Los especies de cítricos y géneros afines pertenecen a la familia Rutaceae. Los cítricos son huéspedes naturales de siete viroides, pero solamente Citrus exocortis viroid (CEVd) y variantes específicas de Hop stunt viroid (HSVd) causan patologías (exocortis y cachexia, respectivamente) en especies sensibles. La mayoría de los cítricos son tolerantes a las infecciones viroidales salvo algunas especies que son sensibles y manifiestan síntomas. En variedades comerciales infectadas, es frecuente encontrar los viroides como infecciones múltiples. El objetivo de este trabajo es estudiar la respuesta de distintos genotipos de cítricos a la infección con viroides. Se ha caracterizado un aislado de campo que contenía CEVd (clase A), HSVd (variante no patogénica), CBLVd (variante tipo CVd-Ia) y CDVd (variantes de tipos CVd-IIIa y CVd-IIIb), y se ha estudiado su efecto en el comportamiento de árboles de naranjo dulce 'Navelina' y clementino 'Nules', ambos injertados sobre citrange Carrizo y mantenidos en condiciones de campo durante 10 años. Los árboles de ambos cultivares alcanzaron un tamaño inferior y su cosecha fue menor que la de los controles no inoculados. Las características de los frutos también resultaron afectadas: (i) Los frutos de naranjos infectados presentaban un tamaño, índice de madurez y contenido en zumo superiores a los de los controles no infectados; (ii) los frutos de clementinos infectados presentaban un tamaño y relación diámetro/altura mayores que los de los controles no infectados; (iii) En ambos cultivares, la densidad, contenido en sólidos solubles y acidez del zumo eran inferiores a los de los controles no infectados. Los árboles infectados tenían un sistema radicular poco desarrollado y mediante histología se demostró que sus raicillas contenían menos amiloplastos que las de los controles no inoculados. / Bani Hashemian, SM. (2009). RESPUESTA DE DISTINTOS GENOTIPOS DE CÍTRICOS Y GÉNEROS AFINES A LA INFECCIÓN CON VIROIDES [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/6283

La gastroenteritis ocasionada por rotavirus se encuentra entre las principales causas de morbilidad y mortalidad infantil. En el Perú rotavirus representa el 30% de las muertes por diarrea y 4% del total de defunciones, afectando principalmente a niños menores de 5 años. Desde el año 2009 el Perú implementó la vacuna contra rotavirus en su programa de vacunación universal, sin embargo, debido a la aparición de genotipos emergentes, es importante monitorear la diversidad del virus para evaluar los posibles efectos sobre la eficacia de la vacuna. Pese a esto, existen escasos reportes de la epidemiología de rotavirus en nuestro país. El objetivo del presente estudio es determinar la presencia y los genotipos G y P de Rotavirus en muestras provenientes de niños con gastroenteritis aguda atendidos en un hospital de Lima entre Octubre del 2013 y Octubre del 2014. Como metodología se utilizó el RT-PCR en tiempo real (qRT- PCR) para la detección del rotavirus y el RT PCR convencional para la genotipificación de las muestras positivas, asimismo se secuenciaron algunas muestras para determinar los genotipos finales. De las 448 muestras analizadas en el estudio, 45 (10%) tuvieron resultado positivo para rotavirus. Entre los genotipos identificados, G12 (40.9%), G2 (25%) y P[8] (77.3%) fueron los más frecuentes y la combinación G/P más dominante fue G12P[8] (54.5%). Los resultados evidenciaron una alta prevalencia de G12P[8]entre los casos positivos, genotipo no reportado previamente en el Perú. Se recomienda realizar nuevos estudios para evaluar las variaciones en la diversidad de rotavirus circulantes en el Perú y los posibles efectos ante la presión selectiva de la vacuna.Rotavirus gastroenteritis is one of the leading causes of morbidity and mortality in children. In Peru rotavirus represents 30% of deaths due to diarrhea and is responsible of 4% of the total deaths, affecting mostly children under 5 years. Peru implemented the rotavirus vaccine in its universal vaccination program since 2009. Due to the appearance of emerging genotypes, it is important to evaluate the diversity of the virus in order to determine possible effects on vaccine efficacy. However there are few reports on the molecular epidemiology of rotavirus in our country. The aim of this study was to determine the presence and Rotavirus G and P genotypes in samples from children with acute gastroenteritis attended in a hospital in Lima between October 2013 and October 2014. The method usedfor the detection of rotavirus was real time RT-PCR (qPCR) and conventional RT-PCR to determine the genotype of positive samples. Additionally, sequencing was used to confirm the final genotype of some samples. Of the 448 samples analyzed, 45 (10%) were positive for rotavirus.G12 (40.9%), G2 (25%) and P[8] (77.3%) were the most frequent genotypes and the most prevalent G/P combination was G12P[8] (54.5%). The results showed a high prevalence of G12P[8] among the positive cases. G12P[8] has not been previously reported in Peru. We recommend more in deep studies to identify the diversity of circulating genotypes in Peru.

Os rotavírus, membros da família Reoviridae, são uma importante causa de diarreia em mamíferos e aves. São partículas icosaédricas não envelopadas e seu genoma é formado por 11 segmentos de RNA fita dupla que codificam seis proteínas estruturais e seis proteínas não estruturais. O objetivo deste estudo foi caracterizar os genes codificadores das proteínas não estruturais (NSP1-5) e estruturais (VP1-4, VP6-7) dos rotavírus do grupo A em aves de criações comerciais (corte, postura, matrizeiros e avozeiros) localizadas em 12 estados brasileiros, seguido de análises de recombinação e pressão de seleção das amostras definidas. Um total de 226 amostras fecais foram triadas através de reações de RT-PCR tendo como alvo a amplificação da VP6 e NSP5. A frequência de ocorrência, baseada em cada uma destas provas, variou de 9,7% a 18,14%, respectivamente. Em seguida, 10 das amostras positivas foram processadas com primers específicos visando a amplificação dos demais genes, seguido do sequenciamento nucleotídico e filogenia baseada no método de maximum likelihood, tendo como modelos de substituição GTR (NSP1-3, VP1-3, VP4, VP6, VP7) e HKY (NSP4, NSP5) e 1.000 repetições de bootstrap. Foram definidas sequências parciais para os genes codificadores da VP1-4, VP6-7 e NSP1-4 e sequências completas para NSP5. As respectivas árvores demonstraram que as dez amostras definidas se agruparam em clados aviários previamente descritos. Duas constelações genotípicas foram caracterizadas: G19-P[31]-I11-R6-C6-M7-A16-N6-T8-E10-H8 e G19-P[31]-I4-R4-C4-M4-A16-N4-T4-E4-H4. Estes genotipos são tipicamente encontrados em aves, mas quando analisados em conjunto, esta é a primeira descrição destas constelações. Eventos de recombinação foram observados nos genes NSP2, VP1, VP3 e VP7. Pelo menos um códon com pressão de seleção positiva foi encontrado nos genes codificadores das proteínas NSP1, VP2 e VP3. Este estudo propicia um melhor entendimento acerca da epidemiologia e diversidade viral circulante nas criações aviárias brasileiras, servindo de base para o estabelecimento de medidas profiláticas mais eficazes. / Rotaviruses are members of the Reoviridae family and they are a common cause of acute diarrhea in several mammalian and avian species. They are non-enveloped icosahedral particles and its genome comprises 11 segments of double-stranded RNA, which encodes six structural proteins (VP1-4, VP6-7) and six nonstructural proteins (NSP1-6). The objective of this study was to characterize the RVA nonstructural and structural proteins coding genes (NSP1-NSP5, VP1-VP4, VP6 and VP7) from fecal samples from avian farms (broiler breeders, poultry, laying hens, and grandparents) raised in Brazilian commercial farms from 12 states, followed by recombination and selection pressure analysis from samples defined here. A total of 226 fecal samples were screened using a RT-PCR technique targeting the amplification of the VP6 and NSP5. The frequency of occurrence, using these techniques, ranging from 9.7% to 18,14%, respectively; and from these, ten samples were further processed with specific primers to amplify the remaining genes, followed by respective nucleotide sequencing of the amplicons and phylogeny based on method maximum likelihood, as substitutions models GTR (NSP1-3, VP1-3, VP4, VP6, VP7) and HKY (NSP4, NSP5) and 1.000 bootstrap repetitions. Partial nucleotide sequences of VP1-4, VP6-7, and NSP1-4, and complete from NSP5, were obtained in this study. The phylogenetic trees depicted that the ten Brazilian rotavirus strains segregated with previous avian RVA described elsewhere. Two avian genotype constellations have been characterized here: G19-P[31]-I11-R6-C6-M7-A16-N6-T8-E10-H8, and G19-P[31]-I4-R4-C4-M4-A16-N4-T4-E4-H4. These genotypes are typically found in avian species, although when analyzed together, this is the first report of such constellations. Recombination events were observed in NSP2, VP1, VP3, and VP7 coding genes. At least on positive selected site was observed in NSP1, VP2, and VP3 genes. This study provides a better understanding of rotavirus epidemiology, by the definition of genetic variability of circulating strains.

Os rotavírus, membros da família Reoviridae, são uma importante causa de diarreia em mamíferos e aves. São partículas icosaédricas não envelopadas e seu genoma é formado por 11 segmentos de RNA fita dupla que codificam seis proteínas estruturais e seis proteínas não estruturais. O objetivo deste estudo foi caracterizar os genes codificadores das proteínas não estruturais (NSP1-5) e estruturais (VP1-4, VP6-7) dos rotavírus do grupo A em aves de criações comerciais (corte, postura, matrizeiros e avozeiros) localizadas em 12 estados brasileiros, seguido de análises de recombinação e pressão de seleção das amostras definidas. Um total de 226 amostras fecais foram triadas através de reações de RT-PCR tendo como alvo a amplificação da VP6 e NSP5. A frequência de ocorrência, baseada em cada uma destas provas, variou de 9,7% a 18,14%, respectivamente. Em seguida, 10 das amostras positivas foram processadas com primers específicos visando a amplificação dos demais genes, seguido do sequenciamento nucleotídico e filogenia baseada no método de maximum likelihood, tendo como modelos de substituição GTR (NSP1-3, VP1-3, VP4, VP6, VP7) e HKY (NSP4, NSP5) e 1.000 repetições de bootstrap. Foram definidas sequências parciais para os genes codificadores da VP1-4, VP6-7 e NSP1-4 e sequências completas para NSP5. As respectivas árvores demonstraram que as dez amostras definidas se agruparam em clados aviários previamente descritos. Duas constelações genotípicas foram caracterizadas: G19-P[31]-I11-R6-C6-M7-A16-N6-T8-E10-H8 e G19-P[31]-I4-R4-C4-M4-A16-N4-T4-E4-H4. Estes genotipos são tipicamente encontrados em aves, mas quando analisados em conjunto, esta é a primeira descrição destas constelações. Eventos de recombinação foram observados nos genes NSP2, VP1, VP3 e VP7. Pelo menos um códon com pressão de seleção positiva foi encontrado nos genes codificadores das proteínas NSP1, VP2 e VP3. Este estudo propicia um melhor entendimento acerca da epidemiologia e diversidade viral circulante nas criações aviárias brasileiras, servindo de base para o estabelecimento de medidas profiláticas mais eficazes. / Rotaviruses are members of the Reoviridae family and they are a common cause of acute diarrhea in several mammalian and avian species. They are non-enveloped icosahedral particles and its genome comprises 11 segments of double-stranded RNA, which encodes six structural proteins (VP1-4, VP6-7) and six nonstructural proteins (NSP1-6). The objective of this study was to characterize the RVA nonstructural and structural proteins coding genes (NSP1-NSP5, VP1-VP4, VP6 and VP7) from fecal samples from avian farms (broiler breeders, poultry, laying hens, and grandparents) raised in Brazilian commercial farms from 12 states, followed by recombination and selection pressure analysis from samples defined here. A total of 226 fecal samples were screened using a RT-PCR technique targeting the amplification of the VP6 and NSP5. The frequency of occurrence, using these techniques, ranging from 9.7% to 18,14%, respectively; and from these, ten samples were further processed with specific primers to amplify the remaining genes, followed by respective nucleotide sequencing of the amplicons and phylogeny based on method maximum likelihood, as substitutions models GTR (NSP1-3, VP1-3, VP4, VP6, VP7) and HKY (NSP4, NSP5) and 1.000 bootstrap repetitions. Partial nucleotide sequences of VP1-4, VP6-7, and NSP1-4, and complete from NSP5, were obtained in this study. The phylogenetic trees depicted that the ten Brazilian rotavirus strains segregated with previous avian RVA described elsewhere. Two avian genotype constellations have been characterized here: G19-P[31]-I11-R6-C6-M7-A16-N6-T8-E10-H8, and G19-P[31]-I4-R4-C4-M4-A16-N4-T4-E4-H4. These genotypes are typically found in avian species, although when analyzed together, this is the first report of such constellations. Recombination events were observed in NSP2, VP1, VP3, and VP7 coding genes. At least on positive selected site was observed in NSP1, VP2, and VP3 genes. This study provides a better understanding of rotavirus epidemiology, by the definition of genetic variability of circulating strains.

Um total de 144 amostras fecais colhidas de leitões com diarréia provenientes de diversas granjas distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, foram examinadas para a presença de rotavírus através de eletroforese em gel de poliacrilamida e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. Destas, 24 e 39 amostras foram, respectivamente, positivas por estes testes e a caracterização dos genotipos P e G foi realizada em 43 amostras por nested RT-PCR, usando diferentes conjuntos de primers. Utilizando-se primers animais, o genotipo P[6] foi o mais freqüente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,62%) e P[7] (9,3%). Infecção concomitante de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,32%) foi também observada. O genotipo G[5] foi o mais freqüente, detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%). Infecção concomitante de genotipos G[5]+G[10] (18,6%) foi também observada. Utilizando-se primers humanos, somente o genotipo P[6] (65,11%) foi encontrado. Foram detectados os genotipos G[4] (27,9%), G[3] (13,95%) nas amostras, e as infecções concomitantes G[3]+G[4] (9,3%), G[2]+G[3]+G[4] (4,65%) e G[2]+G[3] (2,32%). A combinação mais freqüente foi G[5]P[6] e G[4]P[6], porém foram encontradas também infecções mistas, genotipos atípicos e reassortants. O seqüenciamento do gene a partir dos produtos de nested PCR dos genotipos animais P e G mostrou diversidade de nucleotídeos e aminoácidos dentro de um mesmo genotipo. As árvores filogenéticas utilizando o critério de maxima parcimônia e o algoritmo branch-and-bound, tiveram topologias nas quais as seqüências de nucleotídeos geradas neste trabalho concordam com as outras descritas anteriormente e pertencentes a um mesmo genotipo, suportadas por índices aceitáveis de \"bootstrap\". Os resultados deste estudo, além de contribuir para um melhor entendimento da epidemiologia dos rotavírus suínos, é relevante ao mostrar que além de haver uma diversidade de genotipos circulantes no campo, há também dentro dos mesmos genotipos, e isto deve ser considerado ao se utilizar e desenvolver métodos de diagnóstico, bem como ao se adotarem medidas preventivas específicas contra esta doença. / A total of 144 fecal specimens collected from piglets with diarrhea from many swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, were examined for rotavirus by polyacrylamide gel electrophoresis and ELISA, in a parallel screening scheme. Twenty-four and thirty-nine samples, respectively, were positive by these tests and the characterization of the P and G genotypes was performed on 43 samples by a nested reverse transcription-PCR typing assay, using different sets of primers. Using the animal set of primers, the P[6] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.62%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.32%) genotypes was also observed. The G[5] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%) and G[6] (4.65%). Concomitant infection of G[5]+G[10] (18.6%) genotypes was observed. Using human set of primers, only the P[6] (65.11%) genotype was found. It was detected the genotypes G[4] (27.9%), G[3] (13.95%) on the samples. Concomitant infection of the genotypes G[3]+G[4] (9.3%), G[2]+G[3]+G[4] (4.65%) and G[2]+G[3] (2.32%) was also observed. The more frequent combination were G[5]P[6] and G[4]P[6], but it was found mixed infections, atypical genotypes and reassortants. Gene sequencing of nested products of G and P animal genotypes showed a diversity of nucleotides and aminoacids under the same genotype. The phylogenetic trees for P and G genotypes under the maximum parsimony criterion, using the branch-and-bound algorithm, had topologies in which the nucleotide sequences generated by this work agree to others described elsewhere that have the same genotypes, supported by acceptable scores of bootstrapping. The results of the present study, while contributing to a better understanding of epidemiology of porcine rotaviruses, address the relevance that there is not only a diversity of genotypes circulating on the field, but inside the same genotypes, and this must be considered when using and developing diagnostic tests, as well when carrying out specific preventive measures against this disease.

Um total de 144 amostras fecais colhidas de leitões com diarréia provenientes de diversas granjas distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, foram examinadas para a presença de rotavírus através de eletroforese em gel de poliacrilamida e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. Destas, 24 e 39 amostras foram, respectivamente, positivas por estes testes e a caracterização dos genotipos P e G foi realizada em 43 amostras por nested RT-PCR, usando diferentes conjuntos de primers. Utilizando-se primers animais, o genotipo P[6] foi o mais freqüente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,62%) e P[7] (9,3%). Infecção concomitante de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,32%) foi também observada. O genotipo G[5] foi o mais freqüente, detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%). Infecção concomitante de genotipos G[5]+G[10] (18,6%) foi também observada. Utilizando-se primers humanos, somente o genotipo P[6] (65,11%) foi encontrado. Foram detectados os genotipos G[4] (27,9%), G[3] (13,95%) nas amostras, e as infecções concomitantes G[3]+G[4] (9,3%), G[2]+G[3]+G[4] (4,65%) e G[2]+G[3] (2,32%). A combinação mais freqüente foi G[5]P[6] e G[4]P[6], porém foram encontradas também infecções mistas, genotipos atípicos e reassortants. O seqüenciamento do gene a partir dos produtos de nested PCR dos genotipos animais P e G mostrou diversidade de nucleotídeos e aminoácidos dentro de um mesmo genotipo. As árvores filogenéticas utilizando o critério de maxima parcimônia e o algoritmo branch-and-bound, tiveram topologias nas quais as seqüências de nucleotídeos geradas neste trabalho concordam com as outras descritas anteriormente e pertencentes a um mesmo genotipo, suportadas por índices aceitáveis de \"bootstrap\". Os resultados deste estudo, além de contribuir para um melhor entendimento da epidemiologia dos rotavírus suínos, é relevante ao mostrar que além de haver uma diversidade de genotipos circulantes no campo, há também dentro dos mesmos genotipos, e isto deve ser considerado ao se utilizar e desenvolver métodos de diagnóstico, bem como ao se adotarem medidas preventivas específicas contra esta doença. / A total of 144 fecal specimens collected from piglets with diarrhea from many swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, were examined for rotavirus by polyacrylamide gel electrophoresis and ELISA, in a parallel screening scheme. Twenty-four and thirty-nine samples, respectively, were positive by these tests and the characterization of the P and G genotypes was performed on 43 samples by a nested reverse transcription-PCR typing assay, using different sets of primers. Using the animal set of primers, the P[6] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.62%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.32%) genotypes was also observed. The G[5] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%) and G[6] (4.65%). Concomitant infection of G[5]+G[10] (18.6%) genotypes was observed. Using human set of primers, only the P[6] (65.11%) genotype was found. It was detected the genotypes G[4] (27.9%), G[3] (13.95%) on the samples. Concomitant infection of the genotypes G[3]+G[4] (9.3%), G[2]+G[3]+G[4] (4.65%) and G[2]+G[3] (2.32%) was also observed. The more frequent combination were G[5]P[6] and G[4]P[6], but it was found mixed infections, atypical genotypes and reassortants. Gene sequencing of nested products of G and P animal genotypes showed a diversity of nucleotides and aminoacids under the same genotype. The phylogenetic trees for P and G genotypes under the maximum parsimony criterion, using the branch-and-bound algorithm, had topologies in which the nucleotide sequences generated by this work agree to others described elsewhere that have the same genotypes, supported by acceptable scores of bootstrapping. The results of the present study, while contributing to a better understanding of epidemiology of porcine rotaviruses, address the relevance that there is not only a diversity of genotypes circulating on the field, but inside the same genotypes, and this must be considered when using and developing diagnostic tests, as well when carrying out specific preventive measures against this disease.

A criação industrial de avestruzes no Brasil tem crescido nos últimos anos, mas avestruzes podem ser reservatórios de agentes com potencial zoonótico, como é o caso do vírus da influenza, rotavírus, vírus da encefalomielite eqüina do leste (EEEV) e do oeste (WEEV), salmonela, leptospira e micoplasma. O objetivo deste trabalho foi detectar rotavírus nas fezes de filhotes, anticorpos contra rotavírus, EEEV e WEEV, influenza A , leptospira, salmonela e micoplasma a partir do soro de reprodutores e efetuar o isolamento de Salmonella sp. a partir de de suabe cloacal. Para a detecção de rotavírus nas fezes utilizaram-se as técnicas de PAGE, isolamento viral e genotipagem pela RT-PCR. As técnicas de contraimunoeletroosmoforese, soroneutralização em cultura de células, inibição da hemaglutinação e aglutinação em placa foram utilizadas nos levantamentos sorológicos e a cultura bacteriológica foi utilizada para detecção de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Rotavírus do grupo A com genotipos G[6], G[10], P[1] e P[7] foram detectados nas fezes de avestruzes e anticorpos anti-rotavírus em 10 amostras (10/182) de soros colhidos de avestruzes reprodutores. Foram detectados anticorpos para vários sorovares de Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) e Mycoplasma synoviae (47/182). Não foram detectados anticorpos anti-EEEV e WEEV e anti-vírus da Influenza A H3, bem como amostras de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Estes resultados permitem sugerir o papel do avestruz na cadeia epidemiológica das rotaviroses e da leptospirose e dão bases para o aprimoramento sanitário do plantel brasileiro desta ave. / The industrial ostrich breeding in Brazil has grown in the last few years, but ostrich may be reservoirs of potentially zoonotic agents such as influenzavirus, rotavirus, eastern equine encephalitis virus (EEEV), western equine encephalitis virus (WEEV), Salmonella, Leptospira and Mycoplasma. The aim of the present study was to detect rotavirus in fecal samples of young ostriches, antibodies against rotavirus, EEEV and WEEV, influenza A , Leptospira, Sallmonela and Mycoplasma in sera from breeders and carry out Salmonella isolation in cloacal swabs. For the rotavirus detection, PAGE, viral isolation and genotyping by RT-PCR were used. Counterimmunoelectroosmophoresis, virus neutralisation assay in cell culture, hemagglutination inhibition and plate agglutination were used in the serological surveys and bacteriological culture was used to detetc Salmonella spp. in the cloacal swabs. Group A rotavirus with genotypes G[6], G[10], P[1] and P[7] was detected in the fecal samples and anti-rotavirus antibodies were detected in ten samples (10/182) from breeder ostriches. Antibodies to different serovars of Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) and Mycoplasma synoviae (47/182) were detected. Antibodies against EEEV, WEEV and influenzavirus A H3 were not detected, as well as Salmonella spp. in swab samples. These results allow one to suggest a role to ostriches in the epidemiological chain of rotavirus diseases and leptospirosis and give basis to the improvement of the sanitary condition of the Brazilian flocks.

O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando diarréia em bezerros neonatos, processos respiratórios em bezerros não neonatos e disenteria em vacas adultas. No presente estudo, 203 amostras fecais de bezerros de 19 propriedades leiteiras nos Estados de São Paulo e Minas Gerais foram submetidas à prova de hemaglutinação/ inibição da hemaglutinação (HA/HI) para a detecção de coronavírus e a uma reação de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente dos coronavírus (PCR pol), sendo feita a comparação entre as duas técnicas através dos testes Kappa e J de Youden. Amostras positivas à PCR pol foram submetidas a uma reação de PCR para amplificação de um segmento de 488 pares de bases correspondentes à região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S, sendo os fragmentos submetidos a seqüenciamento de DNA para a reconstrução genealógica das amostras estudadas. Ainda, a presença de rotavírus foi pesquisada pela técnica de PAGE. Segundo a técnica de HA/ HI, 35,47% das amostras e 73,68% das propriedades rurais forma positivas para BCoV, enquanto que pela PCR pol 25,12% das amostras e 52,63% das propriedades rurais foram positivas para este vírus. A comparação entre as duas técnicas resultou valores de kappa de -0,048 para os resultados individuais e -0,08 em relação às propriedades rurais e J de Youden de -0,045 para os resultados individuais e -0,1 em relação às propriedades rurais, demonstrando baixa concordância entre as duas provas. A genealogia obtida por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico e baseada em seqüências da região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S de 15 amostras de campo aqui estudadas, da amostra Kakegawa de coronavírus bovino utilizada como controle positivo e de 10 seqüências recuperadas dos GenBank revelou a existência de dois genotipos dentro desta espécie viral, sendo os dois genotipos encontrados entre amostras brasileiras. A identidade média de nucleotídeos entre as 15 amostras brasileiras foi de 98,34%, com similaridade média de aminoácidos de 98%. Amostras pertencentes ao genotipo 2 apresentaram uma deleção de 18 nucleotídeos/ 6 aminoácidos dentro da região correspondente ao domínio II da proteína S. A árvore de máxima parcimônia enraizada tendo bredavírus como grupo externo revelou que esta deleção ocorreu em um único momento na genealogia dos coronavírus bovinos. Rotavírus foi encontrado em 12,6% das amostras fecais individuais e 28, 57% das propriedades rurais pesquisadas. Estes resultados são os primeiros baseados em amostras brasileiras de coronavírus bovino e contribuem para a caracterização molecular do BCoV, para a predição da eficiência de imunógenos e para o encontro de marcadores moleculares úteis para estudos epidemiológicos continuados em relação às diarréias neonatais em bovinos. / Bovine coronavirus (BCoV) belongs to group 2 of the genus Coronavirus from the order Nidovirales, family Coronaviridae and causes diarrhea in newborn calves, respiratory diseases in non-newborn calves and dysentery in cows. In the present study, 203 stool samples of calves from 19 dairy farms from São Paulo and Minas Gerais States were submitted to hemagglutination/ hemagglutination inhibition test (HA/HI) to bovine coronavirus detection and a PCR assay targeted to the RNA-polymerase RNA-dependent gene of coronaviruses (PCR pol), the comparison between the two tests carried out with Kappa and Youden´s J tests. Samples positive to PCR pol were submitted to a PCR assay that amplifies a 488 base-pair fragment which corresponds to the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein; the amplified fragments were submitted to DNA sequencing aiming the genealogic reconstruction of the studied samples. Rotavirus was surveyed with the PAGE test. The HA/ HI test resulted 35.47% of samples and 73.68% of farms positive to BCoV, while, according to PCR pol, 25.12% of the samples and 52.63% of the farms were positive to this virus. The comparison between the two tests produced a kappa value of -0.048 to individual results and -0.08 to the farms and Youden´s J value of -0.045 to individual results and -0.1 to the farms, showing low agreement between the two tests. Maximum parsimony genealogy with an heuristic algorithm based on sequences of the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein from 15 field samples here studied, from the Kakegawa bovine coronavirus strain used as positive control and from 10 sequences retrieved from GenBank showed the existence of two genotypes in this viral species. Mean nucleotide identity between the 15 Brazilian samples was 98.34%, with mean amino acid similarity of 98%. Samples from genotype 2 showed a deletion of 18 nucleotides/ 6 amino acids inside the domain II region of the S protein. Rooted maximum parsimony tree with bredavirus as an outgroup revealed that this deletion has happened only once in bovine coronavirus genealogy. Rotavirus was found in 12.6 % of stool samples and 28.57% of the surveyed farms. These are the first results based on Brazilian strains of bovine coronavirus and contribute to molecular characterization of BCoV, to the prediction of the efficiency of immunogens and to the finding of molecular markers useful to continued epidemiologic surveys on newborn bovine diarrhea.

A criação industrial de avestruzes no Brasil tem crescido nos últimos anos, mas avestruzes podem ser reservatórios de agentes com potencial zoonótico, como é o caso do vírus da influenza, rotavírus, vírus da encefalomielite eqüina do leste (EEEV) e do oeste (WEEV), salmonela, leptospira e micoplasma. O objetivo deste trabalho foi detectar rotavírus nas fezes de filhotes, anticorpos contra rotavírus, EEEV e WEEV, influenza A , leptospira, salmonela e micoplasma a partir do soro de reprodutores e efetuar o isolamento de Salmonella sp. a partir de de suabe cloacal. Para a detecção de rotavírus nas fezes utilizaram-se as técnicas de PAGE, isolamento viral e genotipagem pela RT-PCR. As técnicas de contraimunoeletroosmoforese, soroneutralização em cultura de células, inibição da hemaglutinação e aglutinação em placa foram utilizadas nos levantamentos sorológicos e a cultura bacteriológica foi utilizada para detecção de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Rotavírus do grupo A com genotipos G[6], G[10], P[1] e P[7] foram detectados nas fezes de avestruzes e anticorpos anti-rotavírus em 10 amostras (10/182) de soros colhidos de avestruzes reprodutores. Foram detectados anticorpos para vários sorovares de Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) e Mycoplasma synoviae (47/182). Não foram detectados anticorpos anti-EEEV e WEEV e anti-vírus da Influenza A H3, bem como amostras de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Estes resultados permitem sugerir o papel do avestruz na cadeia epidemiológica das rotaviroses e da leptospirose e dão bases para o aprimoramento sanitário do plantel brasileiro desta ave. / The industrial ostrich breeding in Brazil has grown in the last few years, but ostrich may be reservoirs of potentially zoonotic agents such as influenzavirus, rotavirus, eastern equine encephalitis virus (EEEV), western equine encephalitis virus (WEEV), Salmonella, Leptospira and Mycoplasma. The aim of the present study was to detect rotavirus in fecal samples of young ostriches, antibodies against rotavirus, EEEV and WEEV, influenza A , Leptospira, Sallmonela and Mycoplasma in sera from breeders and carry out Salmonella isolation in cloacal swabs. For the rotavirus detection, PAGE, viral isolation and genotyping by RT-PCR were used. Counterimmunoelectroosmophoresis, virus neutralisation assay in cell culture, hemagglutination inhibition and plate agglutination were used in the serological surveys and bacteriological culture was used to detetc Salmonella spp. in the cloacal swabs. Group A rotavirus with genotypes G[6], G[10], P[1] and P[7] was detected in the fecal samples and anti-rotavirus antibodies were detected in ten samples (10/182) from breeder ostriches. Antibodies to different serovars of Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) and Mycoplasma synoviae (47/182) were detected. Antibodies against EEEV, WEEV and influenzavirus A H3 were not detected, as well as Salmonella spp. in swab samples. These results allow one to suggest a role to ostriches in the epidemiological chain of rotavirus diseases and leptospirosis and give basis to the improvement of the sanitary condition of the Brazilian flocks.

La fisura labiopalatina no sindrómica (LL/PH) constituye una malformación congénita que presenta las características de una patología multifactorial; varios genes candidatos se han estudiado con el fin de describir la predisposición genética de esta malformación. Se consideró de especial interés a los genes NATs que codifican para las N-acetiltransferasas, enzimas responsables de la biotransformación de arilaminas, fármacos de hidrazina, y de un gran número de toxinas y carcinógenos presentes en la dieta, humo de cigarro y medio ambiente. Lo expuesto anteriormente ha despertado la sospecha de un posible rol de NAT2 en la manifestación de LL/PH en el recién nacido expuesto. En primer lugar, se evaluó el desequilibrio de ligamiento de los alelos del gen NAT2 que determinan fenotipo acetilador lento en 97 tríos completos (caso-padres-madres) y en 174 incompletos (caso-padre/madre) de maternidades del ECLAMC, Argentina. Se analizaron las variantes * 4, * 5, * 6 y * 7 por PCR-RFLP. A partir del método TDT se evidenció asociación positiva entre el alelo * 5 y LL/PH (OR = 1,61; p = 0,031). Con el modelo de regresión lineal que mide los efectos maternos y del caso, se observó un riesgo mayor para los genotipos 55 de los casos (OR = 2,24; p = 0,050), sin influencia del genotipo materno. Estos hallazgos demuestran que el alelo * 5 es significativamente mayor en los casos con la anomalía congénita LL/PH. En segundo lugar, debido a la heterogeneidad de la contribución genética en las poblaciones argentinas actuales, analizamos la ancestralidad. En los linajes mitocondriales, se observó una frecuencia del 88% de haplogrupos nativos americanos, mientras que para el cromosoma Y, los haplogrupos nativos mostraron una frecuencia de 22%, variando notablemente de un centro asistencial a otro. Estos resultados sugieren una fuerte contribución nativa para la línea materna pero no para la paterna en las poblaciones urbanas actuales, indicando de esta forma concordancia con los registros históricos sobre mestizajes en Centro y Sudamérica, que involucró mayormente a mujeres americanas y hombres extranjeros. / Non-syndromic cleft lip (LL/PH) is a congenital malformation that shows the characteristics of a multifactorial pathology; aiming to describe its genetical predisposition, several candidate genes have been studied. NATs genes were considered with special interest since these codify for N-acetiltransferases, the enzymes responsible for the biotransformation of arilamines, hydrazine drugs and a great number of toxins and carcinogens present in the diet, cigarette smoke and environment. For this, there have been suspicions about the possible role of NAT2 in the LL/PH manifestation on the exposed newborn. Firstly, we evaluated the linkage disequilibrium of the alleles of NAT2 that determine the slow acetylator phenotype in trios, 97 full (case-mother-father) and in 174 incomplete (case-mother/father) of ECLAMC maternities in Argentina. We analized the *4, *5, *5 and *7 variants by PCR-RFLP. By TDT we found a positive association between the allele *5 and LL/PH (OR = 1.61, p = 0.031).With the lineal regression model that measures the maternal and case effects, we found a higher risk for the 55 genotypes of the cases (OR = 2.24, p = 0.050), without the influence of the maternal genotype. These findings show that the *5 allele is significantly higher in the cases with the congenital anomaly LL/PH. Secondly, due to the heterogeneity of the genetical contribution in contemporary Argentinean populations, we studied ancestry. In the mitochondrial lineages we found a high frequency of Native American haplogroups (88%), while for the Y-chromosome the Native American haplogroups had a frequency of 22%, varying considerably between centers. These findings suggest a strong Native American contribution in the maternal line but not in the paternal of urban contemporary populations, thus matching the historical records of admixture in Central and South America, where it was mostly between Native American women and foreign men.