Orientador: Jacks Jorge Junior / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-20T05:33:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_CamilaMariaBeder_D.pdf: 4195827 bytes, checksum: 1cddac40e2d935c7ef84711c5172f6f6 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: As lesões liquenóides orais (LLO), como líquen plano oral (LPO) e reação liquenóide oral por amálgama dental (RLO-AD), são doenças imunologicamente mediadas (DIM) com características histopatológicas semelhantes, porém com prognósticos distintos. As suas etiopatogenias têm sido relacionadas a polimorfismos gênicos e secreção citocinas de inflamatórias (CI), as quais são responsáveis pelas respostas imunológicas inadequadas, que causam danos estruturais à mucosa oral (MO) e estimulam o recrutamento de células inflamatórias. Assim, foi realizado um estudo em voluntários portadores de LLO (grupo-1, n=39), em voluntários saudáveis (grupo-2, n=39), e em cem amostras de DNA provenientes de voluntários saudáveis (grupo-3, n=100). A pesquisa teve como objetivos selecionar e diferenciar casos de LLO clássicas (LLO-c) por meio dos critérios de diagnósticos de LLO da Organização Mundial de Saúde (Cdx-LLO-OMS); determinar a hipossalivação nesses pacientes; analisar outros achados histopatológicos presentes nas LLO; quantificar linfócitos T (LT-CD3, LT-CD8), linfócitos B (LB), plasmócitos, mastócitos, imunomarcados contidos no infiltrado inflamatório subepitelial (IISE) nos casos de LLO a fim de avaliar as respostas Th1/2; e estimar a frequência dos polimorfismos dos genes Th1/2 envolvidos na síntese de CI através da reação em cadeia da polimerase (PCR) e polimorfismo no comprimento do fragmento de restrição (RFLP). De forma geral, pacientes do gênero feminino com idade média de 53,13 anos apresentaram maior frequência de LLO (p=0,06; OR:2,57). O infiltrado inflamatório perivascular profundo e a presença de folículos linfóides foram frequentes nas RLO-AD (p<0,001). A contagem de LB foi maior nas RLO-AD (p<0,05). A hipossalivação foi frequente em portadores de LLO (p<0,001;OR:19,72). Os alelos mutados IL4-590T,TNF-?-308A, e IL10592C foram freqüentes nos portadores de LLO (p<0,0001). Portadores de LPO apresentaram mais alelos mutados IL4-590T e IL10-592C (p<0,05). Concluiu-se, portanto que pacientes do gênero feminino com média de idade de 53 anos apresentam mais LLO. A hipossalivação foi associada à presença da lesão oral em portadores de LLO. As LLO estão associadas aos altos índices de células de reação inflamatória crônica e à expressão gênica das citocinas relacionadas às respostas Th1/2 / Abstract: Oral lichenoid lesions (OLL), such as oral lichen planus (OLP) and amalgam-associate oral lichenoid reaction (AAOLR) are immunologically mediated diseases (IMD) with similar histopathologic features but distinct prognoses. Their etiopathogenesis have been related to gene polymorphisms and inflammatory cytokine (IC) secretion, which are responsible for the inappropriate immune responses that cause structural damage to the oral mucosa (OM) and stimulate the recruitment of inflammatory cells. Therefore, this study was conducted in a group of volunteers with OLL (group-1, n=39), another group comprised of healthy volunteers (group-2, n=39), and a third group comprised of hundred DNA samples obtained from healthy volunteers (group-3, n = 100). The research aimed to select and differentiate classic cases of OLL by means of diagnostic criteria for OLL of the World Health Organization (WHO-OLL-CDx), to determine the hyposalivation in these patients, to analyze other histological findings features present in OLL; to evaluate the Th1/2 by means of quantification of inflammatory cells, T-lymphocytes (CD3-TL, CD8-TL), B lymphocytes (BL), plasma cells and mast cells immunostained contained in the subepithelial inflammatory infiltrate (SEII) on the slides of OLL, and estimate the frequency of polymorphisms of genes Th1/2 involved in the synthesis of IC by means of polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP). Overall, female patients with mean age of 53.13 years had a higher frequency of OLL (p = 0.06, OR: 2.57). The deep perivascular inflammatory infiltrate and lymphoid follicles were common in the AAOLR (p <0.001). The LB count was higher in AAOLR (p <0.05). The hyposalivation was common in patients with OLL (p <0.001, OR: 19.72). Mutated alleles of IL4-590T, TNF-?-308A and IL10-592C were frequent in patients with OLL (p <0.0001). Patients with OLP had more mutated alleles IL4 and IL10-590T-592C, when compared to AAOLR (p <0.05). Therefore it was concluded that female patients with a mean age of 53 have more OLL. Hyposalivation was associated with the presence of oral lesions in patients with OLL. The oral lichenoid lesions are associated with high rates of chronic inflammatory cell reaction and gene expression of cytokines related to Th1/2 response / Doutorado / Patologia / Doutor em Estomatopatologia

Orientador: Suzete Aparecida Lanza Destéfano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T14:37:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tonin_MarianaFerreira_D.pdf: 2371085 bytes, checksum: d7c915d664efeec24397b855164c65b9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Espécies pertencentes ao gênero Xanthomonas são responsáveis por doenças que podem causar grandes perdas econômicas em diversas culturas. Esses fitopatógenos têm sido objeto de diversos estudos taxonômicos resultando em significativas alterações na classificação em nível inter e infraespecífico. O presente estudo teve por objetivo caracterizar taxonomicamente bactérias do gênero envolvendo: (1) diferenciação e análises filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas; (2) esclarecimento da posição taxonômica de linhagens classificadas como Xanthomonas sp.; (3) diferenciação de patovares da espécie X. campestris; (4) desenvolvimento de primers específicos para X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. O par de primers rpoB2F/rpoB3R, desenhado a partir de sequências do gene rpoB, foi empregado em experimentos de amplificas;ao utilizando-se DNAs de 26 espécies do gênero Xanthomonas e os produtos de amplificas;ao (800 pb) foram digeridos com diversas endonucleases. Os perfis de restrição obtidos com a utilização da enzima Hae III permitiram a diferenciação da maioria das espécies, incluindo os patógenos de mesmo hospedeiro como X. albilineans e X. sacchari (patogênicas à cana-de-açúcar); X. cucurbitae . e X. melonis (patogênicas ao melão); X. vesicatoria, X. gardneri e X. euvesicatoria/X. perforans (patogênicas ao tomateiro). Ainda, os produtos de amplificação do gene rpoB foram seqüenciados e a árvore filogenética construída a partir destas sequências também possibilitou a diferenciação das espécies do gênero, indicando que o gene rpoB pode ser considerado um marcador molecular eficiente para o estudo das relações filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas. Os DNAs de linhagens classificadas como Xanthomonas sp. também foram analisados por meio de experimentos de amplificação com primers específicos para a espécie X. axonopodis, de hibridizas;ao DNA-DNA, e analise de multilocus utilizando-se sequências dos genes rpoB, rpoA, atpA, recA e região espaçadora 16S-23S DNAr. Os resultados mostraram que as linhagens de X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae e X. sp. pv. paulliniae pertencem a espécie X. axonopodis, entretanto, não foi possível definir a posição taxonômica das linhagens de X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti e X. sp. pv. eucalypti, embora várias ferramentas tenham sido utilizadas. Assim, somente estudos complementares deverão ser conduzidos visando esclarecer a classificação dessas linhagens. Nesse estudo também foram analisadas as espécies X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. Visando a diferenciação dos patovares da espécie X. campestris, os DNAs destas linhagens foram submetidos a experimentos de PCR-RFLP do gene rpoB e as digestões duplas utilizando-se Cfo I/Mbo I. Os resultados permitiram a diferenciação dos patovares X.c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae e X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Ainda, os dados obtidos nas amilises do gene rpoB permitiram o desenvolvimento de primers específicos para as espécies X. campestris, patogênicas as crucíferas (rpoB2F/xcamR) e X. translucens, patogênicas a gramíneas e cereais (trans1F/trans2R). Alem disso, amilises de sequências da região espaçadora 16S-23S DNAr possibilitaram o desenho do par de primers mecF/mecR, especifico para X. cucurbitae e X. melonis, espécies patogênicas ao melão. A especificidade destes primers foi confirmada em experimentos de amplificação utilizando-se DNAs de algumas bactérias de diferentes gêneros isoladas de mesma espécie de plantas hospedeiras. O nível de sensibilidade da técnica de PCR utilizando-se os primers desenvolvidos foi de 0,1 pg para rpoB/xcam, de 0,01 ng para trans1F/trans2R e de 1 pg para mecF/mecR / Abstract: Xanthomonas species are responsible for diseases causing economic losses in many crops. These phytopathogens have been subject of several taxonomic studies resulting in significant changes at interespecific or infraspecific level. This study aimed the taxonomic characterization of Xanthomonas species including: (1) differentiation and phylogenetic analysis of Xanthomonas species; (2) clarification of taxonomic position of strains classified as Xanthomonas sp.; (3) differentiation of the pathovars of X. campestris; ( 4) development of specific primers for X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis. The rpoB2F/rpoB3R primers, designed from rpoB gene sequences, were employed in amplification experiments using DNAs from 26 species of Xanthomonas genus and the products (800 bp) were digested with different restriction enzymes. Profiles using Hae III allowed to differentiate the most species of the genus, including pathogens the affect the same plant host as X. albilineans e X. sacchari (pathogenic to sugarcane); X. cucurbitae e X. melonis (pathogenic to melon); X. vesicatoria, X. gardneri and X. euvesicatoria/X. perforans (pathogenic to tomato). Amplification products of the rpoB gene were sequenced and the phylpgenetic tree constructed from these sequences also allowed the differentiation of the Xanthomonas species, indicating that the rpoB gene can be used as an efficient molecular marker for phylogenetic relationships studies within the Xanthomonas genus. DNA of the strains classified as Xanthomonas sp. were also analysed by the amplification experiments using specific primers for X. axonopodis species, DNA-DNA hybridization and multilocus sequence analysis of the genes rpoB, rpoA, atpA, recA and intergenic spacer region 16S-23S rDNA. Results showed that the strains of X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae and X. sp. pv. paulliniae belong to X. axonopodis species, however, it was not possible to define the taxonomic position of X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti and X. sp. pv. eucalypti, although different approaches have been used. Thus, further studies should be conducted in order to clarify their classification. In this study X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis were also analyzed. In order to differentiate the pathovars of the X. campestris specie, the DNAs of these strains were submitted to PCR-RFLP analysis of the rpoB gene and the double digestions using Cfo I/Mbo I allowed the differentiation of the pathovars X. c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae and X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Also, the data obtained in the rpoB gene analysis allowed the development of specific primers for the species X. campestris, pathogenic to crucifers (rpoB2F/xcamR) and X. translucens, pathogenic to grasses and cereals (trans1F/trans2R). Furthermore, intergenic spacer 16S-23S rDNA sequences analysis enabled the development of the mecF/mecR primers, specific for X cucurbitae and X melonis, both pathogenic to melon. The specificity of these primers was confirmed by amplification experiments using DNAs from bacteria belonging to different genera pathogenic to the same plant hosts. Sensitivity level of the PCR technique using the primers developed was 0,1 pg for rpoB/xcam, 0,01 ng for trans1F/trans2R and 1 pg for mecF/mecR / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

[pt] Avanços tecnológicos recentes, tanto nos métodos de sequenciamento quanto nos algoritmos de montagem de fragmentos, têm facilitado a reconstrução de todo o DNA de espécies sem a necessidade de um genoma de referência. A montagem da cadeia completa envolve a leitura um grande volume de fragmentos do genoma (short reads), um desafio significativo em termos computacionais. Todos os principais algoritmos de montagem de fragmentos existentes têm como gargalo principal o alto consumo de memória principal. Consonante a isso, essa dissertação de mestrado visa estudar a implementação de um destes algoritmos, Velvet, que é amplamente usado e recomendado. A mesma possuiu um módulo, VelvetH que realiza um pré-processamento dos dados com o intuito de reduzir o consumo de memória principal. Após um estudo minucioso do código e alternativas de melhorias, foram feitas alterações pontuais e proposta uma solução com persistência de dados em memória secundária visando obter eficácia e robustez. / [en] Recent technological advances, both in assembly algorithms and in sequencing methods, have enabled the reconstruction of whole DNA even without a reference genome available. The assembly of the complete chain involves reading a large volume of genome fragments, called short-reads, which makes the problem a significant computational challenge. A major bottleneck for all existing fragmentassembly algorithms is the high consumption of RAM. This dissertation intends to study the implementation of one of these algorithms, called Velvet, which is widely used and recommended. The same possessed a module, VelvetH that performs a pre-processing data with the aim of reducing the consumption of main memory. After a thorough study of code improvements and alternatives, specific changes have been made and proposed a solution with data persistence in secondary memory in order to obtain effectiveness and robustness.

Orientador: Elizabeth Moreira dos Santos Schmidt / Resumo: O Brasil possui a maior diversidade de espécies do mundo, grande parte está nos biomas Mata Atlântica e Cerrado, considerados hotspots para conservação. Os mamíferos de médio e grande porte, grupo altamente afetados pela antropização, desempenham papéis importantes na dinâmica de ecossistemas, influenciam no ciclo do carbono, agem como predadores e dispersores de sementes, polinizadores, predadores de topo de cadeia alimentar. O presente estudo teve como objetivo realizar o levantamento da mastofauna terrestre de médio e grande porte presente na área da Escola do Meio Ambiente (EMA) no município de Botucatu, São Paulo e gerar dados de riqueza, ocorrência e frequência de ocorrência de espécies encontradas no local. A área da escola é de aproximadamente 12 hectares, apresentando cobertura vegetal de remanescente de Cerrado e fragmento com fitofisionomias de Mata Atlântica. As metodologias utilizadas foram: transectos, parcelas de areia e, como método complementar, o uso de armadilha fotográfica por dois meses. Adicionalmente, entrevista com funcionários para obtenção de dados. Foram registradas vinte espécies de mamíferos. A ordem carnívora foi a que apresentou mais espécies, oito no total. A espécie de maior ocorrência foi Hydrochoerus hydrochaeris, seguida por Canis lupus familiaris. Nas entrevistas, os funcionários citaram duas espécies que não foram registradas no estudo, Cavia aperea, mamífero de pequeno porte, e Lontra longicaudis. A riqueza constatada pelo estudo enfatiz... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Brazil has the greatest diversity of species in the world, much of it in the biomes Cerrado and in the Atlantic Forest, considered hotspots for conservation. Medium and large mammals are one of the groups most affected by anthropization, play important roles in the nature of ecosystems, influence the carbon cycle, act as seed predators and seed dispersers, pollinators, top food chain predators. The present study had the objective of surveying the medium and large size terrestrial mastofauna present in Environmental School (EMA) area in the city of Botucatu, São Paulo, and to generate data on the richness, occurrence and frequency of occurrence of species found on the spot. The school area is approximately 12 hectares, presenting vegetation cover of Brazilian Savana remnant and fragment with phytophysiognomies of Atlantic Forest. Using the methodologies used were trawling for traces, sand plots and as a complementary method the use of photographic trap for two months, in addition, interview with employees to obtain additional data. Twenty species of mammals were recorded. The carnivorous order was the one that presented the most species, eight in total. The species with the highest occurrence was Hydrochoerus hydrochaeris, followed by Canis lupus familiaris. In the interviews, officials cited two species that were not recorded in the study, Cavia aperea, a small mammal, and Lontra longicaudis. The richness found by the study emphasizes the importance of the area for the persis... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O processo de fragmentação florestal, além do isolamento e da redução de hábitat, produz um aumento do microhábitat de borda. Este aumento leva à gradual perda de diversidade devido a alterações abióticas e bióticas fazendo com que remanescentes florestais não comportem a mesma diversidade que hábitats contínuos. O estabelecimento de espécies vegetal depende crucialmente do local onde as sementes são depositadas no ambiente, porém muito pouco se sabe sobre os efeitos da fragmentação florestal para a manutenção das características abióticas e bióticas dos microhábitats e seus efeitos na sobrevivência de sementes pós-dispersas, uma vez que a maioria dos estudos foi conduzida em florestas contínua. Este estudo teve como objetivo avaliar os efeitos da fragmentação florestal na predação de sementes da palmeira Syagrus romanzoffiana (“jerivá") em três microhábitats (clareira, borda e interior de mata), testando oito fragmentos de Floresta Semidecídua (de 9,5 a 33.845 ha). Os objetivos deste trabalho foram os de avaliar (1) se existe diferenças bióticas e abióticas entre os microhábitats de borda, interior de mata e clareira; (2) se o tamanho do fragmento florestal exerce influência para a manutenção das características do microhábitats amostrados; (3) se os microhábitats testados diferem na sobrevivência de sementes de S. romanzoffiana pós-dispersas; (4) se o tamanho do fragmento influencia na taxa de predação de sementes; (5) quais das características estruturais avaliadas estão relacionadas com a predação de sementes de S. romanzoffiana e (6) quais as características estruturais que estão correlacionadas com o tamanho do fragmento. Foi concluído que fragmentos menores que 20 ha não possuem diferenças abióticas e bióticas por extrapolação da borda da mata a todo o fragmento, não sendo registrada nenhuma semente predada nestas áreas. Fragmentos de 230 a 380 ha possuem alta taxa de predação de sementes, sendo encontradas em todo o remanescente independente do microhábitat à medida que os fragmentos florestais com área superior a 1000 ha possuem uma menor taxa de predação e distinções abióticas e bióticas entre clareira, interior e borda de mata. Para a conservação de populações de jerivá em fragmentos florestais com área inferior a 1.000 ha são necessários planos de manejo, como medidas que visem o desenvolvimento de sub-bosque em fragmentos que estejam inteiramente sob efeito de borda, e a proteção de sementes pós-dispersas em fragmentos onde haja forte pressão de predadores de sementes. Investigações sobre os efeitos das alterações decorrentes do processo de fragmentação florestal na biologia reprodutiva de angiospermas são de suma importância para planos efetivos de planejamento, conservação e restauração, gerenciamento de áreas florestais. / The effects of forest fragmentation, more than isolation and habitat reduction, increase the microhabitat edge. This increasing leads to gradual biodiversity loss because of abiotic and biotic alterations, doing that forest fragments support less species when compared with continuous forest. The establishment of plants depends crucially on the place where their seeds were deposited on the environment, but very little is known about the effects of forest fragmentation on microhabitats abiotic and biotic conditions maintenance and their effects for seed survival, once that most studies have been carried out in large forest. In this study, we evaluate the effects of forest fragmentation on Syagrus romanzoffiana seed predation in three microhabitats (gaps, understory and forest edge), testing eight semi-deciduous forest fragments (9.5 to 33,845 ha). Our objectives were to test (1) if there are abiotic and biotic differences among gap, understory and forest edge; (2) if the size of forest fragment influence the maintenance of microhabitats condition; (3) if the microhabitats differs on S. romanzoffiana seed survival; (4) if forest size influence on seed predation rate; (5) which structure characteristics evaluated are related with S. romanzoffiana seed predation; and (6) which structure characteristics are related with forest fragment area. We conclude that forest with less than 20 ha do not support abiotic and biotic distinction, with the forest edge overspread the whole reminiscent. In these forest fragments, we did not find any seed predated. Fragments with 230 to 380 ha had higher seed predation rates, with no differences among the tested microhabitats. Forest fragments with more than 1,000 ha differ among microhabitats biotic ally and idiotically, and had lower seed predation. We conclude that for Syagrus romanzoffiana populations be conserved in isolated forest areas with less than 1,000 ha are necessaries managing plans, as developing understory at remnants with the whole area under edge effect, and post-dispersed seed protection at fragments with high seed predation. The knowledge of the effects of forest fragmentation on angiosperms reproductive processes is essentially for managing, planning, restoration and conservation of forested areas.

Os remanescentes de floresta estacional semidecídua no Estado de São Paulo sofreram e sofrem com o processo de fragmentação, principalmente causados pela expansão agrícola e urbana. São remanescentes muito alterados quanto à estrutura e função, mas de imensa importância para o conhecimento taxonômico e ecológico. A associação de estudos fitossociológicos e silvigenéticos permite diagnosticar a situação atual de um fragmento e predizer sua situação futura, além da relação com seu passado de distúrbios. A Fazenda Experimental Edgardia, pertencente à Universidade Estadual Paulista, Botucatu, SP, localiza-se nas cuestas basálticas. Com área total de 1200ha, possui os maiores remanescentes de floresta no município. Os fragmentos de estudo, Mata do Bexiguento (Área A) e Mata do Pomar Velho (Áreas B e C), possuem área aproximada de 303 e 53ha, respectivamente, e histórias de perturbação diferentes. A Área A sofreu exploração seletiva, a Área B é uma mata secundária com cerca de 35 anos e a Área C sofreu exploração seletiva e também passagem de fogo. O estudo foi feito através de amostragem sistemática estratificada, com parcelas permanentes e contíguas de 10 x 10m, totalizando 50 parcelas em cada área e 1,5ha amostrados. Todos os indivíduos com altura de caule >= 1,30 m foram marcados, identificados e medidos (altura total e DAP). Para o mapeamento das eco-unidades, em cada área foram demarcadas 11 linhas de 100m de comprimento, dispostas paralelamente entre si e eqüidistantes em 5 m. Todas as árvores dominantes cujas copas interceptavam as linhas de inventário foram marcadas e classificadas através de características arquiteturais, para determinação das eco-unidades. Na Área A as espécies dominantes foram Gallesia integrifolia, Astronium graveolens, Aspidosperma polyneuron e A. ramiflorum; na Área B as espécies foram Parapiptadenia rigida, Acacia polyphylla, Celtis iguanaea e Centrolobium tomentosum; na Área C elas foram Croton floribundus, Acacia polyphylla, Tabernaemontana catharinensis e Urera baccifera. As espécies que foram exploradas apresentam a distribuição diamétrica alterada, sem classes de diâmetros grandes ou com classes falhas; outras apenas ocorrem no sub-bosque (>= 1,30 m e DAP < 5 cm). O mosaico silvático da Área A possui maior proporção de eco-unidades maduras (37%), sendo a 2A de maior contribuição (26,4%). Na Área B as eco-unidades maduras têm maior proporção (34,6%) seguidas pelas eco-unidades em reorganização (31,3%). Na Área C a maior proporção amostrada foi de eco-unidades em reorganização (42,1%), enquanto que as eco-unidades maduras ocuparam 28,8% do mosaico. Os resultados indicam diferenças sucessionais em cada área amostrada, tanto pelas diferentes histórias de perturbação, quanto pelas características abióticas de cada área. Assim, a Área A apresenta-se mais conservada em relação à diversidade de espécies, maior altura do dossel, maiores diâmetros e maior proporção de eco-unidades maduras; a Área B é uma mata secundária ainda dominada por espécies comuns a fases sucessionais precoces, com mosaico silvático em alto dinamismo; e a Área C é uma mata altamente alterada quanto à sua estrutura e função, com grandes clareiras com alta colonização de trepadeiras e lianas, com tendência à degradação. São sugeridas alternativas de manejo para cada caso. / The seasonal semi deciduous forest fragments in São Paulo State suffered the fragmentation process mainly because agricultural and urban expansion. These remnants are very important for taxonomic and ecological studies, although they are much altered. By joining phytossociological and silvigenetic studies is possible a diagnosis of their present situation, as well as inferring about their past history and predicting their future development. The Edgardia Experimental farm, belonging to the São Paulo State University Campus, Botucatu, SP, Brazil, is located at the basaltic "cuestas". With a total surface of 1.200 ha, it preserves the biggest forest fragments of the municipality. Both fragments included in this study, Mata do Bexiguento (Site A) and Mata do Pomar Velho (Sites B and C), respectively with 303 and 53 ha of area each, have different perturbation histories. Site A was selectively logged until early 1980 decade; Site B is a 35 year-old secondary forest and Site C was also logged and burnt by forest fires. The study was made using the systematic stratified sampling, with contiguous permanent plots of 10 x 10 m, totaling 50 plots in each site and 1.5 ha of total sampling area. All individuals with height equal or over 1.30 m were marked, identified and measured (total height and DBH). For the eco-units mapping, the line intercept method was used, with 11 parallel and equidistant lines of 100 m each, distant 5 m one from the other. All dominant trees whose canopy intercepted one inventory line were marked and classified, as well as the canopy gaps were inventoried. At site A, the dominant species were Gallesia integrifolia, Astronium graveolens, Aspidosperma polyneuron e A. ramiflorum; at site B the species were Parapiptadenia rigida, Acacia polyphylla, Celtis iguanaea e Centrolobium tomentosum; at site C they were Croton floribundus, Acacia polyphylla, Tabernaemontana catharinensis e Urera baccifera. The species that were logged showed altered size class distribution: some bigger diameters were missing or there were some gaps in their size distribution. Other species were found only in the understory (>= 1.30 m height up to DAP < 5 cm). The silvatic mosaic of site A had a higher proportion of mature eco-units (37%), were in site B these ones were 34.6% of the area, while 31.3% were aggrading eco-units. In site C the highest proportion was for the aggrading eco-units (42.1%), while the mature ecounits represented only 28.8% of the forest mosaic. The results indicate successional differences among sites, due both to their different disturbance histories and also to the abiotic differences among these areas. Site A is the best conserved fragment, considering the species diversity, the taller forest canopy, larger tree diameters and highest proportion of mature eco-units. Site B is a secondary forest still dominated by species that area common in the early successional stages, with a very dynamic forest mosaic. Site C is a highly disturbed forest concerning its structure and function, with big canopy gaps and a strong lianas and vines colonization, tending to the degradation. Some management strategies are suggested for each case.

Esta pesquisa discute a obra de Jorge Guinle (1947-1987) e o diálogo que o artista travou com a pintura moderna e contemporânea brasileira e internacional. Argumenta que a pintura de Jorge Guinle, embora concentrada apenas nos últimos sete anos da vida do artista, estabeleceu um diálogo profundo com a arte do século XX, sem, com isso, deixar de se lançar a uma indagação de seu próprio tempo. / This research discusses the work of Jorge Guinle (1947-1987) and the dialogue the artist sustained with the Brazilian and international modern and contemporary painting. It argues that Jorge Guinle\'s painting, although concentrated only in the last seven years of the artist\'s life, established a profound dialogue with the art of the twentieth century, without failing, however, to undertake an investigation of its own time.

Made available in DSpace on 2016-04-26T18:13:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Norma Leonor Hall Freire.pdf: 6406046 bytes, checksum: cd28bded16f8ac7ebd6ee1cd95a0d3e9 (MD5) Previous issue date: 2013-06-24 / A text has the ability to preserve the memory of their prior contexts. Without this function there would be no Story. If a text remained in the observer's consciousness only as itself, the past would be as a mosaic of disconnected fragments. Did mine, in the approach of the Conto de Amaro, the words of Yury Lotman. The objective of the present research in relation to Conto de Amaro, a 15thcentury narrative produced in the monastery of Alcobaça in Portugal, regarded as an enigma in the context of medieval literature is, before unveiling the origins, give a voice to the narrative. For that other texts were needed. The internal element of the tale of Amaro that allows better visibility of similar situations is the distinct temporalities living in the same narrative space. The application of the comparative method to this larger constellation with the 14 texts of research support, produced an extensive network of meanings embedded in some way to the Conto de Amaro that you can call its own memory. The identification of these meanings in the communicative mediation of culture mapped by Jesús Martín-Barbero - socialibility, institutionality, technicality, and rituality- allowed an interpretation of the tale of Amaro on several levels that are its own by adding understanding the text. At the same time, generated the perception of two distinct logics operating inside and outside the text, which called for understanding. One of them, different from that which is characteristic of descriptive and explanatory thought that, somehow, can be called the language of names. The functioning of names is so different on the set of natural languages, they can be considered a separate language. Their presence, however, is sensitive in the substrate of the cultures and the heterogeneity of human consciousness. The space they inhabit is mosaicado, their temporality is distinct and their nature is symbols. In the research, I indicate its presence and made a few comments. Among the authors who helped immensely in understanding the goal I quote Jerusa Pires Ferreira, Aron Gurevitch, Claude Lévi-Strauss, Yuri Lotman, Roman Jakobson, Boris Uspenski, Vyacheslav Ivanov and Santo Amaro / Um texto tem a capacidade de preservar a memória de seus prévios contextos. Sem essa função não haveria História. Se um texto permanecesse na consciência do observador apenas como si mesmo, o passado se apresentaria a nós como um mosaico de fragmentos desconexos. Fiz minhas, na abordagem do Conto de Amaro, as palavras de Iuri Lotman. O objetivo da presente pesquisa em relação ao Conto de Amaro, uma narrativa do século XV produzida no mosteiro de Alcobaça em Portugal, considerada como um enigma no âmbito da literatura medieval é, antes que descortinar origens, dar uma voz à narrativa. Para isso outros textos foram necessários. O elemento interno do Conto de Amaro que permite melhor visibilidade de situações semelhantes é o de temporalidades distintas convivendo num mesmo espaço narrativo. A aplicação do método comparativo a essa constelação ampliada com a pesquisa de 14 textos de apoio, produziu uma ampla rede de significados incorporados de alguma forma ao Conto de Amaro e que podem ser chamados de sua memória. A identificação desses significados nas mediações comunicativas da cultura mapeadas por Jesús Martín-Barbero - socialidade, institucionalidade, tecnicidade, e ritualidade - permitiu uma interpretação do Conto de Amaro em vários níveis que lhe são próprios, acrescentando entendimento ao texto. Ao mesmo tempo, gerou a percepção de duas lógicas distintas em funcionamento dentro e fora no texto, que solicitavam compreensão. Uma delas, diferente da que é característica do pensamento descritivo e explicativo e que, de algum modo, pode ser chamada língua dos nomes próprios. O funcionamento dos nomes próprios é tão diferente no conjunto das línguas naturais, que eles podem ser considerados uma língua à parte. Sua presença, no entanto, é sensível no substrato das culturas e na heterogeneidade da consciência humana. O espaço que habitam é mosaicado, sua temporalidade é distinta e sua natureza é de símbolos. Na pesquisa que apresento, limitei-me a indicar sua presença e fiz alguns comentários. Entre os autores que auxiliaram imensamente na compreensão do objetivo cito Jerusa Pires Ferreira, Aron Gurevitch, Claude Lévi-Strauss, Iuri Lotman, Roman Jakobson, Boris Uspenski, Vyacheslav Ivanov e Santo Amaro

O estudo teve por objetivos caracterizar quantitativa e qualitativamente as principais classes taxonômicas da meso e macrofauna edáfica presentes em fragmentos de Floresta Estacional Semi Decidual (domínio de Mata Atlântica) e em diferentes modelos de reflorestamentos com espécies da Mata Atlântica. As áreas utilizadas pertencem à Faculdade de Ciências Agronômicas, UNESP, em Botucatu/SP. Os experimentos foram instalados em três solos usados intensivamente com exploração agrícola e pastagem: Nitossolo Vermelho (NV) textura argilosa, Argissolo Vermelho-Amarelo (PVA) Distrófico textura média e Latossolo Vermelho-Amarelo (LVA) Distrófico textura areia franca. O delineamento usado foi o de blocos casualizados, com três blocos e seis tratamentos. Um tratamento foi demarcado sobre floresta natural (Fragmento) e outros cinco tratamentos instalados sobre áreas revegetadas: testemunha, semeadura direta, sistema Taungya modificado, consorciação de espécies nativas de rápido crescimento com espécies comerciais para madeira e mistura de espécies nativas em modelos de plantio-restauração. As amostragens semestrais foram realizadas durante dois anos. A mesofauna foi extraída pelo método de Berleusse-Tüllgren modificado e a macrofauna pelo método dos monolitos. Os dados de densidade dos organismos foram analisados pelo teste de médias não-paramétrico de Friedman e pela análise multivariada de Agrupamento (Cluster Analysis). Nos tratamentos com cobertura vegetal mais densa e solo menos perturbado (Fragmento, Testemunha e Sem.Direta), foram verificadas as maiores densidades de organismos da meso e macrofauna edáfica. Houve uma relação direta entre a densidade de organismos e os atributos físicos e químicos dos solos; no solo mais úmido, de menor temperatura média, mais permeável, mais fértil e mais rico em matéria orgânica, NV, foram encontradas as maiores densidades de organismos da meso e macrofauna edáfica. Dentre as subordens de mesofauna, os oribatídeos foram encontrados com maior densidade em todos os solos e, os Astigmatas e Prostigmatas, em menores quantidades. Na macrofauna, o grupo das Oligochaetas foi o mais encontrado no NV, seguido do Formicidae; os grupos Isoptera, Coleoptera e Formicidae foram os mais encontrados no PVA e LVA. Independente do tipo de solo, a densidade de organismos da mesofauna edáfica foi maior no verão que no inverno. Para a macrofauna, as variações estacionais da densidade de organismos ocorreram somente no LVA, com 54% no verão, e foram influenciadas pelas condições físicas e químicas do solo. / The purposes of this study was to point out quantitaty and qualitivetely the main taxononomics classes of the meso and macrofauna soil, on fragments of Seasonal Semideciuos Tropical Forest (Atlantic Forest) and prototypes of Atlantic Fores reforestation programs, using native species. The reserched areas belong to Faculdade de Ciências Agronômicas, UNESP, located in Botucatu, SP, Brazil. The experiments took place in three different soil previously used heavily for agriculture and cattle: Alfisol clayey texture, Ultisol medium texture and Oxisol sandy texture. The experiment was marked by random blocks, with three replications and six treatments. One treatment was done over the natural forest followed by five other done over reforested lands: test, direct seeding, modified Taungya system, mix from native fast growing species with species used commercially and another mix from native species in restoration-planting model. The semestral samples were collectes for a period of two years. The Berleusse-Tüllgren modified method were used to extrat the mesofauna, and the Monolitos method to extract the macrofauna. The density data of the organisms were analyzed using the Friedman's non-parametric medias test as well as multivariate Cluster Analysis. On denser vegetation and less stressed soil (Fragment, Test and Direct Seeding), our treatment resulted on a higher density of organisms of meso and macrofauna. A relation between the density of organisms and the physical and quimical caracteristic of the soil was clearly defined: on a humid soil, low average temperature, permeable, higher degree of fertility and richer on organic matter, NV, it was detect the higher density of soil meso and macrofauna. Within the suborder of the mesofauna, the Oribatida could be found on higher density on all different types of soils and a smaller number in regards to the Astigmatas and Prostigmatas under the same circunstances. On the macrofauna, the Oligochaetas was found on higher density on the Alfisol, followed by Formicidae; the Isoptera, Coleoptera and Formicidae showes a bigger presence on the Ultisol and Oxisol. Independent of soil type, the density of soil mesofauna organisms was higher on the summer than the winter. For macrofauna, the density variation of organisms, based on the different climate seasons, ocurred only on the Oxisol, with a 54% in the summer, and had suffere the physical and quimical influence of the soil.

Esta tese propõe o desenvolvimento de SMAs centrados em organizações de forma disciplinada, mesmo nos casos em que os modelos organizacionais de agentes utilizados não estejam incorporados aos métodos oferecidos pela Engenharia de Software Orientada a Agentes (AOSE). A fim de atingir tal objetivo, esta tese adota os princípios da Engenharia de Método Situational e propõe o Ateliê Medee, que permite a composição de métodos situacionais para SMAs usando fragmentos de método adequados à situação de cada projeto. Este ateliê oferece um repositório de fragmentos de método que contempla distintas fases de desenvolvimento de um projeto, tais como elucidação de requisitos, análise, design, e implementação, envolvendo os principais componentes de um SMA, como agentes, ambientes, interações e organizações. Tal repositório contém fragmentos extraídos de diversas abordagens para o desenvolvimento de SMAs, entre elas os métodos Gaia, Tropos, Ingenias, PASSI, e os modelos organizacionais MOISE+ e OperA. Além disso, esta tese mostra como tais métodos situationais podem contribuir no estabelecimento de um ciclo de melhoria do método de desenvolvimento para SMAs. Este ciclo aplica os princípios da Engenharia de Software a fim de prover um procedimento empírico para a adaptação, avaliação e melhoria de métodos situacionais para o desenvolvimento de SMAs centrados em organizações. Dessa forma, este ciclo contribui para uma utilização mais ampla de aplicações orientadas a agentes pela indústria.de software. Finalmente, esta tese apresenta um estudo de caso conduzido para investigar o uso do Ateliê Medee na composição de métodos situacionais para SMAs. Este estudo de caso envolveu o desenvolvimento de SMAs centrados em organizações para resolver o problema proposto pelo Torneio de Programação Multiagentes usando dois métodos situacionais distintos, compostos a partir de fragmentos de método extraídos de Tropos, Gaia e MOISE+. / This thesis proposes the development of organization centered MAS in a disciplined way, even though some agent organizational models are not currently incorporated into AOSE methods. In order to do that, this thesis proposes the Medee Framework for composing MAS situational methods out of method fragments according to a given project situation, by applying the principles proposed by Situational Method Engineering. Thus, it offers a method fragment repository that covers different development phases, like requirements, analysis, design, implementation, as well as the main components of a MAS application, such as agents, environments, interactions, and organizations. Such a repository has been sourced from several MAS development approaches, as such Gaia, Tropos, Ingenias, PASSI, MOISE, and OperA. Furthermore, this doctoral dissertation shows how such MAS situational methods could contribute to establish a method improvement cycle. Such a cycle applies principles of the Software Engineering discipline to provide an empirical procedure for tailoring, evaluating, and enhancing MAS situational methods. In this way, this cycle allows the continuous improvement of the Medee Method Repository, towards a steady and well founded path for MAS method maturation and, consequently, for a broader utilization of agent-oriented software development in the software industry. Finally, this dissertation presents a case study conducted to investigate the use of the Medee Framework for composing MAS situational methods, sourced mainly from Tropos, Gaia, and MOISE+. Moreover, these situational methods were used within an improvement cycle for MAS development methods. This case study, called the USP Farmer project, involved the development of organization centered MAS to solve the problem proposed by the Multiagent Programming Contest.