Os Enterococcus spp. apresentam natureza ubiquitária e são encontrados no trato gastrointestinal de diversos animais. Entretanto, estudos desses microorganismos associados a tartarugas marinhas são escassos. Os objetivos deste estudo foram: isolar enterococos a partir de amostras fecais de tartarugas marinhas encontradas no Litoral Norte do Rio Grande do Sul; determinar a prevalência das espécies; avaliar seu perfil de suscetibilidade antimicrobiana; verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; analisar sua diversidade genética. Um total de 158 enterococos foram identificados como E. faecalis (55,7%), E. faecium (23,4%), E. hirae (15,2%) e E. casseliflavus (5,7%). A maioria dos isolados foi suscetível aos antimicrobianos testados, no entanto, fenótipos de resistência foram encontrados para eritromicina (34,2%), rifampicina (32,9%) e tetraciclina (0,63%). O gene de resistência à eritromicina msrC foi encontrado em todos os E. faecium resistentes, já o gene erm(B), não foi detectado. Somente um isolado foi resistente à tetraciclina, e este não apresentou nenhum dos genes testados. Os genes de virulência, gelE e ace (98,86%), asa (68.18%) e cylA (40,90%) foram detectados somente em E. faecalis. A atividade de gelatinase e citolisina foi verificada em 87 e 19 isolados, respectivamente. A maioria dos enterococos não foi capaz de formar biofilme. A análise dos perfis gerados por PFGE revelou um grande número de clones. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do trato gastrointestinal das tartarugas marinhas e a presença de determinantes de resistência e virulência nestes animais pode estar relacionada a fatores antropogênicos ou, ainda, ter origem no resistoma ambiental. / Enterococcus spp. shows an ubiquitous nature and are found in the gastrointestinal tract of several animals. However, studies of enterococus in sea turtles are scarce The aims of this study were: to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of sea turtle found on the North coast of Rio Grande do Sul; to determine the prevalence of species; to evaluate their antimicrobial susceptibility profile; to check the presence of resistance and virulence related genes and; to analyse their genetic diversity. A total of 158 enterococci were identified as E. faecalis (55.7%) E. faecium (23.4%), E. hirae (15.2 %) and E. casseliflavus (5.7%). Most of the isolates were susceptible to the tested antimicrobials, however, resistance phenotypes were found for erythromycin (34.2%), rifampicin (32.9%) and tetracycline (0.63%). The erythromycin resistance gene msrC was detected in all E. faecium erythromycin resistant; moreover, the gene erm (B) was not detected. Only one sample was resistant to tetracycline, although it did not show any of the tetracycline resistant genes tested. Virulence genes gelE and ace (98.86%), asa (68.18%) and cylA (40.90%) were detected only in E. faecalis. The cytolysin and gelatinase activity was observed in 19 and 87 strains, respectively. Most enterococci were not able to form biofilm. The profile analysis generated by PFGE revealed a large number of clones. In conclusion, different species of enterococci were found in the microflora of sea turtle gastrointestinal tract and the presence of resistance and virulence determinants in these animals might be related to anthropogenic factors or even to an environmental resistome origin.

A distribuição das espécies de enterococos, bactérias comensais do trato gastrointestinal (TGI), é bastante estudada nos diferentes mamíferos; entretanto, em lobos-marinhos (Arctocephalus spp.) ainda não existem dados. Os objetivos do estudo foram: a) isolar Enterococcus spp. a partir de amostras fecais de lobos-marinhos encontrados no litoral norte do Rio Grande do Sul; b) determinar a prevalência das espécies; c) avaliar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana; d) verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; e) analisar o perfil genotípico por RAPD-PCR. No total, 160 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (50,62%), E. hirae (34,37%), E. casseliflavus (11,87%), E. gallinarum (1,87%), E. mundtii (0,62%) e E. faecium (0,62%). Noventa e três isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. As propriedades de resistência foram encontradas para eritromicina (21,25%), nitrofurantoína (15,62%), tetraciclina (6,25%), norfloxacina (3,12%) e ciprofloxacina (3,12%). Dentre os 10 isolados resistentes à tetracilina, 3 apresentaram o gene tet(M) e nenhum o tet(L). Dos 34 resistentes à eritromicina, 2 apresentaram o gene erm(B). Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes ace (66,87%) e gelE (50,62%), seguidos por asa (11,87%) e cylA (2,5%). A atividade de gelatinase e citolisina indicou a presença de genes silenciosos. A análise do RAPD-PCR permitiu reunir os isolados em cinco grupos. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do TGI de lobos-marinhos e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionados a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / The species distribution of enterococci, commensal bacteria of the gastrointestinal tract (GIT), is well studied in different mammals, however in fur seals (Arctocephalus spp.) data do not exist yet. The objectives of this study were: a) to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of fur seals found on the North coast of Rio Grande do Sul; b) to determine the prevalence of species; c) to assess the antimicrobial susceptibility profile; d) to check the presence of resistance and virulence related genes and; e) to evaluate the genotypic profile by RAPD-PCR. A total of 160 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (50.62%), E. hirae (34.37%), E. casseliflavus (11.87%), E. gallinarum (1.87%), E. mundtii (0.62%), and E. faecium (0.62%). Ninety-three isolates were susceptible to 10 antimicrobials tested. Resistance properties were found for erythromycin (21.25%), nitrofurantoin (15.62%), tetracycline (6.25%), norfloxacin (3.12%), and ciprofloxacin (3.12%). Among the 10 isolates resistant to tetracycline, 3 harbored the tet(M) gene and none were positive to tet(L) gene. Among the 34 erythromycin-resistant isolates, 2 harbored the erm(B) gene. Regarding the virulence genes, a higher incidence was observed for the ace (66.87%) and gelE (50.62%), followed by asa (11.87%) and cylA (2.5%). Gelatinase and cytolysin activity indicated the presence of silent genes. Analysis of RAPD-PCR allowed to assemble the isolates into five groups. In conclusion, different species of enterococci are part of the fur seals GIT microbiota and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or origin in the environmental resistome.

A costa do Rio Grande do Sul recebe sazonalmente uma variedade de espécies marinhas que incluem aves, tartarugas e mamíferos. Entre elas, os lobos-marinhos são observados freqüentemente nas praias do litoral, principalmente durante os meses de inverno. Embora muitos destes animais procurem as praias para descansar, muitos deles chegam debilitados ou mortos. Estabelecer quais são os prováveis agentes microbiológicos que possam causar doenças nestes animais e seu potencial para transmissão de zoonoses é uma tarefa difícil pelos dados disponíveis. O objetivo deste estudo foi de aplicar uma análise metagenômica para caracterizar o viroma fecal de lobos-marinhos encontrados mortos ao longo da costa sul-rio-grandense. Duas espécies foram examinadas: o lobo-marinho-sul-americano (Arctocephalus australis) e o lobo-marinho-subantártico (Arctocephalus tropicalis). Dez amostras de fezes de A. australis (n=5) e A. tropicalis (n=5) foram coletadas dos intestinos de lobos-marinhos mortos e as partículas virais foram purificadas, extraídas e uma PCR randômica foi realizada. Os produtos amplificados foram seqüenciados por duas plataformas de seqüenciamento, Ion Torrent e Illumina, e os contigs foram submetidos ao BLASTx. Ambos os viromas foram predominados por bacterófagos, no entanto, vírus entéricos de eucariotos e potenciais novos vírus também foram encontrados. Seqüências de anelovírus, parvovírus e picornavírus foram identificadas nas duas espécies de lobos-marinhos. Seqüências de picobirnavírus e semelhantes a hepevírus foram identificadas em A. australis, enquanto sapovírus, rotavírus e sakobuvírus foram encontrados em A. tropicalis. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam entre as populações de lobos-marinhos. / The Rio Grande do Sul coast, the southernmost state in Brazil, seasonally hosts numerous marine species, including birds, turtles and mammals. Among the marine mammals, the Subantarctic and South American fur seals are observed near and on-shore frequently, particularly during winter months. Although some reach the coast to rest, several are found dead or debilitated along the shore. Establishing microbial etiological agents of diseases and the potential for fur seals to serve as reservoirs of zoonotic diseases remains limited due to available data. The aim of this study was to apply a metagenomic approach to characterize the fecal virome of fur seals found dead along the Rio Grande do Sul coast. Two species were analyzed: the South American fur seal (Arctocephalus australis) and the Subantarctic fur seal (Arctocephalus tropicalis). Ten fecal samples from A. australis (n=5) and A. tropicalis (n=5) were collected from the intestines of dead fur seals and viral particles were purified, extracted and a random PCR was performed. The amplified products were sequenced through Ion Torrent and Illumina NGS platforms and assembled reads were subjected to BLASTx searches. Both viromes were dominated by bacteriophages, however, enteric and potentially novel eukaryotic viruses were also found. Sequences of anellovirus, parvovirus and picornavirus were identified in both fur seal species. Sequences of picobirnavirus and a hepevirus-like were identified in A. australis; while sapovirus, rotavirus and sakubovirus were found in A. tropicalis. These findings contribute to a better understanding of the viruses that occur in fur seal populations.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2017-07-12T13:17:44Z No. of bitstreams: 1 PDF - Thaís Gomes Machado.pdf: 11679483 bytes, checksum: 13fe8295fee9cbfeadaed5751b61b3f1 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2017-07-20T12:19:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Thaís Gomes Machado.pdf: 11679483 bytes, checksum: 13fe8295fee9cbfeadaed5751b61b3f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-20T12:19:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Thaís Gomes Machado.pdf: 11679483 bytes, checksum: 13fe8295fee9cbfeadaed5751b61b3f1 (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / Vale S. A. / In general, cave species have changes in their morphology and physiology as way of adaptation to the environment and are classified as troglobites; eutroglophiles; subtroglophiles and trogloxenes. Compared to epigean ecosystem, the cave ecosystem has low species diversity, dependence of nutrients from the external environment, humidity and stable temperature in the year, therefore, this environment is strongly influenced by external environmental changes, such as mining, deforestation, urbanization, etc. This study examines the distribution of troglobite species of Collembola caves in different lithologies in areas of mining interest. Located in Minas Gerais, the Quadrilátero Ferrífero represents one of the main metallogenetic provinces of Brazil. We examined the biological material deposited in the Reference Collection in the Paraíba Soil Fauna in the Universidade Estadual da Paraíba. Held up the organization of a database with records of occurrence and geographical distribution of species, for the geo-referencing of all wells. We performed the analysis of 1.589 specimens, divided into 16 families, 59 genera and 131 species. Of these, 13 were considered possible troglobites. The species Pararrhopalites sp4, Pararrhopalites sp7, Pseudosinella sp4, Trogolaphysa sp6, Troglobius ferroicus e Troglobius sp2 were confirmed troglobite. Arrhopalites sp2 and Arrhopalites sp3 can be the same specie and is believed that Pseudosinella sp4 move around on MSS and Trogolaphysa sp6 may be experiencing a vicarious process. Human activities and the use of natural resources in this environment entails degradation and local or regional extinction of species. The cave environment acts as excellent places for ecological studies and frequently have endemic species, so it is extremely important to preserve this environment and your fauna. / Em geral, espécies cavernícolas possuem alterações em sua morfologia e fisiologia como forma de adaptação ao ambiente e podem ser classificadas como troglóbias, eutroglófilas, subtroglófilas e trogloxenas. Quando comparados a ecossistemas epígeos, ecossistemas cavernícolas possuem baixa diversidade de espécies, dependência de nutrientes provenientes do meio externo e condições de umidade e temperatura estáveis ao longo do ano. Desta forma, este ambiente é fortemente influenciado por alterações ambientais externas, como a mineração, desmatamento, urbanização, entre outras. O presente estudo tem como objetivo avaliar a distribuição das espécies troglóbias de Collembola em cavernas inseridas em diferentes litologias em áreas de significativo interesse minerário. Localizado em Minas Gerais, o Quadrilátero Ferrífero representa uma das principais províncias metalogenéticas do Brasil. Analisamos o material biológico depositado na Coleção de Referência em Fauna de Solo da Paraíba da Universidade Estadual da Paraíba. Foi realizada a organização de um banco de dados com os registros da ocorrência e a distribuição geográfica das espécies, para o georreferenciamento de todas as cavidades. Foram analisados 1.589 espécimes, divididos em 16 famílias, 59 gêneros e 131 espécies. Destas, 13 foram consideradas possivelmente troglóbias. As espécies Pararrhopalites sp4, Pararrhopalites sp7, Pseudosinella sp4, Trogolaphysa sp6, Troglobius ferroicus e Troglobius sp2 foram consideradas troglóbias. Arrhopalites sp2 e Arrhopalites sp3 podem ser a mesma espécie. Acredita-se que Pseudosinella sp4 locomove-se pelo MSS e Trogolaphysa sp6 pode estar passando por um processo vicariante. As atividades antrópicas e o uso dos recursos naturais nestes ambientes acarretam degradação e extinção local ou regional das espécies. O ambiente cavernícola funciona como locais excelentes para estudos ecológicos e frequentemente abrigam espécies endêmicas, portanto é de fundamental importância à conservação deste ambiente e consequentemente de sua fauna.

A costa do Rio Grande do Sul recebe sazonalmente uma variedade de espécies marinhas que incluem aves, tartarugas e mamíferos. Entre elas, os lobos-marinhos são observados freqüentemente nas praias do litoral, principalmente durante os meses de inverno. Embora muitos destes animais procurem as praias para descansar, muitos deles chegam debilitados ou mortos. Estabelecer quais são os prováveis agentes microbiológicos que possam causar doenças nestes animais e seu potencial para transmissão de zoonoses é uma tarefa difícil pelos dados disponíveis. O objetivo deste estudo foi de aplicar uma análise metagenômica para caracterizar o viroma fecal de lobos-marinhos encontrados mortos ao longo da costa sul-rio-grandense. Duas espécies foram examinadas: o lobo-marinho-sul-americano (Arctocephalus australis) e o lobo-marinho-subantártico (Arctocephalus tropicalis). Dez amostras de fezes de A. australis (n=5) e A. tropicalis (n=5) foram coletadas dos intestinos de lobos-marinhos mortos e as partículas virais foram purificadas, extraídas e uma PCR randômica foi realizada. Os produtos amplificados foram seqüenciados por duas plataformas de seqüenciamento, Ion Torrent e Illumina, e os contigs foram submetidos ao BLASTx. Ambos os viromas foram predominados por bacterófagos, no entanto, vírus entéricos de eucariotos e potenciais novos vírus também foram encontrados. Seqüências de anelovírus, parvovírus e picornavírus foram identificadas nas duas espécies de lobos-marinhos. Seqüências de picobirnavírus e semelhantes a hepevírus foram identificadas em A. australis, enquanto sapovírus, rotavírus e sakobuvírus foram encontrados em A. tropicalis. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam entre as populações de lobos-marinhos. / The Rio Grande do Sul coast, the southernmost state in Brazil, seasonally hosts numerous marine species, including birds, turtles and mammals. Among the marine mammals, the Subantarctic and South American fur seals are observed near and on-shore frequently, particularly during winter months. Although some reach the coast to rest, several are found dead or debilitated along the shore. Establishing microbial etiological agents of diseases and the potential for fur seals to serve as reservoirs of zoonotic diseases remains limited due to available data. The aim of this study was to apply a metagenomic approach to characterize the fecal virome of fur seals found dead along the Rio Grande do Sul coast. Two species were analyzed: the South American fur seal (Arctocephalus australis) and the Subantarctic fur seal (Arctocephalus tropicalis). Ten fecal samples from A. australis (n=5) and A. tropicalis (n=5) were collected from the intestines of dead fur seals and viral particles were purified, extracted and a random PCR was performed. The amplified products were sequenced through Ion Torrent and Illumina NGS platforms and assembled reads were subjected to BLASTx searches. Both viromes were dominated by bacteriophages, however, enteric and potentially novel eukaryotic viruses were also found. Sequences of anellovirus, parvovirus and picornavirus were identified in both fur seal species. Sequences of picobirnavirus and a hepevirus-like were identified in A. australis; while sapovirus, rotavirus and sakubovirus were found in A. tropicalis. These findings contribute to a better understanding of the viruses that occur in fur seal populations.

As enterocinas são compostos de natureza proteica que apresentam atividade antimicrobiana contra bactérias patogênicas e deteriorantes de alimentos. Sendo assim, 53 isolados de Enterococcus spp. de leite cru de búfala e fezes de lobos-marinhos foram triados através da técnica de dupla camada e 26 apresentaram atividade antimicrobiana contra Listeria monocytogenes. A presença dos genes entA, entB, entP e munKS foi avaliada por PCR e 10 isolados apresentaram o entB, um munKS e nenhum entA e entP. De 26 isolados foi produzido o sobrenadante livre de células para a avaliação da atividade e destes, somente E. mundtii (que apresentou o gene munKS) apresentou atividade contra L. monocytogenes. Este isolado foi suscetível aos antimicrobianos testados e foi negativo para os genes de virulência cylA, ace e asa e positivo para gelE. O sobrenadante livre de células de E. mundtii apresentou resistência a maioria dos solventes orgânicos testados, estabilidade ao aquecimento (121 °C por 15 min), a uma ampla faixa de pH e à estocagem por 30 dias a -20 °C, além do aumento da atividade com Tween 80. A sensibilidade a proteases confirmou a natureza proteica desse peptídeo. Foi realizada a curva de produção da mundticina, que começou na fase logarítmica e obteve sua atividade máxima na fase estacionária. Não foi observada a presença de plasmídeo sendo, portanto, considerado que o gene que expressa este peptídeo esteja presente no cromossomo. Os resultados obtidos nesse trabalho indicam que a mundticina possui potencial de aplicabilidade em novos estudos relacionados com bioconservantes. / Enterocins are proteic compounds that exhibit antimicrobial activity against spoilage and food borne pathogenic bacteria. Therefore, 53 Enterococcus spp. of raw milk from buffalo milk and feces of fur seals were screened by double-layer assay and 26 showed antimicrobial activity against L. monocytogenes. The presence of entA, entB, entP and munKS genes was assessed by PCR and 10 isolates showed the entB, one munKS and no entA and entP. From 26 isolates was produced cell-free supernatant for evaluating the activity; and only E. mundtii (who presented munKS gene) showed activity against L. monocytogenes. This isolate was susceptible to antimicrobials tested and was negative for virulence genes cylA, ace, asa and positive for gelE. Cellfree supernatant of E. mundtii showed resistance to most organic solvents tested, stability to heat (121 °C for 15 min), to a wide range of pH and to storage for 30 days at -20 °C, in addition, increase the activity with the addition of Tween 80. The sensibility to proteases confirmed the protein nature of this peptide. Mundticin production curve was performed, which began production in log phase and obtained its maximum activity in the stationary phase. The presence of plasmid was not observed, therefore, was considered the gene that expresses this peptide is present in the chromosome. The results obtained in this study indicate that the mundticin has potential applicability in new studies related biopreservatives.

O objetivo deste estudo foi avaliar o impacto de sistemas de manejo do solo utilizados no subtrópico brasileiro sobre indicadores microbiológicos e de fauna epiedáfica. O estudo foi realizado em três áreas experimentais de longa duração localizadas nos estados do Rio Grande do Sul (municípios de Eldorado do Sul e Cruz Alta) e de Santa Catarina (município de Lages). Diferentes sistemas de cultura (rotação de culturas e monocultura; diferentes plantas de cobertura de solo antecedendo o milho no verão) e de preparo de solo (plantio direto e preparo convencional) foram avaliados nas diferentes areas experimentais, as quais foram amostradas na camada de 0-10 cm para avaliação da da atividade microbiana de C e N da biomassa, enzima β- glucosidade e urease, quociente metabólico e respiração microbiana. A fauna epiedáfica foi avaliada pelo método da armadilha de pitfall. Os preparos de solo tem efeito predominante na fauna do solo, enquanto os sistemas de cultura tem efeito secundário. O efeito dos preparos de solo é mais intenso no período logo após a sua realização, diminuindo em intensidade com o passar do tempo. Gramineas de cobertura de solo promovem a fauna e atributos microbianos ligados ao carbono, enquanto a cobertura com leguminosa promove aqueles ligados ao nitrogênio. O sistema de rotação de culturas associada ao plantio direto promove melhor ambiente para a fauna e microbiota dos solos. / The aim of this study was to evaluate the impact of soil management systems on epidaphic fauna and microbial indicators in the Southern Brazil. The study was performed in three long term experiments located at the states of Rio Grande do Sul (counties of Eldorado do Sul and Cruz Alta) and Santa Catarina (county of Lages), South of Brazil. Diferent cropping systems (crop rotation and monoculture; diferent winter cover crops in maize cropping systems) and tillage systems (no-tillage and conventional tillage) were evaluated. The soils at the experimental areas was sampled (0-10 cm) and evaluated regarding microbial attributes (C and N biomas, β-glucosidase and urease, metabolical quotient and soil respiration) and epidaphic fauna using pitfall tramps. Tillage systems have the principal effect on microbial and epiedafic fauna, while cropping systems have secondary effect. Tillage effect was more intense just after tillage operations, decreasing over the time. Grass cover-crops species have positive effects on epiedaphic fauna and microbial attributes linked to carbon, while legume cover-crops provide better conditions to microbial attributes linked to nitrogen. Crop rotations associated to no-tillage provides better environment to epidaphic fauna and soil microbial attributes.

A distribuição das espécies de enterococos, bactérias comensais do trato gastrointestinal (TGI), é bastante estudada nos diferentes mamíferos; entretanto, em lobos-marinhos (Arctocephalus spp.) ainda não existem dados. Os objetivos do estudo foram: a) isolar Enterococcus spp. a partir de amostras fecais de lobos-marinhos encontrados no litoral norte do Rio Grande do Sul; b) determinar a prevalência das espécies; c) avaliar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana; d) verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; e) analisar o perfil genotípico por RAPD-PCR. No total, 160 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (50,62%), E. hirae (34,37%), E. casseliflavus (11,87%), E. gallinarum (1,87%), E. mundtii (0,62%) e E. faecium (0,62%). Noventa e três isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. As propriedades de resistência foram encontradas para eritromicina (21,25%), nitrofurantoína (15,62%), tetraciclina (6,25%), norfloxacina (3,12%) e ciprofloxacina (3,12%). Dentre os 10 isolados resistentes à tetracilina, 3 apresentaram o gene tet(M) e nenhum o tet(L). Dos 34 resistentes à eritromicina, 2 apresentaram o gene erm(B). Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes ace (66,87%) e gelE (50,62%), seguidos por asa (11,87%) e cylA (2,5%). A atividade de gelatinase e citolisina indicou a presença de genes silenciosos. A análise do RAPD-PCR permitiu reunir os isolados em cinco grupos. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do TGI de lobos-marinhos e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionados a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / The species distribution of enterococci, commensal bacteria of the gastrointestinal tract (GIT), is well studied in different mammals, however in fur seals (Arctocephalus spp.) data do not exist yet. The objectives of this study were: a) to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of fur seals found on the North coast of Rio Grande do Sul; b) to determine the prevalence of species; c) to assess the antimicrobial susceptibility profile; d) to check the presence of resistance and virulence related genes and; e) to evaluate the genotypic profile by RAPD-PCR. A total of 160 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (50.62%), E. hirae (34.37%), E. casseliflavus (11.87%), E. gallinarum (1.87%), E. mundtii (0.62%), and E. faecium (0.62%). Ninety-three isolates were susceptible to 10 antimicrobials tested. Resistance properties were found for erythromycin (21.25%), nitrofurantoin (15.62%), tetracycline (6.25%), norfloxacin (3.12%), and ciprofloxacin (3.12%). Among the 10 isolates resistant to tetracycline, 3 harbored the tet(M) gene and none were positive to tet(L) gene. Among the 34 erythromycin-resistant isolates, 2 harbored the erm(B) gene. Regarding the virulence genes, a higher incidence was observed for the ace (66.87%) and gelE (50.62%), followed by asa (11.87%) and cylA (2.5%). Gelatinase and cytolysin activity indicated the presence of silent genes. Analysis of RAPD-PCR allowed to assemble the isolates into five groups. In conclusion, different species of enterococci are part of the fur seals GIT microbiota and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or origin in the environmental resistome.

Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-11T18:23:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação completa (Reparado)..pdf: 5653679 bytes, checksum: 9607f3c3b609ddf91ad0bc0e5e92a79a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-11T18:23:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação completa (Reparado)..pdf: 5653679 bytes, checksum: 9607f3c3b609ddf91ad0bc0e5e92a79a (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq / Este trabalho apresenta a primeira ocorrência da fauna de Ediacara no Nordeste do Brasil, localizada no Município de Pacujá, região noroeste do Estado do Ceará e interpretações preliminares sobre seu significado. Por correlação regional, os fósseis estão incluídos na Bacia Jaibaras, possivelmente numa nova unidade estratigráfica. O ambiente deposicional foi atribuído a um sistema fluvio-deltaico com ingressão marinha. Dez espécies Ediacaranas puderam ser identificadas, incluindo grupos pandêmicos, como Charniodiscus arboreus, Charniodiscus concentricus, Cyclomedusa davidi, Ediacaria flindersi e Medusinites asteroides, e grupos endêmicos, tais como Kimberalla quadrata, Palaeoghragmodictyon reticulata, Parvancorina minchami, Parvancorina saggita? e Pectinifrons abyssalis. Além disso, três icnogêneros foram observados: Arenicolites sp., Palaeophycus sp. e Planolites sp. A idade relativa dos depósitos foi sugerida em, pelo menos, 560 Ma e o conjunto de fósseis se assemelha à Assembléia White Sea. A bioturbação apresenta icnogêneros típicos do Ediacarano, sem ramificações e com pouca profundidade nos substratos. Portanto, aqui surge mais um evidência de que as relações ecológicas complexas e os verdadeiros bilaterianos já estavam presentes no Neoproteozoico e que sua ocorrência inédita no Ceará ascende esse Estado no cenário da paleontologia brasileira e mundial.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-07-20T20:58:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Elinai dos Santos Silva.pdf: 5985719 bytes, checksum: f43ac0b8d2a725dc7540045133d4991e (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-07-23T17:24:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Elinai dos Santos Silva.pdf: 5985719 bytes, checksum: f43ac0b8d2a725dc7540045133d4991e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-23T17:24:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Elinai dos Santos Silva.pdf: 5985719 bytes, checksum: f43ac0b8d2a725dc7540045133d4991e (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / CNPQ / The family Ischnomesidae belongs to the order Isopoda; they are marine benthic animals, essentially from the deep sea, and distributed all around the world. They are included in the suborder Asellota, and presents distinctive features diagnostic such as pereonite V elongated in relation to the others and the completely immobile head, fused to the pereonite I. The main objective of this study was to make a taxonomic and geographic distribution of the family Ischnomesidae from the Brazilian deep sea, through the identification and description of the species found in this region. The material examined was collected during oceanographic campaigns coordinated by Petrobrás in three Brazilian's sedimentary Basins: Alagoas-Sergipe Basin, Espírito Santo and Campos Basin. The specimens are deposited in the crustacean collections of the "Universidade Federal de Pernambuco" (UFPE), "Universidade Federal de Sergipe" (UFS) and "Museu Nacional do Rio de Janeiro" (MNRJ). The specimens were dissected and drawn using a microscope with a slide. The specimens were stained in Clorazol Black and their parts were mounted on semi-permanent slides with gelatin-glycerinated. The digital drawings were made in CorelDRAW® X7 graphics program. As result, five new species were found for science and a new genus: Ischnomesus sp. nov. 1, Ischnomesus sp. nov. 2, Ischnomesus sp. nov. 3, Gracilimesus sp. nov. and Ischnomesidae gen. nov. et sp. nov. In addition, the discovery of these species permitted to register new occurences for the genera: Ischnomesus and Gracilimesus for South Atlentic. The discovery of the new genus brought a new diagnosis to the family, with the addition of biramaous uropods, never before described for the group. The new genus also presents the body surface covered with small setae; antennula with 6 articles; pereonites V-VII, pleonite 1 and pleotelson freely articulated. The species with the widest geographic distribution was Gracilimesus sp. nov. found in all Basins studied. The species with restrict geographic distribution were Ischnomesus sp. nov. 1 (Espírito Santo Basin and Campos) and Ischnomesus sp. nov. 2 (Espírito Santo Basin and Alagoas-Sergipe). / A família Ischnomesidae faz parte da ordem Isopoda; são animais bentônicos marinhos, essencialmente habitantes de mares profundos, encontrados no mundo todo. Pertencem a subordem Asellota e apresentam como principais características diagnósticas o pereonito V alongado em relação aos demais e a cabeça completamente imóvel, fundida ao pereonito I. O presente trabalho teve como objetivo estudar a taxonomia e distribuição geográfica da família Ischnomesidae na região de mar profundo brasileiro, através da identificação e descrição das espécies encontradas nesta região. O material examinado foi coletado através de campanhas oceanográficas realizadas pela Petrobrás em três bacias sedimentares brasileiras: Bacia Alagoas-Sergipe, Espírito Santo e Campos. Os espécimes foram dissecados e desenhados com auxílio de um microscópio com câmara clara acoplada, as peças dissecadas foram montadas em lâminas semi-permanentes com gelatina glicerinada. Os desenhos vetorizados foram confeccionados no programa gráfico CorelDRAW® X7. Este é o primeiro estudo com a família Ischnomesidae no Brasil, trazendo a descrição de cinco espécies novas para a ciência e um novo gênero: Ischnomesus sp. nov. 1, Ischnomesus sp. nov. 2, Ischnomesus sp. nov. 3, Gracilimesus sp. nov. e Ischnomesidae gen. nov. et sp. nov. Com a descoberta dessas espécies houve também o aumento da distribuição dos gêneros Ischnomesus e Gracilimesus para o Atlântico Sul. A descoberta do novo gênero ampliou a diagnose da família, com o acréscimo de urópodos birremes, nunca antes descritos para o grupo. O novo gênero também apresenta o corpo coberto com pequenas cerdas; antênula com 6 artículos; divisão entre todos os segmentos posteriores, assim como visto no gênero Ischnomesus. A espécie com maior distribuição geográfica foi a Gracilimesus sp. nov., encontrada em todas as bacias sedimentares estudadas. As espécies com menor distribuição geográfica foram: Ischnomesus sp. nov. 1 (Bacia do Espírito Santo e Campos) e Ischnomesus sp. nov. 2 (Bacia do Espírito Santo e Alagoas-Sergipe). Quanto a distribuição batimétrica a espécie com maior variação foi a Gracilimesus sp. nov. (400 – 1900 m) e a espécie com menor variação foi Ischnomesus sp. nov. 1 (750 – 1050 m).