O gênero Mazama é composto por cinco espécies no Brasil. São animais de visualização dificultada por causa de comportamentos evasivos, o que torna as capturas e os estudos comportamentais quase impossíveis. Assim, o uso de metodologias não invasivas para estudos ecológicos e genéticos destas espécies se torna necessário. A análise do DNA fecal está dentro das técnicas mais promissoras para esse fim. Este estudo objetivou genotipar amostras fecais, de uma população de veado-mateiro (Mazama americana) para a obtenção de informações genéticas e ecológicas. Para tanto, foram coletadas, com auxílio de um cão farejador, georreferenciadas e estocadas em etanol absoluto, 52 amostras fecais de cervídeos. A coleta realizou-se em um fragmento (21o20S 47o17W) de 600 ha de floresta estacional semidecidual. Dessas amostras coletadas, 31% (n=16) foram classificadas como frescas e 69% (n=36) como não frescas. O DNA foi extraído em torno de 30 dias após a coleta, usando o kit comercial QIAamp® DNA Stool Mini Kit, seguindo o protocolo do fabricante. Das 52 amostras, 45 foram identificadas por PCR/RFLP como pertencentes a M. americana e as demais apresentaram problemas de amplificação e digestão, permanecendo sem identificação. Amplificaram-se por PCR cinco locos microssatélites, e o sucesso de amplificação, visualizado em gel de agarose, variou com o tamanho dos locos e com a classe das amostras. O sucesso de amplificação foi de 65% das amostras da categoria fresca e 35% das amostras da categoria não fresca. Encontrou-se uma correlação negativa (R= -0,82) entre o tamanho dos fragmentos dos locos de microssatélites e o sucesso de amplificação. Foi possível identificar o sexo do animal em 43,7% das amostras fecais, pela amplificação do gene da amelogenina. Os locos microssatélites amplificados foram analisados em sequenciador automático. Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador impossibilitaram a genotipagem da maioria dos locos e amostras, tornando inviável qualquer análise genética e ecológica com confiabilidade. Fica evidente a dificuldade de se trabalhar com a metodologia do DNA fecal para a identificação individual e sexagem de amostras obtidas de Cervídeos florestais em vida livre. Algumas melhorias metodológicas (coleta de amostras fecais frescas, seleção de iniciadores para locos menores e quantificação do DNA extraído por PCR em tempo real) são sugeridas para o aumento nos índices de sucesso na genotipgem em estudos futuros. / Mazama genus is composed by five species in Brazil. All of them are difficult to observe due to their evasive behaviors, what makes the captures and behavioral studies almost impossible. Thus, the use of non invasive methodologies is necessary to study the ecology and genetics of these species. The fecal DNA analysis is one of the most promising techniques for this purpose. This study aimed to genotype a Mazama americana population faecal samples for obtaining genetics and ecological information. For this, 52 deer faecal samples were collected in a 600ha seasonal semideciduos forest fragment (21o20S 47o17W), with the help of a detection dog, stored in ethanol and georeferenced. Of these samples 31% (n=16) was classified as fresh and 69% (n=36) as not fresh. About thirty days after the collection the DNA was extracted using the QIAamp® DNA Stool Mini Kit following the manufacturers instructions. From the 52 samples collected and extracted, 45 were identified by PCR/RFLP as M. americana and the others showed amplification and digestion problems, remaining without identification. Five microsatellite loci were amplified by PCR and the amplification success, visualized in agarose gel, varied with the loco size and age class. The amplifications success occurred in 65% of the fresh samples and in 35% of the non-fresh samples and a negative correlation (R= -0.82) was found between amplification success and loci sizes. It was possible to identify the animal sex in 43% of the samples by the amelogenin gene. The microsatellite loci amplifications were analyzed in an automatic sequencer. The majority of the samples and loci were impossible to genotype because of the quality of the elestroferograms, what made impossible any reliable genetic and ecological analysis. It is evident the difficulty to work with the faecal DNA methodology using field collected forests deer samples for individual and sexual identifications. Some methodological improvements (collect fresh samples, select primers for shorter loci and quantify the extracted DNA by real time PCR) are suggested to increase the genotyping success indexes in future studies

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-15T16:22:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 889393 bytes, checksum: 7b1030782ba032d798740f086c89d5f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-15T16:22:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 889393 bytes, checksum: 7b1030782ba032d798740f086c89d5f9 (MD5) Previous issue date: 2017-08-31 / As características reprodutivas estão entre as mais importantes no sistema produtivo de carne bovina, dentre elas, a idade ao primeiro parto (IPP) é de fácil mensuração e não onera o sistema produtivo para a sua obtenção. Todavia, esta característica apresenta herdabilidade de baixa magnitude, uma das razões, pode ser o fato de serem analisadas apenas informações de fêmeas consideradas férteis no momento da avaliação. Registros de fêmeas que não apresentam fenótipo devido a falhas reprodutivas, erro de manejo ou por registros inconsistentes são denominados censurados e não são analisados na avaliação genética ao utilizar modelos tradicionais. Alguns estudos têm sugerido a inclusão das informações censuradas para evitar distorções nas inferências e melhoria na predição dos valores genéticos. Outra característica reprodutiva importante economicamente para o sistema produtivo é stayability (STAY), esta característica tem relação direta com custos anuais de reposição de vacas, logo, quanto maior o custo, mais importante se torna a característica. Assim como IPP, STAY apresenta herdabilidade de baixa magnitude, além disso, sua observação fenotípica é obtida tardiamente. O perímetro escrotal (PE) é uma característica de fácil e precoce mensuração e apresenta associação fenotípica favorável com aspectos da qualidade do sêmen. Estudos têm apontado PE como importante critério de seleção para precocidade sexual em ambos os sexos. No primeiro capítulo o objetivo foi analisar metodologias para tratamento de dados censurados sob enfoque Bayesiano e compará-las através da validação cruzada e analisar a influência das informações censuradas de idade ao primeiro parto (IPP) nas estimativas de parâmetros genéticos para IPP e STAY. Foram utilizados dados reprodutivos de fêmeas (STAY e IPP) e genealogia da raça Nelore oriundos da região Centro-Oeste armazenados na Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ). Os dados foram analisados utilizando quatro diferentes modelos: Modelo linear – limiar (MLL), Modelo linear – limiar – limiar (MLLL), Modelo de penalização - limiar (MPL) e Modelo de penalização modificado - limiar (MPML). A capacidade preditiva de cada modelo foi verificada através de validações cruzadas utilizando como população de validação os animais mais jovens com ambos os pais conhecidos e informações fenotípicas de IPP. Foram analisadas na população de validação as correlações de Person entre os valores genéticos preditos com e sem as informações fenotípicas. Além disso, foram calculadas as porcentagens de animais em comum selecionados nos diferentes percentis 1% e 10%. Em geral, as médias a posteriori das estimativas de herdabilidades para IPP e STAY foram de baixa magnitude e variaram de 0,02 (MPL e MPML) a 0,07 (MLL) para IPP e de 0,09 (MLL, MPL e MPML) a 0,016 (MLLL) para STAY. As correlações genéticas estimadas entre as características IPP e STAY variaram de -0,23 a -0,51, sendo a correlação de maior magnitude observada no modelo MPML. O maior coeficiente de correção entre os valores genéticos preditos para a população de validação com e sem o fenótipo foi obtido no modelo MLL (0,89) e o menor no MPML (0,76). Em ambos os percentis, as maiores concordâncias foram observadas entre os modelos MLL e MLLL. A inclusão de informações censuradas na análise de idade ao primeiro parto acarretou aumento das variâncias residuais. As correlações genéticas entre as características analisadas não foram substancialmente influenciadas. Além disso, o modelo linear sem considerar censura dos dados obteve a melhor capacidade preditiva, sendo este o modelo recomendado para avaliação genética de idade ao primeiro parto. No segundo capítulo, objetivou-se estimar parâmetros genéticos para as características reprodutivas idade ao primeiro parto (IPP), stayability (STAY) e perímetro escrotal aos 365 dias de idade (PE365) a fim de sugerir critérios de seleção para eficiência reprodutiva em bovinos Nelore. Os dados da raça Nelore foram provenientes do Serviço de Registro Genealógico das Raças Zebuínas da Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ) oriundos da região Centro-Oeste, sendo eles, 66.986 registros de PE365, 374.665 registros de IPP e 385.225 registros de STAY. Os componentes de (co)variâncias foram estimados por meio da Inferência Bayesiana via modelo animal bicaracterístico linear para as características PE365 e IPP, para as características PE365 e STAY e para IPP e STAY, foi utilizado modelo bicaracterístico linear-limiar, de forma que o limiar diz respeito a característica binária STAY. Também foram calculadas as eficiências relativas da seleção indireta (ERS) entre as características analisadas. As estimativas (médias a posteriori) das herdabilidades foram de 0,29, 0,08 e 0,09 para PE365, IPP e STAY, respectivamente. A característica PE365 apresentou correlações genéticas favoráveis com IPP e STAY (-0,45 e 0,12, respectivamente), assim como a correlação entre IPP e STAY(-0,32). As eficiências relativas da seleção indireta mostraram que a seleção para qualquer uma das características ocasionaria mudanças favoráveis nas outras, entretanto, a seleção indireta mostrou-se mais eficiente que a direta para IPP (ERS = 1,87) quando selecionou-se para PE365. Com base nas herdabilidades e correlações genéticas estimadas para as características estudadas, pode-se concluir que o perímetro escrotal aos 365 dias de idade apresentou-se como potencial critério de seleção para desempenho reprodutivo da raça Nelore. / Reproductive performance are among the most important traits in beef cattle production system. Some of these traits such as age at first calving (AFC) are easy to measure and the data collection do not increase production cost. However, AFC show low heritability probably because the fact that only information from females considered fertile at the time of evaluation are analyzed. Records of females that do not have phenotype due to reproductive failures, management error or inconsistent records are denominated censored. These information are not included in the genetic evaluation analysis using traditional models. Some studies have been suggested the inclusion of censored information in the genetic evaluation to avoid distortions in inferences and improve the prediction of breeding values. Another reproductive trait economically important to the productive system is stayability (STAY), which is directly associated with annual cost of cow replacement. Thus, the higher the replacement cost, more important STAY trait becomes. As well as IPP, STAY shows low heritability. In addition, their phenotypic observation is obtained late. The scrotal circumference (SC) is a trait of easy and early measurement. Moreover, it shows a favorable phenotypic association with semen quality traits. Studies have been pointed SC as an important selection criterion for sexual precocity in both sexes. In the first chapter of this thesis, the aim was compare models for handle with censored records through Bayesian Inference and analyze the influence of age at first calving (AFC) censored records in the estimative of genetic parameters for AFC and stayablity (STAY). The data and pedigree of Nellore cattle from Central-West region of Brazil stored by Brasilian Association of Zebu Breeders were used in the analysis. Four models were evaluated: Linear- threshold model (LTM), penalty-threshold model (PTM), modified penalty-threshold model (MPTM) and linear-threshold-threshold model (LTTM). The predictive capacity of the models were compared using cross-validation. The validation population was composed by the youngest individuals with both parents known and phenotyped for AFC. Pearson correlations between predict breeding values of the validation population with and without phenotypic information were computed. In addition, the percentages of common animals selected in the percentiles 1% and 10% were calculated. In general, posteriori means estimates of heritability for AFC presented low magnitude and ranged from 0.02 (PTM and NPTM) to 0.07 (LTM), as well as the heritability estimates for STAY (0.09 to 0.16). The genetic correlations between AFC and STAY ranged from -0.23 to -0.51 and the highest correlation was observed in the NPTM. The highest Pearson correlation in the cross validation was observed for LTM (0.89) and the lowest in MPTM (0.76). The higher concordance in both percentiles were observed between LTM and LTTM. The inclusion of censored information in the genetic evaluation of age at first calving increased the residual variances. Genetic correlations between traits analyzed were not substantially influenced by the inclusion of censored data. In addition, the linear model without considering censored data had the best predictive capacity, thus this model is recommended for genetic evaluation of age at first calving. In the second chapter, we aimed to estimate genetic parameters for the reproductive traits age at first calving (AFC), stayability (STAY) and scrotal circumference at 365 days of age (SC365) in order to suggest a selection criteria for reproductive efficiency in Nellore cattle. The data set was provided by Brazilian Association of Zebu Breeders and included data from Central-West region of Brazil. The data was composed by 66,986 records of SC365, 374,665 records of AFC and 385,225 records of STAY. The variance components were estimated using Bayesian Inference. A bi-trait linear animal model was used for SC365 and AFC, whereas for SC365 and STAY and for AFC and STAY it was used a bi-trait linear-threshold animal model, in which the threshold relates to the binary trait STAY. The relative efficiency of indirect selection (RES) among all traits were calculated. The heritabilities estimates were 0.29, 0.08 and 0.09 for SC365, AFC and STAY, respectively. The genetic correlations between SC365 and AFC and between SC365 and STAY were favorable (-0,45 and 0,12, respectively), as well as the correlation between AFC and STAY (-0,32). The relative efficiency of indirect selection showed that selection for any trait would lead to favorable changes in the others. However, the indirect selection was more efficient than direct selection for AFC when selecting in SC365 (RES = 1,87). Based on the heritability and genetic correlations estimates, we can conclude that scrotal circumference at 365 days of age is a potential selection criteria for reproductive performance in Nellore breed.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-15T17:26:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1210635 bytes, checksum: faa77275e981ba4294b9cf265ef13720 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-15T17:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1210635 bytes, checksum: faa77275e981ba4294b9cf265ef13720 (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O tecido muscular é um dos tecidos de maior importância ao nível de produção animal, tendo-se em vista o fornecimento de micronutrientes e proteínas para o consumo humano. A miogênese é o processo responsável pela formação e manutenção do tecido muscular, sendo influenciado por fatores genéticos e ambientais. Nesse sentido, pesquisas nas áreas de genética e nutrição têm contribuído de forma expressiva para a produção de animais mais eficientes e, consequentemente, produtivos. A utilização de agonistas β-adrenérgicos é uma importante estratégia neste processo, uma vez que os aditivos participam da repartição energética dos nutrientes dietéticos, contribuindo para o anabolismo do tecido muscular. As vias de sinalização intracelular AMPK (proteína quinase ativada por AMP) e mTOR (proteína alvo da rapamicina em mamíferos) são sensíveis ao status energético e exercem grande influência sobre o desenvolvimento e crescimento muscular. No entanto, poucas pesquisas têm sido desenvolvidas a fim de elucidar os mecanismos moleculares pelos quais os agonistas β-adrenérgicos atuam sobre o anabolismo do tecido muscular. As técnicas de cultivo celular se caracterizam como um importante modelo de estudos dos mecanismos moleculares envolvidos na sinalização intracelular para a manifestação de um fenótipo de interesse. No presente trabalho, a utilização do agonista β-adrenérgico ractopamina aumentou a viabilidade de mioblastos C2C12, regulando o status energético via AMPK, reduzindo, dessa forma, a apoptose das células. Portanto, sugere-se que o fenótipo muscular observado na presença de ractopamina deve-se, em partes, à atuação do aditivo sobre vias de sinalização intracelular que regulam a expressão de importantes genes envolvidos no anabolismo de células miogênicas. / One of the most important tissues in animal production is muscle tissue, due to supply of micronutrients and proteins for human consumption. Myogenesis is the process involved in the development and maintenance of muscle tissue, being influenced by genetic and environmental factors. Therefore, researches in the areas of genetics and nutrition have contributed significantly to the production of more efficient and consequently, productive animals. The use of β-adrenergic agonists is an important strategy in this process, because the additives participate in energy distribution of dietary nutrients, contributing to anabolism of muscle tissue. AMPK (protein kinase AMP-activated) and mTOR (mammalian target protein of rapamycin) are important intracellular signaling pathways sensitive to energy status and exert great influence on development and growth of muscle tissue. However, few studies have been developed to elucidate the molecular mechanisms by which β-adrenergic agonists act on muscle tissue anabolism. Cell culture techniques are characterized as an important model for molecular mechanisms studies involved in the intracellular signaling to manifestation of the phenotype of interest. In the present study, the use of the β-adrenergic agonist ractopamine increased the viability of C2C12 myoblasts, regulating energetic status via AMPK, reducing, this way, cellular apoptosis. Therefore, these results suggest that the muscle phenotype observed in the presence of ractopamine is in part due to the action of the additive on intracellular signaling pathways that regulate the expression of important genes involved in myogenic anabolism.

Os defeitos de pernas são decorrentes do rápido crescimento das aves, tornando-se necessário um estudo genético das associações entre essas características. Os objetivos deste estudo foram estimar os parâmetros genéticos para defeitos de pernas por escore visual, discondroplasia tibial, características de desempenho e carcaça, assim como estimar as tendências genéticas, ganho genético potencial e respostas correlacionadas, em uma linhagem de frangos de corte. O banco de dados utilizado neste estudo foi composto por registros de 128.459 aves, com informações de pedigree, manejo, desempenho, qualidades e defeitos de carcaça pertencentes a um rebanho elite de uma linhagem comercial de frangos de corte sob seleção. As características estudadas foram: os pesos vivos do animal aos sete (P7), 30 (P30) e 38 dias de idade (P38), peso ao abate (PA), peso eviscerado (PE), peso de peito (PPEI), peso de pernas (PPER), rendimento de carcaça (RCAR), rendimento de peito em relação ao peso ao abate (RPEI), rendimento de pernas em relação ao peso ao abate (RPER), eficiência alimentar (EFAL), defeito de pernas por escore visual (DPER), discondroplasia tibial (DT) e defeito de pernas total (DPERT). Para as características P7, P30, P38, PA, PE, PPEI, PPER, RCAR, RPEI, RPER, EFAL as análises genéticas foram realizadas pela metodologia dos modelos lineares clássicos, utilizando o método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML) sob um modelo animal. Além da metodologia dos modelos lineares clássicos, as análises genéticas para as características DPER, DT e DPERT foram realizadas utilizando modelos lineares generalizados com função de ligação logit, devido à natureza categórica destas características, empregando-se modelo animal e modelo pai, com o método da quasi-verossimilhança penalizada (PQL). As análises foram obtidas utilizando-se o software ASREML®. As estimativas de herdabilidades obtidas para as características estudadas variaram de moderadas a altas, exceto para DT e DPERT, para as quais as estimativas de herdabilidades foram baixas. As estimativas de correlações genéticas entre as características de desempenho e carcaça e defeitos de pernas variaram de moderadas a altas, exceto para DPER e EFAL que apresentaram baixas correlações genéticas com as características de desempenho carcaça. As tendências genéticas para as características de desempenho e carcaça são indicativas que há seleção para características de peso vivo em diferentes idades e de desempenho e carcaça nesta linhagem, diferente do que acontece para as características de DPER, DT e DPERT, para as quais não há seleção evidente nessa linhagem. / The legs defects are caused by rapid growth of broilers, therefore it is necessary to study of genetic associations between these traits. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for legs defects by visual score, tibial dyschondroplasia, performance and carcass traits, and to estimate the genetic trends, potential genetic gain and correlated response in a broiler line. The database used in this study consisted of records from 128,459 birds, containing pedigree information, management, performance, qualities and defects, of an elite flock from a commercial strain of broiler chickens under selection. The traits studied were: the live weight at seven (P7), 30 (P30) and 38 days old (P38), slaughter weight (PA), carcass weight (PE), breast weight (PPEI), leg weight (PPER), carcass yield (RCAR), breast yield (RPEI), legs yield (RPER), feed efficiency (EFAL), legs defect by visual score (DPER), tibial dyschondroplasia (DT) and legs total defects (DPERT). For the traits P7, P30, P38, PA, PE, PPEI, PPER, RCAR, RPEI, RPER, EFAL statistics and genetic analysis done through classical linear models methodology, using the method of Restricted Maximum Likelihood (REML) under an animal model. Besides the classical linear model methodology, genetic analyzes for the traits DPER, DT and DPERT were done using generalized linear models with logit link, due to the categorical nature of these traits, using an animal and sire models, by the method of penalized quasilikelihood (PQL). Full analyzes were obtained using the ASREML® software. Estimates of heritability obtained for the traits varied from moderate to high, except for DT and DPERT, which heritability were low. Estimates of genetic correlations between performance and carcass traits and leg defects varied from moderate to high, except for DPER and EFAL, which presented low genetic correlations with performance characteristics of the carcass. Genetic trends for performance and carcass characteristics indicate that selection occurs for body weight at different ages and performance and carcass traits in this strain, in a different way to the observed for traits of DPER, DT and DPERT, which no evident selection in this line was observed.

A inclusão de grupos genéticos na avaliação de reprodutores tem sido comumente empregada para a representação de possíveis diferenças genéticas entre os animais não contabilizadas pela ausência de informações de parentesco. Entretanto, a definição destes grupos ainda é arbitrária, sendo inexistentes trabalhos que avaliem as estratégias de agrupamento genético quanto aos seus efeitos sobre a eficiência de seleção. Dessa forma, o objetivo desta pesquisa foi comparar estratégias de agrupamento genético na predição de valores genéticos, determinando-se a estrutura adequada à avaliação genética. Para tanto, foram utilizados dados de peso ao nascimento, peso ao desmame, ganho de peso pós-desmame, circunferência escrotal e escore de musculosidade de uma população de bovinos compostos da raça Montana Tropical. Foram avaliadas as estratégias de agrupamento envolvendo safra de nascimento do animal (SAF); sexo do parental desconhecido (SEX); fazenda de nascimento do animal (FAZ); caminho de seleção (SEL); composição racial (RACA) safra de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFSEX); fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (FAZSEX); safra e fazenda de nascimento do animal (SAFFAZ); e safra, fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFFAZSEX). Para cada estratégia, foram realizadas cem análises para a predição de valores genéticos simulando-se a perda de informação de parentesco de 10, 30 e 50% dos indivíduos. Posteriormente, estes valores genéticos foram comparados aos obtidos em uma análise envolvendo a matriz de relacionamentos completa, de maneira a se estimar a eficiência de seleção e as correlações entre os valores genéticos e a classificação dos animais. As estratégias de SAF e RACA apresentaram eficiências de seleção e correlações altas independente da característica e amostra de animais com parentesco desconhecido consideradas, mostrando-se adequadas à avaliação e seleção de reprodutores. Perdas de seleção elevadas foram observadas para SAFFAZ e SAFFAZSEX, possivelmente devido à formação de muitos grupos com poucos animais, dificultando-se assim a estimativa dos efeitos dos grupos genéticos. A partir dos resultados é possível concluir que a definição da estratégia de agrupamento deve considerar as decisões vinculadas à seleção de reprodutores e o número de grupos genéticos formados, de forma que os mesmos representem as diferenças genéticas da população e permitam a adequada predição dos valores genéticos. / The inclusion of genetic groups in sire evaluation has been widely used to represent genetic differences among animals not accounted by the absence of parentage information. However, the definition of these groups is still arbitrary, and research assessing the effects of genetic grouping strategies on the selection efficiency is rare. Thus, the aim of this study was to compare genetic grouping strategies in breeding values prediction, determining the appropriate structure for the genetic evaluation. Data on birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference and muscling score of Montana Tropical composite beef cattle population were used. Grouping strategies involving birth season of the animal (SAF), sex of the unknown parent (SEX), birth farm of the animal (FAZ), path selection (SEL), breed composition (RACA), birth season of the animal and sex of the unknown parent (SAFSEX), birth farm of the animal and sex of the unknown parent (FAZSEX), birth season and farm of the animal (SAFFAZ), and birth season and farm of the animal and sex of the unknown parent (SAFFAZSEX) were evaluated. For each strategy, one hundred analyses were performed to predict breeding values, simulating a loss of genealogy information of 10, 30 and 50% of individuals. Thereafter, these breeding values were compared to those obtained in an analysis involving the complete relationship matrix, in order to estimate the selection efficiency and the correlations between breeding values and animal rankings. The grouping strategies SAF and RACA showed high selection efficiencies and correlations, regardless of the trait and sample of animals with unknown parentage considered, and therefore, they are suitable for sire evaluation and selection. High selection losses were observed for SAFFAZ and SAFFAZSEX, possibly due to the formation of many groups with few animals, since this could lead to some confounding with other fixed effects and hamper the estimation effects of genetic groups. These results allow to conclude that the definition of grouping strategy must consider the decisions regarding the selection and the number of genetic groups formed, so that genetic groups represent the genetic differences in population and allow an adequate prediction of breeding values.

Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. / In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.

Orientador: Fernanda da Cruz Landim-Alvarenga / Banca: Sony Dimas Bicudo / Banca: José Antonio Visintin / Resumo: O primeiro sucesso na clonagem de eqüídeos através do uso de transferência nuclear foi relatado em maio de 2003 após o nascimento de uma mula clonada a partir de células fetais. Acredita-se que a utilização de células diplóides em fase do ciclo celular G0 ou G1 facilite a coordenação entre o ciclo celular e a reprogramação nuclear após a transferência de núcleo. Sendo assim, este experimento objetivou estudar o comportamento de fibroblastos de eqüinos adultos em cultura, analisando o estado do ciclo celular e a viabilidade das células em cultivo pré- e pós-descongelação. Fragmentos de pele de 6 eqüinos adultos, sendo 3 machos e 3 fêmeas, foram divididos em pedaços de aproximadamente 1mm3 e acondicionados (10 fragmentos/garrafa) no fundo de duas garrafas de cultivo (25cm2) umedecidas com 1mL SFB. As garrafas foram inclinadas para a posição vertical e adicionado 5ml de meio DMEM alta glicose + 10% SFB, 100UI/mL Penicilina / 100æg/mL Estreptomicina e 3,0æg/mL Anfotericina B. Após 30 minutos em estufa com 5% CO2 em ar, as garrafas foram dispostas em posição horizontal, para que o meio de cultivo entrasse em contato com os fragmentos teciduais. Todas as garrafas permaneceram por sete dias em estufa com 5% CO2 em ar até o início do crescimento celular. Com 70% de confluência, foi realizada a tripsinização e a primeira passagem. O mesmo procedimento foi repetido para a segunda passagem. Para os grupos de privação de soro (0,5% de SFB) foram produzidas garrafas de cultivo em duplicata para a análise da viabilidade e do ciclo celular nos períodos de 24, 48, 72, 96, 120, 144 e 168 horas de cultivo. Para os grupos de confluência foram produzidas duas garrafas de cultivo para a análise da viabilidade e do ciclo celular no período em que o tapete celular atingisse a confluência...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The first success in equine cloning, using nuclear transfer, was reported in May of the 2003 after the birth of a cloned mule obtained from fetal cells. Nowadays there is an agreement, in the literature, that diploid cells in phase G0 or G1 of the cell cycle facilitate coordination between the cell cycle and the nuclear reprogramming after the nuclear transfer. This experiment aimed to study the behavior of equine fibroblasts in culture though the analysis of the cellular cycle and the viability of cells pre- and post-freezing. Skin fragments were obtained from 6 adult horses (3 females and 3 males) and divided in pieces of about 1 mm3. For culture, the bottoms of two culture bottles were moistened with 1 mL of FCS, 10 fragments of skin were deposited, and 5 ml of DMEM high glucose + 10% FCS, 100 IU/mL penicillin, 100 g/mL streptomycin and 3 g/ml amphotericin B were added with the bottles raised vertically. After 30 min incubation in 5% CO2 in air, the bottles were moved to a horizontal position allowing the culture media to make contact with the tissue fragments. All bottles were cultured for 7 days in 5% CO2 in air until the beginning of confluence. The complete culture media was replaced weekly and, at 70% of confluence, trypsinization (ATV Vernese, Adolfo Lutz Institute) and the first passage were performed. Two passages were performed before freezing. For the second passage, the culture and trypsinization were repeated. For cells subjected to serum starvation (0.5% FCS), culture bottles were produced in duplicate for viability and cellular cycle analysis at 24, 48, 72, 96, 120, 144 and 168 hours of culture. For the confluence groups bottles were produced for the analysis of viability and cellular cycle at the moment cells achieved confluence...(Complete abstract, click electronic address below) / Mestre

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Ricardo De Marco / Banca: André Luís Laforga Vanzela / Resumo: A resistência aos inseticidas é um modelo de processo evolutivo onde o inseticida atua como agente seletivo e, como resposta à seleção, ocorre a evolução da resistência nas populações de insetos. As enzimas citocromo P450 monooxigenases (CYP) formam uma família responsável pela resistência aos inseticidas. Tem sido proposto que a inserção de elementos transponíveis (TEs) em regiões reguladoras ou codificadoras dos genes da família Cyp pode alterar a expressão gênica e induzir a resistência aos inseticidas. No presente estudo foram realizadas análises in silico que permitiram identificar a ocorrência de inserções de fragmentos de TEs em 35 genes Cyps com diferentes funções, e em seus genes flanqueadores, em Drosophila melanogaster e D. simulans, além de 13 genes Cyps de seis espécies do grupo melanogaster de Drosophila. As inserções de TEs ocorreram principalmente nas regiões flanqueadoras 5' dos Cyps associados à resistência aos inseticidas e à função monooxigenase geral. Os resultados não indicaram qualquer relação entre a distância em relação ao gene e o número de inserções. As análises mostraram que a maioria das inserções pertence à classe de transposons de DNA, sendo o transposon DNAREP1_DM o que apresentou o maior número de cópias. O fato de essas seqüências apresentarem putativos sítios de ligação de fatores de transcrição sugere que possam desempenhar algum papel na regulação dos genes Cyps. Também foi analisada a ocorrência de polimorfismos de inserção de TEs em regiões flanqueadoras de genes da família Cyp, em diferentes linhagens geográficas resistentes e suscetíveis, de D. melanogaster e D. simulans. Análises evidenciaram a presença de polimorfismo interpopulacional de tamanho das regiões flanqueadoras dos genes Cyp6w1, Cyp6a2 e Cyp12d1, porém, não indicaram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Insecticide resistance is a model of evolutionary process where the insecticide acts as the selective agent and resistance in the insect populations evolves as an answer to selection. Cytochrome monooxygenases (CYP) is family of enzymes responsible for the insecticide resistance. It has been proposed that insertion of transposable elements (TEs) in regulatory or coding regions of the Cyp genes can alter gene expression and induce insecticide resistance. In the present study in silico analyses allowed identifying the insertion of TE fragments in 35 Cyp genes with different functions, in Drosophila melanogaster and D. simulans, as well as in 13 Cyps of six species of the melanogaster group of Drosophila. The TE insertions occurred mainly in the 5' flanking regions of Cyp genes associated to resistance and to those with a general monooxygenase function. The results did not indicate any relationship between the number of insertions and the distance in relation to the gene. The analyses showed that most of the insertions belong to the DNA transposon class, being DNAREP1_DM the most numerous. Since this element carry putative biding sites of transcription factors it can be suggested they play same role in gene regulation. The polymorphism of TE insertions in the flanking regions of Cyp6w1, Cyp6a2 and Cyp12d1, genes associated to resistance, found in resistant and as well as in susceptible geographical strains of D. melanogaster and D. simulans, does not indicate any relationship between the presence of TEs in those regions and the insecticide resistance. The results also showed that the insertions of TEs in the proximities of the Cyps associated to resistance is differential among six species of the melanogaster group, not following the genomic proportion of TEs in each species. These results also suggest that TEs inserted in the Cyp flanking regions can carry out an adaptive... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lílian Castiglioni-Ruiz / Banca: Fabiano Gazzi Taddei / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Resumo: Os camarões do gênero Macrobrachium pertencem à família Palaemonidae. Habitam as proximidades do litoral e, também, ambientes de água doce. Com mais de cem espécies amplamente distribuídas pelas regiões tropicais e subtropicais do mundo, os palemonídeos possuem hábitos crípticos e noturnos. Particularmente na região noroeste do Estado de São Paulo, podemos encontrar várias espécies com importância econômica e ecológica consideráveis. Entretanto, existem poucos estudos na literatura relacionados ao conhecimento da biologia desses crustáceos. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a variabilidade genética intra e interpopulacional, de amostras de duas espécies de camarões palemonídeos do gênero Macrobrachium (M. amazonicum e M. jelskii), coletadas em diferentes localidades, utilizando-se a análise das seqüências dos genes mitocondriais COI e rRNA 16S e, ainda, devido à problemática taxonômica existente entre essas duas espécies, também foi analisada a variabilidade genética interespecífica, utilizando-se os mesmos genes.. O cálculo dos índices de divergência genética intrapopulacionais apresentou valores baixos, refletindo uma provável estruturação genética destas populações. Apenas as populações de MjME e do CAUNESP apresentaram valores de divergência genética mais elevados, sugerindo um desequilíbrio na estruturação genética das mesmas, provavelmente causado por interferência antrópica e situação de cativeiro, respectivamente. Nas comparações interpopulacionais, envolvendo M. amazonicum, as taxas de divergência genética apresentaram uma ampla variação, também com média elevada. Os valores elevados nas comparações envolvendo a população do CAUNESP, permitiram descartar a hipótese da provável origem comum das populações de Macrobrachium, a partir de espécimes trazidos do Pará. Da mesma forma, as comparações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Macrobrachium (Bate, 1868) belongs to the Palaemonidae family. Their species are widely distributed in lakes, floodplains and rivers in tropical and subtropical regions of South America, having cryptic and nights habits. This genus presents nearly 210 known species with ecological and economic importance. Particulary in the northwestern state of São Paulo, we can find several species with considerable importance. However, there are few studies related to knowledge of the biology of these crustaceans. The aim this work was to analyze the genetic variability interpopulation, and interspecific of two Macrobrachium species (M. amazonicum and M. jelskii), using the mitochondrial gene sequence COI and 16S rRNA. Also, due to taxonomic problems between these two species we analyzed interspecific genetic variability, using the same genes. The intrapopulation rates of genetic divergence values were low, reflecting a probable genetic structure of these populations. Only populations MjME and CAUNESP showed higher divergence values, suggesting changes in their genetic structure of the same, probably caused by human interference and situation of captivity, respectively. In comparisons inferences involving M. amazonicum, rates of genetic divergence showed a wide range, also with high average. High values in comparisons involving the population of CAUNESP, allowed to reject the hypothesis of a probable common origin of populations the Macrobrachium specimens brought from State of Para. Interpopulation comparisons involving M. jelskii also showed high values of divergence, especially for the population collected from the Mendonça dam, whose genetic alteration in population structure was attributed to the frequent introduction of exotic specimens. The values of interspecific genetic divergence in the samples collected in the same geographic location were low for populations Adolfo (0.3%) ...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Banca: Otávio Ricci Júnior / Banca: Cláudia Regina Bonini Domingos / Resumo: A Hidroxiuréia (HU) é utilizada como medicamento em várias doenças humanas, incluindo anemia falciforme e câncer. Basicamente, na primeira, atua aumentando a porcentagem de hemoglobina fetal, o que diminui a gravidade do quadro clínico por inibir a polimerização da hemoglobina S e, no segundo, atua impedindo a síntese de DNA na fase S, desta forma bloqueando a divisão celular. Há preocupação com o tratamento longo com essa substância por causar efeitos colaterais, um dos quais se relaciona a problemas na fertilidade masculina. A Drosophila, devido a várias características, como ser o organismo com maior homologia com o homem quanto às doenças genéticas, por utilizar esses genes homólogos nos mesmos processos, mas de forma simplificada e por expressar os genes humanos em construções transgênicas, é hoje muito utilizada em estudos de doenças humanas e de respostas a fármacos, buscando esclarecer mecanismos de ação e conseqüências do uso. Neste trabalho, foram estudados, sob o efeito da HU em duas concentrações (0,1 e 0,25mg/ml de meio de cultura), no modelo biológico mencionado, as características taxa de oviposição, produtividade (número de descendentes), tempo de desenvolvimento, mortalidade, longevidade, tempo de pré-cópula , duração da cópula, presença de alterações morfológicas externas, morfologia do aparelho reprodutor masculino, modificações do peso das moscas, morfologia dos cromossomos politênicos e padrão de expressão das enzimas esterasicas. A produtividade foi analisada em seis gerações consecutivas, visando obter maior compreensão dos efeitos da HU. Cada característica analisada envolveu uma metodologia diferente, descrita no corpo do trabalho. A análise estatística foi baseada na aplicação da ANOVA, e nas comparações de Kruskal-Wallis e Mann-Whitney. Em algumas características o efeito do tratamento mostrou-se... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hydroxyurea (HU) is used as a medicine in several human diseases, including sickle cell disease (SCD) and cancer. Basically, in the first, HU acts by increasing the percentage of fetal hemoglobin, thus decreasing the severity of the disease symptoms due to inhibition of the hemoglobin S polymerization. In the second mentioned disease, it acts by preventing DNA synthesis in S phase, thereby blocking cell division. There is some concern about side effects caused by the long-term treatment with HU. One of them relates to problems in male fertility. Drosophila, because of its characteristics, such as being the organism with the highest homologies with man as to genetic diseases, since it uses homologous genes in these processes in a simplified form, and also by expressing human genes in transgenic constructs, is now being widely used in studies of human diseases and responses to drugs, seeking for clarifying action mechanisms and consequences of their use. In this work, we studied, in Drosophila biological characteristics under the effect of HU in two concentrations (0.1 and 0.25 mg / ml of culture medium), including oviposition rate, productivity (number of offspring), time development, mortality, longevity, pre-mating and mating duration, presence of morphological changes in external morphology and in the male reproductive system, fly weight changes, polytene chromosome morphology and patterns of esterase enzymes. Productivity was analyzed in six consecutive generations. Each feature analyzed involved a different methodology, described in the body of the work. Statistical analysis was based on the application of ANOVA, and comparisons using the Kruskal-Wallis and Mann-Whitney tests. In some characteristics, the effect of treatment was dosisdependent. In the light of numbers, productivity was higher in control experiments (C) of six generations, and among the treated ones with... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre