Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:47:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 330218.pdf: 3019982 bytes, checksum: 936bab01eb84e1848849844e7b452ecf (MD5) Previous issue date: 2014 / Uma alternativa para garantir a produtividade de grãos de milho em sistemas de produção de pequena escala com baixo uso de insumos aponta para o cultivo de variedades de polinização aberta. Nesse sentido, a população composta local de milho MPA1, proveniente da região Oeste de Santa Catarina, foi selecionada para ser usada como população-base de um processo cíclico de melhoramento genético participativo. Os parâmetros estatístico-genéticos estimados para as populações derivadas de MPA1 indicaram que os esforços com a seleção para o aumento da produtividade de grãos também contribuíram para elevar a estatura de planta. Por essa razão, a introgressão do gene br2 derivado da população Piranão-VD2 foi a estratégia adotada para reduzir a estatura da população MPA1-C1, resultante do primeiro ciclo de seleção recorrente. Diante disso, o objetivo desse trabalho foi (i) verificar a eficiência de dois ciclos de seleção pelo esquema de seleção recorrente convergente-divergente de famílias de meio-irmãos (SRCDFMI); (ii) avaliar o potencial das populações derivadas de MPA1, com 50 % (F2) e 25 % (RC1F2) do background genético de Piranão-VD2, para o desenvolvimento de populações melhoradas; (iii) orientar as estratégias de seleção para o programa de melhoramento genético da população MPA1 com e sem br2. Para tanto, foram conduzidos experimentos em quatro agroecossistemas de SC, na safra 2012/2013, onde foram avaliados caracteres fenológicos, morfológicos, e agronômicos (pré-colheita e pós-colheita). O esquema de seleção convergente-divergente praticado para aumento de rendimento de grãos proporcionou efeitos indiretos na posição relativa da espiga, diâmetro médio de colmo, quantidade de raízes adventícias e número de fileiras de grãos na população MPA1-C1, e para no peso de mil grãos, na população MPA1-C2, resultante do segundo ciclo de seleção. Na análise conjunta dos experimentos, a média de produtividade das populações MPA1-C1 e MPA1-C2 foi de 5,67 a 5,70 t ha-1, respectivamente. A ausência de incrementos significativos na produtividade de grãos nas populações resultantes dos dois ciclos de seleção pelo esquema SRCDFMI pode ser explicada, em parte, pela intensidade de seleção branda aplicada nos primeiros dois ciclos e, por outro lado, pelo reduzido número de ciclos de seleção praticados até o momento. Por isso, maiores pressões de seleção para o aumento da produtividade de grãos deveriam ser praticadas nos próximos ciclos. Para as populações derivadas de MPA1 com 25% e 50% do background genético de Piranão-VD2 e o genitor recorrente (MPA1-C1), a altura média de planta variou de 2,24 a 2,27 m, respectivamente. Na análise conjunta dos experimentos, a média de produtividade variou de 4,87 a 5,67 t ha-1para esses mesmos tratamentos. A recuperação do genitor recorrente na população segregante RC1F2 com 75% dos genes de MPA1-C1 permitiu que os valores médios de produtividade de grãos fossem restabelecidos, indicando que esta população parece ser a mais apropriada para os próximos ciclos de seleção recorrente intrapopulacional. A população MPA1-C0, assim como as populações derivadas dos dois ciclos de seleção (MPA1-C1 e MPA1-C2) e as populações F2 e RC1F2, não apresentaram efeitos significativos de interação genótipo X ambiente para a produtividade de grãos e seus principais componentes de rendimento. Em decorrência do bom desempenho registrado para essas variáveis, os tratamentos mostraram-se adaptadas aos distintos locais em que foram avaliados.<br> / An alternative to ensure maize grain yield in small-scale production systems using low input is the use of open-pollinated varieties. Therefore, the MPA1 maize population, from the west region of Santa Catarina, was selected as the base population of a cyclical process of participatory breeding. The genetic-statistic parameters estimated for the MPA1-derived populations showed that efforts for selection to increase grain yield also contributed to raise plant height. For this reason, the introgression of the br2 gene derived from the Piranão-VD2 population was the approach performed to reduce the height of MPA1-C1 population, resulting from the first cycle of recurrent selection. The aims of this study were (i) to verify the efficiency of two cycles of selection by the convergent-divergent half-sib family recurrent selection (SRCDFMI); (ii) to assess the potential of the MPA-derived populations with 50% (F2) and 25% (RC1F2) of the genetic background of Piranão-VD2 for the development of improved population; (iii) to guide selection strategies for the genetic improvement program of MPA1 population using or not br2 gene. For this purpose, experiments were conducted in four agroecosystems in the state of Santa Catarina, during the 2012/2013 harvesting. Phenological, morphological and agronomic (pre-harvesting and post-harvesting) parameters were evaluated. The convergent-divergent selection used to increase yield caused indirect effects on the relative position of the ear, the stem diameter, the number of adventitious roots and the number of rows of kernels per ear of the MPA1-C1 population, as well as on the weight of a thousand grain of the MPA1-C2 population. Analyzing the experiments, the average yields of MPA1-C1 and MPA1-C2 range from 5.67 to 5.70 t ha-1, respectively. The absence of significant raise in grain yield in populations resulting from two cycles of selection by the SRCDFMI scheme can be explained, in part, by the moderate selection applied in the first cycles and, also, by the small number of selection cycles practiced until now. Thus, higher selection pressures for raising grain yield should be practiced in the next cycles. For MPA1-derived populations with 25% and 50% of the Piranão-VD2 genetic background and MPA1-C1 as recurrent parent, the average plant height ranged from 2.24 to 2.27 m and the average yield ranged from 4.87 to 5.67 t ha-1. The recovery of the recurrent parent in the RC1F2 segregating population having 75% of MPA1-C1 genes allowed the average values of grain yield be restored, indicating that this population is more suitable for the next cycles of intrapopulation recurrent selection. The MPA1-C0 population as well as populations derived from the two cycles of selection (MPA1-C1 and MPA1-C2) and the RC1F2 and F2 populations showed no significant genotype X environment interaction for grain yield and their main components of yield. The good performance observed for these variables showed that the treatments were adapted to the different environments.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:52:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 327508.pdf: 1798951 bytes, checksum: f85e08b2fc513c95a2d4986b5de6c77e (MD5) Previous issue date: 2014 / Cultivares crioulas são guardiãs de efeitos combinados, tanto da seleção natural como da humana, representando características geneticamente dinâmicas e diversificadas que estão interligadas ao meio biótico e abiótico, traduzidas fenotipicamente tanto nas características da semente como da planta. A magnitude dessas características induz as sementes crioulas a se sobressair ao estresse tanto biótico como abiótico, visto que em sementes comerciais esses atributos são mais restritos. Estresse abió-tico ocasionado por baixas temperaturas pode afetar o desenvolvimento da semente do feijoeiro, por gerar alterações fisiológicas, bioquímicas e moleculares em seu metabolismo, consequentemente o estresse oxidativo. Santa Catarina apresenta características climáticas relativas ao clima temperado, refletindo em invernos rigorosos, possibilitando apenas duas épocas de cultivo para o feijoeiro, conhecida como época das águas e das secas. Por isso, a caracterização correta dos recursos genéticos vem a potencializar o uso desse material pelo agricultor e amplifica o conhe-cimento da variabilidade genética da espécie para auxiliar o avanço dos programas de melhoramento. O objetivo do trabalho foi avaliar mais detalhadamente a resposta de 22 genótipos crioulos, do BAF da UDESC, de duas safras consecutivas (2011/12[S1] e 2012/13[S2]), às condições de estresse por frio, além de observar as oscilações na produção de metabólitos não-enzimáticos. Foram realizados diferentes testes, em nível de laboratório, para tentar explicar o porquê das diferenças genéticas observadas previamente diante das temperaturas mais baixas. Para avaliar a qualidade fisiológica das sementes realizou-se o teste de germinação e vigor (comprimento de plântulas, condutividade elétrica), das amostras submetidas ao estresse por frio [F], e na ausência de estresse (testemunha [C]). Já para observar o perfil bioquímico dos genótipos foi realizada a quantificação de compostos fenólicos, ação antioxidantes (DPPH), teor de aminoácidos livres e peroxidação de lipídeos (TBARs). Para o estudo detalhado de cada genótipo, as médias foram analisadas pelo teste de Scoot-Knott, e com o propósito de ampliar os espectros dos resultados realizaram-se técnicas multivariadas. Observando as safras, pelos testes fisiológicos não foi possível averiguar diferenças significa-tivas entre elas quanto a germinação, contudo a nível de vigor a safra S2 foi superior a S1. O conteúdo de fenólicos e a atividade antioxidante (DPPH) foram superiores na S2 se comparadas a S1, já o teor de prolina e de TBARs apresentaram valores maiores em S1 do que em S2, em ambos os tratamentos (C e F). Índices pluviométricos altos em S1 (327 mm) em relação a S2 (105 mm) durante o período de floração até maturação da semente podem ter causado essas diferenças. Observando os tratamentos C e F, os valores de todas as variáveis bioquímicas analisadas também aumentaram em F, indicando que o estresse por baixas temperaturas causou aumento do conteúdo de metabólitos não-enzimáticos na semente, afim de proteger os danos da oxidação. Observando-se os genótipos individualmente, percebeu-se que os BAFs 81e 75 se destacaram diante dos demais, tantos nos testes fisiológicos como nos testes bioquímicos, em ambas as safras. Bioquimicamente notou-se a presença de Leucina nesses genótipos e uma produção mediana dos compostos não-enzimáticos analisados, fator que pode ser um indicio para explicar o por quê esses BAFs se sobressaíram aos estresse por frio, e foram indicados por esse estudo para a semeadura antecipada nas regiões produtoras do estado de Santa Catarina.<br> / Abstract : Landrace are guardians of combined effects of both natural selection as the human, representing genetically diverse and dynamic characteristics that are linked to biotic and abiotic environment, both phenotypically translated in seed characteristics as the plant. The magnitude of these features induce native seeds to excel at both abiotic and biotic stress, whereas in commercial seed these attributes are more restricted. Abiotic stress caused by low temperatures can affect the development of bean seed, for generating physiological, biochemical and molecular changes in your metabolism, thus oxidative stress. Santa Catarina has character-istics of its climate temperate, reflecting harsh winters, allowing just two growing seasons for the bean , known as the rainy season and droughts. Therefore, the correct characterization of animal genetic resources is to maximize the use of this material by the farmer and amplifies the knowledge of genetic variability to assist the advancement of breeding programs. The objective of this study was to evaluate in more detail the response of 22 landraces genotypes, BAF/ UDESC in two consecutive crops (2011/12 [S1] and 2012/13 [S2] ), the conditions of cold stress, in addition to observing fluctuations in the production of non-enzymatic metabolites. Different tests were performed in the laboratory level, to try to explain why the genetic differences observed previously on the lower temperature. To evaluate the physiological quality of seeds held the test of germination and vigor (seedling length, electrical conductivity), the samples subjected to cold stress [F], and in the absence of stress (control [C]). Have to observe the biochemical profile of genotypes quantifica-tion of phenolic compounds, antioxidant activity (DPPH), free amino acid content and lipid peroxidation (TBARS) was performed. For the detailed study of each genotype means were analyzed by Scoot - Knott test and in order to broaden the spectra of the results were performed multivariate techniques. Watching the seasons, by physiological tests was not possible to verify significant differences between them for ger-mination, however the level of force the crop S2 was superior to S1. The phenolic content and antioxidant activity (DPPH) were higher compared to the S1 S2, whereas the proline content and TBARS were higher than in S1 to S2, in both treatments (C and F). Heavy rainfall in S1 (327 mm) compared to S ( mm) during the period of flowering until seed maturation may have caused these differences. Observing the treatments C and F, the values of all the biochemical variables in F have also in-creased, indicating that the stress caused by low temperatures increase the content of non-enzymatic metabolites in seed in order to protectfrom oxidative damage. Observing the individual genotypes, it was real-ized that the BAFs 81 and 75 stood out over the others, in many physio-logical tests such as biochemical tests, in both seasons. Biochemically noted the presence of leucine in these genotypes and a median output of non - enzymatic compounds analyzed, a factor that may be a clue to explain why these BAFs stood out to cold stress, and are indicated by this study for the sowing early in the producing regions of the state of Santa Catarina.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Mecânica, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:55:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 329630.pdf: 3224394 bytes, checksum: fc48cdc77f6532aea3c1e3039c0b50a1 (MD5) Previous issue date: 2014 / O objetivo desta dissertação é propor um procedimento para a síntese estrutural e a otimização dimensional de mecanismos de direção. A síntese estrutural de mecanismos de direção consiste na listagem de todos os mecanismos que cumprem os critérios de mobilidade e simetria necessários. Na síntese estrutural foram consideradas cadeias cinemáticas de quatro, seis e oito elos, com juntas simples e, logo formando mecanismos com juntas prismáticas e rotativas. A síntese dimensional consiste na determinação das dimensão do mecanismo de modo que cumpra com os critérios cinemáticos desejados. O problema de síntese dimensional foi formulado como um problema de otimização, considerando a geometria Ackerman como a função de movimento desejado. No método de síntese ótima proposto, utilizou-se coordenadas naturais na modelagem matemática que descreve a cinemática do mecanismo, e propondo um algoritmo genético implementado no software MALAB. Para a validação dos resultados foram considerados os mecanismos de direção tradicionais e, comparando-os com métodos da literatura. O método de otimização também é aplicado a novos mecanismos encontrados com a síntese estrutural.<br> / Abstract: The aim of this work is to propose a procedure for structural synthesis and dimensional optimization of steering mechanisms. The structural synthesis of steering mechanisms is the list of all the mechanisms that meet the criteria of mobility and symmetry required. In the structural synthesis were considered kinematic chains of four, six and eight links with simple joints, forming mechanism by the permuting of the joints between prismatic and revolute joints.The dimensional synthesis determine the dimension of such mechanism that have the criteria kinematic desired. The problem of dimensional synthesis was formulated as a optimization problem, considering the Ackerman geometry as a function desired movement. In the optimal synthesis method proposed was used natural coordinates by mathematical modeling that describes the kinematics of the mechanism, and propose a genetic algorithm implemented in Matlab. To validate the results were considered traditional steering mechanisms with recent steering methods from the literature. The optimization method is also applied to new mechanisms found to structural synthesis.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:56:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 331972.pdf: 2489704 bytes, checksum: a64f8c492b85754493974107465f8979 (MD5) Previous issue date: 2014 / A domesticação é um processo em que populações de organimos e/ou ambientes são adequados aos interesses e necessidades de uso e manejo humano. Tal processo pode acarretar modificações fenotípicas e/ou genéticas em diferentes intensidades. Como este processo atua tanto sobre populações quanto sobre paisagens, o conceito de paisagem tem sido usado para entender como os seres humanos interpretam concepções locais e padrões de uso/ manejo de paisagens, e também sobre como os sistemas locais de conhecimento podem ajudar na sustentabilidade ecológica. Assim, este estudo inclui abordagens que envolvem aspectos de caracterização demográfica e genética da espécie Bromelia antiacantha (carcaguatá) em diferentes paisagens, bem como uma abordagem etnobotânica a qual buscou caracterizar o histórico de uso e as principais práticas de manejo que envolvem a espécie. Neste contexto, o principal objetivo foi buscar evidências da domesticação de B. antiacantha, estudando os efeitos do uso e manejo da paisagem com a espécie, empregados no Planalto Norte Catarinense, sobre a estrutura demográfica e diversidade genética das populações da mesma. O estudo foi realizado no Planalto Norte Catarinense nos Municípios de Três Barras, Canoinhas, Irineópolis e Major Vieira. Para os estudos de demografia foram usadas parcelas permanentes em unidades de paisagem submetidas a diferentes intensidades de manejo. Nestas parcelas as rosetas de B. antiacantha foram acompanhas durante três anos. Nas mesmas unidades de paisagem foram coletadas amostras foliares para caracterização genética e frutos para retirada de sementes para a caracterização genética de progênies. A caracterização genética foi realizada empregando eletroforese de izoenzimas. A coleta de dados do estudo etnobotânico foi realizada empregando-se entrevistas semiestruturadas e turnês guiadas. O acompanhamento das populações de B. antiacantha nas diferentes unidades de paisagem permitiu um maior conhecimento sobre a dinâmica da espécie em ambientes com diferentes intensidades de interferência humana. Nas áreas com interferência humana visando obtenção de outros recursos (extração de erva mate e o manejo do gado) as rosetas da espécies foram encontras em densidades médias menores, quando comparadas às demais unidades de paisagem. A maior densidade de plantas foi encontrada na unidade de paisagem com maior interferência humana: a cerca viva. O número de rosetas reprodutivas e o período para entrar em reprodução, nas diferentes unidades de paisagem, não está relacionado ao manejo realizado nas unidades. A diversidade genética encontrada, de maneira geral, foi alta, entretanto entre as populações e paisagens estes índices se mostraram diferentes entre adultos e progênies. Nos adultos a maior diversidade foi encontrada nas cercas vivas, as quais apresentaram também baixos índices de fixação. Nas progênies os índices de diversidade mais altos foram encontrados nas áreas sem manejo. O estudo etnobotânico permitiu elucidar algumas questões levantadas pelos resultados demográficos e genéticos. Além disso, verificou-se que a transmissão do conhecimento sobre a espécie se deu principalmente pela família nuclear e que a eficiência da cerca para a contenção/proteção dos animais foi a principal razão apontada para o uso das cercas de caraguatá. Segundo os entrevistados as rosetas para a confecção das cercas vivas são obtidas na maioria dos casos na propriedade rural sendo que a maioria destas áreas de coleta de mudas foi caracterizada como floresta conservada. Os resultados etnobotânicos obtidos mostraram ainda que não há um critério específico observado para a coleta das mudas, porém quando há disponibilidade de rosetas, o vigor e o tamanho são características observadas. Além disso, com base nas idades das cercas e nos relatos dos informantes, verificou-se que a prática de confecção das cercas de caraguatá é antiga e que apesar de hoje as opções de cercas serem mais amplas, o caraguatá ainda se mostra uma boa opção para a confecção de cercas na região. Os resultados obtidos, principalmente nos estudos demográficos e etnobotânicos deixam clara a domesticação das unidades de paisagem estudadas. Ao mesmo tempo a menor diversidade genética, maior endogamia nas progênies e o indicativo de eventual seleção de tipos para a confecção das cercas são evidências da ocorrência de domesticação para B. antiacantha por agricultores locais do Planalto Norte Catarinense.<br> / Abstract : Domestication is a process in which populations of organisms and/or environments are adapted to the interests and necessities of human use and management, such a process may result in phenotypic and genetic changes of different intensities. Since this process acts upon both populations and landscapes, the concept of landscape has been used to understand how human beings interpret local landscape concepts, use/management patterns and classifications, as well as how the local systems of knowledge that can contribute in ecological sustainability. Thus, this study includes approaches that involve demographic and genetic aspects of the species Bromelia antiacantha (carcaguatá) in different landscapes, as well as an ethnobotanical approach, which sought to characterize the use history and key management practices that involve the species. Within this context, the main objective was to seek evidence of B. antiacantha domestication, by studying the effects of landscape use and management on the demographic structure and genetic diversity of the species populations used in the northern Santa Catarina plateau. The study was conducted in the Nothern Plateau of Santa Catarina in the municipalities of Três Barras, Canoinhas, Irineópolis and Major Vieira. Permanent plots were used in the demographic study within landscape units subjected to different intensities of management. In this plots the rosettes of B. antiacantha were observed during three years. In the same landscape units leaf samples were collected for genetic characterization, and seeds were removed from fruits and used for the genetic characterization of progeny. The genetic characterization was conducted using isozyme electrophoresis. The ethnobotanical data was obtained through semi-structured interviews and guided tours. Monitoring of B. antiacantha populations within different landscape units allowed for greater insight into the species dynamics in environments with different levels of human interference. In areas of human interference aimed at obtaining other resources (extraction of erva-mate and cattle management) the species' rosettes were found in smaller average densities when compared to other landscape units. The greatest plant density was found in the landscape unit with the greatest human interference: the live fence. The number of reproductive rosettes and the period of entering into reproduction, within the different landscape units, is not related to the management exercised in each unit. In general, the genetic diversity was high, however between populations and landscapes these indexes were different for adults and progeny. In adults the highest diversity was found in live fences (hedges), which also showed low levels of fixation. For progenies the highest diversity was found in areas without management. The ethnobotanical study helped to clarify some issues raised by the demographic and genetic findings. Furthermore, it was found that transmission of knowledge regarding the species was mainly done so by the immediate family and the efficiency of live fences for animal containment/protection was the main reason given for the use of caraguatá fences. According to informants the rosettes used in making the live fence were obtained, in most cases, on the rural property, with the majority of the seedling collection areas characterized as protected forest. The ethnobotanical results also showed that there are no specific criteria for the seedling collection, however when seedlings are available, vigor and size are observed characteristics. Furthermore, based on the age of the fences and informant reports it was found that the practice of making caraguatá fences is old, and even with an array of fence options, caraguatá is still a good option for building fences in the region. The results obtained, principally in the demographic and ethnobotanical studies demonstrate the domestication of the landscape units studied. At the same time the low genetic diversity, the high endogamy among progeny, and the indication of selection of types for building fences are evidence for domestication occurrence in B. antiacantha by local farmers in the Northern Plateau of Santa Catarina.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-04-29T20:58:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 333012.pdf: 2263757 bytes, checksum: 22eb7b852010331ba3e78735bf898eee (MD5) Previous issue date: 2014 / Acca sellowiana (O. Berg) Burret, conhecida comumente como goiabeira-serrana ou feijoa, é uma Myrtaceae que ocorre na região neotropical da América do Sul. A espécie possui potencial como frutífera, ainda pouco explorado no Brasil, mas bem difundido no exterior. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética em nível de sequências de DNA de cloroplasto (cpDNA) e marcadores microssatélites nucleares (nSSRs) e, com base nesses dados, determinar relações filogeográficas, quantificar diversidade genética, avaliar estrutura genética espacial intrapopulacional, fluxo gênico e o sistema se cruzamento, afim de compreender o cenário evolutivo da espécie e contribuir para sua conservação e melhoramento. Para filogeografia foram sequenciados os espaçadores intergênicos plastidiais trnH-psbA e trnS-trnG em 32 populações, gerando 10 haplótipos. Oito haplótipos estão localizados ao norte da distribuição natural da espécie, em latitudes inferiores a 29o32?S e altitude superior a 500 m, sendo este o centro de maior diversidade da espécie. Foram encontrados indícios de expansão recente na distribuição meridional da espécie, mas isto deve ser comprovado com estudos adicionais, em razao do baixo polimorfismo das sequências analisadas. Visando elucidar esta possível expansão são indicadas análises com marcadores nSSRs. Foram encontrados dois padrões de distribuição da diversidade: i) na região com latitude inferior a 29o32?S a espécie é encontrada em altitude superior a 500 m em associação com a Mata de Araucária, a diversidade é maior e não apresenta expansão recente; ii) a partir de latitudes maiores que 29o65?S, a espécie ocorre abaixo de 400 m, a diversidade é menor e apresenta indícios de expansão recente. Para futuros estudos mais aprofundados em filogeografia foram desenvolvidos 10 novos locos nSSRs. Os novos marcadores apresentaram polimorfismo suficiente para análises genéticas, além de alguns deles serem transferíveis para outras espécies de Myrtaceae. Amostras de plantas de feijoa introduzidas e cultivadas fora da região de ocorrência natural foram caracterizadas através de nSSRs e mostraram uma diversidade restrita, evidenciando um gargalo genético decorrente da dispersão global da espécie a partir de poucos genótipos. Com base nessas análises foi possível verificar a similaridade dos acessos introduzidos com populações que ocorrem na região sul da distribuição natural da espécie. Oito nSSRs apresentaram equilíbrio genotípico e padrão de herança mendeliana, além de ligação genética não significativa, indicando o potencial deste conjunto de locos para a realização de análises como fluxo gênico e sistema de cruzamento. Esses mesmos marcadores foram utilizados para as análises intrapopulacionais, sendo confirmado que a espécie é preferecialmente alógama (tm = 0,895); porém, a área estudada indicou cruzamento entre parentes, que juntamente com o restrito fluxo gênico, levou à distribuição não aleatória dos genótipos e o agrupamento de indivíduos aparentados. Esses fatores contribuíram para a uma significativa estrutura genética espacial (até 54 m). Os resultados demonstram que os níveis atuais de fluxo gênico não são suficientes para evitar efeitos de deriva genética na população analisada. Em conclusão, este estudo gerou conhecimento sobre a história evolutiva de A. sellowiana, assim como sobre sua área de ocorrência, seu possível centro de origem e diversidade, e sua dinâmica da diversidade genética, nos níveis inter- e intra-populacional, trazendo novas informações com grande potencial de contribuir para novos estudos, programas de melhoramento e conservação da espécie.<br> / Abstract : Acca sellowiana (O. Berg) Burret, known as feijoa or pineapple-guava, is a Myrtaceae species from the neotropical region of South America. The species has potential for fruit production, which is underexploited in Brazil, but widespread in other countries. The objective of this study was to characterize the genetic diversity at the chloroplast DNA (cpDNA) sequence and nuclear microsatellite marker (nSSR) levels and, based on these data, to determine phylogeographic relations, estimate the genetic diversity, and evaluate intra-population spatial genetic structure, gene flow and mating system, in order to comprehend the species' evolutionary process and contribute to its conservation and breeding. For the phylogeography purposes the plastidial intergenic spacers trnH-psbA and trnS-trnG from plants of 32 populations were sequenced, generating 10 haplotypes. Eight haplotypes were found in the northern area of the species' natural distribution, at latitudes lower than 29o32?S and altitudes higher than 500 m, characterizing the region with the highest genetic diversity. Signatures of recent expansion in the southern portion of the species' distribution were detected, but this should be confirmed with aditional studies, due to the low polymorphism of the analyzed sequences. To address this possible expansion, further analyses with SSR markers are suggested. Two distinct patterns of diversity distribution were found: i) in lower latitudes (<29o32?S) the species is found at altitudes above 500 m, in association with the Araucaria Forest, the genetic diversity is higher and the populations do not show recent expansion; ii) in latitudes higher than 29o65?S, the species occurs at altitudes below 400 m, diversity is lower and there are signatures of recent expansion. Ten new nSSR loci were developed, and these new markers showed sufficient polymorphism for genetic analyses, with some of them being transferable to other Myrtaceae species. Samples of feijoa introduced and cultivated outside the region of natural occurrence were characterized through nSSR markers. The obtained data showed restrict genetic diversity, which indicates the existence of a genetic bottleneck in the global dispersion of the species, which probably started with few genotypes. In addition, it was possible to verify similarity between the introduced material and populations located at the southern portion of the species' natural ocurrence. To characterize intra-population spatial genetic diversity, gene flow and mating system, eight nSSRs were used. These nSSRs presented genetic equilibrium and mendelian inheritance, coupled to negligible genetic linkage, evidencing the potential of this set of loci forthe proposed studies. The intra-population analyses confirmed that the species has outcrossing mating system (tm = 0.895). However, crossings between relatives were found in the studied population, and that coupled to restrict gene flow led to a non-random distribution of genotypes and the clustering of related plants. These results reflect a significant spatial genetic structure (up to 54 m). In addition, the results indicate that current observed levels of gene flow are not sufficient to prevent genetic drift effects in the studied population. In conclusion, this study provided knowledge about the evolutionary history of A. sellowiana, including information about it's area of occurrence, its possible center of origin and diversity, the natural populations in which it occurs, and the dynamics of its genetic diversity, at the inter- and intra-population level, ultimately bringing new information with great potential to contribute to the species' study, breeding and conservation programs.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-04-29T21:07:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 333182.pdf: 1874742 bytes, checksum: f3901ccf33cb0cae98b5c14927dea16f (MD5) Previous issue date: 2014 / A macieira é uma cultura que tem destaque socioeconômico no Brasil. Em 20 anos de produção comercial, o país se transformou de importador a exportador. "Fuji" e "Gala" e seus clones representam 46% e 45%, respectivamente do total da área plantada. Para atender a crescente demanda por maçãs, é necessário melhorar a qualidade e a produtividade, obtendo-se uma boa frutificação, que depende de polinização satisfatória e consequente fertilização das flores. A importância das abelhas como agentes polinizadores é relevante. A macieira, para superar a barreira da incompatibilidade gametofítica e proporcionar fecundação, necessita da transferência do pólen entre genótipos compatíveis quanto à série alélica "S" e tal transferência é feita por insetos polinizadores. A falta desses pode reduzir a produção de maçãs entre 90 e 100%. A abelha Apis mellifera é o principal inseto polinizador em pomares pela facilidade de manejo e de transporte das colmeias às áreas plantadas. O objetivo geral desse trabalho foi avaliar o atual sistema de polinização dirigida com colmeias de Apis mellifera em pomares de macieiras, buscando identificar a melhor densidade de colmeias no processo de polinização, com eficiência na frutificação efetiva. Para alcançar esse objetivo, foi necessário nos cvs. Fuji Suprema e Galaxy, quantificar abundância de flores; avaliar a produção de néctar e sua concentração de SST, e avaliar quantitativamente a produção de pólen nas flores. Foram quantificadas e qualificadas as visitas da abelha Apis mellifera nas flores e a sua relação com os índices de frutificação efetiva e do número de sementes nos frutos. Os trabalhos no campo foram realizados em pomares comerciais de macieiras nas Fazendas Santa Clara e Barreiro, no município de Bom Retiro, em Santa Catarina. A contagem de flores apontou maior número em "Galaxy" (1.239,06 ± 482,51 flores/planta) do que em "Fuji Suprema" (990,8 ± 390,92). A secreção de néctar indicou maiores volumes em "Galaxy", atingindo até 2,64 ± 0,15 µL de néctar, que pode estar relacionado com as temperaturas ambientais. O maior teor de SST ocorreu em "Galaxy" com 45 ºBrix, enquanto em "Fuji Suprema" indicou índice máximo de SST 33 ºBrix. Flores de "Galaxy" apresentaram maior número de grãos de pólen/flor (65.195,25 ± 19.706,69) do que em "Fuji Suprema" (26.544,55 ± 11.050,71 grãos de pólen/flor). Tratamentos com diferentes manejos de colmeias, em 2013 e 2014, foram implantados nos pomares e divididos em controles, introduções sequenciais, e duplicação da densidade de colmeias com introduções sequenciais. Introduções sequenciais com dupla densidade de colmeias em relação aos controles apresentaram maiores médias de frequências de visitas, principalmente em "Galaxy" e "Imperial Gala". Maiores e melhores recursos florais com facilidade de coleta de néctar nas ?lacunas basais? nas flores desses cultivares podem ter influenciado as maiores frequências de visitas das abelhas às flores. A abordagem das abelhas tocando os órgãos reprodutivos da flor em comportamento de coleta por cima, pode determinar os índices de eficiência da polinização dirigida. Introduções sequenciais de colmeias, principalmente nos tratamentos com dupla densidade, aumentaram as frequências de visitas das abelhas às flores dos cultivares avaliados, e ampliaram as proporções de abelhas trabalhando por cima das flores, após as introduções de novas colmeias nos pomares. "Fuji Suprema" por não apresentar facilidade de coleta de alimentos pelas abelhas pelos lados da flor, proporcionando visitações principalmente por cima das mesmas, pode ter influenciado as porcentagens de frutificação efetiva e do número de sementes produzidas por fruto, que foram superiores aos índices observados em "Galaxy" e "Imperial Gala".<br> / Abstract : The apple tree has been extremely important to the Brazilian economy and as the result of its production during 20 years the country become an exporter. The 'Fuji' and 'Gala' together with its clones represent 46% and 45% respectively of all cultivated area of apples. In order to meet the ever increasing demand for apples is necessary to improve the quality and productivity, resulting in a good fruiting coming from satisfactory pollination and subsequent fertilization of flowers. Among the pollinating insects, bees are the major pollinators. The apple tree to get over the fact of the gametophytic incompatibility and provide fertilization requires transfer of pollen between compatible genotypes regarding allelic series "S" and this transfer is mediated by pollinators insects; hence the production of apples without these insects can reduce from 90 % to 100 %. The Apis mellifera bees are the major pollinators for easily handling and quickly transportation from the hives to the cultivated crops. The main goal of this study is to investigate the current system of pollination direct to hives of honeybees in apple orchards, seeking to identify the best density of hives in the pollination process with efficiency in fruit set, while keeping the viability of the cultivated crop. In order to achieve this, it was necessary in cvs. Fuji Supreme Galaxy and quantify abundance of flowers; assessing nectar production and concentration of TSS, and evaluate quantitatively the production of pollen in flowers. The visits of honey bees on flowers and their relationship to the levels of fruit set and number of seeds in the fruits were quantified and qualifie. The work in the land was accomplished in commercial apple cultivars in Santa Clara and Barreiro Farms located in Bom Retiro, Santa Catarina.The number of flowers computed in the 'Galaxy' is (1.239.06 ± 482.51 flowers / plant) is greater than in the 'Fuji Suprema' (990.8 ± 390.92). The secretion of nectar indicated larger volumes in the 'Galaxy' reaching up 2.64 ± 0.15 µL of nectar which can be related to the natural temperatures. The highest TSS occurred in 'Galaxy' to 45 ° Brix, while in'Fuji Suprema' stated maximum rate of TSS 33 ° Brix. The number of pollen grains per flower computed in the 'Galaxy' is (65.195,25 ± 19.706,69) is greater than in the 'Fuji Suprema' (26.544.55 ± 11050.71 ). In 2013 and 2014 were introduced several treatments in the crop, the orchards were divided into control, sequential introductions, and doubling the density of hives with sequential introductions. Sequential introductions with dual density hives compared to controls showed higher frequency of visits, mainly in12'Galaxy' and 'Imperial Gala'. The greatest and best resources flowers gathering nectar easily in the 'basal gaps' in the flowers of these cultivars may have influenced the higher frequency ofvisits of bees to the flowers. The approach of bees playing the reproductive organs of the flower foraging behavior above can determine the efficiency indices of pollination addressed.Sequential introductions of hives, especially in treatments with double density, increased frequency of visits of bees to flowers of the cultivars evaluated, and increased the proportions of topworking bees in flowers after the introductions of new hives in the orchards. By the fact of the'Fuji Suprema' not showing a easy way of gathering feed by sideworking, then it implied more visitations for topworking, for which may have influenced the percentage of fruit set and number of seeds produced per fruit, which were higher than the rates observed in 'Galaxy' and 'Imperial Gala'.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-09-22T04:02:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 334808.pdf: 1815948 bytes, checksum: 0b23f59cf1fb94accd8260e25116e6d3 (MD5) Previous issue date: 2014 / As variedades de milho crioulo são cultivadas e conservadas principalmente por pequenos agricultores, possuindo características intrínsecas que as distinguem das demais variedades. Os riscos são para as variedades crioulas que estão coexistindo com híbridos Geneticamente Modificados (GMs) e não GMs, e mesmo sabendo que não há barreiras biológicas para o fluxo gênico entre as diferentes variedades de milho (híbridas/GMs e crioulas), estas podem existir nas proximidades, e, portanto, ocorrer o fluxo gênico. O objetivo desta dissertação foi estudar os efeitos da presença de transgenes (eventos TC1507 e TC1507 + NK603) por meio de um screening inicial dos principais grupos funcionais de grãos inteiros e suas partes (degerminados e embriões), em híbridos isogênicos de milho transgênicos (GM) e não transgênicos (NGM) isolados e associados a populações portadoras de diferentes proporções de background genético de variedade crioula Rosado-Rajado (RS). Estas últimas foram geradas para simular contaminações gradativas e recorrentes, proporcionadas pelo pólen dos híbridos sobre a variedade RS por fluxo gênico. Para tanto, foram geradas populações com distintos backgrounds genéticos (25, 50 e 75%) entre o milho GM e a sua versão não GM sobre a variedade crioula RS. Inicialmente, foram realizadas confirmações de ausências prévias de fluxo gênico de híbridos GMs sobre a variedade crioula RS, confirmações das identidades dos híbridos GMs e a efetividade dos cruzamentos realizados. Foram comparados os perfis metabólicos de grãos inteiros, degerminados e embriões dos híbridos isogênicos GMs e não GM, da variedade crioula RS e das progênies portadoras de 25%, 50% e 75% de genes de RS, em combinação com cada um dos três híbridos isogênicos, por meio da análise de infravermelho médio com transformada de Fourier por reflectância difusa (DRIFTS) e de estatística multivariada (PCA e agrupamento). As análises dos grupos funcionais carboidratos, proteínas, lipídios e poli(fenóis) formaram agrupamentos dissimilares, dependendo do tecido vegetal analisado e do híbrido isogênico envolvido. Nas análises de carboidratos e proteínas de grãos inteiros, observou-se um efeito gradativo de distanciamento entre tratamentos, ou seja, as populações com proporção média de genes 25% RS e 50% RS estiveram mais próximas ao genitor GMHR (Geneticamente modificada  evento TC1507 + NK603), nessa ordem, assim como apenas a população 75% RS agrupou-se ao genitor RS. Nas análises de grãos degerminados, os grupos funcionais constituídos pelos carboidratos, proteínas e lipídios não foram bons indicadores para detectar efeito da presença de transgenes, a partir da análise de híbridos isogênicos. Estes grupos funcionais também não foram adequados para acompanhar às mudanças decorrentes das contaminações recorrentes da variedade crioula por pólen de milhos GMs. Os grupos funcionais constituídos pelas proteínas e lipídios em embriões foram satisfatórios para detectar o efeito da presença de transgenes, diferenciando híbridos isogênicos com e sem transgenes, assim como estes em relação à variedade crioula RS. Procedimentos metabolômicos, combinado com análise multivariada, possibilitou um screening inicial rápido de milhos GMs e suas contrapartes convencionais, incluindo variedades crioulas contaminadas com pólen GM por fluxo gênico.<br> / Abstract : Maize landrace varieties are grown and maintained mainly by small-scale farmers and possess intrinsic characteristics that distinguish them from other varieties. The risks are that the landraces are coexisting with hybrid genetically modified (GM) and non-GM, and even though there is no biological barriers to gene flow between the different varieties of maize (hybrid / GMs and landraces), these may exist in nearby, and therefore gene flow occur. This work aimed to study the effects of the presence of transgenes (events TC1507 and TC1507 + NK603) through an initial screening of the major functional groups of whole grains and its parts thereof (degerminated and embryos) from isolated isogenic hybrids (GM and non-GM) and associated with populations that carry different proportions of genetic background of the landrace Rosado-Rajado (RS). Thus, populations with different genetic backgrounds were generated (25%, 50% and 75% RS genes) through intercrossing the GM hybrids and its non-GM version with the variety RS. Previous absences of gene flow from GM hybrids on the variety RS were performed as well as the identities of GM hybrids and the effectiveness of the performed populations. The metabolic profiles of whole grains, degerminated and embryos of the isogenic hybrids GM and non-GM, variety RS and progenies carrying 25%, 50% and 75% RS genes were compared with each of the three isogenic hybrids through mid-infrared Fourier transform analysis by diffuse reflectance (DRIFTS) and multivariate analysis (PCA and cluster). The analyses of functional groups - carbohydrates, proteins, lipids and poly(phenols) - formed dissimilar groups depending on the analyzed plant tissue and isogenic hybrid. In the analysis of carbohydrates and proteins in whole grain, it was observed a gradual effect of distancing between treatments; thus, populations carrying genes of RS - mean proportion of 25% and 50% - were closer to the parent GMHR (genetically modified  event TC1507 + NK603), as well as only the population 75% RS grouped with the RS parent. In degerminated grain analyses, carbohydrates, proteins and lipids were not good indicators to detect effect of the presence of transgenes, based on analysis isogenic hybrids. These functional groups also were not proper to follow the changes resulting from recurrent contamination promoted through GM pollen on RS variety. On de order hand, proteins and lipids in embryos were satisfactory functional groups to detect the effect of the presence of transgenes, differentiating isogenic hybrids, as well as these in relation to RS variety. Metabolomic procedures, combined with multivariate analysis enabled a rapid initial screening of GM maize and their conventional counterparts, including landraces, which were contaminated with GM pollen by gene flow.

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-12-27T17:46:12Z No. of bitstreams: 1 kary_a_c_s_ocana_ioc_bcm_0010_2010.pdf: 8676624 bytes, checksum: 38b44fc6cba3d4b68c651cbcf281a044 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-12-27T17:46:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 kary_a_c_s_ocana_ioc_bcm_0010_2010.pdf: 8676624 bytes, checksum: 38b44fc6cba3d4b68c651cbcf281a044 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / A reconstrução da história evolutiva, assim como o estabelecimento de hipóteses que demonstrem as relações filogenéticas dos protozoários bem como dos genes codificados pelos Elementos Genéticos Móveis (EGM) requerem o uso de várias abordagens e ferramentas, as quais não se encontram disponíveis de maneira integrada nem de maneira amigável. Diferentes abordagens filogenéticas, filogenômicas e evolutivas são necessárias para a inferência da filogenia de espécies e o estudo de genes pouco conservados como a transcriptase reversa, o gene mais representativo da classe I dos EGM, os retrotransposons. Os principais algoritmos filogenéticos e os programas que os executam têm sido unificados num único sistema: ARPA, escrito na linguagem de programação PYTHON. O sistema ARPA e a interface webestão hospedados na FIOCRUZ e estão disponíveis no endereço http://arpa.biowebdb.org. Eles estão sendo integrados ao sistema de banco de dados ProtozoaDB (http://protozoadb.biowebdb.org) e ao sistema de anotação semi-automática Stingray (http://stingray.biowebdb.org/). Uma abordagem baseada nos fundamentos da filogenômica eevolução foi utilizada para desenvolver cinco objetivos: (i) analisar e inferir a filogeniados genes relacionados à resistência de drogas em protozoários, (ii) reconstruir a árvore de espéciesde protozoários, (iii) realizar estudos de filogenômica dos EGM em protozoários, (iv) inferir a filogenia da telomerase e dos elementos de retrotransposição em Tri-tryps e (v) adaptar e ampliar o esquema Phylo ao banco de dados GUS para o armazenamento da informação filogenética. Os principais resultados obtidos para cada objetivosão: (i) As inferências filogenéticas dos genes AQP, hsp70, GP63, TRYR e MRPA relacionados à resistência a drogas em protozoários demonstrou a viabilidade das execuçõesdo sistema ARPA; (ii) a árvore de espécies de protozoários usando a abordagem da supermatriz provou ser confiável, e o teste PTP e a estatística G1 demonstraram que os dados moleculares deste estudo possuem sinal filogenético; (iii) o RAXML foi o programa mais consistente ao lidar com os diferentes níveis de polimorfismos destes genes, a detecção in silicoda seleção positiva destes genes foi detectada nas análises pareadas dos modelos M1-M2 e M7-M8, porém o par M0-M3 indicou uma alta variabilidade da razão ωentre os sítios; (iv) foi observada a monofilia para a telomerase a que está mais relacionada à transcriptase reversa dos retrotransposons não-LTR; (iv) um novo esquema Phylo foi concebido e incorporado no GUS 3.5 estendendo-o a fim de armazenar os dados obtidos de inferências filogenéticas. As principais conclusões são: (i) O sistema ARPA é uma alternativa viável, eficiente, fácil e de tempo reduzido para as análises filogenômicas. O RAXML foi considerado o programa mais consistente e foi observado que as árvores construídas usando as sequências inteiras e/ou as trimadas com o TRIMAL apresentaram os melhores resultados. A abordagem da supermatriz apresentou melhores resultados do que a superárvore; (ii) as relações entre os grupos de protozoários estão de acordo com estudos anterioresda literatura, os quais determinaram também uma monofilia para os protozoários. A inclusão de mais dados/genes é necessária para obter uma árvore robusta; (iii) foram reconstruídas as árvores dos genes dos EGM e inferida a filogenia para cada um deles. O modelo M3 indicou uma alta variabilidade da razão ωentre os sítios e os modelos M7 e M8 indicaram a presença de seleção positiva para todos os genes dos EGM; (iv) a telomerase formou um grupo monofilético mais relacionado à transcriptase reversa dos retrotransposons não-LTR; (v) o esquema Phylo armazena os dados obtidos de experiências filogenéticas, mantendo as relações de herança filogenética entre cada um dos táxons, o que permite realizar consultas usando as informações dos ramos, dos nós e táxons da árvore. / The reconstruction of the evolutionary history, as well as the establishment of the hypotheses that demonstrate the phylogenetic relationships of the genes encoded by Mobile Genetic Elements (MGEs) require the use of various tools and approaches, which are not available in a friendly or integrated interface. Different phylogenetics, phylogenomics and evolutionary approaches are necessary for the inference of the species phylogeny. These same approaches are required on the study of less conserved genes as the reverse transcriptase that is the most representative gene of the class I of the MGEs, the retrotransposons. The main phylogenetic algorithms and programs developed by our group have been unified into a single system - the ARPA - written in the programming language PYTHON. The ARPA system and the web interface are hosted at FIOCRUZ and are available at http://arpa.biowebdb.org. They are currently being integrated to the database system ProtozoaDB (http://protozoadb.biowebdb.org) and to the semi-automatic annotation system Stingray (http://stinngray.biowebdb.org/). An approach based on the fundamentals of evolution andphylogenomics has been applied to achieve five different objectives: (i) to analyze and to infer the phylogeny to the genes related to drug resistance in protozoan genomes, (ii) to reconstruct a protozoan species tree, (iii) to conduct phylogenomic studies of MGEs in Protozoa, (iv) to infer phylogeny from the telomerase and the retrotransposable elements in Tri-Tryps and (v) to adapt and to extend the schema Phylo to the GUS database, for storing phylogenetic informations. The results obtained for topics were: (i) The construction of the phylogenetic trees of the genes, AQP, hsp70, GP63, TRYR and MRPA which are related to drug resistance in protozoan demonstrated the viability of the executions of theARPA system. (ii) The protozoan species tree using the supermatrix approach proved to be reliable. The PTP Test and the Statistical G1 demonstrated that the molecular data of this study have phylogenetic signal. (iii) The PAUP-AV was shown to be the most consistent program and thePHYML was the least to deal with different levels of polymorphisms of these genes. The in silicodetection of the positive selection in MGEs genes in Protozoa was detected in the paired analysis of the models M1-M2 and M7-M8, but the pair M0-M3 indicated a high variability of the ratio ωbetween the sites. (iv) It was found that a monophyly is present for the telomerase, which was the most closely related to the transcriptase of the non-LTR retrotransposons. (v) A new Phylo schema was designed and incorporated into the GUS 3.5 extending its service to store the dataobtained from phylogenetic experiments. As conclusions: (i) The ARPA system is a viable, efficient, easy and reduced time alternative for phylogenomic analysis. The RAXML was considered the most consistent program and was observed that the trees constructed using the entire and/or the trimmed sequences with TRIMAL showed the best results. The supermatrix approach showed better results than the supertree. (ii) The relationships between protozoangroups are in agreement with previous studies, which also determined a monophyly for protozoan. The inclusion of more data/genes is required to obtain a consistent tree. (iii) In the trees of the EGM, the PAUP-AV was the most consistent and the PHYML the least to deal with different levels of polymorphisms of these genes. The model M3 showed a high variability of ωratio among sites and the models M7 and M8 indicated the presence of positive selection forall genes of EGM. (iv) The telomerase formed a monophyletic group more related to the reverse transcriptase of the non-LTR retrotransposons. (v) The scheme Phylo stores the data obtained from phylogenetic experiences, keeping the inheritance of phylogenetic relationships between each of the taxa, which can perform queries using information from the branches, nodes and taxaof the tree.

Made available in DSpace on 2016-03-04T13:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 marcilio_fernandes_ioc_dout_2007.pdf: 1527698 bytes, checksum: b419ebdd6a1c3aa54a8b88399fac1970 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Após ter sido considerada sob controle, a tuberculose ressurgiu na década de 90, sendo atualmente um sério problema de saúde pública envolvendo aspectos sociais e econômicos. Para entender os fatores envolvidos na transmissão e adoecimento pela tuberculose faz-se necessário compreender o tripé de sustentação da doença: ambiente, bacilo e hospedeiro. Em nosso trabalho avaliamos estes três aspectos importantes para a compreensão da epidemiologia da tuberculose em dois municípios da Região Metropolitana do Recife-PE. No município do Cabo de Santo Agostinho, caracterizamos o padrão de desenvolvimento de cepas resistentes e fatores associados. A freqüência de resistência primária e adquirida a qualquer droga foi 14% e 50% respectivamente enquanto que a freqüência primária e adquirida para multidroga resistência foi 8,3% e 40%. Tratamento prévio para tuberculose e abandono de tratamento consistiu em fatores de risco para resistência primária a drogas. A taxa de resistência primária e adquirida principalmente por infecção com linhagens resistentes a Isoniazida e Rifampicina é bastante alta dificultando o controle da transmissão da tuberculose no Cabo. Mapeamos a transmissão da tuberculose utilizando como ferramenta a genotipagem das cepas pelo spoligotyping. Um total de 40 padrões distintos foi observado. Destes, um padrão com nove isolados, três padrões com cinco isolados cada, outros três padrões com quatro isolados, dois padrões com três isolados, cinco padrões com dois isolados cada e vinte e seis padrões com um isolado. A análise da distribuição geográfica dos casos agrupados atendidos no Cabo comparados aos resultados de estudo prévios feito no Posto de Saúde Lessa de Andrade em Recife, que atende pacientes de todo o Estado de Pernambuco, mostrou que cepas agrupadas são encontradas em municípios vizinhos. No Município do Recife avaliamos o papel de marcadores genéticos (HLA)(...) (...) do hospedeiro na predisposição para tuberculose em comunicantes de casos índices diagnosticados no Recife. Dos 257 indivíduos analisados, 54 eram agregados (sem parentesco com o caso Índice) e 203 tinham algum grau de parentesco com o caso índice. O risco relativo para desenvolver tuberculose foi de 1.22 (95%CI:0.75-1.99) para parentesco de primeiro grau, 1.13(95%CI:0.63-2.03) para parentesco de segundo grau e 1.11(95%CI:0.44-2.78) para parentesco de terceiro grau quando comparados com os contatos sem relação de parentesco. A análise da freqüência de alelos do HLA de classe II foi realizada em separado entre 77 indivíduos que haviam tido tuberculose e 119 indivíduos sem passado de tuberculose. Não encontramos qualquer alelo associado com suscetibilidade para adoecimento por tuberculose. Entretanto, o alelo DRB5*01 (OR= 0.45:; IC95%=0.20-0.98; p= 0.0441) aparece ligado à resistência para tuberculose e o alelo DRB3*02 (OR=0.59; IC95%=0.32-1.08; p=0.0905) mostra uma tendência de associação com resistência em desenvolver tuberculose. O conhecimento do perfil de resistência de cepas do M. tuberculosis e do seu poliformismo genético, bem como do hospedeiro em determinados grupos populacionais nos permite avaliar melhor os mecanismos de transmissão da doença contribuindo para o controle da tuberculose. / Tuberculosis resurged in the 90s after having been considered to be under control and is now a serious public health problem with social and eco nomic ramifications. To understand the factors involved in the transmission and the diseas e, it is necessary to understand the three fundamentals of the disease: the environment, bacillus and host. This work evaluates these three important aspects of the epidemiology of tube rculosis in two municipalities in the metropolitan region of Recife-PE. In the town of Ca bo de Santo Agostinho, we characterized the pattern of the development of resistant strains and their associated factors. The frequency of primary and acquired resistance to any drug was 14% and 50%, respectively, while the frequency of primary and acquired multidrug resista nce was 8.3% and 40%, respectively. Previous treatment for tuberculosis and abandonment of treatment were risk factors for primary resistance to drugs. Among persons with Iso niazid- and Rifampicin-resistant strains, the levels of primary and acquired resistance were quite, making tuberculosis control in Cabo quite difficult. The transmission pattern of tuberc ulosis was defined by using by spoligotyping to genotype strains. A total of 40 distinct pattern s were observed: one pattern with 9 isolates, three patterns with 5 isolates each, three other pa tterns with 4 isolates, two patterns with 3 isolates, five patterns with 2 isolates each, and 2 6 patterns with 1 isolate alone. Geographical analysis of cases residing in Cabo compared with th ose evaluated at the post of Health in Lessa de Andrade in Recife (a reference health serv ice for greater Pernambuco) revealed that both municipalities shared common isolates. In Reci fe, the role of genetic markers (HLA) of host predisposition to tuberculosis was evaluated a mong persons who live in the same house as index cases. Of the 257 subjects studied, 54 pe rsons (reference cases) were not related to the index case but shared their household. Among t he 203 subjects related to the index case, the relative risk for developing tuberculosis, depe nding on degree of relationship, was 1.22 (95%CI :0.75-1 .99) for first-degree, 1.13 (95%CI : 0.63-2 .03) for second degree, and 1.11 (95%CI :0.44-2 .78) for third degree when compared with the 54 afore-mentioned reference cases. Frequency analysis of HLA class II alleles w as conducted separately between the 77 individuals who had tuberculosis and the 119 indivi duals with no history of tuberculosis. We did not find any allele associated with susceptibil ity to illness for tuberculosis. However, the allele DRB5*01 (OR= 0.45; 95%CI= 0.20-0.98; p = 0.0441) appears linked to resistance to tuberculosis and the allele DRB3*02 (OR= 0.59; 95%C I= 0.32-1.08; p = 0.0905) shows a trend of association with resistance to develop tub erculosis. A more complete understanding of M. Tuberculosis resistant strains and their genetic polymorphisms, as well as the host susceptibility in certain population groups, allow us to better assess the mechanisms of disease transmission and ultimately contribute to t he control of tuberculosis.

LEÃO, J. A. Influência de manobras de válvulas na identificação das rugosidades em tubulações de redes de distribuição de água. 2014. 123 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Civil: Recursos Hídricos) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-04-14T11:41:20Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_jaleão.pdf: 1835721 bytes, checksum: 3398ac97957f57e5aadc710c5c8c6d5a (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-04-16T11:20:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_jaleão.pdf: 1835721 bytes, checksum: 3398ac97957f57e5aadc710c5c8c6d5a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-16T11:20:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_jaleão.pdf: 1835721 bytes, checksum: 3398ac97957f57e5aadc710c5c8c6d5a (MD5) Previous issue date: 2014-11-28 / Currently, based on computational analysis, more accurate assessments have been possible in studies of design of water supply networks. The hydraulic transient is a phenomenon that can affect all forced drainage system. Understanding this phenomenon and the constant search for solutions to avoid its harmful effects cause significant technological advances, principally through the application of computational methods. The present work is to use the Transient Inverse Method (TIM) with a genetic algorithm to calibrate the absolute roughness of pipes of two water distribution networks using four different types of maneuvers through genetic parameters. The study was done in two fictitious networks, but with physical characteristics of real networks. We analyzed the influence of valves maneuvers in the identification of roughness in pipes of water distribution networks. The simulations were made by varying two types of selection: elitism with and without elitism, considering the efficiency indicators: Average Relative Error (EMR), Relative Error (RE) and Objective Function (OF), where the results of the Network proved best for the relative error (RE) with elitism in four maneuvers. In network B, the best indicator of efficiency for the calibration of the four maneuvers was the mean relative error (EMR) with elitism and the indicators Relative Error (RE) and Objective Function (OF) vary according to the analyzed maneuver. / Atualmente, com base na análise computacional, avaliações mais precisas vêm sendo possíveis em estudos de dimensionamento de redes de abastecimento de água. O transiente hidráulico é um fenômeno que pode afetar toda rede de escoamento forçado. A compreensão deste fenômeno e a constante busca de soluções para evitar seus efeitos danosos acarretam avanços tecnológicos significativos, principalmente através da aplicação dos métodos computacionais. O presente trabalho consiste em utilizar o Método Transiente Inverso (MTI) com um algoritmo genético para a calibração das rugosidades absolutas das tubulações de duas redes de distribuição de água utilizando quatro tipos de manobras diferentes, através de parâmetros genéticos. O estudo foi feito em duas redes fictícias, mas com características físicas de redes reais. Foi analisado a influencia de manobras de válvulas na identificação das rugosidades em tubulações de redes de distribuição de água. As simulações foram feitas variando dois tipos de seleção: com elitismo e sem elitismo, considerando os indicadores de eficiência: Erro Médio Relativo (EMR), Erro Relativo (ER) e Função Objetivo (FO), onde os resultados da Rede A se mostraram melhores para o Erro Relativo (ER) com elitismo nas quatro manobras. Na rede B, o melhor indicador de eficiência para a calibração das quatro manobras foi o Erro Médio Relativo (EMR) com elitismo e que os indicadores Erro Relativo (ER) e Função Objetiva (FO) variam conforme a manobra analisada.