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Análise de características reprodutivas, tratadas como variáveis categóricas, em bovinos da raça Nelore / Analysis of reproductive traits, treated as categorical variables, in Nellore cattle

Kluska, Sabrina 15 February 2017 (has links)
CAPES / O presente trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos, em uma população de bovinos da raça Nelore, para as características probabilidade de parto até os 39 meses de idade (PC39), probabilidade de permanência no rebanho (stayability), considerando três partos até 5,2 (STAY5,2) e três partos até 6,2 anos (STAY6,2), e os quatro primeiros intervalos entre partos (IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4), tratando- as como variáveis categóricas, e para os perímetros escrotais à desmama (PED) e ao sobreano (PES), tratando-as como variáveis contínuas. Foram usados procedimentos bayesianos, em análises unicaracterística e bicaracterística, por meio dos programas THRGIBBS1F90 e GIBBS2F90. Os dados utilizados pertencem ao programa de melhoramento genético Geneplus - Embrapa. As herdabilidades para PC39, STAY5,2, STAY6,2 , PED e PES em análise unicaracterística foram 0,15, 0,20, 0,23, 0,28 e 0,36, respectivamente. Para o intervalo entre partos as estimativas de herdabilidade, obtidas em análise unicaracterística, para IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4 foram 0,13 0,13, 0,12 e 0,17, respectivamente. Estes valores indicam que os ganhos por seleção direta em quaisquer um dos intervalos seriam pequenos.Na análise bicaracterística as herdabilidades para PC39 e PES foram 0,14 e 0,38,respectivamente. As estimativas obtidas foram de baixa magnitude, indicando que os ganhos por seleção direta em qualquer uma das características mensuradas nas fêmeas seriam baixos. Já o PED e PES apresentaram maiores valores de herdabilidades. A correlação entre PES e PC39 foi positiva e de baixa magnitude (0,25), sugerindo que a seleção para o aumento do PES de touros possivelmente levaria a pequenas mudanças na PC39. De modo geral as estimativas de herdabilidade para as características medidas nas fêmeas apresentaram baixos valores, enquanto que para as características medidas nos machos se apresentaram de moderada a baixa, de maneira semelhante à maioria dos estudos com estas características. Entretanto, o modelo de limiar foi capaz de detectar variância genética aditiva para as características em estudo, permitindo promover ganhos, embora pequenos, por seleção direta. / In the present study were obtained, in a population of Nellore cattle, estimates of genetic parameters for the characteristics probability of calving up to 39 months at age (PC39), stayability, considering three calving until 5.2 (STAY5,2) and trhee calving until 6.2 years old (STAY6,2), and the first four calving interval (CI1, CI2, CI3 and CI4), treated as categorical traits, and scrotal perimeter at weaning (EPD) and at 18 months of age (EPS), treated as continuos trait. Were used Baeysian procedures, in single and two trait analysis, by using THRGIBBS1F90 and GIBBS2F90 programs. Information from Nellore animals belonging to the Geneplus-Embrapa program was used. The heritabilities for PC39, STAY3,1, STAY3,2, EPD and EPS in single trait analysis were 0.14, 0.20, 0.23, 0.28 and 0.36, respectively. For the calving interval estimates heritabilities for CI1, CI2, CI3 and CI4 were 0.13, 0.13, 0.12 and 0.017, respectively. These values indicate that genetic gains by direct selection in any of the intervals would be very small. In the two trait analysis the heritabilities for PC39 and EPS were 0.15 and 0.38, respectively. The low values of estimates showed that small gains would be obtained by direct selection in any of traits measured in females. EPD and EPS had higher heritabilities. The correlation between EPS and PC39 was positive with low magnitude (0.25), suggesting that the selection for the increase of EPS of sires could possibly lead to small changes in the PC39. In general, estimates of heritability for traits measured in dams were low and for traits measured in males were moderate to low. This result is likely those reported in most studies with the same traits. However, the threshold model was able to detect additive genetic variance for the traits under study and can permit to promote gains, albeit small, by direct selection.
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Análise de características reprodutivas, tratadas como variáveis categóricas, em bovinos da raça Nelore / Analysis of reproductive traits, treated as categorical variables, in Nellore cattle

Kluska, Sabrina 15 February 2017 (has links)
CAPES / O presente trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos, em uma população de bovinos da raça Nelore, para as características probabilidade de parto até os 39 meses de idade (PC39), probabilidade de permanência no rebanho (stayability), considerando três partos até 5,2 (STAY5,2) e três partos até 6,2 anos (STAY6,2), e os quatro primeiros intervalos entre partos (IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4), tratando- as como variáveis categóricas, e para os perímetros escrotais à desmama (PED) e ao sobreano (PES), tratando-as como variáveis contínuas. Foram usados procedimentos bayesianos, em análises unicaracterística e bicaracterística, por meio dos programas THRGIBBS1F90 e GIBBS2F90. Os dados utilizados pertencem ao programa de melhoramento genético Geneplus - Embrapa. As herdabilidades para PC39, STAY5,2, STAY6,2 , PED e PES em análise unicaracterística foram 0,15, 0,20, 0,23, 0,28 e 0,36, respectivamente. Para o intervalo entre partos as estimativas de herdabilidade, obtidas em análise unicaracterística, para IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4 foram 0,13 0,13, 0,12 e 0,17, respectivamente. Estes valores indicam que os ganhos por seleção direta em quaisquer um dos intervalos seriam pequenos.Na análise bicaracterística as herdabilidades para PC39 e PES foram 0,14 e 0,38,respectivamente. As estimativas obtidas foram de baixa magnitude, indicando que os ganhos por seleção direta em qualquer uma das características mensuradas nas fêmeas seriam baixos. Já o PED e PES apresentaram maiores valores de herdabilidades. A correlação entre PES e PC39 foi positiva e de baixa magnitude (0,25), sugerindo que a seleção para o aumento do PES de touros possivelmente levaria a pequenas mudanças na PC39. De modo geral as estimativas de herdabilidade para as características medidas nas fêmeas apresentaram baixos valores, enquanto que para as características medidas nos machos se apresentaram de moderada a baixa, de maneira semelhante à maioria dos estudos com estas características. Entretanto, o modelo de limiar foi capaz de detectar variância genética aditiva para as características em estudo, permitindo promover ganhos, embora pequenos, por seleção direta. / In the present study were obtained, in a population of Nellore cattle, estimates of genetic parameters for the characteristics probability of calving up to 39 months at age (PC39), stayability, considering three calving until 5.2 (STAY5,2) and trhee calving until 6.2 years old (STAY6,2), and the first four calving interval (CI1, CI2, CI3 and CI4), treated as categorical traits, and scrotal perimeter at weaning (EPD) and at 18 months of age (EPS), treated as continuos trait. Were used Baeysian procedures, in single and two trait analysis, by using THRGIBBS1F90 and GIBBS2F90 programs. Information from Nellore animals belonging to the Geneplus-Embrapa program was used. The heritabilities for PC39, STAY3,1, STAY3,2, EPD and EPS in single trait analysis were 0.14, 0.20, 0.23, 0.28 and 0.36, respectively. For the calving interval estimates heritabilities for CI1, CI2, CI3 and CI4 were 0.13, 0.13, 0.12 and 0.017, respectively. These values indicate that genetic gains by direct selection in any of the intervals would be very small. In the two trait analysis the heritabilities for PC39 and EPS were 0.15 and 0.38, respectively. The low values of estimates showed that small gains would be obtained by direct selection in any of traits measured in females. EPD and EPS had higher heritabilities. The correlation between EPS and PC39 was positive with low magnitude (0.25), suggesting that the selection for the increase of EPS of sires could possibly lead to small changes in the PC39. In general, estimates of heritability for traits measured in dams were low and for traits measured in males were moderate to low. This result is likely those reported in most studies with the same traits. However, the threshold model was able to detect additive genetic variance for the traits under study and can permit to promote gains, albeit small, by direct selection.
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Mapeamento de QTL para características de resistência a carrapato, peso ao nascimento e peso a desmama no cromossomo 23 de bovinos da geração F2, cruzamento Holandês x GIR. / QTL mapping for tick resistence, birth weight and weight after sixty days on chromossome 23 from F2 design breeding of bovines Holstein x Gir.

Karen Pallotta Tunin 03 February 2005 (has links)
Uma população experimental F2 foi desenvolvida a partir do cruzamento de quatro machos da raça Holandesa com vinte e oito fêmeas Gir, produzindo uma geração F1 com cento e cinqüenta animais, da qual quatro machos foram escolhidos baseados na sua fertilidade para acasalar com sessenta e oito fêmeas e produzir a geração F2 com aproximadamente quatrocentos indivíduos. Foram coletados dados fenotípicos para características de contagem de carrapatos, peso ao nascimento e peso a desmama para os animais da geração F2. Cerca de duzentos e noventa animais tiveram seu fenótipo medido para as características com exceção da contagem de carrapatos, onde somente cento e sessenta e sete animais foram medidos. As gerações parentais e F1 foram genotipadas para cinco marcadores microssatélites posicionados no cromossomo 23. Após a determinação do grau de informação dos marcadores, todos os animais da geração F2 disponíveis foram genotipados para os cinco marcadores. Com o resultado da genotipagem foi construído o mapa de ligação específico dos marcadores no cromossomo 23 para a população desenvolvida. Após o ajuste da característica de contagem de carrapatos pelo logaritmo da contagem e pela transformação rank, ambos ajustes foram utilizados para mapeamento de QTL pelo método de regressão por mínimos quadrados ordinários, utilizando o programa QTL Express. Não foi encontrado nenhum QTL associado a nenhuma das características estudadas. O pequeno número de animais avaliados para a característica de contagem de carrapatos pode ter influenciado o resultado, bem como um melhor ajuste ou mais variáveis que complementem essa característica. Outras análises devem ser realizadas com essa população, tanto para complementar este estudo como para realização de outros estudos sobre características relativas a resistência a ecto e endoparasitas. / A F2 design population had been developed from the breeding between four male holstein with twenty eight female Gir, generating a F1 with one hundred and fifty animals, from these sample four male have been chosen based on their fertility for matching. They have been breed with sixty eight females, producing the F2 generation with about four hundred individuals. Phenotypic data has been collected for tick accounting, birth weight and weight after sixty days for individuals on F2. Over than two hundred and ninety animals had their phenotypic measured for those characteristics with the exception of the tick accounting. On this case, only one hundred sixty seven were measured. The parental and F1 generations were genotyped for five microsatellite markers positioned on chromosome 23. After the determination of the markers information degree, all the F2 animals available were genotyped for the five markers. Under the genotyping results was constructed the linkage map for this markers on chromosome 23. After the log transformation for tick accounting and the rank transformation both adjusts was used for QTL mapping by the regression method based on minimum ordinary least squares, using the QTL Express software, were not found any QTL associated for any studied characteristics. The small sample of animals used for tick accounting could have biased the results. Other analyses must be taken over this population; not only to complete the present study, but also to create new sort of studies on characteristics related on ecto and endo parasites.
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Descoberta e estudo de genes envolvidos na resposta a endoparasitas gastrintestinais em bovinos / Descovery and study of genes involved in immune response against gastrointestinal nematodes in cattle

Lilian Giotto Zaros 27 February 2007 (has links)
Este trabalho teve por objetivo identificar e estudar a expressão de genes envolvidos na resposta imune a endoparasitas gastrintestinais em bovinos. Contagem periódica de ovos por grama de fezes (OPG) e análises de coproculturas foram realizadas para identificar animais resistentes e susceptíveis a endoparasitas gastrintestinais. A contagem de OPG permitiu identificar estes animais, sendo que o grupo susceptível apresentou uma contagem 20 vezes superior ao grupo resistente (P<0,001). Análises de coproculturas permitiram concluir que a infestação em bovinos foi mista, com a predominância dos gêneros Cooperia e Haemonchus e menor incidência de Oesophagostomum. Para a identificação dos genes, foi utilizada a metodologia EST (Expressed Sequence Tag) e foram construídas duas bibliotecas de clones de cDNA obtidos a partir da mucosa do abomaso, intestino delgado e nódulos linfáticos abomasais de bovinos resistentes (ER1) e susceptíveis (ES1) a nematódeos gastrintestinais. Foram geradas 2496 ESTs de cada biblioteca. Destas, 1664 e 1898 foram válidas para as bibliotecas ER1 e ES1, respectivamente. Dentre as 2323 sequências únicas obtidas foram identificados vários produtos gênicos relacionados à resposta imune, tais como moléculas de classe I e II do MHC, imunoglobulinas, interleucinas, lisozima e pepsinogênio. Para a quantificação da expressão de RNA mensageiro, foi utilizada a metodologia de transcrição reversa e reação em cadeia da polimerase em tempo real, onde foram analisados 10 genes relacionados à polarização da resposta imune (as interleucinas IL- 2, IL-4, IL-8, IL-12p35 e IL-13, as citocinas TNF-&#945;, IFN-&#947;, MCP-1&#945; e MCP-2 e a glicoproteína mucina 1-MUC1). As análises de expressão gênica realizadas na mucosa do abomaso revelaram aumento nos níveis de RNAm para IL-4 (P<0,018), IL-13 (P<0,002) e diminuição de TNF-? (P<0,0001) nos animais resistentes; nos nódulos linfáticos abomasais houve aumento de IL-4 (P<0,019) nos animais resistentes e de IFN-&#947; (P<0,007) nos animais susceptíveis; no intestino delgado houve aumento de IL-4 (P<0,01) e IL-13 (P<0,045) nos animais resistentes, ao contrário de IL-2 (P<0,047), IL-12p35 (P<0,029), IFN-&#947; (P<0,004) e MCP-1 (P<0,03), cujos níveis de RNAm foram maiores nos animais susceptíveis. No abomaso dos animais resistentes houve menor expressão de pepsinogênio (P<0,025) e maior de lisozima (P<0,042). Em conclusão, a estratégia utilizada permitiu a identificação de vários genes envolvidos na resposta imune e a descoberta inédita de que Bos indicus resistentes a parasitas gastrintestinais apresentam uma resposta TH2 polarizada, em contraste aos animais susceptíveis, que apresentam uma resposta TH1. / The aim of this work was identify genes related to immune response to gastrointestinal nematodes in cattle. The periodic counts of eggs per gram (EPG) of feces and coproculture analysis were done to identify the resistant and susceptible animals. The EPG counts allowed us to identify these animals. It was twenty-fold higher in susceptible group (P<0.001). The coproculture analysis allowed us to conclude that the infestation is predominantly characterized byCooperia spp. and Haemonchus spp. and a low incidency of Oesophagostomum. To identify the genes, it was used the EST (Expressed Sequence Tags) methodology and constructed two cDNA libraries from abomasum, abomasum lymph nodules and small intestine from resistant (ER1) and susceptible (ES1) cattle. It was generated 2496 ESTs from each library. From these, 1664 and 1898 ESTs were valids to ER1 and ES1 libraries, respectively. Among the 2323 unique sequences were identifyed several genes related to immune response, such as MHC class I and II molecules, immunoglobulins, interleukins, lysozyme and pepsinogen. To study the gene expression, it was used the reverse transcription and real-time polymerase chain reaction methodology to quantify the messager RNA expression of 10 genes related to polarization of immune response (the interleukins IL-2, IL-4, IL-8, IL-12p35 e IL-13, the cytokines TNF-&#946;, IFN- &#947;, MCP-1&#946; and MCP-2 and the glycoprotein mucin 1-MUC1). The gene expression analysis in the abomasum reveled that IL-4 (P<0,018) and IL-13 (P<0,002) were up-regulated and TNF-&#946; (P<0,0001) was down-regulated in resistant group; in the abomasum lymph nodules IL-4 (P<0,019) and IFN-&#947; (P<0,007) were both up-regulated in resistant and susceptible group, respectively; in the small intestine IL-4 (P<0,01) and IL-13 (P<0,045) were up-regulated in resistant group and IL-2 (P<0,047), IL-12p35 (P<0,029), IFN-&#947; (P<0,004) and MCP-1 (P<0,03) were down-regulated in susceptible one. In the abomasum from resistant group, pepsinogen was down-regulated (P<0,025) and lysozyme was up-regulated (P<0,042). In conclusion, the strategy used allowed us to identify several genes involved in immune response and the inedit discovery that Bos indicus resistant to gastrointestinal nematodes present a TH2-type response, in contrast to susceptible animals that present a TH1-type response.
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Identidade e diversidade genética de espécies de ostras nativas no Estado de Sergipe / Identity and genetic diversity of native oyster species in Sergipe, Brazil

Silva, Thomaz de França e 30 April 2015 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Oyster farming is a fishing activity that has been showing growth among the years to supply Brazil´s commercial demand. In Brazilian estuaries, two native oysters represent most of this type of mollusk population: Crassostra rhizophorae and Crassostrea brasiliana. Due to their great resemblance and also for sharing the same ecological traits, the lack of morphological distinction in between the two species do complicate the visual identification. Hence, genetic analysis is mandatory to distinguish them. Owing to fishing industry, it is crucial to identify accurately cultivated oysters aiming productivity growth, also providing sustainable and responsible use of natural resources. The transference of one organism to another habitat, under economic purposes, may trigger several hazards to the ecosystem; therefore it must be ensured that there is gene flow between the two locations to avoid such ecological damages. To do this, an analysis of DNA haplotypes may be used among the samples to estimate genetic structure. This research used DNA samples extracted from the adductor muscle of the shell of 180 oysters gathered at three estuaries of Sergipe: São Francisco, Vaza Barris and Piauí-Real. Levels of genetic variability were determined through amplification of two mitochondrial genes: 16S, for the species identification, and cytochrome oxidase subunit I (COI), for genetic identity and population diversity. Of the 156 analyzed oysters, 49 were identified as C. rhizophorae and 107 as C. brasiliana. The two species co-occurred in all three examined estuaries. C. brasiliana is more frequent in lower salinity waters and next to oyster farming sites. Molecular marker COI delivered the same polymorphism levels for both species, and 14 haplotypes for C. rhizophorae, 12 haplotypes for C. brasiliana. AMOVA analysis detects the absence of geographical structuring in both species´ populations due to the low FST value. According to the acquired data, it can be stated that there is gene flow in high levels between populations of the two native oyster species at the analyzed estuaries. The higher genetic diversity for C. brasiliana is situated on Piauí-Real estuary. It may be related to the North-South direction of ocean currents in this region, which favors the migration of larvae to South estuaries, on the other hand it hinders the flow of unique haplotypes of Piauí-Real estuary to others located to the North. Moreover, the higher diversity for C. rhizophorae was detected in Vaza Barris river, due to the absence of any oyster farming sites in this estuary, whereas the choice of C. brasiliana for cultivation because it has better performance for commercial purposes. Thus, it can be concluded that, from a genetically speaking, the translocation of native oysters among the researched estuaries for cultivation would not affect local populations. / O cultivo de ostras ostreicultura é uma atividade pesqueira que vem crescendo no Brasil ao longo dos anos para suprir a demanda comercial local. Nos estuários brasileiros, duas ostras nativas apresentam a maior abundância populacional: Crassostrea rhizophorae e Crassostrea brasiliana e, por consequência, são as principais espécies exploradas. Devido à grande semelhança e por também apresentarem hábitos ecologicamente similares, as pequenas variações morfológicas entre as duas espécies prejudicam a identificação visual, tornando-se necessárias análises genéticas que possibilitem sua diferenciação. Tendo em vista o setor pesqueiro, a identificação das ostras cultivadas é essencial para o aumento da produtividade, além de possibilitar o uso sustentável e responsável dos recursos naturais. O transporte de um organismo para outro habitat, com finalidade econômica, pode desencadear diversos prejuízos para o ecossistema, portanto é preciso certificar que há fluxo gênico entre os locais para evitar tais danos ecológicos. O presente trabalho teve por objetivo diferenciar as espécies de Crassostrea por meio de amostras de DNA extraídas do músculo adutor da concha de 180 ostras coletadas em três estuários de Sergipe: São Francisco, Vaza Barris e Piauí-Real. Os níveis de variabilidade foram determinados através da amplificação de dois genes mitocondriais: DNA ribossomal 16S, para a identificação das espécies e citocromo oxidase I (COI), utilizado para identidade genética e diversidade populacional. Dos 156 indivíduos utilizados para a análise genética, 49 foram identificados como C. rizophorae e 107 como C. brasiliana, sendo que as duas espécies coocorreram nos três estuários analisados. C. brasiliana é mais frequente em locais de salinidade mais baixa e também junto aos sítios de ostreicultura. O marcador COI apresentou o mesmo nível de polimorfismo para as duas espécies e 14 haplótipos para C. rhizophorae, 12 haplótipos para C. brasiliana. O teste AMOVA detectou a inexistência de estruturação geográfica nas populações das duas espécies, devido ao baixo valor de fixação FST. De acordo com os dados obtidos, é possível afirmar que há grande fluxo gênico entre as populações das duas espécies de ostras nativas dos estuários analisados. A maior diversidade genética para C. brasiliana encontra-se no estuário do complexo fluvial Piauí-Real, podendo estar relacionada ao sentido Norte-Sul das correntes marinhas nessa região, que favorece a migração de larvas para estuários do Sul, entretanto dificulta o fluxo de haplótipos exclusivos do complexo Piauí-Real para estuários localizados ao Norte. Por outro lado, a maior diversidade para C. rhizophorae foi encontrada no rio Vaza Barris, devido a ausência de criatórios comerciais de ostras nativas neste estuário, sabendo que nos viveiros são cultivadas ostras da espécie C. brasiliana, por possuir melhor desempenho para fins comerciais. Dessa forma, podese concluir que, do ponto de vista genético, a translocação de ostras nativas entre os estuários analisados para cultivo, não afetaria as populações locais.
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Descobrindo genes expressos na glândula mamária e relacionados à ocorrência e controle da mastite bovina / Hunting expressed mammary gland genes related to mastitis in dairy cattle

Adilson Ferreira da Mota 29 September 2003 (has links)
O Brasil possui o maior rebanho bovino comercial do mundo com sua produção baseada, predominantemente, em animais de origem zebuína (Bos indicus), com níveis do potencial genético de produção inferiores aos animais Bos taurus. Com a possibilidade de emprego de técnicas de genética molecular, a seleção de indivíduos melhoradores para acasalamento e multiplicação repercutem nos índices de produtividade e produção. A utilização de melhores métodos de estudo da variação genética no nível mole cular representa benefícios especialmente nos casos de resistência a doenças, já que essas características apresentam baixa herdabilidade e são afetadas pelo ambiente. O estudo da genética molecular visando o aumento da saúde da glândula mamária de bovinos apresenta a vantagem de poder selecionar animais em idades precoces, antes da produção, para ambos os sexos e, no caso dos machos reprodutores, sem a necessidade de aguardar por informações da saúde da glândula mamária observada somente na descendência dos animais. Para identificar genes com responsabilidade de conferir resistência à mastite bovina, a doença mais importante da bovinocultura, foram realizados diversos experimentos que envolveram um gene do complexo principal de histocompatibilidade (MHC &#150; Major Histocompatibility Complex). Os experimentos com o gene BoLA-DRB3, do MHC, permitiram identificar um alelo novo, desenvolver uma técnica mais eficiente de genotipagem de animais e verificar a distribuição dos alelos em animais da raça Gir Leiteira. Foram também construídas biliotecas de cDNA utilizando a metodologia de ORESTES e tecido de glândula mamária de animais europeus e zebuínos infectados com Staphylococcus aureus . 6.481 sequências expressas (ESTs), obtidas por meio da metodologia de ORESTES, foram depositadas em bases públicas como o GenBank (http://www.ncbi.nih.nlm.gov/) e TIGR (http://www.tigr.org), sendo 5.950 provenientes de animais Bos indicus, o que significou um aumento de vinte vezes no volume de informações disponíveis sobre o transcriptoma de bovinos zebuínos ao tempo deste estudo. / Brazil is the largest cattle commercial herd in the world, mainly based in zebu (Bos indicus) with lower genetic potential than taurus-derived animals. Molecular genetics brought the possibility of better selection of animals for breeding, which increases production levels. The use of molecular methods for studying genetic variation is especially advantageous for disease resistance because of low herdability and envir onment effects. Selection by means of molecular genetics in dairy cattle can be done before production, for males and females. To identify genes responsible for conferring resistance to Mastitis, the most important cattle disease, we studied one gene from the MHC (Major Histocompatibility Complex). The experiments with this MHC gene (BoLA-DRB3) identified a new allele in cattle, developed a genotyping technique, and estimate allelic frequencies for Dairy Gir cows (Bos indicus). CDNA libraries from mammary gland tissues infected with Staphylococcus aureus were also constructed and characterized. 6,481 ESTs (Expressed Sequence Tags) were deposited in GenBank (http://www.ncbi.nih.nlm.gov/) and TIGR (http://www.tigr.org), being 5,950 from Bos indicus cows, which increased by 20-fold the volume of sequence data from the zebu transcriptome, at the time when this study was conducted.
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Resistência de Rhipicephalus (Boophilus) microplus (Acari: Ixodidae) a fipronil: Padronização de bioensaios in vitro, detecção de resistência em populações de campo e avaliação sobre resistência cruzada com outras drogas. / Resistance of Rhipicephalus (Boophilus) microplus (Acari: Ixodidae) to fipronil standardization of in vitro bioassays, detection of resistance in field populations and evaluation of cross-resistance with other drugs.

Eleonor Adega Castro Janer 02 December 2010 (has links)
Para o sucesso das estratégias de manejo de Rhipicephalus (Boophilus) microplus (carrapato bovino) são necessários testes práticos, econômicos e confiáveis que possam detectar a presença de fenótipos resistentes a drogas em suas populações. O fipronil é um acaricida de uso relativamente recente não havendo testes padronizados para o diagnóstico de resistência do carrapato à molécula. No presente trabalho, foram padronizados bioensaios in vitro para esta finalidade: Teste de Imersão de Adultas, Teste de Imersão de Larvas e Teste de Pacote com Larvas. Os testes foram aplicados e, de forma inédita, populações resistentes foram diagnosticadas tanto no Brasil quanto no Uruguai. Ensaios com inibidores enzimáticos não evidenciaram participação importante de enzimas detoxificadoras no mecanismo de resistência. Foi demonstrada reação cruzada entre fipronil e lindano, não verificada para ivermectina. Em algumas situações, foi observado interferência do controle químico de pragas agrícolas no desenvolvimento de resistência dos carrapatos. / For the success of the strategies for the management of Rhipicephalus (Boophilus) microplus (cattle tick), practical, economical and reliable tests are needed to detect the presence of drug-resistant phenotypes in their populations. Fipronil is a relatively new acaricide with no standardized tests for the diagnosis of tick resistance to this molecule. In this study, were standardized in vitro bioassays for this purpose: Adult Immersion Test, Larval Immersion Test and Larval Packet Test. The tests were applied and for the first time, resistant populations were diagnosed in Brazil and Uruguay. Tests with enzymatic inhibitors showed no significant involvement of detoxification enzymes in the mechanism of resistance. Cross-resistance was demonstrated between lindane and fipronil but not with ivermectin. In some situations, it was observed interference of the chemical control of agricultural pests in the development of resistance in ticks.
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Avaliação do impacto dos atributos de qualidade em tourinhos de elite da raça nelore comercializados em leilão: uma aplicação do método hedônico / Impact of quality attributes in the price of Nellore breed sold at auction: an application of the hedonic

Yuri Clements Daglia Calil 27 August 2010 (has links)
O presente estudo mensura o impacto no preço dos atributos de qualidade nos tourinhos da raça Nelore comercializados em leilões por meio de uma metodologia específica, baseada na Teoria dos Preços Hedônicos. Para tanto, utilizou-se como amostra três leilões - 368 observações - de uma fazenda padrão, o Nelore Jandaia. Assim, os atributos dos animais que mais contribuíram para a formação dos preços, em um primeiro plano, foram: a qualidade genética como um todo, expressa através do Mérito Genético Total - MGT, e a qualidade fenotípica global, demonstrada pelo índice EPMURAS. Em um segundo plano, mais específico, agregaram mais valor aos jovens reprodutores características relacionadas à precocidade e fertilidade do lado genético a Diferença Esperada na Progênie - DEP para perímetro escrotal aos 365 dias (dpe365) e no lado fenotípico a nota de precocidade. Por exemplo, os animais com MGT excelente tiveram um prêmio médio de 22% a mais em relação aos considerados como bons, paralelamente os com EPMURAS excelente tiveram um prêmio de 11% em relação aos classificados como muito bons, ceteris paribus. Para cada ponto a mais na precocidade e na DEP dpe365 o valor dos animais comercializados aumenta em, respectivamente, 5% e 5,8%, ceteris paribus. Do exposto, pode-se concluir que se os pecuaristas dedicados ao melhoramento dos seus rebanhos privilegiarem em seus objetivos de seleção animais com excelentes atributos de fertilidade e precocidade receberam prêmios superiores por isso. Em outras palavras, focar a seleção em precocidade e fertilidade agrega valor aos animais. / This study measures the impact on the price of quality attributes in Nelore steer sold at auction by a particular methodology, based on the theory of hedonic prices. To this end, we used as a sample three auctions - 368 observations of a standard farm, Nelore Jandaia. Thus, the attributes of animals that contributed most to the price formation were the genetic quality as a whole, expressed through the Total Genetic Merit - MGT, and the overall phenotypic quality, as demonstrated by the index EPMURAS. In a second model, more specific, added more value to young breeding characteristics related to precocity and fertility - the genetic side of the Expected Progeny Difference - EPD for scrotal circumference at 365 days (dpe365) and on the phenotypic note of precocity. For example, animals with excellent MGT had an average premium of 22% more than for those considered as good, along with the excellent EPMURAS had a premium of 11% over rated as very good. For each point on precocity and DEP dpe365 the value of animals traded increases, respectively, 5% and 5.8%, ceteris paribus. From the above, we conclude that if the farmers devoted to the improvement of their herds give priority in their selection goals animals with excellent attributes of fertility and precocity will receive premium for it. In other words, focus the cattle selection on fertility and precocity adds value to animals.
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Genes de referência para expressão gênica em codornas de corte / Reference genes for gene expression in quails

Macário, Maíse dos Santos 16 February 2016 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The production of common quail is on increasing development and needs further genetics studies for productive direction. As the PCR technique in real time the most important in the analysis of animal gene expression, studies and experiments related components are needed. Among these components is the reference gene, normalizer data that has great impact on the results and has direct influence on the success of the analysis, which must have significant expression in tissue and invariably in all the experimental conditions. Among the experimental conditions, sex (male and female) can be considered, since there are research about responses in the animal gene expression in both sexes. Thus it is necessary to use a single set of reference genes for normalizing expression data from both samples (male and female), by eliminating the effect of sex. So, We aim with this study was to evaluate the stability and recommend reference genes for quantitative real-time PCR in different quails tissues of both sexes. The stability of 10 housekeeping genes (GAPDH, RPL5, MRPS27, MRPS30, TFRC, HMBS, EEF1, LDHA, B2M and UBC) was analyzed in four tissues (heart, thigh, brain and spleen) of males and females quails, from online available RefFinder tool. The RefFinder is based on the results of programs and methods commonly used for this purpose (Bestkeeper, NormFinder, GeNorm and ΔCq method) and the analysis was done separately for each tissue. The results confirm prior knowledge that different tissues express different genes, that it was noted from the different recommendations for each tissue. However, it is important to note that although the sex be able to influence the expression of genes, we observed stable constitutive genes for both sexes. The most stable housekeeping genes were: MRPS30, EEF1 and HMBS in thigh muscle; B2M, GAPDH and UBC in brain; MRPS30, TFRC and HMBS in heart; and EEF1, LDHA and HMBS in spleen, It is therefore recommended to be used as reference genes for gene expression studies of male and female quails. The recommendation of stable genes that can be used in both sexes quail facilitates the execution of subsequent genetic studies needed to assess the animals eliminating the effect of sex, influencing, consequently, in the development on the entire production. / A coturnicultura de corte está em crescente desenvolvimento e necessita de maiores estudos no campo genético para o direcionamento produtivo. Sendo a técnica da PCR em tempo real uma das mais importantes na análise da expressão gênica animal, estudos e experimentações relacionadas a seus componentes se fazem necessários. Dentre esses componentes encontra-se o gene de referência, normalizador de dados que possui grande impacto nos resultados e tem influência direta no sucesso da análise, devendo este possuir expressão significativa no tecido de forma invariável em todas as condições experimentais. Dentre as condições experimentais, o sexo (macho e fêmea) pode ser considerado, uma vez que existem pesquisas voltadas à busca de respostas do comportamento gênico animal de ambos os sexos. Dessa forma se faz necessária a utilização de um único conjunto de genes de referência para normalizar os dados de expressão de ambas as amostras (machos e fêmeas), eliminando o efeito de sexo. Assim, objetivou-se com esse trabalho avaliar a estabilidade e recomendar genes de referência para PCR quantitativo em tempo real em diferentes tecidos de codornas de corte de ambos os sexos. Foram analisadas as estabilidades de 10 genes constitutivos (GAPDH, RPL5, MRPS27, MRPS30, TFRC, HMBS, EEF1, LDHA, B2M e UBC) em quatro tecidos (coração, coxa, cérebro e baço), de codornas machos e fêmeas, a partir da ferramenta RefFinder disponível online. O RefFinder se baseia nos resultados dos programas e métodos comumente utilizados para esta finalidade (Bestkeeper, NormFinder, GeNorm e método ΔCq) e a análise foi feita separadamente para cada tecido. Os resultados confirmam o conhecimento prévio de que diferentes tecidos expressam genes diferentes, notável a partir das diferentes recomendações para cada tecido. Entretanto, é importante notar que, apesar de o sexo influenciar na expressão de genes, foi possível observar genes constitutivos estáveis para ambos os sexos. Os genes que se mostraram mais estáveis foram: MRPS30, EEF1 e HMBS no músculo da coxa; B2M, UBC e GAPDH no cérebro; MRPS30, TFRC e HMBS no coração; e EEF1, LDHA e HMBS no baço; sendo, portanto, recomendados para serem empregados como genes de referência em estudos de expressão gênica de codornas de corte machos e fêmeas. A recomendação de genes estáveis que podem ser utilizados em ambos os sexos de codornas facilita a execução de estudos genéticos posteriores que necessitem avaliar os animais eliminando o efeito de sexo, influenciando, consequentemente, no desenvolvimento de toda a cadeia produtiva.
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Support system for decision making in the phenotypic Evaluation of brown swiss cattle using image processing and augmented reality

Apumayta Lopez, Julianna Milagros 27 November 2019 (has links)
To certify the information coming from the registered animals of different breeds and to guarantee their racial purity and contribute to the genetic improvement, we propose the development of a model based on augmented reality and support decision making for identification and automatic classification of Brown Swiss cattle. TensorFlow Object Detection API was used to detect the cow in real time. The learning transfer approach was used for training, and MobilNet pre-trained architecture was selected. MobilNet is an efficient model for mobile applications because it is small in size and fasts. The results were reflected in the development of a mobile app, which was evaluated through the automatic adjustment and calibration of the template on the cow if the animal that was focusing was or was not of the Brown Swiss breed. / Trabajo de investigación

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