previously identified by RNA sequencing (RNA-seq) in extreme groups of animals evaluated for feed efficiency. We adopted the real time quantitative PCR methodology (qPCR) to verify a quantitative relationship between the level of gene expression and feed efficiency in an experimental population of 83 Nelore cattle evaluated for different feed efficiency traits. A subgroup composed of 20 animals extreme for Residual Feed Intake (RFI) was evaluated for overall standard of expression by RNA-seq technology to identify genes differentially expressed (DE). From the identified DE genes six candidate genes were selected (PPP1R26, FABP1, FADS2, RGS2, SLC2A5 and UCP2) based on fold change values and its metabolic function related to feed efficiency. The qPCR analyses were performed to confirm association between the expression level of the six target genes with measures of feed efficiency. It was observed association between the FABP1 gene with residual feed intake and dry matter intake (P <0.05). Also, the SLC2A5 gene was associated with Kleiber index measurements and relative growth rate (P <0.05). In both cases an increase in the expression level was associated ... / Mestre

Orientador: Ciro Moraes Barros / Banca: José Buratini / Banca: Valéria Sandrim / Banca: Roberto Sartori / Banca: Mario Binelli / Banca: Anthony Cezar Souza Castilho / Resumo: Animais com alta população folicular (APF) antral possuem melhor desempenho reprodutivo quando comparados a animais de baixa população folicular (BPF). Essa variação no número de folículos antrais pode estar associada a diferentes perfis hormonais e de expressão de genes reguladores da ativação e crescimento folicular. Objetivou-se com o presente trabalho: 1) avaliar o perfil global de expressão gênica de folículos antrais em animais com APF e BPF nas raças Nelore (Bos indicus) e Aberdeen Angus (Bos taurus) e 2) identificar diferenças genotípicas através de um estudo de associação genômica (GWAS - Genome Wide Association Study) usando polimorfismos de nucleotídeo de sítio único (SNPs). Inicialmente foram avaliadas 155 novilhas da raça Nelore e 132 da raça Angus com idade e peso semelhantes. Os animais foram sincronizados e a contagem dos folículos realizada através de ultrassonografia 24 a 48 horas após o início do estro. Os grupos APF e BPF foram formados com base na média do número de folículos ± desvio padrão nas duas raças. Para avaliar o perfil global de expressão gênica usou-se a técnica do microarranjo. Um total de 15 novilhas Nelore (6 APF e 9 BPF) e 17 novilhas Angus (9 APF e 8 BPF) foram abatidas 12 a 24 horas após a ovulação e os ovários transportados ao laboratório. Foi realizado um pool de RNA extraído de três folículos (≤ 4 mm) individualmente (um pool por animal) dissecados do ovário. A análise dos dados procedeu-se no FlexArray 1.6.1.1 e os genes com "fold change" > 1,5 e P ≤ 0,05 foram considerados diferencialmente expressos. Para o estudo de GWAS 72 novilhas da raça Nelore (32 APF e 40 BPF) e 48 da raça Angus (21APF e 27 BPF) foram selecionadas. O DNA foi extraído do sangue e/ou bulbo capilar e a genotipagem foi realizada com o chip 777 HD bovine Illumina®. Os SNPs foram submetidos ao controle de qualidade usando como critérios de exclusão: call rate (IDCR) ≤ 90%,... / Abstract: Animals with high antral follicle count (HFC) have a better reproductive performance when compared with animals with low follicle count (LFC). This variation in the number of antral follicles can be associated with different hormonal profiles and expression of genes regulating activation and follicular growth. The objective of the present work was: 1) to evaluate the global gene expression of antral follicles in animals with HFC and LFC in Nelore (Bos indicus) and Aberdeen Angus (Bos taurus) heifers and 2) to identify genotypic differences through a genomic wide association study (GWAS) using single nucleotide polymorphisms (SNP). Initially, 155 Nelore heifers and 132 Angus heifers with similar body weight and age were selected. The animals were synchronized and follicle count was done through ultrasound 24 to 48 h after estrus. The groups LFC and HFC were formed using the average of follicles ± standard deviation in both breeds. To evaluate the global gene expression profile we use a microarray chip. A total of 15 Nelore heifers (6 HFC and 9 LFC) and 17 Angus heifers (9 HFC and 8 LFC) were slaughter 12 to 24 h after ovulation and ovaries were transported to the laboratory. A pool of RNA from three follicles (< 4 mm) from each animal was used to the analysis using FlexArray 1.6.1.1 and the genes with fold change > 1.5 and P ≤ 0.05 were considered differentially expressed. For the GWAS study 72 Nelore heifers (32 HFC and 40 LFC) and 48 Angus heifers (21 HFC and 27 LFC) were selected. The DNA was extracted from blood and hair bulb and genotyping was done using the 777 HD Illumina chip. The SNPs were submitted to a quality control test using an exclusion criteria: call rate (IDCR) ≤ 90%, MAF ≤ 0.02, call rate (SNPCR) ≤ 0.98 and HWE ≤ 1 x 10-5. After the quality control test the SNPs were submitted to the Cochran-Armitage test to the association of phenotype/genotype in both breeds. The genes differentially expressed and the genes ... / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniele Fernanda Jovino Gimenez / Banca: Maurício de Alvarenga Mudadu / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Rogério Abdallah Curi / Resumo: Mais de 80% da carne bovina brasileira é proveniente de animais de origem zebuína. Este produto é considerado de baixa maciez e reduzido teor de gordura entremeada quando comparado à carne de animais de raças taurinas. Investir na melhoria das características organolépticas como marmoreio e maciez da carne torna-se importante do ponto de vista econômico, pois tratam-se de atributos muito apreciados pelo consumidor. A maciez pode ser medida por meio de análises sensoriais, índice de fragmentação miofibrilar ou força de cisalhamento. Nesse último, um aparelho é utilizado para medir a força necessária para o cisalhamento de uma seção transversal de carne e, quanto maior a força dispensada, menor é a maciez apresentada pelo corte de carne. Outra característica relacionada à qualidade da carne é o marmoreio, que pode ser analisada por meio de escala de graduação visual denominada Quality Grade. No entanto, estas metodologias só podem ser utilizadas após o abate do animal. As técnicas de análise do transcriptoma, como o RNA-Seq, permitem a identificação de genes cuja expressão está relacionada com o controle de características quantitativas e podem ser alternativas na busca pelo melhoramento destes atributos. Com isso, o objetivo deste trabalho foi identificar genes diferencialmente expressos utilizando a técnica RNA-Seq, em tecido muscular de bovinos da raça Nelore, visando contribuir para o conhecimento dos fatores genéticos que estão relacionados com a qualidade da carne. Para i... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: More than 80% of Brazilian beef comes from zebu animals. The Zebu meat show reduced marbling and is considered harder when compared to Taurine meat. The improvement of the organoleptic traits like marbling and meat tenderness is important from an economic point of view, because these attributes are highly appreciated by the consumer. The meat tenderness can be measured by sensory analysis, myofibril fragmentation index or by shear force. This method use an apparatus which measure the force required to shear a cross section of meat. The higher the strength dispensed, lower is the tenderness showed by the cut of meat. Another trait related to meat quality is marbling, which can be analyzed by Quality Grade visual graduation scale. However, these methods can only be performed after the animal was killed. The transcriptome analysis techniques, as RNA-Seq, are able to identify genes whose expression are related to quantitative traits control and can be used as alternative to help the improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to identify differentially expressed genes using RNA-Seq, in Nelore cattle muscular tissue, to contribute to the knowledge of the genetic factors that are related to meat quality. We sequenced the mRNA of 40 samples divergently ranked to meat tenderness (20 with hard meat and 20 with tender meat) and sequenced the mRNA of 40 samples divergently ranked to marbling (20 with high and 20 with low marbling). These samples were chosen based on she... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor