Os defeitos de pernas são decorrentes do rápido crescimento das aves, tornando-se necessário um estudo genético das associações entre essas características. Os objetivos deste estudo foram estimar os parâmetros genéticos para defeitos de pernas por escore visual, discondroplasia tibial, características de desempenho e carcaça, assim como estimar as tendências genéticas, ganho genético potencial e respostas correlacionadas, em uma linhagem de frangos de corte. O banco de dados utilizado neste estudo foi composto por registros de 128.459 aves, com informações de pedigree, manejo, desempenho, qualidades e defeitos de carcaça pertencentes a um rebanho elite de uma linhagem comercial de frangos de corte sob seleção. As características estudadas foram: os pesos vivos do animal aos sete (P7), 30 (P30) e 38 dias de idade (P38), peso ao abate (PA), peso eviscerado (PE), peso de peito (PPEI), peso de pernas (PPER), rendimento de carcaça (RCAR), rendimento de peito em relação ao peso ao abate (RPEI), rendimento de pernas em relação ao peso ao abate (RPER), eficiência alimentar (EFAL), defeito de pernas por escore visual (DPER), discondroplasia tibial (DT) e defeito de pernas total (DPERT). Para as características P7, P30, P38, PA, PE, PPEI, PPER, RCAR, RPEI, RPER, EFAL as análises genéticas foram realizadas pela metodologia dos modelos lineares clássicos, utilizando o método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML) sob um modelo animal. Além da metodologia dos modelos lineares clássicos, as análises genéticas para as características DPER, DT e DPERT foram realizadas utilizando modelos lineares generalizados com função de ligação logit, devido à natureza categórica destas características, empregando-se modelo animal e modelo pai, com o método da quasi-verossimilhança penalizada (PQL). As análises foram obtidas utilizando-se o software ASREML®. As estimativas de herdabilidades obtidas para as características estudadas variaram de moderadas a altas, exceto para DT e DPERT, para as quais as estimativas de herdabilidades foram baixas. As estimativas de correlações genéticas entre as características de desempenho e carcaça e defeitos de pernas variaram de moderadas a altas, exceto para DPER e EFAL que apresentaram baixas correlações genéticas com as características de desempenho carcaça. As tendências genéticas para as características de desempenho e carcaça são indicativas que há seleção para características de peso vivo em diferentes idades e de desempenho e carcaça nesta linhagem, diferente do que acontece para as características de DPER, DT e DPERT, para as quais não há seleção evidente nessa linhagem. / The legs defects are caused by rapid growth of broilers, therefore it is necessary to study of genetic associations between these traits. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for legs defects by visual score, tibial dyschondroplasia, performance and carcass traits, and to estimate the genetic trends, potential genetic gain and correlated response in a broiler line. The database used in this study consisted of records from 128,459 birds, containing pedigree information, management, performance, qualities and defects, of an elite flock from a commercial strain of broiler chickens under selection. The traits studied were: the live weight at seven (P7), 30 (P30) and 38 days old (P38), slaughter weight (PA), carcass weight (PE), breast weight (PPEI), leg weight (PPER), carcass yield (RCAR), breast yield (RPEI), legs yield (RPER), feed efficiency (EFAL), legs defect by visual score (DPER), tibial dyschondroplasia (DT) and legs total defects (DPERT). For the traits P7, P30, P38, PA, PE, PPEI, PPER, RCAR, RPEI, RPER, EFAL statistics and genetic analysis done through classical linear models methodology, using the method of Restricted Maximum Likelihood (REML) under an animal model. Besides the classical linear model methodology, genetic analyzes for the traits DPER, DT and DPERT were done using generalized linear models with logit link, due to the categorical nature of these traits, using an animal and sire models, by the method of penalized quasilikelihood (PQL). Full analyzes were obtained using the ASREML® software. Estimates of heritability obtained for the traits varied from moderate to high, except for DT and DPERT, which heritability were low. Estimates of genetic correlations between performance and carcass traits and leg defects varied from moderate to high, except for DPER and EFAL, which presented low genetic correlations with performance characteristics of the carcass. Genetic trends for performance and carcass characteristics indicate that selection occurs for body weight at different ages and performance and carcass traits in this strain, in a different way to the observed for traits of DPER, DT and DPERT, which no evident selection in this line was observed.

Este estudo teve por objetivo analisar e comparar metodologias estatísticas para fins de mapeamento de QTL associados à resistência a ectoparasitas em bovinos. Os animais, submetidos à infestação artificial, foram periodicamente avaliados por contagens, como número de carrapatos. Estes dados se caracterizam como medidas repetidas e, via de regra, não atendem ou atendem parcialmente as exigências usuais da análise, para mapeamento de QTL, dentre elas a de apresentar distribuição normal e independência dos erros. Ainda não está bem definido qual seria a melhor estratégia para analisar dados com o perfil descrito. Algumas alternativas seriam transformações de dados que permitam o uso dos programas já disponíveis, ou o desenvolvimento de programas que utilizem outras distribuições como Poisson ou Poisson inflada de zeros (ZIP). Esta proposta está inserida na parceria entre EMBRAPA - Gado de Leite e a ESALQ/USP, para desenvolvimento do projeto de mapeamento de QTL em bovinos mestiços (Gir x Holandês), para várias características incluindo a resistência a parasitas. Foram utilizados 263 animais F2, genotipados com 5 marcadores moleculares no cromossomo 23, na tentativa de mapear QTL para característica de resistência a carrapatos. Dados coletados naquela população F2 e dados simulados em diferentes cenários, serão a base para a comparação de estratégias de análise e mapeamento de QTL. Os modelos de mapeamento clássico, assim como a utilização de transformações dos dados originais foram comparados a modelos de regressão Poisson e modelo ZIP. Os modelos Poisson e ZIP apresentaram os melhores resultados quando trabalhamos com dados de contagem inflacionados de zeros, porém em outros cenários a transformação dos dados originais se mostrou igualmente eficiente. Dependendo do propósito do mapeamento (seja ele localizar ou estimar o efeito), cada modelo possui suas vantagens e suas limitações. Assim, sempre é recomendável uma prévia análise descritiva dos dados para que o melhor modelo seja utilizado. / This study has as main objective to analyze and compare statistical approaches to QTL mapping for parasites resistance in bovines. The animals, under artificial infestation, were periodically evaluated by counting, as ticks count. These data are characterized as repeated measures and, usually, dont follow or partially follow the usual requirements for the analysis, for QTL mapping, that is to present normal distribution and error independence. It is not clear yet which will be the best strategy to analyze this kind of data. Some alternatives could be data transformation that allows the use of software available on the web, or the development of specific programs that use other types of distribution like Poisson or Zero Inflated Poisson (ZIP).This work is an association between EMBRAPA Gado de Leite and ESALQ/USP, to the development of the QTL mapping project for crossbred bovines (Gyr x Holstein), for different characteristics including the parasite resistance. Were used 263 animals F2, genotyped for 5 molecular markers on the chromosome 23, aiming to map QTL for characteristics of parasite resistance. Data collected on this F2 population and simulated data in different scenarios will be the base for the strategies of the QTL mapping approaches comparison. The classical mapping models and the use of data transformation of the original data were compared to Poisson regression and ZIP models. The Poisson and ZIP models presented the best results when working with zero inflated count data however in some other scenarios the data transformation showed similar efficiency. Depending on the purpose of the mapping (this meaning locate or estimate the QTL effect) each model has its vantages and its limitations. This way, it is always advisable to make a previous descriptive analysis of the data to better choose the model.

Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. / In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2017-04-11T13:25:05Z No. of bitstreams: 1 Camila Penha Abreu.pdf: 668357 bytes, checksum: bda3e1a88cd78c2f25f3b992ee3057bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T13:25:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Camila Penha Abreu.pdf: 668357 bytes, checksum: bda3e1a88cd78c2f25f3b992ee3057bf (MD5) Previous issue date: 2014-07-30 / CAPES, CNPQ / Hoplias malabaricus is a caraciforme of wide distribution, popularly known like traíra, that occurs in all the great Brazilian watersheds,presenting a small morphological differentiation and great karyotype variety.Since the population of H. malabaricus in the state of Maranhão presents only a cytotype recognized for this region, the present study examined its diversity in the Maranhão hydrographic region using geometric morphometry techniques and molecular diversity, associating the patterns found with geomorphological data and paleohydrologic processes of the drainage involved. Samples of H. malabaricus were collected from the rivers Turiaçu, Pindaré Mearim, Itapecuru, Munim, Gurupi, Parnaíba and Tocantins. The morphometric data, obtained from 15 anatomical landmarks, were submitted to a Canonical Variable Analysis (CVA). For molecular analysis two markers were used, the control region (D-Loop) of the mitochondrial DNA and the S7 intron 1 nuclear gene. Morphometric analyzes indicated significant variations among populations. In general, the differences were related in the variation of the head region and shortening / elongation of the caudal region. Molecular analysis Indicated the presence of eight Haplogroups (A-H) for D-loop and three groups (Group I, Group II and Group III) for the nuclear gene S7 íntron 1. The results found suggest high genetic diversity in specimens of H. malabaricus in the basins along the north-northeast region of Brazil with discreet morphometric variation. Such diversity seems to be related to the main events of diversification of freshwater fish, evidencing a possible speciation event cryptic of H. malabaricus in the studied region. / Hoplias malabaricus é um caraciforme de ampla distribuição, conhecido popularmente como traíra, que ocorre em todas as grandes bacias hidrográficas brasileiras, apresentando uma pequena diferenciação morfológica e grande variedade cariotípica. Uma vez que a população de H. malabaricus do estado do Maranhão apresenta apenas um citótipo reconhecido para essa região, o presente trabalho examinou sua diversidade críptica na região hidrográfica do Maranhão pelas técnicas de morfometria geométrica e diversidade molecular, associando os padrões encontrados com dados geomorfológicos e paleohidrológicos das drenagens envolvidas. Amostras de H. malabaricus foram coletados dos rios Turiaçu, Pindaré Mearim, Itapecuru, Munim, Gurupi, Parnaíba e Tocantins. Os dados morfometricos, obtidos a partir de 15 marcos anatômicos, foram submetidos a uma Análise das Variáveis Canônicas (AVC). Para a análise molecular foram utilizados dois marcadores, a região controle (D-Loop) do DNA mitocondrial e o gene nuclear S7 íntron 1. As análises morfometricas indicaram variações significativas entre as populações. De uma forma geral, as diferenças foram relacionadas na variação da região da cabeça e encurtamento/alongamento da região caudal. A análise molecular indicou a presença de oito Haplogrupos (A-H) para D-loop e três grupos (Grupo I, Grupo II e Grupo III) para o gene nuclear S7 íntron 1. Os resultados encontrados sugerem elevada diversidade genética em espécimes de H. malabaricus nas bacias hidrográficas ao longo da região norte-nordeste do Brasil com discreta variação morfométrica. Tal diversidade parece estar relacionada aos principais eventos de diversificação dos peixes de água doce, evidenciando um possível evento de especiação críptica de H. malabaricus em curso na região estudada.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:35:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) Previous issue date: 2015-05-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ordem Rodentia representa a mais numerosa ordem de mamíferos, com cerca de 42% das espécies conhecidas atualmente. Os roedores apresentam 2.227 espécies, 468 gêneros e 33 famílias recentes, sendo este último elevado para 50 se forem consideradas as famílias extintas. A enorme variação na morfologia, na diversidade de habitats e climas e na alimentação são as causas desta Ordem ser mais numerosa e melhor sucedida evolutivamente entre as ordens de mamíferos. O gênero Oecomys pertence à subfamília Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) com aproximadamente 16 espécies descritas, distribuídas em floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Estudos citogenéticos prévios sugerem que o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. No presente trabalho foram analisados, por meio de técnicas citogenéticas convencionais e pintura cromossômica multidirecional (Sondas cromossômicas de Hylaeamys megacephalus – HME), foram analisados 18 exemplares de Oecomys, sendo quatro coletados na região metropolitana de Belém, Pará; dois no Município de Santa Bárbara, Pará; cinco na região de Carajás, Pará e 7 na região do Calha Norte, Pará. Os exemplares do Parque Ambiental de Belém apresentaram 2n=72 e NF=76; os exemplares de Santa Bárbara apresentaram 2n=70 e NF=74 e os de Carajás apresentaram 2n=70 e NF=72. Todos estes exemplares foram identificados como O. paricola. Os exemplares coletados do Calha Norte apresentaram 2n=62 e NF=80 e foram identificados como O. auyantepui. Os citótipos descritos para O. paricola apresentaram diferenças em 5 picos de HME hibridizados, evidenciando 3 associações para esta espécie. Para O. auyantepui foram identificados 5 associações. As diferenças cromossômicas encontradas para O. paricola de diferentes regiões geográficas sugerem que estes citótipos pertencem a espécies crípticas, o que é caracterizado. Nós sugerimos que as populações de O. paricola são um complexo de espécies onde já ocorreu a diferenciação cromossômica, mas não diferenciação morfológica e molecular. / The Order Rodentia represents the largest mammal order, with approximately 42% of species currently known. Rodents have 2,227 species, 468 genera and 33 families recent, the latter being raised to 50 if the extinct families are considered. Their huge variation in morphology, diversity of habitats and climates and food are the causes of this be most numerous and evolutionarily successful among mammalian orders. The Oecomys genus belongs to the subfamily Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) with approximately 16 described species, distributed in tropical and subtropical forest of Central and South America. Previous cytogenetic studies suggest that Oecomys features large karyotype diversity, with the diploid number ranging from 58 to 86. In this study were analyzed by conventional cytogenetic techniques and multidirectional chromosome painting (using whole chromosome probes of Hylaeamys megacephalus) 18 specimens of Oecomys were analyzed, four were collected in the metropolitan area of Belém, Pará; two in the city of Santa Barbara, Pará; five in the region of Carajás, Pará and 7 in Calha Norte region, Pará. Specimes from Belém Environmental Park had 2n = 72 and FN = 76; specimes from Santa Barbara had 2n = 70 and FN = 74; from Carajás presented 2n = 70 and FN = 72. All this sample was identified as O. paricola. Specimens collected from the Calha Norte region had 2n = 62 and NF = 80 and were identified as O. auyantepui. The cytotypes described for O. paricola showed differences in five HME peaks, indicating 3 associations for this species. O. auyantepui showed five associations. Chromosomal differences found for O. paricola from different geographic regions suggest that these cytotypes belong to cryptic species. We suggest that these populations of O. paricola are a complex of species where the chromosomal differentiation already happened but not the morphological and molecular ones.

O gênero Mazama é composto por cinco espécies no Brasil. São animais de visualização dificultada por causa de comportamentos evasivos, o que torna as capturas e os estudos comportamentais quase impossíveis. Assim, o uso de metodologias não invasivas para estudos ecológicos e genéticos destas espécies se torna necessário. A análise do DNA fecal está dentro das técnicas mais promissoras para esse fim. Este estudo objetivou genotipar amostras fecais, de uma população de veado-mateiro (Mazama americana) para a obtenção de informações genéticas e ecológicas. Para tanto, foram coletadas, com auxílio de um cão farejador, georreferenciadas e estocadas em etanol absoluto, 52 amostras fecais de cervídeos. A coleta realizou-se em um fragmento (21o20S 47o17W) de 600 ha de floresta estacional semidecidual. Dessas amostras coletadas, 31% (n=16) foram classificadas como frescas e 69% (n=36) como não frescas. O DNA foi extraído em torno de 30 dias após a coleta, usando o kit comercial QIAamp® DNA Stool Mini Kit, seguindo o protocolo do fabricante. Das 52 amostras, 45 foram identificadas por PCR/RFLP como pertencentes a M. americana e as demais apresentaram problemas de amplificação e digestão, permanecendo sem identificação. Amplificaram-se por PCR cinco locos microssatélites, e o sucesso de amplificação, visualizado em gel de agarose, variou com o tamanho dos locos e com a classe das amostras. O sucesso de amplificação foi de 65% das amostras da categoria fresca e 35% das amostras da categoria não fresca. Encontrou-se uma correlação negativa (R= -0,82) entre o tamanho dos fragmentos dos locos de microssatélites e o sucesso de amplificação. Foi possível identificar o sexo do animal em 43,7% das amostras fecais, pela amplificação do gene da amelogenina. Os locos microssatélites amplificados foram analisados em sequenciador automático. Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador impossibilitaram a genotipagem da maioria dos locos e amostras, tornando inviável qualquer análise genética e ecológica com confiabilidade. Fica evidente a dificuldade de se trabalhar com a metodologia do DNA fecal para a identificação individual e sexagem de amostras obtidas de Cervídeos florestais em vida livre. Algumas melhorias metodológicas (coleta de amostras fecais frescas, seleção de iniciadores para locos menores e quantificação do DNA extraído por PCR em tempo real) são sugeridas para o aumento nos índices de sucesso na genotipgem em estudos futuros. / Mazama genus is composed by five species in Brazil. All of them are difficult to observe due to their evasive behaviors, what makes the captures and behavioral studies almost impossible. Thus, the use of non invasive methodologies is necessary to study the ecology and genetics of these species. The fecal DNA analysis is one of the most promising techniques for this purpose. This study aimed to genotype a Mazama americana population faecal samples for obtaining genetics and ecological information. For this, 52 deer faecal samples were collected in a 600ha seasonal semideciduos forest fragment (21o20S 47o17W), with the help of a detection dog, stored in ethanol and georeferenced. Of these samples 31% (n=16) was classified as fresh and 69% (n=36) as not fresh. About thirty days after the collection the DNA was extracted using the QIAamp® DNA Stool Mini Kit following the manufacturers instructions. From the 52 samples collected and extracted, 45 were identified by PCR/RFLP as M. americana and the others showed amplification and digestion problems, remaining without identification. Five microsatellite loci were amplified by PCR and the amplification success, visualized in agarose gel, varied with the loco size and age class. The amplifications success occurred in 65% of the fresh samples and in 35% of the non-fresh samples and a negative correlation (R= -0.82) was found between amplification success and loci sizes. It was possible to identify the animal sex in 43% of the samples by the amelogenin gene. The microsatellite loci amplifications were analyzed in an automatic sequencer. The majority of the samples and loci were impossible to genotype because of the quality of the elestroferograms, what made impossible any reliable genetic and ecological analysis. It is evident the difficulty to work with the faecal DNA methodology using field collected forests deer samples for individual and sexual identifications. Some methodological improvements (collect fresh samples, select primers for shorter loci and quantify the extracted DNA by real time PCR) are suggested to increase the genotyping success indexes in future studies

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissLCN.pdf: 1049732 bytes, checksum: 3b15cb5910d99ba0eb9ffc041a1a9a86 (MD5) Previous issue date: 2006-10-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Boophilus microplus tick affects cattle productivity causing economic losses in the order of billions of dollars annually. It is know that tick saliva exert immunomodulatory effects, an evolutionary adaptation to the immune response of the host that can counteract tick feeding. It has been suggested that the outcome of many parasitic infections with regard to resistance or susceptibility is determined by the pattern of response involving Th1 and Th2 cells, which produce specific cytokines that may direct the immune response towards different mechanisms. Limited information is available regarding to the host response to B. microplus tick infestation. In an attempt to improve our knowledge about cattle immune-response to ticks, this work determined the expression levels of cytokines mRNAs in two groups of Nelore (Bos indicus) calves: one control and other challenged by tick infestation. Our results demonstrated a down-regulation of IL-2 (P < 0.03) mRNA levels in challenged animals, while no effect of tick challenge was observed for IL-4, IL-8, IL-12p35, TNF-&#945; and MCP-1. The down regulation of an important Th1 cytokine suggests a tendency towards a Th2 response pattern, which is in agreement with similar studies conducted with other tick-host models. / O carrapato Boophilus microplus afeta a produtividade bovina causando perdas econômicas na ordem de bilhões de dólares anualmente. Sabe-se que a saliva do carrapato exerce efeitos imunomodulatórios, uma adaptação evolutiva à resposta do hospedeiro que pode prejudicar a alimentação do carrapato. Tem sido sugerido que o resultado de muitas infecções parasitárias, com relação a resistência ou suscetibilidade, é determinada pelo padrão de resposta das células TH1 e TH2, as quais produzem citocinas específicas que podem direcionar a resposta imune para diferentes mecanismos. As informações relacionadas à resposta do hospedeiro ao B. microplus ainda é bastante limitada. Na tentativa de ampliar os conhecimentos sobre a resposta imune dos bovinos ao carrapato, este trabalho determinou os níveis de mRNA de algumas citocinas em dois grupos de bezerros da raça Nelore (Bos indicus): um grupo controle e um grupo desafiado por infestação de carrapatos. Nossos resultados demonstraram uma redução dos níveis de mRNA de IL-2 (P < 0.03) nos animais desafiados, enquanto nenhum efeito foi observado para IL-4, IL-8, IL-12p35, TNF-&#945; and MCP-1. A redução na expressão de uma importante citocina TH1 sugere uma tendência para o padrão de resposta TH2, o que está de acordo com estudos similares conduzidos em outros modelos carrapatohospedeiro.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3505.pdf: 1518341 bytes, checksum: 4efdb62d361c64397c9a8d593dc99efc (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / The tayassuidae family, order Artiodactyla, occurs exclusevely in the American continet and has three extant species: Tayassu pecari, the White-lipped peccary, Pecari tajacu, the collared peccary, Catagonus wagneri, the chacoan peccary. The existence of a fourth species in the family, Pecari maximus, recently discovered, is being discussed. White-lipped peccaries occur from southern Mexico through northern Argentina, while collared peccaries have a wider distribution: from southern United States through northern Argentina. Both species play key roles in the ecossystem, being part of the trophic chain and acting as seeds predators and dispersers. They are hunted in various levels throughout thier range and suffer with habitat changes provoked by humans.Microssatellites are short repetitive sequences of DNA found all over the genome and present a high degree of polimorphysm, codominance and are selective neutral, therefore being considered a ideal molecular marker for populational studies. The flanking regions of these microssatellites tend to be conserved among related species, wich makes possible the cross amplification.The aim of this work was to describe and charaterize microssatellite loci for Tayassu pecari and to test their aplicability to population studies of Pecari tajacu. A partial enriched genomic library was constructed through the DNA cleavage with restriction enzymes, hybridiztion of the fragments with repetitive biotinilated probes and magnetic recovery of hybrids with streptavidincoated magnetic beads. Among 192 recombinant clones that were sequenced, 60 repetitive regions were obtained. Design of primers was possible for 19 of them and they were tested in 30 individuals from a wild population of White-lipped and 23 from a captive population of collared peccaries. 13 loci amplified in the White-lipped peccary population and ten of them polimorphyc. The genetic diversity in this population was considered moderated, two loci deviated from Hardy-Weinberg Equilibrium in response to the presence of an homozygous excess caused by null alleles. The genetic diversity found in the collared peccary population was slightly higher, probably due to the mixed origin of the animals. This difference may also be a result of different patterns or reproduction in the two species: while White-lipped herd seem to function as a relatevely closed reproductive units, the social flexibility of collared peccaries that occurs in the wild may favour the genetic diversity in the species, so when a captive population is established, its genetic diversity, as a reflex of the total genetic diversity, is also higher. There were more related individuals in the White-lipped population than were found for the collared population, which might be a consequence of the reproductive patterns of the two species. The genetic markers described here can be used in for popualtion studies in both species, and may base future managment and conservation programs for the maintaince of the peccaries. / A família Tayassuidae, ordem Artiodactyla, ocorre exclusivamente no continente americano e possui, atualmente, apenas três espécies: Tayassu pecari, as queixadas, Pecari tajacu, os catetos e Catagonus wagneri, o taguá. A existência de uma quarta espécie na família, Pecari maximus, recentemente descrita, vem sendo discutida. As queixadas distribuem-se do sul do México ao norte da Argentina, enquanto os catetos possuem uma distribuição mais ampla, sendo encontrados desde o sul dos Estados Unidos até o norte da Argentina. As duas espécies desempenham papel-chave nos ecossistemas, por fazerem parte da cadeia trófica e atuar como predadores e dispersores de sementes. São caçadas em diferentes intensidades ao longo de sua distribuição e também sofrem com a alteração, fragmentação e perda de habitats causados pela atuação humana em áreas naturais. Os microssatélites, sequências curtas e repetitivas, distribuemse uniformemente por todo o genoma, apresentam alto grau de polimorfismo, são codominantes e seletivamente neutros e, por isso, considerados como marcadores moleculares ideais para serem usados em estudos populacionais. O fato de a região flanqueadora dos microssatélites apresentarse extremamente conservada em algumas espécies relacionadas possibilita a utilização de marcadores microssatélites em espécies próximas àquelas para as quais foram descritos. Esse trabalho teve como objetivo descrever e caracterizar locos microssatélites para a espécie Tayassu pecari e testar sua aplicabilidade em estudos populacionais de Pecari tajacu. Para isso, foi construída uma biblioteca genômica parcial enriquecida. Tal metodologia baseia-se em três etapas principais: clivagem do DNA através de enzimas de restrição, hibridização dos fragmentos obtidos com sondas biotiniladas de sequência repetitiva e motif tetranucleotídico e recuperação magnética dos híbridos através da utilização de partículas magnéticas cobertas com streptavidina. Entre 192 colônias recombinantes que foram sequenciadas, foram obtidas 60 regiões repetitivas, tendo sido possível a construção de iniciadores para 19 delas. Dos iniciadores testados, 13 apresentaram um padrão satisfatório de amplificação em queixadas e 15 em catetos. Destes, dez foram polimórficos na população de queixadas analisada e 11 na de catetos. A variabilidade genética encontrada na população selvagem de queixadas estudada foi considerada moderada. Nessa população não foi encontrado desequilíbrio de ligação significativo e dois locos não se encontravam em Equilíbrio de Hardy-Weinberg, em virtude de um excesso de homozigotos, provocado pela presença de alelos nulos. A variabilidade genética encontrada na população cativa de catetos foi mais alta que a das queixadas, provavelmente por causa da origem diversa dos membros da população. Essa diferença também poderia ser explicada em função dos diferentes padrões de acasalamento das espécies: enquanto os bandos de queixadas parecem funcionar como unidades reprodutivas, a estrutura social mais flexível dos catetos, em vida livre, parece favorecer a maior diversidade genética nessa espécie, dessa forma, quando se estabelece uma popualação cativa, sua diversidade genética, que é um reflexo da diversidade total, também é maior. Foram encontrados mais indivíduos aparentados entre a população de queixadas do que na de catetos, o que pode ser uma conseqüência dos padrões reprodutivos das duas espécies. Os marcadores descritos aqui podem ser utilizados para estudos populacionais dessas duas espécies, que podem embasar futuros programas de manejo e conservação necessários para a manutenção das mesmas.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-04-10T13:19:21Z No. of bitstreams: 1 Elizabete Cristina da Silva.pdf: 4327297 bytes, checksum: 969fe0e6e726dc739f29566fd5377097 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T13:19:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elizabete Cristina da Silva.pdf: 4327297 bytes, checksum: 969fe0e6e726dc739f29566fd5377097 (MD5) Previous issue date: 2010-08-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In Brazil, naturalized pigs or animals called locally adapted are endangered species due to the overvaluation of exotic pig breeds that have caused loss of genetic diversity in these populations. Thus, this study aimed to characterize diversity and genetic structure of nine pig genetics groups locally adapted: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) and mongrel (SRD; n=47) and three exotic breeds (Duroc=04, Landrace=21 and Large White=04) with 18 microsatellite markers as well as testing these markers to allocate individuals from a mongrel population and their actual population. It was detected 198 alleles with 18 loci examined in 190 pigs from 12 genetic groups, all of them were polymorphic with PIC (polymorphic information content) ranged from 0.541 (SW72) to 0.933 (S0005). The results of AMOVA showed that 3.2% of total variation came from the difference between genetic groups (P<0.0001) and 3.6% (P<0.0001) between local and commercials pigs. The average alleles and alleles effectives Nea were lower for commercial Duroc breed (3.65 and 3.008) and higher for mongrel populations (8.89 and 4.53) and Canastra (8.61, 4.58) detaching the high genetic diversity of the last ones. The nine local GG showed greater average value for the rates: alleles average number (Nam = 7.22), Nea (4.18), PIC (0.67) and the expected heterozygosis (He = 0.71), while the heterozygosis observed (Ho = 0.60) was lower due to intrapopulation inbreeding (FIS = 0.17). Using the UPGMA method, Landrace breed was grouped with Canastra, Moura, Canastrão, Baé and Caruncho populations. Another group was formed by populations Piau, Mongrel, Nilo and Mamelado, while Large White and Duroc breeds were isolated from the rest. Based on the two populations (K=2) for allocation of mongrel pigs, most (71.8%) individuals SRD was grouped into separate clusters of commercial breeds. Two clusters seem to accordingly describe the distribution of genetic variability found in 12 GG, which showed low level of differentiation, leading to a complex population genetic structure and the 18 loci were effective to allocate mongrel individuals to their actual population. / No Brasil, os suínos naturalizados ou animais ditos localmente adaptados encontramse em via de extinção devido à supervalorização das raças suínas exóticas que tem ocasionado perda de diversidade genética nessas populações. Dessa forma, objetivou-se caracterizar a diversidade e estrutura genética de nove grupos genéticos (GG) de suínos localmente adaptados: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) e Sem Raça Definida (SRD; n=47) e três raças exóticas: Duroc (n=04), Landrace (n=21) e Large White (n=04) com 22 marcadores microssatélites, e testar a viabilidade desses marcadores para alocar indivíduos de um GG SRD à sua população real. Detectou-se 198 alelos com 18 loci analisados em 190 suínos de 12 GG, todos foram polimórficos com PIC (conteúdo de informação polimórfica) variando de 0,54 (SW72) a 0,93 (S0005). Os resultados da AMOVA mostraram que 3,2% da variação total foram provenientes da diferença entre GG (P<0,0001) e 3,6% (P<0,0001) entre suínos locais e comerciais. As médias de alelos totais e efetivo de alelo (Nea) foram menores para a raça comercial Duroc (3,65 e 3,01) e maiores para os GG SRD (8,89 e 4,53) e Canastra (8,61e 4,58). Os nove GG locais apresentaram maior valor médio para os índices: número médio de alelos (Nam = 7,22), Nea (4,18), PIC (0,67) e heterozigosidade esperada (He = 0,71), enquanto, a heterozigosidade observada (Ho = 0,60) foi menor devido à consanguinidade intrapopulacional (FIS = 0,17). Com exceção da raça Large White, todos os GG apresentaram desvio significativo (P<0,05) para o Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Utilizando o método UPGMA a partir da distância genética padrão de Nei, a raça Landrace foi agrupada com os GG locais Canastra, Moura, Canastrão, Baé e Caruncho. Baseando-se nos dois grupamentos (K=2) para os testes de alocação dos suínos SRD, a maior parte (71,8%) dos indivíduos SRD foi agrupada em clusters separados das raças comerciais. Dois grupamentos parecem descrever adequadamente a distribuição da variabilidade genética encontrada nos 12 GG, os quais apresentaram baixo nível de diferenciação, conduzindo a uma estrutura genética populacional complexa, e os 18 loci foram eficazes para alocar os indivíduos SRD a sua população real.

Este estudo teve por objetivo analisar e comparar metodologias estatísticas para fins de mapeamento de QTL associados à resistência a ectoparasitas em bovinos. Os animais, submetidos à infestação artificial, foram periodicamente avaliados por contagens, como número de carrapatos. Estes dados se caracterizam como medidas repetidas e, via de regra, não atendem ou atendem parcialmente as exigências usuais da análise, para mapeamento de QTL, dentre elas a de apresentar distribuição normal e independência dos erros. Ainda não está bem definido qual seria a melhor estratégia para analisar dados com o perfil descrito. Algumas alternativas seriam transformações de dados que permitam o uso dos programas já disponíveis, ou o desenvolvimento de programas que utilizem outras distribuições como Poisson ou Poisson inflada de zeros (ZIP). Esta proposta está inserida na parceria entre EMBRAPA - Gado de Leite e a ESALQ/USP, para desenvolvimento do projeto de mapeamento de QTL em bovinos mestiços (Gir x Holandês), para várias características incluindo a resistência a parasitas. Foram utilizados 263 animais F2, genotipados com 5 marcadores moleculares no cromossomo 23, na tentativa de mapear QTL para característica de resistência a carrapatos. Dados coletados naquela população F2 e dados simulados em diferentes cenários, serão a base para a comparação de estratégias de análise e mapeamento de QTL. Os modelos de mapeamento clássico, assim como a utilização de transformações dos dados originais foram comparados a modelos de regressão Poisson e modelo ZIP. Os modelos Poisson e ZIP apresentaram os melhores resultados quando trabalhamos com dados de contagem inflacionados de zeros, porém em outros cenários a transformação dos dados originais se mostrou igualmente eficiente. Dependendo do propósito do mapeamento (seja ele localizar ou estimar o efeito), cada modelo possui suas vantagens e suas limitações. Assim, sempre é recomendável uma prévia análise descritiva dos dados para que o melhor modelo seja utilizado. / This study has as main objective to analyze and compare statistical approaches to QTL mapping for parasites resistance in bovines. The animals, under artificial infestation, were periodically evaluated by counting, as ticks count. These data are characterized as repeated measures and, usually, dont follow or partially follow the usual requirements for the analysis, for QTL mapping, that is to present normal distribution and error independence. It is not clear yet which will be the best strategy to analyze this kind of data. Some alternatives could be data transformation that allows the use of software available on the web, or the development of specific programs that use other types of distribution like Poisson or Zero Inflated Poisson (ZIP).This work is an association between EMBRAPA Gado de Leite and ESALQ/USP, to the development of the QTL mapping project for crossbred bovines (Gyr x Holstein), for different characteristics including the parasite resistance. Were used 263 animals F2, genotyped for 5 molecular markers on the chromosome 23, aiming to map QTL for characteristics of parasite resistance. Data collected on this F2 population and simulated data in different scenarios will be the base for the strategies of the QTL mapping approaches comparison. The classical mapping models and the use of data transformation of the original data were compared to Poisson regression and ZIP models. The Poisson and ZIP models presented the best results when working with zero inflated count data however in some other scenarios the data transformation showed similar efficiency. Depending on the purpose of the mapping (this meaning locate or estimate the QTL effect) each model has its vantages and its limitations. This way, it is always advisable to make a previous descriptive analysis of the data to better choose the model.