Introdução: As variações da CYP2D6 estão associadas com o desfecho clínico das pacientes na terapia adjuvante do câncer de mama com tamoxifeno (TAM). Esta associação deve-se principalmente a hidroxilação do N-desmetiltamoxifeno (NDT) pela CYP2D6 a endoxifeno (EDF) que, por sua alta potência antiestrogênica, é o principal responsável pela eficácia terapêutica. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre o genótipo e o fenótipo da CYP2D6 com os níveis de EDF e a razão metabólica [NDT]/[EDF] em uma população do Sul do Brasil. Métodos: Foram obtidas amostras de plasma em vale de 97 pacientes em terapia com o tamoxifeno. A genotipagem da CYP2D6 foi realizada com ensaio Luminex, com determinação de escores de atividade genotípica (EAG). As concentrações do TAM e seus metabólitos foram determinados por CLAE-DAD e classificadas em metabolizadores lentos (ML), intermediários (MI), rápidos com atividade diminuída (MR-D), rápidos com atividade rápida (MR-R) e ultra-rápidos (UR). A fenotipagem foi realizada através da determinação do dextrometorfano (DMT) e do dextrorfano (DTF) por CLAE-FL nas amostras de plasma coletadas três horas após administração oral de 33 mg de DMT. A atividade da CYP2D6 foi avaliada pela razão metabólica [DMT]/[DTF]. Resultados: A genotipagem da CYP2D6 mostrou prevalência de 4,1% de ML, 4,1% de MI, 49,5% de MR-D, 39,2% de MR-R e 3,1% de UR. O genótipo (EAG) foi significativamente correlacionado com o fenótipo ([DMT]/[DTF]), com uma associação moderada (rs= -0,463; p<0,001). As medianas das concentrações plasmáticas do TAM e seus metabólitos (ng mL-1) foram: TAM 57,17; HTF 1,01; EDF 6,21; NDT 125,50. Os níveis de EDF foram inferiores nos ML em comparação aos MR (p<0,05). O fenótipo apresentou maior associação, porém ainda moderada, com os níveis de EDF e [NDT]/[EDF] em comparação ao genótipo (r= -0,507 r=0,625, p<0,001 versus r= 0,356 r=0,516; p<0,01). Ao fenótipo da CYP2D6 foram atribuídas 26% da variabilidade dos níveis de EDF e 38 % das razões metabólicas [NDT]/[EDF], enquanto que ao genótipo foram atribuídas 12% e 27 %, respectivamente. Conclusão: A genotipagem e/ou fenotipagem da CYP2D6 não foram capazes de predizer completamente as concentrações de EDF. Desta forma, sugerimos que estudos futuros utilizem o monitoramento dos níveis de EDF durante a terapia com TAM, com o objetivo de avaliar a sua efetividade. / Background: An association between CYP2D6 variation and clinical outcomes among women with breast cancer treated with tamoxifen (TAM) has been demonstrated, such that the presence of 2 functional CYP2D6 alleles was associated with better clinical outcomes. This association is mainly due the CYP2D6 mediated hydroxylation of N-desmethyltamoxifen (NDT) to yield endoxifen (EDF), which because of its high antiestrogenic potency, is the main responsible for the therapeutic efficacy of TAM. The aim of this study was to evaluate the relation of CYP2D6 genotyping and phenotyping with EDF levels and [NDT]/[EDF] metabolic ratio in breast cancer patients from South of Brazil under TAM therapy. Methods: Trough blood samples were collected from 97 patients. CYP2D6 genotyping was performed with a Luminex assay and calculation of Genotypic activity scores (GAS). Tamoxifen and metabolites EDF, NDT and 4-hidroxy-tamoxifen (HTF) were measured in plasma by HPLC-PDA. CYP2D6 phenotyping was performed by determination of dextromethorphan (DMT) and dextrorphan (DTF) by HPLC-FL at plasma collected three hours after oral administration of 33 mg of DMF. Phenotypes were given according to [DMT]/[DTF] metabolic ratio. Results: CYP2D6 genotyping indicated a prevalence of 4.1% PM, 4.1% IM, 49.5% EM-S, 39.2% EM-F and 3.1% UM. Genotype (GAS), was significantly correlated with phenotype ([DMT]/[DTF]), with a moderate association (rs= -0.463; p<0.001). Median plasma concentrations (ng mL-1) (N=97) were: TAM 57.17; HTF 1.01; EDF 6.21; NDT 125.50. EDF levels were lower in PM than in EM (p<0.05). Phenotype showed stronger, but still moderate, association with EDF and [NDT]/[EDF] than genotype (r= -0.507 r=0.625, p<0.001 versus r= 0,356 r=0.516, p<0.01). Phenotype accounted for 26% of the variability in EDF levels and 38 % of [NDT]/[EDF], while genotype for 12% and 27 %, respectively. Conclusion: CYP2D6 genotyping and/or phenotyping could not fully predict EDF concentrations. Monitoring EDF itself could be considered in further studies during TAM therapy in order to evaluate its efficacy

As micobactérias compreendem um grupo de organismos que são heterogêneos em termos de metabolismo, crescimento, nicho ambiental, epidemiologia, patogenicidade, distribuição geográfica e associação com doenças. O diagnóstico micobacteriológico é atualmente um desafio aos laboratórios. Com a descrição de novas espécies de micobactérias nos últimos anos, tem sido cada vez mais difícil identificar com precisão estas espécies. Uma questão básica na identificação em micobactérias é a diferenciação entre o Complexo Mycobacterium tuberculosis e as Micobactérias Não Causadoras de Tuberculose (MNT); no entanto tem sido cada vez mais importante a diferenciação das MNT. Em virtude das semelhanças fenotípicas e genotípicas, é necessário a aplicação e desenvolvimento de metodologias que melhor caracterizem as MNT para que seja possível determinar de forma mais precisa a prevalência das diferentes espécies. Além disso, diferentes espécies de MNT podem apresentar diferenças no perfil de sensibilidade às drogas terapêuticas, sendo que a identificação precisa é crucial para a adoção de terapia medicamentosa adequada. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os isolados de MNT através da comparação entre duas técnicas moleculares, a técnica de PRA-hsp65 e um kit comercial GenoType® Mycobacterium CM, usando o método de sequenciamento do gene hsp65 como padrãoouro. Foram analisadas 96 isolados e a concordância entre os resultados do PRA-hsp65 e do GenoType® Mycobacterium CM foi de 92%. O método molecular PRA-hsp65 mostrou-se eficaz na identificação das espécies em 91% das amostras e o GenoType® Mycobacterium CM em 92%. Em relação aos custos referentes aos dois métodos, foi possível estabelecer que o PRA-hsp65 apresentou um valor final consideravelmente inferior ao do GenoType® Mycobacterium CM. No entanto, a técnica comercial necessita um prazo mais curto (2 dias) para ser realizada em comparação com a técnica PRA-hsp65 (requer 5 dias). Na nossa avaliação, a aplicabilidade do PRA-hsp65 aumenta a qualidade e rapidez do resultado final, já que se mostrou discriminatório, de baixo custo e relativamente de fácil execução na identificação de micobactérias. É possível concluir que ambas as técnicas moleculares avaliadas neste estudo apresentaram uma ótima capacidade de identificação de MNT, sendo que a implementação destas técnicas dependerá das características dos diferentes laboratórios bem como as necessidades clínicas das diferentes instituições. / Mycobacteria comprise a group of organisms that are heterogeneous in terms of metabolism, growth, environmental niche, epidemiology, pathogenicity, geographic distribution and disease association. The laboratory diagnosis of mycobacteria is currently a challenge to laboratories. Due to the increased description of new species of mycobacteria in recent years it is becoming difficult to accurately identify these species. A basic question in the identification of mycobacteria is the differentiation between Mycobacterium tuberculosis and the Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM); however it has been increasingly important to differentiate the NTM species. Due to the fact that there are phenotypic and genotypic similarities, it is necessary to apply and develop methodologies to better characterize the NTM to be able to determine more accurately the prevalence of different species. Furthermore, different NTM species may differ in the profile of sensitivity to therapeutic drugs, and accurate identification is crucial for the adoption of appropriate drug therapy. The objective of this study was to characterize NTM isolates by comparing two molecular techniques, the technique of PRA-hsp65 (PCR-Restriction Enzyme Analysis) and a commercial kit GenoType® Mycobacterium CM, using the sequencing the hsp65 gene as gold standard. We analyzed 96 samples and the concordance between the results of the PRA-hsp65 and the GenoType® Mycobacterium CM was 92%. The PRA-hsp65 molecular method proved to be effective in 91% of species identification and the GenoType® Mycobacterium CM in 92%. Regarding costs for the two methods, we could establish that the PRA-hsp65 had a final value considerably lower than the GenoType® Mycobacterium CM. However, the commercial technique requires a shorter period (2 days) to be performed in comparison with the technique PRA-hsp65 (requires five days). In our evaluation, the applicability of the PRA-hsp65 increases the quality and speed of the final result (in relation to traditional phenotypic identification or outsourcing in referral centers), and proved to be discriminatory, inexpensive and relatively easy to perform the identification of mycobacteria. Finally, we conclude that both molecular techniques evaluated in this study showed a great capacity for identification of NTM and that the implementation of these techniques. However, depend on the characteristics of different laboratories as well as the clinical needs of different institutions.

O vírus da cinomose canina (CDV) é classificado no gênero Morbillivirus da família Paramyxoviridae e é o agente etiológico de uma das mais importantes doenças virais de canídeos domésticos. A cinomose ocorre em todo o mundo e produz alta mortalidade em populações imunologicamente naïve. Apesar de encontrar-se bem controlada pela vacinação, casos de cinomose ocorrem esporadicamente tanto em cães vacinados quanto em não vacinados. Uma das causas suspeitas desta falha vacinal é a grande variabilidade genética entre cepas de CDV. O objetivo deste trabalho foi detectar e analisar a variabilidade genética do CDV circulante no País. Foram coletados 386 suabes retais de cães em diversas regiões do Brasil, dos quais se detectaram 155 positivos através de uma RT-nested-PCR de um fragmento do gene do nucleocapsídeo. Destes, 23 foram selecionados para amplificação parcial do gene da hemaglutinina, sequenciamento e análise filogenética. A grande maioria das sequências obtidas agrupou no genótipo América do Sul-I, que inclui isolados da Argentina e do Uruguai, com exceção de uma amostra similar à cepa vacinal Rockborn. A análise filogenética sugere a presença de pelo menos sete subgenótipos do genótipo América do Sul-I circulando neste continente. O grupo América do Sul-II é formado somente por isolados da Argentina. Além disso, propõe-se que este grupo e os clados Rockborn-like e Europa Selvagem sejam denominados subgenótipos dentro de um genótipo único. / Canine distemper virus (CDV) is classified in the genus Morbillivirus within the family Paramyxoviridae and is the etiologic agent of one of the most important viral diseases of domestic Canidea. It occurs worldwide and produces high mortality in immunologically naïve populations. Despite being well controlled by vaccination, cases of canine distemper occur sporadically in vaccinated and unvaccinated dogs. One of the suspected causes of this vaccine failure is the great genetic variability between strains of CDV. The objective of this study was to detect and analyze the genetic variability of CDV circulating in our country. Rectal swabs were collected from 386 dogs in various regions of Brazil, of which 155 were found positive by a nested RT-PCR of a fragment of the nucleocapsid gene. Of these, 23 were selected for partial amplification of the hemagglutinin gene, sequencing and phylogenetic analysis. The vast majority of sequences obtained grouped in genotype South America-I, which includes isolates from Argentina and Uruguay, with the exception of a sample similar to the vaccine strain Rockborn. Phylogenetic analysis suggests the presence of at least seven subgenotypes belonging to South America-I genotype, circulating in this continent. The group South America-II consists only of isolates from Argentina. Furthermore, it is proposed that this group and clades Rockborn-like and Europe Wildlife are denominated subgenotypes within a single genotype.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-19T14:32:15Z No. of bitstreams: 1 Paulo Rocha Machado.pdf: 594461 bytes, checksum: de29270fcaa988c035509da45aea89f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T14:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paulo Rocha Machado.pdf: 594461 bytes, checksum: de29270fcaa988c035509da45aea89f3 (MD5) Previous issue date: 2015-12-10 / Brazil is the world leader in sugarcane industry and to be reached this level was necessary investment in research, among them obtaining new varieties that tested in different environments can occur that are more effective in some and not in others. This behavior is due to the action of genotype x environment interaction (GE) analysis which constitutes a major problem for the breeding programs. The objective of this study was to evaluate the genotype x harvest cycles through its decomposition into simple and complex fraction and the agroindustrial performance RB genotypes of sugarcane (Saccharum spp.) on the south coast of Pernambuco. The experiment was conducted in harvests 2011/2012, 2012/2013 and 2013/2014, the plant Cucaú in Rio Formoso/PE municipality. We used a randomized block design with four replications, as treatments eleven clones RB 2004 series and three varieties as witnesses. They were evaluated thatched tons per hectare (TCH), tons of pol per hectare (TPH) and total recoverable sugar (ATR). The genetic-statistical analyzes were processed in the Genes software (Cruz, 2009). The means were grouped by the Scott and Knott test (1974), a 5 % error probability (p≤0.05). For the study of genotypes (G) x harvest cycles (C), and the joint analysis of variance, we proceeded to the split of GXC interaction variance component in simple and complex part, the method of Cruz and Castoldi (1991), and finally, the Pearson correlation coefficient between pairs of evaluated cycles of crops. It was found significant differences among genotypes for TCH and TPH, for GXC harvest and interaction cycles for all variables in the environmental conditions of the South Coast of Pernambuco Forest. On the decomposition of GXC interaction predominated simple fraction (FS> 60%) to TCH and TPH between pairs of harvest cycles (plant cane and first ratoon) and (first ratoon and second ratoon). A smaller percentage of the complex interaction indicates that in addition to genotypes respond in different proportion, they change performance as the environment. / O Brasil é líder mundial no setor sucoenergético e para que fosse alcançado este patamar se fez necessário investimento em pesquisas, dentre estas a obtenção de novas variedades, que testadas em ambientes distintos pode ocorrer que sejam mais efetivas em uns e não em outros. Esse comportamento é devido a ação da interação genótipo x ambiente (GxA) que se constitui num dos maiores problemas para os programas de melhoramento. Objetivou-se com este trabalho avaliar a interação genótipos x ciclos de colheitas através de sua decomposição em fração simples e complexa e o desempenho agroindustrial de genótipos RB de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) no Litoral Sul de Pernambuco. O experimento foi conduzido nas safras 2011/2012, 2012/2013 e 2013/2014, na Usina Cucaú, no município de Rio Formoso/PE. Utilizou-se delineamento em blocos casualizados, com quatro repetições, como tratamentos onze clones RB série 2004 e três variedades como testemunhas. Foram avaliadas toneladas de colmo por hectare (TCH), toneladas de pol por hectare (TPH) e açúcar total recuperável (ATR). As análises genético-estatísticas foram processadas no programa Genes (CRUZ, 2009). As médias foram agrupadas pelo teste de Scott e Knott (1974), a 5% de probabilidade de erro (P≤ 0,05). Para o estudo da interação genótipos (G) x ciclos de colheitas (C), além da análise de variância conjunta, procedeu-se o desdobramento do componente de variância da interação GxC em parte simples e complexa, pelo método de Cruz e Castoldi (1991), e por fim, a correlação de Pearson entre os pares de ciclos de colheitas avaliados. Verificou-se, diferenças significativas entre genótipos para TCH e TPH, para ciclos de colheita e interação GxC para todas as variáveis estudadas nas condições edafoclimáticas do Litoral do Sul da Mata de Pernambuco. Na decomposição da interação GxC predominou a fração simples (FS>60%) para TCH e TPH entre os pares de ciclos de colheita (cana-planta e cana-soca) e (cana-soca e ressoca). A porcentagem menor da interação complexa indica que além dos genótipos responderem em proporção diferente, eles mudam de desempenho conforme o ambiente.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-20T14:58:27Z No. of bitstreams: 1 Allan Deyws Francisco da Silva.pdf: 1051578 bytes, checksum: a96eb23b9457ef89f0db5f7ae48844b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T14:58:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Allan Deyws Francisco da Silva.pdf: 1051578 bytes, checksum: a96eb23b9457ef89f0db5f7ae48844b2 (MD5) Previous issue date: 2014-12-01 / The acerola (Malpighia emarginata D.C.) tropical species originating from the Antilles became a major plant economic importance to Brazil, mainly due to high content of vitamin C present in the fruit. Breeding programs have joined efforts to try to minimize the effects caused by the attack of Meloidogyne enterolobii (Sin.: M. mayaguensis), known as nematodes due to swellings (galls) formed in the attacked roots, which contributes to drastic decrease productivity. Obtaining resistant rootstocks constitutes the most efficient method of control. The objective of this research is to assess genotypes of acerola for resistance to M. enterolobii Yang & Eisenback, continuing the studies started in 2007 seeking rootstock resistant/tolerant adapted to Pernambuco Forest Zone. Twenty-one acerola accesses of the BAG UFRPE, as well as independent matrix were propagated by cuttings, which were planted in polyethylene bags. During 60 days were made inoculation of the plant parasitic nematode, the inoculum suspension consisting of 10,000 eggs and second stage juveniles (J2) of M. enterolobii. The evaluations were performed after 150 days. The reactions of the hosts were framed within the parameters setby the FR reproduction rate estimated by the ratio Pf / Pi, where Pf is the final population and Pi the initial population; gall index (GI) and egg mass index (IMO), using a scale of notes International Meloidogyne Project (IMP). Regarding the reproduction of the nematode was estimated the number of eggs per root system (ERS) and the number of eggs per gram of root (EGR). With values obtained by FR calculations, has become the highest value as a standard of susceptibility and calculated that the reduction percentage, framing the results of each genotype based on concept of Moura and Regis (1987). At the same time were estimated on fresh shoot biomass (FSB), fresh biomass relative to the root system (FBRRS) and dry matter (DM). The design was completely randomized with six replications. Among the different responses to the attack of the M. enterolobii we can highlight the resistant behavior of the genotypes 21 and 37. / A aceroleira (Malpighia emarginata D.C.) espécie tropical originária das Antilhas se tornou uma planta de grande importância econômica para o Brasil, principalmente pelo alto teor de vitamina C presente nos seus frutos. Os programas de melhoramento têm somado esforços para tentar minimizar os efeitos causados pelo o ataque do Meloidogyne enterolobii (Sin.: M. mayaguensis), conhecido como nematóides das galhas devido a intumescimentos (galhas) formados nas raízes atacadas, o que contribui para diminuição drástica da produtividade. A obtenção de porta-enxertos resistentes constitui-se no método mais eficiente de controle. O objetivo desta pesquisa consiste na avaliação de genótipos de aceroleira quanto à resistência a M. enterolobii Yang & Eisenback, continuando os estudos iniciados em 2007 buscando porta-enxerto resistente/tolerante adaptado a Zona da Mata de Pernambuco. Os vinte e um acessos de acerola do BAG da UFRPE, como também a matriz independente foram propagados por estaquia, que foram plantadas em sacos de polietileno. No decorrer de 60 dias foram feitas as inoculações com o fitonematóide, consistindo o inoculo da suspensão de 10.000 ovos e juvenis do segundo estádio (J2) de M. enterolobii. As avaliações foram realizadas após 150 dias. As reações dos hospedeiros foram enquadradas nos parâmetros estabelecidos pelo fator de reprodução FR, estimado pelo quociente Pf/Pi, onde Pf representa a população final e Pi a população inicial; pelo índice de galhas (IG) e índice de massa de ovos (IMO), através da escala de notas do Projeto International Meloidogyne (IMP). Com relação à reprodução do nematoide foi estimado o número de ovos por sistema radicular (OSR) e o numero de ovos por grama de raiz (OGR). Com os números obtidos pelos cálculos do FR, tomou-se o maior valor como padrão de susceptibilidade e calcularam-se os percentuais de redução, enquadrando-se os resultados de cada genótipo na conceituação de Moura e Regis (1987). Paralelamente foram estimadas a biomassa fresca relativa da parte aérea (BFRPA), biomassa fresca relativa do sistema radicular (BFRSR) e matéria seca (MS). O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado com seis repetições. Dentre as diferentes respostas ao ataque podemos destacar os genótipos 21 e 37 quais mostraram comportamento de resistência.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-10-07T12:38:23Z No. of bitstreams: 1 Ana Luisa Rodrigues de Araujo.pdf: 308379 bytes, checksum: 62f174eb7a80f9897623f44325f7ee3c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-07T12:38:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Luisa Rodrigues de Araujo.pdf: 308379 bytes, checksum: 62f174eb7a80f9897623f44325f7ee3c (MD5) Previous issue date: 2014-01-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The tomato plant is the second most economically important vegetable crop in the world. In Brazil cultivation occurs in different states and for most of the months of the year, thereby favoring the onset of many diseases of economic importance caused by viruses. Among the viruses considered to be limiting this culture stand out from those caused by geminivirus, responsible for considerable losses in production. The geminiviruses are transmitted very efficiently by the vector Bemisia tabaci, popularly known as whitefly. The high incidence of this disease in tomato plants is mainly due to the introduction and spread of the B biotype of the insect vector. One way to control geminivirus is the development of resistant cultivars, which features as one of the best strategies for spreading the infection. Thus, the present study aimed to evaluate the resistance to geminivirus in advanced lines and commercial hybrids of tomato plants in natural conditions in the field, in the area of Belem do Sao Francisco and agronomic development of these materials in Vitoria de Santo Antao. municipality. For this, there were two experiments, both under field conditions. The materials used in the experiments were derived from advanced lines of program improvement of UFRPE and IPA and commercial hybrids. The first experiment, under field conditions, was carried out in the IPA station of Vitória de Santo Antao. The experimental design was completely randomized with three replications and ten plants per plot. Factors research study were: total productivity, marketable productivity, non-commercial productivity and numbers of total fruits, numbers of commercial fruit and fruit numbers of discharges. The second experiment was conducted at the experimental station of the IPA in Belem do Sao Francisco. The materials used and the experimental design were also the same as described previously. Factors study were: to evaluate tomato lines and hybrids for resistance to begomoviruses, identify by molecular markers the Begomovirus species through PCR with specific primers and confirm the identity of amplified sequences by DNA sequencing. / O tomateiro é a segunda hortaliça com maior importância econômica no mundo. No Brasil seu cultivo ocorre em diferentes estados e durante grande parte dos meses do ano, favorecendo assim o surgimento de inúmeras doenças de importâncias econômicas causadas por vírus. Dentre as viroses consideradas como limitantes a esta cultura destacam-se as causadas pelo geminivírus, responsáveis por perdas consideráveis na produção. Os geminivírus são transmitidos com grande eficiência pelo vetor Bemisia tabaci, popularmente conhecida como mosca-branca. A alta incidência dessa doença em tomateiro deve-se principalmente à introdução e dispersão do biótipo B do inseto vetor. Uma forma de controle do geminivirus é o desenvolvimento de cultivares resistentes, que apresenta como uma das melhores estratégias para dispersão da doença. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a resistência a geminivírus em linhagens avançadas e em híbridos comerciais de tomateiros, em condições de infecção natural de campo, no município de Belém do São Francisco e o desenvolvimento agronômico desses materiais no município de Vitória de Santo Antão. Para isto, realizaram-se dois experimentos, ambos em condições de campo. Os materiais utilizados nos experimentos foram linhagens avançadas oriundas do Programa de melhoramento da UFRPE e do IPA e híbridos comerciais. O primeiro experimento, de campo, foi realizado na Estação Experimental do IPA de Vitória de Santo Antão. O delineamento experimental foi blocos casualizados com três repetições e dez plantas por parcela. Os fatores de estudo da pesquisa foram: produtividade total, produtividade comercial, produtividade não comercial e número de frutos totais, número de frutos comercias e número de frutos de descartes. O segundo experimento foi realizado na Estação Experimental do IPA de Belém do São Francisco. Os materiais utilizados e o delineamento experimental também foram os mesmos descritos anteriormente. Os fatores de estudos foram: avaliar à resistência a begomovírus, identificar por marcadores moleculares a espécie de Begomovirus via PCR com primers específicos e confirmar a identidade das sequências amplificadas por meio de sequenciamento do DNA.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-03T12:09:24Z No. of bitstreams: 1 Helder Henrique Duarte Santos.pdf: 2691776 bytes, checksum: 672def976abe226c5288629aa2dbedd0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-03T12:09:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Helder Henrique Duarte Santos.pdf: 2691776 bytes, checksum: 672def976abe226c5288629aa2dbedd0 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The sunflower (Helianthus annuus L.) is an annual, robust and tolerant to drought that produces flowers in spring and summer, but can bloom all year plant. Currently, the sunflower is gaining prominence in the national and international scene because it is a plant that has multiple uses which almost everything is useful. Among the crops planted in the Brazilian Northeast sunflower is one of presenting economic viability for the region showing lower financial market risk. Given the above, this study aimed to characterize different sunflower genotypes derived from the germplasm bank of the Agricultural Research Enterprise (IPA), Northeast Brazil. The works were carried out between the months of september 2013 to june 2014, being developed in the field of experimental Experimental Station belonging to the IPA, in Vitória de Santo Antão (PE), and the Seed Laboratory of the Department of Agronomy, University Federal Rural de Pernambuco. In the laboratory, the characters were evaluated: characterization of the seed (achenes) and sunflower seedlings; Seed morphology (achenes); germination and seedling morphology; establishment of criteria for defining categories of normal and abnormal seedlings; genetic divergence for germination characters of sunflower. Genotypes were: Sunflower Black, Crioulo, BRS 323, BRS 324, Hélio 251, Embrapa 122 and Aguará 04. For the laboratory experiment, the design was completely randomized design with seven treatments (genotypes) and four replicates of 25 seeds each. As for the field experiment were used varieties: Criollo, BRS 323, Black Sunflower, Aguará 04, BRS 324, where the morphological characterization was performed; evaluation of agronomic and yield components of sunflower, with experimental design in randomized blocks with five treatments (genotypes) and six replications. The seeds of sunflower against the seven genotypes as the shape, size, weight and color can be different. Germination is epigeal and fanerocotiledonar starting on the first day and ending on the seventh day after sowing, for the seven genotypes. The intensity of staining for hypocotyl anthocyanins, green color of the cotyledons and the serrated margins of protophilus are descriptors that differentiate the genotypes studied. The descriptors allow the distinction of some morphological characters among the five sunflower genotypes evaluated in the field. The five sunflower genotypes have high productivity especially for genotype BRS 323 at the lower production cycle. Characters final stand, physiological maturity and plant height are the main determinants of variations in productivity. Germ characters that contribute most to divergence are: germination and emergence percentage. The most similar genotypes are Aguará 04 and Black Sunflower, whereas the genetically more distant are the BRS 323 and Embrapa 122 genotypes. / O girassol (Helianthus annuus L.) é uma planta anual, robusta e tolerante à seca que produz flores na primavera e no verão, mas podem florescer o ano todo. Atualmente, o girassol vem ganhando destaque no cenário nacional e internacional por se tratar de uma planta que apresenta múltiplos usos da qual quase tudo se aproveita. Dentre as culturas plantadas no Nordeste Brasileiro o girassol é uma das que apresentam viabilidade econômica para a Região apresentando menor risco financeiro de mercado. Diante do exposto, este trabalho teve como objetivo a caracterização de diferentes genótipos de girassol, oriundos do banco de germoplasma do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA), por meio de descritores morfológicos, agronômicos e divergência genética para caracteres germinativos de genótipos de girassol. Os trabalhos foram realizados entre os meses de setembro de 2013 a junho de 2014, sendo desenvolvidos em campo experimental da Estação Experimental pertencente ao IPA, no município de Vitória de Santo Antão (PE), e no Laboratório de Sementes do Departamento de Agronomia da Universidade Federal Rural de Pernambuco, Nordeste do Brasil. Em laboratório, os caracteres avaliados foram: caracterização da semente (aquênios) e plântulas de girassol; morfologia da semente (aquênio); morfologia da germinação e plântula; estabelecimento de critérios para definição de categorias de plântulas normais e anormais; divergência genética para caracteres germinativos de sementes de girassol. Os genótipos estudados foram: Girassol Preto, Crioulo, BRS 323, BRS 324, Hélio 251, Embrapa 122 e Aguará 04. Para o experimento de laboratório, o delineamento foi o inteiramente casualizado, com sete tratamentos (genótipos) e quatro repetições de 25 sementes cada. Já para o experimento de campo as variedades utilizadas foram: Crioulo, BRS 323, Girassol Preto, Aguará 04, BRS 324, onde foi feita a caracterização morfológica; caracterização agronômica e avaliação dos componentes da produção do girassol, com delineamento experimental em blocos ao acaso, com cinco tratamentos (genótipos) e seis repetições. Os aquênios de girassol, para os sete genótipos podem ser diferenciados quanto a forma, tamanho, peso e coloração. A germinação é epígea e fanerocotiledonar iniciando-se no primeiro dia e finalizando ao sétimo dia, após a semeadura, para os sete genótipos avaliados. A intensidade da coloração por antocianina do hipocótilo, coloração verde dos cotilédones e o serrilhado das margens dos protófilos são descritores que diferenciam os genótipos estudados. Os descritores possibilitam a distinção de alguns caracteres morfológicos entre os cinco genótipos de girassol avaliados em campo. Os cinco genótipos de girassol apresentam alta produtividade com destaque para o genótipo BRS 323 pelo menor ciclo de produção. Os caracteres estande final, maturação fisiológica e altura da planta são os principais determinantes das variações na produtividade. Os caracteres germinativos que mais contribuem para a divergência genética são: porcentagem de germinação e porcentagem de emergência. Os genótipos mais similares são Aguará 04 e Girassol Preto, ao passo que, os mais distantes geneticamente são os genótipos BRS 323 e Embrapa 122.

INTRODUCTION: The virus of hepatitis B was classified in eight genotypes that vary with geographic distribution, presenting different clinical manifestations and responses to anti-viral treatment. PURPOSES: This work intends to determine the prevalence of genotypes in Sergipe Brasil and evaluate them according to clinical and histopathological findings. METHODOLOGY: In a transversal search, were evaluated 97 patients, all of them AgHBs chronic porters, with traces of viral replication. From those patients, we got DNA s amplification in 43 samples, that formed the core to genotypical determination. Those were also evaluated on AgHBe positivity, viral load (CV) quantification, aminotransferases (ALT) and histological data. RESULTS: The genotypes A and F, were identified, with 35/43 (81.4%) of genotype A. Twenty Five from 43 patients (58.1%) presented abnormal ALT level, AgHBe negative (23/43 53.5%) and CV below 10.000 copies/ml (20/32 62.5%). In the patients presenting genotype A, 20/32 (62.5%) presented CV below 10,000 copies/ml, but in those with the genotype F, 5/7 (71.4%) presented CV above 10,000 copies/ml (p=0,101). There was no statistic difference between viral genotype and histological findings. CONCLUSION: In Sergipe, the genotypes A and F were found, but predominates the genotype A. Important differences were not found among the genotypes relatively to clinical and laboratorial findings. / INTRODUÇÃO: O vírus da hepatite B foi classificado em oito genótipos que variam de acordo com a distribuição geográfica, apresentando diferentes manifestações clínicas e resposta ao tratamento anti-viral. OBJETIVOS: O estudo visa determinar a prevalência dos genótipos em Sergipe-Brasil, e avaliá-los de acordo com achados clínicos e histopatológicos. METODOLOGIA: Em estudo transversal, foram avaliados 97 pacientes portadores crônicos do AgHBs com sinais de replicação viral. Destes, conseguiu-se amplificação do DNA em 43 amostras, as quais constituíram a casuística para realização de genotipagem. Foram, também, avaliados quanto à positividade do AgHBe, quantificação da carga viral (CV), aminotranferases (ALT) e avaliação histológica. RESULTADOS: Foram identificados os genótipos A e F, sendo 35/43 (81,4%) do genótipo A. Vinte e cinco/43 pacientes (58,1%) apresentaram ALT normais, AgHBe negativo (23/43, 53,5%) e CV inferior a 10.000 cópiasl/ml (20/32 (62,5%). Nos pacientes com genótipo A, 20/32 (62,5%) apresentaram CV inferior a 10.000 cópias/ml enquanto o genótipo F, 5/7 (71,4%) apresentaram CV superior a 10.000 cópias/ml (p=0,101). Não houve diferença estatística entre genótipo viral e características histológicas. CONCLUSÃO: Em Sergipe, foram descritos os genótipos A e F com predomínio do genótipo A. Não foram encontradas diferenças significantes entre os genótipos em relação às manifestações clínico-laboratoriais.

Orientadores: Iscia Lopes Cendes, Fernando Cendes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T01:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maurer-Morelli_ClaudiaVianna_D.pdf: 558728 bytes, checksum: dee5aed1e69518c268ddacaa962b5126 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A associação entre epilepsia de lobo temporal e esclerose mesial temporal (EMT) é bem estabelecida, assim como o uso da atrofia hipocampal (AH) e outros sinais indicativos de esclerose hipocampal, visíveis por imagens de ressonância magnética, como marcadores da EMT in vivo. Um dos fatores de risco associados à EMT são as crises epilépticas febris prolongadas na infância. Em 2001, Kobayashi et al. descreveram um tipo distinto de epilepsia de lobo temporal mesial com evidente recorrência familiar associada à AH, mas com baixa freqüência de crises febris, nomeada de epilepsia de lobo temporal mesial familiar (ELTMF). Uma análise prévia dos heredogramas destas famílias sugere que as anormalidades hipocampais podem ser geneticamente determinadas na ELTMF. Para determinar se a ELTMF pode ser explicada por fatores genéticos foi empregada a técnica de análise de segregação complexa baseada no modelo misto de Morton, com o emprego do software POINTER©. Na investigação de genes candidatos, com funções biológicas significantes na fisiologia da epilepsia de lobo temporal ou em modelos animais descritos previamente, foram genotipados marcadores microssatélites que flanqueiam estes genes relevantes e realizada a análise de ligação genética. Finalmente, objetivando identificar a região do genoma responsável por conter o gene principal associado com a AH na ELTMF foi realizada a análise de ligação genética genômica em duas famílias suficientemente informativas, com 57 indivíduos incluindo 27 pacientes. Os resultados obtidos demonstraram que: i) a análise de segregação complexa confirmou a observação prévia de uma predisposição genética para ELTMF, indicando a presença de um gene principal com transmissão Mendeliana e que pode ter um envolvimento na gênese da AH encontrada nestes pacientes; ii) embora a lesão hipocampal encontrada em camundongo transgênico com mutação no gene Scn2a seja similar àquela encontrada na ELTM foi descartada a possibilidade do gene homólogo SCN2A ser um gene candidato na ELTMF; iii) a análise de ligação em genes candidatos codificadores de canais de potássio voltagem-dependente não evidenciou qualquer tipo envolvimento destes genes na determinação das anormalidades hipocampais na ELTMF; iv) foi identificada ligação no cromossomo 18p11.3-11.2 com um LOD score máximo de 3,63 para ?= 0,0 para o marcador D18S976 em uma única família com 11 indivíduos afetados com AH. A análise de multipontos e o haplótipo localizam a região candidata dentro um intervalo de 6 cM flanqueado pelos marcadores D18S976 e D18S452. Além disso, os genes ZFP161 e TGIF que se localizam na região candidata mapeada, não apresentaram mutações em suas regiões codificantes, as quais poderiam estar relacionadas à ELTMF. Estes resultados mostram pela primeira vez, evidências de que a AH pode ser determinada por fatores genéticos, os quais podem ter maiores implicações no estudo dos mecanismos fisiopatológicos que permeiam a EMT e sua relação com a epilepsia de lobo temporal. No entanto, estudos adicionais são necessários para identificar o gene maior responsável pela ELTMF / Abstract: The association between temporal lobe epilepsy and mesial temporal sclerosis (MTS) has been well established; as well as the use of hippocampal atrophy (HA) on magnetic resonance imaging as an in vivo surrogate marker of MTS. One of the risk factors associated to MTS is childhood prolonged febrile seizures. In 2001, Kobayashi et al., described a type of mesial temporal lobe epilepsy with evident familial recurrence associate with HA but low frequency of febrile seizures, named familial mesial temporal lobe epilepsy (FMTLE). Previous pedigree analysis provided evidence that hippocampal abnormalities may be genetically determined in FMTLE. To determine whether FMTLE can be explained by the involvement of genetic factor we employed complex segregation analysis with the POINTER© software. To investigate candidate genes with significant biological functions related to temporal lobe epilepsy, we genotyped microsatellite markers flanking these relevant genes and performed linkage analysis. In addition, we performed a genome wide search in two large families with 57 individuals, including 27 patients. Our results show the following: i) complex analysis segregation strengthened previous evidence for a genetic predisposition in FMTLE, indicating the presence of a major gene with Mendelian transmission, which could be involved in HA development in these patients; ii) we conclusively ruled out the SCN2A gene as candidate in FMTLE, although the hippocampal lesion in the mutant Scn2a transgenic mouse is similar to that found in our FMTLE patients; iii) linkage analysis showed no evidence that voltage-gated potassium channels are involved in the determination of hippocampal abnormalities in FMTLE; iv) we identified linkage to chromosome 18p11.3-11.2, with a maximum LOD score of 3.63 at ?= 0.0 for the D18S976 marker in a single family (F-10) with 11 affected individuals with HA. Multipoint and haplotype analyses localized the locus within a 6 cM interval flanked by markers D18S976 and D18S452. Furthermore, we failed to find putative pathological mutations related to FMTLE in two candidate genes ZFP161 and TGIF, both mapping within the locus on chromosome 18p11.3-11.2. With our results we have demonstrated the first conclusive evidence that HA may be caused by genetic factors which can have major implications in the study of the pathophysiological mechanisms underlying MTS and its relationship with temporal lobe epilepsy / Doutorado / Neurociencias / Doutor em Fisiopatologia Medica

O feijÃo-de-corda (Vigna unguiculata (L.) Walp.), à uma espÃcie cultivada de grande importÃncia para a alimentaÃÃo das populaÃÃes rurais e urbanas das regiÃes tropicais e subtropicais do mundo. A produtividade dessa espÃcie varia muito, em virtude, principalmente, das variaÃÃes climÃticas e da utilizaÃÃo de materiais genÃticos pouco produtivos ou com caracterÃsticas indesejÃveis. A produtividade de grÃos à influenciada por efeitos genotÃpicos (G), efeitos ambientais (E) e das interaÃÃes genÃtipo x ambiente (G x E), que levam ao comportamento diferencial dos genÃtipos nos diversos ambientes. A interaÃÃo G x E pode ser caracterizada por estudos sobre adaptabilidade e estabilidade fenotÃpica por meio de diversas tÃcnicas. Com base nisso, esta pesquisa objetivou verificar a magnitude da interaÃÃo G x E, e a sua conseqÃÃncia na adaptabilidade e a estabilidade fenotÃpica da produtividade de grÃos de quinze cultivares de feijÃo-de-corda, por meio de quatro metodologias (Eberhart e Russell, Cruz, Torres e Vencovsky, Lin e Binns e AMMI ou âAdditive Main effects and Multiplicative Interactionâ). Os experimentos foram conduzidos em cinco municÃpios (Alto Santo, Barreira, CrateÃs, Itapipoca e Limoeiro do Norte) do estado do CearÃ, em cultivo de sequeiro nos anos 2006 e 2007. O delineamento utilizado foi o de blocos casualizados com 15 tratamentos e quatro repetiÃÃes. A parcela experimental teve dimensÃes de 3,0 m x 5,0 m, com quatro fileiras, espaÃadas de 0,75 m entre, e 0,25 m dentro das fileiras. As duas fileiras centrais corresponderam à Ãrea Ãtil. O desbaste foi feito aos 15 dias apÃs plantio deixando-se em mÃdia duas plantas por cova. Os ambientes corresponderam à combinaÃÃo de ano e local totalizando dez ambientes, dos quais foram utilizados oito para as anÃlises estatÃsticas. O efeito de ambientes foi mais importante do que o efeito da interaÃÃo genÃtipos x ambientes (G x E), e este mais importante do que o efeito de genÃtipos. A magnitude da interaÃÃo G x E para a produtividade de grÃos foi alta, indicando que este à um caractere instÃvel. A regressÃo linear de Eberhart e Russell nÃo classificou nenhum dos genÃtipos testados como de adaptaÃÃo geral, nem estÃvel nos ambientes avaliados. A regressÃo bissegmentada de Cruz, Torres e Vencovsky caracterizou os genÃtipos quanto à adaptabilidade em condiÃÃes especÃficas de ambientes favorÃveis, desfavorÃveis ou de adaptaÃÃo geral, mas todos instÃveis. O mÃtodo de Lin e Binns classificou simultaneamente os genÃtipos quanto à adaptabilidade e estabilidade com apenas um parÃmetro, ordenando os genÃtipos em sequÃncia decrescente. O mÃtodo AMMI possibilitou a explicaÃÃo da maior parte interaÃÃo G x E nos dois primeiros CPIs. Esse mÃtodo classificou os genÃtipos e ambientes quanto a estabilidade de forma precisa em dois biplots. A correlaÃÃo de Spearman indicou que alguns parÃmetros das diferentes metodologias utilizadas estÃo diretamente associados nÃo devendo ser utilizados simultaneamente, enquanto outros nÃo associados podem ser usados em complementaridade. Os genÃtipos que reuniram mais adaptabilidade com estabilidade para produtividade de grÃos foram: Inhuma, BR 17 â GurguÃia, BRS-MarataoÃ, Sempre Verde-CE, BRS-ParaguaÃu e BRS-Rouxinol, pela combinaÃÃo de vÃrios parÃmetros. / Cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp.), is very important crop for feeding the rural and urban populations of the tropical and subtropical areas of the world. The yield of that crop varies, mainly, because climate variations and of the use of low yield genetic materials with undesirable characteristics. Grains yield is influenced by the effects of environments (E), genotypes (G) and G à E interaction that into account the variabily of the genotypes in the several environments. The interaction G x E can be characterized by studying the adaptability and stability phenotipic using several techniques. This research aimed to verify the magnitude of the interaction G x E, their effects or the adaptability and the phenotipic stability of the productivity of grains of fifteen cultivate of cowpea. Four methodologies were used for this study (Eberhart and Russel, Cruz, Torres and Vencovsky, Lin and Binns and AMMI or âAdditive Main effect and Multiplicative Interaction "). The experiments were carried out in five countries (âAlto Santo, Barreira, CrateÃs, Itapipoca and Limoeiro do Norteâ) of the state of âCearÃâ, Brasil, under rainfall conditions during the years of 2006 and 2007. A complete randomized design with 15 treatments and four replication were used. Each experimental unit were 3,0 m x 5,0 m, with four rows spaced by 0,75 m containing 20 plants 0,25 m apart. The two central rows were harvested for futher analysis. The extra plants in each experimental unit were thinning 15 days after sowing, leaving two plants per rows. The Eberhart and Russell linear regression did not classified the cultivars tested for general adaptation and stability; it means that all cultivars were considered unstable by this methodology. The bissegmented regression methodology proposed by Cruz, Torres and Vencovsky allowed to classify the cultivars as adaptable for favorable, unfavorable environment and for general adaptation, but all of than were considered unstable. The method of Lin and Binns classified the cultivars simultaneously for adaptability and stability with just a parameter in decreased order of sequence. The AMMI method made possible the explain most of the G x E interaction in the first two IPCA. This method classified the cultivars and environment in relation to the stability in two biplots in a pricise way. The f Spearmanâs correlation indicated that some parameters used by the methodologies mentioned were associated and so they can not be used simultaneously. On the other hand, the one that were not associated be used as a complementarity. The list genotypes that showed highest adaptability and stability for grain yield were âInhuma, BR 17 â GurguÃia, BRS-MarataoÃ, Sempre Verde-CE, BRS-ParaguaÃu e BRS-Rouxinolâ because they combined both parameters.