Compreender os fatores que afetam a distribuição das espécies tem sido um dos principais objetivos dos ecólogos. Atualmente, sabe-se que os processos ecológicos e evolutivos moldam a dinâmica de especiação e extinção de espécies, e determinam a distribuição e abundância das mesmas. Ao longo dos últimos anos, tem havido um aumento no número de estudos que utilizam informação filogenética para explicar as dinâmicas populacionais e as distribuições de espécies, e que buscam identificar os mecanismos responsáveis pela montagem das comunidades. Interações das espécies, sejam elas intraespecífica, interespecífica ou com o ambiente, ocorrem baseadas nas diferenças e semelhanças fenotípicas. Essas variações fenotípicas tem origem na evolução das espécies, e com isso espera-se que as espécies proximamente relacionadas tendam a ser ecologicamente mais semelhantes entre si do que as espécies distantemente relacionadas. Esta concepção tem dado origem a um conceito importante, com implicações para estudos tanto ecológicos quanto evolutivos: o conceito de conservação filogenética de nicho, isto é, quando as espécies relacionadas mantêm seus nichos ancestrais ao longo do tempo evolutivo. Esse padrão tem importância para diversas áreas de ecologia, permitindo a ligação das espécies aos processos ecológicos e auxiliando na maior compreensão da ecologia evolutiva das diferentes linhagens. Devido à sua importância, é fundamental o desenvolvimento de métodos estatísticos adequados para quantificar esses padrões e inferir os processos que o subjazem. Atualmente, os métodos utilizados para inferir conservação filogenética de nicho são, em sua maioria, incompatíveis com determinados conceitos ecológicos e não abrangem todos os tipos de dados e esse fato explica uma visão incompleta dos processos presentes nas comunidades e conflitante com o objetivo de muitos estudos ecológicos e conservacionistas que buscam vincular as espécies aos processos ecológicos e evolutivos. Desta forma, o principal objetivo desta tese é propor novos métodos para quantificar o sinal filogenético que integrem diferentes aspectos do conceito de nicho ecológico. Apresentamos aqui os novos métodos em detalhes e avaliamos suas propriedades estatísticas (erro tipo I e poder estatístico) por meio de dados simulados. No capítulo 1, nós propomos um método para medir sinal filogenético utilizando o teste de Mantel, incorporando modelos evolutivos para testar hipóteses específicas da evolução dos atributos. No capítulo 2, descrevemos um conjunto de funções e um novo pacote estatístico para explorar os padrões filogenéticos no nível de metacomunidade. Este pacote permite explorar a distribuição de linhagens filogenéticas através de gradientes ecológicos, a análise de sinal filogenético no nível da metacomunidade e explorar a associação entre clados e gradientes ecológicos. No capítulo 3, investigamos a relação entre sinal filogenético dos atributos com os padrões de coocorrência das espécies nos níveis da comunidade. Esta abordagem permite testar se espécies filogeneticamente relacionadas que coocorrem expressam as suas dimensões de nicho com maior semelhança do que seria esperado por modelos neutros de evolução. Por fim, testamos as propriedades estatísticas destes métodos em relação dois modelos nulos, que incorporam diferentes aspectos da estrutura da comunidade e evolução dos atributos das espécies. Os três capítulos representam diferentes trabalhos que se interconectam no sentido de elucidar o conceito de sinal filogenético e conservação filogenética de nicho. / Understanding the factors that can affect species distributions has been a main goal of ecologists. Currently, it is known that evolutionary and ecological processes shape the speciation dynamics, species extinction and determine the distribution and abundance of species. Over the last years, there has been an increase in the number of studies using phylogenetic information to explain the dynamics of population, species distribution and identifying the mechanisms of community assembly. Species interactions – intraspecific, interspecific or with the environment – occur based on their phenotypic differences and similarities. As phenotypic variation has a basis in evolutionary history, it is expected that closely related species tend to be more ecologically similar to each other than distantly related ones. This notion has given rise to an important concept, with implications for both evolutionary and ecological studies: the concept of phylogenetic niche conservatism, that is, when related species maintain their ancestral niches over evolutionary time. This pattern is important for several areas of ecology, and allows to link species to ecological processes and to understand the evolutionary ecology of different lineages. Despite its importance, it is crucial the development of appropriate statistical method to measure this pattern and to infer the processes behind it. The methods currently available to infer phylogenetic niche conservatism are sometimes incompatible with some ecological concepts and do not cover all kind of data, this fact leads to an incomplete view of the process acting in the currents communities and conflict with the goal of many ecological and conservation studies that need to link species to ecological and evolutionary processes. The main goal of this dissertation is to propose novel methods to measure phylogenetic signal incorporating different aspects of ecological niche. We introduce novel methods in detail and evaluate its statistical properties (type I error and statistical power) by means of simulated data with known structure. In chapter 1 we propose a method to measure phylogenetic signal using the Mantel test, incorporating evolutionary model to test specific hypothesis of trait evolution. In chapter 2, we describe a set of function and a new statistical package for exploring the phylogenetic patterns at the metacommunity level. This package allows the exploration of distribution of phylogenetic lineages across ecological gradients, the analysis of phylogenetic signal at metacommunity level and to explore the association between clades and ecological gradients. In the chapter 3, we access the relationship between phylogenetic signal in traits and species co-occurrence patterns in the community levels. This approach allows one to test whether phylogenetic close related species cooccurring in metacommunities express their niche dimensions more similarly than would be expected by neutral expectation. We tested the statistical properties of these methods in relation to two null models, which incorporate these different aspects of the community structure and evolution of species traits. The three chapters represent different works that are interconnected in order to elucidate the concept of phylogenetic signal and phylogenetic niche conservatism.

O mamastrovirus 5 (MAstV5) é classificado no gênero Mamastrovirus da família Astroviridae, sendo associado com surtos agudos de gastroenterite transitória em filhotes de cães ao redor do mundo. O objetivo desta dissertação foi detectar e analisar a variabilidade genética dos MAstV5 circulantes em cães no Brasil. Para isto, amostras de suabe retal foram coletadas de 269 cães de diferentes regiões do Brasil no período de 2008-2014, dos quais 26,39% foram positivos para MAstV5 através de RT-PCR convencional e de RT-Hemi-nested PCR, amplificando porção conservada do gene do capsídeo e do gene da polimerase, respectivamente. Quatro destas cepas tiveram seu genoma parcialmente sequenciado, caracterizado e analisado filogeneticamente. A caracterização dessas amostras revelou uma notável heterogeneidade genética entre as cepas de MAstV5. A baixa identidade entre as sequências do gene do capsídeo (<85%) indicaria uma possível nova classificação entre a espécie MAstV5 em dois genótipos. Conclue-se que o MAstV5 ocorre em cães no Brasil e as cepas circulantes possuem uma grande diversidade genética. / The Mamastrovirus 5 (MAstV5) is classified in the genus Mamastrovirus of the Astroviridae family, being associated with acute episodes of transient gastroenteritis in puppies around the world. The aim of this work was to detect and analyze the genetic variability of circulating MAstV5 in dogs in Brazil. For this, rectal swab samples were collected from 269 dogs from different regions of Brazil in the 2008-2014 period, of which 26.39% were positive for MAstV5 by conventional RT-PCR and RT-Hemi-nested PCR, amplifying conserved portion of the capsid gene and polymerase gene, respectively. Four of these strains had its genome sequenced partially characterized and analyzed phylogenetically. The characterization of these samples revealed a remarkable genetic heterogeneity among strains of MAstV5. The low identity between the sequences of capsid gene (<85%) indicate a possible new classification between the two genotypes MAstV5 species. We conclude that the MAstV5 occurs in dogs in Brazil and circulating strains have a high genetic diversity.

Este trabalho faz uma descrição detalhada da morfologia de Ceraeochrysa, mapas de distribuição, listas de ocorrência de espécies em cultivos agrícolas para o Brasil e um estudo das relações filogenéticas entre as espécies do gênero. A análise filogenética incluiu 62 espécies de Ceraeochrysa, quatro espécies de grupos externos ao gênero em vários níveis e 50 caracteres morfológicos. Um total de 11 espécies para as quais havia pouca informação sobre machos foram inseridas na matriz uma a uma em análises separadas, de modo a diminuir o efeito de informação ausente. Foi obtida uma única árvore mais parcimoniosa, que corrobora a hipótese de monofilia do gênero. Das características consideradas sinapomórficas para Ceraeochrysapresença de espermateca alongada e de gonapse, a primeira é plesiomórfica para C. placita e C. intacta (que têm a espermateca no formato pill-box), recuperadas como irmãs do restante de Ceraeochrysa, já a segunda característica está presente também nas espécies de Cryptochrysa. O estudo da morfologia gerou uma quantidade importante de caracteres que poderão ser utilizados em novas análises filogenéticas de Chrysopidae. A maioria das espécies brasileiras de Ceraeochrysa é de distribuição conhecida da Amazônia, da Mata Atlântica e do Cerrado, mas não há informação suficiente para um estudo biogeográfico do gênero. Entre as espécies brasileiras, C. cincta, C. cubana e C. claveri são as que têm maior distribuição geográfica e ocorrem em grande diversidade de plantações agrícolas. / This work has a detailed study of the morphology of Ceraeochrysa, distribution maps for the species of the genus, lists of occurrences in crops of the Brazilian species and a phylogenetic analysis of the relationships between the species of the genus. The phylogenetic study included 62 species of Ceraeochrysa, with four outgroup species and 50 morphological characters. A total of 11 species for which there is missing data for males were included in the matrix one by one and analysed independently, so negative effect of missing data in the analysis could be reduced. The monophyly of the genus was recovered, but no uniquely derived characters were found. Of the features often considered synapomorphies of Ceraeochrysathe presence of an elongated spermatheca and the presence of a gonapsisthe former of spermatheca is plesiomorphic for C. placita and C. intacta (which have pill-box format), recovered as sister species for the remaining of the genus, while a gonapsis was seen to also occur in Criptochrysa. The detailed morphological study resulted in a lot of information that can be used in robust phylogenetic studies of the Chrysopidae. Most of the Brazilian species of Ceraeochrysa are known from the Amazon, the Atlantic Forest and the Cerrado, but there is not information enough for a biogeographic study of the genus. Among the Brazilian species, C. cincta, C. cubana, and C. claveri are those that have most widely distributed and occur in great variety of agricultural crops.

Orientador: Clarice Weis Arns / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T10:06:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Spilki_FernandoRosado_D.pdf: 6085947 bytes, checksum: 7f34cc6e57c39e7467bfe62caa231676 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O Vírus Respiratório Sincicial Bovino (BRSV) é uma causa importante de doença respiratória em bovinos. O BRSV é um membro da família Paramyxoviridae, subfamília Pneumovirinae, pertencendo ao gênero Pneumovirus. Nos últimos quinze anos, evidências sorológicas e de isolamento do vírus revelaram que o BRSV está circulando no Brasil, causando doença clinicamente evidente ou formas subclínicas da infecção. Na primeira parte do presente trabalho, seis diferentes linhagens celulares foram examinadas quanto a sua susceptibilidade à infecção pelo BRSV, levando em conta a variabilidade entre diferentes isolados e características de crescimento do vírus. Chicken embryo related cells (CER), e células CRIB (MDBK-resistentes à infecção pelo Vírus da Diarréia Viral Bovina, BVDV) foram as mais apropriadas à multiplicação do vírus. Ambas as linhagens permitiram o cultivo do vírus em títulos de até 105,5 DICC50 (Doses Infectantes para 50% dos Cultivos Celulares por 100 IlL)...Observação: O resumo, na íntegra poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Bovine respiratory syncytial virus (BRSV) is a major cause of respiratory disease in young cattle. The virus is a member of the Paramyxoviridae family, Pneumovirinae subfamily, belonging to the Pneumovirus genus. During the last fifteen years, serological evidence and isolation of the virus revealed that BRSV is circulating in Brazil, causing clinically evident respiratory disease or subclinical fonns of the infection. In the first part of the present work, susceptibility of six different cell lines to BRSV'"li infection in regard to viral isolate variability and growth characteristics of the virus were examined. Chicken embryo related cells (CER), and bovine CRIB cells (a bovine viral diarrhea virus-resistant clone ofMDBK cells) showed to be the most appropriate for virus multiplication. Both cells provided infectious virus titres ofup to 105,5 TCID50 (50% tissue culture infective doses per 100 flL)...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

O mamastrovirus 5 (MAstV5) é classificado no gênero Mamastrovirus da família Astroviridae, sendo associado com surtos agudos de gastroenterite transitória em filhotes de cães ao redor do mundo. O objetivo desta dissertação foi detectar e analisar a variabilidade genética dos MAstV5 circulantes em cães no Brasil. Para isto, amostras de suabe retal foram coletadas de 269 cães de diferentes regiões do Brasil no período de 2008-2014, dos quais 26,39% foram positivos para MAstV5 através de RT-PCR convencional e de RT-Hemi-nested PCR, amplificando porção conservada do gene do capsídeo e do gene da polimerase, respectivamente. Quatro destas cepas tiveram seu genoma parcialmente sequenciado, caracterizado e analisado filogeneticamente. A caracterização dessas amostras revelou uma notável heterogeneidade genética entre as cepas de MAstV5. A baixa identidade entre as sequências do gene do capsídeo (<85%) indicaria uma possível nova classificação entre a espécie MAstV5 em dois genótipos. Conclue-se que o MAstV5 ocorre em cães no Brasil e as cepas circulantes possuem uma grande diversidade genética. / The Mamastrovirus 5 (MAstV5) is classified in the genus Mamastrovirus of the Astroviridae family, being associated with acute episodes of transient gastroenteritis in puppies around the world. The aim of this work was to detect and analyze the genetic variability of circulating MAstV5 in dogs in Brazil. For this, rectal swab samples were collected from 269 dogs from different regions of Brazil in the 2008-2014 period, of which 26.39% were positive for MAstV5 by conventional RT-PCR and RT-Hemi-nested PCR, amplifying conserved portion of the capsid gene and polymerase gene, respectively. Four of these strains had its genome sequenced partially characterized and analyzed phylogenetically. The characterization of these samples revealed a remarkable genetic heterogeneity among strains of MAstV5. The low identity between the sequences of capsid gene (<85%) indicate a possible new classification between the two genotypes MAstV5 species. We conclude that the MAstV5 occurs in dogs in Brazil and circulating strains have a high genetic diversity.

Ecótonos campo-floresta no sul do Brasil são originados pela expansão de ecossistemas florestais sobre os campestres, um processo natural gerado por mudanças climáticas de larga escala espacial e temporal. Este processo provoca mudanças vegetacionais que consequentemente modificam os padrões de distribuição, composição e riqueza faunística. Assim, ecótonos campo-floresta são sistemas adequados para inferir sobre a influência de processos históricos, biogeográficos e ecológicos na estruturação de comunidades. Para respondermos questões relacionadas a processos agindo em diferentes escalas espaciais, distribuímos as amostragens de modo a obtermos um panorama espacial da estrutura das assembléias. Assim, a proposta de estudo desenvolvido no Capítulo I foi avaliar o papel do ambiente e de dinâmicas espaciais sobre a composição, riqueza de espécies e número de indivíduos em metacomunidades de pequenos mamíferos não-voadores de ecótonos campo-floresta. Os resultados demonstram que os componentes ambiental, espacial e a estrutura espacial do ambiente contribuem igualmente na explicação da variância na composição de espécies, enquanto o ambiente foi mais importante em explicar mudanças na riqueza de espécies e número de indivíduos. Assim, concluímos que requerimentos de nicho das espécies e processos regionais como a limitação da dispersão, o distanciamento de centros de especiação e distribuição geográfica e o processo de expansão florestal conjuntamente explicam variações na estrutura de metacomunidades de pequenos mamíferos não-voadores em ecótonos campo-floresta no Sul do Brasil. No Capítulo II, inferimos sobre os processos gerando os padrões de coexistência de pequenos mamíferos não-voadores em assembléias baseando-se em afinidades filogenéticas e funcionais. Considerando estas similaridades, avaliamos se a diferenciação de nicho ou os filtros ambientais compõem processos importantes para explicar os padrões de coexistência em escalas de hábitat, paisagem e região. Os resultados apontam um padrão de agrupamento filogenético e funcional em todas as escalas avaliadas, embora um padrão de repulsão foi registrado no interior florestal, atestando a influência da diferenciação de nicho estruturando as assembléias de pequenos mamíferos não-voadores nesta porção do gradiente campo-floresta. A predominância do padrão de agrupamento filogenético e funcional afirma a ação de filtros ambientais como processos majoritariamente importantes em explicar os padrões de coexistência de espécies e indivíduos de pequenos mamíferos não-voadores nas escalas avaliadas. Desta forma, o estudo compõem uma das primeiras tentativas para definir os processos de estruturação de assembléias de pequenos mamíferos não-voadores neotropicais combinando aspectos taxonômicos, funcionais e filogenéticos, levantando também questões de conservação da biodiversidade nos sistemas ecológicos estudados. / Grassland-forest ecotones in southern Brazil are originated by forest expansion on grasslands, a natural process generated by climate shifts in large spatial and temporal scales, which causes vegetation changes and likely affects distribution, composition and faunal richness patterns. Thus, grassland-forest ecotones in southern Brazil are suitable systems to infer about influence of historical, biogeographical and ecological processes structuring communities. In order to make these inferences, we spatially sampled non-flying small mammals to characterize the spatial structure of species assemblages. The study proposal of Chapter I was to evaluate the role of environment and spatial dynamics on the composition, species richness and individuals number of nonflying small mammals metacommunities in grassland-forest ecotones. The results shows that environment, space and spatial structure of environment explained equally variations in species composition, while environment variables was the most important component explaining changes in species richness and number of individual. Thus, we conclude that niche requirements and regional processes like dispersal limitation, increase in distance of speciation cores and geographic distribution centers and the forest expansion process explain together variation in metacommunities structure of non-flying small mammals in grassland-forest ecotones at southern Brazil. In Chapter II, we inferred the coexistence patterns of non-flying small mammals based on phylogenetic and functional affinities. Considering these ecological similarities, we evaluate whether niche differentiation or environmental filters processes are responsible for patterns of species coexistence in habitat, landscape and regional scales. Results indicated a phylogenetic and functional cluster across all evaluated scales, although phylogenetic and functional repulsion was registered at forest interior, proving the importance of niche differentiation structuring non-flying small mammals assemblages in this grassland-forest gradient portion. Prevalence of phylogenetic and functional cluster across all scales attests environmental filters as important processes explaining species and individual coexistence patterns in habitat, landscape and regional scales. Therefore, this study comprises one of first attempts to define processes underlying the structure of neotropical non-flying small mammals assemblages combining taxonomic, functional and phylogenetic aspects, concurrently addressing important questions to biodiversity conservation in the ecological systems under study.

O vírus da imunodeficiência felina (FIV) é um lentivirus que infecta gatos domésticos (Felis catus), causando uma imunodeficiência progressiva análoga a AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida Humana). A ampla heterogeneidade molecular do FIV e a alta capacidade de promover mutações sob pressões imunológicas, farmacológicas ou ambientais são características inerentes aos lentivirus. A identificação do subtipo de vírus e o conhecimento da diversidade genética das cepas circulantes são fundamentais para o desenvolvimento estratégico de vacinas capazes de resultar na imunização do hospedeiro e no estabelecimento de testes diagnósticos. Objetivando isolar o material genético e realizar a caracterização molecular do vírus da imunodeficiência felina foram coletadas e analisadas amostras de sangue periférico de felinos portadores do FIV, co-habitantes de um abrigo aberto de felinos, em São Paulo, SP, em quatro momentos distintos, T0 (zero), no momento inicial da avaliação e seis, dez e quinze meses após a coleta inicial, correspondendo aos momentos T1, T2 e T3, respectivamente. Foram realizados testes hematológicos e bioquímicos nas quatro coletas com a finalidade de avaliar a evolução clínica da infecção. Adicionalmente foi realizado um estudo de variabilidade genética do FIV, com base no sequenciamento dos produtos amplificados dos gene env obtidos no estudo. Os envelopes clonados foram utilizados para transfectar células resultando na expressão das proteínas do envelope que possibilitaram estudos com os receptores celulares utilizados pelos isolados brasileiros. As análises das seqüências virais mostraram que todas as amostras, do abrigo, pertencem ao subtipo B. Foi observado um baixo percentual de mudança, da região estudada do vírus entre as quatro coletas. O fenômeno de &quot;quasispecies&quot; virais, bastante estudado no HIV, pode ser documentado em nossas amostras. Nos exames hematológicos e bioquímicos; hematócrito, hemoglobina, contagem total de leucócitos, proteína total e gamaglobulinas; dos animais infectados pelo FIV observou-se mudanças entre a primeira e quarta coleta demonstrando assim a importância dos testes utilizados no acompanhamento da infecção pelo FIV. Com relação aos dados com os receptores do FIV, os resultados apontam uma menor complexidade na interação entre os envelopes dos isolados do estudo com o receptor CD134 para proceder a infecção quando comparados com cepas virulentas do FIV. / FIV is an important viral pathogen that infects the domestic cat and causes a slow progressive degeneration of the immune system which eventually leads to a disease comparable to acquired immune deficiency syndrome (AIDS) in humans. Similar to all retroviruses, FIV has a relatively high evolutionary rate and genomic heterogeneity. The determination of subtype and the knowledge of genetic diversity of the current strains are very important to developing a protective vaccine and for the routine diagnosis of infection. The aim of this study was to isolate and characterize samples of feline immunodeficiency virus from cats from an open shelter in Sao Paulo, Brazil. All cats infected with FIV from this shelter were sampled on August 26th, 2007 (T0) and also six (T1), ten (T2) and fifteen (T3) months after the basal sampling (T0). In each sample, blood was analyzed for the following: complete hematology, clinical chemistry and serum protein electrophoresis. Hematological and clinical chemistry parameters were analyzed to determine laboratory parameters characteristic of disease progression which allow a better description of the chronic phase of the infection. Furthermore, analyses of the variants from each sample were performed in order to estimate the degree of divergence following infection with Brazilian strains. The FIV envelope glycoprotein gene from Brazilian FIV isolates cloned were transfected to investigate the receptor usage. The sequences of all virus of the study belong to subtype B. Little sequence variation was observed in circulating viruses between the samples from each infected cat. Quasispecies of FIV have been detected in this study. The following hematological and clinical chemistry parameters were changed in the FIV-infected cats between the first blood sampling and last blood sampling: packed cell volume (PCV), hemoglobin, total white blood cells (WBC), total protein and gamma globulin fractions. Monitoring of hematological and clinical chemistry parameters may prove useful for the evaluation of disease progress. Regarding receptors, our data are consistent with isolates of the study requiring a less complex interaction with CD134 for infection to proceed compared to the virulent FIV isolates.

Recentemente, o táxon Amblyomma cajennense sofreu uma divisão sistemática, através de estudos morfológicos, moleculares e biológicos. No Brasil, Amblyomma sculptum (pertencente ao complexo Amblyomma cajennense) tem sua importância em saúde pública relacionada à transmissão de Rickettsia rickettsii, agente etiológico da Febre Maculosa, doença esta considerada de maior importância dentre as enfermidades transmitidas por carrapatos na América Latina. A Febre Maculosa Brasileira (FMB) tem seu destaque de ocorrência na região sudeste do país, onde A. sculptum está bem estabelecido e quase sempre relacionado à presença de capivaras. Porém, nem todas as áreas da região sudeste com presença de carrapatos A. sculptum e capivaras tem notificações de transmissão de R. rickettsii para humanos. O intuito do presente estudo foi avaliar, em condições de laboratório, a susceptibilidade da infecção por R. rickettsii em seis populações geograficamente distintas de A. sculptum. Dessa forma, foi realizada a quantificação da perpetuação transestadial, da transmissão transovariana e de possíveis efeitos deletérios da infecção nos carrapatos. Além disso, tentou-se correlacionar a susceptibilidade à infecção das diferentes populações de carrapatos (de áreas endêmicas e não endêmicas para FMB) ao perfil genético das mesmas, através dos marcadores 16S rDNA mitocondrial e ITS2 nuclear. Com base nos resultados encontrados, pode-se constatar diferenças na susceptibilidade à infecção por R. rickettsii entre as seis populações de A. sculptum estudadas, muito embora todas elas se mostraram parcialmente refratárias à infecção por R. rickettsii. No entanto, não foi observado nenhum padrão específico de variabilidade nos parâmetros biológicos e reprodutivos de carrapatos infectados e não infectados. A partir dos resultados de caracterização molecular, não foi possível verificar divergências genéticas entre as diferentes populações para o marcador ITS2 nuclear. Da mesma forma, com a análise do marcador 16S rDNA mitocondrial não constatou-se divergências genéticas que pudessem ser atribuídas à maior susceptibilidade ou refratariedade dos carrapatos à infecção por R. rickettsii. Porém, vale ressaltar que variabilidade nucleotídica neste marcador foi observada entre algumas populações, que parece seguir padrões geográficos de origem. A exceção para este resultado foi a população de Belo Horizonte (Pampulha), que apresentou variabilidade intrapopulacional, com genótipo semelhante à população do Parque Nacional Grande Sertão Veredas (GSV), ambas do estado de Minas Gerais e um segundo genótipo idêntico ao de Itu, no estado de São Paulo / Recently, the taxon Amblyomma cajennense taxon resulted in a systematic division, through morphological, molecular and biological studies. In Brazil, Amblyomma sculptum (belonging to the Amblyomma cajennense complex) has its importance in public health related to Rickettsia rickettsii transmission, the etiologic agent of spotted fever, disease that is considered the most important among the tick-borne diseases in Latin America. Brazilian Spotted Fever (BSF) has its occurrence in the southeastern region of the country where A. sculptum is well established and is almost always related to presence of capybaras. However, not all areas of southeastern of Brazil with A. sculptum ticks and capybaras have notifications of transmission of R. rickettsii to humans. This study aimed to evaluate, under laboratory conditions, the R. rickettsii susceptibility among six geographically distinct populations of A. sculptum. To this purpose, the transestadial perpetuation, transovarial transmission and possible deleterious effects of R. rickettsii infection were quantified in the six tick populations. In addition, we attempted to correlate the susceptibility to infection of different populations of ticks (from BSF-endemic and BSF-non-endemic areas) to the genetic profile of them through the markers mitochondrial 16S rDNA and nuclear ITS2. The results show differences in the susceptibility to infection with R. rickettsii among the six A. sculptum populations, although all populations were partially refractory to R. rickettsii infection. However, it was not observed any specific pattern of variation in biological and reproductive parameters of infected and uninfected ticks. Results of molecular characterization did not indicate genetic divergence between the populations for nuclear ITS2 marker. In the same way, analysis of mitochondrial 16S rDNA marker found no genetic differences that could be attributed to increased susceptibility or refractory of ticks to infection by R. rickettsii. However, it is note worth that nucleotide variability in this marker was observed among some populations, which seems to follow geographical patterns of origin. The exception to this result was the Belo Horizonte (Pampulha) population, which showed intrapopulation variability, having a similar genotype to the Grande Sertão Veredas population (GSV), both from the state of Minas Gerais and a second identical genotype to the Itu, from the state of São Paulo

Analisou-se 54 amostras de vírus da raiva isoladas de diferentes espécies animais e de seres humanos do Estado do Maranhão, inicialmente pelas técnicas tradicionais de imunofluorescência direta (IFD) e de inoculação intracerebral em camundongos (ICC), com o objetivo de realizar um estudo de epidemiologia da doença. No reteste, todas as amostras foram positivas na IFD e 19 resultaram negativas à ICC. O comportamento biológico dos isolados foi estudado em camundongos, revelando um período de incubação entre 7 e 17 dias, com sinais clínicos variados e duração média de 4 dias. Para a avaliação da patogenicidade, foram selecionadas cinco amostras do estudo, oriundas de diferentes espécies, como vírus de desafio nos camundongos imunizados com uma vacina comercial de vírus inativado. Os resultados do desafio indicaram que a proteção conferida pela vacina foi baixa para todas as amostras. A presença de anticorpos no soro dos camundongos vacinados foi demonstrada em diferentes períodos de vacinação. A tipificação antigênica de quatro amostras de vírus foi realizada pela imunofluorescência indireta (IFI) utilizando um painel de anticorpos monoclonais (MAbs) procedentes do Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canadá, identificando o perfil correspondente à variante de morcego hematófago Desmodus rotundus. Na caracterização genética com base nos genes que codificam a glicoproteína G e nucleoproteína N, observou-se que os isolados foram divididos em dois grupos genéticos independentes associados a ciclos endêmicos distintos. Esses resultados permitem concluir que no Estado do Maranhão circulam pelo menos duas variantes do vírus da raiva, mantidas por carnívoros terrestres e morcegos hematófagos. Destaca-se que houve variação regional entre as amostras isoladas em diferentes áreas geográficas. Além disso, foram constatados hospedeiros inesperados nos clados formados. Também, não houve variação temporal nas amostras pesquisadas. / Fifty four rabies virus samples isolated from different animal species and humans, diagnosed positive by means of the direct fluorescent antibody test (dFA) and mouse inoculation test (MIT) in the State of Maranhão were selected for an epidemiologic study. In the retest, all these samples were dFA-positive, but 19 were negative by the MIT. The biologic behavior of these samples was assessed in mice by intracerebral inoculation and the incubation period was between 7 and 17 days, showing varied clinical signs with an average duration of 4 days. For the evaluation of the pathogenicity, five rabies viruses isolated from different species were selected, and used as the challenge viruses to be inoculated into mice been vaccinated previously with an inactivated commercial rabies vaccine. The results of the challenge experiments indicated low protection of the vaccine against the challenge viruses. The presence of rabies antibody was demonstrated in the sera of vaccinated mice taken at different intervals after vaccination. The antigenic typing was performed in four samples by using the indirect fluorescent antibody test (IFI) with a panel of monoclonal antibodies (MAbs) provided by the Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canada, and the profile identified was closely related to that of the Desmodus rotundus vampire bat. The genetic characterization based on genes coding the glycoprotein G and nucleoprotein N genes indicated that isolates were divided into two independent genetic groups associated to distinct endemic cycles. With the results obtained, we conclude that in the State of Maranhão there are circulating at least two distinct variants of rabies viruses, maintained by terrestrial carnivores and vampire bats. Regional variation among the isolates taken from different geographic areas has been found. And the rabies virus isolates grouped into clades were associated with unusual host species and no temporal variation was observed among the isolates.

Orientador: Fernando Roberto Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T17:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferreira_FelipeSegala_D.pdf: 1109220 bytes, checksum: c13d224cfe2b3873bccb4577f6d3a4b2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: As plantas trepadeiras ocupam um lugar de destaque em muitas florestas tropicais não apenas como elemento constitutivo, mas como um grupo de espécies que é capaz de conduzir a organização das comunidades florestais ao longo do tempo. Por sua vez, as sinúsias de trepadeiras respondem às mudanças temporais ecológicas e ambientais decorrentes das alterações na estrutura das florestas. Nas florestas tropicais em sucessão secundária, os processos ecológicos responsáveis pela organização das sinúsias de trepadeiras estão relacionados às mudanças que ocorrem na estrutura arbórea ao longo do tempo, uma vez que as trepadeiras estão associadas fisicamente às árvores. Meu objetivo foi investigar os processos e padrões relacionados com a organização e a estrutura de comunidades de trepadeiras em diferentes estádios sucessionais, e relacioná-los com a disponibilidade de recursos limitantes, como suportes e luz, em escala local e regional. Para tanto, utilizei uma cronossequência formada por quatro florestas, sendo três restauradas em tempos diferentes e um remanescente com floresta natural madura. No capítulo 1, quantifiquei alguns parâmetros ecológicos das sinúsias de trepadeiras entre as florestas e encontrei diferenças significativas. No capítulo 2, pude demonstrar como que a organização filogenética de cada comunidade em cada fragmento florestal, i.e. em escala local, foi relacionada à variação na disponibilidade de recursos. No capítulo 3 discuti como a variação de luz entre os fragmentos florestais, i.e. em escala regional, influenciaria a organização filogenética e funcional das comunidades de trepadeiras / Abstract: Climbing plants occupy a prominent place in many tropical forests not only as a constituent element, but also as a group of species that is able to lead the organization of forest communities over time. In turn, the climbing plants of synusiae respond to ecological and environmental changes resulting from alterations in the temporal structure of forests. During secondary succession of tropical forests, the ecological processes responsible for the organization of communities of climbing plants are related to changes in the tree structure over time, since climbing plants are physically attached to the trees. My goal was to investigate, in local and regional scale, the processes and patterns related to the organization and structure of communities of climbing plants in different successional stages, and relate them to the availability of limiting resources, such as light and supports. For this, I used a chronosequence comprised of four forests, three forests restored at different times and a remnant mature natural forest. In Chapter 1, I computed some ecological parameters about climbing plants communities and compared between the forests. In Chapter 2, I demonstrated how the phylogenetic organization of each community in each forestal fragment, i.e. on a local scale, was related to changes in resource availability. In Chapter 3, I discussed how the light variation between forestal fragments, i.e. at the regional scale, would influence the phylogenetic and functional organization of communities of climbing plants / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal