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Caracterização genética de populações de jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris), utilizando marcadores microssatélites. / Genetic characterization of broad-snouted caiman (Caiman latirostris) populations by microsatellites markers.Villela, Priscilla Marqui Schmidt 18 May 2004 (has links)
Um componente considerado crítico para o manejo bem sucedido de populações silvestres é a manutenção da variação genética. No intuito de avaliar a magnitude e a distribuição da variabilidade genética existente em populações de Caiman latirostris, nove populações distribuídas ao longo do eixo latitudinal da distribuição da espécie no Brasil e uma população em cativeiro foram estudadas com auxílio de onze locos microssatélites. A diversidade gênica média (He=h) e a heterozigosidade média observada (Ho) apresentaram valores elevados, 0,628 e 0,567, respectivamente, denotando existência de elevada variabilidade genética para esta espécie nas regiões de estudo. A população paulista mesmo estando na zona intermediária de distribuição geográfica no Brasil não possui a maior variabilidade genética. O valor FST estimado foi 0,270 e o RST foi 0,342. Ambas as medidas de diferenciação entre as populações foram significativas (P<0,05). As altas estimativas de FST e RST sugerem a ausência ou fluxo gênico restrito entre essas populações, exceção feita entre as populações de Natal (RN) e João Pessoa (PB), onde não houve diferenciação significativa entre as populações, sugerindo assim que há fluxo gênico entre elas, fato confirmado pelo coeficiente de parentesco. Pôde-se concluir neste trabalho que a distância genética entre a população do litoral é afetada pela existência da Serra do Mar como barreira geográfica pelo fato desta população apresentar as maiores diferenciações genéticas e não se agrupar a nenhuma população pelo método de agrupamento UPGMA, mesmo estando próxima das populações paulista. A distância genética entre as populações parece não acompanhar a distância geográfica, em termos de gradiente latitudinal (r=0,206). Entretanto quando retiramos a população da Ilha do Cardoso esta correlação aumenta significativamente (r=0,540), indicando haver um certo padrão espacial da variabilidade genética entre as populações. O coeficiente médio de parentesco foi baixo entre e dentro das populações estudadas. Com estes resultados podemos começar a entender a dinâmica e estrutura social de populações de Caiman latirostris, e quanto mais se compreende sobre a biologia destes animais mais precisa serão decisões visando condições que permitam a existência continua da espécie. / A component considered critical for the managment well succeed of wild populations it is the maintenance of genetic variation. In the intention of evaluating the extend and the distribution of the existent genetic variability in populations of Caiman latirostris, nine populations distributed along the latitudinal axis of the distribution of the species in Brazil and a population in captivity they were studied with aid of eleven locos microsatellite. The genic mean diversity (He=h) and the observed mean heterozygosity (Ho) across all loci for all populations ranged from 0,628 and 0,567, respectively, denoting existence high genetic variability. The population from São Paulo being in the intermediate zone of geographical distribution in Brazil doesn't possess the largest genetic variability. The value dear FST was 0,270 and RST it was 0,342. Both differentiation measures among the populations were significant (P < 0,05). The higher estimates of FST and RST suggested a absence or low gene flow among those populations, exception done between the populations of Natal (RN) and João Pessoa (PB), where there was not significant differentiation among the populations, suggesting a gene flow pattern among them, fact confirmed by the related coefficient. It could be concluded in this work that the genetic distance among the population of the coast is affected by the existence of the Mountain of the Sea as geographical barrier for the fact of this population to present the largest genetic differentiations and not to group the any population for the grouping method UPGMA, same being close of the populations from São Paulo. The genetic distance among the populations seems not to accompany the geographical distance, in terms of latitudinal gradient (r=0,206). However when we removed the population of Cardoso's Island this correlation it increases significantly (r= 0,540), indicating there to be a certain space pattern of the genetic variability among the populations. The medium coefficient of related was low among and inside of the studied populations. With these results we can begin to understand the dynamics and it structures social of populations of Caiman latirostris.
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Características fenotípicas e manejo genético de búfalos (Bubalus bubalis) leiteiros: ranqueamento de reprodutoresMARQUES, Larissa Coelho 10 August 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-08-10 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O búfalo é um animal que pode competir com produtos diferenciados nos mercados interno e mundial, que apresenta características próprias e grande rendimento quando da transformação em subprodutos e derivados. Não obstante a isso, o agronegócio do búfalo se ressente de animais melhoradores provados e/ou testados para atender uma demanda que é vital por melhor padrão genético. O presente estudo teve o objetivo de avaliar características fenotípicas da produção de leite e da eficiência reprodutiva de búfalos e efetuar análises genéticas, determinando parâmetros e índices genéticos, visando a seleção de búfalos, para a elaboração de um ranking de reprodutores geneticamente superiores, incrementando a cadeia produtiva dos búfalos do País. Foram utilizados 2.459 registros fenotípicos de búfalos das raças Murrah, Mediterrâneo e meio-sangue, do rebanho da EMBRAPA – CPATU, do período de 1953 a 2013. As características avaliadas foram: produção total de leite (PTL), percentual de gordura (G), idade ao primeiro parto (IPP), intervalo de partos (IDP) e período de serviço (PS). A análise descritiva se iniciou com a editoração dos dados trabalhados nos ambientes da planilha Excel e no pacote SAS. Os resultados gerais foram: PTL = 1741,00 ± 496,48 kg, G = 7,07 ± 0,86 %, IPP= 49,39 ± 7,37 meses, IDP = 13,16 ± 0,79 meses e PS = 91,52 ± 24,22 dias. Os efeitos que mais influenciaram a PTL foram a Ordem de Parto e o Grau de Sangue da fêmea, para G foi Grau de Sangue da fêmea, para IPP foi Estação de Parto e Ordem de Parto e para IDP e PS foram Estação de Parto e o Sexo do bezerro. A correlação fenotípica entre PTL e G foi 0,034, entre PTL e IPP 0,118, entre PTL e IDP 0,070, entre PTL e PS 0,070, entre G e IPP -0,113, entre G e IDP -0,025, entre G e PS -0,025, entre IPP e IDP 0,445, entre IPP e PS 0,445 e entre IDP e PS 1,00. Os dados foram trabalhados na planilha Excel e no pacote SAS e as análises genéticas foram efetuadas pelo software WOMBAT. Na estimação de parâmetros genéticos foi utilizado o modelo animal com análise de bicaracterísticas. A PTL foi regredida em função da duração de lactação e o coeficiente de regressão foi utilizado para correção das lactações em 305 dias (PL305). Os efeitos fixos foram grupo de contemporâneos e efeito linear e quadrático da idade da fêmea ao parto, como (co)variável. Para IPP e PS o modelo foi igual ao anteriormente descrito com a exclusão do termo do efeito de ambiente permanente materno. As estimativas de herdabilidade para a raça Murrah foram: 0,49 para PTL; 0,59 para G; 0,75 para IPP; 0,006 para IDP e 0,06 para PS; para a raça Mediterrâneo foram: 0,31 para PTL; 0,08 para G; 0,78 para IPP; 0,90 para IDP e 0,90 para PS. As correlações genéticas entre PTL e as demais características na raça Murrah foram 0,065 PTL e G; 0,097 PTL e IPP, -0,450 PTL e IDP e 0,079 PTL e PS, para Mediterrâneo foram: -0,267 PTL e G; 0,629 PTL e IPP, 0,559 PTL e IDP e 0,624 PTL e PS. O ranking de touros/reprodutores foi elaborado com base nas predições da Provável Habilidade de Transmissão (PTA’s), utilizando-se o pacote SAS, o que permite a edição de um catálogo de touros da espécie bubalina da Embrapa Amazônia Oriental, no referido período. Com base nos resultados a variabilidade do rebanho estudado é passível de ser trabalhada com o manejo genético, tanto para as características produtivas quanto para as de eficiência reprodutiva. / The buffalo is an animal that can compete with differentiated products on internal and world markets, which presents own features and great performance when processing by-products and derivatives. Despite this, buffalo agribusiness resents of enhancers animals proved and / or tested to meet a demand that is vital for better genetic pattern. This study aimed to evaluate phenotypic characteristics of production milk and reproduction efficient of buffalo and perform genetic analyzes determining parameters and genetic index aimed at selection of buffalo to prepare a ranking of genetically superior breeding, increasing production chain of buffaloes in the Amazon region. We used 2,459 phenotypic records of Murrah, Mediterranean and half-blood buffaloes of EMBRAPA - CPATU herd from period between 1953 to 2013. The characteristics evaluated were: total milk production (TMP), fat percentage (F), age at first calving (AFC), calving interval (CI) and service period (SP). The descriptive analysis began with the editing of the data worked in the environments of Excel spreadsheet and SAS package. The overall results were: TMP = 1741.00 ± 496.48 kg, F = 7.07 ± 0.86%, AFC = 49.39 ± 7.37 months, CI = 13.16 ± 0.79 months and SP = 91.52 ± 24,22 days. In the analysis of variance for TMP the most significant effects were the birth order and the degree of blood from female, and to F was degree of female blood and AFC was calving season and birth order and CI and SP were station childbirth and the calf sex. The phenotypic correlations between TMP and F was 0.034, between TMP and AFC 0.118, between TMP and CI 0.070, between TMP and SP 0.070, between F and AFC -0.113, between F and CI -0.025, -0.025 between F and SP, among AFC and CI 0.445, 0.445 between AFC and SP and between CI and SP 1.00. Genetic analysis began with the editing of the data discussed in the environments of Excel spreadsheet and the SAS package and genetic analyzes were performed by WOMBAT software. For estimation of genetic parameters we used the animal model with two-trait analysis. The TMP was regressed depending on length of lactation and the regression coefficient was used for correction of lactation in 305 days (PL305). Fixed effects were contemporary group and linear and quadratic effects of birth female age as (co) variable. AFC and SP model was the same as described above with the exclusion of the term of the maternal permanent environmental effect. The heritability estimates for Murrah were: 0.49 for TMP; 0.59 for F; 0.75 for AFC; 0.006 for CI and 0.06 for SP; for the Mediterranean race were 0.31 for TMP; 0.08 for F; 0.78 for AFC; 0.90 for CI and 0.90 for SP. Genetic correlations between TMP and other features in the Murrah were 0.065 TMP and F; TMP and AFC 0.097, -0.450 TMP and CI and 0.079 TMP and SP for the Mediterranean were: -0.267 TMP and F; 0,629 TMP and AFC; 0.559 TMP and CI and 0.624 CI TMP and SP. The ranking of bulls / breeding was based on predictions of probable transmission ability (PTA's), using the SAS package which allows editing a bulls catalog of buffalo species of EMBRAPA Amazônia Oriental in that period. Based on the results the variability of the studied herd is likely to be crafted with the genetic management for both production characteristics as to the reproductive efficiency.
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Caracterização genética de populações de jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris), utilizando marcadores microssatélites. / Genetic characterization of broad-snouted caiman (Caiman latirostris) populations by microsatellites markers.Priscilla Marqui Schmidt Villela 18 May 2004 (has links)
Um componente considerado crítico para o manejo bem sucedido de populações silvestres é a manutenção da variação genética. No intuito de avaliar a magnitude e a distribuição da variabilidade genética existente em populações de Caiman latirostris, nove populações distribuídas ao longo do eixo latitudinal da distribuição da espécie no Brasil e uma população em cativeiro foram estudadas com auxílio de onze locos microssatélites. A diversidade gênica média (He=h) e a heterozigosidade média observada (Ho) apresentaram valores elevados, 0,628 e 0,567, respectivamente, denotando existência de elevada variabilidade genética para esta espécie nas regiões de estudo. A população paulista mesmo estando na zona intermediária de distribuição geográfica no Brasil não possui a maior variabilidade genética. O valor FST estimado foi 0,270 e o RST foi 0,342. Ambas as medidas de diferenciação entre as populações foram significativas (P<0,05). As altas estimativas de FST e RST sugerem a ausência ou fluxo gênico restrito entre essas populações, exceção feita entre as populações de Natal (RN) e João Pessoa (PB), onde não houve diferenciação significativa entre as populações, sugerindo assim que há fluxo gênico entre elas, fato confirmado pelo coeficiente de parentesco. Pôde-se concluir neste trabalho que a distância genética entre a população do litoral é afetada pela existência da Serra do Mar como barreira geográfica pelo fato desta população apresentar as maiores diferenciações genéticas e não se agrupar a nenhuma população pelo método de agrupamento UPGMA, mesmo estando próxima das populações paulista. A distância genética entre as populações parece não acompanhar a distância geográfica, em termos de gradiente latitudinal (r=0,206). Entretanto quando retiramos a população da Ilha do Cardoso esta correlação aumenta significativamente (r=0,540), indicando haver um certo padrão espacial da variabilidade genética entre as populações. O coeficiente médio de parentesco foi baixo entre e dentro das populações estudadas. Com estes resultados podemos começar a entender a dinâmica e estrutura social de populações de Caiman latirostris, e quanto mais se compreende sobre a biologia destes animais mais precisa serão decisões visando condições que permitam a existência continua da espécie. / A component considered critical for the managment well succeed of wild populations it is the maintenance of genetic variation. In the intention of evaluating the extend and the distribution of the existent genetic variability in populations of Caiman latirostris, nine populations distributed along the latitudinal axis of the distribution of the species in Brazil and a population in captivity they were studied with aid of eleven locos microsatellite. The genic mean diversity (He=h) and the observed mean heterozygosity (Ho) across all loci for all populations ranged from 0,628 and 0,567, respectively, denoting existence high genetic variability. The population from São Paulo being in the intermediate zone of geographical distribution in Brazil doesn't possess the largest genetic variability. The value dear FST was 0,270 and RST it was 0,342. Both differentiation measures among the populations were significant (P < 0,05). The higher estimates of FST and RST suggested a absence or low gene flow among those populations, exception done between the populations of Natal (RN) and João Pessoa (PB), where there was not significant differentiation among the populations, suggesting a gene flow pattern among them, fact confirmed by the related coefficient. It could be concluded in this work that the genetic distance among the population of the coast is affected by the existence of the Mountain of the Sea as geographical barrier for the fact of this population to present the largest genetic differentiations and not to group the any population for the grouping method UPGMA, same being close of the populations from São Paulo. The genetic distance among the populations seems not to accompany the geographical distance, in terms of latitudinal gradient (r=0,206). However when we removed the population of Cardoso's Island this correlation it increases significantly (r= 0,540), indicating there to be a certain space pattern of the genetic variability among the populations. The medium coefficient of related was low among and inside of the studied populations. With these results we can begin to understand the dynamics and it structures social of populations of Caiman latirostris.
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Dinâmica folicular ovariana em ovelhas Santa Inês portadoras do polimorfismo FecGe do gene GDF-9Passos, Halley Schuch 18 July 2014 (has links)
This study aimed the study of ovarian follicular dynamics in a interovulatory period in nulliparous Santa Ines sheep carrying the polymorphism FecGE. Were used 21 sheep that previously genotyped for FecGE polymorphism by PCR-RFLP. The animals were divided into three groups (n = 7 / group) according to the genotype mutation: WW - non-mutant wild; EW . heterozygote and EE - homozygous. Follicular dynamics were monitored by ultrasound within a period interovulatory. The capture and measurement of the ovaries images were made every 24 hours until detection of estrus, being adjusted to every 12 hours until ovulation. It was found that 15 animals (71.42%) showed the emergence of three waves and six (28.58%) had four follicular waves. Don ft were influence of genotype on the selection, follicles . 2 and . 4 mm, (2,8 } 0,7) and follicular dominance, follicles > 5 mm, (0,9 } 0,1), the interovulatory period (17,5 } 0,2) and the duration of estrus (38,11 } 0,9). The largest number of ovulations was observed in homozygous sheep (2.4 } 0.2) compared to the wild type (1.7 } 0.2), however, heterozygous presenting intermediate value (1.9 } 0.1) but not differ from the others. Despite genetic groups did as not differ to the interval between the onset of estrus and ovulation (25,34 } 1,8), high individual variation was observed among sheep within each genotype. Santa Ines sheep that carriers the polymorphism FecGE express some differences in ovarian follicular dynamics in relation to non-mutants, being represented mainly by the largest number of ovulations in homozygous genetic group. / Este trabalho teve por objetivo o estudo da dinamica folicular ovariana do periodo interovulatorio em ovelhas nuliparas da raca Santa Ines portadoras do polimorfismo FecGE. Foram utilizadas 21 ovelhas previamente genotipadas para o polimorfismo FecGE por PCR-RFLP. Os animais foram divididos em tres grupos (n=7/grupo) de acordo com o genotipo relacionado a mutacao como segue: WW - selvagem nao mutante; EW - heterozigoto e; EE - homozigoto. A dinamica folicular foi acompanhada por ultrassom dentro de um periodo interovulatorio. A captura e mensuracao das imagens dos ovarios foram feitas a cada 24 horas ate a deteccao do estro, sendo ajustadas para cada 12 horas ate a ovulacao. Foi verificado que 15 animais (71,42%) apresentaram a emergencia de tres ondas e seis (28,58%) apresentaram quatro ondas de crescimento folicular. Nao houve influencia do genotipo sobre o numero de foliculos selecionados, . 2 e . 4 mm, (2,8 } 0,7) e dominantes, >5 mm, (0,9 } 0,1), o periodo interovulatorio (17,5 } 0,2) e, a duracao do estro (38,11 } 0,9). O maior numero de ovulacoes foi observado nas ovelhas homozigotas (2,4 } 0,2) em relacao as do tipo selvagem (1,7 } 0,2) sendo as heterozigotas apresentando valor intermediario (1,9 } 0,1), porem nao diferindo dos demais. Apesar dos grupos geneticos nao diferirem quanto ao intervalo entre o inicio do estro e a ovulacao (25,34 } 1,8 h), foi verificada alta variacao individual entre as ovelhas dentro de cada genotipo. Ovelhas nuliparas Santa Ines portadoras do polimorfismo FecGE expressam diferencas no tempo de sobrevivencia folicular e no diametro do foliculo ovulatorio em relacao as nao mutantes, sendo que o grupo genetico homozigoto apresenta um maior numero de ovulacoes.
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Biogeografia histórica do lambari de ampla distribuição Astyanax aff. bimaculatus (Teleostei: Characidae) no sudeste brasileiro, com base em padrões de variação citogenéticos e moleculares / Historial biogeography of the wide distribution lambari Astyanax aff. bimaculatus (Teleostei: Characidae) on southeastern Brazil, based on cytogenetic and molecular dataCunha, Marina Souza da 30 July 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-07-30 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The species of the genus Astyanax are widely distributed in the Neotropical region and have few morphological, ecological and behavioral differences, which complicates the taxonomic classification of this taxon. The nominal species Astyanax bimaculatus was described by Linnaeus in 1758 and currently species with two oval spots that occur in several Neotropical basins are considered as belonging to bimaculatus complex. The objective of this study was to determine the cytogenetic and molecular characteristics (mitochondrial DNA) of 19 populations currently assigned to Astyanax bimaculatus from complex coastal basins of southeastern Minas Gerais using conventional staining, nucleolar organizer regions Ag-NORs, C-band, DAPI, FISH and the gene cytochrome oxidase I - COI. Data were compared with other species of the complex. The karyotype 6m +20 sm +18 st +6 t occurred in all populations, with Ag-NORs ranging from two to eight stained chromosomes. The C-banding showed centromeric and pericentromeric markings, evidenced by the fluorochrome DAPI. Fluorescent 18S and 5S rDNA probes marked one chromosome pair respectively. The phylogeny obtained with the COI gene indicated the presence of two haplogroups with large molecular distance between them: haplogroup I was more closely related to the populations of the São Francisco River Basin, while haplogroup II was subdivided into a group which was more related to populations from the upper Paraná (IIA) and another group formed exclusively by coastal haplotypes (IIB). The karyotype uniformity of coastal populations is greater than the recognized Astyanax altiparanae, suggesting the persistence of large populations. Polymorphisms involving C-band patterns indicate that the addition and reduction of heterochromatin blocks are compatible with intraspecific variation. The molecular data suggest that coastal basins received migrants from continental basins, with more recent geodispersion of a coastal haplogroup, probably related to the dynamic confluence of coastal basins during glacial periods. The genetic similarity between São Francisco River Basin and coastal basins indicates that the nominal species Astyanax lacustris does not represent a valid taxon. While the Upper Paraná Basin maintained a molecular identity consistent with the existence of the nominal taxon Astyanax altiparanae that, agreeing with the cytogenetic data, also occurs in the Paraíba do Sul River Basin. It is concluded that the bimaculatus complex in southeastern Brazil is composed by three lineages, including only two species Astyanax aff. bimaculatus present in São Francisco and coastal basins and A. altiparanae present in the Upper Paraná. / As espécies do gênero Astyanax apresentam ampla distribuição na região neotropical e apresentam poucas diferenças morfológicas, ecológicas e comportamentais, o que dificulta a classificação taxonômica desse táxon. A espécie nominal Astyanax bimaculatus foi descrita em 1758 por Linnaeus e, atualmente, espécies com duas manchas ovaladas que ocorrem em diversas bacias neotropicais são consideradas como pertencentes ao complexo bimaculatus. O objetivo deste trabalho foi determinar as características citogenéticas e moleculares (DNA mitocondrial) de 19 populações consideradas como pertencentes ao complexo Astyanax bimaculatus das bacias costeiras do sudeste de Minas Gerais utilizando coloração convencional, regiões organizadoras de nucléolos Ag-NOrs, banda C, DAPI, FISH e o gene citocromo oxidase I - COI. Os dados foram comparados com outras espécies do complexo. O cariótipo 6m+20sm+18st+6t ocorreu em todas as populações, com Ag-NORs variando de dois a oito cromossomos marcados. A banda C mostrou marcações centroméricas e pericentroméricas, evidenciadas pelo fluorocromo DAPI. As sondas 18S e 5S marcaram apenas um par cromossômico respectivamente. A filogenia obtida com o gene COI indicou a presença de dois haplogrupos com grande distância molecular: o haplogrupo I mais aparentado com populações da bacia do rio São Francisco, enquanto o haplogrupo II subdividiu-se em um grupo mais aparentado com populações do alto Paraná (IIA) e outro grupo formado exclusivamente por haplótipos costeiros (IIB). A uniformidade cariotípica das populações costeiras é maior que a reconhecida em Astyanax altiparanae, sugerindo a persistência de grandes populações. Polimorfismos envolvendo padrões de banda C indicam que a adição e redução de blocos de heterocromatina são consideradas variações intraespecíficas. Os dados moleculares sugerem que as bacias costeiras receberam aporte de bacias continentais, com geodispersão mais recente de um haplogrupo costeiro, provavelmente relacionado com a dinâmica de confluência de bacias costeiras durante os períodos glaciais. A similaridade genética entre a bacia do rio São Francisco e as bacias costeiras indica que a espécie nominal Astyanax lacustris não representa um táxon válido. Enquanto a bacia do alto Paraná manteve uma identidade molecular condizente com a existência do táxon nominal Astyanax altiparanae que, condizente com os dados citogenéticos, também ocorre na bacia do rio Paraíba do Sul. Conclui-se que o complexo bimaculatus no sudeste brasileiro é composto de três linhagens, englobando apenas duas espécies: Astyanax aff. bimaculatus presente no São Francisco e nas bacias costeiras e A. altiparanae presente no alto Paraná.
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