Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Maricy Apparício Ferreira / Banca: Wagner Luis Ferreira / Banca: Silvana de Cássia Paulan / Resumo: Variante funcional (functional variant - FV) é um polimorfismo da sequência de DNA que possui efeitos sobre a função ou mesmo sobre o nível de expressão de um ou mais genes. Por apresentarem alta probabilidade de interferência em fenótipos celulares, teciduais ou mesmo sistêmicos, as FVs são alvos frequentes de pressão de seleção negativa ou positiva em uma população. Algumas FVs podem, inclusive, causar perda parcial ou total da função gênica, caso no qual estas recebem a denominação de loss-of-function variant (LoFV). Os cães domésticos (Canis lupus familiaris) possuem baixa variabilidade genética decorrente da intensa seleção artificial feita pelo homem para fenótipos extremos de características morfológicas e comportamentais. Os altos níveis de endogamia nas populações caninas favorecem a intensificação da ação da deriva genética e, por consequência, o aumento da prevalência de FVs e LoFVs que seriam mantidas em baixa frequência se estas populações apresentassem maior variabilidade genética. Assim, o cão doméstico é um modelo valioso para estudos de processos fisiológicos e de doenças genéticas humanas. O recente surgimento de ferramentas para análise genômica têm auxiliado na identificação de FVs e LoFVs de interesse zootécnico e biomédico em cães. Estas variantes podem ser mapeadas através de duas estratégias distintas, porém complementares, de varredura genômica. A primeira, denominada de estudo de associação genômica ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS), consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Functional variant (FV) is a DNA sequence polymorphism that has effects on the function or even the level of expression of one or more genes. FVs are frequent targets of negative or positive selection in a population due to its high probability of interfering in cell, tissue or system phenotypes. Some FVs may even cause partial or total loss of gene function, in which case they are called loss-of-function variants (LoFVs). Domestic dogs (Canis lupus familiaris) have low genetic variability resulting from intense human-driven artificial selection for extreme phenotypes of morphological and behavioral traits. High levels of inbreeding in canine populations favor the intensification of genetic drift and, consequently, an increase in the prevalence of FVs and LoFVs that would be maintained at low frequencies if these populations presented higher genetic variability. Thus, the domestic dog is a valuable model for studying physiological processes and human genetic diseases. The recent emergence of tools for genomic analysis has assisted in the identification of FVs and LoFVs of zootechnical and biomedical interest in dogs. These variants can be mapped through two distinct but complementary genomic scanning strategies. The first, known as Genome-Wide Association Study (GWAS), involves testing of phenotype-genotype associations. The second consists in the search for allelic combinations, called haplotypes, that occur in high frequency, but that present deficiency of homozygosity. In ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Monique Valéria de Lima Carvalhal / Banca: João Alberto Negrão / Banca: Luciandra Macedo de Toledo / Resumo: O objetivo com esta dissertação foi desenvolver uma ferramenta prática para caracterizar a vitalidade das bezerras e entender suas relações com a saúde e desempenho desses animais. Foram avaliadas 82 bezerras que nasceram de partos eutócicos (57,32%, N=47) e distócicos (42,68%, N=35), sendo distribuídas em dois grupos genéticos, 1/2HG (N=23, 28,05%) e 3/4HG (N=59, 71,95%). As seguintes características inerentes as bezerras foram quantificadas: latência para mamar, postura, sucção e velocidade de sucção. As notas de postura e sucção foram somadas para obter a nota de vigor, que variou de 2 a 6 (sendo 2 a nota correspondente ao pior vigor e 6 ao melhor estado de vigor), sendo que 42,68% das bezerras estavam no escore 6. Foram registradas características inerentes as vacas que somadas constituíram a nota de comportamento maternal, que nas análises estatísticas foi considerada juntamente com as variáveis latência para mamar, vigor, grupo genético das bezerras e tipo de parto, variáveis independentes. Ainda foram registradas variáveis consideradas dependentes nos modelos estatísticos: vigor, peso ao nascimento, transferência de imunidade passiva, tratamentos veterinários, ganho de peso diário e sobrevivência. Foi utilizada a regressão linear múltipla para identificar quais foram as variáveis inerentes as bezerras, utilizadas como efeito fixo do modelo na análise confirmatória. Para a análise confirmatória foi utilizado o procedimento PROC MIXED do SAS (versão 9.0). Para o vigor as... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objetive of this dissertation was to develop a practical tool to characterize the vitality of calves and to understand their relationships with the health and performance of these animals. Eighty-two calves born of eutocic (57.32%, N = 47) and dystocic (42.68%, N = 35) calves were distributed in two genetic groups, 1/2HG (N = 23, 28.05 %) and 3/4HG (N = 59, 71.95%). The following inherent characteristics were quantified: suckling latency, posture, suction and suction velocity. Posture and suction scores were added to obtain the vigor score, which ranged from 2 to 6 (2 being the worst strength score and 6 being the best state of vigor), and 42.68% of the calves were in the score 6. Inherited characteristics were registered cows, which together were the maternal behavior note, which, together with the variables latency to suckling, vigor, genetic group of calves and type of calving, were considered as independent variables. Variables considered to be dependent on statistical models were also recorded: vigor, birth weight, transfer of passive immunity, veterinary treatments, daily weight gain and survival. Multiple linear regression was used to identify which inherent variables were heifers, which were used as fixed effect of the model in the confirmatory analysis. For the confirmatory analysis, the SAS PROC MIXED procedure (version 9.0) was used. For vigor, the variables group and suction velocity had a significant effect (p = 0.0028 and <0.0001, respectively), with the hig... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A constante perda da diversidade biológica frente às pressões antrópicas tem concentrado atenções sobre a necessidade de se conhecer a diversidade genética das espécies que ainda restam como um primeiro passo para o desenvolvimento de estratégias de manejo. Técnicas de genética molecular fornecem uma estimativa do número de formas distintas numa área, bem como medidas de quão diferentes elas são. Dentre estas técnicas, o sequenciamento de DNA mitocondrial e nuclear, aliado à análise de seqüências microssatélite, geram informações potencialmente capazes de evidenciar a variação contida entre indivíduos, sendo uma ferramenta excelente para ser utilizada em análise filogenética, diferenciação interespecífica e intraespecífica. Neste trabalho utilizamos 1670pb de uma região do DNA mitocondrial incluindo o citocromo b e uma parte da região controle e 630pb do gene nuclear c-mos Para analisar a relação filogenética entre as espécies de crocodilianos brasileiros. Marcadores produzidos por PCR-RFLP baseados em seqüência do gene citocromo b no DNA mitocondrial foram desenvolvidos para a identificação molecular das seis espécies brasileiras de crocodilianos. Esta técnica além de importante na identificação das espécies poderá ser utilizada como metodologia oficial de controle da comercialização e exportação de carne e couro de jacaré. O Caiman latirostris apresenta a mais extensa distribuição geográfica entre todos os crocodilianos. No presente trabalho utilizamos marcadores microssatélites para testar a hipótese da variação genética ser relacionada com distância geográfica, em pequena e grande escala, e se a variabilidade genética das espécies esta correlacionada com diferentes sub-biomas no litoral e interior. Não foi possível a transferência de marcadores microssatélites para a espécie Paleosuchus trigonatus, sendo assim novos marcadores genéticos foram caracterizados para espécie pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. / Constant loss of biological diversity due to antropic pressure has concentrated attention upon the need to know the genetic diversity of remaining species as the first step in developing management strategies. Molecular techniques provide an estimate of the number of distinct forms, as well as measurements of the extent of their differences. Among these techniques, mitochondrial and nuclear DNA sequencing along with microsatellite sequences provide information that is potentially capable of detecting any variation between individuals, which makes it an excellent tool for phylogenetic analyses, as well as inter and intraspecific differentiation. In the present work, we used a 1670bp region of mitochondrial DNA including cytochrome b and a 630bp portion of the nuclear gene c-mos to analyze the phylogenetic relationship among Brazilian crocodilian species. PCR-RFLP markers based on cytochrome b mitochondrial DNA were developed for the molecular identification of six Brazilian crocodilian species. This technique is not only important for the identification of species, but it is also useful as an official methodology for controlling commercialization and exportation of crocodilian meat and leather. Broad-snouted caimans (Caiman latirostris) geographic distribution comprises one of the widest latitudinal ranges among all crocodilians. In the present study, we used microsatellite markers to test the hypothesis that genetic variation is related to geographic distance, on a small and large scale, and if the genetic variability of a species is correlated to coastal and inland subbiomes. It was not possible to transfer microsatellite markers to Paleosuchus trigonatus, so new genetic markers were characterized for the species by constructing a microsatellite enriched DNA library.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Evalúa la diversidad genética en las poblaciones de Lama glama (llama) en las regiones de Puno y Cuzco, para conocer la variabilidad genética contenida en el Banco de Germoplasma de la Estación Experimental (E. E.) Quimsachata – Puno, del Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA) creada hace 25 años por el gobierno peruano, para consolidar los planes de manejo y conservación. La extracción del material genético se realiza a partir de muestras de folículos pilosos en animales pertenecientes a los pequeños y medianos productores de llamas de las provincias de Melgar, El Collao, Chicuito y Lampa en la región Puno; asimismo, Quispicanchi, Canchis y Espinar en la región Cuzco. Se analiza el dominio hipervariable I de la región control del ADN mitocondrial de 282 individuos por PCR. Los productos de la amplificación son secuenciados y analizados a nivel intraespecífico, poblacional y filogenético. Se identifican 29 haplotipos a partir de las secuencias analizadas. Las poblaciones presentan alta diversidad genética y haplotípica, y sus distancias genéticas pequeñas. El análisis de la red de haplotipos muestra que las poblaciones de llamas comparten linajes maternos con guancos, vicuñas y alpacas. Es una población con historia demográfica estable, producto de su origen múltiple de las diversas subespecies de camélidos. Y en la E. E. Quimsachata se conservan los linajes maternos más frecuentes, ampliamente distribuidos y los compartidos con guanacos, vicuñas y alpacas. Los análisis de estructuración poblacional revelan que no existe estructuración geográfica y no hay correlación geográfica con la composición genética. Además, a nivel de variedad se hace evidente la ausencia de estructuración genética, y el fuerte efecto de hibridación. Sin embargo, la gran diversidad genética contenida en las regiones de Puno y Cuzo, y los catorce nuevos linajes maternos encontrados, convierte estas regiones en lugares potenciales para la conservación y diseño de futuros planes de manejo genético para la especie. / Tesis

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2012-10-05T22:43:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstimativasParametrosGeneticos.pdf: 958958 bytes, checksum: ab403eec5047c8dd41d30f1aa1722db2 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-10-08T17:14:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstimativasParametrosGeneticos.pdf: 958958 bytes, checksum: ab403eec5047c8dd41d30f1aa1722db2 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-08T17:14:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstimativasParametrosGeneticos.pdf: 958958 bytes, checksum: ab403eec5047c8dd41d30f1aa1722db2 (MD5) Previous issue date: 2008 / Registros de 2.981 lactações de vacas da raça Pardo-Suiça, distribuídas em 62 rebanhos, com parições nos anos de 1980 a 2002, foram utilizados para verificar a influência de fatores genéticos e não genéticos, sobre a produção de leite e idade ao primeiro parto. O modelo empregado incluiu os efeitos fixos de rebanho, ano e estação de parto, além dos efeitos aleatórios de animal e ambiente temporário. Para a produção de leite, além dos efeitos fixos descritos anteriormente, incluíram-se também os efeitos linear da duração da lactação e linear e quadrático da idade da vaca ao parto, como co-variáveis. Na estimação dos componentes de (co) variâncias foi utilizada a inferência Bayesiana por meio de amostrador de Gibbs, com tamanho de cadeia de 1.500.000 rounds e período de queima 500.000 rounds. A frequência de amostragem foi de 500 rounds. As médias estimadas para produção de leite e idade ao primeiro parto foram iguais a 5347,47 1849,13 kg e 29,65 4,51 meses, respectivamente. Os efeitos de rebanho, ano de parto e duração da lactação, influenciaram significativamente a produção de leite (P< 0,01). A idade ao primeiro parto foi influenciada pelos efeitos de rebanho, ano de parto (P<0,01), além do efeito de estação de parto (P<0,05). As estimativas de herdabilidade obtidas para a produção de leite e idade ao primeiro parto foram iguais a 0,23 e 0,18, respectivamente. A correlação genética entre as duas foi igual a -0,31. A tendência genética e fenotípica, em função do reprodutor, para produção de leite foi de 1,09 kg e 115,34 kg de leite, respectivamente, para cada ano de produção. Para idade ao primeiro parto, os valores genéticos dos reprodutores tornaram-se negativos a partir de 1988, com redução aproximada de 0,05 meses a cada ano e fenotipicamente verificou-se uma redução de 32 para 28 meses de idade ao primeiro. Filhas de touros com alto valor genético para produção de leite tendem a apresentar crescimento mais acelerado ou maturidade fisiológica a uma idade mais precoce, diminuindo a idade ao primeiro parto. / Data from 2.981 lactations of Brown Swiss cows, from 62 herds, calving from 1980 to 2002, were used to check the influence of genetic and not genetic factors, on milk yield and age at first calving. An animal model used included the fixed effect of herds, age-season of calving and grade of cows, random effect of animal and temporary environment. For milk yield, in addition to the fixed effects described above, is also included the linear effect of lactation length and linear and quadratic effects of the age at first calving, as co-variables. Bayesian inference was used to estimate the components of (co) variance through of Gibbs sampling, the size of chain of 1,500,000 rounds and burn in 500,000 rounds. The frequency of sampling was 500 rounds. The estimated average for milk yield and age at first calving were 5347.471849.13 kg and 29,65  4,51 months respectively. The effects of herd, year of calving and lactation length, significantly influenced the production of milk (P <0.01). The age at first calving was influenced by the effects of herd, year of calving (P <0.01), beyond the end of season of calving (P <0.05). The heritability estimates obtained for the milk yield and age at first calving were e 0.23 and 0.18, respectively. The genetic correlation was -0.31. The genetic and phenotypic trend for milk yield was 1.09 kg and 115.34 kg of milk, respectively, for each year of production. For age at first calving, the values of genetic breeding have become negative from 1988, with reduction of approximately 0.05 months of each year and there was a reduction of 32 to 28 months of age at first calving. Daughters of sires with a high genetic value for milk tend to have faster growth or physiological maturity at a very early age, reducing the age at first calving.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2014-06-09T17:21:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoInteracaoGenotipo.pdf: 279642 bytes, checksum: ca38ac1ef76751a154ac0126db7c8d5e (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-07-01T15:59:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoInteracaoGenotipo.pdf: 279642 bytes, checksum: ca38ac1ef76751a154ac0126db7c8d5e (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-01T15:59:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoInteracaoGenotipo.pdf: 279642 bytes, checksum: ca38ac1ef76751a154ac0126db7c8d5e (MD5) Previous issue date: 2009 / Foram simuladas estruturas de dados em modelos mistos representando o teste de 100 reprodutores, sendo cada reprodutor acasalado com 10 matrizes (total de 1000 matrizes), originando em cada acasalamento 2 proles, totalizando 2000 proles (vinte proles por reprodutor). De cada combinação reprodutor e matriz, dez proles tiveram seu fenótipo expresso no ambiente de baixa produção (Estrato 1) e, a outra metade, no ambiente de alta produção (Estrato 2). A simulação foi realizada de forma a representar diferentes situações de presença de heterogeneidade de variâncias, combinando-se as origens da heterogeneidade, de natureza genética e ambiental. Na presença de heterogeneidade residual, o valor estimado para o componente de variância residual, considerando homogeneidade de variâncias se aproximou do valor médio das variâncias entre os estratos. Houve superestimação, também, do componente de variância genético aditivo. Ao simular heterogeneidade de variância de origem genética, observou-se que a estimação desse componente situou-se em valor intermediário aos simulados. Nessa situação, o componente de variância residual estimado foi próximo do valor simulado, indicando que a heterogeneidade de variâncias quando proveniente de fatores genéticos, não interfere, substancialmente, sobre e estimação do componente de variância residual. Na simulação de dados com presença de heterogeneidade tanto de origem genética quanto ambiental (estrutura de dados 4), conduziu a estimação de componentes de variâncias intermediários aos valores simulados em cada estrato. Assim, observa-se que, mesmo quando os reprodutores apresentam proles bem distribuídas em ambos os estratos, a heterogeneidade de variância proveniente de fatores não genético provoca distorções sobre a estimação da variância genética aditiva. Mas por outro lado, quando a heterogeneidade de variância é decorrente de fatores genéticos, não há grande interferência sobre a estimativa da variância residual, tal comportamento pode ser explicado pela incorporação da matriz de parentesco na estimação do componente de variância genético aditivo, possibilitando discriminar melhor a origem da diferenças entre variâncias. Na estrutura onde a variância residual foi heterogênea a estimativa de herdabilidade foi menor em relação à estrutura de homogeneidade de variâncias. Por outro lado, quando somente a variância genética aditiva foi heterogênea, a estimativa de herdabilidade, considerando-se apenas o estrato de alta variabilidade genética, foi inflacionada pela superestimação da variância genética aditiva. No entanto, a estimativa de herdabilidade obtida, desconsiderando essa fonte de heterogeneidade de variância, foi próxima à situação de homogeneidade de variância, indicando que, quando os reprodutores possuem boa distribuição de proles em diferentes ambientes, as estimativas relacionadas ao efeito genético são ponderadas pelo desempenho dos animais em cada ambiente. As correlações de Spearman e de Pearson entre os valores genéticos preditos dos reprodutores, para todas as situações, foram maiores que 0,90. O resultado indica que, mesmo havendo presença de heterogeneidade de variância genética e/ou ambiental, se os reprodutores possuem proles bem distribuídas entre os ambientes (estratos heterogêneos) a classificação do mérito genético não se altera, o que era esperado, pois em análises unicarácter, quando ocorre uma fonte de viés na avaliação genética, ela é comum a todos os indivíduos. Na situação em que foi imposta a estrutura de dados à presença de heterogeneidade de variância residual com número de número desigual de proles por reprodutor nos estratos, provocou superestimação dos componentes de variância. Porém mesmo havendo alteração na magnitude dos valores genéticos preditos para os reprodutores, a heterogeneidade de variância não alterou a classificação entre os reprodutores todas as correlações de ordem foram próximas à unidade. O efeito da heterogeneidade de variância, oriunda de fatores ambientais, ocasiona em maiores distorções sobre a avaliação genética animal, em relação, quando a mesma é proveniente de causas genéticas. A conexidade genética entre diferentes ambientes, dilui o efeito da heterogeneidade de variância, tanto de origem genética, quanto ambiental, na predição de valores genéticos dos reprodutores. / Were simulated data structures in mixed models accounting for the progeny test of 100 sires, each sire mated with 10 dam (total of 1,000 dam), giving in each mating 2 offsprings, totaling 2,000 offsprings (twenty offsprings per sire). Combination of each sire and dam, ten offsprings had their phenotype expressed in the environment of low production (Stratum 1) and the other half, the environment of high production (Stratum 2). The simulation was performed in order to represent different situations of the presence of heterogeneity of variances, mixing up the origins of the heterogeneity of genetic and environmental effect. In the presence of residual heterogeneity, the estimated value for the residual variance component, whereas homogeneity of variance approached the average of the variances between the strata. Overestimation was also of the additive genetic variance. Simulate the heterogeneity of variance of genetic effect, it was observed that the estimation of this component has been simulated in the intermediate value. In this situation, the component of variance was close to the estimated residual value simulated, showing that the heterogeneity of variances when from genetic factors, not interfere, substantially, and on estimation of the variance residual. In simulation data with the presence of both heterogeneity of genetic origin as environment, led to estimation of variance components intermediate to the values simulated in each stratum. Thus, it appears that even when the breeding offsprings have well distributed in both strata, the heterogeneity of variance from genetic factors do not distort the estimation of additive genetic variance. On the other hand, when the heterogeneity of variance is due to genetic factors, there is little interference on the estimation of residual variance component, this behavior can be explained by the incorporation of the matrix of kinship in the estimation of the additive genetic variance, allowing better discriminate the origin of differences between variances. In the structure where the residual variance was heterogeneous the estimate of heritability was lower in relation to the structure of homogeneity of variances. Furthermore, when only the additive genetic variance was heterogeneous, the estimation of heritability, considering only the layer of high genetic variability, was inflated by overestimation of additive genetic variance. However, the estimate of heritability obtained, ignoring this source of heterogeneity of variance, was close to the situation of homogeneity of variance, indicating that when the sires have good distribution of offspring in different environments, estimates related to the genetic effect is weighted by performance of the animals in each environment by Spearman correlations and Pearson between predicted breeding values of sires, for all situations, were higher than 0.90. This result indicates that even with the presence of heterogeneity of genetic variance and / or environmental, is the offsprings per sire are well distributed among environments (heterogeneous strata) the rank of genetic merit does not change. When a source of bias in genetic evaluation, it is common to all individuals. In the situation that was imposed on the structure of data the presence of heterogeneity of residual variance with an unequal number of offsprings per sire in the strata, caused overestimation of the variance components. But even with changes in the magnitude of predicted breeding values for breeding, the heterogeneity of variance did not alter the ranking among all sires in order correlations were close to unity. The effect of heterogeneity of variance, come from environmental factors, leads to major distortions on animal genetic evaluation, for, when it comes to genetic sources. A genetic conexity between different environments, dilutes the effect of heterogeneity of variance, both genetic origin, as environmental, prediction of genetic value of breeding.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-05T11:48:50Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PolimorfismosGeneOsteopontina.PDF: 512218 bytes, checksum: 778ee81294f6547b26545b2516f0d00f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-09T21:55:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PolimorfismosGeneOsteopontina.PDF: 512218 bytes, checksum: 778ee81294f6547b26545b2516f0d00f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T21:55:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PolimorfismosGeneOsteopontina.PDF: 512218 bytes, checksum: 778ee81294f6547b26545b2516f0d00f (MD5) Previous issue date: 2012-09-24 / Este trabalho teve como objetivo identificar polimorfismos neste gene e associar os mesmos aos parâmetros de fertilidade de búfalos criados de forma extensiva. Foram utilizados 306 machos bubalinos, acima de 18 meses de idade, criados em duas propriedades, uma no estado do Amapá e outra no estado do Pará. Os resultados obtidos para a extração de DNA através de pêlos foram de excelente quantidade, com concentração maior que 50ng/l. Ambos pares de primers amplificaram as regiões específicas do gene da osteopontina. Foram identificados 3 polimorfismos do tipo SNP para a região amplificada pelo primer OS4 (5`UTR) e 4 polimorfismos do tipo SNP para a região amplificada pelo primer OS9 (éxon 5 ao éxon 6). Os polimorfismos foram nas posições 1478, 1513 e 1611 na região amplificada pelo OS4 e nas posições 6690, 6737, 6925 e 6952 na região amplificada pelo OS9. Para todas as características estudadas foram encontrados SNPs significativos a 5%. Para circunferência escrotal, o SNP 6690; para volume testicular, o SNP 6737; para a concentração, o SNP 6690; para motilidade, o SNP 6690 e para patologia espermática, o SNP 6690. Estando os polimorfismos do SNP 6690 relacionado com quatro características. Para a característica CE o genótipo AA foi associado (P<0,05) com os animais que apresentaram maior média de circunferência escrotal, maior média de concentração espermática, maior média de motilidade e menor número de patologias totais. Entretanto, para a característica volume testicular, os animais que apresentaram maior volume estão correlacionados com a presença do genótipo GG, para o SNP 6737. Isso indica que o gene da osteopontina pode influenciar as características reprodutivas em machos bubalinos. / Because the osteopontin gene can influence the fertility of water buffaloes, the aim of this work was to identify polymorphisms in this gene and associate them with fertility parameters of animals kept under extensive grazing. We used 306 male buffaloes older than 18 months, bred on two farms, one in the state of Amapá and the other in the state of Pará. We identified three SNP for the region amplified by the primer OS4 (5`UTR) and four SNP polymorphisms for the region amplified by the primer OS9 (exon 5 to exon 6). The polymorphisms were in positions 1478, 1513 and 1611 in the region amplified by OS4 and positions 6690, 6737, 6925 and 6952 in the region amplified by OS9. We calculated correlations with the traits scrotal circumference and volume and sperm motility, concentration and pathology. There were SNPs for all the traits studied at 5% significance: for circumference, SNP 6690; for volume, SNP 6737; for concentration, SNP 6690; for motility, SNP 6690; and for pathology, SNP 6690. Therefore, SNP 6690 was related to four traits. The AA genotype of SNP 6690 presented the highest averages for scrotal circumference, sperm concentration and motility and the lowest total number of pathologies. However, for the scrotal volume trait, the animals with the largest volume were correlated with the presence of the GG genotype of SNP 6737. This indicates that the osteopontin gene is important because it can have a substantial influence on the reproductive traits of male buffaloes.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Realiza una revisión sistemática integral de las poblaciones de individuos de tamaño pequeño de Neacomys presentes en el nororiente y centro del Perú asociados a Neacomys minutus. Es decir, aclara la situación taxonómica de Neacomys minutus y de las poblaciones de tamaño pequeño relacionadas a ella presentes en el Perú, describe morfológicamente a las poblaciones de tamaño pequeño del género Neacomys presentes en el nororiente y centro de Perú, establece el número cromosómico de las poblaciones del nororiente y centro del Perú y caracteriza molecularmente las poblaciones del nororiente y centro del Perú empleando como marcador molecular al gen Citocromo b. / Tesis

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-23T10:53:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 279904 bytes, checksum: 3991609e08cd53a2c2254ee8b5c15f1d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-23T10:53:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 279904 bytes, checksum: 3991609e08cd53a2c2254ee8b5c15f1d (MD5) Previous issue date: 1999-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dados de suínos Duroc, Landrace e Large White foram utilizados para estimar componentes de (co)variância para tamanho de leitegada ao nascimento e ao desmame, peso de leitegada ao nascimento e aos 21 dias de idade e mortalidade do nascimento ao desmame, pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste da razão de verossimilhança foi aplicado para se verificar qual o modelo mais adequado na avaliação genética animal: o modelo1, que continha o efeito genético direto; o 2, que continha os efeitos genéticos direto e materno; o 3, que continha o efeito direto e permanente de meio; e o 4, que incluía os efeitos direto, materno e permanente de meio. As estimativas de tendências genéticas dos efeitos genéticos direto e materno foram obtidas por meio da regressão das médias dos valores genéticos das características em função do ano de nascimento da porca. As herdabilidades direta e total apresentaram valores baixos a médios: 0,00 a 0,30 e 0,00 a 0,22, respectivamente, destacando a importância da seleção com base nas informações de parentes para o melhoramento genético destas características. A herdabilidade materna foi geralmente baixa: 0,00 a 0,17; e as correlações entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno foram, de modo geral, altas e negativas, evidenciando antagonismo entre estes efeitos. As correlações genéticas entre as características de peso e tamanho de leitegada foram positivas. Já as correlações genéticas entre essas características e taxa de mortalidade tenderam a ser negativas. Esses resultados indicam que devem ser utilizados procedimentos multivariados para que tais correlações não sejam desprezadas. Constatou-se que a inclusão do efeito materno, efeito permanente de meio ou de ambos, tendeu a obter valores maiores de loge L. O teste da razão de verossimilhança indicou diferentes modelos para diferentes características e raças, sendo o modelo 4 o mais adequado para a maioria das características. As estimativas de tendência genética dos efeitos diretos mostraram que pouco ou praticamente nenhum progresso ocorreu nas características de leitegada, e houve até mesmo tendências genéticas negativas, evidenciando a dificuldade de se obter ganhos genéticos expressivos nas características reprodutivas, concordando com as baixas herdabilidades apresentadas pelas mesmas. As estimativas de tendência genética dos efeitos genéticos materno apresentaram-se, em geral, negativas, possivelmente em função das correlações genéticas negativas entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno. / Data of Duroc, Landrace and Large White breeds were used to estimate (co)variance components for birth litter size and at weaning, birth litter weight and at 21 days of age and mortality, from birth to weaning, using restricted maximum likelihood methodology. The likelihood ratio test was applied to verify, for each breed and trait, which model was more adapted, the model 1, that contains the direct genetic effect, the model 2, that contains the direct and maternal genetic effects, the model 3, that contains the direct and permanent environmental effect, and the model 4, that includes the effects direct, maternal and permanent environmental. Genetic direct and maternal trends estimates were obtained by regressing genetic values averages on dam birth year. The direct and total heritabilities had small to medium values, .00 to .30 and .00 to .22, respectively, highlighting the importance of relatives information in the selection program for improving these traits. The maternal heritability was generally low, .00 to .17; and the correlations among the additive direct and maternal genetic effects were, in general, high and negative, evidencing antagonism among these effects. The genetic correlations among litter weigh and size traits were positive. The genetic correlations between those traits and mortality rate tended to be negative. These results indicate that should be used multivariate methodologies that do not despise such correlations. The inclusion of the genetic maternal effect, permanent environmental effect or both effects, tended to obtain larger values of ln L. The likelihood ratio test indicated different models for different traits and breeds, and the model 4 was more adapted for most of the traits. Genetic direct trends estimates showed no progress or very small progress for litter traits, and in some cases there were even negatives, indicating the difficulty to get high genetic gain in reproductive traits, in agreement with small heritabilities presented by them. Genetic maternal trends estimates were, in general, negatives, possibly in function of negatives genetics correlations among direct and maternal genetic additive effect.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:09:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6379_Dissertação Lorena pós-banca3.pdf: 2456714 bytes, checksum: 1ec33587d44854ca62a725e495c04a5d (MD5) Previous issue date: 2013-03-21 / FAPES / Dentre os morcegos filostomídeos, o gênero Sturnira Gray, 1842 é caracterizado como um grupo que contém relações filogenéticas complexas, por apresentar incongruências quando relacionados dados morfológicos e moleculares. São reconhecidas para o gênero 14 espécies, dentre as quais Sturnira lilium está incluída. Esta espécie possui ampla distribuição, desde e México ao Uruguai. Estudos propondo a existência de mais de uma espécie em S. lilium não são novidade devido à ocorrência de plasticidade morfológica no grupo. Esta possibilidade tem sido levantada em trabalhos atuais que utilizam marcadores moleculares para investigar filogeografia e diversidade genética do grupo. Assim, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a distribuição da diversidade genética em um contexto filogenético e geográfico em S. lilium, e discutir sobre a possibilidade de espécies crípticas. Para tanto, foram utilizadas sequências de três marcadores mitocondriais, gene citocromo oxidase I, COI (205 sequências), gene citocromo b, Cit b (172 sequências) e região controle do DNA mitocondrial, D-loop (101 sequências), para inferir filogenias e história demográfica do grupo. Também foram calculadas as taxas de divergências e parâmetros populacionais de variabilidade genética. Todos os resultados obtidos apontam para um padrão de estruturação geográfica na distribuição da diversidade genética, com a formação de três clados principais com altos valores de divergência entre eles (5-8%). O clado I foi o de distribuição mais norte, incluindo amostras do México e norte da América Central. O clado II, de distribuição intermediária, incluiu amostras do Panamá e noroeste da América do Sul. Dentro deste clado foi observada a formação de dois agrupamentos com sobreposição de distribuição e 2% de divergência entre eles. O clado III teve distribuição mais ao sul, incluindo amostras da Bolívia e do leste do Brasil. Apesar da estruturação dos grupos, as populações dentro de cada grupo mostraram pouca estruturação, evidenciada pelo compartilhamento de haplótipos entre localidades distantes. Há uma correlação geográfica entre os clados II e III com os biomas Amazônia e Mata Atlântica, respectivamente. Uma hipótese para a evolução desses grupos é a do surgimento do grupo III a partir de um ancestral comum ao norte. Esta hipótese é baseada em dados de demografia populacional que indicam estabilidade populacional no grupo II. Essa estabilidade pode ser associada a uma origem mais antiga, o grupo III apresenta sinais de expansão recente. Além disso, é levantada a possibilidade de ocorrência de pseudogenes em amostras do Brasil, que são mais relacionadas ao clado II do que ao clado III. A característica de fóssil genético é atribuída a esses peseudogenes, pois eles podem variar pouco em relação à sequência original, corroborando a hipótese de um ancestral norte para o clado III. Os três clados podem ser associados a unidades taxonômicas distintas baseadas no Conceito Genético de Espécie, uma vez que as distâncias genéticas entre os clados são próximas às observadas entre os clados de S. lilium e a espécie congenérica S. tildae.