Submitted by Inês Marinho (bele_ballet@hotmail.com) on 2016-06-17T15:32:29Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-06-23T19:33:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-06-23T19:43:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-23T19:43:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) Previous issue date: 2016-02-17 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Among the Chiropteran, the Phyllostomidae family is the most diverse clade of the Neotropics and in Amazon are found about 80 species. From a chromosomal point of view, Phyllostomidae stands out for presenting many karyotype variation, with diploid numbers ranging from 2n = 14 in Vampyressa melissa (Stenodermatinae) to 2n = 46 in Macrotus waterhousii (Macrotinae). There are several genetic mechanisms or processes that can result in numeric/structural chromosomal abnormalities and often repetitive DNA sequences are involved in this process. In order to understand the variety and karyotype evolution of this family, classical and molecular cytogenetic analyzes were performed on mitotic chromosomes of four species belonging to four subfamilies of distinct phylogenetic clades: Artibeus obscurus, Carollia perspicillata, Desmodus rotundus and Phylostomus elongatus. Artibeus obscurus presented NF = 56 and 2 N = 30/31, with 22m + 6st + XX / XY1Y2; C. perspicillata NF = 36 and 2N = 20/21, with 14m-sm + 4st + XX / XY1Y2; D. rotundus NF = 52 and 2 N = 28, and 26m-sm + XX / XY; P. elongatus NF = 60 and 2 N = 32, and 28m-sm + 2a + XX / XY. The distribution pattern of constitutive heterochromatin revealed a signal in the pericentromeric region in all chromosomes of the four analyzed species and intraspecific variations were observed when compared the results of this work with the one in existing literature. Regarding the signal of ribosomal DNA sites 18S and nucleolus organizer regions active in A. obscurus were shown in the terminal region of the pairs 5, 6 and 7; C. perspicillata in pericentromeric region of the X chromosome; D. rotundus in the centromeric region of pair 8 and in P. elongatus in the centromeric/terminal region of the pair 15. Conspicuous telomeric signals were observed in D. rotundus and P. elongatus, while in A. obscurus and C. perspicillata the terminals signals are blurred. Interstitial telomeric sites were absent in P. elongatus and present in other species, which may indicate mergers. The LINE-1 retroelement presented scattered signals, however in some chromosomes they are identical to the patterns of dark bands evident in the band G and is also accumulated on chromosome X. If compared the phylogenetic position of the studied species, it is noted that the most derived taxons accumulate high karyotype variation as repetitive elements. / Dentre os Chiropteros, a família Phyllostomidae constitui o clado mais diversificado do neotrópico e na Amazônia são encontradas cerca de 80 espécies. Do ponto de vista cromossômico, Phyllostomidae destaca-se por apresentar grande variação cariotípica, com números diplóides que vão de 2n=14 em Vampyressa melissa (Stenodermatinae) a 2n=46 em Macrotus waterhousii (Macrotinae). São vários os processos ou mecanismos genéticos que podem resultar em alterações cromossômicas numéricas/estruturais e muitas vezes sequências repetitivas de DNA estão envolvidas neste processo. Visando compreender a variedade e a evolução cariotípica desta família, foram realizadas análises citogenéticas clássicas e moleculares em cromossomos mitóticos de quatro espécies, pertencentes a quatro subfamílias de clados filogenéticos distintos: Artibeus obscurus, Carollia perspicillata, Desmodus rotundus e Phylostomus elongatus. Artibeus obscurus apresentou NF=56 e 2N=30/31, sendo 22m+6st+XX/XY1Y2; C. perspicillata NF=36 e 2N=20/21, sendo 14m-sm+4st+XX/XY1Y2; D. rotundus NF=52 e 2N=28, sendo 26m-sm+XX/XY; P. elongatus NF=60 e 2N=32, sendo 28m-sm+2a+XX/XY. O padrão de distribuição da heterocromatina constitutiva revelou marcação na região pericentromérica em todos os cromossomos das quatro espécies analisadas e variações intraespecíficas foram observadas quando comparados os resultados deste trabalho com o existente na literatura. Em relação à marcação de sítios de DNA ribossomal 18S e regiões organizadoras de nucléolo ativas, em A. obscurus foram evidenciados na região terminal dos pares 5, 6 e 7; em C. perspicillata na região pericentromérica do cromossomo X; em D. rotundus na região centromérica do par 8 e em P. elongatus na região centromérica/terminal do par 15. Marcações teloméricas conspícuas foram visualizadas em D. rotundus e P. elongatus, enquanto que em A. obscurus e C. perspicillata as marcações terminais são tênues. Sítios teloméricos intersticiais foram ausentes em P. elongatus e presente nas demais espécies, podendo ser indicativo de fusões. O retroelemento LINE-1 revelou marcação dispersas, porém em alguns cromossomos são coincidentes com os padrões de bandas escuras evidenciados na banda G, sendo também acumulados no cromossomo X. Se comparada a posição filogenética as espécies estudadas, nota-se que os táxons mais derivados, acumulam maior variação cariotípica, assim como os elementos repetitivos.

Tesis presentada para optar al grado de Magíster en Ciencias Agropecuarias, mención en Producción Animal / El objetivo de la tesis fue calcular índices de selección en ovinos especializados en la producción de carne y doble propósito. Para cumplir con este objetivo, 1) se estimaron las ponderaciones económicas relativas de cada una de las características consideradas en el índice de selección, 2) se obtuvieron parámetros genéticos a través de una revisión de literatura y parámetros fenotípicas a partir de la información disponible para ovinos Suffolk (S) y Merino Precoz (MP) de la E.E. de Rinconada, de la Facultad de Ciencias Agronómicas y 3) se calculó la pérdida en las eficiencias genético-económicas (ΔH), que se obtendría con la utilización de índices con restricciones y cuando la selección se hace para mejorar solo una característica. Las variables consideradas en el índice de selección sin restricciones (IS) en ovinos S fueron: peso al nacer (PN) y tasa de crecimiento nacimiento-destete (TC) y en el MP: peso del vellón sucio (PVS), diámetro de fibra (DF), largo de mecha (LM), peso al nacer (PN) y tasa de crecimiento nacimiento destete (TC). Para el cálculo de los parámetros fenotípicos (C.V. y rP) se usaron 330 y 715 registros de PN y TC en ovinos S y MP, respectivamente. Tanto los h2 como las rG y las rP entre variables de peso del vellón y peso corporal fueron obtenidas de una revisión de literatura. Los C.V. de PN fueron: 17,3 y 16,8%, en ovinos S y MP y el de TC, 12,2 y 11,6%, en el mismo orden. La rP entre PN y TC fue 0,12 y -0,054, en ovinos S y MP, respectivamente. El valor de las rp usadas fueron: 0,31 (PVS-DF); 0,32 (PVS-LM); 0,24 (PVS-PN); 0,25 (PVS-TC); 0,19 (DF-LM); -0,05 (DF-PN); 0,05 (DF-TC); 0,0 (LM-PN) y 0,01 (LM-TC) y el de los h2: PN 0,15 y 0,19 en ovinos S y MP, respectivamente y para TC: 0,17 en ambas razas. Para PVS, DF y LM, se usaron h2 de 0,38; 0,57 y 0,48, en el mismo orden. La rG entre PN y TC se consideró igual a 0,27, sin distinción de razas. Las rG entre características del vellón y entre éstas con características de peso utilizadas en la raza MP fueron: 0,36 (PVS-DF); 0,44 (PVS-LM); 0,21 (PVS-PN); 0,24 (PVS-TC); 0,19 (DF-LM); 0,18 (DF-PN); 0,05 (DF-TC); 0,05 (LM-PN) y 0,17 (LM-TC). De las simulaciones realizadas, TC fue la característica que contribuyó en mayor medida al objetivo de mejoramiento en ambas razas. Cuando esta variable es restringida, ocurrirían importantes pérdidas de eficiencia en comparación al índice sin restricciones (78,24 y 70,9%, en ovinos S y MP, respectivamente). Aún cuando Merino Precoz es una raza doble propósito, la importancia de las características de vellón es inferior a las de crecimiento, ya que cuando se restringen PVS, DF y LM, se pierde solamente un 15,8% de eficiencia. Para esta raza la restricción de DF sería recomendable, ya que se obtiene una eficiencia de 98,9% en comparación al IS sin restricciones.

The present study has as objective to evaluate the effect of the inclusion in the model of analysis, the covariance between the additive genetic direct and maternal effects, on the estimation of genetic parameters for average daily gain from birth to weaning (GMDND) and from weaning to 550 days of age (GMDDS), and on the prediction of genetic values and rank of the animals, for Angus and Brangus breeds. The data were furnished by Gensys Consultores Associados S/C Ltda. and Natura Genética Sul Americana, and contained records from animals created in many farms, in different regions of Brazil and they were collected from 1968 and 2002. They were estimated genetic parameters and predicted genetic values for average daily gain from birth to weaning (GMDND) and from weaning to 550 days of age (GMDDS), for the two populations. In paper 1, they were studied 11,202 and 4,665 records of Angus breed animals, respectively for GMDND and for GMDDS. The genetic direct and maternal heritability coefficients and genetic values were obtained using the (co)variance components obtained by Restricted Maximum Likelihod Method by Boldman et al. (1995). It was adopted an animal model, considering GMDND as a function of the random effects additive genetic direct, maternal and residual and of the fixed effects of contemporaneous group at weaning (GC205), and the covariables, age at weaning (ID) and age of the cow at parturition (IV), linear and quadratic effects; for GMDDS, the model was the same, only substituting the fixed effects GC205 by contemporaneous group at 550 days of age (GC550) and ID by age at 550 days of age (IS). Each model was used for two analyzes, one do not including the genetic-maternal covariance, equal to zero and the other one, including the covariance previously estimated. I the two analysis, it was included in the model the permanent environment effect of the cow. The animals were ranked according to their genetic values in the two analysis (with and without the inclusion of the covariance between the additive genetic direct and maternal effects) with the objective of to evaluate the correspondence among the ranks getting from the different models. The genetic direct heritabilities were .21 and .55, and the maternal ones were .00 and .22, respectively, including and do not the covariance in the model. The correlations between genetic direct and maternal effects were negatives for GMDND and for GMDDS. It is recommended the inclusion of the covariance in the model, for GMDND because it can change the value of the estimative. The correlation between the ranks of the genetic values (.88 P<0,0001) suggest to occur an alteration in the ranks of the animals for GMDND. In paper 2, for Brangus breed, it were studied 28,949 and 11,884 records, respectively for GMDND and GMDDS. The components of (co)variance used to estimate additive direct and maternal heritabilities and to predict the genetic values were obtained by Restricted Maximum Likelihood Method and the computational program MTDFREML by Boldman et al. (1995). The animal model adopted for GMDND, considered as random, the additive genetic direct and maternal and residual effects, and as fixed, the effects of contemporaneous group at weaning (GC205) and the interaction of the percent of Nellore blood of the bull and cow (INTV), and the covariables age of the cow at parturition (ID) and age at weaning (ID). It was used as random, the permanent environmental effect of the cow. Each model was used for two analysis, one considering the genetic direct and maternal covariance effects, previously estimated and the other considering it equal to zero. The animals were ranked according to their genetic values to evaluate the correspondence of the ranks generated by different models. The genetic direct heritabilities were .14 ± .03 and .21 ± .01 and the maternal ones were .00 ± .01 and .15 ± .02, respectively including and do not, the covariance. The correlations between additive genetic direct and maternal effects were negatives for GMDND (-.25 ± .12) and for GMDDS (-.77 ± .19). It is recommended the inclusion of the covariance in the model because that can change the values of the estimative. The correlation, for GMDND (0,89 P<0,0001), suggest that occur light changes in the ranks of the animals. / O presente estudo teve como objetivo estudar o efeito da inclusão da covariância entre os efeitos genéticos diretos e maternos, no modelo de análise, sobre a estimação de parâmetros genéticos para ganho de peso do nascimento a desmama (GMDND) e da desmama ao sobreano (GMDDS), sobre a predição de valores genéticos e no ordenamento dos animais, em duas populações, uma da raça Angus e outra da raça Brangus. O arquivo de dados foi fornecido pela Gensys Consultores Associados S/C Ltda. e Natura Genética Sul Americana, e continha informações de desempenho de animais criados em diversas fazendas, localizadas em diferentes regiões do Brasil, coletadas no período entre 1986 e 2002. Foram estimados parâmetros genéticos e preditos valores genéticos para Ganho Médio Diário do Nascimento a Desmama (GMDND) e Ganho Médio Diário da Desmama ao Sobreano (GMDDS), para as duas populações. No artigo 1, foram estudados 11.202 e 4.665 registros de desempenho de animais para da raça Angus para GMDND e GMDDS, respectivamente. As herdabilidades direta e materna e os valores genéticos, foram obtidos utilizando os componentes de (co)variância estimados pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita Livre de Derivada, com o programa computacional MTDFREML, descrito por Boldman et al. (2001). Foi adotado um modelo animal que considerou GMDND como função dos efeitos aleatórios genéticos aditivos diretos e maternos e residual e dos efeitos fixos de Grupo de Contemporâneos a Desmama (GC205), além das covariáveis, Idade a Desmama (ID) e Idade da Vaca ao Parto (IV), efeitos linear e quadrático; para GMDDS, o modelo foi o mesmo, apenas substituindo os efeitos fixos de GC205 por Grupo de Contemporâneos ao Sobreano (GC550) e ID por Idade ao Sobreano (IS). Cada modelo foi utilizado em duas análises, uma incluindo a covariância entre os efeitos genéticos diretos e maternos, previamente estimada e a outra, considerando esta covariância igual a zero. Nas duas análises, foi incluído no modelo o efeito aleatório de ambiente permanente da vaca. Após a predição dos valores genéticos, em separado para cada modelo, foi obtida a correlação de ordenamento entre estes valores, com o objetivo de avaliar a correspondência entre as classificações dos reprodutores com os diferentes modelos de análise. As herdabilidades diretas estimadas para GMDND foram 0,25 ± 0,03 e 0,55 ± 0,08 sem e com a inclusão da covariância respectivamente, e as maternas foram 0,07 ± 0,02 e 0,22 ± 0,04, respectivamente não incluindo e incluindo a covariância no modelo de análise. Para GMDDS, as herdabilidades diretas estimadas para foram de 0,21 ± 0,07 a 0,22 ± 0,08 sem e com a inclusão da covariância, respectivamente, e as herdabilidades maternas foram de 0,00 ± 0,04 a 0,00 ± 0,06, respectivamente não incluindo e incluindo a covariância no modelo de análise. As correlações entre os efeitos direto e materno foram negativas, tanto para GMDND quanto para GMDDS. Recomenda-se a inclusão da covariância nos modelos de análise para GMDND, visto que, houve alteração do valor das estimativas com a inclusão desta. A correlação ente o ordenamento dos valores genéticos (0,88 P<0,0001) sugere haver leve alteração na ordem de classificação dos animais para GMDND. No artigo 2, para a raça Brangus, foram estudados 28.949 e 11.884 registros de desempenho, respectivamente para GMDND e GMDDS. Os componentes de (co)variância utilizados para estimar as herdabilidades direta e materna e predizer os Valores Genéticos foram obtidos pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita Livre de Derivada, com o programa computacional MTDFREML descrito por Boldman et al. (1995). O modelo animal adotado para GMDND considerou como aleatórios, os efeitos genéticos aditivos diretos, maternos e residual, como fixos, os efeitos de Grupo de Contemporâneos ao Desmame (GC205) e Interação Fração Gênica Nelore Touro-Vaca (INTV), além das covariáveis Idade da Vaca ao Parto (IV) e Idade a Desmama (ID), para GMDDS o modelo foi o mesmo, apenas substituindo GC205 por Grupo de Contemporâneos ao Sobreano (GC550) e ID por Idade ao Sobreano (IS). Foi utilizada como efeito aleatório o Ambiente Permanente da Vaca nos dois modelos. Cada modelo foi utilizado para duas análises uma considerando a covariância entre os efeitos genéticos aditivos diretos e maternos igual a zero e a outra considerando o valor da covariância previamente estimado, diferente de zero. Foi feito o ordenamento dos animais através de seus valores genéticos, para avaliar a correspondência entre as classificações dos reprodutores para os diferentes modelos de análise. As herdabilidades diretas foram 0,14 ± 0,03 e 0,21 ± 0,03 e as maternas foram 0,00 ± 0,01 e 0,15 ± 0,02, respectivamente, não incluindo e incluindo a covariância. As correlações entre os efeitos genéticos aditivos diretos e maternos foram negativas tanto para GMDND (-0,25 ± 0,12) quanto para GMDDS (-0,73 ± 0,19). Recomenda-se a inclusão da covariância nos modelos de análise, visto que, a inclusão desta, altera os valores das estimativas. A correlação encontrada (0,89 P<0,0001) sugere ocorrer alteração na ordem de classificação dos valores genéticos dos animais, conforme o modelo utilizado, para GMDND.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-05T16:32:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 594631 bytes, checksum: 635fbca4819471e0e298c293b0194c04 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-05T16:32:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 594631 bytes, checksum: 635fbca4819471e0e298c293b0194c04 (MD5) Previous issue date: 2015-03-13 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O objetivo deste trabalho foi avaliar estratégias de seleção, em termos de acurácia de seleção e tendência genética, em uma linhagem de suínos para as características de desempenho idade para atingir 100 kg (h 2 =0,45) e conversão alimentar (h 2 =0,36) e para a característica reprodutiva idade a puberdade (h 2 =0,15). Para tal, foi utilizado um simulador escrito em linguagem C++, no qual, um programa seleção foi mimetizado considerando suas particularidades. Foram simuladas cinco gerações iniciais sob seleção tradicional que foram utilizadas como base para outras cinco gerações subsequentes onde se adotou as estratégias avaliadas. No primeiro capítulo foram avaliadas duas estratégias de seleção para as características de desempenho, sendo elas, seleção baseada em valores genéticos tradicionais (Blup tradicional - ESTR1) e seleção baseada em valores genéticos genômicos (Blup genômico - ESTR2). No segundo capítulo três estratégias de seleção foram utilizadas para idade a puberdade: seleção baseada em Blup tradicional (ESTR1), seleção baseada em Blup genômico considerando apenas informações genômicas de machos (ESTR2) e seleção baseada em Blup genômico considerando informações genômicas de todos os animais (ESTR3). A seleção genômica mostrou-se superior a seleção tradicional em todas as características avaliadas. Foi indicado uma pequena superioridade da ESTR3 sobre a ESTR2 para idade a puberdade. Como conclusão podemos indicar a seleção genômica como uma ferramenta capaz de incrementar ganhos já alcançados no programa de seleção mesmo quando um limitado número de animais genotipados seja utilizado. Entretanto, uma avaliação econômica que considere os gastos com genotipagem dos animais deve ser realizada antes de implementar a seleção genômica. / The aim of this study was to evaluate selection strategies, in terms of accuracy and genetic trend, in a commercial pig line on performance traits days to get 100 kg (h2 = 0.45) and feed conversion (h2 = 0.36 ), and for the reproductive trait age of puberty (h2 = 0.15). For this purpose, we used a simulator written in C ++, in which a established selection program is mimicked. The five first generations of the simulated system was used as base to the next generations where the strategies were implemented. In the first chapter, two strategies of selection were evaluated for the performance traits, as follows, selection based on traditional breeding values (traditional Blub - ESTR1) and selection based on genomic breeding values, (Blup genomic - ESTR2). In the second chapter, three strategies of selection were used for age to puberty: selection based on traditional Blub (ESTR1), selection based on genomic Blup considering only genomic information of males (ESTR2) and selection based on genomic Blub considering genomic information of all animals (ESTR3). In conclusion we can indicate the genomic selection as a tool to increase gains already achieved in the selection program, however, an economic evaluation must to be conducted before its implementation.

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Maria Eugenia Zerlotti Mercadante / Banca: Marcílio Dias Silveira da Mota / Banca: Luiz Artur Loyola Chardulo / Resumo: Foram utilizados dados de 116406 bovinos da raça Nelore, participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), nascidos entre 1995 e 2005, com o objetivo de estimar parâmetros genéticos para os pesos padronizados aos 120(P120), 210(P210), 365(P365), 450(P450) e 730(P730) dias de idade e para os ganhos em peso do nascimento aos 120(GP120), dos 120 aos 210 (GP210), dos 210 aos 365(GP365), dos 365 aos 450(GP450) e dos 450 aos 730(G730), além de avaliar a tendência genética das características citadas, tanto para efeito direto como materno. Os componentes de variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando o programa AIREMLF90, sob modelo animal, o qual incluiu como efeitos fixos, os grupos de contemporâneos e idade da vaca ao parto e como aleatórios, efeito genético aditivo direto para todas as características estudadas e efeito genético materno para P120, P210, P365, GP120, GP210 e GP365. As estimativas de herdabilidade direta foram 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, para cada peso, respectivamente, e 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 e 0,20, para os respectivos ganhos em peso. As herdabilidades maternas foram 0,26, 0,25 e 0,12, para P120, P210 e P365 e 0,23, 0,17, 0,12 para GP120, GP210 e GP365. As correlações direto-maternas foram todas negativas, exceto para P365 (0,06). As tendências genéticas diretas foram todas positivas. As tendências maternas foram quase nulas para todas as características. As estimativas de herdabilidade para os pesos padronizados e para os ganhos em peso indicam que a seleção pode promover mudanças genéticas. As herdabilidades maternas para P120, P210, P365 e GP365 indicam que a seleção nestas características pode contribuir para melhorar a habilidade materna do rebanho. Os ganhos genéticos diretos observados, para todas as características estão aquém dos ganhos potenciais da raça Nelore... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Data of 116406 bovines of the Nellore beef cattle, participants of the Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), been born between 1995 and 2005 were used with the objective to estimate genetic parameters for the 120-days weight (P120), 210-days weight (P210), 365-days weight (P365), 450-days weight (P450) and 730-days weight (P730) and for the weight gain from birth to 120(GP120), from 120 to 210(GP210), from 210 to 365(GP365), from 365 to 450(GP450) and from 450 to 730 days weight(GP730), besides evaluating the genetic trends of the traits, so much for the direct effect as for the maternal. The variance components were estimated by the restricted maximum likelihood method using the program AIREMLF90. The animal model included fixed effects for contemporary groups and age of the dam at calving, and also included random effects for genetic direct effects for all the studied traits and genetic maternal effect for P120, P210, P365, GP120, GP210 and GP365. The estimative of direct heritability were 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, for each weight, respectively and 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 and 0,20, for the respective weight gains. The maternal heritability were 0,26, 0,25 and 0,12, for P120, P210 and P365 and 0,23, 0,17, 0,12 for GP120, GP210 and GP365. The direct-maternal correlations were all negatives except for P365 (0,06). The direct genetic trends were all positive ones. The maternal trends were almost null for all the traits. The estimative of heritability for the adjusted weights and for the weight gains indicated that the selection could promote genetic changes. The maternal heritability for P120, P210, P365 and GP365 indicated that the selection in these traits could contribute to improve the maternal ability of the herd. The direct genetic gain observed, for all the traits were on this side of the potential gain of the Nellore beef cattle... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Vânia Cardoso / Resumo: Não disponível / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic parameters between scrotal circumference obtained at 18 months of age (SC) and reproductive traits measured directly in Nellore females, such as number of calvings at 53 months (NC53), heifers rebreeding (HR) and stayability (STAY) in order to investigate the possibility of using traits measured directly in females as a selection criteria in cattle breeding programs, besides, studying and evaluating if number of calvings at 53 months could be used as an alternative way for measuring longevity in cattle herds. Two methods were applied for estimating variance components in order to predict breeding values: restricted maximum likelihood (REML) and Bayesian inference. The average estimates of heritability by bivariate model using REML were equal to 0.013 ± 0.003, 0.057 ± 0.007, 0.039 ± 0.007 and 0.530 ± 0.013 for NC53, STAY, HR and SC, respectively. Using the Bayesian method, the estimates were 0.22 ± 0.009, 0.19 ± 0.025, 0.15 ± 0.021 and 0.52 ± 0.019 for NC53, STAY, HR and SC, respectively. Based on the correlations between reproductive traits measured in females, the selection of animals for NC53 will cause anticipation on genetic evaluation of bulls for longevity, based on the performance of their daughters, from 76 to 53 months / Mestre

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Idalmo Garcia Pereira / Resumo: O objetivo deste estudo foi estimar os componentes de variância para a característica aprumo em bovinos da raça Nelore, e realizar estudos de associação genômica ampla para identificar possíveis regiões genômicas relacionadas com sua expressão. Os registros de aprumo foram obtidos pela atribuição de escores visuais em dois momentos diferentes: FL1) característica binária medida ao sobreano, com o objetivo de identificar se o animal apresenta (FL1=1) ou não (FL1=0) defeito de aprumo; FL2) escores de aprumo variando de 1 (menos desejável) a 5 (mais desejável), foram designados aos animais top 20% para o índice de seleção adotado pelo programa de melhoramento genético de bovinos de corte PAINT (CRV Lagoa), e foram medidos em torno de 2 a 5 meses após a avaliação de sobreano. As características FL1 e FL2 foram avaliadas em conjunto com peso ao sobreano (YW). Os componentes de variância e covariância e os valores genéticos foram estimados por inferência Bayesiana, por meio de modelo animal bi-característica (três análises: FL1-FL2, YW-FL1 e YW-FL2). O estudo de associação genômica ampla (GWAS) para FL1 e FL2 foi realizado utilizando o método weighted single-step GBLUP, a partir do qual foram estimados os efeitos dos SNPs. As janelas top 10 de 1 Mb que explicam a maior proporção da variância genética foram observadas para cada característica. As médias (erros padrão) a posteriori das estimativas de herdabilidade foram iguais a 0,18 (0,04) e 0,39 (0,07), para FL1 e FL2, respectivamente. A estimativa de correlação genética entre FL1 e FL2 (-0,47) foi de moderada magnitude e negativa, conforme esperado, considerando que o escore de classificação que favorece cada característica corresponde a valores numéricos atribuídos em sentidos opostos. A correlação genética estimada entre FL2 e YW (0,39) sugere que a média do peso ao sobreano da população em estudo não é alta a ponto de causar... / Abstract: The aim of this study was to estimate variance components of two traits associated to feet and legs in Nelore cattle and identify putative genomic regions underlying the expression of these traits through genome-wide association (GWA) analyses. Feet and legs was evaluated by the assignment of visual scores at two different moments: FL1) binary trait measured at yearling (about 550 days of age), aimed to identify whether an animal had defects related to feet and legs (FL1=1) or not (FL1=0); FL2) feet and legs score ranging from 1 (less desirable) to 5 (more desirable) was assigned to the top 20% animals for the selection index adopted by the beef cattle breeding program PAINT (CRV Lagoa), which were measured around 2-5 months after the evaluation of yearling. The FL1 and FL2 traits were evaluated together with yearling weight (YW). The components of variance and covariance and breeding values were estimated by Bayesian inference, using two-trait animal models (three analyses: FL1-FL2, YW-FL1 and YW-FL2). The genome-wide association (GWA) analyses for FL1 and FL2 was performed using the weighted single-step GBLUP method, from which were estimated the SNP effects. Functional annotation was focused on the ten 1Mb windows explaining the largest fraction of the genetic variance for each trait. Posterior means (standard errors) of heritability estimates were equal to 0.18 (0.04) and 0.39 (0.07), for FL1 and FL2, respectively. The estimate of genetic correlation between FL1 and FL2 (-0.47) was of moderate magnitude and negative, as expected considering that the classification score that favors each trait represents numerical values assigned in opposite directions. The genetic correlation estimated between FL2 and YW (0.39) suggests that the average yearling weight of the studied population is currently not high enough to cause a negative association with feet and legs problems. The genetic trends estimated for FL1 and FL2 (-0.043 and ... / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Larissa Fernanda Simielli Fonseca / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Resumo: O conhecimento de mecanismos de regulação de genes associadas a características de qualidade de carne pode colaborar para o entendimento dos processos biológicos envolvidos com esses fenótipos, o que juntamente aos métodos quantitativos já utilizados, poderá auxiliar na seleção de animais mais jovens a um menor custo, tornando viável a inclusão dessas características em programas de melhoramento genético. Apesar dos vários estudos existentes sobre genes diferencialmente expressos, relacionados à qualidade de carne em diferentes espécies, há grande divergência em trabalhos com bovinos, em relação aos genes associados a essas características. Neste contexto, o objetivo do presente trabalho foi validar genes diferencialmente expressos, comuns a diferentes trabalhos de expressão gênica global, encontrados na literatura, relacionados às características de maciez da carne e área de olho de lombo (AOL), em um rebanho comercial de bovinos da raça Nelore. Além disso, verificar se genes diferencialmente expressos seriam traduzidos em proteínas diferencialmente expressas, por meio da técnica de espectrometria de massas avançada (LC-MS/MS). Para isso, foram selecionados 24 animais Nelores extremos para cada característica estudada. Os genes foram escolhidos por meio de buscas realizadas em trabalhos na literatura. Foram selecionados 9 genes (CAPN1, CAPN2, CAST, HSPB1, DNAJ1, FABP4, SCD, ASAH1 e PRKAG3) para maciez da carne e 5 genes (IGF-1, IGF-2, MSTN, NEDD4, UBE4A) para AOL. Para macie... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The knowledge of gene regulation mechanisms associated with meat quality traits may contribute to the understand the biological process involved with these phenotypes, which, jointly with the quantitative methods already used, may help in the selection of younger animals at a lower cost, making viable the inclusion of these traits in animal breeding programs. Despite the several studies on differentially expressed genes related to the meat quality in different species, there is a wide divergence in studies with cattle, regarding to the genes associated with these traits. In this context, the objective of the present work was to validate differentially expressed genes, common in different publications of global gene expression found in the literature, related meat tenderness and rib eye area (REA) in a commercial herd of Nelore cattle. Moreover, to verify if differentially expressed genes would be translated into differentially expressed proteins, by means advanced mass spectrometry technique (LC-MS/MS). For that, 24 extreme Nelore animals for each trait were used. The genes were chosen through searches in publications found in the literature. Were selected nine genes (CAPN1, CAPN2, CAST, HSPB1, DNAJ1, FABP4, SCD, ASAH1 e PRKAG3) for meat tenderness and five genes (IGF-1, IGF-2, MSTN, NEDD4, UBE4A) for REA. For meat tenderness, the genes CAPN1, CAPN2, CAST, HSPB1 e DNAJA1 were up regulated in animals with tough meat. For the REA, just the MSTN gene was up regulated in animals ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Clara Díaz Martín / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Larissa Fernanda Simielli Fonseca / Banca: Tatiane Cristina Seleguim Chud / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Resumo: Na produção de carne bovina, os animais são expostos a condições de abate que induzem diferentes respostas ao estresse e essas diferenças podem ser genéticas. Os objetivos deste estudo foram: (1) caracterizar o padrão de resposta de genes de proteínas de choque térmico (HSP) entre Psoas major (PM) e Flexor digitorum superficialis (FD) em resposta ao estresse ao abate em duas estações diferentes (verão e inverno). Isso foi feito para determinar se a resposta das HSPs ao estresse ao abate estava condicionada ao tipo muscular e ao estresse térmico; (2) (a) caracterizar a resposta fisiológica ao estresse gerado pelo manejo dos animais em dois períodos distintos no tempo, manejo em confinamento (F) e manejo ao abate (S) com um conjunto de biomarcadores; (b) identificar um subgrupo dos biomarcadores de estresse que melhor discriminam entre os dois períodos e avaliar se a resposta inicial em F poderia ser usada para antecipar a resposta em S, e (c) encontrar evidências de um componente genético na resposta fisiológica ao estresse em bovinos de corte. Estimativas das diferenças de expressão entre FD e PM para oito genes de proteínas de choque térmico foram usadas neste estudo. Os resultados mostraram que ambos os músculos parecem ter padrões semelhantes na expressão de HSPs sob estímulos térmicos, exceto HSPB6 e HSPB8, que mostraram maior nível de expressão no músculo PM de animais abatidos no verão em relação aos mesmos abatidos no inverno. A suscetibilidade e, portanto, a resposta ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In beef production, animals are exposed to slaughter conditions that induce different responses to stress and these differences may be are genetics. Therefore, this study aimed: (1) to characterize the pattern of response of heat shock protein genes (HSP) between Psoas major (PM) and Flexor digitorum superficialis (FD) in response to stress at slaughter in two different seasons (summary and winter). This was so to determine if response of HSP to the stress of slaughter was conditioned on muscle type and thermal stress; (2) (a) to characterize the physiological response to stress generating by handling the animals at two different periods in time, feedlot (F) and slaughter (S) with a set of biomarkers; (b) to identify a subset of the biomarkers of stress that best discriminate between these two stress periods and to evaluate if the early response in F could be used to anticipate response at S, and (c) find evidences of a genetic component in the physiological response to stress in beef cattle. Estimate expression differences between FD and PM for eight heat shock protein genes were used in HSPs study. Results showed that both muscles seem to have similar patterns in the expression of HSPs at the thermal stimuli except the HSPB6 and HSPB8 that seemed to show a larger level of expression in PM muscles of animals slaughtered at summer than those that were sampled in the winter slaughter. The susceptibility and, therefore, the response to thermal stress seems to be differentially ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jeffrey Frederico Lui / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Lenira El Faro Zadra / Resumo: Para estimar parâmetros genéticos para o número total de leitões nascidos (NLNT) e nascidos vivos (NLNV), empregaram-se modelos de repetibilidade, uni-características, bi-características, e de regressão aleatória (MRA). Os grupos de contemporâneos (GC) empregados nos três primeiros modelos foram: GC1 (granja-anoépoca) GC2 (granja-ano-mês) e GC3 (granja-ano-semana) relacionados com local e data em que ocorreu a parição. Para NLNT e NLNV, a herdabilidade (h2) estimada pelo modelo de repetibilidade foi de 0,09 ± 0,02. Nos modelos uni-características, a definição GC3 levou à estimativas mais elevadas nas ultimas parições. O modelo de repetibilidade com três classes de variâncias residuais foi o que apresentou melhor ajuste segundo o Teste da Razão de Verossimilhança (LRT) e o Critério de Informação de Akaike (AIC), para ambas as características. Dois MRA adicionais também foram ajustados para ambas as características. Para NLNT, um MRA linear e um quadrático de rank 2, ambos com três classes de variâncias residuais. Para NLNV, o primeiro foi um MRA linear, o segundo foi um MRA linear (genética) e quadrática com rank 2 (ambiente permanente). As estimativas de herdabilidade obtidas pelos MRA foram menores que as para o modelo multi-característica. As correlações genéticas obtidas pelos MRA tenderam a diminuir com o decorrer das parições, para ambas características. As correlações genéticas entre ordens de parição, de maneira geral foram altas, indicando que ao selecionar-se para primeira ganhos genéticos podem ser obtidos nas parições subseqüentes. / Abstract: Repeatability, single-trait, multiple-trait (MTM) and random regression models (RRM) were used with the objective to estimate genetic parameters for the number of piglets born in total (NOBT) and the number of piglets born alive (NOBA). Three different structures of cotemporary groups were applied: CG1 (herdyear- season), CG2 (herd-year-monthly) e CG3 (herd-year-weekly). For NOBT and NOBA, the estimates of heritability by repeatability model, were 0.09 ± 0.02. The estimates of heritability by single-trait model with CG3 definition were higher in 5th and 6th parities. The repeatability model with three classes of residual variances presented best fit. Two additional RRM were adjusted for both traits. For NOBT a linear and a quadratic RRM with rank 2, and three classes of residual variances, were utilized and for NOBA a linear RRM and Linear, for genetics effects, and quadratic with rank 2, for permanent environmental. The heritability estimates by RRM model were lower than MTM. The genetic correlations estimated by RRM tended to decrease over parities, for both traits. The genetics correlations were high among the most parities, indicating that the selection in the first parity will result in genetic gains in later parities. / Mestre