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Perfil de MicroRNAs hepáticos pode regular apoptose, lesões vasculares e inflamação na dengue hemorrágica

OLIVEIRA, Layanna Freitas de 30 June 2016 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-07-19T12:20:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilMicroRna.pdf: 6022695 bytes, checksum: fd2a87ff6ebe80e553d7c993c5fe8f88 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-07-20T12:49:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilMicroRna.pdf: 6022695 bytes, checksum: fd2a87ff6ebe80e553d7c993c5fe8f88 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-20T12:49:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilMicroRna.pdf: 6022695 bytes, checksum: fd2a87ff6ebe80e553d7c993c5fe8f88 (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / IEC - Instituto Evandro Chagas / A dengue é a arbovirose mais prevalente no mundo, causada pelo vírus dengue (DENV) está presente em todos continentes. Por mais de três décadas tem sido um constante problema de saúde pública frequentemente fatal nos casos de dengue hemorrágica (DHF). A patogenia da dengue é intimamente relacionada à resposta imune do hospedeiro, atingindo quadros de inflamação exacerbada e autoimunidade transitória onde todos tecidos são atingidos, sendo o fígado um dos mais importantes no contexto de evolução dos quadros graves devido a intensa replicação viral nesse órgão e sua função significativa no metabolismo. O estudo de microRNAs (miRNA) como elementos regulatórios do metabolismo e da resposta imune durante a infecção é crucial para o entendimento dos mecanismos de regulação da expressão gênica durante a infecção pelo DENV, e pode auxiliar no desenvolvimento de métodos diagnósticos e terapias anti-virais. Utilizamos a abordagem de miRA-Seq, utilizando a plataforma MySeq (Illumina) para identificar o perfil de miRNAs expressos no tecido hepático parafinizado de dez casos de óbito por DHF, comparando com cinco amostras de tecido sem infecção por DENV. Oito miRNAs apresentaram expressão diferencial no fígado de pacientes com DHF, sendo o miR-126-5p (molécula de regulação da proliferação de células endoteliais), e miR-133a-3p, regulados positivamente na DHF e miR-122-5p (um miRNA hepatoespecífico), miR-146a-5p (regulador de Interferon), miR-10b-5p, miR-204-5p, miR-148a-5p, e miR-423-5p regulados negativamente. A análise funcional de vias KEGG e GO, a partir dos genes alvo preditos dos miRNAs superexpressos, identificou a maioria de vias de regulação daapoptose e da resposta imune com envolvimento de genes MAPK, RAS, CDK e FAS e da resposta imune com destaque para NF-kB, famílias CC e CX, Il e TLR. A mesma análise dos genes alvo dos miRNAs sub-expressos também identificou na maioria vias de apoptose e biossintéticas. No nosso conhecimento, essa é a primeira descrição in vivo do perfil de miRNAs no tecido hepático de pacientes com DHF. Os resultados em conjunto mostram uma provável relação dos miRNAs: miR-126-5p, miR-122-5p e miR-146a-5p com a patogenia do DENV no fígado no quadro de DHF através da regulação do reparo endotelial e permeabilidade vascular, controle da homeostase do fígado e regulação da expressão de citocinas inflamatórias. / Dengue is the most prevalent arbovirosis in the world caused by Dengue virus (DENV) and is present in all continents, for more than three decades has been a constant public health concern and often fatal by dengue hemorrhagic fever (DHF). The pathogenesis of dengue is closely related to the host immune response, reaching exacerbated inflammation and transient autoimmunity. All tissues are affected, which liver is one of the most important in severe conditions, due its intense viral replication and its significant role in metabolism. The study of microRNAs (miRNA) as regulatory elements of metabolism and immune response during infection is crucial to understanding the regulatory mechanisms of gene expression on DENV infection, and can help in diagnostic development of anti-viral therapies. We sequenced the miRNoma in MySeq platform (Illumina) to identify the miRNAs profile expressed in FFPE liver tissue, ten DHF fatal cases were compared to five control cases. Eight miRNAs exhibited differential expression in DHF liver, miR-126-5p, a regulatory molecule of endothelial cells, and miR-133a-3p are upregulated in dengue and miR-122-5p, a liver-specific miRNA, miR- 146a-5p, interferon regulator, miR-10b-5p, miR-204-5p, miR-148a-5p and miR-423-5p were downregulated. Functional analysis of KEGG pathways and GO terms with predicted target genes of overexpressed miRNAs found regulatory pathways of apoptosis and immune response, involving MAPK gene, RAS, CDK and FAS; immune response pathways showed NF- kB, CC and CX families, IL and TLR. The same analysis with target genes of downregulated miRNAs also identified in most pathways of apoptosis and biosynthetic pathways of metabolism. In our knowledge, this is the first description of the liver miRNA profile in DHF, the results together show a feasible relationship of miR-126-5p, miR-122-5p and miR-146a-5p with liver pathogenesis of DHF, through endothelial repair and vascular permeability regulation, control of homeostasis and liver expression regulation of inflammatory cytokines.
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Alterações genômicas quantitativas com potencial clínico no adenocarcinoma gástrico

ARAÚJO, Taíssa Maíra Thomaz 31 May 2016 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:00:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer gástrico é o quinto tipo tumoral mais frequente e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo. A despeito do progresso no tratamento do câncer gástrico avançado, o prognóstico do paciente permanece muito ruim, principalmente em decorrência do diagnóstico tardio. Esse paradigma implica a necessidade de pesquisar e identificar biomarcadores moleculares para o diagnóstico precoce, bem como para o monitoramento da doença, contribuindo ainda para o desenenvolvimento de novas abordagens terapêuticas. Desta forma, o presente estudo objetivou investigar alterações no número de cópias de DNA no adenocarcnoma gástrico através da técnica de Hibridização Genômica Comparativa em array (aCGH) e selecionar genes para a validação em um maior número de amostras, utilizando PCR em tempo real, no intuito de encontrar potenciais biomarcadores moleculares para esse tipo tumoral. Através dos resultados do aCGH, foram identificadas 22 alterações nunca correlacionadas com a carcinogênese gástrica, bem como diversas alterações associadas significativamente com o extravasamento da serosa e com pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos. Levando em consideração que a maioria dos genes observados alterados nunca foram descritos como envolvidos no processo de carcinogênese gástrica, foram selecionados para validação genes cujas alterações apresentaram alguma consistência com trabalhos já publicados na literatura em outros tipos de câncer. Assim, foram investigadas por PCR em tempo real as amplificações dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13. Os resultados demonstraram uma frequência elevada de amplificação desses genes, porém as associações estatísticas com os dados clínicopatológicos dos genes TRPV2, com pacientes jovens, e ABCA13, com o extravasamento da serosa, observadas pelo aCGH, não foram confirmadas. Por outro lado, novas associações significativas foram observadas, tais quais a amplificação recorrente do gene RTEL1, que foi associada com idade avançada e com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene B4GALT5, que foi associada com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene TRPV2, que foi associada com metástase linfonodal; a amplificação recorrente do gene ABCA13, que foi associada com metástase linfonodal e com pacientes do gênero masculino e a co-amplificação dos genes RTEL1 e ABCA13, que foi associada com estadiamento avançado. Desta forma, o aCGH mostrou-se uma ferramenta útil para a investigação de novos genes associados com a carcinogênese. Ademais, a amplificação dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13 parecem ter um papel importante no desenvolvimento e na progressão do câncer gástrico, podendo ser considerados potenciais marcadores desta doença. / Gastric cancer is the fifth most frequent type of cancer and the third cause of cancer mortality worldwide. Despite progression in treatment of advanced gastric cancer, the prognosis of patients remains poor, in part due to the low rate of diagnosis during its early stages. This paradigm implies the necessity to search and identify molecular biomarkers for early gastric cancer diagnosis, as well as for disease monitoring, thus contributing to the development of new therapeutic approaches. Therefore, this study aimed at investigating copy number variations in gastric adenocarcnoma through array Comparative Genomic Hybridization (aCGH) technique and selecting genes for validation in a larger sample size by using real-time PCR, in order to find potential molecular biomarkers for this tumor type. The aCGH results demonstrated 22 gene alterations never described before as correlated with gastric carinogenesis, as well as several alterations significantly associated with serosal extravasation and patients aged less than or equal 50 years. Given that most of the genes had never been described in gastric cancer, we selected for validation four gene alterations that showed some consistency with studies published in the literature for other types of cancer. Thus, we investigated by real-time PCR the amplifications of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 genes. The results showed a high frequency of amplification of these genes, but the statistical associations with clinicopathological data of TRPV2 gene with younger patients and ABCA13, with serosal extravasation, observed by aCGH, were not confirmed. Moreover, new significant associations were demonstrated, including RTEL1 recurrent amplification associated with advanced age and intestinal type of gastric adenocarcinoma; B4GALT5 recurrent amplification associated with intestinal type of gastric adenocarcinoma; TRPV2 recurrent amplification associated with lymph node metastasis; ABCA13 recurrent amplification associated with lymph node metastasis and male patients and co-amplification of RTEL1 and ABCA13 associated with advanced staging. Therefore, the aCGH proved to be a useful tool for the investigating new genes associated with carcinogenesis. Additionally, recurrent amplification of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 seem to have an important role in the development and progression of gastric cancer and can be considered as potential biomarkers for this disease.
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A influência dos polimorfismos nos genes interferons lambda 3 lambda 4 e ancestralidade genética na infecção crônica pelo vírus da hepatite c e na resposta ao tratamento em uma população miscigenada de Belém-Pará-Brasil

AMARAL, Ivanete do Socorro Abraçado January 2015 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-11T18:24:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_InfluenciaPolimorfismosGenes.pdf: 2208239 bytes, checksum: 29f61e47f1b2c51f28a75ce75f097348 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-09-25T16:58:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_InfluenciaPolimorfismosGenes.pdf: 2208239 bytes, checksum: 29f61e47f1b2c51f28a75ce75f097348 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-25T16:58:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_InfluenciaPolimorfismosGenes.pdf: 2208239 bytes, checksum: 29f61e47f1b2c51f28a75ce75f097348 (MD5) Previous issue date: 2015 / A infecção crônica pelo vírus da Hepatite C é um problema global de saúde pública em que mais da metade dos indivíduos infectados evoluem para a sua forma crônica bem como carcinoma hepatocelular. Este estudo objetiva descrever os polimorfismos nos genes da IL-28B e do IFNL4 na população de Belém com infecção crônica pelo vírus da hepatite C já que podem influenciar na resposta terapêutica e na história natural desta infecção. Trezentos e sessenta e seis pacientes foram atendidos no Hospital da Santa Casa de Misericórdia do Pará confirmados por RT-PCR e 243 controles. Os SNPS estudados foram determinados por técnica da PCR Real time e a ancestralidade foi avaliada usando 48 marcadores INDEL validados para populações parentais Europeu, Africano e Indígena. Foi encontrado contribuições de ancestraliade Africana, Europeia e Ameríndia em pacientes e controles, respectivamente (0,06 vs 0,04), (0,588vs 0,662), (0,275) vs (0,214). As frequências dos rs-860 C/C, C/T, T/T, (C/T e T/T) em pacientes e em controles, respectivamente foram: (21% vs 38%), (59% vs 48%), (19% vs 14%), (79% vs 62%). As frequências genotípicas nos rs-917 em pacientes e em controles não mostraram significância. As distribuições das frequências genotípicas no ss-590 foram semelhantes às encontradas no rs-860. Como preditores de resposta terapêutica: gênero feminino, idade abaixo de 45 anos, estágio de fibrose hepática F1F2, rs8099917 genótipo T/T, RNA HCV <600.000UI/ml e níveis de Plaquetas ≥ 150 x104/mm3. A resposta terapêutica se associou com o rs-917 T/T, o seu alelo mutante em homozigose ou heterozigose com falha terapêutica e F3 F4. Em conclusão, do ponto de vista da genética, uma única troca de base nitrogenada em um determinado cromossoma leva grandes repercussões em diferentes populações estudadas interferindo com aspectos relacionados a resposta terapêutica e história natural da infecção HCV. Estas informações poderiam levar a um tratamento individualizado com melhor perspectiva de resposta, aumentada vigilância para certos pacientes com maior probabilidade de evoluir para estágios mais avançados fibrose e carcinoma hepatocelular. / Chronic infection by Hepatitis C virus is a global public health problem in which more than half of infected people evolves to chronicity and can progress to cirrhosis with its complications as well as hepatocellular carcinoma. This study aimed to describe the polymorphisms in genes IL-28B and IFNL4 in a population of Belém with chronic infection by hepatitis C because they can influence the therapeutic response and the natural history of this infection. Three hundred and sixty-six patients were attended at Santa Casa de Misericórdia do Pará Hospital, confirmed by RT-PCR and 243 controls. The SNPs studied were determined by PCR Real Time technique and ancestry was assessed using 48 INDEL markers validated for European, African and Indian parental populations. Contributions of African, European and Amerindian ancestry were found in patients and controls, respectively (0.06 vs 0.04), (0,58 vs 0.662) (0.275) vs (0.214). The frequencies of rs-860 C/C, C/T, T/T (C/T and T/T) in patients and controls were respectively: (21% vs 38%), 59% vs 48%), (19% vs 14%), (79% vs 62%). The rs-917 genotype frequencies in patients and controls showed no significance and genotype frequencies in ss-590 were similar to those in rs-860. As predictors of therapeutic response: female gender, age below 45 years old, hepatic fibrosis stage (F1F2), rs-917 genotype T/T, HCV RNA <600.000UI/ml and platelets levels ≥ 150 x104 / mm3. Therapeutic response was associated with the rs-917 T/T and its mutant allele in heterozygous or homozygous was associated with therapeutic failure and F3 F4. In conclusion, from the point of view of genetics, one nitrogenous base exchange on a particular chromosome leads to large repercussions on different studied populations interfering with aspects related to the response to therapy, natural course of HCV infection. This information could lead to individualized treatment with better prospects of responses, increased vigilance for certain patients more likely to progress to more advanced stages of fibrosis and hepatocellular carcinoma.
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Associação de polimorfismos de biomarcadores do envelhecimento (TP53, MDM2, UCP2, HLA-G, IL-1a, IL-4 e NFkB1) com a capacidade funcional de idosos

PEREIRA, Esdras Edgar Batista 30 May 2016 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-06T14:06:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AssociacaoPolimorfismosBiomarcadores.pdf: 3667708 bytes, checksum: c6fe384e221c6f462e0411cf749bb9ce (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-10T13:05:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AssociacaoPolimorfismosBiomarcadores.pdf: 3667708 bytes, checksum: c6fe384e221c6f462e0411cf749bb9ce (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-10T13:05:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AssociacaoPolimorfismosBiomarcadores.pdf: 3667708 bytes, checksum: c6fe384e221c6f462e0411cf749bb9ce (MD5) Previous issue date: 2016-05-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / INTRODUÇAO: A capacidade funcional ou funcionalidade global do idoso é definida como a capacidade de gerir a própria vida ou cuidar de si mesmo, que é influenciada pelo grau de autonomia e independência do indivíduo. Na busca da compreensão dos mecanismos envolvidos no envelhecimento saudável e na manutenção da independência funcional, vários estudos tentam identificar genes candidatos que possam estabelecer a associação dos genótipos pesquisados com o fenótipo da aptidão física e com o declínio e perda da independência na vida adulta. OBJETIVO: O objetivo do presente estudo foi investigar a possível associação entre a variabilidade dos polimorfismos presentes em biomarcadores do envelhecimento (TP53, MDM2, UCP2, HLA-G, IL-1a, IL-4 e NFkB1) com a capacidade funcional do idoso. MATERIAL E MÉTODOS: Trata-se de um estudo transversal analítico comparativo, desenvolvido a partir da avaliação clínico-funcional e análise dos polimorfismos presentes em biomarcadores do envelhecimento. A análise clínica e funcional contou com uma avaliação das capacidades funcionais: atividade básica de vida diária (ABVD), atividades instrumentais de vida diária (AIVD), atividades avançadas de vida diária (AAVD), e o status funcional (PS-ECOG), sistemas funcionais: cognição (MEEM), humor (GDS-15), mobilidade (TUG) e risco de quedas (TT), Estado Nutricional (MAN) e Risco de Sarcopenia (PP). Foram incluídos oito polimorfismos (dois do TP53, MDM2, UCP2, HLA-G, IL-1a, IL-4 e NFkB1), que foram genotipados por uma reação de PCR multiplex seguida de uma eletroforese capilar. A análise dos amplicons de PCR foi realizada por eletroforese usando o sequenciador ABI Prism 3130 e o software GeneMapper ID v.3.2. RESULTADOS: Foram avaliados 228 idosos, na sua maioria mulheres (62%), com aproximadamente 70 anos de idade em média, com índice de comorbidade médio de 4,48 (±2,44) pontos, sedentários (53%), com histórico de tabagismo (58%) e possuidores de uma ancestralidade predominantemente européia. Identificou-se que os polimorfismos dos genes TP53, UCP2, HLA-G, IL-1a, IL-4 e NFkB1 apresentaram diferenças significativas em algumas variáveis funcionais entre os genótipos. As variáveis que mais diferiram entre os genótipos foram o status funcional (PS-ECOG), mobilidade (TUG), risco de quedas (TT) e o risco de sarcopenia (PP). Isso sugeriu possível associação desses polimorfismos com fatores de risco ou proteção, que na sua maioria não foram significativos. O polimorfismo do gene NFkB1 (rs28362491) foi o único biomarcador que demonstrou resultado de associação significante. O genótipo II desse polimorfismo apresentou associação com risco de sarcopenia (PP). Os idosos que possuíam esse genótipo apresentaram uma susceptibilidade três vezes maior para perda de massa muscular relacionada ao envelhecimento, quando comparado aos outros genótipos do mesmo gene. CONCLUSÃO: Assim, considerando os resultados do presente estudo, acredita-se que o uso de biomarcadores do envelhecimento, como um teste de rastreio populacional, pode favorecer a identificação de idosos com maior susceptibilidade ao desenvolvimento de modificações orgânicas e incapacidades funcionais. A identificação desse risco possibilitará o direcionamento de estratégias de prevenção, controle e tratamento de incapacidades físicas ligadas ao envelhecimento fisiológico ou patológico. / INTRODUCTION: The functional capacity and overall functionality of the elderly is defined as the capacity to manage their lives or take care of yourself, which is influenced by the degree of autonomy and independence of the individual. In search of understanding of the mechanisms involved in healthy aging and maintenance of functional independence, several studies try to identify candidate genes that may establish the association of genotype with phenotype studied physical fitness and the decline and loss of independence in adulthood. OBJECTIVE: The objective of this study was to investigate the possible association between the variability of polymorphisms on biomarkers of aging (TP53, MDM2, UCP2, HLA-G, IL-1a, IL-4 and NFkB1) with the functional capacity of the elderly. MATERIAL AND METHODS: This is a comparative analytical cross-sectional study, developed from the clinical and functional evaluation and analysis of polymorphisms on biomarkers of aging. The clinical and functional analysis included an assessment of functional capabilities: basic activity of daily living (ABVD), instrumental activities of daily living (AIVD), advanced activities of daily living (AAVD) and functional status (PS-ECOG) functional systems: cognition (MEEM), humor (GDS-15), mobility (TUG) and risk of falls (TT), Nutritional Status (MAN) and Sarcopenia risk (PP). Eight polymorphisms were included (two TP53, MDM2, UCP2, HLA-G, IL-1a, IL-4 and NFkB1) were genotyped by a multiplex PCR reaction followed by capillary electrophoresis. Analysis of PCR amplicons was performed by electrophoresis using the ABI Prism sequencer 3130 and GeneMapper ID v.3.2 software. RESULTS: A total of 228 elderly, mostly women (62%), with about 70 years old on average, with an average comorbidity index of 4.48 (± 2.44) points, sedentary (53%), with a history smoking (58%) and possessing a predominantly European ancestry. It was found that polymorphisms of the TP53 gene, UCP2, HLA-G, IL-1a, IL-4 and NFkB1 significant differences in functional variables between genotypes. The variables that most differed between genotypes were functional status (PS-ECOG), mobility (TUG), risk of falls (TT) and the risk of sarcopenia (PP). This suggested a possible association of these polymorphisms with risk factors or protection, which in most cases were not significant. The NFkB1 gene polymorphism (rs28362491) was the only biomarkers that demonstrated significant association results. The II genotype of this polymorphism was associated with risk of sarcopenia (PP). The elderly who had this genotype showed a three-fold greater susceptibility to muscle loss related to aging, when compared to other genotypes of the same gene. CONCLUSION: Therefore, considering the results of this study, it is believed that the use of biomarkers of aging, as a population screening test may favor the identification of elderly patients with increased susceptibility to the development of organic modifications and functional disabilities. The identification of this risk allows the targeting of strategies for prevention, control and treatment of disabilities linked to physiological or pathological aging.
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Estudo do papel das proteínas LYN, CKB e SRC na carcinogênese gástrica

MELLO, Adriano Azevedo de 28 April 2015 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:32:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EstudoPapelProteinas.pdf: 1960769 bytes, checksum: 15d801dd31a9d124e97a22426c8157fb (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-22T15:10:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EstudoPapelProteinas.pdf: 1960769 bytes, checksum: 15d801dd31a9d124e97a22426c8157fb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T15:10:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EstudoPapelProteinas.pdf: 1960769 bytes, checksum: 15d801dd31a9d124e97a22426c8157fb (MD5) Previous issue date: 2015-04-28 / O câncer gástrico (CG) é o quarto tipo câncer mais frequente e a segunda maior causa de mortalidade em todo o mundo. Um melhor entendimento da biologia da progressão dessa neoplasia é crucial para redução da taxa de mortalidade com o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas e de tratamento dos pacientes. Em nosso estudo, foram analisadas amostras de câncer gástrico, encontrando-se expressão elevada de mRNA e de proteínas das quinases SRC e LYN, e níveis diminuídos da quinase CKB. Essas alterações podem ter um papel na invasão e na metástase dos tumores gástricos. A expressão dessas três quinases também foram associadas com a expressão do oncogene MYC, um possível biomarcador para o câncer gástrico. Objetivando-se entender os mecanismos que regulam a expressão desses genes, avaliou-se os padrões de metilação dessas três quinases. Assim, descobriu-se que a hipometilação de SRC e LYN e a hipermetilação de CKB estavam presentes apenas nas amostras neoplásicas gástricas. A perda de metilação de SRC e LYN foi associada com aumento nos níveis de expressão de seus mRNA e proteínas, sugerindo que a metilação do DNA está envolvida na regulação da expressão dessas quinases. A frequência de hipermetilação e metilação parcial de CKB foi mais elevada em amostras de câncer gástrico do que em amostras gástricas não-neoplásicas; no entanto, a expressão de CKB estava apenas parcialmente regulada por metilação do DNA. Analisando os dados de expressão, descobriu-se que alterações nos padrões de metilação do DNA das três quinases estudadas também estavam associadas com o avanço do câncer gástrico, invasão tumoral mais profunda e a presença de metástase. Portanto, a expressão de SRC, LYN e CKB ou a metilação do DNA, relacionada a esses genes, podem ser marcadores preditivos úteis para a progressão tumoral e alvos estratégicos em terapêutica anticâncer. / Gastric cancer (GC) is the fourth most frequent cancer type and the second ighest cause of câncer mortality worldwide. A better understanding of the biology of the progression of this neoplasia is crucial to reducing the mortality rate with the development of novel patient management and therapeutic strategies. In this study, we analyzed gastric cancer samples and found elevated expression of SRC and LYN kinase mRNA and protein but decreased levels of CKB kinase, alterations that may have a role in the invasiveness and metastasis of gastric tumors. Expression of the three studied kinases was also associated with MYC oncogene expression, a possible biomarker for gastric cancer. To understand the mechanisms that regulate the expression of these genes, we evaluated the DNA methylation patterns of the three kinases. We found that SRC and LYN hypomethylation and CKB hypermethylation were only present in neoplastic gastric samples. The loss of SRC and LYN methylation was associated with increased levels of mRNA and protein expression, suggesting that DNA methylation is involved in regulating the expression of these kinases. The frequency of hypermethylation and partial methylation of CKB was higher in the gastric cancer samples than in the non-neoplastic gastric samples; however, CKB expression was found to be only partly regulated by DNA methylation. In an analysis of the expression data, we found that alterations in the DNA methylation pattern of the three studied kinases were also associated with advanced gastric cancer, deeper tumor invasion and the presence of metastasis. Therefore, SRC, LYN and CKB expression or DNA methylation could be useful markers for predicting tumor progression and targeting in anti-cancer strategies.
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Análises dos genes TP53, PTEN, IDH1 e IDH2 em tumores não gliais do sistema nervoso humano

LOPES, Cleiton Mendes 17 June 2016 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T13:33:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseGenesTP53.pdf: 906769 bytes, checksum: 868736765e91f437e42d5aca6b356441 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-30T12:15:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseGenesTP53.pdf: 906769 bytes, checksum: 868736765e91f437e42d5aca6b356441 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-30T12:15:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseGenesTP53.pdf: 906769 bytes, checksum: 868736765e91f437e42d5aca6b356441 (MD5) Previous issue date: 2016-06-17 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Apesar da considerável incidência, estudos de alterações genéticas nos genes TP53, PTEN, IDH1 e IDH2, em tumores não gliais, são raros e, em alguns casos, inexistentes. Os tumores não gliais são classificados geralmente como benignos e raramente evoluem à malignidade, apresentando diferentes classificações, incidências e localizações. Os genes supressores tumorais e de resposta a danos ao DNA, TP53 e PTEN, estão entre os genes mais frequentemente mutados em tumores humanos. Os genes IDH1 e IDH2 estão envolvidos no metabolismo celular e, também, foram encontrados frequentemente mutados em gliomas, melanomas e leucemias, sendo atualmente considerados como bons marcadores em gliomas. Foram realizadas análises de alterações genéticas nos genes citados, a fim de verificar se estão associados à etiologia e/ou progressão de tumores não gliais do Sistema Nervoso Humano (SNH). Foram utilizadas as técnicas de PCR-SSCP para amplificação da região de interesse e triagem mutacional das amostras para posterior sequenciamento. Foram analisadas 37 amostras de tumores não gliais (14 schwannomas, 3 Meningiomas, 4 Meduloblastomas, 2 Neurocitomas e 14 Metástases do Sistema Nervoso Central (SNC). Somente o gene IDH1 apresentou polimorfismos na SSCP em 12 (32,4%) amostras, sendo, então, submetidas ao sequenciamento. No entanto, as reações de sequenciamento foram satisfatórias em apenas em 5 amostras, entre as polimórficas, (1 metástase, 1 meningioma e 3 schwanomas,). Análises dessas 5 amostras identificaram diferentes mutações, uma delas, presente em todas, uma transversão T→A no éxon 4 do códon 106 do gene IDH1, resultando na substituição do aminoácido treonina por serina. Foram, também, identificadas outras mutações em regiões não codificantes (íntron 4) do gene IDH1 em duas dessas amostras. As mutações encontradas em nosso estudo ainda não haviam sido relatadas na literatura. Nossos resultados indicam a participação do gene IDH1 na patogênese desses tumores. / Despite the considerable incidence, studies of genetic changes in gene TP53, PTEN, IDH2 and IDH1, in not glial tumors are rare and, in some cases, nonexistent. Glial tumors are usually not classified as benign and rarely evolve to malignancy, with different classifications, effects and locations. The tumor suppressor genes and response to DNA damage, TP53 and PTEN are among the most commonly mutated gene in human tumors. The genes IDH1 and IDH2 are involved in cell metabolism and also were frequently found mutated in gliomas, melanomas and leukemias, currently being considered as good markers for gliomas. Genetic analyzes were performed in those genes, in order to verify that are associated with the etiology and/or progression of non-glial tumors of Human Nervous System (HNS). SSCPPCR techniques for the amplification of the region of interest and mutational screening of samples for subsequent sequencing were used. We analyzed 37 samples of non-glial tumors (14 schwannomas, meningiomas 3, 4 Medulloblastomas, 2 neurocytomas and 14 metastases of Central Nervous System (CNS). Only the gene IDH1 polymorphisms presented on the SSCP 12 (32.4%) samples, and then subjected to sequencing. However, sequencing reactions were satisfactory in only 5 samples, of the polymorphic, (1 metastasis, meningioma 1 and 3 schwannomas). Analysis of these samples have identified 5 different mutations, one present in all, one transversion T → A in codon 106 of exon 4 of the IDH1 gene resulting in amino acid substitution of threonine by serine. Were also identified other mutations in noncoding regions (intron 4) of gene IDH1 in two of these samples. The mutations found in our study had not yet been reported in the literature. Our results indicate the participation the gene IDH1 in the pathogenesis of these tumors.
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Impacto dos polimorfismos genéticos da enzima conversora de angiotensina sobre desfechos clínicos e ecocardiográficos em pacientes com insuficiência cardíaca não isquêmica / Impact of angiotensin-converting enzyme polymorphisms on clinical and echo-cardiographic outcomes in patients with non-ischemic heart failure

Felipe Neves de Albuquerque 04 June 2013 (has links)
O papel dos polimorfismos genéticos da ECA (PGECA) na insuficiência cardíaca (IC) como preditor de desfechos clínicos e ecocardiográficos ainda não está estabelecido. É necessário identificar o perfil genotípico local para se observar se o impacto clínico desses genótipos é igual entre populações estrangeiras e a brasileira. O objetivo deste trabalho foi determinar a frequência das variantes do PGECA e sua relação com a evolução clínica de pacientes com IC de etiologia não isquêmica de uma população do Rio de Janeiro, utilizando desfechos clínicos, ecocardiográficos e do Seattle Heart Failure Model (SHFM).Para isso, realizou-se análise secundária de prontuários de 111 pacientes, acompanhados de forma prospectiva e retrospectiva, além da análise genética com identificação da variante do PGECA e sua classificação. Os pacientes foram acompanhados em média por 64,93,9 meses, tinham 59,51,3 (26-89) anos, predomínio do sexo masculino (60,4%) e da cor da pele branca (51,4 %), mas com alta prevalência de pretos (36 %). A distribuição do PGECA observada foi: 51,4 % DD, 44,1 % DI e apenas 4,5 % II. Hipertensão arterial foi a comorbidade mais frequentemente observada (70,3 %). O tratamento farmacológico estava bastante otimizado: 98,2 % em uso de betabloqueadores e 89,2 % em uso de inibidores da ECA ou losartana. Nenhuma das características clínicas ou do tratamento medicamentoso variou entre os grupos. Cerca de metade da coorte (49,5 %) apresentou fração de ejeção de VE (FEVE) &#8804;35 %. O diâmetro sistólico do VE (DSVE) final foi a única variável ecocardiográfica isolada significativamente diferente entre os PGECA: 59,21,8 DD x 52,31,9 DI x 59,25,2 (p=0,029). Quando analisadas de maneira evolutiva, todas as variáveis (FEVE, DSVE e DDVE) diferiram de maneira significativa entre os genótipos: p=0,024 para &#8710;FE, p=0,002 para &#8710;DSVE e p=0,021 para &#8710;DDVE. O genótipo DI se associou ao melhor parâmetro ecocardiográfico (aumento de FEVE e diminuição de diâmetros de VE), enquanto que o DD e II apresentaram padrão inverso. Os valores derivados do SHFM (expectativa de vida, mortalidade em um ano e mortalidade em cinco anos) não variaram de forma significativa entre os genótipos, mas notou-se um padrão com o DD associado a piores estimativas, DI a estimativas intermediárias e II a valores mais benignos. Não houve diferença significativa entre desfechos clínicos isolados (óbitos: p=0,552; internação por IC: p=0,602 e PS por IC: p=0,119) ou combinados (óbitos + internação por IC: p=0,559). Na análise multivariada, o peso alelo D foi preditor independente da variação do DSVE (p=0,023). Em relação aos preditores independentes de óbito + internação por IC, foram identificados classe funcional NYHA final (p=0,018), frequência cardíaca final (p=0,026) e uso de furosemida (p=0,041). Em suma, a frequência alélia e das variantes do PGECA foram diferentes da maioria do estudos internacionais. O alelo D foi associado de forma independente à pior evolução ecocardiográfica. Não houve diferenças significativas em relação aos parâmetros derivados do SHFM, embora o genótipo II pareça estar associado com o melhor perfil clínico. Por último, não houve diferenças em relação aos desfechos clínicos entre os PGECA. / The role of angiotensin-converting enzyme polymorphisms (ACEGP) has not yet been established as predictors of clinical outcomes in Heart Failure (HF). The local genotype profile must be identified in order to discover whether the clinical impact of these genotypes is the same in the Brazilian and foreign populations. The objective was to define the frequency of ACEGP variants and its relationship with the clinical progress of HF patients with non-ischemic etiology for a population in Rio de Janeiro, using clinical outcomes, echocardiogram parameters and the Seattle Heart Failure Model (SHFM). The medical records of 111 patients monitored prospectively and retrospectively were studied through a secondary data analysis, in addition to a genetic analysis with identification of the ACEGP variant and its classification. Aged 59.51.3 (26-89) years old, the patients were followed for an average of 64.93.9 months, mainly men (60.4%) and white (51.4%), but with a high prevalence of black (36 %). The observed ACEGP distribution was: 51.4% DD, 44.1% DI and only 4.5% II. High blood Arterial Hypertension was the co- morbidity most frequently observed (70.3%). Pharmacological treatment was highly optimized: 98.2% were taking beta blockers and 89.2% were taking ACE inhibitors or losartan. There was no significant difference in clinical characteristics or medical treatment among the groups. Almost half the cohort (49.5%) presented a left ventricular ejection fraction (LVEF) of &#8804;35%. The final left ventricular systolic diameter (LVSD) was the only isolated echo-cardiographic variable that differed significantly among the ACEGP: 59.21.8 DD x 52.31.9 DI x 59.25.2 (p=0.029). When final and initial echocardiograms were compared, the variation of these variables (LVEF, LVSD and LVDD) differed significantly among the genotypes: p=0.024 for &#8710;EF, p=0.002 for &#8710;LVSD and p=0.021 for &#8710;LVDD. The DI genotype was associated with the best echocardiographic pattern (increased LVEF and smaller LV diameters), while DD and II presented an inverse pattern. The values derived from the SHFM (life expectancy, one-year mortality and five-years mortality) did not vary significantly among the genotypes, although a pattern was noted for DD associated with poorer estimates, intermediate DI estimates and II with the most benign values. There were no significant differences among clinical outcomes separately (deaths: p=0.552; hospitalization for HF: p=0.602 and emergency room visits for HF: p=0.119) or combined (deaths + hospitalization for HF: p=0.559). In the multivariate analysis, each copy of the D allele, was a predictor for LVSD change (p=0.023). In terms of independent predictors of death and hospitalization for HF, the following were identified: final functional class NYHA (p=0.018), final heart rate (p=0.026) and use of furosemide (p=0.041). Hence, the allele and ACEGP frequency differed from most of the international studies. The D allele was associated independently with the worst evolutive echocardiogram pattern. There were no statistically significant differences in terms of SHFM-based parameters, although genotype II seems to be associated with the best clinical profile. Finally, there were no differences in terms of the clinical outcomes among the ACEGP.
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Rastreamento de mutações no gene GBA como fator de risco ao desenvolvimento da doença de Parkinson na população brasileira

Beatriz de Carvalho Guimarães 09 February 2012 (has links)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais frequente, depois da doença de Alzheimer, com uma incidência de aproximadamente 3,3% na população brasileira acima dos 60 anos. Ela é caracterizada por uma perda dos neurônios dopaminérgicos da parte compacta da substância negra e pela presença de inclusões protéicas intracelulares denominadas corpúsculos de Lewy nos neurônios sobreviventes. A DP tem uma etiologia complexa que envolve interações genes-ambiente e múltiplos genes de susceptibilidade. Nesse contexto, mutações de perda de função no gene da glicocerebrosidase (GBA) têm sido bem validadas como importantes fatores de risco para a DP. Esse gene está localizado na região 1q21 e compreende 11 exons que codificam a enzima lisossômica glicocerebrosidase. O principal objetivo deste estudo foi investigar se alterações no gene GBA constituem um fator de predisposição para o desenvolvimento da DP na população brasileira. Para isso, um grupo de 126 pacientes brasileiros, não-aparentados, com DP (24 casos familiares e 102 isolados; idade média 66,4 11,4) foram analisados para mutações no GBA através do seqüenciamento completo de todos os exons e alguns íntrons. Sete alterações e um alelo recombinante, anteriormente encontrados em pacientes com a DP analisados em outros estudos, foram detectados (K(-)27R, IVS2+1G>A, N370S, L444P, T369M, A456P, E326K e RecNciI), assim como, uma variante nunca antes identificada associada à DP (G325G) e uma nova mutação (W378C), num total de 18 pacientes (14,3%). Além disso, foram encontradas três alterações intrônicas (c.454+47G>A, c.589-86A>G e c.1225-34C>A), que constam do banco de SNPs, entretanto, não foram associadas a nenhuma doença. Dentre todas as variantes identificadas, três são comprovadamente patogênicas (IVS2+1G>A, L444P e N370S) e foram encontradas em 5,5% da amostra, não sendo detectadas na amostra controle, indicando uma freqüência significativamente alta dessas mutações em pacientes com DP quando comparadas aos controles (P=0,0033). Esses resultados reforçam a associação entre o gene GBA e a DP na população brasileira, além de apoiar a hipótese de que alterações nesse gene representam um importante fator de susceptibilidade ao desenvolvimento da DP / Parkinsons disease is the second most common neurodegenerative disorder, after Alzheimers disease, with an incidence of 3.3% in Brazilian population over the age of 60 years. Its characterized by the degeneration of dopaminergic neurons within the substantia nigra pars compacta and the presence of intracellular protein inclusions called Lewy bodies in the surviving neurons. PD has a complex etiology which may involve gene-environment interactions and multiple susceptibility genes. In this context, loss-of-function mutations in the glucocerebrosidase gene (GBA) have been well-validated as important susceptibility factors for PD. This gene is located on 1q21 and comprises 11 exons that encode them lysosomal enzyme glucocerebrosidase. The main objective of our study was to investigate if alterations in the GBA gene constitute a predisposing factor for the development of PD in the Brazilian population. For this, a Brazilian cohort of 126 unrelated PD patients (24 familial and 102 sporadic cases; mean age: 66.4 11.4) were screened for GBA mutations by complete sequencing of the genes exons and some introns. Seven alterations and one recombinant allele, previously found in PD patients performed in other studies, were detected (K(-)27R, IVS2+1G>A, N370S, L444P, T369M, A456P, E326K e RecNciI), as well as, a variant never identified in PD patients (G325G) and one newly identi&#64257;ed variant (W378C), in a total of 18 patients (14.3%). In addition, were found three intronic changes (c.454 +47 G>A, c.589- 86A>G and c.1225-34C>A), which are present in the database of SNPs, however, were not associated with any disease. Among all the variants identified, three are proven pathogenic (IVS2 +1 G>A, N370S and L444P) and were found in 5.5% of the sample and not detected in the control sample, indicating a significantly higher frequency of these mutations in patients with PD compared to controls (P = 0.0033). Our results, have strengthened the association between the GBA gene and PD in the Brazilian population, in addition to support the hypothesis that alterations in this gene represent a significant genetic susceptibility factor for the development of PD
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Investigação de alterações em genes de microRNAs expressos no cérebro como causa de deficiência intelectual ligada ao cromossomo X / Mutational screening of X-chromosomal brain-expressed microRNA genes in male patients with X-Linked Intellectual Disability

Thainá Fernandez Gonçalves 28 January 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Deficiência Intelectual (DI) é uma condição definida como um funcionamento intelectual significativamente prejudicado, expresso juntamente com limitações em pelo menos duas áreas do comportamento adaptativo que se manifestam antes dos 18 anos de idade. A prevalência estimada da DI na população em geral é de 2-3% e um número expressivo de casos permanece sem um diagnóstico definitivo. Há um consenso geral de que a DI é mais comum em indivíduos do sexo masculino em relação aos do sexo feminino. Entre as explicações para este excesso está a concentração de genes específicos para a habilidade cognitiva no cromossomo X. MicroRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA não codificador que modulam a expressão gênica pós-transcricional de RNAs mensageiros alvo. Recentemente, estudos têm demonstrado a importância essencial dos miRNAs para o desenvolvimento e funcionamento cerebrais e sabe-se que o cromossomo X tem uma alta densidade de genes de miRNAs. Neste contexto, os miRNAs são candidatos potenciais como fatores genéticos envolvidos na Deficiência Intelectual Ligada ao X (DILX). Neste estudo, foram analisadas as regiões genômicas de 17 genes de miRNAs expressos no cérebro localizados no cromossomo X, com o objetivo de investigar o possível envolvimento de variantes na sequência destes miRNAs na DILX. Para este fim, selecionamos amostras de DNA genômico (sangue periférico) de 135 indivíduos do sexo masculino portadores de DI sugestiva de DILX de um grupo de mais de 1.100 pacientes com DI encaminhados ao Serviço de Genética Humana da UERJ. O critério de inclusão para este estudo era de que os probandos apresentassem um ou mais parentes do sexo masculino afetados pela DI que fossem interligados por via materna. As amostras de DNA dos pacientes foram amplificadas utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase, seguida por purificação e sequenciamento direto pelo método de Sanger dos fragmentos amplificados. Para avaliar a conservação dos 17 miRNAs foi realizada uma análise filogenética in silico incluindo sequências dos miRNAs selecionados de humanos e de outras 8 espécies de primatas estreitamente relacionadas. Não foram encontradas alterações nas sequências nos genes de 17 miRNAs analisados, mesmo diante do padrão genético altamente heterogêneo da população brasileira. Adicionalmente, a análise filogenética destes miRNAs revelou uma alta conservação entre as espécies comparadas. Considerando o papel dos miRNAs como reguladores da expressão gênica, a ausência de alterações e a alta conservação entre primatas sugerem uma forte pressão seletiva sobre estas moléculas, reforçando a sua importância funcional para o organismo em geral. Apesar de não termos encontrado variantes de sequência nos miRNAs estudados, o envolvimento de miRNAs na DI não pode ser completamente descartado. Alterações fora da molécula de miRNA precursor, nos fatores de processamento, nos sítios alvo e variações no número de cópias de genes de miRNAs podem implicar em alteração na expressão dos miRNAs e, consequentemente, na funcionalidade do miRNA maduro. Sendo assim, uma análise sistemática da expressão de miRNAs em pacientes com DILX é urgentemente necessária, a fim de desvendar novos genes/mecanismos moleculares relacionados a esta condição. / Intellectual Disability (ID) is defined as a significantly impaired intellectual functioning, along with limitations in at least two areas of adaptive behavior appearing before 18 years of age. The estimated prevalence of ID in the general population is 2-3% and a significant number of cases remain without a definite diagnosis. There is a general consensus that ID is more common in males compared to females. Among the explanations for this excess it is the concentration of specific genes for cognitive ability on the chromosome X. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that modulate post-transcriptional gene expression of target messenger RNAs. Recently, studies have demonstrated the essential importance of miRNAs for brain development and function and chromosome X has a high density of miRNA genes. In this context, miRNAs are potential candidates as genetic factors involved in X-Linked Intellectual Disability (XLID). In this study, the genomic regions of 17 brain-expressed miRNA genes located on the chromosome X were analyzed, aiming to investigate the possible involvement of sequence variants in these miRNAs in XLID. For this purpose, genomic DNA samples (peripheral blood) were obtained from 135 male patients with ID suggestive of XLID that were selected from a group of over 1,100 patients with ID referred to to the Human Genetics Laboratory of the State University of Rio de Janeiro. Inclusion criteria were at least two affected males in different generations related through maternal lineage. DNA samples from patients were amplified using the polymerase chain reaction technique, followed by purification and direct sequencing by Sanger method. To assess the conservation of the 17 miRNAs, in silico phylogenetic analysis was performed, including sequences of the chosen miRNAs from human and from other 8 closely related primate species. No sequence changes were found for the 17 miRNA genes analyzed, even in light of the highly heterogeneous genetic nature of the Brazilian population. Furthermore, phylogenetic analysis of the selected miRNAs revealed a high conservation among the compared species. Considering the role of miRNAs as regulators of gene expression, the absence of variations and the high conservation among primates suggest a strong selective pressure on these molecules, emphasizing their functional importance for the body in general. Although we have found no sequence variants in the miRNAs studied, the involvement of miRNAs in ID cannot be completely rejected. Alterations outside the precursor miRNA molecules, in the processing factors, in the target sites and changes in copy number of miRNA genes can result in abnormal expression of miRNAs and, consequently, in the functionality of the mature miRNA. Thus, a systematic analysis of miRNAs expression in patients with XLID is urgently needed in order to uncover new genes/molecular mechanisms related to this condition.
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Estudo do padrão cromossômico em síndrome mielodisplásica primária hipocelular e sua correlação com aspectos celulares e clínicos / Chromosomal pattern study in Hypocellular Primary Myelodysplastic Syndrome and its correlation with cellular and clinics aspects

Daiane Corrêa de Souza e Souza 04 May 2009 (has links)
A SMD primária hipocelular ocorre com uma frequência de 10-20% dos casos de SMD no adulto, no entanto, é o subtipo mais frequente na infância. O diagnóstico da SMD primária hipocelular é bastante difícil, pois devido à ausência de células na medula óssea esta pode ser confundida com a LMA hipocelular ou AA. O diagnóstico diferencial entre estas entidades hematológicas é de extrema importância devido a maior agressividade da LMA e a possibilidade de evolução da SMD para LMA. Além disso, SMD e AA são indicadas para o TCTH, entretanto, o regime de condicionamento pré-transplante é específico para cada doença. A combinação entre a análise morfológica, realizada através do mielograma e biópsia de medula óssea, e análise citogenética tem desempenhado um papel fundamental no reconhecimento da SMD primária hipocelular. Entretanto, estudos têm sido realizados para tentar melhorar o diagnóstico da doença levando em consideração as características biológicas da SMD como a presença de apoptose. Sendo assim, este estudo teve como objetivo caracterizar o padrão cromossômico da SMD primária hipocelular e correlacionar com aspectos celulares e clínicos. Foram analisados citogeneticamente 86 casos de SMD primária hipocelular, 74 AR, 10 com AREB e 2 com AREB-t. Dentre os pacientes com AR 50% apresentaram cariótipo anormal e todos os pacientes com AREB e AREB-t apresentaram cariótipo anormal. A alteração cromossômica mais frequente foi a del(17p), seguida de alterações envolvendo o cromossomo 7. Nossos resultados sugerem que o padrão cromossômico em SMD primária hipocelular é caracterizado principalmente por perdas parciais e completas de cromossomos (deleções e monossomias). A análise citogenética auxiliou no diagnóstico dos casos com suspeita de SMD primária hipocelular e foi uma importante ferramenta para a escolha do tratamento. O IPSS mostrou ser um bom sistema de escala prognostica para este grupo de pacientes. Alterações envolvendo o cromossomo 17 estiveram associados com o subtipo AR e características displásicas envolvendo o setor granulocítico, no entanto, a del(17p) também pôde ser observada no subtipo AREB. Para análise de apoptose foram utilizadas 42 amostras de pacientes com SMD, 23 com SMD hipocelular, 8 com SMD normocelular e 11 com SMD hipercelular. O índice de apoptose total nos casos de SMD primária hipocelular apresentou uma média de 9,5%, enquanto os pacientes com SMD primária normocelular e hipercelular apresentaram uma média de 12% e 14,1%, respectivamente. Pela análise de linhagens específicas as células já comprometidas com o programa de diferenciação celular parecem ser o principal alvo do programa de apoptose. Apesar dos pacientes com SMD primária hipocelular apresentarem índice de apoptose total mais elevado que os controles eles foram sempre inferiores aos apresentados pela SMD primária normocelular e hipercelular, com exceção dos eritroblastos que foram maiores nos casos de SMD primária hipocelular. O índice de apoptose total foi maior nos estágios iniciais da doença independentemente da celularidade da medula óssea. Os pacientes com del (11q) e del (17p) estiveram associados com a diminuição do índice de apoptose total. Nossos resultados sugerem que a hipocelularidade da medula óssea não é causada pelo processo de apoptose e sim provavelmente por algum defeito no programa de proliferação celular. / Hypocellular primary MDS occurs in a frequency of 10-20% of the adults MDS cases, however it is the most frequent subtype in childhood. Diagnosis of hypocellular primary MDS is very difficult, because the small number of cells in bone marrow and it can be confused with hypocellular AML or AA. The differential diagnosis between these hematologic entities is extremely important because of AML is more aggressive and the possibility of MDS evolve to AML. Besides, MDS and AA are indicated to HSCT, however, conditioning regimens before the transplantation is specific for each disease. The combination between morphologic analysis, carried out through mielogram and bone marrow biopsy, and cytogenetic analysis have been performed a fundamental role on the recognition of hypocellular primary MDS. However, studies have been carried out to try improving the MDS diagnosis considering the biological characteristics as the presence of apoptosis. Thus, the aim of this study was characterize the chromosomal pattern of hypocellular primary MDS and correlate with cellular and clinic aspects. It was analyzed 86 cases of hypocellular primary MDS, 74 RA, 10 RAEB and 2 RAEB-t. Patients with RA presented 50% of abnormal karyotype and all patients with RAEB presented abnormal karyotype as well as RAEB-t patients. The most frequent chromosomal alterations in this study was del(17p) followed by alterations involving chromosome 7. Our results suggest that chromosomal pattern in hypocellular primary MDS is characterized mainly by partial and complete loss of chromosomes (deletion and monosomy). The cytogenetic analysis aided in diagnosis of cases with suspicion of hypocellular primary MDS and it was an important tool for treatment choice. IPSS showed to be a good prognostic scoring system for this group of patients. Alterations involving chromosome 17 were associated with RA subtype and dysplastic characteristics involving granulocytic setor, however, we could see del(17p) in RAEB patients. For apoptosis analysis were used 42 samples of MDS patients, 23 with primary hypocellular MDS, 8 with primary normocelular MDS and 11 with primary hipercelular MDS. The total apoptosis index in cases of hypocellular primary MDS presented a average of 9,5%, whereas patients with primary normocelular MDS and primary hipercelular MDS presented an average of 12% and 14,1%, respectively. For the analysis of specific lineage cells already commited with cellular proliferation program appears to be the main target of apoptosis program. Despite of patients with primary hypocellular MDS presented total apoptosis index more raised than controls they were always lower than primary normocelular MDS and primary hipercelular MDS, except for eritroblasts that were higher in primary hypocellular. The total apoptosis index was higher in initial stage of the disease independently of the bone marrow cellularity. Patients with del(11q) and del(17p) were associated with decreasing of total apoptosis index. Our results suggest that the hypocellularity of bone marrow is not caused by apoptosis process, but probably by probably some defect in cellular proliferation program.

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