Les virus à ARN sont à l’origine de nombreuses épidémies depuis ces dernières décennies. Malgré des avancées thérapeutiques majeures, une majorité d’infection est orpheline de traitement. Le développement d’antiviraux à spectre large est une alternative thérapeutique pour maximiser le nombre de virus ciblés, minimiser les coûts de production et améliorer la prise pour les patients. Afin de trouver de nouvelles cibles cellulaires, la compréhension des mécanismes moléculaires utilisés par les virus pour infecter l’hôte est essentielle.Les virus utilisent des facteurs cellulaires pour survivre et se propager. Parmi ceux-ci, on trouve les microARNs (miARNs) et les longs ARNs non-codants (lncARNs) qui peuvent participer à la réponse antivirale mais peuvent également être détournés par les virus pour favoriser l’infection. Ces d’ARN non-codants peuvent interagir avec des protéines cellulaires (« RNA-binding protein » (RBP)) telles que la protéine KSRP. Cette RBP est impliquée dans le contrôle de l’expression des ARNs en participant à l’épissage de certains pré-ARNm, à la dégradation des ARNs contenant des séquences riches en AU et à la maturation de certains miARNs. Ses fonctions et sa localisation sont dépendantes de la phosphorylation de certains résidus par les kinases cellulaires Akt, ATM et p38/MAPK.Le but de ma thèse a été d’étudier la modulation de l’expression de ces deux classes d’ARN non-codants au cours de l’infection par des virus à ARN tels que le virus de l’Hépatite C (VHC) et la souche HCoV-229E des Coronavirus. Plus particulièrement nous avons cherché à étudier l’implication de KSRP dans la régulation d’ARN non-codants essentiels pour ces infections.Mes recherches ont commencé par l’étude de la maturation du microARN-122 (miR-122), un facteur proviral de l’infection par le VHC. Nous avons montré que KSRP phosphorylée sur le résidu S193 par Akt interagissait avec le complexe nucléaire DROSHA/DGCR8 et ainsi était essentielle à la maturation du pri-miR-122 en miR-122 favorisant la réplication virale. Notre avons ensuite étudié le rôle des phosphorylations de KSRP par ATM et p38/MAPK sur la réplication et sur la maturation du miR-122. La phosphorylation par ATM ne semble pas jouer un rôle majeur sur ces deux paramètres. En revanche, la phosphorylation de KSRP sur le résidu T692 par la kinase p38/MAPK semble jouer un rôle positif sur la réplication VHC.Dans un second temps, par homologie avec les résultats obtenus dans le cas du VHC, nous avons étudié le rôle de KSRP lors de l’infection par la souche HCoV-229E des Coronavirus. En transfectant un siKSRP ou un plasmide exprimant la protéine KSRP, nous avons pu démontrer que KSRP était un facteur proviral pour la réplication virale.Afin d’identifier les ARN non-codants modulés au cours de l’infection HcoV-229E et dont l’expression pouvait être régulée par KSRP, nous avons effectué deux analyses de séquençage à haut débit (« NGS »). L’analyse réalisée sur des cellules infectées vs non-infectées nous a permis d’identifier l’ensemble des miARNs et lncARNs dérégulés par le virus. Nous avons croisé ces résultats avec un second « NGS » fait sur des cellules infectées, inhibées pour KSRP et nous avons trouvé que l’expression du LinC00473 était modulée dans les deux conditions expérimentales. En étudiant ce facteur cellulaire au cours de l’infection nous avons observé une forte induction KSRP-dépendante du LinC00473 à 24 h post-infection, puis une diminution à 48 h post-infection. L’inhibition de ce facteur entraîne une diminution de la réplication virale suggérant que le LinC00473 est un facteur proviral au début de l’infection.Nos résultats ont permis de montrer le rôle proviral de la protéine KSRP lors de deux infections virales (VHC et HCoV-229E des Coronavirus). Son implication dans la régulation de l’expression des ARNs fait de cette protéine un outil efficace pour découvrir de nouvelles cibles thérapeutiques ARN non-codants au cours d’autres infections virales. / Résumé en anglaisRNA viruses have been the cause of many epidemics in recent decades. Despite major therapeutic advances, a majority of infection is currently orphan for treatment. The development of new broad spectrum antivirals is a therapeutic alternative to maximize the number of targeted viruses, minimize production costs and improve access to population. In order to find new cellular targets for this type of therapeutic approach, understanding the molecular mechanisms used by RNA viruses to infect the host is essential.Viruses exploit cellular factors to survive and to disseminate. Among those factors, microRNA (miRNA) and long non-coding RNA (lnCRNA) can participate to cellular antiviral response but can also be hijacked by the virus to improve the infection. These two families of non-coding RNA could interact with cellular RNA-binding protein (RBP) such as KSRP. This ubiquitous protein is involved in RNA expression control via its participation to pre-mRNA splicing, decay of AU-rich element mRNA and maturation of microRNAs. The functions and localization of KSRP are dependent of post- modification by the cellular kinases Akt, ATM and p38/MAPK.The aim of my thesis was to study the modulation of the expression of these two classes of non-coding RNA during infection by RNA viruses such as the hepatitis C virus (HCV) and the HCoV-229E strain of the Coronaviruses. More specifically, we evaluated the involvement of KSRP in the regulation of non-coding RNAs essential for these infections.My research project began with the study of microRNA-122 (miR-122) the maturation. This miRNA is a proviral factor for HCV infection. We have shown that the Akt-dependent phosphorylation of S193-KSRP promoted the interaction of pri-miR-122 with the DROSHA / DGCR8 nuclear complex and thus was essential for the maturation of miR-122, finally promoting viral replication. We then investigated the role of KSRP phosphorylation by ATM and p38 / MAPK on viral replication and on miR-122 maturation. ATM phosphorylation does not seem to play a major role in these two parameters. In contrast, phosphorylation of KSRP on the T692 residue by p38 / MAPK kinase appears to play a positive role on viral replication.In a second step, by homology with the results obtained in the case of the HCV infection, we studied the role of KSRP during the infection with the HCoV-229E strain of Coronaviruses. After siKSRP transfection or exogenous expression of the KSRP protein, we were able to demonstrate that KSRP was a proviral cellular factor for HCoV-229E replication.In order to characterize the modulation of non-coding RNAs expression during HcoV-229E infection and to identify the non-coding RNAs whose expression could be regulated by KSRP, we performed two high-throughput sequencing ("NGS") assays. The analysis performed on infected and non-infected cells allowed us to identify all the miRNAs and lncRNAs whose expression was altered by the virus. We cross-examined these results with a second "NGS" performed on HCoV-229E infected cells inhibited for KSRP. We found that the expression of an InCARN (LinC00473) was modulated under both experimental conditions. We demonstrated a strong KSRP-dependent induction of LinC00473 expression at 24 h post-infection, then a decrease at 48 h post-infection. Inhibition of this factor results in decreased viral replication suggesting that LinC00473 is a proviral cell factor at the onset of infection.Our results have shown the proviral role of the KSRP protein during two viral infections (HCV and HCoV-229E of the coronaviruses). Its involvement in the regulation of RNA expression makes of KSRP an effective tool for discovering new non-coding RNA therapeutic targets for other viral infections

L’hépatite C est une maladie affectant aujourd’hui 170 millions d’individus dans le monde. Cette maladie est causée par le virus de l'hépatite C (VHC). Les nouveaux traitements récemment mis sur le marché, visant à soigner l’hépatite C, sont très onéreux et donc inaccessibles pour les pays du Sud. De plus, l’utilisation de ces nouvelles molécules engendre l’apparition de mutation de résistance virale responsable de l’échec des traitements pour 5 à 10% des patients. La découverte de nouveaux antiviraux est donc toujours indispensable. Les plantes utilisées en médecine traditionnelle depuis des siècles sont une source de composés bio-actifs très intéressante. L’utilisation de ces plantes ou de composés naturels en complément des molécules utilisées en thérapie classique, permettrait de réduire significativement le coût de ces traitements et de les rendre accessibles à davantage de patients.L’epigallocatéchine-3-gallate (EGCG) et la delphinidine sont des molécules naturelles issues respectivement du thé vert et des fruits rouges. Ces deux molécules inhibent l’étape d’entrée du VHC dans les cellules hépatocytaires. Nous avons montré que l'EGCG et la delphinidine inhibent cette étape virale dans les hépatocytes en déformant les particules et bloquant ainsi leur attachement à la surface cellulaire. Nous nous sommes ensuite intéressés au processus engendrant cette déformation qui est probablement lié à l’agrégation des glycoprotéines d’enveloppe virale.Nous avons procédé au criblage d’extraits bruts de plantes extrêmophiles tunisiennes et mis en évidence que l’extrait brut de rhizome de Juncus maritimus inhibait l’étape de réplication du VHC. Le J. maritimus est une plante fortement présente dans les sols arides en Tunisie mais également sur les côtes françaises. En collaboration avec le laboratoire de Pharmacognosie de Lille et grâce à un fractionnement bioguidé, le principe actif a pu être isolé. Il s’agit du déhydrojuncusol qui inhibe la réplication virale avec une concentration effective médiane de 1,31 µM. De plus, nous avons montré que le déhydrojuncusol pouvait inhiber la réplication de virus présentant des mutations de résistance aux traitements actuels ciblant la protéine virale NS5A. Nous avons cherché à identifier la cible virale du déhydrojuncusol et il semblerait que ce soit également la protéine NS5A.Les résultats obtenus dans cette thèse confortent l’hypothèse que des molécules naturelles pourraient être utilisées dans le traitement de l’hépatite C. / Hepatitis C is a liver disease affecting 170 million people worldwide. This disease is caused by hepatitis C virus (HCV). New treatments, recently marketed, against HCV are very expensive and not really accessible for most-infected patients especially in low-income countries. Moreover, the use of these new molecules generates the emergence of HCV resistant variants responsible for treatment failure for 5 to 10% of the patients. Therefore, the discovery of new antiviral molecules is always needed. Since centuries, plants are used in traditional medicine. They are a very attractive source of bio-active compounds. Plant extracts or natural molecules used in combination with actual therapy, could significantly reduce the cost of these new treatments and render them accessible to more patients.Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) and delphinidin are natural molecules derived respectively from green tea and red berries. These two molecules inhibit HCV entry into hepatocyte cells. We have shown that this inhibition is due to a deformation of viral particles by the molecules inducing a blockade of virus attachment to the cell surface. We further investigated the process leading to this deformation, and conclude that it might be related to aggregation of viral envelope glycoproteins.We screened extracts of extremophile plants from Tunisia and showed that the crude extract of Juncus maritimus rhizome inhibited HCV replication step. J. maritimus is a plant present in arid soils in Tunisia but also in French coasts. In collaboration with the Pharmacognosy laboratory of Lille and thanks to a bioguided fractionation, the active compound present in this plant could be isolated. It was identified as dehydrojuncusol, which inhibits viral replication with a half maximal effective concentration of 1.31 μM. We have also shown that dehydrojuncusol is able to inhibit replication of viruses with resistance mutations to current treatments targeting the viral protein NS5A. We have also tried to identify the viral target of dehydrojuncusol, and it seems that the target might also be the NS5A protein.The results obtained in this thesis confirm the hypothesis that natural molecules could be used in the treatment of hepatitis C.

Ce travail de thèse s'articule autour de trois parties distinctes abordant chacune un thème précis lié à l'épidémiologie. La première partie de ces travaux s'inscrit dans le cadre de la propagation de virus via l'utilisation de modèles épidémiques. Dans cette partie, sont analysées différentes méthodes d'estimations paramétriques et y sont étudiés la qualité de ces estimateurs. Une application à des virus informatiques est proposée. La deuxième partie de cette thèse propose une méthode d'estimation de la prévalence actuelle du virus de l'hépatite C en France par l'intermédiaire d'un modèle de rétro-calcul associé à un modèle de Markov modélisant l'histoire naturelle de la maladie. Cette méthode et les résultats qui en découlent sont comparés avec les résultats obtenus via l'approche de référence en France. Enfin, la dernière partie s'intéresse à l'étude de l'impact des nouvelles thérapeutiques anti-hépatite C susceptible d'éradiquer le virus à moyen terme. En assimilant la population d'intérêt à un groupement de graphes aléatoires, la propagation du virus est modélisée à partir d'un modèle de métapopulation construit sur la base de données migratoires où les dynamiques de chaque sous-population sont régies par un ensemble d'équations différentielles déterministes. Ce travail doctoral a été réalisé dans le cadre d'une convention CIFRE avec les laboratoires Bristol-Myers Squibb. / The works undertaken in this doctoral thesis are conducted in three parts, each one dealing with a specific epidemiology-related domain. The first part of this work deals with the propagation of viruses by using well-known epidemic models. It is mainly focused on the analyze of different estimation methods and on their performance. An application on computer virus is proposed. The second part of this thesis gives an estimation method of the hepatitis C virus prevalence in France based on a back-calculation model in association with a Markov model of the disease's natural history. This method and its results are compared with those generated by the reference approach in France. The last part is focused on the study of the recent anti-hepatitis C therapeutics impact on the population since is has been stated that those could eradicate the virus at middle term. In that optic, based on published migration data and assuming that the population of interest is organized into a set of specific contact networks, a metapopulation is computed in which the dynamics of each sub-population is governed by a set of deterministic differential equations. This doctoral research has been conducted through a CIFRE industrial research agreement with the Bristol-Myers Squibb pharmaceutical company.

En France, de 25000 à 30 000 personnes sont co-infectées par le VIH et le virus de l’hépatite C (VHC), avec des conséquences cliniques majeures. Des progrès importants ont été accomplis ces dernières années grâce au développement de nouveaux traitements contre le VHC, efficaces et très bien tolérés. En parallèle, le nombre de patients co-infectés a globalement baissé parmi les patients infectés par le VIH, mais de nouveaux groupes à risque de transmission du VHC sont apparus dans cette population, comme les hommes ayant des rapports sexuels avec d’autres hommes. Le vécu de la co-infection reste peu documenté. Cette thèse analyse les perceptions (qualité de vie, impact fonctionnel de la fatigue) et les comportements (sexuels, addictifs) des patients co-infectés, en lien avec l’évolution de leurs paramètres cliniques, et évalue comment utiliser ces données pour améliorer la prise en charge de la co-infection et mieux cibler les actions de prévention de la transmission du VHC. / Between 25,000 and 30,000 people are co-infected with HIV and hepatitis C virus (HCV) in France, with major clinical repercussions. Major therapeutic advances have been made in recent years thanks to the development of direct-acting antivirals for HCV treatment, with very good efficacy and safety profiles. In the same time, while the number of co-infected patients has globally decreased among HIV-infected patients, new groups at risk of HCV transmission have emerged in this population, such as men who have sex with men (MSM). Co-infected patients’ day-to-day experience with the disease remains poorly documented. In this work, we analyze the perceptions (quality of life, functional impact of fatigue) and behaviors (sexual risk behaviors, addictive behaviors) of co-infected patients and their relationships with clinical parameters, and we try to determine to what extent such data can be used to improve the management of co-infection and to better target HCV prevention actions.

L’intérêt des composés organiques fluorés est de nos jours de plus en plus important en raison de leur large domaine d’application (agrochimie, nucléaire, matériaux, chimie médicinale…). Par exemple, en chimie médicinale, la présence d’un ou plusieurs atomes de fluor au sein de biomolécules conduit très souvent à une amélioration de leur profil thérapeutique. Par ailleurs, le cyclopropane, le plus petit et le plus tendu des cycloalcanes, permet également de modifier les caractéristiques pharmacologiques de composés biologiques de par sa géométrie inhabituelle. En effet, la rigidification structurale apportée par ce motif influe sur la biodisponibilité d’une biomolécule en améliorant sa sélectivité et son affinité pour un récepteur biologique. Dans ce contexte, nous avons choisi d’associer les propriétés remarquables de l’atome de fluor à la contrainte structurale du cyclopropane dans le but d’élaborer deux nouvelles classes de fluoropeptidomimétiques.Tout d’abord, nous nous sommes intéressés à la modification de la chaîne latérale d’acides aminés naturels en développant la synthèse des analogues cyclopropaniques fluorés de la méthionine, de la leucine, de la lysine et de l’arginine. Nous avons ensuite appliqué l’un de nos acides aminés cyclopropaniques fluorés à la synthèse totale de l’analogue fluoré d’un inhibiteur de la sérineprotéase NS3/4A, le TMC 435.Enfin, dans le but de proposer une voie de synthèse générale permettant l’accès aux pseudopeptides fluorés comportant un monofluorocyclopropane à la place du lien peptidique, nous avons développé une nouvelle stratégie basée sur une étape d‘addition nucléophile de réactifs organométalliques sur des N-(tert-butanesulfinyl)-α-fluoroimines chirales. / Fluoroorganic compounds are increasingly popular owing to their wide range of applications. For instance, in the field of medicinal chemistry, fluorinated molecules often lead to an improvement of the therapeutic profile compared to non-fluorinated derivatives. Besides, with its unique bonding properties, the cyclopropane ring provides unusual physical and pharmacological properties to structures that incorporate it. Indeed, the structural constraint provided by the cyclopropane ring clearly alters the selectivity and the affinity for a binding site. In this context, we decided to combine the cyclopropane and the fluorine atom to develop two new classes of peptidomimetics. First, we focused on the modification of the side chain of natural aminoacids (methionine, leucine,lysine and arginine) and the synthesis of fluorinated cyclopropyl analogues was achieved. Then, we applied our strategy to the synthesis of the fluorinated analogue of the TMC 435, a NS3/4A serine protease inhibitor involved in the replication cycle of Hepatitis C virus. Finally, in our project aiming at proposing a general method to access pseudopeptides featuring a fluorinated cyclopropane moiety as the peptide bond isostere, we develop a new strategy based on the nucleophilic addition of organometallic reagents to N-(tert-butanesulfinyl)-α-fluoroimines. This methodology allows us to control the asymmetric center on the N-terminal side of the peptide.

Introduction : L’Organisation mondiale de la Santé a fixé un objectif d’élimination des hépatites C et B à l’horizon 2030, visant à ce que 90% des personnes ayant une infection chronique soient diagnostiquées et 80% soient traitées. La France s’est engagée à atteindre cet objectif pour l’hépatite C d’ici 2025. Ce travail a pour but d’estimer la cascade de prise en charge de l’hépatite C chronique en France métropolitaine : 1) en 2016, afin de disposer d’un premier point pour le suivi de l’élimination ; 2) en 2011, afin d’évaluer l’impact des antiviraux à action directe (AAD) sur la cascade.Méthodes : Les effectifs des populations suivantes ont été estimés pour 2016 (18-75 ans) et 2011 (18-80 ans) : 1) ayant une hépatite C chronique ; 2) ayant connaissance de leur infection ; 3) prises en charge pour leur infection au cours de l’année ; 4) en cours de traitement antiviral au cours de l’année. Les estimations 1) et 2) reposent : pour 2016, sur une enquête transversale, avec un volet biologique, réalisée auprès d’un échantillon aléatoire de la population générale métropolitaine ; pour 2011, sur des modélisations. Les estimations 3) et 4) ont été réalisées à partir du Système national des données de santé (SNDS), en : i) construisant, pour 3), un algorithme d’identification des personnes avec au moins un recours aux soins pour une hépatite C chronique dans l’année ; ii) prenant en compte l’ensemble des traitements antiviraux contre l’hépatite C pour 4).Résultats : Entre 2011 et 2016, le nombre de personnes ayant une hépatite C chronique a diminué de 31%, passant de 192 700 à 133 500. Le nombre de personnes ayant connaissance de leur infection est resté stable : 111 300 en 2011 et 107 600 en 2016. La proportion de personnes infectées ayant connaissance de leur infection est donc passée de 58% à 81%. Entre 2011 et 2016, le nombre de personnes identifiées comme prises en charge pour leur hépatite dans l’année est passé de 28 000 (15% des personnes infectées) à 34 300 (26% des personnes infectées). Parallèlement, le nombre de personnes en cours de traitement est passé de 12 900 (7% des personnes infectées) en 2011 à 16 100 en 2016 (12% des personnes infectées.Conclusion : Ce travail a permis, pour la première fois, d’estimer la cascade de prise en charge de l’hépatite C chronique en France métropolitaine, avant et après l’introduction des AAD. Il suggère un impact important de ceux-ci sur la cascade de soins. Pour autant, l’accès aux soins et au traitement des personnes infectées restait insuffisant en 2016, notamment au regard des objectifs d’élimination. / Introduction: The World Health Organization has targeted the elimination of hepatitis C and B by 2030, to ensure that 90% of people with chronic infection are diagnosed and 80% are treated. France has planned to achieve this goal for hepatitis C by 2025. This work aims to estimate the cascade of care for chronic hepatitis C in mainland France: 1) in 2016, in order to have a first point for monitoring the elimination; 2) in 2011 to assess the impact of direct-acting antivirals (DAAs) on HCV cascade of care.Methods: The numbers of the following populations were estimated for 2016 (18-75 years) and 2011 (18-80 years): 1) with chronic hepatitis C; 2) aware of their infection; 3) in care for chronic hepatitis C during the year; 4) undergoing antiviral treatment during the year. Estimates 1) and 2) were based on: for 2016, a cross-sectional survey, with a biological component, carried out on a random sample of the general metropolitan population; for 2011, on models. Estimates 3) and 4) were made from the National Health Insurance Information System (SNDS), by: i) constructing, for 3), an algorithm for identifying people in care for chronic hepatitis C in the year; ii) taking into account all antiviral treatments for 4).Results: Between 2011 and 2016, the number of people with chronic hepatitis C decreased by 31%, from 192,700 to 133,500. The number of people aware of their infection remained stable: 111,300 in 2011 and 107,600 in 2016. The proportion of chronically infected persons with knowledge of their infection has thus increased from 58% to 81%. Between 2011 and 2016, the number of people identified as being in care for their hepatitis in the year increased from 28,000 (15% of those infected) to 34,300 (26% of those infected). At the same time, the number of people being treated increased from 12,900 (7% of those infected) in 2011 to 16,100 in 2016 (12% of those infected).Conclusion: This work provides, for the first time, estimates of the cascade of care for chronic hepatitis C in mainland France, before and after the introduction of DAAs. It suggests a significant impact of DAAs on the cascade of care. However, access to care and treatment for infected people remained insufficient in 2016, especially with regard to elimination targets.

Les hépatites B (VHB) et C (VHC) constituent un problème de santé publique, particulièrement dans les pays à faible ou moyen revenu. Au Mali, Afrique de l'Ouest, peu de données existent sur la prévalence de la co-infection par ces hépatites et le Virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH) chez les groupes vulnérables comme les travailleuses du sexe (TS). Cette étude transversale conduite à Bamako (ville principale du Mali), chez 400 TS (200 VIH+ et 200 VIH-) avait pour but de déterminer la prévalence et les facteurs associés à l'antigène HBs d'une part et aux anticorps anti-VHC d'autre part. Un questionnaire a été administré, des prélèvements sanguins et un auto-prélèvement vaginal ont été effectués. Les prévalences ont été présentées selon le statut par rapport au VIH avec un intervalle de confiance (IC) à 95% et la régression logistique multivariée a été utilisée pour les mesures d'association. La prévalence de l'antigène HBs et des anticorps anti-VHC étaient, respectivement, de 6,5% et 4,5 % chez les VIH+ et 8,5 % et 6,0 % chez les VIH-. En analyses multivariées, l'âge au premier rapport sexuel payant (moins de 18 ans) et la présence d'anti-VHC étaient fortement associés au VHB (Rapport de Cote ajusté [RCa]; Intervalle de Confiance à 95% [IC95%] : 3,3; 1,24, 8,63) et 3,7; 1,21, 11,54, respectivement). Seul, l'antigène HBs était associé aux anticorps anti-VHC (RCa; IC95% : 4,1; 1,29, 12,56). La fréquence relativement élevée des hépatites virales B et C chez les TS vivant ou non avec le VIH au Mali nécessiterait un programme de prévention mieux adapté à leur condition de vie et de travail. / Hepatitis B (HBV) and C (HCV) are a public health problem, particularly in low- and middle-income countries. In Mali, West Africa, few data exist on the prevalence of co-infection with these hepatitis and Human Immunodeficiency Virus (HIV) among vulnerable groups such as female sex workers (FSWs). This cross-sectional study conducted in Bamako (main city of Mali), among 400 FSWs (200 HIV+ and 200 HIV-) aimed to determine the prevalence and factors associated with HBs antigen on one hand and HCV antibodies on the other. A questionnaire was administered, blood samples were taken and a vaginal self-sample was collected. Prevalences are presented according to HIV status with 95% Confidence Intervals (CI) and multivariate logistic regression was used for measures of association. The prevalence of HBsAg and HCV antibodies were 6.5% and 4.5% in HIV+ and 8.5% and 6.0% in HIV- women, respectively. In multivariate analyses, age at first sexual intercourse (less than 18 years) and presence of anti-HCV were strongly associated with HBV (adjusted Odds Ratio [aOR]; 95%[CI]: 3.3; 1.24, 8.63 and 3.7; 1.21, 11.54, respectively). Only HBsAg was associated with HCV antibodies (aOR; 95%CI: 4.1; 1.29, 12.56). The relatively high frequency of viral hepatitis B and C among FSWs living with or without HIV in Mali would require a targeted prevention programme.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La lutte pour les ressources est un phénomène qui a débuté dès l'apparition d'organismes reproductifs et dont la description a été initiée par Malthus puis remarquablement synthétisée et étendue à la biologie sous le terme d'évolution par Darwin en 1859 dans « De l'origine des espèces ». Si le concept est ancien à l'échelle des sciences biologiques, il continue à caractériser des domaines à l'époque insoupçonnés par son auteur tels que la virologie. En effet, les virus hautement variables tels que le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), de l'hépatite B (VHB) et de l'hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi espèce au sein de leur environnement réplicatif, c'est à dire qu'une multitude de virus génétiquement proche mais distincts coexistent au sein de cet espace qu'ils doivent partager selon les mêmes règles générales que les êtres vivants. Ainsi, lorsque des pressions de sélection s'exercent (immunitaires, antivirales…), une redistribution des variants majoritaires est observé au bénéfice de variants minoritaires mieux adaptés à cet environnement changeant. La modélisation mathématique et informatique de la capacité mutationnelle et la dynamique d'adaptation des variants minoritaires au travers de 6 études de cohortes de patients infectés, par la technique ultra-sensible de pyroséquençage haut débit associée à des logiciels originaux ont permis de mettre en évidence, caractériser et évaluer l'impact de marqueurs diagnostics permettant de prédire la résistance aux antiviraux mais aussi de caractériser de nouvelles cibles antivirales. / Struggle for resources is a worldwide rule which has been first described by Malthus and extended to whole world of living organisms by Darwin in 1859 in “Origin of species”. Today, this concept has been enlarged to virological field, and is particularly adapted to describe highly variable viruses like Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis B Virus (HBV) and Hepatitis C Virus (HCV) which have a quasispecies distribution in infected patients characterized by the co-existence of a number of distinct but related viral populations. Selection pressure on viral replicative environment (immune, antiviral drug treatment…), generally lead to a redistribution of the viral quasispecies with an increasing of the best adapted minor viral variants at the expense of major viral populations. Mathematical and bioinformatic modelization of this phenomenon through 6 infected patients cohorts by means of ultra-deep sequencing and an original bioinformatic package allowed discovery, characterization and evaluation of new diagnostic markers that could be used to prevent resistance emergence to antiviral drugs and to characterized new therapeutics antiviral targets.

L’infection par le virus de l’hépatite C (VHC) évolue généralement vers le développement d’une hépatite C chronique, fréquemment associée à des perturbations métaboliques, (insulinorésistance et stéatose), et de la structure hépatique (fibrose et cirrhose), favorisant le développement d’un hépatocarcinome. Le stress oxydant semble étroitement lié à la progression de ces pathologies, notamment l’insulino-résistance. Or, les mécanismes moléculaires par lesquels le VHC module le stress oxydant restent confus, ainsi que l’effet réciproque du stress oxydant sur la réplication virale. Jusqu’à récemment, la modulation de ce stress a été étudiée in vitro dans des modèles non réplicatifs du VHC ou dans des modèles d’expression ectopiques des protéines virales. Peu d’études ont encore tenté de caractériser l’effet d’une infection complète et productive dans les cellules cibles naturelles du VHC, les hépatocytes. Mes travaux de recherche ont donc consisté à étudier la modulation de la balance redox cellulaire dans un modèle d’infection complet de type HCVcc, et dans les cellules hépatocytaires Huh7.5. Cette étude a permis de caractériser le stress oxydant dans ce modèle, mais surtout d’identifier un antioxydant à activité pro-virale, la glutathion peroxydase 4 (GPx4). En effet, nous avons observé une stimulation viro-induite de l’expression et de l’activité de GPx4, seule enzyme capable de détoxifier les lipides membranaires oxydés. L’expression de cette enzyme semble nécessaire à la réplication ainsi qu’à l’infectivité virale. Son importance pour le VHC résiderait dans son activité catalytique permettant de maintenir l’intégrité des lipides cellulaires nécessaire au cycle viral / Chronic infection with Hepatitis C virus (HCV) is frequently associated with metabolic disturbances (insulin-resistance and steatosis) as well as with changes to hepatic structure (fibrosis and cirrhosis) that favor hepatocellular carcinogenesis. Insulin resistance is in particular linked to oxidative stress, which is thought to play a key role in driving disease progression. However, molecular mechanisms by which HCV regulates oxidative stress are still unclear and reciprocally, the effect of oxidative stress on viral life cycle is not well understood. Until recently, induction of oxidative stress by HCV has mainly been investigated in non replicative in vitro models or in cell systems expressing viral proteins alone. Few studies have yet investigated oxidative stress in the context of productive HCV infection. My work consisted of studying the modulation of the cellular redox system using the HCVcc infection model, based on a replicative HCV isolate and the hepatoma cell line Huh7.5. This work provided a broad characterization of how HCV induces and prevents oxidative stress and identified glutathion peroxidase 4 (GPx4) as a pro-viral antioxydant enzyme. Indeed, we observed an HCVinduced upregulation of expression and activity of GPx4. We also demonstrated that GPx4 expression is required for viral replication and infectivity. As GPx4 possesses a particular catalytic activity, which is the detoxification of oxidized membrane lipids, we investigated the impact of the accumulation of oxidized lipids on HCV replication. These studies showed that GPx4 is an important host factor for HCV life cycle by maintaining membrane lipid integrity in an oxidative cellular environment