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Produção heteróloga, caracterização biofísica e estrutural de xilose isomerases visando potenciais aplicações na fermentação pentoses / Heterologous production, structural and biophysical characterization of xylose isomerases aiming potential applications in pentoses fermentationReis, Caio Vinicius dos 08 February 2017 (has links)
Fazemos parte de um cenário mundial em que o esgotamento das fontes de energias fósseis atrelado à poluição gerada por esse uso, preocupam os diferentes setores do comércio, da indústria, do governo e das instituições em defesa do meio ambiente. Nesse sentido, a busca por novas fontes energéticas renováveis tem dirigido diversas pesquisas, além de drenar bilhões de dólares em investimentos. Uma das linhas de pesquisa mais importantes é a da produção do etanol de segunda geração (2G), um etanol produzido a partir dos resíduos gerados na produção do etanol de primeira geração. No caso do Brasil, esses resíduos compreendem principalmente a palha e o bagaço de cana-de-açúcar; essa biomassa é formada majoritariamente por celulose (∼45%), hemicelulose (∼25%) e lignina (∼20), e sua hidrólise envolve pré-tratamentos adequados e uso de enzimas que agem especificamente em seus alvos. Dessa forma, a produtividade de etanol aumenta, sem necessariamente ampliar áreas de cultivo. Essa vertente é muito promissora, porém os custos ainda são relativamente altos e a aplicabilidade depende bastante de adaptações do setor industrial e aprimoramentos na produção em si (atividade específica das enzimas e sua ação sinérgica). O objetivo principal deste projeto é reconhecer e mapear as bases moleculares que comandam a atividade da enzima xilose isomerase (XI), que converte xilose (presença majoritária na hemicelulose) em xilulose, possibilitando a utilização desta por Saccharomyces cerevisiae (já que a xilose não é fermentescível), para obtenção do etanol de segunda geração como produto final. Para isso, foi realizada uma busca extensiva de genes de diversos microrganismos, que codifiquem para XI, e que essas ainda não possuam estruturas resolvidas publicadas. A maioria das ORFs (Open Reading Frame, do inglês), ou regiões codificadoras, foram amplificadas, clonadas em vetores específicos e transformadas em bactérias Escherichia coli Rosetta (DE3). Parte dessas cepas transformadas resultaram na produção da XI de interesse. Com isso, foi possível obter cristais e iniciar a resolução de estruturas cristalográficas. Esses resultados foram cruzados e correlacionados com os de atividade enzimática, cinética química e estabilidade térmica, fornecendo boa perspectiva para o entendimento das bases moleculares que regem a atividade xilose isomerásica. / We are part of a world scenario in which the depletion of fossil energy sources linked to the pollution generated by this use, concern the different sectors of commerce, industry, government and institutions in defense of the environment. In this regard, the search for new renewable energy sources has headed many researches, besides generating billions of dollars in investments. One of the most important research lines is the production of second generation ethanol (2G), an ethanol produced from the waste generated in the production of the first generation one. In the case of Brazil, these residues mainly include sugar cane straw and bagasse. This biomass is mostly composed of cellulose (∼45%), hemicellulose (∼25%) and lignin (∼20), and its hydrolysis involves adequate pre-treatments and the use of enzymes that specifically act on their targets. In this way, ethanol productivity increases without necessarily expanding growing areas. This aspect is very promising, but the costs are still relatively high and the applicability badly depends on adaptations of the industrial sector and improvements in the production itself (specific activity of the enzymes and their synergistic action with others). The main goal of this project is to recognize and map the molecular bases that control the activity of the enzyme xylose isomerase (XI), which converts xylose (the mostly present carbohydrate in hemicellulose) into xylulose, allowing its use by Saccharomyces cerevisiae (since xylose is not fermentable), to obtain the second generation ethanol as final product. To reach this, an extensive search of genes of several microorganisms, that code for XI, and still do not have solved high resolution structures published are carried out. Most ORFs (Open Reading Frames) were amplified, cloned into specific vectors and transformed into Escherichia coli Rosetta (DE3) bacteria. Some of these transformed strains leaded to the production of XI of interest. Furthermore, it was possible to obtain protein crystals and to start trying to solve crystallographic structures. These results were cross - checked and correlated with those of enzymatic activity, chemical kinetics and thermal stability, providing a good perspective for understanding the molecular bases which govern isomerase activity.
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Algoritmos exatos para problemas de spanner em grafos / Exact algorithms for spanner problems in graphsBraga, Hugo Vinicius Vaz 14 December 2018 (has links)
Seja (G,w,t) uma tripla formada por um grafo conexo G = (V,E), uma função peso não-negativa w definida em E e um número real t >= 1, chamado de fator de dilatação. Um t-spanner de G é um subgrafo gerador H de G tal que para cada par de vértices u, v, a distância entre u e v em H é no máximo t vezes a distância entre u e v em G. Quando H é uma árvore, dizemos que H é uma árvore t-spanner. Nesta tese focamos o problema da árvore t- spanner de peso mínimo (cuja sigla em inglês é MWTSP), definido a seguir. Dada uma tripla (G,w,t), encontrar uma árvore t-spanner em G de peso mínimo. É sabido que MWTSP é NP-difícil para cada t > 1 fixo. Propomos duas formulações lineares inteiras para MWTSP, baseadas em arborescência, de tamanho polinomial no tamanho de G. A formulação que possui variáveis representando distâncias entres os pares de vértices apresentou resultados melhores na prática. Também abordamos o problema de t-spanner de peso mínimo (cuja sigla em inglês é MWSP), cuja entrada é a mesma do MWTSP e cujo objetivo é encontrar um t-spanner de peso mínimo. Mesmo para grafos com peso unitário, MWSP é NP-difícil para cada t >= 2 fixo. Tratamos este problema de duas formas. Propomos uma formulação linear inteira para o MWSP que possui um número exponencial de restrições, mas cujo problema da separação para o programa linear relaxado correspondente é polinomial no tamanho de G. Apresentamos também uma implementação de um algoritmo de branch-and-price para o MWSP baseado numa formulação linear inteira proposta por Sigurd e Zachariasen (2004). Exibimos resultados de experimentos realizados com as duas formulações para o MWTSP e também com o algoritmo de branch-and-price para o MWSP. / Let (G, w, t) be a triplet consisting of a connected graph G = (V, E) with a nonnegative weight function w defined on E, and a real number t >= 1. A t-spanner of G is a spanning subgraph H of G such that for each pair of vertices u,v, the distance between u and v in H is at most t times the distance between u and v in G. If H is a tree then we call it a tree t-spanner of G. We address the Minimum Weight Tree Spanner Problem (MWTSP), defined as follows. Given a triplet (G, w, t), find a minimum weight tree t-spanner in G. It is known that MWTSP is NP-hard for every fixed t > 1. We propose two ILP formulations for MWTSP, based on arborescences, of polynomial size in the size of G. The formulation that has variables representing distances between pairs of vertices has shown to be better in practice. We also address the Minimum Weight t-Spanner Problem (MWSP) that has the same input as MWTSP and seeks for a minimum weight t-spanner in G. Even for unweighted graphs, it is known that MWSP is NP-hard for every fixed t >= 2. We approach this problem in two ways. We propose an ILP formulation for MWSP that has an an exponential number of restrictions but we show that the separation problem for the corresponding relaxed linear program can be solved in polynomial time in the size of G. We also present a branch-and-price algorithm for MWSP based on an ILP formulation proposed by Sigurd and Zachariasen (2004). We show results on the computational experiments with both formulations for MWTSP and also with the branch-and-price algorithm that we implemented for MWSP.
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Análise das perdas de produtividade em geradores fotovoltaicos por efeito de sujidade / Productivity losses analysis in photovoltaic generators due to soiling.Rezende, Vinícius Gouveia Scartezini de 02 May 2018 (has links)
Dentre as diferentes fontes conhecidas identifica-se a energia solar fotovoltaica como um interessante mecanismo para a produção de eletricidade, apresentando um grande crescimento ao redor do mundo, principalmente no caso Brasileiro, em que é verificado, nos últimos anos, um aumento do uso desses sistemas de forma conectada à rede e em ambientes urbanos. Apesar da confiabilidade técnica, os sistemas fotovoltaicos ainda apresentam dúvidas relacionadas ao seu desempenho operacional em ambientes com elevado nível de poluição e/ou que apresentam expressiva quantidade de material particulado suspenso, o que abre espaço para a busca e pesquisa de informações no âmbito da sujidade, custos e benefícios da frequência de limpeza, bem como índices de consumo de água, possibilitando auxiliar na operacionalidade dos sistemas. Nesta dissertação, apresenta-se uma breve revisão de literatura sobre o tema e apresenta-se um estudo que analisa perdas de produtividade de energia, ao longo de 12 meses, em geradores fotovoltaicos situados em uma localidade propensa ao efeito da sujidade, quantificando perdas de energia da ordem de 0,6 % ao mês, 3,0 % em seis meses e 6,0 % ao ano, bem como, saturação de sujidade em 8 meses, custos de limpeza, mão-de-obra, consumo de água e tempo de limpeza. Este estudo também apresenta recomendações em relação a procedimentos de limpeza em sistemas fotovoltaicos. / Among the different known sources, photovoltaic solar energy is identified as an interesting mechanism for electricity production, presenting a great growth around the world, especially in Brazilian case where is verified, in the last years, an interesting evolution related to the use of these systems in an urban environment and also grid-connected. Despite having a high technical reliability, photovoltaic systems still have doubts related to their operational performance in environments with high pollution level, and/or which present an expressive quantity of particulate matter, which opens space to research and investigation of many informations associated to the soiling field, costs and benefits of cleaning schedule, as well as water consumption index, making possible support the system operability. In this dissertation, shows up a brief literature review about the theme and displays a study which analyzes the energy productivity losses, along 12 months, in photovoltaic generators located in a region prone to the soiling effect, quantifying energy losses in the order of 0.6 % per month, 3.0 % in six months and 6.0 % in one year, as well as soiling saturation in 8 months, cleaning costs, labor, water consumption and cleaning time. This study also shows recommendations regarding cleaning procedures in photovoltaic systems.
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Variabilidade genética e estrutura haplotípica do gene kir2dl4 avaliada em uma amostra brasileiraWeiss, Emiliana January 2019 (has links)
Orientador: Erick da Cruz Castelli / Resumo: O gene KIR2DL4 codifica um importante receptor de células Natural Killer (NK). O único ligante de KIR2DL4 conhecido é a molécula HLA-G, expressa principalmente na placenta, modulando a ação das células NK durante a gestação. O gene KIR2DL4 parece ser bastante variável, quando considerado os bancos de dados que armazenam suas sequências conhecidas, porém não está claro o nível de diversidade deste gene em populações reais e heterogêneas. Polimorfismos presentes no gene KIR2DL4 poderiam influenciar a interação entre KIR2DL4 e HLA-G, modificando a ação das células NK. Neste estudo exploramos a variabilidade genética de KIR2DL4 em 157 indivíduos oriundos do Estado de São Paulo/Brasil. Devido à alta similaridade de sequências entre os genes KIR, erros de genotipagem são esperados quando se utiliza sequenciamento de segunda geração. Por este motivo, desenvolvemos uma abordagem para classificar cada leitura com base em sequências KIR conhecidas, endereçando-as ao gene mais provável. Também utilizamos o painel SNPforID 34-plex para avaliar a ancestralidade dessas amostras. Considerando o segmento completo desse gene, indo da região 5’URR até a 3’UTR, com aproximadamente 13kb, o gene KIR2DL4 se mostrou pouco polimórfico, com 152 pontos de variações identificados (MAF 1%). Esses pontos de variação estão organizados em 32 haplótipos estendidos que codificam 13 proteínas diferentes. Foram encontrados 11 haplótipos na região promotora, sendo que 8 possuem MAF maior que 1%. Na região codif... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: KIR2DL4 is the most unusual Killer Cell Immunoglobulin-Like receptor (KIR) family member in terms of structure, expression, and signaling properties. The only known KIR2DL4 ligand is HLA-G, and polymorphisms might disrupt this interaction. KIR2DL4 variability is not well explored in admixed populations. Here we explored KIR2DL4 exon variability in 157 individuals from the State of São Paulo/Brazil. Because of sequence similarity with other KIR genes, it is expected genotyping errors when using secondgeneration sequencing. We developed an approach to score each read based on known KIR sequences, addressing them to the most likely locus. We evaluated the SNPforID 34-plex panel to assess ancestry. The methodology was applied to survey the variability of a very admixed population, such as Brazilian, counting with 157 samples of São Paulo State. Considering a segment of about 13-kb, KIR2DL4 gene was conserved with few different and frequent sequences. Overall, 152 variable sites were detected, arranged in 32 haplotypes codifying 13 protein. We found 11 promoter haplotypes, 8 with a frequency greater than 1%. In the coding region we detected 70 haplotypes, four of which correspond to 50% of the coding sequences (KIR2DL4 * 0080204, * 008105, * 001, * 005). In the 3'UTR region, 14 haplotypes were identified with MAF greater than 1%. The KIR2DL4 coding region was the most variable segment. We observed that KIR2DL4 variability is strongly influenced by the sample ancestry background. K... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Geração de viagens e demanda por estacionamento em shopping centers do interior do estado de São Paulo / Trip generation and parking demand in shopping centers in the country side of the state of Sao PauloBrevis Cárdenas, Carolina Beatriz 29 September 2003 (has links)
Neste trabalho é apresentado estudo sobre a geração de viagens e a demanda por estacionamento em seis shopping centers localizados em cidades de porte médio do interior do estado de São Paulo. Em três deles foram realizadas pesquisas de campo detalhadas. Os outros três não permitiram a realização de pesquisas, mas forneceram dados globais sobre a geração de viagens e a demanda por estacionamento. Com base nos dados obtidos, são determinados os principais parâmetros relacionados com a geração de viagens e a demanda por estacionamento para cada um dos empreendimentos, bem como analisados os conjuntos de valores desses parâmetros utilizando conceitos básicos da Estatística. Na sequência, é verificado se os principais padrões de geração de viagem apresentados nos modelos desenvolvidos no país representam adequadamente a realidade no caso do universo estudado. Em seguida, à luz dos resultados obtidos nas pesquisas realizadas, dos resultados apresentados em outros trabalhos e das análises efetuadas, é proposto e desenvolvido um novo método para definir alguns parâmetros de projeto para shopping centers localizados no interior do estado de São Paulo. Por último, os principais parâmetros que caracterizam a geração de viagens e a demanda por estacionamento, obtidos com a aplicação do novo método proposto, são comparados com os valores fornecidos por outros modelos desenvolvidos no Brasil. / In this work, a study about trip generation and parking demand in six shopping centers located in Brazilian medium sized cities in the country side of the state of Sao Paulo is presented. In three of them detailed field researches were accomplished. The other three didn\'t allow the realization of researches, but they provided global data about trip generation and parking demand. Base on the obtained data, the main parameters related to the trip generation and parking demand for each one of the enterprises are determined, as well as, the group of results of those parameters using basic Statistics concepts are analyzed. In the sequence, it is verified if the main patterns for trips to the shopping centers and the new models developed at the country represent adequately the reality in the studied universe. Afterwards, due to the survey data collected in this study, to the results presented in other studies and to the effectuated analysis, a new method to measure some project parameters is developed and proposed for shopping centers located in Brazilian medium sized cities, in the country side of the state of Sao Paulo. Finally, the main parameters that characterize the trip generation and parking demand, obtained with the application of the new proposed method, are compared to the furnished values by other models developed in Brazil.
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Gás natural e carvão na geração termelétrica: reflexões sobre a competição/complementação das fontes na região sul do Brasil / Natural Gas and Coal in the Power Generation: Thoughts on the Competition/Complementarity of the Sources on the South Region of BrazilSantos, Vitor Emanoel Siqueira 12 May 2017 (has links)
Na expansão da geração termelétrica brasileira predominam como combustíveis o gás natural, os óleos combustíveis, a biomassa e o carvão mineral. A concentração das reservas nacionais de carvão no Sul provoca situação peculiar na entrada de novas fontes. Se por um lado a expansão privilegia o carvão e a consequente indústria extrativa local, por outro abre mão de tecnologias mais eficientes e limpas. Esta pesquisa apresenta os principais fatores que influenciam no desempenho dessas usinas e na contratação de geradores, caracterizando a expansão termelétrica. Posteriormente são criados quatro cenários de expansão da geração para a Região Sul envolvendo diferentes fontes de insumos. Por fim, uma análise SWOT é realizada para cada cenário gerador afim de gerar reflexões acerca dos limites da expansão termelétrica sem uma visão gestora dos recursos disponíveis / The following fuels are predominant in the Brazilian expansion of the power generation by thermal power plants: natural gas, oil, biomass and coal. The concentration of the national coal reserves in the south makes a particular case for the entrance of new sources. If, for by one hand, the expansion privileges the coal and, for consequence, the local mining industry, by the other gives up more efficient and cleaner technologies. This research presents the main factors that influence the performance of these plants and the hiring of new generators, characterizing the expansion of thermal power plants. Afterwards four expansion scenarios are created for the south region involving different feedstocks. Lastly, a SWOT analysis is performed for each scenario of generation in the intent of generate thoughts about the limitations of a thermal power generation expansion without an integrating and managing vision of the available resources.
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Geração de colunas para problemas de corte em duas fases / Column generation for two starge cutting stock problemsAline Aparecida de Souza Leão 02 March 2009 (has links)
O Problema da Mochila Compartimentada é uma extensão do Problema da Mochila, em que os itens solicitados são divididos em classes, de modo que a mochila deve ser subdividida em compartimentos, os quais têm capacidades limitadas e são carregados com itens da mesma classe. Além disso, a construção de um compartimento tem um custo fixo e ocasiona uma perda no espaço da mochila. O objetivo consiste em maximizar a soma dos valores dos itens, descontado o custo fixo de inclusão de compartimentos. Neste trabalho, são abordados dois métodos de solução. A primeira abordagem é uma heurística, que consiste na combinação de duas heurísticas da literatura. A segunda abordagem é o método Geração de Colunas, que além de fornecer um novo limitante superior para o Problema da Mochila Compartimentada, ao final do método o problema mestre foi resolvido com as variáveis definidas como inteiras, obtendo uma solução factível. Em ambos os métodos, o modelo não-linear é decomposto em dois modelos lineares, no qual, um gera compartimentos e o outro os seleciona. Os resultados obtidos com as duas abordagens foram comparados com um limitante superior e se mostraram bastante satisfatórios / The Compartmentalized Knapsack Problem is an extension of the classical Knapsack Problem, where the ordered items are partitioned into classes, in such way that the knapsack must be divided into compartments, each one having limited capacity. In addition, the building of a compartment has a fixed cost and involves a loss of the overall capacity. The objective is to maximize the sum of the items utility value, minus the fixed costs of the compartments. This dissertation presents two solving methods. The first approach is a heuristic method, which is a combination of two heuristics from the literature. The second approach is a Column Generation method, that apart from it gives a new upper bound to the Compartmentalized Knapsack Problem, in the end of the method the master problem was solved with the variables defined as integer, that supplies a feasible solution. In both methods, the mathematical non linear model is decomposed into two linear models, one generates the compartments, and the other selects them to compose the knapsack. The results obtained with these two approaches were compared with an upper bound and they showed very efficient
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A correspondência, as memórias e as notas de Carlos Fradique Mendes - uma imagem de cosmopolita para o Portugal do século XIX? / Letters, memories and notes of Carlos Fradique Mendes a cosmopolitan image for the nineteenth century Portugal?Thais Marassi Prado 27 September 2011 (has links)
A presente tese de Doutorado pretende analisar a produção literária atribuída ao personagem Carlos Fradique Mendes em A Correspondência de Fradique Mendes de Eça de Queirós, suas correspondências e a primeira parte da obra intitulada Memórias e Notas. Trata-se da abordagem das diversas estratégias narrativas, discursivas e composicionais que formam o legado fradiquiano, buscando a resposta para a dúvida que originou a presente pesquisa: Fradique pode ser considerado o protótipo de homem cosmopolita do século XIX português? / This doctoral thesis aims to analyze literary production attributed to the character Carlos Fradique Mendes in As Correspondências de Fradique Mendes of Eça de Queirós , his letters and the first part of the work entitled \"Memórias e Notas.\" This is the approach of the various narrative strategies, discursive and compositional fradiquiano that form the legacy, seeking the answer to the question that originated this research: Fradique can be considered the prototype of the nineteenth century cosmopolitan Portuguese?
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Sistema autônomo de geração de energia solar fotovoltaica para estações telemétricasCapellaro, Julcemar, 1976-, Hausmann, Romeu, 1966-, Universidade Regional de Blumenau. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica. January 2015 (has links) (PDF)
Orientador: Romeu Hausmann. / Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica, Centro de Ciências Tecnológicas, Universidade Regional de Blumenau, Blumenau,
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Potencial de produção de biogás e energia elétrica a partir da remoção da matéria orgânica oriundo de tratamento de esgotamento sanitário na ETE Norte – Palmas -TOAlmeida, Lêdo Ivo José de 16 June 2016 (has links)
A pressão do homem sobre os recursos naturais vem se intensificando no mundo, e nesse sentido, atualmente tem evidenciado um apelo mais significativo para as questões ambientais e quando possível associar o uso destes ao aspecto econômico. Nessa ótica esse trabalho tem o objetivo de avaliar de forma teórica o potencial de produção de biogás, um subproduto oriundo da digestão anaeróbia, e os aspectos de viabilidade técnica, econômica e ambiental para enquadrá-lo como possível fonte de geração de energia elétrica na ETE Norte/Palmas-TO. Através de aplicação de modelos matemáticos teóricos obteve-se um volume de biogás de 558.232,30 m³ ano-1, onde foi considerada uma concentração de 70% de metano que corresponde ao volume de 390.762,61m³ ano-1. Com esse volume convertido em potencial elétrico resultou em 75kW, equivalendo a 32,8% da demanda de energia elétrica da ETE. A análise de viabilidade econômica considerou dois cenários: receita com e sem venda de crédito de carbono. Com a venda dos créditos de carbono o VPL obtido foi de R$ 1.399.831,73, a TIR de 47,61% e Payback descontado de 2 anos e 6 meses. Já no caso da não adoção da venda dos créditos de carbono, apresentou VPL de R$ 1.014.270,87 e TIR de 46,48% e Payback de 2 anos e 7 meses. Esses valores tiveram como base cálculo a TMA de 12% e vida útil de projeto de 10 anos. Os dois casos garantem viabilidade financeira, porem no caso com a venda de créditos de carbono, vislumbrou-se indicadores financeiros mais atraentes, mesmo considerando o alto investimento na implantação de projetos de MDL. / The pressure on natural resources has been intensifying in the world, and in that sense, currently has evidenced a more significant appeal for environmental issues and when possible to associate the use of these economic aspect. In this perspective this work aims to assess the theoretical potential of biogas production, a byproduct from the anaerobic digestion, and aspects of technical, economic and environmental feasibility to frame it as a possible source of power generation in PTS North/Palmas-TO. Through application of theoretical mathematical models produced a volume of biogas from 558,232.30 m ³ year-1, where he was considered a concentration of 70% of methane that corresponds to the volume of 390,762,61 m³ year-1. With this volume converted to electric potential resulted in 75kW, equivalent to 32.8% of the electric energy demand PTS. The economic feasibility analysis considered two scenarios: recipe with and without carbon credit sale. With the sale of carbon credits the NPV obtained was R$ 1,399,831.73, the IRR of 47.61% and discounted Payback of 2 years and 6 months. In the case of non-adoption of the sale of carbon credits, presented in NPV R$ 1,014,270.87 and IRR of 46.48% and Payback of 2 years and 7 months. These values were based on calculating the TMA of 12% and lifespan of 10 years project. The two cases ensures financial viability, but in this case by selling carbon credits, envisioned financial indicators more attractive, even considering the high investment in CDM projects.
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