A Mata Atlântica representa um dos Biomas mais diversos do Planeta. No entanto, ainda pouco se sabe sobre os processos que levaram à alta diversidade de plantas nesta região. A maior parte dos estudos na Mata Atlântica trata este Bioma de forma ampla, sem considerar os diversos tipos vegetacionais encontrados na região. Apesar de ser dominado pela Floresta Pluvial Montana, este Bioma ainda inclui outros tipos vegetacionais periféricos, tais como: as Florestas Pluviais Baixo Montanas, Florestas Pluviais de Altitude, Florestas Pluviais Ripária, Florestas Pluviais em Manchas e as Florestas Paludosas Litorâneas, popularmente conhecidas como \"caxetais\". O nome \"caxetal\" foi dado devido à predominância da espécie Tabebuia Cassinoides (Lam.) DC., a qual é popularmente conhecida como \"caxeta\". Esta formação vegetal tem distribuição restrita a áreas com solos permanentemente encharcados do norte de Santa Catarina até o norte do Espírito Santo, onde ocorre de forma naturalmente fragmentada, formando ilhas ao longo de sua extensão de ocorrência. Populações com distribuição fragmentada são modelos em potencial para estudos de genética de populações, visto que a delimitação geográfica de populações naturais é um dos maiores problemas para estudos dessa natureza. Diante desse cenário, a presente tese teve como objetivo: (1) verificar como a distribuição geográfica da espécie arbórea T. cassinoides, agregada, bem delimitada e fragmentada na paisagem, pode influenciar na estruturação da diversidade genética em nível local; (2) caracterizar o grau de variabilidade genética inter e intrapopulacional em populações naturais de T. cassinoides ao longo da Mata Atlântica; e, (3) determinar a estrutura filogeográfica de T. cassinoides. Para tanto foram analisados dados de oito marcadores de microssatélites nucleares, além do sequenciamento da região trnC-ycf6 do DNA plastidial (cpDNA). Os dados genéticos obtidos foram primeiramente utilizados para o conhecimento da diversidade genética e estruturação da população em nível local, na região de Iguape (SP). Nossos resultados sugerem que a fragmentação dessas populações é somente geográfica, devido a suas necessidades edáficas, bem como que o modo de distribuição agregada e naturalmente fragmentada não indica a subdivisão genética das mesmas. A caracterização da variabilidade genética inter e intra-populacional em populações naturais de T. cassinoides ao longo de toda sua área de distribuição, com base nos marcadores de microssatélites nucleares indicou que a espécie possui baixos níveis de diversidade genética, e que 61% dessa diversidade é encontrada dentro das populações e 39% entre elas. Além disso, estes resultados evidenciaram significativos níveis de correlação entre distância genética e distância geográfica, sugerindo assim a presença de isolamento por distância. Nossos resultados indicam ainda a região geográfica do Rio de Janeiro como centro de diversidade para T. cassinoides. Uma forte estruturação genética foi encontrada para os dados de DNA nuclear e plastidial. Os resultados da análise de cpDNA, sugerem que a espécie T. cassinoides está dividida em três grupos filogeográficos: Norte, Central e Sul. Já os resultados de DNA nuclear apenas se diferenciam dos anteriores por considerar os grupos filogeográficos Norte e Central como um único grupo. Dados de modelagem de nicho ecológico foram gerados e associados com análises demográficas e de estruturação populacional visando um melhor entendimento dos padrões filogeográficos da espécie e inferências sobre a ocorrência de possíveis alterações populacionais ocorridas nos últimos 21 mil anos (Last Glacial Maximum - LGM) e 6 mil anos (Holocene Optimum - HO). Os resultados destas análises sugerem a estabilidade do tamanho populacional e das possíveis áreas de ocorrência de T. cassinoides no LGM e no HO. Assim, aventamos a hipótese de que a quebra de fluxo gênico entre as regiões filogeográficas propostas no presente estudo sejam anteriores ao LGM. Esse padrão converge com resultados encontrados para outras espécies de comunidades vegetais periféricas e diverge daqueles encontrados para espécies do núcleo principal da Floresta Ombrófila Densa, evidenciando a importância de estudos com espécies de diferentes comunidades vegetais da Floresta Atlântica para um melhor entendimento dos processos que moldaram a evolução das espécies nesse complexo bioma / The Atlantic Forest is one of the most biodiverse biomes on the planet. Nevertheless, little is known about the processes that have engendered such highly diverse plantlife in this region. Most studies on the Atlantic Forest approach the biome from an ample scope, without considering the various vegetational types that are found therein. Though broadly termed Montane Rain Forest, this biome also contains other peripheral forms of vegetation, such as Submontane Rain Forest, Cloud Forest, Riparian Rainforest, Rainforest Patches and Coastal Swamp Forest, commonly known as \"caxetais\" (plur). The term \"caxetal\" (sing) derives from the overwhelming predominance of Tabebuia cassinoides (Lam.) DC., the \"caxeta\". This naturally fragmented vegetational formation is found in patches on permanently waterlogged soils all the way from the north of Santa Catarina state up to northern most Espírito Santo. Populations with fragmented distribution are potential models for populational genetics studies, seen as the geographical delimitation of natural populations is one of the biggest problems facing research of this kind. In the light of this, the present thesis aims to: (1) verify how the aggregated, well-delimited and fragmented geographical distribution of the tree species T. cassinoides might influence the structuring of genetic diversity on a local level; (2) ascertain the degree of inter and intra-populational genetic variability in natural T. cassinoides populations throughout the Atlantic Forest, and (3) determine the phylogeographical structure of T. cassinoides. In order to achieve this we analyzed data for eight nuclear microsatellite markers and sequencing for the trnC-ycf6 region of plastidial DNA (cpDNA). The genetic data obtained was first used to generate knowledge concerning genetic diversity and populational structuring on a local level, in the Iguape (São Paulo state) region. Our results suggest that the fragmentation of these populations is geographical only, due to their edaphic needs, and that this locally aggregated and naturally fragmented mode of distribution does not indicate genetic subdivision. The characterization of inter and intra-populational genetic variability for T. cassinoides throughout its range of distribution, based on nuclear microsatellite markers, showed that the species has low levels of genetic diversity and that 61% of this diversity is encountered within, and 39% among, the populations. Furthermore, the results evince high and significant levels of correlation between genetic and geographic distance, thus suggesting that this isolation is distance-related. Our findings also indicate that the geographical region of Rio de Janeiro is the center of T. cassinoides diversity. Considerable genetic structuring was identified from the nuclear and plastidial DNA, though with partial distinctions. Results for cpDNA analysis suggest that T. cassinoides is divided into three phylogeographical groups: North, Central and South. Nuclear DNA analysis, however, took the Central and North phylogeographical groups to be one and the same. Ecological niche modeling data were generated and associated with demographic analyses and findings on populational structuring so that we could determine the species\' phylogeographical patterns and infer the occurrence of possible populational alterations during two distinct periods: 21 thousand years ago (the Last Glacial Minimum) and over the last 6 thousand years (Holocene Optimum - HO). The results of these analyses suggest that population sizes remained stable in possible areas of occurrence during the LGM and HO. Based on these findings we suggest the hypotheses that the stemming of gene flow among the phylogeographical regions proposed by this study predates the LGM. This pattern converges with results found for other species of peripheral vegetal communities but diverges from those for species from the Dense Coastal Hydrophilic Forest nucleus. As such, our research underscores the importance of further studies with different vegetal communities that comprise the Atlantic Forest in order to foster a better understanding of the processes that shaped the evolution of species in this complex biome

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:51:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RachelFontella.pdf: 3152177 bytes, checksum: 64040b7b38990e8930934d203fde1264 (MD5) Previous issue date: 2008-05-30 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / The main circulating HIV-1 subtype in South America is B, but C and F also are important and an increasing prevalence of subtype C in southern Brazil and its occurrence in other countries of Latin American has being described. The goal of this study was to analyze phylogenetically HIV-1C samples from South American countries to test the hypothesis that its entry in the region was a unique episode, and try to estimate its origin. We have analyzed 97 viral sequences spanning 975bp (protease and two-thirds of reverse transcriptase), from samples of geographic locations where the subtype C is epidemiologically important (South America, Asia and Africa). Phylogenetic analyses were conducted using ML and Bayesian inference methods using PAUP, PHYML and MrBayes. Samples from South America formed a monophyletic group when compared with the worldwide samples in all trees generated with different methodologies, with high bootstrap and posterior probability values. In all trees a sample from Kenya was the most closely related to that group. Bootscanning analyses of subtype C and C-containing recombinant sequences from Argentina and Uruguay showed that they are more similar to the Brazilian sequences. Our results indicate that the entry of HIV-1C in South America occurred in a single episode or in multiples episodes of genetically close viruses, possibly from a country of the Eastern Africa. HIV-1C spread out from Brazil to other South American countries. / O principal subtipo do HIV-1 na América do Sul é o B, mas o C e o F também são importantes. Tem sido relatados um aumento de prevalência do subtipo C no sul do Brasil e a sua ocorrência em outros países da América Latina. O objetivo desse trabalho foi analisar filogeneticamente amostras de HIV-1C para testar a hipótese de que a sua entrada na América do Sul foi um episódio único, e tentar estimar a sua origem. Analisamos 97 seqüências virais com 975pb (protease e dois terços da transcriptase reversa), de amostras de regiões geográficas onde o subtipo C é importante epidemiologicamente (América do Sul, Ásia e África). Análises filogenéticas foram realizadas com os métodos de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana usando PAUP, PHYML e MrBayes. Amostras da América do Sul formaram um grupo monofilético em todas as árvores geradas com diferentes metodologias, com altos valores de bootstrap e de probabilidade posterior. Em todas as árvores uma amostra do Quênia foi a mais proximamente relacionada a esse grupo. Análises de bootscanning de seqüências do subtipo C puras e recombinantes da Argentina e do Uruguai demonstraram que elas são similares às seqüências brasileiras. Nossos resultados indicam que a entrada do HIV-1C na América do Sul ocorreu em um único episódio ou em múltiplos episódios de vírus geneticamente próximos, possivelmente provenientes de países do Leste da África. O HIV-1C se espalhou do Brasil para os outros países da América do Sul

Delimitar espécies e reconstruir a história evolutiva em complexos de espécies pode demandar grandes esforços uma vez que grupos taxonomicamente problemáticos são muitas vezes consequência de eventos de especiação recente ou de rápida especiação. O complexo \'Cattleya coccinea\', da família Orchidaceae, é composto por orquídeas com alto valor ornamental, epifíticas e rupícolas de porte pequeno. Apesar de estarem descritas com caracteres morfológicos diagnósticos claros que permitem sua identificação, a delimitação das espécies atualmente reconhecidas é problemática. Portanto, os objetivos dessa pesquisa foram revisar a delimitação de espécies do complexo e a relação entre as espécies, além de avaliar a diversidade e estrutura genética, aliadas às análises filogeográficas para testar a ocorrência de eventos demográficos históricos. Para responder tais questões foram utilizadas regiões de sequência de cpDNA e nrDNA, 11 locos microssatélites, além de inferência bayesiana e modelo coalescente somadas às estatísticas tradicionais como metodologia. Os resultados suportam o monofiletismo para o clado para as regiões de cpDNA concatenadas. Indicam também quatro grandes eventos de reticulação das espécies do clado C. coccinea com outras espécies do gênero Cattleya. Adicionalmente, suportam o reconhecimento de sete diferentes espécies para o clado C. coccinea, composto por duas principais linhagens evolutivas mais ao norte da região Sudeste: C. brevipedunculata predominante da Serra do Espinhaço e C. wittigiana do norte da Serra do Mar. E cinco espécies distribuídas ao longo da Serra do Mar e Serra da Mantiqueira (C. coccinea, C. mantiqueirae, e mais três espécies correspondentes às populações de DMES; SJPSP e CSRS/JOSC/PMPR. As análises de diversidade mostraram de moderados a altos níveis de diversidade genética e apontam que as espécies C. coccinea e C. brevipedunculata apresentam os maiores níveis de diversidade comparadas a outras espécies do clado. A estruturação genética entre populações dentro de espécies mostrou variação entre níveis baixos a altos. A análise de atribuição de indivíduos a partir de inferência bayesiana mostrou a formação de oito grupos geneticamente distintos. A análise de taxa de dispersão de fluxo gênico pólen x semente mostrou que a dispersão via pólen é aproximadamente oito vezes mais eficiente que a dispersão via sementes somente para C. coccinea. Além disso, a rede de haplótipos indicou que as espécies raramente compartilham haplótipos e que C. coccinea e C. brevipedunculata apresentam maior diversidade com eventos de expansão. A análise de estimativa de tempo de divergência demonstrou que C. brevipedunculata e C. wittigiana provavelmente se originaram entre o Plioceno e o Pleistoceno. As outras espécies do clado se diversificaram no Pleistoceno. Eventos de expansão populacional foram observados para todas as espécies em eras glaciais do Pleistoceno. Por se tratarem de espécies ameaçadas, esse estudo recomenda a conservação \"in situ\" como também a conservação \"ex situ\" de todas as espécies do clado, com atenção especial às duas espécies do Espírito Santo: C. wittigiana e a espécie da localidade DMES, além da espécie da localidade SJPSP em São Paulo. / Species delimitation and reconstruction of the evolutionary history of species complexes may require great efforts since taxonomically problematic groups are often a result of recent speciation events or rapid speciation. The \'Cattleya coccinea\' complex, of the orchid family, consists of epiphytic and small rupicolous orchids with high ornamental value. Despite being described with clear diagnostic morphological characters that allow their identification, delimitation of the currently recognized species is problematic. Therefore, the objectives of this study were to review the species delimitation of the complex and the relationship between species, and to evaluate the genetic diversity and structure, combined with phylogeographic analyzes to test the occurrence of historical demographic events. To answer such questions, cpDNA and nrDNA sequence regions, 11 microsatellite loci, and Bayesian inference and coalescent model were used, combined with traditional statistics and methodology. The results support the monophyly for the clade for concatenated cpDNA regions. They also indicate four major reticulation events of C. coccinea species clade with other species of the genus Cattleya. Additionally, results support the recognition of seven different species for C. coccinea clade, composed of two main evolutionary lineages further north in the Southeast: C. brevipedunculata predominant in the Serra do Espinhaço and C. wittigiana from northern Serra do Mar. And five species distributed along the Serra do Mar and Serra da Mantiqueira (C. coccinea, C. mantiqueirae, and three other species of the populations DMES; SJPSP and CSRS/JOSC/PMPR. The diversity analyzes showed moderate to high levels of genetic diversity and point out that the species C. coccinea and C. brevipedunculata have the highest levels of diversity compared to other species of the clade. The genetic structure of populations within species showed variation from low to high. Assigning individuals analysis from Bayesian inference showed the formation of eight genetically distinct groups. The dispersal rate analysis of pollen x seed gene flow showed that dispersal through pollen is approximately eight times more efficient than the dispersal through seeds only for C. coccinea. Furthermore, the haplotype network indicated that the species rarely share haplotypes and that C.coccinea and C. brevipedunculata present greater diversity with expansion events. The divergence time estimation analysis showed that C. brevipedunculata and C. wittigiana probably originated between the Pliocene and the Pleistocene. The other clade species have diversified in the Pleistocene. Population expansion events were observed for all species in the Pleistocene ice ages. Because they are endangered species, this study recommends the \"in situ\" conservation as well as \"ex situ\" conservation for all species of clade, with special attention for two species of Espírito Santo: C. wittigiana and the species of DMES locality, in addition to the species of SJPSP location in São Paulo.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2016-12-05T15:01:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLagartoKentropyx.pdf: 2293983 bytes, checksum: 1b13c94dea508023f42f22d8c442e18d (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: Corrigir na citação após o (mestrado) inserir - e não ponto. Incluir ponto no final da citação. Falta sigla do Museu. Corrigir Amazônia no título e citação. Espaço depois do Goeld e antes da vírgula na citação. on 2016-12-05T15:43:51Z (GMT) / Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2016-12-13T13:08:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLagartoKentropyx.pdf: 2291590 bytes, checksum: 06050e16e66894e28640a20cfc9bfb33 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2016-12-21T15:46:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLagartoKentropyx.pdf: 2291590 bytes, checksum: 06050e16e66894e28640a20cfc9bfb33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-21T15:46:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLagartoKentropyx.pdf: 2291590 bytes, checksum: 06050e16e66894e28640a20cfc9bfb33 (MD5) Previous issue date: 2015-03-02 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Kentropyx calcarata é um lagarto heliófilo, florestal e que habita preferencialmente regiões próximas a igarapés, clareiras naturais ou em bordas de florestas. Possui ampla distribuição na Amazônia central e oriental, abrangendo os países Guyana, Guiana Francesa, Suriname e Brasil, onde além da Amazônia ocorre no nordeste e oeste do Cerrado e em parte da Floresta Atlântica. Estudos anteriores envolvendo K. calcarata apontam uma estruturação geográfica para a espécie, a qual ainda necessita ser melhor investigada. Neste estudo, foi analisado como as populações dessa espécie se estruturam ao longo de sua distribuição na Amazônia e quais os possíveis eventos envolvidos no processo de diversificação. Foram utilizados dois marcadores mitocondriais (16S e Cytb) e dois nucleares (DNAH3 e SINCAIP) para testar as hipóteses dos rios como barreiras e dos refúgios florestais. Além disso, foi verificada a possibilidade de haver deslocamento de caracter em populações simpátricas a K. altamazonica. As linhagens inferidas a partir das análises filogenéticas mostram-se estruturadas, do ponto de vista genético e limitadas pelos principais rios da Amazônia oriental. Algumas populações apresentaram um cenário demográfico que condiz com uma expansão populacional recente, que pode estar relacionado com o período de expansão da área florestal.

Els treballs realitzats en aquesta tesi tenen com objectius l'aplicació de la sistemàtica molecular i la filogeografia per resoldre relacions filogenètiques, clarificar la taxonomia i descriure la història de les poblacions de les espècies incloses dins de dos grups de mamífers d'elevat interés conservacionista: els mustélids (família Mustelidae) i els macacs (génere Macaca).L'ús de diferents marcadors genétics mitocondrials (el gen citocrom b i la regió control) i un de nuclear (les seqüencies flanquejants d'una regió repetitiva) ha permés reconstruir les relacions filogenètiques entre 33 espècies de mustelids; delimitar quatre grups filogeogràfics en el teixò euroasiàtic (Meles meles); detectar la venta de productes derivats d'aquesta espècie en països on està protegida; i estudiar el procès d'especiació del macac japonès (Macaca fuscata). A partir dels resultats obtinguts també s'han proposat canvis en la taxonomia d'aquests grups. Al final de la tesi es fan reflexions sobre el paper que desenvolupen els marcadors moleculars en la sistemàtica, sobre com classificar aquelles espècies que no ha finalitzat els seus processos d'especiació i sobre les aplicacions de la sistemàtica, la biologia evolutiva i la genètica en la conservació de la biodiversitat. / The objectives of this thesis were the application of molecular systematics and phylogeography to resolve phylogeny, to clarify taxonomy and to study the population history of species included within two groups of mammals of high conservation interest: the mustelids (Family Mustelidae) and the macaques (Genus Macaca).Using different mitochondrial (cytochrome b gene and control region) and nuclear (flanking sequences of a repetitive region) markers, we have been able to reconstruct the phylogeny of 33 mustelid species; to delimit four phylogeographic groups in the Eurasian badger (Meles meles); to detect the trade of Eurasian badger products in countries where this species is protected; and to study the speciation process of the Japanese macaque (Macaca fuscata). According to our results we have also proposed taxonomic changes in these groups.At the end of the thesis, there are also some reflections about the role of genetic markers in systematics; about how to classify the species that have not finished their speciation process; and about the application of systematics, evolutionary biology and genetics in conservation biology.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:49:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 WaldirMBF_DISSERT.pdf: 3558667 bytes, checksum: 3035c50ccf49225a3c8264f6c395bf14 (MD5) Previous issue date: 2014-04-30 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Understanding the historical and ecological relationships which are influent in current biological diversity is one of the most challenging tasks of evolutionary biology. Recent systematics emphasizes the need of integrative approaches to delimit different lineages and species. The northeastern Brazil, mostly placed in Caatinga biome, is characterized by a semi-arid weather, low precipitation and seasonal behavior of rivers. This region is regarded lacking as ichthyological knowledge and one of the most threatened by anthropic activities. Further, will be affected by a massive water diverpsion work that will transfer waters from S?o Francisco basin, to other major four basins: Jaguaribe, Apodi-Mossor?, Piranhas-A?u and Paraiba do Norte. Loss of diversity and richness, hibridizitation, community interactions changes, population homogenization, changes in water quality and flow regime, are examples of environmental impacts already related with similar works. The present study aims to investigate morphological and molecular variation of Cichlasoma orientale Kullander 1983 and Crenicichla menezesi Ploeg 1991, two cichlid species present in northeastern Brazil basins. Further, the study aims to evaluate the influence of geomorphological and climatic processes in this variation, and point some possible impacts of the artificial connectivity which can be brought by S?o Francisco interbasin water transfer to their population dynamics. Geometric morphometrics and phylogeographical analysis were used to investigate the populations from three different hydrological regions. Our results showed a significant morphological variation of populations from basins that are involved in the S?o Franscisco s diversion project, not related to an ancient separation between populations, emphasizing morphological variation which could represent a set of plastic responses to the variable hydrological regime in Northeastern Brazil. The role of plastical responses in naturally variable habitats as well as the potential disturbs that could be brought by the interbasin water transfer works are discussed here. Further, our molecular data allowed us to make inferences about species distribution and their taxonomy, and identification of a potential new species of Crenicichla for S?o Francisco river basin. Our data also allowed to identify some shared haplotypes for both species, which could be related to lineage sorting scenarios or recent gene flow between populations. However a strong structure in most of the pairwise comparisons between populations for both species was revealed. Climatic events such as Atlantic forest regression during the Pleistocene, sea level fluctuations and dispersion by paleorivers in the mouth of Apodi-Mossor? river, and neotectonic events regulating the connection between drainages are likely to have had a contribution for the actual lineages distribution in northeastern Brazil. Further, analysis of molecular variation (AMOVA and SAMOVA) showed that the actual basin s isolation is an important factor to molecular variation, in spite of the signal of recent contact between some basins. Different genetic diversity patterns between species could be related to multiple historic events of colonization, basins landscapes or biological differences. The present study represents the first effort of integrative systematics involving fish species of northeastern Brazil, and showed important morphological and molecular patterns which could be irrecoverably affected by the artificial connection that might be caused by the S?o Francisco interbasin water transfer / O Nordeste brasileiro, majoritariamente imerso no bioma Caatinga, se caracteriza pelo clima semi-?rido, baixa precipita??o e um regime de rios intermitentes. Quanto ao conhecimento ictiofaun?stico, a regi?o ? considerada uma das maiores lacunas mundiais, e uma das mais amea?adas pelas atividades antr?picas. Al?m disso, a regi?o est? passando por obras de transposi??o, que ligar? ?guas do rio S?o Francisco com quatro bacias da regi?o: Jaguaribe, Apodi-Mossor?, Piranhas-A?u e Para?ba do Norte. Perda de diversidade, hibridiza??o de esp?cies, altera??es de comunidade, homogeneiza??o de popula??es, altera??o de qualidade e regime de fluxo de ?gua, s?o impactos ambientais j? atribu?dos a empreendimentos similares. O presente estudo objetiva investigar a varia??o morfol?gica e molecular de Cichlasoma orientale Kullander 1983 e Crenicichla menezesi Ploeg 1991, duas esp?cies com ampla distribui??o ao longo das bacias do Nordeste brasileiro, atrav?s de m?todos de sistem?tica integrativa. Al?m disso, o estudo visa analisar a influ?ncia de fatores clim?ticos e geomorfol?gicos nesta varia??o, e apontar poss?veis impactos da conex?o artificial das bacias envolvidas na transposi??o do rio S?o Francisco. Para estes fins, foram utilizadas an?lises de morfometria geom?trica e filogeogr?ficas com indiv?duos de tr?s ecorregi?es hidrogr?ficas do Nordeste brasileiro. Nossos resultados mostraram que h? uma significativa varia??o morfol?gica nas bacias envolvidas na transposi??o do rio S?o Francisco, que n?o est? ligada ? uma separa??o ancestral das bacias, evidenciando uma varia??o morfol?gica que pode representar um conjunto de respostas pl?sticas ?s constantes transforma??es principalmente relacionadas ao regime h?drico da regi?o. O papel de respostas pl?sticas em ambientes naturalmente vari?veis, assim como o potencial impacto do dist?rbio no regime h?drico a ser trazido pela transposi??o do rio S?o Francisco, s?o discutidos. Al?m disso, nossos dados moleculares permitiram fornecer mais informa??es sobre a distribui??o das esp?cies e sua taxonomia, incluindo a identifica??o de uma potencial nova esp?cie de Crenicichla na bacia do rio S?o Francisco. Os dados tamb?m mostraram alguns hapl?tipos compartilhados para ambas as esp?cies, que podem representar cen?rios incompletos de separa??o de linhagens ou fluxo g?nico recente entre popula??es, por?m forte estrutura??o entre a maior parte das bacias. Eventos clim?ticos como a regress?o da Mata Atl?ntica durante o Pleistoceno, flutua??es do n?vel do mar e a dispers?o por paleorios na por??o estuarina das bacias que desaguam no litoral norte da regi?o nordeste, al?m de eventos neotect?nicos envolvendo captura de cabeceiras, parecem ter contribu?do para a atual distribui??o de linhagens destas esp?cies no Nordeste brasileiro. Al?m disso, an?lises de vari?ncia molecular (AMOVA e SAMOVA) evidenciaram que a atual conjuntura das bacias se mostrou um fator importante para a varia??o molecular, apesar da indica??o de compartilhamento recente entre algumas bacias. Diferen?as de padr?es de diversidade intrapopulacional entre as esp?cies podem estar relacionadas a m?ltiplos eventos hist?ricos de coloniza??o, ou ? diferen?as biol?gicas. O presente estudo representa o primeiro esfor?o de sistem?tica integrativa com esp?cies da ictiofauna continental do Nordeste brasileiro, e revelou varia??es morfol?gicas e moleculares entre drenagens isoladas que podem ser irrecuperavelmente afetadas com a conex?o artificial destas bacias a partir das obras de transposi??o do rio S?o Francisco

Delimitar espécies e reconstruir a história evolutiva em complexos de espécies pode demandar grandes esforços uma vez que grupos taxonomicamente problemáticos são muitas vezes consequência de eventos de especiação recente ou de rápida especiação. O complexo \'Cattleya coccinea\', da família Orchidaceae, é composto por orquídeas com alto valor ornamental, epifíticas e rupícolas de porte pequeno. Apesar de estarem descritas com caracteres morfológicos diagnósticos claros que permitem sua identificação, a delimitação das espécies atualmente reconhecidas é problemática. Portanto, os objetivos dessa pesquisa foram revisar a delimitação de espécies do complexo e a relação entre as espécies, além de avaliar a diversidade e estrutura genética, aliadas às análises filogeográficas para testar a ocorrência de eventos demográficos históricos. Para responder tais questões foram utilizadas regiões de sequência de cpDNA e nrDNA, 11 locos microssatélites, além de inferência bayesiana e modelo coalescente somadas às estatísticas tradicionais como metodologia. Os resultados suportam o monofiletismo para o clado para as regiões de cpDNA concatenadas. Indicam também quatro grandes eventos de reticulação das espécies do clado C. coccinea com outras espécies do gênero Cattleya. Adicionalmente, suportam o reconhecimento de sete diferentes espécies para o clado C. coccinea, composto por duas principais linhagens evolutivas mais ao norte da região Sudeste: C. brevipedunculata predominante da Serra do Espinhaço e C. wittigiana do norte da Serra do Mar. E cinco espécies distribuídas ao longo da Serra do Mar e Serra da Mantiqueira (C. coccinea, C. mantiqueirae, e mais três espécies correspondentes às populações de DMES; SJPSP e CSRS/JOSC/PMPR. As análises de diversidade mostraram de moderados a altos níveis de diversidade genética e apontam que as espécies C. coccinea e C. brevipedunculata apresentam os maiores níveis de diversidade comparadas a outras espécies do clado. A estruturação genética entre populações dentro de espécies mostrou variação entre níveis baixos a altos. A análise de atribuição de indivíduos a partir de inferência bayesiana mostrou a formação de oito grupos geneticamente distintos. A análise de taxa de dispersão de fluxo gênico pólen x semente mostrou que a dispersão via pólen é aproximadamente oito vezes mais eficiente que a dispersão via sementes somente para C. coccinea. Além disso, a rede de haplótipos indicou que as espécies raramente compartilham haplótipos e que C. coccinea e C. brevipedunculata apresentam maior diversidade com eventos de expansão. A análise de estimativa de tempo de divergência demonstrou que C. brevipedunculata e C. wittigiana provavelmente se originaram entre o Plioceno e o Pleistoceno. As outras espécies do clado se diversificaram no Pleistoceno. Eventos de expansão populacional foram observados para todas as espécies em eras glaciais do Pleistoceno. Por se tratarem de espécies ameaçadas, esse estudo recomenda a conservação \"in situ\" como também a conservação \"ex situ\" de todas as espécies do clado, com atenção especial às duas espécies do Espírito Santo: C. wittigiana e a espécie da localidade DMES, além da espécie da localidade SJPSP em São Paulo. / Species delimitation and reconstruction of the evolutionary history of species complexes may require great efforts since taxonomically problematic groups are often a result of recent speciation events or rapid speciation. The \'Cattleya coccinea\' complex, of the orchid family, consists of epiphytic and small rupicolous orchids with high ornamental value. Despite being described with clear diagnostic morphological characters that allow their identification, delimitation of the currently recognized species is problematic. Therefore, the objectives of this study were to review the species delimitation of the complex and the relationship between species, and to evaluate the genetic diversity and structure, combined with phylogeographic analyzes to test the occurrence of historical demographic events. To answer such questions, cpDNA and nrDNA sequence regions, 11 microsatellite loci, and Bayesian inference and coalescent model were used, combined with traditional statistics and methodology. The results support the monophyly for the clade for concatenated cpDNA regions. They also indicate four major reticulation events of C. coccinea species clade with other species of the genus Cattleya. Additionally, results support the recognition of seven different species for C. coccinea clade, composed of two main evolutionary lineages further north in the Southeast: C. brevipedunculata predominant in the Serra do Espinhaço and C. wittigiana from northern Serra do Mar. And five species distributed along the Serra do Mar and Serra da Mantiqueira (C. coccinea, C. mantiqueirae, and three other species of the populations DMES; SJPSP and CSRS/JOSC/PMPR. The diversity analyzes showed moderate to high levels of genetic diversity and point out that the species C. coccinea and C. brevipedunculata have the highest levels of diversity compared to other species of the clade. The genetic structure of populations within species showed variation from low to high. Assigning individuals analysis from Bayesian inference showed the formation of eight genetically distinct groups. The dispersal rate analysis of pollen x seed gene flow showed that dispersal through pollen is approximately eight times more efficient than the dispersal through seeds only for C. coccinea. Furthermore, the haplotype network indicated that the species rarely share haplotypes and that C.coccinea and C. brevipedunculata present greater diversity with expansion events. The divergence time estimation analysis showed that C. brevipedunculata and C. wittigiana probably originated between the Pliocene and the Pleistocene. The other clade species have diversified in the Pleistocene. Population expansion events were observed for all species in the Pleistocene ice ages. Because they are endangered species, this study recommends the \"in situ\" conservation as well as \"ex situ\" conservation for all species of clade, with special attention for two species of Espírito Santo: C. wittigiana and the species of DMES locality, in addition to the species of SJPSP location in São Paulo.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-03-06T20:26:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLagartosBaixo.pdf: 877843 bytes, checksum: dbfeeb7d4af9c4a9afb4638a2b50cc15 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-03-08T16:28:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLagartosBaixo.pdf: 877843 bytes, checksum: dbfeeb7d4af9c4a9afb4638a2b50cc15 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-08T16:28:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLagartosBaixo.pdf: 877843 bytes, checksum: dbfeeb7d4af9c4a9afb4638a2b50cc15 (MD5) Previous issue date: 2008 / Estudos filogeográficos têm ajudado a esclarecer o contexto espacial e temporal da diversificação de organismos amazônicos, o que pode ser diretamente comparado com cenários geológicos específicos. O presente estudo visa fornecer informações que possam auxiliar na reconstituição da história recente do baixo Tocantins/Ilha do Marajó a partir e uma análise filogeográfica de Gonatodes humeralis e Kentropyx calcarata. Adicionalmente, a utilidade do gene citocromo oxidase I como marcador para estudos populacionais de lagartos foi avaliada. Dados de 49 exemplares de G. humeralis e 32 de K. calcarata de 14 localidades ao sul do Amapá, baixo Tocantins, Ilha do Marajó e de uma externa à área focal do estudo foram analisados. Alem das medidas de diversidade e diferenciação genética, foram possíveis eventos de expansão demográfica recente nestas populações foram avaliados com uso da estatística R2. As relações filogenéticas entre as populações foram avaliadas pela construção de árvores não enraizadas usando-se os métodos de máxima parcimônia (MP) e máxima verossimilhança (MV). Os resultados obtidos demonstram que embora o COI tenha sido raramente utilizado para esta finalidade, a variação observada entre seqüências de populações de G. humeralis e K. calcarata indicam que ele é um marcador útil para análises filogeográficas. As cinco populações de ambas as espécies aqui estudadas, são geneticamente estruturadas. Isso indica um baixo ou mais provavelmente inexistente fluxo gênico entre elas. As relações filogeográficas observadas, embora mais seguramente para G. humeralis que para K. calcarata indicam que ocorreram mudanças significativas em tempos relativamente recentes no sistema de drenagem na região do baixo rio Tocantins e Ilha do Marajó. Isto porque, há neste estudo, fortes indícios de que em tempos pretéritos recentes houve maior movimentação, ativa ou passiva, das espécies entre as regiões do Marajó e oeste do rio Tocantins que teriam sido as mais diretamente afetadas por estas mudanças. / Filogeographical studies have helped to clarify the spatial and temporal context of the diversification of organisms from Amazonian, which can be directly compared with specific geological scenarios. This study aims to contribute with the reconstitution of the recent history of low Tocantins/Marajó Island from a philogeographical analysis of Gonatodes humeralis and Kentropyx calcarata. The questions to be answered are whether there is a distinction among the population of the southern Amapá, Marajó Island, and each side of the Tocantins river, and how these populations interrelate one each other. In addition, this work also aims to assess the usefulness of the gene cytochrome oxidase I as a marker for studies of lizard populations. Data from 49 specimens of G. humeralis and 32 of K. calcarata from 14 localities in southern Amapá, low Tocantins, Marajó Island, and of an external population of the focal area of study, in the city of Itaituba, Pará, were analyzed. The molecular studies were based on mitochondrial gene cytochrome oxidase I. The levels of genetic variability were calculated: diversity of nucleotides (π) and diversity of haplotypes (h), the genetic differentiation through the analysis of molecular variance (AMOVA) and the estimates of Fst for pairs of populations and distribution of the differences between pairs of sequences. It was used a statistical test to detect possible R2 events of recent demographic expansion. The phylogenetic relations between populations were evaluated by the construction of non-rooted trees using the methods of maximum parsimony (MP) and maximum likelihood (MV). The results show that although the COI has been rarely used for this purpose, the observed variation in sequences of populations of G. humeralis and K. calcarata indicates that it is a useful marker for Phylogeographic analysis. The five populations of both species studied here, are genetically structured. This indicates a low or, more probably, inexistent gene flow among them. The observed Phylogeographic relations, although more certainly to G. humeralis than K. calcarata, indicates that significant changes have occurred in relatively recent times in the drainage system in the low Tocantins river and Marajo island. This is due strong indications, obtained in this study, that in recent past there was more movement, active or passive, of the species between regions of Marajo and west of the Tocantins river that would have been the most directly affected by these changes.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-03-05T21:17:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DiversidadeEspeciesComplexo.pdf: 1354054 bytes, checksum: 488a49ce72ef48a66321024a1866b930 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-03-11T14:42:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DiversidadeEspeciesComplexo.pdf: 1354054 bytes, checksum: 488a49ce72ef48a66321024a1866b930 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-11T14:42:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DiversidadeEspeciesComplexo.pdf: 1354054 bytes, checksum: 488a49ce72ef48a66321024a1866b930 (MD5) Previous issue date: 2009 / O complexo de espécies M. brevicaudata possui distribuição reconhecida para o Norte da América do sul e compreende três espécies descritas ‐ M. brevicaudata, M. glirina, e M. palliolata ‐ e duas não descritas, reconhecidas em estudos prévios. A delimitação de espécies baseada somente em caracteres morfológicos é complicada, de forma que diversos táxons nominais já foram associados ao grupo e diversos arranjos taxonômicos foram propostos. Os poucos estudos baseados em dados moleculares que incluíram espécimes do complexo brevicaudata revelaram altas taxas de divergência genética. Este trabalho buscou elucidar a sistemática do complexo de espécies M. brevicaudata através do estudo dos padrões de variação morfológica e genética. Para tal, desenvolvemos análises filogenéticas baseadas em dois genes mitocondriais: citocromo b e 16 S rDNA. Adicionalmente, estudamos a morfologia externa e craniana dos espécimes, investigando a existência de congruência entre a variação genética e morfológica. As análises morfológicas foram, em geral, congruentes com as moleculares, as quais indicaram os mesmos clados em todas as análises filogenéticas. Foram formalmente reconhecidas nove espécies para o complexo. Monodelphis brevicaudata, M. palliolata e M. glirina são consideradas espécies válidas; M. touan é revalidado da sinonímia de M. brevicaudata e duas espécies novas são descritas e nomeadas; a espécie M. domestica provou ser intimamente relacionada a espécimes do grupo brevicaudata, sendo aqui considerada como integrante do referido grupo; duas espécies reconhecidas como distintas permanecem sem uma descrição formal; M. maraxina é sinonimizada com M. glirina. Foi observado dimorfismo sexual para as espécies estudadas, sendo que para as duas espécies estatisticamente testadas (teste T de student), M. glirina e M. sp. nov. “Trombetas”, os machos apresentaram crânios significativamente maiores que as fêmeas. Rios de grande porte parecem ter participado na diferenciação genética e estruturação filogeográfica das espécies. O padrão filogeográfico encontrado sugere ao menos dois centros de diversificação para o grupo, um no escudo das Guianas, envolvendo as espécies ao norte do rio Amazonas, e outro no escudo brasileiro, envolvendo M. glirina e M. domestica. / Short‐tailed opossums of the Monodelphis revicaudata complex inhabit northern South America, and comprise three described species ‐ M. brevicaudata, M. glirina, and M. palliolata ‐ and two undescribed forms already recognized in prior studies. Species delimitation based solely on morphological features is difficult, and because of that many nominal taxa have been associated with this species complex, and several taxonomic arrangements have been proposed. Previous molecular phylogenetic studies using specimens of this species complex revealed substantial genetic divergence rates. The present study aims to elucidate the systematics of the M. brevicaudata species complex through the analyses of molecular and morphological characters. We performed phylogenetic analyses on two mitochondrial genes (cyt b and 16S), studied the external and cranial morphology, and investigated whether observed genetic variation is congruent with morphological differences. Our morphological results were generally concordant with the molecular results. We recognize nine species in the species complex. M. brevicaudata, M. palliolata, and M. glirina are considered valid species; M. touan is re‐established from the synonymy of M. brevicaudata and two new species are described and named; the species M. domestica proved to be closely related to specimens of the M. brevicaudata complex, and thus are considered as part of that group; we also recognized two new species without formallly naming them; M. maraxina is considered a synonym of M. glirina. Sexual dimorphism is observed in the species, and in two species males showed skulls significantly larger than females. Major rivers seem to have played an important role in generating genetic differentiation and phylogeographical structure of the species. The phylogeographical pattern suggests at least two diversification centers for the group, one in the Guiana shield, comprising species ranging north of the Amazon river, and another in the Brazilian shield, comprising M. glirina and M. domestica.