Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Lúcia Galvão Albuquerque / Banca: Newton Tamassia Pégolo / Resumo: No presente trabalho objetivou-se verificar a interação genótipo-ambiente (IGA) e a sensibilidade ambiental em bovinos da raça Nelore, quantificando as normas de reação para os pesos ajustados aos 120 (P120), 205 (P205), 365 (P365), 450 (P450) por meio de regressão aleatória do peso sobre grupos ambientais definidos de diferentes formas. Foram utilizados dados de 437.681 animais participantes Programa de Melhoramento Genetic° da Raça Nelore (Nelore Brasil), cedidos pela ANCP (Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores). As análises foram realizadas através do software AIREML, assumindo um modelo touro, que incluiu como efeito fixo os grupos de contemporâneos e, como efeitos aleatórios, touro e resíduo. A IGA foi verificada através da magnitude da correlação genética (rg) entre os diferentes grupos ambientais. As interações foram consideradas importantes quando os valores de rg, entre os grupos ambientais, estavam abaixo de 0,80. As estimativas de herdabilidade variaram entre 0,05 e 0,28 ao longo do gradiente ambiental nos diferentes descritores ambientais estudados. Os maiores valores foram encontrados nos ambientes mais favoráveis e os menores em ambientes intermediários. Correlações genéticas de baixa magnitude obtidas entre ambientes extremos opostos menores que 0,80 indicaram importante IGA. Os resultados obtidos confirmam a importância da IGA para todas as características estudadas / Abstract: The present study aimed to verify the importance of genotype by environment interaction and environmental sensitivity in Nelore cattle, quantifying the reaction norms for weight adjusted to 120 (P120), 205 (P205), 365 (P365), 450 (P450) days of age using the environment sensitivity predicted by random regression model in different environmental groups. Data from 437,681 Nellore animals collect to Nellore Cattle Breeding Program (Nelore Brazil), assigned by the ANCP (National Association of Breeders and Researchers) were analyzed. Were considered animals raised on pasture. Analyses were performed using the software AIREML, assuming a sire model, which included the fixed effect of contemporary groups and, as random effects, sire and residual. The genotype by environment interaction between environmental groups, was measured by the genetic correlation (rg). Interactions were considered significant when values of correlation were below 0.80. Heritability estimated ranged from 0.05 to 0.28 along the environmental gradient. The highest values were found in more favorable environments. Genetic correlations of low magnitude lower than 0.80 obtained between opposite extreme environments indicated significant IGA. The results confirm the importance of genotype by environment interaction for Nellore cattle weight traits / Mestre

Orientador: Marcílio Dias Silveira da Mota / Coorientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Evaldo Antonio Lencioni Titto / Resumo: O trabalho objetivou estimar a herdabilidade (h2) da característica rentabilidade monetária (RM) de cavalos de corrida da raça Quarto de Milha, a fim de verificar a viabilidade de sua inclusão em programas de melhoramento genético da raça. Foram utilizados registros de 22.958 corridas de 5.233 cavalos, disponibilizados pelo Hipódromo de Sorocaba-SP, Brasil, no período de 1978-2009. Todos os ancestrais dos cavalos registrados foram incluídos no arquivo de pedigree até a quinta geração. A característica RM sofreu transformação logarítmica (L) e foi analisada para animais de 2, 3 e 4 anos de idade e para a carreira destes. As estimativas de h2 foram obtidas utilizando modelo multi-característica e amostragem de Gibbs usando os efeitos de sexo e ano da corrida, animal e resíduo para todas as análises. Foram realizadas cinco análises, uma na qual RM foi dividida pelo número de premiações (LRM/NP), outra na qual RM foi dividida pelo número de largadas (LRM/NL) e outras três, acrescentando o número de premiações (LRM_cNP), número de largadas (LRM_cNL) e ambas (LRM_cNPL) como covariáveis afetando a característica RM. As análises foram realizadas considerando a inclusão ou exclusão do efeito materno. As estimativas de h2 sugerem a inclusão desta característica em programas de seleção que visem melhorar o desempenho em corridas de cavalos Quarto de Milha / Abstract: The aim of the present study was to estimate the heritability (h2) of the trait Earnings (RM) in Quarter Horses racing in order to verify its viability in breeding programs of that breed. Data comprised records of 22.958 races and 5.233 horses provided by Jockey Club of Sorocaba, state of São Paulo, Brazil, on the period of 1978 - 2009. The ancestors of the recorded animals were included in the pedigree file until the fifth generation. The earnings (log transformed - L) were analyzed for 2, 3 and 4 years old horses and also for the animal career. The heritabilities were estimated by a multi-trait model based on Gibbs sampling algorithm considering the effects of animal, sex, year of the race and residual. It was considered five different analyses, first the RM was divided by the total of prizes of the animal on each studied age (LRM/NP), second the RM was divided by the total of starts of the animal (LRM/NL), and the other three adding number of prizes (LM_cNP), number of starts (LRM_cNL) and both (LRM_cNPL) as covariates affecting the trait RM. The analyses were made considering and not the maternal effect. The heritability estimates suggests the inclusion of this trait in breeding programs that aim to improve the performance of Quarter Horses races / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Newton Tamassia Pégolo / Banca: Lenira El Faro Zadra / Resumo: Em programas de melhoramento animal, diversas características utilizadas como critérios de seleção representam medidas repetidas do mesmo animal, sendo importante o estudo de metodologias que considere esta estrutura longitudinal. Assim, o objetivo deste trabalho foi implementar a metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana, na estimação de componentes de variância para avaliação genética de características longitudinais. Foram realizados dois estudos de simulação a fim de verificar as propriedades da aplicação da metodologia. Para o primeiro estudo foram considerados apenas os efeitos fixos, o genético e resíduo, sendo empregado duas estruturas de (co)variância: uma de antedependência e outra de regressão aleatória. O segundo estudo apresenta adicionalmente o efeito de ambiente permanente, sendo utilizado para ambos os efeitos aleatórios. Os resultados demonstraram que a metodologia proposta apresentou capacidade de estimar valores próximos aos simulados, entretanto alguns parâmetros dos modelos apresentaram algumas dificuldades de convergência. Verificou-se por meio do estudo realizado, que a implementação da metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana e amostrador de Gibbs em um modelo animal, possibilitou a obtenção de estimativas próximas aos valores simulados. Além disso, pode-se constatar algumas dificuldades inerentes a convergência dos parâmetros do modelo, sendo necessário a realização de novos estudos visando utilizar novas funções para a modelagem dos coeficientes autorregressivos e das variâncias das inovações, assim como outras estratégias de amostragem / Abstract: In animal breeding programs, several traits used as selection criteria represent repeated measurements of the same animal, thus the study of methodologies that consider this longitudinal structure. The objective of this study was to implement a antedependence model using Bayesian inference, in the estimation of variance components for genetic evaluation of longitudinal characteristics. Two studies were conducted simulation in order to verify the properties of application of the methodology. For the first study included only fixed effects, genetic and residual, being employed two structures (co)variance: one antedependence and other random regression. The second study further shows the effect of permanent environment, and is used for both random effects. The results demonstrated that the proposed methodology showed ability to estimate values close to those simulated, however, some parameters of the models presented convergence difficulties. It was found through the study, the implementation of the methodology antedependence using Bayesian inference and Gibbs sampling in an animal model, makes possible to get estimates close to the simulated values. Moreover, one can observe some convergence difficulties of the model parameters, it is necessary to conduct new studies to use new functions for modeling the autoregressive coefficients and variances of the innovations, as well as other sampling strategies / Doutor

Orientador: Maurício Mello de Alencar / Coorientador: Danísio Prado Munari / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Os marcadores do tipo SNP ("Single Nucleotide Polymorphism") estão entre os mais utilizados para estudos do genoma bovino, pois estão presentes em grande quantidade e podem estar associados a regiões do genoma que atuam em características de interesse econômico. Fatores como a redução dos custos de genotipagem e a alta densidade dos painéis de marcadores possibilitaram que esta tecnologia seja utilizada em larga escala. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desequilíbrio de ligação (DL) e a conservação da fase do desequilíbrio de ligação (FDL) entre animais da raça Canchim e do grupo genético MA; e aplicar a metodologia "Generalized Quase- Likelihood Score" para estudo de associações genômica entre SNPs e características de peso corporal ao nascimento (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS); perímetro escrotal ao desmame (PED) e ao sobreano (PES); e idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto nestes mesmos animais. Foram utilizados 285 animais da raça Canchim (proporção Charolês-Zebu igual a 62,5 % e 37,5%) e 114 animais do grupo genético MA (proporção aproximada Charolês-Zebu igual a 65,6% e 34,4%) genotipados para o painel de alta densidade BovineHD - Illumina® bead chip (777k). Para o estudo de DL e FDL as informações dos genótipos de alta densidade foram concatenadas com o mapa de genótipos de menor densidade (BovineSNP50 v2 bead chip) que possui aproximadamente 50 mil SNPs (50k), realizando assim a redução da densidade dos marcadores. Foram realizadas análises para animais Canchim, MA e Canchim + MA. O painel de 777k mostrou-se mais eficiente para estudo do DL e FDL quando comparado ao painel de 50k, pois apresentou elevada conservação de FDL (acima de 0,80)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Recent technological advances have enabled to use genomic data in livestock evaluation. Single nucleotide polymorphism (SNP) are one of the most widely used genetic markers because they are widely spread along the genome and also could be associated with traits of economic interest. High-throughput panels are becoming interesting for the producers as the cost of genotyping reduces. The objectives of this study were to evaluate the extent of linkage disequilibrium (LD) and the phase of linkage disequilibrium (PLD) between Canchim animals and MA genetic group; and to apply the "Generalized Quasi-Likelihood Score" method to perform a genome wide association study with birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), scrotal circumference at weaning (SCW), scrotal circumference at yearling (SCY), age at first calving (AFC), and age at second calving (ASC). Analyses considered 285 Canchim animals (Charolais-Zebu proportion of 62.5% - 37.5%) and 114 animals of the MA genetic group (Charolais-Zebu proportion of 65.6% - 34.4%) genotyped with the BovineHD - Illumina Bead® chip (777k). Two marker densities were used for the LD and PLD analyses; one considered the 777k panel while the other considered a reduced panel which was resulted from a combined information of the high-throughput panel and the BovineSNP50 chip bead v2 map from Illumina®. These analyses were carried out for Canchim, MA, and Canchim + MA animals. PLD conservation was high in both panels, but only the 777k panel had higher mean r2 (LD measure) equal to 0.38, 0.34, and 0.31 at distances from 0.00 to 0.0025 Mb, 0.0025 to 0.0050 Mb, and 0.0050 to 0.0075 Mb in the Canchim + MA analysis. After this step, genome wide associations were carried out using the Generalized Quasi-Likelihood Score method (GQLS), which considers the logistic regression to associate phenotypic information... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Mônica Corrêa Ledur / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Jane de Oliveira Peixoto / Resumo: Neste estudo os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e mapear loci associados a características ósseas e peso vivo aos 42 dias de idade (PV42) em Gallus gallus. Estas aves foram oriundas de uma população F2 resultante do cruzamento de uma linhagem de corte e outra de postura, mantidas pela Embrapa Suínos e Aves. Foram estimados parâmetros genéticos e identificados QTLs (loci de características quantitativas) para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, visando a melhor compreensão da arquitetura genética das características estudadas. Os componentes de variância foram estimados pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita sob modelo animal multicaracterística. O modelo geral incluiu os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual e o efeito fixo da interação sexo (2 níveis) e incubação (17 níveis), totalizando 34 grupos sexo-incubação. As estimativas de herdabilidade para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, foram, respectivamente, 0,23 ± 0,08, 0,34 ± 0,09, 0,24 ± 0,08 e 0,15 ± 0,05. As correlações genéticas foram positivas e variaram de 0,56 ± 0,18 (entre comprimento da tíbia e PV42) a 0,89 ± 0,06 (entre largura e peso da tíbia). Quando PV42 foi incluído no modelo como covariável para as características ósseas, as estimativas de correlação genética entre as características da tíbia diminuíram e variaram de 0,28 ± 0,23 (entre comprimento e largura da tíbia) a 0,80 ± 0,11 (entre largura e peso da tíbia). Concluiu-se que a seleção favorecendo o aumento no PV42 poderia aumentar também as medidas de comprimento, largura e peso da tíbia. No entanto, como a associação genética entre PV42 e as características estudadas não é máxima, isto poderia em parte justificar os problemas ósseos encontrados em linhagens de frangos de corte, cujo principal critério de seleção é o peso corporal. Para o mapeamento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objectives of this study were to estimate genetic parameters and to map loci associated with tibia characteristics and body weight at 42 days of age (BW42) in Gallus gallus. An F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer line maintained by Embrapa Swine and Poultry. To better understand the genetic architecture of tibia length, width and weight and BW42, genetic parameters were estimated and QTL (Quantitative Trait Loci) for these traits were evaluated. Variance components were estimated by Restricted Maximum Likelihood under multi-trait animal model. The general model included the random additive genetic and residual fixed effect of the interaction and sex (2 levels) and incubation (17 levels), totaling 34 groups sex-incubation. Heritability estimates for length, width and weight of the tibia and BW42 were, respectively, 0.23 ± 0.08, 0.34 ± 0.09, 0.24 ± 0.08 and 0.15 ± 0.05. Genetic correlations were positive and ranged from 0.56 ± 0.18 (between tibia length and PV42) to 0.89 ± 0.06 (between width and weight of the tibia). When BW42 was included as a covariate in the model for bone characteristics, estimates of genetic correlations between traits of the tibia decreased and ranged from 0.28 ± 0.23 (between tibia length and tibia width) to 0.80 ± 0.11 (between tibia width and tibia weight). The genetic correlation between tibia traits and PV42 are not maximum, this could in part explain the bone problems found in strains of broilers. QTLs were mapped using 127 microsatellite markers, which covered 2630.30 cM of chromosomes 1-15, 18, 19, 23, 24 and 26-28. The analysis model mapping included the fixed effect of incubation (17 levels), sex (2 levels) and family of mothers, who ranged in different chromosomes. Seventeen QTL were found on chromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 10, 13 and 24. QTLs for width and weight of the tibia and BW42 were mapped... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Lenira El Faro Zadra / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Arione Augusti Boligón / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: Parâmetros genéticos para produção de leite acumulada até 305 dias (P305) e para produções no dia do controle (PLDC) de varias lactações da raça Gir Leiteiro foram estimados utilizando modelos de regressão aleatória (MRA).Primeiramente, as P305 em várias idades foram analisadas por meio de um modelo de repetibilidade (REP) e de MRA. Com base nos critérios de comparação, o modelo contendo 3, 3 e 4 ordens de ajuste, respectivamente, para os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente, com quatro classes de variâncias residuais, foi o que promoveu o melhor ajuste aos dados de produção de leite ao longo da vida produtiva. Altas correlações de ordem entre os valores genéticos, associadas às coincidências na classificação dos 5% de touros com maior valor genético para P305 nas diferentes idades estimados pelos MRA e pelo REP, indicaram haver pouca variação na classificação dos touros independente do modelo adotado. As produções de leite em diferentes idades podem ser analisadas como a mesma característica. Em um segundo estudo foram analisadas as PLDC das duas primeiras lactações por meio de MRA bi-características, cujos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por polinômios ortogonais de Legendre de quarta ordem, considerando uma estrutura de cinco classes de variâncias residuais. As estimativas médias de heredabilidade (h2) para as PLDC variaram de 0,24 a 0,38 e de 0,29 a 0,41 na primeira e segunda lactação, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas entre as PLDC 1, 5 e 10 da primeira lactação com todos os controles das duas lactações foram positivas, sendo maiores com os controles adjacentes dentro da primeira lactação e entre controles de ordem equivalente entre lactações. A seleção com base nas PLDC do meio da primeira lactação aparece como uma estratégia de seleção... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study estimates the genetic parameters for 305-day cumulative yield (305d) and test day yield (TD) of several lactations of Gyr dairy cattle using random regression models (RRM). Firstly, 305d at various ages were analyzed using repeatability (REP) and random regression (RRM) models. Based on the comparison criteria, the 3rd, 3rd and 4th order models fitted best the milk yield data along cattle productive life for the random additive genetic and permanent environmental effects, with four classes of residual variances, respectively. High order correlations between genetic values associated with coincidences in the ranking of 5% of bulls with high genetic value for 305d at different ages estimated by REP and RRM, indicate that there is little variation in bull rankings regardless of the adopted model. Milk yield should be considered as same trait at any age. In a second study, TD of the first two lactations were analyzed using two-trait RRM whose additive genetic and permanent environmental effects were fitted by a fourth order Legendre orthogonal polynomials, considering a five-class residual variance structure. The mean heritability estimates (h2) for the TD varied from 0.24 to 0.38 and 0.29 to 0.41 for the first and second lactation, respectively. Estimates of genetic correlations between TD1, 5 and 10 of the first lactation and all controls of the two lactations were positive and higher with the adjacent controls within the first lactation and between controls of same order between lactations. The selection based on TD of the middle of the first lactation appears as an important selection strategy in order to change lactation curve shape for the first and second lactation. In the final study, the genetic parameters for 305d and two persistence measurements (PS1 and PS2) were estimated using a two-trait RRM. The estimates for h2 were 0.19, 0.12 and 0.41... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Mauro Galetti / Coorientador: Alexandra Sanches / Banca: Marina Correa Cortes / Banca: Mercival Roberto Francisco / Resumo: A implementação de corredores tem sido sugerida para atenuar os efeitos negativos da fragmentação de habitat, por restaurar ou manter a conectividade entre as populações. No entanto, o papel dos corredores para grandes mamíferos raramente tem sido avaliada objetivamente. Nesta pesquisa usei uma amostragem não-invasiva (análises genéticas de fezes), análise de microssatélites e o método Bayesiano para avaliar a eficácia da Serra do Mar como corredor para grandes mamíferos na Mata Atlântica. As localidades amostradas dentro da Serra do Mar foram o Parque Estadual Intervales e o Núcleo Caraguatatuba, as quais estão separadas por aproximadamente 300 km de distância em linha reta. A anta (Tapirus terrestris, Linnaeus 1758) é um dos maiores membros sobreviventes da megafauna neotropical, tendo sua distribuição em regiões de terras baixas do norte e do centro da América do Sul nos países da Argentina, Bolívia, Brasil, Colômbia, Equador, Guiana Francesa, Guiana, Paraguai, Peru, Suriname e Venezuela. É considerada o maior mamífero terrestre nativo do Brasil, sendo bastante caçada como fonte de proteína. Esta espécie é um ótimo modelo para testar a efetividade da Serra do Mar como corredor para grandes mamíferos porque está presente em todo esse contínuo, pode ter grandes deslocamentos e tem a capacidade de atravessar a matriz em paisagens fragmentadas. No Parque Estadual Intervales foram coletadas 55 amostras fecais em um gradiente altitudinal entre 302 até 976 metros, em um esforço percorrido de 258,9 km. No Núcleo Caraguatatuba foram coletadas 76 amostras fecais em um gradiente altitudinal entre 530 até 865 metros, em um esforço percorrido de 351,6 km. Para o Parque Estadual Intervales e Núcleo Caraguatatuba foram identificados 16 e 23 indivíduos, com sucesso de amplificação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The implementation of corridors has been suggested as a means of mitigating the negative effects of fragmentation by restoring or maintaining connectivity between populations. However, the role of corridors in facilitating the movement of large mammals has rarely been evaluated objectively. In this study, we used non-invasive techniques (genetic analysis of feces), microsatellite analysis and the Bayesian method to evaluate the effectiveness of the Serra do Mar as a corridor for large mammals in the Atlantic Forest. Two locations were sampled in the Serra do Mar - Intervales State Park and the Caraguatatuba Nucleus - and were separated by a distance of 300 km. The lowland tapir (Tapirus terrestris, Linnaeus 1758) is one of the largest surviving members of neotropical megafauna. The tapir is found in northern and central lowland regions of South America, encompassing Argentina, Bolivia, Brazil, Colombia, Ecuador, French Guiana, Guyana, Paraguay, Peru, Suriname and Venezuela. This species, the largest mammal native of Brazil, is an ideal model to test the effectiveness of the Serra do Mar as a corridor for large mammals because it has a large displacements, has the ability to cross the matrix in fragmented landscapes and is hunted for its meat. At Intervales State Park, 55 fecal samples were collected along an altitudinal gradient of 302 to 976 meters, while 76 fecal samples were collected along an altitudinal gradient of 530 to 865 meters at the Caraguatatuba Core (Serra do Mar State Park). The sampling effort consisted of 258.9 km and 351.6 km traversed at Intervales State Park and Caraguatatuba, respectively. Similarly, 16 and 23 individuals were identified with an amplification success of 31% and 33%, respectively. We estimated the population density at Intervales State Park between 0,20-0,57 individuals per km2. For... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: O objetivo deste trabalho foi estimar funções de covariância utilizando modelos de regressão aleatória para a análise de medidas repetidas de pesos de bovinos Brahman do Brasil. Parâmetros genéticos foram estimados para 88.788 registros de peso do nascimento aos 744 dias de idade de 17.499 animais provenientes do banco de dados da Associação Brasileira de Criadores de Zebuínos (ABCZ). Os modelos incluíram, como aleatórios, os efeitos genéticos aditivo direto e materno, e ambiente permanente do animal, como fixo o efeito de grupo contemporâneos, e como covariável a idade da vaca ao parto (quadrática) aninhada a classe de idade do animal. As análises de regressão aleatória foram realizadas utilizando polinômio ortogonal de Legendre de quarta ordem para modelar as tendências da média populacional. As variâncias residuais foram modeladas por uma função homogênea e com cinco níveis de classes de idade. Os modelos foram comparados pelos critérios de informação bayesiano de Schwarz (BIC) e Akaike (AIC). O melhor modelo indicado pelos critérios foi o que considerou o efeito genético aditivo direto ajustado por um polinômio quadrático, o efeito genético materno por cúbico, e o efeito de ambiente permanente do animal por cúbico, e a heterogeneidade de variâncias residuais (5 níveis) . As estimativas de herdabilidade para o efeito direto foram maiores ao início e ao final do período estudado, com valores de 0,47 ao nascimento, 0,38 aos 60 e 120 dias, 0,53 aos 205 dias, 0,70 aos 365 dias, 0,76 aos 550 e 0,52 aos 744 dias de idade. As estimativas de herdabilidade materna foram máximas ao nascimento (0,16). As correlações genéticas de maneira geral, exceto para pesos ao nascimento, variaram de moderadas a altas diminuindo conforme o aumento da distância entre as idades. Maior eficiência na seleção para peso pode ser obtida considerando os pesos próximos à desmama ... / Abstract: The objective of this study was to estimate covariance functions using random regression models for repeated measures analysis of weights of Brahman cattle in Brazil. Genetic parameters were estimated for 88,788 records from birth to 744 days of age of 17,499 animals from the database of the Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ). The models included the random additive direct genetic effects and maternal permanent environment and the animal, as the fixed effect of contemporary group and the covariate age at calving (quadratic) nested class of the animal's age. Regression analyzes were performed using random orthogonal Legendre polynomials of fourth order to model trends in population mean. The residual variances were modeled by a homogeneous function with five levels and age classes. The models were compared by the information criteria Schwarz Bayesian (BIC) and Akaike (AIC). The best model indicated by what criteria was considered the direct genetic effect adjusted by a quadratic polynomial, the maternal genetic effect for cubic and permanent environmental effect of the animal by Cubic, and heterogeneity of residual variances (5 levels). Heritability estimates for direct effect were higher at the beginning and end of the study period, with values of 0.47 at birth, 0.38 at 60 and 120 days to 205 days 0.53, 0.70 at 365 days, 0.76 and 0.52 at 550 to 744 days of age. The maternal heritability estimates were maximal at birth (0.16). Genetic correlations in general, except for birth weights ranged from moderate to high decreases as the distance increases between the ages. Efficiency of selection for weight can be obtained by considering the weights near weaning period in which the estimates of genetic variance and heritability were growing / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Lenira El Faro / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Banca: José Bento Sterman Ferraz / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram estimar parâmetros genéticos para a produção de leite utilizando modelos de regressão aleatória, comparar o ganho genético esperado da produção de leite utilizando diferentes índices de seleção, utilizar análise de agrupamento e discriminante para explorar o perfil genético dos animais para a produção de leite, visando identificar os animais mais indicados para a seleção e investigar quais informações devem ser utilizadas em redes neurais artificiais para que fossem capazes de predizer os valores genéticos dos animais para produção de leite total até 305 dias em lactação. As estimativas de herdabilidade dos controles mensais da produção de leite variaram de 0,12 ± 0,04 a 0,31 ± 0,04. As estimativas de correlação genética e de ambiente permanente apresentaram valores próximos à unidade em controles leiteiros adjacentes, com tendência de diminuição das correlações à medida que o tempo entre os controles leiteiros aumentou. As magnitudes das estimativas de herdabilidade para as classes dos controles leiteiros mensais indicam que a produção de leite deve responder ao processo de seleção dos animais e a fase entre 121 a 240 dias em lactação teria melhor resposta à seleção devido as maiores estimativas de herdabilidade nesse período. A seleção dos animais baseada na produção de leite entre 121 a 150 dias em lactação é recomendada devido à alta herdabilidade para a característica nesta fase e pelas altas correlações genéticas da característica neste período com os demais da lactação. A indicação de qual índice de seleção deve ser utilizado dependerá, entre outros fatores, dos objetivos de seleção estabelecidos pelo programa de melhoramento genético. Se o objetivo de seleção for melhorar a produção de leite e a persistência da lactação, seria mais indicado utilizar índices de seleção baseado ... / Abstract: The objectives of this study were to estimate genetic parameters for milk yield using random regression models, to compare the expected genetic gain of this trait using different selection indexes, to use cluster and discriminant analyses to explore the genetic pattern of milk production of the animals to identify those ones most suitable for selection, and to investigate which information should be used in artificial neural networks to predict the breeding values for milk yield to 305 days in milks. The estimates of heritability for monthly milk production classes ranged from 0.12 ± 0.04 to 0.31 ± 0.04. The estimates of genetic correlation and permanent environment had values close to one in adjacent dairy controls, and decreased as the time between the controls had increased. The magnitudes of heritabilities between 121 to 240 days indicated that the milk yield could better response to selection in this phase due to the highest estimates. The selection based on milk production between 121 to 150 days in milk is recommended due to the high heritability for the trait at this phase and due to the high genetic correlations with milk yield in the other periods of the lactation. The use of a particular selection index will depend on the selection goals of the breeding program. The selection indexes based on eigenvectors of additive genetic matrix with greater selection emphasis for persistence is recommended if the selection goal of the breeding program is to improve milk production and persistence simultaneously. But, if the selection goal is to improve only the milk production, the selection index based on breeding values for milk production up to 305 days in milk would be the most appropriate, because it presented the greatest expected genetic gain for this trait. The breeding values of milk yield on every 30 days were used as grouping variables of the animals. It was found that the population ... / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Mônica Correa Ledur / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Jane de Oliveira Peixoto / Resumo: A obtenção de maiores pesos corporais ao abate e melhor eficiência na utilização de alimentos, assim como a redução de deposição de gordura na carcaça para aumentar o rendimento, são importante na atividade avícola de corte. Assim, objetivou-se estimar parâmetros genéticos para as características fenotípicas de desempenho corporal, cortes e deposição de gordura e realizar estudo de associação de genes candidatos com características de interesse econômico em uma linhagem macho de frango de corte. Para estimação dos parâmetros genéticos, foi utilizado o método de máxima verossimilhança restrita sob o modelo que conteve o efeito fixo de grupo (sexo e incubação) e os efeitos aleatórios genéticos aditivos e residuais. Para o estudo da associação dos polimorfismos dos genes candidatos adiponectina (ADIPOR1 g. 729C>T) e apoliproteina B (APOB g. 102A>T) com as características estudadas, foram utilizadas as metodologias de máxima verossimilhança restrita, "Generalized Quasi-Likelihood Score" e máxima verossimilhança. As herdabilidades estimadas para os desempenhos (pesos aos 35, 41 e 42 dias de idade e consumo de ração, ganho de peso e conversão alimentar de 35 aos 41 dias de idade), cortes nobres (coxa, sobrecoxa e peito) e deposição de gordura corporal variaram de 0,06(0,03) a 0,44(0,07). As correlações genéticas entre as características de desempenho variaram de -0,50 a 0,98 e entre o peso corporal aos 42 dias de idade e as características deposição de gordura variaram de -0,02 a 0,84. No estudo de associação dos genes, o SNP g. 729C>T apresentou-se associado com a pele do peito e pele da coxa e integridade óssea e o SNP g. 102C>T com consumo de ração, filé de peito e rendimento de sangue e pena. As estimativas dos parâmetros para as características estudadas sugerem que a seleção para desempenho e corte nobres poderá ser efetiva e que ... / Abstract: Increasing body weight at slaughter, improving food efficiency and decreasing fat deposition on carcass to increase yield are importante goals in broiler chicken. Thus, the aim of this study was to estimate genetic parameters for body traits, cuts and fat deposition and conduct study of association of candidate genes for traits of economic importance in a male broiler line. The method of restricted maximum likelihood under animal model was used for estimation of genetic parameters. It was considered the fixed effect of group (sex and incubation) and the additive genetic and residual random effects. The study of association of polymorphisms of adiponectin (AdipoR1 g. 729C>T) and apolipoprotein B (ApoB g. 102A>T) candidate genes with the traits studied was carried out using the methods of restricted maximum likelihood, Generalized Quasi-Likelihood Score and maximum likelihood. The estimated heritability for performance traits (weights at 35, 41 and 42 days of age and feed intake, weight gain and feed conversion of 35 to 41 days of age), prime cuts (thigh, drumstick and breast) and body fat deposition ranged from 0.06(0,03) to 0.44(0,07). Genetic correlations between performances traits ranged from -0.50 to 0.98 and between body weight at 42 days of age and fat deposition traits ranged from -0.02 to 0.84. In the study of association of genes, the SNP g. 729C>T was associated with the skin of the breast and thigh and bone integrity, and SNP g. 102C>T with feed intake, breast fillet, blood and feather yield. Parameter estimates for the studied traits suggest that selection for performance and prime cuts may be effective and that fat deposition in chicken may occur because of the correlated response with bodyweight, used as a primary selection criterion. The genes studied may have direct or indirect influence on the metabolism and/or deposition of fat in the skin of the thigh and breast, bone ... / Doutor