Submitted by BRUNA NICOLETI SANTANA null (brunanicoleti.ata@hotmail.com) on 2018-01-03T20:39:17Z No. of bitstreams: 1 Defesa Final (revisado) - Bruna 2017.docx: 1811276 bytes, checksum: b32071976cc79d8b95968a135760d1b6 (MD5) / Rejected by Ederson Vasconcelos Pereira null (edersonpereira@fmva.unesp.br), reason: Falta o certificado de Aprovação com a data da Defesa. Favor colocar o Certificado e fazer as alterações quanto à bolsa FAPESP. on 2018-01-08T13:19:20Z (GMT) / Submitted by BRUNA NICOLETI SANTANA null (brunanicoleti.ata@hotmail.com) on 2018-01-08T16:35:49Z No. of bitstreams: 1 Defesa Final (revisado) - Bruna 2017.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) / Approved for entry into archive by Ederson Vasconcelos Pereira null (edersonpereira@fmva.unesp.br) on 2018-01-08T19:37:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santana_bn_me_araca_int.pdf.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-08T19:37:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santana_bn_me_araca_int.pdf.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) Previous issue date: 2017-12-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivou-se determinar a ocorrência de Cryptosporidium spp. em amostras de fezes de galinha doméstica em criações extensivas, semiextensivas e intensivas, no Estado de São Paulo, e avaliar três protocolos da reação em cadeia pela polimerase (nested PCR) para diagnóstico de Cryptosporidium spp. A purificação e concentração dos oocistos presentes em amostras fecais provenientes de 190 aves foram realizadas por meio de centrífugo-flutuação em solução de Sheather. As amostras foram submetidas à extração do DNA genômico dos oocistos e submetidas à pesquisa de Cryptosporidium spp. utilizando três protocolos de nested PCR para amplificação de fragmento parcial do gene da subunidade 18S do rRNA (18S rRNA), seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados. Os resultados obtidos pelos três protocolos de nested PCR foram analisados pelo teste de McNemar e pelo índice de correlação Kappa. As amostras que foram identificadas como Cryptosporidium meleagridis ou Cryptosporidium sp., pela análise do gene 18S rRNA, foram submetidas à caracterização adicional por meio de subgenotipagem de C. meleagridis pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene GP60 ou pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene da actina, respectivamente. A positividade total para Cryptosporidium (total de amostras positivas em pelo menos um método diagnóstico) obtida pela nested PCR foi de 12,6% (24/190), com identificação de Cryptosporidium baileyi (9,47%; 18/190), C. meleagridis (0,53%; 1/190), Cryptosporidium parvum (2,1%; 4/190) e Cryptosporidium sp. (0,53%; 1/190). A subgenotipagem de C. meleagridis revelou a presença do subtipo zoonótico IIIgA23G3R1. A análise do gene da actina permitiu a identificação de um novo genótipo de Cryptosporidium, em uma ave de criação extensiva, relacionado geneticamente com Cryptosporidium bovis e Cryptosporidium xiaoi. A análise de regressão logística não revelou diferenças significativas nas taxas de detecção de Cryptosporidium associadas aos diferentes sistemas de produção (extensivo, semi-intensivo e intensivo). Em comparação com frangos de corte, houve maior probabilidade de que as aves de postura e as aves de criações mistas fossem positivas para Cryptosporidium. Não houve diferença significativa na frequência de resultados positivos obtidos pelos três protocolos de nested PCR (p> 0,05); a concordância obtida pelo índice Kappa variou de substancial (0,70) a quase perfeita (0,9). / The objective of this study was to determine the occurrence of Cryptosporidium spp. in domestic chickens raised in different chicken production systems in Brazil using three nested PCR protocols. The purification and concentration of oocysts present in 190 fecal samples from chickens raised in extensive, semi-intensive and intensive production systems were accomplished by centrifugal flotation in Sheather's solution and were followed by the extraction of genomic DNA. The detection and molecular characterization of Cryptosporidium species and genotypes were performed using three nested polymerase chain reaction (nested PCR) protocols targeting the 18S rRNA gene followed by sequencing of the amplified fragments. The results obtained by the three nested PCR reactions were analyzed using the McNemar test and the Kappa correlation index. Subgenotyping of Cryptosporidium meleagridis was performed using a nested PCR reaction targeting the gp60 gene. Samples identified as Cryptosporidium sp. genetically similar to Cryptosporidium xiaoi and Cryptosporidium bovis by 18S rRNA gene sequencing were further analyzed by nested PCR targeting the actin gene and subsequent sequencing of the amplified fragment. The overall positivity for Cryptosporidium spp. (total samples positive in at least one protocol) from the nested PCR results was 12.6% (24/190), including Cryptosporidium baileyi (9.47%; 18/190), C. meleagridis (0.53%, 1/190), Cryptosporidium parvum (2.1%; 4/190) and Cryptosporidium sp. (0.53%; 1/190). Subgenotyping of C. meleagridis revealed the presence of the zoonotic subtype IIIgA23G3R1. Sequencing of the 18S rRNA gene and the actin gene fragments revealed a new Cryptosporidium genotype in an extensive poultry system genetically related to C. xiaoi and C. bovis. Logistic regression analysis did not reveal significant differences in the rates of Cryptosporidium detection associated with the variable production system (extensive, semi-intensive and intensive). In comparison to broiler chickens, there were higher odds for layer chickens and mixed chickens to be positive for Cryptosporidium. There was no significant difference in the frequency of positive results obtained by the three nested PCR protocols (p> 0.05); additionally, the agreement obtained by Kappa index ranged from substantial (0.70) to almost perfect (0.9). / FAPESP: 15/26334-8.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-12Bitstream added on 2014-06-13T19:22:54Z : No. of bitstreams: 1 denadai_jc_dr_botfmvz.pdf: 327692 bytes, checksum: 619fd10d64a697300791c47d55c4cc4e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / The aim of this study was to trace the inclusion of bovine meat and bones meal (BMBM) in diets of laying hens analyzing eggs and theirs fractions (yolk and albumen), by carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) stable isotopes, as well as to evaluate the detectable analytical minimal index. Two hundred forty (240) Shaver White laying hens aging 73 weeks never fed with animal origin ingredients were randomly distributed in five treatments and fed with a corn and soybean based diet (control) and four increasing levels (0; 1.5; 3.0; 4.5 and 6.0%) of BMBM. At the 35th day, 24 eggs per treatment were randomly collect, twelve for yolk and albumen sampling and twelve for egg (yolk + albumen) sampling. The isotopic results were analyzed in a multivariate analysis of variance. Through an error matrix (95% confidence) the ellipses were determined to identify the differences among the treatments (diets BMBM inclusion) from the control group (0% BMBM group). It was possible to detect BMBM inclusion through the isotopic pair of yolk and egg at 3.0% of inclusion. In the albumen it was possible to detect the 1.5% BMBM inclusion. In summary, the stable isotopes technique is able to trace BMBM in laying hens feed, in the final product at a minimal level of inclusion of 1.5% in the albumen and 3.0% in the egg and yolk.

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Coorientador: Alex Akira Nakamura / Banca: Gisele Fabrino MAchado / Banca Weslen Fabricio Pires Teixeira / Resumo: Objetivou-se determinar a ocorrência de Cryptosporidium spp. em amostras de fezes de galinha doméstica em criações extensivas, semiextensivas e intensivas, no Estado de São Paulo, e avaliar três protocolos da reação em cadeia pela polimerase (nested PCR) para diagnóstico de Cryptosporidium spp. A purificação e concentração dos oocistos presentes em amostras fecais provenientes de 190 aves foram realizadas por meio de centrífugo-flutuação em solução de Sheather. As amostras foram submetidas à extração do DNA genômico dos oocistos e submetidas à pesquisa de Cryptosporidium spp. utilizando três protocolos de nested PCR para amplificação de fragmento parcial do gene da subunidade 18S do rRNA (18S rRNA), seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados. Os resultados obtidos pelos três protocolos de nested PCR foram analisados pelo teste de McNemar e pelo índice de correlação Kappa. As amostras que foram identificadas como Cryptosporidium meleagridis ou Cryptosporidium sp., pela análise do gene 18S rRNA, foram submetidas à caracterização adicional por meio de subgenotipagem de C. meleagridis pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene GP60 ou pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene da actina, respectivamente. A positividade total para Cryptosporidium (total de amostras positivas em pelo menos um método diagnóstico) obtida pela nested PCR foi de 12,6% (24/190), com identificação de Cryptosporidium baileyi (9,47%; 18/190), C. meleagridis ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to determine the occurrence of Cryptosporidium spp. in domestic chickens raised in different chicken production systems in Brazil using three nested PCR protocols. The purification and concentration of oocysts present in 190 fecal samples from chickens raised in extensive, semi-intensive and intensive production systems were accomplished by centrifugal flotation in Sheather's solution and were followed by the extraction of genomic DNA. The detection and molecular characterization of Cryptosporidium species and genotypes were performed using three nested polymerase chain reaction (nested PCR) protocols targeting the 18S rRNA gene followed by sequencing of the amplified fragments. The results obtained by the three nested PCR reactions were analyzed using the McNemar test and the Kappa correlation index. Subgenotyping of Cryptosporidium meleagridis was performed using a nested PCR reaction targeting the gp60 gene. Samples identified as Cryptosporidium sp. genetically similar to Cryptosporidium xiaoi and Cryptosporidium bovis by 18S rRNA gene sequencing were further analyzed by nested PCR targeting the actin gene and subsequent sequencing of the amplified fragment. The overall positivity for Cryptosporidium spp. (total samples positive in at least one protocol) from the nested PCR results was 12.6% (24/190), including Cryptosporidium baileyi (9.47%; 18/190), C. meleagridis (0.53%, 1/190), Cryptosporidium parvum (2.1%; 4/190) and Cryptosporidium sp.... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Coorientador: Mônica Corrêa Ledur / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: Galinhas são responsáveis por significativa parcela da produção de proteína para o consumo humano no mundo, movimentando a economia de diversos países. Com desenvolvimento de tecnologias de genotipagem de polimorfismos com painéis de alta densidade tornou-se possível a realização de estudos de associação ampla do genoma (GWAS) com características de importância econômica para a indústria avícola e também sua incorporação como ferramenta em estudos de conservação genética e de estrutura populacional em frangos de corte. No presente estudo objetivou-se avaliar a estrutura populacional de uma linhagem de frangos de corte por meio da análise conjunta de informações do desequilíbrio de ligação (DL), tamanho efetivo populacional (Ne), coeficiente de endogamia e segmentos de homozigose (ROH) e realizar GWAS com características de eficiência alimentar e crescimento. Para isso foram utilizadas 1.433 aves provenientes da expansão de uma linha paterna de frangos de corte genotipadas com o painel 600K Affymetrix® Axiom® HD (Affymetrix®). No controle de qualidade, foram excluídos SNPs com "call rate" abaixo de 98%, desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (p-valor ≤ 10-6) e cuja frequência do alelo raro foi inferior a 2%, utilizando-se apenas os cromossomos GGA1 ao GGA28 para o estudo da estrutura populacional. Para o estudo de GWAS foram utilizados os cromossomos autossômicos e grupos de ligação (programas SNP1101 e QxPak) e cromossomo sexual Z (programa QxPak). O control... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Chickens are responsible for a significant portion of protein production for human consumption in the world, moving the economy of many countries. The development of high-density arrays made possible the genome-wide association study (GWAS) for economic important traits to the poultry industry as well as its incorporation as a tool for genetic conservation and population structure studies in broilers. The present study aimed to evaluate the population structure of a broiler line of through the joint analysis of linkage disequilibrium (LD), effective population size (Ne), inbreeding coefficient and runs of homozygosity (ROH), and performing GWAS with growth and feed efficiency traits in a population from a male broilers line. A total of 1,433 birds were used from an expansion population of a paternal broiler line genotyped with 600K Affymetrix® Axiom® HD array (Affymetrix®). The genotype quality control considered the exclusion of single nucleotide polymorphisms (SNPs) with call rate below 98%, based on the deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (p ≤ 1x10-6), and minor allele frequency was lower than 2%, using only Gallus gallus autosomes (GGA1 to GGA28) for the population structure study, and all autosomes, linkage groups and Z chromosome sex for GWAS. Quality control samples considered the exclusion of individuals who had SNPs call rate below 90%. The LD was calculated by Plink v.1.9 software using the correlation between two consecutive SNPs (r²). From the LD data was calculated Ne up to 200 generations ago using SNP1101 v.1.0 software. The ROH were identified using Plink v.1.9 software, which considered segments of at least 100 SNPs with a minimum length of 1,000 kb, and allowed the presence of a heterozygous SNP and the absence of one SNP in a window 100 SNPs. The GWAS analysis was performed using SNP1101 v.1.0 and QxPak 5.0 softwares ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Atualmente, o Brasil é o segundo maior produtor e exportador mundial de frango. Doenças respiratórias compreendem o principal problema sanitário e levam à condenação de um grande número de carcaças, além de perdas na produtividade. Dentre estes problemas, o vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) tem adquirido grande importância nos últimos anos, devido a surtos da doença clínica, como em Bastos (SP) em 2002. Mais recentemente, VLTI vem sendo isolado de galinhas e perus das regiões Sudeste-Sul do Brasil. Dando continuidade aos trabalhos desenvolvidos no laboratório, um isolado de peru foi inoculado experimentalmente em galinhas e perus susceptíveis reproduzindo a doença de forma branda em ambas as espécies. Também foram testados diferentes cultivos celulares de linhagem CER, CEC-32, HD11, Vero e um primário de embrião de galinha para a efetiva replicação do ILTV, com o propósito de aumentar o título viral e a qualidade do DNA viral extraído. O cultivo primário de fibroblasto de embrião de galinha foi o cultivo mais eficiente na replicação do ILTV dentre todos os estudados. Isolados de perus e galinhas foram seqüenciados a partir das regiões genômicas da timidina kinase e glicoproteína C, e alinhados com uma cepa vacinal e amostras de referência, obtidas no GenBank, demonstrando alta similaridade entre as amostras, sugerindo uma origem comum recente. Com o propósito de desenvolvimento de um recombinante com deleção da glicoproteína E, com o objetivo de atenuar a virulência do ILTV, foi concluído um cassete de clonagem contendo as regiões flanqueadoras da glicoproteína E e um gene marcador EGFP. / Actually, Brazil is the second major poultry producer and exporting country. Respiratory diseases comprising the most important sanitary problems that leads to condemnation of many poultry carcass and productivity losses. Between these problems, the laryngotracheitis virus (ILTV) is displaying great importance following by outbreaks of the disease, such as that occured in Bastos (SP), 2002, Brazil. Epidemiological studies showed the presence of antibodies from avian flocks and the existence of carrier birds without clear clinical signs. More recently, the ILTV has been isolated from chicken and turkeys of the southest-south of Brazil. Continuing the works at laboratory, a turkey isolate was inoculated experimentally in susceptible chicken and turkeys and the reproducible of a mild disease was displayed in both species. Also, different line cell cultures CER, CEC-32, HD11, Vero and a primary fibroblast cell culture were tested for the effective propagation of ILTV with the propose to get greatest titers and the quality of viral DNA extracted. The primary fibroblast cell culture was the most efficient to replicate ILTV. Turkey and chicken isolates was sequenced from de regions of thymidine kinase and glycoprotein C and were alignment with a vaccine strain and reference strains (GenBank) displaying high homology between them, suggesting a common origin. A cloning cassette containing the regions flanking glycoprotein E and a marker gene EGFP was constructed with the purpose to develop a recombinant with deletion of the glycoprotein E.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-03-15T10:23:50Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 807812 bytes, checksum: 5abc3937a1b624511f70c06cfc9ab1db (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-15T10:23:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 807812 bytes, checksum: 5abc3937a1b624511f70c06cfc9ab1db (MD5) Previous issue date: 2015-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Um dos grandes desafios à produção de ovos, no Brasil, são os fatores ambientais, que limitam o bem-estar e a produtividade das aves. A maioria das instalações utilizadas na avicultura de postura do Brasil são alojamentos abertos, sem isolamento térmico e com uso apenas de ventilação natural. Contudo, recentemente vem sendo introduzidos sistemas de alojamentos verticais concebidos com uso de ventilação negativa em modo túnel, associados ou não a sistemas de resfriamento adiabático evaporativo. Objetivou- se com o atual estudo: 1) Identificar os principais fatores de influência do ambiente térmico na resposta produtiva de galinhas poedeiras, com destaque às condições de estresse por calor. 2) Diagnosticar e avaliar o desempenho zootécnico de galinhas poedeiras, Dekalb White e Hy-line W36, em pico de postura, alojadas em instalações abertas, com sistema vertical de criação e submetidas a acondicionamento térmico natural, em uma das maiores indústrias de produção de ovos do Brasil. Este levantamento foi feito com base em duas diferentes condições climáticas anuais: de frio e de calor, para uma serie histórica de 9 anos. Também comparou os resultados de desempenho de ambas as linhagens sob condições climáticas e idades de postura equivalentes, no intuito de se destacar àquela que apresenta maior adaptabilidade às condições climáticas da região estudada. 3) Comparar, para a linhagem Dekalb White, os resultados médios de desempenho produtivo obtidos em dois sistemas de ventilação: a) Aviários Abertos com Ventilação Natural (AAVN) e, b) Aviários Fechados com Sistema de Ventilação Negativa (AFVNe). Ficou evidente que para que as aves de postura possam expressar seu potencial máximo de produção, é necessário que, entre outros fatores, a temperatura e a umidade relativa do ar estejam dentro de níveis toleráveis. Para isso, devem ser previstas medidas como melhorias das tipologias construtivas e utilização de sistemas de acondicionamento ambiente. Em temperaturas mais baixas (média de 16 oC) as aves apresentam melhor desempenho zootécnico, independente da linhagem. As aves Hy-Line W36 apresentam melhor desempenho, comparadas às Dekalb White, nas condições avaliadas. Verificou-se também que os galpões fechados apresentaram melhores condições ambientais e desempenho de aves em sistemas verticais de criação, para a região estudada. / A major challenge for egg production in Brazil is the lack of efficient environmental control that limit the welfare and productivity of laying hens. The majority of Brazil’s egg production facilities are open, without insulation, and using only natural ventilation. Recently, vertical and mechanically ventilated housing systems were introduced using negative pressure in tunnel mode, with or without adiabatic evaporative cooling systems. In order to assess environmental factors and facility design affecting welfare and productivity in Brazilian egg production systems, the following objectives were proposed: 1) Identification of main factors influencing the thermal environment in the productive response of laying hens, specially in heat stress; 2) Diagnose and evaluation of performance of laying hens Dekalb White and Hy-line W36, in peak production of eggs, housed in open facilities with vertical system and subjected to natural thermal conditioning in one of the largest egg production companies in Brazil. This research was based on two different annual weather conditions: cold and hot, to a historic series of 9 years. Also, compared the performance of both strains under the same climatic conditions and same age to assess the adaptability of these strains to the local climate conditions of the region studied. 3) Compare, for Dekalb White, the average results of performance obtained in two ventilation systems: a) Open facilities with Natural Ventilation (AAVN) and; b) Mechnically ventlated facilities under negative pressure System (AFVNe). It was clear that for the laying hens can express their maximum production, it is necessary for, among other factors, the temperature and relative humidity are within tolerable levels. For this, provision should be made as improvements of building typologies and usage environment packaging systems. At lower temperatures (average 16 ° C) the hens have better growth performance, regardless of lineage. Hy-Line W36 presented better perform compared to Dekalb White under the conditions evaluated. It was also verified that the mechanically ventilated facilities were more satisfactory in relation to environmental conditions and laying hen performance in vertical farming systems, for the studied region.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-27T14:27:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1652814 bytes, checksum: eb04b97fc0b892ebed6c35181487174a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-27T14:27:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1652814 bytes, checksum: eb04b97fc0b892ebed6c35181487174a (MD5) Previous issue date: 2015-08-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Infectious bronchitis virus (IBV) é uma das principais causas de perdas econômicas na indústria avícola, afetando galinhas de todas as idades, apesar das tentativas de controle por vacinação. Os objetivos deste estudo de três capítulos propôs-se: 1) analisar a composição genética das vacinas vivas H120 e Ma5 de IBV disponíveis comercialmente no Brasil, 2) promover a caracterização molecular de IBV acometendo um plantel de matrizes e, 3) investigar persistência viral nesse lote ao final do ciclo de produção e verificar a ocorrência de transmissão vertical. No capítulo 1 foi obtida a sequência completa do gene S1 das vacinas produzidas por diferentes laboratórios, sendo verificada que as vacinas H120 possuem subpopulações de IBV distintas, refletindo em até 14 diferenças na sequência de aminoácidos entre as vacinas. Na análise do cromatograma de S1 obtida da vacina Ma5 também foi detectado pico secundário, sugerindo a presença de subpopulação do vírus. Para abordar essa questão foi desenvolvido um sistema para identificar a população de espécies de RNA dessa vacina. Apesar de ser clonada foram identificadas pelo menos cinco subpopulações do vírus intra-vacina. Portanto, essa grande diversidade genética entre as vacinas poderia justificar os diferentes resultados da vacinação. No capítulo 2, a sequência parcial de S1 de IBV foi obtida diretamente de amostras clínicas. A vacina Ma5, previamente utilizada nesse lote, foi detectada na traqueia e no intestino delgado; enquanto subpopulação de IBV variante foi identificada em órgão específico das aves. Esse achado tem grande importância sob o ponto de vista aplicado porque ele ilustra o potencial repertório patogênico que a infecção por IBV de campo pode imputar sobre um lote de galinhas acometidas pela doença. Finalmente, no capítulo 3, diferentes órgãos dessas galinhas em final de produção e líquido cório-alantoide (LCA) de embriões vivos com 18 dias de incubação oriundos desse lote foram utilizados para a detecção e identificação de IBV. A vacina Ma5 foi detectada no intestino delgado, rins e oviduto das galinhas e no LCA de embriões. No entanto, nas tonsilas cecais foi detectado IBV com significativa diferença genética na comparação com a vacina Ma5 previamente utilizada e aqueles identificados nos diferentes órgãos das aves na época da doença. Esses achados sugerem que além da vacina, outras subpopulações de IBV podem persistir por longos períodos no hospedeiro e, pelo menos em galinhas em final de produção a vacina Ma5 pode ser transmitida verticalmente. / Infectious bronchitis virus (IBV) is a major cause of economic losses in the poultry industry, affecting chickens of all ages, despite attempts to control by vaccination. The objectives of this three-chapter study were: 1) analyze the genetic makeup of the 120 and Ma5 IBV vaccines strains available commercially in Brazil, 2) promote the molecular characterization of IBV affecting one broiler breeding flock and, 3) to investigate IBV persistence in this flock at the end of the production cycle and to verify the occurrence of vertical transmission. In chapter 1, the complete sequence of the S1 gene of vaccines produced by different laboratories was obtained and verified that the vaccines of the strain H120 have different subpopulations, resulting in up to 14 amino acid sequence substitutions among the vaccines. On the other hand, the analysis of Ma5 strain S1 gene an additional peak was detected suggesting the presence of subpopulation of the virus. To address this issue a system to identify the population of RNA species of the vaccine was developed. Despite being cloned, at least five subpopulations of genotypes were detected with in a Ma5 batch. Therefore, this great genetic diversity among the vaccines could justify the different vaccination reactions/results. In chapter 2, partial sequence of S1 of the IBV was obtained directly from clinical specimens. In alignment with the Ma5, which was previously used therein, the same was detected in the trachea and small intestine; while subpopulation of IBV variant was identified in specific organ of birds. This finding has great importance from the applied point of view because illustrates the potential pathogenic repertoire that infection by field IBV can charge on the same lot of chickens affected by the disease. Finally, in chapter 3, different organs of breeders at the end of production and allantoic fluid of embryos with 18 days of incubation deriving this flock were used for the detection and identification of IBV. The Ma5 vaccine was detected in small intestine, kidneys and oviduct of the chickens, and also in the allantoic fluid embryos. However, in the cecal tonsils, IBV was detected in significant genetic difference in comparison with the previously used Ma5 vaccine and those detected in different organs of the birds at the time of disease. These results suggest that in addition to vaccine, other (s) subpopulation (s) of IBV can persist for long periods in the lost least chickens at the end of production Ma5 vaccine can be transmitted vertically.

Made available in DSpace on 2014-07-22T13:53:03Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 157.86.8.8/reports/mestrado_bibcb/luciana_alves_ipec_mest_2009.pdf.pdf: 3541582 bytes, checksum: 4f7757d0fbb7469be4d177d93edcc281 (MD5) 157.86.8.8/reports/mestrado_bibcb/luciana_alves_ipec_mest_2009.pdf.pdf.txt: 138310 bytes, checksum: 7d5d26beccd2b08b1f5ba40bc763462b (MD5) 157.86.8.8/reports/mestrado_bibcb/luciana_alves_ipec_mest_2009.pdf.pdf.jpg: 1441 bytes, checksum: 002a11824a4e1198360c0d79558ac3b8 (MD5) Previous issue date: 2014-05-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Rio de Janeiro, Brasil / As galinhas de criações extensivas são hospedeiros indicadores da contaminação ambiental por oocistos de Toxoplasma gondii, pois se alimentam no solo. No Rio de Janeiro, há relatos de alta prevalência de toxoplasmose em humanos, porém não há estudos na região das Baixadas Litorâneas. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi realizar o levantamento da ocorrência da infecção por T. gondii em galinhas domésticas criadas extensivamente para o consumo humano no município do Rio Bonito, Rio de Janeiro, Brasil. Com essa finalidade, foi realizada a pesquisa de anticorpos anti-T. gondii por meio de exame sorológico e também do parasito em tecidos dessas aves utilizando-se a técnica de bioensaio em camundongos. Para realização dos exames sorológicos foram utilizadas 234 galinhas provenientes de 24 criações extensivas de cinco bairros de Rio Bonito: Praça Cruzeiro, Cachoeira dos Bagres, Nova Cidade, Prainha e Boa Esperança. Amostras de sangue dessas aves foram coletadas para a realização de reação de imunoflurescência indireta (RIFI) para detecção de anticorpos anti-T. gondii. Além disso, os proprietários de cada criação responderam um questionário epidemiológico para estudo de associações entre variáveis e a infecção por T. gondii em galinhas pelo teste T, adotando p<0,05. Foi encontrada uma prevalência de 25,9% de soro-reagentes para Toxoplasma gondii em galinhas As frequências encontradas nos bairros pelo teste T (p<0.05) foram: 34,1% (15,5-52,6%) em Prainha; 23,8% (4,3-43,4%) em Nova Cidade; 23,8% (0-47,8%) em Cachoeira dos Bagres; 21,7% (0-47,2%) em Praça Cruzeiro e 14,3% (0-51,4%) em Boa Esperança. Os resultados dos exames e orientações sobre medidas preventivas foram passados aos proprietários. Houve associação significante da presença de roedores e alimentação de gatos com vísceras cruas ou mal cozidas de galinhas com a positividade da RIFI para anticorpos IgG anti-T. gondii em galinhas pelo teste T. Uma outra amostra de trinta galinhas foi selecionada aleatoriamente nos bairros estudados para comparar a RIFI em relação ao bioensaio em camundongos. Amostras de sangue foram coletadas para realização da RIFI e em seguida, as galinhas foram submetidas à eutanásia. Durante a necropsia, foram coletados cérebro, coração e musculatura da coxa para preparo de suspensão e inoculação em camundongos. O parasito T. gondii foi isolado de oito galinhas com sorologia positiva e um não-reagente pela RIFI. Os resultados obtidos pela RIFI e bioensaio em camundongos indicam a contaminação ambiental na região e a possibilidade de infecção em humanos, caso a carne dessas aves seja ingerida crua ou mal cozida. A técnica de RIFI apresentou baixa sensibilidade e especificidade e valor kappa moderado (0,416) na amostra estudada, porém um número maior de amostras é necessário para confirmar esses resultados / Free-range chickens are good indicators of environmental contamination by Toxoplasma gondii because they feed from the ground. Studies in Rio de Janeiro reported high prevalences of toxoplasmosis in humans, but there aren’t informations about the region of Baixadas Litorâneas. The aim of survey was to investigate the occurrence of Toxoplasma gondii infection in free-range chickens (Gallus gallus domesticus) for human consumption in the county of Rio Bonito, Rio de Janeiro, Brazil. Search of antibodies to T. gondii by serology and of the parasite in tissues of chickens by bioassay in mice was realized. Twenty four breedings from five districts in Rio Bonito were investigated: Praça Cruzeiro, Cachoeira dos Bagres, Nova Cidade, Prainha and Boa Esperança. A total of 234 blood samples was collected from free-range chickens and antibodies to T. gondii were assayed by Indirect fluorescent antibody test (IFAT). The owners answered a questionnaire. Statistical association between the serologic status and several variables were analyzed by T test, adopting p<0,05. The T. gondii seropositivity found in chickens was 25.9%. The frequencies found by T test in districts were: 34.1% (15.5-52.6%) in Prainha; 23.8% (4.3-43.4%) in Nova Cidade; 23.8% (0-47.8%) in Cachoeira dos Bagres; 21.7% (0- 47.2%) in Praça Cruzeiro and 14.3% (0-51.4%) in Boa Esperança. Owners received results of tests and information about preventive measures.The significant association was observed between presence of rodents and feeding of cats with raw or undercooked visceras of chickens with seropositivity in chickens by T test. For comparison of IFAT and bioassay in mice, a other sample of 30 free-range chickens were randomly selected in districts studied. Blood samples of each chicken were collected and then euthanasia was performed. During the necropsy, brain, heart and leg muscle were collected, pooled and bioassayed in mice. The parasite T. gondii was isolated from eight seropositive chickens and one nonreactive by IFAT. The results obtained by IFAT and bioassay in mice suggest environment contamination in studied region and the possibility of human infection by eating raw or undercooked meat of chickens. Sensitivity and specificity of IFAT were low and the agreement was moderate (kappa= 0.416), but more samples are necessary to confirm this results.

Made available in DSpace on 2016-05-11T13:01:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 pedro_manso_ioc_dout_2014.pdf: 3405057 bytes, checksum: 6746c4f31f57631cda4cf25c55563336 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A vacina contra febre amarela é produzida a partir da inoculação do vírus atenuado 17DD em ovos embrionados de galinha. Esta vacina é extremamente eficaz e segura, gerando imunidade que pode perdurar por até trinta e cinco anos. Embora a replicação deste vírus em embriões de galinha seja utilizada desde 1937, pouco se sabe sobre os aspectos da infecção nestes embriões, especialmente que órgãos, tecidos e células são responsáveis pela replicação viral. Nesse trabalho, analisamos embriões de galinha (Gallus gallus) infectados pelo vírus da FA 17DD em diferentes tempos de infecção (24, 48, 72 e 96 horas) conforme as condições empregadas na produção de vacina na Fiocruz. Identificamos o vírus da Febre Amarela através de imunofluorescência em diferentes tecidos, correlacionamos a presença deste agente infeccioso às pequenas reações histopatológicas observadas nos tecidos, validamos essa detecção pela confirmação do material genético viral e seu sequenciamento, e confirmamos que este vírus replica na região onde foi identificado pela presença detecção de seu intermediário replicativo. Nesse sentido observamos que as alterações histopatológicas que ocorrem nos embriões de galinha infectados pelo vírus FA 17DD se apresenta branda e sistêmica ao longo do tempo analisado. Nossos dados apontam que as primeiras células a manifestar a infecção são mioblastos com aspecto mesenquimal que puderam ser observados no coração e no músculo esquelético a partir de 48 horas de infecção Após 72 horas, o vírus FA 17DD replica em células do músculo esquelético, cardiomiócitos, células da glia e neurônios, no epitélio tubular renal, parênquima pulmonar e fibroblastos. Nossos dados permitem sugerir o tecido muscular esquelético como um local privilegiado na produção das partículas virais. Após 96 horas a infecção se torna mais intensa no sistema nervoso e se mantém nos mesmos níveis nos demais tecidos já infectados. O conjunto de dados gerados nesse trabalho contribui para elucidar aspectos importantes sobre a patologia da febre amarela em embriões de galinha, e evidenciar os tecidos e células responsáveis pela produção do vírus FA 17DD nestes embriões. Estes dados podem ser úteis na compreensão e formulação de novas estratégias de produção da vacina, além de impactar no desenvolvimento de estratégias baseadas no uso do vírus FA 17DD como plataforma de produção para outras vacinas / Yellow fever vaccine is produced from the inoculation of attenuated virus YF 17DD in embryonated chicken eggs. This vaccine is extremely effective and safe, generating immunity that can persist across up to thirty-five years. Although replication of this virus in chicken embryos is used since 1937, little is known about aspects of infection in these embryos, especially that organs, tissues and cells are responsible for viral replication. In this study we analyzed chicken embryos (Gallus gallus) infected in vaccine production (Biomanguinhos) with YF 17DD virus in different times post infection (24, 48, 72 and 96 hours). Here it was possible to detect the Yellow Fever Virus by immunofluorescence, to correlate this presence with tiny tissue reactions, to validate it by genomic RNA detection and to sequence it in the same studied area, confirming that this virus is replicated in these regions by the replicative intermediate detection. In this thesis the histopathological changes that occur in chicken embryos infected by YF 17DD virus during the production of yellow fever vaccine were observed in a kinetic way. We observed that the infection in these embryos presented itself mild and systemic. Our data show that the first cells which express infection are myoblasts with mesenchymal shape that could be observed in the heart and skeletal muscle at 48 hours of infection. After 72 hours the yellow fever virus 17DD replicates mainly in skeletal muscle cells, cardiomyocytes, glial cells and neurons, but also in the renal tubular epithelium, lung parenchyma and fibroblasts. Our findings suggested skeletal muscle tissue as a main place in the production of viral particles. After 96 hours the infection becomes more intense in the nervous system and is maintained at the same levels in other tissues already infected. The data generated in this study contributes to elucidate important aspects of the yellow fever pathology in chicken embryos, and elucidate the tissues and cells responsible for YF 17DD virus production in this model. Our data may be helpful in the understanding and design new strategies of vaccine production, and impact in development of strategies based on the use of the virus YF 17DD as a platform for other vaccines production.

Orientador: Antonio Carlos Alessi / Banca: Gisele Fabrino Machado / Banca: Márcio Botelho de Castro / Resumo: Os astrócitos são células nervosas que participam da patogenia de diversas neuropatias que acometem os animais domésticos. Nas aves, a principal doença neurológica é a Encefalomalácia Nutricional causada pela deficiência de vitamina E. Com o objetivo de se estudar o comportamento do astrócitos, pelo exame imunoistoquímico, na patogenia da Encefalomalácia Nutricional em Gallus gallus domesticus, foi realizada a tentativa de indução desta doença. Utilizou-se para isto rações contendo deficiência de vitamina E no suplemento vitamínico-mineral e fontes de gordura oxidadas. Nos experimentos realizados não se obteve sucesso na indução da Encefalomalácia Nutricional, porém, em casos naturais reavaliados, constatou-se que os astrócitos participam na patogenia apresentando astrogliose e astrocitose nas "áreas lesionadas e ao redor de vasos sangüíneos (barreira hemato-encefálica). Portanto, conclui-se que os astrócitos participam na patogenia da Encefalomalácia Nutricional em Gallus gallus domesticus e que, a etiologia da doença não é atribuída somente à deficiência de vitamina E na dieta. / Abstract: The astrocytes are nervous cells which participate in the pathogenesis of various neuropathies of domestic animais. In poultry; the main neurologic disorder is Nutricional Encephalomalacia, caused by vitamin E deficiency. With the aim to study the behavior of astrocytes in the Nutricional Encephalomalacia pathogenesis in Gallus gallus domesticus, by immunohistochemistry, a trial of induction of the disorder was realized. Low vitamin E and oxidized oi! rations were prepared. There was no success in the experimental induction of Nutricional Encephalomalacia, however, in re-evaluated naturally occurring cases, it could be observed that astrocytes undergo astrogliosis and astocytosis in the lesioned area and around blood vessels (hemato-encephalic barrier). Altogether, it may be concluded that astrocytes participate in the pathogenesis of the poultry's Nutricional Encephalomalacia, and that the disorder is not only caused by diets with the lack of vitamin E. / Mestre