Introdução: O câncer de próstata (CaP) é uma neoplasia muito freqüente entre os homens em todo o mundo. No Brasil, o estado do Rio Grande do Sul possui uma alta incidência desta neoplasia. A idade, história familiar, diferenças étnicas, exposição aos androgênios e fatores relacionados à dieta constituem-se em fatores de risco para o CaP. O câncer de próstata hereditário está ligado a genes de alta concordância entre os familiares afetados, porém de baixa freqüência na população. A busca por genes que influenciam a carcinogênese prostática e que estejam presentes com maior freqüência na população poderá ajudar na identificação de pacientes com maior chance de desenvolver a neoplasia. Os polimorfismos são variações alélicas de um mesmo gene, resultando em diferenças significativas na expressão de proteínas em diferentes indivíduos. O gene do receptor de androgênios (RA) possui variantes polimórficas localizadas no exon 1. O número de repetições CAG nesta região está inversamente associada a atividade transcricional do receptor de androgênios e com um maior risco de CaP. Objetivos: Verificar a associação entre o número de repetições do polimorfismo CAG do gene do receptor de androgênios e o risco de CaP em uma amostra da população brasileira. Pacientes e métodos: Foram avaliados 50 pacientes com câncer de próstata e 77 controles. Foi realizada a extração do DNA por sangue periférico e a região do gene do RA foi amplificada por reação em cadeia da polimerase (PCR). O produto da PCR foi analisado no seqüenciador ABI3100 Avant e a seqüência do polimorfismo analisada pelo software Genemapper. A análise estatística foi feita através do teste t para amostras independentes, teste de qui-quadrado e análise de regressão linear múltipla. Para variáveis sem distribuição normal foi utilizado o teste U de Wilcoxon-Mann-Whitney. Resultados: A média de repetições CAG foi de 21,58±3,32 nos pacientes e 22,19±3,09 no grupo controle (p=0,28). Variáveis clínicas e anátomo-patológicas também não se correlacionaram com o polimorfismo. A testosterona sérica diferiu significativamente entre os grupos (p<0,001). Conclusão: Estes resultados sugerem que não há correlação entre o número de repetições CAG e o risco de CaP na amostra estudada. Outros fatores, tais como idade de diagnóstico e estadiamento do tumor também não estiveram associados com o polimorfismo no presente estudo. A variação da testosterona sérica precisa ser melhor avaliada em estudos específicos. / Background: Prostate cancer (PCa) is very frequent among men worldwide. In Brazil, Rio Grande do Sul state has one of the greatest incidence of this neoplasia. Age, family history, ethnicity, androgens and diet factors are involved in a higher risk for Pca. Hereditary prostate cancer is linked to high penetrance and low frequency genes in general population. Looking for genetic alterations with higher frequency among individuals could help identify patients under risk of developing PCa. Polymorphisms are allelic variations of a single gene, resulting in significant diferences in proteins expression. The androgen receptor (AR) has polymorphic forms located on exon 1. The CAG repeat length in this region is inversely associated with the AR transcriptional activity and with a higher risk of PCa. Objectives: To verify the association between CAG repeat length and PCa risk in a sample of the Brazilian population. Patients and Methods: We included 50 PCa patients and 77 controls. DNA was extracted from peripheral leucocytes and the AR gene was amplified by PCR. PCR product was analysed with ABI 3100 avant sequencer and Genemapper software. Statistical methods were Student T test, Qui-square test and Linear Regression analysis. For variables without normal distribution, it was used the Wilcoxon-Mann- Whitney U test. Results: CAG mean length was 21,58±3,32 in cases and 22,19±3,09 in control group (p=0,28). Clinical and pathological variables did not correlated with CAG polymorphisms either. Serum total testosterone differed significantly between groups (p<0,001). Conclusion: Our results suggest that there is no correlation between the androgen receptor CAG repeat length and prostate cancer. Other factors, such as age of diagnosis and tumor stage are not associated with this polymorphism in this study. Serum total testosterone variation needs to be better explained in further reports.

PONTE, Paulo Roberto Lins. Avaliação do teste químico no diagnóstico de intolerância à lactose e sua associação com polimorfismo genético em uma população de Fortaleza/CE. 2012. 123 f. Dissertação (Mestrado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2012. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-05-09T16:15:37Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_prlpontes.pdf: 583734 bytes, checksum: 373826bf1b841d5e85edbf60a758f624 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-05-16T13:41:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_prlpontes.pdf: 583734 bytes, checksum: 373826bf1b841d5e85edbf60a758f624 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-16T13:41:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_prlpontes.pdf: 583734 bytes, checksum: 373826bf1b841d5e85edbf60a758f624 (MD5) Previous issue date: 2012 / Intolerance to lactose is a clinical syndrome comprising one or more corteges symptomatology associated with the ingestion of milk (clinical phenotype intolerant) and lactose tolerance in the absence of symptoms (clinical phenotype tolerant). Thus, in practice, must be attentive to cases similar to these badly absorptive symptoms because the convergences and differences between these disorders are tenuous and diagnoses are often inaccurate, making treatment and unsatisfactory conduct. Therefore, studies are needed using different diagnostic methods, and compare the different methods used in clinical practice and determine the most appropriate to give a conclusive diagnosis, since it is not always easy, given that the symptoms suggest other diseases. Objective.To evaluate the phenotypic characteristics, the response to chemical test for lactose tolerance and the genotype of patients with diagnostic hypothesis of intolerance to lactose and the correlation between them.Material and methods. We conducted a cross-sectional study at the University Hospital Walter Cantidio (HUWC), with 173 patients who had positive phenotype and were seen at the outpatient service of servers HUWC, from January to August 2010. The final sample consisted of 119 patients who underwent the lactose tolerance test and genotyping of the gene for lactase-phlorizin hydrolase (LPH). Results. Among the participants, most were: female, 54.6% (65 cases), the age group of 46-55 years old, 26.5% (32 cases); married, 65.6% (78 cases); dun-colored, 53.8% (65 cases); higher level, 42.9% (51 cases). The prevalence of intolerance to lactose was 45.4% and chemical intolerance was 73.9%. Symptoms investigated more prevalent in lactose intolerant were flatulence 81.4% (44 cases); bloating, 68.5% (37casos); borborygmus, 59.3% (32 cases) and diarrhea, 46, 3% (25 cases). The presence of the polymorphisms C> T polymorphisms and 13 910-G> A-22018 in LPH gene was identified in individuals selfreferred as lactose intolerant, and is therefore an excellent test for the diagnosis. The diagnosis of lactose intolerance that most had adequate baseline the difference was <15 with ROC curve greater than 80.3%, with good sensitivity and specificity. Conclusions. There is a correlation between genotype and chemical intolerant individuals, suggesting that the molecular test could be proposed for the laboratory diagnosis of lactose intolerance, and the chemical test, the difference basal <15 was more appropriate. / A intolerância à lactose é uma síndrome clínica composta por um ou mais cortejos sintomatológicos associados à ingestão de lácteos (fenótipo clínico intolerante) e tolerância à lactose na ausência desses sintomas (fenótipo clínico tolerante). Assim, na prática clínica, deve-se estar atento aos casos semelhantes a essa sintomatologia disabsortiva, pois as convergências e diferenças entre esses distúrbios são tênues e os diagnósticos muitas vezes são imprecisos, tornando o tratamento e a conduta insatisfatórios. Portanto, são necessários estudos que utilizem diferentes métodos diagnósticos, assim como comparar os diferentes métodos utilizados na prática clínica e averiguar o mais apropriado para dar o diagnóstico conclusivo, uma vez que nem sempre é fácil, haja vista que os sintomas sugerem outras doenças. Objetivo. Avaliar as características fenotípicas, a resposta ao teste químico de tolerância à lactose e genótipo de pacientes com hipótese diagnóstica de intolerância à lactose e a correlação entre eles. Material e métodos. Foi realizado um estudo transversal no Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC), com 173 pacientes que apresentavam fenótipo positivo e foram atendidos no serviço do ambulatório dos servidores do HUWC, no período de janeiro a agosto de 2010. A amostra final foi composta por 119 pacientes que realizaram o teste de tolerância à lactose e genotipagem do gene da florizina-lactase hidrolase (LPH). Resultados. Dentre os participantes, a maioria era: do sexo feminino, 54,6% (65 casos); da faixa etária de 46-55 anos, 26,5% (32 casos); casada, 65,6% (78 casos); de cor parda, 53,8% (65 casos); de nível superior, 42,9% (51 casos). A prevalência de intolerância à lactose foi de 45,4% e a de intolerância química foi de 73,9%. Os sintomas investigados que apresentaram maior prevalência no intolerante à lactose foram: flatulência, 81,4% (44 casos); empachamento, 68,5% (37casos); borborigmo, 59,3% (32 casos); e diarreia, 46,3% (25 casos). A presença dospolimorfismos C>T-13910 e polimorfismos G>A-22018 no gene da LPH foi identificada nos indivíduos autorreferidos como intolerantes à lactose, sendo, portanto, um excelente exame para o diagnóstico. O diagnóstico de intolerância à lactose que mais se apresentou adequado foi a diferença basal <15 com a curva de ROC maior que 80,3%, com boa sensibilidade e especificidade. Conclusões. Observa-se uma correlação genotípica e química entre os indivíduos intolerantes, sugerindo que o teste molecular poderia ser proposto para o diagnóstico laboratorial de intolerância à lactose, e, no teste químico, a diferença basal <15 foi a mais adequada.

MELO, Hygor Piaget Monteiro. Algoritmo genético para a solução do problema da maioria. 2011. 76 f. Dissertação (Mestrado em Física) - Departamento de Física, Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by francisco lima (admir@ufc.br) on 2014-03-18T13:18:48Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_hpmmelo.pdf: 20960285 bytes, checksum: d491fad40b382e9aa0090b21e84cb0ac (MD5) / Approved for entry into archive by Edvander Pires(edvanderpires@gmail.com) on 2014-03-18T22:06:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_hpmmelo.pdf: 20960285 bytes, checksum: d491fad40b382e9aa0090b21e84cb0ac (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-18T22:06:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_hpmmelo.pdf: 20960285 bytes, checksum: d491fad40b382e9aa0090b21e84cb0ac (MD5) Previous issue date: 2011 / Many natural and social systems exhibit globally organized behavior without the aid of a centralized control. Examples of such decentralized systems include conventions and norms, social learning in animals and humans, as well as fads, rumors and revolts. Examples are also abundant in biology: the evasive behavior of animals in large groups, such as fish and birds, show a great synchronicity even in the absence of an leader. In order to understand these decentralized systems, one must first understand strategies for global coordination that use only local information. This work explores the use of Genetic Algorithms in the creation of naturally efficient strategies in noisy environments. Genetic Algorithms are an important new tool in problem solving, and offer insight into how evolution may work. By using what is known about genetic algorithms, one can discover more about evolution and its mechanisms. The density classification task is used here to test strategy success, and revealed to be a good test for system-wide coordination and global information processing. Since it is very difficult to evolve highly fit rules when the number of neighbors $k$ is greater than 5, this suggests that evolution may build complex solutions based on solutions to simpler problems. Using this idea, we propose a method to promote rules increasing $k$. Based on the evolution of initial rules with few neighbors and using noise as evolutionary pressure, we were able to find efficient rules for a large number of neighbors, under the condition of a very high noise level. We find that the evolved rules are more robust to noisy environment than the majority rule. This increased efficiency at higher noise levels can be explained in terms of the larger weight given by these rules to the information of the evolving agent itself (not influenced by noise) than to the information obtained from its neighbors. As a consequence, the agents using these evolved rules tend to keep their own states, unless the great majority of their neighbors disagree with them, showing a persistence behavior that can be seen in social experiments. / Muitos sistemas naturais e sociais exibem comportamento globalmente organizado sem a presença de um controle central. Exemplos incluem convenções e normas, aprendizado social em animais e humanos, assim como modismos, boatos e revoltas. Exemplos em biologia também são abundantes: o comportamento evasivo de animais em grandes grupos, como peixes e pássaros, mostram uma grande sincronia mesmo na ausência de um líder. A fim de entender esses sistemas descentralizados, precisamos estudar primeiramente estratégias de coordenação global que utilizam apenas informações locais. Esse trabalho explora o uso do Algoritmo Genético na obtenção de estratégias naturalmente eficientes em ambientes ruidosos. O Algoritmo Genético é uma nova ferramenta importante na solução de problemas deste tipo, e oferece indícios de como a evolução deve atuar. Usando o que é conhecido sobre Algoritmos Genéticos, podemos descobrir mais sobre a evolução e seus mecanismos. A classificação por densidade é utilizada para testar o sucesso de estratégias, pois trata-se de um bom teste para coordenação global e processamento global de informações. Como é muito difícil evoluir regras com grande eficiência quando o número de vizinhos $k$ for maior que 5, isso sugere que a evolução deve construir soluções complexas baseadas em soluções de problemas simples. Usando essa ideia propomos um método de promover as regras aumentando o $k$. Com base na evolução inicial de regras com poucos vizinhos e usando o ruído como "pressão" evolutiva, nós fomos capazes de achar regras eficientes para um grande número de vizinhos, submetidas a condição de um alto nível de ruído. Achamos que as regras evoluídas são mais robustas a ambientes ruidosos do que a regra da maioria. A alta eficiência para grandes valores do ruído pode ser explicada em termos do maior peso dado por essas regras à informação da própria célula (não influenciada pelo ruído) do que a informação obtida através vizinhos. Como consequência, as células que empregam essas regras evoluídas tendem a manter seus próprios estados, até que uma grande maioria dos vizinhos discordem delas, mostrando um comportamento de persistência que pode ser encontrado em experimentos sociais.

MATOS, Renata Fernandes. Potencial genético de progênies de feijão-caupi para a obtenção de genótipos de porte ereto e ciclo precoce. 2016. 76 f. Dissertação (Mestrado em Fitotecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2016-08-25T12:47:24Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_rfmatos.pdf: 1286396 bytes, checksum: bb87aee9780ff53de239e6753fcfb552 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-08-25T17:29:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_rfmatos.pdf: 1286396 bytes, checksum: bb87aee9780ff53de239e6753fcfb552 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-25T17:29:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_rfmatos.pdf: 1286396 bytes, checksum: bb87aee9780ff53de239e6753fcfb552 (MD5) Previous issue date: 2016 / In addition to high yield, the cowpea breeding programs have been based on the development of cultivars that erect associate and early cycle. This is because in addition to minimizing the risk of losses because the plants spend less time in the field, makes it easy to harvest, either manually or mechanically. For this purpose, are generally employed methods involving hybridization to give segregating populations, these, in turn, are driven by several generations of inbreeding. This process is costly and time consuming, and early identification of populations with potential for extraction lines, can greatly reduce the costs of a breeding program. For this, the methodology m + a, which estimates the concentration of favorable alleles in two consecutive generations, is a good indicator. Subsequently, it should identify the best genotypes within those potential people to compose the final testing lines, conditioning to obtain cultivars that meet the objectives of breeding programs. Thus, the aim of the first study (Chapter 1): (i) estimate the genotypic values (BLUPs) to agronomic important traits, and (ii) to investigate the potential use of the methodology m + a for the early selection of lines. In the second study (Chapter 2), aimed to verify the existence of genetic variability in the population and identify promising lines to compose the final rehearsals. To estimate the genetic potential of populations for early extraction lines were evaluated generations F3:4 and F3:5 ten progenies. These were evaluated in a randomized block design with three replications. To identify the best individuals to compose EFL, we used seeds from 119 genotypes originated ten progenies F3:4, and two witnesses, Sempre Verde and BRS Tumucumaque. It was used for this design in a 11 x 11 square lattice with two replications. The trials of the two studies were conducted in Marco-CE council and evaluated characters: number of days to flowering (NDF); number of days to maturity (NDM); plant height (ALT); pod length (CPV); number of seeds per pod (NGV); weight of 100 grains (M100G), and total mass (MTOT). We identified high heritability values in terms of average and accuracy for most of the characters, as well as low coefficients of variation, except for MTOT character. Positive and negative genotypic values of the progenies showed the potential to increase the expression of those characters related to productivity and reduce the expression of those associated with size and precocity. The estimate m + a more expressive for ALT was presented by the progeny obtained from the crossing of the EC-796 and MNC03-737E-5-10. And for NDF and NDM the progeny obtained from the crossing of the EC-796 and EC-954. The estimate the m + a was viable for identification of populations with potential for extraction lines in cowpea culture. In the second study, the genotypes 5, 7, 14, 15, 25, 27, 31, 42, 47, 57, 85 and 113 were those which showed greatest genetic potential for composing EFL. / Além de elevadas produtividades, os programas de melhoramento do feijão-caupi têm se baseado no desenvolvimento de cultivares que associem porte ereto e ciclo precoce. Isto porque além de minimizar os riscos de perdas, pelo fato das plantas passarem menos tempo em campo, facilita o processo de colheita, tanto manualmente como mecanicamente. Para tanto, geralmente são empregados métodos que envolvem hibridação para originar populações segregantes, estas, por sua vez, são conduzidas por várias gerações de endogamia. Esse processo é custoso e moroso e, identificar precocemente populações com potencial para extração de linhagens, pode reduzir consideravelmente os custos de um programa de melhoramento. Para isso, a metodologia m + a, que estima a concentração de alelos favoráveis em duas gerações consecutivas, é um bom indicador. A posteriori, cabe identificar os melhores genótipos dentro daquelas potenciais populações para compor os ensaios finais de linhagens, condicionando a obtenção de cultivares que atendam aos objetivos dos programas de melhoramento. Assim, objetivou-se no primeiro estudo (capítulo 1): (i) estimar os valores genotípicos (BLUPs) para caracteres de interesse agronômico, e (ii) verificar o potencial do uso da metodologia m + a para a seleção precoce de linhagens. No segundo estudo (capítulo 2), objetivou-se verificar a existência de variabilidade genética na população e identificar linhagens promissoras para compor os ensaios finais. Para estimação do potencial genético das populações para extração precoce de linhagens foram avaliadas as gerações F3:4 e F3:5 de dez progênies. Estas foram avaliadas no delineamento em blocos casualizados com três repetições. Para identificação dos melhores indivíduos para compor EFL, utilizaram-se sementes provenientes de 119 genótipos oriundos de dez progênies F3:4, e de duas testemunhas, Sempre Verde e BRS Tumucumaque. Utilizou-se para isso delineamento em látice quadrado 11 x 11 com duas repetições. Os ensaios dos dois estudos foram conduzidos no município de Marco-CE e avaliados os caracteres: número de dias para floração (NDF); número de dias para maturação (NDM); altura de planta (ALT); comprimento de vagem (CPV); número de grãos por vagem (NGV); massa de 100 grãos (M100G), e massa total (MTOT). Foram identificados elevados valores de herdabilidade a nível de média e acurácia para a maioria dos caracteres, assim como baixos coeficientes de variação, com exceção para o caráter MTOT. Valores genotípicos positivos e negativos evidenciaram o potencial das progênies para aumentar a expressão daqueles caracteres relacionados a produtividade e reduzir a expressão daqueles associados a porte e precocidade. A estimativa m + a mais expressiva para ALT foi apresentada pela progênie obtida do cruzamento entre CE-796 e MNC03-737E-5-10. E para NDF e NDM pela progênie obtida do cruzamento entre CE-796 e CE-954. A estimativa m + a foi viável para a identificação de populações com potencial para extração de linhagens na cultura do feijão-caupi. No segundo estudo, os genótipos 5, 7, 14, 15, 25, 27, 31, 42, 47, 57, 85 e 113 foram aqueles que demonstraram maior potencial genético para compor EFL.

TEIXEIRA, R. A. M. Algoritmo genético aplicado à otimização de aerofólio para diminuição de ruído aerodinâmico. 2016. 88 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Mecânica) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Hohana Sanders (hohanasanders@hotmail.com) on 2016-10-27T13:13:44Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_ramteixeira.pdf: 2395082 bytes, checksum: 3f6a773de197c6bf6c2a94575b88b22b (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-11-01T16:02:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_ramteixeira.pdf: 2395082 bytes, checksum: 3f6a773de197c6bf6c2a94575b88b22b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-01T16:02:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_ramteixeira.pdf: 2395082 bytes, checksum: 3f6a773de197c6bf6c2a94575b88b22b (MD5) Previous issue date: 2016-07-08 / The noise produced by wind turbines which damages the health, has been a kind of barrier for the accommodation of those to society. This work uses the Brooks, Pope and Marcolini (BPM) model to noise prediction improved for the spatial description of the aerodynamic noise of the main lines of wind turbines produced, used in wind farms, or in urban areas (small-scale), and it was made the optimization of the profiles s809, s822, s834, FX 63-137, SD 2030 e SG 6043 blades in terms of noise levels and the blade performance. The main purpose of this optimization process is to reduce noise emission levels while it avoids large reductions in aerodynamic performance of the turbine by adjusting the geometry of the airfoil. The aerodynamic noise has two sources: inflow self-noise and self-noise. This, in turn, has four different mechanisms to manifest: turbulent boundary layer trailing edge noise, separation-stall noise, laminar boundary layer vortex shedding noise, trailing edge bluntness – vortex shedding noise. For this, it was used the NAFNoise program containing the BPM model and XFOIL code to provide the BPM data input and Genetic Algorithm to perform the optimization process. The optimized profiles fell around 1 dB in noise emission, reduction in aerodynamic performance and a corrugated conformation. / O ruído produzido pelos aerogeradores, causador de danos à saúde, tem sido um empecilho para a acomodação daqueles à sociedade. Esse trabalho usou o modelo de Brooks, Pope e Marcolini (BPM) de predição de ruído, aperfeiçoado para a descrição espacial do ruído aerodinâmico das principais linhas de aerogeradores produzidos, utilizados em parques eólicos, ou em meio urbano (de pequena escala), e foi feita a otimização dos perfis s809, s822, s834, FX 63-137, SD 2030 e SG 6043, em termos de níveis de ruído e performance da pá. O principal propósito desse processo de otimização é diminuir os níveis de emissão de ruído, ao mesmo tempo que se evite grandes reduções na performance aerodinâmica da turbina através de ajustes na geometria do aerofólio. O ruído aerodinâmico apresenta duas fontes: ruído de influxo turbulento e autoruído. Este, por sua vez, possui quatro mecanismos diferentes a se manifestar: ruído de camada limite turbulenta no bordo de fuga, ruído de separação-estol, ação de vórtice na camada limite laminar, ruído devido à rigidez do bordo de fuga. Para isso, foi usado o programa NAFNoise, que contém o modelo BPM e o código do XFOIL para fornecer os dados de entrada do BPM e Algoritmo Genético, para realizar o processo de otimização. Os perfis otimizados apresentaram redução de ruído em torno de 1 dB, redução no desempenho aerodinâmico e uma conformação enrugada.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-07-29T10:26:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 886084 bytes, checksum: 700517bd341297c23be0bbb3a9d8637b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-29T10:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 886084 bytes, checksum: 700517bd341297c23be0bbb3a9d8637b (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Em programas de melhoramento, seja para predição do mérito genético individual ou para identificar regiões genômicas responsáveis por fenótipos de interesse econômico, o uso de informações dos marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) tem se tornado uma importante ferramenta e para tanto, diferentes métodos estatísticos têm sido empregados. Dentre os métodos comumente utilizados, destaca-se o método Lasso bayesiano (BLASSO) que, como as demais metodologias apresentadas na literatura, estima apenas o efeito dos marcadores em termos do valor médio da característica de interesse. Porém, em algumas situações, os fenótipos avaliados não possuem distribuição simétrica e, portanto, uma modelagem considerando a estimação dos efeitos de marcadores em diferentes níveis da variável de interesse pode ser mais adequada. Uma metodologia alternativa e ainda pouco explorada na seleção genômica, é a Regressão Quantílica Regularizada, a qual incorpora naturalmente o estudo de diferentes níveis da distribuição dos valores fenotípicos, bem como a seleção de variáveis e a regularização do processo de estimação. Diante do exposto, este trabalho propõe a utilização da Regressão Quantílica Regularizada, visando predizer os valores genéticos de suínos para as características de rendimento de carcaça (RCARC), espessura de bacon (EBACON) e espessura de toucinho imediatamente após a última costela na linha dorso-lombar (ETUC) em diferentes níveis da distribuição dessas variáveis. Os resultados obtidos por esta metodologia, em termos de acurácia, da classificação dos animais para seleção e efeitos de marcadores, foram comparados com aqueles advindos do método BLASSO. Para tanto, foram utilizados dados de uma população F 2, referente a 345 suínos, obtidos pelo cruzamento das raças Piau x Comercial. As funções quantílicas foram ajustadas para (r = 0,05 a r = 0,95 ), e para fins de comparação das metodologias, considerou-se nos ajustes via RQR além dos valores do parâmetro de encolhimento (λ) estimado a partir do método BLASSO, um grid de valores considerando valores variando de 0 até o valor fornecido pelo BLASSO, com intervalo de 0,5. Os modelos de regressão quantílica se apresentaram como uma alternativa interessante quando o interesse é predizer os valores genômicos dos animais, uma vez que os mesmos apresentaram valores de acurácia maiores ou iguais àqueles obtidos pelo BLASSO. Além disso, os resultados dos métodos para as variáveis ETUC e EBACON foram semelhantes e para RCARC foram diferentes no que se refere à classificação dos animais. Quanto ao padrão dos efeitos de marcadores, os resultados encontrados pelos métodos para as variáveis foram diferentes. / In breeding programs, used to predict the individual genetic merit or to identify genomic regions responsible for phenotypes of economic interest, the use of information from SNP markers (Single Nucleotide Polymorphisms) has become an important tool and due to it, different statistical methods have been employed. Among the methods commonly used for this purpose, the most used is the Bayesian Lasso method called BLASSO that, like other methods presented in the literature, only estimates the markers effect related to the average value of the characteristic of interest. However, in some situations, the evaluated phenotypes don’t have symmetrical distribution and thus a modeling considering estimation of the effect on markers in different levels of variable of interest may be more suitable. An alternative methodology and still not much explored in genomic selection, is the regularized quantile regression, which naturally includes the study of different levels of the phenotypic values distribution as well as the selection of variables and the regularization of the estimation process. Given the situation above, this paper proposes the use of regularized quantile regression, aiming to predict the genetic values of pigs for characteristics carcass yield (CY), bacon depth (BD) and midline backfat thickness immediately after the last rib dorsolumbar (LRBF) at different levels of the distribution of these variables. Moreover, the results obtained by this method, in terms of accuracy of classification and selection of animals for significance markers are compared with those arising from the usual method, (BLASSO). To obtain this result, we used data from an F 2 population of 345 pigs, obtained by crossing the Piau x Commercial race. The quantile functions were adjusted for (r = 0.05 to r = 0.95) and for comparison of methodologies, considered in RQR via adjustments in addition to the values of the shrinkage parameter (λ) estimated from the BLASSO method, a grid values are values ranging from 0 to the value provided by BLASSO with an interval of 0,5. The quantile regression models were presented as an interesting alternative when interest is to predict the genomic values of the animals, since they had higher accuracy than or equal to those obtained by BLASSO. Moreover, the results of the methods for LRBF and BD variables were similar and were CY different as regards the classification of the animals. Regarding the pattern of markers effects, the results found by the methods for the variables were different.

Nos últimos anos, o aumento na produção de plantas em sistemas de cultivo hidropônico ou em substratos comerciais, além da proibição do uso de brometo de metila, resultou em uma maior incidência de doenças radiculares causadas por patógenos de solo como Pythium spp.. A caracterização dos mecanismos de patogênese de espécies do gênero Pythium que causam danos às culturas poderia promover maiores possibilidades de controle. O objetivo do presente estudo foi caracterizar a resposta de tomate (Solanum lycopersicum) à infecção de isolados de diferentes espécies do gênero Pythium. A incidência da doença em plântulas, causada pela inoculação com cinco isolados do gênero Pythium, foi avaliada quanto à ocorrência de mortalidade, enquanto a severidade foi avaliada quanto a alterações no comprimento da parte aérea e das raízes. O efeito da temperatura e da concentração do inóculo na severidade da doença também foi avaliado. A fim de caracterizar a ação de alguns compostos químicos na ocorrência da doença, foi avaliada a aplicação de ácido abscísico, ácido salicílico (AS), etefon (ET), aminoetoxivinilglicina e um surfactante sintético. Por fim, a técnica de quantificação relativa por PCR em tempo real foi utilizada para avaliar o acúmulo de mRNA de genes de defesa em resposta à inoculação. Na caracterização biológica, verificou-se que todos os isolados foram patogênicos a tomate, apresentando variações na severidade da doença causada. A severidade da doença provocada por P. inflatum é baixa, quando comparada com os outros isolados. Já P. ultimum causa sintomas inicialmente pouco severos, mas que evoluem rapidamente. A adição de ET, AS e do surfactante reduziu significativamente a severidade da doença. Na caracterização molecular, observou-se que um maior acúmulo de mRNAs dos genes LOXD, PR-1A1 e PR-5 depende da interação em questão. A diversidade observada nos resultados reflete a complexidade das respostas de S. lycopersicum induzidas pelos patógenos. A análise funcional in vivo desses e de outros genes poderá contribuir para utilização dos mesmos na obtenção de resistência contra Pythium spp.. / In recent years, the increase in plant production in hydroponic culture systems or in commercial soil media, in addition to the ban on the use of methyl bromide, resulted in a higher incidence of root diseases caused by soil pathogens like Pythium spp.. The characterization of the pathogenesis mechanisms of species of the genus Pythium that cause damage to crops could promote greater opportunities for control. The objective of this study was to characterize the response of tomato (Solanum lycopersicum) to the infection with isolates of different species of the genus Pythium. The disease incidence in seedlings caused by inoculation with five isolates from the genus Pythium was evaluated according to the occurrence of death, while the severity was assessed by changes in the length of shoots and roots. The effect of temperature and inoculum concentration in disease severity was also assessed. In order to characterize the action of some chemical compounds in the disease occurrence the application of abscisic acid, salicylic acid (SA), ethephon (ET), aminoethoxyvinilglycine and a synthetic surfactant was evaluated. Finally, the technique of relative quantification by realtime PCR was used to assess the accumulation of mRNA from defense genes in response to the inoculation. In the biological characterization, it was found that all isolates were pathogenic to S. lycopersicum, although they have induced variable disease severity. The disease severity caused by P. inflatum is low when compared with the other isolates. On the other hand, P. ultimum initially causes less severe symptoms which progress very rapidly. The addition of ET, AS, and the surfactant, significantly reduced the severity of the disease. In the molecular characterization, it was observed that the accumulation of mRNAs of genes LOXD, PR-1A1, and PR-5 depends on the species of Pythium in the interaction. The diversity observed in the results reflects the complexity of the responses of S. lycopersicum induced by pathogens. In vivo functional analysis of these and other genes could contribute to the use of them in obtaining resistance against Pythium spp..

CAVALCANTE, Janio Emanuel Andrade. Influência dos polimorfismos nos genes das citocinas TNFα, IFNγ, TGFβ, IL-6 E IL-10 no perfil clínico-laboratorial de pacientes com anemia falciforme. 2013. 74 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2013. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2014-06-20T11:19:22Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_jeacavalcante.pdf: 1826669 bytes, checksum: ecc466f1ce56dcf712ba30f94f85b778 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2014-06-20T11:19:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_jeacavalcante.pdf: 1826669 bytes, checksum: ecc466f1ce56dcf712ba30f94f85b778 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-20T11:19:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_jeacavalcante.pdf: 1826669 bytes, checksum: ecc466f1ce56dcf712ba30f94f85b778 (MD5) Previous issue date: 2013 / Sickle cell anemia (SCA) is caused by a point mutation leading the substitution of glutamic acid for valine at the sixth position of the beta globin chain. Associations between single nucleotide polymorphisms (SNPs) and several clinical events have been described in sickle cell patients. The aim of this study was to determine the polymorphisms frequency in the cytokine genes TNFα, IFNγ, TGFβ, IL-6 e IL-10 in sickle cell patients and healthy controls, and to investigate the cytokines genotypes influence in clinical and laboratory profile in sickle cell patients. The sickle cell patients group was composed by 41 adults’ patients with molecular diagnosis, of both sexes, in outpatients care at the Hematology Center of Ceará (HEMOCE), from march 2011 to july 2012. The study included 90 healthy blood donors matched for age and sex. We collected 5 mL of venous blood for DNA extraction kit using the GFX Genomic Blood DNA Purification (GE Healthcare) and typing of cytokine genes polymorphisms by kit from One-Lambda (Canoga Park, CA, USA). The polymorphisms frequencies analysis and associations between polymorphisms and clinical events were performed using the two-tailed Fisher exact test. To check the genotypes influence in laboratory parameters were used parametric test ANOVA and non-parametric Kruscal Wallis test. The clinical and laboratory data were obtained by active search in the medical records. Sickle cell patients typified for TGFβ genotypes showed a tendency to appear a lower frequency of TGFβ T/T G/G genotype than control group. Sickle cell patients typified for CC GC/ CC CC /TT CC/TC CC TGFβ genotypes (low producer) obtained a leukocytes median number greater than patients typified for TT GG/TC GG TGFβ group (high producer). A significant difference on IL-6 genotypes frequency was observed between patient group and control group. Regarding IL-6, patients typified for CC genotype exhibited an average/median MCHC higher than patients typified for GC or GG genotypes. Patients typified for CC genotype showed evident tendency to lower fetal hemoglobin levels and higher reticulocytes percentages. We find an association between ACC ATA + ATA ATA + ACC ACC IL-10 group, lower IL-10 producer, and acute chest syndrome (ACS). It is concluded that genotypes associated with low IL-10 production may play a role in the predisposition to ACS in sickle cell patients. / A anemia falciforme (AF) é causada por uma mutação pontual que leva a substituição do ácido glutâmico pela valina na sexta posição da cadeia de beta globina. A associação entre polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) e diversos eventos clínicos tem sido descrita em pacientes com AF. O objetivo do presente estudo foi verificar a frequência dos polimorfismos nos genes das citocinas TNFα, IFNγ, TGFβ, IL-6, e IL-10 nos pacientes com AF e controles saudáveis, e investigar o impacto dos genótipos dessas citocinas no perfil clínico-laboratorial dos pacientes. 41 Indivíduos adultos com diagnóstico molecular de AF, de ambos os sexos, em acompanhamento ambulatorial no Centro de Hematologia e Hemoterapia do Ceará (HEMOCE) participaram do estudo, no período de março de 2011 a julho de 2012. Um grupo controle foi constituído por 90 indivíduos saudáveis pareados quanto à idade e o sexo. Foram coletados 5 mL de sangue venoso para extração do DNA através do kit GFX Genomic Blood DNA Purification (GE Healthcare) e para tipificação dos polimorfismos dos genes das citocinas através do “kit” da “One-Lambda” (Canoga Park, CA, EUA). A análise das frequências dos polimorfismos e as associações com os eventos clínicos foram realizadas pelo teste exato de Fisher bicaudal. Para verificar a influência dos genótipos nos parâmetros laboratoriais foram utilizados o teste paramétrico ANOVA e o não paramétrico de Kruscal Wallis. Os dados clínicos e laboratoriais foram obtidos por busca ativa nos prontuários médicos. Pacientes com AF tipificados para os genótipos de TGFβ CC GC/ CC CC /TT CC/TC CC (baixo produtor) obtiveram um número mediano de leucócitos maior do que os pacientes do grupo TT GG/TC GG (alto produtor). Houve diferença significativa na frequência dos genótipos de IL-6 entre o grupo de pacientes e o grupo controle. Ainda em relação a IL-6, os pacientes tipificados para o genótipo CC apresentaram valores médios/medianos de CHCM maiores que os pacientes portadores dos genótipos GC ou GG. Foi evidenciada tendência dos pacientes tipificados para o genótipo C/C apresentarem menores níveis de hemoglobina fetal (HbF) e maiores porcentagens de reticulócitos. Houve uma associação entre o grupo de genótipos de IL-10 ACC ATA + ATA ATA + ACC ACC, grupo baixo produtor de IL-10, e a síndrome torácica aguda (STA). Conclui-se que genótipos associados com a baixa produção de IL-10 possam desempenhar um papel importante na predisposição à STA em adultos com AF.

Made available in DSpace on 2015-06-08T13:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 34.pdf: 2083197 bytes, checksum: c8bc232619444a6c584242fffa408aa0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A doença de Chagas é largamente distribuída pelo continente americano, onde afeta milhões de indivíduos. Clinicamente, apresenta uma diversidade de manifestações. Na fase crônica, os indivíduos infectados pelo Trypanosoma cruzi podem ser assintomáticos ou apresentar complicações cardíacas e/ou digestivas. Alguns estudos têm demonstrado o envolvimento da resposta imune no desenvolvimento e manutenção das formas clínicas crônicas da infecção chagásica. A produção e a expressão diferencial de algumas citocinas entre os portadores da doença de Chagas crônica tornaram estas moléculas alvos de estudos de polimorfismos genéticos. O presente estudo teve o objetivo de avaliar polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs) em portadores da doença de Chagas crônica. Foram avaliados os SNPs-1082G/A do gene IL-10 e -308G/A do gene TNF-alfa em uma população de portadores da doença de Chagas crônica selecionada no Ambulatório de Doença de Chagas e Insuficiência Cardíaca do Pronto Socorro Cardiológico de Pernambuco. Participaram desse estudo, 256 indivíduos, sendo 66 assintomáticos e 190 com cardiopatia chagásica crônica. A população estudada foi composta em sua maioria por mulheres idosas. Dentre as comorbidades presentes, a hipertensão arterial sistêmica foi a mais prevalente. A genotipagem dos SNPs foi realizada através de reação em cadeia da polimerase em tempo real com sondas TaqMan a partir de DNA genômico obtido de amostras de sangue periférico de cada indivíduo. Não foram observadas diferenças na distribuição das freqüências genotípicas e alélicas dos SNPs estudados entre as formas clínicas da doença de Chagas crônica. Também não foram observadas diferenças na distribuição das freqüências genotípicas e alélicas do SNP -1082G/A do gene IL-10 entre portadores de cardiopatia chagásica crônica. No entanto, observou-se um maior percentual, estatisticamente significante, do genótipo GA e do alelo A do SNP -308G/A do gene TNF-alfa nos portadores de cardiopatia chagásica leve, o que sugere que esse SNP pode atuar como um fator de proteção no desfecho da cardiopatia chagásica crônica

GOMES, F. R. A. Algoritimo genético aplicado aos problema de seqüenciamento permutacional flowshop sem e com restrição de espera. 2008. 141 f. Dissertação (Mestrado em Logística e Pesquisa Operacional) – Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-03-17T14:49:35Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_fragomes.pdf: 992202 bytes, checksum: 0d83127d1323f9051e069ab4fe04f2ce (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2016-04-07T16:40:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_fragomes.pdf: 992202 bytes, checksum: 0d83127d1323f9051e069ab4fe04f2ce (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-07T16:40:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_fragomes.pdf: 992202 bytes, checksum: 0d83127d1323f9051e069ab4fe04f2ce (MD5) Previous issue date: 2008-02-15 / In this work two problems were solved: the first is Continuous Perm utation Flowshop Scheduling Problem (CPFSP) it possesses the constraint that no j ob can wait for processing among serial machines; the second is Permutation Flowshop Scheduling Problem (PFSP), in that the previous restriction does not exist. The metaheurist ic Genetic Algorithm (GA) has been applied with success for solving the PFSP, but up to now it was not found in the literature something that shows that GA is a good method for CPFS P. The objective of this work was to develop an efficient GA for both problems, but that does not need to use an initialization efficient and/or hybridization allied with other se arch technique. The development of proposed GA took in consideration the characteristics, diversification and the intensification, that inspired the creation of three procedure s that further improved the proposed GA. Several experiments were accomplished with the ins tances of Taillard (1993), Reeves (1995) and Heller (1960). The results were compared wi th other methods found in the literature. Polynomials were built with Lagrangeana's Interpolation use to determine the time execution of proposed GA. Finally, the method wa s applied in a real problem. The results showed that proposed GA is the best method for CPFSP and that is very close of best GA found in the literature with efficie nt initialization for PFSP. / Neste trabalho foram tratados dois problemas: o primeiro é denominado Continuous Permutation Flowshop Scheduling Problem (CPFSP), que possui a restrição de que nenhuma tarefa pode esperar por processamento entre máquinas consecutivas; o segundo é denominado de Permutation Flowshop Scheduling Problem (PFSP), em que a restrição anterior não existe. A metaheurística Algoritmo Genético (AG) tem sido aplicada com sucesso ao PFSP, mas até o momento não foi encontrado na literatura algo que mostre que o AG é um bom método para o CPFSP. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um AG eficiente paras esses dois problemas, mas que não precisa utilizar inicialização eficiente e/ou hibridização com outra técnica de busca. O desenvolvimento do AG proposto levou em consideração as características, diversificação e a intensificação, que inspiraram a criação de três procedimentos que melhoraram o desempenho do AG proposto. Foram realizados vários experimentos com as instâncias de Taillard (1993), Reeves (1995) e Heller (1960). Os resultados foram comparados com outros métodos encontrados na literatura. Foram construídos polinômios com a utilização de Interpolação Lagrangeana para determinar o tempo execução do AG proposto. Por fim, o método foi aplicado num problema real. Os resultados mostraram que o AG proposto é o melhor método para o CPFSP e que fica muito próximo do melhor AG encontrado na literatura com inicialização eficiente para o PFSP