Orientador: Julio Defaveri / Resumo: A paracoccidioidomicose (Pbmicose) é micose sistêmica na qual complexos eventos inflamatórios e imunológicos são desencadeados pela interação fungo-hospedeiro, resultando em duas características importantes da doença: freqüente instalação de distúrbios imunorregulatórios e reação inflamatória granulomatosa. Este trabalho teve por objetivo estudar em pacientes portadores da forma crônica multifocal da Pbmicose, na fase pré-tratamento, as características da resposta granulomatosa em lesões de pele e mucosa, considerando suas populações celulares e a presença in situ de citocinas de padrão Th1 e Th2. Estes achados foram correlacionados com a gravidade clínica, níveis de competência imunológica humoral e celular e níveis séricos dessas mesmas citocinas. Foram estudados 27 pacientes com gravidade clínica moderada (13 pacientes), moderada/grave (8 pacientes), grave (5 pacientes) e não avaliada (1 paciente). As biópsias foram realizadas por punch de lesões de pele ou mucosa. Os soros foram separados de sangue obtido por punção venosa, e o teste cutâneo realizado pela paracoccidioidina. Nas biópsias foram analisados o número e padrão de distribuição de neutrófilos, eosinófilos, células gigantes, plasmócitos, linfócitos T CD3+ e CD8+, linfócitos B e células NK (estes três últimos caracterizados pela imuno-histoquímica), contagem de fungos e a detecção imuno-histoquímica de IL-4, IFN- , IL-10, TNF- e TGF- . No soro dos pacientes foram realizadas dosagens de IL-2, IL-4, IL-10 e TGF- e de anticorpos específicos anti-Pb por ensaio imunoenzimático (ELISA)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Paracoccidioidomycosis (Pbmycosis) is a systemic mycosis in which a complex inflammatory and immunological events are unchained by the interaction of the fungus (Pb) with the host tissues, resulting in two important characteristics of the disease: frequent immunoregulatory disturbances and a granulomatous inflammation. The aim of this work was to study in patients with the chronic multifocal form of Pbmycosis, before treatment, the characteristics of the granulomatous response in skin and mucosal lesions, considering the cellular populations and the presence in situ of Th1 and Th2 cytokines patterns. These results were correlated with the clinical severity, the levels of humoral and cellular immune competence and serum levels of those cytokines. Twenty seven patients were studied, distributed accordingly to clinical severity: moderate (13 patients), moderate/severe (8 patients), severe (5 patients), and not evaluated (1 patient). Punch biopsies were collected from skin or mucosal lesions, the serum obtained from venous blood samples to measured antibodies levels, and the skin test accomplished by the paracoccidioidin. In biopsies the following parameters were evaluated: the number and distribution pattern of neutrophils, eosinophils, giant cells, plasma cells, T CD3+ and CD8+ cells, B cells and NK cells (the last three characterized by immunohistochemistry), number of fungi, and detection of IL-4, IFN- , IL-10, TNF- and TGF- by immunohistochemistry. It was also measured the serum levels of IL-2, IL-4, IL-10 and TGF- and the level of specific antibodies anti-Pb by ELISA test. Specific granulomatous lesions, composed with epithelioid, well organized granuloma together with epithelioid loose, ill organized granuloma were observed in the same lesion of the dermis and submucosa. Neutrophils... (Complete abstract, click electronic address below) / Doutor

Orientador: Rubén Augusto Romero Lázaro / Banca: Marina Lavorato de Oliveira / Banca: Marcelo Escobar de Oliveira / Resumo: Neste trabalho é proposta a resolução de problemas multimodais usando duas diferentes meta-heurísticas: Algoritmo Genético de Chu-Beasley modificado e o Algoritmo Genético de Chaves Aleatórias Viciadas (BRKGA), com foco principal nos resultados obtidos por esta última. É feita especificamente a implementação das meta-heurísticas e comparação dos resultados obtidos por estas diferentes técnicas. Uma característica muito importante do BRKGA é a estruturação que permite separar o algoritmo em duas parcelas claramente diferenciadas, uma parcela que depende exclusivamente das características do BRKGA e, portanto, independente do problema que se pretende resolver e outra parcela que depende exclusivamente das características especificas do problema que pretendemos resolver. Essa característica geral do BRKGA permite que ele seja facilmente aplicado a uma grande variedade de problemas, já que a primeira parcela pode ser integralmente aproveitada na resolução de um novo problema. Por outro lado, o Algoritmo Genético de Chu-Beasley (AGCB) é caracterizado pela substituição de um único indivíduo no ciclo geracional e pelo controle máximo de diversidade, mas isto não é suficiente para resolução de problemas complexos e multimodais, sendo assim, é apresentado o AGCB modificado, onde o critério de diversidade é estendido, a população inicial e o descendente gerado no ciclo geracional passa por uma melhoria local. Essas características tornam-o competitivo justificando a comparação com o BRKGA / Abstract: In this work it is proposed the resolution of multimodal problems using two different meta- heuristics: Chu-Beasley's Genetic Algorithm and Biased Random Key Genetic Algorithm (BRKGA), focusing mainly on the results obtained by the latter. Specifically the imple- mentation and comparison of results obtained by these different techniques is made. There are several metaheuristics, each with its own specific characteristics which have advan- tages and disadvantages for the resolution of certain problems and in several ways in the implementation and results. A very important feature of the BRKGA is the structure that allows to separate the algorithm into two clearly different parts, one part that depends exclusively on the characteristics of BRKGA and therefore independent of the problem to be solved and another part that depends exclusively on the specific characteristics of the problem we intend to solve. This general feature of the BRKGA allows it to be readily applied to a variety of problems, because the first component part can be fully utilized to solve a new problem. On the other hand, Chu-Beasley's Genetic Algorithm (AGCB) is characterized by the replacement of a single individual in the generation cycle and by maximum control of diversity, but this is not enough to solve complex and multimodal problems, therefore it is presented the modified AGCB, where the diversity criterion is extended, the initial population and the descendant generated in the generational cycle passes through a local improvement. These features make it competitive, justifying the comparison with BRKGA / Mestre

Orientador: Sílvia Regina Rogatto / Banca: José Carlos Souza Trindade / Banca: Aparecido Donizete Agostinho / Banca: Cristina Victorino Krepischi Santos / Banca: Renata Coudry / Resumo: As alterações epigenéticas desempenham funções críticas na regulação de vários genes, funções celulares e conseqüentes mudanças no controle do ciclo celular. Estas modificações têm sido associadas ao desenvolvimento tumoral. Em câncer de próstata, muitos genes hipermetilados foram descritos e indicados como potenciais marcadores diagnósticos, incluindo RARB, RASSF1A, SFN e CDH1. O presente estudo tem como objetivo avaliar a freqüência da hipermetilação dos genes SFN, RARB, RASSF1A e CDH1 nos adenocarcinomas de próstata (CaP) e correlacionar essas alterações com a expressão gênica e proteica e com parâmetros clínicos e histopatológicos. O padrão de metilação dos genes SFN, RARB, RASSF1A e CDH1 foi determinado por PCR-metilação específica em 68 amostras de CaP e em 27 amostras de próstata não neoplásicas (PNN). Expressão dos transcritos RARB e RASSF1A foram avaliados por RT-PCR quantitativo em 73 amostras de CaP, 15 amostras de tecidos prostáticos adjacentes não neoplásicos (PAdj) e dois tecidos prostáticos normais (N). A expressão das proteínas foi avaliada por imunohistoquímica em 141 amostras de CaP, 40 PAdj e dois N. Os resultados foram correlacionados com parâmetros clinico-histopatológicos. A expressão proteica de E-caderina também foi investigada em uma série de 39 CaP e 27 PNN. Os genes RARB e RASSF1A apresentaram-se hipermetilados em CaP (P<0,0001 e P = 0,0017, respectivamente), mas nenhuma diferença foi detectada para SFN. Os níveis dos transcritos e proteínas RASSF1A foram semelhantes entre amostras de CaP e PAdj. Entre os tumores foi detectada a diminuição dos níveis de transcritos de RAR (P=0,001) e da proteína (P=0,0007). Níveis diminídos do mRNA foram associados com a hipermetilação de RARB. A expressão proteica de RAR era nuclear e citoplasmática nos tecidos tumorais. A análise multivaria... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Epigenetic alterations play critical roles in regulation of several genes and cellular functions and their deregulation may disrupt the cellular control leading to tumor development. In prostate cancer (PCa), many hypermethylated genes have been described and indicated as potential prostate cancer diagnostic markers, including RARB, RASSF1A, SFN and CDH1. The current study aimed to evaluate SFN, RARB, RASSF1A, and CDH1hypermethylation frequencies in prostate carcinoma (PCa) and to correlate these alterations with down-regulations at transcriptional and protein levels and with clinical outcome. Methylation pattern of SFN, RARB, RASSF1A and CDH1 were determined by methylationspecific PCR (MSP) in 68 PCa samples and 27 non-neoplastic prostate tissues (NNP). RARB and RASSF1A transcripts expression were evaluated by quantitative RT-PCR in 73 PCa, 15 adjacent nonneoplastic prostate tissues (AdjP) and two normal prostate (N). Methylation and mRNA analysis for RARB and RASSF1A were done in matched samples from 30 PCa and 10 AdjP. Protein expression assessed by immunohistochemistry was evaluated in an independent cohort of 141 PCa, 40 AdjP and two normal prostate tissues. Paired E-cadherin protein and methylation analysis was also investigated in 33 PCa and 20 NNP. The findings were correlated with clinicopathological parameters. RARB and RASSF1A genes were hypermethylated in PCa (P <0.0001 and P = 0.0017, respectively), but no difference was detected for SFN. RASSF1A mRNA and protein levels were similar in PCa and AdjP samples. Down-expression of RAR in transcript (P=0.001) and protein (P=0.0007) levels were detected in tumors. Lower mRNA levels were associated with RARB hypermethylation. Nuclear and cytoplasmic RAR protein expression was detected in tumor tissues. Multivariate analysis demonstrated that cytoplasmic RAR immunostaining was independently associated with decreased... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fátima Pereira de Souza / Banca: José Luiz Proença Módena / Banca: Karina Alves de Toledo / Resumo: O virus sincicial respiratório humano (hRSV) é o principal agente causador de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças menores que 5 anos de idade. Estudos de variabilidade genética tem identificado 2 grupos antigênicos de hRSV (A e B). A proteína G tem sido alvo destes estudos e tem fornecido informações importantes sobre as características clínicas e epidemiológicas do vírus. Os objetivos deste estudo foram determinar o genótipo, identificar o padrão de circulação das variantes de hRSV e comparar o diagnóstico apresentado por crianças provenientes de grupos clinicamente distintos. Foram colhidas amostras de aspirado nasofaringe de crianças menores que 6 anos de idade com IRA que freqüentaram uma creche municipal no período de julho de 2003 a setembro de 2005 e que foram internadas no Hospital de Base entre maio de 2004 e setembro de 2005 em São José do Rio Preto-SP. O diagnóstico viral foi realizado por RT-PCR e a genotipagem por sequenciamento da região variável (G2) do gene da proteína G. As árvores filogenéticas foram construídas a partir de alinhamentos das seqüências com outras disponíveis no GenBank para hRSV A e B. Foram identificadas 142 amostras positivas para hRSV (29% - 79/272 nas crianças hospitalizadas; e 7,7% -63/817 nas crianças da creche), das quais 61 foram genotipadas (29 da creche e 32 do hospital). Destas, 92% (56/61) pertencem a hRSV A e 8% (5/61) ao hRSV B. As análise filogenéticas hRSVA mostraram a existência de três agrupamentos, GA1, GA2 e GA5, que co-circularam durante o período analisado. Nos isolados de crianças de creche, houve apenas detecção de hRSV GA1 (isolados muito similares a cepa protótipo A2). Os isolados do subgrupo B pertencem ao genótipo BA - GB3 e foram identificados apenas nas crianças hospitalizadas. Nossos isolados foram similares aos identificados nas cidades de Ribeirão Preto, São Paulo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Not available / Mestre

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Banca: José Guilherme Vartanian / Banca: José Vassalo / Banca: Enilze Ribeiro / Banca: Paula Rahal / Resumo: O câncer de laringe ocorre em 25% dos carcinomas de cabeça e pescoço e compreende 2% de todas as doenças malignas. É comum o aparecimento de segundos tumores primários e, aproximadamente, 5% dos pacientes apresentam cânceres sincrônicos. Há várias evidências indicando que a população celular presente no fronte de invasão possui características moleculares diferentes das áreas tumorais superficiais, tornando esta região importante para avaliação prognóstica. Neste estudo foram investigadas por CGH cromossômico de alta resolução (HR-CGH) as alterações genômicas na área superficial e no fronte de invasão de carcinomas de laringe e selecionadas regiões específicas para serem avaliadas por outras metodologias para a confirmação dos resultados. O componente superficial e o fronte de invasão de 33 carcinomas de laringe fixados em formalina e em blocos de parafina foram avaliados por HR-CGH. Foram detectadas alterações comuns aos dois componentes assim como alterações exclusivas a cada um deles. Adicionalmente, foi investigada e confirmada a expressão aumentada da proteína ciclina D1 o gene CCND1 esta mapeada em 11q13) por análise de expressão em plataformas de microarranjos de tecidos contendo as areas do tumor e do fronte de invasão. Foi realizada também a análise de marcadores polimórficos de microssatélites mapeados em 3q e 18q em um grupo independente de 33 amostras (DNA tumoral e do sangue periférico) cujos resultados confirmaram as perdas encontradas nestas regiões cromossômicas. A expressão do gene CTTN (mapeada em 11q13) e de sua proteína foram avaliadas e revelaram que os altos níveis de expressão proteica foram correlacionados com invasão perineural nas células do fronte de invasão, sugerindo que esta área pode ser considerada como ferramenta prognóstica em carcinomas de laringe. Foram investigados os ganhos detectados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Laryngeal cancer occurs in 25% of head and neck carcinomas and comprises 2% of all malignant diseases. The appearance of secondary tumors is common and approximately 5% of patients present concurrent cancers. Preliminary evidence indicates that the cell population present at the source of the invasion front possesses distinct molecular characteristics to surface tumor areas, making this an important region for prognostic evaluation. In this study, genomic alterations in superficial areas and the invasion front of laryngeal carcinomas were investigated by high resolution chromosomal comparative genomic hybridization (HR-CGH) and specific areas were selected for evaluation by other methodologies to confirm the results. The superficial and invasion front components of 33 laryngeal carcinomas fixed in formalin and embedded in paraffin blocks were analyzed by HR-CGH. Alterations common to both components and those exclusive to each area were detected. Additionally, increased ciclin D1 (gene is mapped at 11q13) protein expression was confirmed through immunohistochemistry analysis of tissue microarray platforms containing superficial tumor and invasion front tissues. Polymorphic microsatellites markers mapped at 3q and 18q was also performed on an independent group of 33 samples (tumor and peripheral blood DNA); the results confirmed the losses verified in these chromosomal regions. Expression of the gene CTTN (mapped at 11q13) and its protein were evaluated revealing that high levels of protein expression were correlated with perineural invasion in invasion front cells, suggesting that this area could be considered a prognostic tool in laryngeal carcinomas. The gains detected at 2q24 by HR-CGH were confirmed by FISH and transcript analysis by qRT-PCR. It was found an association between copy number gains of ACVR1 and its overexpression with increased overall survival in laryngeal... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Neuroblastoma é um tumor do sistema nervoso periférico e uma das principais causas de mortalidade infantil por câncer no Brasil e no mundo. A característica marcante desses tumores é sua heterogeneidade clínica – as apresentações variam desde formas benignas e tratáveis até variantes extremamente agressivas, que levam o paciente a óbito em poucos meses. A fim de determinar as melhores estratégias para o tratamento desse câncer, um grande número de pesquisadores tem procurado por novos biomarcadores e alvos terapêuticos. Atualmente, o melhor marcador biológico para a progressão de neuroblastoma é a amplificação do gene MYCN, que ocorre na maioria dos casos mais agressivos. Entretanto, esse marcador não é capaz de discriminar entre todos os tipos de pacientes, demonstrando a necessidade de encontrarmos outros marcadores. Neste trabalho, reconstruímos a rede de regulação gênica de neuroblastoma utilizando ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas a fim de buscar novos biomarcadores e alvos terapêuticos para esta doença. Através dessa rede, analisamos uma assinatura de genes diferentemente expressos em metástases agressivas, buscando fatores de transcrição que pudessem estar envolvidos na progressão tumoral. Através dessa análise, observamos que MAX é um dos reguladores mestres do processo, e variações em sua expressão estavam correlacionadas com o desfecho de pacientes, sugerindo seu potencial como biomarcador. Além disso, também observamos o aumento do conteúdo de MAX em células de linhagem de neuroblastoma humano durante um protocolo de diferenciação experimental, sugerindo que essa proteína tem um papel muito mais central no controle do balanço entre proliferação e diferenciação do que previamente descrito. / Neuroblastoma is a peripheral nervous system tumor and one of the main causes of children cancer mortality in Brazil and in the rest of the world. The hallmark of these tumors is their clinical heterogeneity – presentations vary from benign and treatable to extremely aggressive variants, the latter leading the patient to death in just a few months. In order to come up with the best strategies for treatment and management of this cancer, a great number of researchers have been searching for novel biomarkers and therapeutic targets. To this date, the best neuroblastoma biomarker is the amplification of MYCN oncogene, which occurs in the majority of aggressive cases. However, this biomarker alone does not suffice to discriminate among all patients types, illustrating the need for finding other biomarkers. In this work, we reverse engineered the neuroblastoma gene regulatory network using systems biology and bioinformatics tools in order to find novel biomarkers and therapeutic targets. Using this network, we analyzed an aggressive metastasis gene signature to find transcription factors that could be involved in tumor progression. Through this analysis, we observed that MAX was a master regulator of this process, and that changes in its expression were associated with patient survival, suggesting its role as potential biomarker. Additionally, we observed that MAX content was increased in human neuroblastoma cell lines undergoing experimental differentiation. These results suggest that this protein has a much more central role in regulating the balance between proliferation and differentiation than previously described.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, Programa de Pós-Graduação em Informática, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-04-24T13:40:56Z No. of bitstreams: 1 2013_FernandoMachadoMendonca.pdf: 1941126 bytes, checksum: 14c4673df9cda4875e23e0c924101558 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-04-26T14:02:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_FernandoMachadoMendonca.pdf: 1941126 bytes, checksum: 14c4673df9cda4875e23e0c924101558 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-26T14:02:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_FernandoMachadoMendonca.pdf: 1941126 bytes, checksum: 14c4673df9cda4875e23e0c924101558 (MD5) / Quando uma nova sequência biológica é descoberta, suas características funcionais e estruturais devem ser estabelecidas. Para isso, a sequência é comparada com outras sequências, procurando por similaridades. A comparação de sequências é, então, uma das operações básicas em Bioinformática. O algoritmo mais preciso para executar compara- ções é o proposto por Smith-Waterman (SW), que é baseado em programação dinâmica e possui complexidade quadrática de tempo e espaço. Essa complexidade pode facilmente levar a um alto tempo de execução e uso de memória. Técnicas de processamento paralelo podem ser utilizadas para produzir resultados em menos tempo. Existem muitas versões paralelas do algoritmo SW na literatura que se executam em multicores, GPUs, FPGAs e CellBEs. Mesmo que existam algumas abordagens que executem o algoritmo SW em plataformas híbridas compostas por GPUs e multicores, elas alocam trabalho de forma xa, baseada no desempenho teórico das unidades de processamento ou nos resultados obtidos por benchmarks. Essa dissertação de Mestrado propõe e avalia uma estratégia otimizada e exível para executar o algoritmo SW em plataformas híbridas compostas por GPUs e multicores com extensões SIMD. A nossa estratégia fornece múltiplas polí- ticas de alocação de tarefas e o usuário pode escolher a que é mais apropriada para o seu problema. Propomos também um mecanismo de re-trabalho que trata situações que ocorrem quando nodos mais lentos recebem as últimas e maiores tarefas. Os resultados obtidos comparando sequências de busca com cinco diferentes bancos de dados genômicos em uma plataforma composta por 4 GPUs e 2 multicores mostram que a nossa aborda- gem é capaz de reduzir o tempo de execução em plataformas híbridas, quando comparada com soluções que utilizam apenas GPUs. Mostramos também que o nosso mecanismo de re-trabalho pode melhorar signi cativamente o desempenho na plataforma utilizada. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Once a new biological sequence is discovered, its functional and structural characteris- tics must be established. In order to do that, the newly discovered sequence is compared against other sequences, looking for similarities. Sequence comparison is, therefore, one of the most basic operations in Bioinformatics. The most accurate algorithm to execute pairwise comparisons is the one proposed by Smith-Waterman (SW), which is based on dynamic programming, with quadratic time and space complexity. This can easily lead to very high execution times and huge memory requirements. Parallel processing can be used to produce results faster, reducing signi cantly the time needed to obtain results with the SW algorithm. There are many parallel versions of SW in the literature, which run in multicores, GPUs, Field-Programmable Gate Arrays (FPGAs) and CellBEs. Even though there are some versions of SW that run on hybrid platforms composed of GPUs and multicores, they assign work in a xed way, based on the theoretical performance of the processing units or in the results obtained by some benchmarks. This MsC Disser-tation proposes and evaluates a exible and optimized strategy to run Smith-Waterman applications in hybrid platforms composed of GPUs and multicores with SIMD extensions. Our strategy provides multiple task allocation policies and the user can choose the one which is more appropriate to his/her problem. We also propose a workload adjustment mechanism that tackles situations that arise when slow nodes receive the last tasks. The results obtained comparing query sequences to 5 public genomic databases in a platform composed of 4 GPUs and 2 multicores show that we are able to reduce the execution time with hybrid platforms, when compared to the GPU-only solution. We also show that our workload adjustment technique can provide signi cant performance gains in our target platform.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-06-20T13:27:09Z No. of bitstreams: 1 2013_OdethMariaVieiraOliveira.pdf: 958824 bytes, checksum: 699de2c8b8419d534918f43f576fbf61 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-20T14:15:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_OdethMariaVieiraOliveira.pdf: 958824 bytes, checksum: 699de2c8b8419d534918f43f576fbf61 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-20T14:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_OdethMariaVieiraOliveira.pdf: 958824 bytes, checksum: 699de2c8b8419d534918f43f576fbf61 (MD5) / A doença celíaca (DC) é uma enteropatia crônica que tem componentes genéticos, ambientais e imunológicos envolvidos e que em indivíduos geneticamente susceptíveis, é causada pela ingestão de glúten, complexo protéicoencontrado no trigo, no centeio, na cevada e na aveia e em seus derivados.O tratamento da DC consiste na utilização de dieta isenta de glúten, devendo-se excluir estes cereais e seus derivados de forma permanente. Porém transgressões não intencionais à dieta podem ocorrer quando há contaminação por glúten em alimentos que supostamente deveriam ser isentos, o que se torna uma dificuldade para os celíacos e compromete o tratamento. Portanto, o objetivo deste estudo foiavaliar a presença de contaminação por glúten em feijão, um dos alimentos mais consumidos no Brasil, servidos em restaurante de auto-serviço. O estudo apresenta um caráter exploratório transversal e foi realizado em restaurantes de auto-serviço no Plano Piloto - Distrito Federal onde amostras de feijão comum (Phaseolusvulgaris L.)foram coletadas e posteriormente analisadas por meio da técnica ELISA. O resultado do estudo mostrou que 45% (n=9) dos restaurantes apresentaram contaminação por glúten em pelo menos em um dos dias avaliados e cerca de 16%(n=10) das amostras apresentavam contaminação por glúten. Tal fato reforça a falta de padronização no preparo de feijão, fator que expõe ao risco os portadores de DC.Assim, tornam-se necessárias ações de saúde pública voltadas para a garantia do acesso ao alimento de forma segura, evitando complicações relacionadas à doença, e promovendo melhoria da qualidade de vida destes indivíduos. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Celiac disease (CD) is a chronic enteropathy that has genetic components, environmental and immunological factors involved in genetically susceptible individuals. It is caused by ingestion of gluten found in wheat, rye and barley. The treatment for CD is a gluten-free diet (GFD) that permanently excludes these cereals. However, unintentional transgressions to the diet can occur when there is contamination by gluten in foods that are supposed to be gluten-free, which becomes a problem for celiac and harms the treatment. The aim of this study is to evaluate the presence of gluten contamination in beans served in self-service restaurants, one of the most consumed foods in Brazil. The study presents a cross sectional exploratory character and it was conducted in self-service restaurants in Brasilia, Plano Piloto Sector - Distrito Federal, where samples of common beans (Phaseolus vulgaris L.) were collected and later analyzed using the ELISA technique. The results of this study showed that 45% (n=9) of the restaurants showed at leat one gluten contamination per day and almost 16% (n=10) of the samples were contaminated by gluten. This shows the lack of standardization of the preparation of beans, a fact that exposes CD patients to great risk. Therefore, public health actions are necessary to ensure a safe access to gluten-free food, in order to avoid further complications related to celiac disease, and improve quality of life for these individuals.We also expect the results of this research to improve the menu planning in restaurants as to fulfill the actual clients' needs and in order to prevent celiac disease complications.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-07-16T19:38:07Z No. of bitstreams: 1 2009_LidiaAraujoMiranda.pdf: 5472186 bytes, checksum: 3bc128515fab954a95e110f39e6c356c (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-07-19T14:24:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_LidiaAraujoMiranda.pdf: 5472186 bytes, checksum: 3bc128515fab954a95e110f39e6c356c (MD5) / Made available in DSpace on 2010-07-19T14:24:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_LidiaAraujoMiranda.pdf: 5472186 bytes, checksum: 3bc128515fab954a95e110f39e6c356c (MD5) Previous issue date: 2009 / O Alinhamento Múltiplo de Sequências genéticas (AMS) é executado milhares de vezes ao dia por cientistas, a fim de identificar regiões de semelhança entre três ou mais sequências. Os alinhamentos múltiplos assim obtidos são usados na resolução de problemas complexos, como a determinação do histórico evolutivo das espécies. Por se tratar de um problema NP-completo, geralmente são utilizadas soluções heurísticas para a sua resolução. Dentre soluções adotadas, destaca-se o Algoritmo Genético (AG), que é um método iterativo não-determinístico, baseado nos princípios da Evolução das Espécies de Darwin. Apesar de apresentar soluções boas para o AMS, os algoritmos genéticos demandam um alto poder de processamento, que se traduz em um alto tempo de execução. Por essa razão, algumas estratégias paralelas foram propostas na literatura para acelerar a obtenção de alinhamentos múltiplos com AGs, geralmente utilizando a estratégia da ilha como base de paralelização. A presente dissertação de mestrado propõe e avalia uma estratégia paralela que utiliza Algoritmo Genético para o Alinhamento Múltiplo de Sequências, inspirada no modelo Multi-ilha. De maneira diferente das abordagens para AMS existentes na literatura, a estratégia proposta utiliza 3 Super Ilhas, onde cada Super Ilha implementa um modelo tradicional de ilhas. Os resultados obtidos com bases reais de proteínas mostram que a estratégia proposta é capaz de encontrar alinhamentos múltiplos de melhor qualidade em menor tempo, quando comparada com a estratégia de ilha tradicional. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Multiple Sequence Alignment (MSA) between genetic sequences is exhaustively done by scientists trying to identify matching regions within three or more sequences. The resulting multiple alignments are used in complex problems like the one of establishing genetic relationships between biological sequences. The MSA has been shown to be an NP-complete problem, therefore heuristic solutions are usually used to solve it. One of the solutions that has shown good results for MSA is the Genetic Algorithm (GA), a non deterministic iterative method, based on Charles Darwin's theory of evolution. Though presenting good results, the GA demands high amount of computing power, taking usually a lot of time to be executed. To speed up the sequential algorithms execution, parallel algorithms were proposed in the literature, most of them using the island strategy of parallelization. This masters dissertation proposes and evaluates a parallel strategy that uses Genetic Algorithms to the Multiple Sequence Alignment based on the Multi-island parallelization strategy. Di erently from other MSA strategies, the proposed strategy creates three Super Islands and each one executes a GA parallelized by the island strategy. The results were obtained with real protein banks and revealed that the proposed strategy is capable of nding better multiple alignments in a smaller amount of time, when compared to the conventional island strategy.

Submitted by wiliam de oliveira aguiar (wiliam@bce.unb.br) on 2011-06-20T15:09:07Z No. of bitstreams: 1 2010_DannielKennethBorgesCosta.pdf: 2738793 bytes, checksum: 8204f44f4be6aa456cde030ef1c5d1a2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(tempestade_b@hotmail.com) on 2011-06-21T19:28:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_DannielKennethBorgesCosta.pdf: 2738793 bytes, checksum: 8204f44f4be6aa456cde030ef1c5d1a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-21T19:28:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_DannielKennethBorgesCosta.pdf: 2738793 bytes, checksum: 8204f44f4be6aa456cde030ef1c5d1a2 (MD5) / Este trabalho foi motivado pela falta, na teoria existente de controle de sistemas caóticos, do emprego de redes neurais artificiais em conjunto com algoritmos genéticos no desenvolvimento de um sistema de controle adaptativo eficiente e que esteja em concordância com aspectos de sistemas caóticos como o uso de apenas pequenas perturbações, da ordem de 10-2, para efetuar o controle do sistema. Desta forma o objetivo deste trabalho é construir um software em linguagem de programação MATLAB, utilizando as teorias de redes neurais artificiais e algoritmos genéticos, capaz de controlar sistemas caóticos sobre órbitas periódicas. Como modelo de sistema caótico foi usado o sistema do atrator de Lorenz. Tal controle pode ser realizado através de um processo no qual uma pequena perturbação é aplicada a um sistema caótico a fim de gerar um comportamento desejado, caótico, periódico ou estacionário, no mesmo. Foram discutidas algumas questões de grande importância relacionadas ao controle do caos, como o problema de direcionamento, isto é, como trazer uma trajetória para uma vizinhança próxima de uma posição desejada no atrator caótico, bem como testada a flexibilidade do sistema de controle desenvolvido sob diversas condições. Em suma, este trabalho vem contribuir para a área de estudo de sistemas de controle de sistemas caóticos abordando conteúdos que, juntos, fornecem um poderoso método de controle evolutivo-adaptativo. Como resultado foi obtido um sistema de controle robusto a ruídos, a diferentes condições iniciais e a períodos de controle desligado. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This essay was motivated by the lack, in the existing theories of chaotic systems control, of use of artificial neural networks in conjunction with genetic algorithms in the implementation of an adaptive control system that is efficient and in accordance with aspects of chaotic systems such as the use of only small perturbations, around 10-2, to effect the control system. Thus the objective of this work is to build a software, on MATLAB programming language, using the theories of artificial neural networks and genetic algorithms, able to control chaotic systems on periodic orbits. As a model of chaotic system was used Lorenz`s attractor system. Such control can be accomplished through a process in which a small perturbation is applied to a chaotic system to generate a desired behavior, chaotic, periodic or stationary in it. Some important issues related to control of chaos are discussed, as the problem of targeting, how to bring a path to a neighborhood near a desired position in the chaotic attractor, and tested the flexibility of the control system implemented under various conditions. In short, this work contributes to the study of control systems of chaotic systems approaching subjects that together provide a powerful method of evolutionary and adaptive control. The result was a control system robust to noise, different initial conditions and periods where the control perturbations are off.