Desde o final dos anos 80, o estudo de marcadores de DNA tem contribuído enormemente para um melhor entendimento de questões antropológicas. Atualmente, duas questões têm sido debatidas fortemente: a primeira envolve o modelo de origem dos humanos modernos e a possível assimilação de linhagens arcaicas pelas populações de Homo sapiens saídas da África. A segunda envolve o tempo e o modo do povoamento das Américas, o último continente a ser colonizado pelos humanos. Foi realizado um estudo envolvendo o seqüenciamento de 50 locos autossômicos em uma amostra de 12 indígenas americanos, totalizando cerca de 50.000 pares de bases de seqüência por indivíduo. Os dados foram analisados juntamente com seqüências já publicadas oriundas de indivíduos africanos e asiáticos. Usando computação bayesiana aproximada e simulações de coalescência, foi estimada diretamente, pela primeira vez, a probabilidade relativa de três modelos de evolução humana. Um modelo de origem africana com substituição obteve a maior probabilidade relativa (98%), muito superior àquela de modelos de assimilação ou de evolução multirregional. O cenário evolutivo sugerido pode explicar não apenas a ancestralidade recente do DNA mitocondrial e do cromossomo Y, como também a existência de linhagens antigas em locos autossômicos. Quanto ao povoamento das Américas, os dados indicaram a ausência de um efeito de gargalo-de-garrafa forte e sugerem um tempo recente de povoamento, de até 13.350 anos atrás. Para obter um cenário mais refinado para o povoamento das Américas, foram seqüenciados 53 genomas mitocondriais completos de indivíduos nativos americanos pertencentes aos cinco haplogrupos mitocondriais principais (A-D, X), que foram analisados juntamente com 191 genomas disponíveis em bancos de dados públicos. Os resultados indicaram um povoamento após o último máximo glacial há aproximadamente 18.000 anos atrás, associados a uma forte expansão populacional (100 vezes) com uma entrada no continente pela costa do Pacífico.Os dois conjuntos de dados sugerem fortemente a ausência de um efeito fundador marcante durante a colonização das Américas e o povoamento do continente após o último máximo glacial. As discrepâncias entre as duas datas obtidas para a entrada nas Américas podem indicar os efeitos de uma segunda migração, mas a explicação mais simplesenvolveria fatores como desenho amostral e incertezas vinculadas a alguns dos parâmetros utilizados. / Since the end of the 80s, the study of DNA markers has contributed enormously to a better understanding of anthropological questions. Currently, two issues have been hotly debated: the first involves a model for the origin of modern humans, and the possible assimilation of archaic lineages by Homo sapiens populations which had left Africa. The second involves the time and mode of the peopling of the Americas, the last continent colonized by humans. A study involving the sequencing of 50 autosomal loci was performed in a sample of 12 American Indians, totaling about 50,000 base pairs per individual. These data were analyzed in conjunction with previously published sequences from African and Asian individuals. Using approximate Bayesian computation and coalescent simulations, the relative probability of three models of human evolution was assessed for the first time. A model of African origin with replacement received the highest relative probability (98%), much higher than that associated to assimilation or multiregional models. The favored evolutionary scenario can explain not only the recent ancestry for mitochondrial DNA and the Y chromosome, but also the existence of deep lineages in autosomal loci. Regarding the peopling of the Americas, the data indicate the lack of a bottleneck effect and suggest a recent time for its settlement, up to 13,350 years ago. To obtain a more accurate scenario for the peopling of the Americas, 53 mitochondrial genomes from Native American individuals belonging to the five main mitochondrial haplogroups (A-D, X) were sequenced and were analyzed together with 191 genomes available in public databases. The analysis indicated a peopling of the continent after the last glacial maximum at approximately 18,000 years ago, associated to a strong population expansion (100 fold), and with an entry in the continent through the Pacific coast. Both datasets strongly suggest the nonexistence of a marked founder effect during the settlement of the Americas and the peopling of the continent after the last glacial maximum. The discrepancies between the two calculated times for the entry in the continent could reflect the effects of a secondary migration, but the simplest explanation would be related to factors such as sampling design and to uncertainties intrinsic to some of the parameters.

As populações da América pós-colombiana, em especial as populações brasileiras, foram estabelecidas principalmente através de cruzamentos envolvendo colonizadores europeus e mulheres ameríndias ou africanas. No entanto, têm sido descritas particularidades regionais e locais. Desta forma, este trabalho objetivou esclarecer os detalhes da formação da população de Porto Alegre através de dados genéticos. Para isto uma amostra de 290 indivíduos fenotipicamente identificados como brancos foi investigada com relação a marcadores de linhagens uniparentais maternos e paternos. Duzentos e três homens foram genotipados para doze marcadores bialélicos (single nucleotide polymorphisms - SNPs ) presentes na região não recombinante do cromossomo Y, sendo também seqüenciada a primeira região hipervariável (HVS-I) do DNA mitocondrial (mtDNA) de cento e setenta e dois indivíduos. Com relação aos marcadores do cromossomo Y a freqüência dos SNPs mostrou um cenário predominante de cromossomos europeus (~93%), sendo o restante de cromossomos possivelmente de origem africana. Além disso, mais de 51% dos cromossomos genotipados pertencem ao haplogrupo R1b3*, amplamente distribuído em populações ibéricas. Em consonância com este achado as análises dos dados apontaram para uma herança predominante dos colonizadores açorianos e portugueses, confirmando que o legado genético masculino da população de Porto Alegre tem origem em seus colonizadores históricos. Um cenário diferente foi encontrado para o mtDNA, pois além da presença européia (69%), também foram detectadas linhagens ameríndia (21%) e africana (10%). A avaliação das seqüências ameríndias mostrou a presença Guarani e também pela primeira vez, considerando-se uma amostra gaúcha, a herança Kaingang. Finalmente, os dados comparativos com uma amostra de negros revelaram a possibilidade de que distintas dinâmicas de mestiçagem ocorreram na formação da população porto-alegrense. / The post-Columbian American populations, especially Brazilians, are mainly the result of intercrossings between European males and Amerindian or African females. However, regional and local particularities have been described. The main objective of this investigation was to reveal details about the formation of the Porto Alegre population using genetic markers. A sample of 290 persons phenotypically classified as white was investigated in relation to several uniparental genetic systems. Two-hundred and three men were genotyped considering twelve biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs) located in the non-recombinant region of the Y-chromosome, while the first hipervariable region (HVS-I) of the mitocondrial DNA (mtDNA) was sequenced in 172 individuals. The main origin of Y-chromosomes is European (~93%), the complementary fraction having a probable African origin. The Y-SNP haplogroup R1b3*, the most frequent in Iberian populations, is present in Porto Alegre with a frequency of 51%. These and other results show that the male contribution to this population is predominantly Azorean and Portuguese, confirming historical sources. A different scenario was oberved considering the mtDNA, because European (69%), Amerindian (21%) and African (10%) mtDNA sequences were identified. Restricting our attention to the sequences of Amerindian origin, it was Introdução possible to detect Guarani and for the first time considering a gaúcho sample, Kaingang heritages. The comparative analysis with a black sample revealed that distinct admixture dynamics have occurred in the formation of the Porto Alegre population.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-01T18:25:17Z No. of bitstreams: 1 2017_KeniaGracielledaFonseca.pdf: 3067456 bytes, checksum: ecb3a4e3d7dc7284d8149dec4305c2c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-11T22:33:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_KeniaGracielledaFonseca.pdf: 3067456 bytes, checksum: ecb3a4e3d7dc7284d8149dec4305c2c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-11T22:33:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_KeniaGracielledaFonseca.pdf: 3067456 bytes, checksum: ecb3a4e3d7dc7284d8149dec4305c2c7 (MD5) Previous issue date: 2017-08-11 / A variabilidade genética existente no maracujazeiro pode ser utilizada para diversificar o sistema de produção com a obtenção de produtos tecnológicos. Para a proteção de novas cultivares exige-se a utilização de descritores mínimos e ensaios de distinguibilidade, homogeneidade e estabilidade (DHE). Neste trabalho, objetivou-se caracterizar cultivares e matrizes de maracujazeiro azedo (Passiflora edulis Sims) e espécies e cultivares de maracujazeiro silvestre (Passiflora spp.) mediante a utilização de descritores morfoagronômicos e marcadores moleculares visando observar a capacidade dessas ferramentas em diferenciar as cultivares estudadas. Outro objetivo do trabalho foi validar os descritores propostos pelo Serviço Nacional de Proteção de Cultivares (SNPC). A caracterização morfoagronômica foi realizada na Embrapa Cerrados, Planaltina - DF; em propriedades rurais de Sobradinho - DF, Planaltina - GO, Núcleo Rural Tabatinga - DF e Núcleo Rural Pipiripau - DF e em dois viveiros localizados em Planaltina - DF. Utilizou-se uma lista com 33 descritores morfoagronômicos para a espécie silvestre Passiflora cincinnata, e para seis cultivares de maracujazeiro silvestre (BRS Pérola do Cerrado, BRS Estrela do Cerrado, BRS Rubiflora, BRS Roseflora, BRS Céu do Cerrado e BRS Rosea Púrpura) e 25 descritores morfoagronômicos para três cultivares de maracujazeiro azedo (BRS GA1, BRS SC1 e BRS RC) e para as cinco matrizes que deram origem à essas cultivares (CPMSC1, CPGA1, CPMGA2, BRSMR1 e CPACMJM08). Os descritores morfoagronômicos categóricos foram analisados por meio da distribuição de frequência e análises multivariadas e os quantitativos por análises de variância e comparação entre médias das cultivares. Foram também utilizados na caracterização das cultivares marcadores moleculares RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) e SSR (Simple Sequence Repeats). Os descritores morfoagronômicos foram eficientes para a caracterização dos maracujazeiros e para a quantificação da variabilidade genética entre as cultivares ou espécies. Verificou-se diferentes taxas de validação dos descritores devido a variações na classificação fenotípica ocasionadas pela influência ambiental. Os marcadores moleculares foram úteis na diferenciação das cultivares e na quantificação da variabilidade genética existente. No presente estudo, foram sugeridos alguns ajustes (inclusão de termos, classes fenotípicas e características, exclusão de algumas características) no documento orientador do MAPA (Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento) a fim de minimizar os equívocos e aumentar a precisão e acurácia dos descritores na diferenciação das cultivares. / The genetic variability in passion fruit can be used to diversify the crop system with new technological products. The use of minimum descriptors and distinctness, uniformity and stability (DUS) tests are required for the intellectual protection of new varieties. The purpose of this work was to characterize varieties and matrices of sour passion fruit (Passiflora edulis Sims) and wild passion fruit species and varieties (Passiflora spp.) using morphoagronomic descriptors and molecular markers to observe the ability of these tools to differentiate the varieties studied. Another goal was to validate the descriptors proposed by the Brazilian Plant Variety Protection Office (SNPC). The morphoagronomic characterization was performed at Embrapa Cerrados, Planaltina - Federal District; on farms at Sobradinho - Federal District, Planaltina - GO, Núcleo Rural Tabatinga - Federal District and Núcleo Rural Pipiripau - Federal District and in two seedlings farms located in Planaltina - Federal District. A list of 33 morphoagronomic descriptors was used for Passiflora cincinnata and other six wild passion fruit varieties (BRS Pérola do Cerrado, BRS Estrela do Cerrado, BRS Rubiflora, BRS Roseflora, BRS Céu do Cerrado and BRS Rosea Púrpura) and 25 morphoagronomic descriptors were used for three varieties of sour passion fruit (BRS GA1, BRS SC1 and BRS RC) and for the five matrices that gave origin to these varieties (CPMSC1, CPGA1, CPMGA2, BRSMR1 and CPACMJM08). The categorical morphoagronomic descriptors were analyzed by frequency distribution and multivariate analysis. The quantitative descriptors were evaluated by analysis of variance and comparison among averages of the varieties. Molecular markers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) and SSR (Simple Sequence Repeats) were also used for the characterization of varieties. The morphoagronomic descriptors were efficient for characterization of passion fruit and to quantify the genetic variability among varieties or species. Different validation rates for descriptors were observed because of variations in the phenotypic classification due to environmental influence. Molecular markers were useful to differentiate the varieties and to quantify the genetic variability among passion fruit species and varieties. In this study, some adjustments (inclusion of terms, phenotypic categories and characteristics, exclusion of some characteristics) were suggested in the MAPA (Brazilian Ministry of Agriculture Livestock and Food Supply) guiding document in order to minimize the misunderstandings and increase the differentiation among passion fruit varieties.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2017. / Submitted by Raiane Silva (raianesilva@bce.unb.br) on 2017-07-19T20:16:17Z No. of bitstreams: 1 2017_LuisFelipeRabelloTaveira.pdf: 14744186 bytes, checksum: 6705619a59c5356003b625a6d0488abb (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-09-12T18:51:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_LuisFelipeRabelloTaveira.pdf: 14744186 bytes, checksum: 6705619a59c5356003b625a6d0488abb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-12T18:51:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_LuisFelipeRabelloTaveira.pdf: 14744186 bytes, checksum: 6705619a59c5356003b625a6d0488abb (MD5) Previous issue date: 2017-09-12 / Imagens em alta resolução de microscopia são muito importantes no estudo de doenças em níveis celulares e sub-celulares. Os efeitos causados por muitas doenças, como o câncer por exemplo, geralmente manifestam-se como alterações na morfologia das células em escala microscópica. Investigar essas mudanças e suas correlações com dados moleculares e resultados clínicos podem levar a uma melhor compreensão dos mecanismos da doença, e permitir o desenvolvimento de novas formas de tratamento. Existem aplicações de bioinformática capazes de realizar análises qualitativas em amostras de tecidos humanos por meio do processamento desse tipo de imagem. Essas aplicações são parametrizadas e alterações nos valores de seus parâmetros de configuração podem causar impactos significativos na qualidade do resultado. Além disso, elas são pré-configuradas por um conjunto de parâmetros padrão que não são os ideais para todos os tipos de imagens que poderão ser analisadas. Dependendo do tamanho da imagem a ser processada, cada execução dessas aplicações pode levar horas em uma estação de trabalho comum. Neste trabalho foram utilizadas duas aplicações exemplo que, conforme os valores de parâmetros utilizados, podem ser ajustadas em bilhões de maneiras diferentes. Para encontrar combinações de parâmetros que melhorem a qualidade do resultado e reduzam o tempo de execução destas aplicações de maneira eficiente, foi proposto um sistema de ajuste automático de parâmetros multiobjetivo capaz de melhorar a qualidade da análise dessas aplicações em até 8,35x e de reduzir o tempo de execução em até 16,05x, testando-se apenas 100 pontos do espaço de busca. A fim de avaliar a capacidade de generalização do sistema de otimização em encontrar uma combinação de parâmetros que fosse capaz de otimizar múltiplas imagens ao mesmo tempo, realizou-se experimentos de validação cruzada em que foi possível atingir uma melhoria de até 1,15x na qualidade do resultado e de redução no tempo de execução médio em 10,25x. Para quantificar essas melhorias e as alterações na morfologia das células e tecidos em escala micro-anatômica foram desenvolvidas múltiplas métricas e mecanismos de consultas espaciais a fim de tornar essas análises mais precisas e eficientes. / High resolution microscopy images may greatly help the study of diseases at cellular and subcellular levels. The effects caused by many diseases, such as cancer, usually manifest themselves as changes in the morphology of cells on a microscopic scale. Investigating these changes and their correlations with molecular data and clinical outcomes may lead to a better understanding of the mechanisms of the disease, and allow the development of new forms of treatment. There are applications of bioinformatics capable of performing qualitative analyzes on human tissue samples through the processing of this type of image. These applications are parameterized and changes in the values of their configuration parameters can cause significant impacts on the quality of the result. In addition, they are preconfigured by a set of default parameters that are not ideal for all types of images that can be processed. Depending on the size of the image being analyzed, each execution of these applications can take hours on a regular workstation. In this work, two example applications were used. Each of them can be adjusted in billions of different ways according to the parameter values used. To find combinations of parameters that improve the quality of the result and reduce the execution time of these applications efficiently, we propose a multiobjective auto tuning system. This system is able to improve the quality of the analysis of these applications by up to 8.35x and also able to reduce the execution time by up to 16.05x by testing only 100 search-space points. In order to evaluate the generalization ability of the optimization framework to find a combination of parameters that is able to optimize multiple images at the same time, cross-validation experiments were performed in which it was possible to achieve an improvement of up to 1.15x on quality and reduction of the average execution time by 10.25x. To quantify these improvements and changes in the morphology of cells and tissues at the micro-anatomical scale, multiple metrics and spatial query mechanisms were developed to make these analyzes more accurate and efficient.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-07-01T12:53:13Z No. of bitstreams: 1 2016_ElonhaRodriguesdosSantos.pdf: 1709458 bytes, checksum: 80ecf5b6705ab5bc678b1b48e81bd39e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-07-26T22:10:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ElonhaRodriguesdosSantos.pdf: 1709458 bytes, checksum: 80ecf5b6705ab5bc678b1b48e81bd39e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-26T22:10:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ElonhaRodriguesdosSantos.pdf: 1709458 bytes, checksum: 80ecf5b6705ab5bc678b1b48e81bd39e (MD5) / A soja (Glycine max. (L.) Merrill) é uma importante alternativa alimentar na nutrição humana, apresenta alto teor e qualidade proteica, lipídios e vitaminas, além de ser considerada um alimento funcional. Entretanto, esse alimento é pouco usado pelos brasileiros devido ao sabor desagradável “beany flavor” atribuído pelas enzimas lipoxigenases. As lipoxigenases são dioxigenases que catalisam o oxigênio molecular aos ácidos graxos polinsaturados, formando compostos voláteis de cadeias curtas como aldeídos e cetonas, responsáveis pelos sabores indesejáveis. A inativação genética das lipoxigenases é considerada a alternativa mais eficiente de reduzir o sabor indesejável. Assim, a obtenção de cultivares de soja desprovidas dessas enzimas é um método interessante por manter as propriedades funcionais, contribuindo para otimização do sabor e aumentando sua aceitabilidade. Este trabalho teve como objetivo, obter genótipos de soja, com ausência das enzimas de lipoxigenases e que apresentem período juvenil longo com potencial para serem empregados no cultivo comercial, em regiões de baixa latitude no Cerrado Brasileiro. A etapa que analisou a introdução, crescimento e desenvolvimento da soja em baixa latitude foi realizada em Gurupi, TO. O desenho experimental foi de blocos ao acaso com quatro tratamentos e quatro repetições. Os tratamentos foram BRSMG 790A e BRS 257, cultivares de soja do tipo alimento: destinadas a alimentação; A7002 e M 8585, do tipo comum de grão, destinadas a produção de óleo e farelo. Avaliaram-se o crescimento e os componentes agronômicos. A análise de crescimento foi eficaz em avaliar a resposta biológica da soja do tipo de alimento, quando introduzida em baixas latitudes. As etapas seguintes que incluíram as hibridações, avanço das gerações F1 e F2 foram conduzidas em Brasília, DF. Os cruzamentos foram realizados em casa de vegetação usando genitores com período juvenil longo e genitores com ausência das enzimas lipoxigenases (destinadas ao consumo na alimentação humana). A geração F1 foi cultivada em canteiros na Estação de Biologia da UnB. Para realizar as avaliações agronômicas e determinação dos parâmetros genéticos foi instalado um experimento, na Fazenda Água Limpa (FAL), para avaliar as plantas da geração F2. Para determinar a presença e ausência das lipoxigenases foram realizadas analises, em laboratório, usando o método colorimétrico, nas progênies F2 com altura igual e superior a 70 cm. A análise dos componentes genéticos demostraram elevada probabilidade de ganhos por seleção evidenciada pelos elevados valores de herdabilidade, CVg/CVe nas populações F2, com seleção favorável para número de dias à maturação, altura de plantas, número de vagens por planta e rendimento. Entretanto, a influência ambiental elevada dificulta a seleção por altura de inserção de vagem. As correlações demostraram que é possível realizar seleções indiretas daqueles caracteres com menor herdabilidade para obter genótipos desejáveis. As hibridações entre cultivares de soja com período juvenil longo e cultivares com ausência de lipoxigenase, originaram na geração F2, 35 progênies de soja com período juvenil longo, com altura superior a 70 cm e ausência de lipoxigenases, com potencial de serem avançadas e lançadas como cultivar para a região do Cerrado. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Soybean (Glycine max. (L.) Merrill) is an important alternative food in human nutrition, has high content and quality protein, lipids and vitamins, and is considered a functional food. However, this food is rarely used by Brazilians due to the unpleasant taste "beany flavor" provided by lipoxygenase. The lipoxygenases are dioxygenase catalyzing the molecular oxygen to polyunsaturated fatty acids, forming volatile compounds such as short chain aldehydes and ketones, responsible for undesirable tastes. Genetic inactivation of lipoxygenase is considered the most efficient alternative to reduce the undesirable taste. Thus, to obtain soybean cultivars lacking these enzymes is an interesting method for maintaining the functional properties, contributing to optimize the flavor and increasing their acceptability. This study aimed to obtain soybean genotypes with absence of the enzyme lipoxygenase and present long juvenile period with potential to be used in commercial cultivation in low-latitude regions in the Brazilian Cerrado. The step which analyzed the introduction, growth and soybean development in low latitude was held in Gurupi, TO. The experimental design was a randomized block design with four treatments and four replications. The treatments were BRSMG 790A and BRS 257, food type soybean cultivars intended for food; A 7002 and M 8585, the common type of grain intended for production of oil and meal. They evaluated growth and agronomic components. Growth analysis is effective in evaluating the biological response of soybean food type, when inserted in the lower latitudes. The following steps that included hybridizations, advancement of F1 and F2 generations were conducted in Brasilia, DF. The crosses were carried out in a greenhouse using parents with long juvenile period and parents with the free-lipoxygenase (intended for consumption as food). The F1 generation was grown in flower beds in the UNB Biology Station. To perform the agronomic evaluations and determination of genetic parameters was installed an experiment in, Água Limpa Farm (ALF), to evaluate plant of the F2 generation. To determine the presence and absence of lipoxygenase analyzes were performed in the laboratory using the colorimetric method, the F2 progeny in height and more than 70 cm. Analysis of genetic components demonstrated high probability of selection gains evidenced by the high heritability values, CVg / CVe in F2 populations with a favorable selection for number of days to maturity, plant height, number of pods per plant and yield. However, the high environmental influence difficult selection by pod insertion height. The correlations demonstrated that it is possible to indirect selections of those characters with lower heritability for desirable genotypes. Hybridizations between soybean cultivars with long juvenile period and cultivars free-lipoxygenase, originated in the F2 generation, 35 soybean progenies with long juvenile period, taller than 70 cm and free-lipoxygenase, with potential to be advanced and released as cultivate for the Cerrado region.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Arquitetura e Urbanismo, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-06T15:57:15Z No. of bitstreams: 1 2016_FélixAlvesdaSilvaJúnior.pdf: 13968893 bytes, checksum: 184245970f68f29250d61e0a05908575 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-10-17T17:47:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FélixAlvesdaSilvaJúnior.pdf: 13968893 bytes, checksum: 184245970f68f29250d61e0a05908575 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-17T17:47:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FélixAlvesdaSilvaJúnior.pdf: 13968893 bytes, checksum: 184245970f68f29250d61e0a05908575 (MD5) / O presente trabalho propõe dois algoritmos Generativos de projeto urbano que foram definidos a partir da identificação de características urbanas capazes de garantir o Desempenho das soluções produzidas. O primeiro algoritmo foi pensado para a produção de quarteirões urbanos e o segundo para a produção de bairros. Para definir estes algoritmos foram identificados parâmetros urbanos que foram estruturados nos algoritmos propostos. As variáveis aqui definidas foram extraídas da Cidade Compacta e do Novo Urbanismo. Estes modelos urbanos têm como princípios a retomada das qualidades da Cidade Tradicional e a negação do Urbanismo Modernista. A utilização de algoritmos Generativos como ferramenta de suporte de Desenho Urbano foi proposta como forma de integrar métodos computacionais de projeto nas práticas de projetação da cidade. Haja vista que os processos projetuais urbanos não tem feito uso do projeto digital como a arquitetura tem feito. Mesmo o urbanismo paramétrico e o City Information Modeling ainda estão em processo de consolidação sendo poucos exemplos de projetos que efetivamente façam uso destes processos. Os algoritmos aqui definidos foram estabelecidos para que servissem de base para a produção de modelos paramétricos ou para o desenvolvimento de softwares específicos aos processos urbanos. Esta proposição surge do fato de que dentro do projeto generativo paramétrico a maior dificuldade do profissional é estabelecer quais os critérios devem ser contemplados pelo sistema generativo para a produção de soluções. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This paper proposes two Generative Algorithms for aid the Urban Design activity. In order to produce these algorithms we were identified urban characteristics able to ensure the performance of the produced solutions. The first developed algorithm has the capacity to produce urban blocks and the second one was produced to generate neighborhoods. To set these algorithms were identified urban parameters that were structured in the proposed algorithms. The urban parameters defined in this thesis are extracted from the Compact City and New Urbanism. These urban models have as principles the resumption of the qualities of the traditional city and the denial of Modernist Urbanism. The use of Generative Algorithms such as a tool to support the Urban Design process was proposed as a way of integrating computational design methods in the city design. The Urban Design processes have not made use of digital design as the architecture has made. Even the parametric urbanism and the City Information Modeling (CIM) are still in the process of consolidation. There are a few examples of urban projects that effectively make use of computational tools. The algorithms presented in this paper serve as the basis for the production of parametric digital models or to the development of a specific software to Urban Design process. This proposal results from the fact that within the generative parametric most difficult professional project is to establish the parameters to be used by the generative system for the production of solutions.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-graduação em Ciências Animais, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-21T16:00:40Z No. of bitstreams: 1 2016_ThaisaSant'AnnaLacerda.pdf: 1499558 bytes, checksum: 48c8eca28818c93efa244ac1a94db84e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-07T20:28:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ThaisaSant'AnnaLacerda.pdf: 1499558 bytes, checksum: 48c8eca28818c93efa244ac1a94db84e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-07T20:28:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ThaisaSant'AnnaLacerda.pdf: 1499558 bytes, checksum: 48c8eca28818c93efa244ac1a94db84e (MD5) / A prolificidade (número de cordeiros nascidos por ovelhas expostas à reprodução) está relacionada à taxa de ovulação e pode ser considerada como um parâmetro importante no aumento da produtividade. Atualmente, a fenotipagem dessa característica só pode ser avaliada em fêmeas em idade reprodutiva e, em geral, apresenta um custo relativamente alto para espécie. No entanto, esta é uma característica controlada por poucos genes de forma que pode ser factível a implementação de esquemas de seleção por marcadores moleculares. Três genes de efeito principal tem sido considerados para explicar grande parte dos fenótipos de partos múltiplos: GDF9, BMP15 e BMPR1- b. O presente trabalho foi executado de forma a aumentar o conhecimento dos polimorfismos existentes nestes genes em raças localmente adaptadas de ovinos bem como avaliar a possibilidade de aplicar conhecimento adquirido em programas de conservação e melhoramento no Brasil. No primeiro experimento, 252 animais da raça Morada Nova provenientes de testes de desempenho do Programa de Melhoramento genético participativo da raça foram genotipados para presença ou ausência do alelo FecGE do gene GDF9, inicialmente descrito apenas na raça Santa Inês. A referida mutação foi identificada em alta frequência na raça Morada Nova e ela não aparenta estar associada a características de produção/crescimento usadas nos testes de desempenho da raça Morada Nova. No segundo experimento, sequências completas dos genes: BMP15, BMPR1-b e GDF9 foram obtidas por dados de sequenciamento de nova geração de 75 ovinos de diferentes raças provenientes do repositório do Consórcio Internacional do Genoma Ovino (ISGC). Foram identificados um total de 1610 SNPs a partir de dados de sequenciamento de nova geração de 75 genomas ovinos. Pelo menos três SNPs foram identificados na região de exon dos genes BMPR1-b e BMP15, que resultaram em alterações não conservativa de aminoácidos e, portanto, são candidatos imediatos a serem testados em raças com históricos de partos múltiplos. A identificação e seleção destes SNPs serão usadas para compor um painel de baixa densidade para a prolificidade e, depois de validados em raças prolíficas com histórico de parto simples e múltiplos, poderão ser usados para otimizar programas de conservação e melhoramento de ovinos. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The prolificacy (number of lambs per sheep exposed to reproduction) is mainly related to ovulation rate and can be considered as an important parameter in sheep productivity. This phenotype can only be evaluated in reproductive age female and still has a reasonable cost. On the other hand, it is know this trait is controlled by few genes and it might be feasible to implement marker assisted selection scheme. Three major genes have been recognized to explain phenotypes related to litter size: GDF9, BMP15 and BMPR1-b. The objective of the present study was to increase the knowledge of existing polymorphisms in genes related to prolificacy in locally adapted sheep breeds and evaluate its use in conservation and breeding programs in Brazil. In the first experiment it was genotyped, for the FecGE mutation (GDF9), 252 Morada Nova animals who participated in breed performance tests The FecGE mutation is not restricted to Santa Ines breed and it was found in high frequency in Morada Nova sheep. In addition, this mutation does not appear to be associated with production traits used on performance tests of Morada Nova sheep breed. The second experiment was analyze the complete sequence of genes: BMP15, BMPR1-b and GDF9 from 75 sheep of different breeds from the International Consortium repository Genome Ovine (ISGC). It was identified a total of 1610 SNPs from 75 sheep genomes. Three SNPs from BMP15, BMPR1-b genes change in non-conservative amino acid. The identification and selection of these SNPs will be used to develop a low density panel for prolificacy that might be applied to conservation and breeding programs.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Mecânica, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-10-05T14:19:48Z No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoQueirozNeiva.pdf: 7130497 bytes, checksum: e113e90caf4fdd323c036d7af21eab61 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-12-01T20:08:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoQueirozNeiva.pdf: 7130497 bytes, checksum: e113e90caf4fdd323c036d7af21eab61 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T20:08:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoQueirozNeiva.pdf: 7130497 bytes, checksum: e113e90caf4fdd323c036d7af21eab61 (MD5) / O projeto conceitual de mísseis táticos impõe o desafio de lidar com uma ampla gama de variáveis e parâmetros de projeto e atender a determinados requisitos operacionais. Além disso, a limitação de recursos e a competitividade estabelece que seja obtida não somente uma solução que atenda aos requisitos, mas uma concepção mais vantajosa. Nesse contexto surge a necessidade de uma ferramenta de auxilio ao projetista, na fase de projeto conceitual de mísseis táticos, que empregue técnica de otimização multiparamétrica e multiobjetiva. O presente trabalho visa o desenvolvimento de uma ferramenta computacional para auxílio no projeto conceitual de mísseis táticos, mediante a otimização da configuração geral do míssil. O programa desenvolvido, denominado Scorpio 1.0, incorpora modelos teóricos simplificados e de rápida avaliação nas áreas de aerodinâmica, propulsão, peso e trajetória de voo. Para o processo de otimização é empregada técnica de algoritmos genéticos. O Scorpio 1.0 foi avaliado em diferentes etapas. Inicialmente foi verificada sua capacidade de otimizar a solução de uma função de teste. Em seguida foi averiguada a precisão dos modelos teóricos utilizados ao se comparar a previsão de desempenho e características, dada pelo programa, com os valores reais de um míssil de cruzeiro existente. Os resultados indicados pelo programa apresentaram boa aproximação dos dados do míssil real. Posteriormente foi verificada a capacidade de repetibilidade de resultados em execuções com configurações idênticas, quando o programa indicou soluções próximas nos diferentes casos. Por fim, o programa foi utilizado demonstrativamente para otimização de um míssil em fase de desenvolvimento no Brasil. Os resultados obtidos indicaram um míssil com massa de lançamento de aproximadamente 68% da previsão inicial dos participantes do projeto, atendendo aos requisitos e restrições de projeto, demonstrando assim a viabilidade do uso do programa Scorpio 1.0 para otimização de mísseis táticos em fase de projeto conceitual. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Conceptual design of tactical missiles imposes the challenge of dealing with a wide range of design variables and parameters and fulfilling certain operational requirements. In addition , limited resources and competitiveness requires not only a solution that meets the requirements , but a more advantageous design. In this context, the need for a tool to aid the designer in the conceptual design of tactical missiles arises, making use of multiparametric and multiobjective optimization techniques. The objective of this work is to develop a computational tool to assist in the conceptual design of tactical missiles, by the optimization of the general configuration of the missile. The developed program, called Scorpio 1.0, incorporates simplified theoretical models and rapid assessment in areas such aerodynamics, propulsion, weight and flight trajectory. For the optimization process is employed technique of genetic algorithms. The Scorpio 1.0 was evaluated in difentes steps. Initially it was verified its ability to optimize the solution of a test function. Then has been investigated the accuracy of the theoretical models used comparing the prediction of performance and features, foreseen by the program, with the data of an existing cruise missile. The results indicated by the program showed good approximation to the reference missile data. It was later verified the program‟s results repeatability capacity at different executions with identical configurations, when the program indicated close solutions in different cases. Finally, the program was used demonstratively for optimization of a missile under development at Brazil. The results indicated a missile with launch mass of approximately 68% of the initial value, foreseen by the project participants, while still meeting the requirements and restrictions, thus demonstrating the feasibility of using the Scorpio 1.0 for optimization of tactical missiles in conceptual design phase.

Tesis de Magíster en Bioquímica área de Especialización en Toxicología y Diagnóstico Molecular / La identificación humana a través del análisis de ADN se basa en la genotipificación de STRs (del inglés Short Tandem Repeat). En Chile la Ley 19.970 solicita establecer la huella genética con al menos trece STRs, los del sistema CODIS (del inglés Combined DNA Index System) del FBI (del inglés Federal Bureau of Investigation). En el 2012 el FBI propuso expandir el número de marcadores STRs de 13 a 21, y el año 2015 finalmente se propuso la expansión a 20 STRs. Debido a esto se dispuso en el mercado sistemas comerciales, dentro de los que se encuentra el sistema GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) que amplifica simultáneamente veintiún marcadores STRs autosómicos, un marcador STR del cromosoma Y, un marcador polimórfico del cromosoma Y (Y indel) y el marcador de sexo Amelogenina. Debido a que los datos de las frecuencias alélicas respaldan los cálculos estadísticos en los estudios forenses, y a que no se cuenta con las frecuencias alélicas de los marcadores STRs del nuevo núcleo CODIS para la población chilena, es esencial determinar las frecuencias alélicas de cada uno de estos marcadores STRs y establecer los parámetros forenses para evaluar la utilidad de cada marcador. En este contexto el objetivo del presente estudio fue determinar las frecuencias alélicas y los parámetros forenses de interés, para los veintiún marcadores STRs incluidos en el sistema comercial GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) para 920 muestras obtenidas de individuos no emparentados de diferentes ciudades de Chile. Se determinó para cada STR en estudio, la distribución de las frecuencias alélicas y los parámetros estadísticos forenses, PD (del inglés Power of Discrimination), PIC (del inglés Polymorphism Information Content), PE (del inglés Power of Exclusion), PM (del inglés Probability of a match), Heterocigotos esperados (He), Heterocigotos observados (Ho), equilibrio Hardy–Weinberg (HWE). Los parámetros forenses del presente estudio fueron comparados con los parámetros forenses de los STRs que actualmente se utilizan en Chile. Se determinó las frecuencias alélicas y los parámetros forenses. Los STRs estudiados mostraron un alto polimorfismo. Los tres STRs más informativos fueron SE33, FGA y D1S1656. Los marcadores STRs TPOX y D22S1045 fueron los menos polimórficos. No se observó desviación significativa del equilibrio de HWE (p>0,05). PD y PE combinado fueron mayor que 0,99999999. El conjunto de STRs estudiados presentó un alto poder de discriminación, ocho órdenes de magnitud más que los sistemas actualmente utilizados en Chile. Adicionalmente, se realizaron análisis entre las diferentes poblaciones estudiadas, Arica, Iquique, La Serena, Coquimbo, Santiago (sector público y privado), Chillan, Temuco y Puerto Montt. Para esto se determinaron las frecuencias alélicas y el HWE para cada marcador STR. Se determinaron los alelos privados y los valores de FST entre pares de poblaciones. Se observó desviación significativa del equilibrio de HWE (p>0,05), sin embargo, luego de la corrección de Bonferroni, no se observaron desviaciones HWE (p>0,00026). En cada población al menos dos alelos privados difieren. Se observaron valores bajos de FST, siendo el valor 0,00534 el más alto observado entre la población de Arica y Santiago sector público. El dendrograma construido a partir de la matriz de FST muestra diferencias entre poblaciones consistentes con la distribución geográfica. Se realizó un análisis de ancestría global, que muestra que la mayoría de los individuos estudiados se distribuyen entre el componente caucásico y el componente presuntamente amerindio En conclusión, las frecuencias alélicas determinadas en este estudio son útiles para ser usadas por la comunidad forense y estos marcadores STRs son altamente polimórficos en la población chilena. Con estos STRs solo se evidencio una pequeña diferenciación genética entre las poblaciones estudiadas / Human identification through analysis of the DNA is based on genotyping of polymorphic regions, known as STR (Short Tandem Repeat). In Chile the law 19.970 requests genotyping of at least thirteen STRs markers, autosomal STR loci of the CODIS (Combined DNA Index System) of FBI (Federal Bureau of Investigation) to establish the DNA fingerprinting of an individual. In 2012 the FBI proposed to expand the number of STRs from 13 to 21. Finally, in 2015 the FBI proposed to expand the number to 20 STRs. For this reason different kits being commercially available, such as GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) multiplex assay that amplifies 21 autosomal STR loci, 1 YSTR, 1 insertion/deletion polymorphic marker on the Y chromosome (Y indel) and sex determining marker Amelogenin. Because allele frequencies data support statistical calculation in forensic studies and due to the lack of allele frequency data for the Chilean population for CODIS core loci, it’s essential to determine the allelic frequencies of each of these STR markers. In this context, the aim of the present work is to estimated the allele frequencies and statistical parameters of forensic interest for the 21 autosomal STR loci included in the GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) in a set of 920 samples collected from unrelated individuals at different localities from Chile. Frequency distributions and the forensic parameters power of discrimination (PD), polymorphism information content (PIC), power of exclusion (PE) and the probability of a match (PM), expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho) and Hardy–Weinberg equilibrium (HWE) were determined for each of these STRs. The forensic parameters obtained in this study were compared with parameters of the STR markers currently used in Chile. This study showed a high levels of polymorphism in the simple set. The three most informative markers identified in this study were SE33, FGA and D1S1656. TPOX and D22S1045 were the least polymorphic markers. No deviations from HWE expectations (p>0,05) were found. Combined PD and PE were greater than 0,99999999. Offering a high power of discrimination, eight orders of magnitude more than the STR markers currently used in Chile. Additionally, an analysis was performed between populations, the allele frequencies and HWE were estimated for each of these STRs for different localities including Arica, Iquique, La Serena, Coquimbo, Santiago (Public and Private), Chillan, Temuco, and Puerto Montt. Private alleles and populations pairwise FST values were estimated. Statistically significant deviations from HWE expectations (p>0,5) were found; However, after using Bonferroni’s correction (p>0,00026) no deviations from HWE expectations were detected. At least two private alleles that differ in each population were found. Low FST values were observed, and the larger FST value between populations (Arica- Santiago Public) was 0,00534. The dendrogram constructed from Matrix of pairwise FST showed differences between populations that are consistent with the geographical distribution of Chile. A study was carried out of global ancestry that showed that the individuals studied are distributed between caucasian component and possibly amerindian component. In conclusion, the allele frequencies estimated in this study are useful for the forensic community. STRs markers are highly polymorphic in the Chilean population and more informative than STR markers currently used in Chile. The results do not show any appreciable differences between studied populations

Tesis para optar al grado de Magíster en Ciencias Agropecuarias mención Producción Animal / características de producción de leche y sólidos lácteos en tres rebaños Holstein ubicados en la Comuna La Unión, Región de Los Ríos. Para el estudio de los efectos no genéticos se estudiaron los años representados en su totalidad en los tres predios, por lo que el periodo evaluado fue desde 1994 – 2004 con un total de datos de 16.288. Los años fueron agrupados en cuatro periodos (1994-1996; 1997-1999; 2000-2002; 2003-2004), los meses fueron agrupados en trimestre (enero - marzo; abril - junio; julio - septiembre; octubre - diciembre) y para el número de parto se estudiaron los animales de 1 a 8 partos incluyéndose en este último las lactancias de más de ocho partos.