Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-01-28. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:00Z : No. of bitstreams: 1 Publico-119.pdf: 1451822 bytes, checksum: feaf2803cde522b94132a62f8fde6def (MD5) / Introdução: A identificação de 42 formas recombinantes circulantes (CRF) de HIV-1, juntamente com suas inúmeras formas recombinantes únicas, evidencia ainda mais o papel da recombinação gênica para esta epidemia. No Brasil, os subtipos B, F e C co-circulam, sendo que cinco CRF entre eles foram recém descobertas. A PCR em tempo real é uma ferramenta rápida, confiável e capaz de detectar diferentes subtipos de HIV-1 e suas formas recombinantes. Objetivo: O objetivo deste trabalho foi desenvolver sistemas de PCR em tempo real capazes de detectar vírus dos subtipos B e F, bem como recombinantes B/F gerados por ensaios de competição in vitro, e, assim, obter uma ferramenta para triagem das CRF brasileiras, 28 e 29, também recombinantes B/F. No futuro, estes sistemas serão testados para discriminação de subtipos de amostras clínicas. Metodologia: Células MT-4 foram infectadas separadamente pelos isolados virais BZ167 (subtipo B) e BR020 (subtipo F), e o sobrenadante foi coletado para otimização dos sistemas de PCR em tempo real (TaqMan®) desenvolvidos para detectar o subtipo de diferentes regiões genômicas, incluindo o gene pol (protease, transcriptase reversa, integrase) e o gene env (gp120 e gp41). Os primers desenhados deveriam amplificar igualmente o subtipo B e F; por outro lado, foram necessárias sondas subtipo-específicas capazes de detectar o subtipo presente no sobrenadante da cultura. As células MT-4 também foram co-infectadas por ambos os isolados, B e F, em iguais condições, para averiguação da possível geração de recombinantes. Para futura validação do uso destes sistemas em amostras clínicas, 157 amostras provenientes do Município de Santos, submetidas à genotipagem, foram seqüenciadas e subtipadas para as cinco regiões genômicas estudadas, utilizando o pacote Philip 3.5, sendo Neighbor-Joining o algoritmo de escolha. Resultados: Os sistemas desenvolvidos apresentaram-se capazes de detectar especificamente os isolados virais. A eficiência estimada para cada sistema, sendo um cálculo para a sonda do subtipo B e outro para F foram de, respectivamente: 80,97 e 85,16% para a região da protease; 89,80 e 75,09% para a região da transcriptase reversa; 80,90 e 83,83% para a região da integrase; 93,49 e 98,93% para a região da gp120; e 88,45 e 80,19% para a região da gp41. Nos ensaios de co-cultivo, a detecção de cada subtipo na primeira e na quinta passagem aconteceu de forma diferente, com variações na média dos valores de Cycle threshold (Ct) de intensidades diferentes. De uma forma geral, a concentração inicial do subtipo B pareceu diminuir, chegando a ficar indetectável em algumas regiões, enquanto do subtipo F pareceu aumentar ao longo das passagens para todas as regiões amplificadas (protease, transcriptase reversa, gp120 e gp41). A exceção foi a região da integrase, para qual foi detectado sinal somente para o subtipo B, sendo este sinal crescente ao longo do tempo. Do seqüenciamento e subtipagem das 157 amostras provenientes da cidade de Santos, foram obtidas seqüências de todas as regiões estudadas para 71 amostras. Destas, 43 foram subtipadas como B em todas as regiões, e somente três como F. De acordo com o padrão de distribuição de subtipos para as regiões, foram encontradas 12 seqüências com o padrão da CRF_28 e 9 no padrão da CRF_29. Nenhum subtipo C foi encontrado em nenhuma das regiões em estudo. Conclusão: O uso da técnica de PCR em tempo real para identificação de subtipos de fragmentos em cultura celular e para avaliação da dinâmica replicativa da recombinação em culturas co-infectadas reforça seu potencial uso em futuros testes in vivo para identificação de estruturas recombinantes. Esta metodologia mostrou ser eficiente, de mais fácil manipulação e mais econômica que o seqüenciamento de DNA. Os ensaios de co-cultivo amplificados pelos sistemas desenvolvidos sugeriram uma distribuição divergente nos subtipos resultantes para as diferentes regiões, sendo um grande indicativo de recombinação. O seqüenciamento das amostras clínicas evidenciou a importância das CRF em estudo, devido sua notável presença na amostragem utilizada, sendo um reflexo da epidemia de um local de grande circulação de mais de um subtipo. / Background: The discovery of 42 HIV-1 circulating recombinant forms (CRF) together with the innumerous unique HIV recombinants forms, makes clear the role of genetic recombination for the epidemic. In Brazil, clades B, F, and C co-circulate, with 5 recently described CRFs. Real Time PCR is a rapid and reliable tool capable of detecting different HIV-1 subtypes and recombinant profiles. Objective: The aim of this study was to develop real time PCR systems in order to detect the Brazilian CRF_28 and CRF_29, which are B/F recombinants, as well as detect B/F recombinants generated by in vitro competition assays. In future, these systems should be able to discriminate subtypes in clinical surveys. Methodology: MT-4 cells were separately infected with the viral strains BZ167 (subtype B) and BR020 (subtype F), and supernatant was collected in order to optimizing the real time PCR systems (TaqMan®) developed to detect the subtype profile of different genomic regions, including pol gene (protease, reverse transcriptase, integrase) and env gene (gp120 and gp41). The designed primers should be able to equally amplify the subtype B and F, which should be discriminated by subtype-specific probes. For future validation of these PCR systems, 157 clinical samples from the city of Santos were sequenced and phylogeneticaly analyzed in order to perform the clade assignment with Neighbor-Joining algorithm (Phylip software package v3.5). Results: The designed systems were able to differentiate the utilized viral strains. The estimated efficiencies for each system, for each probe, subtypes B and F separately, were respectively: 80,97 and 85,16% for protease region; 89,80 and 75,09% for reverse transcriptase region; 80,90% and 83,83% for integrase region; 93,49 and 98,93% for gp120 region; and 88,45 and 80,19% for gp41 region. For the co-infected cell culture, the detection of each subtype was performed in the first and fifth passages. Generally, the initial concentration of subtype B appeared to have decreased, some of them becoming undetectable, whereas subtype F seemed to increase with the passages, for protease, reverse transcriptase, gp120 and gp41 regions. The integrase region was an exception, since only the subtype B was detected, with increasing Cycle threshold (Ct) values over time. Sequencing results revealed that 65 out of 157 samples had the subtype profile defined for all regions. 43 out of 71 were defined as B, whereas 3 were F in all regions. 12 samples presented the CRF_28 profile, and 9 samples presented the CRF_29 profile. There were no subtype C samples in any genomic regions analyzed. Conclusion: The use of real time PCR technique for identification of fragments’ subtypes in cell culture and for evaluation of replicative dynamics of recombination in co-infected cultures warrants its potential use in future in vivo surveys. This methodology proved to be efficient, fast, less cumbersome and less expensive than DNA sequencing. The newly designed systems performed for supernatant of competition assays had suggested a divergent distribution of subtypes for the different regions, which reflects the possibility of genetic recombination. Results from clinical samples revealed a high prevalence of CRF_28/29 in this geographic region, thus reflecting the resulting consequence of different co-circulating strains and pointing to the need for a careful surveillance. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-03-25 / A infecção pelo herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) e suas correlações clínicas não foram até o presente bem caracterizadas em indivíduos recém-infectados pelo HIV. Esse estudo avalia a prevalência e correlações clínicas da infecção pelo HHV-8 em uma coorte de 228 indivíduos recém-infectados pelo HIV (vírus da imunodeficiência humana), além de estudar a incidência desta infecção após um ano de acompanhamento. As sorologias para HHV-8 foram realizadas através de imunofluorescência indireta para antígenos latentes e líticos. Encontrou-se prevalência de 25,9% (59/228) no início do acompanhamento. No modelo de análise univariada, foram encontradas associações estatisticamente significantes com sexo masculino (p=0,05), transmissão entre homens que fazem sexo com homens (p=0,023), hepatite B (p=0,009), sífilis (0,034) e etnia negra (p=0,021). No modelo multivariado permaneceram as associações com modo de transmissão, hepatite B e etnia negra. Não foram evidenciadas diferenças nas medianas da contagem de linfócitos T CD4+ e na carga viral do HIV de acordo com positividade para o HHV-8. Em termos de incidência, foram observadas 23/127 (18,1%) soroconversões na coorte após 1 ano de acompanhamento. A partir deste estudo pode-se concluir que o HHV-8 é altamente prevalente em indivíduos recém-infectados pelo HIV. Além disso, as correlações encontradas entre o HHV-8 e outras infecções sexualmente transmissíveis corroboram a teoria de que estas infecções compartilham modos de trasmissão comuns. / Background: Human herpesvirus 8 (HHV-8) is the etiological agent for Kaposi’s sarcoma, which occurs especially in HIV-infected subjects. HHV-8 infection and its clinical correlates have not been well characterized in recently HIV-1-infected individuals. Methods: We assessed the HHV-8 seroprevalence, clinical correlates, and incidence after one year of follow-up in a cohort of 228 recently HIV-1-infected individuals using indirect immunofluorescence assay. Results: The prevalence of HHV-8 infection at the time of cohort enrollment was 25.9% (59/228). In the univariate model, there were significant associations with male gender (p=0.05), black ethnicity (p=0.021), men who have sex with men (MSM) practice (p=0.023), and previous hepatitis B virus (p=0.009) and syphilis (p=0.034) infections. In the multivariate model we could still demonstrate association with MSM, hepatitis B, and black ethnicity. No differences in mean CD4+ cell counts or HIV viral load according to HHV-8 status were found. In terms of incidence, there were 23/127 (18.1%) seroconversions in the cohort after one year. Conclusions: HHV-8 is highly prevalent among recently HIV-1-infected subjects. Correlations with other sexually transmitted infections suggest common transmission routes. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS), causada pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV), é uma das epidemias mais impactantes do milênio e, desde o início, o número de mulheres jovens infectadas vem aumentando vertiginosamente, principalmente nos países em desenvolvimento onde muitas destas engravidam precocemente. Apesar da grande maioria dos casos de AIDS pediátrico no mundo resultar da transmissão vertical, aproximadamente dois terços dos neonatos expostos ao HIV durante a vida fetal não são contaminados. Neste sentido, seguindo as recomendações do consenso brasileiro (Ministério da Saúde), toda criança cuja transmissão vertical tenha sido descartada laboratorialmente não necessita de acompanhamento ambulatorial particularizado. Entretanto, resultados anteriores obtidos pelo nosso grupo demonstraram que, gestantes infectadas pelo HIV-1 que não controlam a carga viral plasmática (CVP), apresentam níveis elevados de citocinas inflamatórias e, no presente estudo, resultados revelam que neonatos não-infectados nascidos dessas gestantes apresentam anormalidades imunofuncionais no compartimento das células T do cordão umbilical quando expostos in vitro a ativadores policlonais, mas não aos antígenos do HIV-1. Ademais, quando comparada a neonatos não expostos, a ativação in vitro das células T de neonatos expostos ao HIV-1 com anti-CD3/anti-CD28 induziu a produção de níveis elevados de IL-17 e reduzidos de IL-10. Interessantemente, essa tendência das células T em secretar IL-17 parece estar relacionada à liberação de níveis elevados de IL-23 pelas células dendríticas derivadas de monócitos do sangue do cordão umbilical estimuladas com lipopolissacarídeo bacteriano. Uma ausência de sensibilização uterina aos antígenos do HIV-1 sugere que essas alterações possam traduzir um efeito adverso da produção elevada de citocinas inflamatórias maternas sobre o sistema imune do neonato, o que pode desequilibrar os eventos envolvidos na maturação e homeostasia imune fetal e neonatal, favorecendo o predomínio de fenótipos Th anômalos, tal como Th17. Essa hiper-responsividade das células Th17 pode vir a comprometer não apenas a capacidade da criança em responder de forma adequada a diferentes estímulos antigênicos ao longo de sua vida, como também pode torná-la mais suscetível a desordens imunomediadas / The acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), caused by human immunodeficiency virus (HIV), is one of the most impelling epidemic in the world, and the HIV-infection in young women has been increasing fast in the recent times, mainly in developing countries where most of them become pregnant precociously. Although the great majority of the pediatric AIDS cases all over the world results from vertical transmission, approximately, two thirds of the children exposed to HIV during fetal life are not contaminated. In this context, following brazilian consensus recommendations (Health Ministry), every child whom vertical transmission had been laboratorialy discarded does not need a specific ambulatorial follow up. However, our previous results demonstrated that HIV-1-infected pregnant women who did not control their plasma viral load presented elevated levels of inflammatory cytokines, and in the present study our results revealed that non-infected neonates, born from these pregnant women display immune functional abnormalities in umbilical cord T cells compartment when exposed in vitro to policlonal activators, but not to HIV-1 antigens. Furthermore, when compared to non-exposed neonates, T cell in vitro activation with anti-CD3/anti-CD28 from neonates exposed to HIV-1 induced production of high IL-17 levels and decreased of IL-10. Interestingly, this T cell bias in secreting IL-17 seem to be related to liberation of high IL-23 levels by dendritic cells derived from umbilical cord blood monocytes following stimulation with bacterial lipopolysacharide (LPS). The lack of uterine sensitization to HIV-1 antigens suggests that, these alterations, may translate an adverse effect of a high level maternal inflammatory cytokines production on neonates immune system, which may unbalance events related to neonatal and fetal immune maturation and homeostasis, favoring Th anomalous phenotypes predominance, such as Th17. This Th17 hyper-responsiveness may then compromise not only the childs capacity to respond in an adequate way to different antigenic stimuli through life, as well as becoming them more susceptible to immune-mediated disorders

Entre mulheres com HIV/aids há um maior número de casos de infecções persistentes pelo HPV contribuindo para um risco aumentado do desenvolvimento de lesões intraepiteliais escamosas cervicais (SIL). Ademais, o polimorfismo de inserção/deleção de 14pb da região 3\'UTR do gene HLA-G está relacionado com a modulação da resposta imunológica. Diante disso, o principal objetivo deste estudo foi identificar a possível associação entre o polimorfismo de 14pb com os diferentes graus de SIL entre mulheres apresentando ou não a infecção pelo HIV- 1. Trata-se de um estudo transversal, para o qual foram selecionadas 116 mulheres HPV+ com SIL, sendo 53 com a infecção pelo HIV-1 e 63 sem esta infecção, e coletado amostras biológicas para classificação das SIL, tipificação do HPV e identificação dos polimorfismos de 14pb do gene do HLA-G. Entre as mulheres do grupo HIV+, a ocorrência do alelo inserção foi maior entre os casos com lesões de alto grau (HSIL), estando presente em 61,8% destes (P = 0,009). O mesmo foi observado com o genótipo ins/del, que ocorreu em 66,7% dos casos de HSIL (P = 0,003). Já o genótipo del/del foi identificado em 79% dos casos de LSIL (P = 0,003). Já entre as participantes do grupo HIV- não foram encontradas associações significantes entre o grau de SIL e o polimorfismo de 14pb. Os resultados sugerem que entre as mulheres vivendo com HIV/aids, o alelo inserção e o genótipo ins/del são fatores de risco para progressão das SIL e o genótipo del/del um fator protetor, o que não se observou entre as mulheres sem infecção pelo HIV-1 / Among women with HIV / AIDS there is a greater number of cases of persistent HPV infections contributing to an increased risk of developing squamous intraepithelial lesions of the cervix (SIL). Moreover, the 14pb insertion/deletion polymorphism in the HLA-G 3\'UTR is associated with modulation of the immune response. Thus, the objectives of this study was to identify the possible association between the 14pb polymorphism with varying degrees of SIL in women presenting or not HIV-1 infection. It is a cross-sectional study, for which they were selected 116 women HPV+ with SIL, distributed in two groups: 53 with HIV-1 infection and 63 whithout this, collected biological samples for SIL classification, HPV typing and identification of 14pb polymorphisms. Among women HIV+ group, the occurrence of the insertion allele was higher among cases with HSIL, being present in 61.8% of them (P = 0,009). The same was observed with the genotype ins/del, which it occurred in 66.7% of HSIL cases (P = 0,003). The genotype del/del been identified in 79% of LSIL cases (P = 0,003). Among the HIV- group were no significant associations between the degree of SIL and 14pb polymorphism. The results suggest that among women living with HIV/aids, the insertion allele and genotype ins/del are risk factors for progression of SIL and genotype del/del a protective factor, which was not observed among women without HIV-1 infection

Introdução: a infecção hospitalar tem se tornado um problema de saúde pública, no Brasil e na maioria dos países do mundo, sobretudo devido ao aumento gradativo da resistência dos microrganismos aos antimicrobianos. Nos pacientes que apresentam deficiências no sistema imunológigo como os indivíduos que vivem com o vírus da imunodeficiência humana (HIV) ou com a síndrome da imunodeficiência adquirida (aids) o quadro clínico dessas infecções pode se tornar extremamente grave, aumentando a morbimortalidade. Objetivo: determinar a prevalência de microorganismos gram-negativos em indivíduos com HIV/aids internados num hospital escola do interior paulista. Material e Método: trata-se de um estudo de corte transversal, aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Escola de Enfermagem de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. No período de 01 agosto de 2011 a 28 de fevereiro de 2013, foram abordados 365 indivíduos internados em duas unidades especializadas de um hospital escola público do interior paulista, sendo a população do presente estudo composta por 220 sujeitos. Os dados sociodemográficos, clínicos e hábitos de saúde foram obtidos por meio de entrevista individual e consulta aos prontuários. Coletou-se também amostras de saliva e swab nasal nas primeiras 24 horas de internação, as quais foram processadas pelo Laboratório de Microbiologia do referido hospital. Os dados foram inicialmente digitados em planilha do Microsoft Office Excel for Windows 2011, realizada dupla digitação e validação dos dados, a fim de identificar possíveis erros de digitação. Posteriormente, a planilha definitva foi transportada para o programa Statistical Package for the Social Science (SPSS), versão 17.0 for Windows, onde foi estruturado o banco de dados e realizada análise estatística. Resultados: a prevalência de microorganismos gram negativos nos indivíduos com HIV/aids foi de 15,4% independente do sítio onde foi isolado. Pseudomonas aeruginosa foi o micoorganismo mais frequentemente isolado tanto na saliva (50%), quanto no swab nasal (37,5%), seguida por Klebsiella pneumoniae (30,7%) isolada somente na saliva. Em relação aos aspectos clínicos 29,4% dos indivíduos com amostras positivas para microorganismos gram negativos tinham carga viral acima de 1000.000 cópias,ml, CD4 menor que 200 céluas/mm3 (50%), tiveram internações prévias (52,9%), estavam em uso de antimicrobiano (64,7%), não usavam antirretrovirais (52,9%) e tinham algum procedimento invasivo no momento da coleta (67,6%). Nenhum microorganismo apresentou resistência aos antimicrobianos. Conclusão: a prevalência de microorganismos gram-negativos foi maior na saliva (11,8%) que no swab nasal (3,6%), indicando que coletar amostras de mais de um sítio pode favorecer a identificação de indivíduos colonizados e ou infectados / Introduction: the hospital infection has become a public health problem in Brazil and in most countries of the world, mainly due to the gradual increase of resistance of microorganisms to antibiotics. In patients who have deficiencies in the immune system such as individuals living with human immunodeficiency virus (HIV) or acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), the clinical picture of these infections can become very serious, increasing morbidity and mortality. Objective: to determine the prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS hospitalized at a teaching hospital in the interior of São Paulo state. Material and Method: this is a cross-sectional study, approved by the Ethics Research Committee of the University of São Paulo at Ribeirão Preto College of Nursing. In the period from August 01, 2011 to February 28, 2013, 365 individuals hospitalized in two specialized units of a public teaching hospital in the interior of São Paulo state were approached, and the study population was comprised of 220 subjects. The sociodemographic and clinical data and health habits were obtained through individual interviews and medical records. Saliva samples and nasal swabs were collected in the first 24 hours of admission, which were processed by the Microbiology Laboratory of the hospital. The instrument variables were coded and cataloged in a dictionary (codebook). The data were initially recorded in a Microsoft Office Excel spreadsheet for Windows 2011, performed a double entry and data validation in order to identify possible typing errors. Subsequently, the final worksheet was transported to the Statistical Package for Social Science (SPSS), version 17.0 for Windows, in which database was structured and statistical analysis was performed. Results: the prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS was 15.4% regardless of where it was isolated. Pseudomonas aeruginosa is the most frequently isolated microorganisms both in saliva (50%) and in nasal swabs (37.5%), followed by Klebsiella pneumoniae (30.7%) isolated only in saliva. In regard to clinical aspects, 29.4% of individuals with positive samples for gram-negative microorganisms had viral load above 1000,000 copies/ml, CD4 less than 200 cells/mm3 (50%), had previous hospitalizations (52.9%), were using antimicrobials (64.7%), did not use antiretroviral drugs (52.9%) and had some invasive procedure at the time of collection (67.6%). No microorganism was resistant to antimicrobials. Conclusion: the prevalence of gram-negative microorganisms was higher in saliva (11.8%) than in nasal swabs (3.6%), indicating that collecting samples from more than one location may facilitate the identification of individuals colonized and/or infected

Introdução: Uma proporção significante de pacientes infectados por HIV-1 (pacientes HIV-1+) tratados com inibidores de protease (IPs) desenvolve mutações de resistência. Estudos recentes têm mostrado que células T CD8+ de pacientes HIV- 1+ reconhecem epitopos de Pol incluindo mutações selecionadas por drogas. Nenhum epitopo CD4+ da protease foi descrito na base de dados de Los Alamos. Objetivo: Considerando que a protease de HIV-1 é alvo de terapia antiretroviral e que essa pressão pode selecionar mutações, nós investigamos se mutações selecionadas por IPs afetariam o reconhecimento de epitopos da protease de HIV-1 por células T CD4+ em pacientes tratados com IPs. Nós investigamos o reconhecimento de três regiões da protease preditas de conter epitopos de células T CD4+ bem como mutações induzidas por IPs por células T CD4+ em pacientes HIV- 1+ tratados com IPs. Materiais e Métodos: Quarenta pacientes HIV-1+ tratados com IPs foram incluídos (30 em uso de Lopinavir/ritonavir, 9 em uso de Atazanavir/Ritonavir e 1 em uso exclusivo de Atazanavir). Para cada paciente determinou-se a seqüência endógena da protease de HIV-1, genotipagem viral e tipagem HLA classe II. Utilizamos o algoritmo TEPITOPE para selecionar peptídeos promíscuos, ligadores de múltiplas moléculas HLA-DR, codificando as três regiões da protease de HIV-1 cepa HXB2 (HXB2 4-23, 45-64, e 76-95) e 32 peptídeos adicionais contidos nas mesmas regiões incorporando as mutações induzidas por IPs mais freqüentes no Brasil. Os 35 peptídeos foram sintetizados. Respostas proliferativas de células T CD4+ e CD8+ aos peptídeos foram determinadas por ensaios de proliferação com diluição do corante CFSE. Ensaios de ligação a alelos HLA classe II foram realizados para confirmar a promiscuidade desses peptídeos e avaliar a habilidade de se ligarem a moléculas HLA presentes em cada paciente. Resultados: Todos os peptídeos foram reconhecidos por pelo menos um paciente e respostas proliferativas de células T CD4+ e CD8+ a pelo menos um peptídeo da protease de HIV-1 foram encontradas em 78% e 75% dos pacientes, respectivamente. A terceira região (Protease 76 95) foi a mais freqüentemente reconhecida. Ao compararmos as respostas de células T às seqüências da protease do HIV-1 endógeno, observamos que a maioria dos pacientes não foi capaz de reconhecer peptídeos idênticos às essas seqüências, porém reconheceram peptídeos variantes diferentes das mesmas regiões. Apenas sete pacientes responderam às seqüências endógenas. Verificamos que diversos peptídeos endógenos que não foram reconhecidos apresentaram ausência de ligação a alelos HLA portados por estes pacientes, sugerindo que mutações selecionadas por pressão imune tenham levado ao escape de apresentação de antígeno e evasão de resposta de linfócitos T CD4+. Alternativamente, isso poderia ser explicado pela presença de um vírus replicante distinto presente no plasma uma vez que somente foram obtidas seqüências provirais. Conclusão: Epitopos selvagens e mutantes da protease do HIV-1 reconhecidos por células T CD4+ foram identificados. Também verificamos que a maior parte dos pacientes não reconheceu as seqüências da protease endógena enquanto que reconheceram seqüências variantes. O reconhecimento de seqüências não-endógenas poderia ser hipoteticamente conseqüência de alvo de populações HIV-1 minoritárias; protease de HERV que contém regiões de similaridade com a protease do HIV-1; ou seqüências de HIV-1 presentes apenas em parceiros virêmicos. A falha de reconhecimento de seqüências endógenas seria mais provável devido ao escape imune, do que ao nível de apresentação ou reconhecimento por células T. Isso implica em uma conseqüência patofisiológica na evasão de respostas de células T contra a protease de HIV-1 e no fato de ser tradicionalmente considerada uma proteína pouco antigênica / Introduction: A significant proportion of protease inhibitor (PI)-treated HIV-1 infected (HIV-1+) patients develop resistance mutations. Recent studies have shown that CD8+ T cells from HIV-1 patients can recognize antiretroviral drug-induced mutant Pol epitopes. No HIV-1 protease CD4 epitopes are described in the Los Alamos database. Aims: Given that the protease of HIV-1 is a target of antiretroviral therapy and this pressure may lead to the selection of mutations, we investigated whether PI-induced mutations affect the recognition of HIV-1 protease epitopes by CD4 + T cells in PI-treated patients. We investigated the recognition of three protease regions predicted to harbor CD4+ T cell epitopes as well as PI-induced mutations by CD4+ T cells of PI-treated HIV-1+ patients. Methods: Forty PI-treated HIV-1+ patients were included (30 undergoing Lopinavir/ritonavir, 9 undergoing Atazanavir/ritonavir and 1 undergoing exclusively Atazanavir treatment). For each patients, the endogenous HIV-1 protease sequence, viral genotype and HLA class II typing were determined. We used the TEPITOPE algorithm to select promiscuous, multiple HLA-DR-binding peptides encoding 3 regions of HIV-1 HXB2 strain protease (HXB2 4-23, 45-64, and 76-95) and 32 additional peptides contained in the same regions, but encompassing the most frequent PI-induced mutations in Brazil. The 35 peptides were thus synthesized. Proliferative responses of CD4+ and CD8+ T cells against peptides were determined by the CFSE dilution assay. HLA class II binding assays were made to confirm the promiscuity of these peptides and evaluate their ability to bind the HLA molecules carried by each patient. Results: All tested peptides were recognized by at least one patient and proliferative responses of CD4+ and CD8+ T cells against at least one HIV-1 protease peptide were found in 78% and 75% patients, respectively. The third region (Protease 76-95) was the most frequently recognized. By comparing T-cell responses to HIV-1 endogenous protease sequences, we found that most patients failed to recognize identical peptides of those sequences, but recognized different variant peptides of the same region. Only seven patients responded to endogenous sequences. We found that several endogenous peptides that failed to be recognized showed no binding to the HLA alleles carried by that given patient, suggesting that mutations selected by immune pressure have led to escape of antigen presentation, as well as direct escape of the CD4+ T cell response. Alternatively, it could have been due to the presence of a different replicating virus in the plasma-since we only obtained proviral sequences. Conclusion: Wild-type and mutant HIV-1 protease epitopes recognized by CD4+ T cells were identified. We also found that most patients failed to recognize their endogenous protease sequences, while they recognized variant sequences. The recognition of non-endogenous sequences could hypothetically be a consequence of targeting a minor HIV-1 population; HERV protease, that contains regions of similarity with HIV-1 protease; or HIV-1 sequences present only in viremic partners. The failure to recognize endogenous sequences is most likely due to immune escape, either at the level of presentation or direct T cell recognition. This may have a pathophysiological consequence on evasion of T cell responses against protease and the fact that it has been considered traditionally a poorly antigenic HIV-1 protein.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T17:45:53Z No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT). 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Methods: HIV-1-infected pregnant women (n = 250) were recruited during antenatal care conducted by the Program for the Protection of Pregnant Women from Goias State (PPPW/GO). Recent cases of seroconversion were identified by BED-CEIA among naïve pregnant women and confirmed by ambiguous nucleotide calls. Pol gene (protease/PR and 2/3 of the reverse transcriptase/RT) was sequenced from plasma samples. Resistance mutations were evaluated by Calibrated Population Resistance tool and Stanford HIV-1 and International AIDS Society-USA (IAS-USA) databases. Viral subtypes were assigned by REGA software and phylogenetic analyzes with reference sequences. Results: Cases of recent seroconversion (RS) were identified in 16.6% of 95 newly diagnosed, ARV-naïve pregnant women. Medians of CD4+ cell count and viral load were 530 cells/μL and 8,796.5 copies/mL, respectively. Nine patients with RS probably seroconverted during pregnancy. One case of MTCT was observed among pregnant women with RS. Incident cases presented a predominance of isolates assigned as subtype B. There was no difference regarding the distribution of non-B subtypes. The amont of 250 pregnant women recruited were divided into two distinct age groups: adolescents and young (96/250, 38%) and adult women (154/250, 62%). When compared with the adult group, young women had fewer previous pregnancies and they were diagnosed mainly in the current pregnancy. One case of MTCT was identified in both groups (2/250, 0.8%). The CD4+ cell counts were similar between both groups. Viral load was significantly higher among ARV-naïve pregnant adolescents (15-19 years) when compared with the group of ARV-naïve pregnant adults (>24 years). Young pregnant women previously exposed to ARVs were less likely to have viral load <1,500 copies / mL. The distribution of HIV-1 subtypes was similar in both groups and recombinant subtypes with similar recombination points were identified among both groups. The frequency of transmitted resistance was similar between young and adult women (9.5% and 7.1%, respectively). The frequency of secondary resistance was higher among adult pregnant women compared with younger women (21.8% and 12.8%, respectively). Conclusions: Recent seroconversion during pregnancy associated with moderate levels of transmitted resistance may contribute to vertical transmission of HIV-1. Preventive measures should include adolescents and young women as an attempt to control the vertical transmission of HIV-1 in Central Western region, Brazil. / A transmissão vertical do HIV-1 é um evento multifatorial em que a carga viral materna desempenha importante papel. Assim, a epidemiologia molecular do HIV-1 em gestantes e a avaliação de fatores associados com a transmissão vertical são cruciais para a compreensão e monitoramento da epidemia nessa população. Objetivos: Avaliação da frequência de casos de soroconversão recente entre gestantes recém-diagnosticadas, virgens de tratamento e avaliação dos desfechos da gestação nesse grupo e da frequência de resistência transmitida. Comparação entre os fatores sociodemográficos, clínicos, de diversidade genética do vírus e perfil de resistência entre gestantes jovens e adultas. Métodos: Gestantes infectadas por HIV-1 (n=250) foram recrutadas durante o pré-natal realizado pelo Programa de Proteção à Gestante/GO. Os casos de soroconversão recente em pacientes virgens de tratamento com diagnóstico recente foram identificados pelo teste imunoenzimático BED-CEIA e confirmados pela análise molecular de bases ambíguas em pol. O gene pol (protease/PR e 2/3 da transcriptase reversa/RT) foi sequenciado a partir de amostras de plasma. As mutações de resistência foram avaliadas pela ferramenta Calibrated Population Resistance tool e pelos bancos de dados Stanford HIV-1 Database e International AIDS Society-USA (IAS-USA). Os subtipos virais foram definidos pelo software REGA e análises filogenéticas com sequências de referência. Resultados: Casos de soroconversão recente (SR) foram identificados em 16,6% das 95 gestantes recém-diagnosticadas e virgens de tratamento. A mediana da contagem de células CD4+ foi 530 células/μL e da carga viral foi 8796,5 cópias/mL. Nove pacientes com SR (82%) provavelmente soroconverteram durante a gestação. Um caso de transmissão vertical foi observado entre as gestantes com SR. Os casos incidentes apresentaram predomínio de isolados com subtipo B. Não houve diferença com relação à distribuição dos outros subtipos. As 250 gestantes recrutadas foram divididas em dois grupos etários distintos: adolescentes e jovens (96/250, 38%) e adultas (154/250, 62%). Quando comparadas com as adultas, as gestantes jovens apresentaram menor número de gestações prévias e foram diagnosticadas principalmente na gestação atual. Um caso de transmissão vertical da infecção foi identificado em cada um dos grupos (2/250, 0,8%). A contagem de células CD4+ foi similar entre ambos os grupos. O grupo de gestantes adolescentes (15-19 anos), virgens de tratamento, apresentou carga viral significativamente mais alta que o grupo de gestantes adultas. As gestantes jovens previamente expostas aos ARVs tinham menor probabilidade de apresentar carga viral <1500 cópias/mL. A distribuição de subtipos do HIV-1 foi similar em ambos os grupos e foram identificados subtipos recombinantes com ponto de recombinação similar entre os dois grupos. A frequência de resistência transmitida foi similar entre as gestantes jovens e adultas (9,5% e 7,1%, respectivamente). A frequência de resistência secundária foi maior entre as gestantes adultas quando comparadas com as gestantes jovens (21,8% e 12.8%, respectivamente). Conclusões: A soroconversão recente na gestação associada com níveis moderados de resistência transmitida pode contribuir para a transmissão vertical do HIV-1. Políticas preventivas devem incluir a população de adolescentes e jovens como tentativa de controlar a transmissão vertical do HIV-1, na região Centro-Oeste do Brasil.

INTRODUÇÃO: Após a infecção aguda pelo HIV-1, um grupo privilegiado de pessoas consegue controlar a replicação viral sem o uso de antirretrovirais para níveis de viremia abaixo dos limites de detecção pelos testes disponíveis. Alguns alelos HLA estão associados à menor replicação viral durante a infecção recente e menor progressão para doença causada pelo HIV-1, sendo o HLA-B*57 o que está mais associado a esse efeito protetor. OBJETIVO: O objetivo deste trabalho foi confirmar a associação do HLA-B*57 com o melhor controle da viremia em indivíduos com infecção recente pelo HIV-1. MÉTODOS: Foram analisadas amostras de 228 indivíduos de uma coorte prospectiva em acompanhamento na cidade de São Paulo, identificados com infecção recente pelo HIV-1, pelo algoritmo STARHS (serologic testing algorithm for recent human HIV seroconversion). Foram realizadas a contagem de linfócitos T CD4+ e CD8+, carga viral do HIV-1 e tipificação dos alelos HLA. RESULTADOS: Dos 208 indivíduos analisados para o locus B, 15 indivíduos (7,2%) expressam o alelo HLA-B*57. O alelo HLA-B*57 foi fortemente correlacionado com os indivíduos que apresentam parâmetros laboratoriais favoráveis. A presença do HLA-B*57 foi associada com maior contagem de linfócitos T CD4+ basal (p=0, 043) e menor carga viral basal (p=0, 001). Dos 15 indivíduos que expressam o HLA-B*57, oito (53,3%) apresentaram-se com a viremia menor que 400 cópias/ml na visita inicial (Grupo A) e sete (46,6%) apresentaram-se com viremia maior que 400 cópias/mL, todos eles na ausência de terapia antirretroviral. A contagem de linfócitos T CD4+, entretanto, não foi diferente entre os dois grupos. CONCLUSÃO: Concluindo, este estudo indica que indivíduos que expressam o alelo HLA-B*57, apresentam melhor resposta imunológica na infecção recente demonstrada por melhor padrão laboratorial na contagem de linfócitos T CD4+, mas que perfis diferentes de controle podem existir nesses indivíduos. A diferença entre o comportamento da viremia nestes dois grupos pode auxiliar no entendimento da fisiopatogênese da infecção pelo HIV-1. / INTRODUCTION: After HIV-1 infection, a privileged group of subjects control viral replication to low levels, without the use of antiretroviral drugs. Some HLA alleles are associated with this control and to slower progression to immunodeficiency, especially the HLA-B*57. AIM: The aim of this study was to confirm the association of HLA-B*57 with viral control in recently HIV-1-infected subjects. MATERIALS: A cohort of recently HIV-1-infected 228 subjects, prospectively followed in the City of São Paulo, were identified using STARHS (serologic testing algorithm for recent human HIV seroconversion). CD4+, CD8+ T cell counts, viral loads, and HLA typing were performed in the participants samples. RESULTS: HLA typing was performed in 208 out of 228 subjects. Of those, 15 (7.2%) were HLA-B*57. This genotype was strongly correlated with favorable laboratory outcomes. HLA-B*57 subjects presented higher CD4+ T cell counts (p=0.043) and lower viral loads at the baseline visit (p=0.001). Eight (53.3%) out of 15 HLA-B*57 subjects presented undetectable viral load at the baseline visit (Group A) and seven (46.6%)had detectable viremia (Group B). However, the CD4+ T cell counts were not different between the two groups. CONCLUSION: In conclusion, this study points to the protective association of HLA-B*57 allele with better laboratory outcomes in HIV-1 infection, demonstrated by better CD4+ T cell counts and lower viral loads. Nevertheless, different profiles may exist within this group of subjects. The diverse viral control in such subjects may help better understand the pathogenesis of HIV-1 infection.

A introdução da terapia anti-retroviral de alta potência no tratamento da infecção pelo HIV reduziu significativamente as taxas de morbi-mortalidades relacionadas à imunodeficiência. Entretanto, o tratamento medicamentoso é acompanhado de vários efeitos colaterais, dentre eles, a síndrome da lipodistrofia (SL), caracterizada por alterações morfológicas e metabólicas. Apesar de sua patogenia não estar totalmente esclarecida, é sabido que aumento dos níveis de algumas citocinas inflamatórias estão relacionados com o desenvolvimento da SL. Diversos sítios polimórficos têm sido descritos por influenciarem a transcrição de genes, levando a variações nos níveis de produção de citocinas, como os da região promotora da interleucina-18 (IL-18 -607 C/A e IL-18 -137 C/G) e do gene do interferon gama (IFN- +874 T/A). Diante disso, esse estudo tipificou os polimorfismos da IL-18 e do IFN- em 88 pacientes portadores do HIV com a SL, em 79 portadores do HIV sem a SL, todos sob terapia anti-retroviral e em 133 indivíduos saudáveis, por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase com iniciadores de seqüência específica. Este estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa. A presença do alelo -607A e do genótipo -607AA na IL-18 estava significativamente aumentada nos pacientes portadores do HIV com SL quando comparados aos sem a SL, conferindo susceptibilidade ao desenvolvimento da síndrome. De maneira oposta, o alelo -607C e o genótipo -607CC estavam significativamente aumentados em pacientes portadores do HIV sem SL quando comparados aos com a SL, conferindo proteção ao desenvolvimento da síndrome. Os haplótipos -137G/-607A and -137C/-607A, que comportam o alelo -607A, também estavam associados com a susceptibilidade à SL e o haplótipo -137G/-607C estava fortemente associado com proteção contra a SL. Nenhuma diferença significativa na distribuição alélica e genotípica da IL-18 -137 e do IFN- +874 foram observadas entre os grupos de pacientes e o grupo controle. Este é o primeiro estudo que avaliou o polimorfismo da IL-18 e do IFN- na SL e os resultados sugerem que a região promotora da IL-18 está associada com o desenvolvimento da SL em pacientes portadores do HIV. / The introduction of highly active antiretroviral therapy in the treatment of HIV infection significantly reduced the rates of morbidity and mortality related to immunodeficiency. However, the drug treatment is accompanied by various side effects, including the lipodystrophy syndrome (LD), characterized by morphological and metabolic changes. Although its pathogenesis is not totally clear, it is known that increased levels of some inflammatory cytokines are related to the development of LD. Several polymorphic sites have been described by influencing transcription of genes, leading the variations in the levels of cytokine production, such as the promoter region of interleukin-18 (IL-18 -607 C/A and IL-18 -137 C/G) and the interferon gamma gene (IFN- +874 T/A). Thus, this study typifies the polymorphism of the IL-18 and IFN- in 88 HIV-infected patients with LD, in 79 HIV-infected patients without LD, all under antiretroviral therapy and in 133 healthy controls, using the sequence-specific primers-polymerase chain reaction. This study was approved by the Ethics Committee at the place of study. The presence of -607A allele and -607AA genotype in IL-18 gene were significantly increased in HIV patients presenting LD as compared with HIV patients without LD, resulting in susceptibility to the development of LD. Conversely, the -607C allele and -607CC genotype were significantly increased in HIV patients without LD as compared with the HIV patients with LD, offering protection against LD. Haplotypes -137G/-607A and -137C/-607A, carrying the -607A allele, were also associated with susceptibility to LD. The haplotype -137G/-607C was strongly associated with protection against LD. No significant differences in IL-18 -137 and IFN- +874 genotype and allele distribution were observed in patients when compared to a control group. This is the first study evaluating the IL-18 and IFN- polymorphisms in LD and the results suggest that the promoter region of the IL-18 gene is associated with LD development in HIV-infected patients.

La phagocytose, fonction fondamentale des macrophages, est un processus qui se décompose en deux étapes bien distinctes : les étapes précoces d’internalisation menant à la formation du phagosome et les étapes tardives de maturation du phagosome. Le virus de l’immunodéficience humaine de type I (VIH-1) infecte les macrophages, ce qui perturbe leurs fonctions. L’effet de l’infection virale dans ces cellules est peu caractérisé en comparaison des lymphocytes T. Des travaux antérieurs ont montré d’une part que l’étape précoce d’internalisation de larges particules et bactéries était bloquée de moitié dans les macrophages primaires humains infectés par le VIH-1 via Nef, la protéine de virulence majeure du virus et d’autres part, que la réponse cytokinique était atténuée chez les patients infectés. Ainsi, nous avons étudié l’effet du VIH-1 sur les étapes tardives de la phagocytose : la maturation du phagosome et l’activation des macrophages qui en résulte. Nous avons montré que le VIH-1 altère les étapes tardives de la phagocytose en inhibant la maturation du phagosome, définie par le recrutement de marqueurs tardifs de la voie d’endocytose, d’hydrolases et la production d’espèces réactives oxygénées. Malgré une pré-activation basale, les macrophages infectés par le VIH-1 sont incapables de répondre efficacement à une stimulation induite par phagocytose, ce qui conduit à une modulation de la réponse transcriptionnelle et cytokinique. La dynamique des microtubules et la migration centripète des phagosomes sont profondément affectées par le virus. De façon inattendue, la protéine virale Vpr est impliquée dans ces perturbations, alors que Nef ne joue pas de rôle notable. Nos résultats indiquent que les composants intracellulaires de la machinerie de tri endosomal sont détournés par le compartiment viral dans les macrophages infectés. Par cette étude, nous avons donc identifié la protéine Vpr comme nouveau modulateur de la dynamique des microtubules et du trafic intracellulaire, entraînant ainsi une altération profonde de la maturation du phagosome et de la clairance bactérienne dans les macrophages infectés. Ce travail contribue à mieux comprendre l’établissement d’infections opportunistes chez les patients infectés. / Phagocytosis, a crucial function of macrophages, is composed of two well defined steps : the early step of internalization leading to phagosome formation and the late step of phagosome maturation. The immunodeficiency virus type I (HIV-1) infects macrophages, which disturbs theirs functions. The effects of HIV-1 infection are poorly characterized in this cell type compared to T lymphocytes. Previous results have already shown that the early step of internalization of large particles and bacteria are half blocked by Nef in HIV-1 infected primary macrophages and that the cytokine response is attenuated in infected patients. Thus, we have studied the effect of HIV-1 infection on the late step of phagocytosis : phagosome maturation and the resulting macrophage activation. We shown that HIV-1 impairs late phagocytic events affecting the phagosome maturation, as defined by late endocytic markers and hydrolases recruitment, and reactives oxygens species production. HIV-1 infected macrophages exhibited a basal preactivation but appeared unable to respond efficiently to phagocytic triggers leading to cytokine and transcriptional modifications. Centripetal migration of phagosomes and microtubule dynamics were deeply altered upon viral infection. Surprisingly, the Vpr viral protein was implicated in these pertubations, while Nef was not. Our results revealed that elements of the endosomal sorting machinery were hijacked to the virus-containing compartments in HIV-infected macrophages. With this study, we identify Vpr as a modulator of the microtubule dynamics and intracellular trafficking, leading to alterations in phagosome maturation and bacterial clearance in HIV-1 infected macrophages. This work contribute to better understanding of the establishment of opportunistic infections in HIV-infected patients.