Made available in DSpace on 2014-07-29T16:24:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao parte1 Sara Lane Sousa Goncalves.pdf: 15711 bytes, checksum: d6ef5d2158c35fc0316ab1c566170d56 (MD5) Previous issue date: 2003-03-31 / Every year, new corn hybrids and climatic and environmental variations in the different Brazilian regions require from research organizations, private companies, and farmers alternate management practices to improve corn productivity and profitability. As a result of spatial arrangement discussions and related corn growing recommended techniques, special attention has been given to row spacing reduction. As an example, in the Brazilian Central Plateau, about 50% of corn production has been harvested from double cropping after soybeans. In this situation, the same machinery adjustments used for soybeans are used for double cropped corn, reducing the time required between harvesting and sowing operations. Three experiments were conducted to study the effect of row spacing on corn hybrids agronomic characteristics in the Goiania region, Goias State, evaluating five commercial hybrids in four row spacings and three sowing dates. The experimental design was a 5x4 factorial in randomized blocks with four replications. Row spacing did not significantly affect plant height, ear, stalk and corncob diameter, yield, stalk rot and lodging. The hybrids behavior was significantly different in the four row spacings. The higher yields were obtained in the third planting date under irrigation. / Em resposta principalmente às modificações introduzidas nas características agronômicas dos híbridos de milho e nas condições climáticas e ambientais nas diferentes regiões do Brasil todos os anos, órgãos de pesquisa, empresas privadas e produtores, buscam novas opções em práticas de manejo, visando aumentar a produtividade e a rentabilidade na cultura do milho. Dentre as práticas de manejo que vem recebendo especial atenção destaca-se a redução do espaçamento. O arranjo de plantas na cultura do milho tem sido motivo de discussão e de mudanças nas recomendações técnicas para a cultura do milho nos últimos anos. Um exemplo é o deslocamento da cultura do milho para a safrinha, principalmente na região Centro Oeste do país onde, esta época de cultivo responde por aproximadamente cinquenta porcento da produção de milho. Razões de ordem fisiológica também entram na discussão do espaçamento mais adequado para a cultura do milho. Com o objetivo de avaliar o efeito de espaçamentos em caracteres agronômicos de híbridos de milho foram instalados três experimentos no município de Goiânia. Foram avaliados cinco híbridos comerciais: Fort, P 30K75, PL 6880, PL 6410 e DKB 333B, em quatro espaçamentos: 0,36m, 0,45m, 0,60m e 0,90m em três épocas de semeadura: verão de 2001/02, safrinha de 2002 ambos sem irrigação suplementar e um terceiro experimento implantado na entressafra com irrigação. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso com os tratamentos arranjados em um esquema fatorial 5x4 com quatro repetições. Os valores médios de altura de planta (AP), diâmetro da espiga (DE), diâmetro do colmo (DC), diâmetro do sabugo (DS), produtividade (P), acamamento (Ac) e quebramento (Qb) não sofreram influência significativa do espaçamento. Os híbridos apresentaram comportamento significativamente diferente entre si, assim como as épocas apresentaram média diferente para os caracteres avaliados, sendo que a época que proporcionou maiores produtividade foi à época de entressafra irrigada.

L'estat de l'art de les simulacions de dinàmica molecular és utilitzat per estudiar l'estructura, dinàmica, propietats d'interacció molecular i flexibilitat dels dúplexs d'ADN i ARN en solució acuosa. Les nostres simulacions suggereixen que el concepte de flexibilitat, rigidesa i deformabilitat són molt més complexes del que habitualment es creu, i que per tant no és sempre veritat que l'ADN sigui més flexible que l'ARN.La dinàmica molecular és a més utilitzada per investigar les propietats del híbrid ADN·ARN en solució acuosa i a temperatura ambient. Els resultats obtinguts de la dinàmica esencial i de l'anàlisis d'elasticitat demostren el patró asimètric de flexibilitat del híbrid i la forta predilecció de cada cadena per mantenir els seus moviments intrínsics propis dels homodúplexs. Són debatits les implicacions de les propietats estructurals i dinàmiques úniques del híbrid ADN·ARN en el mecanisme de la RNAsa H.L'estructura i les propietats dinàmiques dels diferents dúplexs antisentit (ADN·ARN, 2'OMe-ADN·ARN, 2'F-AAN·ARN, C5(Y)-propynyl-ADN·ARN, AAN·ARN) i els dúplexs control (ADN·ADN i ARN·ARN) han sigut determinats per llargues simulacions de dinàmica molecular. L'anàlisis de les trajectories donen informació dels determinants moleculars que permeten a la RNAsa H reconèixer i degradar algunes molècules mentre que altres amb una conformació aparentment similar no són afectades.Finalment, explorem la possibilitat de determinar teòricament el canvi d'energia lliure associat a les grans transicions conformacionals de l'ADN, com el canvi B↔A induït per una modificació en el solvent. Trobem que la combinació de dinàmica molecular diana o targeted molecular dynamics i el mètode d'anàlisis dels histogrames ponderats (WHAM, weighted histogram analysis method) poden ser utilitzats per traçar aquesta transició en aigua i etanol/aigua. El camí de la transició en el sentit A→B és un reflexe del trobat en B→A i és dominat per dos processos que passen de manera independent: canvis locals en la conformació del sucre i adabtacions globals de l'estructura. La transició B↔A es pot exlicar com un procés cuasi-harmònic que segueix de ben aprop el primer mode de deformació espontani de l'ADN, mostrant que les deformacions fisiològicament importants estan codificades en el patró de flexibilitat intrínsic de l'ADN. / El estado del arte de las simulaciones de dinámica molecular es utilizado para estudiar la estructura, dinámica, propiedades de interacción molecular y flexibilidad de los dúplexs de ADN y ARN en solución acuosa. Nuestras simulaciones sugieren que el concepto de flexibilidad, rigidez y deformabilidad son mucho más complejos de lo que habitualmente se cree, y que por lo tanto no es siempre verdad que el ADN sea más flexible que el ARN.La dinámica molecular es además utilizada para investigar las propiedades del híbrido ADN·ARN en solución acuosa y a temperatura ambiente. Los resultados obtenidos de la dinámica esencial y del análisis de elasticidad demuestran el patrón asimétrico de flexibilidad del híbrido y la fuerte predilección de cada cadena para mantener sus movimentos intrínsicos propios de los homodúplexs. Son debatidas las implicaciones de las propiedades estructurales y dinámicas únicas del híbrido ADN·ARN en el mecanismo de la RNAsa H.La estructura y las propiedades dinámicas de los diferentes dúplexs antisentido (ADN·ARN, 2'OMe-ADN·ARN, 2'F-AAN·ARN, C5(Y)-propynyl-ADN·ARN, AAN·ARN) i los dúplexs control (ADN·ADN i ARN·ARN) han sido determinados por largas simulaciones de dinámica molecular. El análisis de las trayectorias dan información de los determinantes moleculares que permiten a la RNAsa H reconocer y degradar algunas moléculas mientras que otras con una conformación aparentemente similar no son afectadas.Finalmente, exploramos la posibilidad de determinar teóricamente el cambio de energía libre asociado a grandes transiciones conformacionales del ADN, como el cambio B↔A inducido por una modificación en el solvente. Encontramos que la combinación de dinámica molecular diana o targeted molecular dynamics y el método de análisis de los histogramas ponderados (WHAM, weighted histogram analysis method) pueden ser utilizados para trazar esta transición en aigua y etanol/agua. El camino de la transición en el sentido A→B es un reflejo del encontrado en B→A y es dominante para dos procesos que pasan de manera independiente: cambios locales en la conformación del azúcar y adabtaciones globales de la estructura. La transición B↔A se puede exlicar com un proceso cuasi-harmónico que sigue de cerca el primer modo de deformación espontaneo del ADN, mostrando que las deformaciones fisiológicamente importantes están codificadas en el patrón de flexibilidad intrínsico del ADN. / State of the art molecular dynamics simulations are used to study the structure, dynamics, molecular interaction properties and flexibility of DNA and RNA duplexes in aqueous solution. Our simulations strongly suggest that the concepts of flexibility, rigidity and deformability are much more complex than usually believed, and that it is not always true that DNA is more flexible than RNA.Molecular dynamics is used to investigate also the properties of the DNA·RNA hybrid in aqueous solution at room temperature. The results obtained from essential dynamics and stiffness analysis demonstrate the large and very asymmetric flexibility of the hybrid and the strong predilection that each strand (DNA or RNA) has on the nature of their intrinsic motions in the corresponding homoduplexes. The implications of the unique structural and dynamic properties of the DNA·RNA hybrid on the mechanism of cleavage by RNase H are discussed.The structure and dynamic properties of different antisense related duplexes (DNA·RNA, 2'OMe-DNA·RNA, 2'F-ANA·RNA, C5(Y)-propynyl-DNA·RNA, ANA·RNA and control duplexes DNA·DNA and RNA·RNA) have been determined by means of long molecular dynamics simulations. The analysis provides information on the molecular determinants that allow RNase H to recognize and degrade some of these duplexes, while others with apparently similar conformation are not affected. Finaly, we explore here the possibility of determining theoretically the free energy change associated with large conformational transitions in DNA, like the solvent-induced B↔A conformational change. We find that a combination of targeted molecular dynamics (tMD) and the weighted histogram analysis method (WHAM) can be used to trace this transition in both water and ethanol/water mixture. The pathway of the transition in the A→B direction mirrors the B→A pathway, and is dominated by two processes that occur somewhat independently: local changes in sugar puckering and global rearrangements in the structure. The B↔A transition is found to be a quasi-harmonic process, which follows closely the first spontaneous deformation mode of B-DNA, showing that a physiologically-relevant deformation is in coded in the flexibility pattern of DNA.

Avui en dia, la Interacció Home Màquina (IHM) és una de les disciplines més estudiades amb l'objectiu de millorar les interaccions humanes amb sistemes reals actuals i futurs. Cada vegada més gent utilitza més dispositius electrònics a la vida quotidiana Aquesta incursió electrònica es deu principalment a dues raons. D'una banda, la facilitat d'accés a aquesta tecnologia però d'altra banda, unes interfícies més amigables que permeten un ús més fàcil i intuitiu. Simplement fa falta observar els ordinadors personals d'avui en dia, les computadores de butxaca i inclús els telèfons mòbils. Tots aquests nous dispositius permeten que usuaris poc experimentats puguin fer ús de les tecnologies més punteres. D'altra banda, la inclusió de les tecnologies de la parla estan arribant a ser més comunes gràcies a què els sistemes de reconeixement i de síntesi de veu han millorat considerablement el seu funcionament i fiabilitat.L'objectiu final de les tecnologies de la parla és crear sistemes tan naturals com els éssers humans per tal de fer que el seu ús es pugui extendre a qualsevol racó de la vida quotidiana Els conversors de Text-a-Parla (o sintetitzadors) són un dels mòduls que més esforç investigador han rebut amb l'objectiu de millorar la seva naturalitat i expressivitat. L'ús de sintetitzadors s'ha ampliat durant els últims temps degut a l'alta qualitat aconseguida en aplicacions de domini restringit i el bon comportament en aplicacions de propòsit general. De totes formes, encara queda un llarg camí per recòrrer pel que respecta a la qualitat en aplicacions de domini obert. A més a més, algunes de les tendències dels sistemes sintetitzadors comporten reduir el tamany de les bases de dades, sistemes flexibles per adaptar locutors i estils de locució i sistemes entrenables.Aquesta tesi doctoral presentarà un sintetizador de veu basat en l'entorn probabilístic dels Models Ocults de Makov (MOM) que tractarà amb els principals temes estudiats a l'actualitat, tal com l'adaptació de l'estil del locutor, sistemes conversors de veu entrenables i bases de dades de tamany reduit. Es descriurà el funcionament convencional dels algoritmes i es propondran millores en diferents àmbits com per exemple l'expressivitat. A la vegada, es presenta un sistema híbrid punter que combina models estadístics i de concatenació de veu. Els resultats obtinguts mostren com les propostes d'aquest treball donen un pas endavant en l'àmbit de la creació de veu sintètica utilitzant models estadístics. / Hoy en día, la Interacción Hombre-Máquina (IHM) es una de las disciplinas más estudiadas con el objetivo de mejorar las interacciones humanas con sistemas reales para el presente y para el futuro venidero. Más y más dispositivos electrónicos son usados por más gente en la vida diaria. Esta incursión electrónica se debe principalmente a dos razones. Por un lado, el indudable aumento en la accesibilidad económica a esta tecnología pero por otra parte, unos interfaces más amigables que permiten un uso más fácil e intuitivo. Simplemente hace falta observar hoy en día los ordenadores personales, las computadoras de bolsillo e incluso los teléfonos móviles. Todos estos nuevos dispositivos admiten que usuarios poco experimentados puedan hacer uso de las tecnologías más punteras. Por otra parte, la inclusión de las tecnologías del habla está llegando a ser más común gracias a que los sistemas de reconocimiento y de síntesis de voz han estado mejorando su funcionamiento y fiabilidad.El objetivo final de las tecnologías del habla es crear sistemas tan naturales como los seres humanos para que su uso se pueda extender a cualquier rincón de la vida diaria. Los conversores de Texto-a-Voz (o sintetizadores) son de los módulos que más esfuerzo investigador han recibido con el objetivo de mejorar su naturalidad y la expresividad. El uso de los sintetizadores se ha ampliado durante los últimos tiempos debido a la alta calidad alcanzada en usos de dominio restringido y el buen comportamiento en aplicaciones de propósito general. De todas formas, todavía queda un largo camino por recorrer por lo que respecta a la calidad en aplicaciones de dominio abierto. Además, algunas de las tendencias de los sistemas sintetizadores conllevan reducir el tamaño de las bases de datos, sistemas flexibles para adaptar locutores y estilos de locución y sistemas entrenables.Esta tesis doctoral presentará un sintetizador de voz basado en el entorno probabilístico de los Modelos Ocultos de Markov (MOM) que lidiará con los principales temas estudiados en la actualidad tales como adaptación del estilo de locutor, sistema conversores de voz entrenables y bases de datos de tamaño reducido. Se describirá el funcionamiento convencional de los algoritmos y se propondrán mejoras en varios ámbitos tales como la expresividad. A la vez se presenta un sistema híbrido puntero que combina modelos estadísticos y de concatenación de voz. Los resultados obtenidos muestran como las propuestas de este trabajo dan un paso adelante en el ámbito de la creación de voz sintética usando modelos estadísticos. / Nowadays, Human Computer Interaction (HCI) is one of the most studied disciplines in order to improve real human interactions with machines on the present time and for the incoming future. More and more electronic devices of the daily life are used by more people. This electronic incursion is mainly due to two reasons. On the one hand, the undoubted increasing of the economical accessibility to this technology but on the other hand, the more friendly interfaces allow an easier and more intuitive use. As a matter of fact, nowadays it is only necessary to observe the personal computer interfaces, pocket size computers and even mobile telephones. All these new interfaces let little experienced users make use of cutting edge technologies. Moreover, the inclusion of speech technologies in these systems is becoming more usual since speech recognition and synthesis systems have improved their performance and reliability.The purpose of speech technology is to provide systems with a natural human interface so the use can be extended to daily life. Text-to-Speech (TTS) systems are one of the main modules under intense research activity in order to improve their naturalness and expressiveness. The use of synthesizers has been extended during the last times due to the high-quality reached in real limited domain applications and the good performance in generic purposes applications. However, there is still a long way to go with respect to quality and open domain systems.This work will present a TTS system based on a statistical framework using Hidden Markov Models (HMMs) that will deal with the main topics under study in recent years such as voice style adaptation, trainable TTS systems and low print databases. Moreover, a cutting edge hybrid approach combining concatenative and statistical synthesis will also be presented. Ideas and results in this work show a step forward in the HMM-based TTS system field

The aim of this thesis is the characterization of a protein involved in apoptosis. Our group has identified an early step common to different forms of intrinsic apoptosis stimuli. This step requires de novo synthesis of a novel Cyclin, Cyclin O, that upon apoptosis induction in lymphoid cells forms active complexes, primarily with Cdk2. Cyclin O expression precedes glucocorticoid and gamma radiation-induced apoptosis in vivo in mouse thymus and its overexpression induces apoptosis in cultured cells. Knocking down the endogenous expression of Cyclin O by shRNA leads to the inhibition of glucocorticoid and DNA damage-induced apoptosis while leaving CD95 death receptor mediated apoptosis intact. This data demonstrates that apoptosis induction in lymphoid cells is one of the physiological roles of Cyclin O and it does not act by perturbing a normal cellular process such as the cell cycle. In addition we have identified c-Myb a substrate of Cdk2-Cyclin O complexes and we show that c-Myb is downregulated during apoptosis of lymphoid cells. / L'objectiu d'aquesta tesi és la caracterització d'una proteïna involucrada en l'apoptosi. El nostre grup ha identificat un pas primerenc comú en diversos estímuls apoptòtics de la ruta intrínseca. Aquest pas requereix la síntesi de novo d'una nova Ciclina, Ciclina O, que quan s'indueix apoptosi en cèl·lules limfoides forma complexes actius majoritàriament amb Cdk2. L'expressió de la Ciclina O és prèvia a l'apoptosi induïda per glucocorticoids i radiació gamma i la seva sobreexpressió indueix apoptosi en cultius cel·lulars. La baixada dels nivells d'expressió de la Ciclina O endògena amb shRNA provoca una inhibició de l'apoptosi induïda per glucocorticoids o agents que danyen el DNA, mentre que l'apoptosi mediada pel receptor CD95 es manté intacta. Aquests resultats demostren que la inducció d'apoptosi en cèl·lules limfoides és una de les funcions fisiològiques de la Ciclina O i que no es deu a una pertorbació de processos cel·lulars normals com ara el cicle cel·lular. A més a més, hem identificat c-Myb com a substrat dels complexes Cdk2-Ciclina O i demostrem que els nivells de c-Myb baixen durant l'apoptosis de cèl·lules limfoides.