Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2015. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2015-11-13T13:44:39Z No. of bitstreams: 1 2015_FlaviaRenataSoares.pdf: 46876205 bytes, checksum: 1322fd7687dccd072530c17fa46d28d3 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2015-11-16T14:09:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_FlaviaRenataSoares.pdf: 46876205 bytes, checksum: 1322fd7687dccd072530c17fa46d28d3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-16T14:09:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_FlaviaRenataSoares.pdf: 46876205 bytes, checksum: 1322fd7687dccd072530c17fa46d28d3 (MD5) / O Cerrado possui alto grau de endemismo e riqueza de espécie. Ainda assim poucos trabalhos avaliaram a alta diversidade do domínio. De 2012 a 2014 dez novas espécies de Squamata foram descritas, e algumas eram crípticas dentro de espécies já conhecidas. No gênero Cnemidophorus o complexo ocellifer possui 14 espécies descritas até 2014 sendo que 12 foram descritas após o ano de 2000. No complexo cinco espécies ocorrem no Cerrado. Este trabalho avaliou três delas, Cnemidophorus ocellifer, que possui ampla distribuição no Brasil e C. mumbuca e C. jalapensis que aparentemente são endêmicas ao Jalapão. O objetivo geral deste trabalho é testar a atual delimitação de espécies de Cnemidophorus no Cerrado, identificar possíveis espécies crípticas e quais fatores teria influenciado a diversificação do grupo nesse domínio. Extraímos o DNA de 280 indivíduos de Cnemidophorus ocellifer, C. jalapensis e C. mumbuca de 33 localidades no Cerrado e quatro localidades do litoral. Desse total foram construídas sequências concatenadas com os haplótipos gerados para os quatro genes (12S, 16S, RP40, NKTR). Todos os genes apresentaram alto nível de estruturação (Fst>0,80). A delimitação de agrupamentos genéticos pelo programa BAPS resultou em dois grupos no Cerrado e um no litoral. Cnemidophorus jalapensis e C. mumbuca pertencem ao mesmo grupo. A árvore de espécies recuperou, com probabilidade posterior dos ramos de 100%, a relação das espécies candidatas do Cerrado como irmãs. As árvores de espécies de todos os genes tiveram a mesma topologia, com dois clados no Cerrado e um no litoral. A relação entre os três clados foi então utilizada na delimitação de espécies pelo programa BP&P. A delimitação validou a existência de duas espécies candidatas no Cerrado que tiveram suas distribuições modeladas. A espécie candidata 1 possui área de distribuição maior que a espécie candidata 2. A divergência entre as duas foi estimada em torno de 0.95 m.a.a., no Pleistoceno. A distribuição teve uma provável expansão durante o último interglacial para a espécie candidata 1 enquanto que no mesmo período a distribuição sofreria contração para a espécie candidata 2. Foram encontrados sinais significativos de expansão populacional recente em quatro localidades. O reconstrução da altitude como caractere discreto (>500m ou <500m) na árvore obtida a partir dos dados concatenados sugere uma tendência da espécie candidata 1 estar mais associada a altitudes inferiores a 500 m enquanto que a espécie candidata 2 em sua maioria estaria relacionada a altas altitudes. Nas nossas análises Cnemidophorus jalapensis e C. mumbuca não foram consideradas como espécies distintas geneticamente enquanto que outros indivíduos de C. ocellifer mostraram diferenças maiores entre eles. Esses dados devem ser considerados em futuras descrições de espécies do gênero, além de auxiliarem no esclarecimento do padrão de distribuição das espécies do Cerrado. / The Cerrado presents high degree of endemism and species richness. However few studies have deeply evaluated this high diversity. From 2012 to 2014 ten new species of Squamata have been described, and some were cryptic within known species. Within Cnemidophorus (Teiidae) the ocellifer complex is formed by 14 described species until 2014, in which 12 were described after the year 2000. Five species from ocellifer complex occur in the Cerrado. The present study evaluated three of them: Cnemidophorus mumbuca and C. jalapensis, both are apparently endemic to the Jalapão region, and C. ocellifer, which is extensively distributed in Brazil. In this study we tested the current delimitation of Cnemidophorus species in the Cerrado, identified possible cryptic species and we analyzed proposed factors that could have influenced the diversification of the group in this area. We extracted DNA from 280 individuals of Cnemidophorus ocellifer, C. mumbuca and C. jalapensis from 33 localities in the Cerrado and four coastal locations. Concatenated sequences were built for the four genes (12S, 16S, RP40, NKTR). All genes showed a high level of genetic structure among localities (Fst> 0.80). The clusters delimitation by BAPS program defined two groups in the Cerrado and one at the coast. Cnemidophorus jalapensis and C. mumbuca belong to the same group. The species tree recovered the ratio of the candidate species in the Cerrado as sisters with posterior probability of the branches of 100%. The species trees for all genes had the same topology with two clades in the Cerrado and one in the coast. The relationship between the three clades was then used in the delimitation of species at BP&P program. The delimitation validated the existence of two candidates species in the Cerrado who had their distributions modeled. The candidate specie 1 has distribution area larger than the candidate specie 2. The divergence time between the two was estimated at around 0.95 m.y.a. in the Pleistocene. The distribution had a probable expansion during the last interglacial to the candidate specie 1 while in the same period the distribution would suffer contraction for the candidate specie 2. Significant signs of recent population expansion were found in four locations. The reconstruction of altitude as discrete character (> 500m or <500m) in the tree obtained from the concatenated data suggests a trend for the candidate specie 1 being more associated with elevations below 500m while the candidate specie 2 is mostly related to high altitudes. In our analyzes C. jalapensis and C. mumbuca were not considered genetically distinct species, while others C. ocellifer showed greater differences in individuals among them. These data should be considered in future descriptions in the genus, as well as assist of clarifying the standard distribution of species in the Cerrado.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-28T11:26:05Z No. of bitstreams: 1 2015_MarianaGarcezStein.pdf: 14262578 bytes, checksum: e78acb50d466bd267f079a5b032b4c9d (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-02-04T17:07:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MarianaGarcezStein.pdf: 14262578 bytes, checksum: e78acb50d466bd267f079a5b032b4c9d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T17:07:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MarianaGarcezStein.pdf: 14262578 bytes, checksum: e78acb50d466bd267f079a5b032b4c9d (MD5) / A busca por padrões de distribuição dos organismos é uma das questões centrais da biologia. A Biogeografia é a ciência que busca identificar esses padrões assim como os processos que levaram a formação dos mesmos. A Caatinga é único bioma exclusivamente brasileiro e embora historicamente descrito como homogêneo e sem biota própria, atualmente sabe-se que é um bioma heterogêneo e que apresenta regiões de elevado endemismo. Apesar disso, trata-se do bioma menos estudado e conservado do país. Este trabalho teve como objetivo identificar e compreender os padrões de distribuição dos anuros na Caatinga, utilizando ferramentas de modelagem de distribuição de espécies, análise de endemicidade e análise de agrupamento. Os resultados mostraram que há uma de escassez de informações sobre a distribuição geográfica dos organismos. Apesar disso, elevadas áreas de riqueza foram encontradas e se localizaram principalmente na região leste do bioma e na Chapada Diamantina. Entre as áreas de endemismo obtidas no estudo destacam-se a área referente a Caatinga e outra localizada na Chapada Diamantina. A Caatinga mostra-se ainda como um bioma heterogêneo, dividido em seis grupos pela análise de agrupamento. Os grupos obtidos se mostraram distintos da divisão da Caatinga em ecorregiões. Assim, estudos de conservação de anfíbios no bioma não devem ser baseados na divisão do bioma em ecorregiões, pois as mesmas não representam a distribuição dos anfíbios no bioma. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The search for organism distribution patterns is one of the central questions in biology studies. The science that seeks to identify these patterns, as well as the processes that led to them, is called Biogeography. Caatinga is the only exclusively Brazilian biome and, although historically described as homogeneous and without unique biota, it is now considered a heterogeneous biome, with high endemism regions. Nevertheless, it is the least studied and conserved biome in the country. This study aimed to identify and understand the distribution patterns of anurans in Caatinga, using species distribution modeling, endemicity, and cluster analysis. The results showed that there is a scarcity of information on the geographical distribution of organisms. However, we found high richness areas, located mainly in the eastern part of the biome and in Chapada Diamantina region. Among the endemism areas observed in this study, both the area regarding the entire biome and the one located in Chapada Diamantina stood out. We also perceived that Caatinga is a heterogeneous biome, divided into six groups by cluster analysis. The obtained groups were distinct from the ecoregions suggested as a division of Caatinga. Therefore, amphibian studies and actions for their conservation in the biome should not be based on classical division in ecoregions, because they do not represent the real distribution of amphibians in the biome.

Orientador: Ricardo Cardoso Benine / Banca: Virginia Sanches Uieda / Banca: Alaide Aparecida Fonseca Gessner / Resumo: Os diferentes tipos de mesohabitat e a complexidade do substrato podem ser um importante fator na determinação da riqueza, abundância e distribuição das comunidades bentônicas. Neste sentido, no presente trabalhos fizemos um experimento em um riacho do Parque Estadual Intervales, Estado de São Paulo, com o objetivo de responder as seguintes questões: 1) a abundância, riqueza e composição da fauna de macroinvertebrados aquáticos são afetadas pelo tipo de mesohabitat (corredeira e remanso)? 2) a abundância, riqueza e composição da fauna são afetadas por substratos com diferentes complexidades fractais? 3) A fauna é afetada pela interação entre o tipo de mesohabitat e a complexidade do substrato? Para responder esses questionamentos, coletamos dados experimentais em um riacho de Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. Foram coletados 2.223 indivíduos. O primeiro eixo da DCA explicou 48,5% da variabilidade e separou a fauna coletada em remanso daquela coletada em corredeira. O segundo eixo explicou 15,9% e não pôde ser interpretado. A DCA não mostrou nenhum padrão que pudesse ser explicado pelas diferentes dimensões fractais. A maior abundância dos macroinvertebrados aquáticos foi observada em corredeiras. O tipo de mesohabitat e a complexidade do substrato não afetaram a riqueza padronizada. Por outro lado, o tipo de mesohabitat afetou significativamente a composição faunística, DCA I / Abstract: The richness, abundance and distribution of benthic communities may be affected by the different types of mesohabitat and by substrate complexity. In this sense, in the present work, we made a experiment in a stream located in the Intervales State Park, São Paulo State, with the aim to answer the following questions: 1) are abundance, richness and the faunal composition of aquatic macroinvertebrates affected by the type of mesohabitat (riffle and pool)? 2) Are abundance, richness and the faunal composition affected by the substrates with different fractal complexity? 3) Does the interaction between mesohabitat type and substrate complexity affect the fauna? To answer these questions, we collected experimental data in an Atlantic Rainforest stream in the Southeastern of Brazil. We collected 2.223 individuals. The first axis of DCA explained 48.5% of the variability and segregated the fauna of riffle from that of pool. The second axis explained 15,9% and could not be interpreted. The DCA analyses did not show any pattern that could be explained by the different fractal dimensions. The greatest aquatic macroinvertebrate abundance was observed in riffles. The mesohabitat type and the substrates complexity did not affect the standardized richness. On the other hand, the mesohabitat type affected significantly the faunal composition, DCA I / Mestre

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca: Raphael Lucio Andreatti Filho / Resumo: Devido à escassez de informações referentes à ocorrência de Cryptosporidium em aves selvagens no Brasil, este projeto foi realizado visando à detecção de Cryptosporidium em amostras de fezes de várias espécies de aves selvagens da fauna brasileira, por meio da reação em cadeia de polimerase - "nested" (n-PCR). Um total de 488 amostras de 146 espécies de aves selvagens foi coletado em zoológicos, criatórios, Hospitais Veterinários e residências, para extração do DNA genômico de oocistos e realização de n-PCR, visando à amplificação de fragmentos dos genes da subunidade 18S do RNA ribossômico e da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 20 (4,7%) das amostras examinadas. Por meio de sequenciamento dos fragmentos de DNA amplificados foram identificadas duas espécies de Cryptosporidium: C. galli em curiós (Oryzoborus angolensis) e C. baileyi em urubu-de-cabeça-preta (Coragyps atratus). / Abstract: Due to the paucity of data related to the occurrence of Cryptosporidium in wild birds from Brazilian fauna, this research was accomplished in order to screen fecal samples from various species of wild birds in Brazil for the presence of Cryptosporidium by the use of nested polymerase chain reaction (n-PCR). A total of 488 fecal samples from 146 species of wild birds were collected in Zoos, Veterinary Hospitals, breeder's facilities and residences. After extraction of genomic DNA from oocysts n-PCR was accomplished for amplification of fragments from 18S subunit of the ribosomal RNA gene and from actin gene. Positive amplification for Cryptosporidium was obtained in 20 (4.09%) samples. Sequencing of amplified fragments allowed the identification of C. galli in lesser-seed finches (Oryzoborus angolensis) and C. baileyi in black vulture (Coragyps atratus). / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-28Bitstream added on 2014-06-13T20:39:53Z : No. of bitstreams: 1 bertolucci_mpb_me_botib.pdf: 191496 bytes, checksum: 4a7e9b076a1b248c3fae26a47879b911 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os diferentes tipos de mesohabitat e a complexidade do substrato podem ser um importante fator na determinação da riqueza, abundância e distribuição das comunidades bentônicas. Neste sentido, no presente trabalhos fizemos um experimento em um riacho do Parque Estadual Intervales, Estado de São Paulo, com o objetivo de responder as seguintes questões: 1) a abundância, riqueza e composição da fauna de macroinvertebrados aquáticos são afetadas pelo tipo de mesohabitat (corredeira e remanso)? 2) a abundância, riqueza e composição da fauna são afetadas por substratos com diferentes complexidades fractais? 3) A fauna é afetada pela interação entre o tipo de mesohabitat e a complexidade do substrato? Para responder esses questionamentos, coletamos dados experimentais em um riacho de Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. Foram coletados 2.223 indivíduos. O primeiro eixo da DCA explicou 48,5% da variabilidade e separou a fauna coletada em remanso daquela coletada em corredeira. O segundo eixo explicou 15,9% e não pôde ser interpretado. A DCA não mostrou nenhum padrão que pudesse ser explicado pelas diferentes dimensões fractais. A maior abundância dos macroinvertebrados aquáticos foi observada em corredeiras. O tipo de mesohabitat e a complexidade do substrato não afetaram a riqueza padronizada. Por outro lado, o tipo de mesohabitat afetou significativamente a composição faunística, DCA I / The richness, abundance and distribution of benthic communities may be affected by the different types of mesohabitat and by substrate complexity. In this sense, in the present work, we made a experiment in a stream located in the Intervales State Park, São Paulo State, with the aim to answer the following questions: 1) are abundance, richness and the faunal composition of aquatic macroinvertebrates affected by the type of mesohabitat (riffle and pool)? 2) Are abundance, richness and the faunal composition affected by the substrates with different fractal complexity? 3) Does the interaction between mesohabitat type and substrate complexity affect the fauna? To answer these questions, we collected experimental data in an Atlantic Rainforest stream in the Southeastern of Brazil. We collected 2.223 individuals. The first axis of DCA explained 48.5% of the variability and segregated the fauna of riffle from that of pool. The second axis explained 15,9% and could not be interpreted. The DCA analyses did not show any pattern that could be explained by the different fractal dimensions. The greatest aquatic macroinvertebrate abundance was observed in riffles. The mesohabitat type and the substrates complexity did not affect the standardized richness. On the other hand, the mesohabitat type affected significantly the faunal composition, DCA I

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-02-21Bitstream added on 2014-06-13T20:20:36Z : No. of bitstreams: 1 esteves_rl_me_botib.pdf: 1092521 bytes, checksum: 66f05c088bb3146b8ac613eaa29a45a4 (MD5) / O estudo da ictiofauna de riachos permite entender as interações entre as espécies, identificando as principais dimensões dos recursos ao longo das quais as espécies se segregam. No presente trabalho o objetivo foi conhecer a história natural das comunidades de peixes de dois riachos de cerrado, localizados na Estação Ecológica de Itirapina (EEc), Sudeste do Brasil, com ênfase na composição da ictiofauna e sua distribuição espacial. A ictiofauna destes riachos foi estudada em duas estações do ano, chuvosa (janeiro/2003, março e abril/2004) e seca (julho/2003, julho e setembro/2004), através de observações subaquáticas e coletas diurnas. A composição da ictiofauna dos dois riachos foi bastante semelhante, provavelmente devido a sua localização (mesma bacia, proximidade da foz na desembocadura na Represa do Lobo) e semelhanças nas características estruturais. Quanto à variação sazonal na abundância da ictiofauna, para os dois riachos foi coletado um maior número de indivíduos na estação seca, resultado provavelmente influenciado principalmente pelas melhores condições de trabalho encontradas durante esta estação. No Ribeirão Itaqueri e no Ribeirão do Lobo a maioria das espécies observadas esteve presente nos microhabitat tanto do leito quanto da margem. A menor oferta de microhabitat no Ribeirão Itaqueri pode ser relacionada com a ausência da mata ciliar e a existência de fortes ações antrópicas. Por outro lado, a maior heterogeneidade de microhabitat no Ribeirão do Lobo provavelmente está relacionada à presença da mata ciliar, o que torna o ambiente mais estável. Apesar das diferenças salientadas entre os dois riachos estudados, um com mata preservada e o outro margeado de capim, a maioria das espécies observadas utilizou a área marginal como local de abrigo ou forrageamento. Os conhecimentos adquiridos constituirão... / The study of ichthyofauna in streams allows us to understand the interaction amongst different species, identifying dimensions of resources in which the species segregate. This research s objective aims to discover the natural history of fish communities in two streams of savanna, located at the Estação Ecológica of Itirapina (EEc), Southeastern Brazil, with emphasis on the composition of ictiofauna and its space distribution. The ichthyofauna in these streams was studied in two different seasons of the year: wet (January/2003, March and April/2004) and dry (July/2003, July and September/2004). The method utilized was sub aquatic observations and diurnal samples. The fish fauna composition in both creeks was very similar, probably due to its location (same basin, proximity of the mouth into Represa do Lobo) and due to its structural similarities as well. In relation to the seasonal variation in abundance of ichthyofauna, both creeks had the largest number of individuals sampled during the dry season. This result was probably influenced mainly by better field work conditions during the dry season. In Ribeirão Itaqueri and Ribeirão do Lobo, the majority of observed species was present in microhabitats of the stream bed and of the shore as well. The lowest diversity of microhabitat in Ribeirao Itaqueri can be related to the absence of riparian vegetation and existence of strong antropic actions. In another hand, the highest heterogeneity of microhabitat in Ribeirão do Lobo is most likely related to the presence of riparian vegetation, which makes the habitat more stable. Although there are differences between the two streams in study, one with preserved forest and the other surrounded by a prairie, the majority of observed species utilized the surrounding vegetation as local shelter. Knowledge acquired in this study will compile an important... (Complete abstract click electronic access below)

Homonota uruguayensis é um pequeno lagarto endêmico da Savana Uruguaia, ecorregião pertencente ao Bioma Pampa. Distribui-se em uma área muito restrita no sudoeste do estado do Rio Grande do Sul (Brasil) e noroeste do Uruguai onde ocorrem afloramentos de basalto provenientes dos derrames vulcânicos que originaram a Formação Serra Geral. Assim como ocorre com a biodiversidade da Savana Uruguaia em geral, essa espécie é ainda pouco conhecida. Essa região vem sofrendo com uma crescente descaracterização dos seus ecossistemas originais e possui uma parcela ínfima de áreas protegidas. A filogeografia é uma ferramenta que possibilita o acesso à distribuição geográfica da variabilidade genética dentro de uma espécie, auxiliando na identificação de linhagens evolutivamente independentes que mereçam maior atenção em programas de manejo e conservação. Para compreender melhor a história evolutiva dessa espécie, 106 amostras de H. uruguayensis provenientes de sete localidades no Rio Grande do Sul e cinco no Uruguai, e amostras de dois grupos externos (H. borelli e H. fasciata, um indivíduo cada) foram caracterizadas através do sequenciamento de genes mitocondriais (citocromo b e 12S) e nucleares (BDNF). Além disso, dezesseis variáveis morfométricas foram caracterizadas e analisadas em um subconjunto dos indivíduos coletados. Os resultados mostraram que H. uruguayensis possui uma marcada estruturação filogeográfica, com a formação de quatro clados de linhagens mitocondriais que diferem em até 5% entre si, e sem compartilhamento de haplótipos mitocondriais entre as localidades. Embora diferentes métodos de análise tenham recuperado topologias distintas, uma comparação entre diferentes hipóteses topológicas feita através de uma análise bayesiana sugere que a população localizada mais ao norte da distribuição (Cerro do Tigre) representa a divergência mais ancestral nessa espécie. A estruturação dos haplótipos mitocondriais é coincidente com a distribuição geográfica, sugerindo um cenário de intensa filopatria com isolamento por distância. Apesar da grande variação encontrada nos genes mitocondriais, nenhuma variação foi observada no gene nuclear BDNF. As análises morfométricas corroboram os resultados genéticos mostrando uma tendência à diferenciação morfológica entre algumas populações. Segundo as estimativas, a separação entre H. uruguayensis em relação a seus grupos irmão se deu na transição do Mioceno para o Plioceno e a coalescência das linhagens mitocondriais de H. uruguayensis está no limite do Pleistoceno, por volta de 2,5 Ma. A população de Cerro do Tigre pode estar passando por um processo de especiação e por isso deve ser priorizada em um programa de manejo e conservação da espécie. / Homonota uruguayensis is a small gecko endemic to the Uruguayan Savanna, an ecoregion belonging to the Pampa biome. It is distributed in a narrow area, restricted to the southwest of the Rio Grande do Sul state (Brazil) and the northwest of Uruguay, where there are basalt outcrops resulting from the volcanic eruptions that originated the Serra Geral formation in Southern Brazil. As it occurs with most of the biodiversity within this region, this is still a poorly studied species. This region is undergoing a growing degradation of its autochthonous ecosystems, but only a very minor proportion of its area is under protection. Phylogeography is a tool that allows the characterization of the geographic distribution of the genetic variation within a species, which may help to identify evolutionary independent lineages that deserve higher priority status in management and conservation programs. For a better understanding of the evolutionary history of this species, 106 samples of H. uruguayensis individuals from seven localities in Rio Grande do Sul and five in Uruguay, and samples from two outgroup species (H. borelli and H. fasciata, one individual each), were sequenced for mitochondrial (cytochrome b and 12S) and nuclear (BDNF) genes. In addition, sixteen morphometric variables have been characterized and analyzed in a subsample of the collected individuals. Our results show that H. uruguayensis has a strong phylogeographic structure, with mitochondrial lineages forming four clades which differ up to 5% among them, and no haplotype sharing among localities. Even though different analytical methods recovered different topologies, a Bayesian factor comparison between them suggests that population in the northern edge of the distribution (Cerro do Tigre) represents the most ancient divergence within the species. The genetic structure of the mitochondrial haplotypes is concordant with geographic distribution suggesting a scenario of strong philopatry and isolation by distance. In spite of the wide variation shown by the mitochondrial genes, no variation was found for the nuclear BDNF gene. The morphological analyses corroborate the results from the mitochondrial markers, with some populations being distinct from the others. It was estimated that the separation between H. uruguayensis and its ougroups occurred between the upper and mid-Miocene, while the coalescence of H. uruguayensis haplotypes was in the Pleistocene limit, around 2.5 million years ago. The population from Cerro do Tigre may be undergoing an incipient process of speciation, and should therefore receive high priority in conservation and management programs for this species.

O gato palheiro, Leopardus colocolo, é um felídeo neotropical de pequeno porte. A espécie possui uma ampla distribuição geográfica, ocorrendo desde os Andes do Peru e da Bolívia, até o extremo sul da América do Sul. No Brasil, a distribuição da espécie ainda é incerta, porém sabe-se que ela ocorre na região centro-oeste e no estado do Rio Grande do Sul. Embora a taxonomia de L. colocolo gere controvérsias, sabe-se que algumas populações estão geneticamente estruturadas, provavelmente como resultado de longos períodos de isolamento. Em um estudo filogeográfico baseado em genes de DNA mitocondrial, a diferenciação genética entre os indivíduos do centro-oeste e do sul do Brasil foi evidenciada. Segundo este, estas populações apresentam-se fortemente estruturadas, com um baixo nível de fluxo gênico. No entanto, a análise exclusiva de marcadores de herança unicamente maternal utilizada neste estudo impossibilita a avaliação da real extensão da divergência evolutiva entre estas populações. Em razão disso, o presente estudo procurou avaliar, através do uso de marcadores moleculares de microssatélite, a variabilidade genética das populações de L. colocolo na região central e sul do Brasil e verificar a distribuição geográfica desta variabilidade, analisando processos de fluxo gênico, isolamento genético e estrutura populacional, a fim de auxiliar no desenvolvimento de planos de manejo e conservação para a espécie. A investigação genética deste estudo revelou uma alta variabilidade gênica nas populações, comparáveis a condições encontradas em populações de gatos-palheiros do oeste da América do Sul. Os níveis de divergência gênica entre as populações foram significativos. Na análise de agrupamento Bayesiano as populações brasileiras formaram clusters distintos. De modo geral, o estudo evidenciou a divergência genética entre as populações de gato-palheiro da região centro-oeste e sul do Brasil. Acredita-se que a expansão da Floresta Atlântica no final do Pleistoceno, início do Holoceno, separou as populações de L. colocolo do centro-oeste e do sul do Brasil, funcionando como uma barreira para o fluxo gênico dessa espécie entre as regiões, deixando a população do sul isolada. Com base nos resultados obtidos, sugerimos que as populações brasileiras sejam consideradas Unidades de Manejo independentes para a conservação efetiva da diversidade genética. Ainda, recomendamos que seja dada uma atenção especial à população do Rio Grande do Sul e Uruguai, pois populações isoladas estão mais propícias ao endocruzamento e perda da diversidade genética, o que diminui a viabilidade da população a longo prazo.

A Ecologia de Estradas é um novo campo de conhecimento e surgiu das demandas sobre estudos de impactos ambientais em áreas naturais, com a construção de empreendimentos lineares, como estradas, rodovias e linhas férreas. Sérios problemas ambientais ligados à implantação de estradas e rodovias estão sendo analisados em todo o mundo, como: dispersão de espécies exóticas, alteração do ciclo hidrológico, mudanças microclimáticas, produção de material particulado e ruído, contaminação das águas e do solo, perda de habitat, fragmentação de ambientes naturais e, principalmente, o atropelamento de animais silvestres. Vários estudos vêm sendo desenvolvidos especialmente na América do Norte e Europa e medidas mitigatórias para o atropelamento de animais silvestres, como as passagens de fauna, vêm sendo criadas. Essas estruturas restituem a conectividade entre os fragmentos florestais e matrizes permeáveis e, quando efetivas nas travessias de animais, contempla-se a conservação da biodiversidade e a segurança do usuário. O estado de São Paulo possui 81 passagens de fauna em 14 rodovias diferentes e, numa delas, a SP-225, foi realizado o monitoramento de 10 passagens inferiores de fauna (PIF), distribuídas em 51 km de extensão. O trecho da rodovia em estudo corta os municípios de Dois Córregos, Brotas e Itirapina. Os objetivos deste trabalho foram comparar a efetividade em travessias de mamíferos de médio e grande porte entre diferentes tipos estruturais de PIF, novas e antigas (presentes antes do licenciamento da duplicação da rodovia), com presença e ausência de água. Três tipos diferentes de PIF foram monitorados: passagens quadradas de concreto, redondas de tubo Armco e um terceiro tipo de grande galeria. Também verificamos a influência da paisagem num entorno de 50 metros (buffers) ao redor das PIFs estudadas. O monitoramento foi realizado por meio de filmagens com câmeras digitais de vídeo e canteiros de pegadas com pó de mármore, durante oito dias por mês, no período de um ano, totalizando um esforço amostral de 96 dias. Foram registradas 800 travessias, sendo que 725 foram exclusivas para mamíferos de médio e grande porte, tendo 16 diferentes espécies representadas. As espécies que mais utilizaram as passagens foram capivara (Hydrochoerus hydrochaeris), com 435 travessias de indivíduos, seguido de veado catingueiro (Mazama gouazoubira), com 94 indivíduos, e tatu galinha (Dasypus novemcinctus), com 52 indivíduos. Os resultados foram testados através de análises de variância e teste correlação de Spearman. Verificou-se que a presença de água é um fator altamente significativo para a travessia da fauna (X2 = 236,5; p<<0,001). Não detectamos diferença na efetividade dos três tipos de PIF estudados (ANOVA: F= 1.43, p= 0,255) embora o tipo \"grande galeria\" tenha contemplado a travessia de 15 espécies diferentes, apresentando, portanto, maior riqueza. O baixo número amostral para PIF do tipo grande galeria impediu o uso de seus resultados em testes estatísticos, porém, uma maior amostragem talvez pudesse mostrar maior sucesso desse tipo de PIF. É possível que passagens redondas e quadradas não tenham diferido no número de travessias por terem em média o mesmo tamanho (2 m x 2 m em PIFs quadradas e 2 m de diâmetro em PIFs redondas), pois talvez os mamíferos de médio e grande porte não tenham predileção por tipos estruturais específicos entre essas duas PIFs. A análise da paisagem no entorno da rodovia demonstrou que as matrizes mais presentes foram as culturas de laranja e pasto, mas a única espécie que respondeu aos tipos de matrizes foi o gambá (Didelphis albiventris), estando freqüente em passagens circundadas por cana de açúcar e pasto. Analisando a ocorrência das espécies estudadas nas PIFs, verificamos que cachorro do mato (Cerdocyon thous) e tatu (Dasypus novemcinctus) se mostraram relacionados negativamente com a presença de água (p= -0,72 e p= -0,62 respectivamente, teste de Spearman), enquanto que veado, gambá e paca se mostraram relacionados positivamente com a presença de vegetação. É possível relacionar o sucesso de travessias de mamíferos de médio e grande porte com PIFs apresentando água também dentro dos limites da paisagem considerados. Nesse sentido, tivemos 676 travessias em passagens úmidas e 46 travessias em passagens secas. A aplicação prática dessa informação é a possibilidade de modificação de tubos de drenagem fluviais já existentes em rodovias (com dimensão mínima de 1,5 m de diâmetro, ou 1,5 m x 1,5 m para caixas retangulares) para a passagem de fauna, ou a construção de novos tubos adaptados para fauna de médio e grande porte nas rodovias em licenciamento para implantação ou duplicação / Road Ecology is a new field of knowledge that emerged from environmental impact studies in natural areas due to the construction of linear developments, such as roads, highways and railways. Serious environmental problems linked to the construction of roads and highways have been analyzed worldwide, such as: dispersion of exotic species, hydrological cycle changes, microclimatic changes, the production of particulate material and noise, water and soil contamination, habitat loss, natural environments fragmentation, and road kill. Many studies have been conducted especially in North America and Europe resulting in mitigation measures such as fauna crossings for the reduction of road kill. These structures restore the connectivity between forests fragments and permeable matrices, the conservation of biodiversity and safety of users is taken into consideration when it is effective for the crossings of animals. Sao Paulo State has 81 fauna crossings in 14 different highways and, in particular, there was monitoring of 10 fauna underpasses, on the SP-225 distributed over 51 km. The section of the highway in the study cuts through the municipalities of Dois Corregos, Brotas and Itirapina. The purpose of this study was to compare the different structural types, new and old (present prior to the highway duplication licensing), with and without the presence of water and their effectiveness on medium and large-sized mammals usage of fauna underpasses. Three different types of fauna underpasses were monitored: square concrete underpass, Armco tube tunnels and a third type of open spam underpass. We also verified the influence of the landscape within 50 meters (buffers) surrounding the fauna underpasses studied. The monitoring was made utilizing digital video recording cameras and marble dust beds track stations, eight days a month, during one year, the sampling totaling 96 days. There were 800 crossings registered, 725 were exclusively for medium and largesized mammals, representing 16 different species. The species that most used the crossings were the capybara (Hydrochoerus hydrochaeris), 435 crossings of the individuals, followed by the gray brocket deer (Mazama gouazoubira), with 94 individuals, and the nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus ), with 52 individuals. The results were tested through the analysis of variance and Spearman correlation test. It was found that the presence of water is a highly significant factor for the fauna crossing (X2 = 236,5; p<<0,001). We detected no difference in the effectiveness of the three types of underpasses studied (ANOVA: F= 1.43, p= 0,255) although the type \"open spam underpass\" demonstrated greater diversity with the crossings of 15 different species. The low sampling number for the type of open spam underpass prevented the usage of the results in statistical tests; however a larger sampling would probably be able to show a greater success of this type of fauna underpass structure. It is possible that there had not been a difference in the number of crossings in round culverts and square culverts because these structures have on average the same size (2m x 2m in square underpasses and 2m in diameter in round underpasses). Maybe because medium and large-sized mammals don\'t have a preference for specific structural types between these two types of fauna underpasses. The analysis of the landscape in the surrounding areas of the highway showed that the cultures of orange and pasture were the prevalent matrices, but the white-eared opossum (Didelphis albiventris) was the only specie that responded to these types of matrices. The white-eared opossum was found frequently in landscapes surrounded by sugar cane and pasture. Analyzing the occurrence of the species studied in the fauna underpasses, we verified that crab eating fox and armadillo demonstrated a negative interaction with water (p= -0,72 e p= -0,62 respectively, Spearman test), whereas gray brocket, white eared opossum and spotted paca demonstrated a positive interaction with the presence of vegetation

Homonota uruguayensis é um pequeno lagarto endêmico da Savana Uruguaia, ecorregião pertencente ao Bioma Pampa. Distribui-se em uma área muito restrita no sudoeste do estado do Rio Grande do Sul (Brasil) e noroeste do Uruguai onde ocorrem afloramentos de basalto provenientes dos derrames vulcânicos que originaram a Formação Serra Geral. Assim como ocorre com a biodiversidade da Savana Uruguaia em geral, essa espécie é ainda pouco conhecida. Essa região vem sofrendo com uma crescente descaracterização dos seus ecossistemas originais e possui uma parcela ínfima de áreas protegidas. A filogeografia é uma ferramenta que possibilita o acesso à distribuição geográfica da variabilidade genética dentro de uma espécie, auxiliando na identificação de linhagens evolutivamente independentes que mereçam maior atenção em programas de manejo e conservação. Para compreender melhor a história evolutiva dessa espécie, 106 amostras de H. uruguayensis provenientes de sete localidades no Rio Grande do Sul e cinco no Uruguai, e amostras de dois grupos externos (H. borelli e H. fasciata, um indivíduo cada) foram caracterizadas através do sequenciamento de genes mitocondriais (citocromo b e 12S) e nucleares (BDNF). Além disso, dezesseis variáveis morfométricas foram caracterizadas e analisadas em um subconjunto dos indivíduos coletados. Os resultados mostraram que H. uruguayensis possui uma marcada estruturação filogeográfica, com a formação de quatro clados de linhagens mitocondriais que diferem em até 5% entre si, e sem compartilhamento de haplótipos mitocondriais entre as localidades. Embora diferentes métodos de análise tenham recuperado topologias distintas, uma comparação entre diferentes hipóteses topológicas feita através de uma análise bayesiana sugere que a população localizada mais ao norte da distribuição (Cerro do Tigre) representa a divergência mais ancestral nessa espécie. A estruturação dos haplótipos mitocondriais é coincidente com a distribuição geográfica, sugerindo um cenário de intensa filopatria com isolamento por distância. Apesar da grande variação encontrada nos genes mitocondriais, nenhuma variação foi observada no gene nuclear BDNF. As análises morfométricas corroboram os resultados genéticos mostrando uma tendência à diferenciação morfológica entre algumas populações. Segundo as estimativas, a separação entre H. uruguayensis em relação a seus grupos irmão se deu na transição do Mioceno para o Plioceno e a coalescência das linhagens mitocondriais de H. uruguayensis está no limite do Pleistoceno, por volta de 2,5 Ma. A população de Cerro do Tigre pode estar passando por um processo de especiação e por isso deve ser priorizada em um programa de manejo e conservação da espécie. / Homonota uruguayensis is a small gecko endemic to the Uruguayan Savanna, an ecoregion belonging to the Pampa biome. It is distributed in a narrow area, restricted to the southwest of the Rio Grande do Sul state (Brazil) and the northwest of Uruguay, where there are basalt outcrops resulting from the volcanic eruptions that originated the Serra Geral formation in Southern Brazil. As it occurs with most of the biodiversity within this region, this is still a poorly studied species. This region is undergoing a growing degradation of its autochthonous ecosystems, but only a very minor proportion of its area is under protection. Phylogeography is a tool that allows the characterization of the geographic distribution of the genetic variation within a species, which may help to identify evolutionary independent lineages that deserve higher priority status in management and conservation programs. For a better understanding of the evolutionary history of this species, 106 samples of H. uruguayensis individuals from seven localities in Rio Grande do Sul and five in Uruguay, and samples from two outgroup species (H. borelli and H. fasciata, one individual each), were sequenced for mitochondrial (cytochrome b and 12S) and nuclear (BDNF) genes. In addition, sixteen morphometric variables have been characterized and analyzed in a subsample of the collected individuals. Our results show that H. uruguayensis has a strong phylogeographic structure, with mitochondrial lineages forming four clades which differ up to 5% among them, and no haplotype sharing among localities. Even though different analytical methods recovered different topologies, a Bayesian factor comparison between them suggests that population in the northern edge of the distribution (Cerro do Tigre) represents the most ancient divergence within the species. The genetic structure of the mitochondrial haplotypes is concordant with geographic distribution suggesting a scenario of strong philopatry and isolation by distance. In spite of the wide variation shown by the mitochondrial genes, no variation was found for the nuclear BDNF gene. The morphological analyses corroborate the results from the mitochondrial markers, with some populations being distinct from the others. It was estimated that the separation between H. uruguayensis and its ougroups occurred between the upper and mid-Miocene, while the coalescence of H. uruguayensis haplotypes was in the Pleistocene limit, around 2.5 million years ago. The population from Cerro do Tigre may be undergoing an incipient process of speciation, and should therefore receive high priority in conservation and management programs for this species.