Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Orlando Moreira Filho / Resumo: Cromossomos B ou supranumerários são elementos extras ao conjunto padrão A e estão presentes em vários grupos de eucariotos, como plantas, fungos e animais. Podem ter origens distintas, incluindo derivação do conjunto autossômico ou de cromossomos sexuais e até mesmo por cruzamentos interespecíficos, o que os caracterizam como um interessante modelo para estudos genéticos e evolutivos. O advento da técnica de microdissecção cromossômica, método que possibilita o isolamento direto do DNA de qualquer região citogeneticamente reconhecida, tem proporcionado avanços no conhecimento da estrutura e composição destes elementos genômicos em um número significativo de organismos. Neste sentido, o presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os cromossomos B presentes em três espécies de peixes do gênero Characidium, através de técnicas citogenéticas clássicas e moleculares, envolvendo microdissecção dos cromossomos Bs e sexuais, associada à técnica de FISH, assim como hibridação fluorescente in situ dos DNAs ribossômicos 5S e 18S e DNAs histônicos H3 e H4. Adicionalmente, estas sequências de DNA repetitivo foram amplificadas, clonadas e sequenciadas a partir do DNA genômico de indivíduos sem cromossomos B e do DNA dos cromossomos B microdissecados. Os resultados obtidos pela pintura cromossômica confirmam que os cromossomos sexuais ZW possuem uma origem única neste grupo, enquanto os cromossomos B possuem dois tipos de origem. Em C. gomesi e C. pterostictum, os cromossomos B apresentam origem intraespecífica, relacionada aos cromossomos sexuais, mas independentes, considerando o posicionamento destas espécies na filogenia estabelecida. Por outro lado, em C. oiticicai esses elementos podem ter tido uma origem interespecífica, possivelmente relacionada a algum tipo de hibridação introgresiva. A presença de sequências histônicas e de DNAr 5S nos cromossomos B evidenciada pelo mapeamento ... / Abstract: B or supernumerary chromosomes are extra elements to the standard set A and are present in several groups of eukaryotes, such as plants, fungi and animals. They may have different origins, including derivation of autosomal or sex chromosomes and even by interspecific crosses, which make them as an interesting model for genetic and evolutionary studies. The advent of chromosome microdissection technique, a method that allows the direct isolation of DNA from any region cytogenetically recognized, has provided new information on the structure and composition of these genomic elements in a significant number of organisms. In this sense, the present work was developed aiming to analyze the B chromosomes present in three fish species of the genus Characidium through classical and molecular cytogenetic techniques involving microdissection of B and sex chromosomes associated with the FISH technique, as well as fluorescent in situ hybridization of 18S and 5S ribosomal DNAs and genes for the H3 and H4 histones. Additionally, these repetitive DNA sequences were amplified, cloned and sequenced from genomic DNA of individuals without B chromosomes and from B chromosomes DNA microdissected. The results obtained by chromosome painting confirmed that the ZW sex chromosomes have a single origin in this group, while the B chromosomes have two types of origin. In C. gomesi and C. pterostictum, B chromosomes apparently exhibit an intraspecific origin, related to sex chromosomes, but, considering the placement of these species in the phylogeny established, in independent events. Moreover, in C. oiticicai these elements might have had an interspecific origin, possibly related to some sort of hybridization by introgression. The presence of histone sequences and 5S rDNA in B chromosomes evidenced by physical mapping and PCR amplification, as well as low genetic divergence, indicate a common ancestry between sequences present in B chromosomes of C. gomesi ... / Mestre

Orientador: Adriane Pinto Wasko / Banca: Carlos Roberto Teixeira / Banca: Renata Cristina Batista Fonseca / Resumo: Entre os animais silvestres envolvidos em tráfico e comércio ilegal no Brasil, as aves compreendem um dos grupos mais atingidos, especialmente devido a características como canto e colorido das penas. Atualmente, análises genéticas representam uma das formas mais eficazes de gerar dados para solucionar e minimizar os resultados de crimes ambientais e comércio ilegal de animais silvestres. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar análises genéticas de sexagem em diversas aves, incluindo espécies comumente associadas ao tráfico de animais e apreendidas pela Polícia Ambiental e pelo IBAMA (Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis), e gerar um material de divulgação científica sobre tráfico e conservação deste grupo de vertebrados. Amostras de DNA foram obtidas de penas e sangue de 124 exemplares de 53 espécies das famílias Accipitridae, Cacatuidae, Cardinalidae, Cariamidae, Columbidae, Cuculidae, Emberezidae, Falconidae, Icteridae, Musophagidae, Psittacidae, Ramphastidae, Sturnidae, Thraupidae, Tinamidae, Trochilidae e Turdidae, mantidas junto a um Centro de Recepção, Triagem e Reabilitação de Animais Silvestres - CETAS (ONG Instituto Floravida, Botucatu, SP), a um Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres - CEMPAS (Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, UNESP, Botucatu, SP) e a dois criadouros científicos de fauna silvestre para fins de conservação (Criadouro C.A., Itatiba, SP e Criadouro Poços de Caldas, Poços de Caldas, MG). Perfis genéticos sexo-específicos foram gerados por meio da amplificação de segmentos de DNA dos cromossomos Z e W. Um conjunto de primers que se anelam a regiões de éxons dos genes CHD-Z e CHD-W (chromo helicase-DNA binding) e que amplificam uma região de íntron que difere em tamanho entre os dois genes foi utilizado em PCR (Polymerase Chain Reaction) e os produtos de amplificação foram visualizados em gel de agarose 2%. ... / Abstract: Birds represent a large part of the animals associated to illegal trade and commerce in Brazil, mainly due to some characteristics as song and feathers colors. Nowadays, genetic analyses comprehend one of the most efficient approaches to generate data in order to solve and minimize the results of environmental crimes and illegal trade of wild animals. Therefore, this work intent to perform sex identification genetic analyses in several birds, including species that are commonly associated to illegal animal trade and apprehended by the Environmental Policy and by IBAMA (Brazilian Institute of Environment and Renewable Natural Resources), and generate a scientific broadcasting material about illegal trade and conservation of this vertebrate group. DNA samples were obtained from feathers and blood of 124 individuals that belong to 53 species of the families Accipitridae, Cacatuidae, Cardinalidae, Cariamidae, Columbidae, Cuculidae, Emberezidae, Falconidae, Icteridae, Musophagidae, Psittacidae, Ramphastidae, Sturnidae, Thraupidae, Tinamidae, Trochilidae, and Turdidae, maintained by a Wildlife Reception, Screening and Rehabilitation Center (Floravida Institute NGO), a Wildlife Animal Health and Research Center (Faculty of Veterinary Medicine and Zootechny, São Paulo State University Botucatu, SP) and to two scientific breeding grounds of wild fauna based on conservation purposes (Criadouro C.A., Itatiba, SP and Criadouro Poços de Caldas, Poços de Caldas, MG). Sex-specific genetic profiles were generated by the amplification of DNA segments of the Z and W chromosomes. A primer set that anneal to exon regions of the CHD-Z and CHD-W (chromo helicase-DNA binding) genes and that amplify an intron region that differ in size between the two genes was used in PCR (Polymerase Chain Reaction) and the amplification products were visualized in 2% agarose gel. Two different size DNA fragments were evidenced for females and a single fragment was ... / Mestre

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral-de-Mello / Coorientador: Dardo A. Martí / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Guilherme Targino Valente / Resumo: Os cromossomos sexuais se originam independentemente de um par de homólogos autossômicos e em várias linhagens apresentam características comuns, representando um exemplo fascinante de convergência evolutiva. Algumas destas características incluem a acumulação de vários tipos de DNAs repetitivos, restrição de recombinação e perda ou ganho de genes que derivam na diferenciação morfológica e genética entre os cromossomos sexuais X e Y ou Z e W. Em Orthoptera, o sistema cromossômico sexual comumente encontrado na maioria das espécies estudadas é do tipo X0♂/XX♀; entretanto, na subfamília Melanoplinae sistemas cromossômicos sexuais derivados dos tipos neo-XY♂/XX♀ e neo-X1X2Y♂/X1X1X2X2♀ são frequentemente observados, tendo evoluído repetidamente por fusões Robertsonianas (Fusão Rb) entre autossomos e cromossomos sexuais ancestrais. Sendo assim, o objetivo do presente trabalho foi analizar os sitemas cromossômicos sexuais em Melanoplinae utilizando como modelo as espécies dos gêneros filogeneticamente relacionados Chlorus, Eurotettix e Dichromatos, e adicionalmente Ronderosia bergi. Assim, nós integramos citogenética clásica, FISH para distintos DNAs repetitivos, microdissecção de cromossomos sexuais e imunolocalização para diferentes modificações de histonas. Além disso, em R. bergi os cromossomos sexuais microdissectados foram usados como molde para a amplificação específica de famílias multigênicas com o objetivo de entender a variação destas sequências nos cromossomos sexuais. Com relação as espécies filogeneticamente relacionadas, nossos dados revelam não propagação de blocos heterocromáticos e da fração de DNA C0t-1, mas foi observada uma remarcável propagação de famílias multigênicas entre os neo-sistemas sexuias de Eurotettix e Dichromatos, pricipalmente para o DNAr 5S. Estes resultados também sugeriram uma origem comun e subsequente acumulação diferencial de DNAs... / Abstract: Sex chromosomes have been evolved independently from a pair of homologous autosomes and several lineages share common characteristics, representing fascinating examples of evolutionary convergence. Some of those features include accumulation of various kinds of repetitive DNAs, recombination constraint, loss or gain of genes that derived in the genetic and morphological differentiation among the sex chromosomes X and Y or Z and W. In Orthoptera, sex chromosome systems commonly found in the most studies species is the type X0♂/XX♀; however, in the subfamily Melanoplinae, derived variants neo-XY or neo-X1X2Y evolved several times by repeated autosome-sex chromosome Robtersonian fusions (Rb-fusions). Thus, the aim of this study was to analyze sex chromosome systems in Melanoplinae using as model species of the phylogenetically related genera Chlorus, Eurotettix and Dichromatos, in addition Ronderosia bergi. For this proposes it was integrated classical cytogenetic analysis, cytogenetic mapping for distinct repetitive DNAs and microdisssected sex chromosomes and immunolocalization for distinct histone modifications. Moreover in R. bergi the microdissected chromosomes were used as source for specific amplification of multigene families in order to address the specific variation of these sequences in the sex chromosomes. Concerning to the phylogenetically related genera, our data indicate a non-spreading of heterochromatic blocks and pool of repetitive DNAs (C0t-1 DNA) in the sex chromosomes, but the spreading of multigene families among the neo-sex chromosomes of Eurotettix and Dichromatos was remarkable, particularly for 5S rDNA. These results also suggest a common origin and subsequent differential accumulation of repetitive DNAs in the sex chromosomes of Dichromatos and an independent origin of the sex chromosomes of the neo-XY and neo-X1X2Y systems intragenerically. In the species R. bergi, our data supports the argument that the... / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Rúsbel Raúl Aspilcueta Borquis / Banca: Guilherme Costa Venturini / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A identificação de genes que influenciam características de produção e composição do leite tem sido o foco de vários estudos nos últimos anos, como o caso do gene candidato DGAT1, reconhecidamente envolvido com o conteúdo de gordura no leite sendo de grande interesse para o melhoramento de rebanhos leiteiros. Outro gene importante, o A2M, apresenta associação aos processos celulares do sistema imune, como a contagem de células somáticas (CCS), diretamente ligada à qualidade do leite e saúde dos animais. Nesse contexto, objetivou-se verificar a existência de polimorfismos em regiões específicas dos dois genes descritos e possíveis associações na produção de leite e seus constituintes em bubalinos. Para tanto, um grupo de animais formado inicialmente por 200 búfalas foi avaliado. Amostras de folículos pilosos dos referidos animais foram utilizadas para extração de DNA. Mediante PCR, foram amplificados fragmentos que, posteriormente, foram analisados através do sequenciamento. Foram identificados SNPs, avaliadas as frequências alélicas e genotípicas, foi realizado o teste de desequilíbrio de ligação e também, análises de variância dos efeitos dos SNPs. Foram identificados ao todo seis SNPs, sendo que apenas três encontravam-se em região codificante, dois no éxon 17 do gene DGAT1 (SNP 162G/A e 164C/T) e um no éxon 29 do gene A2M (SNP 241A/G). O SNP 164C/T apresentou associação com as características porcentagem de gordura e porcentagem de proteína no leite em nível de 5% de significância, já o SNP 241A/G além de apresentar associação com as mesmas características, apresentou também com a característica produção de gordura. Diante desses resultados, supõe-se a relação dos SNPs encontrados e identificados nas regiões codificantes do DNA com características de composição e qualidade do leite, podendo, estes SNPs serem utilizados como marcadores ... / Abstract: The search for genes that affect milk yield and composition traits has been the aim of many studies in recent years, as the case of candidate gene DGAT1, admittedly involved with the fat content in milk being of great interest to breeders of dairy herds. Another important gene, A2M, has association with cellular processes of the immune system, such as somatic cell count (SCC), directly linked to milk quality and animal health. The aim of the present study was to verify the existence of polymorphisms in this two genes and their effects in composition and milk yield traits in breed buffaloes (Bubalus bubalis). The sample was constituted by 200 buffaloes cows. Hair were used for the extraction of DNA. After PCR, the samples were analyzed by sequencing techniques. Were found six SNPs, but only three in the coding region, two in exon 17 of the DGAT1 gene (SNP 162G/A and 164C/T) and one in exon 29 of the gene A2M (SNP 241A/G ). The SNP 164C/T was associated with the characteristics fat percentage and protein percentage in milk at 5% significance, since the SNP 241A/G besides having association with the same characteristics, also presented with the characteristic fat production. Before addition, is supposed there may be some relation of this SNPs and characteristics of composition from milk like, production and percents of fat and protein in to the milk. Therefore, it can be completed these SNPs can be used as moleculars markers in MAS in buffaloes / Mestre

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Aline Costa de Lucio Prado / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Beatriz da Costa Aguiar Alves Reis / Resumo: Doses de sêmen enriquecidas com espermatozoides portadores do cromossomo X são utilizadas na inseminação artificial (IA) e na produção in vitro de embriões (PIVE). Todavia ensaios de campo, utilizando este tipo de sêmen, demonstraram redução na taxa de prenhez, que pode ser justificada pelas injúrias espermáticas durante o processo de sexagem, além de alterações no DNA, interferindo na expressão de genes paternos, afetando o desenvolvimento embrionário e acarretando perda gestacional após 90 dias. Assim, os objetivos desse trabalho foram: comparar a taxa de clivagem e de blastocistos produzidos in vitro utilizando sêmen convencional e sêmen com espermatozoides sexados por citometria de fluxo e verificar a existência de diferenças na expressão de genes relacionados ao reconhecimento da gestação (AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-1, mPGES-2, TNF-α) em embriões produzidos in vitro utilizando os dois tipos de sêmen. Os embriões bovinos foram produzidos por fecundação in vitro, quarenta e oito horas após a fecundação foi avaliada a taxa de clivagem, e no sétimo dia após a fecundação foi avaliada a taxa de blastocisto. Posteriormente esses blastocistos foram submetidos à extração de RNA para a avaliação da expressão gênica. Não foi observada diferença significativa (P>0,05) para as taxas de clivagem e blastocisto entre os grupos experimentais. Em relação ao padrão de expressão, a citometria de fluxo não alterou os níveis de transcritos dos genes AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-2 e TNF-α sugerindo que embriões produzidos com espermatozoides sexados por citometria de fluxo não possuem alterações prejudiciais em genes envolvidos no reconhecimento da gestação. Porém o gene mPGES-1 foi 4,54 vezes menos expresso nos embriões produzidos com espermatozoides sexados por citometria de fluxo, sugerindo a possibilidade de ocorrência de perda gestacional, pois estudos ... / Abstract: Doses of semen enriched with carriers of X chromosome sperm are used in artificial insemination (AI) and in embryos produced in vitro (PIVE). However, field studies using this type of semen demonstrated a reduction in pregnancy rate, which can be justified by injuries during sperm sexing and alterations in DNA, interfering with the expression of paternal genes affecting embryonic development and resulting in pregnancy loss after 90 days. The aims of this study were to compare the cleavage and blastocyst rates produced in vitro using conventional semen and sexed semen by flow cytometry, and check differences in the expression of genes related to pregnancy recognition (AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-1, mPGES-2, TNF-α ) in embryos produced in vitro using the two types of semen. Bovine embryos were produced by in vitro fertilization, forty eight hours after fertilization the cleavage rate was evaluated, and on the seventh day after fertilization the blastocyst rate was performed. Subsequently, these blastocysts were subjected to RNA extraction for evaluation of gene expression. No significant differences (P>0.05) for cleavage and blastocyst rates between the experimental groups were observed. Related to the expression pattern, the flow cytometry did not alter the transcript levels of AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-2 e TNF-α genes, suggesting that embryos produced with sexed semen by flow cytometry do not have detrimental changes in genes involved in pregnancy recognition. However the mPGES-1 gene was expressed 4,54 times less in embryo produced with sexed semen by flow cytometry, suggesting the possibility of pregnancy loss, since studies suggest that are required levels of expression of mPGES for maintenance and recognition of pregnancy / Mestre

Orientador: Rogério Abdallah Curi / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Antonio de Queiroz Neto / Banca: Maurício Alvarenga Mudado / Resumo: Dentro da raça Quarto de Milha, diferentes objetivos de seleção formaram linhagens com distintas habilidades, entre elas a de corrida e a de trabalho. Com menor efetivo, porém com grande representatividade econômica, a linhagem de corrida se destaca por possuir animais com capacidade de alcançar grandes velocidades em curtas distâncias. A linhagem de trabalho destina-se às provas de caráter funcional, explorando habilidades como agilidade e obediência. Os principais objetivos deste trabalho foram estimar as frequências alélicas e genotípicas dos SNPs g.38973231A>G do gene PDK4 e g.22684390C>T do gene COX4I2 em equinos Quarto de Milha de diferentes linhagens (corrida e trabalho) bem como avaliar a ocorrência de associações destes polimorfismos com características de desempenho (IV - Índice de Velocidade) na linhagem de corrida; (2) verificar a ocorrência de diferença nas frequências alélicas dos SNPs g.66493737C>T do gene MSTN e g.22999655C>A do gene DMRT3 em equinos Quarto de Milha da linhagem de corrida contrastantes para IV e; (3) estimar parâmetros genéticos e ambientais para medidas corporais e IV da linhagem de corrida da raça Quarto de Milha. Resultados do presente trabalho obtidos a partir de sequenciamento de DNA mostraram o MSTN com o alelo C próximo de fixado, com apenas um animal heterozigoto (CT). Na análise de 296 animais de corrida e 68 de trabalho, as diferenças de frequências alélicas e genotípicas se mostraram significativas para os genes PDK4 e COX4I2 entre as duas linhagens. O mesmo não foi observado quando estas frequências foram comparadas entre fenótipos extremos de corrida. Também não houve efeitos significativos no teste de associação entre os alelos dos dois polimorfismos e o IV. O SNP g.22999655C>A do gene DMRT3 foi genotipado em 60 animais. Foram observadas herdabilidades de 0,21 a 0,69 e 0,17 para medidas morfométricas e IV, respectivamente. Observou-se correlação ... / Abstract: In the Quarter Horse, different selection objectives led to the formation of lines with different skills, including racing and cutting. Less effective, but with great economic representation, the racing line present great sprinting speed over short distances on straight tracks. The cutting line is intended to evidence of functional character, exploring skills such as agility and obedience. The main objectives of this study were to estimate the allele and genotype frequencies of the g.38973231A>G (PDK4) and g.22684390C>T (COX4I2) SNPs in Quarter Horses (racing and cutting lines), as well as, in the racing line, to assess the occurrence of associations of these polymorphisms with performance trait (SI - speed Index); (2) verify the occurrence of differences in allele frequencies of g.66493737C>T (MSTN) and g.22999655C> (DMRT3) SNPs in racing line of contrasting to IV, and (3) to estimate genetic and environmental parameters for body measurements and IV of the racing line. The results showed the MSTN gene with the C allele near fixed with just an animal heterozygote (CT). In the analysis of 296 racing animals and 68 cutting animals, the differences in allele and genotype frequencies were statistically significant for PDK4 and COX4I2 genes between the two lines. The same was not observed when these frequencies were compared between extreme phenotypes race. There was also no significant effects on test of association between the alleles of the two polymorphisms and IV. The g.22999655C>A (DMRT3) SNP was genotyped in 60 animals. Heritability from 0.21 to 0.69 for morphometric traits and 0.17 for IV were observed. There was moderate negative correlation between body and rump length and performance (-0.44 and -0.30, respectively) and low positive correlation between height at withers and performance (0.25) that alleles. These results suggest of PDK4 and COX4I2 genes associated with better performance in race of PSI, perhaps are related ... / Mestre

Orientador: Fábio Erminio Mingatto / Banca: Ricardo Velludo Gomes de Soutello / Banca: Andrea Sanchez / Resumo: O gossipol é uma substância tóxica presente na semente de algodão (Gossypium sp). Para a análise dos mecanismos envolvidos na infertilidade causada em ratos pelo gossipol foram avaliados os seus efeitos sobre o sistema antioxidante e a bioenergética mitocondrial de testículos, além da atividade protetora da vitamina E. Testes de fertilidade foram realizados, analisando a produção de espermatozoides epididimais e o número e peso de filhotes após cruzamentos. No homogenato de testículos foram avaliadas a atividade das enzimas glutationa peroxidase (GPx) e glutationa redutase (GR), concentração de glutationa reduzida (GSH) e oxidada (GSSG), estado oxidativo dos nucleotídeos de piridina (NAD(P)H) e grupos tióis de proteínas, além da peroxidação dos lipídios de membrana. Nas mitocôndrias isoladas dos testículos foram realizadas as análises de respiração mitocondrial, potencial de membrana e síntese de ATP. O tratamento com gossipol diminuiu significativamente o número de espermatozoides e o número de fetos e a vitamina E apresentou efeito protetor sobre estes parâmetros. O gossipol provocou um aumento significativo na atividade das enzimas GPx e GR, porém a vitamina E não reduziu a atividade enzimática. A concentração de GSH e o estado oxidativo do NAD(P)H no homogenato de testículo foram significativamente reduzidos pelo gossipol e essa redução foi acompanhada pelo aumento da concentração de GSSG. A vitamina E apresentou efeito protetor sobre as alterações destas substâncias. Não foi observado efeito do gossipol sobre os grupos tióis de proteína. O gossipol aumentou significativamente a concentração de malondialdeído, indicador de lipoperoxidação, enquanto que o tratamento com a vitamina E inibiu a ação do gossipol. O gossipol atuou como desacoplador da cadeia respiratória e a fosforilação oxidativa, dissipou o potencial de membrana e diminuiu os níveis ... / Abstract: Gossypol is a toxic substance present in cottonseed (Gossypium sp.) To analyze the mechanisms involved in infertility caused by gossypol in rats were evaluated its effects on the antioxidant system and mitochondrial bioenergetics of testicles, beyond the protective activity of vitamin E. Fertility tests were performed, analyzing the production of epididymal sperm and number and weight of the offspring after breeding. In the testis homogenate were evaluated the activity of the enzymes glutathione peroxidase (GPx) and glutathione reductase (GR), the concentration of reduced (GSH) and oxidized (GSSG) glutathione, oxidative state of pyridine nucleotides (NAD(P)H) and thiol groups of proteins, and membrane lipid peroxidation. In mitochondria isolated from testes analyzes of mitochondrial respiration, membrane potential and ATP synthesis were performed. Treatment with gossypol significantly decreased sperm count and the number of offspring and vitamin E showed a protective effect on these parameters. Gossypol caused a significant increase in the activity of GPx and GR enzymes, but vitamin E did not reduced the enzyme activity. The concentration of GSH and oxidative state of NAD(P)H in the testis homogenate were significantly reduced by gossypol and this reduction was accompanied by an increase in the concentration of GSSG. Vitamin E showed a protective effect on the changes of these substances. No effect of gossypol was observed on the thiol groups of protein. Gossypol significantly increased the malondialdehyde, an indicator of lipid peroxidation, whereas treatment with vitamin E inhibited the action of the gossypol. Gossypol uncoupled the respiratory chain and oxidative phosphorylation, dissipated the membrane potential and decreased the mitochondrial ATP levels. The results suggest that infertility caused by gossypol in rats may be related to oxidative stress and mitochondrial bioenergetics damage and ... / Mestre

Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Sirlei Aparecida Maesta / Banca: Sandra Maria Simonelli / Resumo: O objetivo geral do trabalho foi estimar parâmetros genéticos para características de habilidade materna: relação de desmame (REL), peso total das crias ao nascer e ao desmame (PTCN e PTCD) e reprodutivas: intervalo entre partos (IEP), idade ao primeiro parto (IPP), número de cordeiros por parto (NCP) para uma população de ovinos Santa Inês do Nordeste do Brasil e propor estratégias para seleção de reprodutores e fêmeas na raça baseado nos parâmetros genéticos estimados para as características em estudo. Foram utilizados dados pertencentes à Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) da raça Santa Inês. Os registros foram coletados entre 2003 e 2011 e continham informações de 4792 matrizes e 11575 nascimentos de 45 propriedades. Com o auxílio do software R foram realizadas as análises de consistência dos dados e foram testados os efeitos de ambiente para verificar seus efeitos nas características avaliadas com o objetivo de fornecer subsídio à formação dos grupos de contemporâneos. A idade da matriz ao parto foi considerada como covariável e ambos os efeitos (grupos contemporâneos e a covariável) foram considerados como efeitos fixos nos modelos de avaliação genética. Os efeitos aleatórios considerados foram: os efeitos genéticos aditivo direto (a), genético materno (m) e de ambiente permanente do animal (p). As estimativas de (co)variância para as características foram obtidas por máxima verossimilhança restrita e para a estimação foi usado o software WOMBAT e o algoritmo escolhido foi o PXEM para as análises multicaracterísticas que foram realizadas sob o modelo animal. As herdabilidades genéticas aditivas estimadas para as características reprodutivas e de habilidade materna foram de baixa magnitude IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), PTCN(0,10), com exceção de IPP (0,24) e PTCD (0,30), que apresentaram herdabilidade de magnitude ... / Abstract: The objectives of this study are to estimate genetic parameters for traits of maternal ability: weaning rate (REL), total weight of the offspring at birth and at weaning (PTCN and PTCD, respectively); and reproductive traits: calving interval (IEP), age at first calving (IPP), number of lambs per birth (NCP) for a population of Santa Inês sheep in Northeastern Brazil; and propose strategies for breed selection of sires and dams. The dataset of Santa Inês breed was obtained from Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO). Data were collected between 2003 and 2011 and contained information of 4792 dams and 11575 births of 45 properties. The software R was used for data consistency and for testing the effects of environment on the characteristics just described to establish criteria to form contemporary groups. The dam age at birth was included as covariate, and both effects (contemporary group and covariate) were considered as fixed effects in the models for genetic evaluation. Moreover, the model included random effects, such as: direct- genetic additive (a), direct-maternal genetic (m), and common environment (p). Estimates of (co) variance for the traits were obtained by restricted maximum likelihood by using WOMBAT software, and the chosen algorithm was the PXEM for multi-trait animal model. The estimated genetic-additive heritability presented low magnitude for characteristics, such as: IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), and PTCN(0,10), with the exception of IPP (0,24) and PTCD (0,30) that showed heritability of moderate magnitude. The heritability for the maternal effect was low for all characteristics evaluated: PTCN (0,08), PTCD(0,5), REL (0,05) e NCP (0,14). High favorable genetic correlations were observed for PTCD and PTCN (0,96), and PTCD and NCP (0,69), whereas high unfavorable genetic correlations were observed between NCP and IPP (0,96). After evaluating ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Roberto Hiroshi Higa / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Fabiana Barichello Mokry / Resumo: Recentes avanços tecnológicos em genética permitiram a genotipagem de espécies de interesse zootécnico, como os bovinos. Foram desenvolvidos painéis de genotipagem com diferentes densidades de marcadores do tipo polimorfismos de nucleotídeo único ("single nucleotide polymorphism" - SNP). Painéis de alta densidade permitiram maior cobertura do genoma e possibilitaram sua aplicação em diferentes tipos de estudos, como a identificação de regiões do genoma conservadas devido à seleção. Tais regiões são denominadas assinaturas de seleção (AS). As AS são detectáveis por diferentes metodologias, como a Homozigose do Haplótipo Estendido ("extended haplotype homozygosity" - EHH) e o Escore de Integração dos Haplótipos ("integrated haplotype score" - iHS), sendo esta última derivada da EHH. O objetivo desse trabalho foi identificar regiões de AS em bovinos de corte da raça Canchim, genotipados com painel de alta densidade, visando futuras aplicações no melhoramento genético animal. O pacote rehh do programa R foi utilizado para identificação de AS por meio da metodologia iHS. Foram utilizados registros de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético MA e um da raça Charolês. Todos os animais (amostras) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNPs) e provenientes da base de dados da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. O controle de qualidade de genótipos (CQ) foi realizado por meio do pacote snpStats, do R. Após o CQ, restaram 687.655 marcadores SNP e 396 amostras. Foi utilizado o programa BEAGLE para a inferência das fases de ligação e construção dos haplótipos, etapa necessária para utilização da iHS. A estatística iHS para cada um dos marcadores foi transformada em para conveniência da análise dos resultados. Valores de foram observados nos cromossomos BTA (Bos taurus) 5 e 14, com 39 e nove SNPs estatisticamente significativos ... / Abstract: Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. Recent technological advances in genetics have allowed the genotyping of livestock species such as cattle, by means of single nucleotide polymorphism (SNP) chip panels. High-density SNP panels have allowed greater coverage of the genome and its application in different studies, such as the identification of conserved regions of the genome due to selection. Such regions are known as selection signatures (SS). The SS are detectable by various methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the HHE. The aim of this study was to identify regions of SS in Canchim beef cattle, genotyped with high-density SNP panel, and evaluate its future application in animal breeding. The rehh package of the R software was used for identification of SS through the iHS methodology. Data on 285 Canchim animals, 114 "MA" genetic group (cross between Charolais sires and Canchim-zebu dams), and one Charolais breed individual were used. The database used in this study was provided by Embrapa Cattle Southeast (São Carlos, SP, Brazil), which contains animals (samples) genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip panel (786,799 SNPs). The quality control of genotypes (QC) was performed through snpStats package present in R. After the QC, a total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis. The BEAGLE software was used to infer the linkage phase and to construct the haplotypes. The iHS statistic for each marker was transformed into piHS for better understanding of the results. On the Bos taurus (BTA) chromosomes 5 and 14 were observed piHS ≥ 5 (P <0.00001), with 39 and nine statistically significant SNPs, respectively. Windows of one million base pairs each were built to assist in the delimitation of SS regions. Within ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Daniela do Amaral Grossi / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: Cintia Righetti Marcondes / Resumo: A raça de bovinos de corte Tabapuã possui características desejáveis para as condições tropicais de produção como rusticidade e adaptabilidade. No entanto, é uma raça de formação recente e existem poucos estudos da estrutura populacional, variabilidade genética, endogamia e estimativas de parâmetros genéticos para características de interesse econômico. Este trabalho teve dois objetivos principais. O primeiro foi avaliar e descrever a estrutura populacional da raça Tabapuã e a relação linear de classes de coeficiente de endogamia com as médias dos valores fenotípicos de peso ao desmame ajustado para 210 dias de idade (P210), idade ao primeiro parto (IPP), intervalo de partos médio (IPM), primeiro intervalo de partos (IP1), segundo intervalo de partos (IP2) e produtividade acumulada (PAC). O segundo objetivo foi estimar parâmetros genéticos, tendências genéticas e eficiência relativa de seleção para P210, IPP, IPM, IP1 e PAC em uma população de bovinos Tabapuã. Foram utilizados registros fenotípicos de 7.340 vacas da raça Tabapuã, pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético da Raça Tabapuã (PMGRT) mantido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). O arquivo de pedigree continha 15.241 animais. A análise de estrutura populacional foi realizada por meio do programa ENDOG. As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas pelo método de máxima verossimilhança restrita, utilizando modelo animal multicaracterística. O teste de razão de verossimilhança foi utilizado para definir os efeitos aleatórios para análise de P210. O modelo animal de P210 incluiu os efeitos aleatórios genético aditivo materno e de ambiente permanente, além do efeito genético aditivo direto e do efeito residual e efeitos fixos. Para IPP, IPM, IP1 e PAC consideraram-se apenas o efeito aleatório genético aditivo direto, efeito aleatório residual e efeitos fixos. As tendências genéticas ... / Abstract: Tabapuã is a rustic beef cattle breed that is highly adapted to tropical environmental conditions. Due Tabapuã recent origin, there are only a few studies about population structure and genetic parameters. Thus, this study had two main objectives. The first was to evaluate the population structure and relationship of inbreeding coefficient and the phenotype of weaning weight adjusted at 210 days of age (W210), age at first calving (AFC), average of calving interval (ACI), first calving interval (CI1), second calving interval (CI2), and accumulated productivity (ACP). The second was to estimate genetic parameters, genetic trends and relative efficiency of selection for W210, AFC, ACI, CI1, and ACP in Tabapuã beef cattle. We used pedigree information of 15,241 animals and phenotypic information of 7,340 Tabapuã cows included in the Brazilian Tabapuã Breeding Program. Analysis of population structure was performed using ENDOG software. Estimates of genetic parameters were obtained by restricted maximum likelihood method, fitting a multiple-trait animal model. The likelihood ratio test was used to define the random effects for W210 analysis. For W210 the maternal genetic, permanent environmental, additive genetic, and residual effects were included in model; while only the additive genetic and residual effects were included for AFC, ACI, CI1, and ACP. Genetic trends were calculated from a linear regression of predicted breeding value on birth year. Average pedigree completeness was 47.99% for 6 last generations. Complete, maximum and equivalent generations were 5, 16 and 6.66, respectively. Effective number of founders and ancestors was equal to 124 and 110, respectively, and the ratio between both was 1.13. The average inbreeding coefficient was equal to 0.0072.The average inbreeding coefficient as well as the average relatedness and the percentage of number of inbred animals increased across generation. However, it was observed ... / Mestre