BARBOSA, R. C. Aplicação da metaheurística algoritmo genético na otimização das rotas de entregas da distribuição física de produtos no município de Fortaleza. 90 f. 2014. Dissertação (Mestrado em Logística e Pesquisa Operacional) – Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-02-01T11:43:51Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_rcbarbosa.pdf: 3702015 bytes, checksum: 5fa65b50402f0134e50e77927eda96eb (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2016-02-01T16:24:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_rcbarbosa.pdf: 3702015 bytes, checksum: 5fa65b50402f0134e50e77927eda96eb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-01T16:24:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_rcbarbosa.pdf: 3702015 bytes, checksum: 5fa65b50402f0134e50e77927eda96eb (MD5) Previous issue date: 2014-07-31 / The continuous growth of populations and their concentration in great urban centers is reflected in an increasing demand for products and services in such areas. However, the distribution of a range of different products within the same geographic area, in many cases relying on the same transportation infrastructure, is becoming ever more complex and costly. The purpose of this study was to develop and test an application based on metaheuristic Genetic Algorithms (GA) designed to optimize the logistics of product distribution and delivery. In the literature this is known as the Travelling Salesman Problem (TSP) of the NPhard class. The method was initially tested on small and intermediate problems from the TSP library. Performance was satisfactory within an acceptable computational time. Subsequently, the method was tested in a real-life scenario: a specialized product distributor in Fortaleza (Northeastern Brazil). Again, results were satisfactory as the method was able to optimize the logistics of all the distributor’s delivery routes. / O contínuo crescimento das populações e a concentração nos centros urbanos fazem com que a demanda por produtos e serviços também cresça nestas regiões. Entretanto, dentro de um mesmo espaço geográfico, e em muitos casos, com a mesma infraestrutura de transporte disponível, a distribuição física de produtos torna-se uma atividade cada vez mais complexa e onerosa. O objetivo deste trabalho foi propor uma aplicação baseada na Metaheurística Algoritimos Genéticos (AG), para ser utilizada em serviços de distribuição física de produtos a fim de obter maior eficiência logística na construção da sequência de entregas. Na literatura este problema é conhecido como uma variante do Problema do Caixeiro Viajante (PCV), e pertence à classe NP-Hard. O método foi testado em problemas de pequeno e médio porte da TSP-LIBRARY. Os resultados foram obtidos com desempenho satisfatório num tempo computacional aceitável. Para aplicação prática, foi considerada uma empresa especialista em distribuição de produtos com atuação no município de Fortaleza. Os resultados dos testes práticos foram aceitáveis, uma vez que o método conseguiu otimizar todas as rotas observadas e praticadas pela empresa.

COSTA, L H. M. Utilização de um algoritmo genético híbrido na operação de sistemas de abastecimento de água com ênfase na eficiência energética. 2010. 146 f. Tese (Doutorado em Engenharia Civil: Recursos Hídricos) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2010. / Submitted by Hohana Sanders (hohanasanders@hotmail.com) on 2016-04-27T18:31:30Z No. of bitstreams: 1 2010_tese_lhmcosta.pdf: 4002955 bytes, checksum: ba71d922a311f1418ada14a519538663 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-05-27T19:16:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_tese_lhmcosta.pdf: 4002955 bytes, checksum: ba71d922a311f1418ada14a519538663 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T19:16:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_tese_lhmcosta.pdf: 4002955 bytes, checksum: ba71d922a311f1418ada14a519538663 (MD5) Previous issue date: 2010-05-31 / Use of hybrid genetic algorithm in the operation in water supply system considering energy efficiency. Fortaleza, 2010. 146 p. Thesis (Doctorate) - Federal University of Ceará, Fortaleza, 2010. In general, operational rules applied to water distribution systems are created to assure continuity of the public water supply, without taking into account variations of the energy costs during a day. This causes an elevation of the energy costs due to the pumps. Furthermore besides rational use of energy by the pumps, there are other aspects which should be considered in order to achieve an optimized operation of a water transmission system, such as the daily variation of the water demand and the requirements regarded minimum and maximum water levels in the tanks and pressure requirements in the nodes of the water network. The objective of the present work is to develop a computer code which will determine on optimized operation rule for the system which will reach minimum costs of energy used by the pumps. The system is based in the use of Genetic Algorithms (GA) and the hydraulic network computer system EPANET. The GA for of the system is responsible for the search for rules of low energy costs and the hydraulic calculations are done by EPANET. Besides, one major innovation proposed by this research is the introduction of the Hybrid Genetic Algorithm which in order to reduce the stochastic standard aspect of the GA. The proposed methodology was applied to three study cases: two hypothetical and one real which was located in the city of the Ourém, Portugal. The results of these three study cases clearly show the superiority of the hydrid GA over the standard GA. The hybrid GA not only obtained better solution but also took much less time to run. Finally, it is expected that the use of this methodology will lead to more real time applications. / Utilização de um algoritmo genético híbrido na operação de sistemas de abastecimento de água com ênfase na eficiência energética. Fortaleza, 2010. 146 p. Tese (Doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2010. Em geral, as regras operacionais dos Sistemas de Abastecimento de Água (SAAs) visam à garantia da continuidade do abastecimento público, sem a consideração da variação da tarifa energética ao longo do dia. Este fato ocasiona o aumento do custo energético gerado pelos motores das bombas em funcionamento. Entretanto, além da utilização eficiente da tarifa energética, outros aspectos devem ser considerados na operação de um SAA tais como, a gama de combinações possíveis de regras operacionais, a variação da demanda hídrica e a manutenção dos níveis dos reservatórios e das pressões nos pontos de consumo dentro de seus limites préestabelecidos. Isto motivou o desenvolvimento desta pesquisa, que tem como objetivo fornecer ao operador condições de operacionalidade nas estações elevatórias do sistema de forma racional, não dependendo somente de sua experiência profissional. Desta forma, apresenta-se neste trabalho um modelo computacional de apoio à tomada de decisão com vistas à minimização dos gastos com energia elétrica. Para tanto, fundamenta-se na junção da técnica dos Algoritmos Genéticos (AGs) e do simulador hidráulico EPANET. O AG é responsável pela busca de estratégias operacionais com custo energético reduzido, enquanto que a avaliação do desempenho hidráulico dessas estratégias é feita pelo EPANET. Além disso, devido à alta aleatoriedade característica dos AGs, foi incorporado ao mesmo um conjunto de algoritmos determinísticos visando tornar o processo o menos estocástico possível. Com o acoplamento destes algoritmos ao AG padrão desenvolveu-se um Algoritmo Genético Híbrido (AGH). A metodologia proposta foi avaliada por meio de três estudos de casos, sendo dois hipotéticos e um real, localizado na cidade de Ourém, em Portugal. Os resultados obtidos nos três estudos de caso demonstram a superioridade do AGH em relação ao AG padrão, tanto pelo encontro de melhores soluções, como na redução considerável do tempo computacional demandado para tal feito. Finalmente, espera-se que o desenvolvimento dessa metodologia possa contribuir para o uso de modelos de otimização na operação de SAAs em tempo real.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-07-25T04:09:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 347036.pdf: 3740412 bytes, checksum: 5b49a0b6ba26117eca45178ed0e7b0c1 (MD5) Previous issue date: 2017 / A família Myrtaceae pertence à ordem Myrtales e possui cerca de 130 gêneros e aproximadamente 6000 espécies. Essa família de frutíferas é considerada importante em várias formações vegetais, distribuindo-se em todos os continentes, exceto na região Antártica. No Brasil a distribuição ocorre em todos os estados. Acca sellowiana (goiabeira-serrana), Campomanesia xanthocarpa (guabiroba), Eugenia uniflora (pitanga) e Plinia spp. (jabuticabas) são espécies de Myrtaceae que têm mostrado boas perspectivas de aumento do uso comercial, tanto que estão no projeto plantas para o futuro da Região Sul e já são cultivadas em pequena escala, comparativamente a outras frutíferas exóticas. Estas espécies destacam-se pelo potencial organoléptico dos frutos, propriedades farmacológicas e valor ornamental, entre outros. Além disso, frutos destas espécies já são atualmente produzidos no Brasil, o que torna um excelente mercado a ser explorado no país. Desta forma, este trabalho tem por objetivo identificar e comparar os genomas plastidiais (cpDNA) de cinco espécies frutíferas de Myrtaceae: Acca sellowiana, Campomanesia xanthocarpa, Eugenia uniflora, Plinia cauliflora, Plinia aureana e uma espécie híbrida (Plinia sp.) visando avançar na compreensão de processos evolutivos e futuramente desenvolver marcadores microssatélites de cloroplasto (cpSSR) específicos visando estudos de diversidade genética dessas espécies em seus habitats. Para tanto, o genoma plastidial (cpDNA) das espécies foi extraído e purificado e seus plastomas foram sequenciados por meio de sequenciamento de nova geração (NGS), em plataforma Illumina MiSeq. Após o sequenciamento foi adotada a estratégia de montagem de novo, ou seja, sem utilização de outra espécie como referência. O plastoma completo de A. sellowiana possui 159.370 pb de comprimento, região longa de cópia única (LSC) de 88.028 pb, região curta de cópia única (SSC) de 18.598 pb e regiões repetidas invertidas (IRs) com 26.372 pb; E. uniflora possui um tamanho de plastoma completo de 158.680 pb, LSC de 87.495 pb, SSC de 18.537 pb e IRs com 26.324 pb; C. xanthocarpa possui um plastoma de 158.131 pb de comprimento, LSC de 87.596 pb, SSC de 18.595 pb e IRs com 25.970 pb; Plinia aureana 158.918 pb de comprimento, LSC de 88.204 pb, SSC de 18.462 pb e IRs com 26.126 pb; Plinia cauliflora 159.095 pb de comprimento, LSC de 88.162 pb, SSC de 18.615 pb e IRs com 26.159 pb; Plinia sp. 158.912 pb de comprimento, LSC de 88.132 pb, SSC de 18.462 pb e IRs com 26.159 pb. Dados de sequenciamento de plastomas completos de espécies da mesma família possibilitarão a realização de estudos comparativos para a identificação de polimorfismos espécie-específicos, os quais poderão gerar marcadores moleculares para estudos de evolução, ecologia, filogenia, filogeografia e diversidade genética.<br> / Abstract : Myrtaceae belongs to the order Myrtales in which about 130 genera and 6000 species are assigned. This family is considered important in various vegetation types, occurring in every continent, except Antarctica region. In Brazil, the family's species are distributed in all states. Acca sellowiana (pineaple-guava or feijoa), Plinia peruviana (jaboticaba), Campomanesia xanthocarpa (guabiroba) and Plinia spp. (jabuticabas). are Myrtaceae species that have shown potential for commercial use and are included in the project ?Plants to the Future?. In addition, these four species stand out for their organoleptic fruit flavours, pharmacological properties and ornamental value, among others. Moreover, currently, fruits of these species are produced on a small scale in Brazil, comparatively to the exotic fruit species, making them an excellent market opportunity to be further exploited in the country. Thus, this study aimed at to identify and to compare the plastid genomes (cpDNA) of four fruit species of Myrtaceae: Acca sellowiana, Campomanesia xanthocarpa, Eugenia uniflora, Plinia cauliflora, Plinia aureana and a hybrid species (Plinia sp.), in order to deepen on their evolutionary process and to develop specific chloroplast microsatellite markers (cpSSR) to carry out further studies on the genetic diversity of these species in their habitats. Therefore, the chloroplast DNA (cpDNA) of the species was extracted and purified, and the plastomas were sequenced by Illumina MiSeq plataform next-generation. After the sequencing, the de novo strategy was used, that this, without using another species as a reference. The complete plastid genome of A. sellowiana has 159,370 pb Kb in length, large single copy region (LSC) of 88,028 bp, small sigle copy region (SSC) of 18,598 bp and inverted reapt regions (IRs) with 26,372bp. E. uniflora has a complete plastid genome of 158,680 Kb, LSC of 87,495 bp, SSC of 18,537 bp and IRs with 26,324 bp. C. xanthocarpa has a complete plastid genome of 158,131 Kb in length, LSC of 87,596 pb bp, SSC of 18,595 bp and IRs with 25,970 bp; P. aureana has a complete plastid genome of 158,918 Kb in length, LSC of 88,204 pb bp, SSC of 18,462 bp and IRs with 26,126 bp; P. cauliflora has a complete plastid genome of 159,095 Kb in length, LSC of 88,162 pb bp, SSC of 18,615 bp and IRs with 26,159 bp and Plinia sp. has a complete plastid genome of 158,912 Kb in length, LSC of 88,132 pb bp, SSC of 18,462 bp and IRs with 26,159 bp. Complete plastomas of species of the same family will allow to perform comparative studies for the identification of species-specific polymorphisms, which can generate molecular markers for the study on evolution, ecology, phylogeny, philogeography and genetic diversity.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-08-01T04:12:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 347203.pdf: 1897105 bytes, checksum: 3d9eca41618e974684aad4c96f958633 (MD5) Previous issue date: 2017 / A Araucaria angustifolia é uma espécie importante, tanto pelas suas funções ecológicas, quanto pelos seus usos para os humanos. No passado, a exploração madeireira ocorreu de maneira exploratória, resultando na fragmentação do seu hábitat natural e a classificando como criticamente em perigo de extinção pela IUCN. Neste contexto, as medidas para a sua conservação foram no sentido de restringir o uso pelo ser humano, desconsiderando possíveis interações benéficas reportadas na literatura, que podem favorecer a conservação de um recurso por meio do seu uso. Várias evidências e características de A. angustifolia apontam para uma interação forte com o ser humano, especialmente no período pré-Colombiano, associada aos grupos Jê do Sul. Há fortes evidências de que esta espécie dependeu da ação antrópica para sua expansão e sobrevivência, tornando os modelos atuais de conservação limitantes para a manutenção de paisagens com araucária. O objetivo deste trabalho foi buscar evidências da ação humana pré-Colombiana sobre a expansão de A. angustifolia, utilizando uma abordagem genética e ecológica. A movimentação humana foi identificada pela cronologia dos dados arqueológicos existentes, e uma correlação entre a quantidade de ocupações com a porcentagem de pólen de A. angustifolia da data correspondente foi testada. Além disso, utilizando dados ecológicos existentes, foram construídos dois cenários para calcular a velocidade de expansão da A. angustifolia sem o auxílio humano: um utilizando dados médios e outro dados extremos reportados na literatura. No nível genético, foram estudadas 20 populações distribuídas no Sul do Brasil. Cada uma teve 15 indivíduos sequenciados para três locos do DNA de cloroplasto. Foram analisados desvios da neutralidade, os índices genéticos de riqueza, diversidade e de distâncias genéticas, e a possível associação desse último descritor com distâncias geográficas. Os resultados mostraram que a movimentação humana ocorreu primeiramente próxima à região da Serra Geral, seguida de um pico de expansão, atingindo regiões mais distantes até o ponto extremo no Oeste. Existiram correlações entre o número de registros humanos com a percentagem de pólen (? = 0,700 a 0,804). Nenhum dos cenários construídos para o cálculo da velocidade de dispersão da espécie sem o auxílio humano permitiu que a A. angustifolia atingisse sua área de ocorrência máxima no tempo decorrido desde o seu registro mais antigo. Os resultados genéticos encontraram valores elevados para a riqueza (número) de haplótipos (Hr = 12 haplótipos), e baixos para a diversidade de nucleotídeos (p = 6,1 · 10-5) e de haplótipos (Hd = 0,167). A rede de haplótipos, que demonstra a relação evolutiva entre eles, apresentou um padrão em formato de estrela, e foram encontrados desvios da neutralidade (D = 1,84; FS = -17,00), características que indicam uma expansão populacional recente e rápida. A divergência genética interpopulacional foi baixa (FST = 0,04), na qual as populações possuem um material genético de cpDNA muito semelhante entre si, e não associada à distâncias geográficas, formando apenas um grupo (k = 1). Todos os resultados encontrados apontam na mesma direção, trazendo mais evidências de que os grupos humanos influenciaram fortemente na dispersão e expansão da araucária. Isso demonstra que o uso de uma espécie pode ser uma boa estratégia de conservação e inclusive de expansão, diferente das principais estratégias existentes até o momento. No contexto atual, o uso, incluindo plantios para a produção de pinhão e outras ações, podem favorecer a conservação das paisagens com araucária no Sul do Brasil.<br> / Abstract : Araucaria angustifolia is an important species, for both its ecological functions and by its uses by humans. In the past, the wood exploitation occurred in a non-sustainable way, resulting in the fragmentation of its natural habitat and in its recent IUCN red list classification, as critically endangered. In this context, the conservation measures were to restrict humans from its use, disregarding possible benefic interactions reported in the literature, which may favor the conservation of a resource through its use. Many evidences and A. angustifolia characteristics point to a strong interaction with humans, especially in the pre-Columbian time, associated with Jê do Sul groups. There is strong evidence that the species relied on the anthropic action for its expansion and survival, making the current conservation models limited for the maintenance of the araucaria landscapes. The aim of this work was to search for evidences of the pre-Columbian human action over the expansion of A. angustifolia, using a genetic and an ecological approach. The human movement was identified by the chronology of the existing archeological data, and a correlation between the number of occupations and A. angustifolia pollen percent from the corresponding date was tested. Moreover, using existing ecological data, two scenarios were constructed to calculate the expansion speed of A. angustifolia without the human aid: one using the average data and the other using the extreme data reported in the literature. At the genetic level, 20 populations distributed in Southern Brazil were studied. Each one had 15 individuals sequenced for three cpDNA loci. Deviations from neutrality, descriptors of genetic richness, diversity and genetic distances, and possible association between the later and geographic distances were analyzed. Results showed that the human movement first occurred near the Serra Geral region, followed by an expansion peak, reaching more distant regions to the extreme point in the West. There were correlations between the number of human records and the pollen percent (? = 0,700 to 0,804). None of the scenarios constructed for the calculation of the dispersion speed of the species without human aid allowed A. angustifolia to reach its maximum occurrence area in the elapsed time since its oldest record. The genetic results found high values for haplotype richness (Hr = 12 haplotypes), and low values for nucleotide (p = 6,1 · 10-5) and haplotype diversity (Hd = 0,167). The haplotype network presented a star shaped pattern, and deviations from neutrality were found (D = -1,84; FS = 17,00), characteristics that indicate a quick and recent population expansion. The interpopulational genetic divergence was low (FST = 0,04), in which populations have a cpDNA genetic material very similar to each other, and not associated with geographical distances, forming a single group (k = 1). All results point in the same direction, bringing more evidence that human groups heavily influenced in the dispersion and expansion of araucaria. This demonstrates that the use of a species can be a good conservation strategy and even facilitating in its expansion, unlike the main strategies used so far. In the present context, the use, including plantation for seed production and other actions, may favor the conservation of the araucaria landscapes in Southern Brazil.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-08-01T04:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 348084.pdf: 4744602 bytes, checksum: 3589d74209832cb9157ac245e386b43d (MD5) Previous issue date: 2017 / O Butia eriospatha (Martius ex. Drude) Beccari (butiá-da-serra) é uma espécie de palmeira em perigo de extinção, inserida em um dos biomas mais ameaçados do planeta, o bioma Mata Atlântica, mais especificamente na região do Planalto Serrano do Sul do Brasil. Apesar de o B. eriospatha ser descrito como uma espécie que ocorre naturalmente em campos abertos, evidências apontam para a ocorrência de indivíduos em altas densidades também dentro de florestas com araucárias (Araucaria angustifolia). Tendo em vista o cenário atual de fragmentação dos ecossistemas no Planalto Serrano de Santa Catarina e da ameaça à diversidade genética do B. eriospatha, bem como as possibilidades de uso dessa espécie, emergem algumas questões: a) como era a paisagem de ocorrência do B. eriospatha no passado: floresta ou campo?; b) Existem diferenças significativas entre populações de B. eriospatha que ocorrem em distintos ambientes, sobretudo quanto aos aspectos demográficos, morfológicos (frutos) e genéticos?; c) Quais as principais implicações dessas diferenças, caso existam? Dentro desse contexto, o objetivo deste trabalho foi de estudar desde componentes da diversidade genética até as mudanças na paisagem ao longo do tempo de duas populações de B. eriospatha, amostradas no município de Curitibanos-SC, sendo uma de campo aberto e outra de floresta com araucárias e, por fim, compará-las. Imagens aéreas da região, produzidas no ano de 1957 e 2012, foram utilizadas para a caracterização da transformação da paisagem de ocorrência das populações. Foi instalada uma parcela permanente de aproximadamente cinco hectares em cada população, onde todos os indivíduos de B. eriospatha presentes foram localizados por meio de um sistema de coordenadas x e y, classificados quanto ao estado reprodutivo e mensurados quanto ao DAP e altura. O padrão de distribuição espacial das duas populações também foi avaliado. Foram amostrados de 31 a 40 frutos por planta de 30 matrizes da população de floresta e 32 da população de campo para que fossem caracterizados quanto à características morfológicas. Além disso, a partir das frequências alélicas obtidas com a utilização de nove marcadores microssatélites, as populações foram caracterizadas, quanto à diversidade genética, sistema reprodutivo e estrutura genética espacial. Foram observadas populações de B. eriospatha sob a cobertura de floresta com araucárias no passado (1957) e no presente (2012-2016), comprovando-se não se tratar de uma espécie exclusiva do ambiente de campo. Demonstrou-se a redução e a fragmentação das áreas de habitat de B. eriospatha na região de Curitibanos-SC, sendo que boa parte dessas áreas foram substituídas por plantios com espécies florestais exóticas. Devido à ausência de regeneração, ambas as populações apresentam riscos iminentes de extinção. As condições do ambiente mostraram-se determinantes no potencial reprodutivo dos indivíduos de B. eriospatha. A população de campo apresentou um padrão de distribuição espacial predominantemente agregado, enquanto que a população de floresta apresentou um padrão predominantemente aleatório. As populações de campo e de floresta apresentaram diferenças para todos os descritores morfológicos avaliados, além de grande variabilidade fenotípica, demostrando ter grande potencial para a conservação e seleção para produtividade e qualidade de frutos. Com exceção do comprimento dos frutos e peso dos pirênios, a população de campo apresentou os maiores valores para as demais características avaliadas nos frutos. As duas populações apresentaram índices similares e moderados de diversidade genética. Apesar da pequena distância entre as duas populações, evidenciou-se uma estruturação genética significativa. Ambas as populações apresentaram sistema de cruzamento alogâmico, com a possibilidade de cruzamentos endogâmicos na população de floresta. Observou-se estrutura familiar em ambas as populações em curtas distâncias. Na população de floresta a coancestria entre indivíduos adultos é anulada quando somente os indivíduos reprodutivos da população são considerados, já na população de campo, a estrutura familiar se mantém. Este trabalho evidencia a importância de se considerar as populações de B. eriospatha que ocorrem em ambiente de floresta, além das populações de campo, em planos de conservação, estratégias de melhoramento genético para produtividade e qualidade de frutos, bem como em estudos complementares sobre a autoecologia da espécie.<br> / Abstract : Butia eriospatha (Martius ex. Drude) Beccari (butiá-da-serra) is an endangered palm species at risk of extinction occurring in one of the most threatened biomes in the planet - the Atlantic Rain Forest Biome ? more specifically in the South Brazilian Plateau region. Despite the descriptions stating that B. eriospatha naturally occurs on the open grasslands, there are evidences showing that this species can also occur in highly density beneath the canopy of trees in the Araucaria Forest (Araucaria angustifolia). Considering the current scenario of ecosystem fragmentation in the Santa Catarina?s Plateau, the threat to the genetic diversity of B. eriospatha, as well as the potential uses of this species, some questions are asked. For instance: i) how was the landscape where B. eriospatha occurred in the past, forest or grassland? ; ii) are there significantly demographic, morphological (fruits) or genetic differences between B. eriospatha populations occurring in distinct environments? ; iii) which are the most important implications of these differences when they are present? In this context, the aim of this study was to investigate the situation of two B. eriospatha populations sampled in the city of Curitibanos-SC (one in forest environment and the other in grassland environment), ranging from population genetics to changes in the landscape over time. Aerial images, produced in the years of 1957 and 2012, were used to characterize the landscape shifts for each population. In addition, five hectares permanent plots were established for each population, where all B. eriospatha individuals were classified according to their reproductive status and had their DBH and height measured. The position of the individuals were marked with an X and Y coordinate system. I also evaluated the spatial distribution pattern of the two populations. To determine the morphological characteristics of the B. eriospatha fruits, I sampled from 31 to 40 fruits per plant from 30 mother-trees in the forest population and from 32 mother-trees in the grassland population. Furthermore, using nine microsatellites (SSR markers), I studied the genetic diversity, mating system and spatial genetic structure (SGS) of both B. eriospatha populations. I identified B. eriospatha populations beneath the canopy in the past (1957) and in the present (2012-2016), proving that B. eriospatha is not an exclusively grassland species. I also demonstrated the existence of fragmentation and reduction of the B. eriospatha habitat in the studied region, wherein a great amount of land was replaced with exotic forest plantations. Due to the absence of regeneration, both populations showed imminent risks of extinction. The environment conditions were determinant on the reproduction potential of B. eriospatha individuals. The grassland population exhibited a predominantly aggregated pattern of spatial distribution, while the forest population showed a predominantly random distribution. The two populations were significantly different for every fruit morphological descriptor used, with a great phenotypical variability. These findings illustrate the remarkable potential of both B. eriospatha populations for conservation as well as for breeding for fruit productivity and fruit quality. The grassland population presented the highest values for all fruit descriptors except for pyrenes weight and fruit length. The populations showed similar and moderated genetic diversity indexes. Despite the small distance between both populations, significant genetic differentiation was identified. Both populations presented allogamy, with possible endogamic crossings in the forest population. Family structure were found for both populations over short distances. When just the reproductive individuals were evaluated, the coancestry was not different from zero in the forest population. This study indicates the importance to consider B. eriospatha populations that occur in forest environment in conservation plans, breeding programs as well as in future complementary studies, besides grassland populations.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-10-03T04:18:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 348731.pdf: 1720835 bytes, checksum: 9147c1dc8fe17222d166d1e38c2b5322 (MD5) Previous issue date: 2017 / No início do século XX cerca de 35% da cobertura vegetal dos estados do sul do Brasil estavam representados pela Floresta Ombrófila Mista, na qual a Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze foi o principal componente. Atualmente, estima-se que os remanescentes desta floresta ocupem entre 1% a 4% da área original e no estado de Santa Catarina não ultrapassando 5%, com predominância de formações secundárias. Grande parte dos povoamentos naturais de A. angustifolia foram devastados para a exploração da madeira. Essa exploração da floresta de Araucária aconteceu de maneira predatória e não sustentável, ameaçando a sobrevivência da espécie que hoje encontra-se na categoria de criticamente ameaçada na lista de espécies ameaçadas da União pela conservação da natureza (IUCN), necessitando-se de planos eficientes e urgentes de conservação por ser uma espécie de grande importância ecológica e econômica. E para elaborar planos efetivos de conservação tem-se a necessidade de conhecer a diversidade e estrutura genética da espécie, bem como a dinâmica desta diversidade, em diferentes áreas de ocorrência, pois a espécie se comporta de maneira diferente conforme o histórico de ocupação e a densidade da mata. Sendo assim, esta tese abordou os resultados de estudos da dinâmica da diversidade genética de três populações em paisagem de campo e floresta, e tem como objetivo fundamentar estratégias de conservação e uso para A. angustifolia, com base em indicadores genéticos nas duas paisagens. Para tanto, o estudo está baseado na caracterização genética de todos os indivíduos antigos e ingressantes de duas parcelas permanentes em Santa Catarina e Rio Grande do Sul, uma na região de campos de São Francisco de Paula, no Centro de pesquisas e conservação da natureza Pró-mata ? PUCRS, no Rio Grande do Sul e a outra em remanescente florestal, na Floresta Nacional de Três Barras, em Santa Catarina, assim como compará-las com o primeiro estudo realizado em campo natural antropizado em propriedade particular na região da Coxilha Rica, Santa Catarina. Para tanto, foram utilizados no total nove marcadores microssatélites, testado o desequíbrio de ligação entre os locos e a presença de alelos nulos. Foram estimados os índices de diversidade genética, taxa de cruzamento e fluxo gênico histórico e contemporâneo na coorte de adultos, jovens e progênies, gerando assim, informações da dinâmica da diversidade genética no espaço e no tempo. Os resultados analisados apontam importantes diferenças na dinâmica da diversidade genética na paisagem de campo e floresta, com maior eficiência na manutenção da diversidade genética no campo, apresentando maiores distâncias de dispersão de pólen tanto na área de conservação quanto no campo antropizado e índice de fixação não diferente de zero na coorte das progênies no campo antropizado. As distâncias de dispersão de sementes foram maiores na paisagem de campo em área de conservação comparativamente a todos os estudos já realizados para espécie, possivelmente devido a presença dos dispersores da espécie na região. Portanto, estratégias de conservação diferentes para cada paisagem devem ser consideradas, como o aumento de unidades de conservação em áreas de campo, investimento em conservação da espécie em propriedades particulares, implantação de árvores isoladas ou conjunto de árvores para conexão de fragmentos, reflorestamento com a espécie e coleta de sementes em áreas abertas para produção de mudas em planos regionais de conservação.<br> / Abstract : Beginning of the 20th century, about 35% of the vegetation cover of the Southern Brazilian states were represented by the Mixed Ombrophilous Forest, in which Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze is the main component. Currently, it is estimated that the remnants of this forest have among 1% and 4% of the original area and it not exceeding 5% in the state of Santa Catarina. Most of A. angustifolia populations were devastated for the wood exploitation. The Araucaria forest exploitation happened in a predatory and unsustainable way, threatening the survival of the species that today is critically endangered in the list of endangered species of the International Union for Conservation of Nature (IUCN), being necessary urgent and efficient plans for conservation for this species of great ecological and economic importance. It is necessary to understand the diversity and structure genetic for a effective conservation plan, as well as the dynamics of this diversity in different areas of occurrence, since the species grows differently according to the history occupation and density. Thus, the thesis approached the evaluation of the dynamics of the genetic diversity of three populations in natural grassland and forest landscape and aims to support conservation and use strategies for A. angustifolia based on genetic indicators. Therefore, the study is basing on the genetic characterization of all the old and incoming individuals from two permanent plots in Santa Catarina and Rio Grande do Sul, one in grassland region in São Francisco de Paula, at the Center for research and conservation of nature Pro-Mata in the state of Rio Grande do Sul and the other in forest remnants in the Três Barras National Forest in Santa Catarina, as well as comparing them with the first study conducted in an anthropized grassland in the region of Coxilha Rica, Santa Catarina. Therefore, a total of nine microsatellites markers were used and tested the linkage disequilibrium and the presence of null alleles. Genetic diversity, mating system and historical and contemporary gene flow were estimated in the cohort of adults, juveniles and progenies, thus generating information on the dynamics of genetic diversity in space and time. The results showed important differences in the dynamics of genetic diversity in the grassland and forest landscape, with greater efficiency in the maintenance of genetic diversity in grassland, presenting higher values of distances of pollen dispersal both grasslands than the forest and fixation index not different from zero in the progeny cohort in the anthropic grassland. Seed dispersal distances were higher in grassland landscape in conservation area, possibly due to the presence of the natural dispersers of the species. Therefore, it is necessary conservation strategies for each landscape, such as increasing conservation units in natural grassland areas, investing in conservation of the species in private properties, implantation of isolated trees or set of trees connection forest fragments, species reforestation and collection of seeds in open areas for seedling production in regional conservation plans.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, 2017. / Made available in DSpace on 2017-10-03T04:19:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 348735.pdf: 1711154 bytes, checksum: 973cb8edd6ebced791094201e8dc76cc (MD5) Previous issue date: 2017 / Os bambus (Poaceae: Bambusoideae) são gramíneas perenes, de múltiplas utilidades, principalmente como produto florestal não-madeireiro, sendo a única linhagem da família a se diversificar em hábitat florestal. A subfamília é composta por 120 gêneros e 1.641 espécies, distribuídas entre as tribos Olyreae (bambus herbáceos), Arundinarieae (bambus lenhosos temperados) e Bambuseae (bambus lenhosos tropicais), apresentando vasta distribuição mundial. A tribo Bambuseae é dividida em duas linhagens distintas, de origem paleo? e neotropical. O grupo neotropical é composto por 373 espécies distribuídas em 20 gêneros, onde o Brasil constitui o principal centro de diversidade e endemismo de espécies. Apesar das múltiplas utilidades dos bambus, o uso comercial destas plantas não é amplamente difundido no país, diferentemente de países asiáticos. Recentemente, foi estabelecida uma nova lei no Brasil que vem estimulando o cultivo desta gramínea, intitulada "Política Nacional de Incentivo à Gestão Sustentável e Cultivo de Bambu (PNMCB)". O presente trabalho foi desenvolvido por meio do projeto multidisciplinar e interinstitucional denominado ?Tecnologias para o Desenvolvimento Sustentável da Cadeia Produtiva do Bambu no Sul do Brasil? (CNPq/2013), que tem como objetivo identificar e superar gargalos científicos e tecnológicos limitantes para a cadeia produtiva de bambus. As espécies selecionadas para o estudo foram Guadua chacoensis e G. angustifolia, cujos colmos tem grande potencial de uso na construção civil, e Chusquea tenella, principal representante da tribo Bambuseae na Ilha de Santa Catarina. A história evolutiva de um determinado grupo taxonômico pode ser acessada pela comparação entre características citogenéticas, como o cariótipo e tamanho do genoma. Com isso, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o cariótipo das três espécies selecionadas através da determinação do número cromossômico somático (2n), número e localização de bandas heterocromáticas e de sítios de DNAr 5S e 45S, determinação do nível de ploidia, assim como a estimativa do tamanho do genoma. Ambas as espécies de Guadua apresentaram 2n=46, enquanto que em C. tenella foram observados 2n=44 cromossomos, sendo este o primeiro registro para a última espécie. Os cariótipos das três espécies se mostraram estáveis, onde o bandeamento com fluorocromos revelou um par de bandas CMA+/DAPI-, e a FISH revelou um par de sítios de cada família de DNAr, estes ocorrendo em cromossomos distintos. Os sítios de DNAr 45S se encontraram colocalizados com o par de bandas CMA+/DAPI- nas três espécies estudadas. A citometria de fluxo estimou o tamanho do genoma de G. chacoensis em 3,98 pg DNA/2C, G. angustifolia em 3,99 pg DNA/2C e de C. tenella em 4,77 pg DNA/2C, sendo o primeiro registro para G. chacoensis e para o gênero Chusquea. Em gramíneas, considera-se que a variação no tamanho do genoma não esteja relacionada ao número cromossômico em geral, mas à porção de DNA repetitivo. As marcações citogenéticas empregadas revelaram que as espécies são paleopoliploides diploidizados. Os mecanismos putativamente envolvidos na evolução do cariótipo das espécies são discutidos, bem como a escolha das possíveis técnicas a serem empregadas para a confirmação da condição indicada de diploidização.<br> / Abstract : Bamboos (Poaceae: Bambusoideae) are perennial grasses of multipurpose, mainly as non-timber forest product, being the only lineage of the family to diversify in forest habitat. The subfamily is composed of 120 genera and 1,641 species, distributed among the tribes Olyreae (herbaceous bamboos), Arundinarieae (temperate woody bamboos) and Bambuseae (tropical woody bamboos), with a worldwide distribution. The tribe Bambuseae is divided in two distinct lineages, which have paleo- and neotropical origin. The neotropical group encompass 373 species distributed in 20 genera, where Brazil is the main center of diversity and endemism of species. Despite the multiple uses of the bamboos, the commercial use of these plants is not widespread in this country, unlike in Asian countries. Recently, a new law was established in Brazil in order to stimulates the bamboo productive chain, entitled ?National Policy of Encouragement to Sustainable Management and Cultivation of Bamboo (PNMCB)". The present work was developed through the multidisciplinary and interinstitutional project called "Technologies for the Sustainable Development of the Bamboo?s Productive Chain in the South Brazil" (CNPq/2013), which aims to identify and overcome limiting scientific and technological bottlenecks for the productive chain of bamboo. The selected species for the study were Guadua chacoensis and G. angustifolia, which culms have great potential of use in the civil construction, and Chusquea tenella, principal element of the tribe Bambuseae at Santa Catarina?s Island. The evolutionary history of a given taxonomic group can be accessed by comparing cytogenetic features such karyotype and genome size. Thus, the objective of this research was to characterize the karyotype of the three-selected species through determination of somatic chromosome number (2n), number and location of heterochromatic bands and 5S and 45S rDNA sites, determination of ploidy level, as well as genome size estimation. Both Guadua species presented 2n = 46, while C. tenella showed 2n = 44 chromosomes, being the first record for this last species. The karyotypes of the three species were shown stable, where the fluorochrome banding revealed a pair of bands CMA+/DAPI-, and FISH revealed a pair of sites from each rDNA family, occurring on distinct chromosomes. The 45S rDNA sites were colocalized with the pair of bands CMA+/DAPI- in the three species. Flow cytometry estimated the genome size of G. chacoensis in 3.98 pg DNA/2C, G. angustifolia in 3.99 pg DNA/2C and of C. tenella in 4.77 pg DNA/2C, being the first record for G. chacoensis and for the genus Chusquea. In grasses, it is considered that the variation in genome size is not overall related to chromosome number, but to the portion of repetitive DNA. The cytogenetic markers revealed that the species are diploidized paleopolyploids. The putative mechanisms involved in the karyotype evolution of the species are discussed, as well as the choice of possible techniques to be employed to confirm the indicated diploidization condition.

Neuroblastoma é um tumor do sistema nervoso periférico e uma das principais causas de mortalidade infantil por câncer no Brasil e no mundo. A característica marcante desses tumores é sua heterogeneidade clínica – as apresentações variam desde formas benignas e tratáveis até variantes extremamente agressivas, que levam o paciente a óbito em poucos meses. A fim de determinar as melhores estratégias para o tratamento desse câncer, um grande número de pesquisadores tem procurado por novos biomarcadores e alvos terapêuticos. Atualmente, o melhor marcador biológico para a progressão de neuroblastoma é a amplificação do gene MYCN, que ocorre na maioria dos casos mais agressivos. Entretanto, esse marcador não é capaz de discriminar entre todos os tipos de pacientes, demonstrando a necessidade de encontrarmos outros marcadores. Neste trabalho, reconstruímos a rede de regulação gênica de neuroblastoma utilizando ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas a fim de buscar novos biomarcadores e alvos terapêuticos para esta doença. Através dessa rede, analisamos uma assinatura de genes diferentemente expressos em metástases agressivas, buscando fatores de transcrição que pudessem estar envolvidos na progressão tumoral. Através dessa análise, observamos que MAX é um dos reguladores mestres do processo, e variações em sua expressão estavam correlacionadas com o desfecho de pacientes, sugerindo seu potencial como biomarcador. Além disso, também observamos o aumento do conteúdo de MAX em células de linhagem de neuroblastoma humano durante um protocolo de diferenciação experimental, sugerindo que essa proteína tem um papel muito mais central no controle do balanço entre proliferação e diferenciação do que previamente descrito. / Neuroblastoma is a peripheral nervous system tumor and one of the main causes of children cancer mortality in Brazil and in the rest of the world. The hallmark of these tumors is their clinical heterogeneity – presentations vary from benign and treatable to extremely aggressive variants, the latter leading the patient to death in just a few months. In order to come up with the best strategies for treatment and management of this cancer, a great number of researchers have been searching for novel biomarkers and therapeutic targets. To this date, the best neuroblastoma biomarker is the amplification of MYCN oncogene, which occurs in the majority of aggressive cases. However, this biomarker alone does not suffice to discriminate among all patients types, illustrating the need for finding other biomarkers. In this work, we reverse engineered the neuroblastoma gene regulatory network using systems biology and bioinformatics tools in order to find novel biomarkers and therapeutic targets. Using this network, we analyzed an aggressive metastasis gene signature to find transcription factors that could be involved in tumor progression. Through this analysis, we observed that MAX was a master regulator of this process, and that changes in its expression were associated with patient survival, suggesting its role as potential biomarker. Additionally, we observed that MAX content was increased in human neuroblastoma cell lines undergoing experimental differentiation. These results suggest that this protein has a much more central role in regulating the balance between proliferation and differentiation than previously described.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:38:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6295_Clemilton Divergência genética entre acessos de mamoeiro e correlações entre suas características no norte do Espírito Santo Clemilton Alves da Silva.pdf: 606247 bytes, checksum: 27a1357f4fd3905e4a8604fdf5d5caf9 (MD5) Previous issue date: 2013-02-22 / O mamoeiro (Carica papaya L.) é atualmente uma das fruteiras de maior importância econômica, sendo cultivada e consumida nas regiões tropicais e subtropicais do mundo, provavelmente em função de sua centro de origem na America tropical. O Brasil se configura com o segundo produtor mundial dessa fruta, embora sua produção seja influenciada negativamente pelos altos preços das sementes hibridas geralmente importadas de Taiwan, dificultado o uso dessas em cultivos sucessivos. Trabalhos de melhoramento se tornam importantes, pois visam manutenção e aumento dos índices produtivo da cultura. Nesse contexto desenvolveu-se o presente trabalho dividido em dois capítulos com os seguintes propósitos: no primeiro capitulo visando avaliar por meio de características morfoagronômicas o grau de variabilidade genética entre cinquenta e nove acessos de mamoeiro no Norte capixaba. Para tanto a divergência genética foi avaliada por procedimentos multivariados: distância generalizada de Mahalanobis, técnicas de agrupamento de otimização de Tocher e hierárquico com base no método Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. Houve diferença significativa para todas as características avaliadas, demonstrando a existência de variabilidade entre os acessos. As características: altura de planta, altura de inserção do primeiro fruto, espessura maior de polpa de fruto, diâmetro de fruto e comprimento de fruto apresentaram valores de herdabilidade superiores a 80%, resultados que indicam ganhos expressivos no processo simples de seleção. Existe variabilidade genética entre os acessos, sendo o Americano, STZ-03 pecíolo curto e Califlora 209 os mais divergentes. Os métodos de otimização de Tocher e hierárquico Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean foram parcialmente concordantes quanto à formação dos grupos heteróticos de acessos de mamoeiro no Norte do Espírito Santo. As características massa de fruto, diâmetro de fruto e altura de planta foram as de maior contribuição para a diversidade genética. O segundo capítulo teve como finalidade obter as estimativas de correlações fenotípicas entre características morfológicas e de frutos de mamoeiro, bem como analisar a relação entre essas características e seus desdobramentos em efeitos diretos e indiretos dos componentes primários e secundários sobre a produção por plantas. As correlações fenotípicas foram superiores as genotípicas. Não houve correlação significativa entre os caracteres avaliados e a variável principal produção por planta. Os componentes primários: número e massa de fruto explicam quase que totalmente as variações ocorridas na sobre produção por planta. Espessura menor de polpa de fruto foi o componente secundário que apresentou maiores efeitos diretos e indiretos sobre a variável primária massa de fruto. Palavras-chave: Carica papaya L., parâmetros genéticos, melhoramento vegetal, biometria, variabilidade genética.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação.FernandaZaidan.pdf: 1993203 bytes, checksum: f121a5630a788106b0700f04818f9194 (MD5) Previous issue date: 2014 / Animais híbridos representam um desafio à taxonomia e sistemática, pois correspondem a unidades evolutivas geralmente sem clara delimitação morfológica, comportamental e genética. Híbridos podem ser morfologicamente intermediários aos parentais ou, devido à introgressão e retrocruzamentos, suas características podem se misturar tornando difícil sua identificação. Uma das formas de identificação de híbridos é por meio de ferramentas de biologia molecular, que ao utilizarem marcadores de DNA mitocondrial (herança exclusiva materna) e DNA nuclear (herança materna e paterna), permitem a comparação entre informações genéticas. Além da hibridização existem outras fontes de conflito entre dados moleculares provenientes do DNA mitocondrial e DNA nuclear, como por exemplo a retenção de polimorfismos ancentrais. Em localidades do Espírito Santo, Brasil, foram coletados indivíduos de morfologia distinta de Trachycephalus mesophaeus e T. nigromaculatus, que são as únicas espécies do gênero conhecidas nesse estado. Porém, estudos piloto usando o gene mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (COI) agruparam esses espécimes com amostras de T. typhonius. Devido a estas incongruências, foram sequenciados fragmentos de dois genes mitocondriais - COI e Nicotinamida Desidrogenase subunidade 2 (ND2) e um exon nuclear (tirosinase) de 173 indivíduos de Trachycephalus, de forma a esclarecer as identificações taxonômicas e investigar a correspondência entre caracteres morfológicos e genéticos nesta linhagem, na sua área de ocorrência As filogenias moleculares, divergências genéticas, redes de haplótipos e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) confirmaram as três espécies acima mencionadas como linhagens evolutivas distintas e revelaram mais sete indivíduos potencialmente híbridos, mas morfologicamente assinalados a T. mesophaeus, T. nigromaculatus ou T. typhonius.. Devido à taxa de evolução lenta da tirosinase, as espécies mais recentes T. typhonius e T. nigromaculatus parecem não terem sido sorteadas completamente nesse gene. Já T. mesophaeus, que é a espécie mais antiga das três, foi recuperada inequivocamente em todas as análises. De forma inédita, as análises moleculares evidenciaram a ocorrência de introgressão bidirecional entre T. nigromaculatus e T. typhonius e entre T. nigromaculatus e T. mesophaeus, sendo que há indícios de indivíduos F1 (cruzamentos entre espécies parentais puras gerando híbridos). A utilização do gene ND2 mostrou-se mais eficiente do que o gene COI nas filogenias e, apesar da tirosinase ser um gene nuclear de evolução lenta, contribuiu para a identificação de incongruências citonucleares. Nossos resultados mostram que a história filogenética de Trachycephalus é complexa e que o uso de marcadores nucleares de evolução mais rápida e ampliação dessas análises para outras espécies do gênero podem revelar mais eventos de hibridização. / Hybrids are evolutionary units generally without clear morphological, behavioral and genetic delimitation, thus representing a challenge to taxonomy and systematics. They can morphologically resemble their parents or, due to introgression, their characteristics can be diluted with a prevailing appearance of one of the parental species, which could hinder identification. One way to identify hybrids is through molecular biology tools, such as mitochondrial DNA (maternal inherintance exclusively) and nuclear DNA (maternal and paternal inheritance), allowing genetic comparisons. Besides hybridization, conflicting mtDNA and nDNA identifications may have other explanations, such as Incomplete Lineage Sorting. Some individuals collected in localities of Espírito Santo State, Brazil, presented a mix of morphological characters of T. mesophaeus and T. nigromaculatus, which are the only Trachycephalus species known to the region. However, previous studies using COI sequences grouped theses individuals as T. typhonius. Giving this, we sequenced fragments of two mitochondrial genes (COI and ND2) and part of the nuclear exon of tyrosinase of 173 individuals of Trachycephalus, in order to better clarify the taxonomic uncertainty, and the link between morphological and genetic characters behind the identifications, according to the occurrence area. Results of molecular phylogenies, genetic divergences, haplotype networks, and single nucleotide polymorphisms (SNPs) confirmed .T. mesophaeus, T. nigromaculatus, and T. typhonius as distinct evolutionary lineages and revealed seven more individuals potentially hybrids, but morphologically assigned to one species. Due to the slow mutation rate of tyrosinase, the most recently diverged species (T. typhonius and T. nigromaculatus) have not completely sorted in this gene. Trachycephalus mesophaeus is the oldest species of the three, and it was identified unambiguously in all analysis. Here, for the first time, evidence of bidirectional introgression between T. nigromaculatus and T. typhonius and between T. nigromaculatus and T. mesophaeus, with signs of F1 individuals, is presented. The use of ND2 gene seems to be more efficient than COI to recover the phylogenies in this particular group and, although tyrosinase is a slow evolving gene, it contributed significantly in order to identify cytonuclear incongruences. Our results indicate a complex phylogenetic history of Trachycephalus, and that more introgressive hybrids may be identified with the use of faster nuclear markers and the inclusion of more species of the genus in the analyses..