[pt] Nos últimos anos surgiram novas tecnologias de sequenciamento de DNA conhecidas como NGS - Next-Generation Sequencing. Estas são responsáveis por tornar o processo de sequenciamento mais rápido e menos custoso, mas também trazem como resultado fragmentos de DNA muito pequenos, conhecidos como reads. A montagem do genoma a partir destes fragmentos é considerada um problema complexo devido à sua natureza combinatória e ao grande volume de reads produzidos. De maneira geral, os biólogos e bioinformatas escolhem o programa montador de sequências sem levar em consideração informações da eficiência computacional ou da qualidade biológica do resultado. Esta pesquisa tem como objetivo auxiliar aos usuários biólogos a avaliar a qualidade dos resultados da montagem. Primeiramente, foi projetada e desenvolvida uma metodologia para obter informações dos genes presentes na montagem, listando os genes que podem ser identificados, aqueles que têm o tamanho correto e a sequência de pares de bases correta. Em segundo lugar, foram realizados testes experimentais exaustivos envolvendo cinco dos principais montadores de genoma conhecidos na literatura os quais são baseados no uso de grafos de Bruijn e oito genomas de bactérias. Foram feitas comparações estatísticas do resultado usando as ferramentas QUAST e REAPR. Também foram obtidas informações qualitativas dos genes usando o algoritmo proposto e algumas métricas de eficiência. Em função dos resultados coletados, é feita uma análise comparativa que permite aos usuários conhecer melhor o comportamento das ferramentas consideradas nos testes. Por fim, foi desenvolvida uma ferramenta que recebe diferentes resultados de montagens de um mesmo genoma e produz um relatório qualitativo e quantitativo para o usuário interpretar os resultados de maneira integrada. / [en] New DNA sequencing technologies, known as NGS - Next-Generation Sequencing, are responsible for making the sequencing process more efficient. However, they generate a result with very small DNA fragments, known as reads. We consider the genome assembly from these fragments a complex problem due to its combinatorial nature and the large volume of reads produced. In general, biologists and bioinformatics experts choose the sequence assembler program with no regard to the computational efficiency or even the quality of the biological result information. This research aims to assist users in the interpretation of assembly results, including effectiveness and efficiency. In addition, this may sometimes increase the quality of the results obtained. Firstly, we propose an algorithm to obtain information about the genes present in the result assembly. We enumerate the identified genes, those that have the correct size and the correct base pair sequence. Next, exhaustive experimental tests involving five of the main genome assemblers in the literature which are based on the use of graphs of Bruijn and eight bacterial genomes data set were ran. We have performed statistical comparisons of results using QUAST and REAPR tools. We have also obtained qualitative information for the genes using the proposed algorithm and some computational efficiency metrics. Based on the collected results, we present a comparative analysis that allows users to understand further the behavior of the tools considered in the tests. Finally, we propose a tool that receives different assemblies of the same genome and produces a qualitative and quantitative report for the user, enabling the interpretation of the results in an integrated way.

[pt] Esta tese se propõe à construção de uma perspectiva teórica que observe as aporias e antinomias reveladas pelo regime contemporâneo das imagens. As imagens constituem um ponto de peculiar fricção e desconforto junto às ciências humanas, não só como um tópico de estudo, mas como característica cultural divisada. Esse campo vem se definindo de modo interdisciplinar e alargando sua perspectiva na linha de pesquisa denominada Cultura Visual (Visual Culture). T.W. Mitchell fala de um pictorial turn ou inclusive um visual turn que estariam relacionados com um enfoque apoiado por infiltrações mútuas entre duas epistemologias, a visual e a linguística, o que problematiza a premissa naturalizada de se entender o ato interpretativo como o núcleo da competência profissional dos especialistas de nossa área. As imagens ou as visualidades demandam seus próprios modos de análise e exigem do investigador um tratamento operacional e uma consequente definição de termos que suportem suas particularidades. Ao tópico, acrescenta-se a reinstalação warburguiana que coincide, não por acaso, com este giro e induz à pesquisa fundamental atenção em algumas vertentes heurísticas do trabalho de Aby Warburg, pensador alemão que ao princípio do século XX explorou um campo de inter-relações entre a antropologia, imagens e arte. No exemplo do projeto Der Bilderatlas Mnemosyne, antecipa-se a reflexão atual. As proposições de Warburg, bem como as pesquisas teóricas de importante exegeta de sua obra George Didi-Huberman, buscam entender qualquer imagem como um cruzamento de múltiplas migrações – tanto em seu modelo de tempo, Nachleben, como em seu modelo de sentido, Pathosformel – e oferecem ferramenta metodológica central a essa investigação. A partir de uma moldura teórica sistêmica, a tese enfoca o projeto de artistas visuais, como Harun Farocki, cujo trabalho realiza uma arqueologia do saber visual através da prospecção e montagem de tempos heterogêneos, mediante imagens animadas por uma energia expressiva e por uma enorme espessura histórico-cultural. A análise desses agenciamentos procura delinear sua inserção ambivalente na cena contemporânea em que o sistema de comunicação impõe-se como força estruturante de novas formas de socialização através de práticas culturais e tecnologia, com amplas consequências para o campo humanístico, oferecendo enfoques inovadores à dinâmica de articulação de formas de vida e de cultura com as tecnologias de imediação. A dimensão transnacional do tráfico e da produção de imagens situa a imagem no centro dos debates sobre o papel da representação nas culturas globais. Estas questões poderiam cumprir-se em dois problemas fundamentais, a hibridação dos campos disciplinares e a relação entre a imagem e o arquivo com relação à memória, à história, à justiça. No horizonte destes problemas, o objetivo da tese é distinguir o papel constitutivo das sobrevivências (Nachleben) na dinâmica da imaginação ocidental e as funções politicas dos agenciamentos memorialísticos de que se revelam portadores. / [es] Esta tesis se propone a la construcción de una perspectiva teórica que amaitine las aporías y antinomias reveladas por el régimen contemporáneo de imágenes. Las imágenes son un punto de fricción y desasosiego junto de las ciencias humanas, no sólo como un tema de estudio, sino como característica cultural percebida. Este campo se ha definido de manera interdisciplinaria y amplía su perspectiva a una línea de investigación denominada Cultura Visual (Visual Culture). T. W. Mitchell habla de un pictorial turn o incluso un visual turn que estarían relacionados con un enfoque respaldado por infiltraciónes recíprocas entre dos epistemologías, visual y lingüística, lo que cuestiona la premisa naturalizada de comprender el acto interpretativo como el núcleo de la competencia profesional de los especialistas en nuestra área. Las imágenes o visualidades exigen sus propios modos de análisis y requieren del investigador un tratamiento operativo y una consecuente definición de términos que sostenga sus particularidades. Al tema, se suma la reinstalación warburguiana que coincide, no por causalidad, con este giro e induce a investigación fundamental atención sobre la figura y algunas vertientes heurística del trabajo de Aby Warburg, pensador alemán que exploró a principios del siglo XX, un campo de interrelaciones entre antropología, imágenes y arte. En el exemplo Der Bilderatlas Mnemosyne, se anticipa todo una reflexión actual. Las proposiciones de Warburg, así como la investigación teórica de importante exégeta de su obra George Didi-Huberman buscan entender cualquier imagen como un cruce de múltiples migraciones – tanto en su modelo de tiempo, Nachleben, como en su modelo de sentido, Pathosformel – y ofrecen herramienta metodológica central a esta investigación. Desde un marco teórico sistémico, la tesis enfoca el proyecto de artistas visuales, como Harun Farocki, cuyo trabajo realiza una arqueología del saber visual a través de la prospección y montaje de tiempos heterogéneos, mediante imágenes animadas por una potencia expresiva y por un enorme espesor histórico-cultural. La análisis de estos agenciamientos busca delinear su inserción ambivalente en la escena contemporánea, donde se impone el sistema de comunicación como una fuerza estructurante de nuevas formas de socialización a través de prácticas culturales y tecnología, con amplias consecuencias para el campo humanístico, ofrecendo enfoques innovadores a dinámica de articulación de formas de vida y de cultura con las tecnologías de inmediación. La dimensión transnacional del tráfico y la producción de imágenes situa la imagen en el centro de los debates sobre el papel de la representación en las culturas globales. Estas cuestiones podrían cumplirse en dos problemas fundamentales, la hibridación de los campos disciplinarios, la relación entre la imagen y el archivo con respecto a la memoria, la historia, la justicia. En el horizonte de estos problemas, el objetivo de este trabajo consiste en distinguir el papel constitutivo de supervivencias (Nachleben) en la dinámica de la imaginación occidental y las funciones políticas de los agenciamientos de que se revelan portadores.

[pt] A montagem de fragmentos de sequências biológicas é um problema fundamental na bioinformática. Na montagem de tipo De Novo, onde não existe um genoma de referência, é usada a estrutura de dados do grafo de Bruijn para auxiliar com o processamento computacional. Em particular, é necessário considerar um conjunto grande de k-mers, substrings das sequências biológicas. No entanto, a construção deste grafo tem grande custo computacional, especialmente muito consumo de memoria principal, tornando-se inviável no caso da montagem de grandes conjuntos de k-mers. Há soluções na literatura que utilizam o modelo de memória externa para conseguir executar o procedimento. Porém, todas envolvem alta redundância nos cálculos envolvendo os k-mers, aumentando consideravelmente o número de operações de E/S. Esta tese propõe uma nova abordagem para a construção do grafo de Bruijn que torna desnecessária a geração de todos os k-mer. A solução permite uma redução dos requisitos computacionais e a viabilidade da execução, o que é confirmado com os resultados experimentais. / [en] Fragment assembly is a current fundamental problem in bioinformatics. In the absence of a reference genome sequence that could guide the whole process, a de Bruijn Graph data structure has been considered to improve the computational processing. Notably, we need to count on a broad set of k-mers, biological sequences substrings. However, the construction of de Bruijn Graphs has a high computational cost, primarily due to main memory consumption. Some approaches use external memory processing to achieve feasibility. These solutions generate all k-mers with high redundancy, increasing the number of managed data and, consequently, the number of I/O operations. This thesis proposes a new approach for de Bruijn Graph construction that does not need to generate all k-mers. The solution enables to reduce computational requirements and execution feasibility, which is confirmed with the experimental results.

[pt] Avanços tecnológicos recentes, tanto nos métodos de sequenciamento quanto nos algoritmos de montagem de fragmentos, têm facilitado a reconstrução de todo o DNA de espécies sem a necessidade de um genoma de referência. A montagem da cadeia completa envolve a leitura um grande volume de fragmentos do genoma (short reads), um desafio significativo em termos computacionais. Todos os principais algoritmos de montagem de fragmentos existentes têm como gargalo principal o alto consumo de memória principal. Consonante a isso, essa dissertação de mestrado visa estudar a implementação de um destes algoritmos, Velvet, que é amplamente usado e recomendado. A mesma possuiu um módulo, VelvetH que realiza um pré-processamento dos dados com o intuito de reduzir o consumo de memória principal. Após um estudo minucioso do código e alternativas de melhorias, foram feitas alterações pontuais e proposta uma solução com persistência de dados em memória secundária visando obter eficácia e robustez. / [en] Recent technological advances, both in assembly algorithms and in sequencing methods, have enabled the reconstruction of whole DNA even without a reference genome available. The assembly of the complete chain involves reading a large volume of genome fragments, called short-reads, which makes the problem a significant computational challenge. A major bottleneck for all existing fragmentassembly algorithms is the high consumption of RAM. This dissertation intends to study the implementation of one of these algorithms, called Velvet, which is widely used and recommended. The same possessed a module, VelvetH that performs a pre-processing data with the aim of reducing the consumption of main memory. After a thorough study of code improvements and alternatives, specific changes have been made and proposed a solution with data persistence in secondary memory in order to obtain effectiveness and robustness.

[pt] Em 2011, Kenneth Goldsmith, poeta, artista e professor da Universidade da Pensilvânia, lançou o livro Uncreative Writing, que poderíamos traduzir como escrita não-criativa ou escrita recriativa , para designar o processo de trabalho que resulta em obras textuais cujos textos, porém, não foram originalmente escritos por seus autores, mas sim reescritos ou transcritos a partir de fontes – sem mudanças no texto original – ou editadas e rearranjadas por meio da descontextualização e recontextualização desses textos pré-existentes. A dissertação utiliza-se desse conceito, assim como o de gênio não-original , de Marjorie Perloff, e o de pós-produção , de Nicolas Bourriaud, para analisar a figura do escritor-apropriador e as consequências, na atualidade, dos procedimentos de seleção e deslocamento no que diz respeito à questão da autoria: trata-se de verificar como tais práticas operam a quebra de fronteiras entre as posições de leitor e autor. Pretende-se investigar também de que maneira as obras selecionadas como corpus propõe formas não tradicionais de construir escrita e leitura, e suas relações com as artes plásticas e as novas ferramentas tecnológicas. / [en] In 2011, the poet, artist and University of Pennsylvania teacher Kenneth Goldmisth launched the book Uncreative Writing, in which he designates the processes that leads to literary works where the text is not originally written by the author, but rewritten or transcript from pre-existant fonts – with no change in the original text – or edited and rearranged by descontextualization and recontextualization of these found texts. The dissertation makes use of this concept, as well as of unoriginal genius , by Marjorie Perloff, and post- -production , by Nicolas Bourriaud, to analyze the figure of the writerappropriator and the consequences, today, of the procedures of selection and displacement in relation to the ideia of authorship. The work verifies how those practices operate a fracture in the borders between the reader and the author positions. Also, the dissertation intends to investigate how the literary works on the selected corpus propose non-traditional ways of reading and writing, and how they relate to the plastic arts and the new technological tools.

[pt] Esta tese realiza análise crítica da Getty Images a fim de compreender atualizações de procedimentos de vigilância e controle perpetrados no campo da publicidade. Parte-se da arqueologia das mídias em busca por especificidades do banco de dados audiovisual para compreender protocolos próprios do ambiente virtual organizados a partir da lógica da invisibilidade. Através da análise semiótica de cinco filmes publicitários produzidos para marca pela agência publicitária brasileira, AlmapBBDO, é possível identificar de forma mais aprofundada estratégias de comunicação de valores e princípios da Getty Images. Em consonância com técnicas de montagem, diálogo com linguagem fragmentada e a partir da reapropriação de conteúdo audiovisual são produzidos pequenos vídeos-ensaios que visam revisitar e explorar paradigmas da imagem, bem como contribuir na reflexão do potencial latente dos bancos de dados audiovisual. Concomitantemente, é apresentada a perspectiva de construção criativa de monstros como estratégia publicitária cada vez mais recorrente como etapa da produção audiovisual. Além disso, é desenvolvida uma aproximação entre técnicas cinematográficas e publicitárias que busca sublinhar hibridismos e possíveis interconexões entre as duas áreas. Por fim, são apresentados exemplos que apontam possíveis utilizações da publicidade como forma de resistência e promotora de reflexão crítica diante de conjunturas norteadas por preceitos exclusivamente capitalistas. / [en] This thesis conducts a critical analysis of Getty Images to understand updates to surveillance and control procedures carried out in the field of advertising. It starts from the media archeology in search of specificities of the audiovisual database to understand protocols proper to the virtual environment that are often organized based on the logic of invisibility. Through the semiotic analysis of five advertising films produced for the brand by the Brazilian advertising agency, AlmapBBDO, it is possible to identify in more depth strategies for communicating Getty Images values and principles. In line with montage techniques, dialogue with fragmented language and from the re-appropriation of audiovisual content, small video-essays are produced that aim to revisit and explore paradigms of the image, as well as contribute to the reflection of the latent potential of audiovisual databases. Concomitantly, the prospect of creative construction of monsters is presented as an increasingly recurring advertising strategy as a stage of audiovisual production. Also, an approach is developed between cinematographic and advertising techniques that seeks to underline hybridism and possible interconnections between the two areas. Finally, examples are presented that point to potential uses of advertising as a form of resistance and to promote critical reflection in front of circumstances exclusively guided by capitalist precepts.

[pt] A presente tese trata de técnicas de baixo custo econômico, acessíveis à população e adequadas ao emprego de materiais que possam ser utilizados em seu estado natural, com pouco beneficiamento. O bambu, a terra crua e as fibras e resinas vegetais, são basicamente os materiais utilizados. Primeiramente foram realizados e testados objetos experimentais para funcionar como elementos de vedações, de cobertura, de sobrecobertura, de proteção externa – brise-soleil e arcos estruturais. Em seguida descreve o aperfeiçoamento de processos de encapsulamento do bambu em desenvolvimento no Laboratório de Investigação Livre Desenho da PUC-Rio. Dando continuidade ao trabalho sobre essas técnicas construtivas, a partir da manipulação de uma determinada bolha de sabão, foi elaborada uma série de modelos experimentais mecânicos e virtuais para uma sala multiuso de 7,70m x 6,00m de base, com altura de 3,20m, feita de fitas de bambu, mantas de barro cru, fibras e resinas vegetais. Na geometria destes modelos, paredes e cobertura se fundem em uma superfície contínua, com duas camadas superpostas, espaçadas e interligadas, formando uma casca que se apoia em toda a extensão do seu perímetro. A seguir, foi feita uma construção em escala real em que fitas de bambu descreviam a geometria base da bolha para testarmos de maneira não instrumentalizada possibilidades de montagem e desmontagem e os índices de resistência devidos ao particular formato da bolha. Finalmente, baseado neste último experimento, são apresentadas soluções gerais inovadoras para o conforto higrotérmico em climas tropicais úmidos que substituem a estratégia da inércia térmica dos materiais espessos e pesados pela leveza de uma dupla casca estrutural que abriga câmaras de ar ventiladas em seu interior. / [en] This thesis studies low cost building techniques that are accessible to a wide range of population groups and are suitable for the use of materials in their natural state with little or no processing. The materials used are basically bamboo, raw earth and vegetable fibers and resins. First a series of tests were carried out with experimental objects to assess suitability for use as sealants, covering, outer covering and external protection – brise –soleil panels and structural arches. Following this, we describe the perfecting of the bamboo coating process in progress the Free Design Laboratory of Rio’s Catholic University. Building on these construction techniques, inspired by the manipulation of a soap bubble a series of experimental mechanical and virtual models were elaborated for a multi-use space measuring 7.7m by 6m at the base with a height of 3.2m, made of bamboo tapes, with a raw earth, fiber and resin covering. In the geometry of these models the walls and covering are a continuous surface with two layers one on another, separated but interconnected. In this way the outer wall is formed which extends over and is supported by the entire perimeter of the structure. The following step was to make a full scale construction in which bamboo tapes were used to form the geometric shape of the base of the bubble in order to do practical tests of the possibilities of assembly and disassembly of such a structure. Tests were also done on the resistance factors afforded by the singular bubble format. Finally, based on the previous experiment we present innovative solutions to the problem of hygrothermic comfort in humid tropical climates which substitute the thermal inertia strategy of thick, heavy building materials with the lightness of a double outer layer that holds ventilated air chambers between these layers.

[pt] Esta dissertação parte do pressuposto de que os regimes de visibilidade apontados por Jacques Rancierè e o conceito de montagem de Didi-Huberman oferecem instrumentos para a análise do texto Desmedida, de 2006, de Ruy Duarte de Carvalho. O objetivo central desta dissertação é o de evidenciar que esta produção artística se afirma, ao mesmo tempo, como instrumento de escrita interventiva, inspirada por três racionalidades distintas: política, pastoril e fílmica. Para tal fim, percebe-se esta objetivação artística como espaço de resistência, reação e enfrentamento de racionalidades hegemônicas e suas imagens discursivas, produzidas para limitar existências em diferentes etapas da experiência colonial, permanecendo ainda como colonialidades contemporâneas. / [en] This dissertation starts from the Jacques Rancierè s visibility regimes and from the Didi-Huberman s concept of montage to the analysis of the text Desmedida, 2006, by Ruy Duarte de Carvalho. The central objective is to evidence this artistic production like an instrument of interventional writing, inspired by three different logics: political, native communities and cinematographic. For that purpose, it s noted that artistic manifestation as a space of resistance, reaction and confrontation to discursive images generated with the intention of limiting existences in different times of the colonial domination, as well as the contemporary colonialities.

[pt] Na dissertação, busca-se verificar, partindo da trilogia As Mil e Uma Noites – O inquieto (Vol. 1), O desolado (Vol. 2) e O encantado (Vol. 3) –, dirigida pelo cineasta português Miguel Gomes, como a obra trata o processo da montagem para pensar as questões políticas de Portugal. Abordaremos a montagem como uma prática de construção do pensamento – a partir de Didi- Huberman – para além de uma etapa da produção fílmica. Cabe aqui refletir, em que medida, através de elementos heterogêneos como a utilização do livro como dispositivo narrativo, o cenário, a escolha de atores e não-atores e o embaralhamento entre a realidade e a ficção, os filmes produzem o dissenso (no sentido de Jacques Rancière) fazendo pensar as relações entre estética e política. Nossa hipótese é de que esses filmes retomam lugares concretos para reconstruílos de forma inventiva, forjando a possibilidade de um espaço em que a esfera coletiva tenha peso efetivo – tensionando assim as relações de poder estabelecidas. / [en] Having the trilogy As mil e uma Noites: O inquieto (Vol. 1), O desolado (Vol. 2) e O encantado (Vol. 3) [Arabian nights: The restless ones (Vol. 1), The desolate one (Vol. 2) and The enchanted one (Vol.3) directed by the Portuguese movie maker Miguel Gomes as a starting point, this research aims to analyze how his work deals with the editing process as a tool to think over political issues in Portugal. From Didi-Huberman perspective, the editing as a thought-building practice will be dealt as beyond a mere phase of the movie production. At this point, reflections can be made on what extent the usage of heterogeneous elements, such as the use of the book as a narrative device, the setting, the choice of actors and non-actors, and the shuffle between reality and fiction, films can produce dissent (as in Jacques Rancière) and, as a result, leading to reflections about the relationship between aesthetics and politics. The hypothesis is that these pictures have their take on certain concrete places by rebuilding them inventively, thus enabling a modulate space in which the collective sphere has an effective weight able on tensing the established power relations.

[pt] Ao longo da história a engenharia de fluidos vem se mostrado como uma das áreas mais importantes da engenharia devido ao seu impacto nas áreas de transporte, energia e militar. A medição de campos de velocidade, por sua vez, é muito importante para estudos nas áreas de aerodinâmica e hidrodinâmica. As técnicas de medição de campo de velocidade em sua maioria são técnicas ópticas, se destacando a técnica de Particle Image Velocimetry (PIV). Por outro lado, nos últimos anos importantes avanços na área de visão computacional, baseados em redes neurais convolucionais, se mostram promissores para a melhoria do processamento das técnicas ópticas. Nesta dissertação, foi utilizada uma abordagem híbrida entre correlação cruzada e cascata de redes neurais convolucionais, para desenvolver uma nova técnica de PIV. O projeto se baseou nos últimos trabalhos de PIV com redes neurais artificiais para desenvolver a arquitetura das redes e sua forma de treinamento. Diversos formatos de cascata de redes neurais foram testados até se chegar a um formato que permitiu reduzir o erro em uma ordem de grandeza para escoamento uniforme. Além do desenvolvimento da cascata para escoamento uniforme, gerou-se conhecimento para fazer cascatas para outros tipos de escoamentos. / [en] Throughout history, fluid engineering is one of the most important areas of engineering due to its impact in the areas of transportation, energy and the military. The measurement of velocity fields is important for studies in aerodynamics and hydrodynamics. The techniques for measuring the velocity field are mostly optical techniques, with emphasis on the PIV technique. On the other hand, in recent years, important advances in computer vision, based on convolutional neural networks, have shown promise for improving the processing of optical techniques. In this work, a hybrid approach between cross-correlation and cascade of convolutional neural networks was used to develop a new PIV technique. The project was based on the latest work of PIV with an artificial neural network to develop the architecture of the networks and their form of training. Several cascade formats of neural networks were tested until they reached a format that allowed the error to be reduced by an order of magnitude for uniform flow. In addition to the development of the cascade for uniform flow, knowledge was generated to make cascades for other types of flows.