Introdução: A atresia biliar (AB) é uma doença que se inicia na infância e caracteriza-se por obstrução das vias biliares extra-hepáticas, e por colangiopatia progressiva, de etiologia desconhecida. Seu tratamento consiste numa portoenterostomia, cujo sucesso é variável. Fatores como a idade na portoenterostomia e normalização de bilirrubinas séricas influenciam a sobrevida do paciente com seu próprio fígado. Nosso grupo estuda o envolvimento de uma arteriopatia na etiologia da AB. O fator de crescimento vascular endotelial (VEGF) e seus receptores VEGFR1 e VEGFR2 participam da angiogênese em situações de distúrbio vascular. Objetivo: Quantificar a expressão gênica de VEGFA e seus receptores, relacionando com variáveis moleculares, morfométricas e clínico-laboratoriais associadas com a gravidade da AB e o prognóstico pós-portoenterostomia. Métodos: Estudo de amostras de biópsias em cunha coletadas na laparotomia exploradora de pacientes com AB, na sua forma isolada IgM- para citomegalovírus (n= 32), comparando com lactentes com colestase intra-hepática (CIH, n= 09), pareados por idade. Uma amostra foi ultracongelada (análise molecular) e outra, parafinizada (análises histológica e imunoistoquímica). A expressão dos genes angiogênicos (VEGFA, VEGFR1 e VEGFR2), fibrogênico (MCP1, proteína quimiotática de monócitos) e de reação ductular (CK19, citoqueratina 19), além do gene normalizador, ribossomal 18S, foi medida por PCRq com sondas TaqMan®. As análises morfométricas, a partir de material parafinado, incluindo extensão de fibrose e reação ductular foram mensuradas através do programa Image Pro Plus 6.0. Variáveis clínico-laboratoriais foram prospectivamente coletadas no banco de dados da Unidade de Hepatologia Pediátrica do HCPA. Resultados: VEGFR2 foi menos expresso na AB em comparação com CIH (P <0,001), enquanto não houve diferença significante na expressão de VEGFR1 (P= 0,086) e apenas uma tendência de menor expressão do VEGFA (P= 0,060) no grupo AB. Quanto à expressão de VEGFA e VEGFR2, dois subgrupos de AB foram observados: um com expressão levemente superior ou igual à CIH e outro com expressão 3 vezes menor que a mediana do grupo CIH. Os subgrupos com menor expressão foram denominados loVEGFA e loVEGFR2. Na AB, a expressão do VEGFA teve correlação positiva com a de seus receptores VEGFR1 e VEGFR2 (rs=0,8; P<0,001 e rs=0,5; P=0,001). A expressão de VEGFR2 teve uma forte correlação negativa com a idade na portoenterostomia (rs=-0,6;P=0,001). As bilirrubinas séricas total e direta foram negativamente correlacionadas com VEGFA (rs=-0,5;P=0,007 e rs=-0,4;P=0,033) e VEGFR2 (rs=-0,5;P=0;004 e rs=-0,6;P=0,001). No subgrupo loVEGFR2 a expressão de CK19 estava diminuída, e a de MCP1 não se associou à expressão gênica das moléculas angiogênicas. Conclusões: Na AB há um subgrupo com diminuição na expressão de VEGFA e VEGFR2. A expressão de ambas as moléculas correlacionou-se ao comportamento das variáveis associadas a gravidade da doença e obstrução do fluxo biliar na portoenterostomia, incluindo bilirrubinas séricas e idade. O subgrupo de baixa expressão do VEGFR2 apresentou diminuição da massa de colangiócitos, segundo a expressão do CK 19, mas foi independente da expressão do marcador de fibrose, MCP1. / Background: Biliary atresia (BA) is a disease that begins in infancy and is characterized by complete obstruction of extrahepatic biliary ducts and a progressive cholangiopathy of undefined etiology. Treatment of BA consists of a portoenterostomy, whose success is variable. Factors such as age at portoenterostomy and post-operative normalization of serum bilirubin influence the native liver survival. Our group studies the role of an arteriopathy, and thus of hypoxia, in the etiology of BA. Expression of vascular endothelial growth factor (VEGF) A and its receptors, VEGFR1 and VEGFR2, induce angiogenesis in response to hypoxia. Aim: To assess gene expression of VEGFA and its receptors in BA, correlating with molecular, morphometric and clinical-laboratory variables associated with the disease severity and the post-portoenterostomy prognosis of BA. Methods: Liver biopsy specimens collected at exploratory laparotomy of age-matched patients with isolated, cytomegalovirus IgM-negative BA (n=32) and intrahepatic cholestasis (IHC, n=9) were evaluated. A sample was ultrafrozen (for molecular analysis) and the other was paraffin-embedded (for histological and morphometric analyzes). The expression of genes involved in angiogenic (VEGFA, VEGFR1 and VEGFR2), biliary fibrosis (MCP1 - monocyte chemotaxis protein 1) and cholangiocyte phenotype (CK19 – cytokeratin 19), was measured by TaqMan® probes with qPCR, using ribosomal 18S as the normalizing gene. Extents of fibrosis and ductular reaction were morphometrically assessed using the Image Pro Plus 6.0. Clinical-laboratory variables were collected from the database of the Pediatric Hepatology Unit of Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Results: VEGFR2 was less expressed in BA compared with IHC (P <0.001), whereas there was no significant difference in the expression of VEGFR1 (P=0.086) and only a trend of a lower expression of VEGFA (P=0.060) in the BA group. Regarding VEGFA and VEGFR2, two subgroups of BA were defined: low expression, with values 3 times lower than the median of the IHC group, and high expression. In BA, VEGFA expression was positively correlated with that of VEGFR1 and VEGFR2 (rs=0.8, P<0.001; rs=0.58, P=0.001). The expression of VEGFR2 had a strong negative correlation with age at portoenterostomy (rs=-0.6, P=0.001). Total and direct reacting bilirubins were both negatively correlated with VEGFA expression (rs=-0.5, P=0.007; rs=-0.4,P=0.033) and VEGFR2 (rs=-0.5,P=0.004; rs=-0.6,P=0.001). In the low VEGFR2 expression (loVEGFR2) subset, gene expression of CK19, marker of cholangiocyte phenotype, was decreased. MCP1, marker of fibrosis, was not associated with he expression of the angiogenic factors. Conclusion: In BA there is a subset of patients with decreased expression of VEGFA and VEGFR2. The expression of these molecules is correlated with variables associated to disease severity and bile flow obstruction at portoenterostomy, including age and serum bilirubin levels. The loVEGFR2 expression is associated with a decreased cholangiocyte mass as evaluated by CK19 expression, and is independent of the expression of the fibrosis marker MCP1.

Introdução: leiomiomas uterinos são os tumores benignos mais prevalentes nas mulheres em idade fértil, ocorrem em cerca de 50% da população feminina e são a indicação mais frequente de histerectomia. A importância dos esteroides ovarianos na etiologia dos leiomiomas está bem estabelecida; contudo, as contribuições relativas dos estrógenos e da progesterona no crescimento dos leiomiomas ainda são controversas. Muitos estudos têm apresentado evidências de que a progesterona seria mais importante do que os estrógenos para o desenvolvimento destes tumores, e antiprogestágenos como a mifepristona podem tornar-se uma nova possibilidade de tratamento conservador. Ensaios clínicos têm sugerido que a mifepristona é efetiva no tratamento de leiomiomas, causando redução no tamanho dos tumores. Todavia, a recorrência da proliferação dos tumores após o fim do tratamento e os mecanismos de ação da mifepristona na regulação dos receptores de progesterona ainda não estão esclarecidos. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito da mifepristona sobre a proliferação celular e a expressão gênica de receptores de progesterona A e B, em um modelo de cultura de células de miométrio e leiomioma, sob diferentes condições hormonais. Métodos: fragmentos de leiomioma e de miométrio adjacente foram obtidos de cinco pacientes submetidas à histerectomia. Foram padronizadas as culturas primárias de leiomioma e miométrio, e as células de cada tipo de tecido em cultura foram divididas em cinco grupos de tratamento: estradiol, estradiol e mifepristona, estradiol e progesterona, estradiol, progesterona e mifepristona e controle (etanol utilizado como veículo dos hormônios). Foi realizada análise imunocitoquímica para α-actina. A proliferação celular foi avaliada através de contagem em hemocitômetro e ensaio de MTT no tempo 7 (após o tratamento com mifepristona) e no tempo 9 (após a recuperação do tratamento). No dia 7, foi feita extração de RNA para avaliar a expressão de receptores de progesterona (PRs) A e B através de PCR em tempo real. Resultados: o estabelecimento do modelo de cultura de células foi confirmado através da coloração positiva para α-actina e pela observação de características morfológicas típicas de células musculares lisas. As técnicas de avaliação da proliferação celular, contagem e MTT, mostraram correlação positiva. O tratamento com estradiol aumentou a proliferação celular de ambos os tipos de tecido, em relação ao grupo controle. O tratamento com progesterona associada ao estradiol aumentou a proliferação das células de ambos tecidos, em relação ao tratamento com estradiol isoladamente e ao controle. Para os dois tratamentos, as células de leiomioma proliferaram mais do que as células de miométrio. No tempo 7, o tratamento com mifepristona associada ao estradiol inibiu a proliferação celular em leiomioma (42%) e no miométrio (23%), em comparação ao mesmo tecido tratado somente com estradiol. O tratamento com mifepristona em associação com estradiol e progesterona inibiu a proliferação celular em leiomioma (105%) e miométrio (56%), em comparação ao mesmo tecido tratado com estradiol e progesterona. No tempo 9, após a recuperação do tratamento com mifepristona, células de miométrio mostraram maior resposta proliferativa do que células de leiomioma. Todavia, o tratamento com mifepristona não foi capaz de inibir completamente a proliferação celular, visto que todos os grupos tratados mostraram aumento de proliferação do tempo 7 até o tempo 9. Foi demonstrada a expressão das duas isoformas de PRs, A e B, em miométrio e leiomioma in vitro; contudo, as comparações entre os grupos de tratamento não foram possíveis devido ao reduzido tamanho amostral. Conclusões: culturas primárias de células de miométrio e leiomioma são um modelo viável para avaliação da proliferação celular em diferentes condições hormonais, e o ensaio de MTT pode ser um bom método de avaliação. A mifepristona inibiu a proliferação celular em ambos os tipos de tecido, com o maior efeito quando associada ao estradiol e à progesterona e em células de leiomioma. Células de miométrio e leiomioma expressam as duas isoformas de PRs in vitro. Mais estudos são necessários para esclarecer o papel da mifepristona na regulação da expressão gênica e proteica dos PRs. / Introduction: uterine leiomyomata are the most common benign tumors in women of reproductive age, with an estimated incidence greater than 50% and being the most common indication for hysterectomy. Importance of ovarian steroids in the etiology of leiomyomas is well established; however, relative contributions of estrogens and progesterone in leiomyomas growth are still controversial. Many studies have presented evidences that progesterone is more important than estrogens for the development of these tumors, and antiprogestins like mifepristone have become a new possibility for conservative treatment. Clinical trials suggest that mifepristone is effective in treating leiomyomata, producing reduction of their size. However, recurrence of tumor proliferation after treatment and molecular mechanisms of mifepristone action in regulating progesterone receptors remains unknown. Therefore, the aim of this study was to evaluate the effect of mifepristone on cell proliferation and progesterone receptors A and B gene expression, in a model of leiomyoma and matched myometrium cell cultures under different hormonal conditions. Methods: human leiomyoma and matched myometrial tissues were obtained from five patients undergoing hysterectomy. Cells maintened in culture from each tissue were divided into 5 treatment groups: estradiol, estradiol and mifepristone, estradiol and progesterone, estradiol, progesterone and mifepristone, and control group (ethanol as a vehicle from hormones). Immunocytochemistry analysis for α-actin was performed. Cell proliferation was evaluated by hemocytometer counting and MTT assay at day 7 (after mifepristone treatment) and day 9 (after recovery from treatment). RNA extraction was performed at day 7 to evaluate progesterone receptors (PRs) A and B expression by real time PCR. Results: culture cell establishment was confirmed by positive staining for α-actin and by observed morphological characteristics from smooth muscle cells. Cell proliferation evaluating techniques, hemocytometer counting and MTT, showed positive correlations. Estradiol treatment increased cell proliferation for leiomyoma and myometrium cells compared to control group. Progesterone combined to estradiol increased cell proliferation in both cell types, compared to estradiol alone and control group. For both hormonal treatments, leiomyoma showed significantly higher proliferation than myometrial cells. At day 7, mifepristone treatment in association with estradiol inhibited cell proliferation in leiomyoma (42%) and myometrial cells (23%), compared to the same tissue treated with estradiol alone. Mifepristone treatment in association with estradiol and progesterone also inhibited cell proliferation in leiomyoma (105%) and myometrial cells (56%), compared to the same tissue treated with estradiol and progesterone. At day 9, after recovery from mifepristone treatment, myometrial cells showed greater proliferative response than leiomyoma cells. However, mifepristone treatment was not able to completely inhibit cell proliferation, whereas treated groups showed increased proliferation from day 7 to 9. We have found that two isoforms of PRs, A and B, were expressed in both myometrial and leiomyoma in vitro; however, comparisons between groups were not possible due to the small sample size. Conclusions: primary myometrial and leiomyomata cell cultures are a viable model for cell proliferation analysis under different hormonal conditions, and MTT assay could also be a good evaluation method. Mifepristone inhibited cell proliferation of both types of tissue, with maximum effect in association with estradiol and progesterone in leiomyoma cells. PRs A and B were expressed in myometrial and leiomyoma cells in vitro. Further investigation is needed to clarify whether mifepristone regulates gene and protein expression of PRs.

Introdução: O câncer de próstata atinge cerca de três quartos da população masculina acima de 65 anos, sendo esta neoplasia o sexto tipo de câncer mais comum no mundo, e o mais prevalente em homens. O receptor de androgênios (AR) desempenha um papel crítico no desenvolvimento normal da próstata, bem como no câncer prostático. Sua atividade transcricional é regulada através da interação com diversas proteínas. O NCoR1 (correpressor de receptores nucleares) está envolvido na diminuição da atividade do AR sobre a transcrição de genes alvo. Objetivos: Desenvolver um modelo de cultura celular de câncer prostático a partir de fragmentos tumorais; identificar o melhor gene normalizador para estudos de expressão gênica em amostras das células em cultivo; avaliar os efeitos do silenciamento do AR e seu corregulador, NCoR1, sobre a proliferação celular e expressão gênica de PSA, um gene alvo do AR, em células de cultura primária e em células de uma linhagem de câncer prostático (LNCaP – Lymph Node Carcinoma of the Prostate). Métodos: Fragmentos de tumores prostáticos coletados após prostatectomia radical ou prostatovesiculectomia foram plaqueados e mantidos em cultivo. As células que proliferaram a partir dos explants foram testadas para marcadores de epitélio (citoqueratinas) e de malignidade (racemase). Após 10 dias, as células foram silenciadas para o AR e, posteriormente, lisadas para a extração de RNA total ou de proteínas. Células LNCaP foram mantidas em cultura e silenciadas para o AR e o NCoR1, sendo avaliada também a proliferação celular nesta última condição. O cDNA obtido a partir das culturas primárias de CaP foi usado para a amplificação do mRNA de oito genes candidatos a normalizadores, além dos mRNAs do AR e PSA. O cDNA das células LNCaP foi usado para amplificação do mRNA do PSA, e o sobrenadante das células coletado para a dosagem do PSA secretado. Resultados: Apenas 47,7% do total de culturas primárias apresentaram adesão dos fragmentos e proliferação de células. Não foi observada associação entre a adesão dos fragmentos e o escore de Gleason dos tumores. As células cultivadas apresentaram positividade para os marcadores de células epiteliais e de malignidade de células prostáticas, indicando que as células em cultivo se tratavam de células tumorais prostáticas. Para análise da expressão gênica nestas células, o gene que mostrou os melhores parâmetros de estabilidade de expressão foi o gene SDHA, e a melhor combinação de dois genes sugerida neste estudo foi SDHA e ALAS1. O silenciamento do receptor de androgênios foi observado 48 horas após a transfecção com siRNAs, sendo observada uma diminuição nos níveis do mRNA já em 24 horas após a transfecção. Observou-se uma diminuição da expressão gênica do PSA em 24 horas, em resposta à diminuição dos níveis do AR, tanto em cultura primária de CaP quanto na linhagem LNCaP. Em células LNCaP, a transfecção com siRNAs específicos para o NCoR1 não depletou completamente os níveis proteicos, porém estes diminuíram em 24, 48 e 72 horas após a transfecção. Foi verificado um aumento da expressão gênica de PSA 48 horas após o silenciamento do NCoR1, em células tradadas com diidrotestosterona. Não foi observado aumento da secreção de PSA no sobrenadante das células em cultivo 48 horas após o silenciamento. A proliferação das células LNCaP foi diminuída nos grupos transfectados com siRNAs específicos para o NCoR1 e siRNAs inespecíficos, em relação com grupo controle. Conclusões: O modelo de cultura celular a partir de fragmentos tumorais prostáticos é viável, e proporciona uma boa amostragem de células para análises moleculares de câncer de próstata sob diferentes condições experimentais. No entanto, a taxa de sucesso dos cultivos é moderada. Neste modelo, em que foram testados diversos genes em relação à sua estabilidade de expressão, o gene SDHA apresentou uma boa estabilidade, ao contrário de outros genes frequentemente utilizados como genes de referência sem nenhuma análise prévia de sua expressão, como beta-actina, GAPDH e beta-2-microglobulina. Assim, o SDHA, ou ainda a combinação SDHA e ALAS1, é indicado para as estratégias de normalização neste tipo de amostra. O silenciamento do AR em células tumorais prostáticas diminuiu a expressão gênica de PSA, como esperado. O silenciamento de seu correpressor, NCoR1, aumentou os níveis de mRNA do PSA, indicando que sua ausência resulta em um aumento da atividade transcricional do AR. A menor taxa de proliferação nos grupos transfectados pode estar mais relacionada ao estresse da transfecção do que à ausência de NCoR1 nas células. Mais análises poderão confirmar os efeitos da ausência deste correpressor sobre a resposta das células tumorais prostáticas, o que abrirá caminho para um melhor entendimento da fisiopatologia dos tumores prostáticos. / Introduction: Prostate cancer (PCa) occurs in seventy-five percent of men over 65 years old, and it is the sixth most common type of cancer in the world and the most prevalent in men. Androgen receptor (AR) plays a critical role in normal prostate gland development and also in prostate cancer. Its transcriptional activity is regulated by protein interaction and NCoR1 (nuclear receptor co-repressor) decreases the AR activity on target genes transcription. Objectives: To develop a prostate cancer cell culture model from tumor fragments; to identify the best housekeeping gene for gene expression studies in that cultured cells; to evaluate the effects of AR and NCoR1 silencing on cell proliferation and PSA gene expression, a AR target gene, in cells of primary culture of PCa and in a prostate cancer cell line, LNCaP. Methods: PCa fragments obtained from radical prostatectomy or prostatovesiculectomy were plated and maintained in culture. Proliferating cells were tested for markers of epithelium (cytokeratin) and malignancy (racemase). After ten days, cells were transfected with AR siRNAs and then lysed for total RNA or protein extraction. LNCaP cells were silenced for AR and NCoR1, and proliferation rate was also measured in the last condition. cDNA obtained from primary culture was used to amplify eight candidate to housekeeping genes mRNA, and also AR and PSA mRNA. cDNA from LNCaP cells was used to amplify PSA mRNA, and the cells supernatant was collected to dose secreted PSA. Results: Only 47.7% of the total number of primary cultures had fragment adhesion and cell proliferation. There was no association between explants adhesion and tumor Gleason’s score. Cells were positive for epithelium and malignancy markers, confirming the growth of prostate cancer cells. For gene expression analysis in these cells, the gene showing the best parameters of stability of expression was SDHA, and the best combination of two genes was SDHA and ALAS1. AR silencing was observed in 48 hours after siRNA transfection, with a decrease of mRNA levels in 24 hours after transfection. There was a decrease of PSA gene expression in 24 hours, either in primary culture or in LNCaP cells. In LNCaP cells, transfection with NCoR1 siRNA did not depleted entirely the protein levels. However, the levels of NCoR1 decreased in 24, 48, and 72 hours after transfection in relation to control group. There was an increase of PSA gene expression in 48 hours after NCoR1 siRNA transfection in cells treated with dihydrotestosterone. There was no increase in PSA secretion in cells supernatant in response to NCoR1 silencing. LNCaP cell proliferation was decreased in both transfected groups, the specific siRNA to NCoR1 and the unspecific control, in relation to control group. Conclusions: the culture cell model from explants of prostate cancer is practicable, and provides a good cell sampling to molecular analysis of prostate cancer under different experimental conditions. Nevertheless, the successful rate of cultures is moderate. In this model, several genes were tested for expression stability, and SDHA had presented the best values, unlike others classical housekeeping genes, as beta-actin, GAPDH and beta-2-microglobulin. Thus, SDHA, or the combination of SDHA and ALAS1, is indicated to normalization strategies in these samples. The silencing of AR in prostate cancer cells had decreased PSA gene expression, as expected. The silencing of its co-repressor, NCoR1, had increased the PSA mRNA levels, indicating that the absence of this coregulator results in an increase of AR transcriptional activity. The smaller proliferation of transfected groups in relation to control group could be related to the transfection stress, more than to the absence of NCoR1. More analysis can confirm the effects of NCoR1 silencing on tumor cells proliferation rate, and contribute to a better understanding of prostate tumors pathophysiology.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:45:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Associação Fundo de Incentivo à Psicofarmacologia (AFIP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O aumento da expectativa de vida nas ultimas decadas indica que o envelhecimento populacional no Brasil e no mundo seja inevitavel. Neste contexto, existem individuos capazes de alcancar com sucesso idades avancadas, indicando maior adaptacao as alteracoes decorrentes do envelhecimento. Sabe-se que o sono e um processo profundamente afetado pelo envelhecimento, no entanto o papel do sono na manutencao da longevidade em humanos ainda e desconhecido. O presente estudo teve como objetivo caracterizar os aspectos epidemiologicos, fisiologicos e geneticos do sono no envelhecimento bem-sucedido por meio da conducao de tres investigacoes: 1) Estudo da prevalencia e fatores associados a queixas de sono em populacoes de idosos acima de 65 anos em paises em desenvolvimento; 2) Avaliacao do padrao de sono, do perfil bioquimico, hormonal e oxidativo, da expressao genica e de sua regulacao entre individuos Jovens, Idosos e Longevos; e 3) Investigacao de polimorfismos geneticos e variantes raras e associacao com o envelhecimento bem-sucedido. Em relacao ao primeiro estudo, foi possivel descrever que a prevalencia das queixas de sono variou de 9,1 a 37,7% nos paises estudados e os principais fatores associados foram pertencer ao sexo feminino, apresentar residencia urbana, possuir menor nivel educacional, praticar menos atividades fisicas, apresentar pior estado de Saúde e maior numero de comorbidades. O segundo estudo revelou que, em relacao ao padrao de sono, Longevos (acima de 85 anos de idade) nao apresentaram reducao significativa da porcentagem de estagio N3, e da potencia espectral de delta neste estagio de sono, indicando a manutencao do sono de ondas lentas na longevidade. Longevos tambem apresentaram padroes de sono estritamente regulares em relacao aos Idosos (de 60 a 70 anos) ou Jovens (de 20 a 30 anos). Melhor perfil lipidico foi identificado em Longevos quando comparados aos Idosos, sugerindo sua participacao sobre diversos aspectos fisiologicos que favorecem o alcance de idades avancadas. Foram identificados nove genes diferencialmente expressos entre os grupos estudados, com especial atencao ao gene SIRT2 e CCL5, que apresentaram evidencias de regulacao epigenetica com a longevidade. O terceiro estudo contou com a analise de variantes geneticas e detectou a associacao entre os polimorfismos rs10405150, rs10410544 e rs4802998 do gene SIRT2 e a longevidade em uma amostra expandida da populacao. Alem disso, o sequenciamento do genoma completo revelou variantes possivelmente envolvidas no fenotipo da longevidade nos genes diferencialmente expressos. O presente estudo permitiu a caracterizacao detalhada de diversos aspectos relacionados ao envelhecimento bem-sucedido e a longevidade e aponta para a existencia de mecanismos moleculares comuns entre o sono, o metabolismo lipidico e a longevidade em humanos, possivelmente mediados pelo gene SIRT2 e suas vias de regulacao. Assim, a identificacao destes mecanismos pode contribuir para o desenvolvimento de ferramentas clinicas que propiciem a populacao idosa uma melhor qualidade de vida / The increase in life expectancy in the last decades indicates that aging at the population level is unavoidable. In this sense, some individuals are able to successfully reach very old ages, reflecting higher adaptation against the age-related effects. Sleep is one of the processes deeply affected by aging; however the role of sleep in the maintenance of longevity in humans is still unknown. This study aimed to characterize the epidemiological, physiological and genetic aspects of sleep in wellsucceeded aging by three investigations: 1) Study of the prevalene and correlates of sleep complaints in elderly populations over 65 years old in low and middle income countries; 2) Evaluation of sleep patterns, biochemical, hormonal and oxidative profile, as well as gene expression and its regulation among young adults, older adults and oldest old individuals; and 3) Investigation of genetic polymorphism and rare variants and association with well-succeeded aging. Regarding the first study, we described that the prevalence of sleep complaints varied from 9.1% to 37.7% in the studied countries, and female gender, urban residence, low educational level, low physical activity status, poor health and high number of co-morbidities were associated with sleep complaints. The second study revealed that, regarding the sleep patterns, oldest old individuals (over 85 years old) did not show significant reduction in stage N3 or in delta spectral power in this sleep stage, indicating the maintenance of slow wave sleep in the longevity. Oldest old individuals also showed strictly regular sleep wake schedules than young adults (20 to 30 years old) and better lipid profile than older adults (60 to 70 years old), suggesting that these mechanisms might be related to reaching older ages. We identified nine differentially expressed genes among the studied groups, being SIRT2 and CCL5 the most relevant, since their expression has also been related to epigenetic mechanisms. The third study detected that three single nucleotide polymorphisms located on SIRT2 gene (rs10405150, rs10410544, and rs4802998) were associated with longevity in the genetic association study. Moreover, rare variants potentially associated with longevity in the differentially expressed genes were also described as a result of the whole genome sequencing. The present study allowed the detailed characterization of aspects related to well-succeeded aging and longevity, and suggests the existence of common molecular mechanisms integrating sleep, lipid metabolism and longevity in humans, possibly mediated through the expression of SIRT2 gene and its regulatory pathways. The identification of such mechanisms might contribute to the development of clinical tools that provide a better quality of life to the elderly population. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A reducao ou minimizacao das consequencias das fraturas osseas e a regeneracao tecidual e objetivo de recursos clinicos e terapeuticos. O tecido osseo tem funcao mecanica, de deposito mineral e hematopoietica sendo composto por tres tipos celulares, osteoblastos, osteocitos e osteoclastos. Diversas substancias sao secretadas pelos osteoblastos, entre elas o calcio, que tem papel fundamental na homeostase celular e na producao do tecido osseo mineralizado e em cujo fluxo estao envolvidos os genes S100A6, PMCA1b e a osteocalcina ligados ao processo transporte e de mineralizacao. O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos do laser de baixa intensidade, no que concerne a sinalizacao de calcio e mineralizacao ossea, na expressao dos genes S100A6, PMCA1b e osteocalcina em celulas osteoblasticas adultas. Trinta fragmentos mediais de femures com aproximadamente 5mm foram coletados cirurgicamente de ratos Wistar e distribuidos em dois grupos A (n=15, laser) e B (n=15, sem laser). Os fragmentos foram digeridos mecanica e enzimaticamente com colageno tipo II. Apos sete dias de cultura o grupo A foi irradiado com laser de baixa intensidade de Arseneto de Galio e Aluminio &#955;=808nm, 250mW de potencia nominal, densidade de potencia de 200mW/cm2, densidade de energia de 2000mJ/cm2, dose de energia de 2J/cm2, diametro de feixe de 0,02mm, tempo de 5s em 1 ponto de aplicacao durante 6 dias. Em seguida, o RNA foi extraido, quantificado, submetido a sintese de cDNA e realizada quantificacao de Ct comparativo pela Reacao em Cadeia da Polimerase em Tempo Real. Os valores foram submetidos a analise estatistica de teste Mann-Whitney com p<0,05. A analise em relacao a quantidade de RNA dos grupos A (mediana 3,80) e B (mediana 3,80) e os valores das medianas de &#916;Ct dos tres genes, S100A6 (A=2,22 e B=2,89), osteocalcina (A=4,06 e B=3,45) e PMCA1b (A=1,85 e B=4,16) nao mostraram diferencas significativas. O laser de baixa intensidade em osteoblastos adultos nao alterou a expressao dos genes S100A6, PMCA1b e osteocalcina descartando a relacao, no periodo estudado, destes genes com a mineralizacao e regeneracao ossea / The aim of clinical and therapeutic features is to reduce or minimize the consequences of fractures and bone regeneration. The bone has mechanical, mineral deposit and hematopoietic functions due to three types of cells, osteoblasts, osteocytes and osteoclasts. Several substances are secreted by osteoblasts, including calcium, which plays a fundamental role in cellular homeostasis and production of mineralized bone tissue and in whose flow are involved the S100A6, PMCA1b and osteocalcin genes related to the transport and mineralization process. This study was designed to evaluate the effects of low-level laser, when it comes to calcium signaling and bone mineralization, in S100A6, PMCA1b and osteocalcin genes expression in adult osteoblast cells. Thirty medial femoral fragments with approximately 5mm were surgically collected from Wistar rats and distributed into two groups A (n=15, laser) and B (n=15 without laser). The fragments were digested mechanical and enzymatically with type II collagen. After seven days of culture group A was irradiated with low intensity Gallium-Aluminum-Arsenide laser λ=808nm, 250mW nominal power, power density 200mW/cm2, energy density 2000mJ/cm2 dose of energy 2J/cm2 beam diameter 0,02 mm, length of 5s in one application point for 6 days. Then, RNA was extracted, quantified, underwent to cDNA synthesis and quantification performed by the comparative Ct by Real Time Polymerase Chain Reaction. The values were underwent to statistical analysis by Mann-Whitney test with p<0,05. The analysis for the amount of RNA of group A (median 3,80) and B (median 3,80) and ΔCt median values of the three genes, S100A6 (A=2.22 and B=2.89), osteocalcin (A=4.06 and B=3.45) and PMCA1b (A=1.85 and B=4.16) showed no significant differences. Low-level laser irradiation in adult osteoblasts did not modify the expression of S100A6, PMCA1b and osteocalcin genes discarding the relationship of these genes with the mineralization and bone regeneration in the studied period. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Recentemente, a punção aspirativa por agulha fina (PAAF) vem sendo utilizada como método para a obtenção de material para estudos de expressão gênica em alguns tipos de linfoma, na tentativa de substituir o banco de tumores a partir de tecido fresco congelado. Objetivos: Avaliar a quantidade e a qualidade do RNA obtido a partir de punção aspirativa de linfonodos por PAAF em linfomas nãoHodgkin e desenvolver estratégias para suprir eventuais falhas do método proposto, melhorando a qualidade e/ou a quantidade do material obtido por PAAF. Material e Métodos: A casuística foi constituída pelos pacientes com diagnóstico de LNH admitidos no Hospital São Paulo entre março de 2006 e dezembro de 2007, e que apresentaram linfonodomegalia periférica passível de punção. O grupo controle foi constituído por amígdalas (tecido linfóide reacional) de crianças submetidas à amigdalectomia no Hospital São Paulo. As punções foram realizadas com citoaspirador (amostra A) e seringa e agulha (amostra B). O RNA foi transcrito com o kit Superscript (Invitrogen) e a qualidade foi verificada a partir da amplificação de fragmentos de 155pb do gene β-ACTINA e de 311 pb do gene NOTCH-2. Resultados: Foram analisados 26 casos de LNH (52 amostras) e 10 amígdalas (20 amostras). A quantidade de RNA nas amostras de amígdalas obtidas com citoaspirador (A) variou de <1,0 a 6,2 µg. Nas amostras obtidas com seringa e agulha (B), a quantidade de RNA variou de <1,0 a 4,7µg. A quantidade de RNA nas amostras de LNH obtidas com citoaspirador (A) variou de <1,0 a 6,5 µg. Nas amostras obtidas com seringa e agulha (B) a quantidade de RNA variou de <1,0 a 5,5 µg. Em 19 (95%) das amostras de amígdalas conseguimos amplificar o fragmento do gene NOTCH-2. Na única amostra de controle em que não foi possível amplificar o gene NOTCH-2, houve amplificação do fragmento do gene β- ACTINA (155 pb). Nas amostras de LNH, conseguimos amplificar o fragmento do gene NOTCH-2 em apenas em 24 (46%) espécimens, mas conseguimos amplificar o fragmento do gene β-ACTINA em 51 (98%) delas. Na tentativa de aumentar a quantidade de RNA disponível em cada amostra, padronizamos a técnica de poliA PCR, que consiste na amplificação global de cDNAs poliadenilados. Conseguimos evidenciar aumento de 10 vezes na quantidade de cDNA na maioria dos casos e controles. A eficiência da reação foi verificada através da amplificação do fragmento do gene β-ACTINA, onde 100% dos controles e dos casos foram amplificados, e também do fragmento de 298 pb do gene PGK, onde 100% dos controles e 77% dos casos foram amplificados. Quando utilizamos o produto da reação de poliA PCR comparados com amostras de cDNA (cDNA versus cDNA poliA) através da técnica de Real Time PCR, conseguimos demonstrar equivalência nas amplificações em 100% das 15 amostras avaliadas, utilizando dois genes alvo e um gene constitutivo. Conclusão: Nossos resultados demonstram que a PAAF, tanto com o citoaspirador quanto com seringa e agulha, é uma boa fonte de pequena quantidade de RNA, mas suficiente para amplificar fragmentos de genes de aproximadamente 150 pb em mais de 95% das amostras. Através da técnica de poliA PCR conseguimos aumentar significativamente a quantidade de material genômico, obtendo resultados equivalentes ao uso de cDNA não amplificado, para futuros estudos de expressão gênica. / Recently, fine needle aspiration (FNA) becomes an alternative method to obtain genomic material for studies of gene expression in some types of lymphoma, in the attempt to substitute fresh frozen tissue tumor banks. Objectives: To evaluate the amount and the quality of the RNA obtained from lymph nodes of non-Hodgkin lymphomas (NHL) patients using FNAs and to develop strategies to overcome eventual drawbacks of the method. Material and Methods: Twenty-six patients with NHL diagnosis, admitted in São Paulo Hospital, Brazil, between March 2006 and December 2007, presenting peripheral lymphonodemegaly suitable for aspiration were included in this study. The control group includes 10 tonsils from children submitted to tonsillectomy in the same period. The aspirates were performed using both citoaspirator (sample A) and syringe and needle (sample B). The RNA was extracted using Trizol reagent and transcribed with the Superscript kit (Invitrogen). The quality of RNA was verified through the amplification of 155pb fragment from β-ACTIN and 311pb from NOTCH-2. Results: 52 NHL samples and 20 tonsil samples were analyzed. The amount of RNA in tonsil samples varied from <1.0 a 6.2 µg with citoaspirator (A) and varied from <1.0 a 4.7µg with syringe and needle (B). The amount of RNA obtained from NHL varied from <1.0 a 6.5 µg with citoaspirator (A) and <1.0 a 5.5 µg with syringe and needle. In 19 (95%) of the tonsil samples we could amplify NOTCH-2 fragment. In the only sample of control where NOTCH-2 amplification was negative, we could easily obtain β-ACTIN (155pb) amplification. In NHL samples, NOTCH-2 was amplified in only 24 (46%) specimens, but we obtained β-ACTIN amplification in 51 (98%) of them. In an attempt to increase the availability of larger amounts of RNA in each sample, we standardize the polyA PCR technique that consists of the global amplification of polyadenylated cDNA. This technique increased in 10 times the amount of cDNA in both cases and controls. The efficiency of the reaction was verified through the amplification of β-ACTIN, where 100% of the controls and the cases were amplified, as well through the amplification of PGK (298pb), positive in 100% of controls and 77% of the cases. When polyA PCR cDNA and non-amplified cDNA samples where paired to be evaluated by Real Time PCR using GAPDH as constitutive gene and NFκB and IκB as target genes, we could demonstrate equivalence in the amplifications of 100% of the 15 evaluated samples. Conclusion: Our results demonstrate that FNA, whatever citoaspirator or syringe and needle was used, it is a good source of small amounts of RNA, and could amplify fragments of approximately 150pb in more than 95% of the samples. PolyA PCR technique increased significantly of the amount of genomic material and is suitable as a cDNA source for future gene expression studies. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-24T13:10:09Z No. of bitstreams: 1 2015-11-doutorado-sarita-mac-cornick.pdf: 659699 bytes, checksum: 5c4138f441b6bac0c9d0132808e8fa60 (MD5) / Approved for entry into archive by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-24T13:10:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015-11-doutorado-sarita-mac-cornick.pdf: 659699 bytes, checksum: 5c4138f441b6bac0c9d0132808e8fa60 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-24T13:10:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015-11-doutorado-sarita-mac-cornick.pdf: 659699 bytes, checksum: 5c4138f441b6bac0c9d0132808e8fa60 (MD5) Previous issue date: 2015 / INTRODUÇÃO: A queimadura extensa pode evoluir com infecção grave e sepse com aumento da morbidade e mortalidade. Ocorre um estado contínuo de inflamação e o nível sérico de citocinas é elevado. Os receptores do tipo Toll-Like são importantes receptores de células do sistema imune inato que reconhecem antígenos. Portanto, existe a necessidade da obtenção de perfil da expressão gênica da pele em queimaduras extensas para análise inicial. OBJETIVO: Avaliar o perfil de expressão de genes relacionados às vias de receptores Toll-Like em amostras de cultura primária de queratinócitos humanos epidérmicos de pacientes com queimadura grave. MÉTODOS: Após a obtenção de fragmentos de pele viáveis com e sem queimadura, a cultura de queratinócitos foi iniciada pelo método enzimático utilizando dispase (Sigma-Aldrich) e Tripsina (Sigma-Aldrich). Após o estabelecimento da linhagem celular, estas células foram tratadas com QIAzol Reagent® (Qiagen) para a extração de RNA total. Este foi quantificado e analisado quanto à pureza para se obter cDNA para a análise da expressão de 84 genes específico de vias TLR de placas de PCR Arrays (SA Biosciences). RESULTADOS: Após a análise da expressão dos genes verificou-se que 21% destes genes estavam expressos diferencialmente, dos quais 100% foram reprimidos ou hiporregulados. Dentre estes, os seguintes genes (vezes de diminuição): HSPA1A (-58), HRAS (-36), MAP2K3 (-23), TOLLIP (-23), RELA (-18), FOS (-16), e TLR1 (-6,0). CONCLUSÃO: O perfil da expressão gênica da pele de pacientes com grande queimadura mostrou 21% de genes alterados, destes 100% apresentaram-se hiporregulados. / INTRODUCTION: Large burn injury can progress to severe infection and sepsis with increased morbidity and mortality. There is a continuous state of inflammation and serum levels of cytokines are high. The Toll-like receptors are important receptors of the innate immune system that recognize antigens. Therefore, a need exists for obtaining the gene expression profile of the skin of extensive burns for initial analysis. PURPOSE: To evaluate the expression profile of genes related to Toll Like Receptors (TLR) pathways of human primary epidermal keratinocytes (hKEp) of patients with severe burns. METHODS: After obtaining viable fragments of skin with and without burn injury, culture hKEp was initiated by the enzymatic method using Dispase (Sigma-Aldrich) and Trypsin (Sigma-Aldrich). These cells were treated with Trizol® (Life Technologies) for extraction of total RNA. This was quantified and analyzed for purity for obtaining cDNA for the analysis of gene expression using specific TLR pathways PCR Arrays plates (SA Biosciences). RESULTS: After the analysis of gene expression we found that 21% of these genes were differentially expressed, of which 100% were repressed or hyporegulated. Among these, the following genes (fold decrease): HSPA1A (-58), HRAS (-36), MAP2K3 (-23), TOLLIP (-23), RELA (-18), FOS (-16), and TLR1 (-6.0). CONCLUSION: The gene expression profile of skin of patients with large burn injury showed 21% altered genes, and 100% of them were downregulated.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:52Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10961a.pdf: 1769703 bytes, checksum: 6692abd4b0c4fbc52c40895c47b7f571 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:52Z : No. of bitstreams: 2 Publico-10961a.pdf: 1769703 bytes, checksum: 6692abd4b0c4fbc52c40895c47b7f571 (MD5) Publico-10961b.pdf: 1903968 bytes, checksum: 7d6d0bbc9ac13fe7809cc3fb7f6fea20 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:53Z : No. of bitstreams: 3 Publico-10961a.pdf: 1769703 bytes, checksum: 6692abd4b0c4fbc52c40895c47b7f571 (MD5) Publico-10961b.pdf: 1903968 bytes, checksum: 7d6d0bbc9ac13fe7809cc3fb7f6fea20 (MD5) Publico-10961c.pdf: 1805319 bytes, checksum: 413abe08b8997a93962dfa14b8342b3c (MD5) / Introducao: Antigenos cancer/testiculo (CT) tem se tornado o grupo de antigenos mais estudados no campo da imunoterapia contra o cancer. Objetivos: Este estudo avaliou a expressao global de 14 CTs em MM para identificar possiveis marcadores prognosticos e alvos terapeuticos. Materiais e metodos: A expressao de MAGEA1, MAGEA2, MAGEA3/6, MAGEA4, MAGEA10, MAGEA12, CT7, BAGE-1, GAGE (familia), NY-ESO-1, LAGE-1, SPA17, PRAME e SSX1 foi estudada pela RT-PCR em: 15 tecidos normais, um pool de 10 amostras de medula ossea (MO), tres amostras de plasmocitos obtidos de tonsilas palatinas normais, seis aspirados de MO de doadores, tres aspirados de MO de gamopatias monoclonais de significado indeterminado (GMSI), cinco aspirados de MO de plasmocitomas solitarios, 39 amostras de MO de MM (95% em estadio avancado) e em uma linhagem celular de MM (U266). A plataforma CodeLink Human UniSet I Bioarrays 10,000 genes foi utilizada para as analises de microarrays de oligonucleotideos. Os dados normalizados dos microarrays foram submetidos ao programa Pathway-Express, que identificou cinco genes da via de adesao focal (Crk, Src, ITGA5, RhoA e RhoD) para a validacao pela RQ-PCR. Resultados: A expressao do gene SPA17 foi positiva em todos os tecidos normais e por isso esse gene foi excluido de futuras analises. A expressao do CT7 foi positiva em amostras de MO de um caso de GMSI e um caso de plasmocitoma solitario. A linhagem celular U266 foi positiva para todos os CTs exceto SSX1. A frequencia dos CTs em amostras de MO total de pacientes com MM foi: CT7 = 30/39 (77%); LAGE-1 = 19/39 (49%); MAGEA3/6 = 16/39 (41%); MAGEA2 = 14/39 (36%); GAGE family = 13/39 (33%); NY-ESO-1 = 13/39 (33%); BAGE-1 = 12/39 (28%); MAGEA1 = 10/39 (26%); PRAME = 9/39 (23%); SSX-1 = 10/39 (26%); MAGEA12 = 8/39 (20.5%); MAGEA4 e MAGEA10 = 0%. O modelo de regressao de Cox mostrou que a positividade da familia GAGE e o numero de CTs > 6 sao fatores prognosticos desfavoraveis independentes para a sobrevida global (SG), quando todos os pacientes foram analisados. No entanto, a expressao de CT7 foi o unico fator prognostico desfavoravel para a SG quando apenas os pacientes nao transplantados foram analisados. Tres amostras de CTs predominantemente positivos (> 6) e tres amostras com expressao predominantemente negativa (0 ou 1) para os 13 CTs analisados foram submetidas aos microarrays de oligonucleotideos. Essa ferramenta identificou 147 genes como diferencialmente expressos nos dois grupos. A validacao dos genes candidatos da via de adesao focal por RQ-PCR mostrou que o gene ITGA5 foi hipoexpresso quando comparamos o grupo > 6 CTs versus grupo . 6 CTs (p= 0.0030). Quando a comparacao foi feita em plasmocitos tumorais versus plasmocitos normais, o gene ITGA5 manteve a hipo-expressao (p=0,0182) e o gene RhoD mosrou-se hiper-expresso (p= 0,0339). Conclusoes: Baseado em nossos achados, CT7, MAGEA3/6 e LAGE-1 parecem bons cadidatos a imunoterapia, visto que juntos foram expressos em 85% dos casos de MM. A expressao da familia GAGE, o numero de CTs > 6 e a expressao do CT7 parecem ter impacto desfavoravel na sobrevida global do MM. As analises com os microarrays sugeriram que ha dois grupos de pacientes com MM separados pela expressao dos CTs: grupo dos predominantemente positivos e predominantemente negativos. A validacao por RQ-PCR mostrou que a via de adesao focal parece estar afetada no MM, pois ITGA5 e RhoD foram encontrados diferencialmente expressos, o que sugere um desequilibrio nas moleculas que controlam a homeostasia dessa via. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2013-01-24T16:40:43Z No. of bitstreams: 1 lysangela_r_alves_ioc_bcm_0005_2010.pdf: 12423469 bytes, checksum: 674a41c28ac9c8cf38b2ee15fb9b891b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-24T16:40:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lysangela_r_alves_ioc_bcm_0005_2010.pdf: 12423469 bytes, checksum: 674a41c28ac9c8cf38b2ee15fb9b891b (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / Em tripanossomatídeos a regulação da expressão gênica ocorre principalmente em nível pós-transcricional. Acredita-se que a estabilidade do mRNA e o acesso aos polissomos sejam fortemente regulados, permitindo ao Trypanosoma cruzi uma rápida adaptação à diferentes condições ambientais as quais está exposto durante seu ciclo de vida. A regulação pós-transcricional requer uma associação entre mRNAs e determinadas proteínas formando complexos ribonucleoprotéicos (mRNPs). Nosso objetivo foi investigar a dinâmica de associação entre os mRNAs e proteínas, isolando e caracterizando proteínas e complexos protéicos ligados a mRNAs poliA+ das frações polissomal e pós-polissomal de epimastigotas em fase exponencial de crescimento e epimastigotas sujeitos a estresse nutricional. As amostras obtidas foram analisadas por espectrometria de massas (LC-MS/MS) e posteriormente comparadas. Nós identificamos 542 proteínas e dentre essas 24 estavam presentes em todas as frações analisadas, enquanto que outras eram exclusivas de uma fração específica: epimastigota frações polissomal (0,37%) e pós-polissomal (2,95%); estresse frações polissomal (13,8%) e pós-polissomal (40,78%). Proteínas sabidamente envolvidas com metabolismo de mRNA foram identificadas, sendo que esse resultado é importante para confirmar a confiabilidade da nossa técnica de isolamento das mRNPs. Essa abordagem em larga escala possibilitou uma análise mais completa da composição dos mRNPs e a dinâmica durante o estresse nutricional em T. cruzi. A partir dos dados obtidos nós selecionamos 6 proteínas para caracterização: fator de elongação 1-alfa (EF1-), proteína de ligação a RNA com domínio dedo de zinco (ZF-211.70), proteína de ligação a RNA com domínio cold shock (CD-33.60), prostaglandina F 2 alfa sintase (PF2 S), prostaglandina F sintase (PFS) e uma proteína hipotética com domínio de fator de replicação A (Hip -11.150). Os anticorpos contra as proteínas EF1-, ZF-211.70, PF2S e PFS apresentaram reatividade específica com uma proteína única de tamanho esperado, já as proteínas CD-33.60 e Hip-11.150 apresentaram um reatividade baixa ou inexistente em extratos de epimastigotas e por isso não foram utilizadas para os ensaios posteriores. Ensaios de imunofluorescência, sedimentação de polissomos em gradiente de sacarose e expressão ao longo do ciclo de vida nos permitiu uma caracterização inicial das proteínas selecionadas, etapas importantes para aprofundarmos o estudo na regulação de expressão gênica em T. cruzi. / Gene regulation is mainly posttranscriptional in trypanosomatids. The stability of mRNA and access to polysomes are thought to be tightly regulated, allowing Trypanosoma cruzi to adapt to the different environmental conditions during its life cycle. Posttranscriptional regulation requires the association between mRNAs and some proteins to form mRNP complexes. We investigated the dynamic association between proteins and mRNAs, using poli(T) beads to isolate and characterize proteins and protein complexes bound to poli -A+ mRNAs. The protein content of these fractions was analyzed by mass spectrometry (LC -MS/MS). We identified 542 protein component of the mRNP complexes associated with mRNAs. Twenty-four of the proteins obtained were present in all fractions, whereas some other proteins were exclusive to a particular fraction: epimastigote polysomal (0.37%) and postpolysomal (2.95%) fractions; stress polysomal (13.8%) and postpolysomal (40.78% ) fractions. Several proteins known to be involved in mRNA metabolism were identified, and this was considered important as it made it possible to confirm the reliability of our mRNP isolation approach. This procedure allowed us to have a first insight into the composition and dynamics of mRNPs in T. cruzi. From the results obtained we selected six proteins for characterization: elongation factor 1-alpha (EF1-), zinc finger RNA binding protein (ZF-211.70), RNA binding protein with a cold-shock domain (CD-33.60), prostaglandin F 2 alfa synthase (PF2S), prostaglandin F synthase (PFS) and a hypothetical protein with a replication factor domain (Hip-11.150). The antibodies produced against EF1-, ZF-211.70, PF2S and PFS recognized a specific protein of expected size in epimastigote protein extracts; however, the CD-33.60 and Hip-11.150 antibodies did not recognized a specific protein and they were not used for further experiments. Immunofluorescence assays, polysome profile in sucrose density gradient and the expression pattern through the parasite life cyle with the selected proteins allowed us a preliminary characterization and further studies will help to elucidate the posttranscriptional regulation and the formation of RNA regulons in T. cruzi.

Submitted by Karin Goebel (karing@fiocruz.br) on 2014-11-26T11:59:33Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Sharon Martins_versão biblioteca.pdf: 5639087 bytes, checksum: d97ea2343abfd37c4cdfe4960a4df639 (MD5) / Approved for entry into archive by Karin Goebel (karing@fiocruz.br) on 2014-11-26T11:59:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação_Sharon Martins_versão biblioteca.pdf: 5639087 bytes, checksum: d97ea2343abfd37c4cdfe4960a4df639 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-26T11:59:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_Sharon Martins_versão biblioteca.pdf: 5639087 bytes, checksum: d97ea2343abfd37c4cdfe4960a4df639 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil / Trypanosoma cruzi, o agente etiológico da doença de Chagas, é um organismoamplamente estudado devido a sua importância médica e também por possuircaracterísticas peculiares que o tornam um bom modelo de estudo para questõesbiológicas básicas. A repressão de RNAs mensageiros em grânulos citoplasmáticoscompostos de complexos mRNA-proteína (mRNPs) é uma importante via de regulaçãopós transcricional em eucariotos e, recentemente, foi demonstrado que grânulos deRNA estão presentes em T. cruzi. Alguns ortólogos de proteínas humanas envolvidasem mecanismos de regulação foram encontrados nestas estruturas e caracterizados,mas a função e composição de grânulos de mRNA neste modelo experimentalpermanecem desconhecidas. Em humanos e outros eucariotos, condições de estressecomo calor, radiação UV, presença de agentes citotóxicos ou deficiência de glucosepodem induzir a formação de grânulos de estresse, um tipo de estrutura citoplasmáticaenvolvida em repressão, separação e armazenamento de mRNA durante condiçõesadversas. Foram encontradas, em banco de dados de T. cruzi, três sequências deproteínas que possuem certa similaridade estrutural com as proteínas humanas TIA1 eTIAR. Os genes correspondentes foram clonados utilizando-se a tecnologia Gateway®,para a obtenção de proteínas recombinantes. As proteínas purificadas foram utilizadaspara produzir anticorpos policlonais em camundongos, os quais puderam elucidar alocalização celular e padrões de expressão destas proteínas durante o ciclo de vida doparasita. A caracterização destas proteínas pode ajudar a elucidar melhor osmecanismos de regulação pós transcricional em T. cruzi. / Trypanosoma cruzi, the etiological agent of Chagas’ disease, is an organism widely studied due to its medical importance and particular features that make it an alternative model for basic biological studies. Repression of messenger RNAs in cytoplasmic granules composed of mRNA-protein (mRNP) complexes is an important pathway of posttranscriptional regulation in eukaryotes, and recently was shown that mRNA granules are present in T. cruzi. A few orthologs of human proteins involved in mRNA metabolism were found and characterized on these structures, but the function and composition of mRNA granules in this organism remain unknown. In humans and other eukaryotes, stress conditions such as heat, UV radiation, presence of cytotoxic agents or glucose starvation can induce the formation of stress granules, cytoplasmic structures involved in mRNA repression, sorting and storage during adverse conditions. Three protein sequences that have a certain structural similarity with the human TIA1/TIAR proteins were found in the T. cruzi data bank. The genes encoding these three proteins were cloned using the Gateway® technology and the recombinant proteins were obtained. The purified proteins were used to produce polyclonal antibodies in mice and the cellular localization and expression patterns of these proteins during the parasite’s life cycle were performed. The characterization of these proteins can help to elucidate the mechanisms of posttranscriptional regulation in T. cruzi.