Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2011. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-10-17T11:57:12Z No. of bitstreams: 1 2011_MikaelAraujoGuimaraesLemos.pdf: 25221855 bytes, checksum: f7f4a4d0e6a3d9806b4cc224ebdda964 (MD5) / Approved for entry into archive by Leila Fernandes (leilabiblio@yahoo.com.br) on 2011-10-17T13:22:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_MikaelAraujoGuimaraesLemos.pdf: 25221855 bytes, checksum: f7f4a4d0e6a3d9806b4cc224ebdda964 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-10-17T13:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_MikaelAraujoGuimaraesLemos.pdf: 25221855 bytes, checksum: f7f4a4d0e6a3d9806b4cc224ebdda964 (MD5) / A infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV - Human immunodeficiencyVirus) caracteriza-se por uma imunossupressão progressiva e aumento da infectividade e replicação viral. Apesar dos exatos mecanismos moleculares envolvidos na patogênesedo HIV não terem sido completamente elucidados, diversos fatores genéticos do hospedeiro e do vírus foram descritos. Dentre os fatores virais, encontram-se alterações em domínios protéicos de regiões biologicamente ativas de várias proteínas virais. As proteínas acessórias Vif e Vpr participam de diversos mecanismos patogênicos. Dentro deste contexto este projeto teve como principal objetivo caracterizar o pool de seqüências dos genes vif e vpr presentes em amostras de DNA genômico de células de sangue periférico de oito pacientes, sendo três deles em dois estágios da infecção (inicial etardio). Foram obtidas 115 sequências, sendo 57 do gene vif e 58 do gene vpr. A salterações presentes nos diferentes domínios foram correlacionadas com as principais funções biológicas, com a progressão à doença (modelo de regressão linear simples) e com as estruturas terciárias das proteínas. Finalmente foram realizadas análises filognéticas de ambos os genes . Dentre as principais mudanças detectadas para os alelos de vif e vpr, podemos destacar : Em Vpr, L5P, S10P, R73G, R85P, R87K, V57A, G75K ,G75R, nos alelos presentes no estágio inicial e S94G, F72L, W54 por stop codon, presentes nos dois estágios de infecção. No caso de Vif as principais mudanças detectadas foram: W38L, W21 por stop codon, W38 por stop codon, nos alelos do estágio inicial e D101G e D101N em ambos os momentos. A análise da correlação entre as alterações presentes nos alelos de vpr e vif e os diferentes estágios clínicos da infecção pelo HIV-1, revelou que o score influencia a contagem de células CD4+. É possivel notar uma tendência no gráfico de regressão, onde quanto maior é o score, menor é o número de células CD4+. Há portanto uma forte correlação (r = -0,826 [Vpr] e r = -0,840 [Vif])entre as mudanças nas proteínas acessórias Vpr (score 1) e Vif (score 2) e a diminuição das células CD4+. As arvóres filogenéticas geradas com base nas sequências dos alelos de vif e vpr indicam uma tendência de agrupamento entre os alelos dos mesmos pacientes nos estágios iniciais de finais. Não houve significativa mudança estrutural nas sequências analisadas, quando comparadas com a estrutura terciária do consenso do subtipo B. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Human immunodeficiency virus (HIV) is caracterized by a progressive immunossupression and infectivity and viral replication increase. Although the exact molecular mechanisms involved in HIV pathogenesis have not been totally elucidated, several genetic factors of both host and vírus have been described. Among some viralf actors, there are alterations in protein domains of biologically active regions of several viral proteins. The accessory proteins Vif and Vpr participate of many pathogenic mechanisms. Taking this these ideas into consideration, this Project aimed at caracterizing the pool of sequences of vif and vpr genes present in genomic DNA samples of peripheral blood from eight patients, three of them from two different infection stages (early and late). Total of 115 sequences, 57 from vif gene and 58 from vpr gene were obtained. The alterations present at the different domains were correlated to the main biological functions, within the desease progression context (simple linear regression model), and with the protein’s terciary structure. Finally, filogenetic analysis were made for both genes. Among all detected mutations in vif and vpr aleles, we may highlight: in Vpr: L5P, S10P, R73G, R85P, R87K, V57A, G75K , G75R, ate the alleles present in the initiasl state and S94G, F72L, W54 for a stop cod on, present at both infection stages. In the Vif paradigm, the main detected changes were: W38L, W21 for a stop codon, in the early stage aleles and D101G e D101N in both moments. The correlation analysis of changes in vif and vpr aleles and the different clinical stages of HIV-1 infection showed that the influence score affect the CD4+ cells count. It is clearly possible to note a tendency in the regression graphic, being noticeable that when the score increases, CD4+ cells number decreases. Furthermore, there is a strong correlation between the changes in the accessory proteins Vpr (score 1) and Vif (score 2) and the diminish in the CD4+ cells count (r = -0,826 [Vpr] and r = -0,840 [Vif]). The filogenetic trees generated with regard to the sequence of the vif and vpr aleles indicate that there isa tendency in the gathering of the aleles of the same patients in the early and late stages. There hás not been noticed significant changes in the structure of the analysed sequences, when compared to the 3D consensus structure of the subtype B.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-11-22T13:12:41Z No. of bitstreams: 1 2013_LilianCarlaPereiraBarbosa.PDF: 1701428 bytes, checksum: abb99f8df21806bc866cb91ce409ff1d (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-11-26T13:03:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_LilianCarlaPereiraBarbosa.PDF: 1701428 bytes, checksum: abb99f8df21806bc866cb91ce409ff1d (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-26T13:03:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_LilianCarlaPereiraBarbosa.PDF: 1701428 bytes, checksum: abb99f8df21806bc866cb91ce409ff1d (MD5) / O íon ferro é fundamental para a homeostase celular; porém, pode ser altamente danoso ao organismo quando se encontra livre, pois sua capacidade de aceitar ou doar elétrons permite catalisar a formação de espécies reativas de oxigênio (ERO). Em circunstâncias normais, essa reação é minimizada pelo sequestro de ferro dentro de complexos com proteínas; na sobrecarga de ferro, os depósitos de ferro estão livres para promover a produção de ERO, sendo esta inevitável em pacientes que recebem transfusões frequentes, como na doença falciforme. A haptoglobina (Hp) é uma glicoproteína que se liga à hemoglobina (Hb) livre formando o complexo Hp-Hb que é essencial para a remoção de Hb do plasma, tendo um papel crucial contra o estresse oxidativo induzido por Hb. Outra proteína relacionada ao estresse oxidativo é a mieloperoxidase (MPO), uma enzima lisossômica com atividade microbicida oxigênio-dependente presente em monócitos e neutrófilos. Visto que ambas as proteínas apresentam polimorfismo genético que pode influenciar na proteção contra o estresse oxidativo, o objetivo do presente trabalho foi investigar a frequência dos polimorfismos nos genes da Hp e da MPO (G463A) em pacientes com doença falciforme (SS) e sua correlação com a gravidade clínica da sobrecarga de ferro, visando avaliar uma possível associação entre esses polimorfismos com a variabilidade clínica, a resposta aos tratamentos e o prognóstico, especialmente aqueles relacionados ao estresse oxidativo. Para tal, foi realizado um estudo transversal com amostra de conveniência composta por 78 pacientes com diagnóstico de doença falciforme atendidos no Hospital de Base do Distrito Federal (HBDF), sem e com sobrecarga de ferro. Os dados foram obtidos através de exames laboratoriais, questionário, pesquisa em prontuários e análises dos polimorfismos por métodos baseados na reação em cadeia da polimerase. Correlação positiva foi encontrada entre os genótipos de Hp e valores de ferritina (p=0,035; coeficiente de correlação de Spearman=0,239), tratamento com hidroxiureia (p=0,031; coeficiente de contingência= 0,369), internação por acidente vascular-cerebral (AVC) (p=0,023; coeficiente de contingência=0,379) e sequelas por AVC (p=0,031; coeficiente de contingência= 0,368), e entre os genótipos de MPO e número de internações no último ano (p=0,049; coeficiente de contingência= 0,332) e esplenectomia (p=0,024; coeficiente de contingência= 0,297). Associação significativa entre genótipos específicos da Hp e comorbidades também foram encontradas, enquanto para MPO os resultados sugeriram que a homozigose AA poderia potencializar os efeitos da asplenia. Desvio significativo no equilíbrio de Hardy-Weinberg foi observado apenas para o polimorfismo da Hp, sendo este compatível com deficiência de heterozigotos, sugerindo uma possível existência de seleção natural desfavorecendo o genótipo 1S-2 entre os pacientes com doença falciforme. Os resultados do Odds Ratio sugeriram a possibilidade de que principalmente o aumento de chances de hospitalização por AVC (OR= 6,346; IC 95%= 1,56–25,79; p=0,005) e de sequelas por AVC (OR= 6,556; IC 95%= 1,578–27,237; p=0,005) poderiam estar associados à menor frequência observada de 1S-2 em relação ao esperado. Apesar de não haver diferenças nas frequências genotípicas entre os grupos sem e com sobrecarga de ferro para nenhum dos polimorfismos analisados, quando analisadas as interações entre os polimorfismos, efeitos significativos foram mostrados apenas no grupo sem sobrecarga para o polimorfismo de Hp nos valores de proteína C-reativa ultra-sensível (PCR-us) (p=0,000) e número de transfusões (p=0,018), o mesmo ocorrendo em relação ao polimorfismo de MPO nos valores de PCR-us (p=0,000), e para a interação entre Hp/MPO também nos valores de PCR-us (p=0,000). Diferenças significativas nas comparações 2-a-2 foram observadas para MPO entre os genótipos GG e AA e entre GA e AA (p=0,000 para ambos). Apesar da associação reportada entre o fenótipo Hp1-1 e doença falciforme, nossos resultados corroboram outros indicando que existem *1diferenças entre os subtipos do alelo Hp . Esses resultados ressaltam a importância do presente estudo para um melhor entendimento do significado biológico do polimorfismo de Hp na variabilidade clínica e resposta aos tratamentos de indivíduos falcêmicos na nossa população, e também sugerem que a homozigose AA da MPO pode potencializar os efeitos da asplenia nesses indivíduos. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The iron ion is essential for cellular homeostasis; however, it can be highly damaging to the body when it is free, because its ability to accept or donate electrons allows the formation of reactive oxygen species (ROS) to be catalyzed. Under normal circumstances, this reaction is minimized by sequestering iron in complexes with proteins. However, in iron overload, iron deposits are free to promote the production of ROS, which is inevitable in patients who receive frequent transfusions, as occurs in sickle cell anemia. Haptoglobin (Hp) is a glycoprotein which binds free hemoglobin (Hb), forming the Hp-Hb complex that is essential for removal of plasma Hb, having a crucial role against oxidative stress induced by Hb. Another protein related to oxidative stress is myeloperoxidase (MPO), a lysosomal enzyme with oxygen-dependent microbicidal activity present in monocytes and neutrophils. Since both proteins show genetic polymorphisms that may influence the protection against oxidative stress, the objective of this study was to investigate the frequency of polymorphisms in the Hp and MPO ( G463A) genes of patients with sickle cell disease (SS) and its correlation with the clinical severity of iron overload, aiming to evaluate a possible association between these polymorphisms and clinical variability, response to treatment and prognosis, especially those related to oxidative stress. To this end, we conducted a cross-sectional study with a convenience sample comprising 78 patients with sickle cell disease treated at Hospital de Base do Distrito Federal (HBDF), with and without iron overload. Data were obtained from laboratory tests, questionnaires, the medical records and analysis of the polymorphisms by methods based on polymerase chain reaction. Positive correlations was found between Hp genotypes and values of ferritin levels (p=0.035, Spearman's correlation coefficient= 0.239), treatment with hydroxyurea (p=0.031, contingency coefficient= 0.369), hospitalization for stroke (p=0.023, contingency coefficient= 0.379) and sequelae of stroke (p=0.031, contingency coefficient= 0.368); and between MPO genotypes and number of hospitalizations in the past 12 months (p=0.049; contingency coefficient= 0.332) and splenectomy (p=0.024, contingency coefficient= 0.297). Significant associations between specific Hp genotypes and comorbidities were also found, while for MPO, results suggested that AA homozygosis could increase the effects of asplenia. Significant deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium was observed only for the Hp polymorphism, which was compatible with heterozygous deficit, suggesting a possible existence of natural selection disfavoring the 1S-2 genotype among patients with sickle cell anemia. Results of the Odds Ratio suggested the possibility that mainly increased chances of hospitalization for stroke (OR= 6.346; IC 95%= 1.56–25.79; p=0.005) and of sequelae from stroke (OR= 6.556; IC 95%= 1.578–27.237; p=0.005) could be associated with less frequently observed 1S-2 than was expected. Although no differences were observed in genotype frequencies between the groups with and without iron overload for any of the polymorphisms analyzed, when the interactions between the polymorphisms were analyzed, significant effects between subjects were shown only in the group without overload for Hp polymorphism in the values of high-sensitivity C-reactive protein (hs-CRP; p=0.000) and number of transfusions (p=0.018), with the same occurring for MPO polymorphism (p=0.000) and the interaction between Hp/MPO (p=0.000) with hs-CRP values. Significant differences in 2-to-2 comparisons were observed for MPO between the genotypes GG and AA (p=0.000), and GA and AA (p=0.000) in the hs-CRP levels. Despite the reported association between Hp1-1 phenotype and sickle cell disease, our results corroborate others *1indicating that there are biological differences between the Hp allele subtypes. These results highlight the importance of this study to better understand the biological significance of Hp polymorphism in the clinical variability and response to treatment of individuals with sickle cell disease in our population, and also suggest that MPO AA homozygosis may increase the effects of asplenia in these individuals.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2009. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-07T01:36:22Z No. of bitstreams: 1 2009_DanieleCristinaWondracek.pdf: 902770 bytes, checksum: 87070aa741b642a37265f82edf2b3ee2 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-07T01:40:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_DanieleCristinaWondracek.pdf: 902770 bytes, checksum: 87070aa741b642a37265f82edf2b3ee2 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-07T01:40:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_DanieleCristinaWondracek.pdf: 902770 bytes, checksum: 87070aa741b642a37265f82edf2b3ee2 (MD5) / A composição de carotenóides em frutas é complexa e variável. Por isso, métodos de extração e processos analíticos diferenciados precisam ser aplicados para uma determinação correta dos carotenóides. As frutas e os vegetais são suas fontes principais na dieta humana. Os carotenóides são responsáveis pela coloração da polpa do maracujá e de muitos frutos, flores e folhas. No Cerrado são encontradas mais de 40 espécies de Passiflora. Porém, o potencial de muitas dessas espécies é desconhecido do ponto de vista científico. Os objetivos deste estudo foram avaliar a influência da saponificação na determinação de carotenóides de cinco acessos de três espécies de maracujás do Cerrado (um acesso de P. cincinnata, um acesso de P. setacea e três acessos de P. edulis); a composição qualitativa e quantitativa de carotenóides da polpa de oito acessos de quatro espécies de maracujás do Cerrado (dois acessos de P. cincinnata, um acesso de P. nitida, um acesso de P. setacea e quatro acessos de P. edulis) e a diversidade genética entre esses maracujás do Cerrado com base no perfil de carotenóides presentes na polpa de seus frutos utilizando, como referência, o maracujáazedo comercial (P. edulis). Os carotenóides foram extraídos em acetona, metade deles foram saponificados e separados por HPLC e identificados segundo Rodriguez-Amaya (2001). Com base nas áreas dos picos dos carotenóides e na presença e ausência de carotenóides foram calculadas matrizes de distâncias euclidianas médias padronizadas entre os maracujazeiros e realizadas análises de agrupamento e de dispersão gráfica. Foram encontradas diferenças significativas entre as médias das concentrações de carotenóides em amostras saponificadas e não saponificadas. As polpas dos frutos dos maracujazeiros analisados apresentaram neoxantina, violaxantina, cis-violaxantina, anteraxantina, luteína, zeaxantina, -criptoxantina, poli-cis- -caroteno, prolicopeno, cis- -caroteno, -caroteno, -caroteno, 13-cis- -caroteno e fitoflueno. A caracterização dos maracujazeiros revelou diferenças qualitativas e quantitativas no perfil de carotenóides. Foram verificadas e quantificadas distâncias genéticas significativas entre os maracujazeiros com base nas áreas dos picos dos carotenóides e na presença e ausência de carotenóides. As diferenças encontradas nos maracujazeiros analisados tanto com relação à metodologia, à análise qualitativa e quantitativa de carotenóides e a diversidade genética reforçam a necessidade de caracterização, conservação e a utilização dessa valiosa fonte de recursos genéticos de maracujá existente no Cerrado. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The composition of carotenoids in fruits is complex and variable. Therefore, extraction methods and different analytical procedures must be applied to a correct determination of carotenoids. Fruits and vegetables are their main sources in human diet. Carotenoids are responsible by pulp color of passion fruit and many fruits, flowers and leaves. In Cerrado are found more of 40 Passiflora species. However, the potential of some of these species is unknown of scientific point of view. The objectives of the study was to evaluate the saponification influence in carotenoids determination of five accessions of three species of Cerrado passion fruit (one P. cincinnata accession, one P. setacea accession and three P. edulis accessions); qualitative and quantitative carotenoids pulp composition of eight accessions of four species of Cerrado passion fruit (two P. cincinnata accessions, one P. nitida accession, one P. setacea accession and four P. edulis accessions) and genetic diversity among these Cerrado passion fruit based on carotenoids profile in pulp fruit using commercial passion fruit (P. edulis) as reference. Carotenoids were extracted in acetone, half of them were saponified and separated by HPLC and identified according Rodriguez-Amaya (2001). Based on carotenoids peaks area and carotenoids presence and absence data were calculated standardized means euclidian distances matrices among passion fruit and to perform cluster and graphical dispersion analysis. Significant differences were found between the means carotenoids concentrations in saponified and not saponified samples. Pulp fruits of analyzed passion fruit showed neoxanthin, violaxanthin, cis-violaxanthin, antheraxanthin, lutein, zeaxanthin, -cryptoxanthin, prolycopene, poli-cis- -carotene, cis- -carotene, trans- -carotene, trans- -carotene, 13-cis- -carotene and phytofluene. The characterization of passion fruit revealed qualitative and quantitative differences in carotenoids profile. Were quantified and verified significant genetic distances among passion fruit based on carotenoids peaks area and carotenoids presence and absence. The differences found in analyzed passion fruit both with respect to methodology, qualitative and quantitative analysis of carotenoids and genetic diversity reinforce use, conservation and characterization necessity this valuable source of genetic resources of Cerrado passion fruit.

Tesis para optar al grado de Magíster en Finanzas / Esta tesis evalúa la eficiencia de los modelos predictivos, construidos a partir de algoritmos genéticos, redes neuronales y lógica borrosa para predecir el signo (dirección) de las variaciones semanales del Bono del Tesoro Americano a 10 años. Los modelos se estimaron a partir de precios de cierre semanales correspondientes al período entre 15 de Febrero del 2002 hasta el 27 de Octubre del año 2006. El modelo de redes neuronales con mil iteraciones obtuvo la mayor capacidad predictiva (medida a través del porcentaje de predicción de signo o PPS) y la mayor rentabilidad asociada a seguir las recomendaciones generadas por el modelo. Cabe recalcar que el precio del activo analizado en este estudio ha visto una disminución del precio a través del periodo de tiempo analizado.

As populações da América pós-colombiana, em especial as populações brasileiras, foram estabelecidas principalmente através de cruzamentos envolvendo colonizadores europeus e mulheres ameríndias ou africanas. No entanto, têm sido descritas particularidades regionais e locais. Desta forma, este trabalho objetivou esclarecer os detalhes da formação da população de Porto Alegre através de dados genéticos. Para isto uma amostra de 290 indivíduos fenotipicamente identificados como brancos foi investigada com relação a marcadores de linhagens uniparentais maternos e paternos. Duzentos e três homens foram genotipados para doze marcadores bialélicos (single nucleotide polymorphisms - SNPs ) presentes na região não recombinante do cromossomo Y, sendo também seqüenciada a primeira região hipervariável (HVS-I) do DNA mitocondrial (mtDNA) de cento e setenta e dois indivíduos. Com relação aos marcadores do cromossomo Y a freqüência dos SNPs mostrou um cenário predominante de cromossomos europeus (~93%), sendo o restante de cromossomos possivelmente de origem africana. Além disso, mais de 51% dos cromossomos genotipados pertencem ao haplogrupo R1b3*, amplamente distribuído em populações ibéricas. Em consonância com este achado as análises dos dados apontaram para uma herança predominante dos colonizadores açorianos e portugueses, confirmando que o legado genético masculino da população de Porto Alegre tem origem em seus colonizadores históricos. Um cenário diferente foi encontrado para o mtDNA, pois além da presença européia (69%), também foram detectadas linhagens ameríndia (21%) e africana (10%). A avaliação das seqüências ameríndias mostrou a presença Guarani e também pela primeira vez, considerando-se uma amostra gaúcha, a herança Kaingang. Finalmente, os dados comparativos com uma amostra de negros revelaram a possibilidade de que distintas dinâmicas de mestiçagem ocorreram na formação da população porto-alegrense. / The post-Columbian American populations, especially Brazilians, are mainly the result of intercrossings between European males and Amerindian or African females. However, regional and local particularities have been described. The main objective of this investigation was to reveal details about the formation of the Porto Alegre population using genetic markers. A sample of 290 persons phenotypically classified as white was investigated in relation to several uniparental genetic systems. Two-hundred and three men were genotyped considering twelve biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs) located in the non-recombinant region of the Y-chromosome, while the first hipervariable region (HVS-I) of the mitocondrial DNA (mtDNA) was sequenced in 172 individuals. The main origin of Y-chromosomes is European (~93%), the complementary fraction having a probable African origin. The Y-SNP haplogroup R1b3*, the most frequent in Iberian populations, is present in Porto Alegre with a frequency of 51%. These and other results show that the male contribution to this population is predominantly Azorean and Portuguese, confirming historical sources. A different scenario was oberved considering the mtDNA, because European (69%), Amerindian (21%) and African (10%) mtDNA sequences were identified. Restricting our attention to the sequences of Amerindian origin, it was Introdução possible to detect Guarani and for the first time considering a gaúcho sample, Kaingang heritages. The comparative analysis with a black sample revealed that distinct admixture dynamics have occurred in the formation of the Porto Alegre population.

Neuroblastoma é um tumor do sistema nervoso periférico e uma das principais causas de mortalidade infantil por câncer no Brasil e no mundo. A característica marcante desses tumores é sua heterogeneidade clínica – as apresentações variam desde formas benignas e tratáveis até variantes extremamente agressivas, que levam o paciente a óbito em poucos meses. A fim de determinar as melhores estratégias para o tratamento desse câncer, um grande número de pesquisadores tem procurado por novos biomarcadores e alvos terapêuticos. Atualmente, o melhor marcador biológico para a progressão de neuroblastoma é a amplificação do gene MYCN, que ocorre na maioria dos casos mais agressivos. Entretanto, esse marcador não é capaz de discriminar entre todos os tipos de pacientes, demonstrando a necessidade de encontrarmos outros marcadores. Neste trabalho, reconstruímos a rede de regulação gênica de neuroblastoma utilizando ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas a fim de buscar novos biomarcadores e alvos terapêuticos para esta doença. Através dessa rede, analisamos uma assinatura de genes diferentemente expressos em metástases agressivas, buscando fatores de transcrição que pudessem estar envolvidos na progressão tumoral. Através dessa análise, observamos que MAX é um dos reguladores mestres do processo, e variações em sua expressão estavam correlacionadas com o desfecho de pacientes, sugerindo seu potencial como biomarcador. Além disso, também observamos o aumento do conteúdo de MAX em células de linhagem de neuroblastoma humano durante um protocolo de diferenciação experimental, sugerindo que essa proteína tem um papel muito mais central no controle do balanço entre proliferação e diferenciação do que previamente descrito. / Neuroblastoma is a peripheral nervous system tumor and one of the main causes of children cancer mortality in Brazil and in the rest of the world. The hallmark of these tumors is their clinical heterogeneity – presentations vary from benign and treatable to extremely aggressive variants, the latter leading the patient to death in just a few months. In order to come up with the best strategies for treatment and management of this cancer, a great number of researchers have been searching for novel biomarkers and therapeutic targets. To this date, the best neuroblastoma biomarker is the amplification of MYCN oncogene, which occurs in the majority of aggressive cases. However, this biomarker alone does not suffice to discriminate among all patients types, illustrating the need for finding other biomarkers. In this work, we reverse engineered the neuroblastoma gene regulatory network using systems biology and bioinformatics tools in order to find novel biomarkers and therapeutic targets. Using this network, we analyzed an aggressive metastasis gene signature to find transcription factors that could be involved in tumor progression. Through this analysis, we observed that MAX was a master regulator of this process, and that changes in its expression were associated with patient survival, suggesting its role as potential biomarker. Additionally, we observed that MAX content was increased in human neuroblastoma cell lines undergoing experimental differentiation. These results suggest that this protein has a much more central role in regulating the balance between proliferation and differentiation than previously described.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:51:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho apresenta a ferramenta EvolUniT (Evolutionary Unit Testing), uma ferramenta para automatização de testes de unidade de código orientado a objetos (classes Java). A EvolUniT recebe como entrada uma classe Java a ser testada; gera uma classe de teste usando o framework JUnit; gera dados (parâmetros de construtores e métodos) inicialmente aleatórios para compor os casos de teste; e utiliza um Algoritmo Genético (AG) para evoluir os dados, de acordo com uma função de aptidão criada com base nas coberturas de código capturadas. A evolução dos dados se dá através de sucessivas execuções da classe sendo testada, até que um número máximo de gerações do AG seja atingido ou que uma cobertura máxima pré-definida seja atingida. A ferramenta foi implementada em Java, em forma de plug-in do Eclipse. A ferramenta proporciona uma semi-automação de testes de unidade, ao invés de automação completa, pois em alguns casos, o engenheiro de software ou de testes precisará complementar manualmente as classes de teste geradas. A vantagem desta semiautomação é que o conhecimento do desenvolvedor ou testador será acrescido aos testes gerados pela ferramenta, possibilitando assim melhores resultados. Foram realizados três estudos para avaliar a EvolUniT, e os resultados alcançados foram satisfatórios. A EvolUniT traz contribuições para duas áreas diferentes. Para a Engenharia de Software, com a semi-automação do processo de testes de unidade, reduz-se significativamente o tempo e o esforço por parte dos desenvolvedores, já que estes passam a usar seus conhecimentos para configurar a ferramenta, ao invés de escrever as classes de teste. Para a área de Computação Inteligente, a contribuição é na utilização de uma técnica de otimização evolutiva, os Algoritmos Genéticos, para resolver o problema da escolha de bons dados para testes estruturais, que nem sempre é bem resolvido por algoritmos convencionais ou técnicas aleatórias

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2017-11-27T16:10:28Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE de Sérgio Lima Jr.pdf: 11395127 bytes, checksum: 64129ee17955a89946e55a8c0535583c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-27T16:10:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE de Sérgio Lima Jr.pdf: 11395127 bytes, checksum: 64129ee17955a89946e55a8c0535583c (MD5) Previous issue date: 2016-09-13 / FACEPE / O câncer cervical é o terceiro mais comum no mundial. Entretanto, apenas um pequeno número das infecções causam lesões ou evoluem ao que câncer, indicando a ação de outros agentes. SNPs em genes de inflamassomas e citocinas tem sido associado com respostas a infecções virais e ao desenvolvimento de neoplasias. O estudo teve por objetivo investigar relação entre SNPs de genes do inflamassoma e citocinas com a infecção pelo HPV e com a progressão da neoplasia intraepitelial cervical em pacientes da Região Metropolitana do Recife. Os SNPs foram acessados por PCR-SSP, PCR-RFLP, sondas Taqman ou sequenciamento de DNA. Observou-se que o polimorfismo do TNF-α rs1800629 foi associado com um maior risco de infecção por HPV [p= 0.0008]; NLRP1 rs11651270 desempenhou papel de proteção contra a persistência e/ou oncogênese do HPV [p= 0.0003]; NLRP3 rs10754558 e IL-18 rs1834481 [p=0.0008 e p= 0.018, respectivamente] possuiam efeito benéfico contra a persistência do HPV; NLRP3 rs10754558, IL-18 rs1946518 e rs2227307 [p= 0.0004 e p= 0.0043, respectivamente] estão significativamente associados com menor risco de infecção por HPV de alto risco; enquanto os polimorfismos IL-1 rs1143634 e rs1143643 [p= 0.0001 e p= 0.04, respectivamente] estão associados à proteção pela infecção por HPV, sendo o rs1143634 associado à progressão de lesões cervicais uma vez que o HPV tenha se instalado [p= 0.0001]. Estes resultados ampliam o entendimento da relação entre polimorfismos nos genes dos inflamassomas e citocinas no risco de infecção por HPV e no desenvolvimento de lesões precursoras do câncer cervical. / Cervical cancer is the third most common in women worldwide. However, only a small number of infections cause injury or evolve to cancer, indicating the action of other agents. Inflamassomas SNPs in genes and cytokines has been associated with responses to viral infections and cancer development. The study aimed to investigate the relationship between SNPs inflammasome genes and cytokines with HPV infection and progression of cervical intraepithelial neoplasia in patients in the Metropolitan Region of Recife - Pernambuco - Brazil. SNPs were accessed by PCR-SSP, PCR-RFLP, Taqman probes or DNA sequencing. Our study showed that the TNF-α polymorphism of rs1800629 was associated with an increased risk HPV infection [P = 0.0008]; NLRP1 rs11651270 played a protective role against the persistence and / or HPV oncogenesis [p = 0.0003]; NLRP3 rs10754558 rs1834481 and IL-18 [P = 0.0008 and p = 0.018, respectively] had a beneficial effect against HPV persistence; NLRP3 rs10754558, rs1946518, and IL-18 rs2227307 [p = 0.0004 and p = 0.0043, respectively] are significantly associated with a lower risk of high-risk HPV infection; while IL-1 polymorphism rs1143634 and rs1143643 [p = 0.0001 and p = 0.04, respectively] are associated with protection by HPV infection, and the rs1143634 associated with progression of cervical intraepithelial lesions since the HPV has settled [p = 0.0001 ]. These results extend the understanding of the relationship beetwhen polymorphisms on inflammasome and cytokines genes in the risk of HPV infection and the development of precursor lesions of cervical cancer.

Made available in DSpace on 2018-08-01T21:35:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12337_Dissertação_Mariana Lugon Lima.pdf: 5042923 bytes, checksum: 3042cf7379a468141b3b304be85b4ca7 (MD5) Previous issue date: 2018-03-08 / Devido ao sucesso da genética forense na resolução de crimes, o aumento no processamento e análise de amostras requer dos laboratórios mudanças e novas metodologias, com a implementação de automação e sistemas informatizados. Atualmente mais de 60 países tem Banco de Dados Nacional de Perfis Genéticos. No Brasil, a implantação do banco nacional de perfis genéticos por meio do software CODIS se deu de maneira gradativa nos estados brasileiros. Até maio de 2017, dezoito laboratórios estaduais e um laboratório da polícia federal integravam a rede. A implantação de bancos de perfis genéticos aumenta a demanda para processamento e análise de amostras, e requer uma adaptação em termos de fluxo de trabalho, gerenciamento e capacidade de análise. Nesse sentido, o sistema LDNACr foi desenvolvido nesta Dissertação de Mestrado, a partir dos requisitos levantados no Laboratório de DNA Criminal da Polícia Civil do ES. Durante a validação, o sistema LDNACr demonstrou eficiência para o armazenamento de dados, permitindo que os mesmos possam ser organizados seguindo o fluxo de trabalho realizado no Laboratório, desde a chegada de amostras biológicas, até a análise de perfis genéticos gerados pelas mesmas. O sistema também conta com uma ferramenta de análise que demonstrou agilidade para a comparação e ordenamento conforme similaridade entre perfis genéticos de STR, além de fornecer com exatidão os resultados dos cálculos bioestatísticos mais utilizados na rotina forense: a Razão de Verossimilhança (RV), o Índice de Paternidade (IP) e a Probabilidade de Paternidade (PP). Os resultados dos cálculos foram validados por comparação com os resultados do software Familias 3, muito utilizado por vários laboratórios no mundo. O sistema LDNACr se apresenta como uma solução para aumentar a resolutividade e eficiência de Laboratórios de Genética Forense do país, diante da ausência de soluções específicas.

Orientador: Ana Maria Lima de Azevedo-Espin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-23T03:15:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lessinger_AnaClaudia_M.pdf: 10907680 bytes, checksum: 30669d53ab3f3b7f6ec7e0f388a5745f (MD5) Previous issue date: 1998 / Mestrado